SOUSA JÚNIOR, Josemar Pereira de. Análise da eficiência da produção de camarão marinho em cativeiro no Estado do Ceará. Fortaleza, 2003. 107 f. : Dissertação (Mestrado) em Economia Rural - Universidade Federal do Ceará. Departamento de Economia Agrícola. Fortaleza, 2003. / Submitted by Francisco Lima (rodrigo90.ufc@hotmail.com) on 2011-08-22T14:48:43Z No. of bitstreams: 1 2003_dis_jpsouzajunior.PDF: 3694088 bytes, checksum: db65696c5b7aa71d577df25481f28ff8 (MD5) / Approved for entry into archive by Margareth Mesquita(margaret@ufc.br) on 2011-08-22T14:58:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2003_dis_jpsouzajunior.PDF: 3694088 bytes, checksum: db65696c5b7aa71d577df25481f28ff8 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-08-22T14:58:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2003_dis_jpsouzajunior.PDF: 3694088 bytes, checksum: db65696c5b7aa71d577df25481f28ff8 (MD5) Previous issue date: 2003 / Os resultados do modelo indicaram que, sob a pressuposição de retornos constantes à escala, 38 carcinicultores foram considerados tecnicamente eficientes obtendo medidas de eficiência técnica dentro do intervalo de 0,9 a 1,0 , o que equivale a 55,88% da amostra. Os outros 30 carcinicultores forma considerados tecnicamente ineficientes e que necessitavam reduzir a quantidade utilizada de seus insumos em média, 19,11% para que atingissem a eficiência técnica máxima. De posse dos preços dos insumos utilizados no modelo DEA, os quais foram adicionados nos problemas de programação linear sob pressuposição de retornos constantes à escala, foram calculadas as medidas de eficiência alocativa e de custos que indicaram a necessidade de redução, tanto na ineficiência de combinação dos insumos em proporções constantes à escala,foram calculadas as medidas de eficiência alocativa e de custos que indicaram a necessidade de redução, tanto na ineficiência de combinação dos insumos em proporções adequadas, dadas as relações de seus preços, bem como nos custos de produção de forma a maximizar o lucro, independentemente dos carcinicultores pertencerem ao grupo dos eficientes tecnicamente ou não. Essas reduções foram, em média, 39% e 44,70%, respectivamente. O modelo permitiu ainda calcular as possíveis reduções no uso dos insumos pelos ineficientes, tendo como referência os eficientes, de forma que se todos os insumos fossem reduzidos, na proporção sugerida pelo modelo, obter-se-ia, em média, uma redução de 31,82% no custo operacional total dos ineficientes sem prejudicar a produção. Feito isso, os produtores eficientes da amostra foram caracterizados com base no perfil tecnológico. Numa análise mais genérica, observou-se que esses carcinicultores atingiram elevados níveis de adoção da tecnologia recomendada pelas instituições que promovem o desenvolvimento sustentável da atividade–Associação Brasileira de Criadores de Camarão – ABCC e o Departamento de Pesca e Aqüicultura do Ministério da Agricultura, Pecuária e do Abastecimento – DPA/MAPA, revelando-se, então, o porquê de terem sido considerados eficientes. Os resultados da análise de eficiência na produção de camarão marinho em cativeiro levam a concluir que o sucesso da atividade no Estado do Ceará decorreu muito mais da eficiência técnica dos carcinicultores do que da capacidade deles combinarem da melhor maneira possível os insumos, dadas a relação dos preços dos insumos (eficiência alocativa),tendo em vista os valores das medidas de eficiência técnica e alocativa, que, respectivamente, foram, em média, 0,907 e 0,610. Em virtude dessa má combinação dos insumos utilizados, pode-se concluir que, em média, os carcinicultores que representaram o Estado do Ceará obtiveram uma eficiência econômica total de 55,33% (0,907 x 0,610), o que, apesar da enorme lucratividade do setor, revela que os carcinicultores cearenses estão “perdendo dinheiro”, ou seja, deixando de alcançar o lucro máximo.

SABRY NETO, H. Valor nutricional de flocos microbianos e rações vegetais para o desempenho zootécnico do camarão branco, litopenaeus vannamei. 2015. 95 f. Tese (doutorado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2015-04-15T13:21:43Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_hsabryneto.pdf: 937886 bytes, checksum: 917382f1c52acdfbf7a177880c947937 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2015-04-15T13:22:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_hsabryneto.pdf: 937886 bytes, checksum: 917382f1c52acdfbf7a177880c947937 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:22:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_hsabryneto.pdf: 937886 bytes, checksum: 917382f1c52acdfbf7a177880c947937 (MD5) Previous issue date: 2015 / The aquaculture industry is looking for alternatives to minimize production costs and the impact of wastewater discharge through the replacement of fishmeal by microbial flocs, vegetable ingredients and the effect of feed rate on the performance of juvenile white shrimp, Litopenaeus vannamei, farmed without exchange of water in the presence of microbial flakes. The aim of this study was to evaluate the nutritional value of microbial flocs and vegetable ingredients in the diet of the shrimp Litopenaeus vannamei. The first phase compared the bioavailability of crude protein and fat from meals with microbial flocs, using shrimp farming water and clean sea water. It was observed that microbial flocs meals contained high content of ash (from 649.2 to 591.0 g / kg) and low crude protein (95.9 - 137,3g / kg). The final survival of shrimp was 93.2 ± 0.8% and the biomass gain of 37.1 ± 1.8 g / tank. The final body weight of shrimp ranged from 9.01 ± 0.15 to 9.45 ± 0.13 g. The microbial flocs produced with waste water from shrimp farming or clean sea water through sequence reactors had low protein content available for juvenile L. vannamei. Despite the low levels of fat were present, they have proven to be highly available for the species. The inclusion of microbial flake meal in the diet seemed to have a growth promoting effect which may be associated with trace minerals or other nutrients. The second phase assessed the effects of the soy protein rate, lipid content and minimum level of krill in meals based on vegetable ingredients on the growth performance and digestibility of L. vannamei. The diets based on plants ranged in soybean meal (SBM) and soy protein concentrate (SPC) and in lipid content in the diet. A salmon by-product meal diet was used as control. The krill meal was included in a new group of diets based on plant ingredients. In clean water tanks, no effect on the SBM:SPC rate and lipid content was detected in the survival of shrimp. However lipid levels in the diet of 80 and 121 g / kg combined with a high SPC SBM resulted in lower final body weight and poorer digestibility of crude protein, respectively. The inclusion of krill meal in vegetable diets improved the feeding only 10 g / kg of diet, while 20 g / kg accelerated the shrimp growth, increased the yield and reduced FCR. The third phase evaluated the growth performance of the white shrimp L. vannamei farmed in a heterotrophic system. The work was carried out in two steps: (1) rainy season and (2) dry season. Shrimps weighing 3.69 ± 0.68 g (n = 240) and 2.13 ± 0.51 g (n = 300) were submmited to progressive increasing in meal of 40%, 54%, 81%, 84 % and 113% and 52%, 77%, 98%, 127% and 153% in steps 1 and 2, respectively. In the culture, the water quality parameters were measured. In this two-step farming, the shrimps were fed with a diet containing 235g / kg of crude protein and molasses. The survival, yield, final body weight, weekly growth and feed conversion factor (FCR) were obtained at harvesting. There was an increase in sedimentary and total solids with the increasing of the feeding rate in the treatments, including the control tanks, suggesting that microbial flakes may have contributed to the better performance of the animals. In both steps of farming, there was a significant increase in the final body weight gain (9.84 ± 1.79 and 10.45 ± 1.55g) and in the growth (0.70 ± 0.01 and 0.82 ± 0.05g), from the gradual increasing of the feed. The FCR increased, however, no statistical difference was observed between the treatments in the rainy season, however, in the dry season, there was statistical difference between treatments of 153% and 52% and with the control. The evaluation of the effect of feed rate on the performance of juvenile of L. vannamei farmed in heterotrophic system and fed with gradual increasing of feed, showed have improved the growth performance of the animals. / O setor aquícola vem procurando alternativas para minimizar os custos de produção e os efeitos da descarga de efluentes através da substituição da farinha de peixe por flocos microbianos e ingredientes vegetais. O objetivo desse trabalho foi avaliar o valor nutricional de flocos bacterianos, ingredientes vegetais e o efeito da taxa alimentar sobre o desempenho zootécnico de juvenis do camarão branco, Litopenaeus vannamei, cultivado sem troca d’água, na presença de bioflocos. A primeira fase comparou a biodisponibilidade de proteína bruta e gordura a partir de refeições com flocos microbianos, usando água de cultivo de camarão e água do mar limpa. Foi observado que as refeições de bioflocos continham alto conteúdo de cinzas (649,2 – 591,0 g/kg) e baixa proteína bruta (95,9 – 137,3g/kg). A sobrevivência final dos camarões foi de 93,2 ± 0,8% e o ganho de biomassa de 37,1 ± 1,8g/tanque. O peso corporal final dos camarões variou de 9,01 ± 0,15 a 9,45 ± 0,13g. Os bioflocos produzidos com água residual de cultivo de camarões ou água do mar limpa através de sequencia de reatores apresentaram baixo conteúdo de proteína disponível para juvenis de L. vannamei. Apesar dos baixos níveis de gordura estar presentes, foi provado ser altamente disponível para a espécie. A inclusão da farinha de biofloco na dieta pareceu ter um efeito promotor no crescimento o qual pode estar associado com minerais traços, ou outros nutrientes. A segunda fase avaliou os efeitos da taxa de proteína de soja, conteúdo lipídico e nível mínimo de farinha de krill em dietas baseadas em ingredientes vegetais sobre o desempenho do crescimento e digestibilidade de L. vannamei. As dietas baseadas em ingredientes vegetais variaram na farinha de soja (SBM) e concentrado proteico de soja (SPC) e nos conteúdos lipídicos na dieta. Uma dieta de farinha de subproduto de salmão foi usada como controle. A farinha de Krill foi incluída em um novo grupo de dietas a base de ingredientes vegetais. Nos tanques de água limpa, nenhum efeito na taxa de SBM:SPC e conteúdo lipídico foram detectados na sobrevivência dos camarões. Entretanto os níveis de lipídios na dieta de 80 e 121 g/kg combinada com uma alta SPC a SBM resultou no menor peso corporal final e mais pobre digestibilidade da proteína bruta, Respectivamente. A inclusão da farinha de krill nas dietas vegetais melhorou a alimentação a apenas 10g/kg da dieta, enquanto a 20 g/kg acelerou o crescimento do camarão, incrementou o rendimento e reduziu o Fator de Conversão Alimentar (FCA). A terceira fase avaliou o desempenho zootécnico do camarão branco L. vannamei cultivado em sistema heterotrófico. O trabalho foi realizado em duas etapas: (1) período chuvoso e (2) seco. Camarões com peso de 3,69 ± 0,68 g (n = 240) e 2,13 ± 0,51 g (n = 300) foram submetidos a aumentos progressivos na taxa alimentar. No cultivo foram medidos os parâmetros de qualidade de água. Nas duas etapas de cultivo os camarões foram alimentados com uma dieta contendo 235g/kg de proteína bruta e melaço. A sobrevivência, produtividade, peso corporal final, crescimento semanal e o FCA, foram obtidos na despesca. Houve um aumento dos sólidos sedimentáveis e totais à medida que ocorreu o incremento da taxa alimentar nos tratamentos, incluindo os tanques controle, sugerindo que o biofloco pode ter contribuído para o melhor desempenho dos animais. Nas duas etapas de cultivo houve um aumento significativo no ganho de peso final (9,84 ± 1,79 e 10,45 ± 1,55g) e no crescimento (0,70 ± 0,01 e 0,82 ± 0,05g), a partir do aumento da ração. O FCA aumentou, porém não foi observada diferença estatística entre os tratamentos no período chuvoso, no entanto no período seco houve diferença estatística entre os tratamentos de 153% e 52% e entre o controle. A avaliação do efeito da taxa alimentar sobre o desempenho de juvenis de L. vannamei, cultivados em sistema heterotrófico, e alimentados com aumentos gradativos de ração, mostrou melhoria no desempenho zootécnico dos animais.

REBOUÇAS, Rosa Helena. Perfil da resistência a antimicrobianos de vibrio isolado de água de viveiro e camarão (litopenaeus vannamei) cultivado em fazendas de camarão no Estado do Ceará. 2008. 72 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008. / Submitted by Debora Oliveira (deby_borboletinha@hotmail.com) on 2011-12-22T13:49:52Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_rhrebouças.pdf: 954684 bytes, checksum: aac5e956fd251da086cd48f546ae32ab (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid(nadsa@ufc.br) on 2012-01-23T16:58:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_rhrebouças.pdf: 954684 bytes, checksum: aac5e956fd251da086cd48f546ae32ab (MD5) / Made available in DSpace on 2012-01-23T16:58:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_rhrebouças.pdf: 954684 bytes, checksum: aac5e956fd251da086cd48f546ae32ab (MD5) Previous issue date: 2008 / Marine shrimp culture is an agribusiness activity with great economic importance to Brazil, especially to the states of Rio Grande do Norte and Ceará that have an outstanding production. Over the last years, arising diseases and infections contributed to the decline in carciniculture development. The usustainable use of antibiotics as preventive measures and in the treatment of shrimp illness initiated an outbreak in drug-resistant bacterial strains that can cause damage to human health and therefore jeopardize exportation. This research aimed to evaluate the phenotypic resistant profile of the species Vibrio, isolated from samples of culture pond water and cultured marine shrimp hepatopancreas (Litopenaeus vannamei) in three shrimp farms in the state of Ceará, Brazil. Amongst the total of 31 Vibrio isolates, it was analyzed the resistance to ampicillin (46.15% and 44.44%), cefoxitin (7.69% and 27.78%) and to the tetracycline group (53.84% and 38.89%) in samples collected in culture pond water (N=13) and shrimp (N=18), respectively. The majority (80.64%) of isolated Vibrio sp. strains presented resistance to at least one tested antimicrobial drug, some been commonly used in human clinics. A significant percentage (44%) of resistant strains presented a multiresistant profile. Seven multiresistant profiles were identified in 32.26% of strains, where 5 strains were resistant to 2 antibiotics, 4 were resistant to 3 antibiotics and 2 were resistant to 4 antibiotics. A correlation amongst the presence of plasmid and antibiotic resistance was present in 81.8% of the multiresistant isolates. The Minimum Inhibitory Concentration (MIC) was calculated for the isolates that presented resistance to oxytetracycline, indicating maximum values of 697 mg/L and minimum of 79 mg/L. The qualitative behavior of antimicrobial resistance was not influenced by the origin of the isolates as for the type of sample or the estuary origin. The presence of antimicrobial resistant bacteria, commonly used in human clinics, is a concerning factor once it tends to hamper infection treatment in shrimp cultures, possibly causing damage to human health. / O cultivo de camarão marinho é uma atividade do agronegócio de grande importância econômica para o Brasil, principalmente, para os Estados do Rio Grande do Norte e Ceará que se destacam pela sua produção. Nos últimos anos o surgimento de doenças e infecções contribuíram para uma queda nos índices de desenvolvimento da carcinicultura. O uso desordenado de antibióticos como medida preventiva e no tratamento das enfermidades dos camarões implicou no surgimento de estirpes bacterianas mais resistentes aos medicamentos, podendo provocar danos à saúde humana e comprometer a exportação. Esta pesquisa objetivou avaliar o perfil fenotípico de resistência das espécies de Vibrio isoladas da água de viveiro e hepatopâncreas de camarão marinho (Litopenaeus vannamei) cultivados em três fazendas do Estado do Ceará. Dentre o total de 31 isolados de Vibrio analisados foi observada uma maior incidência de resistência aos antibióticos: ampicilina (46,15% e 44,44%), cefoxitina (7,69% e 27,78%) e ao grupo das tetraciclinas (53,84% e 38,89%) para as amostras oriundas de água de viveiro (N=13) e de camarão (N=18) respectivamente. A maioria (80,64%) das estirpes de Vibrio sp. isoladas apresentou resistência a pelo menos um dos antimicrobianos testados, alguns dos quais são drogas utilizadas na clínica humana. Um percentual significativo (44%) dentro das cepas resistentes apresentou perfil de multi-resistência. Foram observados 7 perfis de resistência múltipla, onde 5 cepas foram resistentes a 2 antibióticos, 4 resistentes a 3 antibióticos e 2 cepas resistentes a 4 antibióticos. A relação entre a presença de plasmídios e a resistência aos antibióticos foi verificada para 81,8% dos isolados multi-resistentes. A Concentração Inibitória Mínima (CIM) foi obtida para os isolados que se apresentaram resistentes à oxitetraciclina, indicando valores máximo de 697mg/L e mínimo de 79mg/L. O comportamento qualitativo de resistência aos antimicrobianos não foi influenciado pela origem dos isolados quanto ao tipo de amostra e estuário de origem. A presença de bactérias resistentes aos antimicrobianos comumente utilizados em clínica humana é um fato preocupante, uma vez que dificultam o tratamento de infecções dentro do cultivo, podendo trazer danos à saúde humana.

SILVA, Samara Cardoso da. Estimativa de variabilidade genética de plantéis do camarão marinho Litopanaeus vannamei em laboratórios de maturação do Estado do Ceará, baseado em microssatélites e na região controle mitrocondrial. 2007. 71 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Debora Oliveira (deby_borboletinha@hotmail.com) on 2012-01-26T12:47:30Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_scdsilva.pdf: 727791 bytes, checksum: a34fb2dfd2f532f703dd93e9e0baadfb (MD5) / Approved for entry into archive by Debora Oliveira(deby_borboletinha@hotmail.com) on 2012-01-26T14:04:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_scdsilva.pdf: 727791 bytes, checksum: a34fb2dfd2f532f703dd93e9e0baadfb (MD5) / Made available in DSpace on 2012-01-26T14:04:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_scdsilva.pdf: 727791 bytes, checksum: a34fb2dfd2f532f703dd93e9e0baadfb (MD5) Previous issue date: 2007 / Shrimp is the most important commodity, by value, in the international seafood trade, while new techniques and technologies are needed to keep the shrimp farming and industry growing exponentially and with sustainability in Brazil. Shrimp farmers and aquaculture scientists will demand knowledge gathered from genetic improvement programs through husbandry and/or disease management to reduce the loss of genetic diversity in successive generations. A currently popular type of molecular marker aproach to evaluate genetic variability (both in wild and farmed populations) is microsatellites. They can be assayed more rapidly than other types of molecular markers and their high allelic nature (high polymorphism and co-dominance) means that they confer more information per unit assay than any other marker systems, thus reducing costs. Another type of marker is the sequence analysis of hypervariable segments within the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, a set of non-coding A+T rich genes that are useful to evaluate genetic intraspecies variation. In this study, microsatellite loci and the mtDNA control region of Litopenaeus vannamei were used to estimate the genetic variability of commercial broodstocks. Expected results might help in developing strategies to fully explore the available germplasm. Broodstocks from two laboratories located in the State of Ceará were investigated using 10 microsatellite DNA loci. The genetic diversity between laboratories was indicated by the number of alleles per locus, together with the observed heterozygosity (ranging from 3,0 to 10,5 and from 0,46 - 0,84, respectively). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium were found at most loci in both laboratories. Inbreeding levels have shown positive Fis values, exception made to the locus 1003 that had negative values for both laboratories. Fst values were not significantly different between the two laboratories. Analyses of multiple sequence alignment of the mtDNA control region showed high homology. Using Kimura’s two-parameter (K2P) model, a dendrogram was generated with our sequences (those obtained in this study) and wild populations’ sequences available at GenBank®/NCBI. The resulting dendrogram confirmed a good variability index in the mtDNA control region, without evidences of population differentiation among them. Accordingly, analyses of our data do indicate that cultured shrimp populations in Ceará still keep some level of genetic variability, with studied broodstocks seeming to have accumulated genetic differences. / Visando não só o progresso da carcinicultura como também a sua sustentabilidade, novas técnicas e tecnologias vêm sendo buscadas. Dentre elas, destaca-se o desenvolvimento de programas de melhoramento genético, os quais visam à construção de linhagens de altas performances. Atualmente, a classe de marcadores moleculares mais amplamente utilizados para avaliar e monitorar a variabilidade genética, tanto em populações naturais como em espécies domesticadas, são os microssatélites, devido ao seu alto polimorfismo e co-dominância. Outra classe de marcadores utilizada é o conjunto de genes do DNA mitocondrial, no qual a região controle, rica em A+T e não codificadora demonstrou ser a mais útil para avaliação de variação genética intraespecífica, quando comparada com outros genes mitocondriais. No presente estudo, locos de microssatélites e a região controle mitocondrial de Litopenaeus vannamei foram utilizados com o objetivo de estimar a variabilidade intraespecífica e avaliar o potencial destas regiões do genoma em subsidiar a elaboração de estratégias que permitam explorar o potencial representado pelo germoplasma disponível. A variabilidade de reprodutores de laboratórios de maturação de duas fazendas do Estado do Ceará foi analisada através da utilização de 10 loci de microssatélites. A diversidade genética entre os laboratórios foi estimada pelo número de alelos por loci e heterozigosidade observada que variaram de 3,0 a 10,5 e de 0,46 a 0,84 respectivamente. Desvios do Equilíbrio de Hardy-Weinberg foram detectados para a maioria dos loci estudados dos dois laboratórios. Os níveis de endocruzamento foram analisados pelos valores positivos de Fis com exceção do loci 1003 que apresentou valores negativos para os dois laboratórios. Valores de Fst não demonstraram diferenciação significante entre os dois laboratórios. Na análise da região controle mitocondrial o alinhamento das seqüências obtidas apresentou alta homologia entre si. Um dendrograma construído a partir da matriz Kimura 2P entre as seqüências deste estudo e seqüências de populações naturais disponíveis no GenBank®/NCBI demonstrou um bom nível de variabilidade da região controle mitocondrial, não havendo nenhum tipo de diferenciação populacional entre estas. Com os resultados obtidos neste estudo percebe-se que as populações de camarão marinho cultivados no Ceará ainda guardam grande variabilidade genética e os plantéis estudados já acumulam diferenças genéticas, ainda que em pequeno nível.

FORTE, J. M. Aplicações de marcadores moleculares nas principais espécies da aquicultura do Nordeste Brasileiro. Fortaleza, 2015. 67 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Geovane Uchoa (geovane@ufc.br) on 2016-05-02T12:50:36Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_jmforte.pdf: 1114576 bytes, checksum: eec909704032c706c7de2ced1a3f402d (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2016-06-14T19:25:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_jmforte.pdf: 1114576 bytes, checksum: eec909704032c706c7de2ced1a3f402d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T19:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_jmforte.pdf: 1114576 bytes, checksum: eec909704032c706c7de2ced1a3f402d (MD5) Previous issue date: 2015 / The main species in evidence in Brazilian aquaculture, mainly in the state of Ceara, are Oreochromis niloticus (Nile tilapia) and Litopenaeus vannamei (white shrimp Pacific). The development of microsatellite markers has provided a major advance in genetic monitoring of these animals. So, four microsatellite markers were applied in genetic characterization of five flocks of Nile tilapia from five municipalities in the state of Ceara, with a mean expected heterozygosity reduction framework (He=0.733) compared to average observed heterozygosity (Ho = 0.575) and the rate of inbreeding (FIS) with a moderate significant genetic differentiation (FST = 0.059) in all flocks. The marker UNH231 was the only one with a consistent pattern of Hardy-Weinberg disequilibrium in most flocks. These factors led to a structuring into three groups, Group 1: Fortaleza and Itaitinga and Group 2: Amanari, Horizonte and Russas, confirming the history of flocks. The use of the site UNH104 as male indicator for Nile tilapia presented the allele 132 mostly total alleles, particularly in a state of homozygosity (132/132). However, there was no significant difference (P=0.675) in sexual identification in other genotypes. Fifteen microsatellite markers were tested on families of Litopenaeus vannamei for the construction of a panel of markers in the multiplex system. Among these nine locus multiplex amplifications exhibited consistent and no dimer formation. In the process of evaluation of markers, most of the alleles identified in the multiplex PCR system showed Mendelian segregation. However, for migration analysis of allelic loci in general, all markers were used distortions in the distribution of genotypes in relation to the expected Mendelian ratio. This shows the need for comprehensive understanding of the loci molecular evolution model used in genetic variability description of populations and L. vannamei. / As principais espécies em evidência na aquicultura brasileira, principalmente no estado do Ceará, são a Oreochromis niloticus (tilápia do Nilo) e o Litopenaeus vannamei (camarão branco do Pacífico). O desenvolvimento de marcadores de microssatélites tem proporcionado um grande avanço no monitoramento genético destes animais. Por isso, quatro marcadores de microssatélites foram aplicados na caracterização genética de cinco planteis de tilápia do Nilo pertencentes a cinco municípios do estado do Ceará, apresentando um quadro de redução de heterozigosidade média esperada (He=0,733) em relação a heterozigosidade média observada (Ho=0,575) e o índice de endogamia (FIS) significativos com uma moderada diferenciação genética (FST=0,059) em todos os planteis. O loco UNH231 foi o único que apresentou um padrão consistente de desequilíbrio de Hardy-Weinberg na maioria dos planteis. Este conjunto de fatores levaram a uma estruturação em três grupos, Grupo 1: Fortaleza e Itaitinga e Grupo 2: Amanarí, Horizonte e Russas, confirmando o histórico dos planteis. A utilização do loco UNH104 como indicador do sexo masculino para a tilápia do Nilo apresentou o alelo 132 em sua maioria no total de alelos, principalmente em estado de homozigose (132/132). No entanto, não houve diferença significativa (P=0,675) na identificação sexual nos demais genótipos. Quinze marcadores de microssatélites foram testados em famílias de Litopenaeus vannamei para a construção de um painel de marcadores em sistema multiplex. Dentre estes, nove locus apresentaram amplificações consistentes em multiplex e sem formação de dímeros. No processo de avaliação dos marcadores, a maioria dos alelos identificados no sistema de PCR multiplex apresentaram segregação mendeliana. No entanto, em relação a análise de migração alélica dos locus em geral, todos os marcadores utilizados apresentaram distorções na distribuição de genótipos em relação a proporção mendeliana esperada. Isso mostra a necessidade de compreensão detalhada do modelo de evolução molecular de locos utilizados na descrição de variabilidade genética em populações e L. vannamei.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2012-10-26T10:38:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 301193.pdf: 2893950 bytes, checksum: 5aa76905a23d810034b176397c2d4017 (MD5) / O processamento de camarão gera um resíduo formado pela cabeça e carapaça do crustáceo. Este resíduo apresenta um grande potencial para agregação de valor mediante a extração da fração carotenoídica da matéria-prima. O método de extração usado para a obtenção de compostos a partir de uma matéria-prima natural é crítico para a definição da qualidade do produto final. Desta forma, o objetivo deste trabalho é estudar o aproveitamento do resíduo de processamento de camarão rosa (P. brasiliensis e P. paulensis) para a obtenção de extratos de alto valor agregado, avaliando a técnica de extração, atividade biológica dos extratos e o seu encapsulamento. A matéria-prima, obtida no mercado público de Florianópolis/SC/Brasil, foi submetida a diferentes pré-tratamentos como tratamento térmico, secagem e moagem, sendo que estes métodos combinados apresentaram a melhor recuperação da fração carotenoídica da matéria-prima. Subsequentemente, foi estudada a eficiência de extração de carotenóides de sistemas a baixa pressão. Como tecnologia alternativa de extração de carotenóides foi aplicada a extração supercrítica (ESC) nas condições de 313.15 e 333.15 K e de 100 a 300 bar, empregando CO2 puro como solvente. Como modificadores do CO2 foram utilizados hexano:isopropanol (50:50) e óleo de girassol (2 % e 5 %, m/m). A cinética e a modelagem da ESC foram avaliadas com diferentes vazões de CO2 e umidades da matéria-prima. Os resultados foram avaliados quanto ao rendimento de extração, o perfil quali/quantitativo de carotenóides, o rendimento em astaxantina, o perfil espectrofotométrico UV-Visível e no infravermelho médio (FTIR), o perfil de ácidos graxos e as atividades antioxidante, anti-obesidade e hipolipemiante dos diferentes extratos. Finalmente, foi realizada a co-precipitação de astaxantina em polímeros por tecnologia supercrítica utilizando CO2 como anti-solvente pelos métodos Anti-Solvente Supercrítico (SAS), onde foi investigado o efeito de variáveis do processo no tamanho, distribuição do tamanho e morfologia das partículas precipitadas, e SAS de emulsão (SFEE). A composição dos extratos obtidos a baixa pressão indicou a acetona e a solução hexano:isopropanol como os solventes de maior eficiência na extração de carotenóides. A eficiência da ESC de carotenóides aumentou com o aumento da massa específica do CO2 e o maior rendimento em astaxantina foi a 333.15 K/300 bar, usando CO2 puro. A análise de custos do processo sugere o emprego de um equipamento de 2 x 400 L e tempo de 25 min para um processo mais lucrativo. Maiores atividades antioxidantes foram obtidas para os extratos alcoólico e cetônico, dentre os sistemas a baixa pressão. Os extratos apresentaram alto conteúdo de ácidos graxos poli-insaturados, especialmente ?-3 EPA e DHA, e de compostos fenólicos. O extrato ESC (333.15 K/300 bar) a 50 mg/kg.d apresentou os melhores efeitos anti-obesidade (79-84 %) e hipotrigliceremiante. Os extratos Soxhlet promoveram as maiores reduções nos níveis de colesterol sérico. A eficiência do encapsulamento do extrato em Pluronic F127 através de SAS foi de até 74 %. Nano-emulsões processadas por SFEE apresentaram o melhor desempenho de encapsulamento e o menor tamanho de partícula. Todas as partículas produzidas por SAS e SFEE apresentaram melhor preservação de cor quando comparadas com o extrato não processado.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-02-07T03:11:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 343951.pdf: 2276017 bytes, checksum: 73222d91ce2239bad67a45177bcd46ac (MD5) Previous issue date: 2016 / Os estudos dos mecanismos moleculares do desenvolvimento em crustáceos são importantes para entender a diversidade morfológica deste grupo. No entanto, poucos estudos foram realizados, se consideramos a diversidade deste grupo. Dentre os camarões de água doce, Macrobrachium olfersii surge como um modelo potencial para estudos de desenvolvimento e de toxicidade. Porém, os mecanismos moleculares durante o desenvolvimento ainda não foram descritos, pois poucas sequências são conhecidas nesta espécie. Neste contexto, o presente estudo teve os seguintes objetivos: 1) identificar transcritos com a finalidade de gerar um banco de sequências e contribuir no entendimento dos mecanismos moleculares nesta espécie; 2) identificar transcritos de genes relacionados ao desenvolvimento, em especial os genes Hox e genes de segmentação; 3) e analisar os níveis de seus transcritos durante o desenvolvimento embrionário de M. olfersii. Uma montagem de novo a partir de 25,6 milhões de reads e análise transcriptômica de pool de embriões (E4-E8) proporcionou 99.751 unigenes. Do total, 20,95% foram similares às sequências do banco de dados GenBank. Uma diversidade de transcritos foi classificada por ontologia gênica (21.845 unigenes) e em 129 vias (6.866 unigenes) do KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Os transcritos de genes codificados pelo DNA mitocondrial (22 tRNA, 2 rRNA e 13 genes codificantes de proteínas) também foram identificados. Na análise do transcriptôma utilizando ontologia gênica, 2.142 unigenes foram classificadas na categoria de processos do desenvolvimento e 553 unigenes na subcategoria do desenvolvimento embrionário, cujas sequências foram mais similares aos artrópodes Zootermopsis nevadensis e Limulus polyphemus. Além disso, os transcritos de genes do padrão ântero-posterior, do padrão dorso-ventral, de vias de sinalização envolvidas no desenvolvimento (TGF-ß, Wnt, Notch, MAPK, Hedgehog, Jak-STAT, VEGF) e dos receptores nucleares induzíveis por ecdiesteróides foram identificados. Através da PCR com iniciadores degenerados foram identificados transcritos dos genes Hox (Lab, Dfd, Antp, Ubx, AbdA, AbdB), genes de segmentação (Eve e Wg) e da família Wnt (Wnt2, Wnt4, Wnt5, Wnt7, Wnt11). Estes resultados indicam que os mecanismos moleculares em M. olfersii podem ser similares a outros crustáceos estudados. Além disso, parálogos dos genes En (En1 e En2) e Eve (Eve1 e Eve2) foram identificados, sendo que os de Eve foram pela primeira vez identificados em crustáceos. Ainda, isoformas de En (En1a e En1b) e de 4 genes Hox (Dfd1a e Dfd1b, Scr1a e Scr1b, Ubx1a e Ubx1b, AbdA-1a e AbdA-1b) foram identificados provavelmente resultantes de splicing alternativo. Para analisar os níveis de transcritos de genes Hox e de segmentação no desenvolvimento, primeiramente foi avaliada a estabilidade de 6 genes de referência utilizando programas computacionais e qPCR. A expressão dos genes Rpl8 e Rps6 foi mais estável durante o desenvolvimento e nos tecidos de animais adultos, respectivamente. Enquanto que, a expressão dos genes Gapdh e Ef-1a foi menos estável no desenvolvimento. Os genes Rpl8 ou Rps6 e suas combinações são mais indicados para serem utilizados como genes de referência, na análise durante o desenvolvimento, por RT-qPCR. Da análise dos níveis de transcritos de genes relacionados ao desenvolvimento, os transcritos de 3 genes Hox (Lab, Dfd e Ftz) diminuíram com o avanço do desenvolvimento, enquanto que os transcritos de 6 genes Hox (Pb, Scr, Antp, Ubx, AbdA e AbdB) aumentaram com o avanço do desenvolvimento, o que estaria relacionado com a função da identidade dos segmentos da cabeça, tórax e abdome. Os genes En1, En2 e Eve2 estariam relacionados com a segmentação, aumentando seus transcritos com a formação de novos segmentos do corpo durante o desenvolvimento. Enquanto que, os transcritos do gene Eve1 diminuíram, o que estaria relacionado com uma função em estágios mais inicias. No entanto, En e Eve também poderiam participar na neurogênese similar a outros artrópodes estudados. Os genes Wg e Hh funcionariam como genes de polaridade segmentar mantendo seus níveis de transcritos similares com o avanço do desenvolvimento. Os níveis de transcritos do gene Dll foi similar entre os estágios e estaria envolvido na formação dos apêndices durante o desenvolvimento como acontece em outros crustáceos. Assim, o presente estudo contribuiu com a primeira identificação em larga escala de transcritos presentes em embriões de M. olfersii, em especial os transcritos de 9 genes Hox e de outros genes relacionados ao desenvolvimento. Além disso, proporciona informação da avaliação de genes de referência para análises de qPCR nesta espécie, que permitirá resultados mais precisos para entender os mecanismos moleculares durante o desenvolvimento embrionário. Da mesma forma, a identificação destas sequências em M. olfersii contribuirá para futuros estudos em diferentes linhas de pesquisa e poderá ainda servir como referência para identificar genes em outros camarões de água doce. <br> / Abstract : Studies of the molecular mechanisms of development in crustaceans are important to understand the morphological diversity of this group. However, few studies have been conducted if we consider the diversity of this group. Among the freshwater prawns, Macrobrachium olfersii emerges as a potential model for development and toxicity studies. However, the molecular mechanisms during development were not described because few sequences are known in this species. In this context, this study had the following objectives: 1) to identify transcripts in order to generate a sequence data bank and contribute to the understanding of the molecular mechanisms in this species, 2) to identify transcripts of gene related to the development, in particular Hox genes and segmentation gene, and 3) analyze the levels of their transcripts during embryonic development of M. olfersii. De novo assembly from 25.6 million reads and transcriptomic analysis of embryos pool (E4-E8) provided 99.751 unigenes. Of the total, 20.95% were similar to sequences of GenBank database. A diversity of transcripts were classified by gene ontology (21.845 unigenes) and 129 KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathways (6.866 unigenes). The transcripts of genes encoded by mitochondrial DNA (22 tRNA, 2 rRNA and 13 protein-coding genes) were also identified. In the transcriptome analysis using gene ontology, 2,142 unigenes were assigned to the development processes category and 553 unigenes in embryonic development subcategory, whose sequences were more similar to the Zootermopsis nevadensis e Limulus polyphemus arthropods. Furthermore, transcripts of anterior-posterior pattern genes, of dorsal-ventral pattern genes and signaling pathways involved in the development (TGF-ß, Wnt, Notch, MAPK, hedgehog, Jak-STAT VEGF) and ecdysteroid-inducible nuclear receptors were identified. Moreover, by PCR with degenerate primers were identified transcripts of Hox genes (Lab Dfd, Antp, Ubx, AbdA, AbdB), segmentation genes (Eve and Wg) and Wnt family (Wnt2, Wnt4, Wnt5, Wnt7, Wnt11). These results indicate that the molecular mechanisms in M. olfersii could be similar to other crustaceans studied. Moreover, paralogs of genes En (En1 and En2) and Eve (Eve1 and Eve2) were identified, and the Eve paralogs were first identified in crustaceans. In addition, isoforms of En (En1a and En1b) and of 4 Hox genes (Dfd1a and Dfd1b, Scr1a and Scr1b, Ubx1a and Ubx1b, AbdA-1a and AbdA-1b) were identified probably resulting from alternative splicing. To analyze transcript levels of Hox genes and segmentation genes in development, it was first evaluated the expression stability of reference genes using computer programs and qPCR. Expression of Rpl8 and Rps6 genes was more stable embryonic development and in the adult animal tissues, respectively, whereas the expression of Gapdh and Ef-1a genes was less stable in development. Rpl8 and Rps6 genes or its combinations are most appropriate for use as reference gene for RT-qPCR analysis in development. In the analysis of transcript levels of genes related to the development, the transcripts of 3 Hox genes (Lab, Dfd and Ftz) decreased and the transcripts 6 Hox genes (Pb, Scr, Antp, Ubx, AbdA and AbdB) increased its expression with the progress of the development, which is related to its function in the identity of the segments of the head, thorax and abdomen. The genes En1, En2 and Eve2 would be related to the segmentation, increasing its transcripts with formation of new segments of the body during the development. Whereas the transcripts of Eve1 gene decreased that would be related to a function in most early stages. However, En and Eve could also participate in neurogenesis similar to other arthropods studied. The Wg and Hh gene would function as segment polarity genes, maintaining similar their transcript levels with the progress of development. The transcript levels of gene Dll was very similar between the stages and would be involved in the formation of appendages during development as in other crustaceans studied. Thus, this study contributed with the first large-scale identification of transcripts in M. olfersii embryos, in particular transcripts of 9 Hox genes and other genes related to development. It also provides information of the reference genes evaluation for qPCR analysis in this species, allowing more accurate results to understand the molecular mechanisms during embryonic development. In addition, the identification of these sequences in M. olfersii will contribute in future studies in different lines of research and could serve as a reference to identify genes in other freshwater prawns.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2017-02-07T03:14:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 343972.pdf: 2649254 bytes, checksum: fd64b01fedb1c00ade7f63f898892b65 (MD5) Previous issue date: 2016 / Proteínas relacionadas ao fibrinogênio (FREPs) compreendem uma grande família gênica envolvidas no reconhecimento microbiano e atuam em muitas funções biológicas nos animais vertebrados e invertebrados. Pesquisas em banco de dados de sequências não anotadas (EST) apresentaram uma sequência homóloga de FREP-like de L. vannamei denominada no presente estudo como LvFrep. A sequência obtida possui um domínio conservado relacionado com o fibrinogênio (FReD) e apresenta similaridade com as proteínas FREP-like de outros invertebrados e ficolinas de crustáceos. A expressão de LvFrep mostrou-se majoritária nos hemócitos circulantes e foi constitutivamente expresso nos hemócitos de camarões apenas em resposta a uma infecção por Vibrio harveyi, mas não para o vírus da síndrome da mancha branca (WSSV). Além disso, níveis transcricionais de LvFrep foram detectados no início do desenvolvimento, desde os ovos fertilizados, sugerindo que este gene relacionado a imunidade possa participar nas defesas antimicrobianas durante o desenvolvimento do camarão.<br> / Abstract : Fibrinogen-related proteins (FREPs) comprise a large family of microbial recognition proteins involved in many biological functions in both vertebrate and invertebrate animals. By taking advantage of publicly accessible databases, we have identified a FREP-like homolog in the most cultivated penaeid shrimp, Litopenaeus vannamei (LvFrep). The obtained sequence showed a conserved fibrinogen-related domain (FReD) and displayed significant similarities to FREP-like proteins from other invertebrates and to ficolins from crustaceans. The expression of LvFrep appeared to be limited to circulating hemocytes. Interestingly, LvFrep gene expression was induced in shrimp hemocytes only in response to a Vibrio infection but not to the White spot syndrome virus (WSSV). Moreover, LvFrep transcript levels were detected early in fertilized eggs, suggesting the participation of this immune-related gene in the antimicrobial defenses during shrimp development.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura. / Made available in DSpace on 2012-10-21T03:57:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 195525.pdf: 3249592 bytes, checksum: 816341b84848dd9c2bebffabd18f5826 (MD5) / Com o objetivo de subsidiar o conhecimento para o desenvolvimento tecnológico de sistemas de tratamento de efluentes de maricultura, oito células de wetlands artificiais pilotos de fluxo subsuperfícial com coluna d'água livre - quatro com a halófita emergente Spartina alterniflora (wetland S) e quatro sem macrófitas (wetlands C) -, medindo 0,73 x 0,73 x 0,40 m (comprimento x largura x profundidade) e dotados de sistemas de recirculação (air-lift) regulado para um tempo de residência hidráulica de 6 h, foram aplicados ao tratamento de 9 cargas distintas de 110 l de efluentes de cultivo de pós-larvas de camarão marinho, durante um período de 6 meses. Analisou-se o efeito dos wetlands S e C sobre a quarta carga de efluente, ao longo de 36 h de tratamento, quando alcançaram, respectivamente, reduções de 85,6 e 82,5% para sólidos suspensos totais (SST), 88,8 e 82,5% para sólidos suspensos inorgânicos (SSI), 81,8 e 96,1% para sólidos suspensos orgânicos (SSO), 39,4 e 53,6% para nitrogênio total (NT), 82,2 e 92,4% para N-NH4, 64,3 e 59,2% para P-PO4, e 81,0 e 89,2% para turbidez. Os wetlands C apresentaram maiores níveis de oxigênio dissolvido (OD) e pH e demonstraram tendências de nitrificação, enquanto os wetlands S mostraram tendências de denitrificação. Pretendia-se fazer nova bateria de análises para avaliar o efeito do tratamento com maior maturidade de uso dos wetlands pilotos. Porém, as macrófitas morreram após a nona carga de efluente, provavelmente, devido à toxidade de compostos reduzidos de enxofre acumulados no substrato dos wetlands S; e os wetlands C colmataram. Esta pesquisa demonstra o grande potencial de wetlands artificiais para o tratamento de efluentes de maricultura, ao mesmo tempo em que enfatiza a necessidade de se gerar conhecimento tecnológico para a otimização dos processos depurativos junto com facilidades de implantação e manejo.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura, Florianópolis, 2002. / Made available in DSpace on 2012-10-20T02:39:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 275626.pdf: 261923 bytes, checksum: 93e5f54277c0e5dce088dbeae47c21b7 (MD5) / Pós-larvas do camarão marinho Litopenaeus vannamei de diferentes idades foram submetidas a quatro temperaturas, visando determinar os efeitos destas na sobrevivência e no peso final das pós-larvas após sua transferência do sistema de larvicultura para o sistema de berçários intensivos. O experimento foi realizado no Laboratório de Camarões Marinhos da Universidade Federal de Santa Catarina-Brasil. Foram utilizadas pós-larvas do camarão marinho Litopenaeus vannamei nos estágios de pl4, pl6 e p18 com peso médio inicial de 0,20; 0,26 e 0,27 mg, respectivamente, oriundas do referido Laboratório e cultivadas até o estágio de p120, em condições de fotoperíodo natural. O delineamento experimental foi um bifatorial 4x3, onde denominou-se "T" temperatura dos tratamentos (16, 20, 24 e 28°C) e "I" idade (pl4, pl6 e p18). Os resultados mostram que a transferência das pós-larvas para os berçários intensivos pode ser feita, em termos de sobrevivência, a partir de p14, desde que a temperatura da água dos tanques seja mantida igual ou acima de 20° C. Entretanto, quando se necessita maior peso final das pós-larvas, a transferência é recomendada, a partir de pl6, em temperaturas de 24 °C ou mais.