Orientador: Gilberto De Nucci / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-26T05:49:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moraes_FernandaCustodio_M.pdf: 2535372 bytes, checksum: 8c0543a6d03f7d2069375240a51187f3 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Um método simples, seletivo e sensível de cromatografia líquida de alta eficiência acoplada à espectrometria de massa em tandem (CLAE-EM/EM) foi desenvolvido para a determinação de dapaconazol (BL-125) em plasma humano usando tioconazol como padrão interno. As drogas foram extraídas a partir do plasma por uma extração líquido-líquido com éter/hexano (80/20, v/v). A cromatografia foi realizada em uma coluna analítica Genesis C18 partícula 4 ?m (100x2.1mm i.d) com uma fase móvel de metanol/acetonitrila/água (80/10/10,v/v/v) e acetato de amônia (0.5 mM). O dapaconazol foi quantificado usando um espectrômetro de massa com uma fonte de electrospray no modo positivo (ES+) configurado para o modo de monitoramento de múltiplas reações (MRM) para monitorar as transições 415.1 > 159.2 e 387.0 > 131.0 para o dapaconazol e tioconazol, respectivamente. O método teve tempo total de corrida de 3.8 min e uma curva de calibração linear no intervalo de 0.2-100 ng/mL (r = 0.9998). O limite inferior de quantificação (LIQ) foi de 0.2 ng/mL. Os valores de precisão e exatidão do ensaio estavam dentro de ± 10%. Os testes de estabilidade não indicaram nenhuma degradação significativa em condições do experimento. Este método foi usado posteriormente para um estudo de fase I de administração tópica de tosilato de dapaconazol em voluntários humanos saudáveis do sexo masculino / Abstract: A simple, selective and sensitive method based on high-performance liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (HPLC-MS/MS) has been developed for the determination of dapaconazole (BL-125) in human plasma using tioconazole as internal standard. The drugs were extracted from plasma by liquid-liquid extraction with ether/hexane (80/20, v/v). The chromatography separation was performed on a Genesis C18 analytical column 4 ?m (100 x 2.1 mm i.d.) with a mobile phase of methanol/acetonitrile/water (80/10/10, v/v/v) and ammonium acetate (0.5 mM). Dapaconazole was quantified using a mass spectrometer with an electrospray source in the ESI positive mode (ES+) configured for multiple reaction monitoring (MRM) to monitor the transitions 415.1 > 159.2 and 387.0 > 131.0 for dapaconazole and tioconazole, respectively. The method had a chromatography run time of 3.8 min and a linear calibration curve over the range 0.2 ¿ 100 ng/mL (r = 0.9998). The lower limit of quantification (LLOQ) was 0.2 ng/mL. The precision and accuracy values of the assay were within ±10%. The stability tests indicate no significant degradation under conditions of experiment. This method was used for a phase I study of topical administration of dapaconazole tosylate in healthy human male volunteers / Mestrado / Farmacologia / Mestra em Farmacologia

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-22T17:49:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_FlamysLenadoNascimento_D.pdf: 3948483 bytes, checksum: d08c9b4a732a432656e3795bc2d362dc (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: As variedades de uvas do gênero Vitis vinífera, incluindo a uva Syrah, são amplamente utilizadas na vinificação. O híbrido (Máximo-IAC 138-22), obtida do cruzamento entre Syrah e Seibel 11342 tem mostrado grande capacidade de adaptação ao clima de São Paulo e, aparentemente, produz um vinho de boa qualidade. A primeira parte deste estudo consistiu em comparar a composição volátil no headspace do vinho tinto paulista com outros vinhos originados da casta fina Syrah de diferentes regiões do mundo. Para isso foi empregada a técnica de microextração em fase sólida (SPME) com a cromatografia em fase gasosa acoplada à espectrometria de massas (GC-MS). Na segunda parte foi estudado o perfil fenólico de vinhos empregando a técnica de ionização por eletrospray (ESI) acoplada com a espectrometria de massas de ressonância ciclotrônica de íons com transformada de Fourier (FT-ICR MS) que permitiu a detecção de milhares de compostos polares no vinho sem separação cromatográfica e simples preparo de amostra. Constatou-se que o vinho paulista possui um perfil fenólico similar aos outros vinhos comerciais da uva Syrah. No terceiro e quarto estudos empregou-se a técnica ESI-MS por inserção direta para quantificar os ácidos orgânicos em vinho e em uva. Apesar de o vinho constituir uma matriz complexa, a técnica ESI-MS por inserção direta permitiu quantificar os compostos polares majoritários tais como ácido málico, ácido tartárico e ácido cítrico. Nas uvas Vitis vinífera, Vitis labrusca e híbridos a análise de componentes principais (PCA) mostrou clara distinção entre vinhos de uvas diferentes e o agrupamento do vinho paulista com os vinhos da uva Syrah. O método ESI-MS por inserção direta está sendo proposto pela primeira vez para quantificação de ácidos em vinhos e uvas. O método aqui desenvolvido foi validado segundo as normas do Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia (INMETRO) / Abstract: Varieties of grapes from the Vitis vinifera group incluind the Syrah grape are the most widely used for winemaking. A hybrid grape (Maximum-IAC 138-22) obtained by crossing Syrah and Seibel 11342 grapes has shown great adaptability in São Paulo State, producing apparently a high quality wine. This part first has compared the headspace aroma volatile composition of wine made from the Maximum IAC 138-22 grape with wines made from Syrah varietals originated from different regions of the world. Using static solid-phase microextration (SPME) followed by gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) analysis, main volatile compounds were identifield. Hierarchical clustering analysis (HCA) showed that the wine from the hybrid grape Maximum 138-22 has volatile aroma composition very similar to most high quality Syrah grape wines studied. In the second part the phenolic profile wine using the technique of electrospray ionization (ESI) coupled with mass spectrometry íon cyclotron resonance Fourier transform (FT-ICR MS) that allows detection of thousands of polar compounds in wine without chromatographic separation and simple sample preparation. Was found that the wine paulista has a profile similar phenolic other commercial wines from Syrah grapes. The ESI-MS technique for direct insertion allows us to obtain qualitative and quantitative results without chromatographic separation of wine. In the third and fourth studies employed the technique ESI-MS by direct insertion for quantifying organics acids in wine and grapes. As the wine is a complex matrix, pre concentration and filtration ESI-MS for direct insertion quantify the major polar compounds such as malic acid, tartaric acid and citric acid. In Vitis vinifera grape, Vitis labrusca and hybrid the principal component analysis (PCA) showed a clear distinction between wines from different grapes and wine group in São Paulo with wines from Syrah grapes. The ESI-MS method for direct insertion is first proposed for quantification of acids in wines and grapes. The method ESI-MS by direct insertion is first proposed for quantification acid in wines and grapes. The method developed here was validated according to the standards of the National Health Surveillance Agency and National Institute of Metrology, Quality and Technology (INMETRO) / Doutorado / Quimica Analitica / Doutora em Ciências

Orientador: Altair Antoninha Del Bel Cury / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-19T16:58:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Custodio_William_D.pdf: 6418945 bytes, checksum: f47ba0f315d5085af1b6afa2e2734527 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O desenvolvimento de biofilme de Candida albicans pode ser mediado pela expressão diferencial de sítios de ligação protéicos na película adquirida formada sobre as superfícies das próteses dentais. Assim, objetivo geral deste estudo foi verificar a influência das proteínas de origem salivar e plasmática na formação dos biofilmes de C. albicans. No primeiro capítulo foi revisado o estado da arte de metodologias aplicadas para análise de proteínas. A partir do conhecimento das metodologias, a pesquisa foi realizada com objetivo de caracterizar os perfis protéicos de películas adsorvidas (ADP) à superfície de espécimes de poli(metilmetacrilato), na presença de saliva ou saliva acrescida de plasma sanguíneo. A composição da ADP foi analisada utilizando a técnica de espectrometria de massas, cujo resultado demonstrou diferenças significativas nos proteomas obtidos entre os grupos. Ainda, foi verificada a influência destas películas na energia livre de superfície (SFE) e expressão de fatores de virulência de biofilmes de C. albicans. Os achados demonstraram que a ligação de proteínas plasmáticas determinou aumento de ambas variáveis. A partir desses dados estudou-se o efeito individual de algumas das proteínas identificadas na ADP no desenvolvimento de biofilmes de C. albicans. Com esse objetivo, biofilmes de C. albicans foram desenvolvidos (90 min, 24, 48 e 72 h) sobre películas mono protéicas de albumina, mucina I e II, lactoferrina, fibrinogênio, C3b, IgA e histatina 5. Em cada um dos tempos foi avaliada a atividade metabólica da célula fúngica (teste de XTT), a organização estrutural do biofilme (microscopia confocal por varredura à laser) e a expressão de fatores de virulência por meio dos testes de produção enzimática. Baseado nas evidências geradas por estes trabalhos, podese concluir que proteínas salivares e plasmáticas adsorvidas como integumentos protéicos mantêm sua função biológica e, assim, exercem uma influência modulatória no desenvolvimento de biofilmes de C. albicans / Abstract: The development of Candida albicans biofilms may be mediated by a differential expression of proteic ligand sites in the acquired pellicle formed onto the oral prosthesis surfaces. Therefore, the main objective of this study was to evaluate the influence of salivary and plasmatic-derived proteins on the development of C. albicans biofilms. In the first chapter the state-of-the-art was reviewed for methodologies applied to the analysis of proteins. From the knowledge of the methodologies, the research was realized aiming to characterize the protein profile of acquired pellicles (ADP) on poly(methylmetacrilate) surfaces' specimens in the presence of saliva or saliva supplemented with blood plasma. ADP composition was analyzed by mass spectrometry techniques, which results demonstrated a significant difference in the obtained proteome between the groups. Moreover, the influence of these pellicles was evaluated for the surface free energy (SFE) and expression of virulence factors by C. albicans biofilms. The findings demonstrated that the binding of plasmatic proteins in the ADP determined increases in both experimental variables. From these data, the individual effect of some identified ADP proteins was evaluated on C. albicans biofilm development. With this objective, C. albicans biofilms were developed (90 min, 24, 48 and 72 h) over mono-protein pellicles of albumin; mucin I and II; lactoferrin; fibrinogen; C3b; IgA and histatin 5. For each time point, biofilms were analyzed for metabolic activity (XTT assay), structural biofilm conformation (Confocal scanning laser microscopy) and, expression of virulence factors by means of enzymatic activity assays. Based on the generated evidences of these studies, we can conclude that adsorbed salivary and plasmatic proteins as proteic integuments keep their biological function, and thus exert a modulatory influence on C. albicans biofilm development / Doutorado / Protese Dental / Doutor em Clínica Odontológica

Orientador: Daniel Barrera Arellano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-19T21:15:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fernandes_GabrielDeschamps_M.pdf: 1854677 bytes, checksum: e57833484e8f9ad4a136187bed59d8d2 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Os fosfolipídios são definidos como o grupo de moléculas que contém um grupamento fosfato. Por apresentarem características anfipáticas, este grupo de moléculas se organiza naturalmente em bicamadas, originando as membranas dos seres vivos. Industrialmente são capazes de estabelecer interfaces óleo/água, possibilitando a formação e estabilização de emulsões. Este grupo de moléculas é bastante diverso quimicamente, sendo os principais componentes a fosfatidilcolina, fosfatidiletanolamina, fosfatidilserina, fosfatidilinositol, ácido fosfatídico e esfingomielina. A determinação e quantificação desses compostos é bastante laboriosa tanto nos meios industriais como acadêmicos, envolvendo, entre outras, etapas de digestão ácida e incineração. A espectrometria de massas desponta como uma técnica bastante favorável à análise de lipídios, englobando desde estudos clínicos até de biocombustíveis. Mais recentemente, as técnicas de espectrometria de massas com ionização ambiente facilitaram o acesso a este tipo de tecnologia, diminuindo os custos de implantação e principalmente de operação. A ionização ambiente por sonic-spray (EASI, easy ambient sonic-spray ionization) denota-se como uma técnica adequada à análise de lipídios, uma vez que não aplica alta voltagem e alta temperatura, prevenindo, portanto possíveis degradações destas moléculas. Este trabalho teve como objetivo, estudar a ionização de fosfolipídios (PL) e triacilgliceróis (TAG) frente à técnica EASI-MS, bem como, estudar a viabilidade técnica da caracterização de lecitinas comerciais por meio da técnica EASI-MS. Quanto à ionização dos lipídios, foi possível observar, nas condições de estudo, que dentro de uma mesma classe (PL ou TAG) a intensidade de ionização diminui com o aumento da cadeia dos ácidos graxos e aumenta com o aumento das insaturações. Para o estudo de caracterização foram utilizadas seis amostras de lecitina de soja comercial, obtidas por diferentes processos. As amostras foram diluídas em clorofórmio e submetidas à análise de EASI-MS, nos modos positivo e negativo. Nos espectros de EASI(+)-MS, os íons mais representativos foram os íons correspondentes à fosfatidilcolina e aos triacilgliceróis, enquanto que, nos espectros de EASI(-)-MS os íons mais representativos corresponderam à fosfatidiletanolamina, aos ácidos graxos livres e aos glicofosfolipídios. A técnica EASI-MS mostrou-se eficiente na caracterização das lecitinas comerciais. Sendo uma técnica rápida e que não exige preparo de amostra / Abstract: Phospholipids are defined as the group of molecules containing a phosphate grouping. As they have amphipathic characteristics, this group of molecules naturally organizes bilayer, origin the membranes of living organism and are able to establish an industrial oil / water interface, allowing the formation and stabilization of emulsions. This group of molecules is very chemically different; the main components are phosphatidylcholine, phosphatidylethanolamine, phosphatidylserine, phosphatidylinositol, phosphatidic acid and sphingomyelin. The determination and quantification of these compounds is very laborious for the academic and industrial circles, involving, among others, several steps, like acid digestion and incineration. Mass spectrometry is emerging as a very favorable tool of lipids analysis, since clinical and biofuel studies. Recently, the techniques of ambient mass spectrometry have facilitated the access to this type of technology, reducing deployment costs and especially the operation. Easy ambient sonic-spray ionization (EASI) denotes as a suitable technique to analyze the lipids, since it does not apply high voltage and high temperature, and thereby prevent possible degradation of these molecules. This work aimed to study the ionization of phospholipids (PL) and triacylglycerols (TAG) in EASIMS technique, as well as studying the technical feasibility of the characterization of commercial lecithins by EASI-MS. On the lipid ionization, it was observed, under the conditions of the study, that within the same class (TAG or PL) the ionization intensity decreases with increasing of fatty acids chains and increases with increasing of unsaturation. For characterization studies were used six samples of commercial soy lecithin, obtained by different processes. Samples were diluted in chloroform and analyzed for EASI-MS in positive and negative ion modes. In the spectra of EASI (+)- MS, the most representing ions are corresponding to triglycerides and phosphatidylcholine, whereas in the spectra of EASI (-)-MS the most representative ions correspond to the phosphatidylethanolamine, the free fatty acids and glicophospholipidios. The EASI-MS technique was efficient in the characterization of commercial lecithins. As a fast technique and does not require sample preparation / Mestrado / Tecnologia de Alimentos / Mestre em Tecnologia de Alimentos

Orientadores: Nelci Fenalti Hoehr, Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-20T03:55:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amaral_PhellipeHonorio_M.pdf: 2853850 bytes, checksum: 1cdd86d86ade920d343377315ac2d392 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Utilizou-se o maleato de enalapril para identificação dos produtos de degradação através da espectrometria de massas utilizando a técnica de ionização EASI (easy ambient sonic-spray ionization). Essa técnica de ionização ambiente torna a espectrometria de massas uma ferramenta mais simples, pois para esse trabalho não houve preparo de amostra, os ensaios foram realizados diretamente da superfície do comprimido. Para conhecermos melhor a rota de degradação do maleato de enalapril na formulação, comparou-se dois processos de fabricação dos comprimidos, a granulação via úmida e a compressão direta. Indicando grandes diferenças no perfil de degradação. A avaliação dos produtos de degradação foi feita em paralelo utilizando a técnica de separação por cromatografia líquida de alta eficiência com detector de ultra violeta, mostrando o comparativo das respostas da técnica EASI-MS e da CLAE -UV. Realizou-se os estudos de acordo com os estudos de estabilidade de longa duração, simulando assim a estabilidade do maleato de enalapril em comprimidos e um estudo de degradação forçada com o ataque ácido e térmico, demonstrando a capacidade da técnica em avaliar os estudos de degradação forçada / Abstract: We used the enalapril maleate to identify the degradation products by mass spectrometry using the technique of ionization EASI (easy ambient sonic-spray ionization). This technique makes the environment ionization mass spectrometry a more simple tool, as for this study there was no sample preparation, tests were performed directly from the tablet surface. To know the best route of degradation of enalapril maleate formulation, we compared two methods of manufacture of tablets, wet granulation and direct compression. Indicating large differences in degradation profile. The evaluation of the degradation products was performed in parallel using the technique of separation by high performance liquid chromatography with UV detector, showing the comparison of responses of the art EASI-MS and HPLC-UV. Studies were performed according to the studies of the long term stability, thus simulating the stability of enalapril maleate in a compressed and forced degradation study with heat and acid attack, demonstrating the ability of the technique of evaluating the degradation studies forced / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Fábio Cesar Gozzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-20T04:44:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fioramonte_Mariana_M.pdf: 6585272 bytes, checksum: 7fcc677288d272f3c92f3e3116d43fa5 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Ligação cruzada acoplada à espectrometria de massas (MS) é uma técnica que permite a caracterização estrutural de proteínas e complexos proteicos, especialmente nos casos em que estes não são passíveis de serem analisados por técnicas de alta resolução. O experimento baseia-se na reação de uma proteína ou no complexo proteico com um reagente bifuncional (agente de ligação cruzada, ALC) seguido de análise proteômica shotgun por MS. Isso trás para a técnica todas as vantagens da MS, como alta sensibilidade, rapidez de análise e facilidade de uso. Somente resíduos de aminoácidos espacialmente próximos podem ser ligados covalentemente pelo ALC, de forma que os peptídeos contendo a ligação cruzada, identificadas por MS, servem como restrições de distância entre os aminoácidos na estrutura nativa da proteína ou complexo proteico. O conjunto de peptídeos contendo a ligação cruzada fornece, assim, um conjunto de restrições de distâncias entre os aminoácidos que pode ser utilizado para montar um modelo molecular da proteína ou do complexo. O objetivo principal deste trabalho foi a aplicação da técnica de ligação cruzada acoplada a espectrometria de massas no mapeamento da interação entre as proteínas quinase de adesão focal (FAK), através de seu domínio FERM, e miosina. Esse complexo proteico está envolvido na sinalização molecular para o processo de hipertrofia cardíaca. A hipertrofia cardíaca é considerada um mecanismo de adaptação do miocárdio em resposta a sobrecargas hemodinâmicas e está associada com risco de desenvolvimento de insuficiência cardíaca, arritmias e morte súbita. Estímulos mecânicos são considerados os principais ativadores primários das respostas que conduzem às alterações fenotípicas do miocárdio nas várias doenças cardíacas. A caracterização estrutural do complexo FAK/miosina ao nível molecular permitiu a criação de um modelo molecular deste complexo, que foi validado através de mutações na região de interação entre as proteínas. Esse modelo permite que se entenda o processo de sinalização da hipertrofia ao nível molecular / Abstract: Chemical cross-linking coupled with mass spectrometry (MS) is a technique that allows the structural characterization of proteins and protein complexes, especially when these proteins are not amenable to be analyzed by high resolution techniques. The experiment is based on ther eaction of a protein or protein complex with a bifunctional reagent (cross-linking agent, ALC) followed by shotgun proteome analysis by MS. This brings to the technique all the advantages of MS, such as high sensitivity, short analysis time and ease of use. Only spatially close amino acid residues can be covalently bound by the reagent, so that the cross-linked peptides, identified by MS, serve as distance constraints between amino acids in the native structure of the protein or protein complex. The set of cross-linked peptides thus provides a set distance constraints among amino acids that can be used to build a molecular model of the protein or complex. The main objective of this work was to apply the cross-linking technique coupled to MS to map the interaction between the proteins Focal Adhesion Kinase (FAK), through its FERM domain, and myosin. This protein complex is involved in molecular signaling of the cardiac hypertrophy process. Cardiac hypertrophy is considered an adaptative mechanism of the myocardium in response to hemodynamic overload and it is associated with risk of developing heart failure, arrhythmias and sudden death. Mechamical stimuli are considered the main activator of the primary responses that lead to phenotypic changes of the myocardium in many cardiac diseases. The structural characterization of the complex FAK/myosin at the molecular level has allowed the creation of a molecular model of this complex, which was validated by mutations in the region of interaction between the proteins. This model allows the understanding the signaling processes of hypertrophy at the molecular level / Mestrado / Quimica Organica / Mestra em Química

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-21T09:34:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lima_MairaFasciottiPinto_M.pdf: 3076235 bytes, checksum: bc4b63f365634b0b6e2e36e84cb49537 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Esta dissertação apresenta uma breve introdução sobre a técnica de mobilidade iônica acoplada a espectrometria de massas (Capítulo 1) e a discussão de resultados aplicados a três subprojetos distintos. A técnica de TWIM-MS é uma técnica de separação na qual a separação em dos íons ocorre em uma cela de mobilidade iônica e é baseada em parâmetros como a seção de choque, carga, polarizabilidade, que é a capacidade de um íon ter sua densidade eletrônica distorcida pela interação com o gás de mobilidade, além de, obviamente, da estrutura tridimensional dos íons em fase gasosa. Sobre o Capitulo 2, objetivo do trabalho em petroleômica foi desenvolver e otimizar um método para a identificação de compostos polares presentes em amostras de petróleo e seus derivados como diesel e gasolina, que fosse capaz de diferenciar amostras distintas com relação essas composições, verificando quais respostas esta técnica pode fornecer nos estudos petroleômicos. Puderam ser identificadas as classes N, O2 e NO, com excelente resolução com a técnica de TWIM-MS. Entretanto, acredita-se que algumas outras classes ainda podem ser elucidadas. O CO2 se mostrou ser o melhor gás de mobilidade a ser utilizado para a resolução destas classes. A técnica de TWIM-MS também se mostrou adequada para a caracterização de gasolina e seus aditivos, entretanto mais amostras de diesel aditivado devem ser investigadas, para se descobrir porque os aditivos não puderam ser detectados através da técnica de ESI-TWIM-MS. Com relação ao estudo das estruturas em fase gasosa dos isômeros do Corrol (Capítulo 3), podese observar que o corrorin tem a estrutura tridimensional mais compacta entre todos os isômeros, enquanto NCC4 e corrol são os isômeros com maiores seções de choque e maiores drift times. Mesmo que o norrole tenha os maiores valores previstos de CCS, seu menor momento de dipolo resulta em interações mais fracas com o gás de mobilidade, e um drift time menor do que o esperado é obtido. Uma melhor resolução entre os isômeros de corrol foi alcançada usando CO2 como gás de mobilidade. Além disso, estes isômeros podem ser diferenciados monitorando íons característicos resultantes de suas fragmentações. Em conclusão, mostrou-se que a diferenciação por TWIM-MS destas estruturas pode ser conseguida através do monitoramento das diferenças entre as suas mobilidades relativas e também pelos espectros distintos de MS/MS obtidos para cada isômero. Já o Capítulo 4, visou avaliar a separação de 4 dissacarídeos isoméricos, em que se observou que a utilização de mais gases polarizáveis, tais como o CO2 na análise realizada com o Synapt G2 permite uma resolução quase na linha de base, o que não foi possível utilizando N2 como gás de mobilidade e nem na primeira geração do equipamento comercial Synapt, mesmo usando CO2 como gás de mobilidade / Abstract: This dissertation presents a brief introduction of the technique of Ion Mobility Mass Spectrometry (Chapter 1) and also the discussion of results applied to three distinct subprojects. The technique of Traveling Wave Ion Mobility Mass Spectrometry, is a separation technique in which the separation of the ions occurs in a mobility cell and is based on parameters such as collision cross-section, charge, polarizability (the capacity of an ion to have its electronic density distorted by interaction with the drift gas) and the three dimensional structure (shape) of ions in the gaseous phase. The main goal of the work performed in petroleomics (Chapter 2), was to develop and optimize a method for the identification of polar compounds present in oil samples and its derivatives, such as diesel and gasoline. The applied method was able to differentiate oil samples based on some polar components. Classes N, O2 and NO could be identified with proper resolution with TWIM-MS technique. However, it is believed that some other classes may be elucidated. CO2 was shown to be the best drift gas to be used for the separation of these classes. The technique of TWIM-MS also proved to be suitable for the characterization of gasoline and its additives, however, more samples of additive diesel must be investigated to find out why the additives could not be detected by the technique of ESI-TWIM-MS. During the study of tridimensional structures in the gaseous phase of five Corrole isomers (Chapter 3), it was observed that significant differences in shape and charge distributions for the protonated molecules lead to contrasting gas phase mobilities, most particularly for corroin, the most "confused¿ isomer. Accordingly, corroin was predicted by DFT and collisional cross section calculations to display the most compact tridimensional structure. NCC4 and corrole, on the other hand were found to be the most planar isomers. Better resolution between the corrole isomers was achieved using the more polarizable and massive CO2 as the drift gas and contrasting labilities towards CID, allowed the prompt differentiation of some isomers. Chapter 4 aimed to evaluate the separation of four isomeric disaccharides, where it was observed that the use of more polarizable gases, such as CO2, in the analysis performed with a Synapt G2 allows almost a baseline resolution for some isomeric pairs. This was not possible using N2 as drift gas with the Synapt G2, and not with the Synapt G1 using either N2 or CO2 / Mestrado / Quimica Analitica / Mestra em Química

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-21T09:31:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lalli_PriscilaMicaroni_D.pdf: 7058193 bytes, checksum: bda550a8e643bbf3d082b69bfd94c04e (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A espectrometria de mobilidade iônica separa íons de diferentes tamanhos ou formatos (seção de choque) em fase gasosa de acordo com o tempo que levam para atravessar uma câmara preenchida com gás sob a influência de um campo elétrico fraco. O acoplamento dessa técnica à espectrometria de massas (IM-MS) resulta em uma ferramenta extremamente versátil, pois adiciona uma nova dimensão aos dados de MS com informação sobre a estrutura tridimensional das espécies. Assim, a IM-MS tem sido muito utilizada para o estudo conformacional de proteínas, separação de isômeros e análise de misturas complexas. Neste trabalho, investigamos novas aplicações da IMMS, focando na separação de isômeros. Na primeira parte, mostramos que a IM-MS é capaz de separar isômeros posicionais de piridil porfirina mono ou multi substituída com [Ru(bpy)2Cl]+. Os isômeros substituídos em meta mostraram ser mais compactos do que os substituídos em para. Entretanto, os isômeros di-substituídos em cis e trans possuem seção de choque muito parecida e não puderam ser separados. Na segunda parte, mostramos a separação e caracterização de protômeros (espécies protonadas ou desprotonadas em sítios distintos). Apesar da protonação (ou desprotonação) em sítios diferentes não alterar significativamente a seção de choque da espécie, ela pode resultar em íons com distribuição de cargas contrastantes, o que leva a formação de heterodímeros entre os íons e as moléculas do gás (CO2) com forças e tempo de vidas contrastantes, assim assegurando a resolução desses protômeros por IM-MS. Na terceira parte do trabalho, investigamos o potencial da técnica para o detalhamento composicional e estrutural de compostos presentes em petróleo através da análise de cortes de destilação de alto ponto de ebulição / Abstract: Ion mobility mass spectrometry separates ions with different size or shape (collision cross section) in the gas phase according to the time they take to travel through a cell filled with gas under the influence of a low electric field. The coupling of this technique to mass spectrometry (IM-MS) results in an extremely versatile tool, since it adds a new dimension to MS data with information about the species¿ threedimensional structure. Therefore, IM-MS has been extensively used for protein conformation studies, isomer separations and analysis of complex mixtures. In this work, we investigate new applications of IM-MS, focusing on isomer separation. In the first part, we show that IM-MS is able to separate positional isomers of pyridilporhyrins mono or multi-substituted wih [Ru(bpy)2Cl]+. The meta substituted isomers were shown to be more compact than the para substituted isomers. On the other hand, cis and trans di-substituted isomers display very similar collision cross sections and could not be separated. In the second part of this work, we show the separation and characterization of protomers (species protonated or deprotonated in different sites). Although protonation (or deprotonation) in different sites does not change significatly the species collision cross section, it may result in ions with contrasting charge distribution, which leads to the formation of heterodimers between ions and gas molecules (CO2) with contrasting strengths and life times, therefore allowing the resolution of these protomers by IM-MS. In the third part of this work, we investigate the potencial of this technique for the compositional and structural detailing of compounds present in crude oil by the analysis of high boiling point distillation cuts / Doutorado / Quimica Analitica / Doutora em Ciências

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-22T00:54:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sanvido_GustavoBraga_D.pdf: 4476411 bytes, checksum: a0dd09e383cad0e4a59a706fee40bae6 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O Brasil é hoje um dos maiores produtores de alimentos de origem animal. Este papel de destaque só foi alcançado a partir de grandes investimentos em biotecnologia e tecnologia. O primeiro foi responsável pelo grande aumento na produtividade dos agropecuaristas nacionais possibilitando um ganho genético de nossos rebanhos e por consequência uma maior competitividade no mercado internacional. Já o ganho tecnológico tem nos levado a melhorar nosso processamento de alimentos garantindo uma maior qualidade de nossos alimentos e fazendo com que possamos deixar de ser um país exportador unicamente de matéria-prima para nos tornarmos, cada vez mais, exportadores de manufaturas. Neste trabalho foi proposto o uso da espectrometria de massas, técnica ainda muito pouco conhecida na área de produção de alimentos, em diferentes pontos desta cadeia produtiva de alimentos de origem animal. Para a análise de embriões foi utilizado o MALDI-Q-TOF. Está técnica possibilitou a identificação do perfil lipídico de cada amostra se mostrando muito mais apta do que a técnica comumente utilizada para estas análises (GC) para a identificação de diferenças individuais. A tipificação e o monitoramento de algumas mudanças neste perfil durante as fases de desenvolvimento se mostraram intrínsecas as espécies e relacionadas ao ambiente. Esta estratégia em MALDI-MS permitiu a caracterização do perfil lipídico de embriões e oócitos de diversas espécies, contribuindo para os campos de pesquisa em reprodução tais como a das alterações do perfil lipídico nas células durante o desenvolvimento embrionário e seu papel na criopreservação de embriões in vitro. Na área de alimentos dois trabalhos foram realizados. No primeiro a detecção de maltodextrina em leite em pó foi avaliada através da técnica de fingerprinting. O eletrospray (ESI) foi utilizado para a identificação da adição de maltodextrina em leite em pó de uma forma rápida direta e simples. Este método se mostrou sensível, robusto e altamente seletivo e confiável, como foi comprovado pelos ensaios de digestão enzimática. O segundo trabalho desta área de alimentos utilizou a técnica de fingerprint por MALDI-Q-TOF para detectar a adição de gordura exógena em leite em pó bovino. Através desta técnica conseguiu-se detectar, com precisão a adição de óleo/gordura exógena em leite em pó, utilizando um procedimento simples e rápido. Este procedimento proporcionou um método robusto e seletivo para a classificação e o controle de qualidade do leite em pó. Nos últimos anos, estudos envolvendo MS tem se expandido em ritmo impressionante no campo das ciências biológicas. As novas exigências de qualidade e segurança dos mercados consumidores impulsionam a busca de métodos analíticos capazes de buscarem limites de detecção e quantificação cada vez menores. Devido a grande versatilidade da técnica de MS, foi possível, neste trabalho, o desenvolvimento de métodos analíticos em duas áreas distintas (reprodução animal e qualidade de produtos de origem animal), dentro de um mesmo tema (produção animal), com grande eficiência. Observa-se ainda que é de fundamental importância desenvolver experiência científica em grupos multidisciplinares de modo a criar competências para novos desafios e resolver problemas na área de agronegócios / Abstract: Brazil is nowadays one of the biggest producers of foods from animal origins. This prominent role in the international market was only achieved through important investments made in biotechnology and technology. The first one was responsible for the productivity increase of national agriculture producers allowing then having a genetic gain of their herds and consequently allowing them to enhancing competitiveness in the international market. The technology increase have been taking us to improve our food processing ensuring higher quality products and allowing us to become manufacture exporters instead of been just raw products exporters. In this work it was suggested the use of mass spectrometry, a still very unknown technique in the food production field, in different points of animal origin food chain. For the embryo analysis a MALDI-Q-TOF was used. This technique allowed a lipid profile identification of each single sample showing to be more able to identify individual differences than the usual techniques (GC). The typification and monitoring of some changes in these profiles occurred during development phases showed to be intrinsic to the species and related to the environment. This strategy on MALDI-MS allowed the characterization of many species embryos and oocytes lipid profiles, contributing for the fields of research in reproduction as lipid profiles changes in cells during embryo development and its role on in vitro embryo cryopreservation. In the field of food control quality two works were developed. In the first one the detection of maltodextrin in milk powder was evaluated through the mass spectrometry fingerprint technique. The ESI was used for the fast, direct and simple identification of maltodextrin addition in milk powder. This method showed to be sensible, robust and highly selective and reliable, as it was proved by the enzymatic assays. The second work in the food control quality field used the MALDI-Q-TOF fingerprint technique to detect the exogenous fat addition in bovine milk powder. Through this technique we managed to precisely detect the addition of exogenous oil/fat in milk powder, through a fast and easy procedure. This procedure provided a robust and selective method to classification and control quality of milk powder. During the last years studies involving MS have been expanding in an impressive rate in the biological sciences field. The new requisites of quality and safety of consumer markets drive to the search of analytical methods able to seek lower detection and quantification limits. Due to the great versatility of MS technique it was possible in this work to develop analytical methods in two different areas (animal reproduction and quality of animal origin products) in the same field (animal production), with great efficiency. Furthermore it is noted that it has a fundamental importance to develop scientific experience in multi-disciplinary to create competencies to face new challenges and solve problems in the agribusiness field / Doutorado / Quimica Analitica / Doutor em Ciências

A geração de células-tronco pluripotentes induzidas (iPS) a partir de células somáticas demonstrou que células adultas de mamíferos podem ser reprogramadas a um estágio de pluripotência através da inserção de fatores de transcrição embrionários. Esta descoberta tem levantado questões fundamentais sobre os mecanismos, que através destes fatores de transcrição, influenciam epigeneticamente as células e seus potenciais de diferenciação após a reprogramação e um normal desenvolvimento. Componentes lipídicos e lipoprotéicos afetam vários aspectos no comportamento celular durante sua manutenção e diferenciação, podendo afetar diretamente fatores essenciais em processos de reprogramação celular, manutenção da pluripotência e perfil epigenético das células. Nesse sentido, esta tese propôs o estudo da composição lipídica com diferentes abordagens entre células iPS, células-tronco embrionárias (H1) e células fibroblastos (BJ). Foram produzidas três linhagens de células pluripotentes induzidas no modelo humano que foram caracterizadas quanto 1a sua pluripotência e utilizadas, juntamente às linhagens H1 e BJ como modelos para o estudo da composição lipídica proposto. Foram identificadas e estudadas um total de 44 espécies lipídicas das classes PC, PE, PI, SM e PS, e discutidas frente a reprogramação celular e manutenção da pluripotência. Foi identificado um padrão de composição fosfolipídica distinta entre células pluripotentes e não pluripotentes, e especulamos que a presença dessas espécies parecem ter um envolvimento fundamental para a manutenção da pluripotência. Este padrão, mostrou pela análise de componente principal, que durante o processo de reprogramação, alterações na composição lipídica ocorrem de forma com que a pluripotência surge durante a reprogramação, evidenciando alterações lipídicas particulares do estádio da pluripotência, sugerindo uma ligação entre estas alterações na composição lipídica com as alterações metabólicas da própria reprogramação celular. O estudo da quantificação de fosfolipídios entre linhagens celulares pluripotentes e não pluripotentes evidenciaram que existe uma diferença fosfolipídica entre estas linhagens, observamos que as linhagens iPS e H1, do ponto de vista das classes observadas e os fosfolipídios quantificados, são similares entre si e diferentes de células não pluripotentes. É evidente que estas moléculas lipídicas, individualmente, não são capazes de modular processos como a reprogramação celular, entretanto, é de extrema importância o entendimento das mesmas dentro da reprogramação celular e manutenção da pluripotência. Nossos dados sugerem que a composição lipídica de células pluripotentes tem importante papel para o desenvolvimento e evolução do processo de reprogramação celular e o entendimento da manutenção da pluripotência / The generation of induced pluripotent stem cells (iPS) from adult somatic cells has shown that mammalian cells can be reprogrammed to a pluripotent state by the insertion of embryonic transcription factors. This finding has raised questions about the fundamental mechanisms through which these transcription factors epigenetically influence cells, their potential of differentiation after reprogramming and normal development. Lipid and lipoprotein components affect numerous aspects of cell behavior during its maintenance and differentiation, which can directly affect main factors in cell reprogramming processes, maintenance of pluripotency and epigenetic profile of the cells. Thus, this thesis proposed to study, with different approaches, the lipid composition of iPS cells, embryonic stem cells (H1) and fibroblast cells (BJ). Three induced pluripotent cell lines were produced in the human model. They were characterized regarding their pluripotency and used along with H1 and BJ cell lines, as models for the proposed lipid composition study. A total of 44 species of lipid from the classes PC, PE, PI, PS and SM have been identified, studied and discussed regarding cellular reprogramming and maintenance of pluripotency. A different phospholipid composition pattern was observed between pluripotent and non-pluripotent cells, and it is speculated that the presence of these species appears to have a major involvement on the maintenance of pluripotency. This array showed, by the principal component analysis, that during the reprogramming process changes in the lipid composition occur, so that pluripotency takes place during reprogramming, highlighting lipid changes particular of the pluripotency state, suggesting a connection between these changes in lipid composition and the metabolic changes of cell reprogramming. The study of the quantitation of phospholipids from pluripotent and non-pluripotent cell lines indicated a phospholipid difference between these cell lines when considering the observed classes and quantified phospholipid. It was eminent that iPS lines and H1 are similar and differ from non-pluripotent cells. It is clear that these lipid molecules are not individually capable of modulating processes such as cell reprogramming, however, it is extremely important to understand them within cellular reprogramming and maintenance of pluripotency. Our data suggests that the lipid composition of pluripotent cells has important role in the development and evolution of cellular reprogramming process and the understanding the maintenance of pluripotency