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Study of Lippia alba (Mill.) N. E. Brown species and endophytic fungi associated with emphasis on the study of VOCs and biotransformations. / Estudo da espÃcie Lippia alba (Mill.) N. E. Brown e de fungos endofÃticos associados com Ãnfase no estudo de COVs e biotransformaÃÃesAiÃrta Cristina Carrà da Silva 27 July 2015 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / This work aimed to isolate and identify endophytic fungi associated to three chemotypes of Lippia alba (Mill.) NE Brown found in Brazilian Northeast and investigate the potential of these fungi in the production of volatile organic compounds (VOCs) and in front biotransformation to organic substrates. In addition, there was a comparative study of the chemical composition of the leaves three chemotypes of L. alba detected both in essential oils obtained by hydrodistillation as the volatile constituents obtained by solid phase microextraction (SPME). The analysis and identification of volatile constituents was performed by gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS). The GC-MS data of the samples obtained by hydrodistillation and SPME were subjected to multivariate data analysis, which provided principal component analysis charts (PCA) and hierarchical cluster analysis (HCA), where it was observed that the methodology used obtaining volatile compounds can influence the classification of chemotypes made based on volatile chemically L. alba reported in the literature. The essential oils obtained from the leaves of the three chemotypes of L. alba were tested against nematicide activity, where the essential oil chemotype II had a higher potential nematicide (LD50 = 71.30 ppm). Of the six endophytic fungi isolated from L. alba leaves, only the fungi Colletotrichum sp. (chemotypes I and II) and Scopulariopsis fusca were able to produce VOCs considerably; and wherein the linalool and caryophyllene compounds produced by S. fusca have also been detected in the chemical composition leaves from L. alba chemotype I, where the fungus was isolated. The study of VOCs also pointed a biocatalytic potential for endophytic fungi from L. alba. This potential was investigated using (R)-carvona and (R)-limonene as substrates. Variables such as time and culture medium were investigated in both experiments, and the biotransformation of (R)-carvona by strains of L. alba isolated endophytes resulted in the production of three derivatives, among which one of them has not yet been reported in the literature as a product of biotransformation of carvone. Since the biotransformation of (R) led to the production of limonene nine derivatives among which four have not been reported in the literature as the limonene biotransformation products. / Este trabalho teve como objetivo principal isolar e identificar fungos endofÃticos associados a trÃs quimiotipos de Lippia alba (Mill.) N. E. Brown encontrados no Nordeste brasileiro e investigar o potencial desses fungos na produÃÃo de compostos orgÃnicos volÃteis (COVs) e na biotransformaÃÃo frente a substratos orgÃnicos. AlÃm disso, realizou-se um estudo comparativo entre a composiÃÃo quÃmica das folhas de trÃs quimiotipos de L. alba detectada tanto nos Ãleos essenciais obtidos por hidrodestilaÃÃo quanto nos constituintes volÃteis obtidos por microextraÃÃo em fase sÃlida (MEFS). A anÃlise e identificaÃÃo dos constituintes volÃteis foi realizada por cromatografia gasosa acoplada à espectrometria de massa (CG-EM). Os dados de CG-EM das amostras obtidas por hidrodestilaÃÃo e por MEFS foram submetidos à anÃlise multivariada de dados, que forneceu grÃficos de anÃlise de componente principal (ACP) e anÃlise de agrupamento hierÃrquico (AAH), onde foi possÃvel observar que a metodologia utilizada na obtenÃÃo dos compostos volÃteis pode influenciar a classificaÃÃo dos quimiotipos feita com base na constituiÃÃo quÃmica volÃtil de L. alba relatada na literatura. Os Ãleos essenciais obtidos das folhas dos trÃs quimiotipos de L. alba foram testados frente a atividade nematicida, onde o Ãleo essencial do quimiotipo II apresentou maior potencial nematicida (DL50 = 71,30 ppm). Dos seis fungos endofÃticos isolados das folhas de L. alba, somente os fungos Colletotrichum sp. (quimiotipos I e II) e Scopulariopsis fusca foram capazes de produzir COVs consideravelmente; sendo que os compostos linalol e cariofileno, produzidos por S. fusca tambÃm foram detectados na constituiÃÃo quÃmica das folhas de L. alba quimiotipo I, de onde o fungo foi isolado. O estudo dos COVs produzidos por fungos tambÃm apontou um potencial biocatalÃtico para os endÃfitos de L. alba. Este potencial foi investigado utilizando-se (R)-carvona e (R)-limoneno como substratos. VariÃveis como meio de cultivo e tempo foram investigadas em ambos experimentos, sendo que a biotransformaÃÃo da (R)-carvona por cepas de endÃfitos isolados de L. alba resultou na produÃÃo de trÃs derivados, dentre os quais um deles ainda nÃo foi citado na literatura como produto de biotransformaÃÃo da carvona. Jà a biotransformaÃÃo do (R)-limoneno levou à produÃÃo de 9 derivados, dentre os quais, 4 ainda nÃo foram relatados na literatura, como produtos de biotransformaÃÃo do limoneno.
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Efeitos cardiovasculares do óleo essencial de Lippia alba (Mill) N.E. Brown. (Erva Cidreira Brasileira) em ratos / CARDIOVASCULAR EFFECTS OF THE ESSENTIAL OIL LIPPIA ALBA (MILL) N.E. BROWN (ERVA CIDREIRA BRASILEIRA) IN RATS.Maynard, Luana Godinho 31 March 2011 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Lippia alba (Mill.) N.E. Brown (VERBENACEAE), popularly know as Erva Cidreira Brasileira, has been one of the most commonly herbs used in the Brazilian folk medicine to blood pressure control. This study aimed to investigate the cardiovascular effects of the essential oil of Lippia alba (EOLA) in rats. For the hemodynamic measurement, normotensive male Wistar rats had their abdominal aorta and lower vena cava cannulated. Initially, five chemotypes (geranial, limonene, linalool, mircene, and carvone) were tested in normotensive conscious rats. They were intravenously and in bolus administrated at the doses of 5, 10, 20, 40 and 60
mg/kg. The EOLAG showed the best results on blood pressure, being chosen for the following experiments. The administration of EOLAG (5, 10, 20, and 40 mg/kg, i.v.) induced transient hypotension and bradycardia. These responses were attenuated by atropine (2 mg/kg, i.v.), hexamethonium (20 mg/kg, i.v.) and NG-nitro-Larginine methyl ester hydrochloride (L-NAME - 20 mg/kg, i.v.), but not by indomethacin (5 mg/kg, i.v.). For in vitro approach, the rats were euthanized and the superior mesenteric artery was removed and cut in rings (1-2 mm), which were placed in organ baths containing Tyrode`s solution at 37o C and gassed with carbogen. In intact rings of rat mesenteric artery pre-contracted with phenilephrine (1 μM), EOLAG (1 -
1000 mg/mL) induced relaxation (pD2 = 1.89 ± 0.21; Emax = 110.8 ± 10.8 %) which was not modified after the removal of the endothelium (pD2 = 2.37 ± 0.16; Emax = 134.8 ± 16.5 %), after incubation with TEA (pD2 = 2.23 ± 0.04; Emax = 117.2 ± 4.96 %) or KCl (80 mM) (pD2 = 1.96 ± 0.06; Emax = 112.6 ± 6.70 %). In addition, the EOLAG was able to inhibit the contraction caused by CaCl2 and produced additional effect (34.82 %; n = 5) on maximal relaxation of nifedipine (10 μM). In
conclusions, the results demonstrate that the EOLAG induces hypotensive effect, that seems to be caused by muscarinic activation and NO release, and bradycardia, that seems to be due to an activation of ganglion nicotinic and cardiac muscarinic receptors. Furthermore, EOLAG produces vasorelaxation primarily caused by
blocking Ca2+ influx through voltage-operated Ca2+ channels. / A Lippia alba (Mill.) N.E. Brown (VERBENACEAE), conhecida popularmente como Erva Cidreira Brasileira, é uma das plantas mais utilizadas na medicina popular
brasileira, inclusive para o tratamento da hipertensão arterial. Este estudo buscou investigar os efeitos cardiovasculares do óleo essencial de Lippia alba (OELA) em ratos. Para registro dos parâmetros hemodinâmicos, ratos machos Wistar saudáveis foram canulados na aorta abdominal e na veia cava inferior. Inicialmente foram testados 5 quimiotipos deste óleo (geranial, limoneno, linalol, mirceno e carvona), administrados por via intravenosa e in bolus, nas doses de 5, 10, 20, 40 e 60 mg/kg. Após análise destes resultados, observou-se que o quimiotipo geranial (OELAG) foi o que apresentou o melhor efeito sobre a pressão arterial, tornando-se o quimiotipo de
escolha. Em animais saudáveis e não-anestesiados, o OELAG (5, 10, 20 e 40 mg/kg, i.v.) induziu hipotensão e bradicardia transientes. Estes efeitos foram atenuados em animais pré-tratados com atropina (2 mg/kg, i.v.), hexametônio (20 mg/kg, i.v.) ou LNAME (20 mg/kg, i.v.), mas não com indometacina (5 mg/kg, i.v.). Para os
experimentos in vitro, os ratos foram eutanasiados e a artéria mesentérica superior foi removida e seccionada em anéis (1-2 mm), os quais foram montados em cubas para órgão isolado contendo solução de Tyrode a 37o C e gaseificada com carbogênio. Em anéis intactos de artéria mesentérica superior de ratos, pré-contraídos com fenilefrina (10 μM), o OELAG (1 - 1000 mg/mL) induziu relaxamento (pD2 = 1,89 ± 0,21; Emax = 110,8 ± 10,8 %) cujo efeito não foi alterado após remoção do endotélio (pD2 = 2,37 ± 0,16; Emax = 134,8 ± 16,5 %), após a incubação com tetraetilamônio (TEA) (pD2 =
2,23 ± 0,04; Emax = 117,2 ± 4,96 %) ou KCl (80 mM) (pD2 = 1,96 ± 0,06; Emax = 112,6 ± 6,70 %). Além disso, o OELAG foi capaz de inibir as contrações induzidas por CaCl2 e produzir um efeito adicional (34,82 %; n = 5) sobre o relaxamento máximo causado pela nifedipina (10 μM) em anéis sem endotélio. Diante destes resultados, pode-se concluir que o OELAG produz efeito hipotensor, que parece ser causado por ativação de receptores muscarínicos e liberação de NO, e bradicardia, que parece ser causado pela ativação de receptores muscarínicos cardíacos e Efeitos cardiovasculares do óleo essencial de Lippia alba em ratos MAYNARD, L.G (2011) 9 nicotínicos ganglionares. Além disso, o OELAG induz vasorelaxamento que parece
ser causado inicialmente por um bloqueio do influxo de Ca2+ através dos canais de Ca2+ operados por voltagem.
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Caracterização de germoplasma e sazonalidade em erva-cidreira-brasileira [Lippia alba (Mill.) N. E. Br.] / GERMPLASM CHARACTERIZATION AND SEASONAL VARIATIONS IN LIPPIA ALBA (MILL.) N. E. BR.Camêlo, Lídia Cristina Alves 26 March 2010 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Lippia alba (Mill.) N. E. Br. is a medicinal plant widely distributed and used in Brazil, because of its sedative activity of the essential oil. This study aimed to characterize and
evaluate the behavior of accessions of Lippia alba (Mill.) N. E. Br., collected in several states of Brazil, and maintained in the Active Germplasm Bank of the Federal University of Sergipe (UFS), São Cristóvão county. The first chapter presented a
general introduction of the work, the theoretical study about the relationship between genetic resources, seasonality and sustainability in Agroecosystems, origin, botanical aspects and use of L. alba, the essential oil and morphological, agronomic and chemical characterization of germplasm. The second chapter consisted of morphological and agronomic characterization of L. alba germplasm grown in field, using a randomized block design with two replications. The evaluated variables were: length of branch, crown diameter, growth habit, length, width and length/width ratio of leaf, color of
stems, veins, leaves, sepals and petals, dry weight of leaves, essential oil content and yield. The results showed morphological differences among accessions for the following variables: length of branch, crown diameter, color of stems, leaves and petals, growth habit, length, width and length/width ratio of leaves. Differences were observed
for essential oil content and yield, and the accession LA-60 presented best results for essential oil yield. In the third chapter the chemical composition of the L. alba accessions of the Active Germplasm Bank of the UFS. The chemical composition of essential oils distinguished the accessions into six groups and we observed that Group 3 is formed only by the accession LA-13, which presented predominantly limonene and carvone. In the fourth chapter, the seasonal variation in L. alba genotypes were studied, harvesting in four different seasons. The best results were obtained in the first harvest,
which was realized at the end of the rainy season (September/2008). The plants showed higher chemical constituents content at the third harvest (March/2009). / A erva-cidreira-brasileira [Lippia alba (Mill.) N. E. Br.], é uma espécie medicinal amplamente distribuída e utilizada no Brasil, em função da atividade sedativa de seu óleo essencial. Este trabalho visou caracterizar e avaliar o comportamento de acessos de erva-cidreira-brasileira [Lippia alba (Mill.) N. E. Br.], de vários Estados do Brasil, mantidos em Banco Ativo de Germoplasma em São Cristóvão. No primeiro capítulo,
apresentou-se a introdução geral do trabalho, o referencial teórico sobre recursos genéticos e sazonalidade na sustentabilidade em Agroecossistemas, a origem, os aspectos botânicos e de uso erva-cidreira-brasileira, o óleo essencial e a caracterização de germoplasma (caracterização morfológica, agronômica e química). O segundo capítulo consistiu da caracterização morfológica e agronômica de acessos de ervacidreira-brasileira cultivados em campo, utilizando-se delineamento experimental em blocos ao acaso com duas repetições. Foram avaliadas as variáveis: comprimento de ramo, diâmetro de copa, hábito de crescimento, largura, comprimento e relação comprimento/largura de folha, cor de caule, nervura, folha, sépala e pétala, massa seca de folha, teor e rendimento de óleo essencial. Os resultados mostraram diferenças morfológicas nos acessos para as variáveis: comprimento de ramo, diâmetro de copa, cor de caule, folhas, pétalas, hábito de crescimento, comprimento e largura de folha e relação comprimento/largura de folha. Para as características agronômicas, foram evidenciadas diferenças para teor e rendimento óleo essencial, sendo o acesso LA-60 o que se destacou para a variável rendimento de óleo. No terceiro capítulo estudou-se a composição química dos acessos pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma da UFS. A composição química dos óleos essenciais distinguiu os acessos em seis grupos e observou-se que Grupo 3 é formado apenas pelo acesso LA-13, onde predominam os compostos limoneno e carvona. No quarto capítulo, estudou-se a sazonalidade em
genótipos de Lippia alba (Mill.) N. E. Br., em quatro épocas diferentes. Para as características agronômicas avaliadas, os melhores resultados foram obtidos no primeiro corte, que foi realizado na época do final das chuvas nesta região (setembro/2008). Com relação aos teores dos constituintes químicos, as plantas apresentaram melhores resultados para o terceiro corte (março/2009).
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Pirossequenciamento do transcriptoma de folha de Lippia alba por meio da plataforma 454 GS FLX (Roche)Guedes, Fernanda Alves de Freitas 28 February 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-02-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Lippia alba, também conhecida popularmente como erva cidreira, é uma espécie amplamente distribuída pelas Américas podendo ser encontrada por praticamente todo o Brasil. Muito usada pela medicina popular para o tratamento de problemas gastrointestinais e respiratórios, a folha desta espécie produz um óleo essencial rico em terpenos, principalmente mono e sesquiterpenos. Estes compostos não são apenas de interesse farmacológico, como também industrial. A composição deste óleo pode variar em função de fatores abióticos e também de variações genotípicas. Diante da complexidade da síntese destes compostos a proposta deste trabalho foi uma ampla caracterização do transcriptoma de folha de Lippia alba, além da identificação de prováveis enzimas envolvidas na síntese de terpenos. Para isso, foi feito um sequenciamento deste transcriptoma usando a plataforma 454 (Roche) seguido de uma montagem de novo. Esta plataforma tem sido cada vez mais utilizada para o sequenciamento de transcriptomas numa abordagem conhecida como RNA-Seq. O sequenciamento de biblioteca preparada a partir de RNA total em 1/8 de placa gerou 104.631 leituras com comprimento médio de 184,48bp num total de 19.302.161 bases. Foram feitas montagens das leituras usando 2 diferentes assemblers a fim de compará-las. Com o Newbler 2.5 foi possível montar 2.686 contigs com comprimento médio de 349bp, enquanto o SeqMan2.2 gerou 13.448 contigs com média de 284bp. Em seguida, foi feita a anotação funcional com o Blast2GO para os contigs obtidos nas duas montagens, tendo sido anotados 51,49% e 30,88%, respectivamente, dos contigs do Newbler e do SeqMan. Por fim, a análise das sequências anotadas revelou algumas enzimas potencialmente envolvidas com a síntese de terpenos. Os resultados obtidos neste estudo pioneiro sobre a espécie comprovam que as tecnologias NGS podem ser uma ferramenta bastante eficiente para o sequenciamento de transcriptomas e servirão como referência para o preparo mais específico de novas bibliotecas. Futuros sequenciamentos devem contribuir para uma melhor cobertura do transcriptoma permitindo a descoberta inclusive de transcritos raros. / Lippia alba, popularly known as erva cidreira, is widely distributed throughout the Americas and can be found through almost whole Brazil. This species is largely used in folk medicine to treat gastrointestinal and respiratory problems, especially leaves, which produce an essential oil rich in terpenes, mainly mono-and sesquiterpenes. These compounds are not only of pharmacological interest, as well as industrial. Composition of essencial oil can vary depending on the developmental stage, the plant part and other abiotic factors. However, genotypic variations also contribute to oil composition variation. Given the complexity of terpenes synthesis, including diversity of enzymes involved in these metabolic pathways, the purpose of this work was a L. alba leaf transcriptome characterization, in addition to identifying some enzymes probably involved in terpene synthesis. For that, it was made a transcriptome sequencing using 454 platform (Roche) followed by a de novo assembly. This platform, along with other NGS technologies, has been increasingly used for transcriptome sequencing in an approach known as RNA-Seq. Sequencing of a library prepared from total RNA in 1/8 plate generated 104,631 reads with average length of 184.48 bp and a total of 19,302,161 bases. Read assemblies were made using two different assemblers in order to compare them. While Newbler 2.5, proprietary software platform, assembled 2686 contigs with average length of 349bp, SeqMan2.2 generated 13,448 contigs with an average of 284bp. Then, functional annotation was performed with Blast2GO for all contigs from both assemblies; 51.49% and 30.88% of contigs, respectively, from Newbler and SeqMan were annotated. Finally, analysis of annotated sequences revealed some enzymes potentially involved in terpene synthesis. Results obtained from this pioneering study on the species show that NGS technology can be a very efficient tool for transcriptome sequencing and they will serve as reference for preparation of other more specific libraries. New sequencings should contribute to a better coverage of this transcriptome, allowing discovery of even rare transcripts.
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Clonagem e caracterização parcial de dois genes de enzimas da via de terpenos em Lippia alba (MILL) N.E. (Verbenaceae)José, Diego Pandeló 03 March 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009-03-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O gênero Lippia pertence à família Verbenaceae, inclusa no clado Asteridaee, ordem Lamiales, compreendendo aproximadamente 175 gêneros e 2800 espécies, onde muitos gêneros apresentam plantas com propriedades medicinais e ornamentais. A espécie Lippia alba, originária da América do Sul, também ocorre no Brasil e é uma das mais estudadas do gênero Lippia. Ela floresce durante o ano todo e recebe grande destaque no gênero, devido às suas inúmeras propriedades medicinais. O óleo essencial de Lippia alba é composto basicamente por sesqui e monoterpenos, que são as substâncias responsáveis por suas propriedades medicinais. O objetivo central do presente trabalho foi clonar e analisar a expressão de dois potenciais genes codificadores de terpeno sintases em Lippia alba. Através do alinhamento de genes codificadores de monoterpeno sintases caracterizadas, primers degenerados foram desenhados dentro de regiões conservadas e utilizados para se obter a clonagem de genes codificadores de terpeno sintases em Lippia alba. Dois potenciais genes codificadores de terpeno sintases foram clonados, LaTPS12 e LaTPS23. Após a clonagem, técnicas de RT-PCR semiquantitativo foram empregadas para análises de expressão desses dois genes em diferentes estágios foliares e em três diferentes quimiotipos de Lippia alba. Os resultados mostraram que em folhas situadas no quarto segmento nodal o gene LaTPS12 apresenta maior nível de expressão. A diferença na expressão do gene LaTPS23 foi menos acentuada nos três quimiotipos analisados em relação ao gene LaTPS12, que apresentou uma expressão diferencial. Análises filogenéticas foram realizadas comparando-se as seqüências desses dois genes com outros genes codificadores de terpeno sintases já caracterizadas de diferentes espécies de plantas. De acordo com essas análises, LaTPS12 e LaTPS23 pertencem à classe TPS-b, que é composta principalmente por monoterpeno sintases de angiospermas. / The genus Lippia belongs to Verbenaceae family, Asteridaee, order Lamiales. This family comprises about 175 genus and 2800 species, and many of them have medicals and ornamentals proprierties. Lippia alba is native from South America, and is also found in Brazil and is the most studied species of the genus Lippia. This plant blooms throughout the year and has great importance due to its medicinal properties. The Lippia alba essential oils are composed by sesquiterpenes and monoterpenes conferring its medicinal properties. The aim of this work was to clone and to analize gene expression of putative terpene synthases genes (TPS) in Lippia alba. Alignment of TPS genes was used to design degenerate primers into conserved domains for cloning of these genes in Lippia alba. We have cloned two putative TPS genes, LaTPS12 and LaTPS23. After cloning, semiquantitative RT-PCR was employed to expression analysis of these two genes in different leaf stages and among three different chemotypes of Lippia alba. The result of expression level showed that LaTPS12 occurred at higher level in leaves located in fourth nodal segment and showed a marked differential expression among the chemotypes. The difference of expression of the LaTPS23 was less prominent comparing the three studied chemotypes. We performed a phylogenetic analysis in order to compare the LaTPS12 and LaTPS23 to others TPS genes in different plant species. The results showed that these LaTPS12 and LaTPS23 belong to the class TPS-b, which comprises mainly angiosperms monoterpene synthases genes.
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Desenvolvimento de marcadores de microssatélites e diversidade genética em acessos de Lippia alba (Mill.) N.E.Br. (Verbenaceae)Lopes, Juliana Mainenti Leal 03 March 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-03-03 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Estudos recentes sugerem que a duplicação completa dos genomas é muito mais comum do que sua estabilidade, ocorrendo em todas as angiospermas. Nesse contexto, Lippia alba (Mill.) N.E.Br. (Verbenaceae) constitui um modelo interessante de estudo, pois além de ser a espécie mais estudada dentro do gênero Lippia, é amplamente utilizada na medicina popular apresentando importância econômica, sobretudo em função da riqueza de seus óleos essenciais. Estudos recentes demonstraram a existência de pelo menos cinco diferentes níveis de ploidia em Lippia alba, revelando grande plasticidade do genoma. A fim de contribuir para entender a variação genética e o processo de poliploidização em Lippia alba, o presente trabalho objetivou identificar novos marcadores genéticos do tipo microssatélite e estimar a diversidade genética em 100 acessos de Lippia alba. Foram avaliados nove loci já descritos e 16 novos marcadores. O tamanho dos fragmentos foi detectado por eletroforese capilar usando o sequenciador MegaBACE1000 (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). A identificação dos alelos foi inferida utilizando o software Fragment Profile (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). Os dados finais foram exportados para uma planilha do Excel® e foram transformados nos arquivos de entrada específicos para cada programa computacional. Os valores de PIC (polymorphism information content) e heterozigosidade foram calculados por meio do programa Cervus v3.0.7. Os coeficientes de similaridades de Jaccard e Dice foram calculados para construir um dendrograma de acordo com o algoritmo UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) por meio dos softwares NTSYS e PAST. Para a análise por inferência Bayesiana, foi utilizado o programa STRUCTURE v 2.3.4. Foi possível observar a formação de grupos de acordo com o nível de ploidia e inferir a possível origem de alguns citótipos baseada na similaridade genética entre os acessos. Os resultados contribuem para fortalecer a hipótese de que os acessos tenham surgido por autopoliploidia. / Recent studies suggest that complete genome duplication is much more common than its stability, occurring in almost all angiosperms. Lippia alba (Mill.) N.E.Br. (Verbenaceae), is the most studied species within the genus Lippia, and it is widely used in folk medicine presenting economic importance mainly due to the richness of their essential oils. Recent studies have demonstrated the existence of at least five different ploidy levels in Lippia alba revealing a large genome plasticity making the species an interesting model of study. To better understand the genetic variation and the polyploidization process in Lippia alba, this study aimed to identify new genetic microsatellite markers and estimate the genetic diversity for 100 Lippia alba accessions. We assessed 9 loci already described and 16 new markers. The size of the fragments was detected by capillary electrophoresis using MegaBACE1000 sequencer (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). The identification of alleles was inferred using the Fragment Profile software (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). Final data were exported to an Excel spreadsheet according to the input files of each software used. PIC values (polymorphism information content) and heterozygosity were calculated using Cervus v3.0.7 software. Jaccard and Dice similarity coefficient were calculated to construct a dendrogram according to UPGMA algorithm (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) using NTSYS and PAST softwares. Bayesian inference analysis was performed using STRUCTURE v 2.3.4 program. It was possible to observe the formation of groups according to the ploidy level and infer the possible origin of some cytotypes based on genetic similarity among accessions. Results contribute to support the hypothesis that the cytotypes have emerged by autopolyploidy.
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Dynamique fluviale et végétation pionnière à la Salicaceae en rivière sablo-graveleuse : études in et ex situ de la survie des semis durant les premiers stades de la succession biogéomorphologique en Loire Moyenne / Fluvial dynamics and woody pioneer vegetation of salicaceae in sandy-gravel bed river : in and ex situ studies of the seedling survival during the first stage of the biogeomorphic succession in the Middle Loire riverWintenberger, Coraline 02 June 2015 (has links)
La présente analyse est ciblée sur la transition entre les phases géomorphologiques, pionnières et biogéomorphologiques décrites par le concept de succession biogeomorphologique fluviale d’une rivière sablo-graveleuse de plaine, la Loire moyenne. L’étude se focalise sur la reproduction sexuée et la survie (dans leur premiers stades, au cours des crues) de deux espèces de Salicacées : Populus nigra L. et Salix alba L. sur une barre sédimentaire et repose sur des approches in- et ex-situ. La dynamique hydro-sédimentaire d’une barre forcée influence le potentiel de survie des semis des ligneux pionniers. Les semis présentent des adaptations morphologiques différentes en fonction des conditions sédimentaires de germination modulant leur potentiel de survie. Trois modèles conceptuels sont proposés : (i) dynamique d’une barre forcée en crue, (ii) évolution longitudinale des processus de mortalité des semis selon le granoclassement amont-aval, (iii) vitesse d’évolution d’une barre forcée vers une île pionnière initiée par l’installation de semis de ligneux pionniers et archivage sédimentaire associé dans une rivière sablo-graveleuse de plaine. / The present study is focused on the three first stages: geomorphic, pioneer and biogeomorphic of the Fluvial Biogeomorphological Succession applied to a sandy-gravel bed lowland river: the Loire River (in its middle reaches). This work is based on both an in and ex situ approach. It analyses the recruitment and survival during their first stages of growth of two Salicaceae trees: Populus nigra L. and Salix alba L. developed on a non-migrating (forced) bar. The dynamics of this bar influences the survival potential of seedlings during floods. The seedlings adapt morphologically according to the sedimentary structure, and as a consequence, modify their survival potential. Three conceptual models detail: (i) the dynamics of a mid-channel forced bar during floods, (ii) the longitudinal evolution of the mortality of seedlings induced by the downstream fining of sediments, (iii) the sediment archiving and time needed to reach a pioneer island state from a non-migrating vegetated bar.
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Využití fluorescenční mikroskopie pro bližší popis dynamiky proteinů ALBA u Arabidopsis thaliana / Dynamics of ALBA proteins in Arabidopsis thaliana evaluated by fluorescence microscopyPopelářová, Anna January 2021 (has links)
ALBA proteins were discovered in Archaea more than 30 years ago. They were gradually identified to be well conserved in Eucaryotes as well. A functional dimeric form of these proteins with DNA and RNA-binding capability was claimed in both mentioned domains of organisms. However, their roles diversified during evolution and vary in between organisms. In Archaea, ALBAs are involved in the genome organization and RNA-protein interactions. In Eukaryotes, there are presented two different subfamilies of ALBA proteins - Rpp20 and Rpp25 subfamily. A sole protein from each subfamily was identified in some organisms though they were multiplied in plants, respectively. These proteins can interact with each other and participate in ontogenetic development and stress responses. According to several studies, ALBA proteins were found to be involved in DNA stability maintenance or pre-rRNA splicing in the nucleus of Arabidopsis thaliana. However, they have been shown to play a role in the cellular metabolism and stress responses in cytoplasm. Six ALBA proteins were identified in the genome of A. thaliana, three from each subfamily. In this study, all heterodimeric protein- protein interactions were investigated by the bimolecular fluorescence complementation (BiFC) assay which revealed positive results in...
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Some Geometric Constraints on Ring-Width TrendPhipps, Richard L. January 2005 (has links)
Simulations of tree rings from trees of undisturbed forest sites are used to describe natural, long-term width trends. Ring-width trends of canopy-sized white oak are simulated from regressions of BAI (ring area) data of real trees. Examples are given of a tree from a typical re-growth forest in Illinois and of a more slowly growing tree from an old-growth forest in Kentucky. The long-term width trend was simulated as being toward constant ring width regardless of growth rate of the tree. Conditions by which either increasing or decreasing ring-width trends could be simulated from the same linear BAI trend are examined. I conclude that curvilinear width trends, either increasing or decreasing, represent width adjustments to changes in growth rate (BAI trend) after which the width trend stabilizes to a near-constant value. Interpretation of ring-width trends of trees from undisturbed stands may be useful in assessing stand disturbance history.
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"Porque quiero casarme con un varón hermoso de la orilla del mar" Un análisis de lo grotesco femenino de María Josefa en La casa de Bernarda AlbaLindgren, Lovisa January 2014 (has links)
This essay is an analysis of the character María Josefa in the play 'The House of Bernarda Alba' (1936) by Federico García Lorca. It is hypothesized that the character of María Josefa can be considered a distorting mirror of the femininity presented in the play, and that through María Josefa this femininity is both revealed and problematized. The analysis adopts theories from the field of the (female) grotesque, using terminology both from Mikhail Bakhtin and Mary Russo. Throughout the analysis it is demonstrated how the character of María Josefa challenges the boundaries and norms which are dictated by Bernarda to control the women of the house. These conventions are challenged by María Josefa with the use of her loud speech, her dressed up appearance, and in her physical resistance. In this manner María Josefa is creating and embodying an alternate feminine view that is uncovered through her consistent provocation and by making herself into "a spectacle", a transboundary behaviour that is well interpreted within the theories of carnival, the grotesque body, and the spectacle of the female grotesque.
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