Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-16Bitstream added on 2014-06-13T19:08:49Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_iep_me_botib.pdf: 634855 bytes, checksum: c96cf169bba179f1ace49fe3a550f384 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os resultados de muitos experimentos em áreas da biologia, como a farmacologia, a bioquímica e a agronomia, geralmente são analisados por ajustes de modelos não-lineares através dos quais pretende-se explicar a resposta através dos fatores pré-especificados no experimento. As estimações dos parâmetros ou das funções de interesse podem ser imprecisas se os níveis dos fatores não forem adequadamente escolhidos, impossibilitando ao pesquisador a obtenção da informação desejada sobre o objeto de estudo. A construção de um delineamento ótimo, que maximize a informação sobre algum aspecto de interesse, é crucial para o sucesso da prática experimental. O objetivo deste trabalho foi a obtenção de delineamentos D-ótimos exatos para modelos não-lineares utilizados para estudar cinética enzimática e transporte de minerais no organismo, como o de Michaelis-Menten e o de RiU. Para este fim, duas abordagens foram consideradas, a saber, a de delineamentos localmente ótimos e a pseudo-Bayesiana. Com o auxílio dos algoritmos genético e exchange foi possível obter delineamentos D-ótimos exatos para o modelo de Michaelis-Menten, para o modelo de RiU e para ambos, considerando-se valores diferentes e distribuições com diversos coeficientes de variação como informação a priori / The results of many experiments in biological fields, as pharmacology, biochemistry and agriculture, usually are analyzed by fitting nonlinear models, which are supposed to describe well the resp'onse to the pre-specified factors in the experiment. The estimates of the parameters or of their functions of interest could be imprecise if the factor levels are not adequately chosen. The construction of an optimum design, which maximizes the information about some aspect of interest, is crucial for the success of the experimental practice. The aim of this work was constructing exact D-optimal designs for nonlinear models usually used in studies of enzyme kinetics and mineral transport in organisms, such as the Michaelis-Menten and RiU models. Two approaches were considered, the locally optimal and pseudo- Bayesian designs. Genetic and Exchange algorithms were used for getting exact designs aiming at the Michaelis-Menten model, aiming at the RiU model, each one separately, and aiming at both models when considering a composite criterion. Different values and probability distributions with several variation coefficients were considered as prior information

Resumo: A dengue tornou-se, na última década, a mais importante arbovirose em temos de morbidade e mortalidade, afetando, aproximadamente, 100 milhões de pessoas ao ano. A doença é causada por um vírus de RNA cadeia simples, o qual é transmitido através da picada de mosquitos do gênero Aedes, presentes ao longo de toda a região tropical e subtropical do mundo. Uma vez que não existem vacinas contra a dengue e seus sintomas são semelhantes aos de outras doenças, um método diagnóstico rápido e confiável é fundamental para o controle efetivo de epidemias. Os principais métodos diagnósticos utilizados atualmente são os ensaios imunoenzimáticos de captura de IgM (MAC-ELISA) e a detecção do RNA virai através de RT-PCR. A eficiência dessas duas técnicas, no entanto, é variável e depende da qualidade dos reagentes e do protocolo utilizado. A fim de contribuir para a melhoria das técnicas de diagnóstico atualmente utilizadas no Brasil, desenvolveu-se esse trabalho, cujos principais objetivos foram: 1) obter antígenos específicos e a um baixo custo, capazes de substituir antígenos produzidos em cérebro de camundongo, utilizados em um teste de MAC-ELISA desenvolvido no Brasil; 2) estabelecer um protocolo de PCR em tempo real para detectar o RNA do vírus da dengue em amostras de soro humano, utilizando como protótipo o sorotipo 1 do vírus (DEN1). Os antígenos usados no teste de MAC-ELISA foram produzidos em cultivo celular e foram testados utilizando-se 50 soros de indivíduos suspeitos de infecção por dengue. Os resultados foram comparados com os do teste original. Apenas dois resultados discordantes foram obtidos. A análise dessas duas amostras por uma terceira técnica (dot-blot) confirmou os resultados obtidos com o antígeno feito em cultura, sugerindo que este, além de ser mais facilmente produzido, é mais sensível e específico. Os dois testes sorológicos detectaram um número maior de amostras positivas entre os soros coletados após o sétimo dia de início dos sintomas. O protocolo de PCR em tempo real desenvolvido nesse trabalho foi comparado com um protocolo de nested PCR descrito na literatura. Ambos os testes foram avaliados quanto sua sensibilidade e especificidade utilizando RNA de vírus da dengue dos sorotipos 1 (DEN1) e 2 (DEN2) e de vírus da febre amarela. A nested PCR foi capaz de detectar o RNA proveniente de 2x102 FFU/ml, enquanto que a sensibilidade da PCR em tempo real foi inferior a 6,25x10"1 FFU/ml. A PCR em tempo real para DEN1 não foi capaz de amplificar amostras de DEN2, mas detectou como positivas as amostras de febre amarela, o que não ocorreu na nested PCR. O mesmo painel de soros testado por ELISA foi submetido às duas técnicas de PCR e os resultados obtidos foram comparados. A baixa sensibilidade da nested PCR foi confirmada pela baixa taxa de detecção observada quando RNAs extraídos diretamente dos soros foram usados na reação. Quando os soros foram passados em cultura celular antes da extração do RNA, porém, o número de amostras positivas aumentou consideravelmente, indicando que essa etapa é importante para o melhor funcionamento dessa técnica. A maior sensibilidade da PCR em tempo real parece compensar, no entanto, esse problema. As duas técnicas de PCR detectaram um número maior de amostras positivas entre os soros coletados antes do sétimo dia após o início dos sintomas, indicando que os métodos moleculares são complementares aos testes sorológicos e as duas abordagens devem, portanto, ser utilizadas em conjunto a fim de garantir um diagnóstico preciso. Além disso, os resultados até o momento obtidos sugerem que, devido sua maior sensibilidade e simplicidade, a PCR em tempo real é mais apropriada, do que a nested PCR, para o diagnóstico da dengue.

Resumo: Um estudo sobre os padrões de distribuição dos eglídeos (Crustacea, Anomura, Aeglidae) com ocorrência no Estado do Paraná e a variação intraespecífica morfológica de Aegla schmitti dentre populações isoladas pelo conjunto de montanhas da Serra do Mar foi realizado. A análise do padrão de distribuição foi realizado principalmente com base em visitas à coleções científicas, porém coletas adicionais foram realizadas, especialmente nas bacias hidrográficas dos rios Iguaçu, Ribeira do Iguape, Tibagi e Litorânea, de fevereiro de 2009 a outubro de 2012. Em cada coleta as seguintes variáveis abióticas foram mensuradas: temperatura da água (ºC), oxigênio dissolvido (mg/L), saturação de oxigênio (%), condutividade elétrica (?S/cm), potencial hidrogeniônico (pH), velocidade de correnteza do riacho (m/s), vazão da água (m³/s) e teor de matéria orgânica volátil do substrato (%), volume (m³) e área (m²) coberta por material vegetal, sedimento e rochas. A influência do isolamento geográfico e padrões locais foram analisados em relação a duas localidades: no Rio Arraial, pertencente à Bacia Hidrográfica Litorânea e Rio Capivari, pertencente à Bacia Hidrográfica do Ribeira do Iguape. Sete espécies foram registradas para o Estado do Paraná. Exceto Aegla lata, que foi restrita à Bacia Hidrográfica do Rio Tibagi, todas as demais estão distribuídas em mais de uma bacia hidrográfica. Aegla schmitti se distribuiu ao longo dos rios das bacias do Iguaçu, Ribeira do Iguape e Litorânea; A. marginata nas bacias Litorânea e Ribeira do Iguape; A. paulensis do nordeste do Estado de São Paulo na Bacia do Rio Paraíba do Sul até o norte do Paraná, na Bacia do Ribeira do Iguape; A. castro, do sul do Estado de São Paulo até a Bacia do Arroio Guarauma no Estado do Paraná; A. parva da porção leste do Estado de Santa Catarina, na Bacia do Rio Cubatão, até o sul do Estado do Paraná, na Bacia do Rio Iguaçu; e A. parana apresenta ocorrência ao longo das bacias dos rios Rio Iguaçu e Paraná. O padrão de distribuição geográfica foi consistente com alguns pardrões e eventos geológicos que moldaram a paisagem na região. Presença de eglídeos ou sua ausência em algumas localidades foi em decorrência de atividades humanas e condições ambientais locais. Técnicas de morfometria geométrica foram utilizadas para verificar o efeito do isolamento geográfico e condições locais diferenciadas sobre o formato da carapaça e própodo dos quelípodos de A. schmitti. Cada população apresentou sua própria composição de forma. Os locais analizados apresentaram somente o teor de oxigênio dissolvido e a área e volume de material vegetal similares entre si, as características limonlógicas diferenciadas dos riachos fizeram com que diferentes parâmetros ambientais influenciassem a distribuição de A. schmitti. No Rio Arraial, as variáveis melhor explicam a distribuição dos machos foi velocidade de correnteza e matéria orgânica do sedimento e percentual de matéria orgânica no sedimento para fêmeas, enquanto no Rio Capivari, esses parâmetros foram área do substrato coberto por rochas para machos e volume de sedimento e pH para as fêmeas. Os dados sugerem uma partição espacial da ocupação do espaço por machos e fêmeas nesses riachos, com os primeiros ocupando regiões com maior velocidade de correnteza e as fêmeas com preferência pelas margens, regiões com maior depósito de material orgânico e sedimentos. A fim de comparar aspectos das populações viventes na porção leste (Rio Arraial) e oeste (Rio Capivari) da Serra do Mar, os seguintes parâmetros populacionais foram avaliados: tamanho médio da maturidade morfológica, composição de tamanho das categorias demográficas, período reprodutivo, tamanho do início da maturidade sexual gonadal e curva de crescimento de von Bertalanffy. Com relação aos parâmetros populacionais machos e fêmeas de A. schmitti apresentaram estimativas diferenciadas de tamanho médio do início da maturidade sexual morfológica. Para os machos essa estimativa ficou em 10,94 e 11,14mm de comprimento da carapaça (CC), para os rios Arraial e Capivari, já para as fêmeas a passagem para a fase adulta ocorreu por volta dos 10,62 e 9,92mm de CC para os mesmos locais. Indivíduos juvenis de ambas as populações e fêmeas adultas do Rio Capivari apresentaram quelípodos de tamanho similar, enquanto os machos adultos apresentaram o quelípodo esquerdo maior tanto em comprimento quanto altura. Para a avaliação da biologia reprodutiva das fêmeas o estado de maturação gonadal foi registrado através da visualização da cor e do tamanho dos ovários na superfície ventral do abdômen e classificados em cinco categorias: imatura (IM), em desenvolvimento (ED), desenvolvido (D), oviposição iminente (OV) e ovígera (OVI), da mesma forma o período reprodutivo da espécie foi determinado através da frequência de fêmeas ovígeras ao longo do período de amostragem. Fêmeas com ovários em estágio 2 ou mais avançado foram amostradas em todos os meses do ano, exceto em Setembro, no Rio Capivari, quando somente indivíduos com gônadas imaturas foram coletados. O período reprodutivo durou dois meses a mais na população do Rio Arraial (de abril a outubro). O tamanho médio da maturidade sexual funcional foi estimado em 13,10mm e 16,25mm CC nos rios Arraial e Capivari, respectivamente. No presente estudo foi observado que o método de amostragem influenciou a proporção das categorias demográficas, principalmente no Rio Capivari, onde a população foi menos numerosa. Juvenis foram amostrados em todas as estações do ano, porém o principal período de recrutamento ocorreu em outubro, novembro e dezembro, período que se seguiu ao da desova. As curvas de crescimento nos machos dos rios Arraial e Capivari foram representadas pelas equações Ct=26,50[1-e-0,004(t+53,36)] e Ct=34,79[1-e-0,0024(t+122,34)], respectivamente. Já para as fêmeas dos mesmos locais as curvas de crescimento são representadas pelas seguintes equações: Ct=23,07[1-e-0.0027(t+23,18)] e Ct=25.52[1-e- 0,0033(t+19,51)]. O CC máximo estimado para machos e fêmeas foi de 26,50 e 23,07mm no Rio Arraial, e no Rio Capivari, 34,79 e 25,52mm de CC para machos e fêmeas respectivamente. A longevidade A. schmitti foi estimada em 2,0 anos para as fêmeas de ambas as populações e de 2,5 anos para os machos do Rio Arraial e 3,0 anos para os machos do Rio Capivari. O isolamento geográfico e as diferentes condições locais parecem atuar conjuntamente na fixação de diferenças em parâmetros populacionais e morfológicas em A. schmitti.

Resumo: Os modelos numéricos são ferramentas muito utilizadas hoje em dia para o entendimento da hidrodinâmica estuarina. Eles permitem otimizar custos de monitoramento e expandir o conhecimento sobre a área de estudo através de simulações computacionais. O Complexo Estuarino de Paranaguá (CEP) se localiza na porção centro-norte do litoral do Paraná e é composto por dois corpos d'água conectados por diversos canais de maré, sendo que o eixo Leste-Oeste compreende as baias de Paranaguá e Antonina, área de estudo deste trabalho. O objetivo desse estudo foi aplicar, calibrar e validar o modelo hidrodinâmico Delft3D para as duas baías em questão. Para tanto, foram realizadas simulações para testar a influência de parâmetros físicos e numéricos no modelo e analisar as possíveis discrepâncias entre os dados medidos e simulados. A calibração do modelo foi realizada com dados do projeto DESPORT referentes à campanha de Fevereiro/2008 e sua validação com dados de Setembro/2007. A resolução da grade computacional foi refinada baseando-se na grade originalmente criada para o CEP por Herrling (2003). Os resultados mostraram forte influência das componentes não-lineares e de pequeno fundo da maré dentro do estuário, conseqüência das interações de fenômenos advectivos e de atrito. O parâmetro de rugosidade de fundo (Chezy) foi testado com diferentes valores, e o que representou melhor as condições reais foi o coeficiente de 65 m0, 5/s-1, apesar de ficar evidente a necessidade de um mapa de valor de coeficiente variável. A análise dos mapas de intensidade de corrente apontou um efeito de barreira hidráulica nas regiões de alargamento da baía durante as máximas velocidades de correntes. Nesses períodos as velocidades do canal principal impedem a renovação de água e Material Particulado em Suspensão nessas regiões mais largas, situação que foi evidenciada em frente ao Porto de Paranaguá. Já nos períodos de inversão de marés, essa região apresentou formações de vórtices devido às oscilações das componentes de maré, que interagem entre si e com a irregularidade da morfologia do fundo. O modelo conseguiu representar alguns dos efeitos das componentes não-lineares na dinâmica do CEP, porém algumas interações são mais difíceis de serem modeladas, principalmente durante eventos de maré baixa ou quadratura, quando esses efeitos são mais pronunciados. Nessas situações o modelo teria que ser mais bem ajustado para esse tipo de comportamento não-linear.

Workflows científicos são projetados para realizar experimentos in silico com o intuito de processar e analisar uma grande quantidade de dados usando simulação computacional. Os experimentos são organizados como uma sequência de etapas que caracterizam um fluxo de execução, onde em cada etapa utilizam-se diferentes softwares. Estes softwares não possuem um modelo de representação de dados comum. Por isto, quando um workflow científico é construído com o objetivo de integrar e processar dados, cada etapa precisa analisar a estrutura dos dados, processá-los e preparar os mesmos de acordo com a estrutura necessária para a execução da próxima etapa do workflow. Desta maneira, os workflows científicos usam diferentes algoritmos provenientes das áreas da matemática e da ciência da computação, os quais são capazes de processar, armazenar e transformar os dados utilizados em informação útil para diferentes análises de pesquisadores de biologia. Adicionalmente, a biologia de sistemas é uma subárea da bioinformática que ajuda a compreender as interações observadas entre populações de moléculas, células e organismos resultantes do aumento da complexidade biológica. Assim, nesta tese de doutorado, buscou-se desenvolver workflows científicos utilizando-se ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas para comparar processos biológicos através da geração de redes de interação proteínaproteína. Para tanto, o programa Dis2PPI foi gerado por meio de um workflow científico que possibilitou integrar os bancos de dados de doenças monogênicas OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) com o programa de metabuscas STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins). O objetivo desta integração foi gerar uma rede de interação proteína-proteína associada com doenças de natureza monogênica. Como prova de conceito, o programa Dis2PPI foi utilizado para a obtenção de redes de interação para as síndromes xeroderma pigmentosa e de Cockayne, duas doenças monogênicas raras e cujos fenótipos estão associados com acúmulos de danos de DNA, câncer, progeria e neurodegeneração. Uma vez geradas, estas redes foram avaliadas com o uso ferramentas de biologia de sistemas para análise de ontologia gênica e de centralidade no programa Cytoscape. Da mesma forma, o programa Net2Homology foi gerado através de um desenho de um workflow científico que possibilitasse integrar o resultado de um alinhamento de sequências de proteínas, usando o programa NCBI PSI-BLAST, com o programa de metabuscas STRING. Neste sentido, o programa Net2Homology possibilitou recuperar duas redes de interação proteína-proteína associada a dois organismos diferentes. Este mesmo programa foi utilizado para a obtenção de redes de interação para a doença xeroderma pigmentosa e para a enzima ciclo-oxigenase-1 cruzando as informações dos organismos Homo sapiens e Mus musculus. As redes de interação obtidas foram comparadas visando obter os processos biológicos evolutivamente conservados. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T12:38:59Z No. of bitstreams: 1 Tese Daniel Luis Notari.pdf: 7846140 bytes, checksum: ebfd645042f867b8840d5ab9083411bc (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T12:38:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Daniel Luis Notari.pdf: 7846140 bytes, checksum: ebfd645042f867b8840d5ab9083411bc (MD5) / Scientific workflows can be used to design in silico experiments to process and analyse a great amount of data using computational simulation. In this sense, all in silico experiments are organized as a sequence of steps that characterize an execution flow, where each steps employ different softwares. It is important to note that these softwares do not employ a common structure or model to represent data. Thus, taking into account the diversity of softwares and data representation, a scientific workflow should be built to integrate and process data, where each step must be able to analyse the data structure, to process these data and finally generate a new data structure that provide the requirements needed to execute the next step of the workflow. It is important to note that scientific workflows use mathematics and computer sciences methods capable to process, storage, and transform these data into useful information. In addition, a subarea of Bioinformatics termed Systems biology helps to understand the interactions observed between populations of molecules, cells and organisms as the result of the increase of biological complexity. Thus, the purpose of this work was to develop scientific workflows using bioinformatics and system biology softwares with the purpose to compare different biological processes from the generation of proteinprotein interaction (PPI) networks. In this sense, the Dis2PPI software was design as a scientific workflow to integrate OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) database with metasearch program STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) in order to retrieve protein-protein interaction networks associated to monogenic diseases. The Dis2PPI was used to generate PPI networks for xeroderma pigmentosum and cockayne syndromes, two rare monogenic diseases associated with DNA damage, cancer, progeria, and neurodegeneration. The PPI networks generated were analyzed with Cytoscape program and specific plugins that evaluate gene ontologies and centrality analysis. By its turn, Net2Homology program was designed as a scientific workflow to integrate NCBI PSI-BLAST sequence alignments with STRING metasearch program to recovery PPI networks associate with two different species. In this sense, Net2Homology was used to obtain PPI network for xeroderma pigmentosum disease and cyclooxigenase-1 enzyme by crossing Homo sapiens and Mus musculus information. A comparison between these networks was realized to verify the major evolutively conserved biological process.

Orientador: Marcio José Tiera / Banca: Sebastião Roberto Taboga / Banca: Laura Tiemi Okano / Banca: Mário Sérgio Galhiane / Banca: Miguel Jafelicci Júnior / Resumo: A quitosana tem emergido na última década como um bom candidato para a entrega genética devido suas propriedades, como baixa toxicidade, biodegradabilidade e versatilidade, como vetor em administração intravenosa e oral. Além disso, possui a capacidade de condensar de forma eficiente com o DNA formando poliplexos resistentes, o que é importante para evitar a degradação por desoxirribonucleases ( DNAses). As nanopartículas resultantes têm recebido grande atenção por suas potenciais aplicações em terapia gênica não viral. Neste trabalho foi realizada a síntese, caracterização e estudo físico químico das nanopartículas formadas pela interação de derivados hidrofílicos de quitosana com DNA. As interações entre derivados de quitosana contendo os grupos fosforilcolina e os grupos poli(etileno glicol) com DNA foram investigadas com base nos efeitos da razão de cargas, pH e conteúdo dos grupos substituintes (PC e PEG) sobre o tamanho e estabilidade dos complexos. Nos estudos foram utilizadas as técnicas de fluorescência com o ensaio do brometo de etídio (EtBr), eletroforese em gel de agarose, espalhamento de luz dinâmico e microscopia de fluorescência. O tamanho e estabilidade coloidal das nanopartículas preparadas com quitosana desacetilada (CHD), quitosana-fosforilcolina (CH-PC) e quitosana-PEG (CH-PEG) mostraram-se fortemente dependentes do conteúdo dos grupos hidrofílicos, bem como, da razão de cargas e pH. A força de interação foi avaliada por meio de ensaio com EtBr. Para razões de carga (N/P) maiores que 5,0, nenhuma liberação do DNA foi observada das nanopartículas por eletroforese em gel. As nanopartículas formadas pela interação dos derivados com DNA (CH-PC-DNA e CH-PEG-DNA) em baixos valores de pH exibiram uma maior resistência à agregação quando... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Chitosan has been recognised in the past decade as a good candidate for gene delivery due to its properties as low toxicity, biodegradability and versatility as a carrier for intravenous and oral administration. Also, the ability to condense efficiently with DNA forming tight polyplexes is important to avoid the degradation by DNAses. The resulting nanoparticles have received great attention for their potential applications in nonviral gene therapy. In this work it was carried out the synthesis, characterization and physicochemical studies of nanoparticles formed by the interaction of hydrophilic derivatives of chitosan with DNA. The interactions between chitosan derivatives containing phosphorylcholine (CH-PC) and poly(ethylene glycol) (CH-PEG) moieties and calf thymus DNA (DNA) were investigated focusing on the effects of the charge ratio, the pH and phosphorylcholine content on the size and stability of the complexes using the ethidium bromide fluorescence assay, gel electrophoresis, dynamic light scattering and fluorescence microscopy. The size and colloidal stability of deacetylated chitosan (CH-DNA), CH-PC-DNA and CH-PEG-DNA complexes were strongly dependent upon phosphorylcholine (PC) and poly(ethylene glycol) contents, charge ratios and pH. The interaction strengths were evaluated by ethidium bromide fluorescence and, at N/P ratios higher than 5.0, no DNA release was observed in any synthesized CH-PC-DNA and CH-PEG-DNA polyplexes by gel electrophoresis. The CH-PC-DNA and CH-PEG-DNA polyplexes exhibited a higher resistance to aggregation compared to deacetylated chitosan (CHD) at neutral pH. At low pH values highly charged chitosan and its phosphorylcholine and PEG derivatives had strong binding affinity with DNA, whereas at higher pH values chitosan (CHD) formed... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Julieta Rodini Engracia de Moraes / Banca: José Correa de Lacerda Neto / Banca: Helton Luiz Aparecido Delfino / Resumo: Os glicosaminoglicanos polissulfatados (GAGPS) são amplamente utilizados no tratamento das doenças articulares degenerativas de várias espécies. O escopo deste estudo foi o de analisar morfologicamente o efeito do tratamento com glicosaminoglicanos polissulfatados (GAGPS) na organização do colágeno na área de regeneração tendínea de tendões flexores superficiais em dez cavalos árabes de ambos os sexos após injúria pela colagenase. Segmentos de 20 tendões flexores digitais dos membros torácicos lesionados pela colagenase e tratados com GAGPS (n=10) ou com salina (n=10) foram corados pelo método de picrossírius e analisados em microscópio de luz polarizada 150 dias após a injúria. A análise morfométrica foi realizada contando-se o número de feixes de colágeno organizados e desorganizados em cada um dos animais, em lâminas coradas pelo método de picrossírius empregando-se ocular integradora Carl Zeiss. A área delimitada pela ocular integradora foi determinada por meio de retículo quadriculado (Olympus, Tokyo). Para as contagens foram tomados ao acaso cinco campos, de dois cortes em duas lâminas de cada animal onde foram considerados os feixes presentes nos pontos de intercessão das linhas do retículo. Os resultados foram analisados estatisticamente e revelaram significante aumento das fibrilas de colágeno organizadas nos tendões tratados com GAGPS. Desta forma, conclui-se que GAGPS foi efetivo na regeneração tendínea, sendo assim indicado por seu efeito morfológico no processo cicatricial observado neste estudo. / Abstract: The aim of this study was to accompany the process of testicular development from the indifferentiable phase to its complete formation. Embryos and fetuses of Nelore breed cows (Bos taurus indicus) were obtained in slaughterhouses near the Uberlandia city, Minas Gerais. As soon as the females were slaughtered, the uterus was opened and the embryos and fetuses gathered. The gonads and the smaller embryos were fixed in Bouin's fixative and afterwards processed for conventional optical microscopy. It was carried out the PCR (Polymerase Chain Reaction) from parts of embryos whose sex could not be identified macroscopically. The gonadal ridge was observed firstly in a 1.0 cm long embryo. In 2.5 cm long embryos the presence of the albuginea allowed the sex identification. The mean thickness of the albuginea ranged from 29.1 to 558.5 mm. Gradually increase of vascularization of the albuginea and parenchyma was observed. The mediastinum was located centrally. There was a decrease in the space occupied by the testicular cords, from 63.7 to 42.0 % of the total testes volume. Its diameter ranged from 31.7 to 48.8 mm. The diameter of germinal cells (and their nuclei) ranged from 12.3 (6.6) to 16.9 914.2) mm. The quantity of germinal cells by cross section of cord decreased from a maximum of 2.8 to 0.86. The total number of germinal cells was from 16 at the beginning of colonization of the gonad to 18.3 x 106 at the end of the study. The number of Sertoli's cells by cross section of cord ranged from 10.0 to 16.2. The results showed that the origin and formation of testes in embryos and fetuses from Nelore breed cows (Bos taurus indicus) does occur in a very similar way to what is described for Bos taurus taurus. / Mestre

Orientador: José Gonçalves Franco Jr. / Coorientador: Mario Cavagna / Banca: João Batista Alcantara Oliveira / Banca: Claudia Guilhermino Petersen / Resumo: Poucos estudos avaliando o efeito da idade paterna nos resultados de RA tem sido descritos na literatura. A idade avançada do homem parece influenciar na função reprodutiva masculina em menor grau quando comparada com a idade da mulher, pelo simples fato da ocorrência de nascimentos de crianças de pais com idade entre 70 e 94 anos. O efeito da idade paterna na qualidade do sêmen tem sido discutido na literatura porém os resultados são contraditórios. Frente a tais contradições, este artigo de revisão tem como objetivo descrever e discutir os dados da literatura no que diz respeito a influência da idade paterna nos parâmetros seminais (volume, concentração, motilidade e morfologia) , nos danos do DNA espermático , nos resultados de rerpodução assistida (fertilização, desenvolvimento embrionário, implantação, gravidez, aborto e nascimentos) e em doenças genéticas / Abstract: Few studies evaluating the effect of paternal age on the results of ART has been described in the literature. Advanced paternal age seems to influence the male reproductive function to a lesser degree than the female's, as evidenced by the fact that babies have been fathered by aged 70 to 94 years. The effect of paternal age on semen quality has been discussed in the literature but the results are not consistent. Front these contradictions this review article aims to describe and discuss the literature data on the influence of paternal age on the semen parameters (volume, concentration, motility and morphology), sperm DNA damage, outcomes of ART (fertilization, embryo development, implantation, pregnancy, abortion and birth) and genetic disease / Mestre

Orientador: Eduardo Bagagli / Coorientador: Raquel Cordeiro Theodoro / Banca: Robson Francisco Carvalho / Banca: Renata Castiglioni Pascon / Resumo: Leveduras do gênero Candida são consideradas os principais agentes de micoses sistêmicas oportunistas, que aumentaram nas duas últimas décadas, devido ao número cada vez maior de hospedeiros com algum grau de comprometimento do sistema imune. Diferentes espécies podem apresentar diferentes perfis clínico-epidemiológicos, assim, um maior conhecimento do perfil molecular e uma correta identificação dos isolados faz-se necessária. Com o sequenciamento de genomas completos de algumas espécies de Candida, tornou-se possível a descoberta e melhor compreensão de algumas regiões gênicas peculiares com importantes implicações evolutivas, biotecnológicas e de desenvolvimento de novas opções terapêuticas. Dentre estas regiões gênicas, destacam-se alguns elementos genéticos parasitas, dentre eles os inteins ou internal proteins, descobertos recentemente e ainda pouco estudados em populações de Candida. Este trabalho avaliou a ocorrência dos inteins nos genes VMA (ATPase vacuolar) e ThrRS (treonil RNAt-sintetase) na população de Candida de interesse médico (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis e C. glabrata), possibilitando um maior conhecimento dos perfis moleculares e filogenéticos dos isolados causadores de infecção em nossa região. Foi comprovado também que ambos os inteins aqui pesquisados apresentam um potencial como marcador molecular para a identificação destas espécies, bem como as espécies crípticas do complexo psilosis / Abstract: Not available / Mestre

Resumo: Protonectina e Protonectina 1-6 são peptídeos extraídos do veneno da vespa social Agelaia pallipes pallipes. O primeiro apresenta atividade hemolítica, de degranulação de mastócitos e quimiotática, enquanto o segundo apresenta somente a atividade quimiotática quando atuam isoladamente. A associação destes dois peptídeos, em proporção 1:1 produz um aumento nas atividades hemolíticas e de degranulação de mastócitos, enquanto a atividade quimiotática decresce acentuadamente, ou seja, em associação apresentam um comportamento mais acentuado de interação com membranas. Dados de dicroísmo circular mostram que, quando associados, há um pequeno acréscimo no percentual de aminoácidos em conformação de hélice-α. A proposta deste trabalho é analisar, usando dinâmica molecular, os aspectos conformacionais da Protonectina isolada e em associação com a Protonectina 1 - 6 em misturas de TFE-água, para entender se e como ocorre essa associação, procurando destacar quais fatores podem ser determinantes nesse processo. A Protonectina isolada foi estudada por meio de dinâmicas moleculares de equilíbrio e dinâmica associada ao método de troca de réplicas. Com esse método, obteve-se dezesseis trajetórias de 60 ns varrendo o intervalo de temperaturas de 287 a 342 K, usando uma conformação em hélice alfa ideal como estrutura inicial. Usando o software WHAM e parâmetros como o RMSD e a primeira das componentes de uma Análise de Componentes Principais, PCA, como coordenadas de reação, obteve-se a superfície de energia livre, que apresenta dois mínimos principais. O mínimo com energia mais baixa contém estruturas ordenadas, com parte dos resíduos em alfa-hélice, ou em hélice-5 ou, ainda, numa combinação de "turns" e B-bridges, enquanto conformações aleatórias são encontradas no segundo mínimo. Destes dados o tempo de transição... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Protonectin and Protonectin 1- 6 are peptides extracted from the venom of the social wasp Agelaia pallipes pallipes. While Protonectin presents hemolytic, mast cell degranulation and chimiotactic activities, protonectin 1-6 just presents the chimiotactic activity. When these peptides are mixed at 1:1 molar ratio the hemolytic and mast cell degranulation activities increase while the chemiotactic decreases significantly. Circular Dicroism data shows a small increase in the amount of residues in ordered structures, alfa helix, for example. The purpose of this work is to analyse the conformational features of these peptides isolated and in association in TFE-water mixtures using molecular dynamics simulation to understand if this association occurs or not and how. The Protonectin was studied using equilibrium MD simulations and associating Molecular dynamics and the replica exchange methods. With this method, sixteen trajectories of the 60 ns in the range 287 - 342 K was simulated, all the replicas starting from an ideal alfa helix. Using the WHAM software, RMSD parameters and the first Principal Components Analysis, PCA, we have the free energy surface, that presents two principals minimums. One corresponding to structures with some organization some residues in α-helix, 5-helix or turns associated with b-bridges. The other minimum presents structures in coil conformation. The "folding" time were stimated and the stability of the conformations are discussed. Starting from typical structures found in the equilibrium dynamic associated with the replica exchange method six 60 ns trajectories were simulated. These simulations comprove some stabilization of the structures found at the energy minimum. The association of Protonectin and Protonectin 1- 6 was studied using equilibrium molecular dynamics run during at ~300 ns in the ambient temperature. The results suggest that there... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: José Roberto Ruggiero / Coorientador: Jorge Chahine / Banca: Pedro Geraldo Pascutti / Banca: Márcia Perez dos Santos Cabrera / Mestre