Resumo: Usando o modelo de Peyrard-Bishop [2] exploramos o limiar de energia para existência de localização de energia, assim como a dinâmica de um par de cadeias de osciladores representando o DNA. Em trabalho recente [9], obteve-se o limiar de energia para uma cadeia homogênea. Neste trabalho os resultados para cadeias homogêneas e não homogêneas serão considerados. A não homogeneidade é tratada na forma de blocos com diferentes parâmetros para o potencial de Morse. O potencial de Morse é usado para simular as ligações de hidrogênio que estabilizam a dupla hélice do DNA. Esta é uma primeira aproximação para a molécula real.Os resultados mostram que o valor da energia crítica, a energia mínima para haver localização de energia, é uma função da presença de interfaces entre os blocos e a dinâmica revela que essa localização se restringe ao bloco inicialmente excitado. / Abstract: Using the Peyrard-Bishop model [2] we explore the threshold energy for energy localization as well as the dynamics of a DNA chain. In a recent work [9], the threshold energy for localization in homogeneous chain have been obtained. Here results for homogeneous and nonhomogeneous chains are considered. This nonhomogeneity is treated as blocks with different values for the parameters in the Morse Potential, the usually used potential function for simulating the Hbonds in the DNA double helix. This is a suitable first approximation for the real molecule. The results show the threshold energy depends on the presence of block interfaces and the dynamics shows that localization is restricted to the block initially excited. / Orientador: José Roberto Ruggiero / Coorientador: Elso Drigo Filho / Banca: José Roberto Ruggiero / Banca: Jayme Vicente de Luca Filho / Banca: Masayoshi Tsuchida / Mestre

Orientador: Regina Maria Barreto Cicarelli / Coorientador: Ángel Carracedo Alvarez / Banca: Greiciane Gaburro Paneto / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Banca: Celso Teixeira Mendes Júnior / Banca: Raquel Mantuanelli Scarel Caminaga / Resumo: Os marcadores polimórficos short tandem repeats do cromossomo X (X.STR) são de utilização recente na prática forense, sendo aplicados, principalmente, com a finalidade de complementar os dados obtidos com marcadores genéticos autossômicos. Tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados da população brasileira em relação aos X.STRs, este projeto teve o objetivo de determinar as frequências alélicas e os parâmetros estatísticos de interesse forense para 10 X.STRs na população de São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Sudeste do Brasil). Posteriormente, os X.STRs foram genotipados em casos deficientes de relação biológica e, com o objetivo de compilar os dados genéticos populacionais brasileiros publicados para X.STRs, este projeto desenvolveu o Banco Genético Brasileiro do Cromossomo X (BGBX). Para isso, foram analisados 1001 indivíduos não relacionados e residentes nas cidades descritas acima e 3 casos deficientes de relação biológica. Os marcadores X.STRs foram amplificados em sistema decaplex e submetidos à eletroforese em analisador genético ABI377 e ABI3500. Os programas GeneScan e GeneMapper ID.X foram utilizados para a determinação alélica e, a planilha Excel e o programa Arlequin, para a determinação das frequências alélicas, parâmetros estatísticos e análise de distância genética entre diferentes populações. Em relação aos X.STRs analisados, os marcadores DXS6809 e GATA172D05 foram os mais discriminativos, enquanto os marcadores DXS8378, DXS7133 e DXS7423 apresentaram os menores poder de discriminação. Diferenças significativas de frequências alélicas foram obtidas dentre as populações brasileiras e entre estas e demais populações estrangeiras, sendo que uma maior distância genética foi obtida em relação à população africana de Uganda... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The short tandem repeat polymorphic markers of X chromosome (X.STR) are of recent use in forensic practice, been applied mainly in order to complement the data obtained with autosomal genetic markers. Given the needs of expansion of the Brazilian population data in relation to X.STRs, this project aimed to determine the allele frequencies and the statistical parameters of forensic interest to 10 X.STRs in the population from São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Southeast of Brazil). Subsequently, the X.STRs were genotyped in deficient kinship cases and, with the aim of compiling the Brazilian genetic population data published for X.STRs, this project developed the Brazilian Genetic Database of Chromosome X (BGBX). For this, we have analyzed 1001 unrelated individuals, residents in the cities previously described, and three deficient kinship cases. The X.STR markers were amplified in decaplex system and submitted to electrophoresis on ABI377 and ABI3500 genetic analyzers. GeneScan and GeneMapper ID.X softwares were used to determine the allele and, Excel spreadsheet and Arlequin software, for the determination of allele frequencies, statistical parameters and genetic distance analysis between different populations. Regarding the X.STRs analyzed, markers DXS6809 and GATA172D05 were the most discriminative, while the markers DXS8378, DXS7133 and DXS7423 showed the lowest discrimination power. Significant differences in allele frequencies were obtained within Brazilian populations and between these and other foreign populations, and a greater genetic distance was... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Reinaldo José Bertini / Banca: Alexander Wilhelm Armin Kellner / Banca: Antonio Roberto Saad / Resumo: O presente trabalho aborda a Sistemática da Infra-Ordem Notosuchia, sob o ponto de vista filogenético, buscando alternativas que possam contribuir para a Taxonomia do grupo. Uma revisão de materiais reúne infomações paleontológicas, geológicas e biocronológicas para espécies e formas caracterizadas como parte do clado. Materiais inéditos são descritos para Mariliasuchus amarali e Notosuchus terrestris, permitindo uma melhor compreensão de aspectos morfo-anatômicos, evolutivos e paleoecológicos destas espécies. O Gênero Uruguaysuchus é reavaliado com relação a validade de materiais e sua composição. Restos referentes a uma nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano são descritos e posicionados filogeneticamente. Análise filogenética foi conduzida para 24 taxons, com o uso de 179 caracteres, resultando em 14 árvores igualmente parcimoniosas, com Parcimônia de Fitch, bem como 4 árvores mais parcimoniosas para a aplicação de Parcimônia de Wagner à 26 séries de ordenação. Os resultados permitiram, entre outros aspectos: (a) a identificação de nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano como grupo-irmão de Sphagesaurus huenei; (b) a confirmação da posição filogenética de Mariliasuchus e seu "status" como Notosuchidae; (c) a caracterização de Notosuchia como grado; (d) a sugestão de descrição em uma nova superfamília e uma nova infraordem no âmbito dos Metasuchia. Análise filogenética adicional, a partir de adaptação da metodologia formal, permitiu a reavaliação da posição filogenética de Chimaerasuchus paradoxus em relação a outros Crocodylomorpha e o estabelecimento de previsões de caráter evolutivo, anatômico e biocronológico. / Abstract: The present study approaches the systematic of the Infra-Order Notosuchia, under the scope of phylogenetics, searching for taxonomic propositions. A revision of the material gathers informations on Paleontology, Geology and Biocronology related to Notosuchia. Unpublished specimens from both Mariliasuchus amarali and Notosuchus terrestris are described, allowing a better comprehension of morpho-anatomic, evolutionary and paleoecological aspects concerning these species. The Genus Uruguaysuchus is revised on the validity of some materials and its composition. Unpublished data on a new notosuchian crocodylomorph species are described and its phylogenetic position is discussed. Phylogenetic analysis was conducted for 24 taxa, with the use of 179 characters, resulting in 14 equally parsimonious trees with the use of Fitchþs Parsimony, just like four equally parsimonious trees with the use of Wagnerþs Parsimony for 26 characters. The results allowed, among other aspects: (a) assigning the new notosuchian crocodylomorph species as the sister-group of Sphagesaurus huenei; (b) to corroborate Mariliasuchus as a Notosuchidae; (c) to understand Notosuchia as a grade; (d) the suggestion of a new superfamily and a new infraorder among metasuchian crocodylomorphs. Aditional phylogenetial analysis, with modifications to the original methodology, allowed a reevaluation of the phylogenetic position of Chimaerasuchus paradoxus within other groups of Crocodylomorpha and the construction of evolutive, anatomical and biocronologic previsions. / Mestre

Resumo: A formação da musculatura esquelética nos membros de frango é um processo complexo, dividido em várias etapas, desde a formação do somito, progenitor da musculatura, até o músculo propriamente dito. O presente trabalho teve o objetivo de caracterizar o perfil de expressão de genes associados aos fatores miogênicos MyoD, MRF4 e Miogenina (responsáveis pela formação e manutenção da musculatura) e Miostatina. Utilizaram-se 40 animais de duas linhagens (20 de corte e 20 de postura), cujos tecidos das coxas e sobrecoxas foram coletados em duas idades (21 e 42 dias póseclosão). A técnica de PCR quantitativa foi empregada nas análises da expressão gênica e os dados obtidos foram analisados com a utilização do programa REST (Ferramenta para análise de expressão relativa - Relative Expression Software Tool) que se baseia em quantificação relativa. Devido à divergência fenotípica no padrão de crescimento das linhagens estudadas, esperava-se encontrar diferenças na expressão de miostatina, as quais não foram confirmadas. Por outro lado, foram verificadas diferenças para MRF4 nos músculos Gastrocnêmio (coxa) e Biceps (sobrecoxa) em ambas as idades, e 9 para Miogenina, em Gastrocnêmio, aos 42 dias; com maior expressão na linhagem CC. A caracterização dos genes estudados foi parcial, abrindo a possibilidade para que outros genes possam ser selecionados com intuito de compreender o desenvolvimento muscular em frangos. / Abstract: The development of the chicken limb muscles is a complex process, divided into several stages from the initial somite formation to the muscle itself. This study aimed to characterize expression profile of genes associated to myogenic factors MyoD, MRF4 and Miogenin (responsible for muscle formation and maintenance) and Miostatin. It was used 40 animals from two lines (20 broiler and 20 layer), whose thigh and drumstick tissues were collected at two ages (21 and 42 days post-hatch). Gene expression employed techniques of quantitative PCR and data were analyzed by REST program, which is based on a relative quantification. Due to phenotypic divergence in the growth pattern of the strains studied, it was expected to find differences in the expression of miostatin that were not confirmed. On the other hand, differences were found for MRF4, with highest expression in CC line. The characterization of genes studied was partial, opening the possibility that other genes may be selected in order to understand the muscle development in chickens. / Orientador: Patrícia Pasquali Parise-Maltempi / Coorientador: Helena Javiel Alves / Banca: Millor Fernandes do Rosário / Banca: Anderson Luis Alves / Mestre

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000404513-Texto+Completo-0.pdf: 1028706 bytes, checksum: a8e4e2acda48a4cad3f7fe0c6dd36f7d (MD5) Previous issue date: 2008 / The aim of the present study was to identify the distribution patterns of migratory fishes in the Jacuí River basin (Rio Grande do Sul, Brazil), proposing a mathematical model of presumed distribution based on geomorphologic environmental data. Through maps of occurrence probability, we hope to contribute to decisions regarding basin environmental management. The analyzed species were: Salminus brasiliensis (dourado), Leporinus obtusidens (piava), Prochilodus lineatus (grumatã) and Pimelodus maculatus (pintado). Samples were made through interviews with fishermen and local inhabitants, covering the main channel and tributaries of the rivers Jacuí, Taquarí-Antas, Vacacaí, Vacacaí-Mirim, Pardo, Pardinho, Sinos and Caí. The probability of migratory fishes occurrence were adjusted through the LOGIT routine of the Software Idrisi Andes: P = e (bo + b1. altitude + b2. basin areas). (1+e(bo + b1. altitude + b2. basin area))-1, where P is the occurrence probability of the species (0-1) and b0, b1 e b2 are the equation parameters. The sampling program resulted in 204 interviews, being 187 considered as valid at 155 different sites. P. maculatus, present in 109 points (70. 3%), was the specie with wider distribution; while L. obtusidens, present only in 49 points (32. 6%), was the specie with the most restricted distribution. P. lineatus and S. brasiliensis showed intermediate results: 68 (43. 9%) and 56 points (36. 1%), respectively. Model accuracy, for estimated presence, ranged from 82% to 93%. Equation parameters were estimated as follow: S. brasiliensis: b0= -2,8762 ± 0. 2597; b1= -1,3028 ± 0. 0332; b2= 1,1487 ± 0,0301; L. obtusidens: b0= -0. 8364 ± 0. 2213; b1= - 1. 5564 ± 0. 0462; b2= 0,9947 ± 0,0206; P. lineatus: b0= -0. 3176 ± 0. 2731; b1= -1. 3067 ± 0. 0544; b2= 0,8128 ± 0,0177; P. maculatus: b0= -0,9487 ± 0. 3688; b1= -0,8269 ± 0. 0496; b2= 0,9255 ± 0,0304. / O objetivo do presente estudo foi identificar o padrão de distribuição de peixes migradores da bacia hidrográfica do rio Jacuí (Rio Grande do Sul, Brasil), propondo um modelo matemático de distribuição presumida baseado em parâmetros ambientais geomorfológicos. Através de mapas de probabilidade de ocorrência, espera-se contribuir para a tomada de decisões relacionadas ao gerenciamento de bacias hidrográficas. As espécies analisadas foram: Salminus brasiliensis (dourado), Leporinus obtusidens (piava), Prochilodus lineatus (grumatã) e o Pimelodus maculatus (pintado). As amostras foram obtidas a partir de entrevistas com pescadores e moradores locais, percorrendo-se a calha principal dos rios Jacuí, Taquarí-Antas, Vacacaí, Vacacaí-Mirim, Pardo, Pardinh o, Sinos e Caí. A probabilidade de ocorrência de peixes migradores foi ajustado utilizando-se a rotina LOGIT do software Idrisi Andes: P = e (bo + b1. altitude + b2. área de bacia). (1+e(bo + b1. altitude + b2. área de bacia))-1; onde P é a probabilidade de ocorrência da espécie (0-1) e bo, b1 e b2 são os parâmetros da equação. O programa de amostragens resultou em 204 entrevistas, sendo 187 consideradas como válidas em 155 pontos diferenciados. P. maculatus, presente em 109 pontos (70,32%), foi a espécie que apresentou a distribuição mais ampla; enquanto que L. obtusidens, ocorrente em 49 pontos (32,61%), foi a espécie com a distribuição mais restrita. P. lineatus e S. brasiliensis apresentaram resultados intermediários: 68 (43,87%) e 56 pontos (36,13%), respectivamente.A precisão do modelo, para a presença estimada, ficou entre 82% e 93%. Os parâmetros estimados da equação são descritos a seguir: S. brasiliensis: b0= -2,8762 ± 0. 2597; b1= -1,3028 ± 0. 0332; b2= 1,1487 ± 0,0301; L. obtusidens: b0= -0. 8364 ± 0. 2213; b1= -1. 5564 ± 0. 0462; b2= 0,9947 ± 0,0206; P. lineatus: b0= -0. 3176 ± 0. 2731; b1= -1. 3067 ± 0. 0544; b2= 0,8128 ± 0,0177; P. maculatus: b0= -0,9487 ± 0. 3688; b1= -0,8269 ± 0. 0496; b2= 0,9255 ± 0,0304.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000341103-Texto+Completo-0.pdf: 382099 bytes, checksum: 3462727a5a5cd9a14ce2bd41ec6e7f84 (MD5) Previous issue date: 2005 / Liophis j. jaegeri is a small Neotropical colubrid snake of the Tribe Xenodontini that occurs in southeastern and southern Brazil (including southeastern Mato Grosso do Sul), and Uruguay. To access data on its reproductive biology and diet, we analyzed the developmental stages of the gonads, and the prey items of 313 specimens from all its geographical range of occurrence. The snout-vent length (SVL) varied from 195. 0 to 430. 0 mm (x = 309. 9; dp = 51. 4; n = 84) in mature males, and from 291. 0 to 527. 0 mm (x = 360. 2; dp = 38. 0; n = 107) in mature females. Males and females reached the sexual maturity with SVLs 75. 0% and 161. 0% greater than the mean SVL of the newborns, respectively, with 195. 0 and 291. 0 mm of SVL and 8-10 and 10-12 months of age. The number of vitellogenic follicles varied from one to 12 (x = 4,9; dp = 2,5; n = 48), and the number of oviductal eggs varied from three to 10 (x = 5,4; dp = 2,2; n = 16). There was no significative relation between the female SVL and the number of eggs. The reproductive cycle is seasonal: vitellogenic follicles were found from August to March, and oviductal eggs from September to January. Based on the seasonal distribution of females with vitellogenic follicles or oviductal eggs, and in records of clutches and hatchlings observed in captivity or presented in the literature, it is possible to infer that mating start in August, the cluthes have three to 13 eggs and occur from October to February, and that the recruitment occur from December to April after 56-84 days of incubation. Liophis j. jaegeri feeds almost exclusively on anurans, mainly leptodactylids.From the dissected stomachs, 30 (9. 6%) contained 50 items: 47 anurans (94. 0% of the items, being 42. 0% Leptodactylidae, 20. 0% Hylidae, 8. 0% Bufonidae, and 24. 0% unidentified anurans), two fishof the family Characidae (4. 0%), and one unidentified vertebrate (2. 0%). Within 38 prey items, 25 (65. 8%) were ingested headfirst. Fourteen prey items were measured (total length, TL) and varied from 2. 0% to 8. 0% of the snout-vent length (SVL) of the predator snake. The relation between the snake SVL and the prey TL was not significant. We conclude that Liophis j. jaegeri is an anurophagic specialist snake that eats only very small prey, which do not need to be manipulated and headfirst oriented before swallowing. The small size of the head of L. j. jaegeri, in relation to its SVL, appears to be the main factor restraining its capacity of swallowing large prey. / Liophis j. jaegeri é um colubrídeo neotropical da Tribo Xenodontini que ocorre desde o sudeste e sul do Brasil (incluindo o sudeste do Mato Grosso do Sul) até o sul do Uruguai. Este trabalho tem por objetivo conhecer a biologia reprodutiva e a dieta de L. j. jaegeri, com base na análise de 313 espécimes procedentes de toda sua área de distribuição. O comprimento rostro-cloacal (CRC) de L. j. jaegeri variou de 195,0 a 430,0 mm ( x = 309,9; dp = 51,4; n = 84) nos machos maduros, e de 291,0 a 527,0 mm ( x = 360,2; dp = 38,0; n = 107) nas fêmeas maduras. Machos e fêmeas atingem a maturidade sexual com CRC 75,0% e 161,0% maior que a média do CRC dos recémnascidos, respectivamente. O número de folículos vitelogênicos e ovos no oviduto variou de 1 a 12 ( x = 4. 9; dp = 2,5; n = 48) e 3 a 10 ( x = 5,4; dp = 2,2; n = 16), respectivamente. A relação entre o CRC das fêmeas e o número de ovos não foi significativa. O ciclo reprodutivo é sazonal: folículos vitelogênicos foram encontrados nos meses de agosto a março e ovos nos ovidutos de setembro a janeiro. Com base na distribuição sazonal de fêmeas com folículos vitelogênicos ou ovos nos ovidutos, e no registro de desovas e nascimentos ocorridos em cativeiro ou documentados na literatura, presume-se que os acasalamentos iniciem em agosto, as desovas sejam compostas por 3-13 ovos e ocorram de outubro a fevereiro, e os nascimentos de dezembro a abril, após um período de incubação de 56-84 dias. Liophis j. jaegeri se alimenta quase que exclusivamente de anuros, primariamente leptodactilídeos. Dos estômagos analisados, 30 (9,6%) apresentaram 50 itens: 47 anuros (94,0% dos itens, sendo 42,0% Leptodactylidae, 20,0% Hylidae, 8,0% Bufonidae, e 24,0% anuros de famílias não identificadas), dois peixes da família Characidae (4,0%), e um vertebrado não identificado (2,0%).Dentre 38 presas analisadas, 25 (65,8%) foram ingeridas pela região anterior do corpo. Quatorze presas foram medidas, apresentando o comprimento total variando entre 2,0% e 8,0% do comprimento rostro-cloacal das serpentes que as ingeriram. A relação entre o comprimento rostro-cloacal das serpentes e o comprimento total de suas presas não foi significativa. Liophis j. jaegeri é anurófaga especialista, alimentando-se apenas de presas proporcionalmente pequenas, não prevalecendo o caráter oportunista condicionado pelo encontro de presas de diversos tamanhos. Nesta serpente, o pequeno tamanho da cabeça, em relação ao CRC, parece impedir a ingestão de presas proporcionalmente grandes.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000381920-Texto+Completo-0.pdf: 876083 bytes, checksum: ceb9bfa254d0505b754ca74de08e4b98 (MD5) Previous issue date: 2005 / According to several authors, the furnariids L setaria (Araucaria Tit-spinetail) and L. striolata (Striolated Tit-spinetail) are strongly associated with the Araucaria angustifolia. (Araucaria trees) In this study, we test hypotheses of association and dependence of A. angustifolia and evaluate the degree of trophic niche overlapping between these furnariids. From November 2003 to August 2004 the behavior of these bird species was studied through the focal-animal sampling method in three transects distributed in areas varying in human disturbance (altered, conserved, and plantation) in northeastern State of Rio Grande do Sul. The variables analyzed were number of individuals foraging together, species and plant structures inspected, foraging height, height of the tree visited, and distance covered during foraging among others. Leptasthenura setaria searches for food in pairs and sometimes in small groups, it shows a strong trend to forage in A. angustifolia, mainly in the upper canopy, and its foraging is concentrated in green leaves (“grimpas”) of this coniferous species. On the other hand, L. striolata tends to forage solitarily in small branches of shrub species (e. g. , Baccharis sp. ). Leptasthenura setaria and L. striolata diverge in several aspects of their ecology that may facilitate their coexistence. Whereas the conservation of L. setaria seems to be related to Araucaria forests, the same is not true for L. striolata. This study provides information that may help elaborating management plans for the conservation of these furnariids. / Segundo vários autores, os furnariídeos L. setaria (grimpeiro) e L. striolata (grimpeirinho) apresentam uma forte associação com a Araucaria angustifolia (pinheiro-do-paraná). Neste estudo, testa-se as hipóteses de associação e dependência da A. angustifolia e avalia-se o grau de sobreposição do nicho trófico destes furnariídeos. Durante o período de novembro de 2003 a agosto de 2004 o comportamento destas espécies foi estudado através do método animal-focal em três transectos em áreas com diferentes níveis de intervenção antrópica (alterada, conservada e plantio) no nordeste do Rio Grande do Sul. As variáveis analisadas foram número de indivíduos forrageando, espécies e estruturas vegetais inspecionadas, altura de forrageio e dos espécimes vegetais visitados e distância percorrida entre outras. Leptasthenura setaria forrageia aos pares e algumas vezes em pequenos grupos, possui uma forte tendência em forragear em A. angustifolia, preferencialmente na parte superior da copa, e o seu substrato de forrageio preferencial são os ramos/grimpas verdes desta conífera. Por outro lado, L. striolata tende a forragear solitária em ramos verdes de espécies arbustivas (p. ex. , Baccharis sp. ). Leptasthenura setaria e L. striolata divergem em vários aspectos de sua ecologia alimentar, o que pode facilitar a sua coexistência. Enquanto a conservação de L. setaria parece estar relacionada às florestas com araucária, o mesmo não ocorre com L. striolata. As informações deste trabalho poderão auxiliar na elaboração de planos de manejo para a conservação destes furnariídeos.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000381156-Texto+Completo-0.pdf: 13539828 bytes, checksum: 28fa782a88d5f55c0b350e9d01fdb83e (MD5) Previous issue date: 2006 / The anatomy and osteology of Parotocinclus maculicauda (Steindachner, 1877) is described and compared with other loricariids and astroblepids examined. The skeleton of Parotocinclus maculicauda exhibits fusions, reductions of size and number of bones, among others. New structures of bony elements not previously described in traditional literature are described. In addition, this hypoptopomine was used as a descriptive model in the search for informative characters for the phylogenetic study of the subfamily Hypoptopomatinae. Based on 169 characters of osteology and external morphology, a phylogenetic analysis of 114 terminal loricariid taxa, especially of the subfamilies Hypoptopomatinae and Neoplecostominae was performed. The results allow to rediagnose the subfamily Hypoptopomatinae, recognizing 24 genera. Five monophyletic assemblages are recognized as new genera and 30 new species are identified. We found no support for a monophyletic Otothyrini and hence tribes previously recognized within Hypoptopomatinae are not maintained in this study. The inclusion of representatives of other loricariid subfamilies in the analyses provided a better understanding of loricariid phylogenetic relationships and biodiversity. Complementarily, a new species of the hypoptopomatine catfish genus Otocinclus is described from two localities in the upper Río Amazonas basin. The new taxon can be easily distinguished from all congeners but Otocinclus cocama by the heavily pigmented single bat-shaped spot on the posterior portion of caudal fin. From O. cocama it is distinguished by color pattern, consisting of a wide dark lateral stripe. The new species is possibly more closely related to a clade formed by O. huaorani, O. mariae, O. bororo, O. mura, and O. cocama. Finally, Otocinclus arnoldi from the La Plata basin is resurrected from the synonymy of O. flexilis, described from rio Jacuí basin.Also, Otocinclus mimulus from a tributary of the Río Paraná drainage is considered as a junior synonym of Otocinclus arnoldi. / A anatomia e osteologia de Parotocinclus maculicauda (Steindachner, 1877) são descritas e comparadas com outros loricariídeos e astroblepídeos examinados. O esqueleto de Parotocinclus maculicauda exibe fusões, reduções de tamanho e de número de óssos, entre outros. Novas estruturas ou elementos ósseos não descritos previamente na literatura tradicional, são descritos. Em adição, este hypoptopomatíneo foi utilizado como um modelo descritivo na busca de caracteres informativos para o estudo filogenético da subfamília Hypoptopomatinae. Baseado em 169 caracteres de osteologia e morfologia externa, foi realizada uma análise filogenética de 114 táxon terminais de loricariídeos, especialmente das subfamílias Hypoptopomatinae e Neoplecostominae. Os resultados permitem a re-diagnose da subfamília Hypoptopomatinae, reconhecendo 24 gêneros. Cinco agrupamentos monofiléticos são reconhecidos como gêneros novos, e 34 novas espécies são identificadas. Não foi encontrado suporte para demonstrar a monofilia de Otothyrini e as tribos previamente reconhecidas dentro de Hypoptopomatinae não são mantidas neste estudo. A inclusão de representantes de outras subfamilias de Loricariidae na análise forneceu um melhor entendimento das relações filogenéticas e da biodiversidade dos Loricariidae. Complementarmente, uma nova espécie de hypoptopomatíneo do gênero Otocinclus é descrita de duas localidades no alto rio Amazonas. O novo táxon pode ser facilmente distinguido dos outros congêneres, exceto Otocinclus cocama, pela presença de uma única marca, fortemente pigmentada, em forma de morcego, na parte posterior da nadadeira caudal. De O. cocama a nova espécie é distinguida pelo padrão de colorido, que consiste em uma larga faixa lateral escura.A nova espécie é possivelmente mais proximamente relacionada a um clado formado por O. huaorani, O. mariae, O. bororo, O. mura e O. cocama. Finalmente, Otocinclus arnoldi da bacia do rio da Prata é revalidado da sinonímia de O. flexilis, descrito da bacia do rio Jacuí. Também, Otocinclus mimulus de um tribuitário do Rio Paraná, é considerado sinônimo júnior de Otocinclus arnoldi.

Made available in DSpace on 2014-10-18T02:01:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000462081-Texto+Completo-0.pdf: 1430487 bytes, checksum: 4c2af366716f369356b61bcee2b250d0 (MD5) Previous issue date: 2014 / Brazil is a large country, were each region shows a particular pattern of admixture population. To evaluate the agreement between different forensic anthropology tools to determine ancestry and sex in a region of this country, we perform morphological and genetic analysis in a sample of 25 crania from cemeteries and Universities from Porto Alegre metropolitan region, south of Brazil. Those analysis consists in cranioscopy evaluation of 8 cranial traits, 16 craniometric measurements, and allele amplification of 13 autosomal short tandem repeats (STRs) loci of the CODIS system (TPOX, D3S1358, FGA, D5S818, CSF1PO, D7S820, D8S1179, TH01, vWA, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11) plus other two loci (D2S1338, D19S433) and amelogenin, using the Identifiler® Plus Kit loci Amelogenin and The NGM™ Kit loci. Genetics and morphological data were then compared to ancestral populations' database of cranial measurements, Howells and Hanihara database, and STR allele frequencies from individuals of African, Amerindian and European origin. Our results showed cranioscopy and craniometry based on Hanihara database were the most accurate morphological tools to determine sex, and probably ancestry as well. This can be explained by the fact that Howells database is not composed of populations who effectively colonized Brazil, and a more resembled craniometric database could turn Brazilian forensic identification analysis more precise and accurate. / Porto Alegre é a maior cidade do Rio Grande do Sul, sul do Brasil. Sua população é composta principalmente por descendentes de portugueses, com a contribuição de outras populações europeias, africanos e indígenas. Neste estudo, para a estimativa da ancestralidade e sexo, foram utilizadas as metodologias de cranioscopia (8 caracteres), craniometria (16 medidas/índices) e a análise de marcadores genéticos STR em uma amostra de 25 crânios provenientes da região metropolitana de Porto Alegre, sul do Brasil. A análise craniométrica da ancestralidade foi realizada por meio de análise discriminante utilizando a distância de Mahalanobis, com o software FORDISC 3. 0 baseado no banco craniométrico de Howells, e com o software Statistica 12 utilizando o banco craniométrico de Hanihara. Foram utilizados os 13 (STRs) loci do sistema CODIS (CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, FGA, TH01, TPOX, vWA) acrescido de mais dois loci STR (D2S1338, D19S433) e Amelogenina, utilizando os kits AmpFlSTR Identifiler® Plus Kit e AmpFlSTR NGM™ da Applied Biosystems®.A comparação dos resultados entre os dados craniométricos e de marcadores STR demonstra que as duas metodologias apresentam resultados pouco concordantes. Em se tratando da comparação da craniometria usando dois bancos de dados distintos, o banco de Hanihara se mostrou mais preciso na determinação do sexo e, possivelmente, da ancestralidade, se comparado ao banco de Howells. Isso pode se dever ao fato de que o banco Hanihara é composto de indivíduos de populações europeias, africanas e indígenas originais similares as que efetivamente colonizaram o Brasil. Os resultados obtidos indicam a necessidade de um banco de dados craniométrico contendo populações ancestrais brasileiras, o que seria importante para aumentar a eficiência das identificações em Antropologia Forense no Brasil.

Made available in DSpace on 2014-11-12T01:01:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000462290-Texto+Completo-0.pdf: 2133615 bytes, checksum: 5c5628b9cc5fd71ee1dcc7d68f182c36 (MD5) Previous issue date: 2014 / Tuberculosis (TB) is an infectious disease caused mainly by Mycobacterium tuberculosis. The increasing number of infected patients among immune compromised populations and emergence of drug-resistant strains has created urgent need of new strategies to treat TB. Understanding relevant pathways (as the purine salvage) will reveal details of M. tuberculosis that might be used to develop new strategies to combat this pathogen. Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (HGPRT) is an enzyme from the purine phosphoribosyltransferase (PRTase) family and catalyzes the conversion of hypoxanthine or guanine and 5-phosphoribosyl-α-1-pyrophosphate (PRPP) to inosine 5’-monophosphate (IMP) or guanosine 5’-monophosphate (GMP), and pyrophosphate (PPi). Here we describe the mode of action of M. tuberculosis HGPRT (MtHGPRT) through kinetic and thermodynamical analysis. Experiments were also performed to determine the oligomeric state in solution, pH, temperature and solvent isotope effects. These data allows us to compare MtHGPRT to homologues from other species and look for similarities and differences in its mechanism and constants. We hope the experiments presented here will contribute to the understanding of this pathogen purine salvage pathway. / A Tuberculose (TB) é uma doença infecciosa causada principalmente por Mycobacterium tuberculosis. O aumento de pacientes infectados entre a população imunocomprometida e a emergência de cepas resistentes a drogas criam uma necessidade de novas estratégias para tartar a TB. Entender como funcionam as vias metabólicas relevantes, como a via de salvamento de purinas, poderá revelar detalhes do M. tuberculosis que poderão ser úteis para o desenvolvimento de novas estratégias de combate a este patógeno. A hipoxantina-guanina fosforribosiltransferase (HGPRT) é uma enzima da familia das purina fosforribosiltransferases (PRTase) e catalisa a conversão de hipoxantina ou guanina e 5-fosforribosilpirofosfato-α-1-pirofosfato (PRPP) em inosina 5’-monofosfato (IMP) ou guanosina 5’-monofosfato (GMP) respectivamente, com a liberação de pirofosfato inorgânico (PPi). Aqui nós descrevemos o modo de ação da HGPRT de M. tuberculosis (MtHGPRT) através de análises cinéticas e termodinâmicas. Também foram realizados experimentos para determinar o estado oligomérico da enzima em solução e os efeitos de pH, temperatura e efeitos isotópicos do solvente. Esses dados nos permitem comparar a MtHGPRT com homólogos de outras espécies e procurar por similaridades e diferenças nos seu mecanismo e constantes. Nós esperamos que os experimentos apresentados aqui contribuam para o entendimento da via de salvamento de purinas desse patógeno.