CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O vÃrus da hepatite C à considerado como o principal agente causador de hepatite nÃo-A, nÃo-B e, desde sua descoberta em 1989, tem sido reconhecido como a principal causa de doenÃa crÃnica do fÃgado em todo o mundo. O VHC possui um genoma de RNA de sentido positivo e à classificado como um flavivÃrus. O vÃrus apresenta considerÃvel variabilidade em sua seqÃÃncia e as variantes do VHC podem ser divididas em seis genÃtipos principais (numerados de 1 a 6) e diversos subtipos. A distribuiÃÃo dos genÃtipos varia tanto geograficamente, quanto entre os grupos de risco. Este estudo teve como objetivo analisar a distribuiÃÃo dos genÃtipos do VHC entre pacientes atendidos em um hospital de referÃncia em Fortaleza, CearÃ. Cento e vinte pacientes com sorologia positiva para anti-VHC ou histÃria clÃnica sugestiva de infecÃÃo pelo vÃrus foram estudados. O RNA viral foi extraÃdo a partir do soro dos pacientes e a detecÃÃo molecular do vÃrus foi feita por PCR, utilizando iniciadores especÃficos para a regiÃo 5 (linha) nÃo-codificadora do genoma viral. A genotipagem foi baseada em tÃcnica de RFLP utilizando as enzimas de restriÃÃo HaeIII, RsaI, MvaI e HinfI. Noventa e seis pacientes (80%) foram positivos no teste qualitativo para VHC. A mÃdia de idade desses pacientes foi de 44 anos. HistÃria clÃnica de cirurgia foi o fator de risco mais presente, seguido por transfusÃo sangÃÃnea, DST, uso de drogas, tatuagem, diÃlise e exposiÃÃo ocupacional. A relaÃÃo entre o resultado do teste qualitativo e o uso de drogas apresentou significÃncia estatÃstica, com 96% dos usuÃrios de drogas positivos para VHC. NÃo houve diferenÃa significativa no resultado do teste qualitativo quando transfusÃes sangÃÃneas feitas antes ou depois de 1993 foram analisadas. ManifestaÃÃes clÃnicas ou Ãndices de ALT alterados tambÃm nÃo foram preditivos de positividade para VHC. O genÃtipo 1 foi o mais prevalente na populaÃÃo estudada (46,9%), seguido pelos genÃtipos 3 (34,4%) e 2 (8,3%). O genÃtipo 4 viral foi detectado em um paciente. Em nove amostras nÃo foi possÃvel a genotipagem do VHC. Esses casos foram denominados indeterminados. CaracterÃsticas epidemiolÃgicas como idade, sexo, fatores de risco, Ãndices de ALT e manifestaÃÃes clÃnicas foram relacionadas com os diversos genÃtipos virais. A distribuiÃÃo dos genÃtipos virais entre as categorias estudadas ocorreu de forma homogÃnea na maioria dos casos. Foi observada significÃncia estatÃstica apenas na relaÃÃo entre genÃtipo e exposiÃÃo ocupacional ao VHC, com predominÃncia do genÃtipo 1 neste grupo de risco. NÃo foram observadas co-infecÃÃes com mais de um genÃtipo viral. / Hepatitis C virus is considered as the main causative agent of non-A non-B hepatitis and has been recognised as the major cause of chronic liver disease worldwide, since its discovery in 1989. It has a positive-sense RNA and belongs to the flavivirus family. The HCV shows considerable sequence variability and its variants can be divided into six main genotypes (numbered from 1 to 6) and several subtypes. The genotypes distribution varies from the geographic area and among risk groups. This study had the main aim to study HCV genotypes distribution in patients from a reference hospital in Fortaleza, Ceara. It was investigated a hundred and twenty patients with anti-HCV positive or clinical history suggesting virus infection. Viral RNA was extracted from patients serum and the virus molecular detection was made by PCR, using specific primers to the 5â non-coding region of viral genome. Genotyping was based in a RFLP technique, using the restriction enzymes HaeIII, RsaI, MvaI and HinfI. Ninety six patients (80%) were positive in the qualitative test for HCV. The mean age of these patients was 44 years old. Surgery clinical history was the most frequent risk factor, followed by blood transfusion, sexual transmitted disease, drugs use, tattoos, dialysis, and occupacional exposure. The relation between qualitative test result and drug users showed statistical significance, with 96% of drugs users being positive for HCV. There was no significant difference in qualitative test result when we analysed blood transfusions done after or before the year 1993. Clinical symptoms and ALT levels also were not predictive of HCV positive result. Genotype 1 was the most prevalent in the studied population (46,9%), followed by genotype 3 (34,4%) and 2 (8,3%). There was also a molecular characterization of one patient with genotype 4 whereas nine samples were not HCV genotyped and were called as undetermined. The epidemiological characteristics such as age, gender, risk factors, ALT levels and clinical manifestations were related with viral genotypes. The HCV genotypes had a homogeneous distribution, in the majority of cases, among the different categories. A statistical significance was observed only when genotype 1 was related to HCV occupational exposure. Co-infections with more than one viral genotype were not observed.

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This study describes TDR and HIV-1 subtypes in protease-PR and reverse transcriptase-RT regions among antiretroviral (ARV) naïve patients from Piauí State (n=89) and Maranhão State (n=106), northeast, Brazil recruited between August 2011 and June 2012. HIV-1 pol gene (protease/PR and 2/3 of reverse transcriptase/RT) was sequenced from RNA. TDR was evaluated using the Calibrated Population Resistance (CPR) tool/Stanford HIV-1 Database, HIV-1 subtypes were defined by REGA software and phylogenetic analyses. Among patients from Piauí State (44 females, 45 males, 22 of them were men who have sex with men-MSM), overall TDR rate was 13.5%. TDR rate among MSM was 27.3% while among heterosexual men TDR rate was 10% and 9.1% among females. Single-class mutations to ARV (RT nucleoside and non nucleoside inhibitors NRTI/NNRTI or PR inhibitors/PI) predominated (10/12): M46L/V82F/L90M (PI), M41L/D67N (NRTI); K103NS/E138A (NNRTI). Two patients had dual class mutations: T215L (NRTI) and E138G/Y188L (NNRTI); T215N (NRTI) and F227L (NNRTI). Subtype B predominated (86.6%), non-subtype B isolates were rare: subtype F1 (n=1), subtype C (n=1). B/F1, F1/B and B/C intersubtype recombinants were observed in 11.2%. In Maranhão State females predominated (54.7%), median age was 31 years (range: 18-72); 78.3% reported heterosexual unprotected sex, 17.9% were MSM, two reported intravenous drug use/IDU. SDRM TDR rate was 3.8% (4/106). TDR was identified in adults (21-45 years), mostly males (3/4), 2 MSM, one IDU. Single-class mutations associated with NRTI (M184V; T215S) or NNRTI (K103S/N) were detected. No major PI mutation was identified; four isolates presented accessory mutations to PI (L10I/F, A71T/V). Subtype B represented 81.1% (86/106), subtype F1 1.9% (2/106), subtype C 2.8% (3/106) and 14.2% (15/106) were recombinants. The moderate frequency of BF recombinants in PI and MA where subtype F1 is rare suggests that recombinants generated in southeast/central-western were introduced and are circulating in northeast Brazil. Among patients from PI, high TDR rate observed among MSM ccontrasts with moderate rate among heterosexual patients. This result indicates that genotyping tests to detect drug resistance and TDR, mainly among MSM can contribute to define surveillance policies and to delineate prevention strategies to help control AIDS epidemic in northeast, Brazil. / Em um país extenso como o Brasil, a vigilância da resistência transmitida a antirretrovirais/TDR deve ser contínua e estendida a diferentes grupos populacionais e regiões geográficas. Na última década, diferenças regionais significativas foram relatadas na epidemia de HIV/aids no Brasil: redução na incidência de casos de aids e mortalidade na região sudeste (epicentro da epidemia) contrastando com aumento significativo de ambos parametros na região nordeste. O objetivo deste estudo foi descrever a prevalência de TDR e subtipos de HIV-1 na protease-PR e parte da transcriptase reversa-TR em isolados de pacientes virgens de tratamento que vivem nos estados do Piauí e do Maranhão, nordeste, Brasil. Pacientes virgens de tratamento antirretroviral/ARV recrutados entre agosto 2011- junho 2012 (Maranhão, n=106; Piauí, n=89) tiveram o gene pol (protease/PR e 2/3 da transcriptasecreversa/TR) sequenciado a partir do RNA. TDR foi avaliada mediante uso da Calibrated Population Resistance (CPR) tool/Stanford HIV-1 Database, subtipos de HIV-1 foram definidos pelo software REGA e por análise filogenética. Entre os pacientes do Piauí (44 mulheres, 45 homens, 22 deles declararam-se homens que fazem sexo com homens/HSH), a taxa de TDR foi 13,5%. TDR entre HSH foi 27,3%. Entre os homens heterossexuais, a taxa de TDR foi de 10% e entre as mulheres 9,1%. Mutações de resistência a uma classe de ARV (inibidores nucleosidicos ou não-nucleosidicos da TR/ITRN/ITRNN ou inibidores da PR/IP) predominaram (10/12): M46L/V82F/L90M (IP); M41L/D67N (ITRN); K103NS/E138A (ITRNN). Dois pacientes tiveram mutações de resistência a duas classes de ARV: T215L (ITRN) e E138G/Y188L (ITRNN); T215N (ITRN) e F227L (ITRNN). O subtipo B representou 86,6%, subtipos não B foram raros: subtipo F1 (n=1) e o subtipo C (n=1). Recombinantes intersubtipos B/F1, F1/B e B/C foram observados em 11,2 % dos isolados. No Maranhão predominou mulheres (54,7%), com mediana de idade de 31 anos (variação: 18-72); 78,3% relatou relação heterossexual desprotegida, 17,9% dos homens declararam-se HSH, dois referiram uso de drogas injetáveis. Entre os pacientes do MA 3,8% apresentou TDR (4/106). TDR foi identificada em adultos (21-45 anos), a maioria do sexo masculino (3/4), 2 HSH, um usuário de droga injetável. Mutações associadas a resistência aos ITRN (M184V; T215S) e aos ITRNN (K103S/N) foram detectadas. Mutações principais aos IP não foram identificadas, quatro isolados apresentaram mutações acessórias aos IP (L10I/F, A71T/V). O subtipo B representou 81,1% (86/106) dos isolados, o subtipo F1 1,9% (2/106), o subtipo C 2,8% (3/106) e 14,2% (15/106) eram recombinantes. A moderada prevalência de recombinantes BF detectada no PI e MA onde a frequência de subtipo F1 é rara, sugere que recombinantes gerados no sudeste/centro-oeste tenham sido introduzidos e estão circulando no nordeste. Nos pacientes do PI, alta taxa de TDR observada entre HSH contrastou com taxa moderada entre heterossexuais. Este resultado indica que a realização de testes de genotipagem para resistência para avaliar TDR, principalmente entre HSH pode contribuir para definir diretrizes de vigilância e delinear estratégias de prevenção para auxiliar o controle da epidemia de aids na região nordeste, Brasil.

Picobirnavirus (PBV) pertencem à família Picobirnaviridae, divididos em duas espécies Human Picobirnavirus e Rabbit Picobirnavirus. São pequenos vírus constituídos de genoma bissegmentado de cadeia dupla de RNA (dsRNA), não envelopados, com capsídeo de simetria icosaédrica, sendo divididos em dois genogrupos, GI e GII. Já foram detectados em fezes humanas e de uma ampla gama de espécies animais, com ou sem sinais diarreicos, sendo considerados agentes emergentes e oportunistas, e seu potencial zoonótico foi sugerido. Entretanto, os estudos epidemiológicos e moleculares de PBV em bovinos são raros na literatura nacional e internacional. Devido à carência de dados a respeito de PBV em bovinos, o presente estudo foi realizado objetivando-se a detecção e caracterização moleculares de cepas de PVB bovinos dos genogrupos GI e GII em amostras fecais de bovinos com ou sem sintomatologia diarreica de diferentes idades e regiões do Brasil. O estudo foi conduzido a partir de 77 animais, obtendo-se 18 (23,3%) amostras positivas para GI, compreendendo animais provenientes dos estados de São Paulo, Minas Gerais e Goiás. Não foram detectadas amostras positivas para GII. A identidade nucleotídica das amostras obtidas apresentou média de 67,4% quando comparadas uma com as outras e de até 83,77% quando comparadas com amostras de PBV de referência. Na reconstrução filogenética, três amostras agruparam-se em clado de PVB humano e somente uma agrupou-se em clado de PVB bovino. Em síntese, os resultados obtidos indicam, de maneira inédita, a circulação de PVB bovino pertencente ao genogrupo GI em diferentes estados brasileiros, com perfis filogenéticos heterogêneos. / Picobirnavirus (PBV) belong to the Picobirnaviridae family, divides into two species Human Picobirnavirus and Rabbit Picobirnavirus. They are small, non-enveloped, bisegmented double-stranded RNA (dsRNA) virus with an icosahedral capsid, being divided into two genogroups, GI and GII. They have been detected in feces of humans and many animal species, with or without diarrheal signs and are considered emerging and opportunistic agents, and its zoonotic potential has been suggested. However, epidemiological and molecular studies of bovine PBV are rare in the national and international literature. Due to lack of data on PBV in cattle, this study was conducted aiming to detect and molecularly characterize bovine PBV strains of GI and GII genogroups in feces from animals with or without diarrheal signs of different ages and regions of Brazil. Seventy-seven animals were sampled, resulting in 18 (23.3%) positive samples for GI, including animals from the states of São Paulo, Minas Gerais and Goiás. There were no positive samples for GII. The nucleotide identity of the samples obtained showed a mean of 67.4% compared to each other and up to 83.77% compared to PBV reference samples. In phylogenetic reconstruction, three samples were grouped in the human PBV clade and only one sample was clustered in the bovine PVB clade. In summary, the results indicate in an unprecedented way the circulation of the bovine PBV belong to GI genogroup in different Brazilian states, with heterogeneous phylogenetic profiles.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 juarezeliassantosjunior_dissert.pdf: 1690383 bytes, checksum: 9dd87174c2d25f09841337ec79d6968f (MD5) Previous issue date: 2010-11-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The parasite Giardia duodenalis, responsible for giardiasis, is commonly found in intestines of mammals, including man, currently considered to be important public health. Molecular research showed that G. duodenalis presents seven genotypes: A, B, C, D, E, F and G. Only genotypes A, which owns the subgenotypes A1 and A2 and B were detected in humans but also in other mammalian hosts. Objective: Evaluate the genotypic frequency of this parasite in humans in the Northwest region and to correlate the presence of diarrhea and their genotypes. Material and Method: Fecal samples were collected in the city of São José do Rio Preto (n = 150) and Araçatuba (n = 154), Northwest of São Paulo, Brazil. The parasitologic diagnosis was done by light microscopy and genotyping of β-Giardin gene by PCR-RFLP. Results: The subgenotype A1 was the most prevalent, however, the subgenotype A2 more frequent in Araçatuba. Genotype B was not found. No significant result was observed between significant stool consistency and subgenotype detected. Conclusion: The distribution of these genotypes may be related to host-parasite interactions in several areas and may influence the clinical and epidemiologic each region. Keywords: 1. Molecular epidemiology; 2. Gene β-giardin; 3. Giardiasis; 4. Northwest of São Paulo. / O parasito Giardia duodenalis, responsável pela giardíase, é comumente encontrado no intestino de mamíferos, inclusive o homem, sendo de importância em saúde pública. Pesquisas moleculares evidenciaram que Giardia duodenalis apresenta sete genótipos: A, B, C, D, E, F e G. Apenas o genótipo A, que possui os subgenótipos A1 e A2, e B foram detectados em humanos, mas também em outros hospedeiros mamíferos. Objetivo: Avaliar a freqüência genotípica deste parasito em humanos no Noroeste Paulista e correlacionar a presença deste enteropatógeno e seus genótipos à diarréia. Material e Método: Amostras fecais foram coletadas nos municípios de São José do Rio Preto (n=150 ) e Araçatuba (n=154), Noroeste do Estado de São Paulo, Brasil. O diagnóstico parasitológico foi feito por meio de microscopia ótica e a genotipagem do gene β-giardina pela técnica de PCR-RFLP. Resultados: O subgenótipo A1 foi o mais prevalente, no entanto, o subgenótipo A2 mais freqüente em Araçatuba. O genótipo B não foi encontrado e nenhum resultado significativo foi observado entre a consistência das fezes e o subgenótipo detectado. Conclusão: A distribuição destes genótipos pode ser relacionada as interações parasito-hospedeiro em diversas áreas, podendo influenciar as características clínico-epidemiológicas de cada região.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese valeria.pdf: 2053227 bytes, checksum: 9897e5628e288900b234c5acbe0fb42b (MD5) Previous issue date: 2008-08-06 / Nowadays, dengue constitute the major public health problem, because is relevant cause of illness and death between thousands people that resident in the tropical and subtropical regions in world. The dengue virus is classified as four serotypes (DENV-1, 2, 3 and 4) according to antigenic differences and characterized intra-typical groups called genotypes. The laboratorial surveillance enables the diagnostic confirmation of dengue infection and monitoring serotypes circulating through the routine diagnostic techniques. Recently, the use molecular techniques has contributed to characterize and monitoring of the genotypes potentially virulent during epidemic and knowledge of biology of dengue virus. This thesis was organized in an introduction section, that include a literature review on dengue, and two manuscripts that describing the research conducted with focus on laboratory diagnostic and molecular epidemiology. The first manuscript entitled Laboratorial Surveillance of Dengue Virus in Central-Brazil, 1994-2003, was published at Journal of Clinical Virology, 2006 37 (3): 179-83. In this study we present the results of the virological surveillance for dengue cases conducted in the city of Goiânia (~1,200,000 population) from 1994 to 2003. Suspected cases were from the main public infectious disease reference hospital and outpatient clinics covering the metropolitan area. Serological and virus isolation tests were conduced at the regional reference laboratory. Our objective was to report dengue circulating serotypes from 1994 to 2003 and the role of distinct serotypes on dengue clinical outcomes in Central Brazil and to characterize serotypes and genotypes by reverse transcriptase PCR (RT-PCR) and by restricted site-specific PCR (RSS-PCR) patterns in selected samples. Laboratory surveillance identified mainly DEN-1 serotype from 1994 to 2002 shifting to a high circulation of DEN-3 in 2003. The adults (87,4%) were the most affected group and dengue fever accounted for the majority of the cases. Diagnosis of dengue was confirmed in ~50% of the suspected and enhanced by RT-PCR. RSS-PCR patterns for DEN-1 and DEN-3 corresponded to the circulating subtypes in the country. The infection DENV-3 did not suggest a major role of infecting DEN-3 in increasing disease severity during its first-year spread in Central Brazil. The second manuscript, to be submitted for publication is entitled: Epidemiologia Molecular do Vírus Dengue tipo 3 em Goiânia GO, 2005-2006. The objective of this manuscript was to characterize the DENV-3 genotype circulating isolated from well-characterized clinical and laboratory samples in Goiânia-GO/Brasil. Seven samples had sequences of the prM/M/E region obtained and comparative analysis was performed with the reference strains. The results showed the homology of the genomics sequences with genotype III strains. The nucleotide identity of the all the samples varied from 97.0% to 99.6% and the amino acid sequences from 97.5% to 99.5%. The analysis of the nucleotide sequence revealed silent mutation and 14 amino acid changes in the protein deduced from gene prM/M/E. In conclusion, the study confirms that the strains of DENV-3 in Central Brazil relate to genotype III. The genomic changes along Domain III of the protein E were observed, which could affect the pathogenicity, but were not consistent between samples of DCC and DHF. Samples of patients with dengue fever had mutations related to viral attenuation. More investigation is necessary to evidence of genomic changes found in relationship with clinical forms. / Atualmente, a dengue representa um dos maiores problemas em saúde pública, pois é causa de doença e morte entre milhares de pessoas que residem nas regiões tropicais e subtropicais do mundo. Os vírus dengue existem como quatro sorotipos virais (DENV-1 a DENV-4) de acordo com diferenças antigênicas, sendo caracterizados grupos intra-típicos denominados genótipos. A vigilância laboratorial possibilita a confirmação diagnóstica de infecção por dengue e o monitoramento de sorotipos circulantes, através de técnicas diagnósticas de rotina. Recentemente, o uso de técnicas moleculares tem contribuído para a caracterização e monitoramento de genótipos potencialmente virulentos na vigência de epidemias e melhor entendimento da biologia do vírus. Esta tese de doutorado compreende uma introdução que contempla uma revisão da literatura sobre dengue e dois manuscritos que descrevem as pesquisas realizadas com enfoque no diagnóstico laboratorial e epidemiologia molecular. O primeiro manuscrito intitulado Laboratorial Surveillance of Dengue Virus in Central-Brazil, 1994-2003, foi publicado no Journal of Clinical Virology, 2006 37 (3): 179-83. Neste estudo, apresentamos os resultados de uma vigilância laboratorial conduzida na cidade de Goiânia na região Centro-Oeste do Brasil, desde a introdução dos vírus dengue em 1994 até 2003. Casos com suspeita clínica de dengue foram atendidos em unidades de saúde e hospitais de referência da região metropolitana e os testes sorológicos e/ou isolamento viral realizados no laboratório de referência estadual LACEN-GO. Nosso objetivo foi descrever sobre os sorotipos virais circulantes de dengue nos anos de 1994 a 2003 e o seu papel nos desfechos clínicos de dengue na região Centro-Oeste do Brasil e caracterizar sorotipos e genótipos ou subtipos genômicos pela RT-PCR e RSS-PCR em amostras selecionadas. O sorotipo DENV-1 foi identificado como prevalente nos anos 1994 a 2002, sendo substituído por DENV-3 em 2003. Os adultos (87,4%) foram mais atingidos e a dengue clássica a mais diagnosticada. A dengue foi confirmada em 50% dos casos suspeitos de dengue incrementado pela RT-PCR. Os genótipos ou subtipos genômicos do DENV-1 e DENV-3 corresponderam circulantes no país. A infecção pelo DENV-3 não sugere um papel relevante no aumento da gravidade da doença durante seu primeiro ano de dispersão no Centro-Oeste do Brasil. O segundo manuscrito, a ser submetido à publicação, foi intitulado Epidemiologia Molecular do Vírus Dengue tipo 3 em Goiânia GO, 2005-2006. O objetivo desse trabalho foi caracterizar o genótipo circulante do DENV-3 isolado de amostras bem caracterizadas clínica e laboratorialmente em Goiânia-GO/Brasil e analisar as alterações genômicas encontradas. Sete seqüências regiões prM/M/E, foram obtidas e analisadas em comparação com cepas protótipo do DENV-3. As seqüências do estudo apresentaram maior homologia com a cepas do genótipo III. O percentual de identidade nucleotídica das amostras do DENV-3 seqüenciadas variou de 97,0% a 99,6% e de aminoácidos 97,5% a 99,5%, mostrando-se conservadas. A análise da seqüência nucleotídica das amostras do estudo revelou mutações silenciosas e 14 substituições de aminoácidos na seqüência da proteína deduzida do gene prM/M/E. Em conclusão, o estudo confirma que as cepas de DENV-3 da região centrooeste pertencem ao genótipo III. Alterações genômicas significativas foram observadas ao longo do domínio III da proteína E, as quais poderiam afetar a patogenicidade, entretanto não foram consistentes entre as amostras de DCC e FHD. As amostras de pacientes com dengue clássica apresentaram alterações em resíduos de aminoácidos no domínio III relatados como pontos de atenuação viral. Maiores investigações serão necessárias para confirmar as alterações encontradas e sua relação com as formas clínicas.

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Staphylococcus aureus resistente à meticilina (Methicillin-resistant S. aureus, MRSA) é cada vez mais reconhecido como uma ameaça para pessoas vivendo com HIV/AIDS (PVHA). No entanto, a magnitude da colonização por MRSA varia entre diferentes países e regiões geográficas. Nós realizamos um estudo que teve por objetivo identificar a prevalência e os fatores de risco para colonização por S. aureus como um todo e MRSA em PVHA residindo em cidades de pequeno porte do interior do Estado de São Paulo. Isolados de MRSA foram caracterizados por Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE) e tiveram o Cassete Cromossômico Estafilocóccico (Staphylococcal Chromosome Cassete, SCC) mec tipado. Análise espacial foi realizada para identificar agregados geográficos e correlação com indicadores socioeconômicos. No primeiro momento, realizamos um estudo de prevalência pontual coletando swab nasal e de orofaringe de 368 PVHA atendidas em ambulatório de referência em Botucatu, SP. Sessenta e sete sujeitos residentes na cidade sede foram seguidos com coletas em dois outros momentos, e tiveram seus contactantes domiciliares também investigados para colonização. As taxas de prevalência de S. aureus e MRSA no primeiro levantamento foram 25,8% e 2,7%. A colonização por S. aureus foi negativamente associada com o uso de antibióticos beta-lactâmicos e drogas ilícitas. Por outro lado, fatores de risco para MRSA incluíam uso de crack e internação hospitalar recente. Inqué... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is increasingly recognized as a threat for people living with HIV/AIDS (PLWHA). However, the magnitude of asymptomatic MRSA colonization in that group varies among different countries and geographic regions. We conducted a study that aimed at identifying the prevalence and risk factors for both overall S. aureus and MRSA colonization among PLWHA attending in small cities from inner São Paulo State, Brazil. MRSA isolates were characterized using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), and submitted to typing of the Staphylococcal Chromosome Cassete (SCC)mec. Spatial analysis was performed to search for geographical clusters and correlation with socioeconomic indicators. In a first point prevalence survey, nasal and oropharyngeal swabs of 368 people were collected. Sixty-seven subjects from the main city (Botucatu) were surveyed for colonization in two other occasions, and had swabs collected from household members. The prevalence rates for S. aureus and MRSA in the first survey were 25.8% and 2.7%. The overall S. aureus colonization was negatively associated with the use of beta-lactams and of illicit drugs. On the other hand, MRSA colonized subjects were more likely to use crack and to have been admitted to a hospital during the past year. Repeated surveys found additional cases of MRSA colonization, but all subjects were positive in only one occasion. Four PFGE clusters were characterized, grouping subjects in household, ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A Febre Maculosa Brasileira causada por riquétsias do Grupo Febre Maculosa (GFM) e transmitida por carrapatos ocorre principalmente na Região Sudeste, onde óbitos humanos são registrados. No estado do Rio de Janeiro, a letalidade devido à riquetsiose é alta, mas só recentemente investigações epidemiológicas foram realizadas, e indicaram a participação de novas espécies de ectoparasitas na circulação das riquétsias. O objetivo geral do projeto é avaliar riquétsias em ectoparasitos coletados em áreas de casos humanos de Febre Maculosa, suspeitos, compatíveis ou confirmados, em municípios do estado com focos recentemente comunicados. A detecção e análise de genes riquetsiais indicam a presença de Rickettsia bellii, Rickettsia felis e Rickettsia rickettsii, nos vetores Amblyomma cajennense, Amblyomma dubitatum, Boophilus microplus, Ctenocephalides felis e Ctenocephalides canis, sugerindo ampla distribuição geográfica de riquétsias GFM, nas regiões Serrana, Noroeste Fluminense e Médio Paraíba do estado. / Brazilian spotted fever caused by spotted fever group (SFG) rickettsiae and mainly transmitted by ticks occurs in the southeast, where human deaths are recorded. In the state of Rio de Janeiro, lethality due to rickettsial infection is high, but only recently epidemiological investigations were conducted, and indicated the participation of new species of ectoparasites in rickettsiae circulation. The project\'s overall objective is to evaluate rickettsiae in ectoparasites collected in areas of human suspected, confirmed or compatible cases of spotted fever, in cities of the State with the recently reported outbreaks. The detection and analysis of rickettsial genes indicate the presence of Rickettsia bellii, Rickettsia felis and Rickettsia rickettsii in the vectors Amblyomma cajennense, Amblyomma dubitatum, Boophilus microplus, Ctenocephalides felis and Ctenocephalides canis, suggesting broad geographic distribution of SFG rickettsiae in the regions Serrana, Noroeste Fluminense and Médio Paraíba of the State.

Orientador: Ida Maria Foschiani Dias Batista / Resumo: As bactérias Mycobacterium leprae e mais recentemente Mycobacterium lepromatosis são os agentes etiológicos da hanseníase que causam sérios danos neuromotores e podem evoluir para incapacidades irreversíveis. A incidência de casos novos de hanseníase em todo o mundo foi de 2.77/100 mil habitantes. No Brasil, em 2016, foram 2.665 casos somente do Estado de Mato Grosso na Amazônia Meridional, esses valores representam 88,9/100 mil habitantes no índice geral de detecção para a hanseníase. Foram capturados animais silvestres naturalmente infectados por Mycobacterium leprae e Mycobacterium lepromatosis das Ordens Cingulata, Didelphimorphia, e Rodentia, todos estavam em fragmentos florestais próximos a grupos humanos. Um total 327 amostras de biópsias foram avaliados, dos quais recuperou-se 254, sendo 187 amostras de orelhas, 77 baço, e 63 fígado de 187 animais silvestres das Ordens Cingulata, Rodentia e Didelphimorphia. Após extraídos DNA e RNA de baço, fígado, e orelha, foram avaliados por qPCR para os genes RLEP (enumerador) e 16S rRNA (viabilidade). Três gêneros apresentaram positividade nas orelhas para ambos os genes RLEP e 16S rRNA, sendo 18% para Dasypus (Cingulata), 60% para Proechimys (Rodentia) e 64% para Marmosa (Didelphimorphia). Enquanto que nos testes utilizando PCR multiplex obteve-se 12 amostras positivas para o gene henM referente a Mycobacterium lepromatosis, dos 13 gêneros avaliados apenas Proechimys e Marmosa apresentaram presença para o bacilo. A presença freq... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bacteria Mycobacterium leprae and more recently Mycobacterium lepromatosis are the etiological agents of leprosy that cause serious neuromotor damage and can progress to irreversible impairments. The incidence of new cases of leprosy worldwide was 2.77 / 100 thousand inhabitants. In Brazil, in 2016, there were 2,665 cases of the State of Mato Grosso alone in the Southern Amazon, which represent 88.9 / 100 thousand inhabitants in the general detection index for leprosy. Wild animals naturally infected with Mycobacterium leprae and Mycobacterium lepromatosis from the Cingulata, Didelphimorphia, and Rodentia orders were all captured in forest fragments close to human groups. A total of 327 biopsy specimens were evaluated, of which 254 were recovered, being 187 samples of ears, 77 spleen, and 63 liver of 187 wild animals of the Orders Cingulata, Rodentia and Didelphimorphia. After extracting DNA and RNA from spleen, liver, and ear, they were assessed by qPCR for the RLEP (enumerator) and 16S rRNA (viability) genes. Three genera presented positivity in the ears for both RLEP and 16S rRNA genes, 18% for Dasypus (Cingulata), 60% for Proechimys (Rodentia) and 64% for Marmosa (Didelphimorphia). While in the tests using multiplex PCR, 12 samples were positive for the henM gene for Mycobacterium lepromatosis, of the 13 genera evaluated only Proechimys and Marmosa showed presence for the bacillus. The frequent presence of man in the forest fragments where M. leprae or Mycobacterium lepro... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Márcio Garcia Ribeiro / Resumo: As infecções mamárias por Prototheca têm sido registradas, de modo crescente, em todo o mundo, como um dos agentes mais patogênicos de origem ambiental na mastite bovina. Estas algas provocam lesões graves no tecido mamário e, até o momento, não existe protocolo efetivo de tratamento. O objetivo do presente estudo foi investigar o efeito algicida “in vitro” da guanidina em 75 isolados de Prototheca zopfii identificados de 60 casos de mastite clínica bovina (80,0%), 14 (18,7%) casos de mastite subclínica e um (1,3%) caso sem o diagnóstico de mastite clínica ou subclínica. Os 75 isolados foram submetidas a testes fenotípicos convencionais e caracterização genotípica por PCR multiplex, permitindo a identificação de todas as estirpes como P. zopfii genótipo 2. O efeito “in vitro” da guanidina revelou que todas os isolados mostraram variações na concentração algicida mínima que variaram de 0,001% a 0,035%. A guanidina tem alto efeito microbicida e é considerado um antisséptico/desinfetante da nova geração de microbicidas. O composto não é tóxico para as membranas mucosas e conjuntivas de humanos em baixas concentrações. É utilizado como desinfetante de piscinas e na desinfecção de superfícies, bem como antisséptico em feridas humanas. A ação algicida da guanidina em baixas concentrações indica que poderia ser usada na higienização de ambiente, utensílios e equipamentos de ordenha, no pré e pós-dipping em propriedades com casos de prototecose mamária, assim como na ablação química ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Prototheca species have increasingly been reported as the most common opportunistic pathogens causing mastitis worldwide. The protothecal mastitis poses a major health and economic problem in dairy herds. To date, there is any effective therapy against protothecal mastitis. The aim of the present study was to investigate in vitro algaecide effect of guanidine on 75 Prototheca zopfii genotype 2 strains isolated from 75 cases of clinical and subclinical bovine mastitis cases. In vitro effect of guanidine revealed that all strains were susceptible to the compound with minimal algaecide concentration ranging from 0.001% to 0.035%. Guanidine has high microbicidal effect and is considered a new-generation microbicidal compound. It is non-toxic to human mucous membranes and conjunctivas at low concentrations; it has been used as a disinfectant of surfaces and in swimming pools, as well as antiseptic on human wounds. The algaecide action of guanidine at low concentrations indicates that it could be an alternative disinfectant or antiseptic to clean the environment and milking dairy equipment, in pre- and post-dipping solutions, in the chemical dry therapy of bovine teats, and even in intramammary therapy of P. zopfii infections. This is the first report of the in vitro algaecide effect of guanidine on P. zopfii strains from animal origin. / Doutor

Introdução: Patógenos emergentes são isolados nas vias respiratórias de pacientes com fibrose cística (FC), entre eles a Burkholderia cepacia. Atualmente, é conhecida como um conjunto de nove espécies relacionadas (\"genomovares\"), referidas coletivamente como complexo B. cepacia. A identificação fenotípica do complexo B. cepacia é difícil, e métodos de análise do genoma bacteriano, como a reação em cadeia da polimerase, que exploram diferenças no gene recA, têm mostrado grande eficácia na caracterização dos genomovares. Alguns Centros de tratamento de FC demonstraram infecções cruzadas entre os pacientes e marcadores de virulência foram identificados com freqüência em alguns deles. Métodos baseados em biologia molecular são capazes de realizar a genotipagem das cepas e têm sido utilizados na avaliação epidemiológica. Objetivos: Identificar o genomovar e a presença de marcadores de virulência entre as cepas do complexo Burkholderia cepacia isoladas de pacientes com fibrose cística atendidos no ICr e analisar as cepas do complexo Burkholderia cepacia através de genotipagem pela técnica de RAPD. Métodos: Foram coletadas 672 amostras de escarro e esfregaço de orofaringe de 140 pacientes com fibrose cística (6 meses a 19 anos) atendidos na nossa Unidade nos períodos de set/2000 a abr/2001 e jun/2003 a jun/2004. As amostras foram cultivadas em meios seletivos, incluindo meio para B. cepacia, e a identificação realizada por sistema automatizado (1º período) e por testes fenotípicos clássicos (2º período). Após a extração do DNA, as cepas foram submetidas a uma série de reações de PCR para a determinação dos genomovares (I a VII), utilizando primers direcionados à amplificação de diferentes trechos da seqüência do gene recA, sendo, em seguida, submetidas ao seqüenciamento do DNA deste gene. Os genes de virulência pesquisados foram o cblA (que codifica o pili) e o esmR (marcador de uma cepa epidêmica). A genotipagem foi realizada pela técnica do RAPD, que analisa todo o genoma bacteriano. Resultados: Foram isoladas 41 cepas do complexo B. cepacia, obtidas de 21 pacientes com fibrose cística. O método de PCR identificou o genomovar de 32/41 (78%) das cepas e todos os resultados foram confirmados através do seqüenciamento do DNA. B. cenocepacia foi o genomovar mais prevalente (n = 17), seguido da B. multivorans (n = 12), B. vietnamiensis (n = 2) e B. cepacia (n = 1). As nove cepas não caracterizadas foram submetidas ao seqüenciamento, tendo sido encontradas 5 cepas de B. gladioli, 2 cepas de X. campestris e 2 cepas permaneceram sem identificação. O gene cblA não foi identificado em nenhuma cepa, mas o gene esmR foi encontrado em 2 amostras (pacientes não relacionados). A genotipagem detectou 23 padrões distintos, sem identificar padrões idênticos entre pacientes diferentes. Conclusões: O método de PCR baseado na amplificação do gene recA mostrou ser eficaz para a determinação do genomovar. B. cenocepacia e B. multivorans foram as espécies mais prevalentes entre nossos pacientes. A prevalência de marcadores de virulência foi baixa entre as cepas isoladas. Infecção cruzada pelo complexo B. cepacia não parece ter ocorrido na nossa Unidade durante os períodos estudados. / Introduction: Emerging pathogens are found in the respiratory tract of the cystic fibrosis (CF) patients, including the bacterium Burkholderia cepacia. At the present moment, it is recognized as a group of nine related species (\"genomovars\"), collectively referred as B. cepacia complex. Phenotypical identification of B. cepacia complex is difficult, and molecular based methods such as PCR, exploring differences in recA gene sequence, showed high efficacy for genomovar determination. B. cepacia complex cross infections among CF patients were previously described in some CF treatment Centers, and virulence markers were identified in a high frequency in some of them. Molecular based methods are suitable for strain genotyping and have been used for epidemiological evaluation. Aims: To identify genomovar status and virulence markers among Burkholderia cepacia complex isolates obtained from cystic fibrosis patients attending in the ICr, and to analyze the isolates through genotyping by RAPD. Methods: 672 sputum or oropharyngeal samples were obtained from 140 cystic fibrosis patients (6 months to 19 years) attending our Unit from sep/2000 to apr/2001 and jun/2003 to jun/2004. The samples were cultivated in selective media, including B. cepacia medium, and bacterial identification obtained by automated system (first period) and by classical phenotypic tests (second period). After DNA extraction, B. cepacia complex strains were submitted to sequential PCR reactions targeting recA gene in order to determine genomovar status (I to VII), and after that, submitted to automated DNA sequencing of this gene. Virulence genes screened were cblA (cable pilus) and esmR (epidemic strain marker). Genotyping was performed by whole bacterial genome fingerprinting using RAPD. Results: 41 isolates of B. cepacia complex were obtained from 21 cystic fibrosis patients. The PCR method identified genomovar status of 32/41 (78%) isolates and all results were confirmed by DNA sequencing. B. cenocepacia was the main genomovar (n=17), followed by B. multivorans (n = 12), B. vietnamiensis (n = 2) and B. cepacia (n = 1). The nine isolates uncharacterized were submitted to sequencing and we found 5 isolates as B. gladioli, 2 isolates as X. campestris and 2 isolates remained unidentified. The cblA gene was not identified in all isolates, but esmR gene was found on 2 strains (unrelated patients). Genotyping depicted 23 patterns, without identical patterns among different patients. Conclusions: The PCR method targeting recA gene showed to be a valuable tool for determination of genomovar status. B. cenocepacia and B. multivorans were the most prevalent specie among our patients. The prevalence of virulence markers was low among the isolates. Cross infection by B. cepacia complex does not seem to have occurred in our Unit during the two studied periods.