Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-05-24T17:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337989.pdf: 18652505 bytes, checksum: 37369408f6b055919af1127008506d13 (MD5) Previous issue date: 2015 / A epidemia de HIV/aids na região Sul do Brasil é distinta da observada em outras regiões do país. Principalmente nos estados de Santa Catarina (SC) e do Rio Grande do Sul (RS) as taxas de incidência anual de aids e de mortalidade pela doença são bem maiores que a média nacional. Além disso, na mesma região é encontrada grande prevalência de subtipo C enquanto nos outros estados brasileiros há predominância do subtipo B. Uma minuciosa revisão da bibliografia revelou que, apesar de vários estudos já terem descrito a epidemia molecular do subtipo C nas capitais do Sul do Brasil, uma investigação que abrangesse de forma representativa a população dessa região ainda fazia-se necessária. Em vista disso, o trabalho apresentado aqui estudou a epidemia do HIV em 13 municípios do interior dos estados de SC e do RS. Material biológico e dados epidemiológicos de aproximadamente 350 pacientes foram coletados e utilizados para montar um banco de dados com informações moleculares, clínicas e demográficas. Em praticamente todas as cidades amostradas, mas principalmente em SC, o HIV-1 subtipo C mostrou-se como forma predominante. No RS, um número maior de formas recombinantes foi observado com três possíveis novas formas circulantes recombinantes (CRF) identificadas. Análises filodinâmicas revelaram um crescimento mais rápido da epidemia do HIV-1 subtipo C em relação ao subtipo B, sendo esta diferença ainda mais pronunciada em SC, onde também observou-se uma clara segregação dos subtipos virais entre categorias de exposição. Os dados coletados aqui ainda foram utilizados em um estudo filogeográfico para descrever a expansão da epidemia do subtipo C pelo Brasil. Através da análise integrada de dados ecológicos e moleculares foi identificado que a origem dessa epidemia ocorreu em Porto Alegre e a partir desta cidade o subtipo C foi sendo progressivamente introduzido em cidades mais distantes e/ou isoladas. A prevalência de HIV-1 e o número de pessoas infectadas pelo subtipo C foram identificados como preditores da dispersão viral do Sul ao Norte do país. Em conclusão, os resultados apresentados aqui revelam o rápido crescimento que a epidemia do HIV-1 subtipo C teve em SC e RS; discute como a separação em diferentes grupos de exposição pode impactar na velocidade de expansão e também na formação de novas recombinantes; e ainda descreve as rotas de dispersão do subtipo C rumo ao norte do Brasil, alertando para o potencial expansivo dessa epidemia em outras regiões, principalmente no Centro-Oeste.<br> / Abstract : The HIV/AIDS epidemic in Brazilian Southern region is distinct than that observed in other parts of the country. Mainly in the states of Santa Catarina (SC) and Rio Grande do Sul (RS) the annual aids incidence and mortality rates are far higher than the national average. Furthermore, in the same states HIV-1 epidemic is driven by subtype C, while in other Brazilian regions subtype B is more prevalent. A detailed review of the bibliography revealed that studies describing the molecular epidemiology in south Brazil were mainly performed in the capital cities and that a more comprehensive characterization of the epidemic was necessary. In view of this, the study presented here investigated the HIV epidemic in 13 countryside municipalities form SC and RS states. Blood samples and epidemiological data were collected and assembled in a databank with molecular, clinical and demographic information from around 350 HIV sero-positive individuals. HIV-1 subtype C was observed to be the most prevalent in virtually all sampled locations, with higher frequencies in SC. HIV recombinant forms were observed in higher frequencies in RS, where some possible new CRFs were also identified. Phylodynamic analyses revealed a faster epidemic growth rate for subtype C in comparison with subtype B. This difference was more pronounced in SC where was also observed subtype segregation in categories of exposure. In addition, data collected here was also used in a phylogeographical investigation of the subtype C dispersion throughout Brazil. By using a new approach which integrates ecological and molecular data in the phylogeographical reconstructions, Porto Alegre was found to be the origin of subtype C epidemic and the central hub of dispersion towards north Brazil. HIV prevalence and subtype C population size were identified as predictors of the viral diffusion. In conclusion, the results presented here reveal the fast epidemic growth that subtype C went through in RS and SC; discuss how viral segregation in separated exposure categories can impact in the epidemic growth rates and in the emergence of recombinant forms; and, finally, describe the northward dispersion of subtype C, highlighting the potential to increase in prevalence mainly in Central-West region.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-10-19T13:03:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337989.pdf: 18652505 bytes, checksum: 37369408f6b055919af1127008506d13 (MD5) Previous issue date: 2015 / A epidemia de HIV/aids na região Sul do Brasil é distinta da observada em outras regiões do país. Principalmente nos estados de Santa Catarina (SC) e do Rio Grande do Sul (RS) as taxas de incidência anual de aids e de mortalidade pela doença são bem maiores que a média nacional. Além disso, na mesma região é encontrada grande prevalência de subtipo C enquanto nos outros estados brasileiros há predominância do subtipo B. Uma minuciosa revisão da bibliografia revelou que, apesar de vários estudos já terem descrito a epidemia molecular do subtipo C nas capitais do Sul do Brasil, uma investigação que abrangesse de forma representativa a população dessa região ainda fazia-se necessária. Em vista disso, o trabalho apresentado aqui estudou a epidemia do HIV em 13 municípios do interior dos estados de SC e do RS. Material biológico e dados epidemiológicos de aproximadamente 350 pacientes foram coletados e utilizados para montar um banco de dados com informações moleculares, clínicas e demográficas. Em praticamente todas as cidades amostradas, mas principalmente em SC, o HIV-1 subtipo C mostrou-se como forma predominante. No RS, um número maior de formas recombinantes foi observado com três possíveis novas formas circulantes recombinantes (CRF) identificadas. Análises filodinâmicas revelaram um crescimento mais rápido da epidemia do HIV-1 subtipo C em relação ao subtipo B, sendo esta diferença ainda mais pronunciada em SC, onde também observou-se uma clara segregação dos subtipos virais entre categorias de exposição. Os dados coletados aqui ainda foram utilizados em um estudo filogeográfico para descrever a expansão da epidemia do subtipo C pelo Brasil. Através da análise integrada de dados ecológicos e moleculares foi identificado que a origem dessa epidemia ocorreu em Porto Alegre e a partir desta cidade o subtipo C foi sendo progressivamente introduzido em cidades mais distantes e/ou isoladas. A prevalência de HIV-1 e o número de pessoas infectadas pelo subtipo C foram identificados como preditores da dispersão viral do Sul ao Norte do país. Em conclusão, os resultados apresentados aqui revelam o rápido crescimento que a epidemia do HIV-1 subtipo C teve em SC e RS; discute como a separação em diferentes grupos de exposição pode impactar na velocidade de expansão e também na formação de novas recombinantes; e ainda descreve as rotas de dispersão do subtipo C rumo ao norte do Brasil, alertando para o potencial expansivo dessa epidemia em outras regiões, principalmente no Centro-Oeste.<br> / Abstract : The HIV/AIDS epidemic in Brazilian Southern region is distinct than that observed in other parts of the country. Mainly in the states of Santa Catarina (SC) and Rio Grande do Sul (RS) the annual aids incidence and mortality rates are far higher than the national average. Furthermore, in the same states HIV-1 epidemic is driven by subtype C, while in other Brazilian regions subtype B is more prevalent. A detailed review of the bibliography revealed that studies describing the molecular epidemiology in south Brazil were mainly performed in the capital cities and that a more comprehensive characterization of the epidemic was necessary. In view of this, the study presented here investigated the HIV epidemic in 13 countryside municipalities form SC and RS states. Blood samples and epidemiological data were collected and assembled in a databank with molecular, clinical and demographic information from around 350 HIV sero-positive individuals. HIV-1 subtype C was observed to be the most prevalent in virtually all sampled locations, with higher frequencies in SC. HIV recombinant forms were observed in higher frequencies in RS, where some possible new CRFs were also identified. Phylodynamic analyses revealed a faster epidemic growth rate for subtype C in comparison with subtype B. This difference was more pronounced in SC where was also observed subtype segregation in categories of exposure. In addition, data collected here was also used in a phylogeographical investigation of the subtype C dispersion throughout Brazil. By using a new approach which integrates ecological and molecular data in the phylogeographical reconstructions, Porto Alegre was found to be the origin of subtype C epidemic and the central hub of dispersion towards north Brazil. HIV prevalence and subtype C population size were identified as predictors of the viral diffusion. In conclusion, the results presented here reveal the fast epidemic growth that subtype C went through in RS and SC; discuss how viral segregation in separated exposure categories can impact in the epidemic growth rates and in the emergence of recombinant forms; and, finally, describe the northward dispersion of subtype C, highlighting the potential to increase in prevalence mainly in Central-West region.

Submitted by LIVIA MARIA GONÇALVES ROSSI null (liv.rossi@yahoo.com) on 2016-01-25T14:04:25Z No. of bitstreams: 1 TESE_HCV Multi-region_LIVIA ROSSI.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-01-25T17:23:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rossi_lmg_dr_sjrp.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T17:23:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rossi_lmg_dr_sjrp.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) Previous issue date: 2016-01-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O vírus da Hepatite C (HCV) afeta cerca de 3% da população mundial. A cada ano, 3-4 milhões de novos casos são diagnosticados. A identificação de redes transmissão é complexa devido ao longo período de incubação, à falta de sintomas na fase aguda da doença e à heterogeneidade do HCV, que dificulta o estabelecimento de vínculos entre casos relacionados. Uma ampla caracterização das populações intra-hospedeiros pode ser realizada de forma eficiente através do sequenciamento de nova geração (NGS). Com base neste contexto, o sequenciamento de múltiplas regiões subgenômicas é uma solução às limitações impostas pela rápida evolução molecular do HCV. Variantes virais das regiões HVR1 e NS5A de 16 pacientes cronicamente infectados com o HCV, genótipos 1a e 1b, foram sequenciadas com a técnica de NGS. Os pacientes 1-7 compartilhavam fatores de risco, pertencendo ao mesmo grupo de usuários de drogas injetáveis, porém o parentesco genético desses casos não pode ser estabelecido com base apenas no sequenciamento da HVR1 (distância nucleotídica mínima entre 16-23). A amplificação de um fragmento maior (~450 pb), correspondente a um segmento da região NS5A, aprimorou a relação epidemiológica entre os pacientes 1-5, onde as distancias genéticas mínimas foram consideravelmente menores (9-13). Os pacientes 6 e 7 não compartilharam sequências com os outros cinco pacientes dessa rede, apresentando populações virais mais homogêneas. Adicionalmente, Median Joining Networks foram construídas para melhor analisar a variabilidade genética intra-hospedeiro. Em geral, observou-se que as sequências derivadas da NS5A formaram comunidades mais homogêneas e menos divergentes geneticamente. Assim, a tecnologia NGS e o sequenciamento das regiões subgenômicas HVR1 e NS5A podem ajudar a restaurar elos perdidos quando somente a região HVR1 é analisada, aprimorando portanto, a resolução de estudos de associação genética entre populações de HCV. / The hepatitis C virus (HCV) affects approximately 3% of the world's population. Each year 3-4 million new cases are diagnosed. The identification of transmission networks is complicated due to the characteristic long incubation period, the lack of symptoms during the acute phase of the disease and the heterogeneity of HCV, making it challenging to link related cases to a common source of infection. Extensive characterization of intra-host populations can be reliably archived using next generation sequencing (NGS) approaches. Sequencing of multiple and longer subgenomic regions has been proposed as an alternative to overcome the limitations imposed by the rapid molecular evolution of the HCV HVR1. Thus, the NS5A and HVR1 regions of 16 chronically infected individuals, genotypes 1a and 1b, were sequenced using a NGS platform. Patients 1-7 shared risk factors and belonged to the same injection drug users network. However, genetic relatedness could not be established based on the HVR1 sequences (minimal nucleotide distance ranging from 16-23). Amplification and sequencing of a larger PCR fragment (~450 bp) targeting the NS5A region reestablished lost epidemiological links between patients 1-5. The minimum genetic distances in those patients were considerable smaller than the HVR1 counterparts (9-13). Patients 6 and 7 displayed a rather homogeneous viral population and were clearly not sharing any sequences with all other five patients in this network. Additionally, Median Joining Networks analysis was carried out to further analyze the intrahost genetic variability of all seven patients. Overall, NS5A sequences were significantly less diverse than their HVR1 equivalents. Thus, NGS technology and use of both HVR1 and NS5A sequences might help restored otherwise lost links when the HVR1 region alone is analyzed, improving the resolution of HCV genetic relatedness studies. / CAPES: 33004153079P9

Orientador: Paula Rahal / Resumo: O vírus da Hepatite C (HCV) afeta cerca de 3% da população mundial. A cada ano, 3-4 milhões de novos casos são diagnosticados. A identificação de redes transmissão é complexa devido ao longo período de incubação, à falta de sintomas na fase aguda da doença e à heterogeneidade do HCV, que dificulta o estabelecimento de vínculos entre casos relacionados. Uma ampla caracterização das populações intra-hospedeiros pode ser realizada de forma eficiente através do sequenciamento de nova geração (NGS). Com base neste contexto, o sequenciamento de múltiplas regiões subgenômicas é uma solução às limitações impostas pela rápida evolução molecular do HCV. Variantes virais das regiões HVR1 e NS5A de 16 pacientes cronicamente infectados com o HCV, genótipos 1a e 1b, foram sequenciadas com a técnica de NGS. Os pacientes 1-7 compartilhavam fatores de risco, pertencendo ao mesmo grupo de usuários de drogas injetáveis, porém o parentesco genético desses casos não pode ser estabelecido com base apenas no sequenciamento da HVR1 (distância nucleotídica mínima entre 16-23). A amplificação de um fragmento maior (~450 pb), correspondente a um segmento da região NS5A, aprimorou a relação epidemiológica entre os pacientes 1-5, onde as distancias genéticas mínimas foram consideravelmente menores (9-13). Os pacientes 6 e 7 não compartilharam sequências com os outros cinco pacientes dessa rede, apresentando populações virais mais homogêneas. Adicionalmente, Median Joining Networks foram construídas para ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The hepatitis C virus (HCV) affects approximately 3% of the world's population. Each year 3-4 million new cases are diagnosed. The identification of transmission networks is complicated due to the characteristic long incubation period, the lack of symptoms during the acute phase of the disease and the heterogeneity of HCV, making it challenging to link related cases to a common source of infection. Extensive characterization of intra-host populations can be reliably archived using next generation sequencing (NGS) approaches. Sequencing of multiple and longer subgenomic regions has been proposed as an alternative to overcome the limitations imposed by the rapid molecular evolution of the HCV HVR1. Thus, the NS5A and HVR1 regions of 16 chronically infected individuals, genotypes 1a and 1b, were sequenced using a NGS platform. Patients 1-7 shared risk factors and belonged to the same injection drug users network. However, genetic relatedness could not be established based on the HVR1 sequences (minimal nucleotide distance ranging from 16-23). Amplification and sequencing of a larger PCR fragment (~450 bp) targeting the NS5A region reestablished lost epidemiological links between patients 1-5. The minimum genetic distances in those patients were considerable smaller than the HVR1 counterparts (9-13). Patients 6 and 7 displayed a rather homogeneous viral population and were clearly not sharing any sequences with all other five patients in this network. Additionally, Median Joining... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-05-04T18:41:09Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Denisy Marques Mendanha de Oliveira - 2013.pdf: 1154542 bytes, checksum: e32fe195aaa52077c2e1d030caeadea3 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-05T13:05:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Denisy Marques Mendanha de Oliveira - 2013.pdf: 1154542 bytes, checksum: e32fe195aaa52077c2e1d030caeadea3 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-05T13:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Denisy Marques Mendanha de Oliveira - 2013.pdf: 1154542 bytes, checksum: e32fe195aaa52077c2e1d030caeadea3 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) Previous issue date: 2013-04-17 / The calicivirus (CV) are important etiologic agents of acute gastroenteritis, affecting people of different ages and in various parts of the world. The present study aimed at the detection and molecular characterization of caliciviruses - norovirus (NoV) and sapovirus (SaV) - from fecal samples from children attending a daycare in Goiânia, Goiás. Were collected and analyzed 539 fecal samples 56 children from October 2009 to October 2011. The viral detection and genotyping was done by polymerase chain reaction post-transcription (RT-PCR) and by genomic sequencing using primers designed for partial regions of the viral capsid. From the 56 children participants of the study, 29 (51.8%) had at least one positive sample for CV during the study period. Positive children, 21 (37.5%) had at least one sample for NoV, 16 (28.6%) for SaV and eight (14.3%) positivity to both the virus. The CV were detected in children of both genders, and a higher positivity rate was detected among children aged 13 to 24 months, when compared to the other age groups. A significantly higher positivity for CV was observed in samples from asymptomatic children, and a defined seasonality pattern was not detected for these agents. In terms of molecular characterization for NoV the circulation of samples GII.6, GII.2, GII.1, GII.4, GI.1 and GI.7 was observed, whereas for SaV samples were detected GI.1 and GI.3. During the study period five outbreaks took place, being three of NoV, GII.6, GII.2 and GII.1, two SaV GI.1 and GI.3. Two children presented by prolonged NoV excretion, one for two months and another for 23 days. Twelve (20.4%) children had more than infection for NoV and / or SaV. This study showed circulation of CV at the daycare, a higher rate of infection in asymptomatic children, and prolonged de NoV excretion, which may have contributed to the occurrence of outbreaks and to the dissemination of these agents in such environment. / Os calicivírus (CV) são importantes agentes etiológicos da gastroenterite aguda, acometendo pessoas de diversas idades e em várias partes do mundo. O presente estudo teve como objetivo a detecção e caracterização molecular de amostras de calicivírus - norovírus (NoV) e sapovírus (SaV) - provenientes de amostras fecais de crianças frequentadoras de uma creche em Goiânia, Goiás. Foram coletadas e analisadas 539 amostras fecais de 56 crianças no período de outubro de 2009 a outubro de 2011. A detecção viral e genotipagem foi feita pela reação em cadeia pela polimerase pós-transcrição (RT-PCR) e por sequenciamento genômico, utilizando iniciadores desenhados para regiões parciais do capsídeo viral. Das 56 crianças participantes do estudo, 29 (51,8%) apresentaram pelo menos uma amostra positiva para CV durante o período do estudo. Das crianças positivas, 21 (37,5%) apresentaram pelo menos uma amostra para NoV e 16 (28,6%), para SaV, sendo que 8 (14,3%) apresentaram positividade para ambos os vírus. Os CV foram detectados em crianças de ambos os gêneros, sendo observada uma maior positividade entre as crianças com idade entre 13 a 24 meses. Foi observada ainda detecção significativamente maior nas crianças assintomáticas não tendo sido observado padrão definido de sazonalidade para esses agentes. Em termos da caracterização molecular para NoV, foi observado circulação de amostras GII.6, GII.2, GII.1, GII.4, GI.1 e GI.7 enquanto que para SaV as amostras detectadas foram GI.1 e GI.3. Durante o período do estudo foi observado a ocorrência de cinco surtos sendo três deles por NoV, amostras, GII.6, GII.2 e GII.1, e dois por SaV, GI.1 e GI.3. Duas crianças apresentaram excreção prolongada por NoV, uma por dois meses e outra por 23 dias. Doze (21,4%) crianças apresentaram mais de uma infecção por NoV e/ou SaV. Este estudo mostrou circulação de CV no ambiente de creche, maior índice de infecção em crianças assintomáticas, além de excreção prolongada de NoV, o que pode ter contribuído para a ocorrência de surtos e a disseminação destes agentes naquele ambiente.

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Resumo: A epidemiologia das infecções estafilocócicas tem sofrido importante modificação nas últimas décadas. A emergência de linhagens de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina associados à comunidade (CA-MRSA) representa risco especial para populações reconhecidamente vulneráveis como os idosos. Neste âmbito, duas situações distintas são de especial interesse: os indivíduos institucionalizados, vivendo em casas de repouso, que representam um espaço intermediário entre a comunidade e o hospital; e os dependentes (acamados) cuidados em domicílio, expostos de forma intermitente aos serviços de saúde. Nosso objetivo foi identificar a prevalência e fatores associados ao carreamento nasal, oral e retal de S. aureus e MRSA em indivíduos acamados ou residindo em instituições de longa permanência para idosos (ILPIs) no município de Botucatu, SP, bem como a identificação de clones importantes de S. aureus e MRSA nessa população. Estudo com delineamento transversal, em que swabs da nasofaringe, orofaringe e reto de 226 indivíduos (150 residentes em nove ILPIs e 76 acamados em domicílio) foram coletados juntamente com um questionário que, através de entrevista com o próprio indivíduo ou responsável legal, levantou informações como dados demográficos (gênero e idade), tempo de institucionalização ou restrição ao leito, dados clínicos (comorbidades), dispositivos invasivos, internações recentes, doenças infeccionas e uso de antimicrobianos, para identificação dos fatores de risco. O isol... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The epidemiology of staphylococcal infections has undergone important changes in recent decades. The emergence of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) strains represents a special risk to populations recognized as vulnerable, such as the elderly. Within this context, two different situations are of special interest: institutionalized individuals living in nursing homes, which represent an intermediary space between the community and the hospital, and dependent (bedridden) patients cared for at home, who are intermittently exposed to health services. Our objective was to determine the prevalence and factors associated with nasal, oral and rectal carriage of S. aureus and MRSA in bedridden patients and residents of long-term care facilities (LTCF) for the elderly in the city of Botucatu, SP, and to identify important S. aureus and MRSA clones in this population. In a cross-sectional study, nasopharyngeal, oropharyngeal and rectal swab samples were collected from 226 individuals (150 individuals from nine LTCF and 76 bedridden patients living at home). In addition, a questionnaire was applied by interview with the subject himself or the legal representative for the collection of demographic data (gender and age), length of institutionalization or bedridden period, clinical data (comorbidities), invasive devices, recent hospitalizations, infectious diseases, and antimicrobial use in order to identify risk factors. Staphylococcus aureus was is... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O gênero Yersinia pertence à família Enterobacteriaceae e compreende 17 espécies. Y. pestis, Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica são reconhecidamente patógenos de humanos e animais. Y. pestis cause a peste. Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica são agentes causadores, sobretudo, de gastroenterites transmitidas por água e alimentos. As demais 14 espécies são, usualmente, consideradas não-patogênicas, com exceção de Y. ruckeri sorogrupo O:1 que causa infecções em peixes. Nas últimas décadas, a tipagem molecular tornou-se uma importante ferramenta nos estudos filogenéticos de numerosos micro-organismos e o desenvolvimento de sistemas de tipagem rápidos e baratos pode facilitar os estudos epidemiológicos de infecções bacterianas. No presente estudo objetivou-se desenvolver um método de genotipagem de Yersinia spp. baseado em high-resolution melting analysis (HRMA) para diferenciar os single-nucleotide polymorphisms (SNPs) presentes nas sequências dos genes 16S rRNA, glnA, gyrB, hsp60 e recA e aplicá-lo na tipagem de 40 linhagens de Y. pseudotuberculosis e 50 linhagens de Y. enterocolitica, bem como separar por HRMA as espécies Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica. Os SNPs foram determinados nas sequências dos loci acima citados a partir de um conjunto de 119 linhagens de Yersinia spp. depositadas no GenBank/EMBL/DDBJ. Foram encontrados nas sequências dos genes analisados de Y. pseudotuberculosis, Y. enterocolitica, Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia, Y. mollaretii e Y. ruckeri 10, 10, 9, 6, 4, 1 e 1 SNPs, respectivamente. Nenhum SNP foi encontrado nas sequências analisadas de Y. pestis e um grande número de SNPs foi encontrado nas sequências analisadas de Y. frederiksenii, Y. kristensenii e Y. massiliensis, o que impossibilitou a genotipagem dessas espécies por HRMA. As demais espécies não foram analisadas. Foram desenhados pares de primers para flanquear os SNPs encontrados em cada espécie de Yersinia testada. Usando um conjunto de primers espécie-específicos, a diversidade genética de cada espécie de Yersinia foi determinada por HRMA e a análise filogenética foi baseada na sequência concatenada composta pelos nucleotídeos identificados em cada fragmento analisado. O agrupamento foi realizado com o software BioNumerics usando o método UPGMA com 1.000 replicatas de bootstrap. A árvore filogenética ii construída para Y. pseudotuberculosis agrupou as linhagens em clusters bio-sorogrupo específicos. As linhagens do bio-sorogrupo 1/O:1 foram agrupadas em um cluster e as linhagens do bio-sorogrupo 2/O:3 em outro. A árvore filogenética construída para Y. enterocolitica agrupou as linhagens em três grupos. As linhagens altamente patogênicas, do biotipo 1B, foram agrupadas em um cluster, as linhagens de média patogenicidade, dos biotipos 2, 3, 4 e 5, foram agrupadas em um segundo cluster e as linhagens consideradas nãopatogênicas, do biotipo 1A, foram agrupadas em um terceiro cluster. O agrupamento encontrado em Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica foi consistente com o perfil patogênico característico dessas duas espécies. Nenhuma correlação epidemiológica significativa foi encontrada no agrupamento de Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia, Y. mollaretii e Y. ruckeri de acordo com os resultados de HRMA. Ademais, o método de HRMA aqui desenvolvido foi capaz de separar as espécies Y. pseudotuberculosis e Y. enterocolitica. O método de HRMA desenvolvido nesse estudo pode ser usado como uma alternativa para a genotipagem e para a diferenciação de Y. pseudotuberculosis de Y. enterocolitica. Esse método também pode complementar os métodos baseados em sequências e facilitar os estudos epidemiológicos dessas duas espécies de Yersinia. / The genus Yersinia belongs to the family Enterobacteriaceae and comprises 17 species. Y. pestis, Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica are well recognized human and animal pathogens. Y. pestis causes plague. Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica are, usually, causative agents of food-waterborne gastroenteritis. The other 14 Yersinia species are considered to be non-pathogenic, with the exception of Y. ruckeri serogroup O:1 which causes infections in fishes. In the last few decades, molecular typing has become an important tool in phylogenetic studies of several microorganisms and the development of fast and inexpensive typing systems can facilitate epidemiological studies of bacterial infections. The present study aimed to develop a method of Yersinia spp. genotyping based on high-resolution melting analysis (HRMA) in order to differentiate the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) present in the 16S rRNA, glnA, gyrB, hsp60 and recA sequences and apply it in the typing of 40 Y. pseudotuberculosis strains and 50 Y. enterocolitica strains, as well as, to separate by HRMA the Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica species. The SNPs were determined in the sequences of the aforementioned loci using a set of 119 Yersinia strains deposited in the GenBank/EMBL/DDBJ database. It were found in the gene sequences analyzed of Y. pseudotuberculosis, Y. enterocolitica, Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia, Y. mollaretii and Y. ruckeri 10, 10, 9, 6, 4, 1 and 1 SNPs, respectively. No SNPs was found in the analyzed sequences of Y. pestis and a large number of SNPs were found in the analyzed sequences of Y. frederiksenii, Y. kristensenii and Y. massiliensis what prevented their genotyping by HRMA. The remaining Yersinia species were not analyzed. It was designed primer pairs to flank the SNPs found in each Yersinia species tested. Using a specie-specific set of primers, the genetic diversity of each Yersinia species used was determined by HRMA and the phylogenetic analysis was based on the concatenated sequence composed by the nucleotides identified in each fragment analyzed. Clustering was performed with the software package BioNumerics using UPGMA method and 1,000 bootstrap replicates. The phylogenetic tree constructed for Y. pseudotuberculosis grouped the strains into bio-serogroups specific clusters. The strains of 1/O:1 bio-serogroup were grouped into one cluster and the strains of 2/O:3 bio-serogroup into iv other cluster. The phylogenetic tree constructed for Y. enterocolitica grouped the strains in three clusters. The highly pathogenic strains, of biotype 1B, were grouped into one cluster, the moderate pathogenic strains, of biotypes 2, 3, 4 and 5, were grouped into a second cluster and, the non-pathogenic strains, of biotype 1A, were grouped into a third cluster. The clusterization of Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica were consistent with the pathogenic profile characteristic of these two Yersinia species. No significant epidemiological correlation was found in the grouping of Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. intermedia Y. mollaretii and Y. ruckeri according to HRMA results. Moreover, the HRMA-based method develop here was able to separate the Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica species. The HRMA assay developed in this study can be used as an alternative for the genotyping and the differentiation of Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica. This method can also complement sequence-based methods and facilitate epidemiological studies of these two Yersinia species.

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3&prime;(3&prime;UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. / Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.

The general objectives of this thesis were: (i) to determine the etiological and molecular profile of clinical mastitis (CM) in 20 dairy herds of Southeast, Brazil; and (ii) to quantify antimicrobial used for treatment of CM in the study population. To achieve this goals, four studies were performed. In the Study 1, we characterized the pathogen frequency and severity of CM in dairy herds. In addition, we determined the incidence rate of clinical mastitis (IRCM) and its association with the following herd-level descriptors: bulk milk somatic cell count (BMSCC), bulk milk total bacterial count (BMTBC), herd size (number of lactating cows), milk yield, housing system and season. The association between herd-level descriptors and IRCM were determined by two groups of mixed regression models: one based on the overall IRCM, and five based on the following specific-pathogen groups: contagious, other Gram-positive, Gram-negative, other (composed of yeast and Prototheca spp), and negative culture. A total of 5,957 quarter-cases of CM were recorded and the most frequently isolated pathogens were Escherichia coli (6.6% of total cultures), Streptococcus uberis (6.1%), and Streptococcus agalactiae (5.9%). The majority of CM cases were mild (60.3%), while 34.1% were moderate and 5.6% severe. Overall, the IRCM was 9.7 quarter-cases per 10,000 quarter-days at risk (QDAR), and the only herd-level parameter associated with overall IRCM was BMSCC, in which the highest IRCM was observed for herds with BMSCC &gt;600.000 × 103 cells/mL. In the models evaluating the specific-pathogen groups, IRCM with isolation of major contagious pathogens was associated with BMSCC, milk yield and housing system. For the evaluation of other Gram-positive pathogens, the IRCM was higher in the rainy season of 2015 in comparison with the other seasonal categories. In addition, for the model evaluating the Gram-negative group, the IRCM was highest in herds with BMTBC &gt;30 × 103 cfu/mL. The Study 2 aimed to characterize the treatment profile and quantify the antimicrobial consumption for treatment of CM in dairy herds; and to determine the association of antimicrobial use (AMU) and the same herd-level descriptors as described in the Study 1. Data on treatment practices and AMU were obtained from 19 dairy herds for a period of 12 months per herd. The AMU for treatment of CM was quantified monthly in units of defined daily dose (DDD) and expressed as antimicrobial treatment incidence (ATI; number of DDD per 1,000 lactating cows-day). The overall monthly mean ATI was 17.7 DDD per 1,000 lactating cow-days (15.4 for intramammary compounds, and 2.2 for systematically administered antimicrobials). Among intramammary drugs, aminoglycosides had the highest ATI (11.7 DDD per 1,000 lactating cow-days), while for systematically administrated antimicrobials, fluoroquinolones (4.2 DDD per 1,000 lactating cow-days) were the most frequently used antimicrobials. Herd size and BMSCC were positively associated with ATI. In addition, herd-level ATI was higher in freestall herds than in compost bedded-pack barns. In the Study 3, we determined the phylogeny of E. coli strains isolated from CM in dairy cows and the association of most frequent phylogroups with antimicrobial susceptibility. A total of 100 E. coli isolates recovered from CM cases described in the Study 1 were categorized according to their phylogenetic group using a quadruplex PCR method; antimicrobial susceptibility pattern was also evaluated. Most isolates were assigned to phylogenetic group A (52%), followed by B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), and E (1%). Resistant isolates were observed for all evaluated antimicrobials. Overall, more than 96% of E. coli isolates were resistant to ampicillin, and more than 23% were resistant to cephalothin, sulphadimethoxine or tetracycline. High levels of resistance (&gt;70%) were also found to erythromycin, oxacillin, penicillin, penicillin associated with novobiocin, and pirlimycin. In contrary, high susceptibility was observed to ceftiofur (96.8%) among E. coli isolates. Difference in the antimicrobial susceptibility among phylogenetic groups was observed only for cephalothin, in which E. coli strains belonging to the phylogroup A were inhibited at lower antimicrobial concentrations than strains assigned to the phylogroup B1. In Study 4, we evaluated the genotypic diversity among Strep. agalactiae and Strep. uberis isolates recovered from CM in dairy cows; in addition, the study evaluated the association of genotypes clustered by genetic similarity with antimicrobial susceptibility pattern. Isolates were subtyped using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. A great genotypic diversity was found for both Strep. agalactiae (45 subtypes out of 89 isolates) and Strep. uberis (56 subtypes out of 88 isolates). For evaluation of antimicrobial susceptibility, subtypes of Strep. agalactiae were clustered into three groups (Ia, Ib and II), while Strep. uberis subtypes were clustered into two groups (I and II) according to their genetic similarity. Overall, Strep. agalactiae isolates showed high susceptibility to most antimicrobials, except to tetracycline and erythromycin. Differences in the antimicrobial susceptibility among clusters of Strep. agalactiae were observed for ampicillin, ceftiofur, erythromycin, pirlimycin, sulphadimethoxine and tetracycline. In contrary, Strep. uberis isolates were categorized as resistant to most antimicrobials, except to cephalothin and penicillin+novobiocin. No differences were observed among clusters for all antimicrobials in the analysis of Strep. uberis. In conclusion, the results of this thesis indicated a high IRCM in the evaluated herds, and although environmental pathogens were the most common cause of CM in these herds, contagious pathogens such as Strep. agalactiae and Staph. aureus, are still a concern in some dairy herds of Brazil. Furthermore, high frequencies of AMU and off-label protocols were observed among the evaluated herds. The non-judicious use of antimicrobials can become a risk factor for the development of antimicrobial resistance, which was even observed for isolates belonging to the three most prevalent bacterial species identified from CM cases in our study (E. coli, Strep. agalactiae and Strep. uberis). Finally, because there were some herd-level descriptors associated with the IRCM and AMU in our study, there may be opportunity for management strategies aiming to improve the control of CM in dairy herds of southeastern Brazil. / Os objetivos gerais desta tese foram: (i) determinar o perfil etiológico e molecular da mastite clínica (MC) em 20 rebanhos leiteiros do Sudeste do Brasil; e, (ii) quantificar os antimicrobianos usados para tratamento da MC na população estudada. Para alcançar esses objetivos, quatro estudos foram realizados. No Estudo 1, foi caracterizada a frequência de patógenos causadores de MC e a gravidade das infecções nos rebanhos leiteiros. Além disso, foi determinada a taxa de incidência de mastite clínica (TIMC) e sua associação com as seguintes variáveis em nível de rebanho: contagem de células somáticas em leite de tanque (CCSLT), contagem bacteriana total em leite de tanque (CBTLT), tamanho (número de vacas em lactação), produção de leite, sistema de alojamento e estação do ano. A associação entre as variáveis em nível de rebanho e a TIMC foi determinada por dois grupos de modelos de regressão logística multivariada: um baseado na TIMC geral, e cinco baseados nos seguintes grupos específicos de patógenos: contagiosos, outros Gram-positivos, Gram-negativos, outros patógenos (composto de leveduras e Prototheca spp.), e cultura negativa. Um total de 5.957 casos de MC em nível de quarto mamário foi registrado e os patógenos mais prevalentes foram Escherichia coli (6,6% de todas as culturas), Streptococcus uberis (6,1%), e Streptococcus agalactiae (5,9%). A maioria dos casos de MC foi de gravidade leve (60,3%), enquanto 34,1% dos casos foram moderados e 5,6% foram graves. A TIMC geral foi de 9,7 casos por 10.000 quartos-dia em risco (QDR), e o único parâmetro em nível de rebanho associado com a TIMC geral foi a CCSLT, em que a TIMC mais alta foi observada em rebanhos com CCSLT &gt;600.000 × 103 células/mL. Nos modelos que avaliaram os grupos específicos de patógenos, a TIMC de patógenos contagiosos foi associada com a CCSLT, produção de leite e sistema de alojamento. Na avaliação de outros patógenos Gram-positivos, a TIMC foi maior na estação chuvosa de 2015 em comparação com as outras categorias referentes à estação do ano. Adicionalmente, para o modelo avaliando o grupo de patógenos Gram-negativos, a TIMC foi mais alta em rebanhos com CBTLT &gt;30.000 × 103 ufc/mL. O Estudo 2 teve como objetivo caracterizar o perfil de tratamento e o consumo de antimicrobianos em rebanhos leiteiros; e determinar a associação de uso de antimicrobianos (UAM) e as mesmas variáveis em nível de rebanho descritas no Estudo 1. Dados sobre as práticas terapêuticas e UAM foram obtidos de 19 rebanhos leiteiros durante um período de 12 meses por rebanho. A frequência de UAM para tratamento da MC foi quantificada mensalmente em unidades de doses definidas diárias (DDD) e expressa como incidência de tratamento antimicrobiano (ITA: número de DDD por 1.000 vacas em lactação-dia). A média de ITA mensal foi de 17,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia (15,4 para compostos intramamários, e 2,2 para compostos sistêmicos). Entre os produtos intramamários, os aminoglicosídeos tiveram a ITA mais alta (11,7 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia), enquanto que para os compostos administrados pela via sistêmica, as fluoroquinolonas (4,2 DDD por 1.000 vacas em lactação-dia) foram os antimicrobianos mais frequentemente usados. O tamanho do rebanho e CCSLT foram positivamente associados com a ITA. Além disso, a ITA foi mais alta em rebanhos com freestall do que em rebanhos com sistema tipo compost barn. No Estudo 3, determinou-se a filogenia de cepas de E. coli isoladas de casos de MC em vacas leiteiras, e a associação dos filogrupos mais frequentes com a susceptibilidade aos antimicrobianos. Um total de 100 isolados de E. coli identificados nos casos de MC descritos no Estudo 1 foram categorizados de acordo com os grupos filogenéticos por meio de um método de PCR quadruplex; o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos também foi avaliado. A maioria dos isolados pertenceram ao grupo A (52%), seguido dos grupos B1 (38%), B2 (2%), C (4%), D (3%), e E (1%). Foram encontrados isolados resistentes para todos os antimicrobianos avaliados. De forma geral, mais de 96% dos isolados de E. coli foram resistentes a ampicilina, e mais de 23% foram resistentes a cefalotina, sulfadimetoxina ou tetraciclina. Altos níveis de resistência (&gt;70%) foram encontrados também para eritromicina, oxacilina, penicilina e penicilina associada a novobiocina. Ao contrário, foi observado alta susceptibilidade ao ceftiofur (96.8%) entre os isolados de E. coli. Diferenças na susceptibilidade entre os grupos filogenéticos foi observada apenas para a cefalotina, em que os isolados de E. coli pertencentes ao filogrupo A foram inibidos em concentrações de antimicrobianas mais baixas que isolados pertencentes ao filogrupo B1. No Estudo 4, avaliou-se a diversidade genotípica entre isolados de Strep. agalactiae e Strep. uberis identificados em casos de MC em vacas leiteiras; adicionalmente, o estudo avaliou a associação dos genótipos agrupados de acordo com a similaridade genética com o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Os isolados foram genotipados por meio do método de amplificação randômica de DNA polimórfico (RAPD). Grande diversidade genotípica foi observada tanto para o Strep. agalactiae (45 subtipos de 89 isolados) quanto para Strep. uberis (56 subtipos de 89 isolados). Para a avaliação de susceptibilidade aos antimicrobianos, os subtipos de Strep. agalactiae foram agrupados em três clusters (Ia, Ib e II), enquanto que os subtipos de Strep. uberis foram agrupados em dois clusters (I e II) de acordo com a similaridade genética. De forma geral, os isolados de Strep. agalactiae apresentaram alta susceptibilidade à maioria dos antimicrobianos, exceto para tetraciclina e eritromicina. Diferenças na susceptibilidade aos antimicrobianos entre os clusters de Strep. agalactiae foram observadas para ampicilina, ceftiofur, eritromicina, pirlimicina, sulfadimetoxina e tetraciclina. Por outro lado, os isolados de Strep. uberis foram resistentes à maioria dos antimicrobianos, exceto para cefalotina e penicilina + novobiocina. Não foram encontradas diferenças entre os clusters para todos os antimicrobianos na análise de Strep. uberis. Em conclusão, os resultados desta tese indicaram alta TIMC nos rebanhos avaliados, e apesar de os patógenos ambientais serem a causa mais comum de MC nestes rebanhos, patógenos contagiosos como Strep. agalactiae e Staph. aureus, ainda são uma preocupação em alguns rebanhos do Brasil. Além disso, observaram-se altas frequências de UAM e de terapias não recomendadas em bula entre os rebanhos avaliados. O uso não judicioso de antimicrobianos pode se tornar um fator de risco para o desenvolvimento da resistência bacteriana aos antimicrobianos, o que foi inclusive observado para isolados pertencentes as três espécies bacterianas mais prevalentes nos casos de MC no nosso estudo (E. coli, Strep. agalactiae e Strep. uberis). Finalmente, pelo fato de algumas variáveis em nível de rebanho terem sido associadas com a TIMC e com o UAM em nosso estudo, é possível que hajam oportunidades para implementação de estratégias de manejo com o objetivo de melhorar o controle da MC em rebanhos leiteiros do sudeste do Brasil.

O Herpesvírus 8 humano (HHV-8) é endêmico em populações africanas e indígenas da região Amazônica. A infecção nestas populações acontece durante a infância e, na África, envolve o contato íntimo no ambiente intrafamiliar. Diversos estudos confirmam a distribuição geográfica dos diferentes subtipos de HHV-8, sendo que o subtipo E é típico das populações indígenas. Objetivos: 1. Caracterizar o(s) subtipo(s) de HHV-8 que circula(m) em população indígena da Amazônia brasileira baseado na análise da região ORF K1 do vírus; 2. Construir a árvore filogenética dos subtipos virais encontrados; 3. Comparar filogeneticamente os subtipos encontrados com os subtipos prevalentes em outras populações indígenas do Brasil e de outros países da América do Sul; 4. Calcular a taxa de substituição para a região VR1 do HHV-8 para as amostras estudadas; 5. Estimar a data de entrada do vírus na população do estudo; 6. Investigar a dinâmica de transmissão do vírus no ambiente intrafamiliar; 7. Averiguar se há correlação entre os alelos de HLA classe I (A e B) e II (DQB1 e DRB1) e suscetibilidade à infecção por HHV-8. Casuística e métodos: Estudo de soroprevalência da infecção por HHV-8 em amostra de população indígena da Amazônia brasileira utilizando IFI para detecção de antígenos da fase latente (LANA) e lítica (Lítico) do vírus. Análise filogenética da amostras encontradas utilizando-se o DNA/HHV-8 extraído de amostras de saliva, submetidas à reação de nested PCR para amplificar as regiões hipervariáveis VR1 e VR2. Cálculo da taxa de substituição do HHV-8, utilizando-se os métodos de distância e técnica bayesiana. Estimar a data do ancestral comum mais recente para as amostras em estudo, utilizando-se o programa BEAST. Tipagem de HLA de indivíduos positivos e negativos para a infecção por HHV-8, utilizando-se a técnica de PCR-SSO. Resultados: A soroprevalência geral da infecção por HHV-8 na população em estudo foi de 75,3% (399/530). Observou-se que a soropositividade dos filhos está correlecionada com a soropositividade materna. O único subtipo viral encontrado foi o subtipo E. A taxa de substituição de nucleotídeos do HHV-8 utilizando a região VR1 foi da ordem de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a). Ao analisar todas as seqüências estudadas o ancestral comum mais recente está em torno de 138 anos. Não houve correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e alelos de HLA classe I ou II. Conclusões: A população estudada é endêmica para a infecção por HHV-8. A infecção ocorre principalmente na infância, por via horizontal não-sexual, e a transmissão se dá provavelmente pela saliva. Assim como em outras populações endêmicas da África, a soropositvidade dos filhos está correlacionada com a soropositividade das mães. Confirmando achados anteriores, o único subtipo do HHV-8 circulante na população estudada, foi o subtipo E. Nossos dados sugerem que a região do gene VR1 do HHV-8 evolui com uma taxa de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a), e que o ancestral comum mais recente do vírus, a partir das amostras analisadas está em torno de 138 anos. Os dados sugerem, também, que não há correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e os alelos de HLA classe I ou II. / The human herpesvirus 8 (HHV-8) is endemic in Africa and Amerindian populations from Amazon region. The infection in those populations occurs during childhood and, in Africa, involves a close contact in intrafamilial environment. Several studies confirm the geographical distribution of different subtypes of HHV-8, and the subtype E is typical of the Amerindian population. Objectives: 1. To characterize the HHV-8 subtypes circulating in Amerindian population from Brazilian Amazon, based on the analysis of ORF K1 region of the virus. 2. To construct a phylogenetic tree of viral subtypes found among Amerindians 3. To compare by phylogenetic methods the subtypes found in Mapuera Amerindians with the subtypes prevalent in others Amerindians populations of Brazil and South America 4. To determine the substitution rate of VR1 region of HHV-8 for the sequences obtained in the present study 5. To estimate the date of entry of the viruses in the Mapuera population 6. To investigate the dynamic of transmission of the virus in the intrafamilial environment 7. To investigate if there is a correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I (A and B) and II (DQB1 and DRB1) alleles. Patients and methods: The seroprevalence of HHV-8 infection in a sample of the indigenous population of the Brazilian Amazon was carried out using IFA to detect antibodies to latent (LANA) and lytic phase antigens of HHV-8. Phylogenetic analysis of the sequences was performed by using the DNA extracted from samples of saliva, using a nested PCR to amplify the hypervariable regions VR1/ VR2 of HHV-8. Estimation of the substitution rate of HHV-8 nucleotides was performed by using the method of distance and the Bayesian technique. Estimates of the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all samples studied were done by using the BEAST program. HLA typing of positive and negative subjects for HHV-8 infection was performed by using the PCR-SSO technique. Results: The overall HHV-8 seroprevalence was 75.3% (399/530). There was a positive correlation between soropositivity of children and maternal seropositivity. The only viral subtype found was subtype E. The substitution rate of HHV-8 using the VR1 region was estimated around 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y). By using this rate of substitution, the TMRCA of the Mapuera viruses sequences was estimated to be around 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles. Conclusions: The population studied is endemic for HHV-8 infection. The infection occurs mainly in childhood, by horizontal, nonsexual transmission, probably by saliva. As in endemic populations of Africa, the soropositvity of children is positively correlated with the seropositivity of the mothers. In agreement with previous reports, the subtype E was the only HHV-8 subtype found in Mapuera Amerindians. Our data suggest that the VR1 gene region of HHV-8 evolves with a rate of 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y), which results in a time of the most recent common ancestor for Mapuera HHV-8 sequences of 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles.