Dans cette thèse, nous avons étudié l'influence de plusieurs variants génétiques situés dans les régions chromosomiques 5q31-q33, 6p21, et 17p12, pour lesquelles une liaison génétique avec des phénotypes de paludisme a été montrée.Les gènes NCR3 et TNF, qui sont situés dans la région chromosomique 6p21, ont été associés au paludisme dans une population vivant au Burkina Faso. Nous avons répliqué ces études dans une population congolaise afin deconfirmer les associations des polymorphismes avec les accès palustres simples et la parasitémie symptomatique. Nos résultats montrent que le polymorphismeNCR3-412 est associé avec les accès palustres simples au Congo, et que les polymorphismes TNF-308, TNF-244, et TNF-238 sont associés avec les accès palustres simples ou la parasitémie symptomatique. En outre, nos analyses bioinformatiques suggèrent que les polymorphismes TNF-244 et TNF-238 agissent en synergie pour modifier le site de fixation pour au moins un facteur de transcription.Les deux gènes HS3ST3A1 et HS3ST3B1, qui sont situés dans la région chromosomique 17p12, sont impliqués dans la biosynthèse des heparanes sulfates. Dans cette étude, nous avons étudié l'association d’un polymorphisme situé dans le promoteur de HS3ST3A1 avec les accès palustres simples et la parasitémie symptomatique, et n’avons détecté aucune association. Nous avons étudié en outre le gène NDST1, situé dans la région chromosomique 5q31-q33, et qui code également pour une enzyme impliquée dans la voie héparane sulfate. Des résultats préliminaires encourageants soutiennent l'hypothèse que la variation génétique de NDST1 influence la parasitémie asymptomatique. / In this thesis, we investigated the influence of some genetic variants located within chromosomes 5q31-q33, 6p21, and 17p12, which have been shown to be linked to malaria phenotypes. The genes NCR3 and TNF, which are located in the chromosomal region 6p21, have been reported to be associated with malaria in Burkina Faso population. We have replicated those studies in Congolese population to evaluate the associations of the SNPs in those genes with mild malaria attack and Plasmodium parasitemia. The results showed that the variant NCR3-412 is associated with mild malaria in Congo, and TNF-308, TNF-244, and TNF-238 are associated with mild malaria attack, maximum parasitemia, or both. In addition, bioinformatic studies suggest that TNF-244 and TNF-238 synergise to alter the binding of transcription factors.The two genes HS3ST3A1 and HS3ST3B1, which are located in chromosomal regions 17p12, are involved in the heparan sulfate proteoglycan biosynthesis. In this study, we further investigated the association of the polymorphisms in these genes with mild malaria attack and maximum parasitemia. However no association was found. We further studied the NDST1 gene, which is located within chromosome 5q31-q33, and which encodes the bifunctional enzyme N-deacetylase/ N-sulfotransferase 1, and also participates in the heparan sulfate synthesis . Encouraging results support the hypothesis that NDST1 variation influence controlling parasitemia. Further association and functional studies are needed to validate the role of NDST1 in malaria infection. More generally, the enzymes involved in the heparan sulfate pathway might play a key role in controlling malaria infection.

Le vieillissement cérébral normal est caractérisé par un déclin progressif de la capacité de traitement des informations en particulier dans le système de la mémoire de travail. Il apparaît donc essentiel d'explorer l'organisation corticale cérébrale sous-jacente au mécanisme de la mémoire de travail dont l'évaluation est rendu possible par l'imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf). Les objectifs de notre travail ont consisté à identifier, dans une large cohorte d'individus âgés en bonne santé, les réorganisations des réseaux neuronaux en relation avec (i) l'augmentation de la difficulté d'une tâche de mémoire de travail, (ii) l'âge des individus au cours de la tâche et (iii) la performance de la tâche pendant un état de repos. Trois cent quatre-vingt participants âgés (82 ans, 56% femmes) issus de la cohorte des Trois Cités de Montpellier ont été sélectionnés pour réaliser un examen d'IRMf comprenant une tâche de DIR (reconnaissance d'item en élément différé) et un état de repos. La tâche de DIR s'organisait en trois phases : (i) présentation – une, trois ou six lettres – (ii) rétention – écran blanc – et (iii) réponse – après la présentation d'une lettre cible, le participant indique si cette lettre cible faisait partie ou non de l'ensemble de départ. Dans une première partie, après avoir localisé les régions activées lors des trois phases de la tâche, nos analyses de covariance ont pu identifier, simultanément à la difficulté croissante de la tâche, une augmentation de l'activation dans les réseaux du central exécutif et de saillance pendant les trois phases de la tâche ainsi qu'une diminution dans le réseau du mode par défaut pendant la phase de stimulation et dans les régions limbiques et des ganglions de la base pendant la phase de rétention. Ces résultats suggèrent une interaction entre les réseaux d'augmentation et de diminution. Dans une deuxième partie, nous avons exploré l'effet de l'âge sur l'augmentation de l'activité simultanément avec la difficulté croissante de la tâche. Pendant la phase de stimulation, une réduction de l'activation dans le lobule pariétal gauche a été identifiée chez les individus très âgés par rapport aux individus âgés jeunes suggérant la mise en jeu d'un décalage antéro-postérieur lorsque l'âge augmente. Dans une troisième partie, les réseaux impliqués dans la mémoire de travail (central exécutif, saillance et mode par défaut) ont été mis en évidence pendant l'état de repos. Notre travail a montré que la connectivité fonctionnelle et la performance sont corrélées par : (i) une réduction au sein des réseaux de saillance et du mode par défaut suggérant une altération des processus mémoriels et attentionnels et (ii) une augmentation au sein du réseau du central exécutif évoquant l'implication d'un processus compensatoire. L'ensemble de ces résultats indiquent la présence de réorganisations cérébrales des réseaux neuronaux (saillance, central exécutif et mode par défaut) sous-tendant la mémoire de travail au cours du vieillissement cérébral normal. / Normal brain aging is characterized by a progressive decline in information processing ability in particular in the system of working memory. Therefore, it is essential to examine neural substrates underlying the working memory system which can be assessed by functional magnetic resonance imaging (fMRI). The aim of our work is to explore, in a large cohort of healthy elderly individuals, reorganizations in the networks in relation to (i) increase task load during a DIR (delayed item recognition) task, (ii) age during increase DIR task load and (iii) the performance in the DIR task during a resting state. Three hundred and eighty elderly participants (82 years, 56% women) from the Three-City cohort in Montpellier have been selected to perform an fMRI exam including a DIR task and a resting state. DIR task consisted of three phases: (i) stimulation – presentation of one, three or six letters - (ii) retention - blank screen to hold the stimulus items in mind - and (iii) probe - after the presentation of a target letter, the participant indicates whether or not this probe matched a letter in the study array. In the first work, using a covariance analysis, we observed, when the difficulty of the DIR task increases, simultaneously increased activation in salience and central executive networks during three phases separately of the DIR task and decreased activation in DMN during stimulation phase and in limbic regions and deep grey nuclei during retention phase. It may be hypothesized that salience and central executive networks interact in a complex way with DMN and limbic regions and deep grey nuclei. In the second work, age effects on load-dependent increases activations of the task were explored. Reduced activation in the left parietal lobe was identified in very old individuals compared to young old individuals during the stimulation phase suggesting an involvement of posterior–anterior shift with increasing age. In the third work, networks implicated in working memory (central executive, salience and the default mode networks) were highlighted by independent component analysis during the resting state. Our findings have confirmed that the functional connectivity and performance are related by: (i) a decreased in the both salience and the default mode networks and (ii) an increased in the central executive network. We can suggest that the decreased functional connectivity within the salience and the default mode networks could be due attentional and memory processes alterations and/or altered motivation. The increased functional connectivity within the central executive network could be related to compensatory mechanisms meanwhile elders would perform more poorly. All of these studies indicate that brain reorganizations of neural networks (salience, central executive and default mode) underlying working memory in normal brain aging.

En Corée, les quartzs sont utilisés intensivement parmi les matières premières au cours de toutes les périodes du Paléolithique. Nous souhaitons vérifier les caractéristiques ou les différences des fonctions d’outils en quartz selon les sites paléolithiques de périodes différentes et de diverses régions par des analyses fonctionnelles. Nous avons également étudié les variations dans l’utilisation d’un type d’outil particulier en fonction des sites : nous avons sélectionné le grattoir. Par les résultats de l'analyse fonctionnelle, des différences d’utilisations des outils en quartz entre les niveaux ne sont pas attestées, il existe une continuité dans l’utilisation au fil des niveaux. Cependant, les utilisations de l’outil en quartz sont légèrement différentes entre les sites analysés. La plupart des grattoirs ont été utilisés dans le travail de la peau. Cependant, nous pouvons observer des traces formées par une variété de tâches sur les grattoirs grands et épais. Autrement dit, nous pouvons attester que l'on utilise les grattoirs différemment en fonction de leurs dimensions. Sur la base de ce travail, d’autres études devraient être effectuées afin de trouver une réponse plus précise sur l’absence de changement entre les niveaux de nos sites d’étude. / It is necessary to examine quartz tools for understanding the Palaeolithic culture in Korea. It is difficult to identify the temporal change pattern of raw materials, assemblages and production techniques of stone tools found in the Palaeolithic sites in Korea ranging from the early to late Palaeolithic, because most stones tools uncovered from these sites are made of quartz. Therefore, this research raises two questions: Is it be possible that the use-wear analysis could reveal the functional change patterns of stone tools in accordance with production dates and environmental changes? How it can be detected the peculiar characteristics of the particular tools found in each site? The results of the use-wear analyses to each cultural layer show no clear temporal differences of raw materials, assemblages and uses of lithic tools. The sites where the excavated tools were mainly composed of quartz exhibited the successive patterns rather than the particular changes between cultural layers. The use-wear analysis suggest that most end-scrapers were used for processing hides. However, it could be observed use-wear pattern formed by processing woods and antlers in large-sized end-scrapers. Therefore, it can be inferred that the use of end-scrapers depended on the size of these tools; but it seems that small-sized end-scrapers produced in the late Palaeolithic were closely related to work hide. In order to seek more clear answers to this result, it will be needed to conduct analyses on many Palaeolithic sites dating to the transitional era distributed in different regions and on the sites yielding tools made of different raw materials. / 선사고고학은 기본적으로 선사인들의 생활과 환경에 대해 이해하기 위한 학문으로, 석기를 왜 만들고, 어떻게 사용했는가 ? 라는 기초적인 질문을 가진다. 다양한 연구 방법 가운데 석기에 남겨진 흔적을 연구하는‘쓴자국 분석’을 바탕으로 이에 대한 해답을 찾고자 한다. 한국에서는 시대와 지역이 다른 대다수의 구석기 유적에서 석영 석기가 높은 비율로 출토된다. 그렇기 때문에 한국의 구석기 문화에 대한 이해를 하기 위해서는 반드시 석영 석기에 대한 이해가 필수적이다. 이번 연구에서는 석영 석기에 대한 쓴자국 분석의 가능성을 확인하고 이를 통해 한국 구석기 유적에서 출토되는 석영석기의 기능과 시기와 환경에 따른 차이를 확인하고자 한다. 그리고 석영석기가 주를 이루는 한국의 구석기 유적에서는 구석기시대 전기에서 후기에 이르기까지 돌감, 석기의 구성, 제작기술 등에 있어 시기적인 변화와 특징을 확인하기 어렵기 때문에 쓴자국 분석을 통해 시기, 환경에 따른 석기의 기능에 있어서 차이 또는 특징들을 확인할 수 없는가? 그리고 유적에 따른 특정 도구의 사용에 차이 또는 특징들이 있는가? 라는 질문으로 시작한다. 그리고 석영석기에 대한 이해를 위해 다양한 실험을 통해 여러 작업재료에 따른 흔적들의 특징을 이해한다.먼저 여러 유물층이 확인되는 김포 풍곡리, 동탄 오산리와 청계리 구석기 유적의 석기들에 대해 분석 및 비교를 하였다. 그 결과 시간의 흐름에 따른 유물층에서는 사용되는 돌감, 석기구성과 사용 등에 있어 각 문화층에 따른 특징적인 차이를 명확하게 확인할 수 없었다. 쓴자국 분석을 통해 차이를 확인하고자 하였으나 석영 석기를 주로 사용하는 유적에서는 유적내 유물층 사이에서는 특별한 변화보다는 연속적인 양상을 볼 수 있었다. 도구와 유적의 기능과의 관계를 이해하기 위해 유적에서 출토되는 다양한 석기 가운데 지역과 시기에 상관없이 주로 출토되는 석기인 밀개에 대한 분석을 위해 7개 유적에서 출토된 밀개를 분석, 비교를 하였다. 그 결과 대부분의 밀개들이 가죽작업에 특징적으로 사용되었던 도구였을 것으로 짐작할 수 있다. 다만 크기가 큰 밀개의 경우 나무, 뿔 등 다양한 작업에 의해 형성된 흔적들을 볼 수 있었다. 즉, 밀개는 도구의 크기에 따라 다르게 사용이 이루어진 것으로 볼 수 있으나 후기 구석기 시대의 작은 크기의 밀개는 가죽 작업과 밀접한 관계가 있는 것으로 보인다. 일부 분석 유적들은 시기적으로는 후기에 해당하는 유적이지만, 후기 구석기로의 돌감선택, 도구의 소형화 등의 전환기적 특징이 확인되지 않았다. 또한 이번 분석 결과를 통해 석영 석기가 주로 출토되는 구석기 유적에서는 시간의 흐름에 따른 지속성을 확인 할 수 있었다. 이러한 결과가 분석이 이루어진 지역적인 특징인지, 석영이라는 돌감의 사용과 관련된 것인지에 대한 연구가 필요하며, 이를 바탕으로 유적의 지속적인 양상들에 대한 좀 더 명확한 해답을 찾기 위해서는 전환기에 해당하는 여러 지역의 다양한 구석기 유적들에 대한 분석과 석영이 아닌 다른 돌감이 주로 활용된 유적에 대한 연구와 비교가 더 필요하다.

L'épilepsie affecte en France environ 500 000 personnes, parmi lesquelles environ un tiers présente une pharmaco-résistance. Pour ces patients, une chirurgie peut être envisagée, qui consiste en la résection de la région cérébrale à l'origine des crises, également appelée « zone épileptogène » (ZE). Le succès du traitement chirurgical repose à la fois sur la possibilité de bien circonscrire la zone nécessaire et suffisante à la survenue des crises, mais aussi sur l'identification du potentiel rôle fonctionnel du tissu cérébral situé dans ou à proximité de cette zone, afin d'éviter que l'intervention engendre des déficits cognitifs.Dans ce travail de thèse, nous nous sommes penchés sur des signaux électrophysiologiques entre 80 et 500 Hz, appelés oscillations haute fréquence (HFO), qui ont été récemment désignés comme pouvant être de nouveaux marqueurs de la ZE, et sur leurs analogues, les HFO physiologiques, qui semblent quant à eux être impliqués dans des processus cognitifs. Nous avons tenté d'identifier des paramètres permettant de distinguer ces deux classes de HFO. Alors que ces signaux sont à l'heure actuelle essentiellement enregistrés en EEG intracérébral (SEEG pour stéréo-électro-encéphalographie), nous avons également exploré la possibilité de les étudier en Imagerie par Résonnance Magnétique fonctionnelle simultanément à la SEEG, ce qui pourrait permettre à l'avenir d'en obtenir une cartographie sur l'ensemble du cerveau. La vocation générale de ces travaux est de participer à la compréhension et l'amélioration de l'étude des HFO pathologiques et physiologique, afin d'optimiser leur utilisation pour la chirurgie des épilepsies pharmaco-résistantes / Epilepsy affects 500 000 persons in France, among which about 30% will continue to have seizure despite medication. For those patients, a surgical treatment can be proposed, that consists in removing the brain region causing seizures, namely the “epileptogenic zone” (EZ). To achieve a good surgical outcome, it is necessary to identify the zone that is both necessary and sufficient for seizure start, but also, to identify the function of the brain tissue that is located close to this zone, to avoid eventual cognitive deficits.In this thesis, we were interested in the electrophysiological activities between 80 and 500 Hz called high frequency oscillations (HFO), that were recently identified as new markers of the EZ, and the analogous physiological HFO that seem to be implicated in cognitive processes. We tried to identify features that could enable to distinguish between this to class of HFO. While these activities are still mainly recorded with intra-cerebral electro-encephalography (icEEG), we also explored the possibility to study them with functional Magnetic Resonance Imaging, simultaneously with icEEG. This method could, in the future, enable to get a HFO mapping over the whole brain. The aim of this work is to participate in the comprehension and exploration improvement of pathological and physiological HFO, to enhance their use in intractable epilepsy surgery

Dans cette thèse nous présentons des progrès algorithmiques ainsi que plusieurs applications des méthodes de Monte Carlo quantique (QMC) pour simulations à partir des premiers principes. Les améliorations que nous proposons permettent d'étudier par QMC des systèmes de plus grosse taille voire périodiques, avec l'ambition de faire du QMC une alternative valable à la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT). Tous les résultats ont été obtenus par le logiciel TurboRVB. D'abord, nous présentons une implémentation du QMC basée sur la fonction d'onde Jastrow-Geminale qui combine une grande flexibilité avec un traitement précis des corrélations électroniques. On a appliqué une technique originale de plongement pour réduire la taille de la base atomique à la molécule d'eau ainsi qu'à un modèle simplifié du transfert de protons (TP) dans l'eau. Nos résultats ouvrent la voie à l'étude des phénomènes microscopiques tels que le TP directement par QMC. Ensuite, on a amélioré notre méthode afin de simuler les solides cristallins. Grâce à une nouvelle procédure pour choisir de manière appropriée les conditions aux limites, nous avons pu réduire les erreurs de taille finie qui affectent les simulations QMC des solides. Sur la base des techniques développées, nous étudions enfin le supraconducteur FeSe. Le QMC fournit le meilleur résultat concernant sa structure cristalline; via une étude systématique du paysage énergétique à différentes configurations magnétiques, nous montrons un lien fort entre la structure, le magnétisme et les mouvements de charge dans ce matériau, prélude à une compréhension quantitative de la supraconductivité à haute température des premiers principes. / In this thesis we present algorithmic progresses as well as applications of continuum quantum Monte Carlo (QMC) methods for electronic structure calculations by first principles. The improvements we propose allow to tackle much larger molecular as well as extended systems by QMC, with the ultimate goal of making QMC a valid alternative to density functional theory (DFT). All results have been obtained with the TurboRVB software, which we contributed to develop. At first, we present a QMC framework based on the Jastrow-Geminal wavefunction which combines great flexibility with a compact analytical form, while providing at the same time an accurate treatment of electron correlations. We apply an original atomic embedding scheme for reducing the basis set size to the water molecule and to a simple model of proton transfer (PT) in aqueous systems. Our results pave the way to the study of microscopic phenomena such as PT directly by QMC. Afterwards, we extend our QMC framework in order to simulate crystalline solids. We propose a novel procedure to find special values of the boundary conditions which allow to greatly reduce the finite-size errors affecting solid state QMC simulations. Using the techniques previously developed, we study the iron-based superconductor FeSe. We show that QMC provides the best crystal structure predictions on this compound; by means of a systematic study of the energy landscape at different magnetic orderings, we show a strong link between structural, magnetic and charge degrees of freedom in FeSe. Our results represent an important step towards a quantitative understanding of high-temperature superconductivity by first-principles.

Corynebacterium pseudotuberculosis est une bactérie pathogène intracellulaire facultative, divisée en deux biovars : C. pseudotuberculosis ovis, agent de la lymphadénite caséeuse (petits ruminants), et C. pseudotuberculosis equi, responsable de lymphangites ulcéreuses (chevaux), mammites (bovins) et d’œdèmes cutanés (buffles). La génomique fonctionnelle a pour but d'élucider le rôle que joue chaque gène dans l'organisme, ainsi que l'interaction de ces gènes dans un réseau biologique. Au cours de ce travail de thèse, différentes stratégies protéomiques ont été adoptées pour l’étude fonctionnelle du génome de C. pseudotuberculosis : i) l’analyse du protéome extracellulaire des souches 1002_ovis et C231_ovis a permis la caractérisation totale de 60 protéines différentes de C. pseudotuberculosis dont 18 protéines sont régulées différemment ;ii) le protéome de la souche 1002_ovis été analysé en réponse au stress nitrosant révélant 58 protéines différentiellement régulées et impliquées dans différents processus biologiques susceptibles de favoriser la survie à ce stress ; iii) les souches 1002_ovis et 258_equi ont été utilisées pour induire des infections expérimentales sur modèle souris. L’analyse de leur protéome extracellulaire avant et après passage en série sur souris a permis d’identifier 250 protéines différentiellement régulées touchant diverses fonctions. Pour conclure, ce travail a permis de générer une base de données de protéines et de valider la fonctionnalité de différents gènes jusqu’alors prédits in silico seulement et des informations importantes sur les facteu / Corynebacterium pseudotuberculosis is a facultative intracellular pathogenic bacterium, subdivided into two biovars: C. pseudotuberculosis ovis, agent of caseous lymphadenitis (small ruminants), and C. pseudotuberculosis equi, which causes ulcerative lymphangitis (equines), mastitis (bovines), and oedematous skin disease (buffalos). Functional genomics aims to elucidate the role that each gene plays in organism, as well as the interactions of these genes into a biological network. In this PhD work, various proteomic approaches were used to evaluate the functional genome of C. pseudotuberculosis: i) the analysis of the exoproteome of strains 1002_ovis and C231_ovis enabled the characterization of 60 proteins of C. pseudotuberculosis of which 18 were differentially regulated; ii) the proteome of the strain 1002_ovis was analyzed after a nitrosative stress revealing 58 proteins differentially regulated when compared to the control conditionsThese 58 proteins are involved in different biological processes which may favor the survival of this pathogen under exposition to nitrosative stress; iii) the strains 1002_ovis and 258_equi were used in a murine model of experimental infection. A comparative analysis of their extracellular proteomes before and after passage in mice revealed that 250 proteins ibnvolved in various functions were differentially regulated in C. pseudotuberculosis. Altogether, this PhD work allowed the generation of a protein data base, as well as the validation of several genes previously predicted in silico, and generated information about factors that fa

Une tumeur est un environnement complexe comprenant à la fois des composants immunitaires et non immunitaires. Dans notre équipe, nous avons démontré précédemment le rôle des structures lymphoïdes tertiaires (TLS) dans les cancers du poumon, dans la génération de réponses anti-tumorales protectrices. Cependant, les tumeurs peuvent se développer en utilisant des mécanismes d’immunosuppression tels que l’infiltration des cellules T régulatrices (Tregs) dans le microenvironnement tumoral. Cette thèse a étudié le mécanisme présumé des Tregs dans la régulation des réponses immunitaires dans le cancer du poumon. Cette étude démontre la présence de Tregs FoxP3+ dans les TLS aussi bien que dans les autres régions tumorales. Les Tregs infiltrant la tumeur (Ti-Tregs) présentent un phénotype de lymphocytes T à mémoire centrale, et effecteur mémoire. Ces cellules expriment un vaste répertoire de molécules d’activation et de « chekpoints » immunologiques. L’analyse de l’expression des gènes et des résultats de cytométrie en flux a montré que les Tregs expriment des marqueurs de co-stimulation et de co-inhibition. Une forte densité de Ti-Tregs dans les TLS ou les autres régions tumorales, est associée à une faible survie des patients. Lorsqu’on combine ce résultat avec la densité de DC matures ou lymphocytes B associés aux TLS ou CD8+, un groupe de patients présentant de faible densités de ces cellules mais de fortes densités en Tregs a le pronostic le moins favorable avec le plus grand risque de décès. Les Tregs créent un environnement immunosuppresseur dans les cancers pulmonaires. Ce mécanisme pourrait être une explication de la réduction observée de la survie de ces patients. / Tumor comprise complex niche of the immune and non-immune components. The complex interaction between the tumor cells with its environment turns into either eradication or the growth and metastasis of the tumors. We have previously demonstrated the role of TLS (tertiary lymphoid structures) in lung tumors, in protective anti-tumor responses. Despite of this, tumors do develop via exploiting the regulatory mechanisms, particularly includes, infiltration of the Tregs (regulatory T cells). The aim of thesis was to study the putative role of Tregs in regulating the immune responses in lung cancer. This study strongly demonstrates the presence of FoxP3+ Tregs in the TLS as well as non-TLS areas of the lung tumors. Tregs mainly exhibit central and effector memory phenotype expressing vast repertoire of the activation and immune checkpoint molecules. The gene expression and flow cytometry data showed that Tregs express the co-stimulatory and inhibitory markers which are known to be involved in the their activation and immune suppression. The high density of the Ti-Tregs either in TLS or in nonTLS areas is associated with the poor survival of the NSCLC patients. When combined with the density of TLS mature DC or B cells or CD8+ T cells, a group of patients with the low DC, B cells and CD8+ T cells but high Tregs densities, had the worst clinical outcome. This allowed, to identify the NSCLC patients with highest risk of death. Thus, it be concluded that the Tregs create the immunosuppressive environment in the lung tumors by acting in both TLS and nonTLS areas of the tumors and thus could be possible reason for the reduced survival of the lung cancer patients.

Chez les patients souffrants d’épilepsie du lobe temporal (ELT), des troubles cognitifs sont fréquemment décrits. Toutefois, certaines capacités cognitives restent à ce jour peu explorées dans le domaine de la recherche en épileptologie et non évaluées en pratique clinique, telles que les capacités de cognition sociale. Pourtant, des difficultés psychosociales et psychocomportementales ainsi qu’une altération de la qualité de vie (notamment dans sa dimension sociale) sont relevées chez les patients ELT et elles pourraient être en relation avec des perturbations de la cognition sociale. Par ailleurs, les anomalies cérébrales retrouvées chez ces patients, situées à proximité mais également plus à distance du foyer épileptique, comprenent des structures sous-tendant les capacités de cognition sociale. Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse était la caractérisation des capacités de cognition sociale des patients ELT d’un point de vue comportemental et en neuroimagerie. Les études comportementales menées ont permis de préciser l’impact d’une ELT unilatérale sur les capacités de cognition sociale. Il est notamment mis en évidence chez les patients ELT : (i) des troubles de reconnaissance émotionnelle en modalité visuelle et auditive associés à la présence de biais émotionnels, (ii) une modification de l’expérience émotionnelle, et (iii) des déficits de théorie de l’esprit (TdE) plus particulièrement prononcés sur le versant affectif de cette capacité. Certaines caractéristiques cliniques (âge de début, durée, latéralité de l’épilepsie, présence d’une sclérose hippocampique) peuvent moduler la sévérité de ces troubles. Par ailleurs, ces troubles sont associés à certaines perturbations psychocomportementales (anhédonie, apathie, modifications de l’affectivité et de l’empathie) et à une altération de la qualité de vie des patients. Sur base de ces études comportementales, nous avons identifié que les troubles de TdE apparaissent fréquents, affectant plus de 80% des patients ELT. Une étude en neuroimagerie fonctionnelle et l’analyse de données d’imagerie structurelle préliminaires ont permis de préciser l’impact d’une ELT sur le réseau cérébral sous-tendant les capacités de TdE. Nous relevons notamment que chez les patients ELT mésial avec sclérose hippocampique, les troubles de TdE semblent liées à des anomalies cérébrales situées principalement à distance du foyer épileptique, dépendantes de la latéralité de l’ELT et modulées par l’âge de début et la durée de l’épilepsie. En conclusion, dans une perspective de compréhension et de prise en charge globale des patients ELT, il convient de ne pas négliger l’étude des troubles de cognition sociale chez ces patients, et leur évaluation en pratique clinique devrait être plus systématique. / In patients suffering from temporal lobe epilepsy (TLE), cognitive disorders are frequently described. However, until now some cognitive capacities remain poorly explored in the field of epileptology research and not evaluated in clinical practice, such as social cognition capacities. However, psychosocial and psychobehavioral difficulties and an impaired quality of life (particularly in its social dimension) are raised in TLE patients and could be related to social cognition disorders. Furthermore, the cerebral abnormalities found in TLE patients, located close to the epileptic focus and also in more distant regions, include structures that support social cognition capacities. In this context, the general objective of this thesis was the characterization of social cognition capacities in TLE patients from a behavioral and neuroimaging point of view. Behavioral studies have allowed to specify the impact of unilateral TLE on social cognition capacities. It is notably identified in TLE patients: (i) emotion recognition disorders in both visual and auditory modality associated with emotional biases, (ii) changes in emotional experience, and (iii) theory of mind (ToM) disorders especially affecting the affective dimension of this capacity. Some clinical characteristics (age at onset, duration, laterality of epilepsy and presence of hippocampal sclerosis) can modulate the severity of these disorders. Furthermore, these disorders are associated with several psychobehavioral disorders (anhedonia, apathy, modified affectivity and empathy) and a worse quality of life for patients. On the basis of behavioral studies, it is identified that ToM impairments appear common, affecting more than 80% of TLE patients. A functional neuroimaging study and preliminary structural imaging data analysis have allowed to specify the TLE impact on the cerebral network underlying the ToM capacities. It is notably identified that in mesial TLE patients with hippocampal sclerosis, ToM disorders mainly reflect cerebral abnormalities located in distant cerebral regions from the epileptic focus, dependent of the laterality of epilepsy and modulated by the age at onset and the duration of epilepsy. In conclusion, in order to improve the understanding and the overall care of TLE patients, the investigation of social cognition disorders in these patients should not be neglected, and their assessment in clinical practice should be more regular.

Cette thèse présente plusieurs aspects de la physique des systèmes élastiques désordonnés et des méthodes analytiques utilisées pour les étudier. On s’intéressera d’une part aux propriétés universelles des processus d’avalanches statiques et dynamiques (à la transition de dépiégeage) d’interfaces élastiques de dimension arbitraire en milieu aléatoire à température nulle. Pour étudier ces questions nous utiliserons le groupe de renormalisation fonctionnel. Après une revue de ces aspects,nous présenterons plus particulièrement les résultats obtenus pendant la thèse sur (i) la structure spatiale des avalanches et (ii) les corrélations entre avalanches.On s’intéressera d’autre part aux propriétés statiques à température finie de polymères dirigés en dimension 1+1, et en particulier aux observables liées à la classe d’universalité KPZ. Dans ce contexte l’étude de modèles exactement solubles a récemment permis de grands progrès. Après une revue de ces aspects, nous nous intéresserons plus particulièrement aux modèles exactement solubles de polymère dirigé sur le réseau carré, et présenterons les résultats obtenus pendantla thèse dans cette voie: (i) classification des modèles à température finie sur le réseau carré exactement solubles par ansatz de Bethe; (ii) universalité KPZ pour les modèles Log-Gamma et Inverse-Beta; (iii) universalité et nonuniversalitéKPZ pour le modèle Beta; (iv) mesures stationnaires du modèle Inverse-Beta et des modèles à température nulle associés. / This thesis presents several aspects of the physics of disordered elastic systems and of the analytical methods used for their study.On one hand we will be interested in universal properties of avalanche processes in the statics and dynamics (at the depinning transition) of elastic interfaces of arbitrary dimension in disordered media at zero temperature. To study these questions we will use the functional renormalization group. After a review of these aspects we will more particularly present the results obtained during the thesis on (i) the spatial structure of avalanches and (ii) the correlations between avalanches.On the other hand we will be interested in static properties of directed polymers in 1+1 dimension, and in particular in observables related to the KPZ universality class. In this context the study of exactly solvable models has recently led to important progress. After a review of these aspects we will be more particularly interested in exactly solvable models of directed polymer on the square lattice and present the results obtained during the thesis in this direction: (i) classification ofBethe ansatz exactly solvable models of directed polymer at finite temperature on the square lattice; (ii) KPZ universality for the Log-Gamma and Inverse-Beta models; (iii) KPZ universality and non-universality for the Beta model; (iv) stationary measures of the Inverse- Beta model and of related zero temperature models.

Nos travaux ont un double objectif : (1) analyser conjointement les indicateurs afin de qualifier la relation entre leurs développements d’après les sollicitations fonctionnelles ; (2) étudier les modes d’exécution des activités d’un ensemble funéraire collectif vauclusien, l’hypogée des Boileau. Nous avons élargi cette étude à l’échelle départementale avec quatre gisements funéraires : les hypogées du Capitaine et de Roaix et le dolmen de l’Ubac. Le but est d’appréhender l’homogénéité ou la spécificité des comportements entre sujets et séries grâce aux différents indicateurs sur la majorité des os longs. L’étude des adaptations structurales a bénéficié de l’approche tomographique. Aucune relation directement due aux sollicitations n’a été mise en évidence entre les indicateurs.Les activités des sujets de l’hypogée des Boileau sont bilatérales et la pratique d’activités spécialisées n’a pas été mise en évidence. Les femmes ont un investissement physique similaire à celui des hommes pour le membre supérieur avec toutefois quelques différences comportementales. Les hommes sont plus mobiles et la posture récurrente du membre inférieur est différente par rapport aux femmes. La posture accroupie a été observée chez les deux sexes. Nous proposons l’existence d’une division sexuelle des tâches.La comparaison inter-échantillon indique une homogénéité comportementale avec quelques nuances selon les sites concernant principalement la posture du membre inférieur et les muscles sollicités du membre supérieur. Nos travaux apportent un nouvel éclairage sur les indicateurs de l’activité et le comportement des populations du Néolithique final. / Our work has two aims. First, the joint analysis of the indicators in order to qualify the relationship between their developments based on the mechanical loads. Then, the study of the behavioral patterns of one collective funeral deposit in Vaucluse: the hypogeum of Boileau. Then, we expand the study at the departmental scale while comparing four funeral deposits: the Capitaine and Roaix hypogeums and the dolmen of the Ubac. The goal is to apprehend the homogeneity or the specificity of behaviors between subjects and samples through the various indicators thanks to the long bones. No relationship due to mechanical loads aroused between the indicators. Their developments are not influenced by the presence of another one and do not infer it. Indicators bring complementary information on a global skeleton or a smaller scale.The activities of the Boileau hypogeum subjects are bilateral and specialized activities is difficult to prove. Males have a physical investment equal to females for the upper limb with a few behavioral differences. Men are more mobile and their recurring postural mode for the lower limb is different. The squatting posture is common for both sexes. We propose a sexual division of labor.Inter-samples stressed a behavioral uniformity with a few nuances depending of the samples along the postural mode of the lower limb and the solicited muscles of the upper limb. The terrain has no real impact on the robusticity of the lower limb for all the samples. The artifacts in the burials cannot be used to reconstruct the behavioral patterns.Our work shed light on occupational markers and the data behavioral patterns of late Neolithic populations.