Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, 2006. / Submitted by Luana Patrícia de Oliveira Porto (luana_porto_23@hotmail.com) on 2009-12-17T13:49:01Z No. of bitstreams: 1 2006_Isaac Nuno Carvalho de Azevedo.pdf: 4318457 bytes, checksum: 2a0366fbc0d16a505457b5f22a51d394 (MD5) / Rejected by Joanita Pereira(joanita), reason: Favor adicionar o título equivalente em inglês. Joanita on 2009-12-17T19:56:58Z (GMT) / Submitted by Luana Patrícia de Oliveira Porto (luana_porto_23@hotmail.com) on 2009-12-18T16:35:47Z No. of bitstreams: 1 2006_Isaac Nuno Carvalho de Azevedo.pdf: 4318457 bytes, checksum: 2a0366fbc0d16a505457b5f22a51d394 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-01-15T23:55:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Isaac Nuno Carvalho de Azevedo.pdf: 4318457 bytes, checksum: 2a0366fbc0d16a505457b5f22a51d394 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-15T23:55:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Isaac Nuno Carvalho de Azevedo.pdf: 4318457 bytes, checksum: 2a0366fbc0d16a505457b5f22a51d394 (MD5) Previous issue date: 2006-08-04 / Fatores como tipo de fitofisionomia, a remoção e predação de sementes por animais e a sazonalidade climática podem limitar o estabelecimento de diversas espécies arbóreas. Copaifera langsdorffii e Emmotum nitens são duas espécies típicas do Cerrado que são encontradas desde formações florestais como os cerradões até savânicas como campo sujo e cerrado sensu stricto no Centro-Oeste brasileiro. O presente trabalho teve como objetivo geral analisar a capacidade de regeneração, a remoção e predação das sementes de Copaifera langsdorffii e Emmotum nitens, no cerradão e no cerrado sensu stricto circundante na Estação Ecológica do Jardim Botânico de Brasília – EEJBB. Alem disso, determinar a influência do tipo de fitofisionomia no estabelecimento das duas espécies e se os efeitos da predação variam entre uma formação florestal em que as espécies já estão bem estabelecidas e, uma formação savânica adjacente, em que está ocorrendo (ou potencialmente possa ocorrer) o processo de colonização, após a dispersão das sementes. E também, determinar a capacidade de estabelecimento, os padrões fenológicos e de crescimento de C. langsdorffii nos primeiros 6 anos de vida, cujas sementes foram plantadas em um fragmento de cerradão e numa formação de campo sujo adjacente na Fazenda Água Limpa – FAL. Em um inventário do componente arbóreo do cerradão do EEJBB, E. nitens foi a espécie de maior densidade e de maior valor de importância (IVI), enquanto C. langsdorffii apresentou uma menor densidade de indivíduos e valores menores de IVI. No inventário, realizado no cerrado sensu stricto circundante ao fragmento de cerradão para a observação da existência de indivíduos adultos das duas espécies foram encontrados poucos indivíduos de E. nitens, a maioria localizados próximos ao cerradão. Não foi encontrado nenhum indivíduo de C. langsdorffii. Na análise da regeneração na área amostrada no cerradão do EEJBB foram encontrados 392 indivíduos de E. nitens o que representa uma densidade absoluta (DA) de 10.453 indivíduos por hectare, já para a C. langsdorffii foram encontrados apenas 46 indivíduos obtendo uma densidade absoluta de 1.253 indivíduos por hectare. A regeneração de E. nitens e C. langsdorffii no cerradão agrupada em classes de diâmetro apresentou uma distribuição em forma de J invertido, com a maioria dos indivíduos distribuídos nas primeiras classes, o que também pode ser observado para E. nitens no cerrado sensu stricto circundante. Essa distribuição não ficou tão evidente para C. langsdorffii nessa mesma fitofisionomia devido à pequena quantidade de indivíduos jovens encontrados. Em termos de remoção e predação, as sementes de C. langsdorffii apresentaram taxas maiores de remoção que as de E. nitens, nas duas fitofisionomias. Das 400 sementes de C. langsdorffii dispersas artificialmente em cada fitofisionomia houve remoção em torno de 78% nas duas fitofisionomias após 100 dias, alcançando remoção total das sementes que não germinaram aos 210 dias no cerradão e aos 330 dias no cerrado sensu stricto circundante. No cerradão 16,5% das sementes C. langsdorffii germinaram e houve mortalidade de 44%, sendo que 37 plantas permaneciam vivas 510 dias após o início do experimento. Para E. nitens não houve germinação em nenhuma das duas fitofisionomias e a remoção foi de 41,8% e 59% no cerradão e cerrado sensu stricto, respectivamente após os 510 dias. O experimento na FAL, as sementes de C. langsdorffii foram plantadas no cerradão e no campo sujo. A emergência foi baixa 21% no campo sujo e 28% no cerradão. Das plântulas que emergiram 59,3% e 27,8% respectivamente permaneciam vivas após 6 anos. A maior parte da mortalidade ocorreu logo após a emergência durante a época de chuva. As plantas apresentam no campo sujo um comprimento médio de 27,44 cm e no cerradão de 17,45 cm ao final de 75 meses, o número de folíolos/planta foi maior no campo sujo, onde apresentou um número médio, aos 75 meses, de 40 e no cerradão de 20 folíolos. Ao longo dos 75 meses, o número de folíolos/planta foi sempre crescente, apesar de uma diminuição sazonal no período de estiagem. A porcentagem de remoção do limbo das folhas presentes nas plantas teve nos primeiros meses seus índices mais altos, sempre caindo com o passar do tempo, atingindo 4,5 e 1%, respectivamente, aos 75 meses. Em termos de plantios de reflorestamento e de enriquecimento florestal a simples dispersão das sementes na superfície do solo não é a melhor maneira para se garantir a regeneração e estabelecimento das espécies estudadas, no entanto, o plantio em pequenas covas, aumenta consideravelmente o tempo médio para a germinação e a emergência das plântulas, sendo a fase mais limitante para o estabelecimento, os primeiros meses após a emergência. Superado esta fase inicial, estas terão grandes chances de se estabelecerem no local e colonizar a área. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Factors such as type of plant formation, seed removal and predation by animals and the seasonality of the climate can limit tree establishment and growth. Copaifera langsdorffii and Emmotum nitens are typical trees of the forests of Central Brazil, especially in the cerradão, a type of dry forest, they are also found in the savanna type of vegetation, The aim of this study was to examine the regeneration potential of both species, seed predation and removal in a cerradão formation and in the surroundign open savanna vegetation at the Ecological Station of the Botanical Garden of Brasilia – EEJBB in order to determine the influence of the type of vegetation on seed predation and removal and on the regeneration potential of both species. Moreover, we followed plant establishment, seasonal patterns of stem growth, leaf phenology and leaf damage by leaf area removal due to herbivory in C. langsdorffii during the first the 6 years of life. In this are seeds were planted in a cerradão and adjacent campo sujo (open savanna with scattered trees) at Fazenda Água Limpa, the experimental farm of the University of Brasilia - FAL. In the tree inventory of the cerradão vegetation at EEJBB, E. nitens was the most abundant tree and the one with the highest importance value (IVI), while C. langsdorffii was much less abundant and with lower IVI. In the inventory of the surrounding savanna vegetation, very few trees of E. nitens were found, most located close to the cerradão, while no adult individuals of C. langsdorffii were found. In the analysis of the regeneration of both species at the cerradão site 392 individuals of E nitens were found, which represents an absolute density of about 10453 individuals/ha, while only 47 individuals of C. langsdorffii were found, which gives an absolute density of about 1253 individuals in one hectare. The regeneration of E.nitens in the cerradão grouped in diameter classes presented a distribution in the form of inverted J, with the majority of the individuals distributed in the first classes of diameter C langsdorffii showed a similar pattern. For the surrounding open savanna vegetation, this J distribution of E. nitens regeneration was also evident. For the regeneration of C. langsdorffii this format was not possible to be observed, because only two individuals were found. In the removal and predation experiment, a larger number of seeds of C. langsdorffii were removed than of E nitens in the two types of vegetation. Of the 400 artificially dispersed seeds in both vegetation types, around 78% of the C. langsdorffii were removed after 100 days and all non-germinated seeds have been removed 210 days after seed dispersal in the cerradão and in 330 days in the surrounding open savanna vegetation. In the cerradão, 16.5% of the C langsdorffii seeds germinated and mortality was 44%. The remaining 37 plants were still 510 days after the beginning of the experiment. No seeds of E. nitens germinated in both types of vegetation. For the experiment at FAL, the seeds of C langsdorffii had been planted in the cerradão and in the campo sujo site. The emergency was low 21% in the campo sujo and 28% in the cerradão. Of the emerged seedlings, 59.3% and 27.8% remained alive after 6 years. Most of the mortality occurred soon after the emergency during the rainy season. The plants presented in the campo sujo an average length of 27,44cm and in the cerradão of 17,45cm at the end of 75 months. The number of leaflets/plant was larger in the campo sujo where it presented an average number of 40 leaflets/plant, and of 20 in the cerradão at 75 months, those numbers always increasing, although occurred a seasonal reduction in the dry period. The percentage of leaf area loss due to herbivory was higher in the the first months after emergence, but it decreased afterwards, being 4,47 and 1% respectively at 75 months. In terms of projects of reforestation and forest enrichment the simple dispersion of the seeds on the surface of the soil is not the best way to guarantee the regeneration and establishment of the species. However, seed burial in small hollows increased seed germination considerably and decreased the average emergence time, being the first months after seedling emergency the most critical for plant survival. Surpassed this initial phase, C. langsdorffii seedlings will have great possibility of establishing in the place and colonizing the area.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2007. / Submitted by Aline Jacob (alinesjacob@hotmail.com) on 2010-01-07T22:07:48Z No. of bitstreams: 1 2007_RaphaelIgordaSilvaCDias.pdf: 396080 bytes, checksum: 3bb6556189b716f24dc649c57a53d337 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-01-07T22:28:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_RaphaelIgordaSilvaCDias.pdf: 396080 bytes, checksum: 3bb6556189b716f24dc649c57a53d337 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-07T22:28:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_RaphaelIgordaSilvaCDias.pdf: 396080 bytes, checksum: 3bb6556189b716f24dc649c57a53d337 (MD5) Previous issue date: 2007-03-23 / O tiziu (Volatinia jacarina) é uma espécie de passeriforme neotropical, granívora, e migratória, que se desloca para as regiões centrais do Brasil para se reproduzir durante a estação chuvosa, que coincide com os picos de produção de sementes na região. Na curta estação reprodutiva do tiziu, os machos estabelecem seus pequenos territórios e passam a executar vigorosamente seu display característico. Apesar de socialmente monogâmica, a espécie apresenta altas taxas de fertilização extra-par. Diversos estudos, a maioria com aves, já demonstraram que a escolha de parceiros sociais ou extra-par é baseada em características fenotípicas ou comportamentais do parceiro em potencial. Baseado nessas informações foi avaliado em ambiente natural e de laboratório, respectivamente: (1) a influência da disponibilidade de recurso alimentar no comportamento e nos parâmetros reprodutivos do tiziu; e (2) a seletividade de fêmeas de tiziu frente à oportunidade de obtenção de cópulas extra-par e a percepção de seu parceiro social em relação ao fato. Em ambiente natural foi realizada uma suplementação alimentar, alocando machos com territórios estabelecidos em dois grupos: um grupo recebeu adição de recurso no território e o outro grupo, que não recebeu, serviu de controle. Em laboratório foi realizada uma manipulação experimental onde fêmeas acasaladas tiveram a oportunidade de escolher parceiros extra-par, enquanto seus parceiros sociais observavam o comportamento da mesma. Observou-se, através do experimento em ambiente natural, que a suplementação alimentar influenciou o nível de agressividade dos machos territoriais assim como a atratividade destes em relação a fêmeas. Em termos de biologia reprodutiva, a suplementação influenciou a taxa de crescimento dos filhotes, o tamanho da ninhada e a taxa de mortalidade dos ninhegos. Em laboratório, os resultados da manipulação experimental sugerem que fêmeas de tiziu são pouco descriminantes na escolha de parceiros extra-par e que desempenham um papel importante na manutenção do vínculo do par.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2008. / Submitted by Rosane Cossich Furtado (rosanecossich@gmail.com) on 2010-03-03T14:23:27Z No. of bitstreams: 1 2008_BrenerMagnabascoMarra.pdf: 1168530 bytes, checksum: f2cbd8d826ef9dd77b8ddcd4f3fea9d8 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-03-03T22:10:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_BrenerMagnabascoMarra.pdf: 1168530 bytes, checksum: f2cbd8d826ef9dd77b8ddcd4f3fea9d8 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-03-03T22:10:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_BrenerMagnabascoMarra.pdf: 1168530 bytes, checksum: f2cbd8d826ef9dd77b8ddcd4f3fea9d8 (MD5) Previous issue date: 2008-08 / Cachaça é o destilado genuinamente brasileiro produzido a partir da fermentação e destilação do caldo de cana-de-açúcar, cuja importância econômica vem crescendo aceleradamente. Dessa forma; o manejo, controle e sistematização das operações unitárias da fermentação e destilação são fatores fundamentais no desenvolvimento de estratégias de melhoria físico-química, sensorial e rendimento industrial da cachaça comercial de qualidade. Neste trabalho, avaliamos e sistematizamos os principais parâmetros físico-químicos envolvidos no processo de fermentação e destilação durante safras seguidas (2005, 2006 e 2007), sob condições operacionais práticas conduzidas na maioria das unidades produtoras do País. O controle do tempo e temperatura da alimentação da dorna de fermentação, teor alcoólico, velocidade e fracionamento da destilação, entre outros, demonstraram-se fundamentais para a produção e produtividade da cachaça de qualidade. Adicionalmente, foi desenvolvido um processo tecnológico de remoção de congêneres secundários tóxicos (aldeídos, furfural, hidroximetilfurfural, cobre, etc) e redução de valor calórico de destilados, especialmente a cachaça, através da utilização do abrandador quitosana. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cachaça is genuinely a Brazilian spirit produced from fermentation and distillation of sugar cane, whose economic importance has been growing apace. Thus, the management, control and systematization of fermentation and distillation operations are fundamental factors to develop strategies for improvement of physico chemical and sensorial charactetistics as well as performance industrial cachaça of commercial quality. In the present study we have performed a long term systematic evaluation of the physico-chemical parameters implicated in the fermentation and distillation processes during three seasons(2005, 2006, 2007). We have shown that controlling the time and temperature of fermentation vat feeding, alcohol level, distillation speed, distillation division, among others, are crucial for higher production and productivity of cachaça. In addition, we developed a technological process for removal of related toxic compounds and reducing the calorific value of total spirits using chitosan.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-10T15:57:18Z No. of bitstreams: 1 2009_CristianoGuimaraesdoAmaralPinheiro.pdf: 6022850 bytes, checksum: de87af154e58c83712757d3e3e0faa67 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-04-30T21:16:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_CristianoGuimaraesdoAmaralPinheiro.pdf: 6022850 bytes, checksum: de87af154e58c83712757d3e3e0faa67 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-04-30T21:16:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_CristianoGuimaraesdoAmaralPinheiro.pdf: 6022850 bytes, checksum: de87af154e58c83712757d3e3e0faa67 (MD5) Previous issue date: 2009 / A inserção de peptídeos na membrana plasmática é um dos principais paradigmas do processo geral de interação entre a célula e o ambiente. O entendimento físico-químico desse processo, sobretudo nos aspectos estruturais e energéticos da matéria, no nível das interações atômicas, é de particular interesse para novas aplicações na medicina e farmacologia. Podemos destacar o desenho racional de peptídeos antibacterianos, que por meio de interações com a membrana causam lise celular e conseqüente morte desses microorganismos. Além disso, a compreensão do processo de inserção peptídica é de igual interesse para o desenvolvimento de novos produtos voltados para o tratamento clínico de doenças humanas, como o Mal de Alzheimer relacionado à inserção e agregação de placas peptídicas na membrana. Dada à relevância biológica da inserção peptídica, o estudo desse processo têm sido de interesse científico e tecnológico para diversos grupos de pesquisa no mundo, entretanto, a sua completa descrição microscópica permanece ainda não elucidada. Nesse contexto atual, como um esforço adicional, esse trabalho visa caracterizar as propriedades microscópicas dirigentes do fenômeno de inserção de peptídeos utilizando simulações computacionais de Dinâmica Molecular, conjugadas a métodos de cálculo de energia livre. Um tempo total de simulação de 1,2 microsegundos foi requerido para estudar a partição de dois peptídeos com natureza físico-química distintas, isto é, um hidrofóbico e o outro hidrofílico carregado. O estudo revela uma estabilidade energética global para o peptídeo hidrofílico estruturalmente associado à região interfacial água/membrana, e inclusão do hidrofóbico no centro da bicamada. Em ambos os casos, o passo limitante para o processo de inserção é a transposição peptídica através da região polar do lipídio. Via manipulações biotecnológicas, essa informação é de especial valor para a maior estabilização de moléculas no interior da membrana, aumento da velocidade de inserção ou estabilização de agregados na superfície celular. Finalmente, a metodologia aqui desenvolvida permitirá estudar uma série de outras moléculas que se particionem e efetivamente atravessem diferentes modelos de membranas, contribuindo para o entendimento geral sobre o transporte de peptídeos pela membrana. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Peptide insertion through the plasmatic membrane is a major paradigm for the cellular-environment communications. At the level of atomic interactions, the structural and energetic knowledge about this process is of particular interest for novel applications in the fields of medicine and pharmacology. We can highlight the rational design of antimicrobial peptides that induce the microorganism death by causing cellular lysis and further developments applied to human dysfunctions, such as the Alzheimer’s disease related to peptide insertion and aggregation on the membrane surface. Given the broad biological significance of peptide insertion through membranes, this process has been of scientific and technological interests for several worldwide research groups, its complete microscopic description remains however to be clarified. Here, as an additional effort, the present contribution aims to the characterization of major microscopic properties controlling the process of peptide insertion, using advanced methods of free-energy Molecular Dynamics simulations. A total simulation time of 1.2 microseconds was required to study the membrane partition of two peptides with distinct physical and chemical properties, e.g., one hydrophobic and the other hydrophilic (charged). The study reveals a global energy minimum for the hydrophilic peptide adsorbed on the water-membrane interface, and the burying of the hydrophobic one in the lipid-bilayer main core. For both peptides, the rate-limiting step for molecule partition is the displacement across the lipid headgroups. By means of biotechnological manipulations, these findings are worth to enhance the stability of molecules in the bilayer-tail region, to speed up the insertion process or even to stabilize peptide aggregate forms on the membrane surface. Finally, the methodology herein developed allows one to study another set of molecules that interacts or permeates different lipid bilayer models, contributing therefore to a general understanding concerning the transport of peptides across membranes.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-10T18:11:30Z No. of bitstreams: 1 2009_DanielladeSousaMoraes.pdf: 1854028 bytes, checksum: a3cd31cb45bfc1c91939808ab2cc1175 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T13:47:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_DanielladeSousaMoraes.pdf: 1854028 bytes, checksum: a3cd31cb45bfc1c91939808ab2cc1175 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-12T13:47:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_DanielladeSousaMoraes.pdf: 1854028 bytes, checksum: a3cd31cb45bfc1c91939808ab2cc1175 (MD5) Previous issue date: 2009 / Paracoccidioides brasiliensis, o agente etiológico da paracoccidioidomicose (PCM), é um fungo termodimórfico que cresce como micélio à temperatura ambiente e se diferencia para levedura em culturas a 37°C e no tecido do hospedeiro. A transição dimórfica de P. brasiliensis está associada com alterações na parede celular. Quando o fungo se diferencia de micélio para levedura, o conteúdo de quitina é aumentado e a composição de glicana é alterada, reduzindo o conteúdo de 1,3-b-glicana e aumentando o conteúdo de 1,3-a-glicana. Em P. brasiliensis, um homólogo do gene de 1,3-b-glicana sintase (Pbfks1) e seis genes de quitina sintase (Pbchs1, Pbchs2, Pbchs3, Pbchs4, Pbchs5 e Pbchs6) foram identificados. Em nosso estudo, nós investigamos a região promotora dos genes Pbfks1 e Pbchs4. Por meio de ensaio de retardo da mobilidade eletroforética (EMSA), analisamos sondas referentes aos promotores desses dois genes e identificamos prováveis sítios regulatórios. A análise da região promotora do gene Pbfks1 indica um TATA Box que pode ser funcional, e sugerimos que o promotor do gene Pbchs4 possa estar sendo regulado pelo elemento de resposta ao estresse (STRE). Além disso, demonstramos também que o domínio de ligação ao DNA de PacC de P. brasiliensis reconhece um sítio descrito para PacC de A. nidulans, porém, a proteína não reconheceu uma variação na seqüência consenso presente no promotor do gene Pbchs4. Observamos que uma sonda referente ao promotor do gene Pbchs4 que contém um sítio para o fator de transcrição CreA não interage com o domínio de ligação ao DNA de CreA de Humicola grisea, mas apresenta interações DNA-proteína específicas nas fases de micélio e levedura. Adicionalmente, resultados de RT-PCR em tempo real revelaram que o gene Pbfks1 é mais expresso em meio com acetato do que em meio com glicose como fonte de carbono. Portanto, o trabalho desenvolvido em nosso grupo de pesquisa fornece dados que podem contribuir para a compreensão da regulação dos promotores dos genes 1,3-b-glicana sintase e quitina sintase 4 em P. brasiliensis. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Paracoccidioides brasiliensis, the etiological agent of paracoccidioidomycosis (PCM), is a thermal dimorphic fungus which grows as a mycelium at room temperature and differentiates to yeast in cultures at 37°C and in the host tissue. The dimorphic transition of P. brasiliensis is associated with changes in the cell wall. When the fungus differentiates from mycelium to yeast, the chitin content is increased and the composition of glucan changes, reducing the 1,3-β-glucan content and enhancing the content of 1,3-α-glucan. In P. Brasiliensis, one homologous of 1,3-β-glucan synthase gene (Pbfks1) and six genes of chitin synthase (Pbchs1, Pbchs2, Pbchs3, Pbchs4, Pbchs5 e Pbchs6) were identified. In our study, we investigated the promoter region of Pbfks1 and Pbchs4 genes. By means of Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA), we analyzed probes referring to promoters of these two genes and we identified probable regulatory sites. The analysis of the promoter region of the Pbfks1 gene indicates one TATA Box that could be functional, and we propose that the Pbchs4 promoter may be regulated by the stress responsive elements (STRE). Furthermore, we also demonstrated that the PacC DNA binding-domain of P. brasiliensis recognizes one A. nidulans’s PacC described site, nevertheless, the protein didn’t recognize one variation in the consensus sequence in the Pbchs4 promoter. We observed one Pbchs4 promoter probe with one CreA transcription factor site doesn’t interact with the CreA DNA bind-domain of Humicola grisea, but shows specific DNA-protein interactions in mycelium and yeast phases. Additionally, results of Real Time RT-PCR disclosed that Pbfks1 gene is more expressed in medium with acetate then in medium with glucose as a carbon source. Therefore, the work developed in our research group provides data which may contribute for the comprehension of 1,3-β-glucan synthase and chitin synthase 4 promoters’ regulation in P. brasiliensis.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2009. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2010-03-30T15:15:38Z No. of bitstreams: 1 2009_LeonardoGuedes.pdf: 5624272 bytes, checksum: 75f7b4a1facc94065376aad00f058fb4 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T14:36:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_LeonardoGuedes.pdf: 5624272 bytes, checksum: 75f7b4a1facc94065376aad00f058fb4 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-12T14:36:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_LeonardoGuedes.pdf: 5624272 bytes, checksum: 75f7b4a1facc94065376aad00f058fb4 (MD5) Previous issue date: 2009 / As imunoglobulinas são moléculas com capacidade de ligação a uma grande diversidade de antígenos. Estudos de variabilidade mostram que três regiões em cada cadeia variável, leve (L) e pesada (H), apresentam um maior grau de variabilidade, sendo por isso denominadas Regiões Determinantes de Complementaridade (CDR). Dentre essas, a CDR3 de ambas cadeias (H e L) é a que apresenta maior variabilidade. O objetivo deste trabalho é estudar anticorpos com capacidade de reconhecimento de ácidos nucléicos. Análises em bancos de dados revelaram que dentre as diversas famílias de genes que codificam as cadeias variáveis pesadas de camundongos, a pequena família VH10 destaca-se por ter sido identificada principalmente em anticorpos anti-DNA. Essa observação nos levou a postular que determinantes estruturais codificados por segmentos da família VH10 poderiam estar envolvidos nesse reconhecimento. Assim, nesse trabalho, construíu-se bibliotecas de scFvs de camundongos apresentadas na superfície de fagos filamentosos, contendo CDRH3s variáveis, no contexto de segmentos gênicos germinais da família VH10 e da família VH4 (que não apresenta nenhum Ac descrito como ligante a ácidos nucléicos depositado em banco de dados). A abordagem experimental consistiu basicamente na comparação do grau de variabilidade das CDRH3s selecionadas pela capacidade de reconhecimento a DNA de fita simples utilizando-se o procedimento de seleção (biopanning) preconizado na técnica de Phage Display As bibliotecas apresentavam tamanhos na ordem de 107 diferentes scFvs. Elas eram selecionadas pela capacidade de ligação a oligodT - celulose e os títulos de entrada e de saída foram obtidos em três ciclos de seleção. Foram realizados imunoensaios com as partículas virais selecionadas dos ciclos 2 e 3, tanto para a detecção da expressão dos scFvs como também para a verificação da capacidade de reconhecimento ao antígeno (oligodT - biotinilado). Os resultados obtidos com a análise de clones aleatoriamente escolhidos do ciclo 2 e 3 revelaram 12 sequências de CDR3Hs associadas a ligação a ácidos nucléicos e dessas, 9 são provenientes da família VH10 e 3 da família VH4. As três sequências obtidas no contexto de VH4 também estão presentes no contexto VH10. Os resultados sugerem que scFvs no contexto da família VH10, podem apresentar uma maior variabilidade CDR3Hs para o reconhecimento de ácidos nucléicos do que aqueles que apresentam o segmento da famíliaVH4, corroborando a hipótese de que determinantes estruturais codificados pelo segmento gênico VH10 participam do processo de reconhecimento antigênico. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The immunoglobulins are molecules with the capacity to recognize a variety of antigens. Variability studies show that three regions in each variable chain, light (L) and heavy (H), have a greater degree of variability and is therefore called Complementarity Determinants Regions (CDR). Among these, the CDR3 of both chains (H and L) are the ones that show the greatest variabilities. The aim of this work is study the antibodies able to recognize nucleic acids. Analysis in databases revealed that among the different families that are gene that encode the murine variable heavy chains, the small VH10 family stands out in terms of such kind of antigen recognition. This observation led us to postulate that structural determinants encoded by the V segment of the VH10 family could be specially involved in this binding ability. Thus, we built two scFvs phage display libraries, containing variable CDRH3, in the context of germinal V gene from family VH10 and the family VH4 (which presents no antibody described as ligand to nucleic acid in databank). The experimental approach was basically the biopanning of phages from those two libraries, using oligo-dT celulose as ligand. After three selection rounds, phages from round 2 and 3 were analyzed in terms of CDR3H composition and the ability to bind to the antigen in immunoassays.The analysis of randomly selected clones revealed 12 sequences of CDR3Hs able to bind to nucleic acids. From these, 9 were from the VH10 family and 3 were VH4 phages. The three sequences obtained in the context of VH4 were also present in VH10 phages. The results suggested that VH10 scFvs may allow greater CDR3H variability than VH4 ones, corroborating the hypothesis that structural determinants encoded by the V gene segment from VH10 contributes significatively for the recognition of nucleic acids.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2010-03-30T16:18:31Z No. of bitstreams: 1 2009_LeviCarinaTerribile.pdf: 6485192 bytes, checksum: d3b81bdb8bcb6b131928445f33568b80 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T17:41:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_LeviCarinaTerribile.pdf: 6485192 bytes, checksum: d3b81bdb8bcb6b131928445f33568b80 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-12T17:41:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_LeviCarinaTerribile.pdf: 6485192 bytes, checksum: d3b81bdb8bcb6b131928445f33568b80 (MD5) Previous issue date: 2009-02 / O estudo dos padrões ecológicos em grandes escalas geográficas é de grande interesse atual para ecólogos e biogeógrafos. Em especial, o gradiente latitudinal de riqueza de espécies e a variação geográfica no tamanho do corpo dos organismos são os dois padrões emergentes que tem recebido bastante ênfase nos últimos anos dentro do programa de pesquisa de macroecologia. O conhecimento efetivo dos padrões de diversidade em grandes escalas e dos processos envolvidos em sua origem e manutenção é vital para estabelecer programas mais eficientes de conservação da biodiversidade. O presente trabalho propõe estudar o padrão global de riqueza e de tamanho corpóreo das espécies de serpentes das famílias Viperidae e Elapidae, além de propor estratégias globais para a conservação da diversidade de espécies de ambas as famílias. Para tanto, foram obtidos dados macroecológicos de extensão de ocorrência e de comprimento total máximo de 228 espécies de Viperidae e 224 espécies de Elapidae. As análises dos fatores ecológicos e evolutivos envolvidos nesses padrões mostraram que as variações geográficas na riqueza e tamanho do corpo de Viperidae são determinadas primeiramente por fatores climáticos contemporâneos, enquanto que para as espécies de Elapidae esses padrões estão mais associados a fatores histórico/evolutivos do grupo. Esses resultados também mostram a importância de se utilizar abordagens desconstrutivas, como é o caso do princípio de desconstrução extrema proposto no presente trabalho, para as análises dos padrões de diversidade. Finalmente, as análises mostraram a existência de estratégias viáveis para a conservação da diversidade de Viperidae e Elapidae em escala global. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The study of ecological patterns in large geographical scales is currently of great interest in ecology and biogeography. Particularly, the latitudinal gradient of species richness and the geographical variation in body size of organisms are the two emerging patterns that have received special attention in recent years within the research program of macroecology. It is clear that an effective knowledge of the processes involved in the origin and maintenance of biodiversity patterns in large scale is important to design efficient strategies for biodiversity conservation. The aim of this study is to evaluate the global pattern of richness and body size of the species of two snake families, Viperidae and Elapidae, and propose conservation strategies for both families. For this, macroecological data of occurrence and maximum total body length were obtained for 228 species of Viperidae and 224 species of Elapidae. The evaluation of the ecological and evolutionary factors involved in these patterns showed that geographical variations in richness and body size of Viperidae are mainly determined by contemporary climate, while for Elapidae these patterns are more related to the evolutionary history of this group. These results also showed the importance of using deconstructive approaches, such as the "principle of extreme deconstruction" proposed in this study for the analysis of diversity patterns. Finally, the analyses of conservation priorities indicated the existence of viable conservation opportunities to preserve Viperidae and Elapidae diversity in global scale.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-04-07T12:58:45Z No. of bitstreams: 1 2009_RafaelCavalcantideAlbuquerqueAjuz.pdf: 1536881 bytes, checksum: b881e3dba563f33d4e4e7a7942712872 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-12T18:49:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_RafaelCavalcantideAlbuquerqueAjuz.pdf: 1536881 bytes, checksum: b881e3dba563f33d4e4e7a7942712872 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-12T18:49:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_RafaelCavalcantideAlbuquerqueAjuz.pdf: 1536881 bytes, checksum: b881e3dba563f33d4e4e7a7942712872 (MD5) Previous issue date: 2009 / Introdução: A evolução da visão de cores dos primatas é uma questão não totalmente compreendida. Por este grupo se mostrar muito dependente da visão e devido à curiosa diferenciação entre os macacos do Novo e do Velho Mundo, com o polimorfismo visual nos platirrinos e o tricromatismo uniforme nos catarrinos, há na literatura uma busca constante para entender esta realidade. Vários trabalhos sugerem a pressão de predação como uma influência importante na força seletiva para a evolução do sistema visual dos primatas, porém com pouca investigação neste sentido. Essa dissertação se propõe a contribuir na compreensão de como pode ser o desempenho dos diferentes fenótipos para visão de cores de um macaco do Novo Mundo, o Callithrix penicillata, em relação à detecção de seus potenciais predadores. O desempenho diferencial dos diferentes fenótipos na realização desta tarefa pode ajudar a compreender a evolução do sistema visual polimórfico desta espécie. Metodologia: Com base em experimentos com espectrofotometria, as pelagens dos potenciais predadores do C. penicillata e os componentes do plano de fundo de diferentes fitofisionomias do cerrado foram mensurados e contrastados. Essas informações foram analisadas por dois modelos: diagramas de cromaticidade e distâncias cromáticas - que inferiram o quão eficiente são os diferentes fenótipos visuais na aquisição dessas informações. Resultados e conclusões: De acordo com a distribuição dos espectros mensurados nos diagramas de cromaticidade, o padrão de cor da pelagem dos potenciais predadores do C. penicillata estaria associado às diferentes fitofisionomias. Foi identificada uma distribuição diferencial dos espectros das diferentes fitofisionomias, com um deslocamento no eixo azul/amarelo. Finalmente, os fenótipos tricromatas se mostraram mais eficientes na detecção dos potenciais predadores quando comparados aos dicromatas, o que vai ao encontro do que a teoria da heterose sugere, sendo, portanto, a melhor proposta para relacionar a pressão de predação e a evolução do sistema visual de cores polimórfico no C. penicillata. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Introduction: The evolution of primates color vision is not totally understood yet. Due to the strong dependence of primates on color vision and to the curious differentiation between New and Old World monkeys (e.g. the visual polymorphism in the platyrrhine and uniform tricromacy in the catarrhine) there is a permanent effort in the literature concerning the understanding of this phenomenon. With regard to predation pressure, many studies suggest an important influence of this selective force in the evolution of the primate visual system although studies are still scarce. The objective of this is to determine study the relationship between the performance of distinct phenotypes color vision for a New World monkey, Callithrix penicillata, and the detection of its potential predators. The possible different performances these phenotypes present in the detection of a potential predator may help to understand the evolution of the polymorphic visual system in this species. Methodology: The fur of C. penicillatas potential predators and the background components of different Cerrado phytophysiognomies were measured and contrasted. These data were analyzed with two different models: the chromaticity diagram and the chromaticity distance, through which it was possible to infer the efficiency of the distinct phenotypes with respect to data acquisition. Results and conclusion: Considering the spectrum distribution found in chromaticity diagrams it was possible to associate pelage color pattern of the potential predators of C. penicillata with the distinct phytophysiognomies studied. We identified a differential distribution of the spectrum from the phytophysiognomies that showed a dislocation in the blue/yellow axis. Finally, the trichromatic phenotype was more efficient in detecting potential predators when compared to the dichromatic phenotype. These results are in agreement with hetero theory, which contains the best proposals to associate predation pressure with the evolution of the polymorphic visual system of C. penicillata.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2009. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2010-04-16T11:48:41Z No. of bitstreams: 1 2009_TheyssaFernandaBarbosaBorges.pdf: 1589278 bytes, checksum: 9ed964216329f161a08ac2c9b4fd1e06 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-04-19T20:06:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_TheyssaFernandaBarbosaBorges.pdf: 1589278 bytes, checksum: 9ed964216329f161a08ac2c9b4fd1e06 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-04-19T20:06:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_TheyssaFernandaBarbosaBorges.pdf: 1589278 bytes, checksum: 9ed964216329f161a08ac2c9b4fd1e06 (MD5) Previous issue date: 2009-02-13 / Atualmente, o mercado tornou-se favorável para a produção de etanol a partir de biomassa. E o Brasil já tem considerável experiência na produção de bioetanol a partir de cana-de-açúcar, no entanto ela é uma planta sazonal e requer terra de plantio de alta qualidade para seu crescimento. Como substrato alternativo para produção de etanol no Brasil a baixo custo, temos a mandioca. O grupo de biotecnologia molecular da UnB possui uma linha de pesquisa que visa diminuir os custos da produção de etanol a partir de amido de mandioca. Em 1995, Moraes et al. construiu oito linhagens de Saccharomyces cerevisiae capazes de converter amido a etanol, no entanto o vetor utilizado nas construções é epissomal e por não ser estável pode ser facilmente perdido durante o processo industrial onde há o stress ambiental e competição entre as linhagens. Para reverter este quadro, este trabalho visou a construção de um vetor integrativo baseado na seqüência δ do transposon Ty de Saccharomyces cerevisiae no qual foram inseridos os cassetes de expressão de α-amilase de Bacillus subtilis e glicoamilase de Aspergillus awamori, gerando três diferentes vetores: pTA (contendo o cassete da α-amilase), pTGA (contendo o cassete da glicoamilase) e pTAGA (contendo ambos os cassetes). A linhagem semi-industrial MFL e a linhagem industrial JP1 foram transformadas com os vetores construídos. Foram encontrados cinco clones positivos para atividade amilolítica nas transformações da MFL e dois na JP1, a baixa eficiência de seleção de transformantes deve-se ao fato de a marca de seleção não estar inserida no vetor integrativo. As curvas de crescimento dos clones positivos mostraram que não houve alterações no crescimento das linhagens após integração dos vetores e os testes de atividade enzimática mostraram que os clones estão produzindo as enzimas de interesse. Além disso, os testes de estabilidade mitótica mostraram alta estabilidade do vetor nos clones positivos da linhagem JP1, o que torna este sistema de expressão atrativo para produção industrial. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / At present, the market became favorable for ethanol production from biomass. And Brazil already has considerable experience in the bioethanol production from sugar-cane, however it is a seasonal plant and it requires land of planting of high quality for his growth. As alternative substrate for low cost ethanol production in Brazil, we have the cassava. The molecular biotechnology group of UnB has a line of research that aims to reduce the costs of ethanol production from cassava starch . In 1995, Moraes et al. built eight Saccharomyces cerevisiae strains able to convert starch to ethanol, however the vector used in this constructions is epissomal and because of not being stable it can be easily lost during the industrial process where there is the environmental stress and competition between strains. To revert this picture, this work aimed the construction of an integrative vector based on sequence δ of the Saccharomyces cerevisiae transposon Ty in which the cassettes of expression of Bacillus subtilis α-amilase and Aspergillus awamori glicoamilase were inserted, resulting three different vectors: pTA (containing the cassette of α-amilase), pTGA (containing the cassette of the glicoamilase) and pTAGA (containing both cassettes). The semi-industrial strain MFL and the industrial strain JP1 were transformed by these vectors. Five positive clones were found with amylolytic activity in the MFL transformations and two in the JP1, the low selection efficiency of positive clones is due to the fact that the selection mark wasnt inserted in the integrative vector. The positive clones growth curves showed that there were no alterations in the strains growth after vectors integration and the tests of enzymatic activity showed that the clones are producing the enzymes of interest. Moreover, the mitotic stabilitys tests showed high stability of the vector in the positive clones of the strain JP1, which makes this system of expression attractive for industrial production.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2009. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2010-04-19T17:39:44Z No. of bitstreams: 1 2009_PrisciladaSilvaLima.pdf: 1572149 bytes, checksum: 33500bc789c2fabbdcfba622796b2d27 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-03T20:34:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_PrisciladaSilvaLima.pdf: 1572149 bytes, checksum: 33500bc789c2fabbdcfba622796b2d27 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-03T20:34:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_PrisciladaSilvaLima.pdf: 1572149 bytes, checksum: 33500bc789c2fabbdcfba622796b2d27 (MD5) Previous issue date: 2009-07 / Lacases são enzimas de ampla aplicação biotecnológica, como na remoção de lignina da polpa de celulose e biorremediação de compostos fenólicos de indústrias farmacêuticas e têxteis. Em um estudo iniciado por Garcia e colaboradores (2006), o fungo filamentoso Pycnoporus sanguineus foi descrito como produtor de lacases aplicadas no tratamento de efluentes fenólicos industriais. Dando continuidade a este estudo, um gene de lacase de P. sanguineus foi isolado, clonado e expresso na levedura metilotrófica Pichia pastoris, visando a produção desta enzima em larga escala para aplicação na biorremediação de efluentes fenólicos industriais, assim como, no branqueamento de papel e delignificação de biomassa lignocelulósica para produção de bioetanol. O cDNA da lacase foi obtido através de uma reação de RT-PCR utilizando primes específicos desenhados com base na seqüência de uma lacase de P. sanguineus depositada no banco de dados de seqüências no Genbank. Como produto da RT-PCR foi amplificado um segmento de DNA com 1500 pb. O cDNA foi, clonado no vetor PGEM-T e utilizado na transformação de células de Escherichia coli, sendo obtidos 18 clones positivos. Destes o clone denominado PGLac 1 foi utilizado para a obtenção das construções 1 e 2. Na construção1 o inserto obtido na clonagem em pGEM-T foi subclonado em pPICZA e utilizado na transformação de Pichia pastoris. Para esta construção, não foram detectados clones de P. pastoris produtores de lacases. Na construção 2, o cDNA foi subclonado utilizando-se o vetor de expressão pPIC9. Em seguida, foi realizada a transformação de P. pastoris GS115. Os transformantes foram plaqueados em meio seletivo sólido (MD) contendo o substrato AzBTS, sendo observados clones com a atividade enzimática de interesse. O cDNA clonado no vetor pPICZA10 foi seqüenciado. A seqüência obtida apresentou identidade de 97% com as lacases de P. sanguineus e P. cinnabarinus e 79% com uma lacase de Trametes sp. Além disto, a seqüência protéica predita possui 502 aminoácidos, 3 domínios conservados de cobre-oxidases, massa molecular de 58,8 KDa e ponto isoelétrico de 5,7. A seqüência predita foi modelada utilizando-se a ferramenta SPDBV, tendo como base a estrutura de uma lacase de C. cinereus. A lacase heteróloga tem 57% de identidade com a seqüência molde e uma estrutura semelhante a de outras lacases de fungos da podridão branca. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Lacases are enzymes with potential application in a set of industrial processes. Some authors described their use in bioremediation of phenolic compounds of pharmaceutical and dyes industries and in the removal of lignin of the cellulose pulp. In this study a laccase from Pycnoporus sanguineus previously described by Garcia and co-workers 2006), was expressed in the metylhothrofic yeast Pichia pastoris, aiming their production for biotechnological purposes. The laccase cDNA was obtained by RT-PCR and cloned using the vector PGEM-T. Escherichia coli harbouring the construction were selected and the clone called PGLac 1 was used for further experiments (subcloning and sequencing). Two different vectors were used for P. pastoris transformation, pPIC9 e pPICZ-A. The laccase activity was detected only for P. pastoris harbouring the construction 2 (pPIC9/laccase cDNA). The heterologous laccase presents identity with lacases from P. sanguineus, P. cinnabarinus (97%) and Trametes sp. (79%). Moreover, the predicted protein has 502 amino acids, 3 cupric-oxidase conserveddomains, molecular mass of 58,8 KDa and isoelectric point of 5,7. The molecular modelling revelead a globular protein with a active site containing copper atoms, coordinated by histidin and cistein residues.