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Aplicação de algoritmos de agrupamento para descoberta de padrões de defeito em software JavaScript / Application of clustering algorithms for discovering bug patterns in JavaScript softwareMacedo, Charles Mendes de 26 October 2018 (has links)
As aplicações desenvolvidas com a linguagem JavaScript, vêm aumentando a cada dia, não somente aquelas na web (client-side), como também as aplicações executadas no servidor (server-side) e em dispositivos móveis (mobile). Neste contexto, a existência de ferramentas para identicação de defeitos e code smells é fundamental, para auxiliar desenvolvedores durante a evoluçãp destas aplicações. A maioria dessas ferramentas utiliza uma lista de defeitos predenidos que são descobertos a partir da observação das melhores práticas de programação e a intuição do desenvolvedor. Para melhorar essas ferramentas, a descoberta automática de defeitos e code smells é importante, pois permite identicar quais ocorrem realmente na prática e de forma frequente. Uma ferramenta que implementa uma estratégia semiautomática para descobrir padrões de defeitos através de agrupamentos das mudanças realizadas no decorrer do desenvolvimento do projeto é a ferramenta BugAID. O objetivo deste trabalho é contribuir nessa ferramenta estendendo-a com melhorias na abordagem da extração de características, as quais são usadas pelos algoritmos de clusterização. O módulo estendido encarregado da extração de características é chamado de BugAIDExtract+ +. Além disso, neste trabalho é realizada uma avaliação de vários algoritmos de clusterização na descoberta dos padrõs de defeitos em software JavaScript / Applications developed with JavaScript language are increasing every day, not only for client-side, but also for server-side and for mobile devices. In this context, the existence of tools to identify faults is fundamental in order to assist developers during the evolution of their applications. Most of these tools use a list of predened faults that are discovered from the observation of the programming best practices and developer intuition. To improve these tools, the automatic discovery of faults and code smells is important because it allows to identify which ones actually occur in practice and frequently. A tool that implements a semiautomatic strategy for discovering bug patterns by grouping the changes made during the project development is the BugAID. The objective of this work is to contribute to the BugAID tool, extending this tool with improvements in the extraction of characteristics to be used by the clustering algorithm. The extended module that extracts the characteristics is called BE+. Additionally, an evaluation of the clustering algorithms used for discovering fault patterns in JavaScript software is performed
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Sítios de interação alternativos em receptores nucleares e sua viabilidade como alvos terapêuticos usando triagem computacional e experimental. / Targeting alternative ligand-binding sites in nuclear receptors using computational and experimental screening.Kronenberger, Thales 18 May 2017 (has links)
Receptores nucleares controlam a transcrição em células eucarióticas quando ativados por ligantes e, além do sítio de interação com ligantes, há outros sítios alternativos em sua superfície que podem ser alvo de compostos capazes de interferir com as interações proteína-proteína desativando o RN. A ativação do Receptor X de Pregnano (RXP) e do Receptor Constitutivo de Androstano (RCA) resulta na indução do metabolismo e efluxo de fármacos. Portanto, RXP/RCA sao responsáveis por causar reações adversas ou falhar terapias. Uma abordagem combinando a triagem experimental à nível cellular, em uma biblioteca de fármacos, e validação com ensaios in vitro e in silico, conseguimos identificar três novos antagonistas de RXP e cinco novos contra RCA, cada um com um perfil único de interação. / Nuclear receptors can control transcription in eukaryotic cells in a ligand-dependent manner and, besides the ligand-binding pocket there is evidence of the existence of alternative ligand-binding sites on the surface, which can be addressed by small organic molecules that disrupt specific protein-protein interactions and thereby may antagonise NR function. Activation of pregnane X receptor (PXR) and constitutive androstane receptor (CAR) results in the induction of first-pass metabolism and drug efflux. Hereby PXR/CAR may cause adverse drug reactions or therapeutic failure of drugs. Therefore, PXR and/or CAR antagonists can minimise adverse effects or improve therapeutic efficiencies. Combination of cellular high-throughput screen identified CAR and PXR potent antagonists in a library of approved and investigational drugs. Further validated by cellular and in vitro assays, as well as molecular docking, suggesting additional or exclusive binding outside the classical ligand binding pocket. In conclusion, we here have identified three approved drugs as novel potent PXR antagonists and five potential CAR inverse agonists with differential receptor interaction profiles.
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Minerador WEB: um estudo sobre mecanismos de descoberta de informações na WEB. / Minerador WEB: a study on mechanisms of discovery of information in the WEB.Toscano, Wagner 10 July 2003 (has links)
A Web (WWW - World Wide Web) possui uma grande quantidade e variedade de informações. Isso representa um grande atrativo para que as pessoas busquem alguma informação desejada na Web. Por outo lado, dessa grande quantidade de informações resulta o problema fundamental de como descobrir, de uma maneira eficaz, se a informação desejada está presente na Web e como chegar até ela. A existência de um conjunto de informações que não se permitem acessar com facilidade ou que o acesso é desprovido de ferramentas eficazes de busca da informção, inviabiliza sua utilização. Soma-se às dificuldades no processo de pesquisa, a falta de estrutura das informações da Web que dificulta a aplicação de processos na busca da informação. Neste trabalho é apresentado um estudo de técnicas alternativas de busca da informação, pela aplicação de diversos conceitos relacionados à recuperação da informação e à representação do conhecimento. Mais especificamente, os objetivos são analisar a eficiência resultante da utilização de técnicas complementares de busca da informação, em particular mecanismos de extração de informações a partir de trechos explícitos nos documentos HTML e o uso do método de Naive Bayes na classificação de sites, e analisar a eficácia de um processo de armazenamento de informações extraídas da Web numa base de conhecimento (descrita em lógica de primeira ordem) que, aliada a um conhecimento de fundo, permita respomder a consultas mais complexas que as possíveis por meio do uso de expressões baseadas em palavras-chave e conectivos lógicos. / The World Wide Web (Web) has a huge amount and a large diversity of informations. There is a big appeal to people navigate on the Web to search for a desired information. On the other hand, due to this huge amount of data, we are faced with the fundamental problems of how to discover and how to reach the desired information in a efficient way. If there is no efficient mechanisms to find informations, the use of the Web as a useful source of information becomes very restrictive. Another important problem to overcome is the lack of a regular structure of the information in the Web, making difficult the use of usual information search methods. In this work it is presented a study of alternative techniques for information search. Several concepts of information retrieval and knowledge representation are applied. A primary goal is to analyse the efficiency of information retrieval methods using analysis of extensional information and probabilistic methods like Naive Bayes to classify sites among a pre-defined classes of sites.Another goal is to design a logic based knowledhe base, in order to enable a user to apply more complex queries than queries based simply on expressions using keywouds and logical connectives
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Visualização como suporte à extração e exploração de regras de associação / Vusualization as support to the extraction and exploration of association rulesYamamoto, Claudio Haruo 17 April 2009 (has links)
Desde a definção do problema de obtenção de regras de associação, vários algoritmos eficientes foram introduzidos para tratá-lo. Entretanto, ainda hoje o problema apresenta várias dificuldades práticas para os mineradores, como a determinação de limiares adequados de suporte mínimo e confiança mínima, a manipulação de grandes conjuntos de regras, e a compreensão de regras (especialmente aquelas contendo muitos itens). Para tratar estes problemas, pesquisadores têm investigado a aplicação de técnicas interativas, sumarização (de conjuntos de regras) e representações visuais. Entretanto, nenhuma abordagem na qual os usuários podem entender e controlar o processo por meio da interação com o algoritmo analítico ao longo de sua execução foi introduzida. Neste trabalho, é introduzida uma abordagem interativa para extração e exploração de regras de associação que insere o usuário no processo por meio de: execução interativa do Apriori ; seleção interativa de itemsets freqüentes; extração de regras baseada em itemsets e orientada por agrupamentos de itemsets similares; e exploração de regras aos pares. Para validar a abordagem, foram realizados diversos estudos, apoiados pelo Sistema \'I IND.2\' E, com o objetivo de: comparar a abordagem interativa, sob diversos aspectos, com uma abordagem convencional de obtenção de regras de associação; avaliar o efeito de variar alguns parâmetros do processo nos resultados finais; e mostrar a aplicação dos recursos oferecidos em situações reais e com usuários reais. Os resultados indicam que a abordagem apresentada é adequada, tanto em cenários exploratórios quanto em cenários em que há um direcionamento inicial para o processo, à execução de certas tarefas de extração de regras de associação, pois: provém recursos capazes de evitar execuções inteiras do algoritmo antes que os resultados sejam analisados; gera conjuntos de regras mais compactos; preserva a cobertura de itemsets; favorece a reformulação de tarefas ou a formulação de novas tarefas; e provê meios para comparação visual de regras, aumentando o poder de análise do minerador / Since the definition of the association rule mining problem, many efficient algorithms have been introduced to deal with it. However, the problem still presents many practical difficulties to the miners, such as the determination of suitable minimum support and minimum confidence thresholds, manipulation of large rule sets, and comprehension of rules (specially those containing many items). In order to deal with these problems, researchers have been investigating the application of interactive techniques, sumarization (of rule sets) and visual representations. Nonetheless, no approach in which users can understand and control the process through interaction with the analytical algorithm along its execution has been introduced. We introduce an interactive approach to extract and explore association rules that inserts the user into the process through: interactive execution of the Apriori ; interactive selection of frequent itemsets; itemset-based and cluster-oriented extraction of rules; and pairwise exploration of rules. To validate the approach, several studies have been conducted, supported by the \'I IND.2\' E System, aiming at: comparing the interactive approach, under several aspects, with a conventional approach to obtain association rules; evaluate the effect of different execution parameters in the final results; and illustrate its application in real situations and with real users. Results of these studies indicate that the approach is adequate, both in exploratory scenarios and in scenarios in which there is an initial guidance for the process, to the execution of certain association rule extraction tasks, because: it provides resources to avoid complete algorithm executions before results are analyzed; generates more compact rule sets for exploration; preserves rule diversity; favors the reformulation of tasks; and provides support for rule comparison, enhancing analysis capability for miners
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Serviços Web Semânticos: da modelagem à composição / Semantic web services: from modeling to compositionPrazeres, Cássio Vinícius Serafim 31 July 2009 (has links)
A automação de tarefas como descoberta, composição e invocação de Serviços Web é um requisito importante para o sucesso da Web Semântica. Nos casos de insucesso na busca por um serviço, por não existir disponível um serviço completo que atenda plenamente a requisição do usuário, uma possibilidade de contorno é compor o serviço procurado a partir de elementos básicos que atendam parcialmente a requisição inicial e que se completem. A composição de Serviços Web pode ser realizada de forma manual ou de forma automática. Na composição manual, o desenvolvedor de Serviços Web pode tirar proveito da sua expertise sobre os serviços envolvidos na composição e sobre o resultado que se deseja alcançar. Esta tese aborda problemas e apresenta contribuições relacionadas ao processo de composição automática de Serviços Web. A composição automática de Serviços Web requer que os serviços sejam descritos e publicados de forma a modelar o conhecimento (semântica explícita) que o desenvolvedor utiliza para realizar a composição manual. A descoberta automática baseada nas descrições semânticas do serviço é também um passo crucial na direção da composição automática, pois é um estágio anterior necessário para a seleção dos serviços candidatos à composição. Trabalhos da área de pesquisa em Serviços Web Semânticos exploram a utilização dos padrões da Web Semântica para enriquecer, com semântica explícita, a descrição dos Serviços Web. O problema da composição automática de Serviços Web é tratado neste trabalho por meio de três linhas de investigação: modelagem dos Serviços Web Semânticos; descoberta automática de Serviços Web Semânticos; e composição automática de Serviços Web Semânticos. As contribuições desta tese incluem: a plataforma RALOWS para modelagem de aplicações Web como Serviços Web Semânticos, tendo como estudo de caso aplicações para realização de experimentos remotos; um algoritmo para descoberta automática de Serviços Web Semânticos; uma proposta baseada em grafos e caminhos de custo mínimo para prover composição automática de Serviços Web Semânticos; uma infra-estrutura e ferramentas de apoio à descrição, publicação, descoberta e composição de Serviços Web Semânticos / The automation of the discovery, composition and invocation of Web Services is an important step to the success of the Semantic Web. If no single Web Service satisfies the functionality required by one user, an alternative is to combine existing services that solve parts of the problem in order to reach a complete solution. Web Services composition can be achieved manually or automatically. When composing services manually, Web Service developers can take advantage of their expertise and knowledge about the composition services and the target service. This thesis addresses issues and presents contributions related to the process of automating Web Services composition. The automatic composition of Web services requires the description and publication of the services in order to model the necessary knowledge (explicit semantics) that the developer uses to perform the manual composition. The automatic Web Service discovery is a crucial step toward the automatic composition, because it is a previous stage necessary to the selection of composition service candidates. Semantic Web Services researches explore the use of the Semantic Web technologies to enrich the Web Services descriptions with explicit semantics. Three main lines of investigation are adopted in this thesis to explore the process of automatic composition of Web Services. They are the following: Semantic Web Services modeling; automatic discovery of Semantic Web Services; and automatic composition of Semantic Web Services. The main contributions of this thesis include: the RALOWS platform for modeling Web applications as Semantic Web Services; an algorithm for the automatic discovery of Semantic Web Services; a graph-based approach to the automatic composition of Semantic Web Services; and an infrastructure and tools to support the Semantic Web Services description, publishing, discovery and composition
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Técnicas de mineração de dados para análise de imagens / Data mining techniques for image analysisConsularo, Luís Augusto 26 September 2000 (has links)
Imagens codificadas por matrizes de intensidade são tipicamente representadas por grande quantidade de dados. Embora existam inúmeras abordagens para análise de imagens, o conhecimento sobre problemas específicos é raramente considerado. Este trabalho trata sobre problemas de análises de imagens cujas soluções dependem do conhecimento sobre os dados envolvidos na aplicação específica. Para isso, utiliza técnicas de mineração de dados para modelar as respostas humanas obtidas de experimentos psicofísicos. Dois problemas de análise de imagens são apresentados: (1) a análise de formas e (2) a análise pictórica. No primeiro problema (1), formas de neurônios da retina (neurônios ganglionares de gato) são segmentadas e seus contornos submetidos a uma calibração dos parâmetros de curvatura considerando a segmentação manual de um especialista. Outros descritores, tais como esqueletos multi-escalas são explorados para eventual uso e avaliação da abordagem. No segundo problema (2), a análise pictórica de imagens de home-pages serve para avaliar critérios estéticos a partir de medidas de complexidade, contraste e textura. O sistema generaliza as respostas por um experimento psicofísico realizados com humanos. Os resultados objetivos com as duas abordagens revelaram-se promissores, surpreendentes e com ampla aplicabilidade. / Images coded by intensity matrices typically involve large amount of data. Although image analysis approaches are diverse, knowledge about specific problems is rarely considered. This work is about image analysis problems whose solutions depend on the knowledge about the involved data. In order to do so data mining techniques are applied to model human response to psychophysical experiments. Two image analysis problems are addressed: (1) shape analysis; and (2) pictorial analysis. In the former, neuronal images (ganglion retinal cells of cat) are segmented and curvature parameters are calibrated to identify extremities and branches on the shape considering human segmentation as a reference. Descriptors such as multiscale skeletons are also explored for potential application or evaluations. In the second problem, a pictorial analysis of home-pages images feed an artificial aesthetics criteria evaluator based on complexity, contrast and texture features. The system models and generalizes the obtained human responses to psychophysical experiment. The results for these two approaches are promising, surprising and widely applicable.
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Detecção de outliers baseada em caminhada determinística do turista / Outlier detection based on deterministic tourist walkRodrigues, Rafael Delalibera 03 April 2018 (has links)
Detecção de outliers é uma tarefa fundamental para descoberta de conhecimento em mineração de dados. Cujo objetivo é identificar as amostras de dados que desviam acentuadamente dos padrões apresentados num conjunto de dados. Neste trabalho, apresentamos uma nova técnica de detecção de outliers baseada em caminhada determinística do turista. Especificamente um caminhante é iniciado para cada exemplar de dado, variando-se o tamanho da memória, assim, um exemplar recebe uma alta pontuação de outlier ao participar em poucos atratores, enquanto que receberá uma baixa pontuação no caso de participar numa grande quantidade de atratores. Os resultados experimentais em cenários artificiais e reais evidenciaram um bom desempenho do método proposto. Em comparação com os métodos clássicos, o método proposto apresenta as seguintes características salientes: 1) Identifica os outliers através da determinação de estruturas no espaço de dados ao invés de considerar apenas características físicas, como distância, similaridade e densidade. 2) É capaz de detectar outliers internos, situados em regiões entre dois ou mais agrupamentos. 3) Com a variação do valor de memória, os caminhantes conseguem extrair tanto características locais, quanto globais do conjunto de dados. 4) O método proposto é determinístico, não exigindo diversas execuções (em contraste às técnicas estocásticas). Além disso, neste trabalho caracterizamos, pela primeira vez, que as dinâmicas exibidas pela caminhada do turista podem gerar atratores complexos, com diversos cruzamentos. Sendo que estes podem revelar estruturas ainda mais detalhadas e consequentemente melhorar a detecção dos outliers. / Outlier detection is a fundamental task for knowledge discovery in data mining. It aims to detect data items that deviate from the general pattern of a given data set. In this work, we present a new outlier detection technique using tourist walks. Specifically, starting from each data sample and varying the memory size, a data sample gets a higher outlier score if it participates in few tourist walk attractors, while it gets a low score if it participates in a large number of attractors. Experimental results on artificial and real data sets show good performance of the proposed method. In comparison to classical methods, the proposed one shows the following salient features: 1) It finds out outliers by identifying the structure of the input data set instead of considering only physical features, such as distance, similarity or density. 2) It can detect not only external outliers as classical methods do, but also internal outliers staying among various normal data groups. 3) By varying the memory size, the tourist walks can characterize both local and global structures of the data set. 4) The proposed method is a deterministic technique. Therefore, only one run is sufficient, in contrast to stochastic techniques, which require many runs. Moreover, in this work, we find, for the first time, that tourist walks can generate complex attractors in various crossing shapes. Such complex attractors reveal data structures in more details. Consequently, it can improve the outlier detection.
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Short selling recall option pricing: empirical and theoretical approaches / Precificação da opção de recompra nas operações de venda descoberta: abordagem empírica e teóricaAlmeida, Leonardo Viana de 01 September 2016 (has links)
Short selling is important for price efficiency as it helps negative information to be incorporated into prices. As short selling requires borrowing stock in advance, the equity lending market plays a central role in price efficiency. For instance, when the costs of borrowing certain equities are high, these stocks are likely to be overpriced. Unfortunately, not much is known about the equity lending market, particularly the Brazilian market. Here, we have investigated a particular feature of the equity lending contract, namely, the lender recall option. Lending contracts either i) allow the lender to recall the stock at an earlier date than initially agreed, or ii) allow no early recall, that is, they are fixed term contracts. We have derived a simple model for recall option pricing and confirmed the model empirically / A venda descoberta desempenha uma importante participação na eficiência da precificação de ativos, pois permite incorporar informações negativas aos seus preços. Como a venda descoberta requer que um ativo seja alugado previamente, o mercado de aluguel de ativos tem um papel central na formação eficiente de preços. Por exemplo, quando os custos de aluguel são altos, ativos estão provavelmente sobrevalorizados. Infelizmente pouco se conhece a fundo sobre o mercado de aluguel de ativos. Neste artigo, investigamos uma característica do aluguel de ações, propriamente dita, a opção de liquidação antecipada pelo doador. Contratos de aluguel, quanto a este aspecto, podem i) permitir que o doador requeira suas ações antes do prazo acordado ou ii) não permitir esta opção, possuindo prazo fixo. Derivamos um modelo simples de precificação desta opção e confirmamos o modelo empiricamente
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Geração de \"Etiquetas de sequências expressas\" dirigidas para porções codificadoras dos genes (Orestes): identificação de novos genes humanos expressos em câncer de mama / Generation of \"Expressed sequence labels\" directed to coding portions of genes (Ores): identification of new human genes expressed in breast cancerCorrêa, Ricardo Garcia 16 February 2001 (has links)
Etiquetas de sequências expressas (ESTs) são fundamentais para a identificação de genes no genoma humano e para definir características de expressão gênica. Neste trabalho, descrevemos uma nova abordagem para a geração de bibliotecas de cDNA, utilizando iniciadores arbitrários para a produção, por PCR, de mini-bibliotecas a partir de mRNA derivado de câncer de mama. Clones destas bibliotecas foram sequenciadas para gerar 6029 ESTs. Utilizando esta abordagem, foi possível observar uma significante normalização das diferentes sub-populações de mRNA e amplificação preferencial de porções centrais dos genes. Análise bioinformática destas sequências mostra que 3.350 ESTs (56%) tem similaridade significante a sequências de DNA e/ou cDNA já conhecidas (sequências anotadas) descritas em diferentes organismos, e 1509 ESTs (25%) não possuem qualquer similaridade a diferentes bancos de dados. Dentre as sequências anotadas, identificamos algumas sequências com alta similaridade a genes conhecidos em diferentes organismos, indicando a descoberta de alguns genes homólogos possivelmente envolvidos com processos carcinogênicos. Como exemplo, isolamos e caracterizamos parcialmente (i) uma nova isoforma do gene NABC1 (novel amplified sequence in breast carcinoma 1), o qual é pouco expresso em tumores coloretais, (ii) um novo gene da família de semaforinas (moléculas de motilidade axonal) que apresenta uma baixa expressão em linhagens celulares de glioblastoma tratadas com ácido retinóico, um agente antitumoral e (iii) o gene ortólogo humano Notch 2, aparentemente superexpresso em tumores mamários com maior malignidade. / Expressed sequence tags (ESTs) are of fundamental importance for the identification of genes within the human genome and defining gene expression characteristics. In this work, we describe a new approach for generating cDNA libraries using essentially arbitrary primers to construct PCR-based minilibraries from breast tumor mRNA. Clones from these libraries were sequenced to generate 6,029 ESTs. Using this approach, we were able to observe a significant normalization of the different mRNA subpopulations and a preferential amplification of the central portions of the genes. Bioinformatic analysis of these sequences shows that 3,350 ESTs (56%) have significant similarity to known DNA and/or cDNA sequences (annotated sequences) from different organisms and 1,509 ESTs (25%) show no similarity to any sequences on different databases. From the annotated sequences, we have identified some sequences with high similarity to known genes from different organisms, indicating the discovery of some homologous genes possibly correlated with carcinogenic processes. For instance, we have isolated and partially characterized (i) a new NABC1 (novel amplified sequence in breast carcinoma 1) isoform which is downregulated in colorectal tumors, (ii) a novel semaphorin member of axon guidance molecules that is down-regulated in glioblastoma cell lines treated with all-trans-retinoic acid, an anti-tumor agent and (iii) the ortolog Notch 2 human gene, apparenty overexpressed in breast tumors with higher malignancy.
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Valida??o da enzima di-hidroneopterina aldolase (EC 4.1.2.25) de Mycobacterium tuberculosis como alvo molecular para o desenvolvimento de f?rmacos antituberculoseFalc?o, Virg?nia Carla de Almeida 30 March 2017 (has links)
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Previous issue date: 2017-03-30 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul (FAPERGS) / Tuberculosis (TB) has become the leading global cause of death from infectious
diseases. In 2015, according to WHO, 10.4 million new cases of tuberculosis worldwide have
emerged. Currently the commonly used treatments are not effective against the forms of disease
resistant to the most effective anti-TB drugs, and drugs with new mechanisms of action are
needed. Mycobacterium tuberculosis dihydroneopterin aldolase (MtDHNA /FolB) is a folate
enzyme encoded by the folB gene, which has important properties that make it a potential target
for the synthesis of new antimicrobial agents. As a first step for target validation in the
antimicrobial drug development pipeline, it is important to prove that the gene encoding a
putative target is essential for pathogen?s viability. In this study, using site directed
mutagenesis, biochemical analyzes and gene knockout experiments, we demonstrated that the
folB gene is essential for the survival of Mtb, and furthermore we prove that this essentiality
depends on the aldolase/epimerase activities of the MtFolB protein. The wild-type gene (wt)
and the point mutants K99A and Y54F were cloned and expressed, and the corresponding
recombinant proteins were purified and monitored for the activities of aldolase, epimerase and
oxygenase using HPLC. In contrast to the wild-type MtFolB (wt) enzyme, both mutants had
neither aldolase nor epimerase activities under the conditions tested. The Y54F mutant
maintained oxygenase activity, whereas for the K99A mutant it was possible to detect
oxygenase activity only in the presence of HP and GA as substrates. Knockout experiments
showed that the folB gene is essential for the survival of Mtb under the conditions tested.
However, unlike the wild-type copy, when the sequences encoding the K99A or Y54F mutants
were used for complementation, no viable colonies were obtained, indicating that these point
mutants could not rescue the cells after the folB knockout. These results indicate that aldolase
and/or epimerase activities are crucial for the survival of Mtb. The construction of
Mycobacterium tuberculosis folB-GFP fusion (Mtb) strains containing wild-type folB gene
sequence or a deleted C-terminal mutant (folB?C), devoid of the sequence presumably
necessary for anchoring the enzyme within nanocage compartments, were performed and
together with other cell biology methods described in this work will be used for a better
understanding of MtDHNA/FolB cellular functions and for the validation of this enzyme as a
therapeutic target. / A tuberculose (TB) tornou-se a principal causa mundial de morte por doen?as infecciosas. Em
2015, de acordo com a OMS, surgiram 10,4 milh?es de novos casos de tuberculose no mundo.
Atualmente os tratamentos comumente utilizados n?o s?o eficientes contra as formas da doen?a
resistentes aos f?rmacos anti-TB mais eficazes, sendo necess?rios f?rmacos com novos
mecanismos de a??o. A di-hidroneopterina aldolase de Mycobacterium tuberculosis
(MtDHNA/FolB) ? uma enzima da via do folato, codificada pelo gene folB, que apresenta
caracter?sticas importantes que a tornam um potencial alvo para s?ntese de novos agentes
antimicrobianos. Neste estudo, por meio de mutag?nese s?tio-direcionada, an?lises bioqu?micas
e experimentos de nocaute g?nico, demostramos que o gene folB ? essencial para a
sobreviv?ncia de Mtb, e al?m disso provamos que essa essencialidade depende das atividades
de aldolase/epimerase da prote?na MtFolB. O gene do tipo selvagem (wt) e os mutantes pontuais
K99A e Y54F foram clonados e expressos, e as prote?nas recombinantes correspondentes foram
purificadas e monitoradas para as atividades de aldolase, epimerase e oxigenase utilizando
HPLC. Em contraste com a enzima MtFolB selvagem (wt), ambas as mutantes n?o
apresentaram atividade de aldolase nem de epimerase nas condi??es testadas. A mutante Y54F
manteve a atividade da oxigenase, enquanto que para a mutante K99A foi poss?vel detectar a
atividade de oxigenase apenas na presen?a de HP e GA como substratos. Os experimentos de
nocaute mostraram que o gene folB ? essencial para a sobreviv?ncia de Mtb sob as condi??es
testadas. Entretanto, diferentemente da c?pia selvagem, quando as sequ?ncias que codificam os
mutantes K99A ou Y54F foram utilizadas para complementa??o, n?o foram obtidas col?nias
vi?veis, indicando que estes mutantes pontuais n?o poderiam resgatar as c?lulas ap?s o nocaute
do gene folB. Esses resultados indicam que as atividades de aldolase e/ou epimerase s?o cruciais
para a sobreviv?ncia de Mtb. A constru??o de cepas com fus?o folB-GFP de Mycobacterium
tuberculosis (Mtb) que cont?m a sequ?ncia do tipo selvagem do gene folB ou um mutante com
o C-terminal deletado (folB?C), desprovida da sequ?ncia supostamente necess?ria para a
ancoragem da enzima dentro dos compartimentos de nanocargas, foram realizadas e juntamente
com outros m?todos de biologia celular descritos neste trabalho tamb?m poder?o ser utilizados
para um melhor entendimento das fun??es celulares apresentadas por MtDHNA/FolB e para
valida??o dessa enzima como potencial alvo terap?utico.
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