The thesis aimed at developing a modern taxonomic framework of two major groups ofmullet digeneans, the subfamily Bunocotylinae of the Hemiuridae and the subfamilyHaploporinae of the Haploporidae, by combining morphological and molecular data.Saturnius is revised, three new species are described: S. minutus n. sp., S. dimitrovi n.sp. and S. overstreeti n. sp.; S. papernai is redescribed, a new diagnosis and a key to thespecies is provided.A taxonomic revision of the Mediterranean haploporid genera Haploporus, Dicrogaster,Forticulcita, Lecithobotrys and Saccocoelium was carried out. New generic diagnosesare provided for all genera. Haploporus and Lecithobotrys are considered monotypicMediterranean genera and their type-species are redescribed. Dicrogaster perpusilla andD. contracta are redescribed and distinguished. A key to the valid species is given.Forticulcita gibsoni n. sp., is described. A key to Forticulcita spp. is presented.Saccocoelium obesum and S. tensum are redescribed. Three new species, Saccocoeliumcephali n. sp., S. brayi n. sp. and S. currani n. sp., are described. A key to therecognised species is presented.Three new haploporine genera are established: Ragaia n. g. for R. lizae n. sp.;Pseudolecithobotrys n. g. and Pseudodicrogaster n. g. for Lecithobotrys stomachicola n.comb. and Dicrogaster japonica n. comb., respectively. A key to the ten recognisedgenera of the Haploporinae is presented. Molecular phylogenetic analyses are applied toevaluate the taxonomic framework of the Haploporinae based on morphology and itssystematic position within the phylogeny of the Digenea. / El propósito de esta tesis es desarrollar un marco taxonómico moderno para dos gruposmayoritarios de digénidos de mugílidos, la subfamilia Bunocotylinae, de la familiaHemiuridae y la subfamilia Haploporinae, de la familia Haploporidae; utilizando datosmorfológicos y moleculares.El género Saturnius ha sido revisado y tres nuevas especies han sido descritas: S.minutus n. sp., S. dimitrovi n. sp. y S. overstreeti n. sp.; S. papernai ha sido redescrita, yuna nueva diagnosis y una clave de identificación de las especies han sido presentadas.Se llevo a cabo la revisión taxonómica de los géneros de haplopóridos mediterráneosHaploporus, Dicrogaster, Forticulcita, Lecithobotrys y Saccocoelium. Se presentannuevas diagnosis para cada género. Haploporus y Lecithobotrys han sido consideradosgéneros monotípicos mediterráneos y sus especies tipo han sido redescritas. Dicrogasterperpusilla y D. contracta se han redescrito y diferenciado, y una clave de identificaciónpara todas las especies del género ha sido presentada. Se ha descrito Forticulcitagibsoni n. sp. y se presenta una clave de identificación para las especies de este género,Forticulcita. Saccocoelium obesum y S. tensum se han redescrito. Tres especies nuevas,Saccocoelium cephali n. sp., S. brayi n. sp. y S. currani n. sp., han sido descritas y sepresenta una clave de identificación de las especies consideradas validas.Se han erigidos tres nuevos géneros de haploporinos: Ragaia n. g. para R. lizae n. sp.;Pseudolecithobotrys n. g. y Pseudodicrogaster n. g. para Lecithobotrys stomachicola n.comb. y Dicrogaster japonica n. comb., respectivamente. Se presenta una clave deidentificación para los diez géneros de Haploporinae considerados válidos. Métodos deanálisis filogenéticos moleculares han sido aplicados para evaluar el marco taxonómicode Haploporinae basado en la morfología, y su posición sistemática dentro de lafilogenia de los digeneos.

Tesis Entregada a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al grado de Doctor en Ciencias con mención en Ecología y Biología Evolutiva. / Las arañas son ectotermos estrictos y son importantes depredadores en muchos ecosistemas terrestres. El estudio de la biología térmica es particularmente relevante en las arañas en el que los límites térmicos influyen eventualmente sobre el fitness. El modelo de estudio corresponde a la especie Sicarius thomisoides, un arácnido ampliamente distribuido en ambientes desérticos y semidesérticos de Chile, viviendo en un gradiente térmico latitudinal considerable con altas (interior) y bajas fluctuaciones térmicas (costa). En esta tesis se propone que el nicho térmico puede ser considerado como un factor de orden distal que determina en las arañas efectos a nivel individual y a nivel poblacional, afectando así procesos de pequeña escala como la fisiología térmica y la selección de micro-hábitat y de gran escala como la distribución geográfica. El primer capítulo de esta tesis busca establecer los requerimientos térmicos (nicho térmico) de la especie, con el objetivo de aproximarse al nicho fundamental. Además, debido a que la temperatura cambia a lo largo de gradientes ambientales, se evaluará la posible variación geográfica del nicho térmico. En segunda instancia los siguientes dos capítulos buscan determinar la concordancia entre los requerimientos térmicos hallados en laboratorio (nicho fundamental) y el uso de los mismos en condiciones de campo (nicho realizado) a dos diferentes escalas: a micro escala, evaluando el efecto de la temperatura en la selección de micro-hábitat y a macro escala, combinando las curvas de desempeño térmico con la distribución potencial de la especie. Los resultados de esta tesis muestran una alta concordancia entre el nicho realizado y fundamental, al menos en lo que se refiere al nicho térmico, por lo que se puede señalar que gran parte de los requerimientos térmicos fisiológicos de la especie se pueden encontrar en condiciones de campo, donde la araña es capaz de seleccionar aquellos sitios que maximicen su desempeño y evitar sitios que sean térmicamente perjudiciales, tanto a micro escala como a macro escala geográfica. / Spiders are strict ectotherms and are important predators in many terrestrial ecosystems. The study of thermal biology is particularly relevant in spiders in which thermal limits eventually influence fitness. The study model corresponds to the species Sicarius thomisoides, an organism distributed in desert and semi-desert environments of Chile, which lives in a considerable latitudinal thermal gradient with high (interior) and low thermal fluctuations (coast). In this thesis, it is proposed that the thermal niche can be considered as a factor of distal order that determines in the spiders effects at an individual level and at a population level, affecting small scale processes such as thermal physiology and the selection of micro-habitat and large scale as the geographical distribution. The first chapter of this thesis seeks to establish the thermal requirements of the species, with the aim of approaching the fundamental niche. In addition, due to the temperature changes along the environmental gradients, the possible geographic variation of the thermal niche is evaluated. In second instance, the following titles capture the agreement between the thermal requirements found in the laboratory (fundamental niche) and the use of them in field conditions (niche) at two different scales: a micro scale, evaluating the effect of the temperature in the selection of micro-habitat and macro-scale, combining the thermal performance curves with the potential distribution of the species. The results of this test show a high concordance between the realized and fundamental niche, at least as regards the thermal niche, so it can be stated that the great part of the physiological thermal requirements of the species can be found in the field conditions, where the spider is able to select sites that maximize its performance and avoid sites that are thermally damaging, both a micro scale and a macro geographical scale. / CONICYT Beca de doctorado No. 21130014. / Enero 2022

L'objectiu d'aquesta Tesi ha estat l'estudi dels mecanismes que han fet possible que els vertebrats hagin adquirit algunes de les característiques morfològiques que els defineixen; que els són úniques. Per a aquesta finalitat, cal escollir un organisme model al que malgrat li manquin totes aquestes innovacions, sigui el seu parent més proper. Estudis de filogènia, d'anatomia i embriologia comparada, així com dades del registre fòssil indiquen que aquest organisme és l'amfiox (Phylum Cephalochordata). Com els canvis morfològics es deuen en essència a canvis en els mecanismes del desenvolupament, s'han caracteritzat els gens del desenvolupament idonis per a l'estudi de les innovacions morfològiques de les quals ens interessava el seu origen. En concret, s'han caracteritzat i s'ha estudiat el patró d'expressió al llarg del desenvolupament de l'amfiox dels gens del grup extended Hox (Hox, Evx i Mox) i la de la família hairy i s'han comparat els seus patrons d'expressió amb les mateixes famílies gèniques de vertebrats. Aquesta aproximació comparativa ens ha permès per una banda, esbrinar quines funcions són úniques als vertebrats i per tant, poden ser responsables de l'aparició de caràcters derivats de vertebrats i per l'altra, estudiar alguns aspectes propis del desenvolupament dels cefalocordats que eren controvertits entre morfòlegs clàssics.En resum, els resultats obtinguts al llarg d'aquesta Tesi Doctoral són els següents:L'estudi dels gens Hox i Evx ens va permetre evidenciar el caràcter prototípic de la regió anterior i medial del cluster Hox de l'amfiox i de la disposició de lligament dels gens Evx a 5' d'aquest complexe. Per altra banda, la caracterització completa del cluster de l'amfiox ens va demostrar l'existència d'un gen Hox posterior (AmphiHox14) que no havia estat documentat fins al moment en cap altre organisme. L'estudi de l'expressió dels gens Evx al llarg del desenvolupament de l'amfiox ens va permetre demostrar que uns dels tres dominis d'expressió que fins aleshores es creien únics de vertebrats (el del tail bud) havia sorgit abans a l'evolució i ja era present en l'ancestre comú de cefalocordats i vertebrats. Així, tan sols a les funcions que aquesta família gènica duu a terme en la frontera entre el cervell mitjà i posterior i en les extremitats dels vertebrats, se'ls pot atribuir l'adquisició d'alguna innovació morfològica.L'estudi dels gens Mox i hairy ens va permetre caracteritzar el procés de somitogènesi de l'amfiox, així com evidenciar l'existència de diferències substancials en el mateix procés entre cefalocordats i vertebrats. Hem demostrat que el caràcter asimètric inherent a la somitogènesi de l'amfiox és evident fins i tot abans de que el primer parell de somites siguin morfològicament visibles. Alhora, l'estudi de l'expressió d'aquestes famílies gèniques en l'amfiox i la posterior comparació amb els dominis d'expressió que presenten aquests mateixos gens en vertebrats, ens ha permès documentar similituds i diferències entre els mateixos. En concret, hem trobat patrons d'expressió compartits a nivell de mesoderm presomític i somites epitelials. De manera contrària, l'expressió que aquests gens tenen a nivell de somites en diferenciació i derivats somítics és única als vertebrats. Cal destacar, que molts dels caràcters morfològics que semblen haver estat "inventats" pels vertebrats surgeixen per diferenciació dels somites, com ara la columna vertebral (l'existència de la qual els defineix com a grup) o la musculatura de les extremitats. Per tant, la co-opció d'aquestes dues famílies gèniques (Mox i hairy) després de les duplicacions gèniques que van ocórrer molt aviat durant l'evolució dels vertebrats, pot haver estat instrumental en l'adquisició d'aquestes innovacions.

Doctor en Ciencias con mención en Ecología y Biología Evolutiva

Larus dominicanus é uma espécie de ampla distribuição no Hemisfério Sul, que se reproduz em ilhas próximas ao continente. Esta espécie vem apresentando grande expansão populacional nas últimas décadas, devido ao seu hábito generalista e sua alta capacidade competitiva. O crescimento de sua população tem causado o deslocamento de diversas outras espécies de aves e mamíferos marinhos de seus sítios reprodutivos, devido ao constante impacto da predação e parasitismo. Todas essas características tem feito com que muitos pesquisadores considerem essa espécie como uma praga nos ambientes costeiros. Dessa forma, estudos que busquem compreender biologia e evolução são fundamentais para a criação de futuros planos de manejo e conservação da assembléia de aves marinhas na costa brasileira. O presente estudo teve como objetivo caracterizar a biologia reprodutiva de L. dominicanus, buscando determinar seu sucesso reprodutivo. Bem como avaliar a razão sexual de suas populações ao longo da costa brasileira e estimar a variabilidade genética de suas populações no litoral do Brasil. Para isto estudamos a biologia reprodutiva dessa espécie em uma colônia do estado de São Paulo. Observamos que L. dominicanus apresenta alto sucesso reprodutivo, cerca 70% dos ovos eclodiram e cerca de 50% dos filhotes sobreviveram até a fase de vôo. Os filhotes apresentaram um rápido crescimento, em 30 dias já estão grande o suficiente para voarem, o que os tornam aptos a escaparem os predadores. Os principais predadores dessa espécie no estado de São Paulo são os urubus, sendo a fase mais suceptível aos ataques foram a fase de ovo e os primeiros 15 dias de vida dos filhotes. Dessa forma, com uma sobrevivência de 50% dos filhotes e baixa predação após a fase de vôo, as populações de L. dominicanus potencialmente podem apresentar grandes incrementos populacionais a cada ano. A razão sexual secundária para todas as populações amostradas ao longo do litoral brasileiro não apresentaram desvio da proporção 1:1 . Isso indica que as populações de L. dominicanus devem estar estáveis, o que é esperado de populações que se reproduzem em sítos com boas condições ambientais. De forma que, os pais não precisam favorecer o sexo que apresenta menor custo reprodutivo, levando ao desvio da razão sexual. Dentro deste panorama de grande sucesso reprodutivo e proporção similar de machos e fêmeas em uma espécie de ampla distribuição geográfica, como L. dominicanus, esperávamos encontrar grande variabilidade genética dentro e entre suas 13 populações. Entretanto, os resultados do presente estudo relativos a marcadores do DNA mitocondrial revelaram um cenário oposto. Estudando dois genes mitocondriais (citb e ATPase 8 e 6) foi observado que ao longo de toda a costa brasileira a diversidade genética desse grupo foi praticamente nula. Encontramos um único haplótipo para o citocromo b e dois haplótipos para a ATPase 8 e 6 que se diferenciam por um único par de base. Essa baixa diferenciação se manteve quando ampliamos a amostragem ao longo da distribuição dessa espécie, com amostras da Península Antartica, ilhas Marion e de sequências disponíveis no Genbank provenimentes da Austrália e Ilhas Kerguelen. Para justificar essa baixa diversidade genética levantamos duas possíveis explicações, as populações de L. dominicanus teriam passado por um severo evento demográfico ou por eventos de seleção. Para distinguir entre esses dois cenários desenvolvemos 13 marcadores nucleares não ligados, buscando encontrar um padrão caso as populações de L. dominicanus tivessem passado por eventos demográficos. Eventos demográficos marcam o genoma da espécie como um todo (DNA mitocondrial e nuclear), por outro lado eventos seletivos marcam somente o loccus sob seleção e gene ligados a estes. Dessa forma, se a redução da variabilidade genética de Larus dominicanus for resultado de eventos seletivos é esperado que marcadores DNA nuclear apresentem variação, mas não apresentem sinal de expansão populacional. Nos 13 loci nucleares analisados no presente estudo foi observado grande diversidade genética e nenhum sinal de expansão populacional. Assim, concluímos que L. dominicanus é uma espécie adaptada às novas condições ambientais criadas pelas atividades antrópicas. Essa espécie apresenta grande suceso reprodutivo e nenhum desvio da razão sexual. A baixa diversidade genética observada no DNA mitocondrial comparada com a alta variabilidade encontrada em diferente loci nucleares, parece indicar que essa espécie tenha passado por um evento de seleção na molécula mitocodrial. Do ponto de vista da conservação a alta variabilidade genética encontrada no nuclear é condizente com a ampla distribuição da espécie. Aparentemente essa espécie não demonstra ter o baixo nível de diversidade a ponto de ser preocupante para a manutenção da espécie. Por outro lado, a baixa diversidade encontrada no DNA mitocondrial abre uma importante expectativa para se compreender como a evolução tem atuado nos organismos marinhos e quais os processos que tem levado à diversificacação desse grupo. / Larus dominicanus is a widely distributed species in the Southern Hemisphere, and it breeds on islands close to the continents. In the last few decades this species presented great population expansions, due to its generalist habits and its great competitive capacity. These populations expansions ended up leading to the displacement of other seabirds and marine mammals of the breeding sites. In this sense, studies that seek understanding the biology and evolution of L. dominucanus are fundamental to create management and conservation plans to the seabird assemblage on the Brazilian coast. The primary aim of this study was to characterize the reproductive biology of Larus dominicanus, in order to determine the species reproductive success. In addition we evaluated the sex ratio of the populations throughout the Brazilian coast. In order to accomplish this we studied the reproductive biology of the species in one breeding colony in São Paulo state. We observed that L. dominicanus presented high reproductive success with about 70% of the eggs hatching and 50% of the chicks surviving until the flight phase. The chicks present a fast growth and within 30 days were mature enough to fly, making them able to escape from the predators. We also observed that before the flight phase, during the egg phase and mainly the first 15 days of life, the eggs and the chicks were more susceptible to vulture attacks, the main predator of the species in São Paulo state. In this sense, with a 50% rate survival and low predation rates after the flight phase, we can infer that the populations of L. dominicanus must be going through high increments per year. The secondary sex ratio analyzed to all populations sampled through the Brazilian coast did not show deviation from the 1:1 proportion. This result indicated that the L. dominicanus populations are stable, a characteristic expected to be found in populations that breed in sites with good environmental conditions. In a case like this, the parents do not need to favor the gender that needs less energy to survive, what would lead to a deviation in the sex ratio. In this scenario of high reproductive success and equal proportion of males and females in a widely distributed species, we expected to find high levels of genetic variability both among and in the populations. Nevertheless, our mitochondrial DNA (mtDNA) data revealed an opposite situation. We studied two mitochondrial genes (cytb, ATPase 8 and 6) and observed that throughout the whole Brazilian coast the 11 genetic diversity for the group was practically null. We found only one haplotype to the cytb and two haplotypes for the ATPase 8 and 6, these last two were different for one base pair. The low differentiation was maintained when we extended the sampling to the whole species\' distribution , with samples from the Antarctic Peninsula and the Marion Islands, and sequences from the Genbank from Australia and Kerguelen Islands. We proposed two scenarios that could explain this extremely low variability, either the populations of L. dominicanus went through a severe demographic event, or through selection events. In order to distinguish among this processes, we development 13 not linked nuclear markers, searching for a common pattern between the nuclear markers and the mtDNA genes. If the L. dominicanus populations had gone through demographic events, we expected to find the same expansion signal in the nuclear markers, once demographic events would be marked in the whole genome, both nuclear and mitochondrial. On the other hand, if the low genetic variability observed resulted from selective events, we expected to find variation in the nuclear DNA, and not to find an expansion signal. Our results showed exactly the last scenario, with high genetic diversity in all 13 nuclear not linked loci and no expansion signal. Even in more detailed analyses, with a higher number of individuals, the same pattern of neutrality, and not of population expansion, for the nuclear markers was found. Therefore, we concluded that L. dominicanus is an extremely well adapted species for the new environmental conditions generated by antropic activities. The species showed great reproductive success and no deviation of the 1.1 sex ratio. The low genetic diversity observed in mitochondrial DNA compared with the high variability found in different nuclear loci, indicate that this species has gone through selective processes on the mitochondrial molecule. To the conservation point of view, the high genetic variability found in nuclear markers is in agreement with the wide distribution of the species. Apparently, this species do not present diversity levels low enough to generate worries regarding its maintenance. In addition, the low levels of diversity found on the mitochondrial DNA open new frontiers to understand how evolution has acted on marine organisms and what are the processes that lead to the diversification of this group.

Es presenta una breu síntesi dels resultats i les conclusions de cadascun dels treballs en què es divideix la tesi. 1. Quantitat de DNA. S'han aportat dades inèdites en 57 espècies i 133 poblacions del gènere Artemisia i gèneres afins i també s'ha cobert el 20% del gènere Tripleurospermum. Com a resultats remarcables, hi ha correlació positiva entre la quantitat de DNA, el nivell de ploïdia i el nombre de cromosomes i negativa entre la quantitat de DNA per genoma haploide i el nivell de ploïdia. En Artemisia aquest paràmetre varia significativament depenent del subgènere, essent el subgènere Tridentatae el que té una quantitat de DNA més elevada per genoma haploide i el subgènere Dracunculus el que la té més baixa. A més, l'heterogeneïtat en valors C dins d'un subgènere és reflex del suport que presenta en la filogènia. Es posa de manifest, doncs, el valor d'aquest paràmetre en l'avaluació d'espècies o grups d'emplaçament problemàtic. S'ha aprofundit l'estudi de quantitat de DNA en el subgènere Tridentatae, essent aquest el més ben cobert. Se n'ha analitzat la variació en un context filogenètic i considerant dades d'hàbitat, ecologia o morfologia. Es presenta la hipòtesi que les artemísies endèmiques nord-americanes mostren un contínuum d'una estratègia vital (tipus r, creixement ràpid, cicles vitals curts i elevada producció de llavors) a una altra (tipus K, creixement lent, cicles llargs i producció de llavors baixa), essent aquest procés acompanyat d'un augment considerable de la mida del genoma. 2. Cariologia i citogenètica clàssica. S'ha confirmat l'existència de dos nombres cromosòmics bàsics en Artemisia i s'ha vist que moltes de les espècies que poblen hàbitats extrems són poliploides, la qual cosa dóna suport a les hipòtesis que connecten tolerància ecològica amb poliploïdia. 3. Citogenètica molecular: hibridació in situ fluorescent (FISH) i bandatge amb fluorocroms en espècies del subgènere Tridentatae (Artemisia). El cariotip típic del grup consta de cromosomes metacèntrics i submetacèntrics, és molt simètric i homogeni i té tres loci positius per a cromomicina i per als dos tipus de DNA ribosòmic, 5S i 18S-5.8S-26S sempre en posicions telomèriques. S'ha demostrat que la seqüència telomèrica tipus Arabidopsis (TTTAGGG)n és present en aquest grup. Un dels resultats més interessants és la confirmació de la colocalització d'ambdues regions del DNA ribosòmic, que s'estén a tots els loci cromosòmics marcats; semblaria doncs que ambdós tipus de DNA ribosòmic no existeixen independentment en Artemisia, sinó que han evolucionat de manera concertada.4. Estudis de sistemàtica molecular en el subgènere Tridentatae d'Artemisia. Aquesta part del treball pretén aconseguir un marc filogenètic que reflecteixi la història evolutiva del grup. S'han seqüenciat quatre regions del DNA, dues de nuclears (ITS i ETS) i dues de cloroplàstiques (trnS-trnfM i trnC-trnS). Els arbres filogenètics generats a partir de l'ITS i l'ETS per una banda i d'ambdues regions cloroplàstiques per l'altra han produït filogènies incongruents. Les reconstruccions proporcionades per les regions nuclears estan d'acord amb els caràcters morfològics o altres estudis moleculars previs, mentre que la filogènia procedent de les regions cloroplàstiques no hi concorda. La regió ITS defineix clarament el que considerem el grup Tridentatae sensu stricto (97% provabilitat posterior). A més, l'ETS coincideix amb l'ITS a treure de Tridentatae s. s. espècies conflictives però clàssicament considerades com a membres d'aquest subgènere, com A. bigelovii, A. pygmaea, i A. rigida. Com a nou resultat, afegim que Sphaeromeria, gènere estretament relacionat amb el grup Tridentatae, queda immers dins del gènere Artemisia i és polifilètic i, per tant, un grup artificial. Les incongruències trobades fan pensar que la història evolutiva del grup Tridentatae és més semblant a una xarxa que no pas a un arbre filogenètic. Aquest treball il·lustra els problemes que poden aparèixer en intentar abordar la reconstrucció filogenètica de tàxons tan estretament relacionats i d'evolució relativament recent. / An approach to the study of the evolution and systematics in Artemisia and close genera in the scope of molecular cytogenetics and phylogeneticsBriefly, a synthesis of the main results and conclusions of this PhD thesis is presented:1. Genome size. New data for 57 species and 133 populations from genera Artemisia and allies is provided as well as for almost 20% of the genus Tripleurospermum. A positive relationship between genome size, ploidy level and chromosome number, and a negative one between monoploid genome size and ploidy have been found. In Artemisia, genome size varies significantly depending on the subgenus. The heterogeneity of C-value within a subgenus also reflects its support in the phylogeny. Additionally, genome sizes in the Tridentatae have been completely assessed, and its variation analyzed in a phylogenetic context, considering also habitat, ecological and morphological data. The North American endemic Artemisia seem to present a continuum from an "r" life strategy to a "K" life strategy, being this process accompanied by a considerable increase in genome size.2/3. Classical and molecular (FISH and chromosome banding) cytogenetics. The existence of two basic chromosome numbers is showed once more, as it is the prevalence of polyploidy. The typical Tridentatae karyotype consists of mostly metacentric and submetacentric chromosomes, with the same three positive loci for cromomycin and for both (5S and 18S-5.8S-26S) ribosomal DNA regions. The presence of the Arabidopsis-type telomeric repeat is reported for the first time in the genus. One of the most interesting outcomes is that both rDNA regions appear always co-localized; it would mean that concerted evolution has acted to homogenize this unusual rDNA repeat. 4. Molecular systematics in the Tridentatae. Four DNA regions (two nuclear, ITS and ETS, and two chloroplastic, trnS-trnfM and trnC-trnS) have been sequenced. The phylogenetic trees obtained from the nuclear data and from the chloroplast data produce inconsistent results. The phylogeny provided by the nuclear regions parallels to some extent results of previous works. ITS region clearly defines the Tridentatae sensu stricto, and coincides with ETS in placing out of this group some classically conflictual species. The genus Sphaeromeria, closely linked to the Tridentatae, appears as polyphyletic, hence artificial. The incongruousness found suggests that the relationships between these taxa are best explained as networks rather than as trees.

Submitted by Ítalo Nascimento de Carvalho (italonc@hotmail.com) on 2016-10-07T20:46:33Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ítalo Carvalho final.pdf: 739180 bytes, checksum: 19720b1177de419592608805575b05e6 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2016-10-17T11:17:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ítalo Carvalho final.pdf: 739180 bytes, checksum: 19720b1177de419592608805575b05e6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-17T11:17:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ítalo Carvalho final.pdf: 739180 bytes, checksum: 19720b1177de419592608805575b05e6 (MD5) / CAPES / Já se sabe que o excesso de conteúdos conceituais nos currículos de biologia do ensino médio é um obstáculo para uma aprendizagem bem sucedida. A grande quantidade de matéria nos currículos afeta a qualidade do ensino: afeta também a aprendizagem de conteúdos relacionados a práticas técnicas e métodos, assim como daqueles relacionados a valores, normas e atitudes. Mas mesmo que a necessidade de reduzir a quantidade de conteúdos conceituais tenha sido reconhecida há já mais de um século, há uma carência de discussões sobre critérios claros para a seleção do que deve ser mantido ou incluído nos currículos. Este trabalho se propõe a contribuir para esta questão identificando quatro critérios para a seleção de conteúdo conceitual. O primeiro é oferecer uma hierarquia de conceitos. Os conceitos abordados no ensino médio devem permitir ao estudante compreender a estrutura conceitual da biologia, incluindo os pontos de integração entre suas subáreas. Portanto, os conceitos que devemos priorizar no ensino devem preferencialmente possuir um papel estruturante na biologia. O segundo critério é que, para identificar estes conceitos, adotemos a moldura conceitual da biologia proposta por Scheiner. O terceiro é buscar um equilíbrio entre o número de conceitos relevantes para a biologia funcional e aqueles relevantes para a biologia evolutiva. Por fim, o quarto é manter um equilíbrio entre conceitos relativos aos componentes, conceitos relativos a processos e conceitos que descrevem propriedades e padrões encontrados nos sistemas biológicos e em classificações que criamos com base nestes sistemas. Se aplicados, estes critérios não apenas permitiriam que os estudantes compreendessem a estrutura conceitual da biologia, mas também lhes daria a capacidade de aprofundar seus conhecimentos desta ciência mesmo após concluírem o ensino médio. Com este artigo, pretendemos iniciar uma discussão sobre a seleção de conteúdos conceituais para os currículos de biologia do ensino médio, assim como fornecer subsídios para formadores de políticas educacionais, especificamente aqueles encarregados de estabelecer objetivos curriculares. / It is by now well-established that the excess of conceptual contents in high school biology curricula is an obstacle to successful learning. The sheer quantity of materials in curricula affects the quality of the teaching: it also affects the learning of contents related to procedures, technics and methods, as well as those related to values, attitudes and norms. While the need for reducing the amount of conceptual content has been acknowledged for more than a century, we lack discussions about clear criteria for guiding the selection of what should be kept or included in curricula. The present paper proposes to contribute to this issue by identifying four criteria for selecting conceptual contents. The first one is to provide a hierarchy of concepts. The concepts taught in high school should enable students to understand the conceptual structure of biology, including contact points among its subareas. Hence concepts that should be prioritized in teaching must preferably play a structuring role in biology. The second one is that, in order to identify these concepts, we adopt the conceptual framework for biology proposed by Scheiner. The third one is aiming for a balance between the number of concepts relevant to functional biology and those relevant to evolutionary biology. Lastly, the fourth one is keeping a balance among concepts concerning systemic components, concepts concerning processes and those which describe properties and patterns found in biological systems and classifications. If applied, these criteria could not only help to enable students to understanding the conceptual structure of biology, but also would provide them the capacity to deepen their knowledge of biology, even after they exit high school. With this paper, we intend to start a discussion on the selection of conceptual content for high school biology curricula in academic sphere, as well as providing subsidies for educational policy makers, specifically those concerned with curricular goals.

Submitted by Ítalo Nascimento de Carvalho (italonc@hotmail.com) on 2016-10-09T19:32:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ítalo Carvalho final.pdf: 739180 bytes, checksum: 19720b1177de419592608805575b05e6 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2016-10-20T11:20:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ítalo Carvalho final.pdf: 739180 bytes, checksum: 19720b1177de419592608805575b05e6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-20T11:20:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Ítalo Carvalho final.pdf: 739180 bytes, checksum: 19720b1177de419592608805575b05e6 (MD5) / CAPES / Já se sabe que o excesso de conteúdos conceituais nos currículos de biologia do ensino médio é um obstáculo para uma aprendizagem bem sucedida. A grande quantidade de matéria nos currículos afeta a qualidade do ensino: afeta também a aprendizagem de conteúdos relacionados a práticas técnicas e métodos, assim como daqueles relacionados a valores, normas e atitudes. Mas mesmo que a necessidade de reduzir a quantidade de conteúdos conceituais tenha sido reconhecida há já mais de um século, há uma carência de discussões sobre critérios claros para a seleção do que deve ser mantido ou incluído nos currículos. Este trabalho se propõe a contribuir para esta questão identificando quatro critérios para a seleção de conteúdo conceitual. O primeiro é oferecer uma hierarquia de conceitos. Os conceitos abordados no ensino médio devem permitir ao estudante compreender a estrutura conceitual da biologia, incluindo os pontos de integração entre suas subáreas. Portanto, os conceitos que devemos priorizar no ensino devem preferencialmente possuir um papel estruturante na biologia. O segundo critério é que, para identificar estes conceitos, adotemos a moldura conceitual da biologia proposta por Scheiner. O terceiro é buscar um equilíbrio entre o número de conceitos relevantes para a biologia funcional e aqueles relevantes para a biologia evolutiva. Por fim, o quarto é manter um equilíbrio entre conceitos relativos aos componentes, conceitos relativos a processos e conceitos que descrevem propriedades e padrões encontrados nos sistemas biológicos e em classificações que criamos com base nestes sistemas. Se aplicados, estes critérios não apenas permitiriam que os estudantes compreendessem a estrutura conceitual da biologia, mas também lhes daria a capacidade de aprofundar seus conhecimentos desta ciência mesmo após concluírem o ensino médio. Com este artigo, pretendemos iniciar uma discussão sobre a seleção de conteúdos conceituais para os currículos de biologia do ensino médio, assim como fornecer subsídios para formadores de políticas educacionais, especificamente aqueles encarregados de estabelecer objetivos curriculares. / It is by now well-established that the excess of conceptual contents in high school biology curricula is an obstacle to successful learning. The sheer quantity of materials in curricula affects the quality of the teaching: it also affects the learning of contents related to procedures, technics and methods, as well as those related to values, attitudes and norms. While the need for reducing the amount of conceptual content has been acknowledged for more than a century, we lack discussions about clear criteria for guiding the selection of what should be kept or included in curricula. The present paper proposes to contribute to this issue by identifying four criteria for selecting conceptual contents. The first one is to provide a hierarchy of concepts. The concepts taught in high school should enable students to understand the conceptual structure of biology, including contact points among its subareas. Hence concepts that should be prioritized in teaching must preferably play a structuring role in biology. The second one is that, in order to identify these concepts, we adopt the conceptual framework for biology proposed by Scheiner. The third one is aiming for a balance between the number of concepts relevant to functional biology and those relevant to evolutionary biology. Lastly, the fourth one is keeping a balance among concepts concerning systemic components, concepts concerning processes and those which describe properties and patterns found in biological systems and classifications. If applied, these criteria could not only help to enable students to understanding the conceptual structure of biology, but also would provide them the capacity to deepen their knowledge of biology, even after they exit high school. With this paper, we intend to start a discussion on the selection of conceptual content for high school biology curricula in academic sphere, as well as providing subsidies for educational policy makers, specifically those concerned with curricular goals.

Submitted by Wellington Bittencourt dos Santos (biowell@hotmail.com) on 2017-09-25T20:45:01Z No. of bitstreams: 1 TESE VERSAO CORRIGIDA 11.09.17.pdf: 9731589 bytes, checksum: 9ad3be10d785ad17dd91e309980486e2 (MD5) / Approved for entry into archive by NUBIA OLIVEIRA (nubia.marilia@ufba.br) on 2017-12-06T19:43:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE VERSAO CORRIGIDA 11.09.17.pdf: 9731589 bytes, checksum: 9ad3be10d785ad17dd91e309980486e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-06T19:43:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE VERSAO CORRIGIDA 11.09.17.pdf: 9731589 bytes, checksum: 9ad3be10d785ad17dd91e309980486e2 (MD5) / CAPES (que além de fornecer a minha bolsa regular de doutorado, também me contemplou com uma bolsa PDSE, que permitiu a realização do meu estágio de doutorado sanduíche na Sorbonne, Paris). / O objetivo do estudo aqui relatado se refere a uma análise de conteúdo realizado através do tratamento de redes conceituais. Buscamos analisar a relação entre ideias internalistas e externalistas na evo-devo, tal qual exposto nos livros técnicos do campo. Ferramentas computacionais analíticas foram utilizadas para gerar e investigar as redes conceituais, como uma forma de explorar o arcabouço conceitual subjacente aos discursos dos livros. As redes conceituais foram construídas a partir das conectividades estabelecidas entre os conceitos-chave, previamente selecionados e validados por especialistas em biologia evolutiva, evo-devo e filosofia da biologia. Estes conceitos-chave foram utilizados como indicadores das abordagens internalista e externalista nos livros analisados. Utilizamos diversas métricas da teoria das redes complexas para entender o papel dos conceitos na estrutura da rede. Essas métricas nos permitiram avaliar a centralidade dos conceitos em relação às conectividades estabelecidas na rede. Também realizamos a partição de redes em comunidades conceituais, formadas por conceitos que estão mais fortemente conectados entre si. Posteriormente, buscamos compreender como essas comunidades estão relacionadas com a homofilia (estabelecimento de vínculos com membros de uma mesma comunidade) e heterofilia (estabelecimento de vínculos com membros das outras comunidades) entre os conceitos que compõem as redes. A estruturação de redes dos quadros conceituais na evo-devo nos permitiu: (i) investigar possíveis integrações atuais entre o pensamento externalista, que prevaleceu na síntese evolucionária moderna, e o pensamento internalista, que tem sido importante na história das ideias evolutivas e tem novamente recebido mais atenção desde o surgimento da biologia evolutiva do desenvolvimento; (Ii) fornecer um quadro analítico útil do panorama atual da reestruturação teórica experimentada pela biologia evolutiva. / The objective of the study reported here is a content analysis performed by the treatment of conceptual networks. We seek to analyze a relationship between internal and external ideas in evo-devo, such as approaches in field technical books. Analytical computational tools used to generate and investigate as conceptual networks, as a form of exploration or conceptual framework underlying the discourses of books. The conceptual networks were constructed from selected key concepts that were validated by specialists in evolutionary biology, evo-devo and philosophy of biology. These key concepts were used as indicators of the internal and external approaches in the books analyzed. We use several metrics in complex network theory to understand the topologic structure of the conceptual network. These metrics are oriented towards the evaluation of a centrality of the concepts in relation to the connectivities established in the network. We also perform a network partition in conceptual communities, formed by concepts that are strongly connected to each other. Later, we looked at how these communities are related with the homophilia (heterogeneity of ties with members of the same community) and the heterophilia among the concepts that make up the networks. The structuration of conceptual frameworks in evo-devo makes it possible: (i) to investigate possible current integrations between externalist thinking, which prevailed in the modern evolutionary synthesis, and internalist thinking, which has been important in the history of evolutionary ideas and has gained more attention since the emergence of evolutionary developmental biology; (ii) to provide a useful analytical framework of the current panorama of theoretical restructuring experienced by evolutionary biology.

FAMA, Francisca Gardênia Carlos. A compreensão e o ensino da evolução biológica pelos docentes de escolas públicas no município de Maracanaú-Ce. 2016. 84 f. Dissertação (Mestrado em Ensino de Ciências e Matemática) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Erivan Almeida (eneiro@bol.com.br) on 2016-11-11T17:30:16Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_fgcfama.pdf: 976871 bytes, checksum: cf246c533ac869866b2bca77b46ac78a (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2016-11-14T11:19:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_fgcfama.pdf: 976871 bytes, checksum: cf246c533ac869866b2bca77b46ac78a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-14T11:19:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_fgcfama.pdf: 976871 bytes, checksum: cf246c533ac869866b2bca77b46ac78a (MD5) Previous issue date: 2016 / The Biological Evolution has a great importance to the comprehension to Biology studies, as well as to citizens‟ formation, since it is considered the main point for a better comprehension of biological processes. This work intends to verify the main views presented by teachers‟ high school biology at public schools at Maracanaú’s city (Ceará), about evolution as well as its way of dealing with it on a day-to-day, especially in controversial issues surrounding the evolutionary theory. For this, we applied a questionaries to the biology teachers in these schools between April and November 2015. In the analysis of these questionaries, it was verified that teachers have some difficulties to these study thoughts of Biologic Evolution, especially to the concept and meaning of natural selection to control of evolution evidences, of mistaken conceptions sometimes connected to questionably designated as such scientific knowledge. Evolutionary biology, in our reality, is not a priority up to its potential and importance, in order to contribute to the needs of society in the field of their social applications, such as in research, combat genetic diseases and treatment and plant breeding, thus ensuring survival of living beings. / A Evolução Biológica possui grande importância para a compreensão da Biologia, bem como para a formação dos cidadãos, uma vez que é considerada o eixo norteador para o entendimento dos processos biológicos. O presente trabalho tem por objetivo principal verificar as concepções apresentadas pelos professores de Biologia do Ensino Médio de seis escolas da rede pública do município de Maracanaú-Ceará a respeito da Evolução, e sua forma de lidar com o assunto no dia-a-dia, sobretudo nos assuntos polêmicos que cercam a Teoria Evolucionista. Para isso, aplicam-se como instrumento de coleta um questionário entre os meses de abril a novembro de 2015 para os professores que ministram a disciplina de Biologia na 3ª série do ensino médio dessas escolas. Na análise desses questionários, verificou-se que os professores tem dificuldade em relação ao objeto de estudo da Evolução Biológica, especialmente no que diz respeito ao conceito e significado de seleção natural ao domínio das evidencias evolutivas, ao uso de conceitos equivocados, muitas vezes ligados a conhecimentos pseudocientíficos. A Biologia Evolutiva, na nossa realidade, não é uma prioridade à altura de seu potencial e importância, para poder contribuir com as necessidades da sociedade no campo de suas aplicações sociais, como nas pesquisas, combates das doenças genéticas, tratamento e melhoramento de plantas, garantindo, assim, a sobrevivência dos seres vivos.