Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-10-19T13:17:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337733.pdf: 2596779 bytes, checksum: c5381f2da78b8237b60b5e66535caf71 (MD5) Previous issue date: 2015 / Os decápodes representam um grupo de crustáceos que obteve sucesso evolutivo em ambientes diferentes, e apresentam características que os tornam de interesse para estudos de biologia do desenvolvimento. A espécie Macrobrachium olfersi destaca-se por ter sido estudada amplamente, desde sua distribuição geográfica até biologia reprodutiva e desenvolvimento embrionário. Foram padronizados diferentes estagiamentos para caracterizar a ontogenia dessa espécie, sendo observados alguns processos restritos ao grupo em que ela está inserida. A diferenciação da região posterior do corpo, correspondente a papila caudal, é realizada pelo mecanismo de teloblastia. Esse mecanismo forma os segmentos corporais e é controlado por genes conservados entre os artrópodes. O objetivo desse trabalho foi caracterizar a morfologia dos embriões nos estágios que compreendem o pré-nauplius (E3), nauplius (E4) e pós-nauplius inicial (E5 a E7) e relacionar esses dados com a quantificação da expressão relativa dos genes caudal, engrailed e even-skipped. Foram realizadas marcações nucleares com Hoechst nos preparados totais de ovos e de embriões nas idades que correspondem aos estágios E3 a E7, e observou-se o crescente rearranjo celular organizado pelo processo de teloblastia na região pós-naupliar, sendo visualizados os ectoteloblastos, dispostos em fileiras ao longo da papila caudal. A expressão relativa do gene caudal decresce com o avanço do crescimento da papila caudal e sua expressão também foi identificada nos ovários das fêmeas, comprovando a contribuição materna desse gene nessa espécie. Para o gene even-skipped foram identificadas duas isoformas, na primeira há decréscimo de expressão relativa com o avanço da embriogênese, o que possivelmente está relacionado com a segmentação corporal, e na segunda isoforma há aumento de sua expressão, o que pode estar relacionado com a neurogênese, outra função conhecida desse gene. engrailed se apresentou expresso linearmente entre as diferentes idades, sendo que pode atuar tanto no processo de segmentação quanto no processo de neurogênese. O presente estudo relacionou temporalmente os aspectos morfológicos com o controle a nível molecular, propiciando resultados para melhor compreender a evolução dos artrópodes.<br> / Abstract : Decapods constitute a group of crustaceans with evolutionary success in different environments, and have features that make them interesting for developmental biology studies. M. olfersi stands out for having been studied widely, since its geographical distribution to reproductive biology and embryonic development. Different stagings were standardized to characterize the ontogeny of this species, being analyzed some processes restricted to the group in which it is inserted. The differentiation of the posterior region of the body, corresponding to caudal papilla, is performed by the teloblastic mechanism. This mechanism forms the body segments and is controlled by genes whose are conserved among the arthropods. The objective of this work was to characterize the morphology of embryos in stages that comprise the pre-nauplius (E3), nauplius (E4) and post-nauplius (E5 to E7) and correlate that data with the genes relative expression quantification caudal, engrailed and even-skipped. Nuclear stainings were held with Hoechst in whole-mounted eggs and embryos in the stages E3 to E7, and noted the growth on cellular rearrangement organized by teloblastic mechanism process in the post-naupliar region, being identified the ectoteloblasts, arranged in rows along the caudal papilla. The relative gene expression of caudal decreases with the advance on the caudal papilla growth and their expression was also identified in oocytes of females, proving the maternal contribution of this gene in this species. For the gene even-skipped, two isoforms have been identified, in the first one there is a decrease on its relative expression with the advancement of embryogenesis, which possibly is related to body segmentation, and in the second isoform there is an increase on its expression, which may be related to neurogenesis, another known function of this gene. engrailed is expressed linearly between the different ages, and possibly acts on both the segmentation process as in the process of neurogenesis. The present study related temporally on the morphological aspects with the control at the molecular level, providing results to better understand the arthropods evolution.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-10-19T13:20:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 340712.pdf: 2584216 bytes, checksum: 2bf61a8eda81f152a0635aaa5a2b6043 (MD5) Previous issue date: 2015 / Espécies de Cactaceae, adaptadas ao epifitismo, são encontradas na Mata Atlântica brasileira. Algumas destas espécies tem potencial ornamental, como é o caso de espécies de Rhipsalis e Lepismium. Este estudo teve por objetivo investigar a germinação e o desenvolvimento pós-seminal in vitro, em água e em meios de cultivo, e analisar a morfoanatomia de plântulas e caule de Rhipsalis neves-armondii, R.teres e Lepismium cruciforme. Foram coletados segmentos de caules e frutos. As sementes das três espécies, após serem extraídas dos frutos e secas, foram colocadas para germinar em água sobre papel filtro e ágar. Amostras foram coletadas aos 15, 30 e 60 dias após as sementes terem sido colocadas para germinar. O vigor das sementes foi testado com tetrazólio. Para análise de crescimento e desenvolvimento (aos 60 dias) foi determinado: comprimento da parte aérea e raiz, número de raízes, produção de biomassa, teor de clorofilas e carotenóides e concentração de proteínas solúveis totais. Para estudos da anatomia de plântula e caule adulto, em microscopias óptica (MO) e eletrônica de varredura (MEV), as amostras foram fixadas em gluteraldeído 2,5% em tampão fosfato de sódio 0,1M, em pH 7,2. Amostras infiltradas em historresina foram seccionadas transversalmente, coradas com azul de toluidina e analisadas em MO. Para MEV, as amostras foram desidratadas e secas em ponto crítico de CO2. Também foram realizadas secções paradérmicas no caule in vivo. Os resultados revelaram que a taxa de germinação em água foi maior do que em ágar. Os teores de clorofilas e carotenóides foram maiores em plântulas de R. teres. O desenvolvimento de plântulas produzidas, tanto por germinação de sementes em água, quanto em agar, indicou ser indispensável a incrementação de nutrientes, pois as substâncias de reserva foram exauridas até os 60 dias de cultivo. As plântulas, independente do processo de cultivo apresentaram coloração verde uniforme, hipocótilo suculento, cilíndrico e com diâmetro gradativamente maior em direção aos cotilédones. Plântulas cultivadas em água mostraram epicótilo mais desenvolvido em R. neves-armondii, com presença de espinhos, comparado com R. teres; em L. cruciforme, aos 60 dias o epicótilo ainda não era evidenciado. Em ágar, as sementes de R. neves-armonddi não germinaram. A morfologia do hipocótilo de L. cruciforme alterou-se quando vista em secções transversais, de circular aos 30 dias para achatada aos 60 dias. Características anatômicas do hipocótilo de R. teres e L. cruciforme foram: epiderme unisseriada e com cutícula, estômatos do tipo paracítico e no mesmo nível das demais célulasepidérmicas; parede periclinal externa das células epidérmicas alterou de plana para convexa com o desenvolvimento; córtex com hidrênquima; e cilindro central sem fibras associadas aos feixes vasculares colaterais. A análise de caule de plantas adultas de R. teres e L. cruciforme revelou constituição histológica com epiderme uniestratificada, estômatos ciclocíticos afundados na superfície, cutícula espessa e amplo hidrênquima. Cutícula espessa e hidrênquima constatados no hipocótilo das plântulas e nos caules de plantas adultas são características xéricas, importantes para economia hídrica destas epífitas que são protegidas da irradiação solar pelo forófito, mas com limitação de disponibilidade água.<br> / Abstract : Cactaceae species epiphytism adapted are found in the Brazilian Atlantic Forest. Some of those species have ornamental potential, such as Rhipsalis and Lepismium species. This study aimed to investigate the germination and post-seminal development in vitro, in water and in culture medium, and analyze the morphoanatomy seedlings and stem of Rhipsalis neves-armondii, R.teres and Lepismium cruciforme. Segments of stems and fruits were collected. The seeds of the three species, after being extracted from the fruit and dried, were germinated in water on filter paper and in agar. Samples were collected at 15, 30 and 60 days after the seeds were germinated. Seed vigor was tested with tetrazolium. For growth and development analysis (60 days) was determined: shoot and root length, root number, biomass production, chlorophylls and carotenoids and total soluble proteins content. For studies of seedling and adult stem anatomy, in light microscopy (LM) and scanning electron microscopy (SEM), samples were fixed in 2.5% glutaraldehyde in sodium phosphate buffer 0.1M, em pH 7.2. Samples infiltrated in historesin were cross-sectioned, stained with toluidine blue and examined by LM. For SEM, samples were dehydrated and critical point dried using CO2. Paradermic sections were made in vivo stem. The results revealed that germination rate in water was higher than in agar. The contents of chlorophylls and carotenoids were higher in R. teres seedlings. The development of seedlings produced both for germination of seeds in water as in agar indicated it essential to incrementing nutrients, because the reserve substances are exhausted up to 60 days of cultivation. The seedlings showed uniform green color, succulent hypocotyl, cylindrical and gradually larger in diameter towards the cotyledons and this was independent of cultivation process. Seedlings grown in water showed hypocotyl more developed in R. neves-armondii, with the presence of thorns, compared with R. teres; in L. cruciforme, at 60 days, the epicotyl was not yet evident. The R. neves-armonddi seeds do not germinate in agar. The morphology of the L. cruciforme hypocotyl changes when seen in cross-section, from circular (30 days) to flat (60 days). Anatomical characteristics of the R. teres and L. cruciforme hypocotyl were: uniseriate epidermis and with cuticle, the stomata of paracitic type and on a level with other epidermal cells; with development the epidermal cells showed changes planer to convex periclinal outer wall; cortex with hydrenchyma; and central cylinder showed no fibers associated with collateral vascular bundles. The stem analysis of adult plants of R. teres and L. cruciforme revealedhistological constitution with uniseriate epidermis, ciclocytic stomata sunk into the surface, thick cuticle and hydrenchyma ample. Thick cuticle and hydrenchyma ample observed in seedlings hypocotyl and mature plants stems are xeric characteristics, important for water economy of these epiphytes that are protected from sunlight by the host tree, but with limited availability water.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-01-10T03:10:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 343052.pdf: 90596778 bytes, checksum: ed7616074e09b88a5b9a04a6546a8e21 (MD5) Previous issue date: 2016 / A Mata Atlântica é um dos domínios mais importantes do País por conter grande biodiversidade e estar sujeita a pressões antrópicas. Myrtaceae é uma das famílias de espécies arbóreas mais ricas deste domínio. A Mata Atlântica é dividida biogeograficamente em duas regiões: uma norte e uma sul. O Parque Nacional de São Joaquim está dentro do domínio da Mata Atlântica na porção sul e é constituído por florestas pluvial e nebular, latifoliada, mista lati-aciculifoliada e campos de altitude. O objetivo deste trabalho foi descrever a flora de Myrtaceae na parte altomontana do Parque Nacional de São Joaquim e comparar as composições florísticas de Myrtaceae em diferentes áreas da região sul da MA e os fatores geoclimáticos que podem influenciar a distribuição das espécies. Foram apresentadas descrições, ilustrações e chave de identificação para as espécies de Myrtaceae encontradas no Parque Nacional de São Joaquim. A partir de uma base de dados de presença e ausência de 254 espécies de Myrtaceae em 42 áreas compilada a partir da literatura foram feitas análises de dissimilaridade de Jaccard e análise multivariada de ordenação (RDA). Um Teste de Mantel foi feito para avaliar a autocorrelação espacial e um Teste de Moran para avaliar a autocorrelação espacial e riqueza de espécies. Para as áreas altomontanas do Parque Nacional de São Joaquim sete gêneros e 16 espécies de Myrtaceae foram registrados. Na porção sul da MA a composição de Myrtaceae varia grandemente de uma área para outra, com alta porcentagem de espécies restritas geograficamente e baixa porcentagem de espécies comuns entre áreas. Há uma diferenciação na composição específica de Myrtaceae relacionada à altitude. O clima tropical ou subtropical também influencia a composição de espécies de Myrtaceae. Os principais preditores da variação específica em Myrtaceae no sul da Mata Atlântica foram: altitude, precipitação do mês mais chuvoso, sazonalidade da temperatura e distância do Oceano Atlântico.<br> / Abstract : The Atlantic Forest is one of the most important domains in Brazil for having great biodiversity and being threatened by anthropic pressures. Myrtaceae is one of the families of arboreal species that are richest in this domain. The Atlantic Forest is divided biogeographically in two regions: one north and one south. The Parque Nacional de São Joaquim is part of the Atlantic Forest Domain and is constituted by rain and cloud broadleaved and mixed needle and broadleaved forest and highland grasslands. The objective of this work was to describe the flora of Myrtaceae in the upper highlands of Parque Nacional de São Joaquim and to compare the floristic composition of Myrtaceae of different areas in the southern region of the Atlantic Forest and the geoclimatic variables influencing it. Descriptions, illustration and identification keys of the Myrtaceae species found in the upper highlands of Parque Nacional de São Joaquim were presented. Jaccard dissimilarity analysis and multivariate ordination analysis (RDA) were performed with data of presence and absence of 254 species of Myrtaceae in 42 areas compiled from the literature available. A Mantel Test was performed to evaluate spatial autocorrelation and a Moran Test to evaluate the spatial autocorrelation and species richness. Seven genera and 16 species were registered for Parque Nacional de São Joaquim. Myrtaceae composition varies greatly from one area to another in the south of the Atlantic Forest. There is a high percentage of species restricted geographically and a low percentage of common species. There is a difference in specific composition of Myrtaceae related to altitude. The separation between the tropical and subtropical region affects the presence and absence of Myrtaceae species. The main predictors of the specific variation in Myrtaceae in the south of the Atlantic Forest were: altitude, precipitation of the wettest month, temperature seasonality and the distance from the Atlantic Ocean.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. / Made available in DSpace on 2012-10-18T10:09:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2014-09-25T23:09:57Z : No. of bitstreams: 1 175714.pdf: 14310733 bytes, checksum: 205068e85d823d001873fc9ca4a6d86e (MD5) / Ocotea catharinensis Mez. é uma espécie florestal nativa da Mata Atlântica, de importância econômica e em risco de extinção. Um sistema de embriogênese somática foi desenvolvido para esta espécie. Entretanto, a taxa de germinação dos embriões somáticos é baixa. O objetivo deste trabalho foi a avaliação do crescimento in vitro das culturas embriogênicas, em diferentes condições de cultura e realizar análises bioquímicas, morfológicas e histoquímicas de embriões somáticos em diferentes estágios de desenvolvimento. O aumento em matérias fresca e seca nas culturas embriogênicas foi lento nas duas primeiras semanas, as quais apresentaram crescimento máximo na quarta semana. Nas duas primeiras semanas, estas culturas apresentaram níveis superiores de proteínas totais e açúcares solúveis totais enquanto que níveis superiores de amido foram observados nas três últimas semanas. Embriões somáticos no estágio globular acumularam maiores níveis de proteínas totais e menores níveis de açúcares solúveis totais e amido. Os embriões somáticos maduros apresentaram cotilédones grandes, com a protoderme bem formada e feixes vasculares diferenciados. O eixo embrionário não apresentou organização completa, mas foi observado um meristema apical da raiz bem formado. Também foram observadas células meristemáticas na região do meristema apical do ramo.

Made available in DSpace on 2016-01-13T13:27:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:32:22Z : No. of bitstreams: 1 000855011.pdf: 883307 bytes, checksum: 30b984277d22782320e1f5c69f5d8cd5 (MD5)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-04-29Bitstream added on 2014-06-13T20:14:58Z : No. of bitstreams: 1 andrade_mb_me_rcla.pdf: 9268224 bytes, checksum: 14fcd02a34db50a440c7c3ddc8a92802 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho aborda a Sistemática da Infra-Ordem Notosuchia, sob o ponto de vista filogenético, buscando alternativas que possam contribuir para a Taxonomia do grupo. Uma revisão de materiais reúne infomações paleontológicas, geológicas e biocronológicas para espécies e formas caracterizadas como parte do clado. Materiais inéditos são descritos para Mariliasuchus amarali e Notosuchus terrestris, permitindo uma melhor compreensão de aspectos morfo-anatômicos, evolutivos e paleoecológicos destas espécies. O Gênero Uruguaysuchus é reavaliado com relação a validade de materiais e sua composição. Restos referentes a uma nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano são descritos e posicionados filogeneticamente. Análise filogenética foi conduzida para 24 taxons, com o uso de 179 caracteres, resultando em 14 árvores igualmente parcimoniosas, com Parcimônia de Fitch, bem como 4 árvores mais parcimoniosas para a aplicação de Parcimônia de Wagner à 26 séries de ordenação. Os resultados permitiram, entre outros aspectos: (a) a identificação de nova espécie de crocodilomorfo notossuquiano como grupo-irmão de Sphagesaurus huenei; (b) a confirmação da posição filogenética de Mariliasuchus e seu status como Notosuchidae; (c) a caracterização de Notosuchia como grado; (d) a sugestão de descrição em uma nova superfamília e uma nova infraordem no âmbito dos Metasuchia. Análise filogenética adicional, a partir de adaptação da metodologia formal, permitiu a reavaliação da posição filogenética de Chimaerasuchus paradoxus em relação a outros Crocodylomorpha e o estabelecimento de previsões de caráter evolutivo, anatômico e biocronológico. / The present study approaches the systematic of the Infra-Order Notosuchia, under the scope of phylogenetics, searching for taxonomic propositions. A revision of the material gathers informations on Paleontology, Geology and Biocronology related to Notosuchia. Unpublished specimens from both Mariliasuchus amarali and Notosuchus terrestris are described, allowing a better comprehension of morpho-anatomic, evolutionary and paleoecological aspects concerning these species. The Genus Uruguaysuchus is revised on the validity of some materials and its composition. Unpublished data on a new notosuchian crocodylomorph species are described and its phylogenetic position is discussed. Phylogenetic analysis was conducted for 24 taxa, with the use of 179 characters, resulting in 14 equally parsimonious trees with the use of Fitchþs Parsimony, just like four equally parsimonious trees with the use of Wagnerþs Parsimony for 26 characters. The results allowed, among other aspects: (a) assigning the new notosuchian crocodylomorph species as the sister-group of Sphagesaurus huenei; (b) to corroborate Mariliasuchus as a Notosuchidae; (c) to understand Notosuchia as a grade; (d) the suggestion of a new superfamily and a new infraorder among metasuchian crocodylomorphs. Aditional phylogenetial analysis, with modifications to the original methodology, allowed a reevaluation of the phylogenetic position of Chimaerasuchus paradoxus within other groups of Crocodylomorpha and the construction of evolutive, anatomical and biocronologic previsions.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-03-01Bitstream added on 2014-06-13T21:03:47Z : No. of bitstreams: 1 pereirajunior_hrj_dr_botib.pdf: 1684166 bytes, checksum: 2f23cdb28a2397afd8b1cdb49d47d88e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A Ordem Xenarthra é uma ordem de mamíferos placentários composta por três formas viventes: tamanduás, tatus e preguiças arborícolas. É originária da América Sul e tem como distribuição geográfica o centro sul da América do Norte até o extremo sul da América do Sul. A Ordem possui trinta espécies viventes divididas em quatro famílias: Dasypodidae formada pelos tatus, com vinte e uma espécies, Myrmecophagidae (tamanduás) com quatro espécies, Bradypodidae (preguiças de três dedos) com quatro espécies e Megalonychidae (preguiças de dois dedos) com duas espécies. As espécies Priodontes maximus (tatu-canastra), Tolypeutes tricinctus (tatu-bola da caatinga), Bradypus torquatus (preguiça de coleira) e Myrmecophaga tridactyla (tamanduá-bandeira) estão classificadas como vulneráveis pela IUCN (International Union of Conservation), sendo a preguiça de coleira e o tatubola da caatinga endêmicos do Brasil. A maioria dos xenartros possui uma constituição cariotípica que varia de 48 até 65 cromossomos, exceto a espécie Tolypeutes matacus com 2n=38 cromossomos. Das trinta espécies conhecidas atualmente, apenas dezenove tiveram seu cariótipo descrito ou relatado. Os xenartros apresentam uma ampla gama de eventos cromossômicos, como fusão / fissão entre as espécies do gênero Cabassous, Choloepus e Bradypus e na família Myrmecophagidae, eventos de rearranjos cromossômico no gênero Dasypus e a combinação de ambos no gênero Chaetophractus. A presente tese está dividida em quatro capítulos: 1 revisão bibliográfica sobre os dados cromossômicos na Ordem Xenarthra; 2 descrição do cariótipo da espécie Cabassous unicinctus; 3 descrição uma nova espécie do gênero Tamandua; 4 análise da evolução cromossômica da Ordem Xenarthra, utilizando abordagem filogenética. / Not available.

Orientador : Prof. Dr. Henry Louis Spach / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Terra, Programa de Pós-Graduação em Sistemas Costeiros e Oceânicos. Defesa: Pontal do Paraná, 27/03/2014 / Inclui bibliografia e anexos / Resumo: Os estuários são ambientes que atuam como importante área de reprodução e berçário para diversas espécies de peixes. Estes ambientes estão sendo constantemente impactados por atividades antrópicas. A dragagem para aprofundamento do canal de acesso e a ampliação do pátio de obras da TECHINT S/A, localizada às margens do Complexo Estuarino da Paranaguá, se apresentam como atividades potencialmente impactantes ao ecossistema local e uma excelente oportunidade para avaliar a resposta da ictiofauna aos efeitos causados por essas atividades. Foram realizados arrastos utilizando rede com portas para a coleta de peixes em 18 pontos divididos em setor Impacto e setor Controle. As amostragens ocorreram uma vez por mês, entre março de 2012 e agosto de 2013, quando também foram coletados dados de salinidade e temperatura da água. Foram capturados 3283 peixes pertencentes a 27 famílias e 63 espécies. A espécie mais abundante foi P. corvinaeformis, que representou 46,5% da captura total, sendo capturados 1524 indivíduos no setor Controle e apenas 4 no setor Impacto. O setor Controle apresentou maiores valores de abundância (Ctr. = 2808; Imp. = 475), biomassa (Ctr. = 66 kg; Imp. = 27 kg), riqueza de espécies (Ctr. = 51; Imp. = 45) e dominância do que o setor Impacto. A análise das guildas tróficas indicou as espécies zoobentivoras como as principais responsáveis pelas diferenças entre os dois setores. Segundo os valores de distinção taxonômica o setor Impacto se apresenta mais impactado do que o setor controle, mesmo se comparados com dados anteriores à dragagem. A comparação entre abundância e biomassa indica que os dois setores são moderadamente impactados. Não foi possível afirmar se o empreendimento foi o responsável por alterar a comunidade de peixes no local, ou se as diferenças em relação ao setor controle já existiam mesmo antes das obras de dragagem, principalmente devido à falta de conhecimento sobre os padrões naturais da região. Palavras-chave: ictiofauna, estuário, avaliação de impacto, dragagem / Abstract: The estuarine environment is an important reproduction and nursery area for many species of fish. This environment is under constant impact by human activities, dredging, harbors, fisheries, tourism, among others. The dredging of the harbor’s access channel and TECHINT's plant augmentation, in Paranaguá Estuary (south Brazil), become an opportunity to evaluate the response of the ictiofauna to these disturbances. The ictiofauna were collected using bottom trawl net in two sectors, Control and Impact with nine sampling spots in each sector. The samplings occurred monthly from March 2012 to August 2013. Before each trawl, the salinity and temperature of superficial water were recorded. In total, 3283 fish – belonging to 63 species and 27 families – were collected. P. corvinaeformis was the most abundant species and represents 46,5% of the total capture. The Control sector presented higher values of abundance (Ctr. = 2808; Imp. = 475), biomass (Ctr. = 66 kg; Imp. = 27 kg), diversity (Ctr. = 51; Imp. = 45) and dominance than the Impact sector. The abundance and biomass comparison show that the two sectors have a moderated impact. The guilds analyses, the taxonomic similarity and the taxonomic distinction show differences between the two sectors. Despite of the differences, it was not possible to say whether the activities in TECHINT was responsible for altering the fish community locally, mainly due to the lack of knowledge about the natural patterns of the region. Keywords: ictiofauna, estuary, impact assessment, dredging.

Dissertação (Mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, 2012. / Submitted by Sabrina Silva de Macedo (sabrinamacedo@bce.unb.br) on 2012-06-12T15:30:34Z No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-12T15:31:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-12T15:31:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 25358632 bytes, checksum: 230ef8eeebdc5f8ecac4c74b6c329a72 (MD5) / Teoricamente, regiões genômicas com grande importância funcional, como genes e regiões regulatórias, são as mais afetadas pela seleção natural. O MHC humano (6p23.1) é uma dessas regiões pois contém a maioria dos genes relacionados à regulação e ação do sistema imune em humanos. Neste trabalho foram escolhidos marcadores genéticos localizados no MHC humano de dois tipos – STRs, que apresentam alta taxa de mutação, e inserções Alu, com baixa taxa de mutação. Foram analisados165 indivíduos de duas populações, uma urbana com alto grau de miscigenação (Brasília, 105 indivíduos) e uma comunidade afroderivada remanescente de quilombo (Kalunga, 60 indivíduos). Estes foram genotipados em relação aos marcadores AluMICB, AluTF, AluHJ AluHG e AluHF (no MHC de Classe I), bem como para os microssatélites TNFa, TNFb, TNFc, TNFd, TNFe (no MHC de Classe III). Os fragmentos foram amplificados por meio de PCR e genotipados em gel de poliacrilamida a 6% (todos os Alu), gel de poliacrilamida desnaturante a 12% (TNFc) e eletroforese capilar em sequenciador automático ABI3130 (TNFa-e). Os dados obtidos foram analisados em três grupos: haplótipos Alu, haplótipos microssatélites e haplótipos contendo todos os 10 marcadores estudados, cujas inferências foram feitas com o algoritmo PHASE. Os marcadores TNFa e TNFd se mostraram fora do Equilíbrio de Hardy-Weinberg em ambas populações estudadas, mesmo após Correção de Bonferroni. Brasília e Kalunga apresentaram déficit global de heterozigotos. Em Kalunga o marcador AluHG apresentou excesso de heterozigotos mesmo sem estar fora do EHW, o que pode indicar ação de mecanismo evolutivo devido à sua proximidade com o gene HLA-G. Mesmo fora do EHW em Kalunga, o marcador TNFd não mostrou déficit ou excesso de heterozigotos, o que também pode indicar atuação de mecanismo evolutivo. Os haplótipos analisados mostraram diferenças de comportamento entre os tipos de marcadores moleculares. Conforme as análises feitas com base nos haplótipos Alu, as populações são similares e apresentam pouca diferenciação populacional, além de compartilharem os haplótipos mais frequentes. Para os haplótipos TNF, entretanto, as populações se mostram moderadamente diferentes e compartilham apenas 21 dos 190 haplótipos possíveis. O Teste de Neutralidade de Ewens-Watterson indicou desvio do esperado em condições de neutralidade para os loci TNFa, TNFb e TNFd isoladamente, mas não indicou desvio da neutralidade para nenhum dos conjuntos haplotípicos estudados. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Genetic markers are used in population genetics to address different questions, like genetic counseling or the understanding of evolutionary mechanisms. Especially, genetic markers located in important genomic regions, such as genes or regulatory sequences, are most commonly affected by natural selection. The human MHC (6p23.1) is a region of great importance due to the presence of genes related to action and regulation of the human immune system, thus, several studies have reported that natural selection might be acting in such region. In this work, two types of genetic markers were selected in the MHC region, one of them being Alu insertions, which have low rates of mutation; and the other being STRs, which have rather high mutation rates. 165 samples from two distinct populations, an urban admixed population (Brasília, 105 samples) and an afro-derived rural population (Kalunga, 60 individuals) were studied for the loci AluMICB, AluTF, AluHJ AluHG e AluHF (Class I MHC) and TNFa, TNFb, TNFc, TNFd, TNFe (Class III MHC). The fragments were amplified by PCR and genotyped in 6% polyacrylamide gel (Alu insertions), 12% denaturing polyacrylamide gel (TNFc) and capillary electrophoresis in an ABI3130 automatic sequencer (TNFa-e). Data were analyzed in three groups: Alu haplotypes, microsatellite haplotypes and haplotypes containing all loci here studied. The haplotypes were inferred with the PHASE algorithm. Both TNFa and TNFd loci departed from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) in both populations, even after Bonferroni's Correction. Brasília and Kalunga showed global heterozigote deficit. AluHG showed heterozigote excess even in accordance with HWE, which may indicate influence of evolutionary mechanisms due to its proximity to HLA-G gene. Aside being apart of HWE in Kalunga, TNFd locus did not show excess or deficit of heterozigotes. The analyzed haplotypes showed behavioral differences among the two sets of markers. In the analysis based on the Alu haplotypes, both populations are similar and show little populational divergence. For the TNF haplotypes, however, both populations showed moderate differences and share only 21 of the 190 possible haplotypes. The Ewens-Watterson Neutrality test indicated that the TNFa, TNFb and TNFd loci do not behave neutrally when analyzed separately, but did not show departure of neutrality for any of the haplotypes analyzed.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2007. / Submitted by Aline Jacob (alinesjacob@hotmail.com) on 2010-01-21T19:05:20Z No. of bitstreams: 1 2007_GiseleFerreiraEsteves.pdf: 4786645 bytes, checksum: 022fe241400fc9eeb51f7a8933799cca (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-01-21T22:29:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_GiseleFerreiraEsteves.pdf: 4786645 bytes, checksum: 022fe241400fc9eeb51f7a8933799cca (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-21T22:29:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_GiseleFerreiraEsteves.pdf: 4786645 bytes, checksum: 022fe241400fc9eeb51f7a8933799cca (MD5) Previous issue date: 2007 / A hemoglobina de Cerdocyon thous (HbCt) foi purificada e cristalizada pelo método de difusão de vapor a 21°C na condição PEG 4000 16%, Hepes-Na 0,1 M pH 7,8. Os dados cristalográficos foram coletados no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS). O grupo espacial do cristal é do tipo P212121, com os eixos da célula unitária de a=52,73; b=84,24 e c=130,28 Å, correspondentes a cristais do sistema ortorrômbico. A estrutura cristalográfica da HbCt foi resolvida até o limite de 2,2 Å de resolução, pelo método de substituição molecular utilizando a estrutura da hemoglobina de Chrysocyon brachyurus (PDB ID: 1FHJ) como modelo. O modelo final obtido após o refinamento foi depositado no PDB com o código 2B7H, apresentando boa qualidade conforme indicado por vários parâmetros, dentre eles, o valor baixo dos fatores de temperatura, o Rfactor de 0,168 e Rfree de 0,232. A estrutura dessa hemoglobina apresenta uma água como ligante do ferro e sua organização estrutural assemelha-se às hemoglobinas do tipo metahemoglobina. A sua estrutura cristalográfica foi utilizada como um modelo de estudo para análise do comprometimento estrutural tridimensional com substituições de aminoácidos em posições específicas. Para isso, foram utilizadas estruturas cristalográficas de hemoglobinas de humano e de cavalo, disponíveis no PDB. Além dessas substituições uma análise detalhada da relação estrutura vs estabilidade foi feita. Por ser uma proteína multimérica, a desnaturação da hemoglobina varia de acordo com a condição de pH e o tipo de desnaturante utilizado. Neste trabalho, o processo de desdobramento da HbCt e da hemoglobina de Pseudalopex vetulus (HbPv) foi realizado para analisar a estabilidade dessas moléculas. Estes ensaios foram acompanhados por fluorescência e dicroísmo circular utilizando a uréia, a guanidina, diferentes pHs e a temperatura como agentes desnaturantes. Além disso, foi analisado o efeito do surfactante catiônico brometo de hexadeciltrimetil amônio (CTAB) na estabilidade das hemoglobinas, por dicroísmo circular. A HbCt é mais estável em pH ácido e mais instável do que a HbPv em pH básico. Esses dados foram comparados com a cianometahemoglobina humana. O CTAB na concentração de 0,5 e 1 mM para HbCt e HbPv, respectivamente estabiliza as hemoglobinas principalmente pelo efeito de hidratação preferencial. Uma análise da relação da estabilidade de hemoglobinas com a estrutura tridimensional foi feita baseando-se nos modelos tridimensionais da HbCt, humana e de cavalo. Comparando com a hemoglobina humana, as modificações apresentadas na HbCt tendem a ser estabilizadoras. Em contrapartida, comparando com a hemoglobina eqüina, as modificações apresentadas na HbCt tendem a ser desfavoráveis para a estabilidade conformacional. As substituições e o comprometimento com a organização estrutural, causadas no ambiente molecular, foram caracterizadas e podem servir de modelo para o desenho racional de proteínas mais estáveis, com vistas à aplicação biotecnológica, como é o caso do desenvolvimento do sangue artificial recentemente descrito na literatura. Esse tipo de estudo pode ser aplicado como um modelo da relação estrutura vs estabilidade de proteínas em geral, mas principalmente para aquelas com maior número de entradas no PDB e que merecem atenção pela função e aplicação biotecnológica. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The hemoglobin from C. thous (HbCt) was purified and crystallized by hanging drop vapor diffusion method at 21oC in 16% PEG 4000, 0.1 M Hepes-Na pH 7.8. The crystallographic data were collected in the National Laboratory of Synchrotron Light (LNLS). The crystals grew in space group P212121 (orthorhombic type) with cell dimensions of a=52.73, b=84.24 and c=130.28 Å. The crystallographic structure of the HbCt was solved at 2.2 Å resolution, by molecular replacement using the structure of the hemoglobin from Chrysocyon brachyurus (pdb 1FHJ)as a search model. The model was refined and deposited in the PDB under the code 2B7H with structural quality indicated by some parameters, among them, the low value of B-factor, the Rfactor of 0.168 and the Rfree of 0.232. The hemoglobin presents one water molecule as ligand of the iron characterizing the methemoglobin form. The structural organization of the subunits of the HbCt is similar to the known hemoglobins. The crystallographic structure of HbCt and hemoglobins from human and horse were used as models to study the structural effects concerning the amino acid substitutions in specific positions and the consequent conformational changes of the respective molecular environment. Indeed, an extensive analysis of the relationship between estructure and stability was done. The hemoglobin is a multimeric protein and its unfolding process depends of several conditions such as pH and denaturing agent. In this work, the unfolding process of the HbCt and the hemoglobin from Pseudalopex vetulus (HbPv) was performed by fluorescence and circular dichroism using urea, guanidine, different pHs and temperature as denaturing agents. Moreover, the stabilizing effect of the cationic surfactant hexadecyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) was analyzed by circular dichroism. HbCt is more stable in acid pH and more instable than HbPv in basic pH. The CTAB, at 0.5 and 1.0 mM for HbCt and HbPv, respectively, stabilizes the hemoglobins mainly by preferential hydration. An analysis of the relationship between stability and the threedimensional structure was done based on the three-dimensional models of HbCt, human and horse. The differences in amino acidic content of HbCt comparing with the human hemoglobin tend to stabilize the HbCt. On the other hand, comparing with equine hemoglobin, the modifications presented in HbCt tend to be unfavorable for the conformational stability. VII The amino acidic substitutions and the consequent conformational changes in the molecular environment of the HbCt were characterized. Generally, this study is very important for rational design of stable proteins with biotechnological applications. For hemoglobin, in particular, this study is fundamental in order to produce the artificial blood, a new tendency of pharmaceutical companies, as recently described in the literature.