Made available in DSpace on 2016-06-02T19:51:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5161.pdf: 1938552 bytes, checksum: b2b5480af19f77bfa88f8903ab2a1b7e (MD5) Previous issue date: 2013-03-19 / Financiadora de Estudos e Projetos / Beverage factories have been trying to improve production planning and control to increase competitive advantages and market shares. In order to achieve such goals, the industries attempted to improve the process of meeting demands, manufacture larger product variety in less time, use less resources and considering the factory´s operating limit. This work considers a production planning problem which lies in the factories which manufactures non-alcoholic beverages fruit. The research problem is the lotscheduling of drinks, characterized by: finite planning horizon, multi-period, multimachine, capacity constraints, setup time and cost, special machine constraints (the machines must be cleaned after certain production time). An optimization approach based on mathematical modeling is proposed, considering different scenarios and using optimization softwares. The proposed models are variations of mixed-integer programming models well-known in the literature, such as the GLSPPL (General Lot Sizing and Scheduling Problem for Parallel Production Lines) and CLSP (Capacitated lot sizing problem). However, instead of considering parallel machines, different arrangements of machines are considered to obtain better representation of the production processes. In order to validate the models, we proposed an approach involving a case study in a beverage factory in the state of São Paulo. The solutions obtained by the models were compared with those used in practice. The results show that the proposed approach has good potential for practical use. / As indústrias de bebidas tem buscado melhorar o planejamento e o controle da produção para obter vantagens competitivas e melhorar suas posições no mercado. Para isso, tem procurado atender melhor à demanda, produzir uma variedade maior de produtos em períodos de tempo mais curtos, utilizando menos recursos e respeitando a capacidade instalada. Neste projeto de mestrado, considera-se um problema de programação da produção em fábricas de bebidas não alcoólicas à base de frutas. A questão investigada consiste na otimização da programação e dimensionamento de lotes de produção de bebidas, tendo como características principais: horizonte de planejamento finito, multi períodos, múltiplas máquinas, restrições de capacidade de produção, tempo e custo de preparação de máquinas e condições especiais de preparação (limpezas obrigatórias após certo período de produção) e preparação de quatro horas independente da sequência de produção. Para a questão em estudo, foi proposta uma abordagem de otimização baseada no desenvolvimento de modelos de programação matemática e resolução dos modelos por meio de softwares de otimização, considerando vários cenários. Os modelos propostos são modificações de modelos de programação linear inteira mista bem conhecidos na literatura, tais como o GLSPPL (General Lot Sizing and Scheduling Problem for Parallel Production Lines) e o CLSP (Capacitated lot sizing problem). Porém, ao invés de se considerar múltiplas máquinas em paralelo, os modelos propostos exploram outras possíveis configurações de máquinas para representar melhor os processos de produção envolvidos. A abordagem proposta foi validada por meio de um estudo de caso em uma fábrica de bebidas no interior de São Paulo, em que as soluções obtidas pelos modelos foram comparadas com as práticas utilizadas pela empresa. Os resultados mostram que a abordagem proposta tem bom potencial de aplicação prática.

Submitted by ÉRICA ALVES SERRANO FREITAS null (ericaserrano@ibb.unesp.br) on 2017-01-09T12:02:55Z No. of bitstreams: 1 TESE Érica Alves Serrano.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-11T18:08:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 freitas_eas_dr_bot.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-11T18:08:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 freitas_eas_dr_bot.pdf: 10056165 bytes, checksum: a4b250d060ea74b9f61a8fe8636426d0 (MD5) Previous issue date: 2016-12-07 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B são componentes aparentemente dispensáveis encontrados nos genomas de inúmeras espécies, compostos basicamente de sequências repetitivas de DNA. Dentre uma variedade de questões a respeito destes elementos, a busca pelo conhecimento de sua origem tem sido amplamente estudada. Em peixes, a ocorrência destes cromossomos foi relatada em cerca de 60 espécies, incluindo espécies do gênero Characidium, no qual estes elementos aparentam não ter uma origem única. Com o objetivo de investigar a origem e conteúdo molecular dos cromossomos B em Characidium, nós analisamos duas espécies, Characidium gomesi e Characidium alipioi, portadoras de cromossomos B, utilizando a combinação de técnicas citogenéticas moleculares, análises de sequências e sequenciamento massivo. Nossos resultados mostraram que i) em ambas as espécies os Bs tiveram origem intraespecífica, no entanto, em C. alipioi se originaram de forma independente em relação aos Bs de outras duas espécies do gênero, assim, não compartilham os mesmos cromossomos ancestrais; ii) em C. gomesi as duas variantes compartilham DNA repetitivos, sendo cinco distribuídos nos cromossomos A, B e ZW, e um restrito aos cromossomos B e ZW, confirmando a origem dos Bs a partir dos cromossomos sexuais; iii) os supranumerários em C. alipioi provavelmente surgiram a partir do par de cromossomos autossômicos submetacêntrico 19; iv) Bs em C. alipioi se tornaram um cenário propício para acumulação de DNAs repetitivos após seu surgimento; e v) a histona H3 isolada dos cromossomos B e A de C. gomesi apresentou idêntica sequência de aminoácidos, e as taxas de dN/dS foram menores para aquelas provenientes do genoma B, sugerindo a ação de uma seleção positiva e possível transcrição das cópias no supranumerário. Os resultados obtidos reforçam a importância da integralização de abordagens cromossômicas e moleculares para compreender questões relacionadas à biologia evolutiva de cromossomos supranumerários, uma vez que, permitiram ampliar o conhecimento sobre a estrutura, composição e origem dos cromossomos B entre os representantes do gênero Characidium. Tais observações reforçam a proposição deste grupo de peixes como um modelo interessante de estudos sobre a origem e estrutura destes elementos genômicos, bem como das estratégias evolutivas apresentadas pelos cromossomos supranumerários nos peixes. / B chromosomes are apparently dispensable components found in the genomes of many species, mainly composed of repetitive DNA sequences. These elements have been reported in approximately 60 fish species, including the genus Characidium, in which these elements do not appear to have a single origin. In order to investigate the origin and molecular content of B chromosomes in Characidium, we analyzed two species bearing B chromosomes, Characidium gomesi and Characidium alipioi, using a combination of molecular cytogenetic techniques, DNA sequence analysis and massive sequencing. Our results showed that i) the B chromosomes of both species had an intraspecific origin, but from different chromosomes; ii) the two B-variants of C. gomesi share the same repetitive DNA sequences, five distributed on the elements of the A set, and on B and ZW chromosomes, and one restricted to B and ZW chromosomes, reforcing its origin from the sex chromosomes; iii) the supernumerary in C. alipioi probably arose from the chromosomes of the submetacentric pair 19; iv) B chromosomes in C. alipioi became a conducive setting for repetitive DNAs accumulation after its emergence; v) the sequence of H3 histone gene isolated from the chromosomes of the A set and B chromosomes of C. gomesi presented identical aminoacid sequences and the rates of dN/dS were lower for those from the B genome, suggesting the action of a positive selection and possible transcription of the supernumerary copies. The results reveals the importance of multiple approaches of chromosomal and molecular methods to understand issues related to evolutionary biology of supernumerary chromosomes, once allowed to increase knowledge about the structure, composition and origin of B chromosomes in representatives of the genus Characidium. These observations reinforce the proposition of this fish group as an interesting model for studies on the origin and structure of these genomic elements and the evolutionary strategies presented by supernumerary chromosomes in fish. / FAPESP: 2013/02143-3

Orientador: Ricardo de Oliveira Orsi / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram selecionar Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) associados à produção de mel e genes candidatos para esta característica. Foram selecionadas oito colmeias mais (APM) e dez menos (BPM) produtivas de um total de 50 colmeias, e avaliados seu comportamento higiênico e defensivo. Após sequenciado o DNA extraído das rainhas das colônias, SNPs foram associados à produção de mel e genes candidatos selecionados. Sondas Taqman foram testadas nas amostras, sendo selecionados dois SNPs e quatro genes candidatos para produção de mel. Foi calculada a probabilidade conjunta para a associação do genótipo e produção de mel, apresentando 0,9844 para genótipos em colônias com alta produção de mel quando presentes os dois SNPs descritos. Deste modo, a utilização dos dois SNPs para alta produção de mel poderá ser utilizada como ferramenta rápida e precisa em programas de melhoramento. / Doutor

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Resumo: A identificação de fatores de predisposição e a caracterização de fatores genéticos de risco para odesenvolvimento do câncer são essenciais para o diagnóstico, prognóstico e aconselhamento genéticodos pacientes afetados e seus familiares. Há uma alta incidência de pacientes que possuem carcinomasde mama (CM) e/ou carcinoma de tireoide (CT) e com história familial destes tumores, sugerindo oenvolvimento de gene(s) associado(s) com a predisposição hereditária ao câncer. O objetivo destetrabalho foi investigar a presença de genes de predisposição ao desenvolvimento de CM e CT pormeio do sequenciamento total do exoma, em pacientes que sejam afetados por pelo menos um destestumores e possuam história familial de câncer. Foram incluídas seis pacientes que apresentavam CM,12 com CT e seis com ambos os tumores, todos com história destes tumores em suas famílias. O DNAde sangue periférico foi sequenciado pela plataforma HiSeq 1000 (Illumina). Após análise debioinformática foram identificadas alterações em genes de alta e baixa penetrância comuns e raras. Asalterações raras destes genes foram consideradas como patogênicas quando presentes em pelo menostrês bancos de dados e em até dois indivíduos. A paciente 14 teve diagnóstico de síndrome de Cowdenconfirmado pela presença da mutação p.R233X no gene PTEN. Também foram investigadas outrasalterações em novos genes o que resultou em 911 SNVs (single nucleotide variations), sendo 287 não-sinônimas e 50 alteraç... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The identification of predisposing genes and characterization of genetic risk factors for cancer development are essential for the diagnosis, prognosis and genetic counseling of affected patients and their families. A significant number of patients with breast (BC) and papillary thyroid carcinomas (TC) and family history of these tumors suggest the involvement a hereditary cancer predisposition gene. The aim of this study was to evaluate new predisposing genes related to BC and TC by whole exome sequencing, in patients who are affected by at least one of these tumors and have cancer family history. Six patients with CM, 12 with CT and six with both tumors were included in the study, all of them with family history of these tumors. DNA from peripheral blood sample was sequenced by HiSeq 1000 platform (Illumina). After the bioinformatics analysis, variations in high and lowpenetrance genes were identified; most of them were considered common according to 1000 Genomes and 6500 Exomes. Furthermore, rare variations were described in these genes, which were considered pathogenic in at least three databases and observed in up to two patients. Patient 14 presented the p.R233X mutation in PTEN confirming the diagnosis of Cowden Syndrome. Other genes were investigated in order to characterize new variations related to the phenotype studied. This analysis resulted in 911 SNVs (single nucleotide variations), 287 non-synonymous alterations and 50 rare pathogenic variations (detected in at... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Dengue é uma doença viral que atinge vários países, infectando milhares de pessoas anualmente. Sua transmissão ocorre pelo repasto sanguíneo feito pelas fêmeas dos mosquitos Aedes sp. infectadas e seus sintomas tem um amplo espectro de variação, que vão desde quadros assintomáticos até quadros graves com hipovolemia, podendo levar a óbito. A necessidade de adaptação do vírus a sistemas tão distintos (inseto e mamífero) restringe o espectro de variabilidade que o mesmo pode adquirir, permitindo que o vírus se adapte a ambos os hospedeiros com eficiência replicativa semelhante. Estudos com outros flavivírus já mostraram que a aquisição de variabilidade ocorre de maneiras distintas no hospedeiro mamífero e no inseto vetor, permitindo ao vírus máxima adaptação nas células infectadas. Levando em consideração estes estudos, este trabalho investigou a adaptação de duas cepas do vírus da dengue, a ACS-46, não neurovirulenta para camundongos adultos e a cepa JHA, neurovirulenta para camundongos adultos. O estudo foi feito utilizando cultura de células de mosquito (C6/36), cultura de células de mamífero (HepG2) e infecção em cérebro de camundongos neonatos. Utilizando sequenciamento de nova geração, foi possível verificar as mutações adquiridas ao longo de passagens em cada sistema de cultura. Foram realizadas 20 passagens seriadas em célula C6/36 e seis passagens alternadas entre C6/36 e HepG2. Os vírus obtidos na décima sexta e vigésima passagens do modelo seriado e na quarta e sexta passagens do modelo alternado foram completamente sequenciados utilizando a plataforma de sequenciamento em larga escala Ion Torrent. A análise das sequências revelou duas populações virais claramente distintas, já observadas a partir de décima sexta passagem, identificadas através da deleção de dois códons no sítio de glicosilação do domínio I da proteína de Envelope. Essa deleção induziu aumento na fusão do vírus à célula de mosquito, visto que a partir dessa passagem houve aumento no efeito citopático do vírus e na carga viral produzida durante infecções em células de mosquito. Contudo, essa mutação teve um perfil deletério em células humanas, fato deduzido pelo total desaparecimento da população com a deleção durante as passagens alternadas. Além desta deleção, foram detectadas sete mutações não sinônimas em região de proteínas não estruturais com porcentagens muito próximas, sugerindo que as mesmas fazem parte de uma mesma população. A cepa JHA teve seu caráter neurovirulento perdido após 29 passagens em C6/36, porém rapidamente recuperado após uma única passagem em cérebro de camundongo neonato. O sequenciamento dos vírus dessas passagens mostrou certa variabilidade em sítios distintos entre as variantes do vírus parental, vírus não neurovirulento e vírus neurovirulento passado em camundongo. Esse resultado indicou que aparentemente, não há sítios específicos determinantes de neurovirulência em DENV2, ao menos no nosso modelo, mas sim, um conjunto de mutações podem levar ao fenótipo neurovirulento, a depender das condições as quais o vírus é exposto. / Dengue is a viral disease that affects several countries, infecting thousands of people annually. It is transmitted by blood meal of the female Aedes sp mosquitoes infected. Symptoms have a wide range of variation, ranging from asymptomatic to severe symptoms, including hypovolemia and death. The need for adaptation in such distinct systems (insect and mammalian) restricts the variability that the viruses can acquire, allowing them to adapt to both hosts with similar replicative efficiency. Studies performed with other flaviviruses have shown that acquisition of variability occurs differently between the mammalian host and the insect vector, allowing the virus to adaptat in both systems. Therefore, this study investigated the adaptation of two strains of dengue virus, the ACS-46, not neurovirulent for adult mice and JHA strain, which is neurovirulent for adult mice. The study was done using mosquito cells culture (C6/36), mammalian cells (HepG2) and in vivo infection in newborn mouse brain. Using next-generation sequencing, we analyzed the mutations acquired over passages in each culture system. Twenty serial passages were conducted in C6/36 cells and six alternate passages between C6/36 and HepG2. Viruses obtained in the sixteenth and twenty passages from the serial experiment and the fourth and sixth passages from alternate model were completely sequenced using the next generation sequencing platform Ion Torrent. Sequence analysis revealed two clearly distinct viral populations observed from the sixteenth passage identified by deletion of two codons in the glycosylation site in the envelope protein domain I. This deletion led to increased fusion of the virus to mosquito cell, since the cytopathic effect increased from this passage to next as well as the viral load. However, this mutation had a deleterious profile in human cells since the mutated population was vanished during the alternate passages. It was also identified seven non-synonymous mutations in the region of nonstructural proteins with very similar percentages, suggesting that they belong to the same population. JHA strain lost the neurovirulent characteristic after 29 passages in C6/36, but quickly recovered it after a single passage in newborn mouse brain. The sequencing of the virus of these passages showed some variability in different sites among the parental virus, not neurovirulent viruses and neurovirulent virus after the single passage in mice. These data indicated that apparently there is no specific determinants of neurovirulence in DENV2, at least in our model, but rather a set of mutations can lead to neurovirulent phenotype, depending on the conditions in which the virus is exposed.

CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / The study deals with the problems of Production Scheduling in Flow Shop environment with multiple machines in the production stages, where the setup time is not inserted in the processing time of the operations. May be a production system in which the setup depends on whether or not the sequence of tasks, where tasks are performed without interruption between successive operations, also called production system no-wait. Being proposed in this work, twenty methods of heuristic solutions defined by Priority Rules, which provide an ordering of the tasks to be followed in its programming, which is done each task, successively. Twenty of these proposed heuristics, seven were implemented for the case of set operations independent of the sequence of tasks, and thirteen dependent heuristics tested for setup. To perform the computational experience we developed a specific software. For evaluation of the software generated a set of thirty-six thousand test-problems that are differentiated according to the number of tasks (n), number of production stages (g), levels of flexibility (f) and time intervals of setup (s). Following the result of these problems-tests are evaluated by some statistical measures. / O estudo trata dos problemas de ProgramaÃÃo da ProduÃÃo em ambiente Flow Shop com mÃquinas mÃltiplas nos estÃgios de produÃÃo, nos quais o tempo de setup nÃo està inserido no tempo de processamento das operaÃÃes. Podendo ser um sistema produtivo em que o setup depende ou nÃo da sequÃncia das tarefas, nos quais as tarefas sÃo realizadas sem interrupÃÃo entre operaÃÃes sucessivas, tambÃm chamado sistema de produÃÃo no-wait. Sendo proposto neste trabalho, vinte mÃtodos de soluÃÃes heurÃsticas definidos por Regras de Prioridade, as quais fornecem uma ordenaÃÃo das tarefas a ser seguida na sua programaÃÃo, que à feita tarefa por tarefa, sucessivamente. Destas vinte heurÃsticas propostas, sete foram implementadas para o caso de setupindependente da sequÃncia de operaÃÃes das tarefas, e treze heurÃsticas testadas para setup dependente. Para a realizaÃÃo da experimentaÃÃo computacional foi desenvolvido um software especÃfico. Para avaliaÃÃo do software foi gerado um conjunto de trinta e dois mil problemas-teste que sÃo diferenciados em funÃÃo do nÃmero de tarefas (n), nÃmero de estÃgios de produÃÃo (g), nÃveis de flexibilidade (f) e intervalos de tempo de setup (s). Na sequÃncia o resultado destes problemas-testes sÃo avaliados por algumas medidas estatÃsticas.

Orientador: Akebo Yamakami / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-21T22:57:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Romero_PedroReumay_D.pdf: 28889216 bytes, checksum: 68552bf6c60166542203ea3ee686b940 (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: Neste trabalho definem-se características de programação horária de peças, e sua solução, como problema de otimização combinatorial. É proposto um modelo formal para sua representação em uma célula flexível de manufatura com base na teoria de programação matemática, onde é modelado como um problema de programação linear inteira misto com o objetivo de minimizar o tempo total de processamento. Apresenta-se também, as idéias básicas da teoria de conjuntos nebulosos e sua contribuição ao desenvolvimento de modelos de tomada de decisão. Obtém-se soluções aproximadas do problema usando a lógica nebulosa e a programação linear nebulosa ... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: In this work, the workpieces scheduling problem is characterized and modeled as a combination optimization problem. A formal model for flexible manufacturing cell is presented, based on the mathematical programminf theory: a mixed integer programming model minimizing the total processing time. The basic concepts of fuzzy logic and fuzzy numbers and sets is roughly presented and their contributions to the decision making models development are enfatized, using fuzzy logic and fuzzy linear programming ... Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Doutor em Engenharia Elétrica

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-05-04T17:52:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lanusse Andrade Fernandes - 2015.pdf: 1698917 bytes, checksum: b237e0d0c80dfe44acee928225ef0aa4 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-05T12:45:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lanusse Andrade Fernandes - 2015.pdf: 1698917 bytes, checksum: b237e0d0c80dfe44acee928225ef0aa4 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-05T12:45:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lanusse Andrade Fernandes - 2015.pdf: 1698917 bytes, checksum: b237e0d0c80dfe44acee928225ef0aa4 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) Previous issue date: 2015-06-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Handroanthus impetiginosus, known as ipê roxo, is a species present in several Brazilian biomes, with ecological and economic importance. The species has suffered strong exploration thanks to the quality of its wood. Despite of its ecological importance, economic value and medicinal potential, there is virtually no genomic study published with this species. This work aimed to take advantage of the large sequencing capacity of next generation platforms to generate, assemble and functional annotate the sequences of the entire transcriptome of H. impetiginosus. Seeds were collected from two trees on the Campus II of the Universidade Federal de Goiás. The seeds were germinated, their aerial tissues collected and the RNA extracted and sent to the University of Illinois to be sequenced on the HiSeq 2500 platform (Illumina). A total of 148,359,530 sequencing reads were generated. The adapters and low-quality sequences were removed. Contaminating sequences were detected and eliminated, and the remaining sequences were normalized. Sequences were then assembled, annotated and polymorphisms were detected. A total of 190,885 scaffolds were assembled from 23,002 genes. Mimulus guttatus was the species with the most Blast best hit against the sequences of H. impetiginosus. Of all the Gene Ontology (GO) annotated sequences, the majority had categories for Biological Process (50.94%), followed by Cellular Component (28.34%) and Molecular Function (20.72%). The most frequent GO categories related to Biological Process were metabolic and cellular processes, while in Cell Components the most frequent were cell and organelles. Catalytic activity and binding of ions and molecules were the most frequent annotated categories of Molecular Function. As the sequences were generated from a pool of RNA from four plants, 25,169 InDels and 278,121 SNPs were identified. As expected, InDels are depleted in coding regions (CDS) when compared to SNPs. These results will be important for future studies with an interest in gene expression of the species. Furthermore, the possible SNPs identified can facilitate genetic studies and genomic H. impetiginosus populations. / Handroanthus impetiginosus, conhecida como ipê-roxo, é uma espécie presente em vários biomas brasileiros, tendo importância ecológica e econômica. O ipê-roxo vem sofrendo forte exploração graças à qualidade de sua madeira. Apesar de sua importância ecológica, seu valor econômico e de seu potencial medicinal, inexistem estudos genômicos publicados com esta espécie. Assim, este trabalho teve como objetivo principal aproveitar a grande capacidade de sequenciamento das plataformas de nova geração para gerar, montar e fazer anotação funcional da sequência do transcritoma de Handroanthus impetiginosus. Foram coletadas sementes de duas árvores matrizes de H. impetiginosus dispersas pelo Campus II da Universidade Federal de Goiás. As sementes foram germinadas, seus tecidos aéreos coletados e o RNA foi extraído e enviado à Universidade de Illinois para ser sequenciado na plataforma HiSeq 2500 da Illumina. Foi gerado um total de 148.359.530 sequências. Os adaptadores e as sequências de baixa qualidade foram removidos. Em seguida, possíveis sequências contaminantes foram detectadas e eliminadas, e as sequências restantes foram normalizadas. Ao final da normalização, as sequências foram montadas, anotadas e os polimorfismos detectados. Foram montados 190.885 transcritos (scaffolds), totalizando 23.002 genes. Mimulus guttatus, popularmente conhecida como flor de macaco, foi a espécie com maior número de sequências mais similares às de Handroanthus impetiginosus. De todas as sequências anotadas com categorias GO (Gene Ontology) a maioria teve anotações para Processo Biológico (50.94%), seguido de Componente Celular (28.34%) e Função Molecular (20.72%). As sequências mais frequentes relacionadas à Processo biológico estão ligadas a processos metabólicos e celulares, em Componentes Celulares as sequências mais frequentes estão ligadas a célula e a organelas. Já em Função Molecular as sequências mais frequentes estão relacionadas a atividade catalítica e ligação de íons e moléculas. Como as sequências foram geradas a partir de amostras de RNA de quatro plantas, 25.169 InDels e 278.121 SNPs foram identificados. Como esperado, os InDels são significativamente mais deplecionados em regiões codantes (CDS) que os SNPs.Estes resultados serão importantes para futuros estudos com interesse na expressão gênica da espécie. Além disso, os possíveis SNPs identificados poderão facilitar estudos de genética e genômica de populações para H. impetiginosus.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-22T13:58:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-08-22T13:58:39Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-22T13:58:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Andrea_Felix_Listik.pdf: 2574585 bytes, checksum: 5205a9fa5870bce4ba7a6ce4600cf4d8 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Chromobacterium violaceum is a Gram-negative bacteria belonging to the Neisseriaceae family often found in soil and water in tropical and subtropical regions. The biotechnological potential of C. violaceum, due to its peculiar characteristics, led to his choice to be the first bacteria to have its genome sequenced by Brazilian Genome Consortium (MCT / CNPq). A previous study (Vale, R., 2005) identified extra chromosomal DNA molecules in C. violaceum CVT2 samples isolated in fresh waters from Negro in which so far had not been identified C. violaceum bacterial species in this region. Plasmids from C. violaceum CVT2 sample was sequenced by pyrosequencing and analysis " in silico " revealed sequences (contig) that could correspond to three natural plasmids pCVT2.1 , pCVT2.2 and pCVT2.3 so called . The contig 1 (pCVT2.1) with the size of 26.206pb and 84% similarity to plasmid pIJB1 the contig 2 (pCVT2.2) with the size of 7.440pb and 92% similarity to plasmid pRSB105 and contig 4 (pCVT2.3) size of 3062pb and 82% similarity to plasmid pHLHK19. The result of the sequences annotation of these three contigs showed a total of 23 ORFs, being distributed as follows: 18 ORFs located in the plasmid pCVT2.1 7 pCVT2.2 the ORFs, and ORF in plasmid pCVT2.3 1. Research suggests that replication of plasmids and pCVT2.2 pCVT2.3 require a Rep protein and its possible origins of replication with sequences 511and 383pb, respectively, located upstream from the gene Rep. / A Chromobacterium violaceum é uma bactéria Gram-negativa pertencente à família Neisseriaceae, frequentemente encontrada no solo e na água, em regiões tropicais e subtropicais. O potencial biotecnológico da C. violaceum, devido suas características peculiares, levaram a sua escolha para ser a primeira bactéria a ter seu genoma sequenciado pelo Projeto Genoma Brasileiro (MCT/CNPq). Um estudo desenvolvido por do Vale, R. (2005) identificou moléculas de DNA extracromossomais na amostra CVT2 de C. violaceum isolada nas águas doces da região do Baixo Rio Negro que até então, não tinham sido identificadas nessa espécie bacteriana. Neste estudo foi realizado o sequenciamento dos plasmídeos naturais de C. violaceum CVT2 bem como, a análise das sequências obtidas. A fração de DNA plasmidial de C. violaceum amostra CVT2 foi sequenciada por pirosequenciamento e a análise “in sílico” revelou três contigs que poderiam corresponder a três plasmídeos naturais que foram denominados pCVT2.1, pCVT2.2 e pCVT2.3. O contig 1 (pCVT2.1) com o tamanho de 26.206pb e identidade de 84% ao plasmídeo pIJB1, o contig 2 (pCVT2.2) com o tamanho de 7.440pb e similaridade de 92% ao plasmídeo pRSB105 e o contig 4 (pCVT2.3) com o tamanho de 3062pb e similaridade de 82% ao plasmídeo pHLHK19. O resultado da anotação das sequências desses 3 contigs mostrou um total de 23 ORFs, sendo distribuídas da seguinte maneira: 18 ORFs localizadas no plasmídeo pCVT2.1, 7 ORFs no pCVT2.2 e, 1 ORF no plasmídeo pCVT2.3. A investigação sugere que a replicação dos plasmídeos pCVT2.2 e pCVT2.3 requerem uma proteína Rep e suas prováveis origens de replicação, com sequências de 511pb e 383, respectivamente, localizadas a montante do gene da proteína Rep.

Objetivos: Analisar por meio da técnica de sequenciamento direto a presença de alterações moleculares nos genes SHH, SIX3, ZIC2 e TGIF1 em indivíduos com diagnóstico clínico de HPE. Analisar por meio da técnica de CGH-array a presença de alterações moleculares em indivíduos com diagnóstico clínico de HPE previamente submetidos à análise por sequenciamento direto. Local: Laboratório de Genética e Citogenética Humana HRAC/USP, Bauru-SP. Casuística e metodologia: Foram selecionados 50 indivíduos, de ambos os sexos com idades entre 03 meses a 50 anos com diagnóstico clínico para HPE. Todos foram analisados por meio da técnica de sequenciamento direto para os genes SHH e TGIF1 completamente e para os genes ZIC2 e SIX3 parcialmente. Dentre os indivíduos que não apresentaram alterações na técnica de sequenciamento oito indivíduos com fenótipo mais grave foram selecionados para a análise por CGH-array. Resultados e discussão: Foram analisados 50 indivíduos por meio da técnica de sequenciamento direto dos gene SHH e TGIF1, foram encontradas duas variantes patogênicas na análise do gene SHH, no caso 1 a variante p.24G>P foi identificada, e no caso 2 foi identificada a variante c.1031del C. No gene TGIF1 foram encontrados cinco polimorfismos já descritos na literatura. Foi identificada uma nova variante silenciosa no éxon 1 do gene ZIC2 p.Q46Q (c. 431 G>A) e um polimorfismo já descrito na literatura em dois indivíduos no gene SIX3. A análise por CGH-array revelou a presença de uma microdeleção no caso 37, de 1,5Mb no cromossomo 17p12 entre as posições genômicas 14,052,279-15,102,307. A mesma deleção foi encontrada na mãe, sendo que esta região nunca foi associada a HPE. Conclusão: A técnica de sequenciamento direto é uma ferramenta muito importante no diagnóstico molecular da HPE, a padronização do sequenciamento direto para os genes ZIC2 e SIX3 poderá auxiliar em diagnósticos mais precisos em estudos futuros dentro do HRAC/USP. O emprego de novas técnicas como CGH-array pode indicar novas relações entre regiões cromossômicas e os múltiplos fatores envolvidos na formação da HPE. / Objective: Analyze through direct sequencing technique the presence of molecular changes on the genes SHH, SIX3, ZIC2 and TGIF1 on individuals with clinical diagnosis of HPE. Analyze through array-CGH technique the presence of molecular changes on individuals with clinical diagnosis of HPE previously submitted to the direct sequencing analyzes. Local: Genetics and Human Cytogenetics Laboratory, HRAC/USP, Bauru-SP. Methods: Were selected 50 individuals from both genders with ages between 03 months and 50 years clinically diagnosed with HPE. Everyone was analyzed through the direct sequencing technique for the genes SHH and TGIF1 completely and for the genes ZIC2 and SIX3 partially. From those individuals which did not have shown changes on the direct sequencing technique, eight individuals with more severe phenotype were selected to the analysis through array-CGH. Results an Discussion: Were analyzed 50 individuals through the technique of direct sequencing of the genes SHH and TGIF1, were found two pathogenic variants in the analysis of SHH gene, in the case 1, the variant p.G24P was identified, and in the case 2 was identified the variant c.1031delC. On the TGIF1 gene were found five polymorphisms already described on the literature. Was identified a new silent variant on the exon 1 of the ZIC2 gene p. Q46Q(c.431G>A) and a polymorphism already described in the literature in two individuals on the gene SIX3. The analysis through array-CGH revealed the presence of one microdeletion in the case 37, of 1,5 Mb on the region 17p12 between the genomic positions 14,052,279-15,102,307. The same deletion was detected in the mother, though this region was never associated to the HPE. Conclusion: The direct sequencing technique is a very important tool for the molecular diagnosis of the HPE, and the direct sequencing standardization for the genes ZIC2 and SIX3 might help in more precise diagnostics on HRAC/USP future studies. The employ of new techniques such as array-CGH may indicate new relations between chromosomal regions and the multiple hit involved in the development of HPE.