Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Adriana_Bresolin.pdf: 2384605 bytes, checksum: 22ab5737435e4daf2df75c2d58721a14 (MD5) Previous issue date: 2007-04-05 / Italian ryegrass (Lolium multiflorum Lam.) is the most important forage grass in Rio Grande do Sul, as well as in most part of temperate and subtropical regions of the world. Due to its importance, in 1999 Embrapa Temperate Agriculture initiated activities to develop an Italian ryegrass breeding program, which started with collecting germplasm in Southern Brazil. However, collecting and conservation of germplasm, without its characterization, results in genebanks as simple repositories of genetic materials, without use. To established correct strategies of efficient management and use of genebanks, is extremely important to know the amount and quality of genetic resources available in genebanks. This study was developed aiming to evaluate Italian ryegrass populations to aluminum tolerance and to establish the optimum bulk size to estimate genetic diversity among populations with AFLP markers. Two experiments were undertaken; the first one evaluated six Italian ryegrass populations in hydroponic solution to aluminum (Al3+) tolerance. The results showed that the nutrition solution combined with the different aluminum doses (0; 7 and 21 mg.L-1) were efficient to discriminate the populations evaluated, showing the presence of genetic variability among populations. Tolerance to Al3+ was higher in populations CNPGL 136 and CNPGL 178, which also showed stability in both periods of evaluation. The second experiment was developed aiming to establish the optimum bulk size to estimate genetic diversity among Italian ryegrass populations with AFLP markers. Two populations were evaluated; from each population were characterized 30 individuals and the respective bulk samples sizes: six bulks of 5 individuals each; three bulks of 10 individuals; two bulks of 15 individuals; one bulk of 20 individuals and one bulk of 30 individuals. Six AFLP primer combinations were employed. All numbers and sizes of bulks evaluated were able to discriminate the two populations characterized. However, considering time, cost and discriminatory power, the bulk of 20 individuals is more indicated to be employed in genetic diversity analysis studies among Italian ryegrass populations. Although alleles that occur in low frequency in the populations are lost when bulks are analyzed, the evaluation of bulks, instead of individual genotypes, saves processing time of samples allows that a larger number of populations to be analyzed without identity losses. / O azevém (Lolium multiflorum Lam.) é a espécie forrageira de maior utilização no Rio Grande do Sul, assim como na maior parte das regiões temperadas e subtropicais do mundo, destacando-se entre as mais difundidas no mundo. Devido à grande importância desta forrageira no Brasil, no ano de 1999, iniciaram-se na Embrapa Clima Temperado atividades voltadas ao melhoramento do azevém anual, inicialmente com a realização de coletas de germoplasma. No entanto, a simples coleta e a conservação de recursos genéticos, sem as informações sobre suas características, torna os bancos de germoplasma simples depósitos de materiais. É de fundamental importância que se conheçam os recursos genéticos disponíveis, tanto em termos da variabilidade presente, como em termos de qualidade destes materiais, para que uma apropriada definição das estratégias de conservação e uso seja empregada. A pesquisa teve como principais objetivos avaliar populações de azevém anual quanto à tolerância ao alumínio tóxico e definir o tamanho de amostras de bulks de DNA mais apropriado para estudos de diversidade genética entre populações de azevém anual com marcadores AFLP. Foram desenvolvidos dois trabalhos: o primeiro avaliou populações de azevém sob condições de hidroponia quanto à sensibilidade e tolerância ao alumínio. Os resultados encontrados mostram que o emprego de solução nutritiva combinada com as diferentes doses de Al3+ (0; 7 e 21 mg.L-1) foi eficiente na discriminação dos genótipos em estudo, indicando a existência de variabilidade genética e destacando as populações CNPGL 178 e CNPGL 136 como constituições genotípicas com maior tolerância ao alumínio e estabilidade nos dois períodos de avaliação. O segundo tratou de definir o tamanho de bulk mais apropriado para estimar a diversidade genética entre populações de azevém com uso de marcadores AFLP. Foram avaliadas duas populações de azevém, sendo analisados 30 indivíduos de cada população e seus respectivos bulks: seis bulks constituídos por 5 indivíduos cada; três bulks de 10 indivíduos; dois bulks de 15 indivíduos; um bulk de 20 indivíduos e um bulk de 30 indivíduos. Seis combinações de primers AFLP foram empregadas. Todos os tamanhos e número de bulks avaliados foram eficientes em discriminar as duas populações analisadas. Entretanto, considerando a rapidez, custo e poder discriminatório, o bulk formado por 20 indivíduos foi o mais apropriado para estimar a divergência genética entre populações de azevém. Foi evidenciado que embora ocorra uma perda dos alelos que estão presentes em baixa freqüência nas populações, a avaliação de bulks acarreta na redução de amostras a serem processadas, permitindo que um grande número de populações sejam caracterizadas sem perder a identidade de cada população.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese _Mauricio_ Marini_ Kopp.pdf: 840580 bytes, checksum: aa13499ffc402e82213fc46d39ba5dd0 (MD5) Previous issue date: 2008-04-07 / Hydromorphic soils present as main feature a reduced natural drainage ability, being mostly used for growing irrigated rice. Thus, the occurrence of anaerobic conditions associated to the presence of organic matter enables the development of anaerobic microorganisms which, while decomposing the organic matter, generate phytotoxic substances represented mainly by short chain aliphatic organic acids. The selection of promising genotypes adapted for use in these situations requires complicated field evaluations, which can be simulated under hydroponic culture. The research was composed of four articles that had as major goals to establish an adequate methodology for growing rice under organic acid rich hydroponic culture. The first work aimed at determining the range of concentrations and response variables most indicated for evaluating rice genotypes under hydroponics. The effects of six different concentrations for the three major acids formed in the soil: acetic (0; 4; 8; 12; 16 and 20 mM), propionic (0; 3; 6; 9; 12 and 15 mM) and butyric (0; 2; 4; 6; 8 and 10 mM) acids in two genotypes of high divergence (BRS 7-TAIM and SAIBAN). The results indicated that the most adequate concentration range for organic acid studies in rice are between 15.8 and 8.4; 9.1 and 4.2 and 7.7 and 3.7 mM for acetic, propionic and butyric acids, respectively. Also, the most responsive variable was root length. The second experiment had as goal to determine, under hydroponics, the influence of the pH level used in the hydroponic solution on the phytotoxicity caused by acetic, propionic and butyric acids in rice, as well as the performance of some variables currently used in studies of abiotic stress tolerance in hydroponic systems. For this experiment, three acids (acetic, propionic and butyric) and four pH (4.0; 5.0; 6.0 and 7.0) levels were evaluated. The results allow one to conclude that reduced pH levels increase the phytotoxicity of all acids. The root and shoot lengths have independent behavior from the acid used, as opposite to root number and root and shoot dry matter. Root length was the variable most affected by the treatments. The third article had as objective to evaluate the response of 25 rice genotypes to the phytotoxic effect of acetic, propionic and butyric acids, individually. In this work, 4 treatments were used for each acid: 0 (control); 4; 8 and 12 mM for acetic; 0; 3; 6 and 9 mM for propionic and 0; 2; 4 and 6 mM for butyric acid, respectively. The variables measured were root (CR) and shoot (CPA) length, root number (NR) and root (MSR) and shoot (MSPA) dry matter. The relative performance of the variable CR was the most affected by the acids and the regressions established for this variable revealed ix ix tolerant and sensitive genotypes to organic acids, with 6; 6 and 9 tolerant genotypes for acetic, propionic and butyric acids, respectively. It was observed a higher number of tolerant genotypes on the japonica than on the indica group. The fourth experiment had as objective to evaluate the response of 20 rice cultivars to the interactive phytotoxic effect of acetic, propionic and butyric acids. In these work, four treatments, 0 (control); 3; 6 and 9 mM were used, consisting of the mixture of three acids (acetic, propionic and butyric) at a 6:3:1 ratio. The variables measured were root (CR) and shoot (CPA) length, root number (NR) and root (MSR) and shoot (MSPA) dry matter, phosphorus (P) and potassium (K) content. The results indicated significant differences between the genotypes evaluated for the characters CR, CPA, P and K. Four genotypes were ranked as tolerants. The variable CR associated to CPA, P and K are indicated for the selection of tolerant genotypes. The results obtained allowed one to establish an adequate methodology for the selection of rice genotypes under hydroponic systems combined with organic acid stress (acetic, propionic and butyric) as well as to select promising genotypes regarding their response to this stress. / Os solos do tipo hidromórfico apresentam como característica principal uma reduzida capacidade de drenagem natural, sendo utilizados principalmente para cultivo de arroz irrigado. Assim, a ocorrência de condições anaeróbias associada com a presença de matéria orgânica favorece o desenvolvimento de microrganismos anaeróbios que causam a fermentação desta matéria orgânica produzindo substâncias fitotóxicas representadas principalmente pelos ácidos orgânicos alifáticos de cadeia curta. A seleção de constituições genéticas de arroz promissoras e adaptadas para utilização nestas situações requer avaliações de difícil execução a campo, sendo simplificada com a utilização de sistemas hidropônicos. A pesquisa foi composta de quatro trabalhos que tiveram como objetivo principal estabelecer uma metodologia adequada para estudos com ácidos orgânicos em arroz mediante cultivo hidropônico. O primeiro trabalho determinou a faixa de concentrações e variáveis resposta mais indicadas para avaliações de genótipos de arroz em hidroponia. Foram estudados os efeitos de seis concentrações dos três principais ácidos formados no solo: ácido acético (0; 4; 8; 12; 16 e 20 mM), ácido propiônico (0; 3; 6; 9; 12; e 15 mM) e ácido butírico (0; 2; 4; 6; 8 e 10 mM) em dois genótipos de elevada divergência (BRS 7-TAIM e SAIBAN). Os resultados indicam que as faixas de concentração mais adequadas para estudos de tolerância de arroz a ácidos orgânicos estão entre 15,8 e 8,4; 9,1 e 4,2 e 7,7 e 3,7 mM para os ácidos acético, propiônico e butírico respectivamente, e a variável mais responsiva foi comprimento de raízes. O segundo experimento teve como objetivo determinar, em hidroponia, a influência do nível de pH utilizado na solução hidropônica na fitotoxidade causada pelos ácidos acético, propiônico e butírico em arroz, bem como o desempenho de algumas variáveis atualmente utilizadas em estudos de tolerância a estresses abióticos em sistemas hidropônicos. Neste experimento, foram avaliados três ácidos (acético, propiônico e butírico) e quatro níveis de pH (4,0; 5,0; 6,0 e 7,0). Os resultados permitem concluir que níveis reduzidos de pH aumentam a fitotoxidez de todos os ácidos. Os comprimentos de raízes e parte aérea têm comportamento independente do ácido utilizado, ao contrário do número de raízes e matérias secas de raízes e parte aérea. O comprimento de raízes foi a variável mais afetada pelo efeito das doses. O terceiro trabalho teve como objetivo avaliar a resposta de 25 genótipos de arroz à ação fitotóxica dos ácidos acético, propiônico e butírico individualmente. Neste trabalho foram utilizadas quatro doses para cada ácido: 0 vii vii (testemunha); 4; 8 e 12 mM para ácido acético; 0; 3; 6 e 9 mM para ácido propiônico e 0; 2; 4 e 6 mM para ácido butírico As variáveis mensuradas foram comprimento de raízes (CR) e parte aérea (CPA), número de raízes (NR) e matéria seca de raízes (MSR) e parte aérea (MSPA). O desempenho relativo da variável CR foi o mais afetado pelos ácidos e as regressões estabelecidas para essa variável revelaram genótipos tolerantes e sensíveis aos ácidos orgânicos, com seis; seis e nove genótipos tolerântes para os ácidos acético, propiônico e butírico, respectivamente. Foi constatado ainda maior número de tolerantes no grupo japonica do que no indica. O quarto experimento teve como objetivo avaliar a resposta de 20 genótipos de arroz a ação fitotóxica interativa dos ácidos acético, propiônico e butírico. Neste trabalho foram utilizados quatro doses, 0 (testemunha); 3; 6 e 9 mM, que foram constituídos da mistura dos três ácidos (acético, propiônico e butírico) na relação 6:3:1. As variáveis mensuradas foram comprimento de raízes (CR) e parte aérea (CPA), número de raízes (NR) e matéria seca de raízes (MSR) e parte aérea (MSPA), teor de fósforo (P) e de potássio (K). Os resultados demonstraram diferenças significativas entre os genótipos avaliados nos caracteres CR, CPA, P e K. Quatro genótipos foram classificados como tolerantes. A variável CR associada a CPA, P e K são indicadas para seleção de genótipos tolerantes. Os resultados obtidos pelos trabalhos permitiram estabelecer uma metodologia adequada para utilização em seleção de genótipos de arroz mediante sistemas de hidroponia sob estresse por ácidos orgânicos (acético, propiônico e butírico) bem como selecionar genótipos promissores quanto a resposta à este estresse.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-09T12:17:07Z No. of bitstreams: 1 ricardodeaquinoborges.pdf: 840672 bytes, checksum: 6414dba3c9de6388b9e4567420cd158e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2015-12-09T13:49:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ricardodeaquinoborges.pdf: 840672 bytes, checksum: 6414dba3c9de6388b9e4567420cd158e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-09T13:49:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ricardodeaquinoborges.pdf: 840672 bytes, checksum: 6414dba3c9de6388b9e4567420cd158e (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A variabilidade quanto ao padrão de coloração da asa é uma característica de Mahanarva spectabilis (Distant, 1909), importante praga em forrageiras. O objetivo deste trabalho foi avaliar se há diferenças de fertilidade e predominância dos padrões alares obtidos de cruzamento de M. spectabilis, bem como diferenças moleculares entre os padrões alares. Espécimes de M. spectabilis foram separados conforme o padrão alar ((AN) amarelo-palha com manchas negras, (VN) avermelhado com manchas negras, (V) totalmente avermelhada, (N) totalmente negra) e separados para reprodução, tendo a prole avaliada quanto ao padrão alar. A fertilidade, medida em número de ovos, e os padrões obtidos na geração F1 foram submetidos a análise de variância (ANOVA) seguida do teste de média Scott-Knott (P< 0,05). No teste de variabilidade genética, adultos das três espécies tiveram o DNA extraído com brometo de cetiltrimetilamônio (CTAB) e testados com marcadores moleculares. A presença ou ausência de bandas gerou uma tabela binária utilizada nos diversos tipos de análises (diversidade (índice Jaccard), componentes principais (PCA), variância molecular (AMOVA) e média aritmética de grupos de pares não ponderados (UPGMA)). Constatou-se que o número de ovos diminuiu significativamente quando o cruzamento envolveu um macho do padrão AN e que o fenótipo dos parentais foi determinante na fertilidade e no padrão da descendência. Os marcadores moleculares utilizados geraram marcas exclusivas que separou M. spectabilis das espécies utilizadas como padrões externos (Mahanarva fimbriolata, Mahanarva tristis), mas não com relação aos diferentes padrões alares de M. spectabilis. Diferenças entre as indivíduos separados geograficamente foram perceptíveis. / The variability in the pattern of wing coloring is a characteristic of Mahanarva spectabilis (Distant, 1909), an important pest in forages. The objective of this study was to evaluate if there is fertility differences and dominance of alar patterns obtained from crossing M. spectabilis and molecular differences between the wing standards. Specimens M. spectabilis were separated according to the standard wing ((AN) straw yellow to black spots (RCV) to reddish black spots, (V) fully red, (C) totally black) and separated for reproduction having the offspring evaluated for standard wing. The fertility, measured in number of eggs, and the patterns obtained in the F1 generation were subjected to analysis of variance (ANOVA) test followed average Scott- Knott (P <0.05). In the genetic variability test, adults of all three species had DNA extracted with cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) and tested with molecular markers. The presence or absence of bands generated binary table used in various types of analyzes (diversity (Jaccard Index), principal components (PCA), molecular variance (AMOVA) and non-weighted arithmetic average of peer groups (UPGMA)). It was found that the number of eggs decreased significantly when the crossing involved a standard male AN and that the phenotype of the parent was instrumental in fertility and the seed pattern. The molecular primers produced exclusive brands that separated M. spectabilis species used as external standards (Mahanarva fimbriolata, Mahanarva tristis), but not with respect to different standards of wings of M. spectabilis. Differences between geographically separated individuals were noticeable.

O HHV-8 (herpesvírus 8 humano) é o agente etiológico do sarcoma de Kaposi (SK). Diferentemente dos outros herpesvírus, o HHV-8 é distribuído de modo não ubíquo ao redor do mundo. São sete os principais genótipos de HHV-8, de acordo com o padrão de variabilidade da ORF K1: A, B, C, D, E, F e Z. Estudos da variabilidade genética do HHV-8 poderão trazer melhores interpretações sobre o potencial patogênico dos genótipos de HHV-8 e das variações genotípicas funcionais. Dados sobre a variabilidade genética do HHV-8 no Brasil, em que o SK é associado ao HIV, permanecem escassos. Pelo nosso conhecimento, esse é o primeiro estudo que compara a variabilidade genética de HHV-8 em indivíduos infectados por HIV com SK e sem SK no Brasil. Objetivo. O estudo visou analisar a variabilidade genética do HHV-8 entre indivíduos infectados por HIV com SK e sem histórico de SK. Métodos. Sequências de DNA de HHV-8 foram investigadas em amostras criopreservadas de células mononucleares do sangue periférico a partir de 37 indivíduos infectados por HIV com SK (grupo 1); e de amostras de saliva de indivíduos sem SK (grupo 2), as quais foram selecionadas por meio da detecção positiva de DNA/ORF73/HHV-8 a partir de um total de 751 indivíduos. Dados demográficos e clínicos do estadio e evolução do SK, assim como parâmetros laboratoriais foram caracterizados. As análises moleculares e reconstruções filogenéticas foram baseadas nas ORFs K1 e K12 do HHV-8. Resultados. Foram obtidas sequências de DNA dos loci K1 e/ou K12 de 75 indivíduos, 34 indivíduos do grupo 1 e 41 do grupo 2. O sistema de primers empregado foi capaz de detectar os genótipos A, B, C, F e amplo perfil de subgenótipos de K1/HHV-8. Os dados não mostraram associação de genótipos de HHV-8 com a presença de SK ou estadio de SK. Todavia, o subgenótipo B1 predominou naqueles em que não houve registro de piora de SK (p=0,04). Os subgenótipos B1 e C3 foram igualmente predominantes em ambos os grupos. As frequências do genótipos A foram de 24% e 12,2% e dos genótipos B e C foram de 34,1 e 35,3%, nos grupos 1 e 2, respectivamente. O genótipo F foi descrito pela primeira no Brasil, um caso de cada grupo. Um amplo perfil de subgenótipos de C no grupo 2 sem SK foi encontrado (C1, C2, C3, C5 e C7). Subgenótipos K1 C5 e C7, exclusivos do grupo 2 (7%), foram confirmados como recombinantes. Não houve variabilidade genotípica de HHV-8 em amostras biológicas diferentes do mesmo indivíduo em oito casos estudados. Sítios polimórficos (6/59) em regiões codificadoras de miRNA do locus K12 foram observados, sendo 70% presentes exclusivamente em sequências de HHV-8 do grupo com SK e protótipos de SK. Conclusão. Embora não houvesse associação entre genótipos de HHV-8 e presença ou estadio de SK, o subgenótipo B1 foi significativamente relacionado ao melhor prognóstico de SK. Alguns recombinantes foram observados no locus K1 de HHV-8 em indivíduos do grupo 2 sem SK. A presença de SNPs em regiões codificadoras de miR12-12 e miR12-10 predominou em sequências de HHV-8 de indivíduos com SK, grupo 1, e protótipos de SK epidêmico, endêmico e clássico. A escoha de primers foi importante para garantir a amplificação de todos os genótipos e amplo perfil de subgenotipos de HHV-8. / HHV-8 (Human Herpes Virus 8) is the etiological agent of Kaposi\'s sarcoma (KS). Unlike other herpesviruses, the distribution of HHV-8 is not so ubiquitous around the world. There are seven major HHV-8 genotypes, according to the variability pattern of the ORF K1: A, B, C, D, E, F and Z. Studies on the genetic variability of HHV-8 may help to better understand the pathogenic potential of HHV-8 genotypes and their functional genotypic variations. Data on the genetic variability of HHV-8 in Brazil, where KS is associated with HIV infected people, remain scarce. To our knowledge, this is the first study comparing the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with KS and without KS in Brazil. Objective. The study aimed to analyze the genetic variability of HHV-8 among HIV-infected individuals with and without KS. Casuistry and Methods. HHV-8 DNA sequences were obtained from samples of cryopreserved peripheral blood mononuclear cells from 37 individuals infected with HIV-KS (group 1); and saliva from individuals without KS (group 2) who were selected by means of detection of positive DNA/ORF73/HHV-8 from a total of 751 individuals. Demographic and clinical data (stage and progression of KS), as well as laboratory parameters were characterized. Molecular analysis and phylogenetic reconstructions were based on sequences of the ORFs K1 and/or K12 of HHV-8. Results. K1 and/or K12 DNA sequences of HHV-8 were obtained from 75 subjects, 34 from group 1 and 41 from group 2. The primer system used was able to detect the genotypes A, B, C, F and a wide profile of HHV- 8 K1 subgenotypes. Data showed no association of genotypes with the occurrence of KS or with visceral KS either. However, subgenotype B1 predominated in individuals who did not report any progression of KS (p=0.04). Subgenotypes B1 and C3 were equally prevalent in both groups. Genotype A frequencies were 24 % and 12.2% and genotypes B and C were 34.1 and 35.3 % in groups 1 and 2, respectively. We also described here for the first time the genotype F of HHV-8 in Brazil. A wide profile of subgenotypes C (C1, C2, C3, C5 and C7) in the group without KS was found. HHV-8 K1 DNA sequences of group 2 (7%) belonging to subgenotypes C5 and C7 were confirmed as recombinants. Our findings did not show virus variability in the same patient in samples collected at different times or from different biological material in the eight cases studied here. There was no statistical difference regarding the presence/absence of a given SNP from locus K12 between groups with and without KS. However, there were a total of 6/59 polymorphic sites in coding regions of miRNA, 70% of which present only in the HHV-8 DNA sequence of group with KS and KS prototypes. Conclusion. Although there was no association between HHV-8 genotypes and the presence of KS and KS clinical stage, subgenotype B1 was significantly related to the absence of progression of KS. Some recombinants in K1/HHV-8 locus were observed in the group without KS. The presence of SNPs in coding regions of miR12-12 and miR12- 10 predominated in sequences of HHV- 8 of SK cases (group 1) and of epidemic, endemic and classic KS prototypes. The choice of primers was essential to ensure amplification of all HHV- 8 genotypes and wide profile de subgenotypes.

Este trabalho teve como objetivo comparar diferenças entre as progênies de touros representativos raça Nelore e de três grupos genéticos, Nelore, Angus x Nelore e Brahman x Nelore, quanto ao desempenho pós desmame e quanto às características de carcaça medidas in vivo por ultra-som. Foram selecionados 14 touros representativos da raça Nelore, dois da raça Aberdeen Angus e um touro Brahman. Estes touros foram acasalados com 400 vacas Nelore, que deram origem a uma progênie de 158 machos e 148 fêmeas. Os animais foram criados e recriados a pasto até os 19 meses de idade e, então, terminados em confinamento recebendo dieta com 14,2% de PB e 71,2% de NDT, numa relação volumoso:concentrado de 23:77. Durante a fase de recria foram realizadas três pesagens e uma medida de carcaça por ultra-sonografia, aos 483 dias de idade em média. A fase de terminação em confinamento compreendeu cinco pesagens, realizadas aproximadamente a cada 28 dias, e três medidas de carcaça por ultra-sonografia, sendo que os animais apresentavam as seguintes idades médias em cada avaliação: 570, 598 e 677 dias, respectivamente. As medidas tomadas foram: área de olho de lombo (AOL, no músculo Longissimus dorsi) e espessura de gordura subcutânea entre a 12ª e 13ª costela (EG) e na garupa (P8, sobre o músculo Biceps femoris). Os animais permaneceram confinados até atingirem aproximadamente 5 mm de espessura de gordura subcutânea medida entre as 12ª e 13ª costelas no músculo Longissimus dorsi, no caso, por 127 dias, entre os meses de julho e novembro de 2004. Os animais foram abatidos com 24 a 26 meses de idade. Após o abate, foram coletados medidas de peso da carcaça quente (PCQ) e rendimento de carcaça. O grupo genético com melhor desempenho pós-desmama foi o grupo Angus x Nelore, seguido de Brahman x Nelore e por fim os animais Nelore puros, sendo que os machos foram superiores às fêmeas. Entretanto, durante o período de terminação em confinamento, as fêmeas apresentaram ganho de peso semelhante aos machos castrados, porém tiveram taxas de ganho de músculo e gordura superiores, em conseqüência da sua maior taxa de maturação. Foram verificados maiores ganhos em AOL nos Angus x Nelore, mostrando a aptidão para produção de carne da raça taurina. As diferenças em ganhos de gordura foram pequenas, provavelmente devido à qualidade da dieta que não permitiu que todo o potencial genético para terminação fosse expressado. Quando o estudo se baseou somente na raça Nelore, foram verificadas diferenças nas características de crescimento pós-desmama e durante a terminação em confinamento, entre as progênies dos touros da raça Nelore, indicativas da existência da variabilidade genética, o que permitiria esperar uma resposta à seleção de animais para as mesmas. Entretanto não houve efeito de touro para velocidade de acabamento e crescimento muscular entre as progênies estudadas. / This work aimed to evaluate differences among sires selected to represent the Nellore breed and among three breed groups (Nellore, Angus x Nellore, Brahman x Nellore) as to their progenies’ post-weaning performance and carcass traits, measured by real time ultrasound. A total of 14, two and one sires of the Nellore, Angus and Brahman breeds, respectively, were mated to 400 Nellore cows, producing a progeny of 158 steers and 148 heifers. The animals were raised on pasture until 19 months of age, then finished in feedlot on a diet containing 14.2% crude protein and 71.2% TDN, with a roughage:concentrate ratio of 23:77. During the growing phase on pasture, the animals were weighed three times and scanned at 483 days of age for Longissimus muscle area (LMA), back fat thickness over the 12th - 13th ribs (backfat) and rump fat (P8 fat). During the finishing phase in feedlot, between July and November 2004, cattle were weighed every 28 days and scanned for LMA, backfat and P8 fat at 570, 598 and 677 days of age. The backfat thickness end-point (5 mm) was reached after 127 days on feed, Animals were slaughtered at 24 to 26 months of age. At slaughter, hot carcass weight and dressing percentage were measured. There were effects of breed group on performance during the growing phase. Angus-sired calves had better performance than Brahman-sire and Nellore-sired calves and Brahman x Nellore calves were superior to straight bred Nellore. Males had better performance than females. However, during the finishing phase, there was no sex effect on weight gain and females had greater muscle and fat gain rate than males, perhaps due to their greater maturity rate. Angus x Nellore animals had greater LMA, showing the meat producing ability of Bos taurus breeds. Breed differences as to backfat gains were slight. This was likely due to diet quality which didn’t allow the animals’ genetic potential to be fully expressed. Within the Nellore breed, post-weaning growth traits were different among the sires, indicating existence of genetic variability. Nevertheless, there were no effects of sire on backfat gain and muscle growth among the progenies studied.

As alterações que a ação antrópica vem causando nos ambientes costeiros tem provocado impactos sobre as espécies a eles associadas. Larus dominicanus é uma espécie de ave marinha amplamente distribuída ao longo do Hemisfério Sul. Por possuir um hábito alimentar generalista, os resíduos da ação antrópica tem beneficiado a espécie, que, assim como outras gaivotas, vem apresentando um crescimento demográfico acelerado. O presente estudo, através do uso de marcadores de microssatélites, mostra que, apesar disso, a espécie possui uma baixa variabilidade genética, com fraca estruturação populacional, que provavelmente são o reflexo da origem recente da espécie e de uma diferenciação recente entre as populações. Múltiplas forças atuam para determinar a estruturação populacional, sendo elas o isolamento por distância, as barreiras físicas e a filopatria. Os sinais de gargalo populacional encontrados em algumas das colônias levantam a possibilidade de efeitos fundadores por colonização recente nas colônias mais ao norte da costa brasileira e redução populacional nas colônias da Argentina e da Antártica como conseqüência da última glaciação. Estes dados chamam a atenção para a necessidade de considerar as informações genéticas para a implantação de planos de manejo. Uma vez que a diferenciação entre as populações é recente, a variabilidade dentro de cada uma delas deve ser mantida. O controle populacional da espécie através de métodos diretos deve ser também acompanhado por planos de manejo ambiental, visando reduzir ou eliminar as condições que propiciam o crescimento desequilibrado dos gaivotões. / The changes in the coast that has been caused by human action has led to impacts on species associated with this environment. Larus dominicanus is a seabird species widely distributed throughout the Southern Hemisphere. The generalist feeding habits allow this species take advantage from human action, leading to population growth, which is also observed in other species of gulls. This study, through the use of microsatellite markers, shows that, despite of the population growth, Larus dominicanus has a low genetic variability, with low population structure, which probably reflects the recent origin of species and a recent differentiation among populations. Multiple forces act to determine the population structure, among them the isolation by distance, physical barriers and philopatry. Some colonies presents a bottleneck sign, raising the hypothesis of recent founder effects in the colonies to the north of Brazil and population reduction of colonies of Argentine and Antarctic as consequence of the last glaciation. These data show the need to consider genetic information for the implementation of management plans. The variability within populations must be maintained, since the differentiation between them is recent. Furthermore, the species population control by direct methods must also be accompanied by environmental management plans, to reduce or eliminate the conditions that favor the unbalanced growth of the gulls

O genoma humano varia entre os indivíduos não somente na forma de sequência, mas também estruturalmente. Originalmente, organismos diploides possuem duas cópias de cada região autossômica, uma por cromossomo. Entretanto, com o avanço das técnicas moleculares de identificação do DNA, foram descritas sequências que se repetem em diferentes regiões do genoma em número maior ou menor do que as duas cópias esperadas. Essas variantes são denominadas copy number variants (CNVs) e definidas como segmentos genômicos, geralmente maiores do que 1 kilobase (kb), que variam em número de cópias em comparação com o genoma de referência. As CNVs podem contribuir para a variabilidade do risco entre os indivíduos na etiologia de doenças complexas. Nesse contexto, o Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença autoimune com forte componente genético, caracterizada por inflamação crônica e produção de autoanticorpos. Estudos de associação genômica em larga escala (GWAS) identificaram vários loci associados ao LES que contribuem para a susceptibilidade à patogênese. Entretanto, as pesquisas atuais com CNVs e LES focalizam apenas a análise individual de algumas variantes. O objetivo do presente trabalho foi conduzir o primeiro estudo de CNVs em larga escala em pacientes com LES. A detecção de CNVs foi feita por ensaio de Hibridação Genômica em arrays, utilizando a plataforma Affymetrix GeneChip® CytoScan HD em amostra de 23 pacientes com LES. Foram identificadas 406 CNVs distribuídas em todos os cromossomos, exceto no Y. A média foi de 18 CNVs por paciente. As deleções foram mais frequentes do que as duplicações, 311 e 95, respectivamente. O perfil de CNVs revelou 269 CNVs envolvendo genes, 152 CNVs únicas e 59 regiões de CNVs (CNVRs). Nove CNVs identificadas não haviam sido descritas em bancos de dados de variantes estruturais. Adicionalmente, encontramos CNVs em cinco genes previamente associados com LES: CFHR4, CFHR5, STAT4, MECP2 e HLA-DPB2. CNVs nestes genes foram reportadas em pacientes com LES pela primeira vez. O conhecimento das CNVs associadas com LES e autoimunidade podem contribuir para o entendimento da etiologia da doença. Em conclusão, o presente estudo foi o primeiro delineamento em larga escala de CNVs do genoma completo em pacientes com LES. / The human genome varies between individuals not only at the sequence level but also structurally. Originally, diploid organisms have two copies of each autosomal region, one per chromosome. Advances in molecular-based techniques for DNA identification enabled the description of many repeated sequences with higher or lower copy number than that two copies expected. Those sequences are termed copy number variants (CNVs) and are defined as genomic segments, usually greater than 1 kilobase (kb) in size, ranging in copy number when compared to reference genome. CNVs can contribute to risk variability among individuals in complex diseases etiology. In this context, Systemic Lupus Erythematosus (SLE) is an autoimmune disease with strong genetic component and is characterized by chronic inflammation and autoantibodies production. To date, genome-wide association studies (GWAS) have identified several loci associated with SLE that contribute to pathogenesis susceptibility. However, current CNVs studies associated with SLE focus only in few variants analysis. The aim of the present study was to conduct the first genome-wide CNVs study in SLE patients. CNVs detection was performed by high-resolution array Genomic Hybridization Assay, using the Affymetrix GeneChip® CytoScan HD platform, in 23 SLE patients samples. We identified 406 CNVs distributed in all chromosomes, except Y. The average was 18 CNVs per patient. Deletions were more frequent than duplications, 311 and 95, respectively. CNV profile showed 269 CNVs overlapped by genes, 152 unique CNVs and 59 CNV regions (CNVRs). Nine CNVs were never described in structural variants databases. We found CNVs in five genes previously associated with SLE: CFHR4, CFHR5, STAT4, MECP2 and HLA-DPB2. CNVs in these genes were reported in SLE patients for the first time. Knowledge of CNVs associated with SLE risk and autoimmunity could also improve our understanding of disease etiology. In conclusion, the present study was the first effort to search for CNVs in whole genome of SLE patients.

Made available in DSpace on 2017-07-25T19:29:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CarolineJesusCoelho.pdf: 3922070 bytes, checksum: 06fa3d69d093ea4840c9056afcb2a9ff (MD5) Previous issue date: 2011-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aluminum toxicity has limited the potential yield in most crops, especially damage caused by the root system as inhibiting the growth, elongation and absorption of nutrients. The objectives were to standardize the concentration of aluminum and exposure of the roots of seedlings in minimal solution (Ca2+ + Al3+) and subsequently characterize the genetic variability of tolerance to the element in different germplasm (hybrids and landraces). The experiments of the approach of minimal solution in DBC were implanted with three replications. The treatments were arranged in a split plot where the plot studied the effect of doses of Al3+ (0, 2, 4 and 6 mg L-1) and the subplot effect of hybrids, which were exposed for a period of 96 h (1 and 2 experiments) and 48 h (experiment 3). The variables analyzed were the DIF1 (root net growth), DIF2 (root final growth) and their relative differences (DIFR1 and DIFR2). The variables analyzed were effective for assessing the tolerance / sensitivity to aluminum in minimal solution. The results revealed dramatic decline in root growth of all the hybrids with increasing doses of Al3+, based on the square root regression model. The starting dose of 4 mg L-1 the damage is so pronounced that virtually paralyzed the root growth when exposed for 96 h. On the other hand, when the hybrids were exposed for 48 h and the differences in tolerance or sensitivity were seen. In this sense, we standardized for the other experiments (characterization of germplasm), the minimal solution containing 4 mg L-1 + Al3+ + 40 mg L-1 Ca2+ implanted in the DBC with three replications. Germplasm in hybrid maize were carried out two experiments (48 and 96 h of exposure) with a total of 52 hybrids and germplasm experiment with landraces, with 54 treatments: 50 landraces + 4 hybrid control (48 h exposure). The genotypes were evaluated for the same variables as well as classified for the tolerance on the aluminum (ITRAl). Germplasm in hybrid, the analysis showed genetic variability for tolerance or sensitivity to, and Al+3. In general, the exposure period of 96 h significantly reduced the growth / root regrowth. The majority of the hybrids (35) showed a reduction in the value of ITRAl due to the increase of the exposure period, while 15 hybrids responded with an increase in this index. The evaluation of landraces showed very high values of growth / root regrowth as well as a predominance of genotypes (50%) classified as ITRAl ≥ 4, are considered excellent sources of aluminum tolerance. Featured very positive for the landrace Dente de Ouro 2 that showed a value of more than control ITRAl tolerant H 44. Estimates of genetic parameters in two maize germplasm showed high levels of genetic variance and heritability coefficients. These indices indicate very favorable conditions for development and selection of populations improved with increase in frequency of alleles of aluminum tolerance. / A toxidez pelo alumínio tem limitado o potencial de rendimento de grãos na maioria das culturas, principalmente pelos danos ocasionados no sistema radicular como: inibição do crescimento, da elongação e da absorção dos nutrientes. Os objetivos foram padronizar a concentração de alumínio e o tempo de exposição das raízes de plântulas em solução mínima (Al3+ + Ca2+) e posteriormente caracterizar a variabilidade genética para tolerância ao elemento em diferentes germoplasmas (híbridos e variedades crioulas). Os experimentos de adequação da metodologia de solução mínima foram implantados no DBC com três repetições. Os tratamentos foram arranjados em esquema de parcela subdividida, onde na parcela estudou-se o efeito de doses de Al3+ (0, 2, 4 e 6 mg L-1) e na subparcela o efeito de híbridos, que foram expostos por período de 96 h (1° e 2° experimentos) e de 48 h (3° experimento). As variáveis analisadas foram o DIF1 (crescimento radicular líquido), DIF2 (crescimento radicular final) e as respectivas diferenças relativas (DIFR1 e DIFR2). As variáveis analisadas foram eficientes para a avaliação da tolerância/sensibilidade ao alumínio em solução mínima. Os resultados revelaram queda drástica no crescimento radicular de todos os híbridos avaliados com o aumento das doses de Al3+, baseados no modelo de regressão raiz quadrada. A partir da dose 4 mg L-1 os danos são tão acentuados que praticamente paralisaram o crescimento radicular quando expostos por 96 h. Por outro lado, quando os híbridos foram expostos por 48 h as diferenças de tolerância e ou sensibilidade foram visualizadas. Neste sentido, padronizou-se para os demais experimentos (caracterização de germoplasma), a solução mínima contendo 4 mg L-1 de Al3+ + 40 mg L-1 de Ca2+ implantados no DBC com três repetições. No germoplasma de milho híbrido foram realizados dois experimentos (48 e 96 h de exposição) com total de 52 híbridos e um experimento com germoplasma crioulo, com 54 tratamentos: 50 variedades crioulas + 4 híbridos testemunhas (48 h exposição). Os diferentes genótipos foram avaliados para as mesmas variáveis bem como classificados para o índice de tolerância relativa ao alumínio (ITRAl). Na avaliação dos híbridos, a análise revelou variabilidade genética para tolerância e ou sensibilidade ao Al+3. De maneira geral, a exposição por período de 96 h reduziu sensivelmente o crescimento/recrescimento radicular. A grande maioria dos híbridos (35) apresentou redução no valor do ITRAl em função do aumento do período de exposição, embora 15 híbridos responderam com incremento neste índice. A avaliação das variedades crioulas demonstrou valores bastante elevados de crescimento/recrescimento radicular bem como um predomínio de genótipos (50%) classificados com ITRAl ≥ 4, sendo consideradas excelentes fontes de tolerância ao alumínio. Destaque muito positivo para a variedade Dente de Ouro 2 que apresentou valor de ITRAl superior a testemunha tolerante H 44. As estimativas dos parâmetros genéticos nos dois germoplasmas de milho demonstraram elevados valores de variância genética e dos coeficientes de herdabilidade. Estes índices indicam condição muito favorável para o desenvolvimento e seleção de populações melhoradas com incremento na frequência de alelos de tolerância ao alumínio.

Made available in DSpace on 2017-07-25T19:30:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Debora Silva Maximo.pdf: 2516559 bytes, checksum: f42192c8a7ed6389d9fb8661f4c843b0 (MD5) Previous issue date: 2013-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objectives of this study were to determine the genetic control of resistance to anthracnose stalk rot of corn and estimate the gene action involved in the generations descended from crosses between inbred lines of tropical maize. The estimation of genetic parameters was used to determine the mode of inheritance of resistance in nine families derived from crosses between resistant and susceptible inbred lines to Colletotrichum graminicola. Each family consisted of six generations (P1, P2, F1, RC1 and RC2), which were evaluated for resistance in two experiments implanted in a randomized block design in a split plot design, with three replications. Inoculations were performed using a suspension of 5 x 105 conidia mL-1 applied into the stalk. The quantification of the disease was performed using the external and internal length of lesion (cm), and number of internodes discolored. The three forms of assessment were effective in discriminating individuals resistant and susceptible to the pathogen. Through the analysis of mean generations, it was observed that there is great genetic variability among inbred lines used, where the LR 04-2 was the most effective in all families/ generations in which participated, always conditioning the lower values of lesion. The results indicated a similar mode of inheritance among families, with a predominance of additive genetic effects explaining 81.92% on average. The heritability coefficients (broad and narrow sense) were of high magnitude, indicating facility in the process of artificial selection by breeding programs. Estimates of heterosis were high and negative in all families studied, revealing the ability of resistant inbred lines to transfer the character resistance for the next generations, reducing the length of the lesions. The results showed that the genetic control of corn to anthracnose stalk rot is governed by a few genes of large effect on phenotypic expression. The addictive nature of inheritance, associated with higher estimates of heritability and oligogenic genetic control, infer that the genetic gains with selection will be successful in breeding programs that develop maize populations resistant to anthracnose stalk rot. / Os objetivos do presente trabalho foram determinar o controle genético da resistência de milho à antracnose do colmo e estimar a ação gênica envolvida nas gerações descendentes de cruzamentos entre linhagens endogâmicas de milho tropical. A estimativa dos parâmetros genéticos foi utilizada para determinar o modo de herança da resistência, em nove famílias derivadas dos cruzamentos entre linhagens resistentes e suscetíveis à Colletotrichum graminicola. Cada família foi constituída de seis gerações (P1, P2, F1, F2, RC1 e RC2), as quais foram avaliadas para resistência em dois experimentos implantados no delineamento de blocos casualizados, em esquema de parcelas subdivididas, onde nas parcelas foi estudado o efeito de famílias e nas subparcelas o efeito das gerações, com três repetições. As inoculações dos colmos foram realizadas no estádio de florescimento pleno com suspensão de 5,0 x 105 conídios mL-1. A quantificação da doença foi realizada no estádio de florescimento pleno da cultura, através do comprimento externo e interno de lesão (cm), e pelo número de internódios descoloridos. As três formas de avaliação foram eficientes em discriminar indivíduos resistentes e suscetíveis ao patógeno. Na análise das médias das gerações, observou-se a existência de grande variabilidade genética entre as linhagens endogâmicas utilizadas. A linhagem LR 04-2 destacou-se em todas as famílias/gerações em que participou, sempre condicionando os menores valores de lesão. Os resultados indicaram modo de herança semelhante entre as famílias, com predomínio de efeitos genéticos aditivos explicando em média 81,92%. Os coeficientes de herdabilidade (sentido amplo e restrito) foram de elevada magnitude, indicando a facilidade no processo de seleção artificial pelos programas de melhoramento. As estimativas de heterose foram altas e negativas em todas as famílias estudadas, revelando a capacidade das linhagens resistentes em transmitir o caráter resistência para as gerações filiais, diminuindo o comprimento das lesões. Os resultados demonstraram que o controle genético da resistência de milho à antracnose do colmo é governado por poucos genes de grande efeito na expressão fenotípica. A herança de natureza aditiva, associada às altas estimativas de herdabilidade e controle genético oligogênico, permitem inferir que os ganhos genéticos com a seleção lograrão êxito em programas de melhoramento, que buscam desenvolver populações de milho resistentes à antracnose do colmo.

Os papilomavírus (PV) são vírus epiteliotrópicos e constituem um grande grupo geneticamente diverso da família Papillomaviridae que infecta diferentes espécies de mamíferos, répteis e aves. Estes vírus caracterizam-se por sua propriedade oncogênica, sendo responsáveis pela indução de tumores benignos e malignos nos epitélios cutâneo e mucoso de suas espécies hospedeiras. Nos bovinos, a papilomatose causa importantes prejuízos econômicos à pecuária de corte e leiteira, dentre as quais destacam-se as infecções secundárias, a dificuldade de amamentação do bezerro, a depreciação do couro e o descarte precoce de animais e, ainda, no caso de rebanhos de aptidão leiteira, a papilomatose mamária ocasiona dificuldade de ordenha, retenção de leite e predispõe à mastite. Independente do nível de tecnificação da exploração na pecuária, estes agentes podem ser encontrados em quase todos os países. No entanto, poucos tipos de papilomavírus bovinos (BPV) foram caracterizados até o presente momento. Desta forma, este trabalho teve como objetivo realizar um estudo de caracterização genética e patológica das infecções causadas pelo BPV na região norte do Brasil. No Capítulo 1, buscou-se avaliar a diversidade dos BPVs em lesões cutâneas de bovinos na região Amazônica brasileira utilizando o par de primers degenerados FAP (FAP59 e FAP64) Foram encontrados os BPVs tipo 1, 2, 11, e 13 além de quatro prováveis novos tipos virais que apresentaram baixa identidade com os BPVs 7, 8, 11 e 12. No Capítulo 2, o genoma de um novo tipo de papilomavírus bovino pertencente ao gênero Xipapillomavirus, espécie Xipapillomavirus 1, foi caracterizado aplicando a técnica de amplificação por círculo rolante seguida de sequenciamento de alta eficiência utilizando a plataforma Illumina. Este novo tipo apresentou maior similaridade com o BPV3 (79% de identidade a nível genômico) e preenche os requisitos para ser considerado um novo tipo de BPV. Histopatologicamente, a lesão causada por esse novo BPV foi caracterizada como papiloma exofítico, apresentando células bem diferenciadas, marcada acantose e paraqueratose. No Capítulo 3, foi realizado o sequenciamento de um genoma completo de BPV5 utilizando o mesmo protocolo do Capítulo 2. Este foi o primeiro genoma de BPV5 da América do Sul completamente sequenciado e caracterizado. Assim, os resultados obtidos nesta tese contribuem para o melhor conhecimento da variabilidade genética do BPV e mostra a importância da utilização de ferramentas moleculares na sua caracterização, principalmente em regiões carentes de estudos e que podem abrigar tipos desconhecidos. / Papillomaviruses (PV) are epitheliotropic viruses that constitute a large genetically diverse group of the Papillomaviridae family which can infect different species of mammals, reptiles and birds. These viruses are characterized by their oncogenic properties and are responsible for the induction of benign and malignant tumors in cutaneous and mucosal epithelia. In cattle, papillomatosis causes significant economic losses to beef and dairy cattle characterized by secondary infections, calf breastfeeding difficulties, leather depreciation, early animal discarding, mammary papillomatosis, retention of milk and predisposes to mastitis. Regardless of the level of technification of livestock farming, these agents can be found in almost all countries. However, few types of bovine papillomavirus (BPV) have been characterized to date. Thereby, this work had as objective to carry out a study of genetic and pathological characterization of the infections caused by the BPV from Northern Brazil. In Chapter 1, we evaluated the genetic diversity of BPVs in bovine cutaneous lesions from Brazilian Amazon using the degenerate FAP pairs of primers (FAP59 and FAP64). BPV1, 2, 11, and 13 were found in addition to four probable new viral types that had low identity with BPVs 7, 8, 11 and 12 In Chapter 2, the whole genome of a new BPV type belonging to genus Xipapillomavirus, species Xipapillomavirus 1, was characterized applying the technique of rolling circle amplification followed by high-throughput sequencing using the Illumina platform. This new type showed greater similarity with BPV3 (79% identity at the genomic level) and fulfills the requirements to be considered a new BPV type. Histopathology was characterized by exophytic papilloma, presenting well differentiated cells, marked acanthosis and parakeratosis. In Chapter 3, a complete BPV5 genome was sequenced using the same protocol used in Chapter 2. This was the first fully sequenced and characterized BPV5 genome from South America. Thus, the results obtained in this thesis contribute to a better knowledge of the genetic variability of BPV and shows the importance of the use of molecular tools in their characterization, especially in regions that are lacking in studies and which may harbor unknown types.