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Comparação entre alguns métodos estatísticos em análise de sobrevivência: aplicação em uma coorte de pacientes com câncer de pênis / Comparison of some statistical methods in survival analysis: application in a cohort of patients with penile cancer

Latorre, Maria do Rosario Dias de Oliveira 05 June 1996 (has links)
O objetivo deste trabalho foi comparar o desempenho do modelo de riscos proporcionais de Cox convencional, modelo de Cox modificado quando os riscos não são proporcionais e o modelo de análise de sobrevida baseado na teoria de processos de contagem. Para tanto utilizou-se uma coorte de 648 pacientes portadores de câncer de pênis, atendidos no Departamento de Cirurgia Pélvica do Hospital A. C. Camargo, no período de 1953 a 1985. Dessa coorte foram selecionadas três amostras com o objetivo de validar internamente os resultados da análise de sobrevida do banco de dados original. Os resultados do modelo de riscos proporcionais de Cox, no banco de dados original, foram confirmados por uma das amostras desse conjunto de dados. Apenas o estadiamento N foi confirmado como fator prognóstico também nas outras duas amostras. O modelo de riscos proporcionais de Cox e o modelo de análise de sobrevida baseado na teoria de processos de contagem apresentaram resultados semelhantes, na definição dos fatores prognósticos dessa coorte de pacientes com câncer de pênis. O modelo utilizando processos de contagem é mais sofisticado, do ponto de vista matemático. Porém o modelo de Cox está disponível em grande número de pacotes estatísticos e a interpretação de seus coeficientes se faz com maior facilidade. Por isso, talvez, continue a ser a técnica estatística mais utilizada quando o objetivo do estudo é definir fatores prognósticos e grupos de risco. Os fatores prognósticos para a sobrevida de pacientes com câncer de pênis foram os estadiamentos T e N e o grau de diferenciação do tumor. Esses resultados foram ajustados pelo ano de início de tratamento no Hospital A.C. Camargo. Os pacientes com prognóstico favorável foram os que apresentaram tumor pequeno, sem presença de linfonodos clinicamente positivos, e tumor bem diferenciado. / The aim of this study was to compare the performance of the Cox proportional hazards model, the Cox model with time-dependent covariates and the survival model using the counting process theory. These methods were applied in a cohort of 648 patients with penile cancer treated at the Department of Pelvic Surgery, Hospital A.C. Camargo (São Paulo-Brazil), between 1953 and 1985. Three samples were selected from the total database in order to check the internal validity. The prognostic factors selected using the Cox proportional hazards model were the same in one sample. The only prognostic factor selected in all samples was the N stage. The T and N stages, and the grade of differentiation were independent prognostic factors of survival using both the Cox proportional hazards model and the survival,model using the counting process theory. The statistical significance was the same and even the values of estimation of the coefficients were very close. The survival model using the counting process is more sophisticated from the mathematical point of view, but the Cox model is more available in statistical software, and, probably because of this, is more applied in survival analysis than the model using the counting processo Patients with small tumors, clinically negatives nodes and well differentiated tumors showed a favorable prognosis. These results were adjusted by year of the beginning in the study.
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Verossimilhança hierárquica em modelos de fragilidade / Hierarchical likelihood in frailty models

Amorim, William Nilson de 12 February 2015 (has links)
Os métodos de estimação para modelos de fragilidade vêm sendo bastante discutidos na literatura estatística devido a sua grande utilização em estudos de Análise de Sobrevivência. Vários métodos de estimação de parâmetros dos modelos foram desenvolvidos: procedimentos de estimação baseados no algoritmo EM, cadeias de Markov de Monte Carlo, processos de estimação usando verossimilhança parcial, verossimilhança penalizada, quasi-verossimilhança, entro outros. Uma alternativa que vem sendo utilizada atualmente é a utilização da verossimilhança hierárquica. O objetivo principal deste trabalho foi estudar as vantagens e desvantagens da verossimilhança hierárquica para a inferência em modelos de fragilidade em relação a verossimilhança penalizada, método atualmente mais utilizado. Nós aplicamos as duas metodologias a um banco de dados real, utilizando os pacotes estatísticos disponíveis no software R, e fizemos um estudo de simulação, visando comparar o viés e o erro quadrático médio das estimativas de cada abordagem. Pelos resultados encontrados, as duas metodologias apresentaram estimativas muito próximas, principalmente para os termos fixos. Do ponto de vista prático, a maior diferença encontrada foi o tempo de execução do algoritmo de estimação, muito maior na abordagem hierárquica. / Estimation procedures for frailty models have been widely discussed in the statistical literature due its widespread use in survival studies. Several estimation methods were developed: procedures based on the EM algorithm, Monte Carlo Markov chains, estimation processes based on parcial likelihood, penalized likelihood and quasi-likelihood etc. An alternative currently used is the hierarchical likelihood. The main objective of this work was to study the hierarchical likelihood advantages and disadvantages for inference in frailty models when compared with the penalized likelihood method, which is the most used one. We applied both approaches to a real data set, using R packages available. Besides, we performed a simulation study in order to compare the methods through out the bias and the mean square error of the estimators. Both methodologies presented very similar estimates, mainly for the fixed effects. In practice, the great difference was the computational cost, much higher in the hierarchical approach.
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Avaliação da concordância interobservadores de critérios morfológicos no diagnóstico de tumores de glândula hepatoide em cães e determinação do valor prognóstico de aspectos clínico-patológicos e marcadores imuno-histoquímicos / Evaluation of interobserver agreement of morphological criteria in the diagnosis of hepatoid gland tumors in dogs and determination of the prognostic value of clinicopathological aspects and immunohistochemical markers

Wasques, Danilo Gouveia 17 August 2018 (has links)
Diferentes estudos têm demonstrado uma variação importante na frequência diagnóstica dos tumores de glândula hepatoide em cães, possivelmente devido à ausência de critérios morfológicos claros e bem estabelecidos em seu diagnóstico. Não estão bem definidos os critérios clínico-patológicos associados ao comportamento biológico destas neoplasias. Alguns estudos levantam a hipótese de participação do mecanismo de transição epitélio-mesenquimal devido à frequente imunoexpressão de vimentina em tumores de glândula hepatoide, porém esta hipótese permanece sem comprovação. O objetivo deste trabalho foi avaliar a concordância diagnóstica entre patologistas, assim como investigar o mecanismo de transição epitélio-mesenquimal e a taxa de proliferação celular por marcadores imuno-histoquímicos e, por fim, correlacioná-los com sobrevida para investigação de possíveis valores prognósticos. Cinco patologistas avaliaram 57 tumores de glândula hepatoide quanto ao diagnóstico e quanto a diversos critérios morfológicos e, com base nestes critérios, foram desenvolvidos algoritmos diagnósticos por meio de árvores de regressão por partição recursiva. Adicionalmente, foram investigadas as imunoexpressões de vimentina, pancitoqueratina, E-caderina e Ki-67 em 78 lesões, comparando-as entre glândulas normais, tumores benignos, tumores malignos e tumores malignos vasculoinvasivos/metastáticos. A sobrevida livre de recorrência local, recorrência da doença, sobrevida global e sobrevida doença-específica foram investigadas em 33 pacientes. Houve concordância média razoável em análise interobservador quanto ao diagnóstico (k=0,54), com potencial de melhora para concordância média boa após aplicação de dois novos algoritmos diagnósticos (k=0,64 e 0,65, respectivamente). Em relação aos marcadores imuno-histoquímicos, foram observadas maior expressão de vimentina e menor expressão de E-caderina em tumores malignos em comparação aos tumores benignos. Adicionalmente, observou-se uma forte correlação negativa entre a expressão de vimentina em células de reserva e expressão de pancitoqueratina em células diferenciadas (p=-0,65, p<0,0001), além de maiores taxas de proliferação celular (Ki-67) e contagem de mitoses em tumores malignos em comparação com tumores benignos. Em análise univariada de sobrevida doença-específica, os fatores prognósticos foram a presença de invasão vascular ou metástase no momento do diagnóstico, o escore de E-caderina em células de reserva e diferenciadas, e o tamanho tumoral. Em relação ao tempo de sobrevida livre de doença, os fatores prognósticos foram a presença de invasão vascular ou metástase no momento do diagnóstico, escore de E-caderina em células de reserva e diferenciadas, perda de polaridade celular, grau de infiltração, histórico de doença recorrente, escore de morfologia fusiforme e proporção de células de reserva. Os resultados do presente estudo confirmaram que existe um grau de discordância diagnóstica entre patologistas que poderia explicar parte da variação observada na prevalência de carcinomas de glândula hepatoide em literatura, e de que existe potencial para melhora da concordância diagnóstica por meio dos algoritmos propostos. Ainda, os achados reforçaram a hipótese de que o mecanismo de transição epitélio-mesenquimal participa na progressão tumoral em neoplasias hepatoides em cães, explicando a frequente imunoexpressão de vimentina observada nestes tumores. Por fim, foi demonstrado que a presença de invasão vascular ou metástase no momento do diagnóstico tem impacto significativo na sobrevida dos animais, assim como há outras características clínicas, morfológicas e imuno-histoquímicas com valor prognóstico para recorrência da doença e sobrevida. / An important variation in the prevalence of canine hepatoid gland carcinoma is currently reported, likely due to lack of consistent and well-defined criteria. Additionally, clinical and pathological features predictive of biological behavior are not well defined. The epithelial-mesenchymal transition mechanism has been proposed as a possible explanation for the frequent expression of vimentin by neoplastic hepatoid gland cells, but this hypothesis remains elusive. The present study aimed to define the level of diagnostic agreement between different pathologists, investigate immunohistochemical and morphological features indicative of epithelial-mesenchymal transition, and to evaluate candidate features that might be predictive of biological behavior. Five pathologists diagnosed and classified morphological features for 57 hepatoid gland tumors, and diagnostic algorithms were built with recursive partitioning analysis. Additionally, vimentin, pancytokeratin, E-cadherin and ki-67 immunohistochemical expression were evaluated for 78 lesions, and expression levels were compared between normal glands, benign tumors, malignant tumors, and vasculo-invasive/metastatic tumors. Local recurrence free survival, disease free survival, overall survival and disease-specific survival were evaluated for 33 cases. There was a fair mean interobserver agreement for diagnosis (k=0,54), that could potentially be improved to a good mean agreement with the use of two novel diagnostic algorithms (k=0,64 and 0,65). Additionally, higher levels of vimentin expression and lower levels of E-cadherin expression were noted in malignant tumors, as compared to benign tumors, and there was a strong negative correlation between vimentin expression in reserve cells and pancytokeratin expression in differentiated cells (p=-0,65, p<0,0001). Proliferation index (ki67) and mitotic count were higher for malignant tumors when compared to benign tumors. In univariate survival analysis, vascular invasion or metastasis at the time of diagnosis, E-cadherin score in differentiated and reserve cells and tumor size were predictive of disease-specific survival. Vascular invasion or metastasis at the time of diagnosis, E-cadherin score in differentiated and reserve cells, loss of cell polarity, grade of invasiveness, history of recurrent disease, spindle cell morphology score and proportion of reserve cells were predictive of disease-free survival. The results of this study demonstrate a level of diagnostic disagreement between pathologists that might explain, at least partially, the variation of prevalence of hepatoid gland carcinoma in current literature, and that this diagnostic agreement could potentially be improved. Also, these findings support the role of epithelial-mesenchymal transition in the progression of canine hepatoid gland tumors, and this mechanism could explain the frequent expression of vimentin in this particular neoplasia. Finally, it was shown that vascular invasion or metastasis at the time of diagnosis has a significant impact on survival, and that additional clinical, morphological and immunohistochemical features might also have predictive value for disease recurrence and survival.
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Uso de métodos bayesianos na análise de dados de sobrevida para pacientes com câncer na mama na presença de censuras, fração de cura e covariáveis / Use of Bayesian methods in the analysis of survival data for pacients with breast cancer in presence of censoring, cure fraction and covariates

Tatiana Reis Icuma 10 June 2016 (has links)
Introdução: A maior causa de mortes no mundo é devido ao câncer, cerca de 8,2 milhões em 2012 (World Cancer Report, 2014). O câncer de mama é a forma mais comum de câncer entre as mulheres e a segunda neoplasia mais frequente, seguida do câncer de pele não melanoma, representando cerca de 25% de todos os tipos de cânceres diagnosticados. Modelos estatísticos de análise sobrevivência podem ser úteis para a identificação e compreensão de fatores de risco, fatores de prognóstico, bem como na comparação de tratamentos. Métodos: Modelos estatísticos de análise de sobrevivência foram utilizados para evidenciar fatores que afetam os tempos de sobrevida livre da doença e total de um estudo retrospectivo realizado no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, referente a 54 pacientes com câncer de mama localmente avançado com superexpressão do Her-2 que iniciaram a quimioterapia neoadjuvante associada com o medicamento Herceptin® (Trastuzumabe) no período de 2008 a 2012. Utilizaram-se modelos univariados com distribuição Weibull sem e com a presença de fração de cura sob o enfoque frequentista e bayesiano. Utilizou-se modelos assumindo uma estrutura de dependência entre os tempos observados baseados na distribuição exponencial bivariada de Block Basu, na distribuição geométrica bivariada de Arnold e na distribuição geométrica bivariada de Basu-Dhar. Resultados: Resultados da análise univariada sem a presença de covariáveis, o modelo mais adequado às características dos dados foi o modelo Weibull com a presença de fração de cura sob o enfoque bayesiano. Ao incorporar nos modelos as covariáveis, observou-se melhor ajuste dos modelos com fração de cura, que evidenciaram o estágio da doença como um fator que afeta a sobrevida livre da doença e total. Resultados da análise bivariada sem a presença de covariáveis estimam médias de tempo de sobrevida livre da doença para os modelos Block e Basu, Arnold e Basu-Dhar de 108, 140 e 111 meses, respectivamente e de 232, 343, 296 meses para o tempo de sobrevida total. Ao incorporar as covariáveis, os modelos evidenciam que o estágio da doença afeta a sobrevida livre da doença e total. No modelo de Arnold a covariável tipo de cirurgia também se mostrou significativa. Conclusões: Os resultados do presente estudo apresentam alternativas para a análise de sobrevivência com tempos de sobrevida na presença de fração de cura, censuras e várias covariaveis. O modelo de riscos proporcionais de Cox nem sempre se adequa às características do banco de dados estudado, sendo necessária a busca de modelos estatísticos mais adequados que produzam inferências consistentes. / Introduction: The leading worldwide cause of deaths is due to cancer, about 8.2 million in 2012 (World Cancer Report, 2014). Breast cancer is the most common form of cancer among women and the second most common cancer, followed by non-melanoma skin cancer, accounting for about 25% of all diagnosed types of cancers. Statistical analysis of survival models may be useful for the identification and understanding of risk factors, prognostic factors, and the comparison treatments. Methods: Statistical lifetimes models were used to highlight the important factors affecting the disease-free times and the total lifetime about a retrospective study conducted at the Hospital das Clinicas, Faculty of Medicine, University of São Paulo, Ribeirão Preto, referring to 54 patients with locally advanced breast cancer with Her-2 overexpression who started neoadjuvant chemotherapy associated with the drug Herceptin® (Trastuzumab) in the time period ranging from years 2008 to 2012. It was used univariate models assuming Weibull distribution with and without the presence of cure fraction under the frequentist and Bayesian approaches. It was also assumed models assuming a dependence structure between the observed times based on the bivariate Block-Basu exponential distribution, on the bivariate Arnold geometric distribution and on the bivariate Basu-Dhar geometric distribution. Results: From the results of the univariate analysis without the presence of covariates, the most appropriate model for the data was the Weibull model in presence of cure rate under a Bayesian approach. By incorporating the covariates in the models, there was best fit of models with cure fraction, which showed that the stage of the disease was a factor affecting disease-free survival and overall survival. From the bivariate analysis results without the presence of covariates, the estimated means for free survival time of the disease assuming the Block- Basu, Arnold and Basu-Dhar models were respectively given by 108, 140 and 111; for the overall survival times the means were given respectively by, 232, 343, 296 months. In presence of covariates, the models showed that the stage of the disease affects the disease-free survivals and the overall survival times. Assuming the Arnold model, the covariate type of surgery also was significant. Conclusions: The results of this study present alternatives for the analysis of survival times in the presence of cure fraction, censoring and covariates. The Cox proportional hazards model not always is apropriate to the database characteristics studied, which requires the search for more suitable statistical models that produce consistent inferences.
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Avaliação do desempenho de modelos preditivos no contexto de análise de sobrevivência / Evaluation of predictive models in survival analysis.

Santos, Tiago Mendonça dos 17 May 2013 (has links)
Modelos estatísticos com objetivos preditivos são frequentemente aplicados como ferramentas no processo de tomadas de decisão em diversas áreas. Uma classe importante de modelos estatísticos é composta por modelos de análise de sobrevivência. Duas quantidades são de interesse nessa classe: o tempo até o instante do evento de interesse ou o status para um determinado instante de tempo fixado. Aplicações importantes desses modelos incluem a identificação de novos marcadores para certas doenças e definição de qual terapia será mais adequada de acordo com o paciente. Os marcadores utilizados podem ser dados por biomarcadores, assim como por marcadores baseados em modelos de regressão. Um exemplo de marcador baseado em modelos de regressão é dado pelo preditor linear. Ainda que a utilização de modelos de sobrevivência com objetivos preditivos seja de suma importância, a literatura nesse assunto é muito esparsa e não há consenso na forma de se avaliar o desempenho preditivo desses. Esse trabalho pretende reunir e comparar diferentes abordagens de se avaliar o desempenho preditivo de modelos de sobrevivência. Essa avaliação é feita principalmente utilizando-se funções de perda para o tempo de sobrevivência e quantidades associadas a diferentes definições de curva ROC para o status. Para a comparação dessas diferentes metodologias foi feito um estudo de simulação e no final aplicou-se essas técnicas em um conjunto de dados de um estudo do Instituto do Câncer de São Paulo. / In many fields, predictive models are often applied as a helpful tool in the decision making process. An important class of predictive models is composed by survival models. Two quantities of special interest in these class are: time until the occurrence of a specified event and survival status for a fixed moment of time. Important applications of these models include new markers identification for certain diseases, as well as defining which therapy is the most appropriated for a patient. Markers can be given by biomarkers, but they can also be derived from regression models. An example of regression models based markers is the linear predictor. Despite the importance of survival models applications with predictive goals, literature is this subject is very sparse and there is no agreement on the best methodology to evaluate predictive performance of these models. In this work we intend to assemble and to compare different methodologies for assessing the predictive performance of survival models. This assessment is made mainly with loss functions for the survival time and ROC curve associated quantities for status. An simulation study was done in order to compare these different methodologies, which were also applied to a study about survival of patients at ICU of ICESP (Instituto do Câncer de São Paulo)
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Extensões de distribuições com aplicação à analise de sobrevivência / Extensions of distributions with application to survival analysis

Olmos, Yolanda Magaly Gómez 09 February 2017 (has links)
Nesta tese serão estudadas diferentes generalizações de algumas distribuições bem conhecidas na literatura para os tempos de vida, tais como exponencial, Lindley, Rayleigh e exponencial segmentada, entre outras, e compará-las com outras extensões com suporte positivo. A finalidade dessas generalizações é flexibilizar a função de risco de modo que possam assumir formas mais flexíveis. Além disso, pretende-se estudar propriedades importantes dos modelos propostos, tais como os momentos, coeficientes de curtose e assimetria e função quantílica, entre outras. A estimação dos parâmetros é abordada através dos métodos de máxima verossimilhança, via algoritmo EM (quando for possível) ou também, do método dos momentos. O comportamento desses estimadores foi avaliado em estudos de simulação. Foram ajustados a conjuntos de dados reais, usando uma abordagem clássica, e compará-los com outras extensões na literatura. Finalmente, um dos modelos propostos é considerado no contexto de fração de cura. / The main focus of this thesis is the study of generalizations for some positive distributions widely known in the literature of lifetime analysis, such as the exponential, Lindley, Rayleigh and segmented exponential. Comparisons of the proposed extensions and alternative extensions in the literature such as the generalized exponential distribution, are reported. Moreover, of interest is also the study of some properties of the proposed distributions such as moments, kurtosis and asymmetry coefficients, quantile functions and the risk function. Parameter estimation is approached via maximum likelihood (using the EM-algorithm when available) and the method of moments as initial parameter estimators. Results of simulation studies are reported comparing the performance of these estimators with small and moderate sample sizes. Further comparisons are reported for real data applications, where the proposed models show satisfactory performance. Finally, one of the models proposed is considered no context of cure rate.
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Câncer colorretal localmente avançado: resultados do tratamento cirúrgico e fatores  prognósticos / Locally advanced colorectal cancer: surgical treatment results and prognostic factors

Hamra, Maria Celia Calijuri 19 August 2009 (has links)
Introdução: O Câncer Colorretal (CCR) localmente avançado é caracterizado pela aderência ou invasão do tumor primário a órgãos ou estruturas vizinhas. Nesses pacientes, a realização de cirurgia alargada por meio de ressecção multivisceral em bloco constitui a melhor alternativa para prover perspectivas de cura. Os objetivos desse estudo foram estimar a incidência das lesões localmente avançadas em nosso meio, avaliar os resultados operatórios e investigar os fatores que influenciaram o prognóstico. Pacientes e Métodos: realizou-se estudo coorte retrospectivo incluindo 679 pacientes com CCR que foram submetidos a tratamento cirúrgico entre 1995 a 2007. Foram anotados dados clínicos (idade, sexo e co-morbidades), cirúrgicos e histológicos (localização da neoplasia, órgãos adjacentes comprometidos e disseminação tumoral) dos pacientes portadores de neoplasia colorretal localmente avançada. Os índices de sobrevida foram estimados pela curva de Kaplan Meier considerando apenas os doentes que foram submetidos à operações com intenção curativa. Resultados: 90 pacientes (13,2%) com tumor localmente avançado foram identificados. A idade média foi de 59 anos e houve predomínio no sexo feminino (61%). A distribuição topográfica demonstrou que 66% dos tumores localizavam-se no cólon e 34% no reto. A distribuição quanto ao sexo revelou maior prevalência dos tumores retais entre as mulheres (77%; p=0,02). Complicações no pós-operatório foram registradas em 25,6% dos doentes, representados principalmente por deiscência e/ou infecção da parede abdominal (22%), íleo prolongado (14,8%) e deiscência de anastomose (11,1%). A mortalidade peri-operatória foi de 3,3%. Os órgãos mais freqüentemente envolvidos foram o intestino delgado (19,9%), bexiga (16,4%) e útero (12,9%). Quanto à penetração tumoral, foram detectadas lesões T4 em 58% e lesões T3 em 42%. A sobrevida de 5 anos foi menor entre os tumores T4 em relação às lesões T3 (50% vs. 75%; p=0,01). Em média, 21,6 linfonodos (LN) foram ressecados durante os procedimentos e o envolvimento linfonodal pela neoplasia determinou sobrevida menor (35% LN+ vs. 80%LN -; p=0,004). Observou-se também redução dos índices de sobrevida associados a outros fatores como a presença da invasão vascular, linfática e perineural (35% vs. 80%; p=0,02), e localização retal dos tumores quando comparada às lesões colônicas (45% vs. 65%; p=0,01). Por outro lado, o caráter neoplásico (59%) ou inflamatório (41%) das aderências não influenciou significativamente os índices de sobrevida (55% vs. 65%, p=0,60). Conclusão: 1) durante o período de estudo, detectaram-se lesões localmente avançadas em 13,2% dos pacientes; 2) ocorreram complicações operatórias em 25% dos procedimentos; 3) a sobrevida dos pacientes submetidos a operações com intenção curativa sofreu impacto negativo na presença de maior penetração na parede, invasão vascular, linfática e perineural, nos tumores de localização retal e naqueles com linfonodos comprometidos; 4) outras variáveis como tipo histológico, grau de diferenciação tumoral, número de órgãos ressecados, transfusão de sangue e caráter das aderências entre órgãos não influenciaram as chances de sobrevida / Locally advanced colorectal tumors are characterized by adherence or invasion of the primary tumor into surrounding structures and organs. For these patients, an en-bloc multivisceral resection represents the best alternative for cure. The aims of this study were to estimate the incidence of locally advanced lesions in our service, to evaluate operative results and to investigate factors that could influence prognosis. A retrospective cohort study was performed including 679 patients with colorectal cancer (CRC) who underwent surgery from 1995 to 2007. Clinical (age, gender, comorbidities), surgical and histological (tumor location, involved organs and tumor spreading) data were collected from patients with locally advanced colorectal cancer. Survival rates were estimated by the Kaplan-Meier curve considering only patients who underwent curative procedures. Ninety patients (13.2%) with locally advanced tumors were identified. Average age was 59 years and there was a female predominance (61%). Regarding topographic distribution, 66% of the lesions were colonic and 34% were located in the rectum. Gender distribution showed a higher prevalence of rectal tumors among women (77%; p=0.02). Postoperative morbidity occurred in 25.6% of the patients, the most common being abdominal wall infection (22%), prolonged ileus (14.8%) and anastomosis dehiscence (11.1%). Mortality rate was 3.3%. Involvement of adjacent organs was more frequently detected with the small intestine (19.9%), bladder (16.4%) and uterus (12.9%). Concerning tumor penetration, there were detected T4 lesions in 58% and T3 lesions in 42%; Five years survival was smaller in the former lesions (50% vs. 75%; p=0.01). During surgery 21.6 lymph nodes were resected on average, and the presence of positive nodes determined shorter survival (35% vs. 80%, p=0.004). It was also observed shorter survival rates associated with other factors such as the presence of vascular, lymphatic, and perineural invasion (35% vs. 80%, p=0.02) and rectal tumor location compared to colonic ones (45% vs. 65%, p=0.01). On the other hand, the neoplastic (59%) or inflammatory nature (41%) of adhesions did not significantly influence survival rates (55% vs. 65%, p=0.60). During the period of study it was possible to conclude that 1) locally advanced lesions represented 13.2% of the patients; 2) there were operative complications in 25% of the procedures; 3) survival of patients undergoing curative-intended surgery had a negative impact with deeper tumor wall penetration, vascular, lymphatic and/or perineural invasion, rectal location (compared to colonic) and positive lymph nodes. 4) other variables such as histological type, tumoral differentiation and number of resected organs, blood transfusion and character of adhesions between organs did not affect chances of survival
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Modelos multiníveis Weibull com efeitos aleatórios / Multilevel Weibull models with random effects

Hernandez Barajas, Freddy 28 February 2013 (has links)
Os modelos multiníveis são uma classe de modelos úteis na análise de bases de dados com estrutura hierárquica. No presente trabalho propõem-se os modelos multiníveis com resposta Weibull, nos quais são considerados interceptos aleatórios na modelagem dos dois parâmetros da distribuição da variável resposta. Os modelos aqui propostos são flexíveis devido a que a distribuição dos interceptos aleatórios pode der escolhida entre uma das seguintes quatro distribuições: normal, log--gama, logística e Cauchy. Uma extensão dos modelos é apresentada na qual é possível incluir na parte sistemática dos dois parâmetros da distribuição da variável resposta interceptos e inclinações aleatórias com distribuição normal bivariada. A estimação dos parâmetros é realizada pelo método de máxima verossimilhança usando a quadratura de Gauss--Hermite para aproximar a função de verossimilhança. Um pacote em linguagem R foi desenvolvido especialmente para a estimação dos parâmetros, predição dos efeitos aleatórios e para a obtenção dos resíduos nos modelos propostos. Adicionalmente, por meio de um estudo de simulação foi avaliado o impacto nas estimativas dos parâmetros do modelo ao assumir incorretamente a distribuição dos interceptos aleatórios. / Multilevel models are a class of models useful in the analysis of datasets with hierarchical structure. In the present work we propose multilevel Weibull models in which random intercepts are considered to model the two parameters of the Weibull distribution. The proposed models are flexible due to random intercepts distribution can be chosen from one of the four following distributions: normal, log-gamma, logistics and Cauchy. An extension of the models is presented in which we can include, in the systematic part of the two parameters of the distribution, random intercepts and slopes with a bivariate normal distribution. The parameter estimation is performed by maximum likelihood method using the Gauss Hermite quadrature to approximate the likelihood function. A package in R language was especially developed to obtain parameter estimation, random effects predictions and residuals for the proposed models. Additionally, through a simulation study we investigated the misspecification random effect distribution on estimated parameter for the proposed model
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Distribuições das classes Kumaraswamy generalizada e exponenciada: propriedades e aplicações / Distributions of the generalized Kumaraswamy and exponentiated classes: properties and applications

Braga Junior, Antonio Carlos Ricardo 04 April 2013 (has links)
Recentemente, Cordeiro e de Castro (2011) apresentaram uma classe generalizada baseada na distribuição Kumaraswamy (Kw-G). Essa classe de distribuições modela as formas de risco crescente, decrescente, unimodal e forma de U ou de banheira. Uma importante distribuição pertencente a essa classe é a distribuição Kumaraswamy Weibull modificada (KwMW) proposta por Cordeiro; Ortega e Silva (2013). Com isso foi utilizada essa distribuição para o desenvolvimento de algumas novas propriedades e análise bayesiana. Além disso, foi desenvolvida uma nova distribuição de probabilidade a partir da distribuição gama generalizada geométrica (GGG) que foi denominada de gama generalizada geométrica exponenciada (GGGE). Para a nova distribuição GGGE foram calculados os momentos, a função geradora de momentos, os desvios médios, a confiabilidade e as estatísticas de ordem. Desenvolveu-se o modelo de regressão log-gama generalizada geométrica exponenciada. Para a estimação dos parâmetros, foram utilizados os métodos de máxima verossimilhança e bayesiano e, finalmente, para ilustrar a aplicação da nova distribuição foi analisado um conjunto de dados reais. / Recently, Cordeiro and de Castro (2011) showed a generalized class based on the Kumaraswamy distribution (Kw-G). This class of models has crescent risk forms, decrescent, unimodal and U or bathtub form. An important distribution belonging to this class the Kumaraswamy modified Weibull distribution (KwMW), proposed by Cordeiro; Ortega e Silva (2013). Thus this distribution was used to develop some new properties and bayesian analysis. Furthermore, we develop a new probability distribution from the generalized gamma geometric distribution (GGG) which it is called generalized gamma geometric exponentiated (GGGE) distribution. For the new distribution we calculate the moments, moment generating function, mean deviation, reliability and order statistics. We define a log-generalized gamma geometric exponentiated regression model. The methods used to estimate the model parameters are: maximum likelihood and bayesian. Finally, we illustrate the potentiality of the new distribution by means of an application to a real data set.
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Estudo da expansão da Leishmaniose Visceral no estado de São Paulo e de fatores intervenientes / Study the expansion of visceral leishmaniasis in São Paulo state and intervening factors

Oliveira, Agda Maria 06 May 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: Leishmaniose visceral (LV) é uma doença negligenciada que afeta milhões de pessoas no mundo e que constitui um grave problema de saúde pública. OBJETIVOS: Descrever no tempo e no espaço, a dispersão de Lutzomyia longipalpis e a expansão da LV no estado de São Paulo (SP); identificar fatores associados a estes processos. MÉTODOS: Foram realizados estudos descritivos, ecológicos e de análise de sobrevida. Informações sobre o vetor e os casos foram obtidas na Superintendência de Controle de Endemias e no Sistema de Informações de Agravos de Notificação para o período de 1997 a 2014. A área de estudo foi composta pelos 645 municípios de SP. Foram produzidos mapas temáticos e de fluxo e calcularam-se incidência, mortalidade e letalidade por LV em humanos (LVH). Utilizou-se a técnica de análise de sobrevida (Curvas de Kaplan-Meier e Regressão de Cox) para a identificação de fatores associados à dispersão do vetor e expansão da LV. RESULTADOS: A partir da detecção de Lu. longipalpis em Araçatuba em 1997, deram-se a ocorrência do primeiro caso canino (LVC) (1998) e o primeiro caso humano (LVH) autóctones (1999) em SP. Até 2014, foi detectada a presença do vetor em 173 (26,8 por cento ) municípios, LVC em 108 (16,7 por cento ) e LVH em 84 (13 por cento ). A expansão dos três fenômenos ocorreu no sentido noroeste para sudeste e se deram a velocidades constantes. Na região de São José do Rio Preto, a dispersão do vetor deu-se por vizinhança com municípios anteriormente infestados, a expansão da LV relacionou-se com os municípios sede das microrregiões e a doença ocorreu com maior intensidade nas áreas periféricas dos municípios. A presença da Rodovia Marechal Rondon e a divisa com o Mato Grosso do Sul foram fatores associados à ocorrência dos três eventos, assim como a presença da Rodovia Euclides da Cunha para presença do vetor e casos caninos, e, presença de presídios para casos humanos. CONCLUSÕES: A dispersão do vetor e da LV em SP iniciou-se, a partir de 1997, próximo à divisa com o estado do Mato Grosso do Sul, avançou no sentido noroeste para sudeste, na trajetória da rodovia Marechal Rondon, e ocorreu em progressão aritmética, com as sedes das microrregiões de SP tendo papel preponderante neste processo. A ocorrência autóctone de LVC e LVH iniciou-se na sequência da detecção de Lu. longipalpis em Araçatuba e de seu espalhamento por SP e não a partir dos locais onde anteriormente ele já estava presente. O uso da análise de sobrevida permitiu identificar fatores associados à dispersão do vetor e a expansão da LV. Os resultados deste estudo podem ser úteis para aprimorar as atividades de vigilância e controle da LV, no sentido de retardar sua expansão e/ou de mitigar seus efeitos, quando de sua ocorrência. / INTRODUCTION: Visceral leishmaniasis (VL) is a neglected disease that affects millions of people worldwide and is a serious public health problem. To describe in time and space, Lutzomyia longipalpis dispersion and expansion of LV in São Paulo (SP); identify factors associated with these procedures. METHODS: We conducted descriptive studies, ecological and survival analysis. Vector information and the cases were obtained from the Superintendency of Endemic Disease Control and System for Noticeable Diseases Information for the period from 1997 to 2014. The study area was composed of 645 municipalities of SP. They were produced thematic and flow maps and were calculated incidence, mortality and lethality by LV in humans (LVH). We used the survival analysis technique (Kaplan-Meier curves and Cox regression models) for the identification of factors associated with vector dispersion and expansion of the LV. RESULTS: From Lu. longipalpis detection in Araçatuba in 1997, given the occurrence of the first canine case (LVC) (1998) and the first autochthonous human (LVH) case (1999) in SP. By 2014, the vector presence in 173 was detected (26.8 per cent ) municipalities, LVC in 108 (16.7 per cent ) and LVH in 84 (13 per cent ). The expansion of the three phenomena occurred in the northwest towards the southeast and gave constant speeds. In the region of São José do Rio Preto, the dispersion of the vector occurred by neighborhood with municipalities previously infested, LV expansion was related to the municipal headquarters of the micro and the disease was more intense in the peripheral areas of the municipalities. The presence of Marechal Rondon highway and the border with Mato Grosso do Sul were factors associated with the occurrence of the three events, as well as the presence of Euclides da Cunha highway for vector presence and canine cases, and presence of prisons to human cases. CONCLUSIONS: Dispersal vector and LV SP began, from 1997, near the border with the state of Mato Grosso do Sul, has advanced in the northwest direction to the southeast, in the path of the Marechal Rondon highway, and occurred in arithmetic progression, with the headquarters of SP micro taking leading role in this process. The autochthonous occurrence of LVC and LVH were initiated following the detection Lu. longipalpis in Aracatuba and its scattering by SP and not from the places where previously it was already present. The use of survival analysis identified factors associated with the spread of vector and the expansion of LV. The results of this study may be useful to improve the surveillance and control activities of LV, to slow its expansion and / or mitigate their effects when they occur.

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