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Développement de nouvelles approches protéo-chimiométriques appliquées à l'étude des interactions et de la sélectivité des inhibiteurs de kinases / Development of new proteo-chemometric approaches applied to the study of the interaction and the selectivity of kinase inhibitors

Bosc, Nicolas 20 November 2015 (has links)
Le kinome humain comprend 518 protéines. Elles participent au processus de phosphorylation des protéines qui joue un rôle important dans les voies de signalisation cellulaire. Leur dérégulation est connue comme étant une cause de nombreuses maladies graves telle que les cancers. Du fait de leur grande similarité structurale des protéines kinases, il est difficile de développer des inhibiteurs qui soient à la fois efficaces et sélectifs. L’absence de sélectivité conduit le plus souvent à des effets secondaires particulièrement néfastes pour l’organisme. Au cours de cette thèse, nous avons d’abord développé de nouvelles métriques dont le but est de déterminer la sélectivité d’inhibiteurs à partir de données d’inhibition. Elles présentent l’avantage, comparées à d’autres métriques, d’être applicables sur n’importe quel type de données. Dans un deuxième temps, nous avons développé une approche protéométrique dans le but de comprendre pourquoi certaines protéines kinases ne sont jamais inhibées par des inhibiteurs de Type II. Le modèle statistique mis en place nous a permis d’identifier plusieurs résidus discriminants dont certains déjà décrits expérimentalement dans la littérature. Dans un troisième temps, nous avons développé un nouveau descripteur 3D de protéines kinases avec lequel nous avons mis en place et validé des modèles protéo-chimiométriques visant à étudier et découvrir de nouveaux inhibiteurs. / The human kinome contains 518 proteins. They share a common mechanism of protein phosphorylation known to play an important role in cellular signaling pathways. Impaired kinase function is recognized to be involved in severe diseases like cancer. Due to high structural similarity between protein kinases, development of potent and selective kinase inhibitors is a challenging task. The selectivity of kinase inhibitors may lead to side effects potentially harmful. In this thesis, we first developed new selectivity metrics to determine inhibitor selectivity directly from biological inhibition data. Compared to existing metrics, the new selectivity scores can be applied on diverse inhibition data types. Second, we developed a proteometric approach in order to understand why some protein kinases are never inhibited by Type II inhibitors. The statistical model built for this purpose allowed us to identify several discriminant residues of which few of them correspond to experimentally described residues of interest. Third, using a new 3D protein kinase descriptor, we developed and validated novel proteo-chemometrics approaches to study and discover new kinase inhibitors.
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Étude métrologique de solutions ioniques par spectrométrie Raman et analyses statistiques / Metrological study of ionic solutions by Raman spectrometry and statistical analysis

Kauffmann, Thomas H. 12 December 2016 (has links)
L’objectif de ce travail de recherche est d’étudier la possibilité d’utiliser la spectrométrie Raman dite "conventionnelle" pour l’analyse, voire le contrôle in situ de solutions ioniques et d'en déterminer les limites. Nous avons étudié différentes solutions salines, composées d'ions polyatomiques comme le nitrate (NO3-) donnant des raies Raman autour de 1000 cm-1, et d'ions halogénures (F-, Cl-, Br-, I-) qui ne possèdent pas de signature directe mais influencent de manière indirecte le spectre de l’eau. Les méthodologies proposées dans ce travail permettent une identification et une quantification des solutions salines et sont basées sur des analyses classiques de spectres à l'aide de pré-traitements (normalisation, correction de ligne de base). Les limites de détection des ions étudiés correspondent pour certains ions aux limites de potabilité de l’eau (nitrates et sulfates par exemple). D’autres substances restent impossibles à quantifier (nitrite, ammonium). Des méthodes statistiques ont ensuite été employées. Ainsi, l’analyse en composante principale (ACP) permet d’identifier la nature d’une solution saline, que l’ion présente une signature directe ou indirecte, et d'accéder aux arrangements moléculaires des ions avec l’eau. La régression PLS permet de quantifier les ions en solution à travers des modèles de prédiction. Cette méthode a été utilisée sur des solutions pures de nitrate et de chlorure avec des erreurs sur les prédictions en concentration 4 à 5 fois plus faibles que celles trouvées par les méthodes classiques. Ces méthodes statistiques ont également permis de descendre à des gammes de concentrations en ion Cl- beaucoup plus faibles (10-100 mM) / The objective of this research is to study the possibility of using conventional Raman spectroscopy for analysis, or in situ control of substances dissolved in water and to determine the limits of this technique. Several salt solutions were studied. Polyatomic ions such as nitrate (NO3-) give intense Raman lines around 1000 cm-1. Halide ions (F-, Cl-, Br-, I-) have no direct signature but indirectly affect the water spectrum. The methodology proposed in this work for identification and quantification of salt solutions is based on classical analysis of spectra using pre-treatment methods (normalization, baseline correction). The limits of detection of the studied ions correspond to the water potability limits. It is possible to go below the potability limits for nitrates and sulfates for example but it is impossible to reach them for some other substances (nitrite, ammonium). Then, statistical methods were used. Thus, the principal component analysis (PCA) allows to identify the nature of a salt solution (with direct or indirect signatures) and to acces to the molecular arrangements of ions with water. PLS regression quantifies the ions through predictive models. This method was used on pure solutions of nitrate and chloride with errors on the concentration predictions 4 to 5 times lower than those found by classical methods. Lower concentration ranges (10-100 mM) for the Cl- ion are reachable using these statistical methods
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Etude de la caractérisation de matières collagéniques pour spectroscopie Infrarouge. : Mise au point et développement d'un système d'analyse en mode dynamique par l'industrie de la Gélatine. / Study of the characterization of collagenic materials for Infrared spectroscopy. : Development and development of a dynamic analysis system by the gelatin industry.

Duthen, Simon 26 January 2018 (has links)
La gélatine est un biopolymère naturel obtenu après dénaturation et hydrolyse partielle de fibres de collagène, une protéine fibrillaire présente dans les tissus conjonctifs de toutes les espèces du règne animal. Elle est utilisée dans différentes industries, parmi lesquelles l’industrie agroalimentaire, pharmaceutique, photographique et cosmétique. Ses propriétés fonctionnelles dépendent du procédé de fabrication, mais également de l’origine des matières collagéniques. L’objectif de ce travail de thèse est la caractérisation de la matière première (couennes de porc), mais également de la gélatine obtenue lors du processus, par une méthode rapide et non destructive. L’utilisation de la spectroscopie proche infrarouge couplée à des méthodes chimiométriques, a permis de travailler à l’échelle du laboratoire, mais également sur la chaîne de production industrielle. Le premier chapitre porte sur l’étude de l’hétérogénéité des couennes de porc au laboratoire, en termes de teneur en protéines, matières grasses, matières sèches et collagène. Plusieurs modèles ont pu être développés pour prédire ces teneurs, à partir de spectres proche infrarouge collectés sur des couennes en mouvement. Les meilleurs modèles présentent des performances compatibles avec une utilisation dans l’usine. Le second chapitre adapte cette méthode à l’échelle industrielle, c’est-à-dire à partir du rendement en gélatine fabriquée pour un lot de 75t de couennes. L’approche prédictive ne s’est pas avérée concluante, cependant des approches de classification ont montré leur intérêt. Les deux essais suivants ont porté sur la gélatine. Le troisième chapitre porte sur le développement de modèles de prédiction des propriétés physico-chimiques d’échantillons de gélatine à partir de spectres proche infrarouge, mettant en évidence de hautes capacités de prédiction de ces paramètres (r²>0,9). Enfin, ce chapitre propose de relier les caractéristiques moléculaires de la gélatine à ses propriétés physico-chimiques, par la technique de Asymmetrical Flow Field-Flow Fractionation couplée à un détecteur de diffusion de la lumière Multiangulaire (MALS). Les paramètres de caractérisation de l’AFlFFF-MALS permettent de discriminer partiellement des échantillons de gélatine dont les paramètres de bloom et de viscosité sont différents. / Gelatin is a natural biopolymer obtained after denaturation and partial hydrolysis of collagen fibers, a fibrillar protein present in the connective tissues of all species of the animal kingdom. It is used in various industries, including the agri-food, pharmaceutical, photographic and cosmetic industries. Its functional properties depend on the manufacturing process, but also on the origin of the collagenous materials. The objective of this thesis is to characterize the raw material (pig rind), but also the gelatin obtained during the process, by a fast and non-destructive tool. The use of near-infrared spectroscopy coupled with chemometric methods allowed us to work on the scale of the laboratory but also on the industrial chain. The first study examines the heterogeneity of pig rinds, under laboratory conditions, in terms of protein, fat, moisture and collagen contents. Several models have been developed to predict these levels, from near infrared spectra collected on moving rinds. The best models have good performances. In the second industrial scale trial, an approach to gelatin yield from 75 tons batches was proposed. The predictive approach has not been conclusive; however, classification approaches have shown interesting results. The next two tests were on gelatin. The third test allowed the development of models for predicting the physicochemical properties of gelatin samples from near-infrared spectra, demonstrating very good predictive capabilities of these parameters (r²> 0.9). Finally, a final test allowed to link the molecular characteristics of the gelatin to its physicochemical properties, by the technique of Asymmetrical Field-Flow Fractionation coupled with a Multiangular Light Scattering Detector (MALS). The characterization parameters of AFlFFF-MALS make it possible to partially discriminate gelatin samples with different bloom and viscosity parameters.
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Analyses multivariées et multiblocs d'images hyperspectrales pour la prédiction de la corrosion sur le long terme : application à la corrosion atmosphérique d'alliages ferreux historiques / Multivariate and multibloc analysis of hyperspectral images in order to predict long term corrosion : application to atmospheric corrosion of historical iron alloys

Le Penglau, Robin 12 December 2017 (has links)
Ce travail consiste en le développement d'une méthodologie pour comprendre les mécanismes de corrosion atmosphérique du fer sur le long terme à l'aide d'outils chimiométriques. Les données structurales et de composition élémentaire sont acquises par microspectrométrie Raman et Microscopie Electronique à Balayage couplée à la Spectroscopie en Dispersion d'Energie (MEB-EDS) sur deux échantillons provenant de barres de fer des cathédrales d'Amiens et de Metz. Ces deux jeux de données sont couplés puis étudiés selon différentes approches multiblocs. La première partie de ce projet étudie les données spectrales couplées pour préserver le maximum d'information des acquisitions et la deuxième étudie les mêmes données réduites en nombre de variables pour en simplifier l'étude. Ces deux approchent convergent vers une même conclusion : des éléments mineurs sont présents au sein de certaines phases cristallines de corrosion, notamment la ferrihydrite qui est associée au silicium, au phosphore et au potassium. Ceci peut à terme influencer les propriétés physicochimiques des phases présentes dans les couches de produits de corrosion et modifier les vitesses de corrosion. / This work aims to develop a methodology in order to understand atmospheric long term corrosion mechanism with chemometric tools on iron materials. Structural and elementary data are acquired with Raman microspectrometry and Scanning Electron Microscopy coupled to Energy Dispersive X-Ray spectroscopy (SEM-EDX) on two samples, one extracted from Amiens’ cathedral and one from Metz’s cathedral. These two datasets are coupled together then studied with several multibloc approaches. The first studies spectral data in order to avoid information loss and the second use the same reduced data in order to simplify the study. These two approaches give same results which leads to: minor elements are colocalized with some crystalline phases. For example, ferrihydrite is colocalized with minor elements (silicon, phosphorus and potassium). This can influence crystalline phase’s physicochimico reactivity properties in corrosion product layer and the corrosion rate.
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Approches multivariées innovantes pour le traitement des spectres d'émission de plasmas produits par laser. Application à l'analyse chimique en ligne par LIBS en milieu nucléaire / Multivariate innovative approaches to the treatment of the emission of LIBS plasmas. Application to chemical online analysis in a nuclear environment

El Rakwe, Maria 26 September 2016 (has links)
L’analyse en ligne et in situ constitue aujourd’hui un axe de développement stratégique pour la chimie analytique. C’est particulièrement vrai dans le domaine nucléaire pour lequel les contraintes de sécurité liées à la radioactivité des échantillons, et la nécessité de limiter au maximum les déchets issus des analyses, plaident en faveur de techniques de mesure à distance, sans prélèvement ni préparation d’échantillon. La spectroscopie d’émission de plasma créé par laser (ou LIBS pour laser-induced breakdown spectroscopy), technique d’analyse élémentaire des matériaux basée sur l’ablation laser et la spectroscopie d’émission optique, possède ces qualités. C’est donc une technique de choix pour l’analyse en ligne. Cependant, la maîtrise de la mesure est délicate pour plusieurs raisons. D’abord, la LIBS est multiparamétrique et l’effet des paramètres expérimentaux sur les performances analytiques n’est pas toujours clairement établi. Ensuite, les phénomènes physiques donnant lieu au signal LIBS sont non linéaires, couplés, et transitoires. Enfin, un système d’analyse en ligne doit être le plus robuste possible face aux variations non contrôlées des conditions de mesure. L’objectif de cette thèse est donc d’améliorer la maîtrise et les performances de l’analyse quantitative par LIBS en utilisant des méthodes multivariées capables de gérer la multidimensionalité, la non linéarité et le couplage des paramètres et des données. Pour cela, le travail se décompose en deux parties. Dans un premier temps, nous avons réalisé un plan d’expériences composite centré visant à relier les paramètres expérimentaux de l’ablation laser (énergie de l’impulsion et paramètres de focalisation du faisceau) et de la détection du signal (délai après le tir laser) aux caractéristiques physiques du plasma (masse ablatée, température) et aux performances analytiques (intensité et répétabilité du signal). L’optimisation des paramètres qui en résulte est alors interprétée comme le meilleur compromis, pour l’analyse quantitative, entre efficacité d’ablation laser et chauffage du plasma. Dans un deuxième temps, nous avons développé une méthodologie multivariée basée sur les techniques MCR-ALS, ICA et PLS, pour quantifier certains éléments dans différentes matrices métalliques en exploitant, en plus de la dimension spectrale habituelle, la dimension temporelle du signal LIBS. Cette dernière, pourtant essentielle, est généralement négligée dans la littérature. Dans cette partie, nous discutons donc de l’intérêt de cette approche par rapport aux méthodes usuelles de quantification (univariée et multivariée), et de l’apport de cette méthodologie pour diagnostiquer, comprendre et éventuellement compenser les effets de matrice observés en LIBS. / Online and in situ analysis is now a strategic development for analytical chemistry. This is especially true in the nuclear field for which the security constraints related to the radioactivity of samples, and the need to minimize waste from analyzes argue for remote measurement techniques without sampling or sample preparation. Laser-Induced Breakdown Spectroscopy (LIBS) technique for elemental analysis of materials based on laser ablation and the optical emission spectroscopy, has these qualities. It is a technique of choice for online analysis. However, the processes involved in LIBS, namely laser ablation, atomization, plasma formation and emission, are quite complex and difficult to control because the underlying physical phenomena are coupled and nonlinear. In addition, the analytical performance of the LIBS technique depends strongly on the choice of experimental conditions. Finally, an online analysis system should be as robust as possible face to uncontrolled variations in measurement conditions. The processes involved in LIBS, namely laser ablation, atomization, plasma formation and emission, are quite complex and difficult to control because the underlying physical phenomena are coupled and nonlinear. In addition, the analytical performance of the LIBS technique depends strongly on the choice of experimental conditions. The objective of this thesis is to improve control and performance of quantitative analysis by LIBS using multivariate methods capable of handling multi-dimensionality, nonlinearity and the coupling between parameters and data. For this, the work is divided into two parts. First the optimization is carried out using a central composite design to model the relationship between the experimental parameters of laser ablation (pulse energy and beam focusing parameters) and signal detection (delay time) to the physical characteristics of plasma (ablated mass, temperature) and the analytical performance (intensity and repeatability of the signal). The optimization parameters that results is then interpreted as the best compromise for the quantitative analysis between efficiency of laser ablation and plasma heating. Secondly, we developed a multivariate methodology based on MCR-ALS, ICA and PLS techniques to quantify certain elements in different metallic matrices operator, in addition to the usual spectral dimension, the time dimension of LIBS signal. In this part, we discuss the value of this approach over conventional methods of quantification (univariate and multivariate) and the contribution of this methodology to diagnose, understand and possibly compensate matrix effects observed in LIBS.
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Contrôle avancé de production de polyéthylène par spectroscopie Raman / On-line control of polyethylene production by Raman spectroscopy

Jumeau, Richard 13 February 2013 (has links)
Depuis sa découverte en 1933, le polyéthylène a connu un essor industriel mondial important. Aujourd'hui, le Polyéthylène Basse Densité (PEBD) souffre d'une grande concurrence avec de nombreux polymères. Ainsi, pour conserver ses marchés et répondre exactement aux besoins des clients, des contrôles de laboratoire de plus en plus précis et de nouvelle génération doivent être envisagés dans les usines de production pour obtenir un produit de la meilleure qualité possible. Ce travail de thèse s'inscrit dans cette optique. Dans un premier temps, une étude exploratoire par spectroscopie Raman des différents grades produits par l'usine Total à Carling, avec l'attribution précise des pics du PEBD, la signature des divers réactifs ainsi que le comportement thermique du polymère nous permet une approche microstructurale du problème. Les résultats sont corrélés par Analyse Enthalpique Différentielle (AED) ainsi que par Diffraction des Rayons X (DRX). Ainsi, l'attribution des bandes de vibration en cisaillement des liaisons CH2 s'explique en partie d'un point de vue mécanique et diffère d'un grade à l'autre permettant ainsi leur distinction par spectroscopie Raman. Par ailleurs, au-delà de la mesure de l'indice de Fluidité (IF), du Haze et du dosage des additifs par spectroscopie Raman, les résultats de cette étude montrent qu'il est possible de déterminer et de quantifier la plupart des défauts de production (de type gels, réticulation et oxydation). Des conséquences sur les propriétés applicatives sont mises en évidence et des causes au niveau du procédé de fabrication ont également été recherchées / Since its discovery in 1933, polyethylene has known an important global industrial development. Today, Low Density Polyethylene (LDPE) suffers from high competition with many polymers. In order to preserve its market shares and meet the exact needs of the customers, more and more precise new generation laboratory controls must be considered in production plants to obtain a product with the best possible quality. This thesis work fits into this context. First, an exploratory study by Raman spectroscopy of the various grades produced by Total Carling, with the precise identification of LDPE peaks, the signature of the various reactives, as well as the thermal behavior of the polymer allows us a microstructural approach of the problem. The results are correlated by Differential Scanning Calorimetry (DSC) as well as by X-ray Diffraction (XRD). Thus the attribution of CH2 bending vibration bands is partially comprehensible from a mechanical point of view and differs from one grade to another, allowing their differentiation by Raman spectroscopy. Beyond the measurement of Melt Flow Index (MFI), Haze and additives concentration, the results of this study show that it is possible to determine and to quantify most of the production flaws (gels, cross-linking, and oxidation types). Consequences on the applicative properties are estimated and causes from within manufacturing process were also investigated
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Étude de nouveaux supports pour la préparation de catalyseurs hétérogènes de polymérisation d'oléfines en parallèle / New activator supports for heterogeneous catalysts of olefins HTE polymerization

Cabrol, Audrey 15 April 2015 (has links)
Cette thèse en partenariat avec Total Petrochemicals, porte sur deux grands axes: la préparation de nouveaux catalyseurs pour la polymérisation d'éthylène et l'analyse des propriétés des polyéthylènes obtenus. Face au grand nombre de combinaisons à tester et à la diversité de polymères produits, des méthodes de travail haut-débit sont indispensables pour la comparaison et la distinction de produits d'intérêt. Ainsi, le développement d'une nouvelle méthode de préparation de catalyseurs et de polymérisation en parallèle a permis de comparer directement et visuellement plusieurs complexes catalytiques suivant leur activité. Des méthodes d'analyse en parallèle ont également conduit à la comparaison de polyéthylènes produits suivant leur densité, leur température de fusion et leurs masses moléculaires. La détermination des masses moléculaires en parallèle a nécessité la conception d'un prototype de chromatographie planaire et le développement d'une nouvelle méthode d'analyse. L'ensemble de ces travaux en haut-débit a fourni un grand nombre d'informations. Le traitement statistique de cette banque de données permet d'apporter un outil de comparaison multi-paramètres et d'aide à la compréhension des relations catalyseur/propriétés de polymères. / This thesis in partnership with Petrochemicals Total, is composed of two main axis: preparation of new catalysts for ethylene polymerization and analysis of the properties of polyethylenes obtained. Face to a large number of combinations being tested and the diversity of produced polymer, high-throughput methods are essential for the comparison and the distinction of products of interest. Thus, the development of a new method for the preparation of catalysts and for polymerization in parallel leads to compare directly and visually several catalytic complexes according to their activity. Methods of analysis in parallel also led to the polyethylene comparison produced according to their density, melting point and molecular masses. The determination of the molecular masses in parallel required the design of a planar prototype of chromatography and the development of a new method of analysis. The whole of this work in highthroughput provided a large number of information. The statistical processing of this data bank brings a tool of multivariate comparison and helps to the comprehension of the relations catalyst/polymer properties.
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Contribution au développement de méthodes d'étalonnage à la spectroscopie Terahertz sur des produits biologiques / Contribution to the development of calibration methods to the Terahertz spectroscopy on biological products

Papillaud, Matthieu 15 December 2011 (has links)
Ce manuscrit traite de l'étude métrologique d'un spectromètre Terahertrz (THz), de la caractérisation et de la quantification de produits pulvérulents par spectroscopie THz. Le sujet a été orienté afin de fournir les études préliminaires nécessaires à une thématique visant la détection de pesticides sur les aliments, à savoir la caractérisation métrologique de l'appareil (études de répétabilité, sensibilité...) ainsi que la faisabilité de la quantification de produits et l'application de méthodes chimiométriques lors du prétraitement des spectres. La thèse est ordonnée autour de trois publications. La première publication consiste en une revue de littérature servant à faire le point sur les applications concrètes existant en spectroscopie THz. La seconde porte sur la première partie de notre travail, à savoir la caractérisation métrologique du spectromètre THz sur lequel nous avons effectué nos mesures. Enfin, la troisième porte sur l'aspect quantification de la spectroscopie THz et la possibilité d'appliquer les mêmes principes et techniques chimiométriques qu'en spectroscopie infrarouge. / This manuscript concerns the metrological study of a Terahertz (THz) spectrometer, the characterization and the quantification of powder products by THz spectroscopy. The subject has been aimed to give preliminary analysis to a wider thematic of pesticides detection on aliments, which implies the metrological characterization of the device (repeatability, sensitivity...) and the quantification feasibility of these products and the application of chemometrics methods for spectral pretreatment. The thesis is organized around three publications. The first publication is a literature review, which aims to list but a few of the concrete applications of THz spectroscopy. The second one concerns the metrological characterization of the THz spectrometer we worked on. Lastly, the third one deals with the quantification aspect of THz spectroscopy and the possibility of using the same principles and chemometrics techniques that are used in infrared spectroscopy.
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Application de la métabolomique par spectroscopie RMN 1H à l'authentification des vins / Application of metabolomics by 1H RMN spectroscopy to wine authentication

Gougeon, Louis 12 April 2019 (has links)
Dans un marché globalisé où 40% du vin consommé est importé, le contrôle de la traçabilité est un enjeu majeur de la filière viti-vinicole. L'authentification du vin est le processus pouvant faire appel à différentes méthodes analytiques devant pouvoir contrôler trois paramètres fondamentaux : l’origine géographique, le cépage et le millésime. La spectroscopie RMN 1H quantitative (RMNq) est aujourd'hui considérée comme un outil très prometteur pour l'étude de l'authenticité des vins. Lors de cette thèse, une technique de dosage de 40 composés majoritaires des vins par RMN 1H a été développée. Elle permet l’acquisition d’une information riche et complexe en une seule analyse non-spécifique. La capacité de cette technique à authentifier un vin a été démontrée suite à une collaboration avec le Château Mouton-Rothschild, par comparaisons avec des analyses officielles réalisées par la DGDDI et DGCCRF de Pessac (SCL). La détermination d’un seuil de conformité a été établie en prenant en compte l’évolution naturelle des vins en bouteille. Une étude de caractérisation des vins rouges de Bordeaux a été menée. La singularité de ces vins a été observée par comparaison avec d’autres vins français, mettant en évidence des métabolites caractéristiques des vins de Bordeaux. Les résultats fournissent une description globale du potentiel de la RMN 1H pour l’authentification des vins. / In a globalized market where 40% of the wine consumed is imported, traceability control is a major challenge for the wine industry. Wine authentication is the process that can use different analytical methods able to control three fundamental parameters: geographical origin, grape variety and vintage. Quantitative 1H NMR spectroscopy (qNMR) is now considered as a very promising tool for studying wine authenticity. During this thesis, a technique was developed for the determination of 40 major wine compounds by 1H NMR. It allows the acquisition of rich and complex information in a single non-specific analysis. The ability of this technique to authenticate a wine has been demonstrated following a collaboration with Château Mouton-Rothschild, by comparison with official analyses carried out by the DGDDI and DGCCRF of Pessac (SCL).The determination of a compliance threshold has been established by taking into account the natural evolution of bottled wines. A characterization study of Bordeaux red wines was carried out. The singularity of these wines was observed in comparison with other French wines, highlighting the characteristic metabolites of Bordeaux wines. The results provide a global description of the potential of 1H NMR for wine authentication.
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Développement d'une approche non-ciblée par empreinte pour caractériser la qualité sanitaire chimique de matrices agro-alimentaires complexes / Development of a non-targeted fingerprinting approach to assess the chemical safety of complex food matrices

Delaporte, Grégoire 18 December 2018 (has links)
L'assurance de la sécurité sanitaire des aliments vis-à-vis des contaminants chimiques est un enjeu en constante évolution en raison des sources multiples de contamination (pesticides, mycotoxines, néoformés indésirables, et migrants des matériaux au contact entre autres). Actuellement, l'évaluation complète de la qualité sanitaire d'un aliment nécessite la multiplication de méthodes analytiques dites « ciblées » ayant un coût important. De plus, malgré la multiplication des méthodes ciblées, tout contaminant non recherché ne sera pas détecté. Il apparaît nécessaire aujourd'hui de faire évoluer ces méthodes vers des approches analytiques « non-ciblées » susceptibles, via l'analyse d'empreintes chimiques, d'évaluer la présence d'une gamme aussi large que possible des contaminants dans une matrice alimentaire. Les travaux de thèse ont porté sur l'utilisation de la spectrométrie de masse haute résolution (LC-HRMS) et de la chimiométrie pour développer une méthode capable de caractériser la qualité sanitaire des aliments. La matrice de développement est le thé, choisi pour sa complexité d’analyse, sa large consommation et les alertes sanitaires récurrentes à son sujet. Une première preuve de concept de la méthode a été mise en place sur un thé vert de référence et un panel de 32 contaminants choisis pour leur diversité de sources et structures chimiques, puis des situations plus complexes ont été investiguées : application à d’autres types de thé, analyse simultanée d’échantillons de marques et d’origines géographiques distinctes, et enfin application en aveugle à des situations de contamination complexes avec la présence de plusieurs schémas de contamination au sein du même jeu d’échantillons. L’utilisation d’outils de traitement de données libres et ouverts a permis de développer un processus de traitement des données unifié pour deux plateformes analytiques LC-HRMS de technologies et de marques différentes (ToF et Orbitrap), ce qui n’a jamais été réalisé pour l’étude de la sécurité sanitaire chimique des aliments. Par ailleurs, le développement de ce processus a été l’occasion de réaliser une étude méthodologique du comportement de certains outils pour les approches non-ciblées de détection des contaminants de l’aliment / Ensuring food safety, especially toward chemical contaminants, is an issue in constant evolution due to multiple sources of contamination (pesticides, mycotoxins, neoformed contaminants, migrants from packaging among others). Currently, several targeted analyses are needed to fully assess the chemical safety of foods, generating high cost. Moreover, despite the number of analyses performed, a contaminant not targeted is not detected. Therefore, it is necessary to develop new methods based on non-targeted approaches able to assess, through analysis of chemical fingerprints, the occurrence of as many contaminants as possible in a food matrix. The main purpose of this work lies in the use of high resolution mass spectrometry (LC-HRMS) and chemometrics in order to develop a method capable of assessing food safety. Tea has been chosen as a development product for its analytical complexity, its broad consumption and its safety issues. A first proof-of-concept of the method has been set up on a reference green tea with a pool of 32 representative food contaminants, chosen for their diversity in terms of sources and chemical structures. More complex situations were further investigated with different types of tea, several brands considered at once and, last but not least, with the application to blind detection of contaminants in complex cases. Free and open-source data analysis tools were used to build a unified data treatment process to analyze data from two LC-HRMS analytical platforms of different technologies (ToF and Orbitrap), which is new for food safety studies. The development of this process also enabled a methodological study of the behavior of several tools used in untargeted approaches for food safety.

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