.

Cette thèse étudie l'effet de deux processus cellulaires essentiels, la réplication et la transcription, sur la composition en nucléotides des séquences d'ADN. Ces mécanismes ont un fonctionnement asymétrique par rapport aux deux brins d'ADN, et ils ont comme conséquence une composition asymétrique dans les séquences.<br /> Nous avons étudié la co-orientation entre réplication et transcription chez les procaryotes. Nous proposons une méthode pour l'étude des biais de composition qui découple ces deux sources d'asymétrie. Nous montrons que les biais associés à la réplication sont très variables, même entre espèces proches.<br /><br /> Nous avons ensuite analysé le patron de substitution dans les régions transcrites et autour des origines de réplication du génome humain, et notamment l'effet du contexte 5'-3'. Les biais de voisinage sont similaires pour l'asymétrie associée à la réplication et à la transcription. La variation des taux de substitutions en fonction du patron d'expression des gènes suggère qu'un biais de réparation asymétrique et contexte-dépendant pourrait être en jeu.<br /><br /> Enfin, nous avons proposé une méthode de calcul du patron de substitution dans des séquences à composition biaisée: les microsatellites. Nous avons démontré que les microsatellites transcrits sont sujets au mêmes processus asymétriques que les régions non-répétées.

Nous étudions des champs aléatoires sur le réseau Z^d. Ils sont supposés stationnaires, du second ordre et à longue mémoire, propriété due à la non sommabilité de leur fonction de covariance. Contrairement aux travaux antérieurs, leur longue mémoire peut être non isotrope. Lorsque ces champs sont linéaires, nous obtenons la convergence fonctionnelle de leurs sommes partielles. A partir de ce résultat, nous proposons une procédure pour tester la faible dépendance contre la forte dépendance d'un champ. Nous montrons par ailleurs la dégénérescence asymptotique du processus empirique de champs à longue mémoire ; les applications concernent notamment la convergence des U-statistiques. Nous étudions enfin certaines formes quadratiques de champs à longue mémoire. Cela nous permet d'obtenir en application la loi limite des covariances empiriques et constitue une première étape dans l'étude de l'estimateur de Whittle des paramètres de longue mémoire d'un champ.

Dans ce travail, nous étudions de manière approfondie les lois $\al$-stables (lois à variance infinie). Dans le premier chapitre, nous rappelons les différentes propriétés des lois $\al$-stables univariées (stabilité, calcul des moments, simulation). Nous introduisons ensuite les lois symétriques $\al$-stables (\SaS) multivariées. Après avoir parlé de la mesure spectrale et de son intérêt pour caractériser l'indépendance, nous nous concentrons sur les mesures de dépendance. Constatant que le coefficient de covariation, largement utilisé actuellement, admet certaines limites, nous construisons dans le deuxième chapitre une nouvelle mesure de dépendance, appelée coefficient de covariation symétrique. Ce dernier nous permet, entre autres, de découvrir quelques spécificités des vecteurs \SaS. En effet, contrairement aux vecteurs gaussiens, on peut obtenir pour certains vecteurs \SaS\ à la fois une dépendance positive et une dépendance négative. Après avoir conclu le chapitre par l'étude de la loi asymptotique de l'estimateur du coefficient de covariation, nous abordons, dans le troisième chapitre, les processus autorégressifs à innovations stables. Nous présentons les différentes méthodes d'identification de l'ordre d'un processus AR: autocorrélation partielle (Brockwell et Davis) et statistiques quadratiques asymptotiquement invariantes basées sur les rangs (Garel et Hallin). De nombreuses simulations, effectuées en Matlab et Fortran, nous permettent de comparer ces méthodes et de constater l'importance du rôle joué par les statistiques de rang dans ce domaine. Pour finir, un problème de test séquentiel, développé dans le cadre d'un contrat industriel, nous permet d'introduire la notion de niveau de confiance après décision.

Cette thèse traite de méthodes statistiques appliquées au traitement du signal. Afin de résoudre le problème de séparation aveugle de sources à l'aide de la méthode d'analyse en composantes indépendantes, nous introduisons deux mesures de dépendance, l'une bien connue l'information mutuelle, et l'autre que nous appelons la mesure de dépendance quadratique. Nous montrons le lien de cette dernière avec les fonctions caractéristiques et en proposons une estimation simple, dont les propriétés asymptotiques sont obtenues grâce aux U-statistiques. Les choix du noyau et de la taille de fenêtre sont ainsi analysés. Enfin, la minimisation des mesures de dépendance permet de résoudre le problème de séparation de sources dans le cadre de mélanges post non linéaires. Plusieurs approches sont proposées, dont une non paramétrique basée sur les dérivées des non linéarités. Nous illustrons les obstacles à la minimisation par des graphes des fonctions objectifs.

Les récepteurs à dépendance constituent une nouvelle classe de récepteurs à activité pro-apoptotique capables en présence de leur ligand de transduire un signal de survie cellulaire et à l'inverse, en absence de ligand d'induire l'apoptose. Parmi ces récepteurs, la famille des récepteurs UNC5H et leur ligand la Nétrine-1 (i.e. UNC5H1-4) sont plus particulièrement impliqués dans la morphogenèse des organes branchés, l'angiogenèse et le guidage axonal mais aussi dans le contrôle de la tumorigenèse et de l'homéostasie. En effet, ces récepteurs et leur ligand seraient capables de contrôler la prolifération et la survie cellulaire car le ligand induirait un état de dépendance des cellules exprimant les récepteurs UNC5H. Nous avons pu mettre en évidence un mode particulier de dérégulation tumorigène de la signalisation apoptotique des récepteurs UNC5H : la surexpression de Nétrine-1. Nous avons montré que l'acquisition de cette surexpression par les cellules tumorales constitue un réel avantage sélectif car cette surexpression permet aux cellules tumorales de s'affranchir de leur dépendance à la Nétrine-1 et ainsi de former des tumeurs voire de former des métastases. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la signalisation apoptotique des récepteurs UNC5H grâce à un crible d'ARNinterférence et 47 nouveaux effecteurs potentiels de l'apoptose sont actuellement en cours de caractérisation. Parmi eux, le complexe PP2A/PR65β a été caractérisé comme essentiel à l'apoptose induite par le récepteur à dépendance UNC5H2 et plus particulièrement dans la régulation de l'angiogenèse médiée par le couple UNC5H2/Nétrine-1.

Ce manuscrit présente une réflexion sur la terminaison des systèmes de réécriture d'ordres supérieurs. Nous nous concentrons sur une méthode particulière, la terminaison à base de tailles. La terminaison à base de tailles utilise le typage pour donner une approximation syntaxique à la taille d'un élément du langage. Notre contribution est double: premièrement, nous permettons d'aborder de manière structurée le problème de la correction des approches à base de taille. Pour ce faire, nous montrons qu'elle peut être traitée par une version de la méthode des annotations sémantiques. Cette dernière utilise des annotations sur les termes calculés à partir de la sémantique des sous-termes dans un certain prémodèle équationnel. Nous montrons la correction de notre approche par annotations sémantiques, ainsi que du critère qui permet de traiter le système annoté, et nous construisons un prémodèle pour le système qui correspond intuitivement à la sémantique du système de réécriture. Nous montrons alors que le système annoté passe le critère de terminaison. D'un autre coté nous modifions l'approche classique de la terminaison à base de tailles et montrons que le système modifié permet une analyse fine du flot de contrôle dans un langage d'ordre supérieur. Ceci nous permet de construire un graphe, dit graphe de dépendance approximé, et nous pouvons montrer qu'un critère syntaxique sur ce graphe suffit à montrer la terminaison de tout terme bien typé.

La recherche vise à identifier des configurations de contrôle en milieu industriel qui tiennent compte de l'organisation achat des entreprises clientes. Une méthodologie par études de cas est mise en oeuvre. La recherche conduit à l'élaboration d'une matrice présentant quatre configurations de contrôle client-fournisseur en fonction de l'environnement achat (en termes de dépendance réciproque client-fournisseurs): vassalité, partenariat, seigneurie et marché. Les résultats suggèrent que, pour une même relation client-fournisseur, différentes modalités relationnelles peuvent se combiner (e.g. la confiance et l'opportunisme) selon le niveau des acteurs impliqués.

Le service intentionnel est décrit par le but métier que le service permet de réaliser. Les utilisateurs effectuent ainsi une découverte, dirigée par les buts, des services correspondant à leurs exigences fonctionnelles. Le service atomique est exécutable par des services logiciels, alors que le service agrégat introduit de la variabilité, en décrivant les différentes variantes permettant de réaliser le but du service. La description du service intentionnel est étendue à la qualité (QoiS-Quality of intentional Service), qui peut être une QoiS simple associée au service atomique ou une QoiS globale correspondant au service agrégat. La QoiS simple est définie comme étant les buts qualité que le service atomique permet de satisfaire partiellement. La QoiS permet ainsi d'établir la correspondance entre les exigences non-fonctionnelles des utilisateurs et la qualité des services logiciels. Afin de traiter la variabilité métier du service intentionnel, des contraintes de dépendances entre les services sont définies. Elles permettent de préciser que le choix d'une variante peut entrainer le choix ou l'exclusion d'une autre variante. Pour améliorer le consensus sur la qualité, le référentiel qualité est proposé. Celui-ci est utilisé par les fournisseurs pour décrire la qualité de leurs services, et par les utilisateurs pour décrire leurs exigences non-fonctionnelles. La méthode multicritères d'aide à la décision TOPSIS est adaptée pour sélectionner parmi les services agrégats ou parmi les configurations exécutables ceux qui correspondent le mieux au contexte qualité de l'utilisateur. Aussi, un outillage est proposé pour démontrer la faisabilité de la méthode de sélection proposée.

Cette thèse présente de nouveaux modèles et de nouveaux résultats en théorie de la ruine, lorsque les distributions des montants de sinistres sont à queue épaisse. Les hypothèses classiques d'indépendance et de stationnarité, ainsi que l'analyse univariée sont parfois jugées trop restrictives pour décrire l'évolution complexe des réserves d'une compagnie d'assurance. Dans un contexte de dépendance entre les montants de sinistres, des équivalents de la probabilité deruine univariée en temps fini sont obtenus. Cette dépendance, ainsi que les autres paramètres du modèle sont modulés par un processus Markovien d'environnement pour prendre en compte des possibles crises de corrélation. Nous introduisons ensuite des modèles de dépendance entre les montants de sinistres et les temps inter-sinistres pour des risques de type tremblements de terre et inondations. Dans un cadre multivarié, nous présentons divers critères de risques tels que la probabilité de ruine multivariée ou l'espérance de l'intégrale temporelle de la partie négative du processus de risque. Nous résolvons des problèmes d'allocation optimale pour ces différentes mesures de risque. Nous étudions alors l'impact de la dangerosité des risques et de la dépendance entre les branches sur cette allocation optimale