As enzimas CYP450 são as principais enzimas metabolizadoras de fármacos. Elas são codificadas por genes que apresentam polimorfismos gênicos que lhes confere características fenotípicas diversas. Estes fenótipos são: Metabolizadores Lentos ou PM, Metabolizadores Normais ou EM, Metabolizadores Intermediários ou IM e Metabolizadores Ultra-rápidos ou UM. A Farmacogenética é a ciência que estuda estas variações gênicas e sua relação com a resposta terapêutica no organismo. Entre as enzimas CYP450 se encontram as enzimas CYP2D6, que são responsáveis pelo metabolismo de 25% dos fármacos clinicamente prescritos. O objetivo principal deste estudo foi a identificação dos polimorfismos mais importantes deste gene: CYP2D6*1, CYP2D6*2, CYP2D6*3, CYP2D6*4, CYP2D6*5, CYP2D6*6, CYP2D6*10, CYP2D6*17 e CYP2D6*41 pelos métodos de Genotipagem (PCR Tetra Primer e Seqüenciamento) e Fenotipagem (analisado pelo Índice Metabólico) em 75 voluntários sadios da região de Campinas. Para a caracterização da Fenotipagem foi usada a substância teste Dextrometorfano (DM). Esta foi monitorada por espectrometria de massa mediante a determinação da concentração do seu principal metabólito o Dextrorfano (DX), que foi extraída das amostras de urina. Os resultados foram comparados entre estas duas metodologias e apresentaram alta correlação. Os resultados obtidos são a identificação das freqüências dos alelos *1, *3 e *4 pelo método PCR Tetra Primer (30.66%, 1.3% e 14%, respectivamente). O método de seqüenciamento detectou também outros alelos que não foram detectados pela PCR Tetra Primer. A avaliação do número de cópias do gene CYP2D6 também foi avaliada, detectando em um voluntário 3 cópias do gene CYP2D6, característica de metabolizadores Ultra-rápidos. Podemos afirmar que os métodos usados forneceram perfis dos polimorfismos de maneira rápida e prática. / The CYP450 enzymes are the major drug metabolizing enzymes. They are encoded by genes that show genetic polymorphisms which gives them several phenotypic characteristics. These phenotypes are Poor Metabolizers or PM, or Extensive Metabolizers or EM, Intermediate Metabolizers or IM, and finally, Ultra-rapid Metabolizers or UM. Pharmacogenetics is the science that studies these genetic variations and its relationship to therapeutic response in the body. One of CYP450 enzymes is CYP2D6 enzyme, which are responsible for the metabolism of 25% of clinically prescribed drugs. The main objective of this study was to identify the most important polymorphisms of this gene: CYP2D6 * 1, CYP2D6 * 2, CYP2D6 * 3, CYP2D6 * 4, CYP2D6 * 5, CYP2D6 * 6, CYP2D6 * 10, CYP2D6 * 17 and CYP2D6 * 41 by genotyping methods (PCR Tetra Primer and Sequencing) and phenotyping (by metabolic rate monitoring) in 75 healthy volunteers in Campinas region.To characterize the phenotyping was used to test substance Dextromethorphan (DM). This was monitored by mass spectrometry by determining the concentration of its major metabolite the Dextrorphan (DX), which was extracted from urine samples. The results were compared between these two methods and showed high correlation. We can obtain the identification of allelic frequencies of alleles * 1, * 3 and * 4 by Tetra Primer PCR (30.66%, 1.3% and 14% respectively). The sequencing method has also detected other alleles that were not detected by PCR Tetra Primer. The assessment of the number of copies of the CYP2D6 gene was also assessed. This method detected a volunteer which carrying three copies of CYP2D6 gene, characteristic of Ultra-rapid metabolizers. We can say that the methods used in this study provide polymorphism profiles quickly and conveniently.

As enzimas CYP450 são as principais enzimas metabolizadoras de fármacos. Elas são codificadas por genes que apresentam polimorfismos gênicos que lhes confere características fenotípicas diversas. Estes fenótipos são: Metabolizadores Lentos ou PM, Metabolizadores Normais ou EM, Metabolizadores Intermediários ou IM e Metabolizadores Ultra-rápidos ou UM. A Farmacogenética é a ciência que estuda estas variações gênicas e sua relação com a resposta terapêutica no organismo. Entre as enzimas CYP450 se encontram as enzimas CYP2D6, que são responsáveis pelo metabolismo de 25% dos fármacos clinicamente prescritos. O objetivo principal deste estudo foi a identificação dos polimorfismos mais importantes deste gene: CYP2D6*1, CYP2D6*2, CYP2D6*3, CYP2D6*4, CYP2D6*5, CYP2D6*6, CYP2D6*10, CYP2D6*17 e CYP2D6*41 pelos métodos de Genotipagem (PCR Tetra Primer e Seqüenciamento) e Fenotipagem (analisado pelo Índice Metabólico) em 75 voluntários sadios da região de Campinas. Para a caracterização da Fenotipagem foi usada a substância teste Dextrometorfano (DM). Esta foi monitorada por espectrometria de massa mediante a determinação da concentração do seu principal metabólito o Dextrorfano (DX), que foi extraída das amostras de urina. Os resultados foram comparados entre estas duas metodologias e apresentaram alta correlação. Os resultados obtidos são a identificação das freqüências dos alelos *1, *3 e *4 pelo método PCR Tetra Primer (30.66%, 1.3% e 14%, respectivamente). O método de seqüenciamento detectou também outros alelos que não foram detectados pela PCR Tetra Primer. A avaliação do número de cópias do gene CYP2D6 também foi avaliada, detectando em um voluntário 3 cópias do gene CYP2D6, característica de metabolizadores Ultra-rápidos. Podemos afirmar que os métodos usados forneceram perfis dos polimorfismos de maneira rápida e prática. / The CYP450 enzymes are the major drug metabolizing enzymes. They are encoded by genes that show genetic polymorphisms which gives them several phenotypic characteristics. These phenotypes are Poor Metabolizers or PM, or Extensive Metabolizers or EM, Intermediate Metabolizers or IM, and finally, Ultra-rapid Metabolizers or UM. Pharmacogenetics is the science that studies these genetic variations and its relationship to therapeutic response in the body. One of CYP450 enzymes is CYP2D6 enzyme, which are responsible for the metabolism of 25% of clinically prescribed drugs. The main objective of this study was to identify the most important polymorphisms of this gene: CYP2D6 * 1, CYP2D6 * 2, CYP2D6 * 3, CYP2D6 * 4, CYP2D6 * 5, CYP2D6 * 6, CYP2D6 * 10, CYP2D6 * 17 and CYP2D6 * 41 by genotyping methods (PCR Tetra Primer and Sequencing) and phenotyping (by metabolic rate monitoring) in 75 healthy volunteers in Campinas region.To characterize the phenotyping was used to test substance Dextromethorphan (DM). This was monitored by mass spectrometry by determining the concentration of its major metabolite the Dextrorphan (DX), which was extracted from urine samples. The results were compared between these two methods and showed high correlation. We can obtain the identification of allelic frequencies of alleles * 1, * 3 and * 4 by Tetra Primer PCR (30.66%, 1.3% and 14% respectively). The sequencing method has also detected other alleles that were not detected by PCR Tetra Primer. The assessment of the number of copies of the CYP2D6 gene was also assessed. This method detected a volunteer which carrying three copies of CYP2D6 gene, characteristic of Ultra-rapid metabolizers. We can say that the methods used in this study provide polymorphism profiles quickly and conveniently.

O gênero Nocardia é composto por bactérias gram-positivas e filamentosas, que normalmente só causam doença em indivíduos imunocomprometidos. No entanto, certo número de infecções por nocardia têm sido relatados em pacientes imunocompetentes. Nos últimos anos, observou-se um aumento da frequência de infecções por Nocardia spp. e, com o aumento do número de espécies descritas, a identificação correta tem sido de difícil obtenção mas de grande importância para a aplicação do tratamento correto e elucidação epidemiológica. O objetivo deste estudo foi caracterizar, por métodos fenotípicos e moleculares, 72 isolados de Nocardia spp. de interesse médico, avaliando as metodologias para elaborar um algoritmo de identificação. Os isolados foram provenientes da Micoteca do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo e da rotina do Núcleo de Tuberculose e Micobacterioses do Instituto Adolfo Lutz. Os isolados foram identificados por testes fenotípicos, identificação molecular por análise de restrição (PRA-hsp65), sequenciamento dos genes hsp65 e 16S rRNA e MALDI-TOF MS (Matrix-associated laser desorption time of flight mass spectrometry). O perfil de suscetibilidade foi analisado pelo método de Concentração Inibitória Mínima (MIC) e disco difusão (DD), com os fármacos: amicacina, ciprofloxacina, minociclina, tobramicina, amoxacilina+ácido clavulânico, imipenem e sulfametoxazol+trimetoprim. Os resultados revelaram que a identificação fenotípica foi insuficiente para definir as espécies. Apenas 24 (33,4%) isolados tiveram identificação fenotípica concordante com o sequenciamento do gene 16S rRNA. Na analise feita pela técnica de PRA-hsp65 foram observados 20 (27,8%) N. brasiliensis, seis (8,3%) isolados de outras espécies de nocardias e 38 (52,8%) foram considerados novos padrões (NP). Foi detectado um isolado misto e em cinco isolados não foi obtido produto de amplificação. O sequenciamento do gene hsp65 proporcionou a identificação de 51 isolados como Nocardia, 14 foram identificados como pertencentes a outros gêneros, dos quais, um apresentou mistura de nocardia e micobactéria, sendo identificado como Mycobacterium abscessus no gene hsp65 (análise in silico) e N. otitidiscaviarum no gene 16S rRNA. Sete isolados não foram sequenciados devido à ausência de amplificação do fragmento. Os isolados analisados através do sequenciamento do gene 16S rRNA, foram identificados como Nocardia (57-79,2%), Gordonia (7-9,7%), Rhodoccocus (3-4,2%), Tsukamurella (2-2,8%), Mycobacterium (2-2,8%) e Streptomyces (1-1,3%). Para a análise de MALDI-TOF MS foi observado que, dos 72 isolados estudados, 49 foram identificados como Nocardia, 11 como pertencentes a outros gêneros e 12 amostras não puderam ser identificadas devido aos valores de leitura não serem adequados para análise. Pela primeira vez o corante resazurina foi utilizado para leitura de MIC de Nocardia sp. Entre os fármacos testados através do MIC, os que apresentaram maior sensibilidade foram amicacina (100%) e tobramicina (84%). As maiores resistências foram encontradas com os fármacos sulfametoxazol+trimetoprim (76%) e imipenem (54%). Devido à ausência de critérios interpretativos de disco difusão para o gênero Nocardia, foi elaborado um critério para o presente estudo. Os resultados obtidos no teste de DD mostraram 100% de sensibilidade para os fármacos amicacina, minociclina e sulfametoxazol+trimetroprim. Os isolados apresentaram a maior porcentagem de resistência ao fármaco ciprofloxacina (64%). Comparando os resultados de DD com os obtidos no MIC, observamos que os fármacos ciprofloxacina, imipenem e sulfametoxazol+trimetoprim apresentaram porcentagem de discordância acima de 20%. O fármaco sulfametoxazol+trimetoprim teve a maior discordância (>75%), com elevada porcentagem de isolados resistentes na MIC, mas baixa porcentagem de resistência em DD. O único fármaco com 100% de concordância entre os resultados foi amicacina. Foi elaborado um algoritmo de identificação que utiliza técnicas fenotípicas para triagem para diferenciar nocardias de outros gêneros. A identificação por PRA-hsp65 será útil na rotina de laboratório de micobactérias como identificação presuntiva. A identificação definitiva das espécies deve ser obtida pelo sequenciamento do gene 16S rRNA. / The genus Nocardia comprises filamentous gram-positive bacteria that usually cause disease only in immunocompromised individuals. However, a number of Nocardia infections have been reported in immunocompetent patients. Overall, it has been reported in the recent years an increased frequency of infections caused by Nocardia spp. due to an also increasing number of species, making the correct identification of the species more difficult. Correct identification assumes a major importance with respect to antimicrobial treatment\'s choice as well a for epidemiological investigation purposes. The objective of this study was to characterize by phenotypic and molecular methods 72 isolates of Nocardia spp. of medical interest, designing the methodologies for an identification algorithm. The isolates were obtained from the fungal collection of the Tropical Medicine Institute of São Paulo and the routine service of the Tuberculosis and Mycobacteriosis Center of the Adolfo Lutz Institute. The isolates were identified by phenotypic testing, molecular identification by restriction analysis (PRA-hsp65), hsp65 and 16S rRNA genes sequencing, and MALDI-TOF MS (matrix-associated laser desorption time-of-flight mass spectrometry). The susceptibility profile was analyzed by the Minimum Inhibitory Concentration method (MIC) and disk diffusion (DD), with the following drugs: amikacin, ciprofloxacin, minocycline, tobramycin, amoxicillin+ clavulanic acid, imipenem and sulfamethoxazole trimethoprim. The results showed that the phenotypic identification was insufficient to define the species. Only 24 (33.4%) of the isolates had phenotype identification that was concordant with the 16S rRNA gene sequencing. In the analysis made with the PRA-hsp65 technique were observed 20 (27.8%) N. brasiliensis and six (8.3%) isolates from other species of Nocardia spp., while 38 isolates (52.8%) were considered as new standards (NP). Also by this technique a mixed isolate was detected and an amplification product was not obtained in five isolates. The hsp65 gene sequencing provided identification of 51 isolates as Nocardia, 14 were identified as belonging to other genera, one of them being identified either as Mycobacterium abscessus by in silico analysis of the hsp65 gene and as N. otitidiscaviarum by the 16S rRNA gene sequencing. Seven isolates were not sequenced due to the absence of the amplified fragment. The isolates analyzed by 16S rRNA gene sequencing were identified as Nocardia (57 to 79.2%), Gordonia (7 to 9.7%), Rhodoccocus (3 to 4.2%), Tsukamurella (2-2, 8%), Mycobacterium (2 to 2.8%) and Streptomyces (1-1.3%). By MALDI-TOF MS analysis of the 72 isolates, 49 were identified as Nocardia, 11 were identified as belonging to other genera and 12 isolates could not be identified because the samples provided reading values that were inadequate for analysis. For the first time, to our knowledge, the resazurin dye was used to determine the MICs of Nocardia sp. Among the drugs tested, the most sensitives were amikacin (100%) and tobramycin (84%). The higher resistances were found with trimethoprim-sulfamethoxazole (76%) and imipenem (54%). Due to the absence of establishe criteria for the interpretation of the disk diffusion assay with Nocardia, we designed a specific criterion for this study. The results obtained in the DD test showed 100% sensitivity for the drugs amikacin, minocycline and trimethoprim-sulfamethoxazole. The isolates showed the highest percentage of resistance to ciprofloxacin drug (64%). Comparing the results with those obtained with DD and MIC, we observed that ciprofloxacin, imipenem and sulfamethoxazole-trimethoprim showed a percentage of disagreement above 20%. The sulfamethoxazole-trimethoprim drug had the highest discrepancy (> 75%), with high percentage of resistant isolates with MIC but low percentage of resistance in DD. The only drug with 100% agreement between the both results was amikacin. We designed a recognition algorithm using phenotyping techniques to screen and differentiate nocardias from other genera. The identification by PRA-hsp65 will be useful in routine mycobacteria laboratory as a presumptive identification tool. The final identification of the species should be obtained by sequencing the 16S rRNA gene.

Linhagens de camundongos AIRmax e AIRmin diferem quanto a reatividade inflamatória aguda às partículas de Biogel. A AIR divergente nessas linhagens está bem estabelecida, no entanto, diferenças na resposta inflamatória crônica ao Biogel ainda não foram descritas. Assim, nós decidimos verificar se o processo de seleção que modificou a resposta inflamatória aguda nessas linhagens, também afetou o desenvolvimento da resposta inflamatória crônica. A infiltração de células no exsudado da linhagem AIRmax foi maior que na linhagem AIRmin em ambos os períodos avaliados (48h e 30d), e no período de 48 horas, os animais AIRmax apresentaram alta produção de citocinas no exsudato inflamatório. Essa linhagem mostrou ainda maior número de genes ativados envolvidos na transdução de sinal, resposta imune e inflamatória. Alguns genes envolvidos com a resposta inflamatória aguda, também apresentaram diferenças após 30 dias. Esses resultados indicam que o processo de seleção para a inflamação aguda pode ter afetado também o desenvolvimento da resposta inflamatória crônica ao Biogel. / AIRmax and AIRmin mouse lines differ in terms of acute inflammatory response after Biogel injection. The distinct AIR in these lines is well established, however, differences in late or chronic inflammatory response to Biogel were not described yet. Thus, we decided to check if the genetic selection that modified the acute inflammatory response in these lines, also affected the development of a chronic inflammatory response. We found that AIRmax mice had higher cellular influx in the inflammatory exudate than AIRmin mice in both analyzed periods (48h and 30d) and that after 48 hours of Biogel injection, AIRmax mice showed higher cytokine levels in inflammatory exudates. This line also showed higher number of up regulated genes in AIRmax than in AIRmin mice involved with inflammatory response, immune response and signal transduction. Some acute inflammatory response genes also showed differences on day 30. Our results indicate that the genetic selection for acute inflammatory response may also have affected the chronic inflammatory response to Biogel.

Apis mellifera é uma espécie de abelha bastante estudada sob diferentes perspectivas, tanto em pesquisas básicas como aplicadas. Possui uma natureza singular associada não só a interesses econômicos como produção de cera, mel, própolis, geléia real, pólen, mas também, por seu potencial agrícola como polinizador. Esta espécie tem sido alvo de muitos estudos morfométricos, principalmente pela sua importância ecológica, pela sua grande capacidade de adaptação, sua ampla distribuição e por serem capazes de se estabelecer eficientemente em diversos ambientes. A morfometria geométrica permite uma análise rigorosa da variação da forma de uma determinada estrutura em organismos de diversos tamanhos, principalmente utilizando métodos de estatística multivariada, além de ser capaz de avaliar a instabilidade no desenvolvimento de um organismo. O presente trabalho teve como objetivo estudar as variações da forma e tamanho em asas e corbículas de operárias de Apis mellifera, provenientes das 5 regiões geográficas do Brasil, utilizando análises morfogeométricas. A existência de padrões de variação de forma e tamanho das abelhas africanizadas no Brasil obtidos há 16 anos em estudo clássico realizado por Diniz-Filho e Malaspina, possibilitou uma análise espaço-temporal comparativa com os resultados obtidos utilizando recursos tecnológicos atuais para a avaliação de dados morfométricos, bem como, verificar por meio das análises de assimetria flutuante a plasticidade fenotípica no tamanho e forma da asa e corbícula dessa espécie, possibilitou ainda, avaliar se condições adversas relacionadas às ações antrópicas influenciam no aumento de desvios na simetria bilateral desses caracteres morfológicos. Foi realizada uma amostragem abrangendo as 5 regiões geográficas do Brasil, pela forma das asa e análises multivariadas verificou-se que existe um padrão geográfico entre as populações de Apis mellifera no Brasil (P < 0,001). Essas variações geográficas podem ser devidas à grande extensão territorial, além da possível associação das diferenças entre ecorregiões. Verificou-se, também, a presença de assimetria flutuante na forma das asas e das corbículas de Apis mellifera em todas as populações estudadas, porém, na análise multivariada e assimetria do tamanho não obteve significância em algumas populações, constatando-se que para estudo de assimetria e distribuição populacional a forma da asa e das corbículas é a análise mais indicada e que apresenta maior precisão. / Apis mellifera is bee specie very studied under different perspectives, as for basic studies to applied ones. They have a singular nature, not only associated to economic issues as wax, honey, propolis, royal jelly and pollen production, but also for their agricultural potential as pollinators. This specie has been long aimed for morphometric studies, because of its ecological importance, easy capacity of adaptation, large distribution and for being able of efficient establishment in diverse environments. The geometric morphometric allows rigorous analyses in shape variation of a given structure in organism of diverse sizes, especially when using multivariate statistics methods, enabling the evaluation of instability in the development of an organism. The present study aim the variations of shape and size in wings and pollen basket from workers of Apis mellifera, acquired at 5 geographic regions of Brazil, using morphogeometric analyses. The existence of variation patters in shape and size of Africanized bees in Brazil, obtained 16 years ago in classic study made by Diniz-Filho and Malaspina, made possible a comparative spatialtemporal analyses with the results obtained in this study, using updated technology resources for evaluation of morphometric data, as well as the phenotypic plasticity exam of size and shape in wings and pollen basket of this specie, using fluctuating asymmetric analysis, and evaluate if diverse conditions made by anthropomorphic actions has influence on the deviation increase among bilateral symmetry of this morphological characters. The sample was made including 5 geographic regions of Brazil. By the wings size shape and multivariate analyses, it was verified the existence of a geographic pattern among Brazilian Apis mellifera populations (P< 0,001). Those geographical variations may be caused due to the big territorial expansion, alongside with the possible association of different ecoregions. It was also verified floating asymmetric in the shape of wings and pollen basket from Apis mellifera in all studied populations, however, in the multivariate analyses the asymmetry in shape was not significant in some populations, showing that, for studies of asymmetry and populational distribution, the shape of wings and pollen basket is the most indicated and precise analyses.

O presente trabalho tem os seguintes objetivos: propor uma sistemática para o estudo e a interpretação da estabilidade e adaptabilidade fenotípica, através de duas técnicas de análise multiway (PARAFAC e Tucker3); propor a construção de um gráfico, denominado de Triplot, que possibilita avaliar as relç]oesoes entre os 3 modos (genótipos, locais e anos); implementar uma rotina computacional para a análise de dados, segundo os modelos multiway; implementar uma rotina computacional para a construção do Triplot. Os dados a serem uti- lizados são relativos a experimentos com 13 genótipos de feijão que foram conduzidos em 9 ex- perimentos distintos constituídos pelos anos agrícolas de 2000/2001, 2001/2002 e 2005/2006, pelos municípios de Dourados e Aquidauana, sendo que os experimentos foram instalados na época das águas (Dourados)e também na época da seca (Dourados e Aquidauana). Cada local é constituído de município e uma época de instalação. Os resultados indicaram que o gráfico triplot e joint plot, facilitam o entendimento da interação tripla e traz ao pesquisador informações mais reais sobre a interação tripla, do que a modelagem AMMI de duas entradas; o gráfico triplot, ajuda a identificar genótipos, locais e anos estáveis, dentro de um grande grupo de genótipos, locais e anos; de uma maneira geral recomenda-se, utilizar o triplot e o joint plot juntos, para obter melhores interpretações dos resultados; dentre os genótipos estudados, o genótipo 6 é o que menos contribui para a interação e o os genótipos 12, 9 e 5 são os que mais contribuem para a interação. / The present work has the following objectives: to propose a systematics for the study and the interpretation of the phenotypic stability and adaptability, through several multiway models (PARAFAC and Tucker3); to propose a graphic, called of Triplot, that it makes possible to evaluate the relations between the 3 ways (genotypes, locations and years); to implement a computational routine for the data analysis, according multiway models; to implement a computational routine for the construction of Triplot. The used data are relative the experiments with 13 genotypes of beans that had been lead in 9 experimental distinct ones constituted by agricultural years of 2000/2001, 2001/2002 and 2005/2006, by Dourados and Aquidauana cities, where the experiments had been installed at the time of waters (Dourados) and also at the time of dries (Dourados and Aquidauana). Each location is constituted of city and time of installation. The results indicated that the graphic triplot and joint plot, facilitate the agreement of triple interaction and bring to the researcher more real information about triple interaction, of what AMMI model of two way; the graphic triplot, helps to identify stabels genotypes, locations and years, inside of a great group of genotypes, location and years; in a general recommend to use triplot and joint plot together, to get better interpretations of the results; the genotype 6 is what less contributes for the triple interaction and genotypes 12, 9 and 5 are the that more contribute for the interaction.

Saccharomyces cerevisiae é o organismo de escolha para produção de etanol combustível, apresentando-se adaptadas ao ambiente hostil das dornas de fermentação. Adaptações como floculação, formação de espuma e de biofilme são características fenotípicas indesejáveis ao processo brasileiro. Por isso, a pronta identificação destas características faz-se necessária no intuito de minimizar perdas de rendimento e diminuir o custo da produção. Sabe-se que proteínas codificadas pela família de genes FLO estão relacionadas a estes fenótipos, os quais são regulados pela proteína Flo8p, a qual possui papel fundamental na apresentação destas características fenotípicas indesejáveis. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivo analisar o fenótipo e o comportamento metabólico, relacionando-os com a regulação via Flo8p. Os resultados obtidos revelam o papel fundamental de Flo8p na regulação positiva destes fenótipos em linhagem isolada do ambiente industrial (FT02). Verificou-se uma forte tendência da participação do gene FLO11 na formação de espuma, via Flo8p. Além disso, através da deleção do FLO8 da linhagem FT02, observou-se a influência positiva de Flo8p na floculação e hidrofobicidade celular, filamentação e poder invasivo. / Saccharomyces cerevisiae is the chosen organism for fuel ethanol production, presenting adapted to the hostile environment of the fermentation vats. Adaptations like flocculation, d foam formation and biofilm are undesirable phenotypes for the Brazilian process. Hence, the early identification of these characteristics is necessary to minimize yield losses and lower the production cost. Proteins codified by FLO gene family are related with these phenotypes, which are positively regulated by Flo8p protein, showing fundamental role in the expression of the undesirable phenotypes. So, the present work aimed to analyze the phenotypes and the metabolic behavior of an industrial strain isolated directly from Brazilian ethanol production process (FT02), relating them with the Flo8p regulation. Our results showed that the Flo8p plays a fundamental role in the regulation of these characteristics in the industrial strain FT02. We also verified a strong tendency of the FLO11 gene participation in the foam formation, by Flo8p. Moreover, by FLO8 deletion in FT02 strain, we could identify the positive influences of the Flo8p in flocculation and cellular hydrophobicity, filamentation and invasive growth.

A família Baculoviridae é um grande grupo de vírus com cerca de 700 espécies de insetos hospedeiros, com dois fenótipos: o ODV (occlusion derived virion), que faz a infecção primária do intestino médio; e o BV (budded virus), responsável pela infecção sistêmica. No Brasil, o nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV) é utilizado como controle biológico da lagarta-da-soja Anticarsia gemmatalis. O genoma do AgMNPV-2D contém 152 ORFs, 26 das quais codificam proteínas estruturais. Entre elas, a glicoproteína GP64 é fundamental para infecção secundária. Este estudo visa identificar proteínas estruturais do AgMNPV-2D por duas abordagens de espectrometria de massas. Também comparar a variabilidade da gp64 de isolados geográficos por sequenciamento por Sanger e de alta cobertura. Assim, identificamos as substituições de gp64 e vimos que ela não suporta a separação geográfica dos isolados. Também identificamos 44 e 33 proteínas em ODV e BV, respectivamente. Seis novas proteínas foram identificadas no ODV e sete delas no BV. Além disso, 11 proteínas celulares foram identificadas no AgMNPV-2D, possivelmente necessárias para infecção. Este achado contribui para o entendimento da morfogênese do AgMNPV e fatores associados à multiplicação viral. / Baculoviridae are arthropod-specific viruses with more than 700 host insects, which produce two phenotypes: the budded virus (BV) and, the occlusion-derived virus (ODV) for intra and across host spread, respectively. Brazil uses the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) as a biological control agent of the velvet bean caterpillar (A. gemmatalis). The genome of the AgMNPV-2D carries 152 ORFs, 26 of which code for structural proteins. Herein, the structural proteins of AgMNPV-2D were analyzed by two mass spectrometry techniques. The additional objective was to compare the gene gp64. of different geographical populations by Sanger and next generation sequencing. This analysis allowed us to observe the substitutions of gp64 and refuted the notion of a geographical isolation of the samples. We also observed a total of 44 proteins of the ODV and 33 of the BV. Six new proteins were found in the ODV and seven in the BV. Furthermore, 11 cellular proteins were also identified, which are possibly assorted during viral morphogenesis. These findings may provide novel insights into AgMNPV biology and its host interaction, leading us to a better understanding about morphogenesis and also the associated factors of the viral multiplication.

Genome-wide association studies (GWAS) are a tool of high importance to associate genetic markers, genes and genomic regions with complex phenotypes and diseases, allowing to understand in details this regulation of gene expression as well as the genes, and then develop new techniques of diagnoses and treatment of diseases. Nowadays, the main genetic marker used in GWAS is the SNP (single nucleotide polymorphism), a variation that affects only one base of the DNA, being the most common type of variation between individuals and inside the genome. Even though there are multiple techniques available for GWAS, several complex traits still have unexplained heritability. To contribute to these studies, reference genetic maps are being created, such as the HapMap and 1000 Genomes, which have common genetic variants from world wide population (including European, Asian and African populations). In the last years, two solutions adopted to solve the missing heritability are to use different types of genetic variants and include the rare and population specific markers. Copy number variation (CNV) is a structural variant which use is increasing in GWAS in the last years. This variant is characterized for the deletion or duplication of a region a DNA and its length can be from few bases pair to the whole chromosome, as in Down syndrome. In collaboration of the Heart Institute (InCor-FMUSP), this work uses the dataset from Baependi Heart Study to establish a methodology to characterized the CNVs in the Brazilian population using SNP array data and associate them with height. This project uses the genetic and phenotype data of 1,120 related samples (family structure). For CNV calling, resources from the software PennCNV are used and methodologies of preprocessing, normalization, identification and other analysis are reviewed. The characterization of CNVs include information about location, size, frequency in our population and the patterns of inheritance in trios. The association of CNVs and height is made using linear mixed models and with information of family structure. The obtained results indicate that the Brazilian population has regions with variation in the number of copies that are not in the literature. General characteristics, such as length and frequency in samples, are similar to the information found in the literature. In addition, it was observed that the transmission of CNVs could not follow the Mendelian laws, since the frequency of trios which one parent has a deletion/duplication and the offspring is normal is higher than the frequency of trios with one parent and the offspring has a deletion/duplication. This work also identified a region on chromosome 9 that could be associated to height, being that carries of a duplication in this region can have the expected height dropped by approximately 3cm. / Estudos de associação genética (do inglês, Genome-wide association studies - GWAS) são uma ferramenta fundamental para associar marcadores genéticos, genes e regiões genômicas com doenças e fenótipos complexos, permitindo compreender em mais detalhes essa rede de regulação bem como mapear genes e, com isso, desenvolver técnicas de diagnóstico e tratamento. Atualmente, a principal variante genética utilizada nos estudos de associação é o SNP (do inglês, Single Nucleotide Polymorphism), uma variação que afeta apenas uma base do DNA, sendo o tipo de variação mais comum tanto entre os indivíduos como dentro do genoma. Apesar das diferentes técnicas disponíveis para os estudos de associação, muitas doenças e traços complexos ainda possuem parte de sua herdabilidade inexplicada. Para contribuir com estes estudos, foram criados banco de dados genéticos de referência, como o HapMap e o 1000 Genomes, que possuem representantes das variantes genéticas comuns das populações mundiais (européias, asiáticas e africanas). Nos últimos anos, duas das solucões adotadas para tentar explicar a herdabilidade de doenças e fenótipos complexos correspondem a utilizar diferentes tipos de variantes genéticas e incluir variantes raras e específicas para uma determinada população. O CNV (do inglês, Copy Number Variation) é uma variante estrutural que está ganhando espaço nos estudos de associação nos últimos anos. Essa variante é caracterizada pela deleção ou duplicação de uma região do DNA que pode ser de apenas alguns pares de bases até cromossomos inteiros, como no caso da síndrome de Down. Em parceria com o Instituto do Coração (InCor-FMUSP), este trabalho utiliza os dados do projeto Corações de Baependi para estabelecer uma metodologia para caracterizar os CNVs na população brasileira a partir de dados de SNPs e associá-los com a altura. O projeto inclui dados genéticos e fenótipos de 1,120 indivíduos relacionados (estruturados em famílias). Para a detecção dos CNVs, os recursos do software PennCNV são utilizados e metodologias de processamento, normalização, identificação e análises envolvidas são revisadas. A caracterização dos CNVs obtidos inclui informações de localização, tamanho e frequência na população e padrões de herança genética em trios. A associação dos CNVs com a altura é realizada a partir de modelos lineares mistos e utilizando informações sobre a estrutura de família. Os resultados obtidos indicaram que a população brasileira contém regiões (únicas) com variação no número de cópias que não estão identificadas na literatura. Características gerais dos CNVs, como tamanho e frequência no indivíduo, foram semelhantes ao que é apontado na literatura. Também foi observado que a transmissão de CNV pode não seguir as leis mendelianas, uma vez que a frequência de trios com um dos pais com deleção/duplicação e filho normal era superior à frequência dos trios com filho portador da mesma variação.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-07-27T15:17:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2407701 bytes, checksum: d731f7e46643bd5a5b354b8c0f5851c5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-27T15:17:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2407701 bytes, checksum: d731f7e46643bd5a5b354b8c0f5851c5 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A produção da cana-de-açúcar desempenha papel fundamental na economia do país. Para o desenvolvimento de variedades que atendam as necessidades atuais e também as necessidades futuras é essencial buscar métodos de fenotipagem que proporcionem maior facilidade de utilização, além de rapidez, exatidão e consistência. Visando contribuir para o desenvolvimento de novas estratégias de fenotipagem, esse trabalho teve como objetivo principal construir modelos de predição fenotípica utilizando calibração multivariada. Foram construídos modelos empregando regressão por quadrados mínimos parciais (PLS), regressão por componentes principais (PCR), Ridge Regression (RR- BLUP) e Lasso bayesiano (BLASSO) a partir de dados obtidos com espectroscopia na região infravermelho próximo (NIR) em diferentes tipos de amostras de cana-de-açúcar. Esses modelos foram construídos com o objetivo de predizer o teor de fibra (FIB), o teor de sacarose aparente (PC) e o teor de lignina (LIG). O conjunto de calibração foi composto por 166 clones e o de previsão por 20 clones. Os valores de FIB, PC e LIG variaram respectivamente de 8,36% a 22,53%, 1,78% a 16,89% e 13,79% a 21,08%. Os modelos RR- BLUP e BLASSO apresentaram coeficientes de correlação entre 0,70 e 0,91, valores superiores ou iguais aos dos modelos PLS, que por sua vez foram superiores aos dos modelos obtidos por PCR. Para predição de PC e FIB é aconselhável utilizar amostras de colmo devido ao maior poder preditivo além de ser mais viável devido à maior praticidade quando comparado com as amostras de bagaço. Foi possível construir um modelo eficiente para predizer LIG utilizando amostras de bagaço seco. Todos os modelos escolhidos apresentaram bom desempenho para ranquear os melhores clones de acordo com os caracteres em estudo, apresentando medidas elevadas de acurácia, medidas pequenas da taxa de falso positivo e boa precisão. / Sugar cane production plays an important role in the economy of a country. In order to develop varieties that meet the current and the future needs, it is essential to find phenotyping methods that are fast, exact, consistent and easy to be used. Aiming at contributing to the development of new phenotyping strategies, the objective of this study was to build models for phenotypic predictions using multivariate calibration. Models using regression by partial least squares (PLS), principal component regression (PCR), Ridge Regression (RR-BLUP) and Bayesian Lasso (BLASSO) were built, using data obtained with Near-Infrared Spectroscopy (NIRS) from different types of sugarcane samples. These models were constructed in order to predict the fiber (FIB), the apparent sucrose (PC) and lignin (LIG) contents. The calibration group was composed of 166 clones, and the prediction group was composed of 20 clones. The amounts of FIB ranged from 8.36% to 22.53%, from 1.78% to 16.89% for PC and from 13.79% to 21.08% for LIG. The RR-BLUP and BLASSO models showed correlation coefficients between 0.70 and 0.91. Those values are higher than or equal to the PLS models, which in turn were higher than those of the models obtained by PCR. For PC and FIB predictions, it is recommended to use cane stalk samples due to its greater predictive power and feasibility when compared to the bagasse samples. It was possible to build an efficient model to predict LIG using dry sugar cane bagasse samples. All selected models showed good performance when ranking the best clones according to the characters studied. Furthermore, the models presented high accuracy measurements, small false positive rate measurements and good accuracy.