Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal. / Pour respecter les droits d'auteur, la version électronique de cette thèse ou ce mémoire a été dépouillée, le cas échéant, de ses documents visuels et audio-visuels. La version intégrale de la thèse ou du mémoire a été déposée au Service de la gestion des documents et des archives de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Ce travail de thèse se donne pour objectif d’analyser des pratiques interactionnelles de réunions professionnelles en interrelation avec les technologies. La webconférence est un système de réunion à la convergence de l’audioconférence et d’un support web permettant de gérer la réunion, de chatter, de partager des applications, un écran, des présentations ou des documents. En nous appuyant sur une collection d’enregistrements audiovisuels de situations réelles d’usage de webconférences, nous analysons comment les participants tiennent compte des spécificités de l’environnement sociotechnique et mobilisent les ressources (verbales, non-verbales, artefactuelles) dans l’organisation située de leurs actions.Nous traitons l’organisation transitionnelle complexe de l’entrée en réunion à l’ouverture de la séance. Nous montrons comment des séquences spécifiques reconfigurent les ouvertures des réunions et nous interrogeons les spécificités des cadres de participation qui émergent dans ces dispositifs. La mise en relation des personnes par webconférence ou audioconférence se produit sur le modèle de l’entrée et non plus sur celui de la sommation qui distribue les identités d’appelant et d’appelé dans les appels dyadiques. C’est d’abord le répertoire de pratiques pour « entrer en réunion » qui fait l’objet de notre analyse. Nous examinons ensuite la paire relationnelle standardisée participant/modérateur vers laquelle les membres s’orientent pour organiser la parole à l’entrée. Enfin, nous étudions les procédures systématiques et multimodales pour retarder le début de l’activité (la pré-réunion) et pour accomplir une transition vers l’activité de réunion. / This research aims at analyzing members’ interactional procedures interrelated with technology in professional distant work meetings. Webconference is a kind of audioconference system enhanced by web features allowing the users to manage the gathering, to chat, and to share screen, presentation, documents or applications. Based on video recordings of naturally occurring webconferences in work setting, the thesis analyzes how members take into account the specificities of the sociotechnical environment and mobilize verbal, nonverbal, and artefactual resources in order to accomplish situated actions. The study analyzes the complex transitional accomplishment of entering the meeting when opening the session. I examine how specific sequences reconfigure the way a meeting is opened and how the frame participation emerges in this specific distant setting. Opening and sustaining social relations in webconferences (and audioconferences as well) are not produced anymore within the model of a dyadic telephone call, where the ring produces a summons which makes relevant the standardized relational pair caller/called and organizes the call. Webconference is based on the model of the entrance. I analyze the repertoire of practices used by members to achieve the entrance into the meeting. I examine how a new standardized relational pair participant/moderator is made relevant to achieve and organize talk. At last I study systematic and multimodal procedures to delay the start of the meeting (pre-meeting) and to achieve a transition toward its beginning.

Les adénovirus sont des virus non enveloppés. Afin de pouvoir se répliquer ils doivent entrer dans leur cellule hôte et être transportés jusqu’au noyau pour pouvoir initier l’expression du génome viral. Pour ce faire le virus utilise les composants de sa capside. Parmi ses composants, la protéine VI, une protéine interne de capside, induit la rupture de l’endosome grâce à son hélice amphipatique en N-terminal de la protéine. Récemment, une autre fonction de cette protéine a été décrite durant l’entrée du virus, impliquant cette fois-ci le motif conservé PPxY de la protéine VI. En effet la mutation de ce motif conservé : mutant M1 (PPxYPGAA), diminue de 20 fois l’infection du virus par rapport au virus sauvage. Cette baisse d’infectiosité est liée à un défaut de transport et d’accumulation du virus au niveau du centre organisateur des microtubules (MTOC). Il se trouve que la mutation du motif PPxY conduit à une perte d’interaction de la protéine VI avec les ubiquitines ligase de la famille Nedd4, mais également à un défaut d’ubiquitylation de la protéine VI. Nous avons ainsi entrepris d’étudier le rôle de cette modification post-traductionnelle lors de l’entrée du virus dans la cellule, mais aussi, de manière plus générale, le rôle de la protéine VI. Ainsi nous avons mis en évidence le rôle de la protéine VI et de son motif PPxY dans l’activation du génome viral. Par ailleurs, nous avons identifié une lysine ubiquitylée de la protéine VI et produit un mutant : mutant M6, pour étudier le rôle de cette ubiquitylation. Nous avons enfin entrepris de caractériser l’entrée du virus en produisant et en utilisant des adénovirus mutants, dont le nouveau mutant M6 / Adenoviruses are non-enveloped viruses. In order to replicate they have to enter their host cell and be transported toward the nucleus to initiate the viral gene expression. This requires the involvement of viral capsids components. Among these components, protein VI, an inner capsid protein, can induce endosomal rupture, thanks to its amphipathic helix located at the N-terminus part of the protein. Recently, the involvement of a conserved PPxY motif in the Protein VI has also been described in viral entry. Indeed, mutation of this motif (PPxY  PGAA) reduced infectivity of the mutant virus (M1 mutant) 20 folds compared to the wild type virus. This reduction of infectivity is related to a defect of transport and accumulation of viruses at the microtubule organizing center (MTOC) during virus entry. The mutation of PPxY motif leads to a loss of interaction between the protein VI and ubiquitin ligases from the Nedd4 family, and to a lack of protein VI ubiquitylation. The aim of this study was therefore to investigate the role of this posttranslational modification during virus entry, but also more generally the role of protein VI. In this work, we highlight the role of protein VI and its PPxY motif in the activation of the viral genome. Moreover, to investigate the ubiquitylation during virus entry we identify a lysine mutant of protein VI that lack ubiquitylation without altering the potential for interaction with ubiquitin ligases: the mutant M6. We then proceed to characterize the entry of the virus by producing and using mutant viruses, including this new mutant.

Les alphavirus sont un groupe de virus enveloppés à ARN simple brin positif retrouvés sur la totalité du globe et responsables de nombreuses maladies humaines et animales. Durant la dernière décennie, une réémergence du virus du chikungunya (CHIKV) a été observée causant de nombreuses épidémies sur tous les continents. Malgré les nombreuses études, les mécanismes moléculaires de réplication du CHIKV et les interactions hôte-virus restent peu caractérisées. L’objectif de mon travail était de mieux comprendre et caractériser l’entrée du virus du chikungunya et les facteurs de l’hôte impliqués dans la réplication chez les mammifères. Plusieurs approches distinctes ont été utilisées dans ce projet. Dans un premier temps, nous avons mis en avant une diminution de l’infection du CHIKV après un traitement avec du fer sous forme de citrate d’ammonium ferrique et nous avons étudié le rôle potentiel dans l’entrée virale de NRAMP2 et TFRC, deux protéines impliquées dans le transport cellulaire du fer et connus comme récepteurs d’entrée de plusieurs virus. D’autre part, nous nous sommes intéressés à deux autres protéines, CD46 et TM9SF2, identifiés à travers un criblage par ARNi réalisé en collaboration, dans le but de déterminer si elles sont utilisées comme facteurs d’entrée par le virus du chikungunya. Dans un dernier axe, nous avons mis en place et réaliser un criblage perte de fonction sur le génome entier en utilisant la technologie CRISPR/Cas9 afin d’identifier des facteurs de l’hôte importants pour l’entrée du CHIKV, sa réplication ou la mort viro-induite. Bien qu’il soit apparu que l’approche utilisée pour le criblage devrait être optimisée, nous avons pu identifier des candidats potentiellement nécessaires pour l’infection par le CHIKV. Ces candidats sont testés individuellement afin de confirmer leur implication dans la biologie du virus / Alphaviruses are a group of enveloped, positive-sense RNA viruses which are distributed almost worldwide and are responsible for a considerable number of human and animal diseases. Among these viruses, the Chikungunya virus (CHIKV) has recently re-emerged and caused several outbreaks on all continents in the past decade. Despite many studies, molecular mechanisms of chikungunya virus replication and virus-host interactions remain poorly understood. The aim of my project was to better understand and characterize the CHIKV entry and the host factors involved during replication steps in mammals. Several different approaches have been used in this work. As a first step, we have demonstrated a decrease of CHIKV infection after iron treatment in form of ferric ammonium citrate and we have studied the potential role in viral entry of NRAMP2 and TFRC, two proteins involved in iron transport and known receptors for other viruses. On the other hand, we have also focused on two proteins, CD46 and TM9SF2, identified through an RNAi screen in collaboration, in order to determine if they are required as entry factors for chikungunya virus. In a last axis, we have set up and carried out a genome-wide loss of function screen with the CRISPR/Cas9 technology in order to identify host factors important for chikungunya virus entry, replication or virus-induced cell death. Although it appears that screen conditions should be optimized, we have identified potential candidates required for CHIKV infection and we are currently testing them

Les quatre étapes principales d'infection des bactéries par leurs virus sont (i) la reconnaissance spécifique de la cellule hôte et l'entrée du génome dans le cytoplasme,(ii) la réplication du génome viral, (iii) l'assemblage des particules virales, et (iv) leur relâchement, menant dans la plupart des cas à la lyse de la cellule. Bien que la description des étapes individuelles du cycle viral a été relativement bien établie, les détails de comment d'ADN viral chemine du virion jusqu’au cytoplasme de la bactérie hôte et de comment l'environnement cellulaire participe au processus restent mal compris.La première étape de l’infection est la reconnaissance d’un récepteur à la surface de la bactérie hôte par la machinerie d’adsorption du phage. Les barrières que l’agent infectieux doit franchir par la suite sont la membrane externe de la bactérie Gram-negative, la paroi cellulaire et la membrane cytoplasmique. Ceci implique une dégradation localisée de la paroi et le cheminement de l’ADN à travers un pore dans la membrane. L‘ADN linéaire se circularise normalement dans le cytoplasme et il est répliqué par la suite. On a utilisé le bactériophage SPP1 qui infecte la bactérie Gram-positive Bacillus subtilis comme modèle d’étude pour disséquer ces différentes étapes clés pour le démarrage de l’infection virale. Dans ce travail de thèse les conditions d’infection et d’acquisition de données pour suivre en temps réel la dépolarisation de la membrane cellulaire de B. subtilis lors de l’infection par SPP1 ont été mis au point. Il est montré que le démarrage de l’infection déclenche une dépolarisation très rapide de la membrane cytoplasmique.Le potentiel de membrane n’est plus rétablit pendant toute la durée du cycle d'infection. Ce changement du potentiel de membrane au début de l’infection dépend de la présence du récepteur YueB. L’amplitude de la dépolarisation dépend du nombre de particules virales infectieuses présentes et de la concentration du récepteur YueB à la surface de la bactérie hôte. L’interaction du phage avec le récepteur YueB conduit à l’interaction irréversible et à l'éjection de l’ADN de SPP1. Pour établir si c’est l’interaction avec YueB ou le début de l’entrée de l’ADN qui conduit à la dépolarisation de la membrane on a utilisé des phages SPP1 éclates par EDTA qui adsorbent normalement à B. subtilis mais qui n’avaient plus leur ADN. Les résultats obtenus ont montré que la dépolarisation requiert l’interaction du virus intacte avec le récepteur YueB. Des concentrations sous-millimolaire de Ca2+ sont nécessaires et suffisantes pour SPP1 liaison réversible à l'enveloppe d'hôte et donc de déclencher la dépolarisation.La cinétique d’entrée de l’ADN du bactériophage SPP1 dans la bactérie Bacillus subtilis a été suivie en temps réel par microscopie de fluorescence. On a mis au point une méthode de microscopie pour visualiser des particules virales marquées avec des «quantum dots» ce qui permit de démontrer que ces particules se fixent préférentiellement aux pôles des bacilli. L’immuno-marquage du récepteur de SPP1,la protéine YueB, a montré que celle-ci a une organisation ponctuée à la surface de B.subtilis et se concentre particulièrement aux extrémités de la bactérie. Cette localisation particulière du phage sur la surface de la cellule hôte corrèle avec l’observation que l’ADN viral rentre dans le cytoplasme (<2 min) et se réplique dans des foci situés dans la plupart des cas à proximité des pôles de B. subtilis. L’étude spatio-temporelle de l’interaction de SPP1 avec son hôte Gram-positive montre que le virus cible des régions spécifiques de la bactérie pour son entrée et pour sa réplication. Transfert d'ADN dans le cytoplasme dépend des concentrations millimolaires de Ca2+. Un modèle décrivant les événements précoces de l'infection bactériophage SPP1 est présenté. / The four main steps of bacterial viruses (bacteriophages) lytic infection are (i) specific recognition and genome entry into the host bacterium, (ii) replication of the viral genome, (iii) assembly of viral particles, and (iv) their release, leading in most cases to cell lysis. Although the course of individual steps of the viral infection cycle has been relatively well established, the details of how viral DNA transits from the virion to the host cytoplasm and of how the cellular environment catalyzes and possibly organizes the entire process remain poorly understood.Tailed bacteriophages are by far the most abundant viruses that infect Eubacteria. The first event in their infection is recognition of a receptor on the surface of host bacterium by the phage adsorption machinery. The barriers that the infectious particle overcomes subsequently are the cell wall and the cytoplasmic membrane of bacteria. This implies a localized degradation of the wall and the flow of its double stranded DNA (dsDNA) through a hydrophilic pore in the membrane. The lineards DNA molecule is most frequently circularized in the cytoplasm followed by its replication. In this study we used bacteriophage SPP1 that infects the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis as a model system to dissect the different steps leading to transfer of the phage genome from the viral capsid to the host cell cytoplasm.normally to B. subtilis but do not trigger depolarization of the CM. Attachment of intact SPP1 particles is thus required for phage-induced depolarization.The beginning of B. subtilis infection by bacteriophage SPP1 was followed inspace and time. The position of SPP1 binding at the cell surface was imaged by fluorescence microscopy using virus particles labeled with "quantum dots". We found that SPP1 reversible adsorption occurs preferentially at the cell poles. This initial binding facilitates irreversible adsorption to the SPP1 phage receptor protein YueB,which is encoded by a putative type VII secretion system gene cluster.Immunostaining and YueB – GFP fusion showed that the phage receptor protein YueB is found over the entire cell surface. It concentrates at the bacterial poles too,and displays a punctate distribution over the sidewalls. The dynamics of SPP1 DNA entry and replication was visualised in real time by assaying specific binding of a fluorescent protein to tandem sequences present in the SPP1 genome. During infection, most of the infecting phages DNA entered and replicated near the bacterial poles in a defined focus. Therefore, SPP1 assembles a replication factory at a specific location in the host cell cytoplasm. DNA delivery to the cytoplasm depends on millimolar concentrations of Ca2+ allowing uncoupling it from the precedent steps of SPP1 adsorption to the cell envelope and CM depolarization that require only micromolar amounts of this divalent cation. A model describing the early events of bacteriophage SPP1 infection is presented.

Cette thèse est centrée sur le couplage entre les phénomènes d’écoulement, d’ablation et de rayonnement au voisinage du point d’arrêt de véhicules d’entrée atmosphérique pourvus d’un système de protection thermique de type carbonephénolique. La recherche est divisée en trois parties : 1) le développement de méthodes numériques et d’outils pour la simulation d’écoulements hypersoniques hors équilibre autour de corps émoussés, 2) la mise en oeuvre d’un nouveau modèle de transport du rayonnement hors équilibre dans ces écoulements, y compris dans les couches limites contaminées par les produits d’ablation, et 3) l’application de ces outils à des conditions réelles de vol.Les effets du couplage entre l’ablation et le rayonnement sont étudiés pour les rentrées terrestres. Il est démontré que les produits d’ablation dans la couche limite peuvent augmenter le blocage radiatif à la surface du véhicule. Pour les conditions de flux maximum d’Apollo 4, les effets de couplage entre le rayonnement et l’ablation réduisent le flux conductif de 35%. L’accord avec les données radiométriques est excellent, ce qui valide partiellement la méthode de couplage et la base de données radiatives. L’importance d’une modélisation précise du soufflage du carbone dans la couche limite est également établie. / This thesis focuses on the coupling between flow, ablation, and radiation phenomena encountered in the stagnation region of atmospheric entry vehicles with carbon-phenolic thermal protection systems. The research is divided into three parts : 1) development of numerical methods and tools for the simulation of hypersonic, non equilibrium flows over blunt bodies, 2) implementation of a new radiation transport model for calculating nonequilibrium radiative heat transfer in atmospheric entry flows, including ablation contominated boundary layers, and 3) application of these tools to study real flight conditions.The effects of coupled ablation and radiation are studied for Earth entries. It’s shown that ablation products in the boundary layer can increase the radiation blockage to the surface of the vehicle. An analysis of the Apollo 4 peak heating condition shows coupled radiation and ablation effects reduce the conducted heat flux by as much as 35% for a fixed wall temperature of 2500 K. Comparison with the radiometer data shows excellent agreement, partially validating the coupling methodology and radiation database. The importance of accurately modeling the amount of carbon blown into the boundary layer is demonstrated by contrasting the results of other researchers.

Parmi les méthodes de diagnostic de défauts issue de l'automatique, la méthode des filtres résiduels permet de synthétiser des filtres générant des signaux (dits résidus) qui sont utilisés à des ns de détection de défauts. Dans notre approche, les filtres résiduels sont obtenus à partir d'observateurs réduits. L'objectif decette thèse est de synthétiser des observateurs et de mettre en évidence leur application à la détection de défauts pour les systèmes non linéaires. Ce mémoire est réparti en deux parties. Dans la première partie, deux contributions ont été présentées. La première concerne les observateurs à entrées inconnues pour les systèmes affines en l'état modulo une injection de sortie. L'approche proposée est une combinaison des techniques de découplage géométrique et des observateurs non linéaires. Des conditions suffisantes ont été données accompagnées d'un algorithme permettant de concevoir un observateur à entrées inconnues permettant d'estimer une partie de l'état indépendamment de la connaissance de certaines entrées. La deuxième contribution consiste à caractériser la classe des systèmes non linéaires qui se transforment en des systèmes en cascade pour lesquels un observateur peut être conçu. Tout d'abord, des conditions nécessaires et suffisantes théoriques ont été données, ensuite un algorithme permettant de calculer ces transformations (diéomorphismes) a été proposé. Enfin, l'ensemble de tous ces difféomorphismes a été caractérisé en montrant que ce dernier est une orbite d'une action d'un groupe particulier sur l'ensemble de tous les difféomorphismes. La deuxième partie de cette thèse concerne la synthèse d'un filtre polytopique Linéaires à Paramètres Variants (LPV) permettant de détecter, isoler et estimer de multiples défauts capteur. L'avantage de ce filtre est de générer deux types de résidus : l'un étant sensible aux défauts et l'autre insensible. Le résidu insensible est utilisé pour fournir une information qualitative supplémentaire de l'efficacité du filtre. La stabilité de ce dernier est analysée au moyen d'Inégalités Matricielles Linéaires (LMI) / Among the faults diagnosis methods, the method of residual filters allows to synthesize filters generating signals ( called residues) that are used for fault detection. In our approach, the residual filters are obtained from reduced observers. The objective of this thesis is to synthesize observers and highlight their application to fault detection for nonlinear systems. This thesis is divided into two parts. In the first part, two papers were presented. The rst one relates to the unknown input observers for state ane systems modulo an output injection. The proposed approach is a combination of geometric decoupling techniques and nonlinear observers. We have given sufficient conditions with an algorithm for designing an unknown input observer to estimate a part of the state without the knowledge of some inputs. The second contribution consists to characterize the class of nonlinear systems which can be transformed into cascade systems for which an observer can be designed. First, necessary and sufficient theoretical conditions were given, then an algorithm to compute these transformations (diffeomorphisms) was proposed. Finally, the set of all dieomorphisms was characterized by showing that it is an orbit of an action of a particular group on the set of all dieomorphisms. The second step of the thesis deals with the synthesis of a polytopic Linear Parameter-Varying (LPV) filter to detect, isolate and estimate multiple sensor faults. The advantage of this lter is to generate two types of residuals : one being sensitive to faults and the other is insensitive. The insensitive residual is used to generate an additional qualitative information of the filter efficiency. The stability of the latter has been performed using Linear Matrix Inequality (LMI)

Les systèmes multi-agents sont des systèmes dans lesquels des entités logiciellesappelées agents interagissent de façon autonome dans des environnements partagés. Ces dernièresannées, de nombreuses recherches sur les organisations multi-agents ont été menées etdivers modèles organisationnels ont été proposés. Cependant, ils n’offrent pas de solution pourune gestion effective de la problématique d’ouverture dans des organisations multi-agents normatives.Dans cette thèse, nous nous sommes intéressées à l’étude de cette problématique etdonc à la spécification des besoins relatifs à la mise en oeuvre de l’ouverture au sein d’organisationmulti-agent. Nous avons ainsi identifié trois propriétés caractéristiques de cette problématique: l’interopérabilité d’une organisation avec son environnement extérieur et interne, lagestion des entrées / sorties et la gestion du contrôle et de la régulation des agents. Pour répondreà ces propriétés, nous avons proposé un langage de modélisation d’organisation (OML)MOISE qui est une extension de Moise+. MOISE permet de spécifier de façon explicite lesprocessus d’entrée / sortie dans une organisation et notamment les exigences relatives auxmissions, buts, et rôles de l’organisation. Nous avons également proposé une infrastructure degestion d’organisation (OMI) ORA4MAS qui s’inspire du méta-modèle Agents et Artifacts(A&A). Nous avons défini le concept d’artefact organisationnel pour implémenter les fonctionnalitéscorrespondant aux spécifications du langage MOISE. Nos propositions ont été illustréesavec une spécification d’organisation de gestion de la construction d’un édifice. La miseen oeuvre des propriétés d’ouverture a été expérimentée avec la gestion des processus d’entrée/ sortie des agents, la négociation des clauses de contrat, la coordination des coopérations desagents à la réalisation des buts de construction d’un édifice, le contrôle des comportements desagents relativement aux normes de l’organisation ainsi que leur régulation. / Multi-Agent Technology concerns the development of decentralized and open systemscomposed of different agents interacting in a shared environment. In recent years, organizationhas become an important in this research field. Many models have been, and are still,proposed. While no concensual model emerges of these different works, it appears that theyall lack the ability to build open and normative organizations in the sense of management ofentry / exit of agents into organization but also decentralized control / regulation of the autonomyof the agents. In this thesis, our objective consists in the definition of a new modeladdressing these requirements. Ours reseaches allow us to extend theMOISE+ organizationalmodeling language (OML) in a new version namming MOISE. In this one we define an Entry/ Exit specification allowing to explicitly specify the ways in which the agents can enter orexit in or from an organisation by providing some requirements according to the missions, thegoals and the roles of the organisation. The organizational management infrastructure (OMI)ORA4MAS proposed take advantage of the Agents and Artifacts (A&A) approach. We definedthe Organizational Artifacts concept as the basic building block of our OMI for themanagement of organized and open MAS. To focus our study, the organizational artifacts willbe defined considering the OML specification of the MOISE model. We experimented ourproposal with the specification of an application aiming to manage the build of a house. Wethen experimented the management of the candidate agents to enter in the organisation and cooperatewith the other to build the house according to a specified social scheme, the specifiednorms and their contract clauses negociated when they will be admitted in the organisation.

Grâce à une investigation des discours psychopathologiques traitant de l'entrée dans la psychose, dans le cadre des délires chroniques, nous ferons valoir l'existence de deux paradigmes référentiels. La première partie examinera les différentes hypothèses constitutives du paradigme de l'apparition, depuis celles des fondateurs de la psychiatrie jusqu'à celles contemporaines des modèles de stress-vulnérabilité, où prévaut la thèse d'une prédisposition biologique. La seconde partie centrée sur l'approche structurale portera sur la clinique de l'entrée dans la psychose et ses mécanismes psychiques dans le corpus freudien et l'enseignement lacanien. C'est de celui-ci qu'émergera le concept de déclenchement de la psychose, celle-ci y étant appréhendée comme structure subjective. La troisième partie consacrée à l'étude des conditions d'entrées dans la psychose, de sa clinique et de ses modes auto-thérapeutiques, nous permettra de développer une argumentation en faveur de la conceptualité du déclenchement de la psychose. Enfin dans une quatrième partie, nous présentons les principales thérapeutiques de l'entrée dans la psychose en faisant valoir la place du clinicien dans sa rencontre du sujet et la mobilisation de ses ressources. Nous y développerons une critique des notions de prévention et de détection précoces de la psychose.