Current patterns of faunal diversity, geographic distribution, phylogenetic relationships and biogeography constitute a tool for understanding the evolutionary history of taxa. The boundaries of these taxa and their phylogenetic relationships reveal speciation events and therefore allow us to raise general hypotheses about the diversification of a particular group. Into the Oryzomyini, one of the most diverse tribe of Sigmodontinae subfamily, we can found the genus Hylaeamys. Currently seven species were described to that genus: H. acritus, H. seuanezi, H. megacephalus, H. oniscus, H. perenensis, H. tatei and H. yunganus. These species are distributed throughout the tropical and subtropical evergreen cis-andinean forests, from sea level to an altitude of 1500 meters, from Venezuela and Guyana, through the Amazon and the Atlantic Forest, to the north of Paraguay. The distribution of taxa within the genus were confusing and phylogenetic relationships among these species have been little explored, as well as the positioning of the genus within the clade B of Oryzomyini tribe and consequently his sister group. So my proposal was to reassess the species currently described through morphometric and molecular data to better explore the diversity within the genus, and the relations within the genus Hylaeamys and clade where it is inserted. My results showed a greater diversity than the currently described. Morphometric analysis could be helpful in the delimitation of taxa, however did not translate all the phylogenetic diversity found within the genus, witch may present cryptic species. The genus is monophiletic and a new species of Hylaeamys related to H. yunganus populations, from eastern South America was recognized. The results, also highlighted a geographical structure present within H. megacephalus, so, samples from north of the Rio Amazonas showed to be genetically distinct to those samples in southern of Rio Amazon. But this pattern was not observed in morphometric analysis. The species of the Atlantic Forest were closer to the western amazonian species. Hylaeamys showed as a sister group of a clade containing Cis and Trans Andean genera: Oecomys, Euryoryzomys and Transandinomys, indicating that the dispersion for trans-Andean areas occurred after the diversification of the Forest clade in South America. / Padrões faunísticos atuais de diversidade, distribuição geográfica, relações filogenéticas e biogeográficas constituem uma ferramenta para a compreensão da história evolutiva dos táxons. As delimitações destes táxons e suas respectivas relações filogenéticas nos revelam eventos de especiação e consequentemente nos permitem levantar hipóteses gerais de diversificação de um determinado grupo. O gênero Hylaeamys está inserido na tribo Oryzomyini, a mais diversa da subfamília Sigmodontinae. Possui atualmente sete espécies descritas: H. acritus, H. laticeps, H. megacephalus, H. oniscus, H. perenensis, H. tatei, e H. yunganus. Estas espécies se distribuem pelas florestas tropicais e subtropicais sempre verdes cisandinas, do nível do mar até uma altitude de 1500 metros, desde a Venezuela e as Guianas, passando pela Amazônia e pela Floresta Atlântica, até o norte do Paraguai. A distribuição dos táxons dentro do gênero eram confusas e as relações filogenéticas entre estas espécies, também, foram pouco exploradas, assim como o posicionamento do gênero dentro do clado B da tribo Oryzomyini e consequentemente seu grupo irmão. Portanto, minha proposta foi reavaliar as espécies atualmente descritas abordando de forma integrativa os dados morfométricos e moleculares para melhor explorar a diversidade dentro do gênero, assim como as relações de parentesco dentro do gênero Hylaeamys e do clado onde este se encontra inserido. Como resultado, obtive uma diversidade maior do que a descrita atualmente. Análises morfométricas puderam auxiliar na delimitação dos taxa, porem não traduziu toda a diversidade filogenética encontrada dentro do gênero, podendo o gênero apresentar espécies cripticas. O gênero se mostrou monofilético e uma nova espécie de Hylaeamys, relacionada às populações de H. yunganus do leste da América do Sul foi reconhecida, assim como, ficou evidente a estruturação geográfica presente dentro da espécie H. megacephalus, onde as amostras ao norte do Rio Amazonas se mostraram geneticamente distintas das amostras ao sol do Rio Amazonas. Porém nas análises morfométricas não foi observado esse padrão. As espécies da Floresta Atlântica se mostraram filogeneticamente mais próximas das espécies do oeste Amazônico. Hylaeamys se mostrou groupo irmão de um clado contendo gêneros Cis e Trans- Andinos, sendo eles, Oecomys, Euryoryzomys e Transandinomys, indicando que a dispersão para áreas trans-andinas se deu após a diversificação do gênero na América do Sul.

A placenta é encontrada apenas em mamíferos, e é resultado do sucesso da implantação do blastocisto no útero, representando um órgão funcional de trocas materno-fetais, sendo também um importante órgão endócrino. Na família Cricetidae e Subfamília Sigmodontinae englobam os ratos e camundongos da América do Sul. Devido à semelhança entre a morfologia da placenta e o processo de placentação dos roedores com a placenta humana, estes animais representam um interessante modelo para estudos relacionados à placentação. O objetivo deste estudo foi descrever a morfologia da placenta e a placentação em 5 espécies de sigmodontes (Necromys lasiurus, Oryzomys subflavus, Oryzomys sp., Oryzomys megacephalus e Oligoryzomys sp.). Nas análises macroscópicas constatou-se que a placenta desse grupo apresenta um formato discóide, sendo classificada como zonária discoidal. Na microscopia observou-se que a placenta é do tipo corioalantóidea, labiríntica, hemocorial, com zonas de espongiotrofoblasto e uma região de decídua materna. A placenta vitelina é vilosa, completamente invertida e persistia até o final da gestação. Somente em Oryzomys subflavus foi observada na placenta vitelina uma intensa atividade hemofágica, evidenciada pela técnica de Tricrômo de Masson. A barreira placentária nas espécies Necromys lasiurus e Oryzomys sp. é do tipo hemotricorial, existindo três camadas trofoblásticas adjuntas ao endotélio do capilar fetal separando os sistemas sanguíneos materno e fetal. As células trofoblásticas gigantes foram observadas em diferentes regiões da placenta. Em todas as espécies as células deciduais foram positivas para reação histoquímica de ácido periódico de Schiff (P.A.S.). / Placenta is found only in mammals and it is result of the success of blastocyst implantation in the uterus, representing a functional organ to maternal-fetal exchanges and it is also an important endocrine organ. The Family Cricetidae and Subfamily Sigmodontinae include the rats and mice from South America. Due to the similarity of both the placenta morphology and the placentation between rodents and human, these animals represent an interesting model for studies related to the placenta and placentation. The aim of this research was to describe the placenta morphology and placentation in 5 species of sigmodonts (Necromys lasiurus, Oryzomys subflavus, Oryzomys sp., Oryzomys megacephalus Oryzomys sp. and Oligoryzomys sp.). In the macroscopic analysis the placenta shows a discoid shape, it is classified as discoid type. The microscopy results showed the placenta is chorioallantoic, labyrinth, hemochorial, with areas of spongio zone and a region of maternal decidua. The yolk sac placenta is villous, completely inverted and persisted until the end of pregnancy. Only in Oryzomys subflavus was observed in the yolk sac placenta an intense hemophagous activity, evidenced by the Masson\'s trichrome stain. The placental barrier in Necromys lasiurus and Oryzomys sp. is of the hemotrichorial type, composed by three trophoblast layers more the fetal capillary endothelium to separate the maternal and fetal blood systems. The trophoblast giant cells were observed in different regions of the placenta. In all species the decidual cells were positive to histochemical reaction using periodic acid-Schiff (PAS).

La tribu Abrotrichini (Rodentia, Cricetidae) es uno de los clados de Sigmodontinae más recientemente diagnosticados. Su distribución es fundamentalmente andino-patagónica, con mayor diversidad de especies en el sur de Argentina y Chile. En esta tesis se evaluaron las relaciones filogenéticas entre sus integrantes, utilizando 21 taxones terminales (20 vivientes y uno fósil) y un grupo externo (Wiedomys). Se realizó un análisis cladístico a través de búsquedas exactas y heurísticas de 99 caracteres morfológicos (16 del tegumento, 42 craneanos, 29 dentarios, 4 postcraneanos, 7 sexuales masculinos y 1 del aparato digestivo) y dos marcadores moleculares (uno mitocondrial [citocromo b; 746 pares de bases] y otro nuclear [IRBP, proteína intersticial de unión al retinol; 1137 pb]). Los datos fueron considerados por separado y en conjunto, bajo pesos iguales e implicados. En todos los casos se recuperó una división mayor entre un clado de formas cursoriales-escansoriales (Abrothrix) y otro de formas semifosoriales a fosoriales (Chelemys, Geoxus, Notiomys, Pearsonomys). El análisis cladístico corroboró la monofilia de Abrothrix, aunque a juzgar por el grado de diferenciación morfológica entre grupos de especies queda abierta la posibilidad de que este taxón pueda escindirse en al menos cuatro entidades de nivel genérico. Dentro del clado de formas fosoriales, las dos especies reconocidas para Chelemys no formaron un grupo monofilético y se confirmó la parafilia de Geoxus con respecto a Pearsonomys. Para ajustar el esquema clasificatorio con la hipótesis filogenética presentada en esta tesis se describe un género nuevo para contener a “Chelemys” macronyx y se incluye a Pearsonomys en la sinonimia de Geoxus. Se ofrecen diagnosis enmendadas para todos los géneros de Abrotrichini, aclarando los límites y contenidos de cada uno. En una segunda instancia, se estudió la taxonomía alfa de Abrothrix longipilis, uno de los abrotriquinos más ampliamente distribuidos en Argentina y Chile. Se realizó un análisis morfológico cualitativo (seis caracteres discretos) y cuantitativo (18 medidas cráneo-dentarias) de 471 especímenes, agrupados primero según un criterio geográfico y luego según su pertenencia a los clados definidos por un estudio filogeográfico previo. Los análisis multivariados (análisis de componentes principales, análisis discriminantes “libres de tamaño”) indican que en su actual concepción, A. longipilis es un complejo que incluye por lo menos dos especies, A. longipilis s.s. (restringida al centro de Chile) y A. hirta (sur de Chile y sudoeste de Argentina). Las poblaciones de A. hirta mostraron una correspondencia moderada entre los patrones filogeográficos y de variación fenotípica. Preliminarmente, puede considerarse que el tamaño en A. hirta se vincula más estrechamente con las características del ambiente (con los individuos más grandes en áreas boscosas, de mayor productividad primaria y los más pequeños en ambientes áridos, de menor productividad) antes que con su pertenencia a los distintos clados. En este escenario, la divergencia morfológica podría estar mayormente determinada por la selección diferencial a lo largo de un gradiente ambiental extremo y sería independiente de la cantidad de flujo génico (modelo de divergencia con flujo génico). Finalmente, se revisaron las formas fósiles Plio-Pleistocénicas de Abrothrix, incluyendo Akodon (Abrothrix) kermacki, A. (Ab.) magnus y aff. Abrothrix. El estudio de la morfología dentaria permitió referir los dos primeros taxones, recuperados de sedimentos pliocénicos del sudeste de la provincia de Buenos Aires, a la tribu Akodontini. El análisis cladístico sugiere que el fósil identificado como aff. Abrothrix del Plioceno-Pleistoceno de la provincia de Jujuy corresponde a una nueva especie que se vincula con A. jelski, que habita actualmente en la misma región. Bajo esta hipótesis taxonómica no habría registros extra-limitales para el género Abrothrix, tal como se infería de esquemas previos. Como corolario, se remarca la importancia de combinar evidencias morfológicas y genéticas, tanto para resolver interrogantes a nivel taxonómico como así también para lograr un esquema clasificatorio refinado a nivel de las especies fósiles por sus profundas implicaciones en la biogeografía histórica y evolución de estos roedores.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-12T15:24:35Z No. of bitstreams: 1 840581.pdf: 10062317 bytes, checksum: 982751f91db393d92c977f4fd2702872 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-12T15:24:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 840581.pdf: 10062317 bytes, checksum: 982751f91db393d92c977f4fd2702872 (MD5) Previous issue date: 2003-02-28 / Baseada na premissa de que o esqueleto desempenha um papel funcional fundamental e apresenta suficiente plasticidade para responder às diferentes demandas dos habitats disponíveis e ocupados, foram realizadas análises visando avaliar as possíveis relações entre a morfologia da escápula e do úmero de 7 gêneros de sigmodontíneos (Bolomys, Calomys, Nectomys, Oecomys, Olígoryzomys, Oryzomys e Rhipidomys) da família Muridae e as estratégias de uso dos habitats. Um total de vinte e oito dimensões da escápula e sete dimensões do úmero foi analisado. A avaliação do significado dos caracteres utilizados no reconhecimento dos grupos de hábitos locomotores foi feita através da Análise da Função Discriminante. As percentagens de acertos dos grupos atribuídos evidenciaram que as formas de uso dos habitats podem ser identificadas com relativa segurança e que seu design pode ser considerado como envolvido na mecânica da locomoção e utilização dos habitats. A disposição dos diferentes grupos no espaço morfológico evidenciou três extremos de variação para a escápula: formas arborícolas, escansoriais e semiaquáticas. As formas arborícolas são caracterizadas por escápulas amplas e com área de articulação com o úmero robusta. A espinha da escápula é relativamente alta e o acrômio largo. As formas escansoriais são caracterizadas por escápulas estreitas, processo coracóide robusto e espinha escapular relativamente baixa. As formas semi-aquáticas são caracterizadas por grandes dimensões para a escápula o que possivelmente reflete a importância dessa para organismos aquáticos quando comparados aos seus correspondentes terrestres. A disposição dos diferentes grupos no espaço morfológico evidenciou dois extremos de variação para o úmero, representados pelas formas arborícolas e escansoriais. As formas arborícolas são caracterizadas por um úmero longo, com as áreas de articulação robustas. As formas escansoriais apresentam um úmero delicado que reflete suas pequenas dimensões. Sugere-se que essas representem um elemento facilitador da utilização de diversos estratos da vegetação com uma mecânica similar à utilizada no solo. / The skeleton plays a fundamental functional role in the survival of the species and presents plasticity to solve different demands of the habitat availability. Analyses were developed to evaluate the possible relationships among the scapular morphology and of the humerus in 7 genus of Sigmodontinae (Bolomys, Calomys, Nectomys, Oecomys, Oligoryzomys, Oryzomys and Rhipidomys), family Muridae, and the strategies of use of the habitats. Each genus were allocated in modal categories of habitat use form. Twenty-eight scapular dimensions and seven humeral dimensions were taken. The analysis of the correct allocation of the habitat use categories were evaluated by Discriminant Function analysis. The design of the same structures is involved in the mechanics of the locomotion and use of the habitats. The disposition of groups in the morphologic space evidenced three main class of variation: arboreal, scansorial and semiaquatic. The arboreal shows wide scapulas and articulation area with a robust humerus. The scapular spine is relatively high and the acromion is wide. A narrow scapula as well as a robust coracoid process and a relatively low scapular spine characterize the scansorial forms. The contrast between arboreal and scansorial forms suggests plasticity in the use of the structural resources of the environment, especially for the scansorial forms. The semi-aquatic forms are characterized by large scapulas that are related to body size that reflects its importance for aquatic small mammals when compared to terrestrial forms. The morphologic space evidenced two main variation for the humerus regarding scansorial and arboreal forms. The arboreal forms are characterized by long humerus, robust articulation areas, prominent head of the humerus and epicondylus, and large deltoid tuberosity. The scansorial forms present delicate humerus which reflects their small dimensions. This may facilitates the use of vegetation strata in a similar way as shown by terrestrial forms.

Dentre os ecossistemas neotropicais, a Mata Atlântica é considerada um dos mais importantes hotspots mundiais. O presente estudo foi conduzido na Reserva Florestal Morro Grande - RFMG (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), reconhecida pelo seu alto valor para a conservação e está localizada na faixa da Mata Atlântica Ombrófila Densa Montana, Planalto Atlântico do Estado de São Paulo. Presentes na Mata Atlântica, os pequenos mamíferos não-voadores constituem o grupo de mamíferos mais diverso do bioma, e dados recentes relacionados à representatividade ecológica sugerem que os Orizomíneos mais típicos, comuns e abundantes das florestas costeiras e de planalto no estado de São Paulo são Euryoryzomys russatus e Sooretamys angouya. Estes dados ainda indicam que E. russatus e S. angouya, espécies classificadas respectivamente como \"em risco de extinção\" e \"deficiente de dados\" no Estado de São Paulo, respondem diferentemente ao processo de fragmentação, mas não existem informações suficientes disponíveis de história natural e autoecologia para o melhor entendimento destas respostas ao ambiente. O presente projeto avaliou a estrutura populacional, a área de vida, o uso do espaço, a dieta e seleção alimentar exibida por E. russatus e S. angouya na RFMG. O presente trabalho demonstrou que a espécie E. russatus apresenta uma abundância maior do que S. angouya na RFMG e que a temperatura e a disponibilidade de frutos influenciam a variação populacional de E. russatus, enquanto que, para S. angouya, a variação populacional independe dos fatores bióticos (frutos e artrópodes) ou abióticos (temperatura e precipitação) avaliados. Foi verificado uma estratificação vertical no uso do espaço para S. angouya e E. russatus, já que S. angouya apresentou uma locomoção escansorial enquanto E. russatus se apresentou estritamente terrestre. O estudo sugere que a disponibilidade de recursos, o período reprodutivo e o tamanho do indivíduo são os principais fatores que afetam o tamanho de área de vida, o uso do espaço e a locomoção apresentada pelas espécies. Os resultados obtidos pelo estudo da dieta, demonstram de forma conclusiva que E. russatus seleciona alimentos de origem animal, e que S. angouya utiliza muito pouco, ou não utiliza, fontes de origem animal, mas sim fontes vegetais ricas em proteínas e carboidratos, como os frutos. Este estudo possibilitou a compreensão de estratégias de vida adotadas por E. russatus e S. angouya, o que permitiu uma análise comparada da história natural a partir de um contexto evolutivo de organismos que compartilham a mesma escala geográfica e temporal, o que é algo inédito dentro da tribo e da subfamília. / The Atlantic Forest is considered one of the most important global hotspot among the neotropical ecosystems. This study was conducted at the Morro Grande Forest Reserve - MGFR (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), located in the Dense Montana Atlantic forest, Atlantic Plateau of São Paulo, Brazil, which is known by its high conservation value. The non-flying small mammals are the most diverse group of mammals in the Atlantic forest and recent data suggest Euryoryzomys russatus and Sooretamys angouya as the most common and abundant species in coastal forests and highlands in the state of São Paulo. These data also indicate that E. russatus is classified as endangered and S. angouya as data deficient in the state of São Paulo red list, and these species respond differently to the fragmentation process. This project evaluated the population structure, the living area, the use of space, the diet, and food selection displayed by E. russatus and S. angouya in MGFR. This study demonstrated that the species E. russatus features greater abundance than S. angouya in the study area. Thus, the temperature and the availability of fruits influenced the variation of the population of E. russatus, whereas the population variation of S. angouya showed no dependence of assessed biotic (fruits and arthropods) or abiotic factors (temperature and precipitation). Vertical stratification was observed in the use of space between S. angouya and E. russatus, once S. angouya presented escansorial locomotion and E. russatus was strictly terrestrial. The study suggests that the availability of resources, the reproductive period and the individual overall size are the main factors that affect the home range size, the use of space and mobility presented by the species. The results obtained by the study of diet demonstrate conclusively that E. russatus selects animal origin and S. angouya uses very little or does not use animal food resources, choosing plant sources rich in protein and carbohydrates, such as fruits. This study brought a better understanding of the life strategies adopted by E. russatus and S. angouya, which allowed the comparison of natural history of organisms that share the same spatial and temporal scale under an evolutionary perspective, which is a completely new approach within the tribe and subfamily.

Dentre os ecossistemas neotropicais, a Mata Atlântica é considerada um dos mais importantes hotspots mundiais. O presente estudo foi conduzido na Reserva Florestal Morro Grande - RFMG (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), reconhecida pelo seu alto valor para a conservação e está localizada na faixa da Mata Atlântica Ombrófila Densa Montana, Planalto Atlântico do Estado de São Paulo. Presentes na Mata Atlântica, os pequenos mamíferos não-voadores constituem o grupo de mamíferos mais diverso do bioma, e dados recentes relacionados à representatividade ecológica sugerem que os Orizomíneos mais típicos, comuns e abundantes das florestas costeiras e de planalto no estado de São Paulo são Euryoryzomys russatus e Sooretamys angouya. Estes dados ainda indicam que E. russatus e S. angouya, espécies classificadas respectivamente como \"em risco de extinção\" e \"deficiente de dados\" no Estado de São Paulo, respondem diferentemente ao processo de fragmentação, mas não existem informações suficientes disponíveis de história natural e autoecologia para o melhor entendimento destas respostas ao ambiente. O presente projeto avaliou a estrutura populacional, a área de vida, o uso do espaço, a dieta e seleção alimentar exibida por E. russatus e S. angouya na RFMG. O presente trabalho demonstrou que a espécie E. russatus apresenta uma abundância maior do que S. angouya na RFMG e que a temperatura e a disponibilidade de frutos influenciam a variação populacional de E. russatus, enquanto que, para S. angouya, a variação populacional independe dos fatores bióticos (frutos e artrópodes) ou abióticos (temperatura e precipitação) avaliados. Foi verificado uma estratificação vertical no uso do espaço para S. angouya e E. russatus, já que S. angouya apresentou uma locomoção escansorial enquanto E. russatus se apresentou estritamente terrestre. O estudo sugere que a disponibilidade de recursos, o período reprodutivo e o tamanho do indivíduo são os principais fatores que afetam o tamanho de área de vida, o uso do espaço e a locomoção apresentada pelas espécies. Os resultados obtidos pelo estudo da dieta, demonstram de forma conclusiva que E. russatus seleciona alimentos de origem animal, e que S. angouya utiliza muito pouco, ou não utiliza, fontes de origem animal, mas sim fontes vegetais ricas em proteínas e carboidratos, como os frutos. Este estudo possibilitou a compreensão de estratégias de vida adotadas por E. russatus e S. angouya, o que permitiu uma análise comparada da história natural a partir de um contexto evolutivo de organismos que compartilham a mesma escala geográfica e temporal, o que é algo inédito dentro da tribo e da subfamília. / The Atlantic Forest is considered one of the most important global hotspot among the neotropical ecosystems. This study was conducted at the Morro Grande Forest Reserve - MGFR (23°39\'-23°48\'S, 47°01\'-46°55\'W), located in the Dense Montana Atlantic forest, Atlantic Plateau of São Paulo, Brazil, which is known by its high conservation value. The non-flying small mammals are the most diverse group of mammals in the Atlantic forest and recent data suggest Euryoryzomys russatus and Sooretamys angouya as the most common and abundant species in coastal forests and highlands in the state of São Paulo. These data also indicate that E. russatus is classified as endangered and S. angouya as data deficient in the state of São Paulo red list, and these species respond differently to the fragmentation process. This project evaluated the population structure, the living area, the use of space, the diet, and food selection displayed by E. russatus and S. angouya in MGFR. This study demonstrated that the species E. russatus features greater abundance than S. angouya in the study area. Thus, the temperature and the availability of fruits influenced the variation of the population of E. russatus, whereas the population variation of S. angouya showed no dependence of assessed biotic (fruits and arthropods) or abiotic factors (temperature and precipitation). Vertical stratification was observed in the use of space between S. angouya and E. russatus, once S. angouya presented escansorial locomotion and E. russatus was strictly terrestrial. The study suggests that the availability of resources, the reproductive period and the individual overall size are the main factors that affect the home range size, the use of space and mobility presented by the species. The results obtained by the study of diet demonstrate conclusively that E. russatus selects animal origin and S. angouya uses very little or does not use animal food resources, choosing plant sources rich in protein and carbohydrates, such as fruits. This study brought a better understanding of the life strategies adopted by E. russatus and S. angouya, which allowed the comparison of natural history of organisms that share the same spatial and temporal scale under an evolutionary perspective, which is a completely new approach within the tribe and subfamily.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-04-23T18:01:53Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogenicaDuas.pdf: 1271407 bytes, checksum: 90d03ea64536e76ffe95f951458347ee (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-04-24T14:16:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogenicaDuas.pdf: 1271407 bytes, checksum: 90d03ea64536e76ffe95f951458347ee (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-24T14:16:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogenicaDuas.pdf: 1271407 bytes, checksum: 90d03ea64536e76ffe95f951458347ee (MD5) Previous issue date: 2013 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os roedores formam uma das mais numerosas e antigas ordens da classe Mammalia. Na América do Sul, a ordem Rodentia compreende cerca de 42% das espécies de mamíferos, sendo que desta parcela mais de 50% pertencem a família Cricetidae, que inclui a subfamília Sigmodontinae. O gênero Hylaeamys está agrupado na tribo Oryzomyini e corresponde a um dos 10 novos gêneros propostos para espécies e grupos de espécies dentro de Oryzomys. Hylaeamys corresponde ao “grupo megacephalus”, sendo constituído pelas espécies H. acritus, H. laticeps, H. megacephalus, H. perenensis, H. oniscus, H. tatei e H. yunganus distribuídas na Venezuela, Trinidad, Guianas, Paraguai e no Brasil, em áreas de floresta tropical amazônica, mata atlântica e cerrado. Este trabalho visa analisar marcadores cromossômicos em duas espécies do gênero Hylaeamys, fornecendo dados que auxiliem na sua caracterização taxonômica e citogenética. Foram trabalhadas dezenove amostras de Hylaeamys megacephalus (HME) e quatro de Hylaeamys oniscus (HON). HME apresenta 2n=54 e HON, 2n=52. Os resultados obtidos por bandeamentos G, C e por hibridização in situ, com sondas de cromossomo total de Hylaeamys megacephalus permitiram determinar as características cromossômicas das espécies em estudo, além de permitir uma análise comparativa entre as mesmas e em relação a Cerradomys langguthi, observando assim suas homeologias e diferenças cariotípicas. As duas espécies de Hylaeamys diferem por um rearranjo tipo fusão/fissão cêntrica onde HON apresenta a associação 14/19 de HME. Esta associação é compartilhada com CLA com inversão (19/14/19). Este trabalho é um marco para estudos de filogenia cromossômica do gênero Hylaeamys. / Rodents are one of the largest and oldest orders of the class Mammalia. In South America, the order Rodentia compromises about 42% of mammal species, and from this more than 50% belong to the family Cricetidae, which includes the subfamily Sigmodontinae. The genus Hylaeamys is inserted in the tribe Oryzomyini and corresponds to one of 10 new genera proposed for species and species groups within Oryzomys. Hylaeamys is the equivalent of "megacephalus group", and consists of the species H. acritus, H. laticeps, H. megacephalus, H. perenensis, H. oniscus, H. tatei and H. yunganus, distributed in Venezuela, Trinidad, Guyana, Paraguay and Brazil, in areas of the Amazon rain forest, Atlantic rainforest and savannah. This study aims to analyze chromosomal markers in two species of the genus Hylaeamys, providing data to assist in its taxonomic and cytogenetic characterization. Nineteen samples of Hylaeamys megacephalus (HME) and four samples of Hylaeamys oniscus (HON) were analyzed. HME has 2n = 54 and HON, 2n = 52. The results obtained by G- and C-banding and Fluorescent In Situ Hybridization with whole chromosome probes from Hylaeamys megacephalus made it possible to determine the chromosomal characteristics of the species studied, as well as allowing a comparative analysis between them, and in comparison with Cerradomys langguthi, observing homeologies and karyotypic differences. The two species of Hylaeamys differ by a centric fission/fusion rearrangement in which HON shows the association of the pairs 14/19 of HME. This association is shared with CLA with an inversion (19/14/19). This work is an achievement for phylogeny and chromosomal studies on the genus Hylaeamys.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:35:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T12:32:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_MapeamentoGenomicoComparativo.pdf: 1697487 bytes, checksum: ace15012e8dd0796ae11a8aabbf8fa2f (MD5) Previous issue date: 2015-05-19 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ordem Rodentia representa a mais numerosa ordem de mamíferos, com cerca de 42% das espécies conhecidas atualmente. Os roedores apresentam 2.227 espécies, 468 gêneros e 33 famílias recentes, sendo este último elevado para 50 se forem consideradas as famílias extintas. A enorme variação na morfologia, na diversidade de habitats e climas e na alimentação são as causas desta Ordem ser mais numerosa e melhor sucedida evolutivamente entre as ordens de mamíferos. O gênero Oecomys pertence à subfamília Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) com aproximadamente 16 espécies descritas, distribuídas em floresta tropical e subtropical do Centro e do Sul da América. Estudos citogenéticos prévios sugerem que o gênero Oecomys apresenta uma grande diversidade cariotípica, com o número diplóide variando entre 58 e 86. No presente trabalho foram analisados, por meio de técnicas citogenéticas convencionais e pintura cromossômica multidirecional (Sondas cromossômicas de Hylaeamys megacephalus – HME), foram analisados 18 exemplares de Oecomys, sendo quatro coletados na região metropolitana de Belém, Pará; dois no Município de Santa Bárbara, Pará; cinco na região de Carajás, Pará e 7 na região do Calha Norte, Pará. Os exemplares do Parque Ambiental de Belém apresentaram 2n=72 e NF=76; os exemplares de Santa Bárbara apresentaram 2n=70 e NF=74 e os de Carajás apresentaram 2n=70 e NF=72. Todos estes exemplares foram identificados como O. paricola. Os exemplares coletados do Calha Norte apresentaram 2n=62 e NF=80 e foram identificados como O. auyantepui. Os citótipos descritos para O. paricola apresentaram diferenças em 5 picos de HME hibridizados, evidenciando 3 associações para esta espécie. Para O. auyantepui foram identificados 5 associações. As diferenças cromossômicas encontradas para O. paricola de diferentes regiões geográficas sugerem que estes citótipos pertencem a espécies crípticas, o que é caracterizado. Nós sugerimos que as populações de O. paricola são um complexo de espécies onde já ocorreu a diferenciação cromossômica, mas não diferenciação morfológica e molecular. / The Order Rodentia represents the largest mammal order, with approximately 42% of species currently known. Rodents have 2,227 species, 468 genera and 33 families recent, the latter being raised to 50 if the extinct families are considered. Their huge variation in morphology, diversity of habitats and climates and food are the causes of this be most numerous and evolutionarily successful among mammalian orders. The Oecomys genus belongs to the subfamily Sigmodontinae (Cricetidae, Rodentia) with approximately 16 described species, distributed in tropical and subtropical forest of Central and South America. Previous cytogenetic studies suggest that Oecomys features large karyotype diversity, with the diploid number ranging from 58 to 86. In this study were analyzed by conventional cytogenetic techniques and multidirectional chromosome painting (using whole chromosome probes of Hylaeamys megacephalus) 18 specimens of Oecomys were analyzed, four were collected in the metropolitan area of Belém, Pará; two in the city of Santa Barbara, Pará; five in the region of Carajás, Pará and 7 in Calha Norte region, Pará. Specimes from Belém Environmental Park had 2n = 72 and FN = 76; specimes from Santa Barbara had 2n = 70 and FN = 74; from Carajás presented 2n = 70 and FN = 72. All this sample was identified as O. paricola. Specimens collected from the Calha Norte region had 2n = 62 and NF = 80 and were identified as O. auyantepui. The cytotypes described for O. paricola showed differences in five HME peaks, indicating 3 associations for this species. O. auyantepui showed five associations. Chromosomal differences found for O. paricola from different geographic regions suggest that these cytotypes belong to cryptic species. We suggest that these populations of O. paricola are a complex of species where the chromosomal differentiation already happened but not the morphological and molecular ones.

Radiações evolutivas estão entre os eventos mais fascinantes da evolução. Grande parte da diversidade da vida, tanto de espécies como ecológica, surgiu nos breves intervalos temporais de rápida especiação que configuram as radiações. As causas ecológicas e não-ecológicas do surgimento da diversidade em radiações evolutivas, em especial nas radiações adaptativas, são tema de pesquisa há muito tempo, pelo menos desde que Darwin observou a imensa diversidade de um grupo de pássaros nas ilhas Galápagos. Desde então, as ilhas têm sido os ambientes ideais para o estudo desse fenômeno, e foi a partir das observações e experimentos em ilhas que toda a teoria ecológica das radiações evolutivas surgiu. Contudo, as causas ecológicas das radiações explosivas ocorridas em amplas escalas continentais permanecem tema de constante debate. Nesta tese, foram investigados os determinantes ecológicos e não-ecológicos (e.g., geografia, contingências históricas, efeitos filogenéticos) da evolução morfológica dos roedores sigmodontíneos durante sua radiação na região Neotropical, em especial no continente sul-americano. Para isso, foi quantificada a morfologia do crânio e mandíbula de mais de dois mil exemplares do grupo, e foram investigadas variações ecomorfológicas nos níveis interespecífico (I), intraespecífico (II), e entre assembleias de sigmodontíneos (III). Na Parte I da tese, foram investigadas duas predições da teoria da radiação adaptativa, a correlação-fenótipo ambiente (capítulo 1) e a funcionalidade do fenótipo através da força da mordida (capítulo 2), permitindo determinar o papel da divergência ecológica na evolução morfológica das espécies. Na Parte II (capítulo 3), foram investigadas as contribuições relativas de processos determinísticos e neutros sobre a variação morfológica entre populações de uma espécie de roedor sigmodontíneo amplamente distribuída, Akodon cursor. Na Parte III, a influência da variação ambiental e da distribuição espacial das linhagens filogenéticas de sigmodontíneos sobre o tamanho corporal (capítulo 4) e forma do crânio e mandíbula (capítulo 5), foram investigados no contexto biogeográfico da variação no tamanho e forma média entre assembleias de sigmodontíneos. As contribuições originais desta tese foram: (i) mostrar que a radiação evolutiva dos roedores sigmodontíneos foi guiada principalmente por fatores históricos e geográficos ao invés de fatores ecológicos; (ii) sugerir que radiações evolutivas ocorridas em escalas continentais, especialmente de roedores, têm um componente geográfico e histórico mais determinante do que o componente ecológico; (iii) revelar que a força da mordida varia pouco entre roedores sigmodontíneos herbívoros e granívoros, o que provavelmente é resultado do fenótipo generalista desses roedores; (iv) apontar que sigmodontíneos com dieta insetívora têm uma taxa de evolução mais rápida, e parecem estar evoluindo sua forma do crânio/mandíbula e sua força da mordida em uma direção diferente das demais espécies; (v) demonstrar que, dentro de uma espécie de sigmodontíneo (Akodon cursor), fluxo gênico e deriva genética explicam melhor a forma do crânio entre populações, enquanto a variação ambiental explica melhor o tamanho do crânio, indicando que o tamanho é uma característica mais lábil e mais sujeita a pressões ambientais do que a forma do crânio; (vi) mostrar que a variação biogeográfica, tanto do tamanho quanto da forma média do crânio/mandíbula entre assembleias de sigmodontíneos, está sob influência da distribuição diferencial das linhagens filogenéticas ao longo do espaço geográfico, bem como de variáveis ambientais; o que indica conservação filogenética de nicho à nível de metacomunidades. De modo geral, ao investigar as contribuições relativas dos componentes adaptativo e não-adaptativo da evolução morfológica, foram obtidas informações importantes para conhecer as causas da diversificação morfológica em Sigmodontinae, aumentando nosso conhecimento sobre as origens de toda a diversidade biológica. / Evolutionary radiations are among the most fascinating phenomena of evolution. Most of the biological diversity on the planet, both in terms of species and ecological diversity, appeared during these brief intervals of rapid speciation. The ecological and non-ecological causes of the emergence of diversity in evolutionary radiations, especially in adaptive radiations, have long been the subject of research, beginning with Darwin and his notice of the astonishing diversity of bird forms in the Galapagos Islands. Islands have since been ideal environments in which to study evolutionary and adaptive radiations, and indeed it was from observations and experiments on islands that all ecological theory of evolutionary radiations arose. However, the ecological causes of explosive radiations occurring on large continental scales are still a matter of debate. In this dissertation, I investigated the ecological and non-ecological (e.g., geography, historical contingencies, phylogenetic effects) determinants of morphological evolution in sigmodontine rodents during their radiation in the Neotropical region, particularly on the South-American continent. The skull and mandible morphology of more than two thousand specimens was quantified, and ecomorphological variation was investigated on three levels: interspecific (I), intraspecific (II), and among sigmodontine assemblages (III). In part I, two predictions from the ecological theory of adaptive radiation were investigated: the phenotype-environment correlation (chapter 1), and the trait utility through the bite force (chapter 2). This approach enabled determination of the role of ecological divergence in species morphological evolution. In part II (chapter 3), I investigated the relative contributions of deterministic and neutral processes to morphological variation among populations of one widely distributed sigmodontine species, Akodon cursor. In part III, I investigated the influence of environmental variation and spatial distribution of phylogenetic lineages on body size (chapter 4) and on shape of the skull and mandible (chapter 5), in the context of biogeographical variation of mean size and shape in sigmodontine assemblages. The original contributions of this dissertation are as follows: (i) to demonstrate that the evolutionary radiation of sigmodontines was driven mainly by historical and geographical factors instead of ecological factors; (ii) to suggest that evolutionary radiations on continental scales, especially rodent radiations, have a more determinant historical and geographical component than an ecological one; (iii) to show small variation in bite force between sigmodontine herbivores and granivores, which is likely a consequence of the generalist phenotype of these rodents; (iv) to highlight that insectivorous sigmodontines have a faster rate of morphological evolution than other diet groups, and that skull and mandible morphology and bite force are evolving in different directions than in other species; (v) to demonstrate that within a sigmodontine species (Akodon cursor), gene flow and genetic drift better explain variation in skull shape among populations, while environmental variation better explains variation in skull size, which suggests that size is more labile feature than shape and thus more prone to change with environmental pressures; and (vi) to show that biogeographical variation in mean body size, mean skull shape, and mean mandible shape across sigmodontine assemblages is influenced by the different distributions of phylogenetic lineages over geographical space, as well by environmental variables, which indicates phylogenetic niche conservatism at the metacommunity level. These results shed light on some of the factors driving morphological diversification in Sigmodontinae. Further, the analytical approach(es) utilized may be useful for general investigations of the relative contributions of adaptive and non-adaptive components of morphological evolution, thereby potentially increasing our knowledge of the origins of all biological diversity.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-08-22T12:13:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ConsideracoesAnatomiaFuncional.pdf: 35442591 bytes, checksum: ca22561190a0acde2defc2b3b2017f68 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-08-22T15:24:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ConsideracoesAnatomiaFuncional.pdf: 35442591 bytes, checksum: ca22561190a0acde2defc2b3b2017f68 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-22T15:24:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_ConsideracoesAnatomiaFuncional.pdf: 35442591 bytes, checksum: ca22561190a0acde2defc2b3b2017f68 (MD5) Previous issue date: 2002 / Entre os mamíferos, os pequenos roedores compõem um grupo singular. Devido sua grande capacidade reprodutiva e adaptabilidade aos diferentes hábitats tornaram-se animais em plena explosão evolutiva. Filogeneticamente, o grupo ainda não está bem caracterizado e apresenta fortes similaridades morfológicas para os roedores Sigmodontinae da Serra dos Carajás. Através de estudos das características externas e de alguns ossos do pós-crânio relacionados ao hábito locomotor observamos que: 1) a preferência de habitat dentro da região da Serra dos Carajás entre os roedores estudados, parece não está relacionada a um padrão filogenético; 2) não foi possível estabelecer uma correlação entre as características ecológicas e as principais feições morfológicas do pós-- crânio ligadas ao desenho corporal entre os Sigmodontinae; 3) a morfologia do úmero e fêmur contém forte sinal filogenético característico de subfamília Sigmodontinae 4) os índices intermembral, crural e braquial não foram eficazes na caracterização dos vários modos de locomoção entre os roedores Sigmodontinae. / Among the mammals, the little rodents makes up a singular group. These animals have been in full evolutive process due to their capacity of reproducing and adapting to different habitats. Philogeneticly, the group still hasn't a sure characteristic and is very similar morphologically to rodents Sigmodontinae from Serra dos Carajás. Through this study of external features and some banes from post-cranium related to motions habit, we beheld: 1) The choice of the habitat in Serra dos Carajás area among the rodents seems not to be related to a phylogenetic standard; 2) It wasn't possible to set a relationship between ecological features and main morphological shape from post-cranium related to body-shape among Sigmodontinae; 3) the morphology of úmero and femur have a strong Phylogenetic sign which is another feature of subfamily Sigmodontinae; 4) the signs intermembal, crural e branquial weren't effective to identify the many way of motions among the rodents Sigmodontinae.