Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-26Bitstream added on 2014-06-13T18:53:59Z : No. of bitstreams: 1 succi_m_me_sjrp_parcial.pdf: 268320 bytes, checksum: 47bca06cf986a823daf8462cd47bd92b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-03-16T11:30:15Z: succi_m_me_sjrp_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-03-16T11:31:00Z : No. of bitstreams: 1 000714071.pdf: 1014657 bytes, checksum: b46cd9f9aefc594fb472e9cf8b775085 (MD5) / Alterações nos níveis de expressão de moduladores da resposta inflamatória, como a Anexina-A1 (AnxA1/ANXA1) e a Galectina-1 (Gal-1/LGALS1) têm sido observadas em diversos tipos de câncer. O câncer colorretal, um dos modelos da associação inflamação-câncer progride, na sequência, do epitélio normal para adenoma (AD) e adenocarcinoma (ADC). Objetivos: Avaliar a expressão gênica e proteica da AnxA1 e Gal-1 e o índice de proliferação celular (IP) em amostras de AD, ADC esporádico e das mucosas normais adjacentes, assim como investigar a ocorrência de correlação entre os níveis de expressão de ambos os mRNA e de associação com fatores de risco (idade, gênero, tabagismo e etilismo) e sítio anatômico de origem da lesão. Materiais e Métodos: As análises foram realizadas pelas técnicas de PCR quantitativa em tempo real (qPCR), para quantificar os níveis de mRNA de ANXA1 e LGALS1 em 70 biópsias de lesão (27AD e 43ADC) e 58 de mucosa normal adjacente (19 e 39 respectivamente), e de imuno-histoquímica, para caracterizar a expressão proteica da AnxA1 e Gal-1 em 25 biópsias de lesão (10AD e 15ADC) e 16 de mucosa normal adjacente (6 e 10 respectivamente), como também investigar o IP pela detecção do antígeno Ki-67 em 44 biópsias de lesão (19AD e 25ADC) e 16 de mucosa normal adjacente (8 em ambas). Resultados: A expressão relativa de ANXA1 apresentou-se elevada em comparação à mucosa normal tanto no AD (RQ=1,11; P=0,040), como no ADC (RQ=2,33; P<0,001). Contudo, LGALS1 apresentou expressão relativa aumentada apenas no ADC em comparação à mucosa normal (RQ=1,85; P<0,001), enquanto no grupo AD foi observada expressão basal (RQ=0,90; P=0,319). A comparação entre as lesões mostrou que ambos os genes apresentam-se significantemente mais expressos no ADC em comparação... / Changes in expression levels of inflammatory response modulators, such as Annexin-A1 (AnxA1/ANXA1) and Galectin-1 (Gal-1/LGALS1) have been observed in several types of cancer. Colorectal cancer, one of the models of inflammation-cancer association, progresses, in sequence, from normal epithelium to adenoma (AD) and adenocarcinoma (ADC). Objectives: To evaluate the gene and protein expression of AnxA1 and Gal-1 and the cell proliferation index (IP) in samples of AD, sporadic ADC and adjacent normal mucosa, as well as to investigate the occurrence of correlation between the mRNA expression levels and association with risk factors (age, gender, smoking and drinking habits) and anatomic site of lesion origin. Materials and Methods: The analyzes were performed by quantitative real-time PCR (qPCR) technique to quantify the levels of ANXA1 and LGALS1 mRNA in 70 biopsies of lesions (27AD and 43ADC) and 58 adjacent normal mucosa (19 and 39 respectively), and immunohistochemistry technique to characterize the protein expression of AnxA1 and Gal-1 in 25 biopsies of lesions (10AD and 15ADC) and 16 adjacent normal mucosa (6 and 10 respectively), and also to investigate the IP by detection of Ki-67 antigen in 44 biopsies of lesions (19AD and 25ADC) and 16 adjacent normal mucosa (8 in both). Results: The relative expression of ANXA1 showed higher compared to adjacent normal mucosa in both AD (RQ=1.11; P=0.040) and ADC (RQ=2.33; P<0.001). However, LGALS1 mRNA showed overexpression only in ADC compared to normal mucosa (RQ=1.85; P<0.001), while in AD group it was observed basal expression (RQ=0.90; P=0.319). The comparison between lesions showed that both genes were significantly more expressed in ADC compared to AD (ANXA1: P=0.039; LGALS1: P=0.019). In both lesion groups it was observed positive correlation between the mRNA expression of these genes... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-25Bitstream added on 2014-06-13T19:33:16Z : No. of bitstreams: 1 cardin_lt_me_sjrp_parcial.pdf: 176602 bytes, checksum: ff28363703d8dd3bbc92fef1981922c5 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-04-01T12:51:15Z: cardin_lt_me_sjrp_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-04-01T12:51:49Z : No. of bitstreams: 1 000714251.pdf: 1224592 bytes, checksum: b3e0c7d1422ace17fba65af406dd3879 (MD5) / INTRODUÇÃO: A inflamação é caracterizada pelo acúmulo de leucócitos nos tecidos oculares, podendo afetar qualquer parte do olho, sendo um processo doloroso, associado à fotofobia e podendo resultar em complicações secundárias. Em geral, no tratamento dessas inflamações intra-oculares, os glicocorticóides são os medicamentos freqüentemente administrados. Porém, devido aos efeitos adversos, existe uma demanda óbvia para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas. Entre elas, a proteína anexina A1 (ANXA1) tem mostrado a sua participação ativa nos processos inflamatórios. OBJETIVO: Em função desses dados, foi realizado o presente trabalho que teve como objetivo geral avaliar a influência desse tratamento anti-inflamatório nas células epiteliais pigmentadas da retina humana (ARPE-19), sobre a morfologia, proliferação, migração e na expressão gênica e proteica. MATERIAL E MÉTODOS: As células ARPE-19 foram cultivadas em meio completo e estimuladas pelo Lipopolissacarideo bacteriano (LPS), e em outro experimento foi acrescentado o tratamento com o peptídeo ANXA1 Ac2-26 , para avaliar o possível efeito anti-inflamatório dessa proteína, nos tempos de 1, 2, 4, 24, 48 e 72 horas sobre a morfologia, proliferação e migração celular. Após análises estatísticas, que evidenciaram o tempo de 72 horas, foi realizado um novo cultivo celular para a extração do RNA e conduzida a técnica de Hibridização Subtrativa Rápida (RaSH). A validação de cinco genes encontrados como diferencialmente expressos foi realizada por RT-qPCR. Além dessas técnicas, também foi analisada a expressão das citocinas anti e pró-inflamatórias pelo ensaio Multiplex. RESULTADOS: O ANXA1Ac2-26 não modificou a morfologia das células ARPE-19, entretanto diminui a proliferação e aumenta a migração celular. Pela tecnologia de... / INTRODUCTION: The inflammation is characterized by the accumulation of leukocytes in ocular tissues, and it can affect any part of the eye, been a painful process, associated with photophobia and may result in secondary complications. In general, for the treatment of these intraocular inflammations, the glucocorticoids are the drugs frequently administered. However, due to its side effects, there is an obvious demand for developing new therapeutic strategies. Among them, the protein annexin A1 (ANXA1) has shown its active participation in inflammatory processes. AIM: In the present study we investigated the influence of anti-inflammatory treatment in human retinal pigment epithelial cells (ARPE-19), on the morphology, proliferation, migration and gene and protein expression. MATERIALS AND METHODS: The ARPE-19 cells were cultured in complete medium and stimulated by bacterial lipopolysaccharide (LPS), and in another experiment was added treatment with ANXA1Ac2-26 peptide, to evaluate the possible anti- inflammatory effects of this protein, in 1, 2, 4, 24, 48 and 72 hours on the morphology, cell proliferation and migration. After statistical analyzes, which demonstrated that the time 72 hours is the best, was performed a new culture bottles for RNA extraction technique and conducted the Rapid Subtractive Hybridization (RaSH). The validation of five genes founded differentially expressed was done by RT-qPCR. In addition to these techniques was also analyzed the expression of anti and pro-inflammatory cytokines by Multiplex assay. RESULTS: The ANXA1Ac2-26 did not alter the morphology of the ARPE- 19 cells, however decreased proliferation and increased cell migration. After statistical analysis, it was evident that the time of 72 hours was the best to proceed with the methodology. By RaSH technology... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-23Bitstream added on 2014-06-13T19:54:00Z : No. of bitstreams: 1 nachtigall_pg_me_botib.pdf: 1512670 bytes, checksum: c79b570dced4bdd72d93ec49ab217896 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / MicroRNAs são pequenas moléculas de RNA que regulam pós-transcricionalmente a expressão gênica em diversas vias celulares específicas. Recentemente, alguns miRNAs de ação músculo-específica, especialmente aqueles expressos no músculo estriado esquelético, têm sido associados à regulação da biologia muscular, com papel fundamental no controle de eventos como miogênese e crescimento muscular hipertrófico e hiperplásico, além de constituírem vias metabólicas extremamente conservadas entre os vertebrados. A tilápia do Nilo é considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido à sua importância econômica e por apresentar o genoma completo sequenciado. Contudo, pouco é conhecido a respeito da dinâmica evolutiva de miRNAs e sua potencial atuação na regulação dos mecanismos moleculares promotores do desenvolvimento do tecido muscular na espécie. Assim, foram realizados dois estudos direcionados para a (i) avaliação do perfil de expressão de miRNAs músculo-específicos e seus alvos no tecido muscular de adultos da tilápia do Nilo, e para (ii) analisar o padrão de organização genômica desses miRNAs em diferentes espécies de peixes e estabelecer comparações com outros grupos de vertebrados. Os principais resultados obtidos na análise do perfil de expressão no tecido muscular esquelético de cinco miRNAs músculo-específicos (miR-1, -133a, -133b, -206 e -499) evidenciaram um alto nível de expressão do miR-499 no músculo vermelho em comparação aos níveis observados no músculo branco. Esses dados, corroborados pela hibridação in situ e análise da expressão de genes alvo do miR-499, sugerem sua participação como elemento central na regulação de vias metabólicas particularmente ativas no músculo de contração lenta (vermelho) na tilápia do Nilo. De modo geral, as análises genômicas... / MicroRNAs are small RNA molecules that post-transcriptionally regulate gene expression in various specific cell pathways. Recently, some miRNAs have been described to have a muscle-specific action and has been associated with regulation of muscle biology with fundamental roles in myogenesis. The Nile tilapia is considered an excellent biological model for the study of miRNAs in vertebrates due to their economic importance and to present the complete genome sequenced. However, little is known about the evolutionary dynamics of miRNAs and their potential role in regulating the molecular mechanisms that promote the muscle development on Nile tilapia. Thus, two studies were conducted: (i) a study to evaluate the expression pattern of muscle-specific miRNAs and their targets in different skeletal muscle types in adults of Nile tilapia, and (ii) a study to analyze the comparative evolutionary dynamics and genomic organization of these miRNAs in fish genomes. Our expression analysis by qPCR and in situ hybridization, carried out on five muscle-specific miRNAs (miR-1, -133a, -133b, -206 and -499), revealed a highly differential expression of miR-499 in red skeletal muscle (slow-twitch). These data evidenced the key role played by the miR-499 in the maintenance of the slow-twitch muscle type in Nile tilapia. The comparative genomic analysis performed on six species of fish showed a conserved dynamism for the muscle-specific miRNAs analyzed (miR-1-1/-133a-2, miR-1-2/133a-1, miR-206/133b, miR-214 e miR-499). However, a copy of miR-214 was detected in the genome of five species belonging to the superorder Acanthopterygii. Interestingly, this copy also has a high level of synteny over the species when it was detected. Thus, the obtained data may assist in the understanding of the role of muscle-specific miRNAs in muscle biological pathways... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-10Bitstream added on 2014-06-13T19:12:59Z : No. of bitstreams: 1 000748413.pdf: 1704055 bytes, checksum: 79e5720041e066045f6c679cdacc23fe (MD5) / A doença do mosaico da cana-de-açúcar, causada pelo Sugarcane mosaic virus (SCMV), é uma das principais doenças incidentes na cultura. Para compreender a base molecular dessa interação planta-patógeno o presente trabalho objetivou identificar potenciais genes candidatos à resistência ao mosaico através da técnica de cDNA-AFLP utilizando duas variedades contrastantes quanto a resistência ao SCMV (estirpe Rib-1). Plantas das variedades IACSP95-5000 (resistente) e IAC91-1099 (suscetível) obtidas por micromeristemas foram inoculadas com a estirpe Rib-1 em condições controladas de casa de vegetação para a identificação de fragmentos diferencialmente expressos (FDE) nos tempos de 24, 48 e 72 horas após a inoculação (hpi). No total, foram obtidos 772 FDEs, dos quais 392 observados na variedade resistente e 380 na suscetível. As variedades apresentaram comportamento diferencial quanto ao número de FDEs induzidos e reprimidos ao longo dos tempos de amostragens (24, 48 e 72 hpi). A variedade resistente apresentou um número maior de FDEs, correspondentes a prováveis genes induzidos no tempo de 24 hpi em relação a suscetível, diminuindo com o passar do tempo de inoculação, enquanto o número de FDEs correspondentes a prováveis genes induzidos aumentou com o tempo de inoculação na variedade suscetível. Sessenta e seis FDEs foram identificados exclusivamente na variedade resistente, sendo que 9 foram reprimidos e 57 induzidos após a inoculação com o SCMV. Destes 57, 23 foram sequenciados e destes, 10 FDEs mostraram identidade com sequências conhecidas de plantas, sendo a maioria relacionada com mecanismos de defesa da planta contra o patógeno e 3 FDEs não apresentam identidades com sequências descritas e podem exercer papel importante no mecanismo de resistência. A técnica de cDNA-AFLP foi eficiente em revelar alterações do perfil de transcrição dentro... / The sugarcane mosaic disease caused by the Sugarcane Mosaic Virus (SCMV) is a major disease incident in this crop. To understand the molecular basis of the plant pathogen interaction, the present study aimed to identify potential candidate genes for mosaic resistance by cDNA-AFLP technique using two contrasting varieties for SCMV (Rib-1 strain) resistance. Plants of the varieties IACSP95-5000 (resistant) and IAC91-1099 (susceptible) obtained by micro-meristem were inoculated with the Rib-1 strain under greenhouse controlled conditions to the identification of differentially expressed fragments (DEF) at the sampling time points of 24, 48 and 72 hours after inoculation (hpi). In total, 772 DEFs were obtained, of which 392 were observed in the resistant variety and 380 in the susceptible. The varieties showed differential behavior in the number of induced and repressed DEFs during the sampling time points (24, 48 and 72 hpi). The resistant variety produced a higher number of DEFs at 24 hpi (probably corresponding to induced genes) decreasing over the time of inoculation, when compared to the susceptible, in which the number of DEFs increased over the hpi. Sixty-six DEFs were identified exclusively in the resistant variety, of which 9 were repressed and 57 induced after inoculation with SCMV. Of these 57, 23 were sequenced and 10 of them showed identity with known plant sequences, mostly related to mechanisms of plant defense against pathogen, while 3 DFEs have no identities with sequences described in the bank and probably may play an important role in the resistance mechanism. The cDNA-AFLP technique was effective in revealing changes in the transcription profile within and between contrasting varieties when challenged by the mosaic virus. The total set of DFEs can be an important tool in studies to understand the resistance mechanism, as well as for the development of molecular markers to be ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-04Bitstream added on 2014-06-13T18:54:07Z : No. of bitstreams: 1 nicolaujunior_n_me_jabo.pdf: 694144 bytes, checksum: a56e5908ca3860a419359d11194f9013 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O acúmulo de um açúcar com propriedades osmoprotetoras, a trealose (a-D-glicopiranosil-[1,1]-a-D-glicopiranose), é muito comum em microorganismos, invertebrados e em algumas plantas superiores. A trealose é sintetizada a partir da UDP-glicose e glicose-6-fosfato num processo de dois passos onde atuam duas enzimas principais, trealose-6-fosfato sintase ou TPS e trealose-6-fosfato fosfatase ou TPP. A TPS e o seu produto a trealose-6-fosfato (T6P) são prováveis sinalizadores para o metabolismo de carboidratos, contribuindo para o aumento da tolerância de plantas ao estresse hídrico.Este trabalho analisou a expressão in si/ico a partir de 110 transcritos de TPS isolados de bibliotecas de tecidos e tratamentos distintos provenientes do projeto SUCEST. Dois destes genes relacionados a TPS, o STPS 1 e o STPS2 apresentaram expressão diferencial em estudos anteriores em cana-de-açúcar sob estresse hídrico. Em plantas as TPSs foram divididas em duas subfamílias (classe I e 11). Em cana-de-açúcar a STPS1 pertence aos genes de classe I, pois, não possuem domínio fosfatase (TPP) ativo, enquanto que a STPS2 possui domínios TPP ativos (classe 11) determinados pela presença de fosfatase boxes. Análises de expressão, baseadas no método de RT-PCR semiquantitativo, foram realizadas com os genes STPS1 e STPS2 em plantas sensíveis e tolerantes ao déficit hídrico nos períodos iniciais de estresse (24h, 72h e 120h). Os resultados mostram que o gene STPS1 é induzido em cultivares tolerantes de cana-de-açúcar sob estresse e reprimido em plantas sensíveis. Já o gene STPS2 não apresenta variações consideráveis nos níveis de expressão para os mesmos tratamentos. / The accumulation of a sugar with osmoprotectant properties, the trehalose (a-D-glucopyranosyl-[1,1]-a-D-glucopyranoside), is very common in microorganisms, invertebrates and in some higher plants. Trehalose is synthesized from the UDP-glucose and glucose-6-phosphate in a process of two steps where two main enzymes act, trehalose-6-phosphate synthase or TPS and trehalose-6¬phosphate phosphatase or TPP. The TPS and its product the trehalose-6-phosphate (T6P) are probable signaling molecules in the carbohydrate metabolism, contributing to enhance the plants tolerance to water stress. This work analyzed the in silico expression from 110 transcripts of TPS acquired from different libraries of tissues and treatments proceeding from the SUCEST project. The result showed that the TPS gene is present in ali tissues of the plant. Two of these TPS genes, the STPS1 and the STPS2 showed differential expression in previous studies in sugarcane under water stress. In plants the TPSs are divided in two subfamilies (class I and 11). In sugarcane the STPS 1 belongs to the class I genes, therefore, it does not have an active phosphatase (TPP) domain, whereas, the STPS2 has an active TPP domain (classroom 11) determined by the presence of phosphatase boxes. Expression analyses, based in the semi-quantitative method of the reverse transcription¬polymerase chain reaction (RT-PCR), were performed with the STPS1 and STPS2 genes in water-stress susceptible and tolerant sugarcane cultivars in the initial periods of stress (24h, 72h and 120h). The results show that the STPS1 gene is up¬regulated in the tolerant cultivar under stress and down-regulated in susceptible plants.The STPS2 gene does not show considerable variations in the expression levels under the same treatments.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-23Bitstream added on 2014-06-13T20:54:11Z : No. of bitstreams: 1 jacob_tr_me_jabo.pdf: 729486 bytes, checksum: 4304febd044d7016287bf88e804083f7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A citricultura é uma atividade agro-industrial de suma importância para o Estado de São Paulo e para o Brasil. Com uma área plantada em torno de aproximadamente 1 milhão de hectares o país mantém a posição de maior produtor mundial de citros. Desse total, 77% encontram-se localizados na região Sudeste. O sistema citrícola representa 4,47% das exportações de produtos do agronegócio nacional, sendo que o suco de laranja concentrado representa 72% do valor dessas exportações. Entretanto, todo este potencial econômico vem sendo prejudicado por várias doenças dentre elas uma denominada Cancro Cítrico, a qual é causada por um fitopatógeno bacteriano denominado Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). Com o objetivo de analisar os feitos da interação entre essa bactéria e seu hospedeiro natural, utilizou-se a técnica de Análise da Transcrição Reversa em Tempo Real (qRT-PCR) para quantificar a expressão dos genes que compõem o SSTT, SSTQ, algumas ORFs hipotéticas e as quatro cópias do gene pthA. Para tanto, realizou-se um estudo prévio com 10 genes candidatos visando identificar os mais adequados para serem usados como genes de referência no processo de normalização de dados em experimentos dessa natureza. O experimento contou com quatro replicatas biológicas e duas replicatas técnicas. Com base nos resultados, verificou-se que os genes rpoB e rpoC parecem ser os mais indicados para a normalização de dados em experimentos de expressão gênica por qRT-PCR que envolvam analises intergrupos. A maioria dos genes que compõem o SSTT se mostraram induzidos quando a bactéria esteve em contato com seu hospedeiro, com destaque para os genes hrpXct e hrpB4, o que sugere que este sistema tenha um importante papel na patogenicidade dessa bactéria. Por outro lado, os resultados e o estudo da expressão gênica evidenciaram que... / The citrus is an agro-industrial activity of great importance for the State of São Paulo and Brazil. With a planted area around 1 million hectares the country maintains its position of world's leading producer of citrus. Of these, 77% are located in the Southeast. The citrus system represents 4.47% of national agribusiness exportation, being the orange juice concentrate responsible for 72% of the value of these exports. However, all this economic potential is being hampered by diseases among them one called citrus canker, which is caused by a phytopathogenic bacterium known as Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc). With the aim of analyzing the achievements of the interaction between this bacterium and its natural host, we used the technique of Real- Time Reverse Transcription Analysis (qRT-PCR) to quantify the expression of genes that comprise the SSTT, SSTQ, some hypothetical ORFs and the four copies of the gene pthA. Thus, a preliminary study with 10 candidate genes were conducted to identify the most suitable ones for use as reference in the process of data standardization in such experiments. The experiment had four biological replicates and two technical replicates. Based on the results, it was found that the rpoB and rpoC genes seem to be the most suitable for the standardization of data in experiments of gene expression by qRT-PCR analysis involving intergroup. Most of the genes that comprise the SSTT was induced when the bacterium was in contact with its host, with emphasis on the genes... (Complete abstract, click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-11-18Bitstream added on 2014-06-13T20:14:43Z : No. of bitstreams: 1 barbosa_acdr_me_jabo_prot.pdf: 1040447 bytes, checksum: 48ed6a565f670b0e8919f670ff1f64ba (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A seca é um dos principais fatores abióticos que afetam a produtividade das plantas. Para detectar os genes expressos sob condições de deficiência hídrica desenvolveu-se uma análise da expressão gênica das plantas de cana-de-açúcar de uma cultivar tolerante (cv. SP83-2847) e outra sensível (cv. SP90-1638) à seca, utilizando macroarranjos de DNA para monitorar a expressão gênica de 3.575 clones de folhas de cana-de-açúcar e, a partir dos resultados obtidos foram selecionados dois ESTs (SCJFLR2036B11 e SCBFLR1005E12) que se apresentaram como diferencialmente expressos nas duas cultivares. Os clones foram seqüenciados e identificados e correspondem ao gene que codifica para a Nitrilase e para elementos genéticos móveis (Retrotransposon). Os dados de expressão gênica foram validados por meio de RT-PCR semiquantitativo e Southem blotting e a seqüência de nucleotídeos obtida foi utilizada nas buscas em bancos de dados e na comparação de seqüência o que contribuiu para a atribuição de função biológica. O gene similar ao da Nitrilase apresentou-se induzido tanto na situação de deficiência hídrica no cultivar sensível (SP90-1638) como no cultivar tolerante (SP83-2847) nas plantas não expostas ao déficit hídrico. O gene que codifica um elemento genético móvel (Retrotransposon) apresentou-se induzido no cultivar tolerante na situação controle em detrimento da situação estressada e invariável para cultivá-Io sensível nas duas situações. / Drought is one of the main abiotic stresses which aftect plant productivity. To detect genes expressed under drought conditions, a gene expression study of sugarcane plants was performed, with drought tolerant (cv. SP83-2847) and sensitive (cv. SP90-1638) cultivars, using DNA macroarrays to monitor gene expression of 3.575 sugarcane leaf clones, and from the obtained results two ESTs (SCJFLR2036811 and SC8FLR1005E12) identified as difterentially expressed in both cultivars. were selected. The clones were sequenced and identified as the gene which codifies Nitrilase and mobile genetic elements (Retrotransposon). Gene expression data were confirmed by Semiquantitative RT-PCR and Southern blotting analysis, and the obtained nucleotide sequence used in database searches and in sequence comparisons, which contributed for the biological function attribution. The gene similar to Nitrilase appeared to be induced under water deficiency in the sensitive cultivar (SP90¬ 1638) as well as in the tolerant cultivar (SP83-2847) in plants not submitted to water deficit. The gene which codifies a mobile genetic element (Retrotransposon) appeared to be induced in the tolerant cultivar under the controlled condition in detriment of the stress, and unchanged for the sensitive cultivar under both conditions.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-30Bitstream added on 2014-06-13T20:33:54Z : No. of bitstreams: 1 mello_jbh_me_botib.pdf: 2352640 bytes, checksum: f06cfab104960439db36f6c6549acc56 (MD5) / Leiomiomas uterinos (LU) são tumores benignos de origem mesenquimal frequentes sendo considerados um problema de saúde pública. A desregulação de fatores de crescimento e microRNAs, encurtamento dos telomeros, produção excessiva e desorganizada de matriz extracelular, perda de heterozigose e alterações cromossômicas recorrentes (como deleção em 7q22 e rearranjo cromossômico em 12q15) contribuem para o crescimento dos LU. Uma parcela significativa destes tumores apresenta mutação no gene MEDI2. O presente estudo teve como objetivo avaliar: a presença da mutação no MEDI2; o nível de expressão do HMGA2 e seus miRNAs preditos (let-7a, miR-26a, miR-26b); o nível de expressão do, cluster de miRNAs mapeado em 7q22 (miR-25, miR-93 e miR- 106b) e a expressão dos genes BRCAI, FANCA e seus miRNAs preditos. Foram avaliados 85 LU e 34 amostras de miométrio adjacentes obtidos de 54 pacientes submetidos à histerectomia. A análise de expressão por RT-qPCR foi realizada para os miR-let7a, miR-25, miR-93, miR-106b, miR-21, miR-26a, miR-26b, miR-197 e miR- 143, utilizando RNU44 , RNU48 e U47 como endógenos. Foi também avaliada a expressão dos genes HMGA2, BRCAI e FANCA sendo utilizados como controles endógenos RPLPO e GUSB. A mutação no MED12 foi encontrada em 50% (42/85) das amostras. Foi observado um aumento significativo (p<0,001) dos níveis de expressão do HMGA2 nos LU comparados ao miométrio adjacente, inclusive nas amostras com presença da mutação em MEDI2. Estes dados sugerem que o aumento de expressão do HMGA2 e a mutação em MEDI2 podem coexistir nestes tumores. Os miRNAs preditos para regular o HMGA2 apresentaram diminuição dos níveis de expressão: let-7a (p<O,OOl), miR-26a (p<O,OOl), miR-26b (p<O,OOl). A forte correlação negativa entre HMGA2 e seus miRNAs preditos suporta a evidência de interação entre eles. Os miRNAs mapeados... / Uterine Leiomyomas (UL) are common mesenchymal benign tumors that represent a significant public health problem. The deregulation of growth factors and microRNAs (miRNAs), shortening of telomeres, excessive production of disorganized extracellular matrix, loss of heterozygosity and recurrent chromosomal aberrations (including 7q22 deletion and chromosomal rearrangements in 12q 15) have been suggested to contribute to the growth of UL. A significant number of tumors presented mutations of MED I2The aims of this study were: to investigate MED12 mutation; to evaluate the expression levels of HMGA2 and their miRNAs predicted (let-7a, miR-26a, miR-26b); the expression of miRNAs mapped at 7q22 (miR-25, miR-93, and miR- 106b) and the expression levels of BRCAI, FANC,A and their predictive miRNAs. Eight-five fresh frozen UL and 34 adjacent normal myometrium (MM) were obtained from 54 patients who had undergone a hysterectomy procedure. Quantitative real time RT-PCR was applied to evaluate the expression levels of miRs (miR-let7a, miR-25, miR-93, miR- 106b, miR-21, miR-26a, miR-26b, miR-197 and miR-143) using RNU44, RNU48 and U47 as endogenous control and to evaluate the expression of HMGA2, BRCAI and FANCA using RPLPO and GUSB as endogenous control. We detected 50% (42/85) of samples with MEDI2 mutation. A significant overexpression (p<0,001) of HMGA2 was detected in UL compared with MM, including samples with the presence of MEDI2 mutation. These data indicated that overexpression of HMGA2 may coexist with MEDI2 mutation. The miRNAs predicted to regulate HMGA2 were found significantly downregulated: let-7a (p<0,001), miR-26a (p<0,001), miR-26b (p<0,001). The negative correlation verified between HMGA2 and their predicted miRNAs support the evidence of interaction between them. The miRNAs mapped at 7q22 (miR-25, miR-93, and miR- 106b) were found as downregulated... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-21Bitstream added on 2014-06-13T19:54:09Z : No. of bitstreams: 1 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf: 134881 bytes, checksum: 84233badecc0339e52b7d72626d23d35 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:24:40Z: cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:27:38Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:33:15Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:43:29Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:48:55Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:49:47Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-27T11:47:09Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-27T11:48:04Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) / Dentre as diversas doenças que ocorrem na citricultura, o cancro cítrico é uma das principais, considerada economicamente importante e com impactos diretos e indiretos no setor citrícola mundial. O agente causal do cancro cítrico é a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual afeta uma ampla gama de espécies e variedades de citros. A variedade de laranja doce Valência (Citrus sinensis) é considerada moderadamente suscetível ao cancro cítrico e a Rutaceae Kumquat (Fortunella spp.), por outro lado, é considerada altamente resistente. Objetivando gerar informações acerca dos mecanismos moleculares que resultam em diferenças quanto à suscetibilidade de plantas a patógenos, no presente estudo fez-se uso de uma nova plataforma de sequenciamento de transcriptoma (RNA-seq) para análise da expressão gênica de Valência e Kumquat após infecção por Xac nos tempos de 24, 48 e 72 horas. Foram identificados 2.953 e 4.111 transcritos induzidos em Valência e Kumquat, respectivamente. Dos transcritos reprimidos Kumquat apresentou 11.041 e Valência 1.930. Na comparação da expressão gênica temporal, Kumquat apresentou muitos transcritos induzidos em comum em todos os tempos de infecção, alguns deles relacionados à percepção de sinais (receptores do tipo quinase) e também envolvidos na defesa de plantas [(como proteínas relacionadas à patogênese (PRs)]. Foram identificados exclusivamente em Kumquat transcritos que codificam para a proteína germin, possivelmente envolvida na resposta de defesa à Xac. Nas comparações entre espécies, em Kumquat observou-se alta expressão de proteínas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, como alcaloides e monoterpenos. Em Valência, nos tempos iniciais de 24 e 48 horas após a inoculação de Xac, observou-se alta expressão de cisteína proteinases, as quais comumente... / Among the various diseases that occur in Citrus spp., citrus canker is a serious disease, considered economically important with direct impact on the citrus sector. The causal agent of citrus canker is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), and it affects a wide range of Citrus spp.. Sweet orange Valencia Citrus sinensis is considered moderately susceptible to Citrus canker and the Rutaceae Kumquat Fortunella spp. is considered highly resistant. To understand the molecular mechanisms that distinguish plant resistance in plant pathogen interaction, the present study used a new transcriptome sequencing platform (RNA-seq) to analyze gene expression of Valencia and Kumquat after infection by Xac post 24, 48 and 72 hours. We identified 2,953 and 4,111 transcripts induced in Valencia and Kumquat, respectively. Among repressed transcripts Kumquat showed 11,041 and Valencia 1,930. In the comparison of temporal expression between the evaluated times, Kumquat presented many transcripts induced in common at all times of infection that are related to signal perception, as receptors kinase and plant defense proteins as pathogenesis related proteins (PRs). Were found exclusively in Kumquat transcripts that encode for protein Germin possibly involved in defense response to Xac. In the analysis between species, for Kumquat were found a high expression of proteins related to the synthesis of secondary metabolites, such as alkaloids and monoterpenes. These products may be mediated by biotic factors such as pathogen attack, so the high expression of genes related to metabolic production of these can be related to plant defense. Valencia presented at 24 and 48 hours high expression of cysteine proteinases. These are involved in reconstruction and degradation of proteins in response to different stimuli and also... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-30Bitstream added on 2014-06-13T18:29:35Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_mi_me_botib.pdf: 1214329 bytes, checksum: 48738767073216bc3e812cf571922d0b (MD5) / A biotecnologia define-se pelo uso de conhecimentos sobre os processos biológicos e sobre as propriedades dos seres vivos, com o fim de resolver problemas e criar produtos de utilidade. É importante frisar que uma das principais vantagens da biotecnologia moderna voltada para a área vegetal é a de poder gerar estratégias de melhoramento aplicáveis a diferentes culturas. Uma das principais estratégias de ação nessa área trata da produção de plantas geneticamente modificadas com transgenes de interesse. Nesse contexto, a caracterização de promotores com padrão de expressão tecido-específico é essencial para que a expressão de tais transgenes em plantas de interesse agronômico e florestal, como em eucalipto, fique limitada a determinados órgãos/tecidos. . Assim, o presente trabalho teve por objetivo realizar a caracterização funcional do promotor do gene EgTIP2 que codifica uma putativa aquaporina intrínseca de tonoplasto (TIP) com expressão específica em raízes de eucalipto. Em paralelo, o perfil de expressão desse gene em resposta ao estresse osmótico foi investigado em eucalipto. Análises de expressão mostraram que tanto o promotor quanto o gene EgTIP2 são regulados positivamente pelo estresse osmótico curto e persistente, enquanto que o promotor parece ser regulado negativamente na presença de ABA-exógeno. Testes histoquímicos revelaram uma expressão vascular-específica dirigida pelo promotor EgTIP2 em plantas de tabaco transgênicas, sugerindo uma possível utilização como ferramenta para aplicação em engenharia genética de espécies lenhosas / Not available