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Analys av bipollensorter i Västerbotten : Betydelse och för- och nackdelar med klassiska morfologiska metoder / Pollen grain analysis in Västerbotten, Umeå : Pros and cons using classic morphological methodsPersson, Jesper January 2021 (has links)
Composition of pollen pellets foraged by honeybees, sampled in Degernäs and Tavelsjö, Västerbotten County, during early summer 2020, is used to explore if honeybees are monofloral or polyfloral. Samples from different days and different colours were evaluated by light microscopy. Each unique pollen species in each pellet was morphologically identified with help of an international pollen database (PalDat) and a common bee plant document, using light microscopy and scanning electron microscope photographs. A selection of pollen species were identified down to species level and were used to explore which wild pollinators can also pollinate these plant species, to speculate around possible competition scenarios between them and honeybees. SEM and DNA extraction were performed with a selection of the pollen pellets and with the extracted DNA, different PCR primers targeting different plant gene markers were tested to see which ones worked with pollen from northern Sweden. More detailed pictures of the pollen grains were seen in SEM which helped ease the species identification of some of them. The results showed that only a few of the pollen pellets had only one detected plant species while the rest had 2 or more plant species in them. Thus, these data indicate that the honeybees in Degernäs and Tavelsjö are polyfloral, at least for the samples studied in this bachelor thesis. Methods are evaluated and the findings were that a combination of morphological and molecular biology studies are both needed to be able to establish a new updated pollen database for northern Sweden.
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Erarbeitung einer Systematik von Metadaten für den Vergleich unterschiedlicher Messungen und Analysen an VerarbeitungsanlagenHirsch, Erik 07 June 2021 (has links)
Gegenstand dieser Arbeit ist die Entwicklung einer Metadatensystematik zur Ausarbeitung der wesentlichen Einflussgrößen auf das Betriebsverhalten von Verarbeitungsmaschinen und -anlagen. Sie dient als Grundlage, um Erkenntnisse aus verschiedenartigen Prozess- und Betriebsanalysen zu ziehen und somit das Wissen über die vorherrschenden Verarbeitungsvorgänge zu vergrößern. Die Metadaten werden als Einflussgrößen, die im Rahmen einer Betriebsanalyse ergänzend erfasst und verarbeitet werden können, definiert. Zunächst erfolgt die Entwicklung eines ganzheitlichen Modellansatzes zur Erarbeitung der Einflussarten auf das Verhalten eines Maschinensystems. Dieses Modell bildet die Grundlage für die Metadatensystematik. Für die Erstellung der Systematik findet eine Klassifikation und eine Kategorisierung der Metadaten statt. Anschließend wird eine Metadatenerfassungsprioritätszahl eingeführt, welche eine Abschätzung der Erfassungsrelevanz der einzelnen Metadaten ermöglicht. Des Weiteren werden Empfehlungen zur Verarbeitung der Daten gegeben und ein Arbeitsablaufplan zur systematischen Vorbereitung einer Metadatenerfassung vorgestellt. Die Metadatensystematik soll dabei helfen, die Einflussgrößen auf das Betriebsverhalten systematisch zu erfassen, Daten verschiedener Prozessanalysen zu vergleichen und das Verständnis sowie die Interpretation der Kennzahlen eines Maschinensystems zu fördern.:Kurzfassung I
Abstract I
Symbolverzeichnis IV
Abkürzungsverzeichnis VII
1 Einleitung 1
1.1 Motivation 1
1.2 Zielsetzung und Lösungsansatz 2
1.3 Aufbau der Arbeit 2
2 Stand der Wissenschaft und Technik 5
2.1 Einführung der Wissenshierarchieebenen 5
2.1.1 Differenzierung zwischen Zeichen, Daten, Informationen und Wissen 5
2.1.2 Differenzierung zwischen Basiszahlen und Kennzahlen 5
2.1.3 Allgemeine Definition von Metadaten 6
2.2 Grundlagen der Betriebsanalyse 6
2.2.1 Definition des Betriebsverhaltens von Verarbeitungsanlagen 6
2.2.2 Zwecke und Ziele einer Betriebsanalyse 7
2.2.3 Arten von Betriebsanalysen 7
2.2.4 Kennzahlen zur Bewertung des Betriebsverhaltens 8
2.2.5 Vorgehensweise zur Analyse des Betriebsverhaltens 12
2.2.6 Datensysteme eines Unternehmens 13
2.3 Methoden der Systemtheorie 15
2.3.1 Grundlagen der Systemtheorie 15
2.3.2 Definition des Systembegriffs 15
2.3.3 Systemmodelle der Verarbeitungstechnik 16
2.3.4 Technisches System 17
2.3.5 Funktionsstruktur und Funktionsbereiche 18
2.3.6 Innermaschinelles Verfahren 19
2.3.7 Modell der Wirkpaarung 19
2.3.8 Mensch-Technik-Organisation-Modell 19
3 Präzisierte Aufgabenstellung 21
4 Einflussgrößen auf das Betriebsverhalten von Verarbeitungsanlagen 25
4.1 Systemtheoretischer Modellansatz für Betriebsanalysen 25
4.1.1 Problemstellungen bei der Modellbildung 25
4.1.2 Erstellung eines ganzheitlichen Modellansatzes 26
4.1.3 Arten von Einflussgrößen auf das Betriebsverhalten 32
4.2 Möglichkeiten der Datenerfassung 32
4.3 Gegenüberstellung der Einflussarten und der Erfassungsmöglichkeiten 33
5 Metadaten des Betriebsverhaltens 35
5.1 Systematik der Metadaten 35
5.1.1 Bestandteile der Systematik 35
5.1.2 Klassifikation der Metadaten 36
5.1.3 Kategorisierung der Metadaten 37
5.2 Abschätzung der Relevanz der Metadaten 40
5.3 Empfehlungen zur Verarbeitung der Metadaten 43
5.3.1 Empfehlungen zur Erfassung der Metadaten 43
5.3.2 Empfehlungen zur Speicherung der Metadaten 45
5.3.3 Empfehlungen zur Auswertung der Metadaten 45
5.4 Vorgehensmodell zur Metadatenerfassung 47
6 Zusammenfassung und Ausblick 51
Thesen der Arbeit 53
Literaturverzeichnis IX
Abbildungsverzeichnis XV
Tabellenverzeichnis XVI
Anhang XVII
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Phylogeny, character evolution and species diversity in Crambinae, Heliothelinae and ScopariinaeLéger, Théo 30 November 2020 (has links)
Mit 15.515 beschriebenen Arten sind die Zünslerfalter (Pyraloidea) eine der artenreichsten Gruppen der Lepidoptera. Die Monophylie der Gruppe wurde durch das Vorhandensein eines gepaarten Tympanalorgans in den ersten zwei abdominalen Segmenten begründet und durch molekulargenetische Analysen bestätigt. Pyraloidea sind unterteilt in Pyralidae (5.408 Arten in fünf Unterfamilien) und Crambidae (10.107 Arten in 14 Unterfamilien). Die hier vorgelegte Arbeit liefert neue Kenntnisse über die Phylogenie und Evolution morphologischer und ökologischer Merkmale der Crambinae und Scopariinae sowie zur larvalen Morphologie und Ernährungsweise,
Phylogenie und Taxonomie der Heliothelinae. In stammesverwandtschaftlichen Untersuchungen der vergangenen Jahre stellte sich heraus, dass die Crambinae (2.047 Arten) und die Scopariinae (577 Arten) Schwestergruppen sind. Die Heliothelinae hingegen waren bisher nie Gegenstand phylogenetischer Untersuchungen. Morphologisch sind die Scopariinae in 24 Gattungen und die Crambinae in 176 Gattungen, verteilt auf neun Triben, klassifiziert, während die Heliothelinae zwei Triben beinhalten: Heliothelini und Hoploscopini. Unsere phylogenetischen Maximum Likelihood – und Bayes-Analysen, basierend auf einem sechs Gene umfassenden Datensatz für 110 Taxa, bestätigen die Monophylie sowohl der Crambinae als auch der Scopariinae, während die Heliothelinae nicht als Monophylum gestützt sind. Einige Gattungen der Scopariinae wurden in der Vergangenheit in zu viele Untergruppen aufgeteilt. So enthalten zum Beispiel die beiden artenreichen Gattungen Eudonia und Scoparia fünf ehemalige Gattungen, die inzwischen synonymisiert wurden. Anarpia, die als Schwester zu allen anderen Scopariinae gefunden wurde, kommt in der Mittelmeerregion vor, während alle anderen Scopariinae vorwiegend in gemäßigten Zonen und tropischen Bergwäldern verbreitet sind. Die Triben-Klassifikation der Crambinae wird im Licht unserer Ergebnisse revidiert, wobei wir zwei Triben synonymisieren, eine Tribus wieder etablieren und eine neue Tribus beschreiben. Mehrere Crambinae-Gattungen werden zum ersten Mal einer Tribus zugewiesen. In der Analyse 27 morphologischer Merkmale fanden wir neue Synapomorphien für einige Kladen. Eine der Schlüsselerkenntnisse ist, dass innerhalb der Crambinae die Entstehung nicht-klebender Eier mit einigen Modifikationen des weiblichen Oviskapts sowie mit einem Wechsel der Nahrungspflanzen hin zu Pooideae einherging. Die phylogenetische Analyse eines größeren, zehn Gene umfassenden Datensatzes mit Vertretern aller Crambidae-Unterfamilien zeigt auf, dass die Heliothelinae ein Polyphylum darstellen: Heliothelini s. str. sind Schwester zu den Scopariinae, während Hoploscopini eine völlig eigene Entwicklungslinie ist, die als eigenständige Unterfamilie angesehen werden sollte. Heliothelinae s. str. kommen in xerothermen Zonen vor, und ihre Larven fressen an Violaceae. Hoploscopinae hingegen sind in den tropischen Bergwäldern Südostasiens und Australasiens verbreitet. Feldarbeit und anschließende Laboranalysen erbringen den ersten Nachweis der Nahrungspflanzen – Farne – für die Gattung Hoploscopa und deuten auf eine große unbeschriebene Artendiversität in dieser Gattung hin. Sechsundzwanzig Hoploscopa-Arten – davon acht vom Mount Kinabalu – werden anschließend anhand morphologischer Befunde und dann Barcoding als neu beschrieben. Weitere 15 Arten werden wiederbeschrieben. Die hohe genetische Divergenz zwischen morphologisch ähnlichen Arten auf verschiedenen Inseln sowie dreißig weitere in Museumssammlungen auf ihre wissenschaftliche Beschreibung wartende Arten sind Anlass für zukünftige Untersuchungen. Die Arten der Gattung Hoploscopa erweisen sich durch ihre Diversität und ihre geographisch enge Verbreitung als eine geeignete Objekte für weitergehende phylogeographische Studien.:1. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 17
2. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 39
3. Discovery of another fern-feeding group of moths: the larvae of Hoploscopini (Insecta: Lepidoptera: Pyraloidea) from Borneo. 59
4. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from SouthEast Asia revealed by morphology and DNA barcoding. 69
5. Conclusion and outlook 167
Appendix A. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 175
Appendix B. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 229
Appendix C. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from South-East Asian revealed by morphology and DNA barcoding. 239 / Pyraloidea is one of the largest superfamilies of Lepidoptera comprising 15 955 described species. The monophyly of the group was suggested by the presence of a tympanal organ in the first abdominal segment; it has been confirmed later by molecular data. This group is divided into Pyralidae (5750 species in 5 subfamilies) and Crambidae (10 205 species in 14 subfamilies). The work presented here provides new insights on the phylogeny and evolution of morphological and ecological characters of the Crambinae and Scopariinae, as well as the first phylogenetic placement, host plant record, and taxonomic work on the Heliothelinae. Crambinae (2,047 species) and Scopariinae (577 species) were previously recovered as sister groups in a molecular phylogenetic analysis of three and two species respectively, while Heliothelinae (50 species) have never been investigated in a phylogenetic framework. The morphology-based classification divided Scopariinae into 24 genera and Crambinae into 9 tribes and 176 genera, while Heliothelinae comprised the two tribes Heliothelini and Hoploscopini. Analyses of a six-gene dataset including 110 taxa with Maximum Likelihood and Bayesian Inference confirm the monophyly of Crambinae as well as Scopariinae, while no support was found for the position of Heliothelinae. Phylogenetic results demonstrate that Scopariinae were oversplit at the generic level by traditional classification, with five genera found nested within, and consequently synonymized with the two species-rich genera Eudonia and Scoparia. Anarpia, recovered as the basal-most lineage of Scopariinae, occurs in the Mediterranean region, in contrast to the remaining Scopariinae found in temperate regions and wet tropical montane forests. In Crambinae, our revision of the tribal classification leads to two synonymizations, one reinstatement as well as the description of a new tribe. Furthermore, several genera are confidently assigned to a tribe for the first time and two are synonymized with Microcrambus. Ancestral character reconstructions for 27 morphological characters provide new apomorphies for several clades and reveal several modifications of the female oviscapt associated with the behavior of laying adhesive or non-adhesive eggs, the latter being associated with the use of Pooidae as host plants. Inclusion of a greater number of taxa and genes comprising all subfamilies of Crambidae supports the polyphyly of Heliothelinae. Heliothelinae s. str. are sister to Scopariinae, while Hoploscopinae are sister to (Heliothelinae+Scopariinae)+Crambinae. Heliothelinae s. str. occur in xerothermic habitats and larvae of Heliothela wulfeniana are recorded as miners in Violaceae. In contrast, Hoploscopinae occur in montane rainforests of the Oriental and Austral-Asian regions. Field observations on Mount Kinabalu and subsequent studies of the material collected provided the first host plant record for Hoploscopa and highlighted a high proportion of undescribed species in this genus. Following an iterative approach combining morphology and DNA barcoding from museum specimens, twenty-six new species of Hoploscopa – among which eight from Mount Kinabalu – are described here, and re-descriptions are provided for the 15 hitherto described species. Genetic diversity among different islands highlighted by the species delimitation analysis and the estimated thirty further undescribed species from museum collections make Hoploscopa an example of the largely unexplored pyraloid fauna in the tropics. The confined distribution and the high species diversity in Hoploscopa makes it an ideal model-group for phylogeographical investigations.:1. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 17
2. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 39
3. Discovery of another fern-feeding group of moths: the larvae of Hoploscopini (Insecta: Lepidoptera: Pyraloidea) from Borneo. 59
4. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from SouthEast Asia revealed by morphology and DNA barcoding. 69
5. Conclusion and outlook 167
Appendix A. Phylogeny, tribal classification and character evolution in Crambinae and Scopariinae (Lepidoptera: Pyraloidea). 175
Appendix B. Refining the phylogeny of Crambidae with complete sampling of subfamilies (Lepidoptera, Pyraloidea). 229
Appendix C. Twenty-six new species of Hoploscopa (Lepidoptera, Crambidae) from South-East Asian revealed by morphology and DNA barcoding. 239
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Progenetische Evolution als Prinzip zur Entstehung neuer Arten innerhalb der Polychaeten am Beispiel der Dinophilidae/"Dorvilleidae" ("Polychaeta", Annelida)Struck, Torsten Hugo 14 July 2003 (has links)
In dieser Arbeit wurde die progenetische Evolution der Dinophilidae innerhalb der Eunicida („Polychaeta“, Annelida) sowie der Ursprung weiterer vermutlich progenetischer Arten des Euniciden-Taxons „Dorvilleidae“ (Parapodrilus psammophilus und Microdorvillea sp. n.) mit Hilfe molekularer Daten untersucht.
Ein etwa 1800 bp langer Abschnitt der 18S-rDNA wurde erfolgreich von den in Tabelle 1 aufgeführten Arten (s. S. 5-7), mit Ausnahme von Ophryotrocha puerilis und Pusillotrocha akessoni, sequenziert. Von der 28S-rDNA wurde ein etwa 2250 bp langer Abschnitt von Trilobodrilus heideri, Protodorvillea kefersteinii, Eunice sp. und Hyalinoecia tubicola sequenziert. Von den folgenden Arten wurden 488 bzw. 482 bp der CO I bestimmt: Rheomorpha neiswestonovae, Trilobodrilus axi, Trilobodrilus heideri, Ophryotrocha gracilis, Ophryotrocha puerilis, Protodorvillea kefersteinii, Schistomeringos rudolphi, Eunice sp., Marphysa sanguinea, Lumbrineris funchalensis, Hyalinoecia tubicola, Potamodrilus fluviatilis und Sabella crassicornis. Zusätzliche Sequenzen der 18S-rDNA, der 28S-rDNA und der CO I wurden der Datenbank GenBank entnommen. Weitere Sequenzen der 28S-rDNA und der CO I wurden freundlicherweise von Frau Jördens zur Verfügung gestellt.
Vor den phylogenetischen Analysen wurden Bereiche unterschiedlicher Variabilität definiert. Unterschiede zwischen den Substitutions-, Transitions-, Transversions- und allgemeinen Mutationsraten sowohl untereinander als auch zwischen den Variabilitätsbereichen sowie Sättigungen wurden ermittelt. Das phylogenetische Signal wurde mittels Likelihood Mapping verdeutlicht. Phylogenetische Analysen der einzelnen Gene sowie in Kombination der beiden nukleären ribosomalen Gene und aller drei Gene wurden durchgeführt. Dabei wurden die Parsimonie-, die ML- und die Bayes´sche Analyse parallel angewendet. Soweit möglich wurden Signifikanztests durchgeführt. Die zum einen die beiden Hypothesen der Monophylie der Eunicida mit und ohne Dinophilidae gegeneinander und zum anderen die beste Lösung gegen diese beiden Hypothesen und die Hypothese einer Monophylie der Taxa der ehemaligen „Archiannelida“ verglichen.
Die Voruntersuchungen an den Datensätzen der einzelnen Gene zeigen bei den drei Genen deutliche Unterschiede der Substitutionsraten sowohl zwischen den einzelnen Variabilitätsbereichen als auch untereinander. Die Muster in den beiden Genen der 28S‑rDNA und der 18S-rDNA sind sich relativ ähnlich, allerdings ist die 28S‑rDNA variabler. Die CO I unterscheidet sich deutlich von den beiden anderen Genen in ihrem Muster und in ihrer Variabilität. Es wurde in allen drei Analysen Substitutionsmodelle gewählt die diese Unterschiede adäquat berücksichtigten. In der ML- und der Bayes´schen Analyse wurden die Modelle mittels dem Programm Modeltest bzw. MrModeltest bestimmt.
In den Analysen der einzelnen Gene zeichnet sich die 18S-rDNA für diese Fragestellungen durch die beste Auflösung aus. Dieses ist auf die niedrige Variabilität sowie die große Anzahl an OTUs zurückzuführen. Die 28S-rDNA ist in der Auflösung wesentlich besser als die CO I und etwa so gut wie die 18S-rDNA. Die CO I alleine ist für Fragestellungen, die die Phylogenie der höheren taxonomischen Einheiten der Polychaeten betreffen, nicht geeignet. Die Kombination meherer Gene führte ebenfalls zu einer Verbesserung der Auflösung. Dabei wird die Auflösung mit steigender Zahl der Gene besser.
Auch in diesen Analysen unterstützen die „posterior probabilities“ mehr Gruppen mit signifikanten Werten und sind immer höher als die BS-Werte. Es konnte gezeigt werden, dass die Verwendung der besten Phylogenie der ML-Analyse als Startbaum in der Bayes´schen Analyse schneller und sicherer ins stabile optimale Gleichgewicht führt. Es wird daher empfohlen, diese Option wenigstens als Test für die Etablierung des stabilen optimalen Gleichgewichtes in zukünftigen Analysen zu verwenden.
Die molekularen Daten lehnen eine nähere Verwandtschaft der Dinophilidae zu den Eunicida sowie zu den Taxa der ehemaligen „Archiannelida“ mit hoher Wahrscheinlichkeit, allerdings nicht signifikant, ab. Eine mögliche Verwandtschaft zu einem in die Analysen nicht eingegangenem Taxon der Eunicida kann nicht ausgeschlossen werden, da die Monophylie der Eunicida nur in den Analysen aller drei Gene bestätigt wird. Ebenfalls kann eine nähere Verwandtschaft der Dinophilidae zu einem anderen Taxon der „Polychaeta“ nicht mit signifikanter Unterstützung nachgewiesen werden. Da weder die molekularen noch die morphologischen Daten zurzeit eine eindeutige systematische Einordnung der Dinophilidae innerhalb der „Polychaeta“ erlauben, sollten die Dinophilidae wieder als eigenständiges Taxon innerhalb der „Polychaeta“ geführt und keinem anderen Taxon zugeordnet werden. Der progenetische Urspung der Dinophilidae ist aufgrund morphologischer Untersuchungen gut belegt.
Die enge Verwandtschaft sowohl von Parapodrilus psammophilus als auch Microdorvillea sp. n. zu großen kiefertragenden Dorvilleiden mit polytrochen Larven wird mit signifikanten Werten in allen Analysen unterstützt. Die molekularen Daten unterstützen somit die vermutete progenetische Evolution von wenigstens Parapodrilus psammophilus.
Dadurch dass die Dinophilidae mit hoher Wahrscheinlichkeit nicht in die „Dorvilleidae“ oder Eunicida eingeordnet werden können, ist auch die systematische Einordnung der Gattungen ohne muskulöses Pharynx-Organ (Apodotrocha und Apharyngtus) in die „Dorvilleidae“ nicht mehr mit eindeutiger Sicherheit gegeben. Sie wurden aufgrund der gleichen morphologischen Merkmale wie die Dinophilidae den „Dorvilleidae“ zu geordnet.
Die molekular-phylogenetischen Analysen unterstützen nur in den kombinierten Analysen aller drei Gene die Monophylie der Eunicida. Dieser ist wahrscheinlich auf die „explosive Radiation“ dieses Taxons sowie der Taxa der Polychaeten im Allgemeinen zurückzuführen. Die nahe Verwandtschaft von Eunicidae und Onuphidae wird in allen Analysen, außer in denen mit der CO I, signifikant unterstützt.
Die molekularen Daten unterstützen eine Monophylie der „Dorvilleidae“ nicht. Da der ctenognathe Kieferapparat der „Dorvilleidae“ sehr wahrscheinlich ein plesiomorphes Merkmal innerhalb der Eunicida ist, wird das Taxon auch morphologisch durch kein autapomorphes Merkmal charakterisiert. Die „Dorvilleidae“ sollten deshalb als parapyhletisch innerhalb der Eunicida betrachtet werden und mit Anführungsstrichen geführt werden.
Die systematische Position der Histriobdellidae innerhalb der Eunicida kann basierend auf den Analysen der 18S-rDNA nicht eindeutig geklärt werden. Allerdings legt die Analyse, die eine Monophylie der Eunicida ohne Dinophilidae erzwingt, eine Verwandtschaft mit Ophryotrocha gracilis nahe.
Zukünftige molekular-phylogenetische Analysen sowohl die Phylogenie der Annelida und im Besonderen der Eunicida als auch die systematische Einordnung der Dinophilidae betreffend sollten vor allem bei den Genen der 28S-rDNA und CO I noch mehr Taxa und Arten umfassen, um der geringen Auflösung der basalen Verzweigungen in allen Analysen und Problemen wie der „long branch attraction“ in zwei der Analysen mit der 28S-rDNA besser zu begegnen. Ferner sollte der Datensatz noch um andere Gene, wie zum Beispiel dem Elongationsfaktor 1a oder den Histonen, mit einer möglichst großen Zahl an Taxa erweitert werden.
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Tree diversity and edge effects in Nhamacoa miombo forest, MozambiqueGårdman, Anton January 2020 (has links)
Mozambique is to fifty percent covered by forest, most of which belongs to the biodiverse miombo woodlands. The last decades, Mozambique has been suffering from rapid deforestation. The once continuous forest cover has turned into a mosaic of forest patches, farmland, settlements etc. The remaining forest patches are in many cases very isolated. These forests have distinct edges towards the neighbouring land, which means that the edge zones have different environmental conditions (more light, higher temperatures etc.) and tree species composition than the interior. In order to examine how the forests of Mozambique are affected by edge effects, the highly isolated Nhamacoa forest was studied. An additional aim of the project was to make a floristic inventory of the forest in order to further assess its conservation status. Specimens were collected, pressed and photographed for identification. Edge effects were studied in plots at the edge and in the interior of the forest in a paired design. Trees inside the plots were identified, counted and measured (dbh (diameter at breast height) and height) to search for differences in species richness, diversity, biomass and height-to-dbh ratios. Environmental parameters (air temp., soil temp., light and slope) were also measured. In total, 76 species of trees were sampled and 44 (35 in the interior and 32 at the edge) of these were found inside the plots. The interior plots harboured significantly more individuals and species of trees than their paired edge plots. Additionally, biomass and height-to-dbh ratios were higher in the interior plots than in the edge plots. These differences strongly suggest that the Nhamacoa forest is affected by edge effects, although none of the measured environmental parameters could explain why. That the Nhamacoa forest is affected by edge effects goes in line with the research hypothesis and shows that it is important to maintain large and intact pieces of forest in order to preserve the Mozambican miombo forests. For future studies, additional environmental parameters (wind speed, humidity etc.) could be examined in order to better explain the presence of edge effects in the Nhamacoa forest.
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Att införa Nationell palliativ vårdplan, ett förbättringsarbete för att åstadkomma ökad livskvalitet för personer i livets slutskede på ett kommunalt korttidsboende : En kvalitativ intervjustudie om hur cheferna agerade och upplevde införandet av NVP / To introduce the Swedish Palliative care guide, symptom relief for patients in the end of life, (S-PCG) located on a municipal short-term unit : A qualitative interview study of how the managers acted and experienced the introduction of S-PCGYxhammar Jasbetz, Helene January 2021 (has links)
Sammanfattning Internationell forskning visar behov av att studera och utvärdera evidensbaserade palliativa vårdplaner för patienter i livets slutskede. I Sverige behövs en ökad kunskap om vården och hur man kan ta reda på varje persons individuella behov och önskemål. Att bidra till välbefinnande, samt till god lindring av smärta och andra besvär, är de insatser som är mest betydelsefulla för svårt sjuka patienter som befinner sig i livets slutskede. I föreliggande text redovisas förbättringsarbete på ett kommunalt korttidsboende vars syfte var att förbättra livskvaliteten för patienter i livets slutskede, genom att införa Nationell palliativ vårdplan (NVP). Här presenteras också en studie vars syfte var att klarlägga chefernas uppfattningar och erfarenheter vid införandet av NVP. Förbättringsarbetet följde Nolans förbättringsmodell med PDSA-cykler utifrån kartläggning av det kliniska mikrosystemet på korttidsboendet. Studien är en kvalitativ intervjustudie där intervjuer har genomförts och analyserats med innehållsanalys. De genomförda åtgärderna i förbättringsarbetet resulterade i mätbara förbättringar. Andelen aktuella patienter för vilka det gjordes skattning av symtom och smärta och strukturerad bedömning av välbefinnande, ångest och oro, som registrerades i NVP uppnådde målet på 95%. Data från studien visar hur ledare agerar och deras erfarenhet av hur man introducerar och använder NVP. Cheferna/ledarna har agerat med intresse, engagemang och använt sig av kunskapsstödet. Deras upplevelser av införandet har varit positiva och de har lagt vikt på deras behov av att få stöd som chef/ ledare vid införandet. Förbättringsarbetet med att införa NVP var framgångsrikt och bidrog till ökad livskvalitet för korttidsboendets patienter i livets slutskede. PDSA-cykler med styrdiagram var en värdefull metod för uppföljning av förbättringsarbetet. Mätningarna visade att de planerade insatserna gav önskvärda effekter trots att det SMART: a målet inte uppnåddes helt. Studien visade att cheferna upplevt motivation, gett och fått stöd samt att de visat engagemang och intresse vid införandet av NVP. / Summary International studies show a need to study and evaluate evidence-based end-of-life care plans and studies need to include more symptom controls of patients, patient’s well-being, and satisfaction. In the short-term unit there was a need for a more structured documentation-tool designed to meet patients in the end of their life. S-PCG is designed for this intention. The purpose was to improve the quality of life for patients in the short- term unit who are in the last days of their life. The main structure of the improvement initiative was Nolan´s model change and PDSA. The study was based on a qualitative interview study. The interviews were analyzed by content analysis. The results of the implemented measures show measurable improvements. 95% of all measurements regarding symptom assessment, pain assessment and continuous assessment based on well-being, anxiety and concern were registered in S-PCG. Data from the study shows knowledge among leaders acting and their experience how to introduce and use S-PCG. The conclusion of the improvement initiative with the introduction of S-PCG has proven to be successful, which has contributed to an increased quality of life for patients in the end of their life. PDSA-cycles and control charts proved to be a valuable method for following up the improvement initiative. The study showed that motivation, support and committed managers / leaders were successful factors that was the most important, during the improvement initiative.
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Integrative Approaches Illuminate Evolutionary Divergence in the Bar-tailed Lark Complex ( Ammomanes cinctura)Liu, Zongzhuang January 2023 (has links)
Ammomanes cinctura (Bar-tailed Lark) is a lark species with a wide distribution in the Palearctic. One of its subspecies, A. c. arenicolor, has a wide range across northern Africa, within which it shows very minor morphological variation but deep divergence in the mitochondrial cytochrome b locus between two geographically widely separated populations. There are two additional allopatric subspecies, A. c. cinctura (Cape Verde Islands) and A. c. zarudnyi (Iran to Pakistan), which differ slightly more in morphology. The genomic population structure, evolutionary history, and taxonomic status of the different populations within this species remain unclear. I applied an integrative approach, using genomic single nucleotide polymorphisms (SNPs), mtDNA and morphological data, to investigate the evolutionary divergence within Ammomanes cinctura. I acquired whole-genome sequence data from twelve individuals from Morocco (n=2), Saudi Arabia (n=7), and Iran (n=3), and performed phylogenetic and population structure analyses. Mitochondrial genomes were assembled and cytochrome b was extracted for phylogeny. Biometric measurements and quantified plumage analysis were conducted on museum specimens of all three subspecies. According to the mitochondrial data, the samples from Saudi Arabia and Iran form a clade that is deeply diverged (5.94 Mya, 95%HPD 3.15–8.95 Mya) from a clade comprising the samples from Morocco and Cape Verde Islands. In contrast, the nuclear SNPs recovered a very shallow divergence (0.095 Mya, 95%HPD 0.04-0.16 Mya) and weak population structure between the samples from Morocco vs. Saudi Arabia–Iran. Morphological results indicated that zarudnyi is slightly differentiated from the other two subspecies, with a larger body size, and the three subspecies are slightly divergent in plumage. The close similarity between Moroccan and Saudi Arabian birds in morphology was also confirmed, in conflict with the molecular data – highlighting the problem with trinomials in this case. The results suggest that the deep divergence in mitochondrial DNA is due to a complex evolutionary history.
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Optimization of protein extraction from red algaeKasparaviciute, Deimante January 2024 (has links)
The plastid is an important organelle that allows eukaryotes to photosynthesize. The endosymbiotic event that led to the development of a primary plastid occurred more than one billion years ago. Since then the organelle has undergone a significant genome reduction, losing a large portion of non-essential genes whose function is covered by the eukaryotic host. The majority of the proteins needed for essential plastid function are transcribed in the nucleus and translated in the cytosol. These proteins are then translocated across the inner and outer plastid membranes. The difference in where proteins are translated and transported can be used to study plastid evolution, this can be done by examining what proteins are present in the red algae plastid and comparing it to proteins found in other algae groups. In this project, the exact placement of the proteins, mainly plastid proteins is of interest. In order to localize and identify proteins in the algal cell, an efficient method of cell lysis, both total and incomplete, where the preservation of organelles is essential needs to be developed. This thesis examines a set of different methods of cell lysis, both complete and incomplete, coupled with organelle fractionation, to achieve the isolation of proteins belonging to the different cellular compartments. I show that complete cell lysis with bead milling using 0.1-0.5 mm silica beads is more efficient than a method using a Dounce homogenizer. For incomplete lysis, I show that nitrogen cavitation at 750 psi for 15 min and 1,000 psi for 30 min provides the same level of cellular lysis, indicating that the nitrogen gas equilibrates within 15 minutes. Organelle fractionation with OptiprepTM gradient showed that the majority of the sample did not travel through the gradient, staying in the first layer, which also prevented revelation of the protein pattern on an SDS-PAGE gel, indicating insufficient centrifugation. A great deal of optimization is still required to make these methods as efficient as possible. The step that requires the most optimization is sample preparation for nitrogen cavitation and the use of an ultracentrifuge.
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The Genus Amomum (Zingiberaceae) in Cambodia, Laos and Vietnam : Taxonomy and Ethnobotany, with Special Emphasis on Women's HealthLamxay, Vichith January 2011 (has links)
The species of Amomum Roxb. (Zingiberaceae) in Cambodia, Laos and Vietnam are revised. Thirty-five species and two varieties are recognised, all names are typified, and detailed descriptions and a key are provided. Nine new species are described and one species is validated. Whilst revising Amomum for the Flore du Cambodge, du Laos et du Viêtnam, we have proposed to conserve the name Amomum villosum Lour. with a recent collection from Laos, which was not included in the protologue, as its type. Our research on the use of Amomum focuses on the use of plants during pregnancy, parturition, postpartum recovery and infant healthcare among three ethnic groups, the Brou, Saek and Kry. The investigations aim to identify culturally important traditions that may facilitate implementation of culturally appropriate healthcare. Data were collected in Khammouane province, Lao PDR, through group and individual interviews with women by female interviewers. More than 55 plant species are used in women's healthcare, of which > 90 % are used in postpartum recovery. This wealth of novel insights into plant use and preparation will help to understand culturally important practices such as confinement, dietary restrictions, mother roasting and herbal steam baths and their incorporation into modern healthcare. Through chemical analyses of Amomum we have recorded compounds with antimicrobial, analgesic and sedative effects that point to an empirical development of the traditional treatments around childbirth. Essential oils of three species used in hotbed and mother roasting, Amomum villosum Lour. Amomum microcarpum C.F.Liang & D.Fang and Blumea balsamifera (L.) DC. were found to contain significant amounts of the following terpenes: b-pinene, camphor, bornylacetate, borneol, linalool, D-limonene, fenchone, terpinen-4-ol and a-terpinene.
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Systematics in Sileneae (Caryophyllaceae) – Taxonomy and Phylogenetic patternsEggens, Frida January 2006 (has links)
The focus for the first part of the thesis is on the systematics of species belonging to Silene subgenus Silene. Phylogenetic relationships are inferred from DNA sequences from both the plastid (the rps16 intron) and the nuclear (ITS, intron of the RPB2 gene) genomes. Silene section Rigidulae is shown to be non-monophyletic in its previous circumscription, but instead consisting of six separate clades, each correlated to the geographical distribution of the included species. The taxonomic consequences for each clade are discussed. One of the clades is recognized as a new section and described as Silene sect. Arenosae sect. nov. The morphological descriptions of the species are formalized using a novel implementation of the Prometheus Description Model. Two proposals are included in the thesis, one to reject the name Silene polyphylla L., which is a senior synonym to S. portensis L. Silene linearis Decne. is proposed for conservation against the rarely used S. linearis Sweet. Silene antirrhina, a weedy American annual, is strongly supported as sister to the Hawaiian endemic species of Silene, suggesting an American origin for these. Two of the endemics have evolved woodiness after introduction to Hawaii. In the second part of the thesis we use four nuclear DNA regions, (introns from RPA2, RPB2, RPD2a, RPD2b), and the chloroplast psbE-petG spacer. A framework is developed to evaluate different phylogenetic explanations for conflicting gene trees, where divergence times are used to discriminate among inter- and intralineage processes. The incongruences observed regarding the relationships among the three major lineages of Heliosperma are best explained by homoploid hybridization. The pattern regarding the origin of Heliosperma itself is more complicated and is likely to include several reticulate events. Two lineages have probably been involved in the origin of Heliosperma, one leading to Viscaria and Atocion and the other to Eudianthe and/or Petrocoptis.
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