La radiation adaptative des Equoidea est encore mal comprise en raison notamment de la méconnaissance de la phylogénie de cette super-famille. La principale irrésolution de ces relations de parenté porte sur les pachynolophes, Equoidea européens rapprochés des Equidae ou des Palaeotheriidae. Pendant une grande part de l'Éocène, l'Europe est isolée et subit à la fin de cette période de profonds changements climatiques. Lors de la Grande Coupure son isolement s'achève, tandis que l'aridité du climat s'installe, et des faunes migrantes provoquent l'extinction de nombreux groupes endémiques. Un Equoidea européen basal, richement représenté par un matériel bien préservé permet d'appuyer une des hypothèses phylogénétiques les plus récentes. Cependant, les caractères couramment utilisés pour débattre de cette question n'apportent pas de réponse claire et définitive. Aussi, cette étude se propose de mener des investigations sur des régions encore peu explorées de ces animaux comme le neurocrâne, grâce à la microtomographie (CT scan), qui permet un accès non destructif aux structures (encéphale, pétreux, labyrinthe osseux, sinus). Outre l'intérêt phylogénétique, ces organes peuvent, de par leurs fonctions, receler un intérêt paléoécologique. Jusqu'à présent, peu d'études à large échelle ont porté sur ces structures chez les Perissodactyla, s'agissant pour la plupart de mentions anecdotiques. Comme préalable indispensable, une étude modèle a été réalisée sur un Equidae sauvage actuel afin de mieux appréhender la variabilité de ces structures méconnues. Pour la première fois, un large échantillon d'Equoidea européens a été scanné et leurs structures neurocrâniennes reconstruites en trois dimensions virtuelles. Ce sont au total 20 espèces qui ont été échantillonnées, couvrant l'évolution de ces animaux de leur origine à leur extinction, pendant plus de 20 millions d'années. Leurs crânes ont été scannés, leurs structures internes reconstruites, comparées et analysées au moyen de la cladistique. Une nouvelle hypothèse phylogénétique propose des relations de parenté intra-Equoidea et montre la pertinence des caractères neurocrâniens, tout en conduisant à envisager une étude plus vaste. Les Palaeotheriidae apparaissent comme un groupe très diversifié, notamment au regard des Equidae éocènes d'Amérique du Nord, et caractérisé par une évolution en mosaïque. Ils connaissent une évolution cérébrale précoce par rapport aux faunes contemporaines (Equidae, Cetartiodactyla, Carnivora), ce qui, via le développement de nouvelles stratégies adaptatives, pourrait expliquer partiellement cette grande diversification familiale. Un parallèle est envisagé avec l'évolution endémique des Notoungulata, qui semblent eux aussi montrer une complexification cérébrale précoce. Cependant, face à un environnement biotique et abiotique bouleversé (fin de l'Éocène et lors de la Grande Coupure), ces structures complexes impliquant un coût métabolique important et une trop grande spécialisation, avec en conséquence, moins de potentiel adaptatif, auraient pu les désavantager et les conduire à l'extinction. / The Equoidea adaptive radiation still remains badly known, especially due to the ignorance of their phylogeny. The main indecision of these relationships concerns the pachynolophs, European Equoidea either approached to the Equidae or to the Palaeotheriidae. During a great part of the Eocene times, Europe was isolated, and, at the end of this period, has undergone strong climatic changes. That isolation ended at the « Grande Coupure » event, whereas an arid climate moved, and migrant faunas caused the extinction of many endemic groups. A basal European Equoidea, richly represented by well-preserved material, can support one of the latest phylogenetic hypotheses. However, commonly used characters to discuss this issue do not provide a clear and definitive answer.Therefore, this study aims to investigate on unexplored regions of these animals as the neurocranium through microtomography (CT), which allows access to non-destructive structures (brain, petrosal, bony labyrinth, and sinus).Furthermore phylogenetic interest these bodies may, through their functions, harbor paleoecological interest. Until now, few large-scale studies have focused on those structures in the Perissodactyla, with regard to most were anecdotal reports. As a prerequisite, a model study was performed on a wild current Equidae to better understand the variability of these unknown structures. For the first time, a large sample of European Equoidea has been scanned and their neurocranium structures virtually reconstructed in three-dimensions. A total of 20 species were sampled, covering the evolution of these animals from their origin to their extinction, for over 20 million years. Their skulls were scanned; their internal structures reconstructed compared and analyzed using cladistics. A new phylogenetic hypothesis provides intra Equoidea relationships and shows the relevance of neurocranium characters, while driving to consider a larger study. The Palaeotheriidae appears as a highly diverse group, particularly with regard to Eocene Equidae in North America, and characterized by a mosaic evolution. Their brain evolved earlier than that of contemporary faunas (Equidae, Cetartiodactyla, Carnivora); which may partially explain the strong diversification of that family, through the development of new adaptive strategies.

Depuis plusieurs décennies, l’étude des conséquences des mutations pathogéniques a permisnon seulement de définir l’origine de nombreuses maladies génétiques humaines, héréditaires ou non,mais également de contribuer à l’interprétation de la variabilité phénotypique inter-individus au seind’une pathologie donnée. Les mutations induisant une perte de fonction de la protéine synthétisée ouune protéine incomplète ont été et sont encore les plus étudiées. Avec l’introduction des technologiesde séquençage à haut-débit, le nombre de variants faux-sens, silencieux ou introniques détectés auniveau des gènes humains augmente de façon continue. Distinguer les variations nucléotidiques quivont modifier significativement un phénotype de celles qui seront neutres est un véritable défi pour larecherche.De nombreuses variations nucléotidiques à signification clinique inconnue ont été identifiéesparmi les près de 2000 mutations décrites au niveau du gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembraneconductance Regulator) responsables de la mucoviscidose. Certaines de ces variations vont avoir unimpact sur les transcrits ARN modifiant leur qualité et leur quantité et par conséquent l’expression dugène CFTR. Elles vont notamment affecter l’épissage de l’ARN pré-messager en altérant des signauxreconnus par la machinerie cellulaire et perturber la fidélité de ce mécanisme. Malgré un recul de plusde 20 ans dans la description de la corrélation génotype-phénotype dans cette maladie, de nombreuxphénotypes inattendus et atypiques sont observés. Ils peuvent être dus à des facteurs autres que desvariations génotypiques, mais sans l’accès direct aux transcrits des individus porteurs de tels variants,il est difficile de mesurer les conséquences de ces variations sur la synthèse et la maturation de l’ARN.L’objectif de ce travail de thèse a été de montrer, par des approches in vitro etbioinformatiques, comment des variations nucléotidiques au sein du gène CFTR peuvent impacter surl’épissage de l’ARN pré-messager. Ce travail a permis dans un premier temps la découverte demécanismes d’épissage inattendus modificateurs de phénotypes sévères attendus pour une mutationnon-sens. En effet, par un épissage alternatif subtil de trois nucléotides au niveau d’un site d’épissageen tandem, le codon stop se retrouve délété et aboutit à des transcrits fonctionnels expliquant lesphénotypes modérés. Dans un second temps, nous avons montré que plusieurs mutations non-sensportées par le même exon 15 impactaient différemment sur l’épissage de l’ARN en modifiantsignificativement le taux d’inclusion de cet exon. La connaissance préalable des ratios de transcritsincluant ou non l’exon peut améliorer l’efficacité des traitements correcteurs de codons stopprématurés en les combinant avec des traitements modulateurs de l’épissage augmentant le taux detranscrits correctibles. Dans un troisième et dernier temps, une combinaison d’analyses in silico et invitro des exons du gène CFTR a permis de détecter des exons porteurs de signaux d’épissage plusfaibles les rendant plus sensibles à des mutations exoniques d’épissage. Des mutations faux-sens auniveau de l’exon 3 ont par exemple été montrées comme favorisant l’exclusion de cet exon, diminuantle taux de transcrits fonctionnels.L’ensemble de ces travaux a contribué à comprendre les conséquences de mutations au niveaude l’épissage du gène CFTR sur les variations du phénotype. La connaissance améliorée des variationspossibles du phénotype rattaché à un génotype donné permettra non seulement de prédire l’évolutionde la maladie, mais également d’ajuster et de proposer des thérapies personnalisées selon la mutationportée par le patient. / Over the past decades, studying the consequences of pathogenic mutations has allowed not only todefine the origin of several genetic diseases, but also to contribute to understand the phenotypicvariability between individuals within a disease. The CFTR gene was extensively analyzed since 1989,but among the over 1,900 mutations identified, the current challenge is to classify them as diseasecausingor neutral. These variants of unknown clinical significance (UVs) can alter multiple processes,from gene transcription to RNA splicing or protein function. The CFTR gene needs to include intactversions of all its 27 exons to be functional, and any mutation affecting its splicing process will reducethe amount of functional full-length transcripts. Previous studies have shown that mutations withinsome CFTR exons increase exon skipping. We hypothesized that a number of UVs occurring in otherCFTR exons could indeed affect splicing. By combining in vitro and bioinformatics approaches, weshowed how nucleotide variations within the CFTR gene could impact on the splicing of its premRNA.This work enabled us to provide the first experimental evidence of a premature terminationcodon removal by alternative splicing at a NAGNAG acceptor splice site. This unexpected phenotypemodifyingmechanism explains the much milder phenotype severity than expected for a nonsensemutation. The correction of premature termination codons (PTCs) by agents that promote readthroughrepresents a promising emerging tool for the treatment of many genetic diseases. Having demonstratedthat nonsense mutation could cause aberrant splicing, we postulated that the efficiency of thereadthrough treatment could be due not only to the stop codon itself but also to the amount ofcorrectible transcripts. We showed that a subset of nonsense mutations within the CFTR exon 15 has adifferent impact on the splicing efficiency by modifying the inclusion rate of this exon anddemonstrated that the total amount of transcripts together with the splicing profile should be assessedto anticipate and improve efficacy of readthrough therapy in CF patients. Finally, in order to anticipatethe occurrence of “splicing-causing” mutations, we used a combination of in silico and in vitroanalyses of all CFTR exons and pinpointed those harboring weak splicing signals, which render themmore sensitive to exonic splicing mutations.All these studies contribute to expand our knowledge on the phenotypic variability due to alternativesplicing of the CFTR gene. These studies will lead not only to predict the evolution of a disease, butalso to adjust therapy according to the mutation of each patient.

Résumé non transmis / Summary not transmitted

La question principale à laquelle nous avons tenté de répondre est la suivante : est-ce que la variabilité des matières premières (caractéristiques pétrographiques et morphologie des supports) a conditionné la production des hommes préhistoriques dans le temps et dans l’espace ? La mise en place de fiches descriptives technologiques spécifiques pour chaque catégorie d’objets nous a permis d’analyser les caractères techniques propres à chaque produit et de sélectionner les variables principales qui ont joué un rôle important dans l’évaluation des contraintes et ont guidé la production lithique. L’analyse critique des contextes lithostratigraphiques et la prise en compte des diversités techniques, technologiques ou chronologiques des industries permettent de reconsidérer les paradigmes à la base de la différentiation des techniques : produits du façonnage bifacial (biface, ébauche), système de production Levallois, système de production Discoïde. Ces termes ont trop longtemps masqué la variabilité exprimée par la production technique des tailleurs du Paléolithique. C’est vers l’analyse de la pluralité des comportements humains et des sociétés qu’il faut se diriger maintenant. / The use of geomaterials different from flint in Early and Middle Paleolithic. Economical technical and functional choices after the study of two sites : Sainte-Anne I (Haute-Loire, France) (MIS 5-7) and Notarchirico (Basilicata, Italy) (MIS 14-17).We tried to answer the question: has the variability of raw materials (from petrographical characteristics and morphological aspects) influenced prehistoric knappers during the production both in time and space? The creation and use of specific descriptive files for each category of objects allowed us to analyze the technical characteristics of the products and to select the variables that played a major role in the assessment of needs at the base of the lithic production. Critical analysis of the litho-stratigraphic contexts and consideration of technical, technological or chronological diversity allows to reconsider the paradigms underlying the differentiation of the techniques: products façonnage (double sided, ébauche), Levallois production system, discoid production system. These terms have for too long concealed the variability of the characters in Paleolithic lithic production. We have now to reconsider the purposes of lithic studies and to aim to decipher the plurality of individuals and palaeolithic societies behaviours. / L’utilizzazione delle rocce diverse dalla selce nel Paleolitico antico e medio : scelte economiche, tecniche e funzionali, sulla base dello studio dei siti di Sainte-Anne I (Haute-Loire, France) (SIO 5-7) e di Notarchirico (Basilicata, Italia) (SIO 14-17).La questione principale alla quale abbiamo tentati di rispondere è la seguente: la variabilità delle materie prime (caratteristiche petrografiche e morfologia dei supporti) ha condizionato gli uomini preistorici durante la produzione nel tempo e nello spazio? La creazione e l’utilizzo di schede di analisi specifiche per ogni categoria di oggetti ci ha permesso di analizzare i caratteri tecnici specifici dei prodotti e di selezionare le variabili principali che hanno giocato un ruolo importante nella valutazione delle necessità alla base della produzione litica. L’analisi critica dei contesti lito-stratigrafici e la considerazione delle diversità tecnica, tecnologica o cronologica delle industrie permette di riconsiderare i paradigmi alla base della differenziazione delle tecniche: prodotti del façonnage bifacciale (bifacciale, ébauche), sistema di produzione Levallois, sistema di produzione Discoide. Questi termini hanno per troppo tempo celato la variabilità dei caratteri che durante il Paleolitico era necessario prendere in considerazione nella produzione litica. Adesso bisogna dare un nuovo indirizzo agli studi, indirizzandoli verso la presa di coscienza della pluralità dei comportamenti umani e delle società paleolitiche.

Le modèle de culture STICS a été adapté pour la culture du riz inondé et la capacité de prédiction du modèle a été évaluée pour la simulation de la biomasse à la récolte et du rendement en grains. La base de données utilisée pour ce travail résulte de la collecte de données au champ sur des parcelles en Camargue (sud-Est de la France) gérées par les agriculteurs. Pour la modélisation, ne disposant que très peu de données d’expérimentation, une procédure originale d’utilisation des données obtenues à la ferme a été développée. Ce travail est composé de trois phases: (i) une analyse de la base de données initiale constituée d’informations sur 472 parcelles, 33 variétés et 11 sols aux propriétés physiques différentes et collectées entre 1984 et 2009 dans toute la Camargue; (ii) la sélection des options et des formalismes pertinents pour la culture du riz, (iii) la préparation du jeu de données pour la modélisation par élimination des parcelles dont les rendements sont limités par des facteurs non pris en compte dans le modèle; (iv) la paramétrisation et la simulation des variables choisies.Les résultats de l’application de STICS au riz sont satisfaisants pour près de 80% des parcelles utilisées pour la base de données de calibration. L’accord entre les simulations et les observations est meilleur lorsque les informations d’entrée du modèle sont complètes. Les simulations de la biomasse et du rendement en grains sont d’une qualité légèrement plus faible pour la base de données de validation que pour la base da calibration. / The crop model STICS was adapted for the flooded rice and model’s prediction ability was evaluated by the simulation of the plant biomass at harvest as well as the grain yield. The dataset used for this purpose was collected from the fields situated in whole Camargue (Southern France) and managed by the farmers. We introduced an original procedure to use the farm data instead of experimentation for modeling. This work was carried out in three phases, (i) analysis of the initial database of 472 fields, 33 different varieties and 11 physically different soils grown in the whole Camargue between 1984 and 2009, (ii) selection of the options of formalisms relevant to the rice crop, (iii) preparation of dataset for modeling by eliminating the fields in which the yields were limited by the factors not taken into account by the model and (iv) parameterization and the simulation of the selected target variables. The results of the application of STICS to rice crop were satisfactory for almost 80% of the fields of calibration data. Particularly, there was a good agreement between simulations and measurements of the situations with complete information regarding to the inputs. The simulation patterns for both the plant biomass and the grain yield of dataset of validation are similar as that of dataset of calibration exhibiting slightly reduced simulation quality. More discrepancies were observed in the simulations made by the model calculated dates of different phenological stages compared to the simulations run by using the observed dates of same stages.

Cette étude ergonomique a pour but l’analyse des processus de fatigue parmi différentes professions du milieu maritime. Quatre terrains d’étude en situation « naturelle » ont ainsi été investis : ceux de patrons de chalutiers pélagiques, de marins de navire océanographique, de skippers de course au large en solitaire, et de marins de dragues aspiratrices. Deux ordres de données ont été envisagés : celles ressortissant à la fatigue perçue et à la fatigue objectivée (fatigue « réelle », physiologique, de l’organisme). Du point de vue de la fatigue subjective perçue, notre méthode a consisté à croiser des observations ethnographiques avec des entretiens compréhensifs de type psychologique. Du point de vue de la fatigue physiologique, des mesures de la fréquence cardiaque sur l’intervalle R-R ont été réalisées (tests orthostatiques et enregistrements continus simultanément à l’activité). Nos résultats découlent alors de la confrontation de ces sources de données « objectives » et « subjectives ». Il s’avère d’une part, qu’à l’origine de la fatigue, les rythmes de travail tiennent un rôle prépondérant ; tout comme les contraintes appliquées au sommeil, et l’alternance de phases d’activité intenses et moins soutenues. D’autre part, la fatigue se manifeste par des troubles du sommeil, de la lassitude psychologique, et un « effet de cumul » (dont l’intensité est variable selon les métiers étudiés). De ce fait, les marins ont la possibilité de gérer leur fatigue par la répartition des périodes de sommeil, le repos à terre, et la prise de nourriture. Enfin, des pistes de conception sont suggérées afin d’adapter l’activité des marins en fonction des processus de fatigue analysés. / Our ergonomic approach analyzed the dynamics of the fatigue processes through different maritime professions. The data were collected in “natural” situations across four field studies: pelagic trawlers’ captains, oceanographical ship seamen, solo race’s yachtsmen, and pump dredger’s seamen. Two types of data must be distinguished: those issued from perceived fatigue and those from the ‘real’, physiological, fatigue of the organism. From a psychological point of view, our methodology combined direct observation with non-directive interviews. Concerning the physiological fatigue, measurements of the heart rate on interval R-R were carried out (stand-tests and continuous recordings simultaneously with activity). Our results issue from the confrontation of objective and subjective sources. First, the work rhythms are a preponderant cause of fatigue, with sleep strains, and alternation of activity. Then, fatigue shows sleep disorders, lassitude, and cumulative effect (of which intensity varies according to the professions). Thus, seamen can manage their fatigue with sleep periods repartition, recovery on the ground, and eating food. In addition, we point some solutions to adjust the activity of the seamen to their fatigue processes.

L'Algérie fait partie des pays qui subissent un risque important en matière d'incendies de forêts, elle perd en moyenne 30 000 ha de sa couverture végétale annuellement. Ce chiffre montre, à lui seul, le niveau du risque incendie de forêt dans ce pays et suscite une inquiétude concernant les conséquences de cet aléa à plus longue échéance. Afin de cerner les enjeux environnementaux actuels et futurs, nous avons opté pour l'étude de l'effet des incendies sur les écosystèmes forestiers algériens et la mise en relief des tendances actuelles. Dans cette perspective, nous avons choisi comme objet d'étude les forêts de la Kabylie maritime (nord algérien) qui connaissent des fréquences assez élevées d'incendies et une importante vulnérabilité, depuis maintenant plusieurs années. L'étude consiste à retracer l'évolution du risque incendie dans cet espace forestier et mettre en évidence les changements morphologiques, structuraux et floraux qui y sont intervenus à travers le temps, mais aussi à analyser les changements du climat et de l'occupation de l'espace par l'homme. Ceci, afin de saisir l'influence future du changement climatique et des comportements sociaux sur l'évolution de la forêt algérienne et de tenter d'esquisser des scénarios possibles permettant d'anticiper sur des situations à risques. / Algeria is among the countries that undergo a significant risk in terms of forest fires, it loses an average of 30 000 ha of its land cover annually. This figure shows, in itself, the forest fire risk level in this country and raises a concern about the consequences of this hazard in the longer term. To identify current and future environmental issues, we decided to study the effect of fires on forest ecosystems and Algerian highlighting current trends. In this perspective, we have chosen as a case study the forests of maritime Kabylia (Algeria North) experiencing relatively high frequency of fires and a significant vulnerability for several years now. The study is to trace the evolution of the fire risk in this forest area and highlight the morphological, structural and floral changes that have occurred there over time, but also to analyze climate change and occupation space by man. This, to capture the future impact of climate change and social behavior on the evolution of the Algerian forest and attempt to outline possible scenarios to anticipate risk situations.

Les deux principaux objectifs de ce travail sont de proposer des outils pour la selection d'animaux résistants aux strongles gastro-intestinaux, parasites du tube digestif, et de faire progresser la compréhension des mécanismes de résistance chez la chèvre créole. La variabilité génétique du caractère de résistance au parasitisme digestif a été étudiée afin de vérifier quels critères décrivant le mieux la résistance, peuvent être utilisés pour la sélection. L'ensemble des résultats obtenus suggèrent que le critère d'excrétion d'oeufs et le critère d'éosinophilie sont les plus adaptés pour un schéma de sélection puisqu'ils possèdent une héritabillté moyenne et représentent le mieux la résistance. De plus, ils ne semblent pas en opposition avec le poids, principal critère de production. Le déterminisme génétique de la résistance aux strongles gastro-intestinaux a été étudié et a permis de mettre en évidence l'existence d'un gène majeur pour la résistance chez la population de chèvre créole. De plus, la primo-détection de qtl a permis d'identifier 13 régions du génome ayant un effet sur les critères de résistance. Les mécanismes responsables de la résistance aux strongles gastro-intestinaux ont également été à l'étude. L'ensemble des résultats met en évidence le rôle des éosinophiles dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux. L'activité des immunogobulines e semblent dirigés vers les larves l3 d'haemonchus contortus et suggère la mise en place d'une réaction protectrice. Chez la chèvre créole. Ces deux mécanismes semblent donc jouer un rôle important dans la mise en place de la résistance aux strongles gastro-intestinaux / The two main objectives of this work are to propose tools for the selection of resistant animals to gastrointestinal nematodes and advance knowledge on mechanisms of resistance of creole goats. this work has analysed the genetic variability of resistance to digestive parasitism in order to determine which criteria best describes the resistance and can be use for selection. the overall results suggest that the egg excretion and the eosinophilia are the criteria most suitable for a breeding scheme because they have moderate heritability estimates and best represent the resistance. moreover, they do not seem in conflict with the weight, the main criterion of production. the genetic determinism of resistance to gastrointestinal parasites has been studied and has highlighted the existence of a major gene for resistance in creole goats. in addition, the primodetection of qtl identified 13 genomic regions that affect the resistance. the mechanisms behind the resistance to gastrointestinal parasites were also studied and first hypothesis regarding the involvment of the immune response in resistance have been made in goats. the overall results highlighted the role of eosinophils in the development of resistance to gastrointestinal nematodes. the activity of immunoglobulin e seems directed toward l3 larvae of haemonchus contortus and may be imply in the establishment of a protective response agasint nematode parasites. in creole goats, these two mechanisms seem to play an important role in the development of resistance to gastrointestinal nematode infections

Les circuits modernes sont de plus en plus sensibles aux variations technologiques et environnementales qui n'ont plus seulement un effet global sur les circuits mais aussi un effet local sur ceux-ci.Dans ce contexte, les composants reprogrammables que sont les FPGA représentent un support technologique intéressant. En effet, ces composants permettent d'adapter l'implantation physique du système grâce à une simple reconfiguration du circuit.C'est pourquoi, dans ce manuscrit, nous présentons un flot d'adaptation complet visant à compenser les variations des circuits. Pour cela, une étude de toutes les phases de conception des capteurs numériques est réalisée. Nous proposons ensuite une approche originale et unique de caractérisation basée sur l'analyse électromagnétique. Il est notamment montré que cette approche permet de se défaire des biais de mesure engendrés par les méthodes de mesure directe. L'utilisation conjointe des capteurs et de cette méthode d'analyse permet une caractérisation fine et précise des variations technologiques de n'importe quel type de circuit FPGA.Enfin, la cartographie issue de la phase de caractérisation permet ensuite de calibrer les capteurs pour une utilisation en ligne. Nous utilisons donc ensuite ces capteurs pour le monitoring dynamique d'un système MPSOC. / Modern circuits are more and more sensitive to environmental and technology changes.In this context, reprogrammable components like FPGAs represent an interesting technological support. Indeed, these components can adapt the physical layout of the system through a simple reconfiguration of the circuit.In this manuscript, we present a comprehensive adaptative flow to compensate the variations in circuits.For this, a study of all phases of digital sensor design is realized. We then propose a novel and unique characterization approach based on the electromagnetic analysis. It is particularly shown that this approach allows to get rid of measurement bias caused by direct measurement. The joint use of sensors and the method of analysis allows a detailed and accurate characterization of technological variations of any type of FPGA.Finally, the cartography issued from the characterization phase is then used to calibrate the sensors for online use. Then, we employ these sensors for monitoring the dynamics of a system MPSOC.

Les systèmes de génétique inverse permettent de manipuler les génomes viraux et se sont révélés essentiels pour étudier les virus à ARN. Récemment, une méthode basée sur la PCR, la méthode ISA (Infectious Subgenomic Amplicons), a été développée. La première partie de cette thèse se concentre sur la simplification de la méthode ISA. La principale contrainte d'ISA est l'exigence de produire des fragments génomiques modifiés qui nécessite un promoteur de transcription à l’extrémité 5’ du premier fragment et un ribozyme du virus de l'hépatite delta, suivi du signal de polyadénylation du virus simien 40 (HDR / SV40pA) à l’extrémité 3’ du dernier fragment. Ici, nous proposons une nouvelle méthode simplifiée "Haiku", dans laquelle sont fournis ces deux séquences en tant qu'amplicons séparés. Cette technique améliorée a été appliquée avec succès à une large gamme de virus dans des cellules de moustiques et de mammifères. La deuxième partie de cette thèse est axée sur la caractérisation de la population virale issue de divers systèmes de génétique inverse en utilisant le HRV-B14 comme modèle.Nos résultats montrent que le choix de la méthode a influencé la diversité génétique des populations virales mais quelle que soit la méthode utilisée, la fitness réplicative était similaire. En outre, nos données ont révélé que le poly(A)25 est la longueur optimale pour récupérer le HRV-B14 avec une efficacité élevée. La dernière partie du présent travail a examiné le potentiel de la méthode «ISA» pour conserver le spectre mutant présent dans l'échantillon viral d'origine. Nous avons montré que cette méthode récapitule au moins partiellement les quasi-espèces de la population virale native. / Reverse genetics systems allow manipulating viral genomes and have proved to be essential for studying RNA viruses. Recently, a PCR-based method, named ISA (Infectious Subgenomic Amplicons), was developed to facilitate the study of single-stranded positive-sense RNA viruses. The first part of the present work focused on simplifying the ISA method. The main constraint of the canonic protocol of the ISA method is the requirement to produce modified genomic fragments encompassing the transcription promoter and the terminator. Here, we propose the ultimately simplified "Haiku" design in which the promoter and the terminator are provided as additional separate DNA amplicons. This improved procedure was successfully applied to the rescue of a wide range of viruses in mosquito and mammalian cells. The second part of this work assessed the viral population issued from different reverse genetics systems. Using HRV B-14 as a model, we compared the genetic diversity and the replicative fitness of viruses generated using the most commonly used reverse genetics methods. Our results showed that the choice of the method influenced the genetic diversity of viral populations but whatever the method used, the replicative fitness was similar. In addition, Our data revealed that poly(A)25 is the optimal length to recover HRV-B14 with high efficiency and could be used to recover polyadenylated RNA viruses other than HRV-B14. The last part of the present work investigated the potential of the “ISA” method to conserve the mutant spectrum present in the original viral sample. We have showed that this method recapitulate at least partially the quasispecies of the native viral population.