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Fidelity Of Translation Initiation In E. coli : Roles Of The Transcription-recycling Factor RapA, 23S rRNA Modifications, And Evolutionary Origin Of Initiator tRNA

Bhattacharyya, Souvik 18 January 2016 (has links) (PDF)
CSIR / Translation initiation is a rate limiting step during protein biosynthesis. Initiation occurs by formation of an initiation complex comprising 30S subunit of ribosome, mRNA, initiator tRNA, and initiation factors. The initiator tRNA has a specialized function of binding to ribosomal P site whereas all the other tRNAs are selected in the ribosomal A site. The presence of a highly conserved 3 consecutive G-C base pairs in the anticodon stem of the initiator tRNA has been shown to be responsible for its P-site targeting. The exact molecular mechanism involved in the P-site targeting of the initiator tRNA is still unclear and focus of our study. Using genetic methods, we obtained mutant E. coli strains where initiator tRNA mutants lacking the characteristic 3-GC base pairs can also initiate translation. One such mutant strain, A30, was selected for this study. Using standard molecular genetic tools, the mutation was mapped and identified to be a mutation in a transcription remodeling factor, RapA (A511V). RapA is a transcription recycling factor and it displaces S1 when it performs its transcription recycling activity. We found this mutation to cause an increase in the S1-depleted ribosomes leading to decreased fidelity of translation initiation as the mutant RapA inefficiently displaces S1 from RNA polymerase complex. The mutation in the RapA was also found to cause changes in the transcriptome which leads to downregulation of major genes important for methionine and purine metabolism. Using mass spectrometric analysis, we identified deficiencies of methionine and adenine in the strain carrying mutant RapA. Our lab had previously reported that methionine and S-adenosyl methionine deficiency cause deficiency of methylations in ribosome which in turn decreases the fidelity of protein synthesis initiation. We used strains deleted for two newly identified methyltransferases, namely RlmH and RlmI, for our study and these strains also showed decreased fidelity of initiation. RlmH and RlmI methylate 1915 and 1962 positions of 23S rRNA respectively. We found that deletion of these methyltransferases also caused defects in ribosome biogenesis and compromised activity of ribosome recycling factor. We constructed phylogenetic trees of the initiator tRNA from 158 species which distinctly assembled into three domains of life. We also constructed trees using the minihelix or the whole sequence of species specific tRNAs, and iterated our analysis on 50 eubacterial species. We identified tRNAPro, tRNAGlu, or tRNAThr (but surprisingly not elongator tRNAMet) as probable ancestors of tRNAi. We then determined the factors imposing selection of methionine as the initiating amino acid. Overall frequency of occurrence of methionine, whose metabolic cost of synthesis is the highest among all amino acids, remains almost unchanged across the three domains of life. Our results indicate that methionine selection, as the initiating amino acid was possibly a consequence of the evolution of one-carbon metabolism, which plays an important role in regulating translation initiation. In conclusion, the current study reveals the importance of methylations in ribosome biogenesis and fidelity of translation initiation. It also strongly suggests a co-evolution of the metabolism and translation apparatus giving adaptive advantage to the cells where presence of methionine in the environment can be a signal to initiate translation with methionine initiator tRNA.
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Genetic analysis of cell size homeostasis in human cells

Costa, Marcela 05 1900 (has links)
Les cellules sont la plus petite forme de vie individuelle qui forme un organisme. La structure et la santé de tous les organismes est essentiellement définie par le nombre, le type et la taille de leurs cellules. Composé d'environ 30 trillions de cellules, l'homme possède des cellules aux fonctions et aux tailles remarquablement variées, allant d'un neurone pouvant atteindre un mètre à une cellule lymphoïde d'environ 16 µm de diamètre. Il est connu que la taille est fondamentalement l'équilibre entre la croissance cellulaire et la division cellulaire. Néanmoins, les questions sur les réseaux moléculaires qui contrôlent et déterminent le maintien de la taille optimale des cellules restent à déchiffrer. D'innombrables travaux ont caractérisé mTORC1 comme une voie régulatrice majeure de la croissance cellulaire jouant un rôle central, intégrant des stimuli intra et extracellulaires. Ce travail porte sur l'investigation et la caractérisation des acteurs moléculaires et des processus qui orchestrent la taille des cellules humaine déterminées par l'épistase chimique. J'ai entrepris une bibliothèque CRISPR / Cas9 à inactivation prolongée (EKO) dans NALM-6 (lignée cellulaire de lymphome pré-B), suivie d'un fractionnement de la taille des cellules par élutriation à contre-courant en présence de rapamycine (inhibiteur de mTOR), et comparé aux données non publiées données du laboratoire utilisant les mêmes méthodes sans rapamycine. Cette analyse de l'étude indique que dans le contexte amont de mTOR, la perte de gènes liés à la détection des nutriments entraîne une perte de taille en présence d'inhibition de mTOR. En outre, plusieurs knockouts géniques dans la biogenèse des ribosomes et l'homéostasie du calcium ont conduit à une perte ou un gain de taille, montrant un rôle pivot possible de ces processus dans le contrôle de la taille des cellules d'une manière dépendante de mTOR. Ce travail a fourni des informations sur les gènes et réseaux connus et inconnus qui peuvent réguler la taille des cellules d'une manière dépendante de mTOR. Ces résultats doivent être validés et approfondis. / All organisms are essentially structured and fitness defined by cell number, type and size. Composed of around 30 trillion cells, humans have cells with remarkably varied functions and size, ranging from a neuron that can reach one meter in length to a lymphoid cell that is around 16 μm in diameter. At a fundamental level, size is determined by the balance between cell growth and cell division. The molecular networks that control and maintain optimal cell size are yet to be deciphered. The mTORC1 pathway is a major regulator of cell growth that plays a central role in integrating intra- and extra-cellular stimuli. This study addresses the investigation and characterization of the molecular players and processes that orchestrate cell size in human cells, as determined by chemical-genetic size screens and epistasis analysis. I undertook a CRISPR/Cas9 extended-knockout (EKO) genome-wide library screen in the NALM-6 pre-B lymphoma cell line, followed by cell size fractionation by counter flow elutriation in the presence of the mTOR inhibitor rapamycin, and compared the screen data to a similar screen performed in the absence of rapamycin. The analysis indicates that upstream of mTOR, the loss of genes that are related to nutrient sensing, results in size changes in the presence of mTOR inhibition. Also, several gene knockouts in ribosome biogenesis and calcium homeostasis led to size alterations, suggesting a possible a pivotal role of these processes in cell size control in a mTOR-dependent fashion. This study provides insights into the genetic networks that regulate cell size in a mTOR-dependent fashion and establishes new hypotheses for future experimental tests.
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Rôle de la signalisation par ERK et de la sénescence cellulaire dans la progression du cancer pancréatique

Rowell, Marie-Camille 07 1900 (has links)
Le cancer du pancréas est la quatrième cause de décès par cancer au Canada. Avec des mutations activatrices de KRas présentes dans près de 90% des lésions bénignes et tumeurs, ce cancer arbore une activation de la voie MAPK très tôt dans son développement. Or, peu de littérature existe sur les étapes clés de la progression et sur le rôle précis de cette signalisation dans le passage des lésions bénignes (PanIN) au stade avancé (PDAC). Depuis plusieurs années, notre laboratoire s’intéresse aux kinases ERK1/2, actives en aval de Ras, des acteurs centraux du programme de sénescence cellulaire, soit un programme antitumoral intrinsèque aux cellules. L’hypothèse centrale des présents travaux est donc que les mutations de KRas acquises dès le stade PanIN induisent une sénescence qui agit comme barrière à la progression tumorale, et que l’atténuation du signal de ERK est impliquée dans le contournement de ce mécanisme. La première partie de cette thèse montrera donc les avancées que nous avons faites sur la caractérisation de la progression entre le stade bénin et le stade avancé, de laquelle l’acquisition d’un caractère souche, la transition épithélio-mésenchymateuse et le développement d’une dépendance mitochondriale semblent être des déterminants. Ensuite, nous présenterons nos découvertes sur le rôle des kinases ERK1/2, de la sénescence cellulaire et du stress nucléolaire dans une nouvelle approche visant à restaurer un mécanisme de suppression tumorale inspiré des lésions bénignes et impliquant une altération de la biogenèse ribosomique. Finalement, pour bonifier cette nouvelle stratégie, nous présenterons les résultats d’un criblage CRISPR-Cas9 génome-entier nous ayant permis d’identifier les composantes d’une stratégie « one-two punch » basée sur l’induction de sénescence dans les cellules PDAC combinée à l’inhibition de la Glutathion peroxydase 4 (GPX4), de façon à promouvoir une sénolyse efficace dans ce contexte. Dans leur ensemble, les travaux présentés dans cette thèse montrent un avancement significatif dans la compréhension de la biologie des cancers pancréatiques en identifiant à la fois des vulnérabilités intrinsèques et inductibles afin de générer de nouvelles idées thérapeutiques pour ce cancer hautement fatal. / Pancreatic cancer is the fourth leading cause of death by cancer in Canada. With frequent activating mutations in KRas in up to 90% of benign lesions and tumors, this cancer possesses an early activation of the MAPK pathway. However, key events of its progression from the PanIN stage to the PDAC stage and the precise role of MAPK signaling in it are still poorly understood. For many years, our laboratory has taken interest in the ERK1/2 signaling pathway, activated downstream of oncogenic Ras and a key mediator of cellular senescence. Cellular senescence is considered an intrinsic antitumor mechanism due to its ability to stably halt the cell cycle. The central hypothesis of this work is then that KRas mutations that are acquired at the PanIN stage induce cellular senescence which acts as a barrier against tumor development. Still, this powerful mechanism can be circumvented as cells tend to attenuate the ERK1/2 signaling to promote progression and acquisition of more aggressive features. Thus, the first part of this thesis will present our most recent advances in characterizing the progression events between PanIN and PDAC stages, during which stem cell features acquisition, epithelial-mesenchymal transition and mitochondrial dependency seem to occur. Next, we will present our discoveries regarding the implication of ERK1/2 kinases, cellular senescence and nucleolar stress in a new approach to restore a tumor suppression mechanism inspired by the PanIN stage and based on ribosome biogenesis alteration. Finally, to potentiate this strategy, we will show the results of a genome-wide CRISPR-Cas9 screen that identified the components of a “one-two punch” approach to induce cellular senescence in PDAC cells and to efficiently eliminate them by GPX4 inhibitors-mediated senolysis. Globally, the work presented in this thesis show significant progress in the field of pancreatic cancer, identifying previously unknown vulnerabilities of those cancer cells and paving the way for the development of new therapeutic combinations.
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Intégration de signaux au niveau de la chromatine et perturbations de la ribogénèse pour une suppression tumorale efficace

Lopes-Paciencia, Stéphane 02 1900 (has links)
Environ 30% des cancers humains ont une mutation gain de fonction dans l’oncogène RAS, menant à une prolifération cellulaire accrue et une expansion clonale. Cependant, il est bien établi qu’une hyperactivation soutenue de cette voie mène au phénotype inverse, soit la sénescence cellulaire, définie par un arrêt stable de la prolifération. Ce destin cellulaire caractérise les lésions bénignes et la progression vers une tumeur maligne est associée à son contournement. Toutefois, les mécanismes moléculaires permettant aux cellules de distinguer entre une signalisation normale et oncogénique par RAS afin de les engager vers la sénescence plutôt que la prolifération demeurent inconnus. Ainsi, l’hypothèse à la base de ces travaux est que la décision d’engagement vers la sénescence implique une reprogrammation transcriptionnelle qui précède l’établissement des phénotypes caractéristiques de la sénescence, tel le phénotype sécrétoire (SASP) (Article 1). Nous avons ainsi identifié un point de restriction (SeRP) critique pour l’engagement des cellules vers la sénescence en réponse à l’oncogène HRASG12V. Ce SeRP intègre l'intensité et la durée du stress oncogénique, tout en gardant une mémoire des stress antérieurs, en modulant l’accessibilité à la chromatine via l’induction d’un réseau auto-régulé de facteurs de transcription comprenant notamment ETV4 et RUNX1 (Article 2). Notre modèle actuel nous porte à croire que cette augmentation d’accessibilité à la chromatine impliquerait principalement une décondensation de l’hétérochromatine périnucléolaire. Ceci mènerait à l’induction du SASP et aux défauts de ribogénèse observés dans la sénescence. Nous montrons d’ailleurs via la génération d’un modèle murin transgénique que l’induction de tels défauts de ribogénèse à l’échelle systémique mène à un phénotype de vieillissement prématuré suggérant une sénescence des cellules souches (Article 3). Les cellules souches ayant des niveaux particulièrement élevés de ribogénèse et étant très sensibles à des altérations de leur niche tels que l’inflammation chronique, nous pensons que, de manière fortuite, ce modèle reproduit en quelque sorte les conséquences du SeRP. En somme, l’ensemble des travaux présentés dans cette thèse permettent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires régulant l’engagement vers la sénescence. À termes, ces nouvelles notions permettraient de concevoir des stratégies thérapeutiques permettant de faire pencher la balance vers la sénescence dans un contexte de cancers mutés en RAS. / Around 30% of human cancers have a gain-of-function mutation in the RAS oncogene, resulting in increased cell proliferation and clonal expansion. However, it is well established that a sustained hyperactivation of this same pathway leads instead to the opposite phenotype, namely cellular senescence, which is defined by a stable proliferation arrest. This cell fate characterizes benign lesions and progression to malignancy is associated with its bypass. However, the molecular mechanisms allowing cells to distinguish between normal and oncogenic RAS signaling in order to commit them to senescence rather than proliferation remain unknown. Thus, the hypothesis underlying the present work is that this decision to commit to senescence involves a transcriptional reprogramming that precedes the establishment of the senescence-characteristic phenotypes such as the secretory phenotype (Article 1). We have thus identified a restriction point (SeRP) critical for the commitment of cells towards senescence in response to HRASG12V oncogene. This SeRP integrates both the intensity and duration of oncogenic stress while keeping a memory of previous stresses. This integration is achieved by modulating chromatin accessibility via the induction of a self-regulated network of transcription factors including among others ETV4 and RUNX1 (Article 2). Our current model leads us to believe that this increase in chromatin accessibility during the SeRP would mainly involve decondensation of perinucleolar heterochromatin. This would lead to the induction of the pro-inflammatory secretome of senescent cells (SASP) and the ribogenesis defects observed in senescence. Besides, we show via the generation of a transgenic mouse model that the induction of such ribogenesis defects at the systemic scale leads to a premature aging phenotype suggesting stem cells senescence (Article 3). Stem cells having particularly high levels of ribogenesis and being very sensitive to alterations of their niche such as chronic inflammation, we believe that serendipitously, this model somehow reproduces the consequences of the SeRP. In short, all the work presented in this thesis allows for a better understanding of the molecular mechanisms regulating the commitment to senescence. Ultimately, these new notions would allow to design therapeutic strategies to tip the balance towards senescence in the context of RAS-mutated cancers.
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Studies on RNA Modification and Editing in <i>Trypanosoma brucei</i>

Fleming, Ian Murray Cameron 08 June 2016 (has links)
No description available.
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Dissecting the dynamic of Noc2p and its partners in pre-60S particles maturation

Cléroux, Katherine 04 1900 (has links)
Plusieurs études ont permis la caractérisation de la structure et de la fonction du ribosome. En ce qui attrait à la biogénèse du ribosome, nombreux aspects restent à être découverts et compris de façon plus dynamique. En effet, cette biogénèse englobe une variété de voies de modifications et d’assemblages requises pour la maturation des ARNr et pour leurs liaisons avec les protéines ribosomales. De ce fait, les protéines Noc ont été caractérisées comme des facteurs d’assemblages et ont permis la découverte d’une des premières indications sur l’ordre spatio-temporel de la maturation du ribosome. Ainsi, en utilisant la levure comme modèle, notre objectif est d’étudier d’avantage l’échange des complexes composés des protéines Noc ainsi que leur localisation intranucléaire. Ainsi, la nature des interactions de Noc2p avec Noc1p et Noc3p et l’influence de l’arrêt du transport intranucléaire ont été étudiés en utilisant des promoteurs inductibles, la microscopie à fluorescence, des immunobuvardages, qRT-PCR et des purifications par affinité. / Several studies have been performed to characterize the ribosome as far as to understand its structure and its function. However, major aspects of ribosome biogenesis remain elusive or gave only a static picture of the process. In fact, ribosome biogenesis involves dynamic processing and assembly pathways that are required for rRNA modification and folding, in addition to rRNA binding with some ribosomal proteins. One set of assembly factors, the Noc proteins, allowed one of the first indications about the spatio-temporal ordering of ribosome maturation. By using yeast as model, our objective is to provide a dynamic picture of the Noc proteins complexes exchange and nuclear localization by determining the nature of Noc2p interactions with Noc1p and Noc3p and by studying the influence of reversibly arrested intranuclear transport on these proteins and on Rix7p, an AAA-ATPase. In order to achieve these aims, inducible promoter, fluorescent microscopy, western blot, qRT-PCR and affinity purification analyses were used.
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Identification des protéines de liaison à l’ARN contrôlant la traduction des ARNm 5’TOP et caractérisation de leur régulation par la voie mTOR / Identification of RNA binding proteins controlling 5’TOP mRNAs translation and characterization of their regulation by mTOR pathway

Nouschi, Aurélien 15 September 2015 (has links)
La biogenèse des ribosomes est un processus complexe finement régulé pour s’adapter à la disponibilité en nutriments et en facteurs de croissance ainsi qu’à la présence éventuelle de stress. Une étape clé de la régulation de la biogenèse des ribosomes se fait par la régulation de la traduction des ARNm 5’ Terminal OligoPyrimidine (5’TOP) qui codent pour les protéines ribosomiques. Bien que la voie de signalisation mechanistic Target of Rapamycin (mTOR) ait été identifiée depuis des décennies comme activatrice de cette traduction des ARNm 5’TOP, les régulateurs impliqués ainsi que leur contrôle par la voie mTOR n’ont jamais été identifiés avec précision. Dans ce travail, nous avons montré que La-related protein 1 (Larp1), une protéine de liaison à l’ARN cible de mTOR, est indispensable à l’inhibition de la traduction des ARNm 5’TOP en aval de mTOR. De plus, Larp1 semble participer à l’inhibition de la formation du complexe d’initiation de la traduction eIF4F, qui est responsable du recrutement du complexe de pré-initiation 43S sur la coiffe m7G présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm. Nous avons également démontré que Larp1 peut se lier à la protéine Poly(A)-Binding Protein (PABP) et à la protéine de la petite sous-unité ribosomique RPS6 et que cette dernière interaction diminue lorsque les sites de phosphorylation de Larp1 dépendants de mTOR Ser 689 et 697 sont mutés en alanine. Ces résultats représentent une avancée importante dans la compréhension de la régulation de la traduction des ARNm 5’TOP par la voie mTOR. Cependant, des études complémentaires sont nécessaires afin de comprendre plus en détail le mécanisme exact par lequel Larp1 réprime la traduction des ARNm 5’TOP. / Ribosome biogenesis is a process that is finely tuned to adapt to nutrients and growth factors availability as well as to cellular stress and insults. Ribosomal proteins, the protein component of ribosomes, are encoded by 5’ Terminal Oligopyrimidine (5’TOP) mRNAs. A key step in ribosome biogenesis is the up-regulation of the translation of 5’TOP mRNAs. Although the mechanistic Target of Rapamycin (mTOR) pathway have been known for decades to promote 5’TOP mRNAs translation, the regulators involved and their control by the mTOR pathway remains obscure. In this work we demonstrated that La-related protein 1 (Larp1), an RNA-binding protein and substrate of mTOR, is necessary for the inhibition of 5’TOP mRNAs translation downstream of mTOR. In particular Larp1 seems to interfere with the formation of the translation initiation complex eIF4F, which is responsible for the recruitment of the 43S preinitiation complex to the m7G cap present at the 5’ end of mRNAs. Furthermore we found that Larp1 interacts with the protein Poly(A)-Binding Protein (PABP) and with the small ribosomal subunit protein RPS6 and that the latter interaction is decreased by mutation to alanine of the mTOR-dependent phosphorylation sites Ser 689 and 697. These findings are an important contribution to the understanding of the regulation of the translation of 5’TOP mRNAs by the mTOR pathway. Nevertheless more studies will be needed in order to dissect the mechanism by which Larp1 represses translation of 5’TOP mRNAs.
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Identification des protéines de liaison à l’ARN contrôlant la traduction des ARNm 5’TOP et caractérisation de leur régulation par la voie mTOR / Identification of RNA binding proteins controlling 5’TOP mRNAs translation and characterization of their regulation by mTOR pathway

Nouschi, Aurélien 15 September 2015 (has links)
La biogenèse des ribosomes est un processus complexe finement régulé pour s’adapter à la disponibilité en nutriments et en facteurs de croissance ainsi qu’à la présence éventuelle de stress. Une étape clé de la régulation de la biogenèse des ribosomes se fait par la régulation de la traduction des ARNm 5’ Terminal OligoPyrimidine (5’TOP) qui codent pour les protéines ribosomiques. Bien que la voie de signalisation mechanistic Target of Rapamycin (mTOR) ait été identifiée depuis des décennies comme activatrice de cette traduction des ARNm 5’TOP, les régulateurs impliqués ainsi que leur contrôle par la voie mTOR n’ont jamais été identifiés avec précision. Dans ce travail, nous avons montré que La-related protein 1 (Larp1), une protéine de liaison à l’ARN cible de mTOR, est indispensable à l’inhibition de la traduction des ARNm 5’TOP en aval de mTOR. De plus, Larp1 semble participer à l’inhibition de la formation du complexe d’initiation de la traduction eIF4F, qui est responsable du recrutement du complexe de pré-initiation 43S sur la coiffe m7G présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm. Nous avons également démontré que Larp1 peut se lier à la protéine Poly(A)-Binding Protein (PABP) et à la protéine de la petite sous-unité ribosomique RPS6 et que cette dernière interaction diminue lorsque les sites de phosphorylation de Larp1 dépendants de mTOR Ser 689 et 697 sont mutés en alanine. Ces résultats représentent une avancée importante dans la compréhension de la régulation de la traduction des ARNm 5’TOP par la voie mTOR. Cependant, des études complémentaires sont nécessaires afin de comprendre plus en détail le mécanisme exact par lequel Larp1 réprime la traduction des ARNm 5’TOP. / Ribosome biogenesis is a process that is finely tuned to adapt to nutrients and growth factors availability as well as to cellular stress and insults. Ribosomal proteins, the protein component of ribosomes, are encoded by 5’ Terminal Oligopyrimidine (5’TOP) mRNAs. A key step in ribosome biogenesis is the up-regulation of the translation of 5’TOP mRNAs. Although the mechanistic Target of Rapamycin (mTOR) pathway have been known for decades to promote 5’TOP mRNAs translation, the regulators involved and their control by the mTOR pathway remains obscure. In this work we demonstrated that La-related protein 1 (Larp1), an RNA-binding protein and substrate of mTOR, is necessary for the inhibition of 5’TOP mRNAs translation downstream of mTOR. In particular Larp1 seems to interfere with the formation of the translation initiation complex eIF4F, which is responsible for the recruitment of the 43S preinitiation complex to the m7G cap present at the 5’ end of mRNAs. Furthermore we found that Larp1 interacts with the protein Poly(A)-Binding Protein (PABP) and with the small ribosomal subunit protein RPS6 and that the latter interaction is decreased by mutation to alanine of the mTOR-dependent phosphorylation sites Ser 689 and 697. These findings are an important contribution to the understanding of the regulation of the translation of 5’TOP mRNAs by the mTOR pathway. Nevertheless more studies will be needed in order to dissect the mechanism by which Larp1 represses translation of 5’TOP mRNAs.
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Altérations de composition des ribosomes dans les cancers du sein : analyses de cohortes humaines et modèles cellulaires / Alterations of ribosomes composition in breast cancers : analyses of human cohorts and cellular models

Nguyen Van Long, Flora 26 June 2019 (has links)
Les ribosomes sont responsables de la traduction des ARNm en protéines. Des modifications de la composition des ribosomes altèrent son activité de traduction et favorisent la tumorigenèse. L’identification des altérations de composition des ribosomes dans les cancers du sein pourrait être un nouveau mécanisme de tumorigenèse mammaire et ouvrir de nouvelles perspectives thérapeutiques. En effet, les cancers du sein restent la première cause de mortalité liés aux cancers chez la femme et leur hétérogénéité induit un problème thérapeutique important. Dans ce contexte, les altérations de composition des ribosomes dans les cancers du sein ont été abordées dans des cohortes humaines et dans des modèles cellulaires de l’EMT (Transition Epithélio-Mésenchymateuse), un processus impliqué dans la tumorigenèse mammaire. Ces travaux ont permis d’identifier : i) deux facteurs impliqués dans la biogenèse des ribosomes, FBL (fibrillarine) et NCL (nucléoline) dont les variations d’expression sont associées à un mauvais pronostic chez les patientes ; et ii) des variations de composition du ribosome et de son activité traductionnelle dans l’EMT. L’ensemble de ces résultats soutient l’existence d’altérations de composition des ribosomes dans les cancers du sein / Ribosomes are responsible of translating mRNAs to proteins. Alterations of ribosome composition modify its translation activity and favour tumourigenesis. Identification of ribosomes composition alterations in breast cancers might correspond to a new mechanism responsible of mammary tumourigenesis and might open up novel therapeutic approaches. Indeed breast cancers represent the first cause of women mortality due to cancers and their heterogeneity induces an important therapeutic problem.In this context, alterations of ribosomes composition were determined in human cohorts and in EMT (Epithelial to Mesenchymal Transition) cellular models, the EMT being a process involved in mammary tumourigenesis. This studies identify : (i) two factors involved in ribosome biogenesis, FBL (fibrillarin) and NCL (nucleolin) whose expression variations are associated with poor prognosis in patients and (ii) variations of ribosome composition and its translational activity in EMT. Altogether, this data support the presence of ribosomes composition alterations in breast cancers
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Identification des protéines de liaison à l’ARN contrôlant la traduction des ARNm 5’TOP et caractérisation de leur régulation par la voie mTOR / Identification of RNA binding proteins controlling 5’TOP mRNAs translation and characterization of their regulation by mTOR pathway

Nouschi, Aurélien 15 September 2015 (has links)
La biogenèse des ribosomes est un processus complexe finement régulé pour s’adapter à la disponibilité en nutriments et en facteurs de croissance ainsi qu’à la présence éventuelle de stress. Une étape clé de la régulation de la biogenèse des ribosomes se fait par la régulation de la traduction des ARNm 5’ Terminal OligoPyrimidine (5’TOP) qui codent pour les protéines ribosomiques. Bien que la voie de signalisation mechanistic Target of Rapamycin (mTOR) ait été identifiée depuis des décennies comme activatrice de cette traduction des ARNm 5’TOP, les régulateurs impliqués ainsi que leur contrôle par la voie mTOR n’ont jamais été identifiés avec précision. Dans ce travail, nous avons montré que La-related protein 1 (Larp1), une protéine de liaison à l’ARN cible de mTOR, est indispensable à l’inhibition de la traduction des ARNm 5’TOP en aval de mTOR. De plus, Larp1 semble participer à l’inhibition de la formation du complexe d’initiation de la traduction eIF4F, qui est responsable du recrutement du complexe de pré-initiation 43S sur la coiffe m7G présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm. Nous avons également démontré que Larp1 peut se lier à la protéine Poly(A)-Binding Protein (PABP) et à la protéine de la petite sous-unité ribosomique RPS6 et que cette dernière interaction diminue lorsque les sites de phosphorylation de Larp1 dépendants de mTOR Ser 689 et 697 sont mutés en alanine. Ces résultats représentent une avancée importante dans la compréhension de la régulation de la traduction des ARNm 5’TOP par la voie mTOR. Cependant, des études complémentaires sont nécessaires afin de comprendre plus en détail le mécanisme exact par lequel Larp1 réprime la traduction des ARNm 5’TOP. / Ribosome biogenesis is a process that is finely tuned to adapt to nutrients and growth factors availability as well as to cellular stress and insults. Ribosomal proteins, the protein component of ribosomes, are encoded by 5’ Terminal Oligopyrimidine (5’TOP) mRNAs. A key step in ribosome biogenesis is the up-regulation of the translation of 5’TOP mRNAs. Although the mechanistic Target of Rapamycin (mTOR) pathway have been known for decades to promote 5’TOP mRNAs translation, the regulators involved and their control by the mTOR pathway remains obscure. In this work we demonstrated that La-related protein 1 (Larp1), an RNA-binding protein and substrate of mTOR, is necessary for the inhibition of 5’TOP mRNAs translation downstream of mTOR. In particular Larp1 seems to interfere with the formation of the translation initiation complex eIF4F, which is responsible for the recruitment of the 43S preinitiation complex to the m7G cap present at the 5’ end of mRNAs. Furthermore we found that Larp1 interacts with the protein Poly(A)-Binding Protein (PABP) and with the small ribosomal subunit protein RPS6 and that the latter interaction is decreased by mutation to alanine of the mTOR-dependent phosphorylation sites Ser 689 and 697. These findings are an important contribution to the understanding of the regulation of the translation of 5’TOP mRNAs by the mTOR pathway. Nevertheless more studies will be needed in order to dissect the mechanism by which Larp1 represses translation of 5’TOP mRNAs.

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