Le défi de la protection des espèces menacées en Afrique est de concilier de façon durable les objectifs de conservation de la nature, et la nécessité de développement économique des populations humaines. Au Niger, survivent aujourd'hui les dernières girafes d'Afrique de l'Ouest (Giraffa camelopardalis peralta). Ces girafes sont unique à plusieurs titres : (i) elles constituent les seules représentantes de la sous espèce peralta (ii), elles vivent dans une région fortement anthropisée (iii) elles vivent dans une zone non protégée, (iv) et elles ne cohabitent avec aucun prédateur. En 1996, la population était au bord de l'extinction avec seulement 50 individus. Malgré des signes de restauration observés ces dernières années, la sous-espèce est inscrite depuis 2008 dans la liste rouge des espèces menacées de l'UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature) avec le statut « en danger ». Quels sont les facteurs qui pourraient limiter le taux de croissance maximum récemment observé dans cette population? Est-ce que les conjonctures favorables à l'augmentation de la population sont durables? Aborder les questions de conservation des populations met en avant le besoin de connaitre les paramètres démographiques de la population concernée, et les paramètres environnementaux qui conditionnent sa distribution spatiale. Nous avons réalisé une analyse de l'historique des comptages, puis, nous avons déterminé les paramètres démographiques de la population grâce à une approche par Capture Marquage Recapture. Une analyse spatiale à plusieurs échelles nous a permis de caractériser la distribution des girafes aux niveaux de la population et du troupeau (à partir d'observations directes), et de mesurer la sélection de l'habitat au niveau individuel (à partir d'un suivi par colliers GPS) / One of the main challenges for endangered species protection in Africa is to find a sustainable way of integrating objectives of nature conservation with the economic development needs of the local human population. Last West African giraffe population, Giraffa camelopardalis peralta, lives in Niger. These giraffe are unique for several reasons: (i) they represent the only population of peralta sub-species, and (ii) they live in an area densely populated by humans, (iii) which is unprotected and (iv) without predators. In 1996, this giraffe population was almost extinct, with only 50 individuals remaining. Despite signs of population recovery, the sub-species has been classified as “endangered” according to the IUCN Red List assessment criteria. What are the limiting factors for the maximum annual growth rate that has been recorded over the last years in the population? Are favorable conjunctures to this population increasing sustainable? Assessing population conservation requires knowledge of demographic parameters and understanding of the environmental factors driving its spatial distribution. Census data from 1996 to 2009 were analyzed and then demographic parameters through a capture-markrecapture method were determined. A multi-scale spatial analysis allowed me to determine giraffe distribution at both population and herd level (through observations), and to measure habitat selection at the individual level (through GPS satellite collars). Census results, almost exhaustive from 2005 to 2008 highlited an annual growth rate of 12%. This is the maximum growth rate for a giraffe population, and fits with the theoretical maximum growth rate for the species. At the population and herd level, giraffe distribution patterns are driven by food availability. These food resources are seasonally distributed and impacted by human activities. Habitat selection shows that during dry season, giraffe avoid village proximity, where disturbance is high. However, at night giraffe move closer to villages where food resource quantity and quality are higher (tree density, granaries). The use of bean field crop suggests that some cultivated crops gain in attraction and even become favourable to giraffe. This might explain the increase of human-giraffe conflicts. My results clearly show the importance of taking human activities and perception into account, when assessing wildlife conservation strategies

Comprendre les adaptations qui permettent aux espèces de vivre dans des environnements variables, temporellement et spatialement, est essentiel pour prédire la façon dont elles peuvent répondre aux changements globaux actuels et futurs. De nombreuses études à long terme ont montré que les fluctuations climatiques affectaient la dynamique des populations, mais l'influence relative des processus de sélection d'habitat et de densité-dépendance sur la sélection d'habitat est encore mal connue et expliquée. L'objectif de cette thèse est donc d'étudier, d'une part, par une approche corrélative, la sélection d'habitat densité-dépendante à quatre échelles spatiales différentes, chez une population de cigognes blanches (Ciconia ciconia) en augmentation; et d'autre part, par une approche mécaniste, d'étudier les effets relatifs du climat, de l'habitat et de l'expérience des reproducteurs en termes de fitness (nombre de jeunes produits, condition corporelle des jeunes et sexe-ratio) chez cet oiseau, suivi depuis 30 ans dans un milieu sensible, les zones humides de l'ouest de la France, en Charente-Maritime. Ce travail a contribué à identifier des mécanismes qui conduisent aux décisions de sélection d'habitat de nidification qui restaient encore mal compris, et appuie les travaux qui montrent que la dégradation des habitats par les activités humaines peut influer sur les décisions de sélection d'habitat. De plus, ces résultats apportent des informations essentielles à la compréhension des adaptations de cette population dans un environnement variable, ce qui permet de prédire plus efficacement le devenir de la population face aux changements environnementaux futurs. / Understanding adaptations that allow species to live in temporally and spatially variable environments is crucial to predict how species may respond to current and future global changes. Long-term studies have shown that climatic variations affect the dynamic of populations. However, the relative influence of habitat selection and density-dependence processes is still poorly understood and explained. The aim of this thesis is, firstly by a correlative approach, to investigate the density-dependent habitat selection at varying spatial scales in an increasing white stork (Ciconia ciconia) population. Secondly, by a mechanistic approach, we studied the relative effects of climate, habitat and breeder experience in terms of reproductive fitness (fledging success, body condition and sex ratio) in this population monitored for 30 years in a sensitive wetland in Charente-Maritime, western France. This work helped identifying the mechanisms that lead to nesting habitat selection. This work supports research showing that habitat degradation by human activities may affect habitat selection decisions. In addition, these results provide crucial information to understand the adaptations of this population in a changing environment, which allows predicting more efficiently the response of the population to future environmental changes.

Les prédateurs marins supérieurs, ici les cétacés et les oiseaux marins, doivent développer des stratégies optimales d’utilisation des ressources et des habitats. Notre objectif était d’explorer leurs habitats en fonction de leurs coûts de vie. Nous avons postulé que les prédateurs coûteux étaient contraints d’occuper les habitats de meilleure qualité alors que les prédateurs plus économes pouvaient occuper les habitats de qualité moindre. Nous nous sommes basés sur des guildes de cétacés et oiseaux définies selon leurs coûts de vie et les observations de survols aériens dans trois régions tropicales (l’Atlantique Ouest tropical, le Sud Ouest de l’Océan Indien et la Polynésie française). Nous avons construit des modèles additifs généralisés à partir de variables physiographiques (ex : profondeur), océanographiques (ex : activité tourbillonnaire) et biologiques (ex : chlorophylle et micronecton) pour décrire la qualité des habitats. Nous avons d’abord modélisé les habitats des cétacés et oiseaux à l’échelle régionale. Les cétacés coûteux occupaient les habitats de meilleure qualité alors que les cétacés plus économes occupaient aussi les habitats de qualité moindre. La distribution des oiseaux reflétait principalement celle des colonies et leur dépendance à la qualité de l’habitat semblait moins claire. Nous avons ensuite mis en évidence des propriétés génériques de distribution des cétacés et fourni des prédictions circumtropicales. Cette thèse a donné un nouvel aperçu des stratégies d’utilisation des habitats des prédateurs supérieurs à la lumière de leurs coûts de vie. Ces prédictions spatiales ont des implications majeures pour la gestion de ces espèces et de leurs écosystèmes. / Marine top predators, here cetaceans and seabirds, must develop optimal strategies of resource and habitat utilization. The main goal of this dissertation was to investigate cetacean and seabird strategies of habitat utilization in relation to their energetic costs of living. We hypothesized that predators with high costs of living should be constrained to high quality habitats, whereas less active predators could cope with habitats of lesser quality. We studied the habitats of cetacean and seabird guilds defined according to their likely costs of living. We relied on sightings collected from aerial surveys in three tropical regions (the western tropical Atlantic, the Southwest Indian Ocean and French Polynesia). We built generalized additive models based on a range of physiographic (e.g. depth), oceanographic (e.g. mesoscale activity) and biological variables (e.g. chlorophyll concentration and micronekton) to describe the quality of pelagic habitats. We first modeled cetacean and seabird habitats at the regional scale. Energetically costly cetaceans appeared to be constrained to the highest quality habitats, whereas less active cetaceans exploited habitats of lesser quality. Seabird distributions primarily reflected colony locations and their dependences on habitat quality were less clear. We then highlighted generic properties of cetacean distributions and provided predictions at the circumtropical scale. This dissertation gave new insights on top predator strategies of habitats utilization in light of their costs of living. These spatial predictions have significant implications for the management of these species and of their pelagic ecosystems.

Un ensemble de disciplines tente de comprendre les causes de la distribution de la biodiversité à la surface de la terre. Cette thèse, à l'interface entre macro-écologie et phylogéographie, démêle le rôle relatif des différents facteurs environnementaux et des processus contrôlant la diversité des crustacés aquatiques souterrains en Europe. L'utilisation d'un modèle biologique souterrain permet d'écarter l'effet de la saisonnalité thermique, omniprésente dans les milieux de surface. L'action de multiples facteurs – plus particulièrement la disponibilité des ressources trophiques et l'hétérogénéité environnementale – et les variations régionales de leur importance relative fournissent l'explication la plus parcimonieuse des patrons de richesse. Ce résultat s'oppose au paradigme du rôle prépondérant du processus d'extinction causé par les fortes oscillations climatiques du Pléistocène en Europe du nord. Toutefois, ces oscillations ont très probablement sélectionné des organismes mobiles qui participent à l'augmentation de la taille moyenne des aires de répartition des espèces avec la latitude. La reconstruction de la dynamique des aires de distribution montre que la dispersion est un processus très hétérogène entre et au sein des espèces. Elle interviendrait lors de courtes fenêtres temporelles entre lesquelles l'adaptation locale tendrait au contraire, à contrecarrer les capacités de dispersion. Enfin, ce travail propose des pistes de réflexion afin d'expliquer plus précisément, à partir de données moléculaires supplémentaires et d'outils génomiques, les variations géographiques des taux de diversification et de substitution à l'échelle continentale / A set of disciplines attempt to understand causes of biodiversity patterns on the earth. This thesis, at the frontier between macroecology and phylogeography, disentangles the relative influence of environmental factors and processes shaping groundwater crustacean diversity in Europe. Groundwater habitats offer useful case studies for avoiding the effect of thermal seasonality, which is pervasive in surface ecosystems. The influence of multiple factors – especially productive energy and spatial heterogeneity – and regional variation in their relative importance provide the most parsimonious explanation of species richness patterns. This result undermines the prominent role attributed to the disproportionate extinction of species in northern European regions with high historical climate oscillations. However, these oscillations have probably selected vagile species which contribute to the increase in median range size of species with latitude. Reconstructing range dynamics shows that dispersal is a heterogeneous process within and among species. It may occur during short time windows between which local adaptation favors specialization. Finally, I suggest several research avenues using molecular data and genomic tools for understanding geographical variation in diversification and substitution rates at continental scale

Plusieurs études à grande échelle ont identifié la modification ou la perte d’habitats comme menace principale à la conservation des communautés de poissons d’eau douce. Au Canada, « aucune perte nette dans la capacité productive des habitats » (NNL) est le principe directeur de la politique de gestion des habitats du ministère des Pêches et Océans. Le respect du NNL implique l’avancement des connaissances au niveau des relations entre les poissons et leurs habitats, de même que des outils pour quantifier l’impact de la modification des habitats sur les poissons. Les modèles d’utilisation de l’habitat des poissons (FHUM) sont des outils qui permettent d’améliorer nos connaissances des relations poissons – habitat, de prédire la distribution des espèces, mais aussi leurs densités, biomasses ou abondances, sur la base des caractéristiques de l’environnement. L’objectif général de mon mémoire est d’améliorer la performance des FHUM pour les rivières des basses Laurentides, en suggérant des perfectionnements au niveau de 2 aspects cruciaux de l’élaboration de tels modèles : la description précise de la communauté de poissons et l’utilisation de modèles statistiques efficaces. Dans un premier chapitre, j’évalue la performance relative de la pêcheuse électrique et de l’échantillonnage en visuel (plongée de surface) pour estimer les abondances des combinaisons d’espèces et de classes de taille des poissons en rivière. J’évalue aussi l’effet des conditions environnementales sur les différences potentielles entre les communautés observées par ces 2 méthodes d’échantillonnage. Pour ce faire, 10 sections de rivière de 20 m de longueur ont été échantillonnées à l’aide de ces 2 méthodes alors qu’elles étaient fermées par des filets de blocage. 3 plongeurs performèrent l’échantillonnage en visuel en se déplaçant de l’aval vers l’amont des sections, tout en dénombrant les espèces et classes de taille. Par la suite, nous avons fait 3 passages de pêcheuse électrique et les abondances furent estimées grâce à un modèle restreint de maximum de vraisemblance, basé sur la diminution des abondances observées. De plus grandes abondances de poissons furent observées en visuel qu’avec la pêcheuse électrique à tous les sites. La richesse spécifique observée en visuel était plus élevée (6/10) ou égale (4/10) à celle observée avec la pêcheuse électrique. Les différences entre les communautés de poissons observées à l’aide de ces 2 méthodes ne purent être reliées aux conditions environnementales. Les résultats de cette expérience sont contraires à ceux de toutes les études comparant ces 2 méthodes d’échantillonnage, lesquels suggèrent une supériorité de la pêcheuse électrique. Les conditions environnementales de notre expérience étaient distinctes de celles observées dans les autres études (absence d’arbres tombés dans l’eau, très peu de substrats grossiers), mais la différence la plus marquante était en terme de communauté de poissons observée (dominance des cyprinidés et des centrarchidés plutôt que des salmonidés). Je termine ce chapitre en suggérant que les caractéristiques comportementales favorisant l’évitement de la capture (formation de bancs) et facilitant l’observation en visuel (curiosité) sont responsables de la supériorité de la plongée de surface pour échantillonner les communautés dans les rivières des basses Laurentides. Dans un deuxième chapitre, je développe des FHUM pour des communautés de poissons de rivière ayant plusieurs espèces. Dans le but de simplifier la modélisation de telles communautés et d’améliorer notre compréhension des relations poissons – habitat, j’utilise les concepts de guilde écologique et de filtre environnemental pour explorer les relations entre les guildes formées sur la bases de différents types de traits (reproducteurs, taxonomiques, éco-morphologiques et alimentaires) et les conditions environnementales locales à l’échelle du méso-habitat. Les modèles d’habitats basés sur les guildes reproductrices ont clairement surpassé les autres modèles, parce que l’habitat de fraie reflète l’habitat de préférence en dehors de la période de reproduction. J’ai également utilisé l’approche inverse, c’est à dire définir des guildes d’utilisation de l’habitat et les mettre en relation avec les traits des espèces. Les traits reliés à l’alimentation des poissons ont semblés être les meilleurs pour expliquer l’appartenance aux groupes d’utilisation de l’habitat, mais le modèle utilisé ne représentait pas bien la relation entre les groupes. La validation de notre modèle basé sur les guildes reproductrices avec un jeu de données indépendant pourrait confirmer notre découverte, laquelle représente une manière prometteuse de modéliser les relations poissons – environnement dans des communautés de poissons complexes. En conclusion, mon mémoire suggère d’importantes améliorations aux FHUM pour les communautés de poissons des basses Laurentides, en suggérant de prendre en compte les caractéristiques biologiques des cours d’eau dans le choix d’une méthode d’échantillonnage, et également en utilisant une méthode prometteuse pour simplifier les FHUM de communautés de poissons complexes : les guildes reproductrices. / Many large scale studies have identified habitat modification or habitat losses as primary threats for the conservation of freshwater fish communities. In Canada, No Net Loss (NNL) of the productive capacity of habitats is the guiding principle of the Department of Fisheries and Oceans’ policy for the management of fish habitat. To respect NNL, a better understanding of fish-habitat relationships is required, as well as tools to quantify the impact of habitat modifications on fish. Fish habitat use models (FHUM) are tools that can improve our understanding of fish-habitat relationships, predict species occurrences, densities or biomass on the basis of habitat descriptors and quantify habitat requirements. They consist in relationships between biological descriptors of fish and habitat descriptors. The general objective of my thesis is to improve the performance of FHUM for the lower Laurentian streams by suggesting refinements on 2 crucial aspects in the development of these models: a precise description of the fish community and the use of efficient statistical models. In the first chapter, I evaluate the relative performance of electrofishing and visual surveys (snorkeling) for estimating the abundance of combinations of fish species and size classes in rivers. I also assessed the effect of environmental conditions on potential differences between the results obtained using these two sampling methods. Sampling sites consisted in 10 river sections of 20 m in length distributed in the Laurentian region of Québec. Both methods were used while sections were blocked. Three snorkelers that swam the river sections upstream while identifying and counting fish of each species and size-classes performed visual surveys. Three-pass electrofishing was performed and abundances were estimated with a maximum likelihood depletion model. Greater abundances of fish were observed by snorkeling than by electrofishing at all sites. Snorkeling species richness was higher (6/10) or equal (4/10) to electrofishing richness. Differences in the fish communities observed by both sampling methods were not related to environmental conditions. The results of our work are therefore contrary to that of most published studies that suggested the superiority of electrofishing on visual surveys. Compared to the conditions found in previous studies, our sampling sites had different environmental characteristics (no fallen trees, insignificant cover of large cobble and boulder) but the most striking dissimilarity was in terms of fish communities (dominance of cyprinids and centrarchids instead of salmonids). Behavioural characteristics favouring capture avoidance (schooling) and facilitating underwater observation (curiosity) may be responsible for the superiority of visual surveys in our study rivers. Survey methods should be selected based on fish community composition. In the second chapter, I develop FHUM for complex stream fish communities. In order to simplify the modelling of such communities, as well as improve our understanding of fish – habitat relationships, I used the ecological guild concept and the niche filtering hypothesis to explore the relationships between guilds based on different types of traits (eco-morphological, reproductive, alimentary and taxonomic) and local environmental descriptors, at the coarse meso-habitat scale. Reproductive guilds led to FHUM that clearly outperformed the other 3 approaches, because of the close relationship between preferred spawning grounds and non spawning habitat preferences, and also because reproductive traits are linked to habitat characteristics at the reach or coarse mesohabitat scale. We also defined guilds based on habitat-use and related them to species traits. Traits related to the feeding biology of fishes seemed to be the best at explaining the habitat-use guilds, but our model did not correctly represent the among-guild relationships. Validation of our reproductive trait model on an independent dataset would confirm our finding, which represents a promising way of modelling fish - habitat relationships in complex fish communities. In conclusion, my thesis suggests important improvements to FHUM models in the Laurentian streams by giving new insights on the choice of a sampling method that take into account the biological characteristics of the streams targeted, and by using a promising way of simplifying FHUM for species rich communities: reproductive guilds.

Puisque l’altération des habitats d’eau douce augmente, il devient critique d’identifier les composantes de l’habitat qui influencent les métriques de la productivité des pêcheries. Nous avons comparé la contribution relative de trois types de variables d’habitat à l’explication de la variance de métriques d’abondance, de biomasse et de richesse à l’aide de modèles d’habitat de poissons, et avons identifié les variables d’habitat les plus efficaces à expliquer ces variations. Au cours des étés 2012 et 2013, les communautés de poissons de 43 sites littoraux ont été échantillonnées dans le Lac du Bonnet, un réservoir dans le Sud-est du Manitoba (Canada). Sept scénarios d’échantillonnage, différant par l’engin de pêche, l’année et le moment de la journée, ont été utilisés pour estimer l’abondance, la biomasse et la richesse à chaque site, toutes espèces confondues. Trois types de variables d’habitat ont été évalués: des variables locales (à l’intérieur du site), des variables latérales (caractérisation de la berge) et des variables contextuelles (position relative à des attributs du paysage). Les variables d’habitat locales et contextuelles expliquaient en moyenne un total de 44 % (R2 ajusté) de la variation des métriques de la productivité des pêcheries, alors que les variables d’habitat latérales expliquaient seulement 2 % de la variation. Les variables les plus souvent significatives sont la couverture de macrophytes, la distance aux tributaires d’une largeur ≥ 50 m et la distance aux marais d’une superficie ≥ 100 000 m2, ce qui suggère que ces variables sont les plus efficaces à expliquer la variation des métriques de la productivité des pêcheries dans la zone littorale des réservoirs. / As freshwater fisheries become increasingly prone to habitat alteration, it is critical we identify the components of habitat that greatly influence fisheries productivity metrics. Using fish habitat modeling, we compared relative contributions of three types of habitat variables to explain variation in abundance, biomass and richness metrics, and identified habitat variables most effective at explaining these variations. During the summers of 2012 and 2013, fish communities in 43 littoral sites were sampled from Lac du Bonnet, a reservoir in southeastern Manitoba (Canada). Seven different sampling scenarios, consisting of different sampling methods, years and time periods, were used to measure relative abundance, biomass and richness metrics for all species combined per site. Three types of habitat variables were measured: local (i.e. within site), lateral (i.e. shore characterization) and contextual (i.e. position relative to landscape attributes) variables. Together local and contextual habitat variables explained on average 44% R2adj of the variation across fisheries productivity metrics, while only 2% R2adj of the variation was explained by lateral habitat variables. Specifically, macrophyte coverage, distance to tributaries ≥ 50 m wide, and distance to marshes ≥ 100,000 m2 ranked most significant across metrics, suggesting these habitat variables may be most effective at explaining variation in fisheries productivity metrics in the littoral zone of reservoirs.

Lorsque des animaux montrent un choix préférentiel pour un habitat à effet puits, on dit alors qu’ils sont capturés par un piège écologique. La sélection de l’habitat est bénéfique dans les systèmes classiques de type source-puits, puisque les animaux vivant dans des habitats de haute qualité (natalité>mortalité), choisissent de migrer vers des habitats de faible qualité (natalité<mortalité), uniquement lorsqu’il n’y a pas suffisamment d’habitat de haute qualité disponible. A l’intérieur d’un habitat de type piège écologique le choix est dangereux, et peut conduire à l’extirpation rapide d’une espèce, puisque les animaux vivant dans des habitats de haute qualité choisissent de migrer vers des habitats de faible qualité, même lorsqu’il y a suffisamment d’habitat de haute qualité disponible. Les pièges écologiques ont lieu lorsque des changements naturels ou induits par l’homme se produisent rapidement et que des déterminants de la sélection de l’habitat qui étaient alors sélectionnés deviennent trompeurs, entraînant des choix d’habitats inadaptés de la part des animaux. Pour distinguer un habitat de type puits d’un piège écologique, des connaissances complémentaires sont nécessaires, sur la relation entre les préférences d’habitat et la qualité de l’habitat. Dans l’écosystème de Hwange, les lycaons semblent baser le choix d’habitat sur les déterminants écologiques améliorant la fitness. Ils ont une meilleure efficacité de chasse dans la zone tampon à l’extérieur du parc national de Hwange, une compétition moindre avec les lions et avec les hyènes, ainsi qu’un meilleur accès à des sites de terrier. En conséquence, à l’extérieur du parc national, les lycaons donnent naissance à des portées de chiots plus grandes. Cependant, la mortalité induite par l’homme, en raison de l’effet lisière, est si grande qu’elle excède la natalité. Néanmoins, du fait qu’ils sont incapables de juger avec justesse de la qualité de l’habitat, en intégrant la mortalité induite par l’homme, les lycaons font un choix d’habitat inadapté, et ils se déplacent vers le puits de mortalité, à l’extérieur de la sécurité de l’aire protégée. En d’autres mots, les lycaons de l’écosystème de Hwange sont capturés par le piège écologique, que constitue la zone tampon située à l’extérieur du parc national de Hwange. / When animals show a preferential choice for sink habitat they are said to have been caught in an ecological trap. Habitat choice behaviour is beneficial in classic source-sink systems, as animals living in high quality habitat (natality>mortality) only choose to migrate into low quality habitat (natality<mortality) when there is not enough high quality habitat available. Within an ecological trap habitat choice is detrimental and can lead to rapid extirpation of a species, as animals living in high quality habitat choose to migrate into low quality habitat even when there is enough high quality habitat available. Ecological traps occur when sudden natural or human induced changes cause formerly reliable settlement cues to be no longer associated with an adaptive outcome, causing animals to make a maladaptive habitat choice. To be able to distinguish a sink from an ecological trap additional knowledge of the relationship between habitat preference and habitat quality is required. Within the Hwange system African wild dogs seem to base their habitat choice on the right fitness enhancing ecological cues. They experience a higher hunting efficiency in the buffer zone outside Hwange National Park, less competition with lions and spotted hyenas and a better access to suitable den sites. As a result African wild dogs outside the National Park give birth to larger litters of pups. However, due to an ‘edge effect’, human induced mortality in the buffer zone is so high it exceeds natality. African wild dogs nevertheless make a maladaptive habitat choice and move into the mortality sink outside the safety of the protected area as they are unable to judge habitat quality accurately by taking this human induced mortality risk into account. In other words, African wild dogs in the Hwange system are caught in an ecological trap in the buffer zone outside Hwange National Park.

La Manche orientale représente une zone économique importante qui supporte diverses activités anthropiques comme le tourisme, le transport maritime et l’exploitation de ressources vivantes ou minérales. De plus, cette région possède un riche patrimoine biologique illustré par sa grande diversité d’habitats. Les Aires Marines Protégées (AMP) sont souvent évoquées comme un instrument de gestion permettant d’aménager l’exploitation durable de ces ressources marines, dans le cadre d’une gestion écosystémique intégrée et responsable. Si les Etats ont pour obligation de créer des réseaux d’AMPs dans leurs eaux nationales, chacune d’elles est souvent localisée au cas par cas. Afin de coordonner la mise en place des différents réseaux d’AMPs, une démarche de planification spatiale systématique de la conservation est de plus en plus encouragée. Cette démarche a pour but de proposer un réseau d’AMP qui soit cohérent, même dans un contexte transfrontalier, comme c’est le cas en Manche orientale. Les travaux de recherche menés lors de cette thèse apportent ainsi une contribution scientifique à la mise en cohérence de l’aménagement des activités anthropiques avec les objectifs de conservation de l’écosystème marin de Manche orientale. Dans le cadre d’une approche de conservation intégrée, toute la biodiversité de la Manche orientale doit être représentée. Pour cela, en complément des typologies benthiques existantes dans la zone, une typologie des masses d’eau a été proposée et validée avec différents jeux de données d’espèces pélagiques. Marxan et Zonation, deux logiciels largement répandus en planification de la conservation ont été comparés dans le processus de conception du réseau d’AMP en Manche orientale. La conclusion a été que Marxan serait le logiciel utilisé pour la suite des analyses. En effet, ce logiciel est conçu pour atteindre clairement les cibles de conservation, ce qui facilite l’interprétation des résultats.Puis une étape essentielle de planification de la conservation a été réalisée à travers une analyse des lacunes (gap analysis) à l’échelle de la Manche orientale. Elle a permis de montrer que le réseau d’AMP existant atteint les cibles de conservation calculées dans cette thèse et qu’il couvre 33% de la Manche orientale. Il faut toutefois noter que l’étude des possibles lacunes au niveau de la gestion des AMPs n’a pu être réalisée de façon approfondie car la majorité de ces AMPS ne possèdent pas encore de plan de gestion défini.Finalement, l’influence de l’intégration des activités humaines dans le processus de conception du réseau d’AMP a été explorée grâce à l’utilisation de données d’effort de pêche et de données de débarquements. De plus, d’autres informations sur le trafic maritime, les extractions de granulats marins et les potentielles zones d’éoliennes en mer ont été ajoutées pour prendre en compte la totalité des usages et réglementation qui génèrent des contraintes spatiales en Manche orientale. / The eastern English Channel is a significant economic area that supports a number of human-based activities, such as tourism and recreational activities, international ports and shipping, and the extraction of both living and mineral resources. In addition, the region supports a number of important marine biological features and large habitat diversity. Marine Protected Areas (MPAs) are increasingly used as a management tool to foster a sustainable exploitation of marine resources in an ecosystem based management framework. All European countries have a legal obligation to develop MPA networks in their national waters. However, there has to date been only limited attempts to coordinate the design and positioning of such networks at an international level and the use of a systematic conservation planning approach is now recommended. This process aims to propose a coherent MPA network, even in a trans-boundary context as in the eastern English Channel (EEC). The studies conducted in this thesis contribute to the scientific knowledge needed to support both anthropogenic activities and conservation objectives in the eastern English Channel.The representation of the whole biodiversity of the eastern English Channel is important in a context of an integrated conservation approach. With this objective, to complete the existing benthic typologies, a pelagic typology was produced and validated with various pelagic species distribution data to ensure that the total biodiversity of the eastern English Channel would be considered.Marxan and Zonation, two widely used conservation planning software packages that provide decision support for the design of reserve systems were compared in the MPA network design process in the EEC. It was found that Marxan was most suitable for subsequent analyses in this thesis because it found reasonably efficient and clear solutions to the problem of selecting a system of spatially cohesive sites that met a suite of biodiversity targets, and the results were easily interpretable.Then, as it is an essential step in a conservation planning approach, a gap analysis was realized at the scale of the EEC. The currently proposed network met conservation targets proposed in this thesis and was found to cover 33% of the EEC. However, a correct assessment of management gaps was not possible as a major part of these MPA do not have management rules yet.Finally, the influence of the human activity data on the MPA design process was studied using landings and fishing effort data. Other information on maritime traffic, aggregate extraction or offshore windmills zones, and on-going MPA projects were also added to consider the whole set of uses and regulations that generate spatial constraints in the eastern English Channel.

La croissance de l’urbanisation, par son importance et sa rapidité, pose des problèmes considérables dans beaucoup d’endroits du monde, en Asie du sud-est et notamment au Vietnam où le potentiel d’accroissement urbain est extrêmement fort. Au Vietnam, dans les grandes agglomérations de ce pays, le processus d’urbanisation est encadré dans des limites territoriales définies par l’Etat et collectivités locales. Mais il se fait en outre de façon spontanée en réponse aux besoins de nombreuses populations qui viennent de la campagne et travaillent dans les zones industrielles. Le problème de définition du périurbain à HCM Ville est abordé dans notre recherche de façon à tenir compte du contexte local mais surtout des enjeux théoriques que pose le périurbain en tant que phénomène sociogéographique. L’interrogation sur les liens d’interdépendance entre périurbanisation et modernité traverse nos réflexions. La recherche vise à comprendre comment émergent dans les zones périurbaines de nouvelles formes d’urbanité que l’homme tisse avec son milieu de vie et qui sont marquées par la modernité. Plus particulièrement, il s’agira d’examiner comment certains types d’habitats lient diverses catégories de population et diverses formes d’urbanité en milieu périurbain, afin de dégager la dimension sociale et culturelle de l’adaptation à la nouvelle situation et du développement durable. La thèse se concentrera sur trois types de population dans des types d’habitats différents, qui sont parmi les plus affectés par l’expérience de la confrontation à la modernité : les jeunes, les femmes et les personnes âgées. Notre approche géographique consiste à caractériser la zone périurbaine par les outils de télédétection, statistiques et cartographiques, et aussi au moyen de méthodes d’observation participante et d’entretiens approfondis, grâce auxquelles on peut voir comment les gens construisent leurs lieux et vie et leur donnent du sens. Ils font preuve d’adaptations personnelles importantes qui se traduisent par de nouvelles façons de vivre et de participer à l’émergence de nouveaux lieux d’urbanité. / Peri-urban areas, with their landscapes of closely mixed rural and urban activities represent a form of urbanization that is emerging a question on the traditional urban - rural duality. The suburban Hô Chi Minh-City ( HCM-City ) is dealt in our thesis in the local context taking into account the theoretical issues raised by this socio-geographical phenomenon. Three types of inhabitant were identified in our study and are characterized by their different way of living the suburban space in HCM-City. They participate in the construction of very revealing field interactions between the countryside and the city, between tradition and modernity. Representations and actions revealingthe modernity which is distancing itself from traditions, can affect all residents. However, they are more easily identifiable in certain population groups, more specifically those three which are the most affected by the experience of confrontation with modernity: women, youth and the elderly. Their social roles are more likely to be modified by the peri-urban context, which results in some aspects of lifestyle where high pressure to change the behavior of their daily life including their mobility is observed. The analysis of new livestyles both in their positive and negative aspects allows us to understand the changes that affect social relations, religious practices, the role of women and family conflict, mobility and behavior of youngand older people as well in the studied peri-urban areas. The analysis also shows that the geographic distribution of the three types of habitathas conditioned the emergence of a new tissue of socio- spatial relations in peri-urban areas of HCM-City.

La plasticité comportementale et les interactions entre organismes sont connues pour avoir une influence sur l’utilisation de l’espace, notamment la sélection de l’habitat de chasse. Dans l’Atlantique Nord-Est, les phoques gris et veaux marins vivent en sympatrie. Ces deux espèces sont réparties dans différentes colonies où les interactions entre organismes (liées à la taille de la colonie et à la présence simultanée ou non des deux espèces) ainsi que la disponibilité de l’habitat (et donc des proies) varient localement. L’objectif de cette thèse était d’étudier l’utilisation spatiale et la sélection d’habitat de chasse à l’échelle locale de ces deux espèces dans des situations contrastées de dynamique de colonies. Pour cela, plusieurs individus de différentes colonies situées en Irlande, en Écosse et en France ont été équipés de balises GPS/GSM. Les données récoltées ont permis de caractériser leurs trajets en mer ainsi que d’identifier les zones de chasse permettant par la suite la sélection d’habitat. Contrairement aux veaux marins, qui ont réalisé des déplacements restreints aux alentours des colonies, la plupart des phoques gris se sont déplacés entre différentes colonies. Ainsi, l’étude de la sélection d’habitat à l’échelle individuelle pour les individus se déplaçant entre différentes colonies a mis en évidence l’influence de la plasticité comportementale et suggéré celle de la personnalité de l’animal. A l’échelle de la colonie, chez les deux espèces, les résultats ont mis en évidence l’influence de la disponibilité de l’habitat (et indirectement de la disponibilité des proies) ainsi que des interactions intra-spécifiques (liée à l’effet de densité dépendance) sur l’utilisation spatiale et la sélection de l’habitat de chasse. Cependant, la sélection de l’habitat de chasse était principalement liée à la distance au reposoir et la bathymétrie. Ces deux paramètres sont liés aux caractères de chasseur à place centrale et benthique des phoques. Cette étude a également mis en évidence, pour les sites où les deux espèces étaient présentes, une certaine ségrégation spatiale et des différences de sélection d’habitat entre les deux espèces. / The behavioural plasticity and the interactions between organisms are known to influence foraging habitat selection and spatial usage. In the Northeast Atlantic, greyand harbour seals live in sympatry. These two species are spread into different colonies where interactions between organisms (linked to the colony size et and the presence of one or both species) and habitat availability (linked to the prey distribution) vary locally. The objective of this PhD was to study the spatial usage and foraging habitat selection of these two species at the local scale, in contrasted situations of population dynamics. Several individuals were tagged with GPS/GSM tags in different colonies located in Ireland, Scotland and France. Telemetry data was used to characterize the seals’ trips at sea and to identify their foraging areas in order to model foraging habitat selection. While harbour seals only performed trips restricted around their haulout sites, grey seals moved between colonies. Studying habitat selection at the individual scale, for individuals moving between colonies, highlighted the influence of behavioural plasticity and suggested the influence of individual personality. At the colony scale, for both species, results highlighted the influence of habitat availability (indirectly linked to prey availability) and intra-specific interactions (linked to density dependence effects) on spatial usage and foraging habitat selection. However, the foraging habitat selection was mainly explained by the distance from the last haulout and the bathymetry. These two parameters are linked to the central place forager and benthic feeder characteristics of the seals. Furthermore, this study also highlighted, for study sites where both species occur, a spatial segregation and differences in foraging habitat selection between grey and harbourseals.