O objetivo principal deste estudo foi avaliar a frequência de cepas do HBV com mutações de resistência aos análogos nucleos(t)ídeos (AN) utilizados no tratamento da hepatite B entre indivíduos cronicamente infectados, não submetidos a tratamento, procedentes de diferentes regiões do Brasil. Além disso, foram avaliadas a presença de mutações que alteram a antigenicidade do HBsAg promovendo escape dos anticorpos anti-HBs; mutações nos genes pré-core/core e a associação dos diferentes subgenótipos com as mutações encontradas e características demográficas e laboratoriais dos pacientes. Foram incluídas 779 amostras de soro de pacientes com infecção crônica pelo HBV e virgens de tratamento com AN ou interferon, as quais foram coletadas no período de 2006 a 2011. Os pacientes eram procedentes dos seguintes estados brasileiros: Pará, Maranhão, Bahia, Minas Gerais, São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul. O DNA do HBV foi extraído das amostras de soro utilizando o Kit QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen) e posteriormente foi realizada a amplificação das regiões S/polimerase (S/P) e pré-core/core (PCC) do genoma viral por nested PCR. O fragmento amplificado foi submetido a sequenciamento direto em sequenciador automático de DNA (ABI 3500) e as sequências obtidas foram analisadas para identificação dos genótipos e subgenótipos do HBV, pesquisa de mutações na polimerase, no HBsAg e nos genes pré-core/core. A região S/Pol foi amplificada e sequenciada com sucesso em 702 amostras, as quais foram incluídas para atender aos objetivos deste estudo. Entre as 702 amostras analisadas sete genótipos e 12 subgenótipos do HBV foram identificados. O subgenótipo A1 foi o mais frequente (63,7%, 447/702), seguido pelo HBV/D3 (14,5%, 102/702). Os demais genótipos e subgenótipos encontrados e suas frequências foram as seguintes: A2 (3,3%, 23/702), A3 (0,1%, 1/702), B1 (0,1%, 1/702), B2 (0,1%, 1/702), C2 (0,9%, 6/702), D1 (0,9%, 6/702), D2 (4,6%, 32/702), D4 (5,1%, 36/702), D com subgenótipo não identificado (0,7%, 5/702), E (0,6%, 4/702), F2a (4,6%, 32/702), F4 (0,4%, 3/702), e G (0,4%, 3/702). Cepas do HBV com mutações de resistência (rtS202G, rtM204V/I, rtA194T, rtM250I, rtA181T/S, rtT184S) associadas ou não a mutações compensatórias (rtL80I, rtV173L, rtL180M, rtV207I) foram identificadas em 1,6% (11/702) das amostras analisadas. Cepas com mutações potencialmente associadas com resistência ao adefovir (rtS85A, rtL217R, rtI233V, rtN238T, rtN238D, rtN248H, rtV214A,e rtQ215S) ou ao entecavir (rtS219A) foram identificadas em 7,7% (54/702) e 2,6% (16/702) dos pacientes, respectivamente. Cinquenta e sete (8,5%) amostras apresentaram cepas do HBV com mutações na principal região hidrofílica do HBsAg previamente relacionadas com escape dos anticorpos anti-HBs ou com prejuízo na secreção do HBsAg. Foram feitas análises estatísticas para avaliar a correlação entre os subgenótipos do HBV mais frequentes na casuística (A1, A2, D1, D2, D3, D4 e F2a) e a presença de mutações nos genes PCC. Dentre as mutações nos genes PCC associadas com redução ou falha na expressão do HBeAg, as mutações A1762T/T1764A estiveram associadas aos subgenótipos A1 e F2a; G1862T e mutações nas posições 1809-1812 ao subgenótipo A1; G1896A e/ou G1899A aos subgenótipos D2, D3 e D4. Mutações associadas com evolução da doença foram detectadas e entre essas as mutações C1766T e T1768A estiveram associadas aos subgenótipos A1 e F2a, e a mutação G1888A foi associada ao subgenótipo A1. As cepas do HBV que circulam nas diferentes regiões brasileiras estudadas apresentam grande variabilidade genética e a distribuição dos genótipos e subgenótipos reflete a formação histórica de cada região e do fluxo migratório mais recente. A frequência de cepas do HBV com mutações de resistência aos AN circulando entre pacientes virgens de tratamento com esses medicamentos nas diferentes regiões do Brasil estudadas é baixa, sendo que o perfil de mutações que confere resistência total à lamivudina e parcial ao entecavir parece ser o mais disseminado. Embora tenham sido detectados casos de infecção com cepas do HBV portando mutações com grande impacto na antigenicidade dessa proteína todas as amostras apresentaram HBsAg detectável. Pacientes com HBeAg negativo foram mais frequentes na casuística estudada, independente do subgenótipo. As mutações encontradas nos genes PCC sugerem que há perfis de mutações diferentes envolvidos na negatividade do HBeAg para cada subgenótipo / The main aim of this study was to evaluate the frequency of HBV strains harboring mutations that confer resistance to nucleos(t)ide analogues (NA) used to hepatitis B treatment among treatment-naïve patients with chronic hepatitis B from different Brazilian region. Furthermore, we evaluated the presence of mutations that alter the antigenicity of HBsAg causing anti-HBs escape; mutations in genes pre-core/core and the association of different subgenotypes with the mutations detected and demographic and laboratory characteristics of the patients. Serum samples from 779 treatment-naïve patients with chronic HBV infection were included in this study. The samples were collected between 2006 to 2011 and the patients were from the following states: Pará, Maranhão, Bahia, Minas Gerais, São Paulo, Paraná and Rio Grande do Sul. HBV DNA was extracted from serum samples using the QIAamp DNA Blood Mini Kit (Qiagen) and amplification of S/polymerase (S/Pol) and pre-core/core (PCC) regions were performed by nested PCR. The amplified PCR products were submitted to sequencing in an automatic DNA sequencer (ABI 3500). The sequences obtained were analyzed to classify HBV genotypes/subgenotypes and to analyze the presence of mutations. S/Pol region was amplified and sequenced successfully from 702 samples, which were included in this study. Among these 702 samples, seven genotypes and 12 subgenotypes have been identified. HBV subgenotype A1 was the most frequent (63.7%, 447/702), followed by HBV/D3 (14.5%; 102/ 702). The remaining genotypes and subgenotypes identified and their frequencies were as follows: A2 (3.3%, 23/702), A3 (0.1%, 1/702), B1 (0.1%, 1/702), B2 (0.1%, 1/702), C2 (0.9%, 6/702), D1 (0.9%, 6/702), D2 (4.6%, 32/702), D4 (5.1%, 36/702), D unclassified subgenotype (0.7%, 5/702), E (0.6%, 4/702), F2a (4.6%, 32/702), F4 (0.4%, 3/702), and G (0.4%, 3/702). HBV strains harboring mutations conferring NA resistance alone (rtS202G, rtM204V/I, rtA194T, rtM250I, rtA181T/S, rtT184S) or combined with compensatory mutations (rtL80I, rtV173L, rtL180M, rtV207I) were identified in 1.6% (11/702) of the patients. Isolates harboring mutations potentially associated with adefovir resistance (rtS85A, rtL217R, rtI233V, rtN238T, rtN238D, rtN248H, rtV214A, and rtQ215S) or entecavir resistance (rtS219A) were identified in 7.7% (54/702) and 2.6% (16/702) of the patients, respectively. HBV with HBsAg mutations previous related with anti-HBs escape or impaired secretion were detected in 8.5% (57/702) of the samples. Statistical analyzes were performed to assess the correlation between the more frequent HBV subgenotypes found in this study (A1, A2, D1, D2, D3, D4 and F2a ) and mutations in PCC genes. Among the mutations found in these genes that were associated with reduction or failure in HBeAg synthesis, A1762T/T1764A mutations were associated to subgenotypes A1 and F2a; G1862T and mutations at positions 1809-1812 to subgenotype A1; G1896A and/or G1899A to subgenotypes D2, D3 and D4. Other mutations associated with disease progression were found: C1766T and T1768A mutations were associated with subgenotypes A1 and F2a, and the G1888A mutation was associated with subgenotype A1. HBV strains circulating in different Brazilian regions studied showed high genetic variability and distribution of genotypes and subgenotypes reflects the population formation history of each region and the occurrence of recent events of migration. The frequency of HBV strains with NA resistance mutations circulating among treatment-naive patients in different regions of Brazil studied is low and the profile of mutations that confer total resistance to lamivudine and partial resistance to entecavir is more widespread. Although some cases of infection have been detected with HBV strains carrying mutations associated with major impact on the antigenicity of this protein, all samples had detectable HBsAg. HBeAg negative cases were more frequent in the studied population, regardless of subgenotype. Different pattern of mutations were found in PCC genes, suggesting that different mechanisms are involved in HBeAg negativity for each subgenotype

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2014-01-27T17:43:11Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiagnosticoSorologicoCaracterizacao.pdf: 1441638 bytes, checksum: b6cc757aae4e775e10a3a43ce3c52497 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-01-29T16:54:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiagnosticoSorologicoCaracterizacao.pdf: 1441638 bytes, checksum: b6cc757aae4e775e10a3a43ce3c52497 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-29T16:54:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DiagnosticoSorologicoCaracterizacao.pdf: 1441638 bytes, checksum: b6cc757aae4e775e10a3a43ce3c52497 (MD5) Previous issue date: 2011 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O vírus da Hepatite E (HEV) é um RNA-vírus entericamente transmissível do gênero Hepevirus causador de hepatite aguda em humanos que apresenta ampla distribuição em diversas regiões do mundo. Suínos são relatados como a principal fonte de infecção para humanos relacionadas aos genótipos 3 e 4 em regiões consideradas não-endêmicas. Neste sentido, o presente estudo teve como objetivo demonstrar a infecção pelo HEV em suínos no Estado do Pará através de métodos sorológicos e moleculares aplicados a amostras de soro, fezes e fígado de 151 suínos abatidos na região Metropolitana de Belém. A investigação sorológica abrangeu a pesquisa de anticorpos anti-HEV das classes IgM e IgG e o diagnóstico molecular inclui a detecção do HEV-RNA, sequenciamento nucleotídico e análise filogenética das sequências obtidas. Como resultado, não foram detectados anticorpos anti- HEV IgM e a prevalência de animais sororeativos para IgG foi de 8,6% (13/151). A detecção molecular amplificou fragmentos do HEV genoma em 4,8% (22/453) das amostras testadas e a prevalência de animais positivos a pelo menos uma amostra foi de 9,9% (15/151). A análise filogenética concluiu que todas as sequências analisadas pertencem ao genótipo 3 do vírus, descrito como zoonótico. Foram identificados os subtipos 3c e 3f ocorrendo simultaneamente estre as amostras, de acordo com as duas regiões do genoma amplificadas. Estes resultados constam como as primeiras evidências sorológicas e moleculares da circulação do HEV entre suínos no Norte do Brasil e também como a primeira detecção e genotipagem do HEV na região. / Hepatitis E virus (HEV) is an RNA virus of genus Hepevirus causative agent of enterically transmitted acute hepatitis in humans that is widely distributed in many regions of the world. Pigs are reported as the main source of infection to humans related to genotypes 3 and 4 virus in non-endemic areas. In this sense, the present study aimed to demonstrate the HEV infection among swine in the Pará State by serological and molecular methods applied to samples of serum, stool and liver of 151 pigs slaughtered in metropolitan area of Belém A serologic investigation included the search for anti-HEV IgM and IgG and molecular diagnostic included the detection of the HEV RNA, nucleotide sequencing and phylogenetic analysis of sequences obtained. As result we detected no anti- HEV IgM and the prevalence of animal seroreactive for IgG was 8,6% (13/151). Molecular detection of HEV genome amplified positive fragments in 4,8% (22/453) of samples tested and the prevalence of positive animals at least one sample was 9,9% (15/151). Phylogenetic analysis has concluded that all sequences examined belonged to genotype 3 virus, described as zoonotic. We identified the subtypes 3c and 3f occurring both among samples according to the two regions of the genome amplified. These results are the first serological and molecular evidences of the existence of HEV among swine in Northern Brazil and also the first detection and genotyping of HEV in region.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-11T15:22:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EstudoSoroepidemiologicoCoinfeccao.pdf: 1481792 bytes, checksum: ea4e7fbd42e30ad41dfb5025b930e5cb (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-04-03T16:03:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EstudoSoroepidemiologicoCoinfeccao.pdf: 1481792 bytes, checksum: ea4e7fbd42e30ad41dfb5025b930e5cb (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-04-03T16:03:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_EstudoSoroepidemiologicoCoinfeccao.pdf: 1481792 bytes, checksum: ea4e7fbd42e30ad41dfb5025b930e5cb (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2006 / Governo do Estado do Amapá / Fatores de risco e formas de transmissão do Vírus da Imunodeficiência humana (HIV) e o Vírus da hepatite B (VHB) são freqüentemente os mesmos, o qual explica a alta freqüência de co-infecção envolvendo esses dois agentes. O objetivo desta pesquisa foi estimar a prevalência da infecção pelo VHB, analisar possíveis fatores de risco bem como examinar a associação entre a contagem de linfócitos T CD4+, CD8<+ e carga viral plasmática em 129 portadores do HIV. Cada participante foi submetido a um questionário específico e tinha uma amostra de sangue testada para os marcadores sorológicos HBsAg, anti-HBc total, anti-HBs, contagem de linfócitos T CD4+, CD8+ e carga viral plasmática. A prevalência total de marcadores para o VHB foi de 46,5%, com 3,1% de soropositividade para o HBsAg, 27,1% para o anti-HBc total e 36,4% para o anti-HBs. Após ajuste por regressão logística, os marcadores sorológicos para hepatite B foram associados com as seguintes variáveis: sexo, preferência sexual e escolaridade. A freqüência de marcadores para hepatite B foi de 39,1% em homens e 16,6% em mulheres. A prevalência de marcadores para hepatite B foi 14,4% em homo/bissexuais e 15,4% em heterossexuais. A menor freqüência de hepatite B (1%) foi encontrada em pessoas com nível superior de escolaridade. Não foram observadas diferenças estatisticamente significante entre contagem de linfócitos CD4+, CD8+ e carga viral plasmática em pacientes co-infectados com VHB comparados com aqueles pacientes infectados somente com HIV. / Risk factors and forms of transmission for human immunodeficiency virus (HIV) and hepatitis B virus (HBV) are often the same, which explains the high frequency of co-infection involving these two agents. The objective of this investigation was to assess the prevalence of HBV and possible risk factors for this disease as well to examine association between CD4+, CD8+ lymphocytes T count and plasmatic viral load in 129 patients with HIV. Each participant was submitted to a specific questionnaire and had a blood sample tested for the serologic markers HBsAg, total anti-HBc, anti-HBs, CD4+, CD8+ lymphocytes T count and plasma viral load. The overall prevalence of hepatitis B virus infection was 46,5%, with positivity 3,1% for HBsAg, 27,1% for total anti-HBc and 36,4% for anti-HBs. After adjustment using logistic regression, hepatitis B serological markers were associated with the following variables: sex, sexual preference and education level. The frequency of hepatitis B markers was 39,1% in men and 16,6% in women. The prevalence of hepatitis B markers was 14,4% in homo/bisexual and 15,4% in heterosexuals. The lower frequency (1%) of hepatitis B was determined in group of individual with higher education level. No significant statiscally difference was observed between CD4 and CD8 lymphocytes count and plasmatic viral load in the co-infected with HBV compared to that in patients infected only with HIV.

O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade virológica da água de reúso produzida em uma das estações de tratamento de esgoto da cidade de São Paulo. Para tanto, foram coletadas concomitantemente 177 amostras de esgoto tratado (100L) e bruto (15L) e os vírus concentrados utilizando método Viradel-ultracentrifugação. Em seguida as amostras foram tratadas com Vertrel XF e os ácidos nucléicos extraídos para a detecção de adenovírus (HAdV), rotavírus (RV-A), norovírus e vírus da hepatite A (VHA). A detecção por PCR e/ou RT-PCR evidenciou RV-A (G1-G5), VHA e HAdV incluindo os da espécie F tanto no esgoto bruto quanto no tratado, no entanto norovírus não foram detectados em ambos os efluentes. A infectividade de RV-A e HAdV foi avaliada por cultivo celular e os rotavírus RV-A foram também quantificados por reação de imunoperoxidase direta. PCR em tempo real foi padronizada para quantificação de vírus não cultiváveis ou de difícil cultivo como os VHA. Com base nos resultados obtidos foi verificada a ocorrência e a distribuição anual de cada vírus nas águas de reúso. / The aim of the study was to evaluate the virological quality from one Sewage Treatment Plant in the state of São Paulo. From January/2005 to November/2006, 177 samples (15L) of raw sewage were collected at the entrance and another 177 (100L) at the end of treatment, twice a week. Viruses were concentrated by filtration through positively charged microporous filters, followed by ultracentrifugation. Virus concentrates were treated by using Vertrel-XF and the viral genomes extracted for detection of adenovirus (HAdV), rotavirus (RV-A), norovirus and hepatitis A virus (HAV). PCR and RT-PCR revealed RV-A (G1-G5), HAV and HAdV, including the enteric ones (species F) in sewage and treated wastewater samples. Norovirus was not detected in any samples. The infectivity of HAdV and RV-A was assayed by inoculating onto suitable cell line. Immunoperoxidase assay was used to calculate the rotavirus FFU/L in the samples. Real time-PCR was standardized for enumeration of non-cultivable virus. The occurrence and annual distribution of each virus in reuse water were analyzed.

Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.

Na prática hemoterápica em todo mundo, a triagem e o diagnóstico da infecção pelo HCV continua sendo um desafio. Desta forma, considerando as variáveis genéticas do vírus da Hepatite C e as variáveis populacionais de cada região, o conhecimento mais profundo da realidade da epidemiologia molecular do vírus da Hepatite C na população de doadores de sangue em regiões específicas se torna cada vez mais imprescindível. Desta forma, este estudo visou realizar a caracterização sorológica e molecular da infecção pelo Vírus da Hepatite C (HCV) em doadores de sangue do Estado do Amazonas a fim de subsidiar conhecimentos para interpretação dos diferentes perfis laboratoriais e clínicos, além de contribuir para o conhecimento das rotas de transmissão e da epidemiologia da infecção do Amazonas. Foram estudados 154 doadores de sangue do Estado do Amazonas com sorologia repetidamente reativa para anti-HCV. Foram realizados testes sorológicos por ELISA e Imunoblot, testes de detecção de RNA viral plasmático por Nested PCR, determinação da carga viral e genotipagem do vírus por sequenciamento. O estudo foi realizado no período de setembro de 2005 a abril de 2007 quando o índice de descarte por anti-HCV reativo foi de 0,37%. Foi observado que 50% dos casos de Imunoblot indeterminado apresentaram positividade no Nested PCR indicando a presença de RNA plasmático. A carga viral baixa foi um fator limitante para a determinação do genótipo viral pelo método de sequenciamento de algumas amostras. A freqüência de casos presumidos de clearance viral plasmático na amostra estudada foi de 18,8%. O genótipo mais prevalente do HCV nos doadores do Estado do Amazonas foi o genótipo 1 (87,5%) seguido do genótipo 3 (12,5%). Considerando as nuances da história natural da Hepatite C e os diversos momentos clínicos que os doadores possam se encontrar devem ser adotadas mudanças de condutas do acompanhamento dos doadores sororeativos para anti-HCV no banco de sangue do Amazonas e no fluxograma de diagnóstico da infecção. / The screening and diagnostic of HCV infection continue to be a challenge on the hemotherapic practice because the unique characteristics of each population and the molecular variability of the virus. The aim of this study was to characterize the serologic and molecular profile of 154 anti-HCV+ Amazon blood donors from the Amazon Hematology and Hemoterapy Foundation. Screening for anti HCV antibody was performed using ELISA and recombinant Imunoblot assay. Seropositive samples were assessed further with Nested PCR, viral load and genotyping techniques. In the study period, 2005-2007 the anti-HCV discard rate was 0,37%. We observed that 50% of the indeterminate Immunoblot cases showed HCV RNA presence in plasma by Nested PCR. The most prevalent genotype between subjects of this study was genotype 1 (87,5%), followed by genotype 3 (12,5%). The presumed plasma clearance frequency was 18,8%. The low viral load was a determinant critical factor to the genotype determination in some samples. Considering the different stages of the HCV natural infection different conducts may be adopted with inclusion of molecular testes as the first option for confirmation to the follow up of the positive anti-HCV blood donors in the Amazon blood bank and in the algorithm of the infection diagnostic, saving resources and providing a better counseling for the reactive donors.

A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é uma das mais comuns infecções ao redor do mundo. Aproximadamente, 20% dos pacientes infectados eliminam espontaneamente o vírus, porém a maioria dos indivíduos infectados desenvolve infecção crônica com amplo espectro de lesões hepáticas, desde inflamação leve até cirrose. A resposta imune do hospedeiro exerce grande influência sobre o desfecho da infecção pelo VHC. O objetivo deste trabalho foi analisar a influência dos polimorfismos genéticos de citocinas na susceptibilidade ou persistência da infecção por VHC e no clareamento espontâneo em uma amostra de pacientes da população do Rio de Janeiro (Brasil). Os polimorfismos genéticos das citocinas TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 e 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) e IFNG (+874) foram analisados por PCR-SSP em 245 pacientes com hepatite C crônica (HCC), 41 pacientes que alcançaram o clareamento viral espontâneo e 189 indivíduos controle saudáveis. Além disso, os polimorfismos próximos ao gene da citocina IL28B (rs12979860, rs12980275 e rs8099917) foram analisados por PCR em tempo real em todos os grupos. O grau de fibrose e inflamação, a resposta ao tratamento e o genótipo do vírus também foram levados em consideração quanto ao desfecho da HCC Os genótipos IL28B rs12979860 CC e CT e rs12980275 AA e AG foram significativamente associados ao clareamento espontâneo e à resposta à terapia anti-viral. Da mesma forma, o alelo C (rs12979860) e o alelo A (rs12980275) foram significativamente maior no grupo Clareamento. O alelo C de IL6 (-174) foi associado com o Clareamento. Nenhuma associação entre as demais citocinas e o desfecho da HCC foi encontrada. O Genótipo TNFA (-308) GG parece estar associado com menor grau de inflamação. Além disso, a etnia auto declarada influencia a distribuição dos polimorfismos em IL6 (-174) e IL28B rs12979860 e rs8099917. Nossas observações indicam que os polimorfismos próximos ao gene da IL28B estão associados com o clareamento viral e resposta ao tratamento na população do Rio de Janeiro. Além disso, nossos resultados podem ser úteis para futuras investigações entre os polimorfismos de citocinas e a infecção por VHC numa população heterogênea como a Brasileira. / Hepatitis C virus infection is one of the most common blood-borne infections worldwide. Approximately, 20% of infected patients successfully eliminate the virus, whereas the majority of patients develop chronic infection with a wide spectrum of liver lesions, ranging from a minimal inflammation to cirrhosis. The host's immune response is an important correlate of HCV infection outcome and disease progression. The aim of this study was to explore the possibility of the inheritance of cytokine gene polymorphisms as a candidate for susceptibility to persistent HCV infection or HCV clearance in a sample of Rio de Janeiro (Brazil) population. Genetic polymorphisms in the cytokines TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 and 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) and IFNG (+874) were analyzed by polymerase chain reaction-sequence-specific primer (SSP) in 245 chronic hepatitis C (HCC) patients, 41 spontaneous recovery (SR) patients and 189 healthy volunteers. Further, IL28B (rs12979860, rs12980275 and rs8099917) were assessed by real-time PCR in all groups. Liver fibrosis and inflammation staging, response to treatment and virus genotype were also tested to influence in HCV chronic infection. IL28B rs12989760 CC and rs12980275 AA genotypes were significantly associated with spontaneous recovery of HCV infection and response to therapy. Likewise, C allele (rs12979860) and A allele (rs12980275) were also more frequent in SR group, while C allele of IL6 (-174) is associated with persistence to HCC. No association was found between other cytokine gene polymorphism and susceptibility to HCV infection and response to treatment. Multivariate analysis showed male, IL28B rs12979860 CT and TT and TGFB1 (codon 10) TC genotypes to be factors associated with HCC. TNFA (-308) GG genotype seems to be associated with moderate stage of inflammation. Also, ethnicity according self-declared is supposed to influence the distribution IL6 (-174) and IL28B rs12979860 and rs8099917 polymorphisms. These results suggest that the IL28B polymorphisms are associated with spontaneous clearance of HCV and response to therapy in a Brazilian population. Moreover, these results could be useful to further association between cytokine polymorphism and HCV infection outcome in Brazilian admixture population.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-18T17:18:19Z No. of bitstreams: 1 Tamiris Tatiane Dias Analise de quasespecies...2013.pdf: 8521760 bytes, checksum: 4e4fc2d3b2f4ee514d97744b378b3fe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-18T17:18:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tamiris Tatiane Dias Analise de quasespecies...2013.pdf: 8521760 bytes, checksum: 4e4fc2d3b2f4ee514d97744b378b3fe0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A transmissão materno-infantil (TMI) é a causa mais comum de infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) entre as crianças. Objetivo: Esse estudo teve como objetivo avaliar fatores virais implicados na TMI do HCV. Materiais e métodos: Quatro gestantes e um par mãe-recém-nascido (RN), todos infectados pelo HCV, foram incluídos neste estudo. Sequências das regiões 5’UTR, E1, HVR1, E2 e NS5B foram obtidas através de sequenciamento direto do produto do PCR e clonagem. A diversidade quasiespécie foi analisada utilizando-se diferentes parâmetros (taxa de clonotipos, frequência de mutações, Pn e entropia de Shannon normalizada), comparando (1) grupos TMI+ e TMI-, e (2) par mãe-RN. Um framework foi usado para avaliar a associação entre a frequência dos nucleotídeos e a TMI. Resultados: Dois casos de TMI foram identificados, mas apenas a amostra de um RN estava disponível. As cargas virais de todos os sujeitos estavam acima do limite de quantificação. Ambos os casos de TMI pertenciam ao genótipo 1a apenas este subtipo foi analisado subsequentemente. O sequenciamento direto dos produtos de PCR não representou, de maneira confiável, a complexidade quasiespécie e não foi utilizado. Não houve clonotipos coincidentes entre os grupos TMI+ e TMI-, exceto pela região 5’UTR. Em nível de aminoácido, mãe e RN compartilharam apenas do clonotipo predominante. Todos os clonotipos minoritários foram exclusivos. Foi observada maior diversidade quasiespécie nas regiões E2 e NS5B. A HVR1 apresentou a menor diversidade dentro da região codificante. A diversidade quasiespécie do grupo TMI+ foi sempre maior do que aquela vista no grupo TMI-; no entanto, não houve significância estatística. Trinta e cinco mutações na região codificante foram associadas significativamente com a TMI. Dados do par mãe-RN sugerem que a transmissão intrauterina ocorreu em um momento inicial da gestação e que o vírus provavelmente atravessou o tecido placentário, levando a um gargalo de garrafa. Conclusões: A diversidade quasiespécie não foi associada à TMI, mas a presença de mutações ao longo da região codificante sugere que o genoma completo contribui para a capacidade de transmissão intrauterina. São necessários estudos adicionais para determinar se essas variantes podem ser úteis para predizer a TMI. / Introduction: Mother-to-child-transmission (MTCT) is the most common cause of hepatitis C virus (HCV) infection in children. Objective: This study aimed to evaluate viral factors implicated in HCV MTCT. Methods: Four HCV-infected pregnant women and one HCV-infected mother-newborn pair were included in this study. Sequences were obtained from the regions 5’UTR, E1, HVR1, E2 and NS5B by direct PCR product sequencing and cloning. Quasispecies diversity was analyzed by different parameters (clonotype ratio, mutation frequency, Pn and normalized Shannon entropy), comparing (1) MTCT+ vs. MTCT- groups, and (2) mother-newborn pair. A framework was used to establish association between nucleotide frequency and MTCT. Results: Two cases of MTCT were identified, but a sample from only one newborn was available. Viral loads from all subjects were above the quantification limit. Both cases of MTCT belonged to genotype 1a and only this subtype was further analyzed. Direct sequencing from PCR products did not reliably represent the quasispecies complexity and was not used. There were no coincident clonotypes between MTCT+ and MTCT- groups, except for 5’UTR. At the amino acid level, mother and newborn shared only the master clonotype. All minor clonotypes were exclusive. Higher quasispecies diversity was observed within E2 and NS5B regions. HVR1 presented the lowest diversity within the coding region. Quasispecies diversity from the MTCT+ group was always greater than seen in the MTCT- group; however, no statistically significance was observed. Thirty-five mutations in the coding regions were significantly associated with MTCT. Data from the mother-newborn pair suggest that the intrauterine transmission occurred in an earlier time point of the pregnancy and that the virus probably crossed the placental tissue leading to a bottleneck. Conclusions: Quasispecies diversity was not associated with MTCT but the presence of mutations along the coding region suggests that the whole genome contributes to the ability of intrauterine transmission. Further studies are required to establish if these variants could be useful to predict MTCT.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-05-21T19:40:25Z No. of bitstreams: 1 alexandre_santos_silva_ioc_bp_0011_2010.pdf: 1220834 bytes, checksum: e61580079e61e5f06f901abb6feddfb9 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-21T19:40:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alexandre_santos_silva_ioc_bp_0011_2010.pdf: 1220834 bytes, checksum: e61580079e61e5f06f901abb6feddfb9 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A hepatite A é uma doença endêmica no Brasil e na América Latina. A prevalência da infecção tem correlação com precárias condições de higiene e saneamento. Em países em desenvolvimento, um saneamento inadequado resulta em maior transmissão desta doença, principalmente entre crianças e jovens. Atualmente, devido às melhorias das condições sanitárias, o perfil epidemiológico da doença está se deslocando para idades mais avançadas, o que facilita a ocorrência de surtos epidemiológicos. Os kits comerciais para detecção de anti-HAV total normalmente utilizam imunoglobulina G (IgG) de mamíferos no período convalescente da doença para a produção dos anticorpos de captura e do conjugado. Uma alternativa à aplicação dos anticorpos de mamíferos no diagnóstico é o uso da imunoglobulina Y (IgY), encontrada no soro e gema dos ovos de aves e répteis. Essas proteínas têm varias vantagens quando comparadas com IgG: alta resposta contra antígenos de mamíferos, redução da cor de fundo em ensaios imunoenzimáticos e de serem obtidas por um método não-invasivo (coleta da gema dos ovos). O objetivo deste trabalho foi a obtenção de anticorpos IgY anti-HAV produzidos em galinhas imunizadas contra o vírus da Hepatite A (HAV) e o desenvolvimento de um ensaio imunoenzimático para detecção de anti-HAV total utilizando IgY anti-HAV como imunoglobulinas de captura e conjugado. Cinco grupos de galinhas foram imunizadas com diferentes inóculos contendo: vacina com e sem o adjuvante CpG-ODN, HAV com adjuvante incompleto de Freund (IFA) com e sem o adjuvante CpG-ODN e um grupo controle com IFA. Os ovos foram coletados e a gema foi purificada pela precipitação com polietileno glicol. A solução purificada contendo IgY anti-HAV foi avaliada para determinação da concentração da IgY anti-HAV por espectrofotometria e sua especificidade e título foram determinados à partir de um teste imunoenzimático. Os anticorpos foram conjugados com a peroxidase e foi estabelecida a diluição ideal para os anticorpos de captura e conjugado. Para avaliar o ensaio imunoenzimático “in-house” com IgY anti-HAV, foi avaliado um painel composto de 100 amostras positivas e 100 amostras negativas para anti- HAV-total. A presença da IgY anti-HAV nas gemas dos ovos foi confirmada por SDS-PAGE e Western Blotting, e após a purificação, a média da concentração de proteínas nas gemas dos ovos foi de 8,7406 mg /mL. O grupo imunizado com HAV, IFA e CPG-ODN apresentou os maiores títulos de anticorpo. O ensaio “in-house” apresentou sensibilidade de 84%, especificidade de 79% e eficiência de 81,5%. Os métodos utilizados para a produção de IgY anti-HAV e sua conjugação com peroxidase foram eficientes e o ensaio imunoenzimático “in-house” IgY anti-HAV demonstrou uma boa sensibilidade e especificidade. A produção de anti-HAV IgY apresenta vantagens quando comparado com obtenção da IgG anti-HAV. O teste imunoenzimático “in house” com IgY anti- HAV pode ser uma alternativa a utilização da IgG nos ensaios imunoenzimáticos. / Hepatitis A is an endemic disease in Brazil and Latin America. Prevalence of this infection is related to the low degree of hygiene and sanitation. In developing countries, inadequate sanitation results in larger transmission of the disease mostly in children and young people. Nowadays, due to better sanitation conditions, the epidemiological profile of disease is changing to older ages resulting in the occurrence of outbreaks. Diagnostic kits for detection of total anti-HAV generally use mammals immunoglobulin G (IgG) in the convalescent period of disease for production of capture and conjugated antibodies. One alternative to the application of mammals antibodies in the diagnosis is the use of immunoglobulin Y (IgY), encountered in birds and reptiles. These proteins have several advantages when compared to IgG: high response against mammals antigens, reduction of the background in imunoenzymatic assays and it is obtained by a non-invasive method (harvest of the egg yolks). The objective of this work was the acquisition of anti-HAV IgY antibodies produced in immunized chickens against Hepatitis A virus and the development of an immunoenzymatic assay for total anti-HAV detection using IgY anti-HAV as capture and conjugated immunoglobulins. Five groups of chickens were immunized with different inocula containing: vaccine with and without CpG-ODN adjuvant, HAV with incomplete Freund adjuvant (IFA) with and without CpG-ODN and one control group with IFA. The eggs were harvested and the yolk was purified by precipitation with polyethylene glycol. The purified solution containing anti-HAV IgY was evaluated by espectrofotometry and their specificity and title were determined by an immunoenzymatic assay. These antibodies were conjugated with peroxidase and was estabilized the ideal dilution for capture and conjugated antibodies. For evaluation of the immunoenzymatic “in-house” assay with IgY anti-HAV, a panel composed of 100 positive samples and 100 negative samples for total anti-HAV was assessed. The presence of IgY anti-HAV in egg yolks was established by SDS-PAGE and Western Blotting, and after the purification, the average of the proteins concentrations in the egg yolks was of 8,7406 mg/mL. The group immunized with HAV, IFA and CpG-ODN demonstrate the higher titer of antibodies. The “in-house” assay showed sensibility of 84%, specificity of 79% and efficiency of 81,5%. The methods used for anti-HAV IgY production and conjugation with peroxidase were efficient and the “in-house” immunoenzymatic assay IgY anti-HAV demonstrated a good sensitivity and specificity. The production of IgY anti-HAV showed advantages when compared to the acquisition of IgG anti-HAV. The immunoenzymatic “in-house” assay IgY anti- HAV can be an alternative to the utilization of IgG in immunoenzymatic assays.

A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é uma das mais comuns infecções ao redor do mundo. Aproximadamente, 20% dos pacientes infectados eliminam espontaneamente o vírus, porém a maioria dos indivíduos infectados desenvolve infecção crônica com amplo espectro de lesões hepáticas, desde inflamação leve até cirrose. A resposta imune do hospedeiro exerce grande influência sobre o desfecho da infecção pelo VHC. O objetivo deste trabalho foi analisar a influência dos polimorfismos genéticos de citocinas na susceptibilidade ou persistência da infecção por VHC e no clareamento espontâneo em uma amostra de pacientes da população do Rio de Janeiro (Brasil). Os polimorfismos genéticos das citocinas TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 e 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) e IFNG (+874) foram analisados por PCR-SSP em 245 pacientes com hepatite C crônica (HCC), 41 pacientes que alcançaram o clareamento viral espontâneo e 189 indivíduos controle saudáveis. Além disso, os polimorfismos próximos ao gene da citocina IL28B (rs12979860, rs12980275 e rs8099917) foram analisados por PCR em tempo real em todos os grupos. O grau de fibrose e inflamação, a resposta ao tratamento e o genótipo do vírus também foram levados em consideração quanto ao desfecho da HCC Os genótipos IL28B rs12979860 CC e CT e rs12980275 AA e AG foram significativamente associados ao clareamento espontâneo e à resposta à terapia anti-viral. Da mesma forma, o alelo C (rs12979860) e o alelo A (rs12980275) foram significativamente maior no grupo Clareamento. O alelo C de IL6 (-174) foi associado com o Clareamento. Nenhuma associação entre as demais citocinas e o desfecho da HCC foi encontrada. O Genótipo TNFA (-308) GG parece estar associado com menor grau de inflamação. Além disso, a etnia auto declarada influencia a distribuição dos polimorfismos em IL6 (-174) e IL28B rs12979860 e rs8099917. Nossas observações indicam que os polimorfismos próximos ao gene da IL28B estão associados com o clareamento viral e resposta ao tratamento na população do Rio de Janeiro. Além disso, nossos resultados podem ser úteis para futuras investigações entre os polimorfismos de citocinas e a infecção por VHC numa população heterogênea como a Brasileira. / Hepatitis C virus infection is one of the most common blood-borne infections worldwide. Approximately, 20% of infected patients successfully eliminate the virus, whereas the majority of patients develop chronic infection with a wide spectrum of liver lesions, ranging from a minimal inflammation to cirrhosis. The host's immune response is an important correlate of HCV infection outcome and disease progression. The aim of this study was to explore the possibility of the inheritance of cytokine gene polymorphisms as a candidate for susceptibility to persistent HCV infection or HCV clearance in a sample of Rio de Janeiro (Brazil) population. Genetic polymorphisms in the cytokines TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 and 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) and IFNG (+874) were analyzed by polymerase chain reaction-sequence-specific primer (SSP) in 245 chronic hepatitis C (HCC) patients, 41 spontaneous recovery (SR) patients and 189 healthy volunteers. Further, IL28B (rs12979860, rs12980275 and rs8099917) were assessed by real-time PCR in all groups. Liver fibrosis and inflammation staging, response to treatment and virus genotype were also tested to influence in HCV chronic infection. IL28B rs12989760 CC and rs12980275 AA genotypes were significantly associated with spontaneous recovery of HCV infection and response to therapy. Likewise, C allele (rs12979860) and A allele (rs12980275) were also more frequent in SR group, while C allele of IL6 (-174) is associated with persistence to HCC. No association was found between other cytokine gene polymorphism and susceptibility to HCV infection and response to treatment. Multivariate analysis showed male, IL28B rs12979860 CT and TT and TGFB1 (codon 10) TC genotypes to be factors associated with HCC. TNFA (-308) GG genotype seems to be associated with moderate stage of inflammation. Also, ethnicity according self-declared is supposed to influence the distribution IL6 (-174) and IL28B rs12979860 and rs8099917 polymorphisms. These results suggest that the IL28B polymorphisms are associated with spontaneous clearance of HCV and response to therapy in a Brazilian population. Moreover, these results could be useful to further association between cytokine polymorphism and HCV infection outcome in Brazilian admixture population.