Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-01-31Bitstream added on 2014-11-10T11:57:41Z : No. of bitstreams: 1 000792136_20141231.pdf: 436044 bytes, checksum: df19c9ddacbd0b80cd1d62771aece5e9 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-01-05T11:00:56Z: 000792136_20141231.pdf,Bitstream added on 2015-01-05T11:01:51Z : No. of bitstreams: 1 000792136.pdf: 1761626 bytes, checksum: 714d3718119b395634a93761902c8401 (MD5) / O vírus da doença de Newcastle (VDN) é o agente causador de uma das mais importantes enfermidades em aves e representa uma ameaça para a indústria avícola. O VDN é membro da família Paramyxoviridae, subfamília Paramyxovirinae, gênero Avulavirus. São vírus envelopados, não-segmentados dotados de genoma RNA de fita simples sentido negativo, associado à doença do trato respiratório, digestivo e nervoso das aves. O controle da DN se baseia em biossegurança, uso de vacinas e detecção precoce de lotes infectados. No presente estudo foi feito o sequenciamento do genoma completo da estirpe vacinal lentogênica (LaSota) e de um isolado de campo brasileiro patogênico (APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75) do VDN, seguido de análise filogenética. Os resultados revelaram que o genoma das estirpes LaSota e APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 estão constituídos respectivamente por um total de 15.186 e 15.192 nucleotídeos, seis genes na ordem 3'-NP-P-M-F-HN-L-5'. Para a estirpe LaSota o local de clivagem da proteína de fusão (F) apresenta a sequência de aminoácidos correspondentes às encontradas em estirpes não virulentas do VDN, oposto ao que acontece com a estirpe APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75, no qual o sítio de clivagem da proteína F apresenta a sequência de aminoácidos correspondente às encontradas nas estirpes virulentas do VDN. O genoma completo da estirpe LaSota não apresentou grandes diferenças genômicas, de forma que na análise filogenética ficou evidenciado que esta estirpe está classificada no genótipo II, já a estirpe APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 apresentou grandes diferenças genômicas nas sequências deduzidas de aminoácidos de suas principais proteínas estruturais, de forma que na análise filogenética do genoma completo foi demonstrado que esse vírus está classificado no genótipo V. Os dados obtidos a partir do presente estudo podem contribuir consideravelmente para ... / Newcastle disease virus (NDV) is the agent that causes one of the most important diseases in birds and represents a threat to industrial aviculture. NDV is a member of the Paramyxoviridae family, Paramyxovirinae subfamily, Avulavirus genus. Viruses consist of single-stranded, non-segmented, negative-sense, RNA, associated with diseases in respiratory tract, digestive and nervous in birds. The ND control is based on biosafety, use of vaccines and early detection of infected batches. Here we present the complete genome sequence and phylogenetic analysis of a lentogenic strain (LaSota) and a velogenic strain (APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75) of NDV. The results revealed that the genome of LaSota and APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 are constituted respectively by a total of 15,186 and 15,192 nucleotides and six genes in the order 3'-NP-P-M-F-HN-L-5’. The cleavage site of fusion protein (F) in LaSota strain shows the amino acid sequence found in non-virulent NDV strains, as opposed to happen with APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 strain, the cleavage site of the F protein has the amino acid sequence corresponding to that found in virulent strains of NDV. The complete genome of LaSota strain showed no genomic differences and the phylogenetic analysis evidenced that this strain is classified in genotype II. The APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 strain there are large differences in the genomic sequences and in the deduced amino acid sequences of its major structural proteins, so the phylogenetic analysis of the complete genome was demonstrated that this virus is classified in genotype V. This study can contribute significantly to understand better the genomic evolution of NDV in Brazil and in Americas, such as these strains with genotypic and phenotypic characteristics were no longer isolated in Brazil after 1975, while continued to be isolated in North America

Orientador: Antonio Nader Filho / Banca: Luciano Menezes Ferreira / Banca: Luiz Francisco Zafalon / Banca: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Angela Cleusa de Fátima Banzatto de Carvalho / Resumo: A mastite bovina é a principal doença do gado leiteiro em todo o mundo, devido a sua elevada ocorrência, aos prejuízos econômicos que acarreta aos produtores e à perda da qualidade do leite. Dentre os agentes da mastite, o Staphylococcus aureus é o mais frequentemente isolado. Sabe-se que o conhecimento do perfil molecular deste microrganismo é de fundamental importância para uma melhor compreensão dos estudos epidemiológicos de dispersão deste patógeno nas propriedades rurais. Sendo assim, durante o período de janeiro a abril de 2009, 222 vacas lactantes pertencentes a 12 propriedades rurais situadas no Município de Sacramento-MG foram submetidas ao California Mastitis Test (CMT). Foram colhidas amostras de leite dos quartos reagentes ao CMT, assim como do leite produzido em cada propriedade rural e do leite de conjunto das 12 propriedades contido em dois tanques de expansão comunitários. Paralelamente, foram colhidas, também, amostras dos óstios papilares, dos latões, dos baldes, dos coadores, dos insufladores das ordenhadeiras, das mãos dos ordenhadores, da superfície dos tanques de expansão, da tubulação auxiliar no transvase do leite, da água utilizada no processo de produção e da água utilizada para higienização dos tanques comunitários. A partir das 446 amostras colhidas nos diversos pontos, 244 estirpes foram isoladas e caracterizadas bioquimicamente como estafilococos coagulase-positivos. O fragmento de DNA cromossômico específico da espécie de S. aureus foi amplificado em 106 estirpes, das quais 103 foram submetidas à eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os pontos de colheita de amostras que apresentaram maior frequência de isolamento de estirpes de Staphylococcus aureus foram os óstios papilares (31,1%), o leite das vacas reagentes ao CMT (21,7%), os insufladores das ordenhadeiras mecânicas (21,7%), o leite dos latões (6,6%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bovine mastitis is a main disease in milk cattle worldwide. Staphylococcus aureus is the most frequently isolated among mastitis agents. The microorganism's molecular profile is of paramount importance for a better understanding of epidemiologic studies of these pathogens on farms and ranches. Two hundred twenty-two cows on 12 farms in the municipality of Sacramento-MG, Brazil were tested by the California Mastitis Test (CMT) between January and April 2009. Milk samples were collected from four CMT reagents, from the milk produced on each farm and from milk collectively collected from the 12 farms and maintained in two community bulk tanks. At the same time samples of papillary ostia were collected from milk pails, cans, sieves, milking machine insufflators, milkers' hands, from the water used on the 12 farms and from the two community bulk tanks. Two hundred and forty-four strains among the 446 samples collected from several sites were isolated and biochemically characterized as positive coagulase Staphylococcus. Chromosome DNA fragment, specific to S. aureus, was amplified in 106 strains. Further, when 103 S. aureus strains underwent pulsed field gel electrophoresis (PFGE), the samples' collection sites with the highest isolation frequency of S. aureus strains were papillary ostia (31.1%), milk of cows which reacted to CMT (21.7%), the insufflators of milking machines (21.7%), milk in pails (6.6%) and milk in the community bulk tanks (5.6%). Since 32 different pulsotypes were identified, genetic heterogeneity existed among the 106 S. aureus isolated strains. Pulsotype 1 had the highest similarity among the S. aureus isolated strains at the different sites of the milk production flowchart. Since highest isolation frequency of pulsotype 1 of S. aureus strains were papillary ostia (10.6%), milk of cows which reacted to CMT (5.8%), the insufflators of milking machines (3.8%)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-12Bitstream added on 2014-06-13T18:20:29Z : No. of bitstreams: 1 pires_fv_me_botfm.pdf: 971753 bytes, checksum: e0024dc8e5a05bbf7c3af4c01338c186 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Estudos recentes apontam para elevação da incidência e gravidade das infecções por Saphylococcus aureus. Esse fato é agravado pela ampla disseminação de isolados resistentes à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) nos hospitais, e sua recente emergência na comunidade. A colonização nasal de indivíduos assintomáticos é a maior responsável pela persistência e disseminação de S. aureus nas populações humanas. Assim sendo, inquéritos de carreamento nasal são importantes para estimar a “carga”(burden) de S. aureus como um todo e de MRSA na comunidade. Este projeto tem por objetivo identificar a prevalência e fatores de risco para carreamento de S. aureus e MRSA em população de área urbana de Botucatu, São Paulo. Adicionalmente, o estudo se propôs a realizar caracterização molecular da clonalidade e resistência de isolados colonizantes nasais. Para tanto, foram selecionada uma amostra de 686 pessoas com mais de um ano de idade, estratificada por local de residência, gênero e idade. Foram colhidas secreções nasais por meio de swabs, que posteriormente foram semeados em meio de cultura. Ao mesmo tempo, foram identificados dados demográficos e clínicos dos sujeitos da pesquisa. Isolados de S. aureus foram submetidos a testes de suscetibilidade à meticilina/oxacilina (fenotípicos e genotípicos) e, se resistentes, à caracterização do cassete cromossômico SCCmec. Foi também realizada caracterização clonal dos isolados de MRSA por Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) e Multilocus Sequence Typing (MLST). Quando foram identificados carreadores de MRSA, foi obtidas amostras de seus contactantes domicilares para caracterização de clusters. Análises estatísticas foram realizadas para identificar fatores de risco para carreamento de S. aureus como um todo e MRSA em particular... / Recent studies point out to increasing incidence and severity of infections caused by Staphylococcus aureus. This phenomenon is aggravated by the widespread dissemination of methicillin-resistant isolates (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) in hospitals, and their recent emergence in the community. The nasal colonization of asymptomatic individuals is a determinant of the persistence and spread of S. aureus in human populations. Therefore, investigations of nasal carriage are important for estimating the burden of S. aureus as a whole and of MRSA in the community. This study aimed to identify the prevalence and risk factors for nasopharyngeal carriage of S. aureus and MRSA in the urban population in the city of Botucatu, São Paulo. Additionally, the study included molecular characterization of resistance and strain typing of isolates. We selected a sample of 686 people over one year of age, stratified by place of residence, gender and age. Nasal secretions were screened with swabs, which were plated in culture medium. We also aimed to identify demographic and clinical data of the study subjects. Isolates of S. aureus were tested for susceptibility to methicillin / oxacillin (phenotypic and genotypic test) and, if resistant, to the characterization of chromosome cassette SCCmec. Clonal characterization of MRSA isolates by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and Multilocus Sequence Typing (MLST) was also performed. When MRSA carriers were identified, samples were obtained from their household contacts in order to characterize clusters. Statistical analyzes were performed to identify risk factors for carrying of S. aureus as a whole and MRSA. Prevalence of S. aureus and MRSA carriage were 32.7% (95% CI = 29.2% - 36.2%) and 0.9% (0.4% -1.8%), respectively. Independent risk factors for colonization by... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by LETICIA CHAMMA LASTÓRIA (lelastoria@yahoo.com.br) on 2016-06-30T19:14:39Z No. of bitstreams: 1 MestradoCORRIGIDO - PDF.pdf: 2088587 bytes, checksum: 05ada9bd23eac2f3af4059632d527df0 (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-07-04T12:49:01Z (GMT) / Submitted by LETICIA CHAMMA LASTÓRIA (lelastoria@yahoo.com.br) on 2016-07-06T13:41:54Z No. of bitstreams: 1 Mestrado com ficha catalográfica pdf.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-06T16:29:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lastoria_lc_me_bot.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-06T16:29:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lastoria_lc_me_bot.pdf: 2116809 bytes, checksum: 85e18d24252e4dc8707e401c57bbe62c (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Staphylococcus aureus resistente à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) é cada vez mais reconhecido como uma ameaça para pessoas vivendo com HIV/AIDS (PVHA). No entanto, a magnitude da colonização por MRSA varia entre diferentes países e regiões geográficas. Nós realizamos um estudo que teve por objetivo identificar a prevalência e os fatores de risco para colonização por S. aureus como um todo e MRSA em PVHA residindo em cidades de pequeno porte do interior do Estado de São Paulo. Isolados de MRSA foram caracterizados por Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE) e tiveram o Cassete Cromossômico Estafilocóccico (Staphylococcal Chromosome Cassete, SCC) mec tipado. Análise espacial foi realizada para identificar agregados geográficos e correlação com indicadores socioeconômicos. No primeiro momento, realizamos um estudo de prevalência pontual coletando swab nasal e de orofaringe de 368 PVHA atendidas em ambulatório de referência em Botucatu, SP. Sessenta e sete sujeitos residentes na cidade sede foram seguidos com coletas em dois outros momentos, e tiveram seus contactantes domiciliares também investigados para colonização. As taxas de prevalência de S. aureus e MRSA no primeiro levantamento foram 25,8% e 2,7%. A colonização por S. aureus foi negativamente associada com o uso de antibióticos beta-lactâmicos e drogas ilícitas. Por outro lado, fatores de risco para MRSA incluíam uso de crack e internação hospitalar recente. Inquéritos repetidos identificaram novos casos de colonização por MRSA, mas nenhum sujeito apresentou positividade em mais de uma ocasião. Quatro clusters foram identificados na PFGE, agrupando sujeitos em diferentes níveis – domicílio, cidade, região. Dos 19 isolados caracterizados, apenas um não carreava o SCCmec tipo IV. Análise espacial identificou hot spots par sujeitos colonizados com S. aureus, mas não conseguimos ligar esse padrão a indicadores sócio-econômicos. Em conclusão, nós idenficamos baixa – mas relevante – prevalência de MRSA em PVHA. Foram identificados tanto fatores de risco tradicionalmente associados a aquisição na comunidade quanto outros ligados a exposição a hospitais, de modo que as rotas predominantes de transmissão não puderam ser determinadas com base epidemiológica. / Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is increasingly recognized as a threat for people living with HIV/AIDS (PLWHA). However, the magnitude of asymptomatic MRSA colonization in that group varies among different countries and geographic regions. We conducted a study that aimed at identifying the prevalence and risk factors for both overall S. aureus and MRSA colonization among PLWHA attending in small cities from inner São Paulo State, Brazil. MRSA isolates were characterized using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), and submitted to typing of the Staphylococcal Chromosome Cassete (SCC)mec. Spatial analysis was performed to search for geographical clusters and correlation with socioeconomic indicators. In a first point prevalence survey, nasal and oropharyngeal swabs of 368 people were collected. Sixty-seven subjects from the main city (Botucatu) were surveyed for colonization in two other occasions, and had swabs collected from household members. The prevalence rates for S. aureus and MRSA in the first survey were 25.8% and 2.7%. The overall S. aureus colonization was negatively associated with the use of beta-lactams and of illicit drugs. On the other hand, MRSA colonized subjects were more likely to use crack and to have been admitted to a hospital during the past year. Repeated surveys found additional cases of MRSA colonization, but all subjects were positive in only one occasion. Four PFGE clusters were characterized, grouping subjects in household, city and region level. Of 19 total MRSA isolates, only one did not harbor SCCmec type IV. Spatial analysis detected hot spots of S. aureus colonized subjects from Botucatu, but that finding could not be linked to socio-economic indicators. In conclusion, we found small but relevant prevalence of MRSA among PLWHA. Community and healthcare-associated risk factors were identified, so that predominant routes of transmission could not be determined on epidemiological grounds.

Orientador: Oswaldo Durival Rossi Júnior / Banca: Naiá Carla Marchi de Rezende Lago / Banca: José Paes de Almeida Nogueira Pinto / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Angela Cleusa de Fátima Banzatto de Carvalho / Resumo: O gênero Aeromonas compreende espécies consideradas importantes patógenos para os seres humanos sendo as gastrenterites as infecções mais comumente atribuídas a estas bactérias. Tendo em vista sua importância como patógeno de origem alimentar, a ocorrência de Aeromonas sp. foi estudada em carcaças bovinas e ambiente do abatedouro em uma indústria do estado de São Paulo. Foram colhidas 285 amostras de 19 locais. Foi realizada a contagem direta por semeadura em meio seletivo, pesquisa e caracterização de espécies após enriquecimento seletivo, teste de susceptibilidade a antimicrobianos e caracterização molecular dos isolados pelas técnicas de REP e ERIC-PCR. A contagem direta permitiu a quantificação destas bactérias em apenas 12 amostras, variando de 0,5 a 9,2 x 100 UFC/cm2, sendo cinco delas de ambiente, com populações que variaram de 1,0 x 100 a 3,0 x 100 UFC/placa. Entretanto, após o enriquecimento seletivo, aeromonas foram isoladas de 38 amostras. A caracterização bioquímica das espécies permitiu verificar a ocorrência de A. caviae, A. schubertii, A. trota e A. sobria. Os testes com antimicrobianos revelaram resistência de todas as cepas a ampicilina e cefalotina, e para os demais antimicrobianos esta foi variável. A resistência da totalidade dos cultivos a determinados princípios indica que os antimicrobianos devem ser utilizados criteriosamente com a finalidade de evitar o surgimento precoce de cepas de Aeromonas sp. resistentes. As técnicas moleculares não possibilitaram a identificação precisa da origem das bactérias na indústria, mas possibilitaram identificar os manipuladores como disseminadores das mesmas. Ainda, a maior prevalência de A. caviae deve ser considerada relevante, pois trata-se de uma das espécies causadoras de gastrenterite em humanos. / Abstract: The genus Aeromonas comprises important human pathogens and the gastroenteritis are the most common infections attributed to these microorganisms. Considering their importance as foodborne pathogens, the occurrence of Aeromonas sp. was studied on bovine carcasses and environment in an industry in São Paulo State. From 19 location were collected 285 samples. It was done the direct count by seeding on selective medium and biochemical characterization of the species after selective enrichment, antimicrobial susceptibility test and molecular characterization of the isolates by REP and ERICPCR. The direct count permitted bacteria quantification only in 12 samples ranging from 0.5 to 9.2 x 100 CFU/cm2 and five of then were from environment, ranging from 1,0 x 100 a 3,0 x 100 CFU/plate. However after selective enrichment, aeromonas were isolated from 38 samples. Biochemical characterization permitted to verify the occurrence of 59 samples of A. caviae, one of A. schubertii, one of A. trota and one of A. sobria. Antimicrobial test revealed all isolates were resistant to ampicillin and cephalotin, while the results for the other antimicrobials were variable. Resistance of all isolates to some principles indicates that antimicrobials must be used critically to avoid early development of resistant Aeromonas sp. Molecular techniques did not identify precisely the origin of the contamination into the industry, but identified handlers as agent of spreading the bacteria. Also, the greatest prevalence of A. caviae must be considered relevant because it is one of the human gastrenteritis causative species. / Doutor

Orientador: Helio José Montassier / Banca: Samir Issa Samara / Banca: Alessandro de Mello Varani / Banca: João Pessoa de Araujo Junior / Banca: Ricardo Luiz Moro de Sousa / Resumo: O vírus da doença de Newcastle (VDN) é o agente causador de uma das mais importantes enfermidades em aves e representa uma ameaça para a indústria avícola. O VDN é membro da família Paramyxoviridae, subfamília Paramyxovirinae, gênero Avulavirus. São vírus envelopados, não-segmentados dotados de genoma RNA de fita simples sentido negativo, associado à doença do trato respiratório, digestivo e nervoso das aves. O controle da DN se baseia em biossegurança, uso de vacinas e detecção precoce de lotes infectados. No presente estudo foi feito o sequenciamento do genoma completo da estirpe vacinal lentogênica (LaSota) e de um isolado de campo brasileiro patogênico (APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75) do VDN, seguido de análise filogenética. Os resultados revelaram que o genoma das estirpes LaSota e APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 estão constituídos respectivamente por um total de 15.186 e 15.192 nucleotídeos, seis genes na ordem 3'-NP-P-M-F-HN-L-5'. Para a estirpe LaSota o local de clivagem da proteína de fusão (F) apresenta a sequência de aminoácidos correspondentes às encontradas em estirpes não virulentas do VDN, oposto ao que acontece com a estirpe APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75, no qual o sítio de clivagem da proteína F apresenta a sequência de aminoácidos correspondente às encontradas nas estirpes virulentas do VDN. O genoma completo da estirpe LaSota não apresentou grandes diferenças genômicas, de forma que na análise filogenética ficou evidenciado que esta estirpe está classificada no genótipo II, já a estirpe APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 apresentou grandes diferenças genômicas nas sequências deduzidas de aminoácidos de suas principais proteínas estruturais, de forma que na análise filogenética do genoma completo foi demonstrado que esse vírus está classificado no genótipo V. Os dados obtidos a partir do presente estudo podem contribuir consideravelmente para ... / Abstract: Newcastle disease virus (NDV) is the agent that causes one of the most important diseases in birds and represents a threat to industrial aviculture. NDV is a member of the Paramyxoviridae family, Paramyxovirinae subfamily, Avulavirus genus. Viruses consist of single-stranded, non-segmented, negative-sense, RNA, associated with diseases in respiratory tract, digestive and nervous in birds. The ND control is based on biosafety, use of vaccines and early detection of infected batches. Here we present the complete genome sequence and phylogenetic analysis of a lentogenic strain (LaSota) and a velogenic strain (APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75) of NDV. The results revealed that the genome of LaSota and APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 are constituted respectively by a total of 15,186 and 15,192 nucleotides and six genes in the order 3'-NP-P-M-F-HN-L-5'. The cleavage site of fusion protein (F) in LaSota strain shows the amino acid sequence found in non-virulent NDV strains, as opposed to happen with APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 strain, the cleavage site of the F protein has the amino acid sequence corresponding to that found in virulent strains of NDV. The complete genome of LaSota strain showed no genomic differences and the phylogenetic analysis evidenced that this strain is classified in genotype II. The APMV-1/Chicken/Brazil/SJM/75 strain there are large differences in the genomic sequences and in the deduced amino acid sequences of its major structural proteins, so the phylogenetic analysis of the complete genome was demonstrated that this virus is classified in genotype V. This study can contribute significantly to understand better the genomic evolution of NDV in Brazil and in Americas, such as these strains with genotypic and phenotypic characteristics were no longer isolated in Brazil after 1975, while continued to be isolated in North America / Mestre

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Eliana Aparecida Varanda / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes como Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) e Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. Foram analisados isolados clínico de pacientes portadores de tuberculose pulmonar no município de Araraquara, entre os anos 2000 e 2006, através de genotipagem por RFLP e Spoligotyping (n=122). A técnica de RFLP permitiu a identificação de um índice de 26,4% de casos de tuberculose proveniente de infecção recente na cidade de Araraquara, no período de 2000 a 2006. Verificou-se relação epidemiológica em cerca de 68% dos casos envolvendo grupos genéticos identificados pelo RFLP. Destaca-se as transmissões intradomiciliares e a moradia em condomínios residenciais do CDHU. A técnica de RFLP permitiu a distinção de dois grandes grupos genéticos, A e B, dentre os isolados de Araraquara. Cerca de 73% dos spoligotipos obtidos foram identificados no Banco Internacional de Spoligotyping SpolDB4, sendo as famílias LAM, T e H as mais predominantes e cerca de 27% dos spoligotipos encontrados apresentaram perfis não descritos no SpolDB4. A associação do RFLP, Spoligotyping e MIRU não foi uma boa ferramenta para a análise genética dos isolados clínicos visando esclarecimentos epidemiológicos. Embora a genotipagem através do RFLP permita uma melhor discriminação entre os isolados bem como uma excelente associação entre amostras relacionadas epidemiologicamente, a técnica de Spoligotyping associada ao MIRU permite uma boa discriminação entre os isolados clínicos, da mesma forma que propicia uma satisfatória correlação entre casos ligados epidemiologicamente / Abstract: Molecular epidemiology study using different current methods such as Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) and Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) modified tuberculosis epidemiology comprehension. Clinical isolates from pulmonary tuberculosis patients from Araraquara, between 2000 and 2006, were genotyped through RFLP and Spoligotyping (n=122). RFLP provided the identification of a 26.4% level of tuberculosis cases caused by recent infection in the period. Epidemiologic association were verified in 68% of the cases in clusters identified by RFLP. Intradomiciliary transmissions and living in residential condominiums from CDHU were important factors. RFLP fingerprint provides the distinction of two big genetic groups, A and B, among Araraquara isolates. About 73% of spoligotypes were described in the International Spoligotyping Database SpolDB4 and LAM, T and H families were the most frequent, in the other hand, 27% of spoligotypes had unique profifes not described in SploDB4. RFLP, Spoligotyping and MIRU association was not a good tool to genotype clinical isolates in order to provide epidemiological understandings. Although RFLP fingerprinting allows a better discrimination as well as an excellent association among epidemiological related isolates, Spoligotyping associated with MIRU provides a good discrimination among clinical isolates as well as provides a satisfactory correlation among cases epidemiological connected / Doutor

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Henrique Ferreira / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. A técnica Spoligotyping tem sido extensamente aplicada no estudo da epidemiologia molecular da tuberculose, para abordar estrutura populacional do M. tuberculosis, atentando para identificar principais linhagens e distribuições geográficas. Por outro lado, técnicas moleculares para diferenciar cepas de M. tuberculosis, tais como RFLP e MIRU possibilitam agrupar isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes de pacientes que apresentam ligações epidemiológicas, identificando cadeias de transmissão e discriminando os isolados a nível clonal. A presente dissertação objetivou utilizar as técnicas de Spoligotyping e MIRU, para compreender um pouco mais sobre a tuberculose de uma metrópole, avaliando isolados provenientes do Ambulatório do Instituto Clemente Ferreira (referência no tratamento de tuberculose) na cidade de São Paulo. Os isolados clínicos de pacientes atendidos no período de agosto de 2006 a julho de 2008 foram reidentificados pela técnica molecular de PCR, e as cepas identificadas como de M. tuberculosis foram submetidas à genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU. Foi confirmada a identificação de M. tuberculosis em 93 isolados clínicos pela técnica de PCR-IS6110. No Spoligotyping, do total de 93 isolados, 21 amostras (22,6%) revelaram spoligotipos ainda não descritos na base de dado mundial (SpolDB4, SITVIT e Spotclust) e 51 (54,8%) estavam envolvidos em 12 cluster, 7 diferentes famílias e 36 spoligotipos. A família mais freqüente foi a LAM (26 isolados), seguida de T (24 isolados) e Haarlem (11 isolados), que juntos representaram 65,4% de todos os isolados. Essas 3 famílias representam os genótipos mais freqüentemente encontrados na África, América Central, América do Sul e Europa. Seis SITs... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular epidemiology study using different techniques has improved the epidemiology of tuberculosis understanding. The Spoligotyping technique has been widely applied in the study of molecular epidemiology of tuberculosis, to address population structure of M. tuberculosis, focusing on the identification of the main lines and geographic distributions. Furthermore, molecular techniques used to differentiate strains of M. tuberculosis, such as RFLP and MIRU can be used for clustering clinical isolates of M. tuberculosis from patients with epidemiological links, identifying chains of transmission and discriminating isolates at the clonal level. In this work the techniques of Spoligotyping and MIRU were used to understand a little more about tuberculosis in a metropolis, assessing isolates from the Ambulatory Clemente Ferreira Institute (reference in the treatment of tuberculosis) in São Paulo. Clinical isolates from patients treated between August 2006 and July 2008 were re-identified by the molecular technique of PCR, were strains identified as M. tuberculosis were evaluated through genotyping the use of Spoligotyping and MIRU techniques. By PCR-IS6110 the identification of M. tuberculosis was confirmed in 93 clinical isolates. The total of 93 isolates, 21 samples (22.6%) in Spoligotyping showed spoligotypes have not yet been described in the world's data base (SpolDB4, SITVIT and Spotclust) and 51 (54.8%) were involved in 12 clusters, seven different families and 36 spoligotypes. The most frequent family was the LAM (26 isolates), followed by T (25 isolates) and Haarlem (11 isolates), which together accounted 65,4% of all isolates. These three families represent the most frequently genotypes found in Africa, Central America, South America and Europe. Six SITs accommodated 51.4% (37/72) of all isolates identified in SpolDB4 (SIT53, SIT50, SIT42, SIT60, SIT17 and SIT1). By technique... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2006. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-01T16:12:00Z No. of bitstreams: 1 2006_Verônica Sales Veras.pdf: 1991148 bytes, checksum: c65f7a69d21ef64700737a4aaa4d882d (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2009-12-06T21:13:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Verônica Sales Veras.pdf: 1991148 bytes, checksum: c65f7a69d21ef64700737a4aaa4d882d (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-06T21:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Verônica Sales Veras.pdf: 1991148 bytes, checksum: c65f7a69d21ef64700737a4aaa4d882d (MD5) Previous issue date: 2006 / O HIV-1 é caracterizado por uma ampla diversidade genética, que possui implicações na epidemiologia da AIDS em uma dada região geográfica. O objetivo deste estudo foi descrever a variabilidade intersubtipo e intra-subtipo dos isolados do HIV-1 circulantes no Distrito Federal, região Central do Brasil. Cinqüenta e três amostras de RNA do ano de 2002, cedidas pelo Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal, foram transcritas reversamente. Os cDNAs foram amplificados por nested PCR para a obtenção de um fragmento de 564 pb, equivalente a região C2/C3 de env. Os produtos de PCR foram submetidos ao seqüenciamento automático e as seqüências obtidas foram analisadas pelo programa REGA. Os subtipos identificados foram o B, presente em 51 (96,2%) das 53 amostras, um isolado F1 (1,9%) e um isolado B/F (1,9%). As análises filogenéticas realizadas pelo método de máxima verossimilhança foram 100% concordantes com os resultados obtidos pelo programa REGA. A caracterização das formas genéticas do HIV-1 foi também realizada a partir das regiões genômicas: RT, PR, nef e gag, para melhor avaliar a diversidade genética dos isolados do HIV-1. Foi observada a ocorrência de oito (15%) amostras discordantes, todas recombinantes B/F. As seqüências de aminoácidos preditas de 41 isolados foram analisadas para a caracterização da variabilidade genética e antigênica intra-subtipo. Dentre os isolados do subtipo B, foi encontrada uma alta heterogeneidade do tetrapeptídeo localizado no topo do loop V3. O mais prevalente foi o motivo GPGR (50%) típico dos isolados norte-americanos/europeus, seguido pelo variante brasileiro B’’ GWGR (10%), pelos motivos GFGR (7,5%) e GPGK (7,5%) e GLGR (5%). Outros 8 polimorfismos foram descritos: GPGN, GPGA, GPGY, GQGR, GPGS, ALGR, APGG, GPGH. Os motivos GPGY e ALGR não estão relatados na literatura. Aminoácidos de carga positiva nas posições 11 e/ou 25, do loop V3, também foram avaliados. Resíduos positivos nessas posições foram observados em 22% dos isolados, sugerindo o fenótipo X4 e indutor de sincícios. O loop V3 de env possui importância na indução de anticorpos neutralizantes e no reconhecimento do co-receptor e a presença de variabilidade neste domínio pode ter implicações no desenvolvimento de vacinas e na resposta imune do HIV-1. Este estudo pretendeu contribuir para a compreensão dos polimorfismos genéticos do HIV-1 no Brasil, e pode ser útil para o planejamento do uso de vacinas anti-HIV-1 no Distrito Federal. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The HIV-1 is characterized by a high genetic diversity. Such diversity has potential implication on the local epidemiology of AIDS. This work aimed to describe the inter-subtype and intra-subtype variability of HIV-1 isolates circulating in the Federal District, Central Brazil. Fifty-three RNA samples, of the year 2002, from a Public Health Laboratory of Federal District were reversely transcribed. Complementary DNA were amplified by nested PCR to obtain a fragment of 564 bp, corresponding to the env C2/C3 region. The PCR products were automatically sequenced. The sequences obtained were analyzed by the REGA. Subtypes identified were B 53 (96.2%), F 1 (1.9%) and B/F 1 (1.9%). Phylogenetic analysis based on the C2/C3 env DNA sequence from the HIV-1 isolates analyzed was 100% concordant with REGA results. These data were complemented with the subtype characterization based on gag, pol and nef, to evaluate the genetic diversity of HIV-1 isolates in this geographic region. We observed discordance in 8 samples (15%), all presented mosaic genomic B/F forms. The amino acid sequences of 41 HIV-1 isolates were analyzed for the genetic and antigenic intra-subtype diversity. High heterogeneity was observed at the tetrapeptide on tip of the V3 loop in the subtype B variants. The most prevalent was the GPGR (50%) typical in the U.S./European strains, followed by the Brazilian variant B’’(GWGR), (10%), the GFGR (7.5%) and GPGK (7.5%) motifs and the GLGR motif (5%). Other V3 variants were found in 8 isolates (20%): GPGN, GPGA, GPGY, GQGR, GPGS, ALGR, APGG, GPGH. The tetrapeptide sequences GPGY and ALGR were not previously described in the literature. Amino acids with positively charge at the position 11 and/or 25, at the V3 loop, were also analyzed. It was observed that 22% of the HIV-1 isolates presented charged residues at these positions, suggesting a X4 and syncytium-inducing profile. As the V3 loop is considered to be important for neutralizing antibodies and corecpetor recognition, the presence of such variability in this genomic region may have considerable implications on vaccine design and immune response. This study may contribute to the understanding of HIV-1 genetic polymorphism in Brazil, and may prove useful for the development of appropriate anti- HIV vaccines in the Federal District.

Orientador: Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-05T09:55:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bratfich_OrlandoJose_D.pdf: 1128343 bytes, checksum: 5a4d981849f245636703326e9af0c8ad (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Isolados clínicos de Staphylococcus epidermidis provenientes de infecções de corrente sangüínea do hospital de clínicas HC ¿ UNICAMP, Campinas foram analisados. Os isolados foram caracterizados por análises fenotípicas e genotípicas. Os testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foram realizados para comparar os métodos de disco difusão, concentração inibitória mínima e diluição em Agar, para determinar a relevância clínica da resistência aos antimicrobianos. Foram analisados a presença do gene mecA por PCR, produção de biofilme, genotipagem por PFGE com enzima SmaI. Dados epidemiológicos dos pacientes foram analisados para detectar a importância clínica dessas cepas. Para oxacilina 82 isolados foram resistentes, sendo que 78 (95,12%) apresentaram reação de PCR positiva para o gene mecA, dois isolados apresentaram-se como hiperprodutores de ß-lactamases. Para teicoplanina os testes de CIM apresentaram 52 isolados sensíveis, 35 isolados intermediários e 13 isolados resistentes e, quando comparado com os testes de disco difusão foram observadas discordâncias em 43% dos isolados, onde o teste de disco difusão não foi capaz de identificar isolados intermediários e resistentes (P < 0,001). Para vancomicina um único isolado apresentou resultado intermediário com CIM de 8,0 µg/mL. Isolados vancomicina resistentes não foram observados. Analises dos dados epidemiológicos, através de regressão logística, as variáveis estatisticamente significantes foram neutropenia (P = 0,002) e quimioterapia (P = 0,015). As análises genotípicas por PFGE demonstraram a disseminação clonal de S. epidermidis no ambiente hospitalar e verificou-se que testes dilucionais são necessários quando se estudam glicopeptideos. A análise filogenética demonstrou grande estabilidade e adaptabilidade genética do gene mecA responsável pela resistência a oxacilina / Abstract: Clinical strains of Staphylococcus epidermidis taken from bloodstream infection from UNICAMP (teaching hospital in Campinas São Paulo State, Brazil) were analyzed. The strains were characterized by phenotypic and genotypic analysis. The antimicrobial susceptibility tests were made to compare the disk diffusion tests, MIC, and agar-salt screening-test to determine the relevant clinical antimicrobial resistance. There were also made PCR assays for mecA detection, biofilm production, genotypic by SmaI-digested and pulsed-field gel electrophoresis. Patients epidemiological data were employed to determine the major clinical importance of these strains. For oxacillin 82 strains were resistant, and 78 (95.12%) had positive PCR assay for mecA gene, and two strains presented characteristics of ß-lactamases hyperproduction. In the MIC tests for teicoplanin, 52 strains were susceptible; 35 strains intermediate and 13 strains were resistant, and when compared to the results obtained by disk diffusion tests, MIC, were observed discordant results in 43% of the strains where the disk diffusion test was not able to identify strains intermediate and resistant (P < 0.001). MIC test had only one intermediate of 8.0 µg/mL for vancomycin. Strains vancomycin-resistant were not observed. The variable data statistically significant in the logistic regression analysis related to the treatment of the BSI by S. epidermidis were: neutropenia (P = 0.002) and chemotherapy (P = 0.015). The genotyping analysis of isolates demonstrated a clonal distribution of S. epidermidis in the hospital environment and it was checked that dilution tests are necessary when glycopeptides are being studied.. The phylogenetic analysis showed great genetic stability and adaptability of the mecA gene responsible for the oxacillin resistance / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica