Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-05-05T11:51:23Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_RegulacaoComportamentalCaititus.PDF: 1169285 bytes, checksum: 78dc819294a4076a9416630a91d8a99c (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-05-10T11:17:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_RegulacaoComportamentalCaititus.PDF: 1169285 bytes, checksum: 78dc819294a4076a9416630a91d8a99c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T11:17:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_RegulacaoComportamentalCaititus.PDF: 1169285 bytes, checksum: 78dc819294a4076a9416630a91d8a99c (MD5) Previous issue date: 2014-05-02 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / As falhas na fertilidade de fêmeas de caititus (Pecari tajacu) adultas criadas em cativeiro são um fator restritivo para a eficiência da produção e precisam ser melhor investigadas. Avaliar a função reprodutiva de fêmeas mantidas em sistema intensivo de criação foi o objetivo dessa pesquisa. Vinte fêmeas foram monitoradas em grupos familiares (controles), por 60 dias, e experimentais (fêmeas descendentes agrupadas com machos não aparentados e na ausência dos genitores), por mais 60 dias. As interações agonísticas, de submissão, amigáveis e sexuais foram filmadas três vezes na semana, a dominância social foi avaliada pelo método Elo-rating e a preferência social através da frequência de interações amigáveis. O sangue foi colhido para dosagem de progesterona plasmática por radioimunoensaio em fase sólida e a prenhez foi confirmada por exame ultrassonográfico. Em três dos quatro grupos controle os genitores mantiveram-se nos postos mais elevados da hierarquia enquanto na fase experimental, as fêmeas descendentes ocuparam os postos mais elevados. A frequência das interações amigáveis recebidas dependeu do sexo e da condição (H=142.991 p<0.01), sendo que as fêmeas genitoras receberam, em média, 2,21 vezes mais interações do que os outros indivíduos. Machos e fêmeas receberam frequências iguais nos grupos experimentais. O estro teve duração de 3,6 ± 1,0 dias com progesterona em 1,2 ± 0,6 ng/mL e maior frequência de cópulas no terço final desse período. As interações sexuais aumentaram no estro em fêmeas (P=0.0019) e machos (P <0.0009) que intensificaram sua frequência de inspeção olfativa. Cópulas foram registradas no início da prenhez. Todas as fêmeas pluríparas (mais pesadas, mais velhas e dominantes) apresentaram atividade reprodutiva (ciclicidade ou prenhez) enquanto sete nulíparas apresentaram períodos de anestro, curtos (16 dias) ou longos (60 dias) no grupo controle. No grupo experimental todas as nulíparas e a primípara copularam e 14 filhotes nasceram, porém, apenas cinco mantiveram-se após sete dias de vida. Demonstramos a presença da dominância dos genitores sobre os descendentes e de um mecanismo de inibição reprodutiva nos agrupamentos familiares. Sugerimos que as fêmeas nulíparas em idade reprodutiva sejam remanejadas do seu grupo de origem para grupos com machos não aparentados, garantindo o potencial reprodutivo da criação e o acesso à comida, espaço e outros recursos preferenciais geralmente priorizados por indivíduos dominantes. / The failure in the fertility of adult female collared peccary (Pecari tajacu) bred in captivity are a restrictive factor for the efficiency of production and needs further investigation. Assess the reproductive function of females reared under intensive rearing system was the objective of this research. Twenty females were monitored in family groups (controls) for 60 days, and experimental groups (female descendants grouped with unrelated males and in the absence of parents), for more 60 days. The agonistic interactions, submission, friendly and sex were recorded three times a week, social dominance was assessed by Elo-rating method and the social preference by frequency of friendly interactions. Blood was collected for measurement of plasma progesterone by solid phase radioimmunoassay and pregnancy was confirmed by ultrasound examination. In three of the four control groups, the parents remained in the highest positions in the hierarchy while in the experimental group stage, the female descendants occupied the highest posts. The frequency of received friendly interactions depended on the sex and the condition (H = 142 991 p <0.01) whereas females mothers received, on average, 2.21 times more interactions than other individuals. Males and females received equal frequencies in the experimental groups. The estrus lasted 3.6 ± 1.0 days with progesterone at 1.2 ± 0.6 ng / mL and higher frequency of copulations in the final third of this period. Sexual interactions increased during estrus in females (P = 0.0019) and males (P <0.0009), which intensified their frequency of olfactory inspection. Copulations were recorded in the early pregnancy. All pluriparous females (heavier, older and dominant) showed reproductive activity (cyclicity or pregnancy) while seven nulliparous females had periods of anestrus, short (16 days) or long (60 days) in the control group. In the experimental group all nulliparous and primiparous mated and 14 pups were born, however, only five remained after seven days of life. We demonstrate the presence of the dominance of the parents on the progeny and a mechanism for reproductive inhibition in family groupings. We suggest that nulliparous females of reproductive age are relocated from their original group for groups with unrelated males, ensuring the reproductive potential of creation and access to food, space and other resources generally preferred prioritized by dominant individuals.

Durante el desarrollo de la presente tesis doctoral se han estudiado las posibles alteraciones causadas por los residuos orgánicos generados por los cultivos marinos de peces en jaulas flotantes, enfatizando en los efectos sobre algunos de los productores secundarios asociados. Varios de los impactos en el ambiente provocados por los cultivos en jaulas flotantes han sido previamente estudiados por nuestro grupo de investigación, por lo que con este trabajo se pretende profundizar y ampliar estos conocimientos, para a continuación poder conformar un modelo holístico del sistema. / The present thesis involved the study of the organic wastes generated by marine culture of fish floating cages, emphasizing in their effect on the associated secondary producers. Several of the impacts on the environment caused by floating cages fish farms have been previously studied by our research group, in that sense, this work deepen in the understanding of those impacts, and ultimately will allow figuring a holistic modeling of the system.

Descreve-se os achados epidemiológicos e clínico-patológicos das clostridioses diagnosticadas no Setor de Patologia Veterinaria da Universidade Federal do Rio Grande do Sul no período 1996-março/2010. Este estudo incluiu uma pesquisa retrospectiva nos arquivos do SPV e uma etapa prospectiva, a qual também teve o objetivo de desenvolver exames complementares específicos para cada clostridiose. As clostridioses mais prevalentes foram tétano (em equinos, bovinos, ovinos e caprinos), botulismo (em bovinos, suínos e aves) e enterotoxemia (em caprinos). Também houve casos de edema maligno em equinos, bem como de carbúnculo sintomático e hemoglobinúria em bovinos. Adicionalmente, foram coletadas amostras de soro sanguíneo de animais afetados por tétano, em diferentes estágios de evolução da doença, para subsequente inoculação em camundongos (testes de bioensaio) e comprovação da técnica no diagnóstico da enfermidade. / This study describes the epidemiological and clinicopathological findings of clostridial diseases diagnosed in the 1996-March, 2010 period in the Setor de Patologia Veterinária da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (SPV_UFRGS). A retrospective survey in the files of SPV was complemented with a prospective phase, which also aimed developing complementary diagnostic tests of clostridiosis. The most prevalent clostridiosis were tetanus (in horses, cattle, sheep and goats), botulism (in cattle, pigs and birds), and enterotoxemia in goats. There also were cases of malignant edema in horses, blackleg and bacillary hemoglobinuria in cattle. In addition, blood serum samples from animals affected by tetanus on different stages of the disease evolution were applied in mice bioassay, as a complementary diagnosing test for the disease.

Descreve-se os achados epidemiológicos e clínico-patológicos das clostridioses diagnosticadas no Setor de Patologia Veterinaria da Universidade Federal do Rio Grande do Sul no período 1996-março/2010. Este estudo incluiu uma pesquisa retrospectiva nos arquivos do SPV e uma etapa prospectiva, a qual também teve o objetivo de desenvolver exames complementares específicos para cada clostridiose. As clostridioses mais prevalentes foram tétano (em equinos, bovinos, ovinos e caprinos), botulismo (em bovinos, suínos e aves) e enterotoxemia (em caprinos). Também houve casos de edema maligno em equinos, bem como de carbúnculo sintomático e hemoglobinúria em bovinos. Adicionalmente, foram coletadas amostras de soro sanguíneo de animais afetados por tétano, em diferentes estágios de evolução da doença, para subsequente inoculação em camundongos (testes de bioensaio) e comprovação da técnica no diagnóstico da enfermidade. / This study describes the epidemiological and clinicopathological findings of clostridial diseases diagnosed in the 1996-March, 2010 period in the Setor de Patologia Veterinária da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (SPV_UFRGS). A retrospective survey in the files of SPV was complemented with a prospective phase, which also aimed developing complementary diagnostic tests of clostridiosis. The most prevalent clostridiosis were tetanus (in horses, cattle, sheep and goats), botulism (in cattle, pigs and birds), and enterotoxemia in goats. There also were cases of malignant edema in horses, blackleg and bacillary hemoglobinuria in cattle. In addition, blood serum samples from animals affected by tetanus on different stages of the disease evolution were applied in mice bioassay, as a complementary diagnosing test for the disease.

A fragilidade do tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla) e seu visível desaparecimento de certas regiões, inclusa sua área de distribuição original mostram com clareza a necessidade de medidas que possam garantir proteção desse animal. O estudo do papel das doenças nesse aspecto constitui um eixo importante das estratégias para conservação dessa espécie, principalmente considerando-se que estudos ecológicos reconhecem as doenças como o mecanismo regulatório de populações naturais. Este trabalho objetivou avaliar a freqüência de anticorpos anti- Leptospira, anti-Brucella abortus e anti-Chlamidophila. Foram analisadas 21 amostras de soro de tamanduás-bandeira de vida livre oriundos dos Parques Nacionais da Serra da Canastra e das Emas e da Reserva SESC Pantanal. Destes 12 (57,14%) amostras foram reagentes para o teste de soroaglutinação microscópica anti-Leptospira sp, 1 (0,04%) foi reagentes para o teste do Antígeno Acidificado Tamponado (TAA) - anti- Brucella abortus e todas as amostras foram consideradas negativas para a presença de anticorpos anti-Chlamidophila sp. Por se tratar de uma espécie que possui baixo potencial reprodutivo, apresentando cuidado parental prolongado, longos períodos de gestação e somente uma cria por ano, patógenos que possam afetar o sucesso reprodutivo, podem ser extremamente nocivos para populações de tamanduás-bandeira em vida livre. / The fragility of the giant Anteater (Myrmecophaga tridactyla) and the disappearance of this animal from certain regions, including areas of original distribution, clearly indicates the necessity of adopting protective measures. Ecology studies consider diseases as regulatory mechanisms for natural populations, thus indicating that the study of the role of diseases constitutes an important axle on the strategies for conservation of the species, few studies correlates the environmental conservation state and the health of wild animal populations. The purpose the present study was to assess the frequency of occurrence of anti-Leptospira, anti-Brucella abortus and anti- Chlamidophila. Serum samples from 21 free-ranging giant anteater from the Serra da Canastra and the Emas National Parks, as well as the SESC Pantanal Reserve were evaluated for the presence of antibodies. From these 12 (57,14%) samples reacted to the anti-Leptospira sp microscopic serum agglutination test ,1 (0.04%) reacted to the anti-Brucella abortus Tampon Acidified Antigen Test (TAA) test, and all samples were negative for anti-Chlamidophila sp antibodies. As the giant anteater is a species that presents low reproductive potential, long parental care and pregnancy periods and produces only one offspring per year, the pathogens that can affect reproduction can be extremely deleterious free-ranging populations of giant anteaters.

Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales)

Tesis por compendio / [ES] La domesticación de los cítricos es un proceso en gran parte desconocido. Las investigaciones llevadas a cabo hasta la fecha indican que las variedades de cítricos que se comercializan en la actualidad son, en general, el producto de introgresiones ancestrales intraespecíficas e interespecíficas. Las introgresiones de tipo intraespecífico tuvieron lugar entre las poblaciones de dos subespecies antiguas de mandarinas y aportaron el comportamiento apomíctico que la mayoría de las mandarinas actuales y otros cítricos relacionados conservan todavía hoy. Una vez dichas mezclas genéticas o admixtures quedaron establecidas, otras introgresiones interespecíficas de pummelo establecieron nuevas características en el genoma de mandarina. Durante el proceso de domesticación, la variabilidad genética de estos cítricos se adquirió fundamentalmente a través de mutación espontánea, y mediante la práctica del injerto los genotipos carentes de semillas se extendieron rápidamente, acentuándose el papel de las mutaciones en la selección de cítricos como las naranjas y las mandarinas modernas. En este trabajo, mostramos que las mutaciones somáticas en cítricos se propagan siguiendo un patrón iterativo determinado por un modelo de ramificación simpodial y, en consecuencia, se agrupan en sectores a lo largo del árbol, donde algunas mutaciones quedan permanentemente fijadas. En este escenario, un árbol puede considerarse un mosaico genéticamente compuesto de diferentes genomas, en el que las ramas más jóvenes acumulan un número mayor de mutaciones. En promedio, nuestro árbol experimental de Clementina de 36 años muestra una tasa de mutación de 4.4 × 10-10 bp-1 yr-1, pudiendo contener en total entre 1500 y 5000 variantes y producir 1 mutación somática en cada meristemo axilar. Este número relativamente alto de mutaciones está en línea con el gran número de variedades derivadas de mutaciones espontáneas que se comercializan en cítricos. Para identificar caracteres esenciales adquiridos durante la domesticación, se han analizado los transcriptomas de la pulpa de frutos en desarrollo de la variedad silvestre e incomestible papeda de Ichang, la mandarina ácida Sun Chu Sha Kat y tres segregantes comestibles derivados de un cruce entre mandarinas comerciales. Basándonos en los resultados obtenidos, se propone que durante la transición de las papedas incomestibles a las mandarinas ácidas, la domesticación se caracterizó por una primera fase de cambios radicales en la expresión de los genes que regulan rutas fundamentales tanto del metabolismo primario como del secundario. Esta fase estuvo determinada principalmente por la estimulación de los procesos de crecimiento y la reducción de las defensas químicas, constituidas por compuestos de sabores desagradables. También se sugiere que en una segunda fase los atributos asociados a la palatabilidad de las mandarinas, especialmente la acidez, se mejoraron progresivamente a través de modificaciones específicas. Otros cambios de relevancia se relacionaron con la regulación de genes involucrados tanto en la síntesis de sustancias básicas de agradable aroma y sabor, como en la modulación de transportadores de azúcares. Por lo tanto, la transición entre las papedas incomestibles y las mandarinas de tipo ácido se caracterizó esencialmente por una drástica reprogramación de la expresión génica de rutas metabólicas fundamentales, mientras que las mandarinas modernas evolucionaron posteriormente mediante un refinamiento progresivo de las propiedades relacionadas con la palatabilidad. En su conjunto, estas observaciones sugieren que en cítricos, las tasas de mutación de los tejidos somáticos son consistentes con la idea de que las mutaciones desempeñaron un papel importante en las últimas fases de la domesticación. / [CAT] La domesticació dels cítrics és un procés en gran part desconegut. Les investigacions poratades a terme fins al moment indiquen que les varietats de cítrics comercialitzades hui en dia són, en general, el producte de introgressions ancestrals intraespecífiques i interespecífiques. Les introgressions de tipus intraespecífic van tindre lloc entre les poblacions de dues subespècies antigues de mandarina tot aportant el comportament apomíctic que la majoria de les mandarines actuals i altres cítrics relacionats encara conserven. Una vegada que aquestes barreges genètiques o admixtures es consolidaren, diferents introgressions interespecífiques de pummelo establiren noves característiques en el genoma de mandarina. Durant el procés de domesticació, la variabilitat genètica dels cítrics va ser assolida mitjançant mutació espontània i, per mitjà de la pràctica de l'empelt, genotips sense llavors es van estendre ràpidamente, accentuant el paper de les mutacions en la selecció de cítrics com les taronges i les mandarines modernes. En aquest treball, mostrem com les mutacions somàtiques en cítrics es propaguen seguint un patró iteratiu determinat per un model de ramificació simpodial i, en conseqüència, queden agrupades al llarg de l'arbre, on algunes d'aquestes mutacions romanen fixades. En aquest escenari, un arbre pot ser considerat un mosaic genèticament format per diferents genomes, en el qual les branques més joves acumulen un nombre major de mutacions. De mitjana, el nostre arbre experimental de Clementina mostra una ràtio de mutació de 4.4 × 10&#8722;10 bp&#8722;1 yr&#8722;1, arribant a incloure en total entre 1500 i 5000 variants i produint-hi 1 mutació somática en cada meristem axil·lar. Aquest nombre relativament elevat de mutacions està en línia amb el gran nombre de varietats provinents de mutacions espontànies que es comercialitzen en cítrics. Per tal d'abordar la identificació de trets essencials adquirits durant la domesticació, s'ha analitzat el transcriptoma de fruits en desenvolupament de la varietat silvestre i incomestible papeda d'Ichang, la mandarina àcida Sun Chu Sha Kat i tres segregants comestibles derivats d'un creuament entre mandarines comercials. Basant-nos en els resultats obtinguts, s'ha proposat que durant la transició de les papedes incomestibles a les mandariens àcides, la domesticació es va caracteritzar per una primera fase de canvis radicals en l'expressió dels gens que regulen rutes fonamentals del metabolisme primari i secundari. Aquesta fase va estar determinada principalment per l'estimulació dels processos de creixement i la reducció de les defenses químiques de gust desplaent. També es suggereix que en una segona fase atributs associats a la palatabilitat de les mandarines, especialment l'acidesa, van ser millorats progressivament mitjançant modificacions específiques. Altres canvis de rellevància van estar relacionats amb l'estimulació de gens involucrats tant en la síntesi de substàncies bàsiques d'agradable aroma i sabor, com en la modulació de transportadors de sucres. Per tant, la transició entre les papedes incomestibles i les mandarines àcides va estar caracteritzada essencialment per una dràstica reprogramació de l'expressió gènica de rutes metabòliques fonamentals mentre que les mandarines modernes evolucionaren posteriorment mitjançant un refinament progressiu de propietats relacionades amb la palatabilitat. En conjunt, aquestes observacions suggereixen que, en els cítrics, les ràtios de mutació dels teixits somàtics són consistents amb la idea que les mutacions tingueren un paper important en les últimes fases de la domesticació. / [EN] Citrus domestication is a largely unknown process. Research carried out to date indicates that current commercial citrus varieties are, in general, the product of ancestral intraspecific and interspecific introgressions. Intraspecific introgressions took place between the populations of two antique subspecies of mandarins and contributed to the apomictic behavior that most current mandarins and other related citrus still retain today. Once these genetic admixtures were established, interspecific pummelo introgression brought new traits to the admixtured mandarin genome. During domestication, genetic variability of these citrus occurred mainly through spontaneous mutations and with the practice of grafting, seedless genotypes expanded rapidly, emphasizing the role of mutations in the selection of citrus such as oranges and modern mandarins. In this work, we provide evidence that somatic mutations in citrus propagate following an iterative pattern determined by the sympodial branching model and consequently are grouped in sectors along the tree, where some of them remain fixed. In this scenario, a tree can be considered a mosaic genetically composed of different genomes, in which younger branches accumulate greater number of mutations. On average, our 36-yr-old experimental Clementine tree shows a mutation rate of 4.4 × 10-10 bp-1 yr-1, may carry a total of 1,500 to 5,000 variants and produces 1 somatic mutation per axillary meristem. This relatively high number of mutations is in line with the large number of varieties derived from spontaneous mutations that are commercialized in citrus. To identify key traits elicited by citrus domestication, we analyzed transcriptomes from developing fruit pulp of wild inedible Ichang papeda, Sun Chu Sha Kat sour mandarin and three palatable segregants derived from a cross between commercial mandarins. Based on these results, we propose that during the transition from inedible papedas to sour mandarins, domestication involved a first phase of major changes in the expression of genes regulating central pathways of primary and secondary metabolism. This stage was mainly characterized by both the stimulation of growth processes and the reduction of distasteful chemicals defenses. It is also suggested that in a second phase, edible attributes of mandarins, especially acidity, were progressively improved through specific modifications. Other relevant changes included upregulation of genes involved in the synthesis of key substances of pleasant aroma and flavor, and the modulation of sugar transporters. Thus, the transition from inedible papeda to sour mandarin was essentially defined by a drastic reprogramming of gene expression of fundamental metabolic pathways, while modern mandarins evolved later through progressive refinement of palatability properties. Taken together, these observations suggest that the rates of mutations occurring in citrus somatic tissues are consistent with the idea that they have played an important role during the later steps of citrus domestication. / This research is co-funded by the Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (Spain) through grant RTI2018-097790-R-100 and by the European Union through the European Regional Development Fund (ERDF) of the Generalitat Valenciana 2014- 2020, through grants IVIA 51915 and 52002 / Pérez Román, E. (2022). Mutation Rate and Gene Expression in Genetic Admixtures of Domesticated Citrus [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/191452 / Compendio

Memoria (licenciado en ciencias jurídicas y sociales) / El presente estudio tiene como objetivo comprobar la efectividad de la labor de fiscalización y sanción realizada por el Servicio Agrícola y Ganadero en nuestro país desde el período 2010 a la fecha, en el marco del comercio indebido de especies o tráfico animal, dentro del cumplimiento de la ley de caza y sobre todo a lo tocante a la fauna silvestre y exótica protegida con relación al Convenio CITES. La comprobación o no de la efectividad, se llevará a cabo por medio de la recolección de información otorgada por la ley de transparencia sobre denuncias y procesos de decomiso, solicitados para efectos de realizar esta investigación. Con la información entregada y que de ella se pueda desprender, se elaborará una serie de gráficos y tablas que nos permitirán comprender de mejor manera la situación de nuestro país Esto, nos ayudará a su vez a determinar el grado de cumplimiento de nuestro país de la normativa vigente y las obligaciones derivadas de la Convención CITES. Es así como debemos reconocer que nos encontramos en una situación que despierta la duda, principalmente por el contraste existente entre la información obtenida por Ley de Transparencia y los hechos que pudimos investigar por nuestra cuenta, lo que podremos verificar a lo largo de este trabajo.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-09-11T17:13:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoClareirasAcao.pdf: 1277177 bytes, checksum: 7a08864243db06c1ad06c10e9ef7a89b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-09-27T13:58:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoClareirasAcao.pdf: 1277177 bytes, checksum: 7a08864243db06c1ad06c10e9ef7a89b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-27T13:58:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EfeitoClareirasAcao.pdf: 1277177 bytes, checksum: 7a08864243db06c1ad06c10e9ef7a89b (MD5) Previous issue date: 2006 / Os drosofilídeos são indicadores das condições do ecossistema em relação aos efeitos do desmatamento das florestas tropicais úmidas, atuando indiretamente como ferramentas para a criação de estratégias de conservação dos grandes biomas. Foi conduzido um estudo na área petrolífera do Urucu - Am, com o intuito de comparar a riqueza e diversidade de espécies de drosofilídeos entre os habitats de clareiras artificiais (jazidas), naturais e floresta contínua. No período de 2003 a 2005 foram realizadas três excursões, nas quais foram utilizadas armadilhas contendo isca de banana fermentada. Para tal, foram utilizados 33 sítios: 11 clareiras naturais, 16 clareiras artificiais e seis transectos em floresta contínua. Além disto, foi testada experimentalmente no campo a capacidade de nove espécies desenvolverem-se nos dos habitats estudados. Foram capturados 7.652 insetos, dentre os quais 4.354 pertencentes à ordem Diptera (56,90%), distribuídos em 24 espécies de Drosophilidae, pertencentes a dois subgêneros: Sophophora e Drosophila. O padrão de abundância das espécies foi diferente entre os habitats. O subgrupo willistoni representou 60,54% do total de drosofilídeos, mais concentrado nas áreas de mata (79,09%). O segundo subgrupo mais abundante foi ananassae, representando 10,40% do total de drosofilídeos, concentrado nas jazidas (35,36%). As curvas de acumulação de espécies, com 227 amostras não tenderam a assíntota, com estimativas que variaram de 24 a 34 espécies. A análise de similaridade no coeficiente de Jaccard mostra 55% de semelhança entre os habitats de clareira natura e jazida, enquanto para Morisita ficou em torno de 98, 1 % entre a mata e clareira natural. Em relação ao experimento, D. malerkotliana foi a única espécie do subgrupo ananassae que emergiu em todos os habitats, apresentando diferenças significativas de emergência entre estes (ANOVA, p<0,001). As espécies do subgrupo willistoni apresentaram menores taxas de emergência, porém estas ocorreram apenas nas áreas de floresta independentemente do local de origem das moscas parentais. Estes resultados mostram a eficiência do método utilizado, precisando aumentar o esforço amostral para estimar a riqueza real de drosofilídeos de frutos. / Drosophilidae are ecosystem condition indicators in relation to the effects of deforestation in tropical rainforest, and are a tool for designing conservation strategies in large biomes. A study in the Urucu oilfields (State of Amazonas, Brazil), was conducted seeking to compare richness and diversity of drosophilidae in artificial clearings (oilfields), natural clearings and continuous forest. Three excursions took place between 2003 and 2005. Fermented banana traps were used in 33 sites: 11 natural clearings, 16 artificial clearings and six continuous forest transects. We also, tested in the field the ability of nine species to develop is these three habitats. We captured 7,652 insects, 4,354 of which belonging to the Order Diptera (56,90%), distributed among 24 species of Drosophilidae, of two subgenus, Sophophora and Drosophila. Species distribution varied among habitats. 60,54% of the drosophilidae were of the willistoni subgroup, heavily concentrated in primary forest (79,09%). The second largest subgroup was ananassae (10,40% of total drosophilidae), in higher concentrations in oilfields (35,36%). The species accumulation curves, with 227 samples did not approached asymptotes; the estimates varied between 24 and 34 species. Jaccard coefficient similarity analysis shows 55% likeness between natural clearing and oilfield habitats, while in Morisita it measured 98,1% between primary forest and natural clearings. D. malerkotliana was the only specie of the ananassae subgroup that appeared in all habitats, with significant variations (ANOVA, p=0.001). Willistoni subgroup species appeared less frequently, only in forest areas, regardless of the original location of parental xv flies. These results show the effectiveness of the methods used and the need to increase the sampling effort to estimate the actual diversity of fruit Drosophilidae.

Tesis por compendio / [ES] En la presente tesis doctoral nos hemos centrado en estudiar la variabilidad y aportar nuevos recursos útiles para la mejora de la calidad nutricional y organoléptica de los frutos de tomate, berenjena y pimiento, adaptando los cultivos a menores aportes de nitrógeno (N). Para lograr este propósito, llevamos a cabo una caracterización exhaustiva de la composición de los frutos, junto con importantes rasgos agronómicos, de un conjunto de recursos genéticos escasamente explorados hasta la fecha. En el primer capítulo de esta tesis, se llevó a cabo una caracterización exhaustiva de 36 compuestos y parámetros de composición del fruto, que incluían azúcares, ácidos orgánicos, antioxidantes y minerales, en un conjunto de 10 accesiones por cultivo de tomate, pimiento y berenjena, cultivados en las mismas condiciones y prácticas ecológicas. Los resultados mostraron un perfil de composición considerablemente distinto entre las tres especies, principalmente en el perfil antioxidante. Además, se encontró una gran variabilidad dentro de cada especie, lo cual es de interés para la selección de variedades con mejores perfiles nutricionales y organolépticos. En el segundo capítulo de esta tesis, se abordó la caracterización de un conjunto de líneas de introgresión (ILs) de berenjena con Solanum incanum L. como parental donante. El uso de las ILs en la mejora de la berenjena requiere asegurar que los niveles de glicoalcaloides del fruto están por debajo de los límites de seguridad. En un ensayo en dos ambientes, evaluamos 25 rasgos de composición del fruto, incluyendo composición proximal, azúcares, ácidos, compuestos fenólicos, glicoalcaloides y minerales en un conjunto de 16 ILs de berenjena con S. incanum, junto con los padres recurrente y donante, y el híbrido. Los resultados mostraron que los frutos producidos por las ILs eran seguros para el consumo, con una composición similar a la del parental recurrente. También evaluamos un conjunto de 10 de estas ILs, junto con el parental recurrente S. melongena, bajo dos dosis de fertilización de N suministradas con el sistema de riego (8.25 mM de NH4NO3 añadido al agua de riego, y ningún suministro de N externo al agua de riego). Aunque se produjo una limitación significativa en el crecimiento de la planta, en la distribución de N y C, en la carga de frutos y en la materia seca como respuesta a la minimización de los aportes de N, las ILs alcanzaron, en promedio, rendimientos finales similares bajo ambos tratamientos de N, así como produjeron frutos con similar morfología, peso y contenido en compuestos fenólicos. Estos resultados potencian las ILs como materiales de mejora útiles para la adaptación de la berenjena a bajos aportes de N. Gracias a la disponibilidad del genotipado de las ILs de berenjena, las investigaciones realizadas con esta población permitieron identificar varios QTLs asociados a caracteres morfo-agronómicos y de composición del fruto, lo que proporciona nueva información relevante para ampliar el conocimiento genético de la berenjena. En el último capítulo se presenta la primera evaluación de parámetros de calidad de fruto y rendimiento de una colección de 44 variedades del tomate resiliente 'de penjar' bajo dos niveles de fertilización de N (162 kg N ha-1 y 49 kg N ha-1). Se observó una gran variación. La reducción de los aportes de N tuvo un efecto significativo en el hue, cuya media aumentó ligeramente, y en los compuestos y parámetros relacionados con el dulzor, cuya media disminuyó en un 11-16%, mientras que el rendimiento y la mayoría de los rasgos de calidad no se vieron afectados. Estos son resultados prometedores que promueven la conservación del tomate 'de penjar' y a su utilización en programas de mejora. En definitiva, creemos que estos trabajos proporcionarán nuevos recursos fenómicos y genómicos útiles para futuros programas de mejora de las hortalizas de la familia Solanaceae. / [CAT] En la present tesi doctoral ens hem centrat en estudiar la variabilitat i aportar nous recursos útils per a la millora de la qualitat nutricional i organolèptica dels fruits de tomaca, albergínia i pimentó, adaptant els cultius a menors aportacions de nitrogen (N). Per a aconseguir aquest propòsit, duem a terme una caracterització exhaustiva de la composició dels fruits, juntament amb importants trets agronòmics, d'un conjunt de recursos genètics escassament explorats fins hui. En el primer capítol d'aquesta tesi, es va dur a terme una caracterització exhaustiva de 36 compostos i paràmetres de composició del fruit, que incloïen sucres, àcids orgànics, antioxidants i minerals, en un conjunt de 10 accessions per cultiu de tomaca, pimentó i albergínia, cultivats en les mateixes condicions i pràctiques ecològiques. Els resultats van mostrar un perfil de composició considerablement diferent entre les tres espècies, principalment en el perfil antioxidant. A més, es va trobar una gran variabilitat dins de cada espècie, la qual cosa és d'interés per a la selecció de varietats amb millors perfils nutricionals i organolèptics. En el segon capítol d'aquesta tesi, es va abordar la caracterització d'un conjunt de línies de introgressió (ILs) d'albergínia amb Solanum incanum L. com a parental donant. L'ús de les ILs en la millora de l'albergínia requereix assegurar que els nivells de glucoalcaloides del fruit estan per davall dels límits de seguretat. En un assaig en dos ambients, avaluem 25 trets de composició del fruit, incloent composició proximal, sucres, àcids, compostos fenòlics, glucoalcaloides i minerals en un conjunt de 16 ILs d'albergínia amb S. incanum, juntament amb els pares recurrent i donant, i l'híbrid. Els resultats van mostrar que els fruits produïts per les ILs eren segurs per al consum, amb una composició similar a la del parental recurrent. També avaluem un conjunt de 10 d'aquestes ILs, juntament amb el parental recurrent S. melongena, sota dues dosis de fertilització de N subministrades amb el sistema de reg (8.25 mM de NH4NO3 afegit a l'aigua de reg, i cap subministrament de N extern a l'aigua de reg). Encara que es va produir una limitació significativa en el creixement de la planta, en la distribució de N i C, en la càrrega de fruits i en la matèria seca com a resposta a la minimització de les aportacions de N, les ILs van aconseguir, en mitjana, rendiments finals similars sota tots dos tractaments de N, així com van produir fruits amb similar morfologia, pes i contingut en compostos fenòlics. Aquests resultats potencien les ILs com a materials de millora útils per a l'adaptació de l'albergínia a baixes aportacions de N. Gràcies a la disponibilitat del genotipat de les ILs d'albergínia, les investigacions realitzades amb aquesta població van permetre identificar diversos QTLs associats a caràcters morf-agronòmics i de composició del fruit, la qual cosa proporciona nova informació rellevant per a ampliar el coneixement genètic de l'albergínia. En l'últim capítol es presenta la primera avaluació de paràmetres de qualitat de fruit i rendiment d'una col·lecció de 44 varietats de la tomaca resilient 'de penjar' sota dos nivells de fertilització de N (162 kg N ha-1 i 49 kg N ha-1). Es va observar una gran variació. La reducció de les aportacions de N va tindre un efecte significatiu en el hue, la mitjana del qual va augmentar lleugerament, i en els compostos i paràmetres relacionats amb la dolçor, la mitjana de la qual va disminuir en un 11-16%, mentre que el rendiment i la majoria dels trets de qualitat no es van veure afectats. Aquests són resultats prometedors que promouen la conservació de la tomaca 'de penjar' i a la seua utilització en programes de millora. En definitiva, creiem que aquests treballs proporcionaran nous recursos fenòmics i genòmics útils per a futurs programes de millora de les hortalisses de la família Solanaceae. / [EN] In the present doctoral thesis, we have focused on studying the variability and providing new useful resources for the improvement of the nutritional and organoleptic quality of tomato, eggplant and pepper fruits, adapting crops to lower nitrogen (N) inputs. To achieve this purpose, we carried out a comprehensive characterization of fruit composition, together with important agronomic traits, of a set of genetic resources scarcely explored up to date. In the first chapter of this thesis, a comprehensive characterization of 36 compounds and fruit compositional parameters, including sugars, organic acids, antioxidants and minerals, was carried out on a set of 10 accessions per cultivar of tomato, pepper and eggplant, grown under the same organic farming practices. The results showed a considerably different composition profile among the three species, mainly in the antioxidant profile. In addition, a great variability was found within each species, which is of interest for the selection of varieties with better nutritional and organoleptic profiles. In the second chapter of this thesis, the characterization of a set of eggplant introgression lines (ILs) with Solanum incanum L. as the donor parent was addressed. The use of ILs in eggplant breeding requires ensuring that fruit glycoalkaloid levels are below safety limits. In a two-environment trial, we evaluated 25 fruit compositional traits, including proximal composition, sugars, acids, phenolic compounds, glycoalkaloids, and minerals in a set of 16 eggplant ILs with S. incanum, along with the recurrent and donor parents, and the hybrid. The results showed that the fruits produced by the ILs were safe for consumption, with a composition similar to that of the recurrent parent. We also evaluated a set of 10 of these ILs, along with the recurrent parent S. melongena, under two doses of N fertilization supplied with the irrigation system (8.25 mM NH4NO3 added to the irrigation water, and no external N supply to the irrigation water). Although there was a significant limitation in plant growth, N and C distribution, fruit load and dry matter in response to minimized N inputs, the ILs achieved, on average, similar final yields under both N treatments, as well as produced fruits with similar morphology, weight and phenolic content. These results enhance ILs as useful breeding materials for the adaptation of eggplant to low N inputs. Thanks to the availability of genotyping of eggplant ILs, the investigations carried out using this population enabled the identification of several QTLs associated with morpho-agronomic and fruit composition traits, providing new relevant information to expand the genetic knowledge of eggplant. The last chapter presents the first evaluation of fruit quality and yield parameters of a collection of 44 varieties of the resilient tomato 'de penjar' under two levels of N fertilization (162 kg N ha-1 and 49 kg N ha-1). A large variation was observed. Reduced N inputs had a significant effect on hue, whose mean increased slightly, and on sweetness-related compounds and parameters, whose mean decreased by 11-16%, while yield and most quality traits were unaffected. These are promising results that promote the conservation of the 'de penjar' tomato and its use in breeding programs. Ultimately, we believe that this work will provide new phenomic and genomic resources useful for future breeding programs of vegetables of the Solanaceae family. / Elena Rosa Martínez is grateful to the Ministerio de Economía, Industria y Competitividad (MINECO) for a pre-doctoral grant (no. BES-2016-077482), which has funded the doctoral thesis presented herein. This predoctoral grant is part of the research project “Mejora genética de la calidad funcional y aparente de la berenjena”, which has been funded by the Ministerio de Economía, Industria y Competitividad and the European Regional Development Fund (MINECO/FEDER) under grant no. AGL2015- 64755-R. The work presented in this thesis was also undertaken as part of the initiative “Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives” (http://www.cwrdiversity.org/), which is supported by the Government of Norway and managed by the Global Crop Diversity Trust with the Millennium Seed Bank of the Royal Botanic Gardens, Kew; as part of three European projects, namely, G2PSOL (“Linking genetic resources, genomes and phenotypes of Solanaceous crops”) and BRESOV (“Breeding for resilient, efficient and sustainable organic vegetable production”), which have been funded by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under grant agreements no. 677379 and no. 77424, respectively, and SOLNUE (“Tomato and eggplant nitrogen utilization efficiency in Mediterranean environments”), in the framework of the H2020 call SusCrop-ERA-Net; ID#47, which has been funded by the Spanish Agencia Estatal de Investigación under grant agreement no. PCI2019-103375; and finally as part of the national project “Las variedades tradicionales de tomate para el desarrollo de una horticultura biodiversa y sostenible en un contexto de cambio climático”, funded by Generalitat Valenciana (Conselleria d’Innovació, Universitats, Ciència I Societat Digital) under grant agreement no. AICO/2020/042. / Rosa Martínez, E. (2022). Characterization and Enhancement of Genetic Resources for the Improvement of Nutritional and Organoleptic Quality in Solanaceae Vegetable Crops [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/182169 / Compendio