Analiza un brote de enfermedad respiratoria compatible con el virus de bronquitis aviar (IBV) en un lote de pollos de carne vacunadas procedentes de una granja comercial ubicada en la zona norte de Lima, Perú. La cepa aislada es de bronquitis infecciosa y se tipifica como SL04A 0542. El análisis de la secuencia del fragmento de 383 bp del gene S1 demuestra una similitud del 91% con la cepa Mass 41. Se concluye que la cepa del brote no pertenece a las cepas de campo Massachusetts ni a otras comunes en Perú. Se evalúan diversos programas de vacunación in vivo utilizando ensayos de ciliostasis y se evidencia que una vacunación de pollos BB de un día de edad con la Cepa Ma5 más una revacunación a las dos semanas de edad empleando la cepa 4/91 provén un 100% de porcentaje de protección. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Presenta a los bacteriófagos que son biocontroladores naturales de las bacterias como una alternativa para el control de las poblaciones de Vibrio cholerae, causantes de la enfermedad de transmisión alimentaria (ETA). El objetivo de este trabajo es aislar y caracterizar bacteriófagos capaces de infectar a Vibrio cholerae. Se toman muestras de aguas residuales de Lima - Perú. Los métodos empleados son para el aislamiento de Vibrio cholerae enriqueciendo, aislando en medio TCBS y bioquímica. Para el aislamiento y purificación del bacteriófago Φ K14 se realiza las pruebas de enfrentamiento en caldo, goteo, propagación y titulación. Para la caracterización microbiológica del bacteriófago Φ K14 se realiza las pruebas de rango de hospedero, multiplicidad de infección y curva de un paso. Para la caracterización fisicoquímica son las pruebas de estabilidad a diferentes condiciones ambientales (temperatura, pH y sensibilidad al cloroformo) y se realiza la microscopía electrónica. El bacteriófago K14 de Vibrio cholerae es caracterizado microbiológica y fisicoquímicamente de un total de 3 bacteriófagos aislados de aguas residuales es caracterizado microbiológica y fisicoquímicamente. Presenta una multiplicidad de infección (MOI) óptima de 0.001. El periodo latente del fago K14 es de 10 a 15 minutos y el tamaño de explosión de 25 UFP por célula infectada. Es estable a temperaturas de 40 oC, 50 oC y 60 oC e inestable a los 70 oC y 80 oC. El bacteriófago K14 no es sensible al cloroformo. Es inestable a pH 3 y estable del pH 7 a pH 9 pero tiene mayor estabilidad a pH 8. Según la micrografía electrónica el bacteriófago Φ K14 pertenece según sus estructuras a la familia Myoviridae. / Tesis

Determina el porcentaje de Lutzomyias naturalmente infectadas con Bartonella bacilliformis usando la técnica de PCR en tiempo real. Esta prueba es desarrollada en un trabajo anterior para poder detectar cantidades tan pequeñas como 100fg de ADN de Bartonella en Lutzomyias. Se utiliza el protocolo anterior usando primers del gen del citrato sintetasa como blanco. En este estudio se estandariza la prueba en un equipo de tiempo real diferente y se refina el protocolo para obtener mejores resultados. Se procesan muestras de la zona epidémica de Cusco, zona donde se encuentra distribuida la especie Lutzomyia peruensis. Se usa las Lutzomyia peruensis hembras sin alimentar en grupos de cinco (pool) para extraer el ADN. Los resultados obtenidos de las 627 muestras procesadas, 45 muestras son positivas que equivale a un rango de infección de 7.18%. La sensibilidad de la prueba es 100% y especificidad es de 95.50% basada en las pruebas usando muestras controles. / Tesis

El virus del arabesco del Pelargonium (Pelargonium line pattern virus, PLPV) es el agente de tipo viral más frecuente en geranio (Pelargonium spp.), con porcentajes de incidencia en España que oscilan entre el 40 y el 90%, dependiendo del área geográfica examinada. Una situación similar es previsible en países de nuestro entorno y, probablemente, en otros más alejados. Se trata de un virus con partículas isométricas y un genoma monopartido de RNA de simple cadena y polaridad positiva cuyas infecciones naturales parecen restringidas a especies del género Pelargonium, aunque experimentalmente puede infectar especies muy diversas. Dada la escasez de datos acerca de este virus, en esta tesis se ha pretendido profundizar en sus características moleculares. Se ha determinado la estructura primaria de su RNA genómico y se han identificado y caracterizado los RNAs virales que se acumulan en plantas infectadas. Además se ha generado un clon infeccioso del virus, una herramienta que ha permitido identificar los marcos abiertos de lectura que son funcionales in vivo y determinar el papel que desempeñan en el ciclo infeccioso del patógeno. Asimismo, se han obtenido datos relevantes sobre los mecanismos de expresión génica del PLPV e información acerca de las presiones selectivas que condicionan la estructura genética de las poblaciones del virus. Los resultados apoyan conjuntamente la inclusión del PLPV en un nuevo género, denominado Pelarspovirus, dentro de la familia Tombusviridae, que estaría también integrado por otros tres pequeños virus isométricos parcialmente caracterizados. / Castaño Sansano, MA. (2009). Análisis de relaciones estructura-función en el virus del arabesco del Pelargonium [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/6026

Aisla el bacteriófago denominado S6 a partir de una muestra de intestinos de pollo. Se evalúa la estabilidad del bacteriófago sometiéndolo a diferentes temperaturas y pH, también se determina la sensibilidad al cloroformo y las características biológicas como multiplicidad de infección, tasa de adsorción y curva de un paso del bacteriófago aislado. Los resultados indican que el bacteriófago S6 es estable a pH entre 6 - 8 y temperaturas de 80°C hasta 60°C. Además, presenta características líticas solo para serovares de Salmonella como Typhimurium, Bispebjerg, Enteritidis mediante la microscopía electrónica de transmisión se determinó que pertenece al orden Caudovirales y a la familia Siphoviridae. / Tesis

Analiza la variación a través del tiempo del valor de la DO de la prueba de EIA y su posible relación con factores de riesgo en los participantes VHS-2 positivo del estudio Comunidades Positivas (C-POS) 2008. Se analizan los datos de 198 participantes, entre ellos se considera los tres valores de DO del EIA para detectar infección por VHS-2 (muestra basal y dos seguimientos), conducta sexual y estado serológico para VIH y Sífilis. La DO promedio de la muestra basal es 1.5 (±0.81; 95% IC). La edad promedio es 30.8 años (±7.08; 95% IC), 49 (24.75%) participantes presentaron VIH, 59 (29.8%) Sífilis y 18 (9.09%) tienen coinfección VIH/Sífilis. De todos, 139 participantes manifietan tener práctica sexual receptiva (70.20%), 50 reportan ser modernos (25.25%) y 9 penetrativos (4.55%). Se observa diferencias significativas en la comparación del seguimiento1 (media 1.522) versus la medición basal (mediana1.791; valor p>0.001; 95% IC) y el seguimiento2 (mediana 1.338; valor p=0.004; 95% IC) pero no al subclasificarlos en grupos (valores p obtenidos entre 0.046-0.722; 95% IC). El estudio concluye que no existiría variación de las DO al ser subclasificado por la conducta sexual y serología del paciente. / Tesis

There are several reasons to celebrate the latest advances in the treatment of the infection with HIV. According to the Joint United Nations Programme on HIV/AIDS, the number of new infections dropped by 15%; there is also a decrease by 22% in the number of deaths related to HIV/AIDS. Nevertheless, there are new emerging challenges, i.e. the transmission of drug-resistant HIV-1 strains. Therefore, there is a demand for the continued research for new and more potent antiretroviral agents. The entry of HIV into the cell implies a complex and well-orchestrated series of steps in which both viral and cellular molecules are implied, ending with the production of new viral particles. The HIV gp120 glycoprotein binds to the cellular CD4 receptor and to a chemokine receptor, inducing structural rearrangements that continue with the cellular and viral membrane fusion mediated by the HIV glycoprotein gp41. Hence, the entry of HIV is an essential step of the viral replication that offers an open path for the design of new antiviral compounds that could be added to the repertory of drugs used in the treatment of HIV infection. In coincidence with the recent and highly relevant information of the fusion mechanism occurring during the viral entry, the design of new fusion inhibitors has become one of the most promising and debated areas in the study of entry inhibitors. ADS-J1 was originally selected to bind to gp41 and to inhibit the fusion of membranes. In several assays, including the generation of HIV strains resistant to ADS-J1, our laboratory has proved that ADS-J1 interact with gp120 instead of gp41. A more recent publication suggested that ADS-J1 binds to the pocket region of gp41 preventing the infection by the virus. Here, we confirmed that ADS-J1 interacts with gp120 instead of gp41. Recombination of gp120 into a wild type HIV-1 backbone restored the resistant phenotype. Moreover, time of addition assays clearly demonstrated that ADS-J1 does not interact with gp41. VIRIP was identified as a natural peptide present in human hemofiltrate that inhibits the HIV gp41-mediated membrane fusion. It was suggested that VIRIP interact with the fusion peptide in gp41, therefore blocking the fusion of membranes. With the objective to determine the precise mode of action of VIRIP, we generated a HIV-1 virus resistant to VIR-353, an analogue of VIRIP. Additionally, we determined the most relevant combination of mutations for the resistant phenotype. Recent studies have shown the effectivity of VIR-576, a peptide closely related to VIRIP and VIR-353 in a clinical trial phase I/II. The resistance to VIRIP/VIR-353 took a long time to emerge, suggesting a high genetic barrier to resistance. The mutations responsible for the resistant phenotype affected in large scale the replicative capacity of the virus, nevertheless, several compensatory mutations restored the viral fitness, while the resistance to VIR-353 was unaltered. The antiviral combination of VIR-353 and T20 showed an additive effect in inhibiting viral replication, indicating that VIR-353 appeared no to affect the binding of T20 to gp41 in its antiviral activity, the combination of the two fusion inhibitors showed an additive effect in inhibiting viral replication. In general, our results evidence the plasticity of the HIV envelope glycoproteins. This plasticity is highly remarked when the virus replicates under drug selective pressure, which imposes an additional genetic barrier for the virus to overcome. / ADS‐J1 ha estat seleccionat per unir‐se a gp41 i inhibir la fusió de les membranes. A través de diversos assajos, incloent la generació de soques resistents a ADS‐J1, el nostre laboratori va demostrar que ADS‐J1 interactua amb gp120 i no amb gp41. Una publicació posterior va suggerir que ADS‐J1 s’uneix a la ‘pocket‐region’ de gp41, prevenint l’infecció pel virus. En el present treball, nosaltres confirmem que ADSJ1 interactua amb gp120 i no amb gp41 i que la recombinació de gp120 en un VIH silvestre restitueix el fenotip resistent. Assajos de temps de addició van demostrar clarament que ADS‐J1 no interactua amb gp41. VIRIP va ser identificat com un pèptid natural present en el hemofiltrat humà capaç d’inhibir la fusió de membranes operada per gp41 del VIH. Es va suggerir que VIRIP interactua amb el pèptid de fusió de gp41, bloquejant la fusió de les membranes. Nosaltres hem generat un virus resistent a VIR‐353, un anàleg de VIRIP. Addicionalment, hem determinat la combinació de mutacions que generen el fenotip resistent. Estudis recents van mostrar l'efectivitat de VIR‐576, un pèptid amb alta similitud a VIRIP i VIR‐353 en un assaig clínic fase I/II. La resistència a VIRIP/VIR‐353 va requerir un període de temps llarg per emergir, la qual cosa suggereix una elevada barrera genètica a la resistència. Les mutacions responsables del fenotip resistent van afectar en greument la capacitat replicativa del virus, no obstant això, diverses mutacions compensatòries van restaurar‐ne la capacitat replicativa, mantenint intacta la resistència a VIR‐353. L’activitat antiviral de T20 no sembla afectada per VIR‐353, la combinació dels dos inhibidors de fusió van mostrar un efecte additiu en la inhibició de la replicació. En general, els nostres resultats evidencien la plasticitat de les glicoproteïnes de l'embolcall del VIH. Aquesta plasticitat es realça quan el virus replica sota la pressió selectiva imposada per fàrmacs que inhibeixen la replicació viral, la qual cosa afegeix una barrera genètica addicional a ser superada pel virus.

Viruses are submicroscopic biological entities that need to infect a host cell in order to replicate. In their simplest form viruses are constituted by an infective genetic material and a protein shell (the capsid) that protects the viral genome. In this thesis we try to elucidate the general physical principles playing a major role in the morphology, stability, and assembly of viral capsids. Therefore, in the first part of the thesis, we develop a general theory that characterizes spherical and bacilliform (or prolate) capsids based on icosahedral symmetry under the same geometrical framework. In addition, we demonstrate that the structures derived in this geometrical study are obtained spontaneously from the free energy minimization of a very generic interaction among the viral capsomers of the capsid. In the second part of the thesis, we analyze the role of the discrete nature of capsids and the organization of capsomers in the actual mechanical properties of shells. We show that the icosahedral class P influences the stability and mechanical response of the quasi-spherical capsids. We also determine that under expansion, spherical shells tend to produce polyhedral structures (buckling), which are more resistant, and it is in consonance with the maturation process observed in some viruses. We also unveil the existence of built-in stress in the empty procapsids of the elongated bacteriophage φ29. This phenomenon is intimately related to the discrete nature of the structure, and reinforces the mechanical properties of the shell inverting the classical anisotropic response expected from continuum elasticity theory. In the last part of the thesis, we show that viral assembly and disassembly are activated processes controlled by nucleation barrier, which can be explained adapting classical nucleation theory (CNT). We focus on the case of spherical shells and confirm that the underlying assumptions of CNT are surprisingly good in characterizing the assembly of discrete shells, using the physical model introduced in the previous parts. Finally, we also unveil an interesting closure mechanism during the assembly of capsids.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Realiza el secuenciamiento del genoma completo de un patógeno alimentario nativo del género Clostridium usando la tecnología NGS y el análisis bioinformático comparativo con secuencias de importancia en inocuidad alimentaria. Para ello, aisla el ADN genómico del agente patógeno proveniente de una fuente alimentaria, realiza el secuenciamiento, ensamblaje y anotación del genoma completo del patógeno alimentario nativo del género Clostridium, identifica las secuencias de importancia en inocuidad alimentaria del patógeno alimentario y realiza el análisis bioinformático. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Describe las barreras identificadas por el personal de salud para el tamizaje de VIH/Sida a población indígena en establecimientos de salud de las regiones Loreto, Madre de Dios, Huánuco y Amazonas. Estudio mixto, en el cual la fase cualitativa es de tipo exploratoria mientras que la fase cuantitativa se basa en un estudio descriptivo transversal de carácter exploratorio. Las entrevistas son grabadas, transcritas, y codificadas mediante el software Atlas.ti a partir de un análisis temático. Para las encuestas se realiza un análisis estadístico descriptivo, con medidas de frecuencia y medidas de tendencia central. La validación de dicha encuesta es realizada mediante apreciación de juicio de expertos. Se realiza una prueba piloto con el fin de realizar el análisis de confiabilidad de la encuesta con la prueba Alfa de Cronbach, obteniéndose como valor final a 0,730. Se concluye que las principales barreras que limitan el tamizaje en población indígena amazónica son en su mayoría de índole sociocultural y las vinculadas al sistema de salud. Resulta necesario que las estrategias de captación y oferta de la prueba de VIH tomen en cuenta estos aspectos. / Tesis