Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-22T14:32:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-11-22T14:33:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-22T14:33:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Previous issue date: 2017-04-17 / Five Amazonian Byrsonima species, B. crispa, B. duckeana, B. garcibarrigae, B. incarnata and B. japurensis, were selected to investigate the anti-inflammatory and antimicrobial properties of its extracts and semi-synthetic substances. The ability of aqueous extracts from the stem bark to act synergistically through inhibition of cyclooxygenase-2 (COX-2), lipoxygenase (LOX), inducible nitric oxide synthase (iNOS) and / or antioxidant activity was investigated by in vitro, in silico and in vivo models. In turn, the hexane extracts were rich in α and β-amyrin triterpenes, which were obtained in high quantity and high purity by a simple and cheap method developed in this work. These triterpenes were used in the semisynthesis of 24 derivatives, of which 18 were evaluated for their antimicrobial properties. The aqueous extracts contained phenolic compounds and flavonoids, resulting in a high antioxidant capacity in the DPPH•, ABTS●+ and superoxide tests and in the bacterial lipopolysaccharide activated macrophage assay, i.e. an in vitro model of inflammatory response. They also showed good enzymatic inhibition capacity and their phenolic components showed a good affinity for COX-2, LOX and iNOS in the in-silico evaluation, suggesting an interesting synergistic effect. B. japurensis, only species used in folk medicine, showed more potent anti-inflammatory and analgesic activities in in vivo models, possibly by the specific combination of some phenolic compounds that are well absorbed by the oral route. Of the 18 derivatives developed with the triterpenes α and β-amirin, five showed activity against Trypanosoma cruzi, T. brucei, Leishmania infantum, Candida albicans, Staphylococcus aureus and Escherichia coli, with different degrees of potency and specificity. Possibly, they act by interaction with lipid components of the cell membrane and also by inhibition of 14α-demethylase (CYP51), for which all the compounds presented different degrees of affinity in the in-silico evaluation. The method developed to obtain the inclusion complexes with sulfobutyl ether-β-cyclodextrin can be further optimized and used in modulating the selectivity and toxicity of these active substances, which is a strategy already reported in the literature for different drugs. In conclusion, this study was able to demonstrate that the five species of Byrsonima may be promising sources of new medicines. In particular, B. japurensis would serve as a promising model for a new multitarget medicine to treat inflammation. The hexane extracts provided interesting chemical skeletons that can be converted into very promising substances for the antimicrobial arsenal, in a simple, inexpensive and highly reproducible way. / Cinco do gênero Byrsonima da Amazônia Brasileira, B. crispa, B. duckeana, B. garcibarrigae, B. incarnata e B. japurensis foram selecionadas para uma investigação das propriedades anti-inflamatórias e antimicrobianas de seus extratos e substâncias semissintéticas. A capacidade de dos extratos aquosos da casca do caule inibirem sinergicamente a ciclo-oxigenase-2 (COX-2), a lipoxigenase (LOX), e a sintase do óxido nítrico indutível (iNOS) e/ou apresentarem atividade antioxidante foram avaliadas em diferentes modelos químicos, in silico, in vitro e in vivo. Por sua vez, os extratos hexânicos mostraram-se ricos nos triterpenos α e β-amirinas, os quais foram obtidos em grande quantidade e alto grau de pureza por um método simples e barato desenvolvido neste trabalho, e foram usados na semissíntese de 24 derivados, dos quais 18 foram avaliados quanto as suas propriedades antimicrobianas. Os extratos aquosos mostraram expressiva quantidade de compostos fenólicos e flavonoides que explicam sua ampla capacidade antioxidante demonstrada nos testes do DPPH•, ABTS●+ e Superóxido e no ensaio do macrófago ativado por lipopolissacarídeo bacteriano, o qual é também considerado um modelo de atividade anti-inflamatória in vitro. Eles também apresentaram boa capacidade de inibição enzimática e seus componentes fenólicos apresentaram boa afinidade pela COX-2, LOX e iNOS na avaliação in silico, sugerindo um efeito sinérgico interessante para novos anti-inflamatórios. B. japurensis, única planta medicinal dentre as estudadas, foi a espécie mais ativa in vivo, possivelmente pela combinação específica de compostos fenólicos normalmente bem absorvidos pela via oral. Dos 18 derivados desenvolvidos com os triterpenos α e β-amirina e testados quanto a atividade antimicrobiana, cinco derivados apresentaram atividade contra Trypanosoma cruzi, T. brucei, Leishmania infantum, Candida albicans, Staphylococcus aureus e Escherichia coli, com diferentes graus de potência e especificidade. Possivelmente, eles atuam por interação com componentes lipídicos da membrana plasmática e também por inibição da 14α-demetilase (CYP51), para o qual a todos os compostos apresentaram variados graus de afinidade na avaliação in silico. O método desenvolvido para a obtenção dos complexos de inclusão entre sulfobutiléter-β-ciclodextrina e os derivados mais lipofílicos, pode ainda ser otimizado e utilizado na modulação da seletividade e toxicidade dessas substâncias ativas, estratégia já relatada na literatura para diferentes fármacos. Sendo assim, este estudo conseguiu demonstrar que as cinco espécies de Byrsonima analisadas podem ser promissoras fontes de medicamentos. Em especial, a espécie B. japurensis serviria de um promissor modelo de novo polifármaco multialvo para o tratamento da inflamação. Os extratos hexânicos forneceram interessantes esqueletos químicos que podem ser convertidos em substâncias bastante promissoras para o arsenal antimicrobiano, de modo simples, barato e altamente reprodutível.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-12T15:53:19Z No. of bitstreams: 2 Tese - Habdel Nasser.pdf: 15126039 bytes, checksum: 87f29159443eecef88032880bd6b9dce (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-12T15:53:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Habdel Nasser.pdf: 15126039 bytes, checksum: 87f29159443eecef88032880bd6b9dce (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-12T15:53:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Habdel Nasser.pdf: 15126039 bytes, checksum: 87f29159443eecef88032880bd6b9dce (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2007-08-10 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Most of the snakebite incidents in the Amazon region involve the Bothrops atrox, whose venom presents the most potent edematogenic and necrotic activities in the genus. This work describes the studies of isolation of the chemical constituents and antiedematogenic activity of the species Peltodon radicans (Lamiaceae), which is used in the treatment of snakebites and scorpion stings in the region. The extracts presented aliphatic hydrocarbons, 3-OH,-amirin (1), 3-OH,-amirin (2), -sitosterol (3), stigmasterol (4), ursolic acid (5), 2,3,19-trihydroxy-urs-12-en-28-oic acid (tormentic acid, 6), methyl 3-hydroxy,28-methyl-ursolate (7), sitosterol-3-O--D-glucopyranoside (8), and stigmasterol-3-O--D-glucopyranoside (9). The flower extracts presented the largest antiedematogenic activity. This is the first report on the study of the flowers, stem, and roots of this plant. / A maioria dos acidentes com serpentes na região Amazônica envolve a espécie Bothrops atrox, cujo veneno apresenta as atividades edematogênica e necrótica mais potentes no gênero. Este trabalho descreve o estudo do isolamento dos constituintes químicos e da atividade antiedematogênica de Peltodon radicans (Lamiaceae), espécie vegetal que é usada no tratamento de picadas de serpentes e escorpiões na região. O extrato apresentou hidrocarbonetos alifáticos, 3-OH,-amirina (1), 3-OH,-amirina (2), -sitosterol (3), estigmasterol (4), ácido ursólico (5), ácido 2,3,19-tri-hidroxi-urs-12-en-28-óico (ácido tormêntico 6), 3-hidroxi,28-metil-ursolato de metila (7), 3-O--D-glicopiranosíl-sitosterol (8) e 3-O--D-glicopiranosíl-estigmasterol (9). Os extratos das flores apresentaram maiores atividades edematogênicas. Este é o primeiro registro do estudo das flores, caules e raízes dessa planta.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-20T14:22:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-20T14:22:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-20T14:22:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Previous issue date: 2017-09-15 / The food industry produces a series of wastes of high economic value which, if subjected to appropriate technologies, can be converted into commercial products or raw materials for secondary processes. Edible mushrooms are alternatives for the recycling of these residues and the substrate generated at the end of the bioprocess can be used in the elaboration of food products, since its nutritional characteristics, combined with the richness of available nutrients, favors the utilization of these by-products. In addition, the environmental impacts caused by irregular waste disposal are minimized. The objective of this research was to develop and characterize three shakes, formulated with bioproducts resulting from the processing of pineapple peel as an alternative food, source of fiber. The bioproducts were characterized for antioxidant activity, total phenol content, in vitro protein digestibility, bioassay of toxicity against Artemia salina, qualitative hemolytic activity and cytotoxic activity against human MCR5 fibroblasts. Shakes were made using formulations composed of powdered bioproducts in the proportions of 0 and 100%, replacing oat flour to obtain four formulations, including the standard one. The shakes produced were submitted to determination of centesimal composition, mineral content, determination of pH and total titratable acidity, and determination of the microbiological quality. The bioproducts presented antioxidant activity and reduced content of total phenols and high protein digestibility. All toxicological tests have shown that these products are safe for human consumption. When oatmeal was replaced by bioproducts there was an increase in minerals and fibers contente and the reduction of total calories. In addition, there was increase of potassium, calcium, sodium, copper and manganese. The pH of the shake products presented lower value than the standard sample, higher total titratable acidity and microbiological quality within the sanitary and hygienic specifications. / A indústria de alimentos produz uma série de resíduos de alto valor econômico que, se submetidos à tecnologias adequadas, podem ser convertidos em produtos comerciais ou matérias-primas para processos secundários. Para a reciclagem destes resíduos, os cogumelos comestíveis são alternativas para produção de biomassa, sendo que o substrato gerado ao final do bioprocesso pode ser utilizado na elaboração de produtos alimentícios, pois suas características nutricionais aliadas à riqueza de nutrientes disponíveis favorece o aproveitamento desses subprodutos. Além disso, os impactos ambientais causados pelo descarte irregular de resíduos são minimizados. Esta pesquisa teve como objetivo desenvolver e caracterizar três produtos alimentícios do tipo shake formulados com bioprodutos resultantes do processamento da casca de abacaxi como uma alternativa alimentar fonte de fibras. Os bioprodutos foram caracterizados quanto à atividade antioxidante, teor de fenóis totais, digestibilidade in vitro das proteínas, bioensaio de toxicidade frente à Artemia salina, atividade hemolítica qualitativa e atividade citotóxica contra fibroblastos humanos MCR5. Os shakes foram elaborados utilizando formulações compostas pelos bioprodutos em pó, nas proporções de 0 e 100%, em substituição à farinha de aveia para obtenção de quatro formulações, incluindo a padrão. Os shakes produzidos foram submetidos à determinação de composição centesimal, teor de minerais, determinação de pH e acidez titulável total, e determinação da qualidade microbiológica. Os bioprodutos apresentaram atividade antioxidante e reduzido teor de fenóis totais e elevada digestibilidade de proteínas. Todos os ensaios toxicológicos revelaram que se tratam de produtos seguros para o consumo humano. Quando substituída a farinha de aveia pelos bioprodutos houve aumento de minerais, fibras, potássio, cálcio, sódio, cobre e manganês, além da redução das calorias totais.. O pH dos produtos do tipo shake apresentaram menor valor que a amostra padrão, maior acidez titulável total e qualidade microbiológica dentro das especificações higiênico-sanitárias em vigor.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-10T21:05:54Z No. of bitstreams: 4 1-CapaFinal_1.pdf: 90775 bytes, checksum: c4f6f2534fe59c39e7eb14147ce16e9a (MD5) 2-ficha.pdf: 6030 bytes, checksum: b4b337f5058b8d68854f98d82a614d6c (MD5) 3-SumarioFinal_1.pdf: 188058 bytes, checksum: 96e5c8a96c05703663265eb75c5d68ce (MD5) 4-TeseCorrigida_1.pdf: 2150184 bytes, checksum: 94512b258a1bcccdeaa694a3d19716f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T14:32:35Z (GMT) No. of bitstreams: 4 1-CapaFinal_1.pdf: 90775 bytes, checksum: c4f6f2534fe59c39e7eb14147ce16e9a (MD5) 2-ficha.pdf: 6030 bytes, checksum: b4b337f5058b8d68854f98d82a614d6c (MD5) 3-SumarioFinal_1.pdf: 188058 bytes, checksum: 96e5c8a96c05703663265eb75c5d68ce (MD5) 4-TeseCorrigida_1.pdf: 2150184 bytes, checksum: 94512b258a1bcccdeaa694a3d19716f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T14:37:37Z (GMT) No. of bitstreams: 4 1-CapaFinal_1.pdf: 90775 bytes, checksum: c4f6f2534fe59c39e7eb14147ce16e9a (MD5) 2-ficha.pdf: 6030 bytes, checksum: b4b337f5058b8d68854f98d82a614d6c (MD5) 3-SumarioFinal_1.pdf: 188058 bytes, checksum: 96e5c8a96c05703663265eb75c5d68ce (MD5) 4-TeseCorrigida_1.pdf: 2150184 bytes, checksum: 94512b258a1bcccdeaa694a3d19716f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-13T14:37:37Z (GMT). No. of bitstreams: 4 1-CapaFinal_1.pdf: 90775 bytes, checksum: c4f6f2534fe59c39e7eb14147ce16e9a (MD5) 2-ficha.pdf: 6030 bytes, checksum: b4b337f5058b8d68854f98d82a614d6c (MD5) 3-SumarioFinal_1.pdf: 188058 bytes, checksum: 96e5c8a96c05703663265eb75c5d68ce (MD5) 4-TeseCorrigida_1.pdf: 2150184 bytes, checksum: 94512b258a1bcccdeaa694a3d19716f2 (MD5) Previous issue date: 2012-07-23 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Amazonian riverine communities seem to have all of the conditions of sanitation and socioeconomic suspicions for the conditioning to the infection for Helicobacter pylori, bacterium associated to the etiopatogenia of several diseases gastrointestinais. In Brazil, they are registered on average, fifteen thousand cases of cancer of the digestive system a year, with a percentile adult in the north area. Once the H. pylori is considered one of the etiological agents of this malignitude, the objective of this study was to determine the prevalence of the infection for H. pylori and to accomplish the rising of epidemic variables and of susceptibility related to the bacterial infection in riverine communities, and to validate a rehearsal copromolecular for diagnosis of the infection. The accomplished study was of the type traverse, contemporary, analytical and observacional, understanding a sample of 200 individuals, of which they were collected blood, saliva and feces, besides the application of a questionnaire epidemic employee, with subjects driven to his/her identification, obtaining data on the conditions socioeconomic, hygienic, sanitary and symptoms. For detection sorologic of antibodies of the type IgG anti-H. pylori were used plasma samples that were tested for systemic antibodies of the type IgG anti-H. pylori through a rehearsal immunological, using the Kit Ridascreen Helicobacter IgG (RBiopharm AG, Germany); for detection it activates of the H. pylori, it was used the samples of feces that were tested through the Kit MKBIO H. pylori (MK BIO GMBH, DIMA, Germany). Besides the detection of antibodies and antigens for H. pylori, they were also applied techniques of molecular biology, in the fecal samples, to confirm the diagnosis of the infection, for direct detection of bacterial DNA, using the primers RNAr16S that amplify a fragment gene of 1200bp of the gender Helicobacter and the primers p1 and p2, which amplify a fragment gênico of 298 pb that codifies a protein antigenic of 26kDa species specify of the H. pylori. This research had about central point to the infection for the bacterium H. pylori, that was detected through three diagnosis methods: The sorologia, fecal antigen and PCR. The sorologia went to the chosen technique to relate with the epidemic aspects regarding the study, and the obtained results revealed a frequency of soropositive of 83,5% (167/200). The analysis of the epidemic variables related to the bacterial infection demonstrated a larger frequency of infected individuals female, in the age group from 0 to 17 years, in addition 97,4% of the population that ingested water without treatment were positive the infection. The comparison of the prevalence of the infection, obtained through the three different detection methods, they were high, however the detection copromolecular was what detected a smaller number of positive individuals (113/200), although it presents the largest indexes of sensibility 79% and specificities 100%. The detection copromolecular demonstrated to be an important tool in the detection of the bacterial infection, making possible in these populations the application of a test high sensibility and specificity, could be applied in the precocious detection of the patogen. / e sócio-econômicas suspeitas para o condicionamento à infecção por Helicobacter pylori, bactéria associada à etiopatogenia de várias doenças gastrointestinais. No Brasil, são registrados em média, quinze mil casos de câncer do aparelho digestivo por ano, com um maior percentual na região norte. Uma vez que o H. pylori é considerada um dos agentes etiológicos desta malignitude, o objetivo deste estudo foi determinar a prevalência da infecção por H. pylori e realizar o levantamento de variáveis epidemiológicas e de suscetibilidade relacionados à infecção bacteriana em comunidades ribeirinhas, e validar um ensaio copromolecular para diagnóstico da infecção. O estudo realizado foi do tipo transversal, contemporâneo, analítico e observacional, compreendendo uma amostra de 200 indivíduos, dos quais foram coletados sangue, saliva e fezes, além da aplicação de um questionário epidemiológico empregado, com questões dirigidas à sua identificação, obtendo dados sobre as condições socioeconômicas, higiênicas, sanitárias e sintomatologia apresentada. Para detecção sorológica de anticorpos do tipo IgG anti-H. pylori específicos foram utilizados amostras de plasma que foram testadas para anticorpos sistêmicos do tipo IgG anti-H. pylori através de um ensaio imunoenzimático, usando o Kit Ridascreen Helicobacter IgG (R-Biopharm AG, Alemanha); para detecção ativa do H. pylori, foi utilizado as amostras de fezes que foram testadas através do Kit MKBIO H. pylori (MK BIO GMBH, DIMA, Alemanha). Além da detecção de anticorpos e antígenos para H. pylori, também foram aplicadas técnicas de biologia molecular, nas amostras fecais, para confirmar o diagnóstico da infecção, por detecção direta do DNA bacteriano, utilizando os primers RNAr16S que amplificam um fragmento gênico de 1200bp do gênero Helicobacter e os primers P1 e P2, os quais amplificam um fragmento gênico de 298 pb que codifica uma proteína antigênica de 26kDa espécie especifica da H. pylori. Esta pesquisa teve como ponto central à infecção pela bactéria H. pylori, que foi detectada através de três métodos de diagnóstico: A sorologia, o antígeno fecal e PCR. A sorologia foi à técnica escolhida para relacionar com os aspectos epidemiológicos referentes ao estudo, sendo que os resultados obtidos revelaram uma frequência de soropositividade de 83,5% (167/200). A análise das variáveis epidemiológicas relacionadas à infecção bacteriana demonstrou uma maior frequência de indivíduos infectados do sexo feminino, na faixa etária de 0 a 17 anos, além do que 97,4% da população que ingeriam água sem tratamento foram positivos a infecção. A comparação da prevalência da infecção, obtidas através dos três diferentes métodos de detecção, foram elevadas, no entanto a detecção copromolecular foi o que detectou um menor número de indivíduos positivos (113/200), embora apresente os maiores índices de sensibilidade 79% e especificidades 100%. A detecção copromolecular demonstrou ser uma ferramenta importante na detecção da infecção bacteriana, possibilitando nestas populações a aplicação de um teste de elevada sensibilidade e especificidade, podendo ser aplicada na detecção precoce do patógeno.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-03T13:57:04Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Márcia Caroline Pires Vilhena.pdf: 2598425 bytes, checksum: 39041ac9767e335dfd63902e21daf173 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T15:29:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Márcia Caroline Pires Vilhena.pdf: 2598425 bytes, checksum: 39041ac9767e335dfd63902e21daf173 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T15:38:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Márcia Caroline Pires Vilhena.pdf: 2598425 bytes, checksum: 39041ac9767e335dfd63902e21daf173 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-13T15:38:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Márcia Caroline Pires Vilhena.pdf: 2598425 bytes, checksum: 39041ac9767e335dfd63902e21daf173 (MD5) Previous issue date: 2012-06-26 / Não informada / Aspidosperma marcgravianum Woodson (Apocynaceae) is popularly known as carapanaúba a high quality wood. The bark is used in the Amazonian folk medicine as infusion to treat malaria, diabetes, gastrointestinal disturbances, in uterus and ovarian inflammation, against cancer and as contraceptive. The few papers available do not confirm the folk use, but the about 50 known indolic alkaloids isolated from A. marcgravianum are often used to explain the toxic effect on Artemia franciscana and the described anti-bacterial activity. The present work aimed to study the in vivo and in vitro effects and mechanisms of action of the alkaloids extracted from Aspidosperma marcgravianum. The bark was extracted with ethanol in Soxhlet apparatus generating the ethanol extract (EETOH, 3% yield). The EETOH was partitioned with chloroform in different pH, yielding the chloroform fraction (FCHCl3); further partition yielded the total alkaloids fraction (TAF). FCHCl3 purification in silica gel column chromatography (CC) yielded six fractions of different alkaloids (F13-23, F24-32, F55-73, F33-43, F44-54 and F74-76). FAT standardization in HPLC showed 11 major peaks with retention times from 3.5 to 27.0 min similar to those obtained for the purified fractions. To know the main pharmacological effects induced of A. marcgravianum, mice were orally treated with EETOH and TAF (1 g/kg). EETOH produced evident muscular relaxation and reduced mice motility, as well as dyspnea; death was not observed within 24 h. Comparatively, TAF produced faster and more intense effects that killed all the animals. In rat isolated atrium, FAT (10 to 100 μg/mL) produced negative chronotropic effect related to the drug concentration, positive inotropic effect at low concentration but contraction inhibition at high one. The diaphragm muscle contractions were potentiated by TAF; this action was neither related to an anticholinesterase activity nor to Ca2+-ATPase inhibition. The diaphragm tetanus after repetitive electrical stimulation (30-50 Hz) was not sustained in presence of FAT (10 to 100 μg/mL) but the initial muscle responses were not proportionally blocked; similar effects were observed for the purified fractions at 1 μg/mL. Since the alkaloids did not induce muscle contracture, neither inhibited SERCA 1 activity, nor reduced the initial responses upon repetitive muscle stimulation, the effect on contraction might putatively be explained by increased action potential duration. This effect would increase the muscle membrane refractoriness and would block the tetanus responses, but at the same time it would increase the myofibrils active state resulting in increased contraction of diaphragm and heart muscles. Usually increased action potential duration is due to potassium channel blockade. The present experiments, however, do not provide any direct evidence for this latter effect. / Aspidosperma marcgravianum Woodson (Apocynaceae) é conhecida como carapanaúba. Além da qualidade da madeira, a casca da espécie é utilizada como infuso na medicina popular da Região Amazônica para tratar malária, diabetes, males do estômago, inflamações do útero e do ovário, contra câncer, e como contraceptivo. Poucos trabalhos científicos confirmam essas ações, mas já são conhecidos cerca de 50 alcaloides indólicos, que parecem ser os responsáveis pela atividade tóxica às larvas de Artemia franciscana e pela atividade antimicrobiana. Este trabalho teve como objetivo estudar os efeitos e o(s) mecanismo(s) de ação dos alcaloides de Aspidosperma marcgravianum Woodson em roedores. O pó das cascas do caule foi extraído em Soxhlet obtendo-se o extrato etanólico (EETOH, rendimento 3%). O EETOH foi particionado com clorofórmio em diferentes pH, dando origem à fração clorofórmica (FCHCl3) e, esta, à fração mais purificada contendo os alcaloides totais (FAT). A purificação da FCHCl3 por cromatografia em coluna (CC), separou seis frações de diferentes alcalóides (F13-23, F24-32, F55-73, F33-43, F44-54 e F74-76). A padronização da FAT em CLAE mostrou 11 picos principais com tempos de retenção que variaram de 3,5 a 26,9 min, coincidentes com os das frações purificadas. Para identificar os principais efeitos farmacológicos de A. marcgravianum, o extrato etanólico (EETOH) e a fração alcaloídica (FAT) foram administrados por via oral (1 g/kg, v.o.), em camundongos. O EETOH produziu diminuição da motilidade e relaxamento muscular evidentes, além de sinais de dispnéia, sem cianose; não houve morte em 24 horas de observação. A FAT produziu os mesmos efeitos, porém rápidos e intensos, com 100% de letalidade. Em átrios isolados de rato, a FAT (10 a 100 μg/mL) produziu efeito cronotrópico negativo proporcionalmente às concentrações e efeito inotrópico positivo na menor concentração e inotrópico negativo na maior concentração. As contrações do músculo diafragma de rato foram potenciadas na presença da FAT; esta ação não foi relacionada a uma atividade anticolinesterásica da FAT ou à inibição da atividade da Ca2+-ATPase de músculo esquelético. Na presença da FAT (10 a 100 μg/mL) o tétano do músculo diafragma de rato não foi sustentado, mas a contração inicial à estimulação tetânica (30 e 50 Hz) não foi inibida na mesma proporção; efeitos semelhantes foram observados com as frações purificadas (1 μg/mL). Estes efeitos indicam que o período refratário da fibra muscular foi aumentado na presença dos alcalóides. O prolongamento do potencial de ação, talvez por bloqueio de canais de potássio na repolarização celular, potenciaria a contração e inibiria a resposta à estimulação tetânica. As experiências, no entanto, não indicam diretamente a ação dos alcalóides nas correntes iônicas do potencial de ação.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-13T19:30:08Z No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-15T18:25:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-15T18:29:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-15T18:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Luciana Cassa Araujo Barbosa.pdf: 12165602 bytes, checksum: 1f24636f21c802a50b8554825e94f7aa (MD5) Previous issue date: 2012-03-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The agro-industrial waste is renewable sources of carbon and energy and can be used for the production of food, feed, chemical compounds, and fuels liquids. The Brazil generates various agro-industrial waste, including the bagasse sugarcane It is the most abundant. This lignocellulosic biomass is rich in carbohydrates metabolizable an economically viable, provided there is adequate hydrolysis material. The deranged hydrolysis the fibers of the three majority polymers of plant biomass (Cellulose, hemicellulose and lignin), making them more accessible to hydrolytic enzymes microbial. This process, in addition to releasing the monomers and small saccharides fermentable, generates inhibitors of microbial growth and fermentation of the material hydrolyzate. The monomers generated by the hydrolysis of hemicellulose fraction are not composed solely of glucose such as starch and cellulosic substrates. They contain, among others wide concentration of pentoses which are not metabolized by all microorganisms. Aiming to get yeast with attributes needed to use the biomass, emphasizing the hemicellulose fraction, investigated the following rich sources of natural hydrolysates: faeces and saliva of ruminants (cattle), as well as digestive tubes immature insects that feed on wood. The culture media used for isolation and cultivation (solid and liquid) were made with hydrolyzed hemicellulose bagasse from sugarcane, obtained by acid hydrolysis. Microorganisms isolates were selected based on their characteristics of use pentose xylose (majority in hemicellulose) and arabinose, aimed at better use of lignocellulosic biomass. 237 were isolated colonies of unicellular microorganisms, through selective. Of these, 231 colonies were subjected to sugar assimilation tests, among which 125 were able to grow using hydrolyzed hemicellulose, xylose or arabinose as carbon source. They stood out, as growth in size, 57 colonies were selected and had the ITS1 - 5.8S rDNA sequenced. After selection for biomass accumulation in a sequenced yeast was chosen and investigated, by response surface methods for optimizing the production of biomass Microbial from hemicellulose hydrolyzate. The sequenced strains formed 05 different groups in the phylogenetic tree and had high similarity with Meyerozyma caribbica, Meyerozyma guilliermondi, micotoxinivorans Trichosporon, Trichosporon loubieri, Pichia kudriavzevii, Candida ethanolic lignohabitants and Candida. A strain with 99% similarity to Meyerozyma caribbica, isolated from bovine feces, accumulated 14,21g / L biomass in 72h in simple batch cultivation type (using instrumented fermenter), being able to tolerate up to 90% hemicellulose hydrolyzate in dry biomass accumulation around 12,43g / L, (Qx = 0.44g / L-1 h-1) after 27 hours cultivation experiments with conical bottles. This yeast produced 14,8g / L xylitol (Qxilt = 0.55 g / L-1h-1) 27 hours of cultivation. / Os resíduos agroindustriais são fontes renováveis de carbono e energia e podem ser utilizados para produção de alimentos, forragens, compostos químicos, além de combustíveis líquidos. O Brasil gera diversos resíduos agroindustriais, entre eles, o bagaço de cana-deaçúcar é o mais abundante. Esta biomassa lignocelulósica é rica em carboidratos metabolizáveis de forma economicamente viável, desde que haja hidrólise adequada do material. A hidrólise desarranja as fibras dos três polímeros majoritários da biomassa vegetal (celulose, hemicelulose e lignina), tornando-as mais acessíveis às enzimas hidrolíticas microbianas. Este processo, além de liberar os monômeros e pequenos sacarídeos fermentáveis, gera inibidores do crescimento microbiano e da fermentação do material hidrolisado. Os monômeros gerados pela hidrólise da fração hemicelulósica não são compostos apenas de glicose, como os substratos amiláceos e celulósicos. Eles contêm, entre outros, vasta concentração de pentoses que não são metabolizadas por todos os microrganismos. Objetivando obter leveduras com atributos necessários ao aproveitamento da biomassa, com ênfase na fração hemicelulósica, investigaram-se as seguintes fontes ricas em hidrolisados naturais: fezes e salivas de ruminantes (bovinos), como também tubos digestivos de insetos imaturos que se alimentam de madeira. Os meios de cultura utilizados para isolamento e cultivo (sólidos e líquidos) foram confeccionados com hidrolisado hemicelulósico do bagaço da cana-de-açúcar, obtido por hidrólise ácida. Os microrganismos isolados foram selecionados com base em suas características de utilização das pentoses xilose (majoritária na hemicelulose) e arabinose, visando o melhor aproveitamento da biomassa lignocelulósica. Foram isoladas 237 colônias de microrganismos unicelulares, em meio seletivo. Destas, 231 colônias foram submetidas aos ensaios de assimilação de açúcares, entre as quais 125 foram capazes de crescer utilizando hidrolisado hemicelulósico, xilose ou arabinose como fonte de carbono. Destacaram-se, quanto ao crescimento em tamanho, 57 colônias que foram selecionadas e tiveram a região ITS1 – 5.8S rDNA sequenciada. Após seleção para acúmulo em biomassa, uma levedura sequenciada foi escolhida e investigada, através de métodos de superfície de resposta para otimização da produção de biomassa microbiana a partir do hidrolisado hemicelulósico. As cepas sequenciadas formaram 05 grupos distintos na árvore filogenética e tiveram alta similaridade com Meyerozyma caribbica, Meyerozyma guilliermondi, Trichosporon micotoxinivorans, Trichosporon loubieri, Pichia kudriavzevii, Candida lignohabitants e Candida etanolica. Uma cepa com 99% de similaridade com Meyerozyma caribbica, isolada a partir de fezes de bovinos, acumulou 14,21g/L de biomassa em 72h, em cultivo tipo batelada simples (utilizando fermentador instrumentado), sendo capaz de tolerar até 90% de hidrolisado hemicelulósico com acúmulo de biomassa seca em torno de 12,43g/L, (Qx = 0,44g/L-1h-1), após 27 horas de cultivo, em experimentos com frascos cônicos. Esta levedura produziu 14,8g/L de xilitol (Qxilt=0,55 g/L-1h-1) em 27 horas de cultivo.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-15T18:58:17Z No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:00:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:08:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T18:08:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Ana Paula Meneses Rodrigues Bastos.pdf: 7482245 bytes, checksum: 53c78d7c961001851193f9c1a2562e55 (MD5) Previous issue date: 2011-09-28 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Adult plants Copaifera genus are known to have one of the resin oils most commonly used in folk medicine, which credited to several pharmacological and cosmetic properties. In plant oil resin produced in secondary xylem, is used for its defense against various internal agents and external. In this paper we analyzed the essential oil extracted in young plants Copaifera Hayne multijuga in order to confirm the presence of coding sequences enzymes responsible for synthesis of oil and to generate a cDNA library. To the oil extraction was used the technique of steam distillation in Clevenger apparatus modified and then the spectrophotometric analysis of masses for classification of sesquiterpene compounds (essential oil). In chromatographic analysis allowed identification of various compounds present in both the young plant as the plant the adult Copaifera gender, such as ß-caryophyllene, α-copaene, D germacrene, α- humulene, δ-cadineno, γ-elemene, α-cubebeno and α-bergamotene etc. Minority studied. In one approach we used immunohistochemistry methods microscopic to locate secretory canals of the plant, where slides were prepared using semi-automated microtome, stained blue solution toluidine reagent and NADI. After these analyzes, proved the presence of these secretory ducts in young leaves, a cDNA library was constructed, utilizandose as a source of mRNA similar biological material (young leaves of C. multijuga), and subsequently their nucleotides sequenced by pirosenquenciamento the which was analyzed by computational biology, using programs prioritized biosynthesis of terpenes and sesquiterpenes, where their coding sequences enzymes were found, showing engagement of the mRNA in the oil construction not essential in adult plants of this species. Using techniques chromatography to identify phytochemicals compounds, together with methods histological and then the sequencing of genes expressed in young leaves and therefore the secretory oil rosin, allow confirmation of the biosynthesis various substances present in this oil as well as their metabolic pathways. Those Data are presented for the first time together, believing that they can helping to open new frontiers in research and development biotechnologies based upon its results. / As plantas adultas do gênero Copaifera são conhecidas por possuírem um dos óleos resina mais utilizados na medicina popular, ao qual creditam-se diversas propriedades farmacológicas e cosméticas. Na planta, o óleo resina, produzido no xilema secundário, é utilizado para sua defesa contra diversos agentes internos e externos. Neste trabalho analisou-se o óleo essencial extraído em plantas jovens de Copaifera multijuga Hayne, a fim de confirmar a presença de seqüências codificadoras de enzimas responsáveis pela síntese do óleo e gerar uma biblioteca de cDNA. Para a extração do óleo foi usada a técnica de arraste a vapor em aparelho de clevenger modificado e a seguir a análise espectrofotométrica de massas para classificação dos compostos sesquiterpênicos (óleo essencial). Na análise cromatográfica permitiu a identificação de vários compostos presentes tanto na planta jovem quanto na planta adulta do gênero Copaifera, como: ß-cariofileno, α-copaeno, D germacreno, α- humuleno, δ-cadineno, γ-elemeno, α-cubebeno e α-bergamoteno entre outros minoritários estudados. Numa abordagem histoquímica utilizou-se métodos microscópicos para localizar canais secretores da planta, onde lâminas foram preparadas utilizando o micrótomo semi-automático, coradas em solução de azul de toluidina e em reagente de NADI. Após estas análises, comprovada a presença desses ductos secretores em folhas jovens, foi construída uma biblioteca de cDNA, utilizandose como fonte de mRNA material biológico similar (folhas jovens de C. multijuga), sendo posteriormente seqüenciado seus nucleotídeos por meio de pirosenquenciamento, o qual foi analisado por biologia computacional, utilizando-se programas que priorizaram a biossíntese dos terpenos e sesquiterpenos, onde suas seqüências codificadoras de enzimas foram encontradas, mostrando envolvimento do mRNA na construção do óleo essencial em plantas não adultas desta espécie. A utilização de técnicas cromatográficas para identificação de compostos fitoquímicos, aliadas a métodos histológicos e posteriormente ao seqüenciamento de genes expressos de folhas jovens e, portanto secretoras de óleo resina, permitiram a confirmação da biossíntese de diversas substâncias presentes nesse óleo, bem como suas rotas metabólicas. Esses dados são apresentados pela primeira vez conjuntamente, acreditando-se que possam contribuir para a abertura de novas fronteiras na pesquisa e no desenvolvimento de biotecnologias baseadas em seus resultados.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-12-07T20:38:11Z No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-01-19T18:27:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-01-19T18:28:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-19T18:28:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Ítalo Thiago Silveira Rocha Matos.pdf: 4852204 bytes, checksum: 26dcb8f7e9bee43bd7db644ef480f8c2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Não Informada / Microorganisms and animal association was too important for evolutive success of Metazoa, principally for wood-feeding insects. Assuming that: i) xylophagous insects have symbiotic association to its intestinal microbiota; ii) microbial community of insects gut is a hyperdiverse habitat, with high richness in undescribed strains and species; iii) the knowledge about this microbiota can to provide tools for producing biofuels and other value-added chemical compounds; the aim of this work was to isolate and identify yeasts associated to intestinal content of Veturius transversus (Passalidae, Coleoptera, Insecta, Arthropoda, Metazoa), able to metabolize sugarcane bagasse hemicellulosic hydrolyzate (SBHH) with xylitol production. After this, one of the isolates was selected to have its cultivation in SBHH characterized. Sugarcane bagasse hydrolysis was evaluated about obtaining total reducing sugar and D-xylose. Then, the yeasts were isolated and identified using biochemical profile and the nucleotide sequences of ribosomal genes (ITS). Each isolated strain was evaluated for ethanol and xylitol production, and lastly, the strain named VT01 had its growing in SBHH characterized. The hydrolysis method employed leads to obtaining, on average, 60,59 g/L of total reducing sugar, of which 71,13% is D-xylose. A total of 20 colonies were isolated, being 11 distinct biochemical profiles distributed at 3 clades. Except VT12 and VT13 strains, all isolates are able to producing xylitol, with high yield (average of 45,37%) observed to Geotrichum sp. (VT01). Futhermore, Geotrichum sp. (VT01) was able to consume the microbial inhibitors acetic acid (78,88 %), hydroxymethyl-furfural (83,47%) and furfural (98,78%). These results allow to conclude that: i) the isolated strains exhibit phenotypic variation, occurring differents biochemical profiles for the same species; ii) Geotrichum sp. (VT01) is the most promising isolate for xylitol production, showing high tolerance against microbial inhibitors; iii) furfural consumption by Geotrichum sp. (VT01) is performed in co-metabolism with glucose, being not used as carbon source for cell growth. / A associação entre micro-organismos e metazoários foi decisiva para o sucesso evolutivo destes últimos, sobretudo no que se refere a capacidade de digerir e assimilar substratos poliméricos complexos. Admitindo que: i) insetos xilófagos apresentam alta dependência de sua microbiota intestinal; ii) o conteúdo intestinal destes insetos é abundante em espécies ou linhagens ainda não descritas; iii) o conhecimento desta microbiota poderá fornecer ferramentas para obtenção de combustíveis e outros produtos com valor agregado a partir da biomassa lignocelulósica; o objetivo deste trabalho foi isolar e identificar leveduras, associadas ao conteúdo intestinal do besouro Veturius transversus (Passalidae, Coleoptera, Insecta, Artrhopoda, Metazoa), hábeis em metabolizar hidrolisado hemicelulósico de bagaço de cana-de-açúcar (HACA), investigando a seguir a capacidade destas em produzir xilitol neste substrato. Por fim, um dos isolados foi selecionado para caracterização do seu crescimento quando cultivado em HACA. Inicialmente, o processo de hidrólise do bagaço foi analisado quanto à obtenção de açúcar redutor total e D-xilose. A seguir, as leveduras foram isoladas e identificadas segundo o perfil bioquímico e sequências de nucleotídeos de genes ribossomais (ITS). Todos os isolados foram submetidos a teste de produção de etanol e xilitol e, por fim, o isolado VT01 teve seu crescimento em HACA caracterizado. O protocolo de hidrólise de bagaço empregado conduziu, em média, a obtenção de 60,59 g/L de açúcar redutor total, sendo a maior parte deste (71,13%) D-xilose. Um total de 20 colônias de leveduras foram isoladas, distribuídas em 11 perfis bioquímicos e três clados distintos. Exceto os isolados VT12 e VT13 (Geotrichum sp.), todos foram hábeis em produzir xilitol. O cultivo de Geotrichum sp. (isolado VT01) indicou a habilidade deste em produzir xilitol com rendimento médio de 45,37%, sendo ainda hábil em consumir inibidores do crescimento microbiano gerados durante o processo de hidrólise, a saber, hidroximetil-furfural (83,47%), ácido acético (78,88%) e, principalmente, furfural (98,78%). Face aos resultados, se conclui que: i) os isolados apresentam variedade fisiológica, havendo indivíduos da mesma espécie com perfis bioquímicos divergentes; ii) Geotrichum sp. (VT01) é o isolado com maior potencial para produção de xilitol, apresentando maior tolerância aos inibidores do crescimento microbiano; iii) o consumo de furfural por Geotrichum sp. (VT01) ocorre em co-metabolismo com glicose, sendo que este inibidor não é utilizado como fonte de carbono para produção de biomassa.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-02T14:09:59Z No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-04T12:59:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-04T13:04:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T13:04:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - José Gregório Martinez.pdf: 10347168 bytes, checksum: 58aeb7407718fcc667bec49ca6080657 (MD5) Previous issue date: 2015-06-11 / Não informada / The Amazon and Orinoco rivers have the greatest diversity of fish fauna of the planet, which is estimated between 1300 - 3000 species. Much of this diversity is shared between them, but to respect there are no solid studies to support the spatial boundaries, time nor the mode of interaction of the ichthyofauna between the two river systems, preventing lay the scientific justification for its correct use for fishing and prioritization of conservation areas. In order to know the evolutionary history and current and historical population relationship between the shared fish fauna for the basins, in addition to the spatial configuration of its conservation units, a phylogeographic and population genomic/genetic approach was performed using eight species of highly exploited fish as model: Five migratory species (Brachyplatystoma rousseauxii, Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Pseudoplatystoma metaense/P. tigrinum, Pseudoplatystoma orinocoense/P. punctifer) and three sedentary species (Nannostomus unifasciatus, Paracheirodon axelrodi, Pterophyllum altum). For that, the study was conducted in four stages, two for create some genomics tools for the analysis, and two in which was applied genetic and/or genomic tools to answer the initial population questions. First, it was standardized and characterized a methodology for genomic libraries construction for SNPs discovery and de novo genotyping in non-model species. Second, in order to verify the reproducibility and efficiency of the method in sequence tags discovery, genotyping, and utility for SNPs primer design, was used individuals of B. rousseauxii and C. macropomum as model. Third, mtDNA (Cytochrome oxidase I and Region control) and nuDNA (Glycosyltransferase and 6 alpha heavy chain of cardiac myosin) sequences were used to population genetic and phylogeographic analyzes in order to test the hypothesis of current and historical connectivity between basins. Fourth, the conservation units were defined (Evolutionary Significantly Units - ESUs, Adaptive Units - AUs and Management Units - MUs) including new evidence as multilocus analysis (Species trees), ecological data (pH and pluviosity) and genomic data. As a result, we obtained a compatible and efficient method for sequence reads production in IonTorrent PGM. The method was effective for tags discovery (18772-22476), de novo SNPs genotyping (268-398 SNPs) and for primer design in flanking regions of SNPs (23-39 SNPs). Population analysis showed a strong structure for all species between basins, but not within theme (except for sedentary fish). Of the eight species studied, only P. orinocoense/P. punctifer showed evidence of recent gene flow between basins, through the Casiquiare. Nevertheless, for all species, the nuDNA showed strong biological groups sharing between basins, suggesting that the divergence between these is recent. Coalescent analysis showed that only N. unifasciatus populations of Orinoco and Amazon diverged in the Pliocene, while the rest of the species diverged in the Pleistocene. In any case, there was not concordance with the vicariance hypothesis between basins generated by the Vaupés Arch in the Middle Miocene. The genetic, genomic and ecological evidence permitted to determine ESUs and MUs, but not AUs to any species. In most migratory fishes, the basins constituted a single ESU with independents MUs (C. macropomum, P. metaense/P. tigrinum, P. orinocoense/P. punctifer), but only to B. rousseauxii and P. brachypomus each basin were independents ESUs. For sedentary fish, was observed a greater number of ESUs compared with migratory fishes, wherein at least one of these units is shared between basins, while others were exclusives. This study demonstrates that the basins of the Orinoco and Amazon possessed a historical connectivity until the very recent past, and even today keeps this connection condition for part of their fish fauna. / Os rios Amazonas e Orinoco possuem a maior diversidade de ictiofauna do planeta, a qual é estimada entre 1300 - 3000 espécies de peixes. Grande parte desta diversidade é compartilhada entre elas, mas à respeito não existem estudos robustos que sustentem os limites espaciais, temporais e nem o modo de interação desta ictiofauna entre os dois sistemas fluviais, impedindo assim definir as bases científicas que permitam orientar políticas para seu correto uso pesqueiro e priorização de áreas de conservação. Com o objetivo de conhecer a história evolutiva e relações populacionais atuais e históricas entre a ictiofauna compartilhada para as bacias, bem como a configuração espacial das suas unidades de conservação, foi realizada uma abordagem filogeográfica e genômico/genético-populacional utilizando oito espécies de peixes altamente explorados como modelo: cinco migradores (Brachyplatystoma rousseauxii, Colossoma macropomum, Piaractus brachypomus, Pseudoplatystoma metaense/P. tigrinum, Pseudoplatystoma orinocoense/P. punctifer) e três sedentários (Nannostomus unifasciatus, Paracheirodon axelrodi e Pterophyllum altum). Para tanto, o estudo foi realizado em quatro etapas, duas de criação de algumas ferramentas genômicas para as análises, e duas de aplicação de ferramentas genéticas e/ou genômicas para responder as perguntas iniciais. Primeiro, foi padronizada e caracterizada uma metodologia para o desenvolvimento de bibliotecas genômicas para a descoberta e genotipagem de novo de SNPs em espécies não-modelo. Segundo, para verificar a reprodutibilidade e eficiência do método na descoberta de tags de sequência, genotipagem de novo e desenho de primers em regiões flanqueadoras de SNPs, foi aplicado dito método utilizando como modelo às espécies B. rousseauxii e C. macropomum. Terceiro, foram utilizadas sequências de ADNmt (Citocromo oxidase I e Região controle) e ADNnu (Glycosiltransferase e Cadeia pesada 6 alfa da miosina do músculo cardíaco) para análises genético-populacionais e filogeográficos com o objetivo de testar a hipótese de conectividade atual e histórica entre bacias. Quarto, foram delimitadas as unidades de conservação (Unidades Evolutivas Significantes - ESUs, Unidades Adaptativas - AUs e Unidades de Manejo - MUs) incluindo novas evidências como análises multilocus (Species trees), dados ecológicos (pH e pluviosidade) e dados genômicos. Como resultado, obteve-se um método de desenvolvimento totalmente compatível e eficiente na produção de leituras em IonTorrent PGM. O método demonstrou eficácia na descoberta de tags de sequência (18772 – 22476), genotipagem de novo (268 – 398 SNPs) e desenho de primers em regiões flanqueadoras de SNPs (23 – 39 SNPs). As análises populacionais mostraram uma forte estrutura para todas as espécies entre bacias, mas não dentro destas (exceto para os peixes sedentários). Das oito espécies avaliadas, apenas P. orinocoense/P. punctifer apresentou evidências de fluxo gênico recente entre bacias, sendo através do Casiquiare. Apesar disso, para todas as espécies, o ADNnu mostrou um forte compartilhamento de grupos biológicos entre bacias, sugerindo que a divergência entre estas é recente. As análises de coalescência mostraram que apenas as populações de N. unifasciatus do Orinoco e Amazonas divergiram no Plioceno, enquanto que o resto das espécies divergiu no Pleistoceno. Em qualquer caso, não coincidindo com a hipótese de vicariância entre bacias, gerada pelo Arco do Vaupés no Médio Mioceno. As evidências genéticas, genômicas e ecológicas permitiram delimitar ESUs e MUs, mas não AUs para nenhuma espécie. Na maior parte dos migradores as bacias constituíram uma única ESU com MUs independentes (C. macropomum, P. metaense/P. tigrinum, P. orinocoense/P. punctifer), mas só para B. rousseauxii e P. brachypomus cada bacia constituiu uma ESU independente. Para os peixes sedentários foi observado um maior número de ESUs comparado com os migradores, sendo que pelo menos uma destas unidades foi compartilhada entre bacias, enquanto que outras foram exclusivas. Este estudo demonstra que as bacias do Orinoco e Amazonas possuíram uma conectividade histórica até um passado muito recente, ao ponto de hoje se manter esta condição de conexão para parte da sua ictiofauna.

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No. of bitstreams: 1 Dissertação - André de Lima Guerra Corado.pdf: 3389619 bytes, checksum: fcb500ead3af3056d3f59d1d03bfe2c7 (MD5) Previous issue date: 2014-09-23 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The study of genetic diversity and detection of mutations to antiretroviral therapy is crucial for epidemiological surveillance of HIV-1, because it can provide information about the viral biology, guiding policies for prevention and treatment. From 2007 to 2012, Roraima ranks among the top five states with the highest incidence rates, from 2008 to 2010 occupied the second position. Likewise, the capital of Boa Vista in 2007 until 2011 also ranks among the five capitals with highest incidence rate. Data related to HIV-1 genotyping or related data on resistance mutations in the state are of fundamental importance to understand the local epidemic. In this context, this work has identified circulating HIV-1 subtypes; evaluated primary and secondary resistance in patients with HIV and described the frequency of the CCR5 gene polymorphism (rs333) in patients treated at the Central Laboratory of the State of Roraima / HIV Lab. A total of 121 samples were collected and regions of the proviral DNA of RT / PR, integrase and envelope genes were amplified and subjected to nucleotide sequencing. Human genomic DNA was only amplified and compared by electrophoresis. Demographic data were analyzed using descriptive statistics, while the genetic data were evaluated by several bioinformatics tools for analyzing: resistance, genotyping, phylogenetic reconstruction and viral tropism. A frequency of 9.17% for the human CCR5 genotype / CCR5Δ32 and 90.83% in relation to CCR5 / CCR5 was observed. With respect to the viral subtype, the highest prevalence was found for subtype B (Integrase) and Pol gene, followed by subtype F1 and recombinant forms of B / F (Integrase) and B / D (Pol). Only one case of primary resistance was detected (7.69%), however, in patients receiving therapy this number achieved 30,7%. Phylogenetic analysis showed that the Roraima's samples grouped into different clades with Uruguayan, Brazilian, Venezuelan and Guyanese samples, which probably reflects distinct events of viral entry. Around 25% of X4 samples were found, which affects the possibility of administering the fusion Maraviroc inhibitors for these patients. We believe that the data obtained in this study will contribute to a better understanding of the HIV / AIDS epidemiology of in the state of Roraima. Besides the scientific return, we believe that the results will indirectly contribute to improving patient care in this population / O estudo da diversidade genética e da presença de mutações de resistências aos antirretrovirais é de fundamental importância para a vigilância epidemiológica do HIV-1, pois pode fornecer informações sobre a biologia do vírus e orientar as políticas de prevenção e tratamento. De 2007 a 2012, dentre todos os estados da federação, Roraima figura entre os cinco primeiros estados com as maiores taxas de incidências, sendo que de 2008 a 2010 ocupou a segunda posição. Da mesma maneira, a capital Boa Vista de 2007 até 2011 também se posiciona entre as cinco capitais com maior taxa de incidência. Dados relacionados a genotipagem do HIV-1 circulante ou dados relacionados sobre mutações de resistência no estado são de fundamental importância para compreender a epidemia local. Nesse contexto, este trabalho identificou os subtipos do HIV-1 circulante, avaliou a resistência primária e secundária nos pacientes portadores de HIV e descreveu a frequência do polimorfismo rs333 no gene CCR5, em pacientes atendidos no Laboratório Central do Estado de Roraima/Laboratório de HIV. Para isso foram coletadas 121 amostras e as regiões do DNA proviral da RT/PR, Integrase e Envelope foram amplificadas e submetidas ao sequeciamento nucleotídico. O DNA genômico humano foi apenas amplificado e comparado por eletroforese. Os dados demográficos foram analisados por estatística descritiva, enquanto que os dados genéticos foram avaliados por diversas ferramentas de bioinformática para análise de resistência, genotigem, reconstrução filogenética e tropismo viral. Foi observada uma freqüência de 9,17% para o genótipo humano CCR5/CCR5Δ32 e 90,83% em relação ao CCR5/CCR5. Com relação ao subtipo viral, a maior prevalência encontrada foi para o subtipo B (Integrase) e gene Pol, seguido do subtipo F1 e de formas recombinantes B/F (Integrase) e B/D ( Pol). Somente um caso de resistência primária foi detectado (7,69%), no entanto em pacientes em tratamento esse número atingiu 30,7% . A análise filogenética mostrou que as amostras de Roraima se agrupam em diferentes clados com amostras brasileiras, venezuelanas, uruguaias e guianenses, o que provalvelmente reflete eventos distintos de introdução viral. Foram encontradas 25% de amostras com tropismo X4, o que afeta a possibilidade de administração do inibidor de fusão Maroviroque em parte dos pacientes avaliados. Acreditamos que os dados obtidos no presente estudo contribuirão para um melhor entendimento da epidemiologia do HIV/AIDS no estado de Roraima. Além do retorno científico, acreditamos que os resultados contribuirão indiretamente para a melhoria do atendimento desta população de pacientes.