A tirbo Oryzomyini é a mais especiosa dentre os sigmodontíneos e os estudos citogenéticos nesses roedores refletem tal diversidade exibindo uma gama excepcional de variabilidade cromossômica. O número diploide varia de 2n = 16 até 2n = 88, além disso, algumas espécies apresentam polimorfismos de cromossomos autossômicos e sexuais, assim como a presença de supernumerários. De modo a compreender melhor a variabilidade cromossômica do grupo, o presente trabalho tem como objetivo: fazer uma revisão citogenética da tribo; descrever sete novos cariótipos (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110 e Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); realizar um estudo de pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo-específicas de todo o complemento cromossômico de Holochilus sciureus e alguns autossomos de Oligoryzomys moojeni em quinze espécies de Oryzomyini (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62 e Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs); e por fim fazer uma análise filogenética da tribo baseada em dados de pintura cromossômica. Os resultados mostraram uma intensa reorganização genômica envolvendo inversões pericêntricas e/ou reposicionamento centromérico, inversões paracêntricas, rearranjos Robertsonianos, fusões e/ou fissões em tandem e translocações envolvidas na diversidade e evolução cromossômica de Oryzomyini. A utilização de duas abordagens diferentes na análise filogenética mostrou qual é mais confiável e apresenta resultados similares aqueles resultantes das análises morfológicas e moleculares. Além disso, os cromossomos sexuais dessas espécies apresentaram regiões homólogas compartilhadas entre todas as espécies analisadas com amplificação espécie-específica de heterocromatina / Oryzomyini is the most specious tribe of Sigmodontinae subfamily and cytogenetic studies of these rodents reflect such diversity displaying an exceptional range of karyotype variability. Diploid number vary from 2n = 16 to 2n = 88, in addition, some species present autosomal and sex chromosomes polymorphisms, besides the presence of B chromosomes. In order to understand the actual karyotype variability of Oryzomyini we present: a cytogenetic review of the tribe in order to rescue all chromosomal data available for the group; the description of seven new karyotypes (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110, and Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); a genome-wide comparative study using whole chromosome probes of the entirely chromosome set of Holochilus sciureus and some autosomes of Oligoryzomys moojeni in metaphases of fifteen Oryzomyini species (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62, and Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs) and; a phylogenetic analysis of Oryzomyini using chromosome painting data. The results showed an extensive chromosomal rearrangement, such as pericentric inversions or centromeric shift, paracentric inversions, Robertsonian rearrangements, tandem fusions/fissions, and translocations involved in the karyotype diversity and evolution of Oryzomyini. The use of two different approaches to perform a phylogenetic analysis based on chromosome painting data revealed which one is more trustworthy and present results more similar with molecular and morphological analysis. In addiction, the sex chromosomes of these species present homologous regions between all analysed species with amplification of species-specific heterochromatin

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2776.pdf: 4048080 bytes, checksum: a61411c472576ea726a39ea95c16ca39 (MD5) Previous issue date: 2010-02-08 / Universidade Federal de Minas Gerais / Hoplias malabaricus, a widespread Erythrinidae fish, is characterized by a karyotypic diversity, with seven karyomorphs already described. This report presented a comparative study of the karyomorphs A, B, C and D, which were previously included in a major karyotypic group (Group I), in order to evaluate the evolutionary relationships among them. The in situ investigation of several classes of repetitive DNAs added new informative characters useful in comparative genomics and provided new insights into the evolutionary relationships among karyomorphs. In addition to corroborate the inclusion of karyomorphs A-D in a close evolutionary group, the results provide further evidence for a greater proximity between the karyomorphs A-B and karyomorphs C-D. A comparative analysis among distinct populations of karyomorph A demonstrated a continuing genomic differentiation in this group, allowing the detection of recent evolutionary events, suggesting that this karyomorph cannot be considered an absolute evolutionary unit, as evidenced by their inner chromosomal differentiation. It was also expanded our knowledge of the sex chromosomes differentiation in H. malabaricus, allowing to conclude that repetitive DNAs played an important role in the differentiation process. It was detected a cryptic differentiated XX/XY sex chromosome system in karyomorph C, which is clearly correlated with the evolution of the X1X1X2X2/X1X2Y sex chromosome system of karyomorph D. The cytogenetic mapping of five classes of repetitive DNAs also indicated the probable derivation of the XX/XY chromosomes of karyomorph B from autosomal chromosomes of karyomorph A. In this case, the X chromosomes were seen as the preferred site for the accumulation of DNA repeats, which represents an unusual condition of X accumulating more repetitive DNAs than Y chromosome in fish. The overall results were able to demonstrate that the repetitive DNA fraction of the genome constitutes good evolutionary markers in H. malabaricus, allowing to improve the understanding of the evolutionary mechanisms that have generated the complex genomic structure found in this fish group. / Hoplias malabaricus, um peixe eritrinídeo amplamente distribuído, é caracterizado por uma diversidade cariotípica, com sete cariomorfos já descritos. Este trabalho apresentou um estudo comparativo dos cariomorfos A, B, C e D, que foram previamente incluídos em um grupo cariotípico maior (Grupo I), com o intuito de avaliar as relações evolutivas entre eles. A investigação in situ de várias classes de DNAs repetitivos acrescentou novos caracteres informativos para estudos de genômica comparativa e forneceu novas informações sobre as relações evolutivas entre os cariomorfos. Além de corroborar a inclusão dos cariomorfos A-D em um grupo evolutivo próximo, os resultados forneceram evidencias adicionais para uma maior proximidade entre os cariomorfos A-B e entre os cariomorfos C-D. Uma análise comparativa entre diferentes populações do cariomorfo A demonstraram uma contínua diferenciação genômica neste grupo, permitindo a detecção de eventos evolutivos recentes, sugerindo que este cariomorfo não pode ser considerado uma unidade evolutiva absoluta, conforme evidenciado pelas suas diferenciações cromossômicas particulares. Foi também expandido nosso conhecimento sobre a diferenciação dos cromossomos sexuais em H. malabaricus, permitindo concluir que os DNAs repetitivos desempenharam um papel importante no processo de diferenciação destes cromossomos. Foi detectado um críptico sistema XX/XY de cromossomos sexuais no cariomorfo C, que se mostrou claramente relacionado com a evolução do sistema X1X1X2X2/X1X2Y de cromossomos sexuais do cariomorfo D. O mapeamento citogenético de cinco classes de DNAs repetitivos também indicaram a provável derivação dos cromossomos XX/XY do cariomorfo B à partir de cromossomos autossômicos do cariomorfo A. Neste caso, os cromossomo X foram identificados como sítios preferidos para o acúmulo sequencias repetitivas, representando uma condição incomum do X acumulando mais DNAs repetitivos do que o cromossomo Y em peixes. De maneira geral, os resultados permitiram demonstrar que a fração repetitiva do genoma constitui bons marcadores evolutivos em H. malabaricus, aprimorando o entendimento dos mecanismos evolutivos que geraram a complexa estrutura genômica encontrada neste grupo de peixes.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5439.pdf: 1507727 bytes, checksum: 2f9b772d2b7234a936407bc555555995 (MD5) Previous issue date: 2013-08-08 / Financiadora de Estudos e Projetos / Erythrinidae is a relatively small Characiformes fish family, but widely distributed in the Neotropics. This family comprises only three genera: Hoplias, Hoplerythrinus and Erythrinus, all endemic to Central and South Americas. It is characterized by a divergent karyotype evolution and offers excellent opportunities for analyzing evolutionary events concerning the differentiation of the karyotype as a whole, as well as of the sex chromosome systems. In this sense, the species Erythrinus erythrinus presents four karyomorphs (A-D), in which homomorphic or heteromorphic sex chromosomes can be found. The main purpose of this study was to analyze the chromosomal differentiation among karyomorphs of E. erythrinus and their evolutionary relationships, using both conventional cytogenetic methods and the chromosomal mapping of repetitive DNAs sequences by FISH. The data showed the occurrence of small supernumerary chromosomes which are mitotically unstable, as well as useful molecular markers. Indeed, the mapping of several repetitive DNA sequences highlighted unique or shared features among the karyomorphs, indicating their evolutionary differentiation. The data also reinforce that distinct populations from karyomorph A behave as an evolutionary unit despite their wide geographic distribution. In turn, although the karyomorphs C and D share several karyotypic characters, they present specific molecular markers indicating their distinct evolutionary paths. Even though that morphological differentiations are not easily detectable among the karyomorphs, the set of the chromosomal features strongly corroborate that E. erythrinus belongs to a species complex. / A família Erythrinidae, amplamente distribuída na região Neotropical, compreende apenas três gêneros: Hoplias, Hoplerythrinus e Erythrinus, todos endêmicos às Américas do Sul e Central. Esta família de peixes se caracteriza por uma evolução cariotípica divergente, oferecendo uma oportunidade excelente para a análise dos eventos evolutivos, quer seja no tocante à diferenciação do cariótipo como um todo, quer seja no tocante à diferenciação e evolução de sistemas de cromossomos sexuais. Neste contexto, destaca-se a espécie Erythrinus erythrinus, onde ocorre quatro cariomorfos distintos (A-D), portadores ou não de cromossomos sexuais heteromórficos. O objetivo principal deste projeto foi analisar a diferenciação cromossômica entre cariomorfos de E. erythrinus e suas relações evolutivas, empregando análises cromossômicas clássicas e mapeamento citogenético de diferentes seqüências de DNAs repetitivos por FISH. Os dados obtidos possibilitaram caracterizar a ocorrência de pequenos cromossomos supranumerários em alguns cariomorfos desta espécie, assim como diferenciações e similaridades entre cariomorfos ao nível dos marcadores moleculares. O mapeamento de diversas sequências de DNAs repetitivos destacou características únicas ou compartilhadas entre cariomorfos, indicando os prováveis caminhos evolutivos durante a sua diferenciação. As características similares compartilhadas pelas populações do cariomorfo A reforçam a proposta de que elas constituem uma unidade evolutiva, apesar dos isolamentos existentes entre diferentes bacias hidrográficas onde elas ocorrem. Por outro lado, embora os cariomorfos C e D também compartilhem diversas características cariotípicas, alguns marcadores exclusivos mostram os caminhos evolutivos distintos entre eles. Embora não ocorram características morfológicas conspícuas facilmente detectáveis entre os diferentes cariomorfos, o conjunto das suas características cromossômicas corrobora fortemente que E. erythrinus corresponda a um complexo de espécies.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 711.pdf: 3692942 bytes, checksum: abc9a31cfa8c7e6dda5eb0e7195f3d22 (MD5) Previous issue date: 2005-08-26 / Universidade Federal de Minas Gerais / Family Characidae consists of approximately 30 highly diversified subfamilies that probably do not comprise a monophyletic group. However, a few particular subfamilies may constitute monophyletic groups sharing specializations. In the present work, nine specimens belonging to six genera were analyzed using classic staining techniques as well as fluorescent in situ hybridization (FISH) and GCspecific fluorochromes, such as Chromomycin A3 (CMA3). A diploid number of 2n=58 chromosomes was observed in Myleus micans, with 26M+18SM+8ST+6A; 2n=50 in Astyanax lacustris with 8M+20SM+16ST+6A; 2n=50 in A. altiparanae with 8M+20SM+12ST+10A; 2n=50 in Astyanax scabripinnis with 12M+24SM+2ST+6A; 2n=50 in Orthospinus franciscensis with 12M+30SM+2ST+6A; 2n=52 in Piabina argentea with 8M+14SM+16ST+14A; 2n=52 and three cytotypes in Serrapinnus heterodon, with 17M+20SM+14ST+1A, 16M+20SM+14ST+2A and 15M+20SM+14ST+3A; 2n= 52 in Serrapinnus piaba with 16M+20SM+14ST+2A; and 2N=50 in Hasemania nana with 8M+42SM. FISH results with the 18S rDNA probe indicated the presence of these genes in the chromosomes where NORs were active, besides additional sites, as seen in M. micans, A. scabripinnis, P. argentea and S.piaba. Similar to the NOR sites, the 5S rDNA regions were evidenced in different numbers and positions throughout the studied species. The data obtained corroborate the chromosome diversity often reported for Characidae, reinforcing its polyphyletic condition. / A família Characidae consiste de aproximadamente 30 subfamílias, altamente diversificadas e, provavelmente, não compreendendo um grupo monofilético. No entanto, algumas subfamílias, em particular, podem constituir grupos monofiléticos, compartilhando especilalizações. No presente trabalho foram analisadas 9 espécies pertencentes a 6 gêneros de Characidae, utilizando técnicas clássicas de coloração, bem como hibridação fluorescente in situ (FISH) e fluorocromos GC específicos, como Cromomicina A3 (CMA3). Foi observado um número diplóide 2n=58 cromossomos em Myleus micans, com 26M+18SM+8ST+6A; 2n=50 em Astyanax lacustris com 8M+20SM+16ST+6A; 2n=50 em A. altiparanae com 8M+20SM+12ST+10A; 2n=50 em Astyanax scabripinnis com 12M+24SM+2ST+6A; 2n=50 em Orthospinus franciscensis com 12M+30SM+2ST+6A; 2n=52 em Piabina argentea com 8M+14SM+16ST+14A; 2n=52 e três citótipos em Serrapinnus heterodon, com 17M+20SM+14ST+1A, 16M+20SM+14ST+2A e 15M+20SM+14ST+3A; 2n= 52 em Serrapinnus piaba com 16M+20SM+14ST+2A; e 2N=50 em Hasemania nana sendo 8M+42SM. Resultados após a FISH com a sonda de rDNA 18S indicaram a presença desses genes nos cromossomos onde foram identificadas as NORs ativas, além de sítios adicionais, como visto em M. micans, A. scabripinnis, P. argentea e S. piaba. Assim como os sítios de NORs, as regiões de rDNA 5S foram evidenciadas em diferentes números e posições entre as espécies estudadas. Os dados obtidos corroboram a diversidade cromossômica comumente relatada para Characidae, reforçando sua condição polifilética.

A tirbo Oryzomyini é a mais especiosa dentre os sigmodontíneos e os estudos citogenéticos nesses roedores refletem tal diversidade exibindo uma gama excepcional de variabilidade cromossômica. O número diploide varia de 2n = 16 até 2n = 88, além disso, algumas espécies apresentam polimorfismos de cromossomos autossômicos e sexuais, assim como a presença de supernumerários. De modo a compreender melhor a variabilidade cromossômica do grupo, o presente trabalho tem como objetivo: fazer uma revisão citogenética da tribo; descrever sete novos cariótipos (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110 e Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); realizar um estudo de pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo-específicas de todo o complemento cromossômico de Holochilus sciureus e alguns autossomos de Oligoryzomys moojeni em quinze espécies de Oryzomyini (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62 e Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs); e por fim fazer uma análise filogenética da tribo baseada em dados de pintura cromossômica. Os resultados mostraram uma intensa reorganização genômica envolvendo inversões pericêntricas e/ou reposicionamento centromérico, inversões paracêntricas, rearranjos Robertsonianos, fusões e/ou fissões em tandem e translocações envolvidas na diversidade e evolução cromossômica de Oryzomyini. A utilização de duas abordagens diferentes na análise filogenética mostrou qual é mais confiável e apresenta resultados similares aqueles resultantes das análises morfológicas e moleculares. Além disso, os cromossomos sexuais dessas espécies apresentaram regiões homólogas compartilhadas entre todas as espécies analisadas com amplificação espécie-específica de heterocromatina / Oryzomyini is the most specious tribe of Sigmodontinae subfamily and cytogenetic studies of these rodents reflect such diversity displaying an exceptional range of karyotype variability. Diploid number vary from 2n = 16 to 2n = 88, in addition, some species present autosomal and sex chromosomes polymorphisms, besides the presence of B chromosomes. In order to understand the actual karyotype variability of Oryzomyini we present: a cytogenetic review of the tribe in order to rescue all chromosomal data available for the group; the description of seven new karyotypes (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110, and Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); a genome-wide comparative study using whole chromosome probes of the entirely chromosome set of Holochilus sciureus and some autosomes of Oligoryzomys moojeni in metaphases of fifteen Oryzomyini species (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62, and Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs) and; a phylogenetic analysis of Oryzomyini using chromosome painting data. The results showed an extensive chromosomal rearrangement, such as pericentric inversions or centromeric shift, paracentric inversions, Robertsonian rearrangements, tandem fusions/fissions, and translocations involved in the karyotype diversity and evolution of Oryzomyini. The use of two different approaches to perform a phylogenetic analysis based on chromosome painting data revealed which one is more trustworthy and present results more similar with molecular and morphological analysis. In addiction, the sex chromosomes of these species present homologous regions between all analysed species with amplification of species-specific heterochromatin

Submitted by Inês Marinho (bele_ballet@hotmail.com) on 2016-06-17T15:32:29Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-06-23T19:33:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-06-23T19:43:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-23T19:43:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) Previous issue date: 2016-02-17 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Among the Chiropteran, the Phyllostomidae family is the most diverse clade of the Neotropics and in Amazon are found about 80 species. From a chromosomal point of view, Phyllostomidae stands out for presenting many karyotype variation, with diploid numbers ranging from 2n = 14 in Vampyressa melissa (Stenodermatinae) to 2n = 46 in Macrotus waterhousii (Macrotinae). There are several genetic mechanisms or processes that can result in numeric/structural chromosomal abnormalities and often repetitive DNA sequences are involved in this process. In order to understand the variety and karyotype evolution of this family, classical and molecular cytogenetic analyzes were performed on mitotic chromosomes of four species belonging to four subfamilies of distinct phylogenetic clades: Artibeus obscurus, Carollia perspicillata, Desmodus rotundus and Phylostomus elongatus. Artibeus obscurus presented NF = 56 and 2 N = 30/31, with 22m + 6st + XX / XY1Y2; C. perspicillata NF = 36 and 2N = 20/21, with 14m-sm + 4st + XX / XY1Y2; D. rotundus NF = 52 and 2 N = 28, and 26m-sm + XX / XY; P. elongatus NF = 60 and 2 N = 32, and 28m-sm + 2a + XX / XY. The distribution pattern of constitutive heterochromatin revealed a signal in the pericentromeric region in all chromosomes of the four analyzed species and intraspecific variations were observed when compared the results of this work with the one in existing literature. Regarding the signal of ribosomal DNA sites 18S and nucleolus organizer regions active in A. obscurus were shown in the terminal region of the pairs 5, 6 and 7; C. perspicillata in pericentromeric region of the X chromosome; D. rotundus in the centromeric region of pair 8 and in P. elongatus in the centromeric/terminal region of the pair 15. Conspicuous telomeric signals were observed in D. rotundus and P. elongatus, while in A. obscurus and C. perspicillata the terminals signals are blurred. Interstitial telomeric sites were absent in P. elongatus and present in other species, which may indicate mergers. The LINE-1 retroelement presented scattered signals, however in some chromosomes they are identical to the patterns of dark bands evident in the band G and is also accumulated on chromosome X. If compared the phylogenetic position of the studied species, it is noted that the most derived taxons accumulate high karyotype variation as repetitive elements. / Dentre os Chiropteros, a família Phyllostomidae constitui o clado mais diversificado do neotrópico e na Amazônia são encontradas cerca de 80 espécies. Do ponto de vista cromossômico, Phyllostomidae destaca-se por apresentar grande variação cariotípica, com números diplóides que vão de 2n=14 em Vampyressa melissa (Stenodermatinae) a 2n=46 em Macrotus waterhousii (Macrotinae). São vários os processos ou mecanismos genéticos que podem resultar em alterações cromossômicas numéricas/estruturais e muitas vezes sequências repetitivas de DNA estão envolvidas neste processo. Visando compreender a variedade e a evolução cariotípica desta família, foram realizadas análises citogenéticas clássicas e moleculares em cromossomos mitóticos de quatro espécies, pertencentes a quatro subfamílias de clados filogenéticos distintos: Artibeus obscurus, Carollia perspicillata, Desmodus rotundus e Phylostomus elongatus. Artibeus obscurus apresentou NF=56 e 2N=30/31, sendo 22m+6st+XX/XY1Y2; C. perspicillata NF=36 e 2N=20/21, sendo 14m-sm+4st+XX/XY1Y2; D. rotundus NF=52 e 2N=28, sendo 26m-sm+XX/XY; P. elongatus NF=60 e 2N=32, sendo 28m-sm+2a+XX/XY. O padrão de distribuição da heterocromatina constitutiva revelou marcação na região pericentromérica em todos os cromossomos das quatro espécies analisadas e variações intraespecíficas foram observadas quando comparados os resultados deste trabalho com o existente na literatura. Em relação à marcação de sítios de DNA ribossomal 18S e regiões organizadoras de nucléolo ativas, em A. obscurus foram evidenciados na região terminal dos pares 5, 6 e 7; em C. perspicillata na região pericentromérica do cromossomo X; em D. rotundus na região centromérica do par 8 e em P. elongatus na região centromérica/terminal do par 15. Marcações teloméricas conspícuas foram visualizadas em D. rotundus e P. elongatus, enquanto que em A. obscurus e C. perspicillata as marcações terminais são tênues. Sítios teloméricos intersticiais foram ausentes em P. elongatus e presente nas demais espécies, podendo ser indicativo de fusões. O retroelemento LINE-1 revelou marcação dispersas, porém em alguns cromossomos são coincidentes com os padrões de bandas escuras evidenciados na banda G, sendo também acumulados no cromossomo X. Se comparada a posição filogenética as espécies estudadas, nota-se que os táxons mais derivados, acumulam maior variação cariotípica, assim como os elementos repetitivos.

Os dados obtidos neste trabalho contribuem para o conhecimento da família Gymnophthalmidae, acrescentando dados genéticos de três novos genes para a tribo Ecpleopodini e descrição de 11 novos cariótipos para a família, pertencentes às tribos Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini e Gymnophthalmini. As análises filogenéticas obtidas para a tribo Gymnophthalmini pretenderam investigar o posicionamento de Scriptosaura Catimbau, espécie descrita recentemente que apresenta 2n=48, que foi recuperada como grupo irmão de Nothobachia ablephara, relacionados ainda à Calyptommatus. Já em Ecpleopodini, as análises foram realizadas para a investigação das relações filogenéticas entre os gêneros da tribo e do posicionamento de Kaieteusosauros hindsi. Foi recuperado o monofiletismo da tribo e do clado composto pelos gêneros Anotosaura, Dryadosaura (2n=44, 20M+24m) e Colobosauroides (2n=44, 20M+24m), entretanto, as relação entre os demais gêneros, inclusive de Kaieteurosaurus, não puderam ser estabelecidas e, com base nos dados citogenéticos, nota-se o predomínio de cariótipos com divisão entre macro e microcromossomos. Apesar de a família Gymnophthalmidae apresentar uma elevada diversidade cariotípica, as tribos Heterodactylini e Iphisiini apresentaram um cariótipo altamente conservado, sendo que as oito espécies descritas apresentam cariótipos compostos por 42 cromossomos com divisão clara entre macro e microcromossomos (18M+24m) e Ag-RONs em um par de microcromossomos. Os motivos que contribuem para a manutenção deste número diplóide nessas tribos ainda deverão ser investigados, mas aparentemente, este pode ser o cariótipo ancestral para a subfamília Gymnophithalminae e teria originado a diversidade cariotípica da tribo Gymnophthalmini por ocorrência de eventos de fissão e fusão cêntrica. Novos estudos cariotípicos e moleculares devem ser conduzidos para estabelecimento de tendências cromossômicas e evolutivas na tribo Ecpleopodini, que parece apresentar uma divergência rápida e simultânea, e para um melhor conhecimento da família que apresenta uma diversidade cromossômica elevada e sistemática longe de estar bem estabelecida. / This study contributes to knowledge of the family Gymnophthalmidae, adding new genetic data of three genes for the tribe Ecpleopodini and description of 11 new karyotype for the family, belonging to the tribes Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini and Gymnophthalmini. Phylogenetic analysis for the tribe Gymnophthalmini aimed to investigate the position of Scriptosaura Catimbau, recently described species which has 2n = 48 and was recovered as sister group of Nothobachia ablephara, both related to Calyptommatus. In Ecpleopodini, the analysis was performed to investigate the phylogenetic relationships among genera of the tribe and the placement of the species Kaieteusosauros hindsi. It was recovered the monophyly of the tribe and a clade composed of the genera Anotosaura, Dryadosaura (2n = 44, 20M+24m) and Colobosauroides (2n = 44, 20M+24m), however, the relationship among other genera, including Kaieteurosaurus, could not be established and, based on cytogenetic data, it can be seen the predominance of karyotype with a division into macro and microchromosomes. Although the family gymnophthalmids exhibit a high karyotypic diversity, the tribes and Heterodactylini Iphisiini showed a conservative karyotype, and the eight described species present karyotypes composed of 42 chromosomes with a clear division between macro and microchromosomes (18M +24 m) and Ag-NORs in a pair of microchromosomes. The reasons that contributed to the maintenance of this diplod number in the two tribes are still to be investigated, but apparently, this may be the ancestral karyotype for the subfamily Gymnophithalminae and may have originated the karyotypic diversity in the Gymnophthalmini for a series of fission events centric. New karyotypic and molecular studies should be conducted to establish trends in chromosomal and evolution in the tribe Ecpleopodini, which seems to have a simultaneous and rapid divergence, and to a better understanding of the family that has a high diversity and systematic chromosome far from well established.

Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-05-02T18:22:22Z No. of bitstreams: 1 DissEAO.pdf: 2220035 bytes, checksum: b18c61d42ff58647fa114291931a35ab (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-04T13:29:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissEAO.pdf: 2220035 bytes, checksum: b18c61d42ff58647fa114291931a35ab (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-04T13:29:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissEAO.pdf: 2220035 bytes, checksum: b18c61d42ff58647fa114291931a35ab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-04T13:36:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissEAO.pdf: 2220035 bytes, checksum: b18c61d42ff58647fa114291931a35ab (MD5) Previous issue date: 2015-06-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The Erythrinidae family is a small group of Neotropical Characiformes, comprising only three genera, Hoplias, Hoplerythrinus and Erythrinus. Hoplias malabaricus, Hoplerythrinus unitaeniatus and Erythrinus erythrinus must correspond to groups of species, considering the extensive chromosomal diversity that they present, including different sex chromosomes systems. Therefore, these fishes offer excellent opportunities for evolutionary investigations, given the different chromosomal characteristics between their representatives. Recent studies allowed the taxonomic characterization of six poorly or not studied Hoplias species (H. aimara, H. lacerdae, H. intermedius, H. brasiliensis, H. australis and H. curupira), present in several South American river basins’ and popularly known as “trairões” due to their large size. This study aimed to characterize the chromosomal evolution occurred in this particular group of species, in the light of its recent review and taxonomic identifications. For this purpose, in addition to classical chromosomal analysis, cytogenetic mapping of repetitive DNA sequences using specific probes was used for fluorescence in situ hybridization (FISH). The results showed the sharing of a great homogeneity in the species´ karyotype macrostructure, with 2n = 50 and karyotypes composed only by meta- and submetacentric chromosomes without the presence of differentiated sex chromosomes between the sexes. In turn, the karyotype microstructure, as revealed by the analysis of components of the repetitive fraction of the genome showed interspecies differentiation, thus confirming the recent taxonomic revision of these species based on their morphological characteristics. This evolutionary scenario, highlighting the conservation of chromosomal macro-structure, sharply contrasts with the scenario found in the representatives of H. malabaricus group, where a conspicuous chromosomal variation can be observed between different populations of this "nominal species." Environmental aspects related to the way of life, as well as intrinsic chromosomal features, may influence the coexistence of these contrasting models of chromosomal evolution among congeneric species of Hoplias. / A família Erythrinidae é um pequeno grupo de Characiformes Neotropicais, compreendendo apenas três gêneros, Hoplias, Hoplerythrinus e Erythrinus. Hoplias malabaricus, Hoplerythrinus unitaeniatus e Erythrinus erythrinus devem corresponder a grupos de espécies, considerando a ampla diversidade cromossômica que apresentam, incluindo diferentes sistemas de cromossomos sexuais. Assim sendo, os peixes eritrinídeos oferecem excelentes oportunidades para investigações evolutivas, dadas as particularidades diversas entre seus representantes. Estudos recentes possibilitaram a caracterização taxonômica de seis espécies de Hoplias ainda pouco ou não estudadas (H. aimara, H. lacerdae, H. intermedius, H. brasiliensis, H. australis e H. curupira) presentes em diversas bacias hidrográficas do continente sul-americano, dentre as quais se encontram espécimes popularmente conhecidos por trairões devido ao seu grande porte. O presente estudo buscou caracterizar a evolução cromossômica ocorrida nesse grupo particular de espécies, à luz das suas recentes revisões e identificações taxonômicas. Para esta finalidade, além de análises cromossômicas clássicas, foi empregado o mapeamento citogenético de sequências repetitivas de DNA por hibridização fluorescente in situ (FISH). Os resultados mostraram o compartilhamento de uma grande homogeneidade na macroestrutura cariotípica das espécies analisadas, com 2n=50 cromossomos e cariótipos compostos apenas por cromossomos meta- e submetacêntricos, sem a presença de cromossomos sexuais diferenciados entre os sexos. Por sua vez, a microestrutura cariotípica, revelada pela análise de componentes da fração repetitiva do genoma, evidenciou diferenciações interespecíficas, corroborando assim a recente revisão taxonômica dessas espécies com base em suas características morfológicas. Tal cenário evolutivo, destacando a conservação da macro-estrutura cromossômica, contrasta acentuadamente com o cenário presente em representantes do grupo Hoplias malabaricus, onde uma conspícua variação cromossômica pode ser observada entre distintas populações desta “espécie nominal”. Aspectos ecológicos relacionados ao modo de vida, bem como características cromossômicas intrínsecas, podem estar influenciando a coexistência desses modelos contrastantes de evolução cromossômica entre espécies congenéricas de Hoplias.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cleberson Cezario Primo.pdf: 3495062 bytes, checksum: 39e96203835221786c05ef8ab3b75523 (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Loricariidae family (Actinopterygii: Siluriformes) is morphologically diverse, has a number close to 900 valid species, distributed in seven subfamilies (Lithogeneinae, Delturinae, Neoplecostominae, Hypoptopomatinae, Loricariinae, Ancistrinae and Hypostominae). However, cytogenetic studies in species of the family show evolutionary trends of karyotype diversification well defined for each of the subfamilies and the diploid number (2n) of 54 chromosomes is considered basal. Among the representatives of the subfamily Loricariinae, the variation of 2n is 36 to 74 chromosomes. Given these data, the Robertsonian rearrangements are the main mechanisms to explain the chromosome number variation in the subfamily. Rineloricaria is the most specious genus of Loricariinae, porting species with 2n = 36 to 2n = 70 chromosomes. However, little is known about what types of repetitive DNAs originate fission and fusion chromosome events. In this study, species of Rineloricaria from different rivers of the Paraná drainage were studied: Rineloricaria latirostris (Laranjinha river, Cinzas basin and Barra Grande river, Ivaí basin); Rineloricaria pentamaculata (Barra Grande and Juruba rivers, Tibagi basin); and, Rineloricaria stellata and Rineloricaria capitonia (Upper Uruguai river). The aim of this study was to characterize the karyotypes of populations/species of Rineloricaria and to check what types of repetitive DNAs may be related to Robertsonian events in the genus. In R. latirostris was detected 2n = 46 chromosomes for both populations, as well as for a triploid specimen from Laranjinha river. Rineloricaria pentamaculata had 2n = 56 chromosomes to populations from Barra Grande and Juruba rivers and a karyomorph in Barra Grande river with 2n = 54 chromosomes. Rineloricaria stellata had 2n = 54 chromosomes, while R. capitonia presented 2n = 64 chromosomes, both from the Uruguai river. The results using the chromosomal markers of 18S rDNA, 5S rDNA and TTAGGGn telomeric probe showed that these repetitive DNAs participated in end to end fusions of the st/a chromosomes in the karyotype diversification of R. latirostris. Vestiges of interstitial telomeric sites (ITS) were also detected in R. pentamaculata, karyomorph of 54 chromosomes from the Barra Grande river, suggesting chromosomal fusion to the diversification of this karyotype. The wide range of 2n between R. stellata and R. capitonia is compatible to the reproductive isolation of syntopic species and the diversification of R. capitonia can be explained by centric fusions. In addition to Robertsonian rearrangements, the pericentric inversions also assisted in the diversification of karyotypic formulas among the species/populations. In situ localization analysis using the transposable element Tc1-Mariner Like probe showed no evidence of the participation of transposon in chromosomal rearrangements and dispersion of multiple sites of 5S rDNA in Rineloricaria. Furthermore, analyzes of the Tc1-Mariner Like sequences showed intense molecular degeneration, especially in transposase domains. These results indicate the absence of activity of these sequences, which must be inert or serve to other genomic functions in the genus. Thus, this study discusses the telomeric instability, repetitive DNAs and the participation of rDNA gene families in karyotype diversification events in Rineloricaria. / A família Loricariidae (Actinopterygii: Siluriformes) é extremamente diversificada morfologicamente, conta com um número próximo a 900 espécies válidas, distribuídas em sete subfamílias (Lithogeneinae, Delturinae, Neoplecostominae, Hypoptopomatinae, Loricariinae, Ancistrinae e Hypostominae). Não obstante, os estudos citogenéticos em representantes da família mostram tendências evolutivas da diversificação cariotípica bem definidas para cada uma das subfamílias, sendo considerado basal o número diploide (2n) de 54 cromossomos. Entre os representantes da subfamília Loricariinae a variação do 2n é de 36 a 74 cromossomos. Diante destes dados, os rearranjos Robertsonianos são os principais mecanismos para explicar a variação cromossômica numérica na subfamília. Rineloricaria é o gênero mais especioso de Loricariinae, com espécies apresentando 2n = 36 até 2n = 70 cromossomos. Contudo, pouco se sabe sobre quais os tipos de DNAs repetitivos originam os eventos de fissão e fusão cromossômica. Neste estudo, foram avaliadas espécies de Rineloricaria de diferentes rios do sistema hidrográfico do Paraná: Rineloricaria latirostris (rio Laranjinha, bacia do rio das Cinzas e rio Barra Grande, bacia do rio Ivaí); Rineloricaria pentamaculata (rio Barra Grande e rio Juruba, bacia do rio Tibagi); e, Rineloricaria stellata e Rineloricaria capitonia (Alto Rio Uruguai). O objetivo foi de caracterizar cariotipicamente as populações/espécies de Rineloricaria estudadas, além de verificar quais os tipos de DNAs repetitivos podem estar relacionados aos eventos Robertsonianos no gênero. Em R. latirostris foi detectado 2n = 46 cromossomos para ambas populações, além de um exemplar triploide para o rio Laranjinha. Rineloricaria pentamaculata apresentou 2n = 56 cromossomos para as populações dos rios Barra Grande e Juruba e um cariomorfo 2n = 54 cromossomos no rio Barra Grande. Rineloricaria stellata apresentou 2n = 54 cromossomos, enquanto R. capitonia detém 2n = 64 cromossomos, ambas do rio Uruguai. Os resultados com marcadores cromossômicos de rDNA 18S, rDNA 5S e sonda TTAGGGn evidenciaram que estes DNAs repetitivos participaram dos eventos de fusão terminal para terminal (end to end fusions) de cromossomos st/a na diversificação cariotípica de R. latirostris. Vestígios de sítios teloméricos intersticiais (ITS) foram evidenciados também em R. pentamaculata, cariomorfo de 54 cromossomos do rio Barra Grande, sugerindo fusão cromossômica para a diversificação deste cariótipo. A ampla variação de 2n entre R. stellata e R. capitonia é compatível para o isolamento reprodutivo das espécies sintópicas e pode ser explicado por fissões cêntricas na diversificação de R. capitonia. Além dos rearranjos Robertsonianos, as inversões pericêntricas também auxiliaram na diversificação de fórmulas cariotípicas entre as espécies/populações. A análise de localização in situ do elemento transponível Tc1-Mariner Like não mostrou evidências da participação deste transposon nos rearranjos cromossômicos e na dispersão dos sítios múltiplos de rDNA 5S em Rineloricaria. Ainda, as análises das sequências Tc1-Mariner Like evidenciaram intensa degeneração molecular, principalmente nos domínios transposase. Estes resultados indicam a ausência de atividade destas sequências, as quais devem ser inertes ou servir para outras funções genômicas no gênero. Desta forma, este estudo discute a instabilidade telomérica, DNAs repetitivos e a participação das famílias gênicas de rDNA nos eventos de diversificação cariotípica em Rineloricaria.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Viviane D Nascimento.pdf: 4989006 bytes, checksum: 77cad9ec6df775a3c9e2287e13b3cba6 (MD5) Previous issue date: 2015-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Neotropical fish species diversity is underestimated. There are many factors that lead to these estimates, as the lack of sampling of headwaters regions, the wide range of different environments that predispose the insulation factors, among countless others. Yet, also contributes the occurrence of species complex, where morphologically similar populations are genetically isolated in gene flow.Parodontidae (Teleostei: Characiformes) is relatively small fish family, with 32 valid species and divided into three genera: Parodon, Apareiodon and Saccodon. Representative of these fish have innumeroushomoplasic diagnostics characters, which ones hinder the identification of species.This study evaluated the validity of the Apareiodon sp. species (Rio Verde population - Upper Rio Tibagi) compared to morphologically similar species Apareiodon ibitiensis. Cytogenetic results showed karyotype differences in Apareiodon sp., which has been shown to occur for the rio Paranapanema basin, while A. ibitiensis is foundedin the rio Tietê basin. Yet, was discussed also the role of the W chromosome differentiation in Apareiodonspeciation. The nucleotide divergence of the DNA barcode confirms the occurrence of different species to A. ibitiensis, Apareiodon sp. and for A. ibitiensis of the Rio São Francisco basin. Yet, an integrated analysis of the number of cusps in premaxillary teeth, cytogenetics and nucleotide divergence using DNA barcode for six different populations identified morphologically as Apareiodon affinis was also performed. In this study, the Upper Paraná River sampling sites showed the same build karyotype and low genetic divergence. In this study, the Upper Rio Paraná sampling localities showed the same karyotype organization and low genetic divergence. However, in the Upper Rio Cuiabá, Upper Rio Paraguay and Upper Rio Uruguay populations (System Lower Rio Paraná) the cytogenetic was different among the populations, nevertheless, a low value of genetic divergence was founded too. Yet, when the Upper Rio Paraná population were compared to the Lower Rio Paraná population, both cytogenetics as genetic divergence demonstrated the occurrence of different species. Thus, this study aimed to evaluate the occurrence of these species pairs and demonstrated the occurrence of morphologically similar populations, but genetically divergent due to gene flow restriction. / A diversidade de espécies de peixes Neotropicais é subestimada. Muitos são os fatores que levam a estas estimativas, como a falta de amostragem de regiões de pequenos córregos, a ampla gama de ambientes diferentes que predispõem a fatores de isolamento, entre inúmeros outros. Também contribui a ocorrência de complexo de espécies, onde populações morfologicamente semelhantes são geneticamente isoladas quanto ao fluxo gênico. A família Parodontidae (Teleostei: Characiformes) é relativamente pequena, com 32 espécies válidas e dividida em três gêneros: Parodon, Apareiodon e Saccodon. Representantes destes peixes apresentam inúmeros caracteres diagnósticos homoplásicos, os quais dificultam sobremaneira a identificação de espécies. Neste estudo foi avaliado a validade de Apareiodon sp. (população do rio Verde - Alto Rio Tibagi), quando comparada à espécie morfologicamente semelhante Apareiodon ibitiensis. Os resultados citogenéticos demonstraram diferenças cariotípicas para o denominado Apareiodon sp., o qual foi demonstrado ocorrer para a bacia do rio Paranapanema, enquanto A. ibitiensis é visualizado para a bacia do rio Tietê. Adicionalmente, foi discutido o papel da diferenciação do cromossomo W na especiação de Apareiodon. A divergência nucleotídica do marcador Barcode corrobora a ocorrência de espécies divergentes para A. ibitiensis, Apareiodon sp. e também para o A. ibitiensis da bacia do rio São Francisco. Também foi realizada uma análise integrada de número de cúspides nos dentes sinfiseanos, citogenética e divergência nucleotídica do marcador Barcode para seis diferentes populações identificadas morfologicamente como Apareiodon affinis. Neste estudo, os pontos de amostragem do Alto Rio Paraná mostraram a mesma constituição cariotípica e baixo nível de divergência genética. Já as populações do Alto Rio Cuiabá, Alto Rio Paraguai e Alto Rio Uruguai (Sistema do Baixo Rio Paraná) mostraram estruturas citogenéticas definidas em suas populações, no entanto, um baixo valor de divergência genética. Ainda, quando comparadas as populações do Alto Rio Paraná às do Baixo, tanto a citogenética quanto a divergência genética demonstraram a ocorrência de espécies distintas. Desta forma, este estudo buscou avaliar a ocorrência destes pares de espécies e demonstrou a ocorrência de populações morfologicamente semelhantes, porém geneticamente divergentes e com restrição ao fluxo gênico.