Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. / Made available in DSpace on 2012-10-26T11:57:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 304591.pdf: 3524501 bytes, checksum: 46bc9ee542bb9cb82d90d469646914c1 (MD5) / A maçã é a segunda fruta de maior importância econômica no Brasil, e Santa Catarina é o principal Estado produtor com 53% nacional da produção total do Brasil. A sua maçã se concentra principalmente em duas cultivares, Gala e Fuji, que representam em torno de 95% da produção. Esta concentração em poucas variedades predispõe à ocorrência de várias doenças, dentre elas aquelas conhecidas como "podridão amarga" e "mancha foliar da Glomerella" (MFG), as quais causam elevadas perdas na produção. Estas doenças são ocasionadas pelo ataque do patógeno fúngico Colletotrichum gloeosporioides (Penz.) Penz. & Sacc., responsável pela doença nos frutos e nas folhas da macieira, respectivamente. A MFG é uma doença típica de verão, podendo provocar desfolhamento superior a 75% e, como consequência, reduzir drasticamente a produção das plantas no ano seguinte. Esta doença ocorre principalmente na cv. Gala, enquanto que a cv. Fuji mostra-se resistente a ela. Recomendam-se várias medidas para controlar esta moléstia nas cvs. suscetíveis, medidas estas majoritariamente associadas ao controle com produtos químicos. Os resultados, contudo, são variáveis e pouco animadores. A incorporação de resistência nas cultivares suscetíveis para estas e outras moléstias poderá reduzir o uso de fungicidas em mais de 80%. O presente trabalho objetivou analisar o patossistema C. gloeosporioides - M. Domestica desde uma perspectiva microscópica, a qual visa analisar a dinâmica de crescimento do C. gloeosporioides ao longo do tempo (até 48 horas após a inoculação do patógeno sobre folhas de macieira cvs. Fuji e Gala) e as diferenças que apresentam os tecidos foliares das cvs, Fuji e Gala em resposta ao ataque pelo patógeno, até 48 horas da inoculação, mediante observações ao microscópio óptico e microscópio eletrônico de varredura (MEV). O trabalho objetivou também empregar metodologias associadas à proteômica, visando identificar as diferenças na expressão proteica que apresenta o tecido foliar das cvs. Fuji e Gala em resposta ao ataque pelo C. gloeosporioides, e identificar a estrutura primaria das proteínas expressadas exclusivamente em cada tratamento, para cada cultivar, até 48 horas da inoculação com o patógeno / The apple is the second most economically important fruit in Brazil, and Santa Catarina State is the main producing region with 53% of the total national production. The apple production is concentrated mainly in two cultivars Gala and Fuji, wich represent around 95% of production. This concentration in a few varieties predisposes to several diseases, among them those known as "bitter rot" and "Glomerella leaf spot" (GLS), wich cause high yield losses. These diseases are caused by the attack of the fungal pathogen Colletotrichum gloeosporioides (Penz.) Penz. & Sacc., responsible for the disease on fruits and leaves of apple trees, respectively. Bitter rot and MFG are typically summer diseases, when they can cause defoliation above 75% and, consequently, dramatically reduce the production plant next year. The MFG occurs mainly in cv. Gala, while cv. Fuji is resistant to it. It is recommended several measures to control this disease in the cvs. suscetible, mostly associated with these measures to control with chemicals. The results, however, are variable and not very encouraging. The incorporation of resistance in cultivars susceptible to these and other diseases may reduce the use of fungicides in over 80%. This study aimed at to analyze the pathosystem C.gloeosporioides - M. domestica from a structural perspective, which aimed to evaluate the growth dynamics of C. gleosporioides over time up to 48 hours after inoculation of the pathogen on leaves of apple cvs. Fuji and Gala and the differences in the the leaf tissue of cvs. Fuji and Gala in response to pathogen attack by up to 48 hours after inoculations, by optical microscopy and scanning electron microscope (SEM). The work also aimed to employ methodologies associated with proteomics, to identify differences in protein expression that has the leaf tissue of cvs. Fuji and Gala in response to the attack of C. gloeosporioides, and to identify the primary structure of proteins ocurring exclusively in each treatment in each cultivar 48 hours after inoculation with the pathogen

Made available in DSpace on 2016-04-01T17:55:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:01:11Z : No. of bitstreams: 1 000859885_20160831.pdf: 501569 bytes, checksum: a0cc408425c296c55fc943e16b14c561 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-09-01T14:08:38Z: 000859885_20160831.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-01T14:09:16Z : No. of bitstreams: 1 000859885.pdf: 1928998 bytes, checksum: 219f6bfbc443d17c19585615178fda23 (MD5) / O Brasil é o terceiro maior produtor mundial de frutas, com mais de 40 milhões de toneladas anuais, e uma área plantada em torno de três milhões de hectares. Entretanto, esse setor ressente-se de problemas complexos, de natureza diversa, como os de ordem fitossanitária, dentre eles, destaca-se a antracnose, causada por fungos do gênero Colletotrichum. As perdas resultantes desta doença dão-se em pré e pós-colheita, podendo chegar a 90% de prejuízo dependendo das condições ambientais e do manejo adotado. Nas frutíferas tropicais o Colletotrichum gloeosporioides é descrito com maior frequência, como agente causal da antracnose, porem estudos recentes demonstram que nem sempre apenas essa espécie é a responsável pela doença. De um modo geral, os patógenos descritos em associação com o complexo de sintomas de antracnose em frutas são classificados Colletotrichum gloeosporioides e Colletotrichum acutatum. Estudos recentes demonstram que nem sempre os critérios adotados para a classificação da espécie do patógeno associado aos sintomas são os adequados. Com isso, para maior precisão e clareza é fundamental o estudo completo desses patógenos, envolvendo analises simultâneas das caracteristicas morfoculturais e moleculares / Brazil ranks third among the largest fruit producers in the world with more than 40 million tons per year and a planted area of about three million hectares. However, this sector has complex problems of different nature, such as plant diseases and among them, anthracnose. This disease is caused by fungi of the Colletotrichum genus. Losses resulting from this disease happen pre- and post-harvest, reaching 90% of damage depending on environmental conditions and management adopted. Colletotrichum gloeosporioides is described most often as the causal agent of anthracnose in tropical fruits; however, recent studies have shown that this is not always the case. In general, the pathogens described in connection with the complex symptoms of anthracnose in fruits are classified either as Colletotrichum gloeosporioides or Colletotrichum acutatum. But, recent studies have shown that the criteria adopted to classify the pathogen species associated with the symptoms are not always the most appropriate. Thus, simultaneous analysis of morphocultural and molecular characteristics are necessary to classify these pathogen species more accurately

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-16. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:30Z : No. of bitstreams: 1 000826579.pdf: 368217 bytes, checksum: 8e4e91ae5f9afdf71e55913e7b8beac1 (MD5) / A podridão floral dos citros (PFC) é uma importante doença dessa cultura, responsável por elevadas perdas de produção. Normalmente, essa doença mostra-se limitante quando ocorrem prolongados períodos chuvosos durante o florescimento das plantas ou quando existe intenso molhamento foliar. Duas espécies de Colletotrichum estão associadas à doença: C. acutatum e C. gloeosporioides. Entretanto, recentemente tem-se verificado que, mesmo sob condições não tão propícias, a doença tem ocorrido com relativa frequência; suspeitando-se do envolvimento de outras espécies de Colletotrichum ou de novas condições de adaptação das espécies descritas. Esse trabalho teve como objetivo determinar se há ou não outra espécie de Colletotrichum associada a PFC e avaliar a viabilidade do emprego de marcadores moleculares ISSR na caracterização taxonômica de isolados de Colletotrichum spp. associados a sintomas de PFC em flores, assim como de tecidos foliares e frutos cítricos assintomáticos. Para tanto, foi empregada uma combinação de iniciadores específicos, levando em conta a região ITS e marcadores moleculares ISSR. Os marcadores ISSR mostraram-se eficientes na caracterização taxonômica dos isolados de Colletotrichum analisados. A população avaliada foi constituída apenas por C. acutatum e C. gloeosporioides, descartando o envolvimento de uma espécie adicional, o que converge com os registros na literatura. Foi constatada alta diversidade genética entre os isolados analisados, o que também se mostra convergente quanto às diferenças fenotípicas observadas sob condições de campo. Entretanto, não foi encontrada relação quanto à origem e as espécies de Colletotrichum spp. associadas. De modo inédito, ainda que assintomaticamente, foi detectada a presença de um isolado de C. acutatum associado a frutos cítricos / Postbloom fruit drop of citrus (PFD) is a serious disease of this crop, accounting for high yield losses. Usually, this disease shows to be limiting when there are prolonged rainy periods during plant flowering or when there is intense leaf wetness. Two Colletotrichum species are associated with the disease: C. acutatum and C. gloeosporioides. However, recently, it has been found that, even under not so favorable conditions, the disease has occurred with some frequency; one suspects the involvement of other Colletotrichum species or new adaptation conditions of the described species. This study aimed to determine whether there is another Colletotrichum species associated with PFD and it assess the viability of using molecular markers ISSR for taxonomic characterization of Colletotrichum spp. isolates associated with PFD symptoms in flowers, as well as of leaf tissues and asymptomatic citrus fruits. For this purpose, we used a combination of specific primers, taking into account the ITS region and ISSR molecular markers. ISSR markers have proven to be effective for taxonomic characterization of the Colletotrichum isolates analyzed. The population assessed consisted only of C. acutatum and C. gloeosporioides, discarding the involvement of an additional species, something which converges with records in the literature. We found high genetic diversity among the isolates analyzed, and this also shows to converge as for the phenotypic differences observed under field conditions. However, no relation was found regarding the origin and associated Colletotrichum spp. species. In an unprecedented way, although asymptomatically, we detected the presence of a C. acutatum isolate associated with citrus fruits

Orientador: Maria de Lourdes Corradi da Silva / Coorientador: Ana Flora Dalberto Vasconcelos / Banca: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Roberto da Silva / Banca: Maria Antônia P. Colabone Celligoi / Banca: Luis Octavio Regasini / Resumo: A atividade metabólica fúngica, especialmente nos endofíticos, favorece a secreção de moléculas como antibióticos, pigmentos, enzimas e polissacarídeos, que podem ser aplicadas nas indústrias alimentícia, cosmética, farmacêutica, entre outras. A diversidade química dos exopolissacarídeos (EPS) bem como a possibilidade de sua utilização como substrato para diferentes modificações químicas (carboxilação, sulfatação e metilação) aumentam seu espectro de aplicação. Realizar o cultivo submerso dos fungos endofíticos Neofusicoccum parvum, Fusarium sp e Colletotrichum gloeosporioides para a produção de EPS foi o primeiro objetivo deste trabalho. Uma vez obtidos, os EPS foram purificados e quimicamente caracterizados. Sulfatação e ensaio da atividade anticoagulante foram realizados. Os parâmetros concentração de inóculo e tempo de cultivo foram estabelecidos para maior produção dos EPS, por fermentação submersa. Etapas de purificação, por centrifugação, foram efetuadas após análises por cromatografia de exclusão estérica a alta pressão, com detecção por índice de refração (HPSEC/RID). Os EPS purificados [precipitado do C. gloeosporioides (C. gloeosporioidesprec) e os três sobrenadantes] mostraram-se praticamente isentos de proteínas. A hidrólise ácida e subsequente análise dos hidrolisados por cromatografia de troca aniônica a alta pressão com detecção por amperometria pulsada (HPAEC/PAD) indicaram que apenas o C. gloeosporioidesprec era uma glucana. A análise por cromatografia... / Abstract: Fungal metabolic activity, especially in the endophytic, favors secretion of molecules such as antibiotics, pigments, enzymes and polysaccharides, which can be applicable by food, cosmetic and pharmaceutical industries, and others. The chemical diversity of the exopolysaccharides (EPS), as well as the possibility of their use as substrate for different chemical modifications (carboxylation, sulfation and methylation) increases their application spectrum. Submerged cultivation of the endophytic fungi Neofusicoccum parvum, Fusarium sp and Colletotrichum gloeosporioides for the production of EPS was the first aim of this study. Once the EPS were obtained, they were purified and chemically characterized. Chemical modification by sulfation and anticoagulant activity assays were performed. Cultivation to obtain EPS were performed in submerged fermentation. The inoculum concentration and incubation time parameters were set in order to obtain a higher amount of EPS. Purification by centrifugation was performed after analysis by high pressure steric exclusion chromatography with refractive index detection (HPSEC / RID). Purified EPS [precipitate of C. gloeosporioides (C. gloeosporioidesprec) and the three supernatants] proved to be virtually free of protein polysaccharides. Acid hydrolysis and subsequent analysis of the hydrolysates with high performance anionic exchange chromatography with amperometric detection (HPAEC/PAD) indicated that only the C. gloeosporioidesprec was a glucan. Analysis from gas chromatography and mass spectrometry showed a single derivative, 1,3,5-tri-Oacetyl, 2,4,6-tri-O-methyl glucitol with mass fragments (m/z 118, 161, 203, 234.1) consistent with a (1→3)-glucan. FT-IR spectra showed absorption bands typical from carbohydrate and signals in the digital region at 926 cm-1 and 820 cm-1, typical of polysaccharides in the α- configuration. These results were... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:37:27Z : No. of bitstreams: 1 souza_a_me_jabo.pdf: 1098095 bytes, checksum: 90c36824f4f63db09ab3ab57ecb91613 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mangueira (Mangifera indica L.) conta com diversos problemas de ordem fitossanitária, destacando-se como um dos mais importantes, a antracnose, causada na maioria das vezes pelo fungo C. gloeosporioides. Dada a importância comercial dessa doença, esse trabalho teve por objetivo realizar a caracterização genética e patogênica de uma população de isolados de Colletotrichum spp. oriundos de tecidos com sintomas de antracnose de diferentes variedades e órgãos das plantas de manga, dos principais municípios produtores do Estado de São Paulo, além de compará-los geneticamente com isolados obtidos de citros. O sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2 possibilitou a identificação de 183 isolados de uma população obtida de mangueiras como C. gloeosporioides, com exceção de apenas um deles, o qual foi identificado como C. acutatum. Já os isolados de citros, sendo três obtidos de folhas assintomáticas e dois de flores com sintomas de podridão, foram classificados em C. gloeosporioides e C. acutatum, respectivamente. Os resultados obtidos mediante o emprego de marcadores fAFLP indicaram uma alta variabilidade genética entre isolados de uma mesma população e a ocorrência de fluxo gênico. Além disso, tais resultados corroboraram aqueles obtidos pelo sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2, por agruparem os isolados do estudo segundo a sua espécie. Os isolados representativos da população, inclusive aqueles obtidos de citros, de ambas as espécies de Colletotrichum, causaram sintomas típicos de antracnose quando inoculados em folhas de mangueiras „Palmer‟ e „Tommy Atkins‟, indicando que, provavelmente, não há especificidade de hospedeiros para essas espécies / The mango crop (Mangifera indica L.) is attacked by several diseases and in this context, the anthracnose is one of the most important. This disease is caused by the fungus C. gloeosporioides in most situations. Due to economic importance of the anthracnose on mango, the aim of this study was to analyze the genetic and pathogenic variability of Colletotrichum spp. isolates obtained from different organs and varieties of mango plants with anthracnose symptoms, and from different municipalities of São Paulo State that are among the major producers of mango. The isolates from mango were also compared with isolates obtained from citrus. Sequencing of ITS1-5.8S-ITS2 region from 183 isolates obtained from mango allowed the identification of them as C. gloeosporioides, however, one of them, was identified as C. acutatum. The isolates from citrus, obtained from syptomless leaves and flowers with rot symptoms, were identified as C. gloeosporioides and C. acutatum, respectively. The results obtained by applying fAFLP markers indicated high level of genetic variability among isolates within population and the occurrence of gene flow. Moreover, these results corroborated those achieved by sequencing of the ITS1-5.8S-ITS2 region, because the isolates were grouped according to its species. Representative isolates of the population, including those obtained from citrus, belonging to both species of Colletotrichum, caused typical symptoms of anthracnose disease on mango leaves of Palmer and Tommy Atkins varieties, indicating the lack of host specificity for these species

Orientador: Antonio de Goes / Banca: Rita de Cassia Panizzi / Banca: Nilvanira Donizete Tebaldi / Resumo: A Podridão floral dos citros (PFC), ocasionada por Colletotrichum acutatum e C. gloeosporioides, reduz consideravelmente a produção de citros nas principais áreas produtoras e a utilização de fungicidas ainda é a estratégia de controle mais eficaz. No ano de 2012 os benzimidazóis, grupo químico que por muitos anos foi importante no controle de PFC, tiveram seu uso suspenso em pomares de citros destinados à produção de suco para exportação, uma exigência de adequação aos padrões de qualidade dos EUA, principal comprador. Em decorrência disso, fez-se necessária a busca por novos fungicidas, que apresentassem boa eficiência agronômica e que atendessem às taxas de resíduos permitidas. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar novos grupos químicos de fungicidas, isoladamente ou em combinação, bem como reguladores de crescimento, indutores de resistência e fertilizantes químicos no controle da PFC, em pomares comerciais, nas safras 2012/13 e 2013/14. Os experimentos foram realizados em plantas de laranjeira „Pera‟ localizadas nos municípios paulistas de Itapetininga (IT), Santa Cruz do Rio Pardo (SC) e Casa Branca (CB). O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados (DBC), com cinco repetições. Dentre as novas estratégias de manejo foram avaliadas: i) Fungicidas dos grupos das estrobilurinas em combinação com outros grupos químicos; ii) Reguladores de crescimento aplicados isoladamente ou em combinação com reguladores hormonais e fungicidas; iii) Eficiência de misturas de estrobilurinas e triazóis, aplicadas em conjunto com reguladores hormonais e fertilizantes químicos; iv) Eficiência de clorotalonil combinado a estrobilurinas e triazóis, e v) Eficiência de Stimulate combinado a Hold e fungicida. Observou-se que fungicidas do grupo das estrobilurinas em combinação com triazóis ou clorotalonil, bem como a utilização de biorreguladores e indutores ... / Abstract: The postbloom fruit drop (PFD), caused by Colletotrichum acutatum and C. gloeosporioides, considerably reduces citrus production in the main producing areas and the use of fungicides is still the most effective control strategy. In 2012 benzimidazoles, chemical group which, for many years, was important in controlling PFD, have had their use suspended in citrus orchards for the production of exportation juice, an adaptation requirement to the quality standards of the USA, the main buyer. As a result, it was made necessary to search for new fungicides enhancing good agronomic efficiency and heeding the rate of waste allowed. Thus, the aim of this study was to evaluate new chemical groups of fungicides, alone or in combination, as well as growth regulators, resistance inducers and chemical fertilizers to control PFC in commercial orchards, during 2012/13 and 2013/14 crop seasons. The experiments were performed with sweet orange 'Pera' trees located in the municipalities of Itapetininga (IT), Santa Cruz do Rio Pardo (SC) and Casa Branca (CB). The experimental design was a randomized block design (RBD) with five replications. Among the new management strategies were evaluated: i) fungicides of the strobilurin group in combination with other chemical groups; ii) growth regulators applied alone or in combination with hormonal regulators and fungicides; iii) efficiency of strobilurin and triazole mixtures applied in conjunction with hormonal regulators and chemical fertilizers; iv) efficiency of strobilurins and triazoles combined with chlorothalonil, v) efficiency Stimulate® combined to Hold® and fungicide. It was observed that fungicides of the strobilurin and triazoles groups or in combination with chlorothalonil, as well as the use of bioregulators e resistance inducers are efficient alternative preventive control of the PFC / Mestre

Orientador: Antonio de Goes / Banca: Rita de Cássia Panizzi / Banca: Nilvanira Donizete Tebaldi / Resumo: A podridão floral dos citros (PFC) é uma importante doença dessa cultura, responsável por elevadas perdas de produção. Normalmente, essa doença mostra-se limitante quando ocorrem prolongados períodos chuvosos durante o florescimento das plantas ou quando existe intenso molhamento foliar. Duas espécies de Colletotrichum estão associadas à doença: C. acutatum e C. gloeosporioides. Entretanto, recentemente tem-se verificado que, mesmo sob condições não tão propícias, a doença tem ocorrido com relativa frequência; suspeitando-se do envolvimento de outras espécies de Colletotrichum ou de novas condições de adaptação das espécies descritas. Esse trabalho teve como objetivo determinar se há ou não outra espécie de Colletotrichum associada a PFC e avaliar a viabilidade do emprego de marcadores moleculares ISSR na caracterização taxonômica de isolados de Colletotrichum spp. associados a sintomas de PFC em flores, assim como de tecidos foliares e frutos cítricos assintomáticos. Para tanto, foi empregada uma combinação de iniciadores específicos, levando em conta a região ITS e marcadores moleculares ISSR. Os marcadores ISSR mostraram-se eficientes na caracterização taxonômica dos isolados de Colletotrichum analisados. A população avaliada foi constituída apenas por C. acutatum e C. gloeosporioides, descartando o envolvimento de uma espécie adicional, o que converge com os registros na literatura. Foi constatada alta diversidade genética entre os isolados analisados, o que também se mostra convergente quanto às diferenças fenotípicas observadas sob condições de campo. Entretanto, não foi encontrada relação quanto à origem e as espécies de Colletotrichum spp. associadas. De modo inédito, ainda que assintomaticamente, foi detectada a presença de um isolado de C. acutatum associado a frutos cítricos / Abstract: Postbloom fruit drop of citrus (PFD) is a serious disease of this crop, accounting for high yield losses. Usually, this disease shows to be limiting when there are prolonged rainy periods during plant flowering or when there is intense leaf wetness. Two Colletotrichum species are associated with the disease: C. acutatum and C. gloeosporioides. However, recently, it has been found that, even under not so favorable conditions, the disease has occurred with some frequency; one suspects the involvement of other Colletotrichum species or new adaptation conditions of the described species. This study aimed to determine whether there is another Colletotrichum species associated with PFD and it assess the viability of using molecular markers ISSR for taxonomic characterization of Colletotrichum spp. isolates associated with PFD symptoms in flowers, as well as of leaf tissues and asymptomatic citrus fruits. For this purpose, we used a combination of specific primers, taking into account the ITS region and ISSR molecular markers. ISSR markers have proven to be effective for taxonomic characterization of the Colletotrichum isolates analyzed. The population assessed consisted only of C. acutatum and C. gloeosporioides, discarding the involvement of an additional species, something which converges with records in the literature. We found high genetic diversity among the isolates analyzed, and this also shows to converge as for the phenotypic differences observed under field conditions. However, no relation was found regarding the origin and associated Colletotrichum spp. species. In an unprecedented way, although asymptomatically, we detected the presence of a C. acutatum isolate associated with citrus fruits / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4458_1.pdf: 786506 bytes, checksum: 30ccb6ed2c83e0fa52dedbb745159fb1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Foram analisadas 20 linhagens de C. gloeosporioides quanto às características genéticas e citomorfológicas. Os marcadores moleculares, RAPD, microssatélites, Intron Spice Site Primer e região ITS do DNA ribossomal, foram utilizados para avaliar a diversidade genética entre as linhagens. A análise de agrupamento através do método UPGMA confirmou a diversidade genética intraespecífica reconhecida em C. gloeosporioides. Com a técnica de RAPD foi detectada uma maior similaridade genética entre as linhagens. As regiões de microssatélites investigadas, demonstraram alto polimorfismo genético e os introns discriminaram todos as linhagens apenas com o primer (EI-1), e revelaram maior diversidade genética em relação aos outros marcadores moleculares utilizados. As três enzimas de restrição testadas, HaeIII, DraI e MspI evidenciaram a diversidade genética entre as linhagens nos produtos de amplificação dos loci ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA com os primers ITS1 e ITS4. Todos os marcadores empregados, foram eficientes em demonstrar o alto grau de polimorfismo genético, constatado pela formação de grupos altamente diversificados, sem apresentar correlação entre os hospedeiros. Os aspectos macroscópicos exibiram uma variação na coloração, textura e segregação de setores nas colônias, e as observações microscópicas demonstraram a formação de estruturas vegetativas e reprodutivas peculiares da espécie. A condição nuclear investigada através da técnica de HCl-Giemsa, evidenciou conídios 100% uninucleados

A antracnose é uma das doenças mais importantes do pimentão em vários países. Por muitos anos, somente C. gloeosporioides foi relatado como agente causal da antracnose desta cultura no Brasil. Entretanto, recentemente C. acutatum e C. capsici também tem sido associados a esta doença em algumas regiões do país. Neste trabalho, 56 isolados de Colletotrichum obtidos de pimentão e procedentes de diferentes regiões produtoras do país foram caracterizados e identificados por meio de algumas características morfológicas e culturais, e pela análise por PCR utilizando oligonucleotídeos espécie-específicos. Isolados representativos de cada espécie identificada na população amostrada também foram caracterizados quanto à patogenicidade em frutos de pimentão verdes e maduros, feridos e não feridos e quanto a sensibilidade aos fungicidas azoxistrobina, carbendazim, tiabendazol, tebuconazol, captana, clorotalonil e cloreto de benzalcônio. Os resultados demonstram que C. acutatum é a espécie predominante nas principais regiões produtoras de pimentão do país, representando cerca de 72% da população amostrada. C. capsici foi encontrada com freqüência aproximada de 14%, nos estados de São Paulo e Minas Gerais. C. gloeosporioides representou apenas 5% da população amostrada e teve distribuição restrita ao estado de São Paulo e ao Distrito Federal. Um único isolado de C. coccodes foi encontrado no Rio Grande do Sul. Além dessas espécies, isolados identificados como C. boninense foram encontrados em São Paulo e no Rio Grande do Sul, com freqüência de 7% na população amostrada. Este parece ser o primeiro relato de C. boninense infectando pimentão no Brasil e em outras partes do mundo. A caracterização patogênica mostrou que isolados representativos de todas as espécies foram patogênicos aos frutos maduros feridos e não feridos. Nos frutos verdes feridos, apenas os isolados de C. acutatum e de C. capsici promoveram sintomas. Não foram observados sintomas nos frutos verdes sem ferimentos durante o período de avaliação do experimento (12 dias) para nenhum dos isolados. C. acutatum demonstrou ser a espécie mais agressiva, apresentando os menores períodos de latência e a maior esporulação tanto em frutos verdes (feridos) como nos maduros (feridos e não feridos). Os isolados pertencentes a diferentes espécies de Colletotrichum apresentaram sensibilidade diferenciada para todos os fungicidas sistêmicos avaliados. Os isolados de C. acutatum foram mais sensíveis a azoxistrobina, enquanto os isolados de C. gloeosporioides demonstraram a menor sensibilidade para este fungicida. Os isolados de C. gloeosporioides e C. boninense foram os mais sensíveis aos benzimidazóis (carbendazim e tiabendazol), enquanto o isolado de C. coccodes teve a menor sensibilidade para estes fungicidas. O fungicida tebuconazol promoveu o maior controle sobre o crescimento micelial dos isolados. Para este fungicida, C. capsici demonstrou ser a espécie menos sensível. Os resultados deste trabalho demonstram a presença de pelo menos cinco espécies de Colletotrichum responsáveis pela antracnose do pimentão no país e evidenciam a presença de importantes diferenças entre essas, que devem ser consideradas durante o manejo da doença. / In several countries, anthracnose is one of the most serious diseases in pepper. C. gloeosporioides has, for many years, been reported as the causal agent of anthracnose in Brazil. C. acutatum and C. capsici have only recently been reported as agents of anthracnose in some regions of the country. In this study, 56 isolates of Colletotrichum obtained from pepper from different areas of the country were characterized and identified based on the morphological characteristics of the conidia, as well as culture characteristics and PCR analysis with species-specific pairs of primers. Isolates representative of each identified species in the sampled population were also characterized according to their pathogenicity in pepper fruits (unripe, ripe, wounded and nonwounded) and also according to their sensitivity to fungicide (azoxystrobin, carbendazim, thiabendazole, tebuconazole, captan, chlorothalonil and benzalkonium chloride). The results have showed that C. acutatum is the most prevalent species found in the main production areas of pepper, present in about 72% of the sampled population. C. capsici was equivalent to 14% of the sampled population and found in the states of São Paulo and Minas Gerais. C. gloeosporioides was present in only 5% of the samples and it was restricted to the state of São Paulo and Distrito Federal. Only one isolate of C. coccodes was found in Rio Grande do Sul. Besides theses species, isolates of C. boninense were found in São Paulo and Rio Grande do Sul, with an occurrence of 7% in the sampled population. This seems to be the first report of C. boninense infecting pepper in Brazil and other parts of the world. The pathogenic characterization showed that representative isolates of all species were pathogenic in ripe, wounded, or nonwounded fruits. In wounded green fruit, only isolates of C. acutatum and C. capsici caused infection resulting in disease symptoms. No disease symptoms were observed in green nonwounded fruits inoculated with all Colletotrichum isolates, after 12 days of inoculation. C. acutatum was the most aggressive species with the shortest periods of latency and the highest rate of sporulation in either green wounded fruits or ripe fruits (wounded and nonwounded). Isolates of different species of Colletotrichum showed different sensitivity to the systemic fungicides evaluated. The isolates of C. acutatum were more sensitive to azoxystrobin, whereas C. gloeosporioides showed the lowest sensitivity to this fungicide. C. gloeosporioides and C. boninense isolates were the most sensitive to benzimidazoles fungicides (carbendazim and thiabendazole), whereas C. coccodes isolates showed the lowest sensitivity to these fungicides. The tebuconazol fungicide exerted the highest effect on mycelial growth for all Colletotrichum species. C. capsici showed to be less sensitive to this fungicide. The results of this work have shown the presence of at least five species of Colletotrichum responsible for anthracnose in pepper in Brazil and have made evident the importance of the differences between these species, which must be taken into account for the control of the disease.

Orientador: Marta Cristina Teixeira Duarte / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-27T13:08:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_GustavoSteffende_M.pdf: 767493 bytes, checksum: c194394bcc80ba1852de47976dba16ad (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A cultura do morango é de grande importância no contexto agrícola mundial, com uma produção anual que supera 4,5 milhões de toneladas. Porém, as características desta fruta a tornam altamente susceptível a fatores físicos e biológicos de deterioração, tornando-a altamente perecível e acarretando altos níveis de perdas no campo e na pós-colheita. Dentre os fatores biológicos tem destaque a ação de fungos fitopatogênicos, dentre os quais o 'Botrytis cinerea' e o' Colletotrichum gloeosporioides' tem papel principal. Dentre as alternativas naturais para controle destes fitopatógenos, os óleos essenciais de plantas medicinais e aromáticas vêm sendo investigados. Neste contexto, no presente trabalho a atividade antifúngica de óleos essenciais de nove espécies de 'Citrus' e de 'Cymbopogon citratus' foi avaliada in vitro contra 'B. cinerea' e' C. gloeosporioides'. Os óleos de 'Citrus sinensis' e 'C. citratus' foram os mais ativos in vitro (MIC ¿ 0,25 e 0,06 mg.mL-1, respectivamente) e, portanto, selecionados para os ensaios com morangos in natura, visando manter sua qualidade pós-colheita. Os ensaios foram conduzidos sob duas condições ambientais, ou seja, sob condições ambiente de armazenamento (25 ºC) e em armazenamento refrigerado (10 ºC). Aplicados na concentração 1,0 mg.mL-1 , o óleo essencial de 'C. sinensis' mostrou-se mais eficaz sob condições ambiente de armazenamento, e a mistura dos dois óleos em partes iguais em armazenamento refrigerado. Em ambas as condições, melhores resultados foram obtidos através da aplicação por contato direto. Os óleos essenciais foram ainda incorporados a um filme de revestimento composto por matriz de metil-celulose e testados in vitro quanto ao seu potencial de inibição de 'B. cinerea'. Nestas condições, o óleo essencial de 'C. sinensis' mostrou-se o mais eficiente. Através dos resultados foi possível concluir que os óleos essenciais são uma opção viável para o controle de fitopatógenos em morango e para manutenção de sua qualidade pós-colheita / Abstract: The strawberry crop has great importance in agricultural world wide context, with an annual production exceeding 4.5 million tons. However, the characteristics of this fruit make it highly susceptible to physical and biological damage, making it easily perishable and causing losses in field and postharvest. Among the biological factors, the action of phytopathogenic fungi such as 'Botrytis cinerea' and "Colletotrichum gloeosporioides" have a main role. Natural alternatives have been proposed in order to replace synthetic products currently used in control of these plant pathogens, of which the essential oils from medicinal and aromatic plants have demonstrated good potential. In this context, the present study evaluated the in vitro antifungal activity of the essential oils from nine 'Citrus' species and from' Cymbopogon citratus' against 'B. cinerea' and 'C. gloeosporioides'. 'Citrus sinensi's and 'C. citratus' essential oils showed highest activities (MIC values 0.25 mg.mL-1 and 0.06 mg.mL-1, respectively) and were selected for the assays with in natura strawberries aiming at maintaining its postharvest quality. The tests were conducted under two simulated environmental conditions, ie, environment conditions of storage (25 ºC) and refrigerated storage (10 ºC). The crude essential oil of 'C. sinensis' (1.0 mg.mL-1) was the more effective in environmental conditions of storage, and the mixture of the two oils (1:1 ¿ 1.0 mg.mL-1) in refrigerated storage. In both conditions, best results were obtained when the oils were applied by direct contact. The essential oils were also incorporated into a coating film consisting of methyl cellulose matrix and tested to their 'in vitro' inhibitory potential against 'B. cinerea'. Accordingly, the essential oil of 'C. sinensis' proved to be the most effective as antifungal. The results allowed conclude that essential oils are a viable option for controlling phytopathogenic fungi in strawberry and for continuing postharvest quality / Mestrado / Ciência de Alimentos / Mestre em Ciência de Alimentos