Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-07Bitstream added on 2015-04-09T12:47:20Z : No. of bitstreams: 1 000811503_20160307.pdf: 224941 bytes, checksum: 0f2f860ed1d045cc0cf630d167f85703 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-03-07T11:06:09Z: 000811503_20160307.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T11:07:03Z : No. of bitstreams: 1 000811503.pdf: 508154 bytes, checksum: 8b96a194847aef41b3eb5e7279600c50 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A papilomatose respiratória recorrente (PRR) é uma doença caracterizada pela formação de papilomas benignos no trato respiratório superior. A infecção pelo Papilomavírus Humano (HPV) é a principal causa da doença, principalmente os tipos 6 e 11, que são considerados de baixo risco oncogênico. A região promotora LCR (long control region) contêm elementos cis-reguladores para fatores transcricionais (FTs) celulares e virais que controlam a expressão gênica precoce e a replicação viral. Alterações nucleotídicas dentro da LCR podem sobrepor sítios de ligação de FTs e influenciar a afinidade de ligação, a atividade transcricional e o curso clínico das doenças associadas á infecções por HPV. Os objetivos deste trabalho foram caracterizar as variantes moleculares de HPV entre os indivíduos com diagnóstico de PRR e analisar o impacto da variabilidade nucleotídica da LCR sob a transcrição viral. O sequenciamento da LCR de amostras HPV-6 positivas revelou cinco variantes genômicas não descritas anteriormente. Por meio de análise computacional, observou-se que as alterações nucleotídicas detectadas sobrepõem potenciais sítios de ligação para alguns fatores de transcrição. A variante HPV-6vc foi a mais prevalente dentre as amostras analisadas (69,2%), sendo mais prevalente nos casos de papilomatose juvenil. Com relação à atividade transcricional, a variante HPV-6vc é mais ativa que a variante molecular HPV-6a. Além disso, observou-se que outras alterações observadas influenciaram na atividade transcricional que foi indiretamente medida por ensaios de luciferase. Vale ressaltar que este é o primeiro trabalho que descreve as diferenças de atividade do promotor entre variantes naturais de HPV-6. Esta pesquisa é de extrema relevância, pois fornece informações importantes sobre a função biológica de variabilidade genômica intratípica de HPV-6 / Recurrent respiratory papillomatosis (RRP) is a disease characterized by the formation of benign papillomas in the upper respiratory tract. Human Papillomavirus infection (HPV) is the main cause of the disease, particularly types 6 and 11 which are considered low-risk oncogenic HPV. The promoter region LCR (Long Control Region) contains cis-regulatory elements for cellular and viral transcription factors (TF) that control viral early gene expression and replication. Nucleotide alterations within the LCR may overlap TFs elements and impact upon the binding affinity, the transcriptional activity and ultimately on the clinical outcome associated to HPV infections. Our aim was to characterize molecular variants of HPV among individuals diagnosed with RRP and to analyze the impact of LCR nucleotide divergence upon viral early transcription. LCR sequencing of the HPV-6 positive samples revealed five genomic variants not previously described. Through computational analysis, we found that nucleotide changes detected overlapps potential binding sites for several transcription factors. HPV-6vc-related variant was the most prevalent among the samples analyzed (69.2%) and more prevalent in cases of juvenile papillomatosis. Concerning transcriptional activity, HPV-6vc-related variant is more active than HPV-6a molecular variant. Further, we observed that other alterations observed strongly impacts transcriptional activity indirectly measured by luciferase assays. To our knowledge, this is the first report describing differences in promoter activity among naturally occurring variants of HPV-6. Research in this area is anticipated to provide important information concerning the biological significance of HPV-6 intratype genomic variability

Orientador: Eleni Gomes / Coorientador: Éder Antônio Giglioti / Banca: Fernando Barbosa Noll / Banca: Marcia Maria de Souza Moretti / Banca: José Eduardo Marcondes de Almeida / Banca: Jeferson Gross / Resumo: A broca da cana-de-açúcar é considerada a principal praga da cultura, cujo controle químico não tem sido eficaz. O controle biológico com Cotesia flavipes, em função da expansão do plantio, não será suficiente para o controle em áreas de alta infestação. O clima quente e úmido das regiões Noroeste e Centro-Oeste do Estado de São Paulo potencializam a utilização dos fungos Beauveria bassiana e Metarhizium anisopliae para o controle desta praga. O presente trabalho teve como objetivos estudar as variações genéticas dentre uma população pré-selecionada de 20 isolados de Metarhizium spp. associada ao controle de Diatraea saccharalis para identificar espécies e isolados com potencial de uso como agentes para o controle desta praga e a compatibilidade dos mesmos com o parasitoide Cotesia flavipes para serem utilizados em programas de manejo integrado dessa praga-MIP. Neste sentido, foram realizados testes para determinação da agressividade desse grupo de isolados de Metarhizium spp. previamente selecionados sobre D. saccharalis. Os isolados foram inicialmente caracterizados quanto ao potencial de patogenicidade, posteriormente foi realizada a seleção de cepas com alta eficiência de infecção sobre a D. saccharalis através da TL90. Também foi realizada a avaliação da compatibilidade dos isolados selecionados de Metarhizium spp. com o parasitoide C. flavipes para serem utilizados juntamente em programas de Manejo de Pragas - MIP. Os resultados do presente estudo demonstraram que todos... / Abstract: The sugarcane borer is considered as a major crop pest, whose chemical control has not been very effective. The biological control by Cotesia flavipes, due to the expansion of the plan, are not enough to control in areas of high infestation. The hot and humid climate of the Northwest and Miwest regions of São Paulo state potentiate the utilization of the fungi Beauveria bassiana and Metarhizium anisopliae to control this pest. The present work aims to study the genetic variations among a pre-selected population of 20 isolates of Metarhizium spp. associated to the control of Diatraea saccharalis to identify species and isolates with potential of use as agents for the control of this pest and their compatibility with the Cotesia flavipes parasitoid to be used in Integrated Pest Management (IPM) programs. In this sense, the tests were carried out to aggressiveness determination of this Metarhizium spp isolate groups previously selected on Diatraea saccharalis. The isolates were initially characterized for the pathogenicity potential, later the strain selection was made of highly efficient of infection on D. saccharalis through TL90. Also was made the evaluation of Metarhizium spp selected isolates compatibility with the Cotesia flavipes parasitoid to be used together in Integrated Pest Management (IPM) programs. The results of the present study demonstrated that all the isolates evaluated showed high virulence against D. saccharalis caterpillars, and being possible to prove the efficiency of these isolates in the control of this pest, but they showed differences in mortality distribution over time, and the estimate of the lethal time to kill 90% of insect population (TL90) ranged from 5.39 days for M13 to 7.49 days for M20. Moreover, the results of the compatibility tests showed that most of the isolates of the Metarhizium spp. fungus presented some toxicity degree to C. flavipes, ... / Doutor

Orientador: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Coorientador: Antonio Orlando Di Mauro / Banca: Dilermando Perecin / Banca: Maria Imaculada Zucchi / Resumo: O estudo da diversidade genética e o conhecimento das relações entre cultivares melhoradas é fundamental para os programas de melhoramento de soja. Sabe-se que existe um grande número de cultivares comercializadas no Brasil entretanto, pequena variabilidade genética está disponível entre elas, em razão da estreita base genética do germoplasma brasileiro. No Brasil mais de 80% do cultivo total de soja provém de sementes geneticamente modificadas, entretanto nada se sabe sobre as relações de parentesco existentes entre os genótipos cultivados. O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade genética entre 74 cultivares de soja RR oriundas de diferentes programas de melhoramento genético. As análises foram baseadas em técnicas de estatística multivariada a partir de caracteres agronômicos e marcadores moleculares microssatélites (SSR). Dez caracteres agronômicos quantitativos foram empregados nas análises da distância Euclidiana, agrupamento por Tocher, agrupamento pelo critério UPGMA e análise por componentes principais. A diversidade genética, estimada utilizando-se marcadores moleculares, foi realizada por meio de 86 iniciadores SSR polimórficos analisados pelo coeficiente de Jaccard e pela metodologia de agrupamento UPGMA. Para os caracteres agronômicos, as cultivares foram separadas em sete grupos distintos segundo os métodos de Tocher e UPGMA. Neste estudo, a análise de componentes principais revelou que os caracteres número de dias para florescimento, produção de grãos, valor agronômico e número de dias para maturidade foram os que mais contribuíram para a diferenciação das cultivares. O dendrograma gerado com base nos dados moleculares pelo critério de agrupamento UPGMA revelou a formação de seis grupos. Os marcadores SSR amplificaram 195 alelos entre as cultivares e apresentaram valor médio de PIC de 0,42. Tanto as análises baseadas em ... / Abstract: The study of genetic diversity and the knowledge of the relationships among improved cultivars is essential for soybean breeding programs. It is known that there is a large number of cultivars marketed in Brazil however, little genetic variability is available among them, due to the narrow genetic base of Brazilian germplasm. In Brazil more than 80% of the total soybean crop comes from genetically modified seeds, however nothing is known about the evolutionary relationships among these cultivated genotypes. The objective of this study was to analyze the genetic diversity among 74 RR soybean cultivars from different genetic breeding programs. Analyzes were based on multivariate statistical techniques from agronomic traits and microsatellite molecular markers (SSR). Ten quantitative agronomic traits were used in the analysis of the Euclidean distance, Tocher and UPGMA clustering and principal component analysis. Genetic diversity, estimated using molecular markers, was performed with 86 polymorphic SSR primers, analyzed by Jaccard coefficient and by UPGMA clustering method. For agronomic data, the cultivars were separated into seven distinct groups according to Tocher and UPGMA methods. Principal components analysis revealed that among the studied agronomic traits, number of days to flowering, grain yield, agronomic value and number of days to maturity were the main contributors to differentiate cultivars. The dendrogram based on the molecular data and the UPGMA criterion revealed six groups. SSR markers amplified 195 alleles among cultivars and showed 0,42, average value of PIC. Both analyzes based on agronomic traits, as SSR molecular markers were efficient in estimating the genetic divergence among soybean cultivars that carry RR gene / Mestre

Orientador: Mauro Galetti / Coorientador: Marina Correa Cortes / Coorientador: Pedro Jordano Barbudo / Banca: Karina Martins / Banca: Fabio Pinheiro / Banca: Marco Aurelio Pizo Ferreira / Banca: Mathias Mistretta Pires / Resumo: A dispersão é o primeiro estágio que dá início ao recrutamento das plantas, portanto, é crucial para a regeneração, distribuição espacial, colonização de novos ambientes e conectividade de fragmentos florestais, sendo crítico para a viabilidade a longo prazo das populações. No entanto, as atividades humanas vêm gerando pressões que alteram os processos de recrutamento de novos indivíduos. Por exemplo, vários estudos têm mostrado que a extinção de grandes frugívoros pode prejudicar os serviços de dispersão de sementes porque os vertebrados de médio e pequeno porte geralmente (i) mobilizam uma fração reduzida dos frutos produzidos por visita; (ii) não ingerem sementes grandes, portanto, apenas as de tamanho médio e pequeno são dispersadas; e (iii) não conseguem alcançar áreas distantes, o que reduz a conectividade no nível da paisagem. No entanto, nós ainda não sabemos se a defaunação também afeta a distribuição espacial das progênies maternas na chuva de sementes, o que pode comprometer o recrutamento local das plantas. Além disso, os efeitos da defaunação sobre os processos microevolutivos de plantas ainda são pouco estudados. Nós descrevemos a distribuição espacial das progênies maternas na chuva de sementes de uma palmeira tropical (Euterpe edulis) gerada por aves ao longo de paisagens fragmentadas e defaunadas. Além disso, testamos se a perda dos grandes dispersores de sementes pode levar a alterações microevolutivas desta palmeira tropical. No final avaliamos o potencial ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Seed dispersal is the first template upon which plant recruitment takes place, and it is crucial to regeneration, spatial distribution, colonization of new environments, and connectivity of forest fragments, being critical for the long-term viability of populations. Human impacts, however, impose pressures that alter recruitment. For example, the extinction of large seed dispersers may impair seed dispersal services if extant medium- to small-bodied vertebrates only provide suboptimal dispersal services because: (i) they often mobilize a reduced fraction of propagules per visit; (ii) they do not ingest large-sized seeds, and therefore, only mediumto small-sized seeds get dispersed; and (iii) they fail to reach distant sites, which reduces connectivity at the landscape level. Yet, we still do not know if defaunation also leads to dispersal limitation by changing the spatial distribution of maternal progenies in the seed rain, which might imperil local plant recruitment. Moreover, the lasting effects of frugivore defaunation on microevolutionary processes of plants they disperse remain understudied. Here, we characterized the spatial distribution of the maternal progenies in a bird-generated seed rain of a tropical palm (Euterpe edulis) that produces medium-sized seeds. Moreover, we tested if the loss of large seed dispersers can lead to microevolutionary changes of this tropical palm. Finally, we evaluate the potential of phenotypic rescue of this bird-dispersed palm that pres... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3440.pdf: 2492071 bytes, checksum: b94aa5c86583789dfc913ab73dc5f1de (MD5) Previous issue date: 2011-02-14 / Universidade Federal de Sao Carlos / Studies of population structuring are important tools for the conservation of species and can assist in decisions for the creation, management and restructuring of conservation units. Recent researches conducted with freshwater migratory fish have demonstrated the organization of metapopulations in species of the genus Prochilodus and Brycon, suggesting that the tributaries where the individuals reproduce have a key role in this structuring. Furthermore, the homing behavior, characterized by the return of individuals to their birthplace to breed, has been reported for the genus Prochilodus. This behavior restricts gene flow, which can lead to population structuring. Moreover, a previous study in Prochilodus costatus was not able to detect population structuring when comparing three sites downstream the dam of Três Marias (MG). However, the idea that tributaries may contain different genetic populations remains to be tested. In this context, we investigated the population genetic structure of P. costatus in the region of the headwaters of the São Francisco river, where the extension of the protected area Parque Nacional da Serra da Canastra is discussed. We used ten microsatellite loci to conduct the studies in three tributaries of the Upper São Francisco. We use the fixation index (FST) and AMOVA to verify the genetic differentiation between subpopulations previously defined and assignment tests to see how many people there. The results showed a high diversity within subpopulations, low diversity among subpopulations and the existence of only one population group. Thus, the conservation policies for this species should consider a high variability in a single and large population model. / Estudos de estruturação populacional são ferramentas importantes para a conservação de espécies e podem auxiliar nas decisões para criação, manejo e reestruturação de unidades de conservação. Pesquisas realizadas com peixes migradores de água doce já constataram a organização de metapopulações em espécies dos gêneros Prochilodus e Brycon, sugerindo que os tributários onde ocorre a reprodução dos indivíduos podem ter um papel fundamental nessa estruturação. Além disso, o comportamento de homing, que se caracteriza pelo retorno dos indivíduos ao lugar onde nasceram para se reproduzir, já foi relatado para o gênero Prochilodus. Esse comportamento promove uma restrição no fluxo gênico, que pode acarretar em estruturação populacional. Por outro lado, um estudo prévio em Prochilodus costatus não foi capaz de detectar estruturação populacional, quando foram comparadas três localidades a jusante à barragem de Três Marias (MG). Entretanto, a ideia de que tributários podem conter populações genéticas diferenciadas ainda precisa ser testada. Nesse contexto, investigamos a estrutura genética populacional de P. costatus na região das nascentes do rio São Francisco, onde atualmente se discute a ampliação do Parque Nacional da Serra da Canastra. Utilizamos dez locos microssatélites para realizar os estudos em três tributários do Alto São Francisco. Utilizamos o índice de fixação (FST) e AMOVA para verificar a diferenciação genética entre as subpopulações previamente definidas e testes de atribuição para verificar quantas populações existem. Os resultados obtidos evidenciaram uma alta diversidade intrapopulacional, baixa diversidade entre as subpopulações e a existência de apenas um grupo populacional. Dessa forma, as medidas conservacionistas para essa espécie devem considerar uma alta variabilidade em um modelo de população não estruturada.

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-06. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:14:07Z : No. of bitstreams: 1 000866061.pdf: 3092347 bytes, checksum: 231b0807cdca7c581bae7f18a5b3c6ac (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dengue é a arbovirose de maior crescimento nos últimos anos, repercutindo em impactos sociais e econômicos devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O dengue tem como principal vetor o mosquito Aedes aegypti, distribuído em toda a faixa tropical e subtropical do planeta. Por apresentar hábito hematofágico antropofílico, rápido desenvolvimento e características comportamentais específicas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle estão restritas à eliminação do mosquito vetor, uma vez que um tratamento específico ou uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos deste arbovírus ainda não estão disponíveis à população. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à fatores genéticos do mosquito bem como à microbiota intestinal do inseto. O presente estudo avaliou fatores genéticos e microbianos relacionados à competência vetorial de populações naturais de Ae. aegypti com diferenças na susceptibilidades ao vírus dengue sorotipo 4 (DENV-4). Para isso, foi avaliada a susceptibilidade à infecção pelo DENV de duas populações naturais deste inseto (Botucatu-SP e Neópolis-SE) através de ensaios de infecção e quantificação relativa por PCR em tempo real. A expressão gênica diferencial, bem como a diversidade microbiana intestinal, foi realizada através do sequenciamento de nova geração (RNA-seq e sequenciamento do gene 16S rRNA) através das plataformas Illumina HiScan™SQ e MiSeq, respectivamente. Verificamos que as populações estudadas apresentam diferenças na susceptibilidades ao DENV-4 onde Botucatu apresentou maior resistência à infecção quando comparada à Neópolis. Pela análise de expressão gênica diferencial verificamos que houve pouca modulação genica na população de Botucatu em resposta a... / Dengue is the arbovirosis of greater growth in recent years, reflecting on social and economic impacts due to the high morbidity and mortality rates triggered by infection. Dengue has Aedes aegypti as its primary vector, which is distributed throughout tropical and subtropical regions of the planet. Due to its anthropophilic and haematophagic habit, rapid development and specific behavioral characteristics, it is an excellent dengue virus transmitter. Control measurements are restricted to eliminating the mosquito vector since neither specific treatments nor tetravalent vaccines are yet commercially available. One feature that determines the spread of the disease is the high vector competence of its vector mosquitoes, which has been associated to its genetic factors and to its gut microbiota. The present study evaluated genetic and microbial factors related to vector competence of natural populations of Ae. Aegypti with different levels of susceptibilities to dengue virus serotype 4 (DENV-4). For that, we evaluated the susceptibility to DENV-4 infection of two field collected mosquito populations (Botucatu-SP and Neópolis-SE) through infection assays and relative quantification by qPCR. Differential gene expression and gut microbial diversity analyses were performed using next-generation sequencing (RNA-seq and 16S rRNA gene sequencing) through Illumina HiScanSQ and MiSeq platforms, respectively. The populations presented different susceptibility to DENV-4, of which Botucatu showed higher resistance to infection when compared to Neópolis. Differential gene expression analysis revealed that there was little gene modulation in response to DENV infection in Botucatu, while Neópolis showed consistent modulation on several genes related to immune pathways or digestive processes. When comparing to other studies we found that the Toll immune pathway is being activated in this population after infection. However, the comparison of ...

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:22Z : No. of bitstreams: 1 000869202.pdf: 1622920 bytes, checksum: 6e4ef18be4deb79adcb642a6647d7344 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ) / Financiadora de estudos e Projetos (FINEP)

Orientador: Edson Seizo Mori / Banca: Léo Zimback / Banca: Miguel Luiz Menezes Freitas / Banca: Celso Luis Marino / Banca: Elza Maria Guimarães Santos / Banca: Cantidio Fernando Gouvea / Resumo: Encontra-se no Cerrado uma flora única no mundo, cujos processos evolutivos são quase completamente desconhecidos, principalmente seus mecanismos de regeneração diante do processo de fragmentação crescente. A pesquisa em questão em questão teve como objetivo buscar informações sobre a estrutura genética de 05 populações de Stryphnodendron adstringens (MART.) COVILLE, o Barbatimão, popularmente muito conhecido por sua ação cicatrizante e poder adstringente, qualidade que contribui para a forte pressão econômica sobre o extrativismo da espécie. Foram realizadas coletas de folhas jovens e sementes de 39 matrizes em cada uma das 05 populações que foram avaliadas quantos aos marcadores moleculares microssatélites. Os resultados da pesquisa mostraram que as populações apresentam variabilidade genética intra e interpopulacionais, sendo que o maior percentual ocorreu dentro das populações (98,55%). A heterozigose observada mostrou-se menor que a esperada mostrando a existência de endogamia nas populações. A distribuição espacial mostrou que não há muitos indivíduos aparentados ocorrendo nas proximidades, com base no Índice de Moran encontrado (I=0,0413). Embora o Barbatimão tenha mecanismos de regeneração da parte aérea a partir de gemas que estão presentes no sistema subterrâneo, a semente caracteriza-se como a ferramenta de dispersão predominante / Abstract: In Cerrado vegetation occurs endemic flora of the world which evolutional processes are almost completely unknown, mainly on their regeneration mechanisms of fragmentation that have been tremendously increased. Stryphnodendron adstringens (MART.) COVILLE (Barbatimão) is one of the species of Cerrado, commonly known for its barks to be astringent and used for healing. The present work had as objective to study the genetic structure of five population of barbatimão and to analyze the spatial distribution of genotypes of the species in areas through São Paulo State, Brazil. There are genetic variability intra and interpopulational, where 98.55% of those occurs within population. The observed heterozigosity have presented lower than the expected heterozigosity indicating there is inbreeding into the populations. The spatial distribution, based on Index of Moran (I=0.0413), have shown that there is no relatives occurring closely. Although S. adstringens presents regeneration mechanism of aerial system using sprout from buds, which are present in subterraneous system, still the seeds characterize as the tool of predominant dispersion. / Doutor

Orientador: Jayme Augusto de Souza Neto / Coorientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Luciano Andrade Moreira / Banca: João Trindade Marques / Banca: Ana Cristina Bahia Nascimento / Banca: Robson Francisco Carvalho / Resumo: Dengue é a arbovirose de maior crescimento nos últimos anos, repercutindo em impactos sociais e econômicos devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O dengue tem como principal vetor o mosquito Aedes aegypti, distribuído em toda a faixa tropical e subtropical do planeta. Por apresentar hábito hematofágico antropofílico, rápido desenvolvimento e características comportamentais específicas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle estão restritas à eliminação do mosquito vetor, uma vez que um tratamento específico ou uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos deste arbovírus ainda não estão disponíveis à população. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à fatores genéticos do mosquito bem como à microbiota intestinal do inseto. O presente estudo avaliou fatores genéticos e microbianos relacionados à competência vetorial de populações naturais de Ae. aegypti com diferenças na susceptibilidades ao vírus dengue sorotipo 4 (DENV-4). Para isso, foi avaliada a susceptibilidade à infecção pelo DENV de duas populações naturais deste inseto (Botucatu-SP e Neópolis-SE) através de ensaios de infecção e quantificação relativa por PCR em tempo real. A expressão gênica diferencial, bem como a diversidade microbiana intestinal, foi realizada através do sequenciamento de nova geração (RNA-seq e sequenciamento do gene 16S rRNA) através das plataformas Illumina HiScan™SQ e MiSeq, respectivamente. Verificamos que as populações estudadas apresentam diferenças na susceptibilidades ao DENV-4 onde Botucatu apresentou maior resistência à infecção quando comparada à Neópolis. Pela análise de expressão gênica diferencial verificamos que houve pouca modulação genica na população de Botucatu em resposta a... / Abstract: Dengue is the arbovirosis of greater growth in recent years, reflecting on social and economic impacts due to the high morbidity and mortality rates triggered by infection. Dengue has Aedes aegypti as its primary vector, which is distributed throughout tropical and subtropical regions of the planet. Due to its anthropophilic and haematophagic habit, rapid development and specific behavioral characteristics, it is an excellent dengue virus transmitter. Control measurements are restricted to eliminating the mosquito vector since neither specific treatments nor tetravalent vaccines are yet commercially available. One feature that determines the spread of the disease is the high vector competence of its vector mosquitoes, which has been associated to its genetic factors and to its gut microbiota. The present study evaluated genetic and microbial factors related to vector competence of natural populations of Ae. Aegypti with different levels of susceptibilities to dengue virus serotype 4 (DENV-4). For that, we evaluated the susceptibility to DENV-4 infection of two field collected mosquito populations (Botucatu-SP and Neópolis-SE) through infection assays and relative quantification by qPCR. Differential gene expression and gut microbial diversity analyses were performed using next-generation sequencing (RNA-seq and 16S rRNA gene sequencing) through Illumina HiScanSQ and MiSeq platforms, respectively. The populations presented different susceptibility to DENV-4, of which Botucatu showed higher resistance to infection when compared to Neópolis. Differential gene expression analysis revealed that there was little gene modulation in response to DENV infection in Botucatu, while Neópolis showed consistent modulation on several genes related to immune pathways or digestive processes. When comparing to other studies we found that the Toll immune pathway is being activated in this population after infection. However, the comparison of ... / Doutor

Orientador: Adriana C. Morales Corrêa e Castro / Banca: Lilian Castiglioni / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O tamanduá bandeira (Myrmecophaga tridactyla) é uma espécie pertencente a Magma Ordem Xenarthra, a qual possui ampla distribuição ao longo da região Neotropical. Esta espécie é encontrada em todos os biomas brasileiros, no entanto, ela está classificada como vulnerável pela IUCN a nível mundial, nacional e estadual, no estado de São Paulo. Esta classificação é relacionada diretamente com a forte pressão antrópica que acomete o animal e seu habitat, como é o caso do cerrado. Este trabalho teve por objetivo verificar a diversidade genética, utilizando o marcador mitocondrial CytB, de uma amostra da população de tamanduá- bandeira pertencente a região do estado de São Paulo. As amostras de material biológico utilizadas no estudo provém de campanhas de capturas (n = 8) realizadas na Estação Ecológica de Santa Bárbara (EESB), e de parcerias estabelecidas com o Hospital Veterinário "Governador Laudo Natel", FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal (n = 11), o Hospital Veterinário 'Dr. Halim Atique', Centro Universitário de Rio Preto, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), e o Laboratório de Ecologia de Mamíferos (LEMA), FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal, SP (n = 1). Após os processos de extração, amplificação e sequenciamento do DNA foram inferidas análises estatísticas pertinente a genética populacional. Dentre as 34 amostras analisadas foram encontradas apenas três haplótipos, dos quais um é exclusivo da EESB. A distância genética encontrada entre as amostras foi praticamente nula, variando entre 0,000 e 0,002, enquanto, o gráfico de distribuição par-a-par apresentou uma curva do tipo unimodal, indicando que a população possivelmente vem de um evento de expansão recente. Os índices de diversidade genética foram muito baixos indicando que os indivíduos analisados são praticamente idênticos pela perspectiva da genética de... / Abstract: The giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) is a specie that composes the Magma Order Xenarthra, which has a wide distribution along Neotropics. This specie is found in all Brazilian biomes, however, it is listed by the IUCN as vulnerable on global, national and state level (São Paulo). This classification is directly related to the strong anthropic pressure that affects the animal and its habitat, such as cerrado. This study aimed to verify the genetic diversity, using the mitochondrial marker CytB, of a population's sample of giant anteater from some regions of São Paulo. The biological material used in the study came from captures campaigns (n = 8) in Santa Bárbara Ecological Station, SP, (EESB), and from Veterinary Hospital "Governador Laudo Natel" FCAV- UNESP, Jaboticabal (n = 11), from Veterinary Hospital 'Dr. Halim Atique 'Rio Preto University Center, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), and from Mammalian Ecology Laboratory (LEMA), FCAV- UNESP, Jaboticabal, SP (n = 1). After extraction process, amplification and DNA sequencing were inferred relevant statistical analyzes population genetics. Among the 34 samples analyzed, were found only three haplotypes, one of which is exclusive to EESB. The genetic distance found among the samples was practically nil, ranging from 0.000 to 0.002, while the pairwise distribution showed a unimodal curve, indicating that the population possibly comes from a recent expansion event. The genetic diversity indices were very low, which indicates that the individuals analyzed are practically identical from the perspective of population genetics, and AMOVA test showed that there is not structure in this population. It was observed that the low genetic diversity associated with the biology of the animal, together with anthropogenic habitat degradation, make this specie stays in list of endangered animals. However, EESB serves as ... / Mestre