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Submitted by LEONEL GONÇALVES PEREIRA NETO null (leonel.neto@embrapa.br) on 2017-02-03T17:52:40Z No. of bitstreams: 1 TESE FINAL LEONEL NETO.pdf: 2494638 bytes, checksum: 43fa52f52edf7397fb036f40e16c379e (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-07T12:01:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pereiraneto_lg_dr_bot.pdf: 2494638 bytes, checksum: 43fa52f52edf7397fb036f40e16c379e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T12:01:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pereiraneto_lg_dr_bot.pdf: 2494638 bytes, checksum: 43fa52f52edf7397fb036f40e16c379e (MD5) Previous issue date: 2016-12-08 / Sementes de diferentes espécies, armazenadas na mesma condição em bancos de germoplasma, apresentam respostas distintas quanto à perda de sua viabilidade. Atualmente, somente o teste de germinação é usado para avaliar a qualidade fisiológica de sementes em bancos de germoplasma e outros métodos ainda são necessários para prever a longevidade de sementes. A espécie Astronium fraxinifolium Schott é uma árvore das regiões da Amazônia, Cerrado e Caatinga, ameaçada de extinção, que apresenta sementes não dormentes e que germinam rapidamente. O objetivo do presente trabalho foi estudar a longevidade de sementes de A. fraxinifolium, coletadas em diversos locais de duas regiões geográficas distintas e avaliar o transcriptoma. Sementes de dez acessos de A. fraxinifolium, sendo seis coletados no estado de Goiás (GO) e quatro em Minas Gerais (MG) foram avaliados. Foram realizados pré-testes para determinar a melhor temperatura para germinação e o tempo para iniciar a protrusão da radícula. Testes de envelhecimento, condutividade elétrica, teor de malonaldeído e análise do transcriptoma foram realizados. A temperatura ótima de germinação foi de 30° C e os primeiros eventos de protrusão radicular ocorreram após 20 horas de embebição. Sementes coletadas em Goiás apresentaram maior viabilidade e longevidade após os testes de envelhecimento para todas as condições testadas e os acessos GO 6 e MG 2 apresentaram, respectivamente, a maior e menor longevidade após o envelhecimento. O teste de condutividade elétrica não foi adequado para avaliar a longevidade dos acessos e a avaliação do teor de malonaldeído foi considerado um teste promissor para avaliar a longevidade de sementes de A. fraxinifolium. Foi realizada análise de RNASeq para avaliar os transcriptomas de eixos embrionários de sementes dos acessos GO 6 e MG 2, com sementes envelhecidas e não envelhecidas. Os genes expressos diferencialmente foram relacionados aos processos de transcrição de RNA, kinases, ubiquitinas, metabolismo de amido, microtúbulos, componentes de membrana, polimerase e transporte de carboidratos e zinco. / Seeds of different species stored under the same conditions differently lose their viability. Currently, the physiological quality of seeds stored in genebanks is evaluated only by the germination test and other methods are still needed to predict seed viability.The species Astronium fraxinifolium Schott is a tree in the Amazonian regions, Cerrado and Caatinga, which presents seeds that are non-dormant and which germinate rapidly. The goal of this work was to study the longevity of seeds A. fraxinifolium collected at several sites from two different geographic regions, and assess the transcriptome. For that, seeds from ten accessions of A. fraxinifolium were collected (six in the state of Goiás (GO) and four in Minas Gerais (MG) and evaluated. Pre-tests were performed to determine the optimal germination temperature and the onset of the radicle protrusion. Aging tests, electrical conductivity, malonaldehyde content and transcriptome analysis were performed. The optimal germination temperature was 30o C and the first radicle protrusion events occurred after 20 hours of imbibition. Seeds collected in Goiás displayed higher viability and longevity after aging in all tested conditions and seeds from accessions GO 6 and MG 2 showed, respectively, the highest and lowest longevity indexes after aging. The electrical conductivity test was not adequate to evaluate the longevity of the accessions and the assessment of the malonaldehyde content was considered a promising test to assess the longevity of A. fraxinifolium seeds. RNASeq analysis was performed to evaluate the transcripts of embryonic axes of seeds of the GO 6 and MG 2 accessions, with aged and unaged seeds. Differentially expressed genes were related to RNA transcription processes, kinases, ubiquitin, starch metabolism, microtubules, membrane components, polymerase, and transport of carbohydrates and zinc.

Diss. (sammanfattning). Umeå : Sveriges lantbruksuniv., 2003. / Härtill 7 uppsatser.

Submitted by TIAGO ALEXANDRE DA SILVA null (tiago.at.agro@hotmail.com) on 2017-08-02T18:23:01Z No. of bitstreams: 1 deleted_Tese definitiva Tiago Alexandre.pdf: 2103643 bytes, checksum: 1cbf3998c16028f6fd4d85e142cb8ef8 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-03T17:48:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_ta_dr_bot.pdf: 2103643 bytes, checksum: 1cbf3998c16028f6fd4d85e142cb8ef8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-03T17:48:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_ta_dr_bot.pdf: 2103643 bytes, checksum: 1cbf3998c16028f6fd4d85e142cb8ef8 (MD5) Previous issue date: 2017-06-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A aquisição da qualidade fisiológica de sementes é influenciada por fatores como as condições ambientais e o nível de nutrição da planta mãe. Por exemplo, solos ácidos podem afetar a qualidade fisiológica das sementes produzidas, devido a menor disponibilidade de nutrientes para a planta. O uso de corretivos como a prática da calagem, se torna essencial para a resolução desse problema, onde o calcário, através da hidrólise, libera bases capazes de neutralizar a atividade dos íons acidificantes. No sistema de plantio direto, o calcário é aplicado de forma superficial, podendo ter seu efeito residual atuante por muitos anos, melhorando a estrutura e as propriedades químicas do solo e auxiliando na atividade microbiana. Portanto, o presente trabalho teve o objetivo de estudar a qualidade fisiológica e a expressão de genes associados a longevidade em sementes de trigo, produzidas em solos com diferentes doses de calcário. As sementes de trigo da cultivar CD116, foram produzidas na Fazenda Experimental Lageado, pertencente à Faculdade de Ciências Agronômicas – UNESP-Botucatu, na safra agrícola do ano de 2014. Os tratamentos consistiram em sementes produzidas sem calagem, dose recomendada de calcário (2000 kg.ha⁻¹) e o dobro da dose recomendada (4000 kg.ha⁻¹). Avaliou-se a porcentagem de germinação, o vigor (índice de velocidade de germinação e T50), longevidade de sementes e a estado nutricional das sementes. Para o estudo de genes relacionados a longevidade, foram selecionados dois tempos (0 e 60 dias) do teste de longevidade para averiguar o efeito das doses de calcário. A expressão gênica foi realizada usando a técnica de PCR em tempo real, onde o RNA total foi extraído e o cDNA foi utilizado para a quantificação dos genes relacionados a longevidade. A ausência da calcário não influenciou a germinação e o vigor das sementes de trigo, todavia a longevidade foi afetada. Os genes associados com a longevidade apresentaram expressão superior na presença residual de calcário. Este fato pode explicar a baixa longevidade de sementes de trigo procedentes de cultivo sem calagem. / Acquisition of the physiological quality of seeds is influenced by factors such as environmental conditions and the level of nutrition of the mother plant. For instance, acidic soils may affect the physiological quality of the seeds produced due to the lower availability of nutrients to the plant. The use of correctives, such as the practice of liming, becomes essential to solve this problem, where limestone, through hydrolysis, releases bases capable of neutralizing the activity of acidifying ions. In the no-tillage system, limestone is applied superficially and can have its residual effect acting for many years, improving the structure and chemical properties of the soil and assisting in microbial activity. Therefore, the present work had the objective of studying the physiological quality and expression of genes associated with longevity in wheat seeds, produced in soils with different limestone doses. The wheat seeds from the cultivar CD116 were produced at the Experimental Farm Lageado, belonging to the Faculty of Agronomic Sciences – UNESP-Botucatu, in the crop season of the year 2014. Treatments consisted of seed produced without liming, recommended limestone dose (2000 kg.ha⁻¹) and twice the recommended dose (4000 kg.ha⁻¹). Germination percentage, vigor (germination speed index and T50), seed longevity and nutritional status were evaluated. For the study of genes related to longevity, two times (0 and 60 days) of the longevity test were selected to investigate the effect of limestone doses on gene expression. Gene expression was performed using the real-time PCR technique, where total RNA was extracted and cDNA was used for the quantification of genes related to longevity. The absence of limestone did not influence germination and vigor of wheat seeds, however, longevity was affected. Genes associated with longevity showed superior expression in the residual presence of limestone. This fact may explain the poor longevity of wheat seeds produced in soil lacking liming.

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Orientador: Roberto Usberti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-08-06T12:54:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francisco_FabianaGoncalves_D.pdf: 207245 bytes, checksum: 9185bf1011c0d0d69882f814f0e84287 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O conhecimento do comportamento das sementes em relação às condições de armazenamento a que são submetidas é de extrema importância para a avaliação de sua armazenabilidade. Este experimento analisou o armazenamento de sementes de Phaseolus vulgaris visando a obtenção das constantes da equação de viabilidade para dois cultivares, para a sua conservação e para garantir a sua disponibilidade. As sementes de feijoeiro foram reidratadas com água e/ou secas em sílica gel, ambas a 25°C, a partir dos seus valores iniciais até a obtenção dos valores de umidade desejados. Amostras de sementes com graus de umidade para os cultivares Tibatã e Una (3,28 a 16,65 e 3,14 a 17,26, com valores iniciais de 13,61 e 12,35%, respectivamente) foram acondicionadas em embalagens de alumínio termo soldadas e armazenadas a 40, 50 e 65°C até a obtenção de curvas completas de deterioração. As análises estatísticas foram realizadas pelo programa ¿Glim¿. Dois grupos de constantes foram obtidos para prever a longevidade de sementes dos cultivares Tibatã e Una, a saber: KE = 5,759; 4,556; CW = 4,598; 5,209; CH =0,0451; 0,1213; CQ = 0,001014; 0,001764, respectivamente. Foi observada uma relação inversa entre o grau de umidade e a longevidade das sementes. O limite inferior calculado para aplicação da equação para os dois cultivares de Phaseolus vulgaris a 65°C situa-se ao redor de 4,52 e 6,15% para Tibatã e Una, respectivamente em equilíbrio com valores de UR ao redor de 20% / Abstract: The previous knowledge of seed performance during storage is important to evaluate its storability. This experiment analysed Phaseolus vulgaris seed storage aiming to get viability equation constants for two cultivars, as to guarantee seed disposal and conservation. Seeds were rehydrated over water or dried over silica gel, both at 25°C, from the initial moisture contents, until achieved desired mc values. Seed samples with mc ranging from 3.28 to 16.65 and 3.14 to 17.26 (Tibatã and Una), with initial mc of 13.61 and 12.35%, respectively, were then placed in aluminium foil packets and stored at 40, 50 e 65°C until obtaining complete survival curves. Statistical analysis was performed through Glim software. Two different groups of constants were calculated as to predict seed longevity of Tibatã and Una cultivar, as follows: KE = 5.759; 4.556; CW = 4.598; 5.209; CH =0.0451; 0.1213; CQ = 0.001014; 0.001764, respectively. An inverse relationship was observed between moisture content and seed longevity. The lower limit for viability equation application at 65°C for the cultivars Tibatã and Una were 4.52 and 6.15%, respectively, on equilibrium with RH around 20% / Doutorado / Tecnologia Pós-Colheita / Doutor em Engenharia Agrícola

Orientador: Roberto Usberti / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-08-06T12:29:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CavalcanteFilho_FranciscoNahum_M.pdf: 999790 bytes, checksum: b6fe814b4fe9db3c1d4b9f5196d0287a (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: As sementes do gênero Brachiaria apresentam um mecanismo duplo de dormência, mais pronunciado em sementes recém colhidas, conduzindo a valores abaixo dos de viabilidade obtidos pelo teste de Tetrazólio e, deste modo, dificultando a tomada de decisões para o armazenamento, comercialização e fiscalização do comércio dessas sementes. Utilizando-se a tecnologia de detecção das constantes da equação de viabilidade de sementes, baseada em altas temperaturas de armazenamento e graus de umidade constantes, foi possível neste experimento isolar o efeito das temperaturas de 40, 50 e 65°C na liberação da dormência de sementes dos cultivares Marandu, Mulato 1 e Mulato 2 de Brachiaria brizantha, armazenadas com graus de umidade constantes, de 1,9 a 17,8%. As sementes apresentaram altos índices de dormência, detectada pelo teste de tetrazólio e liberada pela escarificação química e parcialmente pelo teste de envelhecimento acelerado. Não foram observadas diferenças para a velocidade de germinação (T50); entretanto ocorreram diferenças quanto ao número de sementes por grama. O padrão das isotermas de sorção e desorção foi semelhante para os cultivares. Os melhores resultados para liberação de dormência a 40°C foram obtidos nos graus de umidade de 9,5 e 8,5% para os cultivares Marandu e Mulato 1, respectivamente; a 50°C foram detectadas liberações de dormência em todos os graus de umidade testados e os melhores resultados foram obtidos para o cultivar Marandu (7,6 e 10,3%) e Mulato 1 (8,3%). As liberações de dormência a 65°C não foram tão evidentes em todos os graus de umidade testados. O cultivar Marandu apresentou maior armazenabilidade durante todo o experimento / Abstract: Brachiaria species normally show a double seed dormancy mechanism, mainly on fresh-harvest seeds, leading to germination percentages lower than those of viability detected by Tetrazolium test, so causing problems as to storage, trading and seed inspection activities. Using the methodology to detect the constants of the viability equation (high storage temperatures and fixed moisture contents) it was feasible in this research to isolate the effects of 40, 50 and 65°C on Brachiaria brizantha cultivars Marandu, Mulato 1 and Mulato 2 seed dormancy releasing, after storage at moisture contents ranging from 1.9 and 17.8%. Seed samples used presented high seed dormancy levels, detected by Tetrazolium test and it was released by chemical scarification and partially by accelerated ageing test. No statistical differences were observed as to speed of germination (T50); however, differences were detected as to number of seed per gram among cultivars. Sorption and desorption isotherm curves were similar for the cultivars. The best results of seed dormancy releasing at 40°C were achieved at 9.5 and 8.5% moisture content, for cultivars Marandu e Mulato 1 respectively; seed dormancy releasing results were obtained at 50°C for all moisture content studied and the best results were achieved for cultivars Marandu (7.6 e 10.3%) and Mulato 1 (8.3%). At 65°C seed dormancy releasing results were not clear. The cultivar Marandu presented higher storability than the others throughout the experiment / Mestrado / Tecnologia Pós-Colheita / Mestre em Engenharia Agrícola

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Tesis por compendio / [ES] La longevidad de las semillas, o el tiempo durante el cual permanecen las semillas viables, es de gran importancia para la conservación de la biodiversidad, la agricultura y la economía. Además, el estudio de este parámetro puede contribuir a conocer mejor los mecanismos moleculares comunes a todos los organismos para prevenir el envejecimiento. Una de las principales estrategias de las semillas para ralentizar su envejecimiento consiste en detener su metabolismo, a través de su deshidratación. Otros mecanismos moleculares para evitar daños son el aislamiento frente al entorno a través de la cubierta de la semilla, y la producción de antioxidantes y otras moléculas para evitar el daño oxidativo, uno de los principales causantes del envejecimiento de las semillas. Los mecanismos de reparación mitigan parte del daño acumulado. El organismo modelo de plantas Arabidopsis thaliana brinda la oportunidad de la realización de estudios genómicos para el estudio de, en este caso, la longevidad de las semillas para descubrir nuevos factores genéticos y mecanismos moleculares determinantes. Este conocimiento servirá para entender mejor los procesos de deterioro de las semillas y que también será clave para aumentar la longevidad de estas. Mediante el uso de variedades naturales genotipadas de Arabidopsis thaliana y un estudio de asociación del genoma conocido como GWAS, seguido de estudios de genética reversa, se han identificado 12 nuevos genes relacionados con la longevidad de las semillas, relacionados con la protección del embrión, el control del daño oxidativo, y la permeabilidad de la cubierta de la semilla. El desarrollo de la cubierta de la semilla está determinado por factores de transcripción. Plantas mutantes en diversos factores de transcripción involucrados en el desarrollo de la cubierta de la semilla presentan una longevidad alterada. La sobreexpresión de los factores de transcripción AtHB25 y COG1 provoca que las semillas presenten una mayor longevidad debido a una incrementada deposición de poliésteres lipídicos. Estas barreras de poliésteres lipídicos son la cutícula, formada por cutina, y la suberina. Ambas participan positivamente en la protección del embrión frente al ambiente exterior. Estudios genómicos de ambos factores de transcripción han demostrado que AtHB25 regula directamente a enzimas biosintéticos de los monómeros de suberina y cutina, y COG1 regula la expresión de enzimas relacionados con la polimerización de poliésteres lipídicos y lignina. La regulación en la que participa AtHB25 es muy importante debido a la alta conservación de las secuencias genómicas y funciones de AtHB25 en angiospermas, y parece involucrado en la respuesta a bajas temperaturas. Por otra parte, COG1, que está involucrado en la percepción de luz, regula parte del desarrollo del tegumento externo a través de la regulación de AP2, un factor clave en el establecimiento de la identidad de tejido de este tegumento de la cubierta de la semilla, donde se localiza la suberina. AtHB25 y COG1 están involucrados en la adaptación de la longevidad de la semilla a través de señales ambientales como la temperatura y la luz, respectivamente, regulando la deposición de poliésteres lipídicos. / [CAT] La longevitat de les llavors, o el temps que romanen les llavors viables, es de gran importància per la conservació de la biodiversitat, l'agricultura i l'economia. A més a més, l'estudi d'aquest paràmetre pot contribuir a conèixer millor els mecanismes moleculars comuns a tots els organismes per prevenir l'envelliment. Una de les principals estratègies de les llavor per retardar el seu envelliment consisteix detenir el seu metabolisme, mitjançant la seua deshidratació. Altres mecanismes moleculars per evitar danys son el seu aïllament de l'entorn per mitjan de la coberta de la llavor, i la producció d'antioxidants i altres molècules per evitar el dany oxidatiu, un dels principal causants del envelliment de les llavors. Els mecanismes de reparació mitiguen part del dany acumulat. L'organisme model Arabidopsis thaliana brinda la oportunitat de la realització d'estudis genòmics per a l'estudi de, en aquest cas, la longevitat de les llavors per descobrir nous factors genètics y mecanismes moleculars determinants. Aquest coneixement servirà per entendre millor els processos de deteriorament de les llavor i serà clau per augmentar la longevitat d'aquestes. Mitjançant l'ús de varietats naturals genotipades d'Arabidopsis thaliana i un estudi d'associació del genoma conegut com GWAS, seguits d'estudis de genètica inversa, s'han identificat 12 nous gens relacionats amb la longevitat de les llavors, relacionats amb la protecció de l'embrió, el control del dany oxidatiu, y la permeabilitat de la coberta de la llavor. El desenvolupament de la coberta de la llavor està determinada per factors de transcripció. Plantes mutants a diversos factors de transcripció involucrats al desenvolupament de la coberta de les llavors presenten una longevitat alterada. La sobreexpressió dels factors de transcripció AtHB25 i COG1 provoca que les llavors presenten una major longevitat degut a una deposició de polièsters lipídics incrementada. Aquestes barreres de polièsters lipídics son la cutícula, formada per cutina, i la suberina. Ambdues participen positivament la protecció de l'embrió enfront de l'entorn exterior. Estudis genòmics d'ambdós factors de transcripció han demostrat que AtHB25 directament regula a enzims biosintètics dels monòmers de suberina i cutina i COG1 regula enzims relacionats amb la polimerització de polièsters lipídics i lignines. La regulació en la que participa AtHB25 es molt important degut a l'alta conservació de les seqüències genòmiques i funcions de AtHB25 en angiospermes, i parteix estar involucrat en la resposta a baixes temperatures. Per altra banda, COG1, que està involucrat en la percepció de la llum, regula part del desenvolupament del integument extern mitjançant la regulació de AP2, un factor clau en l'establiment de la identitat de teixit de aquest integument de la coberta de la llavor, on es localitza la suberina. AtHB25 i COG1 estan involucrats en l'adaptació de la longevitat de la llavor per mitjan de senyals ambientals com la temperatura i la llum, respectivament, regulant la deposició de polièsters lipídics. / [EN] Seed longevity, or period that seeds remain viable, is important for biodiversity conservation, agriculture and economy. In addition, the study of this parameter could ease the knowledge about molecular mechanisms common to all organisms to prevent aging. One of the main strategies of seeds to reduce their aging consists to stop their metabolism, through drying. Other molecular mechanisms to avoid damages are the isolation from the environment with the seed coat, and the production of antioxidants and other molecules to avoid oxidative damage, one of the main seed aging causes. Repair mechanisms relieve part of the accumulated damage. The model plant Arabidopsis thaliana provides the opportunity to carry out genomic studies for the research of, in this case, seed longevity to discover determinant genetic factors and molecular mechanisms. This will serve to better understand seed deterioration processes and it will be key to increase seed longevity. Using natural genotyped varieties of Arabidopsis thaliana and a genome-wide association study (GWAS) followed by reverse genetic studies, 12 new genes related to seed longevity have been identified. They are related to embryo protection, oxidative damage control, and seed coat permeability. Seed coat development is determined by transcription factors. Mutant plants in some transcription factors involved in the seed coat development present altered seed longevity. The over-expression of the transcription factors AtHB25 and COG1 resulted in seeds with increased longevity due to an increased lipid polyester deposition. These lipid polyesters barriers are the cuticle, formed by cutin, and the suberin layer. Both participate positively in the embryo protection from the external environment. Genomic studies of both transcription factors have revealed that AtHB25 directly regulates biosynthetic enzymes of suberin and cutin monomers, and COG1 regulates the expression of enzymes related to the polymerization of lipid polyesters and lignin. The regulation involving AtHB25 is crucial due to the high conservation of genomic sequences and functions of AtHB25 in angiosperms, and it seems to be involved in the response to low temperatures. On the other hand, COG1, which is involved in light perception, regulates part of the development of the external integument through its regulation by AP2, a key factor in establishing the tissue identity of this seed coat integument, where suberin is located. AtHB25 and COG1 are involved in seed longevity adaptation through environmental signals such as temperature and light, respectively, regulating lipid polyesters deposition. / Agradezco a las instituciones públicas la inversión en investigación. Gracias a ella, los laboratorios, el personal y los distintos equipos se han podido financiar. Gaetano fue quien me ayudó enormemente conseguir la beca FPI del Ministerio de Economía y Competitividad BES-2015-072096, asociada al proyecto de investigación nacional BIO2014-52621-R-AR / Renard Meseguer, J. (2021). Identification of genes related to seed longevity in Arabidopsis thaliana using genomic molecular techniques [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/170554 / Compendio