La protéine core du virus de l’hépatite C (VHC) serait responsable des principaux effets pathogènes du VHC, dont le développement de fibrose, stéatose, cirrhose et carcinome hépatocellulaire. Un cadre de lecture alternatif existe dans le gène de core, permettant la synthèse d’une autre protéine appelée ARFP (pour alternatate reading frame protein) ou protéine F (pour frameshift), dont le rôle reste encore mal compris. La présence de la protéine F lors de l’étude des fonctions biologiques de core ne pouvant être exclue, il est possible que certains rôles attribués à core reflètent en réalité l’activité de la protéine F. Afin de déterminer les fonctions biologiques de la protéine F dans les hépatocytes et son influence dans la pathogenèse associée au VHC, nous avons généré des lignées transgéniques de poissons zébrés (Danio rerio) dans lesquelles l’expression de deux versions de la protéine F (AF11opti et AUG26opti) a été ciblée au foie par l’utilisation du promoteur de la liver fatty acid binding protein (L-FABP). Le phénotype des poissons transgéniques de génération F2 a été analysé au niveau morphologique, histologique et microscopique afin de rechercher des signes de pathologie hépatique. Nos résultats ont démontré l’implication de la protéine F dans le développement de stéatose hépatique chez les deux lignées transgéniques, mais aucun signe de fibrose ou d’oncogenèse n’a été détecté. L’identification des mécanismes cellulaires et moléculaires responsables de l’accumulation lipidique induite par la protéine F pourrait permettre de mieux comprendre son rôle dans la pathogenèse du VHC, et mener au développement de nouvelles stratégies antivirales. / Hepatitis C virus (HCV) core protein is thought to be responsible for the major pathogenic effects of HCV, including the development of fibrosis, steatosis, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. An alternate translational open reading frame exists in the core gene that allows the synthesis of another protein called ARFP (alternate reading frame protein) or F protein (frameshift), the role of which remains poorly understood. Since we cannot exclude the presence of F protein in most studies of core biological functions, it is possible that the roles attributed to core reflect the activity of ARFP. To determine the biological functions of F protein in hepatocytes and their influence on HCV-associated pathogenesis, we generated transgenic lines of zebrafish (Danio rerio) in which the liver fatty acid binding protein (L-FABP) promoter was used to direct liver-specific expression of two forms of ARFP (AF11opti and AUG26opti). The phenotype of F2 transgenic zebrafish was analyzed for morphological, histological and microscopic signs of liver-associated pathology. Our results demonstrated the implication of the HCV F protein in the development of hepatic steatosis in transgenic zebrafish liver but not fibrosis or oncogenesis. Identification of the cellular and molecular mechanisms underlying F protein-induced lipid accumulation will lead to a better understanding of the role of ARFP in HCV-associated pathology, which could lead to the development of novel antiviral strategies.

DE LA TESIS:En los países desarrollados, la introducción del tratamiento antirretroviral de gran actividad (TARGA) ha revolucionado la perspectiva del paciente infectado por el virus de la Inmunodeficiencia Humana tipo 1(VIH), produciendo un aumento espectacular de la supervivencia y una reducción muy importante de las infecciones oportunistas y neoplasias asociadas al síndrome de inmunodeficiencia adquirida (SIDA). En este contexto, la infección crónica por el virus de la hepatitis C (VHC) ha tomado gran relevancia clínica situándose como una de las primeras causas de ingreso hospitalario y muerte en los pacientes infectados por el VIH.La coinfección de estos virus no es un proceso aislado. De los 40 millones estimados de pacientes infectados por el VIH-1 en el mundo, aproximadamente un tercio presenta una infección crónica por el VHC lo que supone unos 12 millones de pacientes coinfectados a nivel mundial. Aproximadamente el 30% de la población seropositiva está coinfectada por el VHC. Esta elevada tasa de prevalencia de coinfección se debe en gran medida a que ambos virus comparten similares vías de transmisión. Si nos centramos exclusivamente en los pacientes que han adquirido la infección por el VIH por vía parenteral, principalmente en pacientes adictos a drogas endovenosas o pacientes hemofílicos, este número se eleva aproximadamente a un 90% de los pacientes (6). Estudios epidemiológicos han demostrado que el 65% de los pacientes con adicción a drogas por vía parenteral presentan anticuerpos para el VHC a los 12 meses tras el inicio del consumo. Este dato permite calcular el tiempo que un paciente lleva infectado por el VHC. En los últimos años se ha detectado que los pacientes coinfectados por ambos virus tienen peor pronóstico que los monoinfectados por VHC. La progresión de la enfermedad hepática se encuentra acelerada, los pacientes presentan una mayor progresión a cirrosis, mayor incidencia de hepatocarcinoma, y menor supervivencia desde la primera descompensación respecto a los pacientes con monoinfectados por el VHC. Por tanto, la consideración del tratamiento de la VHC es una prioridad en el manejo y tratamiento de los pacientes coinfectados por el VIH y VHC.La presente tesis recoge un total de cinco artículos en los que se ha difundido la investigación asociada con la misma. El primero ("Noninvasive Diagnosis of Hepatic Fibrosis in HIV/HCV-Coinfected Patients". JAIDS 2007; 46:304-311) analiza los marcadores no invasivos de fibrosis hepática en pacientes infectados por el VIH y VHC. El segundo ("Peginterferon alfa-2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for treatment of HIV/HCV co-infected patients". AIDS. 2004; 18(13):27-36.) contiene un estudio clínico que compara dos estrategias de tratamiento de la hepatopatía por VHC con Peginterferon alfa-2b con ribavirina comparada con interferon alfa-2b con ribavirina en pacientes coinfectados por el VIH y el VHC. El tercer artículo ("Predictive Value of Early Virologic Response in HIV/Hepatitis C Virus-Coinfected Patients Treated With an Interferon-Based Regimen Plus Ribavirin". JAIDS 2007; 44:174-178.) estudia el valor predictivo de la RVP en pacientes coinfectados por VIH y VHC tratados con un régimen basado un interferon y ribavirina. Por su parte, el artículo número cuatro ("Randomized trial comparing pegylated interferon alpha-2b versus pegylated interferon alpha-2a, both plus ribavirin, to treat chronic hepatitis C in human immunodeficiency virus patients". Hepatology 2009; 49:22-31) realiza un estudio clínico randomizado que compara dos estrategias de tratamiento con interferón pegilado alfa 2a versus interferon pegilado alfa 2b junto con Ribavirina en ambos grupos en pacientes coinfectados por el VIH y VHC. Por último, el artículo cinco ("Pharmacokinetics of Fosamprenavir plus Ritonavir in HIV-1-infected Adult Subjects with Hepatic Impairment." Antimicrob. Agents Chemother. 2009; 53: 5185-96) realiza un estudio de farmacocinética de fase I con fosamprenavir y ritonavir en pacientes infectados por el VIH con disfunción hepática.

L’infection chronique par le virus de l’hépatite C (VHC) conduit au développement de pathologies hépatiques, telles que la fibrose dont le terme évolutif est la cirrhose sur laquelle peut se développer un carcinome hépatocellulaire. Les observations cliniques indiquent que le VHC interfère avec la voie de signalisation du Transforming Growth Factor β (TGFβ). Entre autres fonctions, cette cytokine induit la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT), ce qui favorise la migration cellulaire et l'invasion tumorale. Le but de cette thèse est d'analyser l'impact des protéines non structurales du VHC sur la voie de signalisation du TGFβ.Nous avons montré que le réplicon subgénomique du VHC induit une augmentation de la signalisation du TGFβ résultant en une plus forte expression de gènes associés à l’EMT et induisant un phénotype d’EMT. L’expression de la protéase virale NS3-4A seule, augmente et prolonge la phosphorylation de Smad2/3 en aval du récepteur du TGFβ et renforce l’expression de certains gènes cibles du TGFβ. L’analyse des interactions entre les protéines du VHC et les protéines de la voie du TGFβ a permis d’identifier l’interaction entre NS3-4A et la protéine Smurf2. Le réplicon subgénomique ou la protéase NS3-4A ont des rôles antagonistes à la protéine Smurf2 sur la voie de signalisation du TGFβ. L’analyse globale des gènes régulés par le TGFβ dans les cellules exprimant le réplicon subgénomique a permis d’identifier, que dans ces cellules, le TGFβ induit une réponse pro-tumorale.Ces résultats montrent que NS3-4A induit une plus forte réponse des cellules au TGFβ, en inhibant la fonction de Smurf2 dans le rétrocontrôle négatif de la voie du TGFβ. Ce nouveau mécanisme d’interférence du VHC avec la voie du TGFβ pourrait contribuer à l’EMT des cellules hépatocytaires infectées favorisant ainsi la cancérisation. Ce travail apporte de nouvelles pistes dans la compréhension des mécanismes associés à la cancérisation chez les patients chroniquement infectés par le VHC. / Chronic infection by hepatitis C virus (HCV) leads to the development of hepatic diseases like fibrosis which evolves into cirrhosis on which can develop hepatocellular carcinoma. Clinical observations indicate that HCV interferes with the TGFβ signaling pathway. Among other functions this cytokine induces epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) promoting cell migration and tumor invasion. The aim of this study is to analyze the impact of HCV non structural proteins on TGFβ signaling pathway. We have demonstrated that the HCV subgenomic replicon induces an enhancement of the TGFβ signaling pathway resulting in a strong expression of EMT associated genes and inducing EMT phenotype. The expression of the NS3-4A viral protein alone enhances and stabilizes Smad2/3 phosphorylation downstream TGFβ receptor and increases the expression of some TGFβ target genes. The analysis of interactions between HCV proteins and proteins of the TGFβ signaling pathway has shown the interaction of NS3-4A with Smurf2 protein. HCV subgenomic replicon and NS3-4A have antagonistic roles to Smurf2 on TGFβ signaling pathway. The global analysis of genes regulated by TGFβ in cells expressing HCV subgenomic replicon indicates that in these cells TGFβ induces a pro-tumor answer.These results show that NS3-4A enhances TGFβ answer by inhibiting Smurf2 functions in the negative feedback loop of the TGFβ pathway. This new mechanism of HCV interference with the TGFβ pathway can contribute to EMT in infected hepatocytes thus promoting carcinogenesis. This work provides new leads to understand the mechanisms associated to carcinogenesis in HCV chronically infected patients.

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Le virus de l’hépatite C (VHC) dépend de facteurs cellulaires pour accomplir son cycle viral et persister dans l’hôte. L’une des stratégies de notre laboratoire consiste à étudier de manière approfondie le réseau d’interactions virus-hôte, afin d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques cellulaires et de développer des antiviraux plus efficaces pour vaincre la résistance virale. Durant ma thèse j’ai étudié deux facteurs cellulaires importants pour le VHC. Le premier est la protéine ribosomale RACK1. Nous avons montré que cette protéine est spécifiquement requise pour la traduction IRES-dépendante du VHC, et non pour la traduction coiffe-dépendante. Le deuxième facteur est une protéine de surface des gouttelettes lipidiques appelée TIP47. Nous avons montré que cette protéine est importante à la fois pour l’assemblage et pour l’export des particules virales. L’ensemble de ces travaux montre que de nouvelles cibles thérapeutiques pourraient être envisagées pour lutter contre le VHC. / The hepatitis C virus (HCV) relies on cellular factors to complete its life cycle and persist in its host. One of the strategies employed by our laboratory is the in-depth study of the network of virus-host interactions to identify new therapeutic cellular targets and develop more effective antivirals to overcome viral resistance.During my PhD, I studied two cellular factors involved in the HCV life cycle. The first factor is the ribosomal protein RACK1. We have shown that this protein is specifically required for the HCV IRES-mediated translation but not for the cap-mediated translation. The second factor is the lipid droplets binding protein TIP47. We have shown that this protein is important for both assembly and export of viral particles. This work shows that new therapeutic targets could be considered in the fight against HCV.

Mémoire en recherche subventionné par le Conseil de recherche en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG) / Le génome du virus de l’hépatite C (VHC), membre des Flaviviridae, est constitué d’un ARN monocaténaire linéaire de polarité positive, et contient un seul cadre de lecture ouvert flanqué par deux régions non traduites désignées 5’UTR et 3’UTR. Ces régions contiennent des éléments structurés qui sont importants pour la régulation des processus de traduction et de réplication virale. Mon projet de recherche vise le 3’UTR. Celui-ci a une structure tripartite composée d’une région variable (VR), une région poly (U/UC) et une région X. Notre laboratoire a identifié une séquence VR qui forme une structure duplexe avec une séquence distale située dans le NS5B. Considérant que le gène NS5B code pour la polymérase virale, et que la 3’UTR est impliquée dans la réplication virale, nous postulons que ce duplex pourrait contrôler le niveau de synthèse de l'ARN du VHC. Afin de tester cette hypothèse, nous avons construit des mutants individuels des séquences VR et NS5B du VHC 1b afin d’empêcher la formation du duplex, ainsi qu’un mutant complémentaire aux deux sites permettant la reconstitution du duplex. L’ARN provenant de ces constructions a été synthétisé in vitro et transfecté dans les cellules Huh7.5. Au 9e jour de culture, l’ARN a été extrait des cultures, et la technique RT-qPCR a été ensuite utilisée afin de quantifier et comparer les niveaux d’ARN viral provenant des cultures transfectées avec les mutants versus celles transfectées avec le virus parental. Les résultats obtenus montrent une augmentation de 5.3X et 3.4X, respectivement, entre les niveaux d’ARN viral produits de cultures transfectées avec le virus muté dans les régions 3’UTR-VR et NS5B, comparé au virus parental. Cependant, l’ARN viral obtenu suite à la reconstitution des deux sites complémentaires montre une augmentation de 2.6X. Malgré que la différence entre les niveaux d’ARN des virus mutants ne soit pas statistiquement significative lorsqu’on les compare avec le niveau d’ARN généré par le virus parental, la tendance suggère que la fonction des séquences appariées serait de moduler à la baisse la synthèse de l’ARN viral. Il sera nécessaire de poursuivre davantage ce travail afin de mieux comprendre le rôle de la structure duplexe VR-NS5B sur la réplication du VHC. / The hepatitis C virus (HCV), a member of the Flaviviridae, contains a single (+) strand linear RNA genome which incorporates one long open reading frame flanked by two untranslated regions known as the 5’UTR and 3’UTR. These regions contain structures known to function in the regulation of HCV translation and replication. The 3’UTR is the focus of this research project. Its tripartite structure consists of a variable region (VR), a poly (U/UC) region and the X-tail. Our laboratory recently identified a VR sequence forming a duplex structure with a distal sequence located in the NS5B gene. Because NS5B encodes the viral polymerase, and seeing that the 3’UTR is involved in viral replication, we postulated that this duplex may function in controlling the level of HCV RNA replication. To test this hypothesis, we constructed HCV 1b mutants in the respective VR and NS5B annealing sequences to disrupt complementarity and prevent duplex formation. We also created a mutant with complementary mutations at both sites to reconstitute the duplex. RNA from these constructs was synthesized in vitro and transfected into Huh7.5 cells. Following a 9-day incubation period, RNA from all transfected cultures was harvested and HCV RNA was quantified by RT-qPCR. The data indicate an increase of 5.3X and 3.4X for HCV viral RNA harvested from cultures with disrupted 3’UTR-VR and NS5B, respectively, relative to wild-type HCV 1b, whereas the reconstituted HCV construct yielded a 2.6X increase in viral RNA. While these figures do not reach statistical significance, they suggest that the duplex structure modulates HCV replication downward. Further pursuit of this work is necessary to better elucidate the role of the VR-NS5B duplex structure on HCV replication.

Les interférons de type I (IFN-I) peuvent être produits par toutes les cellules mais les rares cellules dendritiques plasmacytoïdes en sont les principales cellules productrices. L’IFNa orchestre de nombreux mécanismes pathogéniques dans l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1). L’étude de modèles physiologiques et pathophysiologiques peut fournir des informations cruciales sur les moyens d’exploiter la signalisation de l’IFNa dans un but thérapeutique. Les pDCs de femmes produisent plus d’IFNa en réponse à la stimulation du récepteur Toll-like 7 (TLR7) que les pDCs d’hommes. Les mécanismes impliqués dans cette différence n’ont été que partiellement identifiés. Nous démontrons ici un mécanisme par lequel la plus forte expression d’IRF5 dans les pDCs chez les sujets sains féminins, sous le contrôle d’ERa, participe à leur production plus élevée d’IFNa en réponse à TLR7. La co-infection par le virus de l’hépatite C (VHC) est aujourd’hui l’une des principales causes de mortalité parmi les individus infectés par le VIH-1. Nous avons émis l’hypothèse que l’activation immunitaire chronique plus élevée rapportée chez des individus co-infectés par le VIH-1 et VHC pourrait être due à un dysfonctionnement de la voie de TLR7/IFN-I dans les pDCs. Nos données montrent que le VHC entraîne, chez des individus infectés par le VIH-1, des altérations associées aux pDCs et à l’IFNa, qui sont associées ˆ la sévérité de la maladie hépatique. Nos résultats suggèrent que les patients co-infectés par le VIH-1 et le VHC, même à fibrose minime, pourraient bénéficier d’un traitement plus précoce. / Type I interferons (IFN) can be produce by any cell type but plasmacytoid dendritic cells (pDC) are the main producers. IFNa orchestrates multiple pathogenic mechanisms in human immunodeficiency virus 1 (HIV-1). Studying physiological and pathophysiological model scan provide critical informations on how to harness IFNa signaling for therapeutic purposes. pDCs from females produce more IFNa upon Toll-like receptor (TLR) 7 stimulation than pDCs from males. The mechanisms underlying such difference have only been partially identified. We demonstrate here a mechanism by which increased IRF5 expression in females, under the control of the esrogen receptor a, contribute to increased IFN? production upon TLR7 stimulation. HCV co-infection is one of the major cause of mortality among HIV-1 infected individuals. We hypothesized that increased chronic immune activation observed in HCV-HIV-1 co-infected individuals may be related to altered TLR7/IFNa signaling in pDCs. Our data show that HCV triggers alterations in pDCs and IFNa signaling in HIV-1 co-infected individuals, which are associated to hepatic disease severity. Our results suggest that HCV-HIV-1 co-infected individuals, even with minimal fibrosis, may benefit from ealier treatment initiation.

Introduction: Malgré des taux d’efficacité comparable du traitement antiviral de l’hépatite C (VHC) entre utilisateurs de drogues par injection (UDIs) et non-UDIs, il y a encore d’importantes barrières à l’accessibilité au traitement pour cette population vulnérable. La méfiance des UDIs à l’égard des autorités médicales, ainsi que leur mode de vie souvent désorganisé ont un impact sur l’initiation du traitement. L’objectif de cette étude est d’examiner les liens entre l’initiation du traitement du VHC et l’utilisation des services de santé chez les UDIs actifs. Methode: 758 UDIs actifs et séropositifs aux anticorps anti-VHC ont été interrogés durant la période de novembre 2004 à mars 2011, dans la région de Montréal. Des questionnaires administrés par des intervieweurs ont fourni des informations sur les caractéristiques socio-économiques, ainsi que sur les variables relatives à l’usage de drogues et à l’utilisation des services de santé. Des échantillons sanguins ont été prélevés et testés pour les anticorps anti-VHC. Une régression logistique multivariée a permis de générer des associations entre les facteurs relatifs aux services de santé et l’initiation du traitement contre le VHC. Resultats: Parmi les 758 sujets, 55 (7,3%) avaient initié un traitement du VHC avant leur inclusion dans l’étude. Selon les analyses multivariées, les variables significativement associées à l’initiation du traitement sont les suivantes: avoir vu un médecin de famille dans les derniers 6 mois (Ratio de Cote ajusté (RCa): 1,96; Intervalle de Confiance à 95% (IC): 1,04-3,69); plus de 2 ans sous traitement de la dépendance à vie, sans usage actuel de méthadone (RCa: 2,25; IC: 1,12-4,51); plus de 2 ans sous traitement de la dépendance à vie, avec usage actuel de méthadone (RCa: 3,78; IC: 1,85-7,71); et avoir déjà séjourné en prison (RCa: 0,44; IC: 0,22-0,87). Conclusion: L’exposition à des services d’aide à la dépendance et aux services médicaux est associée à l’initiation du traitement du VHC. Ces résultats suggèrent que ces services jouent leur rôle de point d’entrée au traitement. Alternativement, les UDIs ayant initié un traitement du VHC, auraient possiblement adopté une attitude proactive quant à l'amélioration de leur santé globale. D’autre part, l’incarcération ressort comme un obstacle à la gestion de l’infection au VHC. / Introduction: In spite of comparable hepatitis C virus (HCV) treatment efficacy between injection drug users (IDUs) and non-IDUs, there are still important barriers impeding antiviral treatment access in this vulnerable population. Mistrust between IDUs and health care providers, along with IDU disorganised lifestyle, affect HCV treatment uptake. The objective of this study is to examine the association between HCV treatment initiation and the use of healthcare services among active IDUs. Methodology: 758 active IDUs, seropositive for anti-HCV antibody, were surveyed from November 2004 to March 2011 in Montreal. Interviewer-administered questionnaires elicited information on socio-demographic factors, drug use related behaviors and health care service utilization. Blood samples were collected and tested for HCV antibodies. Multivariate logistic regression analysis was conducted to identify the health service correlates of HCV treatment initiation. Results: Among the 758 subjects, 55 (7.3%) had initiated an HCV treatment prior to enrolment. In multivariate analysis, variables independently associated with treatment initiation included: having seen a general practitioner in the last 6 months (adjusted Odds Ratio (aOR): 1,96; 95% Confidence Interval (CI): 1,04-3,69); more than 2 years of lifetime addiction treatment exposure without current methadone use (aOR: 2,25; CI: 1,12-4,51); more than 2 years of lifetime addiction treatment exposure with current methadone use (aOR: 3,78; CI: 1,85-7,71); and having spent time in prison (aOR: 0,44; CI: 0,22-0,87). Conclusion: Exposure to addiction and medical services is associated with HCV treatment initiation. These results suggest that such services efficiently play their role as entry points for HCV treatment. Alternatively, IDU who have initiated HCV treatment, regardless of the viral response outcome, may have adopted a proactive stance towards improving their overall health. Incarceration on the other hand seems to be an obstacle to HCV treatment uptake.

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Dans le monde, 58 millions de personnes sont chroniquement infectées par le virus de l'hépatite C (VHC). Depuis 2011, l'introduction des antiviraux à action directe a permis la guérison des infections chroniques chez la majorité des sujets traités (~95 %). Toutefois, les traitements sont coûteux et ne protègent pas contre les réinfections, d'où la nécessité de développer un vaccin prophylactique pour freiner efficacement l'épidémie du VHC. Environ 30% des primo-infections sont éliminées spontanément, représentant une occasion unique d'étudier les corrélats de l’immunité protectrice nécessaires pour le développement d’un vaccin efficace. Dans cette thèse, nous avons procédé à la définition des corrélats de l'immunité protectrice au cours des infections par le VHC primaires et subséquentes aux niveaux transcriptomique, clonotypique et fonctionnel à partir d’une cohorte d’utilisateurs de drogues par injection. Le premier objectif était de caractériser le répertoire de récepteurs des cellules T CD8 spécifique de l'épitope immunodominant et cross-réactif NS3 1073-1081 (CINGVCWTV) restreint par HLA-A2 au cours d’une primo-infection aiguë progressant vers une résolution spontanée ou une infection chronique. Nous avons identifié un ensemble de treize clonotypes publics, indépendamment de l'issue de l'infection. Plusieurs clonotypes publics avaient une longue durée de vie après résolution de l’infection et ont proliféré après réinfection par le VHC. En explorant les bases de données publiques, nous avons identifié plusieurs clonotypes partagés avec d'autres épitopes viraux restreints par HLA-A2, mais ils étaient de faible fréquence et de réactivité croisée limitée, suggérant un rôle limité des lymphocytes T CD8 cross-réactifs au cours de l'infection primaire par le VHC. Le deuxième objectif était de caractériser les signatures transcriptomiques longitudinales des cellules mononucléaires du sang périphérique totaux chez huit sujets ayant spontanément résolu deux infections consécutives par le VHC. Nous avons également comparé ces signatures avec un schéma vaccinal composé d'un vecteur à adénovirus de chimpanzé suivi d'un rappel utilisant la vaccine modifiée Ankara, exprimant tout deux les protéines non-structurales du VHC. Nous avons identifié une signature transcriptomique des plasmocytes au cours d'une réinfection aiguë, absente lors de l'infection primaire et après le rappel du vaccin. La résolution spontanée est associée à une expansion rapide des cellules B mémoires spécifiques de la glycoprotéine E2 chez 3 sujets et à une augmentation transitoire des anticorps neutralisants anti- E2 chez 6 sujets. Parallèlement, il y avait une augmentation de l'étendue et de l'ampleur des lymphocytes T spécifiques du VHC chez 7 sujets. En conclusion, nous avons identifié treize clonotypes publics uniques au VHC qui ont proliféré au cours des infections primaire et secondaire. La faible fréquence des clonotypes cross-réactifs suggère qu'ils ne sont pas des déterminants majeurs de l’issue de l’infection. De plus, nous avons observé une augmentation simultanée des réponses des lymphocytes B et T spécifiques du VHC au stade aiguë précoce, suggérant un rôle des deux bras de l’immunité adaptative dans la clairance de la réinfection du VHC. Nos résultats soutiennent l'idée de combiner deux stratégies vaccinales induisant à la fois une immunité à médiation cellulaire et une immunité humorale visant à prévenir les infections chroniques par le VHC. / Worldwide, 58 million individuals are chronically infected with hepatitis C virus (HCV). Since 2011, the introduction of direct acting antivirals enabled the cure of chronic HCV in the majority of treated subjects (~95%). However, direct-acting antivirals treatments are expensive and do not protect against reinfection, urging the need to develop a prophylactic vaccine to efficiently curb the HCV epidemic. Around 30% of acutely infected individuals will spontaneously clear the infection, representing a unique opportunity to study the correlates of immune protection needed to develop a potent vaccine. In this thesis, we proceeded to define the correlates of protective immunity during primary and sub-sequent HCV infections at the transcriptomic, clonotypic and functional levels using longitudinal peripheral blood mononuclear cells samples collected from a cohort of people who inject drugs (PWID). The first aim was to characterize the CD8 T cell receptor repertoire specific to the immunodominant and cross-reactive HLA-A2 restricted NS3 1073-1081 (CINGVCWTV) epitope during acute HCV in PWID progressing to either spontaneous resolution or chronic infection. We identified a set of thirteen public clonotypes in HCV-infected subjects irrespective of infection outcome. Several public clonotypes were long-lived in resolvers and expanded upon reinfection. By mining publicly available data, we identified several TCR clonotypes shared with other HLA-A2 restricted epitopes, but they were of low frequency and limited cross-reactivity, suggesting that they are not major determinants of infectious outcome. The second aim was to characterize longitudinal transcriptomic signatures using total peripheral blood mononuclear cells, as well as T and B cell recall responses in eight subjects who spontaneously resolved two successive episodes of HCV infection. Furthermore, we compared the transcriptomic signatures of primary and secondary resolving HCV infections, with an HCV nonstructural protein vaccine regimen of recombinant chimpanzee adenovirus 3 vector prime followed by modified vaccinia Ankara boost. We identified a plasma cell transcriptomic signature during early acute HCV reinfection that was absent in primary infection and following HCV vaccine boost. Spontaneous resolution of HCV reinfection was associated with rapid expansion of glycoprotein E2-specifc memory B cells in 3 subjects and transient increase in E2-specific neutralizing antibodies in 6 subjects. Concurrently, there was an increase in the breadth and magnitude of HCV-specific T cells in 7 subjects. In conclusion, we identified thirteen new public CD8+ TCR clonotypes unique to HCV that expanded during acute infection and reinfection. The low frequency of crossreactive TCRs suggests that they are not major determinants of infectious outcome. Moreover, we observed a concurrent increase of HCV-specific B and T cell responses early during acute HCV reinfection at the transcriptomic and functional levels, suggesting a role for both arms of the adaptive immune response in HCV reinfection clearance. Our results support the combined T and B cell-based vaccine strategy aimed at preventing chronic HCV infections.