Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 811.pdf: 456158 bytes, checksum: bdc3f655a9020357b70fb3ebae086be9 (MD5) Previous issue date: 2004 / O crescimento das bases de dados moleculares referentes ao vírus da imunodeficiência humana do tipo I (HIV-1) aumentou progressivamente desde 1991. Pesquisadores do mundo inteiro têm se dedicado ao seqüenciamento de diferentes regiões do genoma do HIV visando elucidar o processo evolutivo viral. Supõe-se que este processo evolutivo esteja na base da pesquisa que determinará a produção de vacinas eficazes além de novas drogas para o combate da Aids. Neste trabalho, procuramos introduzir alguns aspectos da epidemiologia molecular do HIV-1 enfatizando a distribuição global dos seus subtipos e os métodos de inferência filogenética utilizados no estudo de sua evolução. Apresentamos, como aplicação dos métodos de inferência filogenética, um artigo intitulado (Epidemiologia Molecular do Sub-subtipo F1 do HIV-1), onde discutimos a epidemiologia molecular do sub-subtipo F1 buscando comparar as epidemias deste sub-subtipo no Brasil e na Romênia.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-07-21T17:11:17Z No. of bitstreams: 1 Lucio Macedo Barbosa, Avaliação da estrutura... 2013.pdf: 2329771 bytes, checksum: 23cce33a0281240a365b25a6b9089532 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-21T17:11:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucio Macedo Barbosa, Avaliação da estrutura... 2013.pdf: 2329771 bytes, checksum: 23cce33a0281240a365b25a6b9089532 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Os esforços para o controle da esquistossomose no Brasil foram iniciados na década. de 70, no entanto, a doença permanece como um problema de saúde pública no país,. com prevalência aproximada de 5%. As atuais estratégias de controle são focalizadas. no tratamento dos indivíduos infectados e obtiveram redução considerável na. prevalência, morbidade e mortalidade da esquistossomose. O praziquantel é o. medicamento utilizado atualmente no Brasil e apresenta uma eficácia de 80 a 90%.. Apesar da redução da prevalência e das formas graves da doença, a sucessiva. repetição do tratamento quimioterápico levanta questionamentos sobre a eficácia do. mesmo ao longo do tempo e a respeito do surgimento de resistência ao medicamento.. Com o objetivo de estudar o efeito do tratamento quimioterápico repetido nas. populações de Schistosoma mansoni foram selecionadas duas localidades rurais e. uma urbana do estado da Bahia. Foi utilizada uma estratégia de amostragem robusta e. um número de marcadores polimórficos neutros suficientes para demonstrar diferenças. entre microrregiões em momentos de equilíbrio entre deriva genética e migração, nas. comunidades da zona rural e urbana, e em momentos de estresse evolutivo póstratamento,. apenas nas comunidades rurais. Em termos epidemiológicos as localidades. estudadas se mostraram com uma alta prevalência de esquistossomose. As. características epidemiológicas das populações rurais e urbanas foram muito similares. em diversos aspectos, principalmente nos fatores de risco para aquisição da doença.. Repetidos tratamentos com o praziquantel reduziram significativamente as taxas de. prevalência, reinfecção, incidência e intensidade de infecção da esquistossomose. Os. parâmetros genéticos das populações de Schistosoma mansoni fornecem evidências. de focos de transmissão local na zona rural e urbana. Foi observada uma estabilidade. no ponto de vista genético, com baixa influência migratória, indicando que os indivíduos. tendem a se infectar na região e permanecer no ambiente ao longo da vida. As. infecções persistentes, pós tratamento, demonstraram fazer parte das populações. susceptíveis, pré tratamento. Por esta razão é improvável que a razão da persistência. da infecção seja devido a resistência ao praziquantel. Por fim, indivíduos não tratados. ou que apresentam infecção persistente são capazes de recuperar qualitativamente a. população parasitária de forma a representar a diversidade inicial, pré-tratamento, após. sucessivos tratamentos. Isso indica que para ser possível obter alguma mudança na. estrutura genética do S. mansoni, o tratamento deve ser distribuído de uma maneira. mais eficáz para as populações infectadas. Desta forma, ações integradas incluindo. saneamento básico, fornecimento de água potável, educação em saúde e tratamentos. sucessivos são essenciais para o controle e eliminação da esquistossomose. / Efforts to control schistosomiasis in Brazil started in the 70s, however, the disease remains a public health problem in the country, with a prevalence of approximately 5%. The current control strategies are focused on the treatment of infected individuals and obtained significant reduction in the prevalence, morbidity and mortality from schistosomiasis. Praziquantel is the drug currently used in Brazil, and has an efficiency of 80 to 90%. Despite the reduction in the prevalence and severe forms of the disease, the successive rounds of chemotherapy raise questions about the effectiveness over time and in regard of the emergence of drug resistance. In order to study the effect of repeated chemotherapy in populations of Schistosoma mansoni two rural locations and urban area in the state of Bahia were selected. We used a robust sampling strategy and a number of neutral polymorphic markers sufficient to demonstrate differences between microregions in migration-drift equilibrium, in rural communities and urban areas, and in post-treatment evolutionary stress, only in rural communities. Epidemiological characteristics of rural and urban populations were very similar in many aspects, especially those related to the risk factors for acquiring the disease. Repeated treatments with praziquantel significantly reduced prevalence, reinfection and incidence rates and intensity of infection of schistosomiasis. Genetic parameters of Schistosoma mansoni populations indicated foci of local transmission in rural and urban areas. A high degree of genetic stability was observed in the studied areas with little influence of migration, indicating that individuals tend to get infected in the region and remain in the environment throughout life. Persistent infections, post-treatment, were demonstrated to be drawn from susceptible parasite populations, pre-treatment. Therefore, it is unlikely that persistence of infection is due to resistance to praziquantel. Finally, untreated or persistent infections are able to recover qualitatively the parasite population to represent the initial diversity, pretreatment, after repeated rounds of treatment. This indicates that in order to obtain some change in the S. mansoni genetic structure treatment must be distributed more efficiently for the infected populations. Thus, integrated actions including sanitation, potable water supply, health education and successive treatments are essential for the the control and elimination of schistosomiasis.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-03-22T18:32:18Z No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Efeito....docx: 5951904 bytes, checksum: d28e49e9a6c37cb463504bb5cf122c6f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2016-03-22T18:32:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Efeito....docx: 5951904 bytes, checksum: d28e49e9a6c37cb463504bb5cf122c6f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T18:32:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Efeito....docx: 5951904 bytes, checksum: d28e49e9a6c37cb463504bb5cf122c6f (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Streptococcus pneumoniae é uma bactéria patogênica que afeta crianças e idosos em todo o mundo, sendo responsável por elevada morbidade e mortalidade, especialmente nos países em desenvolvimento onde o acesso às vacinas pneumocócicas conjugadas (PCVs) é limitado. A colonização da nasofaringe precede o desenvolvimento de infecções e as crianças são o principal reservatório deste patógeno na comunidade. As vacinas pneumocócicas conjugadas reduzem a taxa de colonização e de doenças causadas por sorotipos vacinais, entretanto, pouco se sabe sobre seu efeito em eventos na substituição de sorotipos. Os objetivos deste estudo foram determinar o efeito da vacina pneumocócica conjugada 10-valente (PCV10) na colonização nasofaríngea por pneumococos em crianças menores que um ano, saudáveis e que apresentaram doença crônica ou desordem imunológica nos períodos pré- e pós esquema vacinal primário entre maio de 2011 a janeiro de 2014 e determinar a influência desta vacina na distribuição de sorotipos, da susceptibilidade antimicrobiana e do perfil genotípico dos pneumococos. Foram investigadas 168 crianças, sendo 63 do grupo de portadores de doenças clínicas (Grupo I) e 105 do grupo de crianças sadias (Grupo II). O isolamento, a identificação e a avaliação da resistência antimicrobiana do pneumococo foram realizados através de técnicas microbiológicas convencionais. A determinação dos sorotipos capsulares foi realizada através das técnicas de reação de polimerase em cadeia multiplex e reação de Quellung. A taxa de colonização pneumocócica total foi de 24%, sendo 17% (11/63) e 28% (29/105) para os grupos I e II, respectivamente. Convívio com crianças menores que 6 anos no mesmo domicílio mostrou associação com colonização para o grupo I [OR= 8,36 (IC95%= 1,69-44,70); p=0.004 enquanto que renda foi associada a risco para crianças do grupo II [(OR=3,22; IC95%= 1,22-8,64; p=0,01]. Os sorogrupos/tipos identificados com maior frequência foram: 23F (10%), 19F e 15B/15C (7,5%) e cepas não tipáveis (15%), Após a 3 ª dose da vacina houve uma redução de 7% para 5% na taxa de colonização por sorotipos vacinais e um aumento de três vezes na probabilidade de colonização por sorotipos não vacinais (7% para 21%). Identificamos 17% de não susceptibilidade à penicilina. Os sorotipos PCV10 associados com um ST foram os sorotipos 19F (ST177) e 23F (ST338) e os não associados a PCV10 foram os seguintes: 11A/11D (ST62 e ST408), 15A/15F (ST73), 15B/15C (ST766), 23A (ST42) e 23B (ST727). Os resultados demonstram que três doses da PCV10 reduzem ou estabilizam a colonização por sorotipos vacinais, a despeito da colonização pelos sorogrupos/tipos vacinais 6A/6B, 14 e 23F e destaca-se a colonização por sorotipos não vacinais (6C<7C<13<23A<23B<15A/15F<15B/15C<11A/11D) e cepas não tipáveis, independente do grupo de crianças avaliadas. Embora não tenha sido avaliado o efeito da PCV10 após a 4ª dose da vacina neste estudo, ressaltamos a importância da manutenção da dose de reforço no calendário vacinal do programa nacional de imunizações para que a proteção contra os sorotipos oferecida pela vacina seja alcançada. Estudos epidemiológicos devem continuar para monitorar a taxa de colonização de pneumococos circulantes no período pós-vacinal, bem como as taxas de não susceptibilidade aos antimicrobianos que são essenciais para o direcionamento das estratégias de saúde pública no manejo clínico e prevenção das doenças pneumocócicas. / Streptococcus pneumoniae is a pathogenic bacterium that affects children and elderly throughout the world, accounting for high morbidity and mortality, especially in developing countries where acess to pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) is limited. Nasopharyngeal colonization precedes the development of infections and children are the main reservoir of this pathogen in the community. The pneumococcal conjugate vaccine has been effective in reducing colonization and disease by vaccine serotypes, however, little is known about its effect on the overall rate of colonization due to serotypes replacement events. The study aims to evaluate the effect of pneumococcal conjugate vaccine on nasopharyngeal carriage in children younger than one years old, healthy, suffering from crhonic diseases or immune disorders during vaccine primary immunization with PCV-10 between may 2011 and jaanuary 2014 and the influence of this vaccine in the distribution of serotypes, antimicrobial susceptibility and genotypic profile of pneumococcus. A total of 168 children were enrolled, 63 with chronic diseases (Group I) and 105 of the group of healthy children (Group II). The isolation, identification and evaluation of antimicrobial resistance of pneumococci were made using conventional microbiological techniques. The determination of capsular serotypes was performed using the multiplex-PCR and/or Quellung reaction. Overal, the pneumococcal colonization rate was 24%, being 17% (11/63) and 28% (29/105) to group I and II, respectively. Living with children aged up to six 6 years in the same household was associated with colonization in group I[OR= 8,36 (CI95%= 1,69-44,70); p=0.004] and income was associated with risk for children in group II [(OR=3,22; IC95%= 1,22-8,64; p=0,01]. The most frequently serotypes identified were: 23F (10%), 15B/15C (7,5%) and nontypeable strains (15%). A total of 28% (11/40) of serotypes identified in both groups are represented in PCV10. After the 3rd dose of vaccine was reduced from 7% to 5% in vaccine serotypes colonization rate and a three-fold increase in the probability of colonization by serotypes not represented in the PCV-10 (7% to 21%). Penicillin nonsusceptibility was identified in 17% of the isolates. PCV10 serotypes associated with a ST serotypes were 19F (ST177) and 23F (ST338) and not associated with PCV10 were 11A/11D (ST62 and ST408), 15A/15F (ST73), 15B/15C (ST766), 23A (ST42) and 23B (ST727). The results demonstrate that three doses of PCV10 stabilizes or reduces colonization by the vaccine serotypes, regardless of colonization by vaccines types 6A/6B, 14 and 23F and highlight the rates of colonization by non vaccine serotypes (6C<7C<13<23A<23B<15A/15F<15B/15C<11A/11D) and nontypeable pneumococcal, independent of the study group. Although this study was not evaluated the effect of PCV10 after the 4th dose of the vaccine, we emphasize the importance of booster dose of maintenance in the immunization schedule of the national immunization program for the protection offered by the vaccine serotypes is achieved. Epidemiological studies should continue to monitor the rate of colonization of pneumococci circulating in the post-vaccine period and antimicrobial non-susceptibility rates that are essential for the targeting of public health strategies in the clinical management and prevention of pneumococcal diseases.

CRUZ, J. N. M. C. Estudo da prevalência dos genótipos e mutações de resistência associadas aos antivirais em pacientes com hepatite B crônica atendidos nos serviços de referência do Estado do Ceará. 2015. 86 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-01-25T13:45:09Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-01-25T13:45:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T13:45:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) Previous issue date: 2015-09-25 / Infection with hepatitis B virus (VHB) is a serious public health problem. An estimated 450 million chronic carriers worldwide, where at least 600,000 people die annually from diseases related to hepatitis B. Viral load, HBe seroconversion-antiHBe, and specific genotype and viral mutations are acquired factors influence the progression of the disease. The aim of this study was to investigate the prevalence of VHB resistance mutations associated with antiviral and evaluate the genotype distribution in a sample of 142 patients with chronic hepatitis B, treated in the State of Ceará referral hospitals. Patients were considered reactive serum HBsAg for at least six months. Serological tests were performed by electrochemiluminescence (EQL), ABBOTT laboratory for HBsAg, HBeAg and anti-HBe. The results of the serological screening showed that all samples: 142 (100%) were reactive serum HBsAg (IgG), 87 (61.0%) were negative to serum and serum HBeAg to anti-HBe reagent, 55 (39, 0%) are seroreactive for HBe and serum non-reactive for anti-HBe. The quantitation of viremia (viral load) was performed by real time PCR (QPCR) in LACEN-EC. The viral load varied between the limits (2067 IU / ml to 3.41 billion IU / ml), with a median of 70 403 IU / ml. Eighty-eight (62%) of all samples were submitted to analysis of mutations associated with treatment and genotyping the Hepatitis laboratory of the FIOCRUZ-RJ, screened for sequencing as quality criteria and routine laboratory biosafety this. The identification of genotypes in the population studied showed the following distribution: F: 47 (53.4%) of A: 34 (38.6%), the D: 4 (4.6%), E: 2 ( 2.3%) and G 1 (1.1%). And the following mutations were detected: L180M (n = 10 / 9.9%), M204V (n = 8 / 7.9%), M204I (n = 4/4%), G173L (n = 1/1%) , T169L (n = 1/1%), T184I (n = 1/1%), L80V (n = 1/1%) while 74.3% showed no change. In the study it was observed that the F genotype (53.4%) was the most prevalent in the research population of Indian origin, followed by genotype (38.6%) due to migration of African slaves. And, the higher frequency of the detected mutations are associated with nucleoside inhibitors and nucleotides, especially lamivudine. / A infecção pelo vírus da hepatite B (VHB) é um grave problema de saúde pública. Estimam-se em 450 milhões os portadores crônicos no mundo, em que pelo menos 600 mil pessoas morrem anualmente por doenças relacionadas com o vírus da hepatite B. A carga viral, soroconversão HBe – anti-HBe, genótipo e mutações virais específicas e adquiridas são fatores que influenciam a progressão dessa doença. O objetivo do presente estudo foi investigar a prevalência de mutações de resistência do VHB associada aos antivirais e avaliar a distribuição genotípica numa amostragem de 142 pacientes com hepatite B crônica, atendidos nos hospitais de referência do Estado do Ceará. Foram realizadas sorologias por eletroquimioluminescência (EQL), laboratório ABBOTT para HBsAg, HBeAg e anti-HBe. O resultado da triagem sorológica no total das amostras mostrou que: 142 (100%) foram sororeagentes para HBsAg (IgG), 87(61,0%) foram soro não reagentes para HBeAg e soro reagentes para anti-HBe, 55(39,0%) são soros reagentes para HBe e soro não reagente para anti-HBe. A quantificação da viremia (carga viral) foi realizada por PCR em tempo real (QPCR), no LACEN-CE. A carga viral variou entre os limites de (2.067 UI/mL a 3.410.000.000 UI/mL), com mediana de 70.403 UI/mL. Oitenta e oito (62%) do total das amostras foram submetidas à pesquisa de mutações associadas ao tratamento e genotipagem no laboratório de hepatites da FIOCRUZ-RJ, triadas para sequenciamento conforme critérios de qualidade e biossegurança de rotina desse laboratório. A identificação dos genótipos na população estudada apresentou a seguinte distribuição: F: 47 (53,4%), A: 34 (38,6%), D: 4(4,6%), E: 2(2,3%) e genótipo G: 1(1,1%). E as seguintes mutações foram detectadas: L180M (n=10 / 9,9%), M204V (n=8 / 7,9%), M204I (n=4 / 4%), G173L (n=1 / 1%), T169L (n=1 / 1%), T184I (n=1 / 1%), L80V (n=1 / 1%) enquanto que 74,3% não apresentaram mutações. No estudo foi observado que o genótipo F(53,4%) foi o mais prevalente na população pesquisada de origem indígena, seguido do genótipo A (38,6%) devido à migração de escravos africanos. E, que a maior frequência das mutações detectadas está associada a inibidores de nucleosídeos e nucleotídeos, principalmente a lamivudina.

Orientadora: Profa. Dra. Márcia Aparecida Sperança / Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2017. / A dengue, causada por quatro diferentes sorotipos do vírus (DENV1-4), é a arbovirose de maior prevalência em humanos no mundo. Estudos moleculares são necessários para melhor entendimento de doenças causadas por diferentes sorotipos e variantes genéticas. Em relação á sua origem e história evolucionária, análises filogenéticas e epidemiológicas sugerem que genótipos mais virulentos estão substituindo os de menor virulência. Este trabalho teve como objetivo a caracterização da dinâmica de transmissão e epidemiologia molecular dos DENV circulantes na cidade de médio porte do Estado de São Paulo, Marília, com 233.639 habitantes, durante uma epidemia de dengue ocorrida no ano de 2007. Para tanto foram obtidas amostras de pacientes com diagnóstico clínico e epidemiológico (sem confirmação laboratorial) durante ocorrência de epidemia de dengue. O estudo comparativo de características hematológicas e demográficas dos pacientes com a presença de antígeno NS1 de DENV nas amostras revelou associação significante com leucopenia e plaquetopenia (medianas: DENV+= 3.715 células/mL e DENV- = 6.760 células/mL; e medianas: DENV+ = 134.896 células/mL e DENV- = 223.872 células/mL, respectivamente), e aumento de linfócitos atípicos. Esse padrão hematológico foi mantido durante o longo período da epidemia, permitindo que, com a determinação do padrão conservado nas primeiras fases de uma epidemia, este possa ser usado para implementar medidas de diagnóstico de novos casos, bem como no controle e tratamento dos doentes em todo o restante do período. A detecção e identificação do sorotipo viral, por PCR e Nested-PCR, respectivamente, utilizando como alvo o gene que codifica a junção das proteínas estruturais do capsídeo e pré-membrana (C/prM), confirmou a co-circulação de DENV1 (33%) e DENV3 (67%) em 2007. A partir das sequências obtidas da junção C/prM dos DENV1 e DENV3 dessas amostras, foi feita a reconstrução filogenética. Os resultados indicaram que a população de DENV1 provavelmente se originou da região norte do Brasil, por apresentar pouca variabilidade genética e alta similaridade com amostras de DENV1 de pacientes de Belém do Pará isoladas no mesmo ano. A população de DENV3 apresentou variabilidade genética, provavelmente, devido à microevolução na própria região, visto que as amostras de Marília-SP apresentaram alta similaridade com amostras de vírus isoladas de pacientes da Venezuela, em 2001. Os dois sorotipos mostraram padrões hematológicos distintos, nos quais, com o aumento de linfócitos atípicos houve uma significante maior leucopenia na população de DENV3 e uma tendência a maior diminuição de plaquetas em DENV1. Os estudos realizados demonstram que a dengue é uma doença com características regionais específicas. Portanto, a implementação das atividades de manejo das epidemias dependem da caracterização das variantes genéticas dos DENV e sua relação com a população acometida. / Dengue, caused by four different serotypes of the virus (DENV1-4), is the most prevalent arbovirose in humans in the world. Molecular studies are needed to better understand diseases caused by different serotypes and genetic variants. In relation to its origin and evolutionary history, phylogenetic and epidemiological analyzes suggest that more virulent genotypes are replacing those of less virulence. This work aimed to characterize the transmission dynamics and molecular epidemiology of DENV circulating in the medium-sized city of the State of São Paulo, Marília, with 233,639 inhabitants, during a dengue epidemic occurred in 2007. For this purpose, samples were obtained of patients with clinical and epidemiological diagnosis (without laboratory confirmation) during the occurrence of a dengue epidemic. The comparative study of the hematological and demographic characteristics of patients with the presence of DENV NS1 antigen in the samples revealed a significant association with leukopenia and thrombocytopenia (median: DENV + = 3,715 cells / mL and DENV- = 6,760 cells / mL; 134,896 cells / mL and DENV- = 223,872 cells / mL, respectively), and increase of atypical lymphocytes. This hematological pattern was maintained during the long period of the epidemic, allowing the determination of the pattern preserved in the first stages of an epidemic, to be used to implement measures for the diagnosis of new cases, as well as for the control and treatment of patients in the remainder of the period. Detection and identification of the viral serotype by PCR and Nested-PCR, respectively, targeting the gene coding for the junction of the capsid and premembrane (C / prM) structural proteins, confirmed the co-circulation of DENV1 (33 %) and DENV3 (67%) in 2007. From the sequences obtained from the C / prM junction of the DENV1 and DENV3 of these samples, the phylogenetic reconstruction was performed. The results indicated that the DENV1 population probably originated from the northern region of Brazil, as it presents little genetic variability and high similarity with DENV1 samples from patients from Belém do Pará isolated in the same year. The DENV3 population showed genetic variability, probably due to the microevolution in the region itself, since the Marília-SP samples presented high similarity with virus samples isolated from patients from Venezuela in 2001. The two serotypes showed different hematological patterns in the which, with the increase of atypical lymphocytes, there was a significant greater leucopenia in the DENV3 population and a tendency to a greater decrease of platelets in DENV1. Preliminary data from another epidemic were obtained in 2015, from which we tested 100 positive samples to date, with 87% belonging to serotype 1 by means of molecular typing using the gene coding for the C / prM junction. Studies show that dengue is a disease with specific regional characteristics. Therefore, the the implementation of epidemic management activities depend on the characterization of genetic variants of DENV and its relationship with the affected population.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-01Bitstream added on 2014-06-13T21:03:39Z : No. of bitstreams: 1 000742593.pdf: 859815 bytes, checksum: 5425a81ef339c86fb09a4e61bcbfe71f (MD5) / Peritonites e infecções do orifício de saída do cateter de diálise representam as principais complicações infecciosas relacionadas à diálise peritoneal, frequentemente respondem pela falência deste método dialítico, portanto com importante impacto na morbidade e mortalidade dos pacientes. Existem associações entre o portador de S. aureus e aumento no risco de infecções nos pacientes tratados por diálise peritoneal. Entretanto, desconhecemos estudos que avaliaram a virulência de Staphylococcus spp. carreados. Fatores de virulência são descritos como responsáveis pelos sintomas e gravidade de diversas infecções causadas por S. aureus. Esses fatores incluem as hemolisinas α, β, γ e δ, lipases, lecitinases, proteases, toxina 1 da Síndrome do Choque tóxico (TSST-1) e as enterotoxinas estafilocócicas (EEs), desoxirribonuclease (DNAse) e de desoxirribonuclease termoestável (TNAse). Este estudo teve como objetivo avaliar se fatores de virulência produzidos por Staphylococcus spp. e as características clinicas e epidemiológicas dos pacientes podem influenciar na ocorrência de infecções relacionadas ao tratamento. Para tal, foram incluídos 32 pacientes tratados por diálise peritoneal na Unidade de Diálise do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu- UNESP, avaliados primariamente quanto à colonização (culturas de coletas nasais e pele pericateter, em três momentos distintos no período de 12 meses) e subsequentemente foram observados quanto ao risco para a ocorrência de infecções, acompanhados por até 36 meses confirmados com culturas do efluente peritoneal na ocorrência de peritonites e secreção da pele pericateter na vigência de infecção de orifício de saída do cateter. As amostras de Staphylococcus spp. carreadas depois de devidamente identificadas, foram reavaliadas usando como critério de similaridade o método de susceptibilidade com... / Peritonitis and infections in the exit orifice of the dialysis catheter represent the main infectious complications related to peritoneal dialysis, and are often responsible for the failure in this dialysis method, therefore with a significant impact on morbidity and mortality of patients. There are associations between the carrier of S. aureus and increased risk of infection in peritoneal dialysis patients. However, studies that evaluated the virulence of Staphylococcus spp. carried are not aware. Virulence factors are described as responsible for the symptoms and severity of different infections caused by S. aureus. These factors include hemolysins α, β, and δ, lipases lecithinases, proteases, toxin 1 in Toxic Shock Syndrome (TSST-1) and staphylococcal enterotoxins (SEs), deoxyribonuclease (DNase) and thermostable deoxyribonuclease (TNAse). This study aimed to evaluate whether virulence factors produced by Staphylococcus spp. and the clinical and epidemiological characteristics of patients may influence the occurrence of infections related to the treatment. In order to do this, 32 patients treated by peritoneal dialysis at the Dialysis Unit of the University Hospital, Botucatu School of Medicine, UNESP, Brazil were included, evaluated primarily by the colonization (cultures collected from the nose and pericatheter skin, at three different times during 12 months) and subsequently were observed regarding the risk for the occurrence of infections, followed by at least 36 months confirmed with cultures from peritoneal effluent in the occurrence of peritonitis and secretion of the pericatheter skin in the occurrence of infection in the outlet orifice of the catheter. Samples of Staphylococcus spp. carriers after being properly identified, were reevaluated using similarity criteria from the method of susceptibility agar drug diffusion technique (Kirby-Bauer method), thus allowing strains selection of ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-20Bitstream added on 2014-06-13T18:44:23Z : No. of bitstreams: 1 souza_v_dr_jabo.pdf: 824781 bytes, checksum: 699e9efd378fb4c601290d43aebe88bb (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mastite bovina é a principal doença do gado leiteiro em todo o mundo, devido a sua elevada ocorrência, aos prejuízos econômicos que acarreta aos produtores e à perda da qualidade do leite. Dentre os agentes da mastite, o Staphylococcus aureus é o mais frequentemente isolado. Sabe-se que o conhecimento do perfil molecular deste microrganismo é de fundamental importância para uma melhor compreensão dos estudos epidemiológicos de dispersão deste patógeno nas propriedades rurais. Sendo assim, durante o período de janeiro a abril de 2009, 222 vacas lactantes pertencentes a 12 propriedades rurais situadas no Município de Sacramento-MG foram submetidas ao California Mastitis Test (CMT). Foram colhidas amostras de leite dos quartos reagentes ao CMT, assim como do leite produzido em cada propriedade rural e do leite de conjunto das 12 propriedades contido em dois tanques de expansão comunitários. Paralelamente, foram colhidas, também, amostras dos óstios papilares, dos latões, dos baldes, dos coadores, dos insufladores das ordenhadeiras, das mãos dos ordenhadores, da superfície dos tanques de expansão, da tubulação auxiliar no transvase do leite, da água utilizada no processo de produção e da água utilizada para higienização dos tanques comunitários. A partir das 446 amostras colhidas nos diversos pontos, 244 estirpes foram isoladas e caracterizadas bioquimicamente como estafilococos coagulase-positivos. O fragmento de DNA cromossômico específico da espécie de S. aureus foi amplificado em 106 estirpes, das quais 103 foram submetidas à eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os pontos de colheita de amostras que apresentaram maior frequência de isolamento de estirpes de Staphylococcus aureus foram os óstios papilares (31,1%), o leite das vacas reagentes ao CMT (21,7%), os insufladores das ordenhadeiras mecânicas (21,7%), o leite dos latões (6,6%)... / Bovine mastitis is a main disease in milk cattle worldwide. Staphylococcus aureus is the most frequently isolated among mastitis agents. The microorganism’s molecular profile is of paramount importance for a better understanding of epidemiologic studies of these pathogens on farms and ranches. Two hundred twenty-two cows on 12 farms in the municipality of Sacramento-MG, Brazil were tested by the California Mastitis Test (CMT) between January and April 2009. Milk samples were collected from four CMT reagents, from the milk produced on each farm and from milk collectively collected from the 12 farms and maintained in two community bulk tanks. At the same time samples of papillary ostia were collected from milk pails, cans, sieves, milking machine insufflators, milkers’ hands, from the water used on the 12 farms and from the two community bulk tanks. Two hundred and forty-four strains among the 446 samples collected from several sites were isolated and biochemically characterized as positive coagulase Staphylococcus. Chromosome DNA fragment, specific to S. aureus, was amplified in 106 strains. Further, when 103 S. aureus strains underwent pulsed field gel electrophoresis (PFGE), the samples’ collection sites with the highest isolation frequency of S. aureus strains were papillary ostia (31.1%), milk of cows which reacted to CMT (21.7%), the insufflators of milking machines (21.7%), milk in pails (6.6%) and milk in the community bulk tanks (5.6%). Since 32 different pulsotypes were identified, genetic heterogeneity existed among the 106 S. aureus isolated strains. Pulsotype 1 had the highest similarity among the S. aureus isolated strains at the different sites of the milk production flowchart. Since highest isolation frequency of pulsotype 1 of S. aureus strains were papillary ostia (10.6%), milk of cows which reacted to CMT (5.8%), the insufflators of milking machines (3.8%)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-09Bitstream added on 2014-06-13T21:05:06Z : No. of bitstreams: 1 martineli_tm_dr_jabo.pdf: 880688 bytes, checksum: 67253abaf98ac4939615f0fa6dfaf21a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O gênero Aeromonas compreende espécies consideradas importantes patógenos para os seres humanos sendo as gastrenterites as infecções mais comumente atribuídas a estas bactérias. Tendo em vista sua importância como patógeno de origem alimentar, a ocorrência de Aeromonas sp. foi estudada em carcaças bovinas e ambiente do abatedouro em uma indústria do estado de São Paulo. Foram colhidas 285 amostras de 19 locais. Foi realizada a contagem direta por semeadura em meio seletivo, pesquisa e caracterização de espécies após enriquecimento seletivo, teste de susceptibilidade a antimicrobianos e caracterização molecular dos isolados pelas técnicas de REP e ERIC-PCR. A contagem direta permitiu a quantificação destas bactérias em apenas 12 amostras, variando de 0,5 a 9,2 x 100 UFC/cm2, sendo cinco delas de ambiente, com populações que variaram de 1,0 x 100 a 3,0 x 100 UFC/placa. Entretanto, após o enriquecimento seletivo, aeromonas foram isoladas de 38 amostras. A caracterização bioquímica das espécies permitiu verificar a ocorrência de A. caviae, A. schubertii, A. trota e A. sobria. Os testes com antimicrobianos revelaram resistência de todas as cepas a ampicilina e cefalotina, e para os demais antimicrobianos esta foi variável. A resistência da totalidade dos cultivos a determinados princípios indica que os antimicrobianos devem ser utilizados criteriosamente com a finalidade de evitar o surgimento precoce de cepas de Aeromonas sp. resistentes. As técnicas moleculares não possibilitaram a identificação precisa da origem das bactérias na indústria, mas possibilitaram identificar os manipuladores como disseminadores das mesmas. Ainda, a maior prevalência de A. caviae deve ser considerada relevante, pois trata-se de uma das espécies causadoras de gastrenterite em humanos. / The genus Aeromonas comprises important human pathogens and the gastroenteritis are the most common infections attributed to these microorganisms. Considering their importance as foodborne pathogens, the occurrence of Aeromonas sp. was studied on bovine carcasses and environment in an industry in São Paulo State. From 19 location were collected 285 samples. It was done the direct count by seeding on selective medium and biochemical characterization of the species after selective enrichment, antimicrobial susceptibility test and molecular characterization of the isolates by REP and ERICPCR. The direct count permitted bacteria quantification only in 12 samples ranging from 0.5 to 9.2 x 100 CFU/cm2 and five of then were from environment, ranging from 1,0 x 100 a 3,0 x 100 CFU/plate. However after selective enrichment, aeromonas were isolated from 38 samples. Biochemical characterization permitted to verify the occurrence of 59 samples of A. caviae, one of A. schubertii, one of A. trota and one of A. sobria. Antimicrobial test revealed all isolates were resistant to ampicillin and cephalotin, while the results for the other antimicrobials were variable. Resistance of all isolates to some principles indicates that antimicrobials must be used critically to avoid early development of resistant Aeromonas sp. Molecular techniques did not identify precisely the origin of the contamination into the industry, but identified handlers as agent of spreading the bacteria. Also, the greatest prevalence of A. caviae must be considered relevant because it is one of the human gastrenteritis causative species.

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:09:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:26:29Z : No. of bitstreams: 1 000836886_20170327.pdf: 64217 bytes, checksum: 393504d20ec7ab99c209ce9343eb843a (MD5) Bitstreams deleted on 2017-03-31T12:19:17Z: 000836886_20170327.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-31T12:20:20Z : No. of bitstreams: 1 000836886.pdf: 1309134 bytes, checksum: c44c8eb5c08f968e0157c6ac0f5dcec8 (MD5) / Os rotavírus são os principais agentes causadores de diarreias em várias espécies animais e nos seres humanos, causando grandes prejuízos econômicos e de saúde pública. Uma característica marcante desse vírus é a grande diversidade genotípica das estirpes circulantes. Informações sobre genotipagem são imprescindíveis para estabelecer mecanismos de vigilância epidemiológica da infecção por rotavírus. O presente trabalho teve como objetivo discutir a epidemiologia de rotavírus na espécie bovina por meio de estudos desenvolvidos entre os anos 2006 e 2010, no Laboratório de Rotavirose da Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias da Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (FCAV/Unesp). Foram obtidas 803 amostras de fezes de bezerros, na faixa etária de 1 a 90 dias, com e sem diarreia, de 48 rebanhos de gado bovino leiteiro e de corte localizados no Estado de São Paulo. As amostras foram caracterizadas com base nos testes de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE) e transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR). O teste de PAGE indicou animais positivos em 33,3% (16/48) dos rebanhos e 6,1% (49/803) das amostras analisadas. Nos rebanhos leiteiros foram detectados animais infectados por rotavírus nas diferentes faixas etárias de até 90 dias de idade, enquanto nos rebanhos de corte alta frequência (22,8%) de amostras positivas foi verificada em bezerros entre 1 e 15 dias (P<0,05). A análise do perfil do genoma no PAGE identificou sete eletroferótipos, característicos de rotavírus do grupo A, indicando grande diversidade genômica do rotavírus nos rebanhos estudados. A caracterização molecular dos genótipos G (VP7) e P (VP4) pela RT-PCR identificou o genótipo G6P[5] como o mais comum. Foram construídos mapas que analisaram a distribuição espacial dos rotavírus detectados. O trabalho de identificação do rotavírus é de grande valia, uma vez que... / Rotavirus is the major causative agent of diarrhea in several animal species and humans, causing large economic and public health damage. A striking feature of this virus is the great genotypic diversity of circulating strains. Genotyping information is essential to establish surveillance mechanisms of rotavirus infection. This study aimed to discuss the epidemiology of rotavirus in cattle through studies conducted between 2006 and 2010, the Rotavirus Disease Laboratory of the Faculty of Agriculture and Veterinary Sciences of the Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho (FCAV / UNESP), 803 samples of feces of calves were obtained, ranging in age from 1 to 90 days, with and without diarrhea, 48 herds of dairy and beef cattle in the State of São Paulo. The samples were characterized on the basis of electrophoresis tests on polyacrylamide gel (PAGE) and then reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). The PAGE test indicated positive animals in 33.3% (16/48) of the herds and 6.1% (49/803) of the samples. In dairy herds infected animals were detected rotavirus in different age groups (P> 0.05), while in the high frequency cut herds (22.8%) of positive samples was observed in calves between 1 to 15 days (P <0,05). The genome profile analysis in PAGE identified seven eletropherotypes characteristic of rotavirus group A, indicating a high genomic diversity of rotavirus in the herds. The molecular characterization of genotype G (VP7) and P (VP4) by RT-PCR identified the genotype G6P [5] as the most common. Maps were constructed to analyze the spatial distribution of detected rotavirus. Rotavirus identification work is of great value, since it is evident that different genotypes agent is spread in São Paulo presenting different forms of production

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-11-10T11:58:26Z : No. of bitstreams: 1 000747680_20150920.pdf: 1466507 bytes, checksum: cb29b6ba55c009106980d77e8d233fc2 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-09-21T13:18:53Z: 000747680_20150920.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-21T13:19:50Z : No. of bitstreams: 1 000747680.pdf: 2678639 bytes, checksum: e24657234d93469753d524eb03f006fd (MD5) / Estudos recentes apontam para elevação da incidência e da gravidade das infecções por Staphylococcus aureus. Esse fato é agravado pela ampla disseminação de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina (MRSA) nos hospitais, além de sua recente introdução na comunidade. A colonização nasal de indivíduos assintomáticos é o principal fator responsável pela persistência e disseminação de S. aureus nas populações humanas. Assim sendo, inquéritos de carreamento nasal são importantes para estimar a “carga” (burden) de S. aureus como um todo e de MRSA na comunidade. Além disso, a compreensão da relação bactéria-hospedeiro e dos fatores de virulência envolvidos se faz necessária para o combate às infecções que colocam em risco a vida da população em geral. O presente trabalho teve como objetivo investigar a distribuição de clones de Staphylococcus aureus e MRSA na população da área urbana de Botucatu, SP, identificando a prevalência dos determinantes de virulência junto aos fatores de risco associados em isolados obtidos da nasofaringe de indivíduos hígidos do município. Um total de 223 amostras de S. aureus isoladas de secreções nasais foi submetido a testes de susceptibilidade antimicrobiana à oxacilina e cefoxitina através da técnica de discodifusão. O método de E-test foi empregado para determinar a Concentração Inibitória Miníma (CIM) em amostras resistentes. Em seguida, foram realizadas reações de PCR para a detecção dos genes mecA, genes codificadores de fatores de virulência das enterotoxinas (sea, seb e sec) e toxina associada à síndrome do choque tóxico (tst); toxinas esfoliativas A e B (eta, etb), leucocidina de Panton-Valentine (lukS-PV e lukF-PV), hemolisinas alfa e delta (hla e hld); e biofilme (icaA e icaD). A tipagem molecular para a determinação dos clusters foi realizada pela técnica de PFGE. Para avaliar os fatores ... / Recent findings show an increase on the incidence and severity of Staphylococcus aureus infection. This fact is worsened by the wide dissemination of the methicillin-resistant S. aureus (MRSA) isolates in hospitals and its recent introduction in the community settings. The nasal colonization in asymptomatic individuals remains the main factor responsible for the persistence and dissemination of S. aureus in the human population. Thereby, nasal carriage surveys are an important tool in order to estimate the total S. aureus burden and the MRSA in the community. Besides, understanding the bacterial-host relationship and the virulence factors involved is necessary in order to manage the infections that jeopardize the population’s health. The present study aims at investigating the clonal distribution of S. aureus and MRSA strains in an urban population area in Botucatu, SP, identifying both the prevalence of the virulence determinants together to the associated risk factors in samples obtained from the nasopharynx of healthy individuals from Botucatu. A total of 223 S. aureus samples isolated from nasal secretions were submitted to the antimicrobial susceptibility tests through the disk-difusion method with oxacillin and cefoxitin disks. The E-test method with oxacillin was applied in order to obtain the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) among oxacillin disk resistant samples. Afterwards, PCR (Polimerase Chain Reaction) was carried out for the detection of the mecA gene and of the following virulence genes: enterotoxins (sea, seb and sec), toxic shock syndrome toxin (tst), exfoliative toxin A and B (eta, etb), Panton-Valentine Leukocidin (lukS-PV and lukF-PV), alphaand delta-hemolysins (hla and hld), and biofilms (icaA and icaD). The PFGE molecular typing was employed in order to determine the prevalent clusters. The univariate and multivariate linear regression was carried out so that the risk factors ...