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Espectroscopia de Ressonância Paramagnética Eletrônica de onda contínua e pulsada em poli(o-metoxianilina) / Pulse and continous wave Electron Paramagnetic Resonance spectroscopy applied to poly(o-metoxyaniline)

Ronny Rocha Ribeiro 18 April 2002 (has links)
O trabalho envolve o estudo de amostras de poli(o-metoxianilina) (POMA) , dopadas com ácido trifluoracético (TFA) através das técnicas de espectroscopia de Ressonância Paramagnética Eletrônica (RPE) de onda contínua e pulsada. O sinal de RPE observado é atribuído a elétrons desemparelhados na cadeia polimérica, denominados pólarons. Uma vez que estes pólarons possuem carga elétrica e spin eletrônico, os estudos de RPE podem fornecer informações a respeito de sua mobilidade e sobre as propriedades de transporte no material em escala microscópica. O efeito da presença de oxigênio molecular, O2, (S=1), sobre a forma da linha CW é estudado em função do grau de dopagem e do envelhecimento das amostras. O alargamento observado da linha de RPE deve-se a processos de colisão entre o pólaron móvel e os spins localizados do O2. Durante uma colisão, os dois spins interagem entre si através de interações de troca magnética, produzindo spin-flips simultâneos. Uma vez que os spins fixos estão fortemente acoplados com a rede, o processo de relaxação spin-rede do pólaron torna-se muito eficiente, produzindo o alargamento da linha. Como resultado deste processo de colisões, a dependência da largura de linha em função da temperatura mostra um máximo em torno de 190 K. Modelos teóricos serão apresentados, a partir dos quais serão estimados os valores para a mobilidade do pólaron, raio de ação da interação pólaron-oxigênio e constantes de acoplamento. Amostras sintetizadas na presença de oxigênio possuem tempos de relaxação muito curtos em toda a faixa de temperatura estudada (2-280 K), impossibilitando a observação da RPE pulsada. Amostras envelhecidas mostram um comportamento diferente, característico da substituição do oxigênio por água, que leva ao cancelamento do efeito de alargamento. Nestas amostras, assim como em amostras sintetizadas em atmosfera inerte, estudos adicionais de RPE pulsada permitem, através de técnicas associadas ao eco de spins eletrônicos, ESE, a obtenção dos tempos de relaxação spin-spin e spin-rede, assim como o estudo das interações hiperfinas entre pólaron e núcleos vizinhos, 1H, 13C e 14N, que não são resolvidas no espectro CW. A quantificação e qualificação de núcleos interagentes, os quais possuem desdobramentos hiperfinos fracos, podem ser realizadas através das técnicas uni e bidimensionais, como ESEEM, 2DESEEM e HYSCORE. / Continuous wave (CW) and pulsed Electron Paramagnetic Resonance (EPR) techniques are used to study structural and dynarnical properties of poly(o-metoxyaniline) (POMA) doped in trifluoroacetic (TFA) solution. The observed EPR spectrum is attributed to chain unpaired electron spins named polarons. Since polarons carry both charge and spin, EPR studies can provide information about charge transport properties of the material on a microscopic scale. The width of the EPR signal reflects the interaction of the polarons with their environments. In the present study, special attention is given to the EPR linewidth, which is usually broadened by the presence of molecular oxygen, O2, (S=1). The oxygen induced linewidth is explained by the mutual spin flips occurring during the collision of a mobile polaron with fixed paramagnetic O2. The temperature dependence of the linewidth shows a maximum around 190K associated with these collision processes. Such effects are studied as a function of doping concentration, sample aging and vacuum conditions. From a theoretical model proposed in the field, some parameters, associated with the polaron mobility and exchange interaction between polaron and oxygen, are estimated. All synthesized samples have very short spin relaxation times in all the studied temperature range (2-280K), making impossible their observation by the pulsed EPR techniques. Aged samples show a different behavior; their long relaxation times seem to indicate that the substitution of O2 by H2O has promoted the canceling of the broadening effect. Studies are under progress to establish a sample preparation procedure in which the resulting samples are free of molecular oxygen. Aged samples have been used to perform preliminary studies conducted by the pulsed EPR techniques. Spin-echo spectroscopy and relaxation time measurements were interpreted on the basis of the interaction of the polaron with neighboring nuclei, such as 1H, 13C e 14N, which are not resolved in the CW spectra. To better understand the nature of the CW and pulsed EPR spectroscopy, one special chapter will introduce the several techniques, which are commonly employed in our research.
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Lipocalina bovina e o seu papel na resistência ao carrapato: quantificação em líquidos corporais de raças bovinas com fenótipos contrastantes de infestações com o carrapato Rhipicephalus microplus / Bovine lipocalin and its role in tick resistance: quantification in body fluids of bovine breeds with contrasting phenotypes of infestations with the tick Rhipicephalus microplus

Josiane Aparecida de Carvalho 19 December 2016 (has links)
Rhipicephalus micropulus, conhecido como carrapato dos bovinos, é um dos parasitas mais importantes para a pecuária, pois causa enormes prejuízos ao produtor. Esses prejuízos se estendem desde a ação espoliativa que o carrapato exerce nos seus hospedeiros até a transmissão de uma diversidade de patógenos. Os carrapatos utilizam vários estímulos térmicos, sonoros, visuais, gustativos, táteis e olfativos na fase de busca pelo hospedeiro. Essas substâncias são conhecidas como semioquímicos e podem atuar em indivíduos de uma mesma espécie como os ferormônios ou entre indivíduos de espécies diferentes como os alomônios e cairomônios. Nos bovinos, já se sabe que uma de suas lipocalinas pode atrair insetos, porém não é sabido se essa atração ocorre para R. microplus. Já é sabido que o carrapato consegue distinguir odores liberados entre bovinos das raças Nelore e Holandês Preto e Branco (HPB), sendo mais atraído para bovinos da raça Holandês. A lipocalina por ser uma proteína globular e estar associada com o transporte de pequenas moléculas hidrofóbicas, tais como odorantes e esteroides, e pode favorecer a atração do R. microplus, uma vez que essa proteína bovina pode ligar a odorantes e desempenhar um papel fundamental na liberação de odores para o ambiente, que por sua vez pode atrair, ou não, o R. microplus. Existem diferentes níveis de infestação de carrapatos entre bovinos das raças Nelore e Holandês, bem como entre os sexos da mesma raça. Além disso, o período do ciclo de vida do bovino também pode influenciar na susceptibilidade a infestação, por exemplo, as vacas no período de lactação são consideradas mais susceptíveis ao parasito. Assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar o papel da lipocalina bovina na resistência e suscetibilidade ao carrapato, através da quantificação dessa proteína em líquidos corporais dos bovinos, tais como soro, saliva, urina, suor, secreção nasal e biopsia de pele obtidos de bovinos que apresentam fenótipos contrastantes de infestações, a saber: hospedeiros macho (touros) e fêmea (vacas em lactação) das raças resistentes (Bos indicus) e suscetíveis (Bos taurus). Os resultados deste trabalho tem demonstrado que a lipocalina bovina está presente em todos os fluídos investigados, exceto a urina, como observado por Western blot. Com os resultados deste trabalho podemos concluir que a bcOBP apresenta 9 diferença significativa nos fluidos de saliva e secreção nasal de touros e vacas em lactação da raça HPB quando comparados com touros e vacas em lactação da raça Nelore. Em amostras de biópsia de pele também ocorreu uma maior marcação da bcOBP na raça susceptível (HPB), demonstrando que a bcOBP possivelmente esta auxiliando na susceptibilidade destes bovinos ao carrapato, através do transporte de um maior número de odorantes que estariam atraindo um maior número de carrapatos. Ao analisar os fluidos entre bovinos da mesma raça, porém de sexo diferente, observou-se uma maior quantidade de bcOBP em vacas no período de lactação HPB nos fluidos de saliva e secreção nasal, visto que as vacas estão no período de lactação e são mais susceptíveis a infestações. Consequentemente, a bcOBP poderia estar colaborando para a sua maior susceptibilidade quando comparadas com touros HPB, e o mesmo ocorreu para biopsia de pele. Porém no fluído soro o aumento foi significativo para touro HPB quando comparado às vacas em lactação da raça HPB. Acredita-se que esse fenômeno ocorra devido ao período de lactação nas fêmeas uma vez que a produção da lipocalina bovina esta intimamente relacionada com a produção do leite. Os resultados deste trabalho demonstram que possivelmente a bcOBP na raça HPB está carreando odorantes para o ambiente os quais estariam atraindo mais carrapatos, e auxiliando na susceptibilidade destes bovinos. / Rhipicephalus micropulus, known as bovine tick, is one of the most important parasites for livestock, as they cause enormous damage to the producer. These demages extend from the spoliation action that the tick exerts on the skin of its hosts until the transmission of a diversity of pathogens. Ticks use various thermal, sound, visual, gustatory, tactile and olfactory stimuli in the search phase to the host. These substances are known as semiochemicals and can act within individuals of the same species as the pheromones or among individuals of different species such as alomones and cairomones. In the cattle, it is known that the lipocalin protein may attract insects, but this attraction is not known to influence the R. microplus. It is known that the tick can distinguish released odors between Nelore and Holstein cattle, being more attracted to cattle of the Holstein breed. Lipocalin, being a globular protein and associated with the transport of small hydrophobic molecules, such as odorants and steroids, can favor the attraction of R. microplus, since this bovine protein can bind to odorants and play a key role in the release of odors into the environment, which in turn may or may not attract R. microplus. There are different levels of tick infestation among cattle of the Nelore and Holstein breeds, as well as between the sexes of the same breed. In addition, the life cycle period of the bovine can also influence the susceptibility to infestation. For example, cows in the lactation period are considered more susceptible to the parasite. Thus, the objective of the present study was to evaluate the role of bovine lipocalin in the resistance and susceptibility to tick by quantifying that protein in bovine body fluids such as serum, saliva and urine, sweat, nasal secretions and skin biopsies obtained from resistant (Bos indicus) and susceptible (Bos taurus) cattle breeds. The results of this work have demonstrated that bovine lipocalin is present in all investigated fluids except urine, as observed by Western Blot. With the results of this work we can conclude that bcOBP presents a significant difference in fluids saliva and nasal secretion of bulls and cows in lactation breed HPB when compared to bulls and lactating cows of the Nelore breed. In skin biopsy specimens, there was also a greater labeling of bcOBP in the susceptible strain (HPB), which could then aid in the susceptibility of these cattle to the 11 tick, by transporting a larger number of odorants that would be attracting a greater number of ticks. When analyzing the fluids between bovines of the same breed, but of different sex, a greater amount of bcOBP was observed in cows during the period of HPB lactation in the fluids saliva and nasal secretion, since the cows are in the lactation period and are more susceptible to infestations. Consequently, bcOBP could be contributing to its greater susceptibility when compared to HPB bulls, and the same was done for skin biopsy. However, in the fluid serum, the increase was significant for the bull when compared to the lactating cows of the HPB race. It is believed that this phenomenon occurs due to the lactation period in females since the production of bovine lipocalin is closely related to milk production. The results of this work demonstrate that possibly Lipocalin in Holstein cattle is carrying odorants to the environment which would be attracting more ticks, and enhancing in the susceptibility of these cattle.
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Isolamento, identificação e suscetibilidade in vitro de fungos causadores de onicomicose / Isolation, identification and in vitro susceptibility of fungi that cause onychomycosis

ATAÍDES, Fábio Silvestre 24 February 2010 (has links)
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fabio Silvestre.pdf: 2956413 bytes, checksum: 836474631eb4bcc7cdf144ad6ffb8efb (MD5) Previous issue date: 2010-02-24 / Onychomycosis is the nail infection caused by a wide spectrum of fungi species, including yeasts, dermatophyte and filamentous fungi nondermatophytes (FFND). In this work, patients with lesions nails from Dermatology Department in Clinics Hospital of the Federal University of Goiás were studied. These patients were submitted to mycologic tests and the etiologic agents identified were evaluated on in vitro activity for systemic antifungal agents. During the period of March 2008 to March 2009, 114 patients clinically suspected of having onychomycosis were examinated. The nail samples collected were submitted to direct examination with potassium hydroxide 20% and grown in dextrose Sabouraud agar and specific fungal pathogens agar. The antifungal susceptibility test was performed according to the method of broth microdilution, recommended by the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI), through M38-A and M27-A2 documents. The onychomycosis diagnosis was established in 83.3% (95/114) patients, of which most were women between 40 to 59 years old. The isolated fungi were identified as yeasts in 54.6%; dermatophytes in 28.7%; and filamentous fungi nondermatophytes in 16.7%. Among yeasts, Candida parapsilosis was the most common etiologic agent (52.5%); among dermatophytes, Trichophyton rubrum was the most found (74.2), and among the filamentous fungi nondermatophytes, Fusarium spp was the most isolated genus (44.4%). Both distal and lateral subungual lesions were predominant in cases of onychomycosis by all the agents identified, showing that there was no correlation with the clinical presentation and etiology. Although most of the isolates have showed susceptible to several antifungal agents studied, five Candida spp strains were resistant; one to voriconazole, one species to itraconazole and three to amphotericin B. The in vitro susceptibility testing profile for dermatophytes was similar for each antifungal agent analyzed. The minimal inhibitory concentration (MIC) of itraconazole, ketoconazole and griseofulvin for 50% of isolates were lower than 1 μg/mL, and terbinafine was extremely low, with concentration 0.015 μg/mL for 90% of isolates. The MIC for itraconazole in 90% isolates of FFND was 16 g/mL, while for amphotericin B and voriconazole was 8 g/mL. In summary, this study showed a higher frequency of onychomycosis in women. Candida spp and dermatophytes with FFND emergence, especially of the genus Fusarium, were the main fungi involved. Besides, the presence of resistant fungi to some antifungal agents showed the need of using susceptibility tests for these fungi. / Onicomicose é a infecção da unha causada por amplo espectro de espécies fúngicas, incluindo leveduras, dermatófitos e fungos filamentosos não dermatofíticos (FFND). Neste trabalho, foram estudados pacientes com lesões de unhas atendidos no Departamento de Dermatologia, Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Goiás, os quais foram submetidos a exames micológicos. Os agentes etiológicos identificados foram avaliados em testes de atividade in vitro para agentes antifúngicos sistêmicos. Durante o período de março de 2008 a março de 2009, foram examinados 114 pacientes com suspeita clínica de onicomicose. As amostras de unhas coletadas foram submetidas ao exame direto com hidróxido de potássio 20% e cultivadas em ágar Sabouraud dextrose e ágar específico para fungos patogênicos. O teste de suscetibilidade antifúngico foi realizado de acordo com o método de microdiluição em caldo, preconizado pelo Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI), através dos documentos M38-A e M27-A2. O diagnóstico de onicomicose foi estabelecido em 83,3% (95/114) dos pacientes, dos quais a maioria era constituída por indivíduos do gênero feminino e com idade entre 40-59 anos. Os fungos isolados foram identificados como leveduras em 54,6%, dermatófitos em 28,7%, e FFND em 16,7%. Entre as leveduras, Candida parapsilosis (52,5%) foi o agente etiológico mais comum; entre os dermatófitos, Trichophyton rubrum foi o mais encontrado (74,2%) e, entre os FFND, Fusarium spp foi o gênero mais frequentemente isolado (44,4%). Lesões subungueal distal e lateral foram predominantes nos casos de onicomicose por todos os agentes identificados, mostrando que não havia correlação com a clínica e a etiologia. Embora a maioria dos isolados tenha se mostrado suscetível aos diferentes antifúngicos estudados, cinco isolados de Candida foram resistentes; um ao voriconazol, um ao itraconazol e três a anfotericina B. O perfil de suscetibilidade in vitro para dermatófitos foi semelhante para cada antifúngico analisado. A concentração inibitória mínima (CIM) de itraconazol, cetoconazol e griseofulvina para 50% dos isolados foram menores do que 1 μg/mL, e para terbinafina foi extremamente baixa, com concentração 0,015 μg/mL para 90% dos isolados. A CIM para o itraconazol foi de 16 μg/mL em 90% dos isolados de FFND, e para anfotericina B e voriconazol obteve-se uma concentração de 8 μg/mL. Em resumo, este estudo demonstrou uma maior frequência de onicomicose em mulheres, sendo que os principais fungos envolvidos nesta infecção foram Candida spp e dermatófitos, com emergência de FFND, em especial do gênero Fusarium. Além disso, em decorrência da resistência observada a alguns antifúngicos, demonstrou-se a necessidade do uso dos testes de suscetibilidade para estes fungos.
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CARACTERIZAÇÃO DA SUSCEPTIBILIDADE DE CAMUNDONGOS ISOGÊNICOS (MUS MUSCULUS) C57BL/6 E B10.A À INFECÇÃO POR Lagochilascaris minor E SUA ATUAÇÃO COMO HOSPEDEIRO DEFINITIVO NA INFECÇÃO EXPERIMENTAL.

PADUA, Alessandra Gonçalves de 31 March 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlessandraPadua2006.pdf: 748062 bytes, checksum: 6119b87ba9ccd000536ca1e719e321dc (MD5) Previous issue date: 2006-03-31 / A lagochilascaríase é uma infecção causada por Lagochilascaris minor, parasito causador de lesões debilitantes da região cervical de humanos, que apesar de não constituir um problema de saúde pública, é emergente devido ao crescente número de casos no Brasil. Camundongos C57BL/6 e B10.A foram inoculados por via oral com 2000 ovos viáveis de L. minor com o intuito de analisar aspectos parasitológicos, morfológicos, histopatológicos e sobrevida. Camundongos C57BL/6 apresentaram maior número de nódulos (machos, 330; fêmeas, 210) que os camundongos B10.A (machos, 225; fêmeas, 110) aos 90 dias após infecção. Larvas (L3/L4) e vermes adultos foram encontrados nos nódulos de ambas as linhagens, mas não houve diferença quanto ao tamanho e largura das mesmas. Infiltrados inflamatórios focais de menor intensidade predominaram no fígado de camundongos C57BL/6 aos 15 dias de infecção, enquanto no mesmo período, em camundongos B10.A houve presença em maior intensidade de infiltrados inflamatórios focais mais bem formados. Camundongos C57BL/6 apresentaram infiltrado inflamatório difuso pulmonar, do início ao final do período avaliado, de maior gravidade que os apresentados por animais B10.A, principalmente após 120 dias de infecção. Em ambas as linhagens observamos no pulmão granulomas cisticos contendo larvas L3 integras ou em início de degeneração, dos 45 aos 210 dias de infecção; entretanto, camundongos B10.A apresentaram formação precoce (60 dias após infecção) de infiltrados inflamatórios focais sem presença de larvas L3 no pulmão, quando comparados aos animais da linhagem C57BL/6 (120 dias após infecção). A análise de sobrevida durante 360 dias de infecção em ambas as linhagens, demonstrou que camundongos B10.A (44%) sobreviveram um pouco mais do que os camundongos C57BL/6 (39%), sendo esta diferença estatisticamente significativa. Estes dados evidenciam que animais B10.A são pouco mais resistentes à infecção por L. minor que camundongos C57BL/6, mas esta diferença é estatisticamente significativa; e que animais das duas linhagens podem atuar como hospedeiro definitivo e intermediário na infecção experimental.
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Sítios polimórficos do gene HLA-G na asma brônquica / Polymorphic sites of HLA-G gene and bronchial asthma

Cinthia Caroline Alves 11 August 2016 (has links)
A asma brônquica é doença inflamatória crônica complexa das vias aéreas provocada pela interação de fatores genéticos e ambientais. O gene HLA-G (Antígeno Leucocitário Humano G) foi identificado como gene de susceptibilidade à asma, codificando uma molécula não clássica do complexo principal de histocompatibilidade (MHC, do inglês Major Histocompatibility Complex) de classe I com função moduladora das células do sistema imunológico. Nesse contexto, avaliamos o papel do HLA-G na asma afim de identificar genótipos, alelos e haplótipos associados com proteção ou susceptibilidade nas diferentes formas de apresentação da doença. Investigamos os sítios polimórficos da região 3\' não traduzida (3\'UTR-untranslated region) do HLA-G (14 pb Ins/Del, + 3001 C/T, +3003 C/T, +3010 C/G, +3027 A/C, +3035 C/T, +3142 C/G, +3187 A/G e +3196 C/G) em 118 pacientes asmáticos estratificados em asma leve ou moderada e grave e 183 indivíduos brasileiros saudáveis. Testes de associação foram realizados para avaliar as frequências dos genótipos, alelos e haplótipos da 3\'UTR do HLA-G na asma brônquica, considerada como grupo total ou estratificada de acordo com a gravidade da doença. Nossos resultados demonstraram que as frequências dos alelos +3001 C, +3003 C, +3035 C e +3196 C e do genótipo 14 bp DI estavam aumentadas no grupo total e nas diversas formas de apresentação da doença. Os alelos +3010 C e +3142 G e o genótipo +3010 CC estavam mais representados em pacientes com asma leve ou moderada. Por outro lado, os genótipos +3010 GG, +3142 CG e +3187 AG e o alelo +3010 G apresentaram maior frequência nos asmáticos graves, estando fortemente associados com o desenvolvimento da forma grave da asma. Além disso, os genótipos 14 pb II, +3010 CC e +3142 GG e o alelo +3010 C conferiram proteção à asma grave. Além disso, identificamos um haplótipo da 3\'UTR do HLA-G associado ao desenvolvimento de asma brônquica, a UTR-8, e um haplótipo que conferiu proteção contra a mesma, a UTR-7. Concluindo, neste estudo, observamos frequências diferenciais de sítios polimórficos do segmento 3\'UTR do HLA-G associados com predisposição à asma brônquica e, também, com a gravidade da doença / Bronchial asthma is a complex chronic inflammatory disease of the airways caused by the interaction of genetic susceptibility and environmental factors. The HLA-G (Human Leucocyte Antigen G) gene was identified as a susceptible marker for bronchial asthma, encoding a nonclassical Major Histocompatibility Complex (MHC) class I molecule, considered to be an important immune check point modulator. In the present study, we evaluated the role of HLA-G in bronchial asthma susceptibility and disease severity, evaluating HLA-G genotypes, alleles or haplotypes. We investigated the HLA-G 3\'Untraslated region (3\'UTR) polymorphic sites (14-bp INS/DEL, +3001, +3003C/T, +3010C/G, +3027A/C, +3035C/T, +3142C/G, +3187A/G, and +3196C/G) in 118 asthmatic Brazilian patients, stratified according to disease severity into mild/moderate and severe asthma, and in 183 healthy individuals. HLA-G 3\'UTR variation sites were individually analyzed or lumped together as haplotypes. Our results showed that frequencies of +3001 C, +3003 C, +3035 C e +3196 C alleles and 14 pb ID genotype were increased in asthma group considered as a whole and in patients stratified according to disease severity. The +3010 C and .3142 G alleles and the +3010 CC genotype were overrepresented in patients with mild and moderate forms. Similarly, the +3010 GG, +3142 CG, +3187 AG genotypes and +3010 G allele presented increased frequency in severe asthmatic patients. In contrast, the 14 pb II, +3010 CC and +3142 GG genotypes and +3010 C allele conferred protection against severe asthma. In addition, we identified a 3\'UTR HLA-G haplotype that was associated with bronchial asthma development (UTR-8) and one haplotype that conferred protection against asthma (UTR-7). In conclusion, in this study, we observed differential frequencies at HLA-G 3\'UTR polymorphic sites that are associated with bronchial asthma predisposition and, also, with disease severity
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Prevalência e Susceptibilidade Antimicrobiana de Patógenos Causadores de Mastite em Rebanhos Leiteiros / Prevalence and antimicrobial susceptibility of pathogens causing mastitis in dairy herds

Daniele Cristine Beuron 31 October 2012 (has links)
Os objetivos do presente estudo foram: a) avaliar a frequência de isolamentos de patógenos causadores de mastite em rebanhos leiteiros comerciais; b) determinar a susceptibilidade antimicrobiana de Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. isolados de casos de mastite subclínica c) avaliar o perfil de multirresistência de Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. d) Detectar o gene mecA em Staphylococcus spp. resistentes a oxacilina/meticilina; e) avaliar a associação entre as práticas de manejo e tratamento de mastite e a susceptibilidade antimicrobiana de Staphylococcus aureus isolados de rebanhos leiteiros. Foram selecionados para o presente estudo 13 rebanhos leiteiros a partir de um total de 60 rebanhos vinculados a um laticínio da região de Pirassununga/SP. Questionários previamente formulados foram respondidos pelos responsáveis do rebanho para avaliar a associação entre as práticas de manejo e tratamento de mastite e a susceptibilidade antimicrobiana de S. aureus. Após a seleção dos rebanhos e aplicação dos questionários, 1069 amostras de leite compostas foram coletadas durante 24 meses, em quatro períodos para realização de cultura e identificação dos patógenos, testes de susceptibilidade antimicrobiana e detecção do gene mecA. Os testes de susceptibilidade foram realizados em todos os isolados de Staphylococcus spp. e em 50% de Streptococcus spp. selecionados aleatoriamente. Os antimicrobianos testados foram: ampicilina 10 mg; clindamicina 2 &micro;g, penicilina 1 mg; ceftiofour 30 &micro;g; gentamicina 10 mg; sulfatrimetropin 25 &micro;g, enrofloxacina 5 &micro;g; sulfonamida 300 &micro;g, tetraciclina 30 &micro;g; oxacilina 1 mg; cefalotina 30 &micro;g e eritromicina 5 &micro;g. Todos os isolados de Staphylococcus spp. que apresentaram resistência a oxacilina/meticilina foram avaliados quanto à presença do gene mecA. Entre os isolados, Staphylococcus coagulase negativa foi o mais prevalente (28,6%), seguido por S. aureus (27,8%) e Corynebacterium spp. (10,9%). A susceptibilidade antimicrobiana dos isolados de S. aureus foi de 95,23% (eritromicina), 93,33% (cefalotina) e 65,71% (ampicilina). A susceptibilidade antimicrobiana dos isolados de Staphylococcus coagulase negativa (SCN) foi de 93,33% (cefalotina), 89,91% (eritromicina) e 62,03% (ceftiofur). Entre os isolados de Staphylococcus coagulase positiva (SCP), a susceptibilidade antimicrobiana foi de 93,33% (eritromicina), 91,11% (clindamicina e sulfonamida). A susceptibilidade antimicrobiana dos isolados de Streptococcus agalactiae foi de 38,46% (ampicilina) e 50% (sulfatrimetropin) e os isolados de S. dysgalactiae apresentaram susceptibilidade à tetraciclina de 19,44% e a clindamicina de 47,22%. A multirresistência foi maior entre os isolados de SCN (20,3%) e S.aureus (15,7%). Não foi detectado o gene mecA em nenhum dos isolados de Staphylococcus spp. Houve associação entre as variáveis para os seguintes antimicrobianos: a) tratamento de mastite clínica: ampicilina (P = 0,0055), ceftiofur (P = 0,0481), sulfatrimetropin (P= 0,0293), sulfonamida (P = 0,0043) e tetraciclina (P = 0,0058); e envio de amostras para cultura e antibiograma: ampicilina (P=0,0032), tetraciclina (P=<0,0001). Os principais fatores de risco para susceptibilidade antimicrobiana de S. aureus foram o não envio de amostras para cultura e antibiograma para tetraciclina (OR=6.012), penicilina (OR=4.687), eritromicina (OR=3.059) e ampicilina (OR=2.571), tratamento de mastite clínica para ampicilina (OR=2.178), ceftiofur (OR=1.956), gentamicina (OR=1.668), oxacilina (OR= 1.132) e penicilina (OR= 1.261) e tratamento de vaca seca para enrofloxacina (OR=2.111) e tetraciclina (OR=2.075). Os microrganismos mais frequentemente isolados foram Staphylococcus coagulase negativa e S. aureus. Os testes de susceptibilidade realizados para as espécies de Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. apresentaram alta susceptibilidade para a maioria dos antimicrobianos testados. Com exceção de Streptococcus agalactiae para ampicilina e sulfatrimetropin e os isolados de S. dysgalactiae para tetraciclina e clindamicina. A maioria dos Staphylococcus spp. e Streptococcus spp. não apresentaram perfil de multirresistência. Nenhum dos isolados de Staphylococcus spp. fenotipicamente resistentes a oxacilina/meticilina apresentaram o gene mecA. O maior fator de risco associado à susceptibilidade de S. aureus foi em relação à tetraciclina, penicilina, eritromicina e ampicilina para o não envio de amostras para cultura e antibiograma. Dois fatores de risco importantes identificados foram relacionados à ampicilina, ceftiofur, gentamicina, oxacilina e penicilina para o tratamento de mastite clínica e à enrofloxacina e tetraciclina para o tratamento de vaca seca. / The aims of this study were: a) to evaluate the frequency of mastitis pathogens in commercial dairy herds, b) to determine the antimicrobial susceptibility of Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. isolated from subclinical mastitis c) to evaluate the profile of multidrug resistance of Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. d) to detect the mecA gene in Staphylococcus spp. resistant to oxacillin / methicillin, e) to evaluate the association between management practices and treatment of mastitis, and antimicrobial susceptibility of Staphylococcus aureus isolates from dairy herds. Thirteen dairy herds were selected from a total of 60 dairy farms in the region of Pirassununga / SP. Questionnaires formulated previously were answered by dairy farmers to evaluate the association between mastitis treatment practices and antimicrobial susceptibility. A total of 1,069 composite samples of milk from all herds were collected for culture and identification of pathogens, susceptibility testing and mecA gene detection, over 24 months in four periods. The susceptibility tests were performed in all isolates of Staphylococcus spp. and in 50% of Streptococcus spp. randomly selected. The antimicrobials tested were ampicillin 10mg; 2&micro;g clindamycin, penicillin 1mg; ceftiofour 30&micro;g; gentamicin 10mg; sulfatrimetropin 25&micro;g, 5&micro;g enrofloxacin; 300&micro;g sulfonamide, tetracycline 30&micro;g; oxacillin 1mg; 30&micro;g cephalothin and erythromycin 5&micro;g. All Staphylococcus spp. that were resistant to oxacillin/methicillin in the susceptibility tests were investigated for the presence of mecA gene. Among the isolated bacteria, CNS was the most prevalent (28.6%), followed by S. aureus (27.8%) and Corynebacterium spp. (10.9%). The antimicrobial susceptibility of isolates of S. aureus was 95.23% (erythromycin), 93.33% (cephalothin) and 65.71% (ampicillin). The antimicrobial susceptibility of isolates of coagulase-negative Staphylococcus (CNS) was 93.33% (cephalothin), 89.91% (erythromycin) and 62.03% (ceftiofur). Among strains of coagulase positive Staphylococcus (CPS), the antimicrobial susceptibility was 93.33% (erythromycin), 91.11% (clindamycin and sulfonamide). The antimicrobial susceptibility of the strains of Streptococcus agalactiae was 38.46% (ampicillin) and 50% (sulfatrimetropin) and isolates of S. dysgalactiae were susceptible to tetracycline and clindamycin (19.44% to 47.22%). The multidrug resistance was higher among isolates of CNS (20.3%) and Staphylococcus aureus (15.7%). The mecA gene was not detected in any of Staphylococcus spp isolates. There was an association between variables for the following antimicrobials: a) treatment of clinical mastitis: ampicillin (P = 0.0055), ceftiofur (P = 0.0481), sulfatrimetropin (P = 0.0293), sulfonamide (P = 0.0043) and tetracycline (P = 0.0058); and sending samples for culture and antibiogram: ampicillin (P = 0.0032), tetracycline (P = <0.0001). Major risk factors for antimicrobial susceptibility of S. aureus were not submitting samples for culture and antibiogram for tetracycline (OR = 6.012), penicillin (OR = 4.687), erythromycin (OR = 3.059) and ampicillin (OR = 2.571), treatment of clinical mastitis: ampicillin (OR = 2.178), ceftiofur (OR = 1.956), gentamicin (OR = 1.668), oxacillin (OR = 1.132) and penicillin (OR = 1.261); and dry cow therapy: enrofloxacin (OR = 2.111) and tetracycline (OR = 2.075). The most frequent organisms isolated were coagulase negative Staphylococcus and S. aureus. The susceptibility tests performed for the species of Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. showed high susceptibility to most antimicrobials tested. With the exception of Streptococcus agalactiae to ampicillin and sulfatrimetropin and isolates of S. dysgalactiae to tetracycline and clindamycin. Most Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. did not show multidrug resistance profile. None of Staphylococcus spp. phenotypically resistant to oxacillin / methicillin showed the mecA gene. The major risk factor associated with susceptibility of S. aureus to tetracycline, penicillin, erythromycin and ampicillin was not sending samples for culture and sensitivity. Two important risk factors have been identified related to ampicillin, ceftiofur, gentamicin, penicillin and oxacillin for treatment of clinical mastitis and enrofloxacin and tetracycline for the treatment of dry cow dry cow therapy.
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Similaridades entre o Transcriptoma Humano e Murino Focando Genes Situados em Regiões de Susceptibilidade ao Diabetes mellitus do Tipo 1 / Similarities between Human and Mouse Transcriptomes Focusing Genes Positioned in Type 1 Diabetes mellitus Susceptibility Regions

Renata dos Santos Almeida 24 October 2012 (has links)
O diabetes mellitus do tipo 1 (DM1) é uma doença autoimune que se desenvolve a partir da ação combinada de múltiplos fatores genéticos e ambientais, sendo caracterizada pela perda seletiva das células produtoras de insulina nas ilhotas pancreáticas em indivíduos geneticamente susceptíveis. O HLA de classe II, localizado no cromossomo humano 6p21.3, representa uma das regiões genômicas mais importantes associadas ao DM1, embora evidências apontem para a participação de diversos outros loci na susceptibilidade à doença. Essas regiões cromossômicas poderiam apresentar genes funcionalmente ativos com perfis transcricionais semelhantes ao camundongo Mus musculus, muito utilizado como modelo animal para o estudo de doenças humanas. Para testar esta hipótese, foi realizada análise dos perfis transcricionais de linfócitos periféricos provenientes de pacientes com DM1 e camundongos NOD (Non-obese diabetic) diabéticos, focando os genes situados em regiões de susceptibilidade. Foram utilizados dados de microarrays do genoma funcional completo da plataforma Agilent (Whole genome one-color Agilent 4x44k) de dezenove pacientes e oito controles, e de camundongos NOD pré-diabéticos e diabéticos. A linhagem NOD foi utilizada no estudo, pois representa um modelo experimental para o estudo do diabetes autoimune e desenvolve a doença espontaneamente. Para a análise dos dados de microarrays foi utilizado o software GeneSpring GX e os programas Cluster e TreeView. A modulação transcricional dos genes foi estabelecida comparando-se os pacientes com os controles, e os animais diabéticos com os pré-diabéticos. Os loci de susceptibilidade ao DM1 humano foram definidos utilizando-se uma tabela curada disponível no banco T1DBase (http://t1dbase.org) e seus correspondentes murinos, segundo o banco de dados Homology Maps (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/homology/maps/). Foram considerados para o estudo apenas os pares de homólogos com expressão em linfócitos humanos e murinos conforme os dados disponíveis no banco BioGPS (http://biogps.org). Avaliamos se os genes murinos estavam situados em regiões de susceptibilidade (Idd) ao DM1 do camundongo, utilizando-se o T1DBase. Todos os genes humanos selecionados com homologia com camundongo foram mapeados quanto à localização cromossômica, buscando-se por regiões de sintenia entre as duas espécies por meio da ferramenta Synteny disponível no banco de dados Ensembl Genome Browser (http://www. ensembl.org/). Os pares de homólogos situados em regiões sintênicas foram então verificados quanto à similaridade de sequência de DNA e identidade protéica entre humano e camundongo, utilizando-se dados do HomoloGene (http://www.ncbi.nlm.nih. gov/homologene/). Foram analisados 463 genes humanos, dos quais 73 apresentaram correspondência em camundongo e expressão em linfócitos T. Dos 73 genes identificados, 31 deles apresentaram mesma modulação de fold change entre as duas espécies, com 12 mapeados em regiões de susceptibilidade murinas (Idd). Dos doze genes em regiões Idd, 4 se apresentaram induzidos: APOM (Apom), COL11A2 (Col11a2), HLA-DOB (H2-Ob) e PRR3 (Prr3); e 8 reprimidos: CYP21A2 (Cyp21a1), STK19 (Stk19), PHTF1 (Phtf1), RSBN1 (Rsbn1), CDSN (Cdsn), TRIM39 (Trim39), VARS2 (Vars2) e IL21 (Il21). Foram identificados 59 genes em regiões de sintenia humano-camundongo, com 58 apresentando similaridade na sequência de DNA acima de 70% entre as duas espécies, e identidade de sequência de aminoácidos das respectivas proteínas variando de 61,4 a 99,7%. Esses resultados demonstram que a maioria dos genes estudados apresenta conservação funcional, como indicado pelo alto grau de identidade das proteínas. Além disso, evidenciou-se um compartilhamento de perfis de expressão de genes em regiões de susceptibilidade ao DM1 humano e murino, contribuindo para um melhor conhecimento das semelhanças entre o modelo animal (linhagem NOD) e o diabetes autoimune humano. / Type 1 diabetes (T1D) is a common autoimmune disease that arises from multiple genetic and environmental risk factors. It is characterized by selective loss of insulin-producing -cells in the pancreatic islets in genetically susceptible individuals. The HLA class II locus on human chromosome 6p21.3 represents one of the most important genomic regions associated with T1D but there are evidences for the participation of several others along the chromosomes, which also contribute to disease susceptibility. These chromosomal regions may harbor functional genes with transcriptional profiles similar to those presented by the mouse Mus musculus, an animal model highly used in researches of human diseases. To test this hypothesis, it was performed a transcriptome profiling analysis of peripheral lymphocytes from T1D patients and diabetic NOD (Non-obese diabetic) mice focusing those genes positioned in chromosomal susceptibility regions. To perform this analysis, whole genome one-color Agilent 4x44k microarrays were used from 19 patients and 8 controls and from pre-diabetic and diabetic NOD mice. NOD strain was used since It is a well established mouse model for T1D. GeneSpring GX software and Cluster and TreeView programs were applied for microarray data analysis. The transcriptional modulation was established by comparisons of diabetic patients versus controls and diabetic versus pre-diabetic animals. The human T1D susceptibility loci were defined using a curated human dataset available in T1DBase (http://t1dbase.org) and mouse counterparts according to Homology Maps database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/homology/maps/). For the present study we considered only homolog gene pairs with expression in human and mouse lymphocytes taking into account data available in BioGPS database (http://biogps.org). Following these procedures, mouse genes were checked for chromosome location in order to subserve the establishment of syntenic regions. The human-mouse syntenic regions were defined using Synteny tool from Ensembl Genome Browser (http://www.ensembl.org/). The homolog gene pairs located in human-mouse syntenic regions were checked for DNA sequence similarity and protein identity according to HomoloGene data (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/). The 463 human genes were analyzed with 73 presenting murine counterparts and expression in lymphocytes. From these, 31 genes presented same fold change modulation in both species, with 12 of them mapped in murine diabetes susceptibility regions (Idd). The 12 genes in Idd regions showed different transcriptional modulations, 4 featured up-regulation: APOM (Apom), COL11A2 (Col11a2), HLA-DOB (H2- Ob) e PRR3 (Prr3); and 8 down-regulation: CYP21A2 (Cyp21a1), STK19 (Stk19), PHTF1 (Phtf1), RSBN1 (Rsbn1), CDSN (Cdsn), TRIM39 (Trim39), VARS2 (Vars2) e IL21 (Il21). 51 genes were identified in human-mouse syntenic regions with 58 presenting DNA sequence similarity above 70% and protein identity ranging from 61,4 to 99,7%. These results show that most genes studied present functional conservation, as indicated by the high degree of identity of the proteins. Additionally, it was observed shared expression profiles between human and murine T1D susceptibility regions. These results contribute to a better understanding of similarities between the animal model (NOD mouse strain) and human autoimmune diabetes.
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Caracterização molecular e sensibilidade a antimicrobianos de Listeria monocytogenes isoladas de carcaças bovinas no sul do Brasil / Molecular characterization and antimicrobial susceptibility of Listeria monocytogenes isolated from cattle carcasses in southern Brazil

Iglesias, Mariana Almeida 06 March 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_mariana_almeida_iglesias.pdf: 683600 bytes, checksum: 7c2d99601551e443f9b19dd649609f3f (MD5) Previous issue date: 2014-03-06 / Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen that can cause listeriosis, both in humans and in animals. The contamination by this microorganism is difficult to control, given its wide dissemination and physiological adaptability, which allow its development under conditions which are usually unfavorable to other pathogenic bacteria. Therefore, this pathogen has become of concern to the food industry as well as consumers, since it is highly pathogenic, especially in relation to risk group and may be fatal in 30% of cases of listeriosis. Although any isolate of L. monocytogenes can be considered potentially pathogenic for humans, several studies suggest that this micro-organism has a heterogeneous pathogenicity of the strains, which makes it essential to know the gene expression of the pathogen can be understood that the differences in their virulence mechanisms, and how different potential pathogenicity. The present study aimed to verify the occurrence of. L. monocytogenes in slaughterhouses in southern Rio Grande do Sul, and through the isolates, assess their sensitivity to antibiotics, and perform a genotypic characterization by verifying the presence of virulence genes. L. monocytogenes occured in 6% of the samples, detected after bleeding at the point where the collect was held in the leather of the animal, and point 4 (pre-cooling after washing).Twelve isolates were obtained, which were evaluated for sensibility to 15 antimicrobials, of which 100% were susceptible to most antibiotics tested. Resistance to gentamycin (8%), ampicilin (8%), kanamycin (8%) and sulfonamide (83%) were observed in some isolated of L. monocytogenes. Intermediate susceptibility to clindamycin (60%) and erythromycin (8%) was observed, and multidrug-resistant strains were also observed. Proceeded to evaluate the presence of virulence genes (hlyA, plcA, inlA, inlB, inlC, inlJ, plcB, iap, actA, mpl and PrfA) and, through the results of PCR, it was observed that all isolates possessed the evaluated genes, also confirmed the expression of the gene of internalin A by RT-PCR, showing the potential pathogenic strains of L. monocytogenes isolated from food in southern Brazil. / Listeria monocytogenes é um patógeno de origem alimentar capaz de causar listeriose, tanto em humanos como em animais. A contaminação por este micro-organismo é de difícil controle, tendo em vista sua ampla disseminação e capacidade fisiológica de adaptação, as quais permitem seu desenvolvimento sob condições que usualmente são desfavoráveis a outras bactérias patogênicas. Assim sendo, esse patógeno tornou-se motivo de preocupação para a indústria de alimentos bem como para os consumidores, uma vez que é altamente patogênica, principalmente em relação ao grupo de risco, podendo ser fatal em até 30% dos casos de listeriose. Embora qualquer isolado de L. monocytogenes possa ser considerado potencialmente patogênico para humanos, vários estudos sugerem que este micro-organismo apresenta patogenicidade heterogênea, o que torna essencial a caracterização molecular de cada isolado, bem como o conhecimento de sua expressão gênica, para que possam ser entendidas as diferenças nos seus mecanismos de patogenicidade.. Em vista do exposto, o presente estudo objetivou verificar a ocorrência de L. monocytogenes em carcaças bovinas abatidas em dois frigoríficos-matadouros do sul do Rio Grande do Sul e, a partir dos isolados, avaliar sua sensibilidade a antimicrobianos, e realizar a caracterização genotípica, através da verificação da presença de genes de virulência e da expressão da internalina A. A ocorrência de L. monocytogenes nas carcaças foi de 6%, a qual foi detectada no Ponto 1 (após a sangria) e no Ponto 4 (após a lavagem pré-resfriamento). Foram obtidos 12 isolados, os quais foram avaliados quanto a sensibilidade a 15 antimicrobianos, dos quais 100% mostraram-se sensíveis a maioria dos antibióticos testados. Resistência à gentamicina (8%), ampicilina (8%), canamicina (8%) e a sulfonamida (83%) foram observadas em parte dos isolados. Suscetibilidade intermediária foi observada para clindamicina (60%) e eritromicina (8%). Quanto aos isolados multirresistentes, dois deles apresentaram resistência a mais de um agente antimicrobiano. Procedeu-se à avaliação da presença de genes de virulência (prfA, plcA, plcB, hlya, iap, actA, mpl, inlA, inlC e inlJ) e, através dos resultados da PCR, foi possível observar que todos os isolados possuíam os genes avaliados, sendo também confirmada a expressão do gene da internalina A através da técnica de RT-PCR, evidenciando o potencial patogênico das cepas de L. monocytogenes isoladas de alimentos no sul do Brasil.
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Propriedades magnéticas de filmes multicamadas Gd/W e Gd/Cr depositados por sputtering / Magnetic properties of Gd / W and Gd / Cr multilayer films deposited by sputtering

Fischer, Giovana Zanini Gadioli, 1980- 18 August 2018 (has links)
Orientador: Marco Antonio Bica de Moraes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-18T19:35:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fischer_GiovanaZaniniGadioli_D.pdf: 32265979 bytes, checksum: f410dfb24adff86c43498027515957c8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Neste trabalho, a técnica de magnetron-sputtering foi empregada para fabricar filmes multicamadas de Gd/W e Gd/Cr, cujas propriedades magnéticas foram investigadas em função da espessura das camadas de Gd, dGd, e da temperatura do substrato, TS, durante a deposição. Espectroscopia de retroespalhamento Rutherford e espectroscopia fotoeletrônica de raios-x foram utilizadas, respectivamente, para detectar possível contaminação de oxigênio e para verificar a continuidade da camada de Gd sobre W e Cr. Difratometria de raios-X de baixo ângulo (GAXRD) e microscopia eletrônica de varredura (MEV) foram empregadas para investigar a estrutura cristalina e morfologia das amostras. As análises de GAXRD mostraram que nas amostras Gd/W as camadas de Gd são amorfas. Nas amostras Gd/Cr, entretanto, a cristalinidade do Gd aumenta com o aumento de dGd e TS. Pelas medidas de MEV foi visto que os filmes de Gd tanto sobre W quanto Cr são granulares. Para investigar as propriedades magnéticas utilizamos um magnetômetro SQUID e um PPMS. O primeiro foi utilizado para as medidas de momento magnético em função do campo estático, Hdc, e da temperatura, T. O PPMS foi utilizado nas investigações de susceptibilidade magnética ac em função de T, medidas em diferentes frequências de oscilação do campo e diferentes Hdc. A complexa natureza magnética dos filmes com dGd = 10 nm foi observada através das isotermas M x H, que não apresentaram saturação, para a maioria das amostras, nem mesmo em baixas temperaturas e altos campos. Pela análise dos dados magnéticos em função da temperatura, observamos que o caráter ferromagnético nas amostras se acentua à medida que TS e dGd aumentam. A temperatura de Curie, TC, também depende de TS e dGd, aumenta de 247 a 297 K com o aumento dos dois últimos parâmetros. A partir das isotermas M x H o momento magnético de saturação a 0 K foi calculado, e ele mostrou-se dependente de TS. A existência de vidros magnéticos nas amostras com dGd = 10 nm foi fortemente sugerida pelos resultados obtidos de magnetização e susceptibilidade ac, ambas em função de T. Para filmes com dGd = 10 nm, o efeito magnetocalórico foi investigado através da variação de entropia magnética, ?SM, em função da temperatura, para a remoção de um campo de 50 kOe. Curva de ?SM x T para as amostras Gd/Cr com TS = 300 e 500 ºC exibiram picos a alta temperatura denotando ferromagnetismo. Por outro lado, a amostra Gd/Cr depositada a 30ºC e todos os filme Gd/W não apresentaram nenhum pico em ?SM x T, indicando ausência ou baixa quantidade da fase ferromagnética. Todas as medidas são consistentes em indicar múltiplas fases magnéticas nas amostras e temperaturas de transição. Uma forte consistência entre as medidas magnéticas, GAXRD e MEV é verificada / Abstract: Direct current magnetron sputtering was used to synthetize Gd/W and Gd/Cr multilayer films, whose magnetic properties were investigated as a function of the Gd layer thickness, dGd, and the substrate temperature, TS, during deposition. Rutherford backscattering spectroscopy and x-ray photoelectron spectroscopy were employed, respectively, to detect possible oxygen contamination and to check the continuity of the coverage of the Gd layers on top of those of W and Cr. Grazing angle X-ray diffraction (GAXRD) and scanning electron microscopy (SEM) were used to investigate the crystalline structure and the morphology of the samples. The GAXRD analyses have shown that in the Gd/W samples the Gd layers are amorphous. In the Gd/Cr samples, however, Gd is crystalline. In these samples, the Gd crystalline order increases with increasing TS and dGd. From the SEM analysis, it was found that the Gd layers in either Gd/W or Gd/Cr samples were granular. To investigate the magnetic properties of the films, SQUID and PPMS magnetometries were used. With the former technique, the magnetic moments of the samples were measured as a function of a dc magnetic field, Hdc, and temperature, T. By PPMS, alternating magnetic fields, superimposed by different Hdc fields were used. The moments were measured as a function of T, Hdc and the frequency of the alternating field. The complex magnetic nature of the films with dGd = 10 nm was observed from the M x H isotherms, which did not show, for most of the samples, saturation even at high magnetic films and low temperatures. From the magnetic data as a function of temperature, it was observed that ferromagnetic character of the samples is enhanced as dGd and TS were increased. The Curie temperature, TC, also depends on TS and dGd as it increases from 247 to 297 K as the latter variables are increased. From the M x H isotherms the saturation magnetic moment at 0 K was determined, and it was observed that it depends on TS. The existence of magnetic glass states in samples with dGd = 10 nm was strongly suggested from both magnetization and ac susceptibility measurements as a function of T. For films with dGd = 10 nm, the magnetocaloric effect was investigated by the magnetic entropy change, ?SM, as a function of the temperature for the removal of a 50 kOe field. The ?SM x T plots for the Gd/Cr samples deposited at TS = 300 and 500 ºC exhibited high temperature peaks denoting ferromagnetism. On the other hand, for the Gd/Cr sample deposited at 30 ºC and for the all the Gd/W samples, such peaks were not seen, indicating the absence, or low-content, ferromagnetic phase. All magnetic measurements are consistent in indicating multiple magnetic phases in the samples and magnetic transition temperatures. A strong consistency among the magnetic and the GAXRD and SEM observations was also verified / Doutorado / Física da Matéria Condensada / Doutora em Ciências
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Similaridades entre o Transcriptoma Humano e Murino Focando Genes Situados em Regiões de Susceptibilidade ao Diabetes mellitus do Tipo 1 / Similarities between Human and Mouse Transcriptomes Focusing Genes Positioned in Type 1 Diabetes mellitus Susceptibility Regions

Almeida, Renata dos Santos 24 October 2012 (has links)
O diabetes mellitus do tipo 1 (DM1) é uma doença autoimune que se desenvolve a partir da ação combinada de múltiplos fatores genéticos e ambientais, sendo caracterizada pela perda seletiva das células produtoras de insulina nas ilhotas pancreáticas em indivíduos geneticamente susceptíveis. O HLA de classe II, localizado no cromossomo humano 6p21.3, representa uma das regiões genômicas mais importantes associadas ao DM1, embora evidências apontem para a participação de diversos outros loci na susceptibilidade à doença. Essas regiões cromossômicas poderiam apresentar genes funcionalmente ativos com perfis transcricionais semelhantes ao camundongo Mus musculus, muito utilizado como modelo animal para o estudo de doenças humanas. Para testar esta hipótese, foi realizada análise dos perfis transcricionais de linfócitos periféricos provenientes de pacientes com DM1 e camundongos NOD (Non-obese diabetic) diabéticos, focando os genes situados em regiões de susceptibilidade. Foram utilizados dados de microarrays do genoma funcional completo da plataforma Agilent (Whole genome one-color Agilent 4x44k) de dezenove pacientes e oito controles, e de camundongos NOD pré-diabéticos e diabéticos. A linhagem NOD foi utilizada no estudo, pois representa um modelo experimental para o estudo do diabetes autoimune e desenvolve a doença espontaneamente. Para a análise dos dados de microarrays foi utilizado o software GeneSpring GX e os programas Cluster e TreeView. A modulação transcricional dos genes foi estabelecida comparando-se os pacientes com os controles, e os animais diabéticos com os pré-diabéticos. Os loci de susceptibilidade ao DM1 humano foram definidos utilizando-se uma tabela curada disponível no banco T1DBase (http://t1dbase.org) e seus correspondentes murinos, segundo o banco de dados Homology Maps (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/homology/maps/). Foram considerados para o estudo apenas os pares de homólogos com expressão em linfócitos humanos e murinos conforme os dados disponíveis no banco BioGPS (http://biogps.org). Avaliamos se os genes murinos estavam situados em regiões de susceptibilidade (Idd) ao DM1 do camundongo, utilizando-se o T1DBase. Todos os genes humanos selecionados com homologia com camundongo foram mapeados quanto à localização cromossômica, buscando-se por regiões de sintenia entre as duas espécies por meio da ferramenta Synteny disponível no banco de dados Ensembl Genome Browser (http://www. ensembl.org/). Os pares de homólogos situados em regiões sintênicas foram então verificados quanto à similaridade de sequência de DNA e identidade protéica entre humano e camundongo, utilizando-se dados do HomoloGene (http://www.ncbi.nlm.nih. gov/homologene/). Foram analisados 463 genes humanos, dos quais 73 apresentaram correspondência em camundongo e expressão em linfócitos T. Dos 73 genes identificados, 31 deles apresentaram mesma modulação de fold change entre as duas espécies, com 12 mapeados em regiões de susceptibilidade murinas (Idd). Dos doze genes em regiões Idd, 4 se apresentaram induzidos: APOM (Apom), COL11A2 (Col11a2), HLA-DOB (H2-Ob) e PRR3 (Prr3); e 8 reprimidos: CYP21A2 (Cyp21a1), STK19 (Stk19), PHTF1 (Phtf1), RSBN1 (Rsbn1), CDSN (Cdsn), TRIM39 (Trim39), VARS2 (Vars2) e IL21 (Il21). Foram identificados 59 genes em regiões de sintenia humano-camundongo, com 58 apresentando similaridade na sequência de DNA acima de 70% entre as duas espécies, e identidade de sequência de aminoácidos das respectivas proteínas variando de 61,4 a 99,7%. Esses resultados demonstram que a maioria dos genes estudados apresenta conservação funcional, como indicado pelo alto grau de identidade das proteínas. Além disso, evidenciou-se um compartilhamento de perfis de expressão de genes em regiões de susceptibilidade ao DM1 humano e murino, contribuindo para um melhor conhecimento das semelhanças entre o modelo animal (linhagem NOD) e o diabetes autoimune humano. / Type 1 diabetes (T1D) is a common autoimmune disease that arises from multiple genetic and environmental risk factors. It is characterized by selective loss of insulin-producing -cells in the pancreatic islets in genetically susceptible individuals. The HLA class II locus on human chromosome 6p21.3 represents one of the most important genomic regions associated with T1D but there are evidences for the participation of several others along the chromosomes, which also contribute to disease susceptibility. These chromosomal regions may harbor functional genes with transcriptional profiles similar to those presented by the mouse Mus musculus, an animal model highly used in researches of human diseases. To test this hypothesis, it was performed a transcriptome profiling analysis of peripheral lymphocytes from T1D patients and diabetic NOD (Non-obese diabetic) mice focusing those genes positioned in chromosomal susceptibility regions. To perform this analysis, whole genome one-color Agilent 4x44k microarrays were used from 19 patients and 8 controls and from pre-diabetic and diabetic NOD mice. NOD strain was used since It is a well established mouse model for T1D. GeneSpring GX software and Cluster and TreeView programs were applied for microarray data analysis. The transcriptional modulation was established by comparisons of diabetic patients versus controls and diabetic versus pre-diabetic animals. The human T1D susceptibility loci were defined using a curated human dataset available in T1DBase (http://t1dbase.org) and mouse counterparts according to Homology Maps database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/homology/maps/). For the present study we considered only homolog gene pairs with expression in human and mouse lymphocytes taking into account data available in BioGPS database (http://biogps.org). Following these procedures, mouse genes were checked for chromosome location in order to subserve the establishment of syntenic regions. The human-mouse syntenic regions were defined using Synteny tool from Ensembl Genome Browser (http://www.ensembl.org/). The homolog gene pairs located in human-mouse syntenic regions were checked for DNA sequence similarity and protein identity according to HomoloGene data (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/). The 463 human genes were analyzed with 73 presenting murine counterparts and expression in lymphocytes. From these, 31 genes presented same fold change modulation in both species, with 12 of them mapped in murine diabetes susceptibility regions (Idd). The 12 genes in Idd regions showed different transcriptional modulations, 4 featured up-regulation: APOM (Apom), COL11A2 (Col11a2), HLA-DOB (H2- Ob) e PRR3 (Prr3); and 8 down-regulation: CYP21A2 (Cyp21a1), STK19 (Stk19), PHTF1 (Phtf1), RSBN1 (Rsbn1), CDSN (Cdsn), TRIM39 (Trim39), VARS2 (Vars2) e IL21 (Il21). 51 genes were identified in human-mouse syntenic regions with 58 presenting DNA sequence similarity above 70% and protein identity ranging from 61,4 to 99,7%. These results show that most genes studied present functional conservation, as indicated by the high degree of identity of the proteins. Additionally, it was observed shared expression profiles between human and murine T1D susceptibility regions. These results contribute to a better understanding of similarities between the animal model (NOD mouse strain) and human autoimmune diabetes.

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