Il a été montré que les oiseaux forestiers sont affectés par leur environnement local, mais également par les caractéristiques du paysage environnant. Ainsi, la structure des communautés des peuplements résiduels de milieux agroforestiers fortement fragmentés peut être altérée par rapport à celles de paysages moins fragmentés. Dans ces milieux, la prédation et le parasitisme par le Vacher à tête brune (Molathrus ater) peuvent également affecter le succès de reproduction des oiseaux forestiers des peuplements résiduels. Dans le contexte de paysages forestiers aménagés à des fins de foresterie, il est ainsi possible que la perte d'habitat et la fragmentation influencent également la structure des communautés aviaires ainsi que leur reproduction. Or, les effets de ces deux phénomènes ont jusqu'à maintenant été moins documentés que dans les territoires forestiers modifiés par l'agriculture ou le développement urbain. Le premier chapitre de ce mémoire analyse la structure et la composition des communautés d'oiseaux dans les habitats résiduels de territoires aménagés, en forêt boréale mixte de la Haute-Mauricie, Québec, Canada. Le deuxième chapitre porte une attention particulière sur l'occupation d'habitat et l'activité reproductrice d'une espèce associée aux forêts matures, le Roitelet à couronne dorée (Regulus satrapa). L'objectif est de vérifier les effets des conditions locales et du contexte du paysage sur la composition des communautés aviaires des peuplements résiduels ainsi que sur la densité de territoires, l'activité reproductrice et le succès de nidification des Roitelets à couronne dorée. Entre 2006 et 2009, des points d'écoute et de la repasse de chants ont permis de répertorier plus de 86 espèces dans 72 stations d'échantillonnage. De plus, le succès d'appariement et d'envol des juvéniles de 59 territoires de Roitelets, distribués dans 14 peuplements résiduels, ont été mesurés à l'aide de la cartographie des territoires et un suivi intensif des groupes familiaux en 2009. Pour les deux études, les données ont été récoltées dans des peuplements résiduels caractérisés par une végétation mature à dominance résineuse et enclavées dans des aires de régénération d'âges variables. Ainsi, certains paysages (1 km de rayon) étaient très jeunes (< 13 % de forêts matures) et d'autres étaient principalement composés de forêts matures (> 78 % de la superficie). L'étude montre que la perte d'habitat mature à l'échelle du paysage ne semble pas affecter significativement les assemblages d'oiseaux des peuplements résiduels, ni la reproduction d'une espèce associée aux forêts matures, le Roitelet à couronne dorée. En effet, la structure des communautés et le succès de reproduction des Roitelets étaient peu variables, peu importe le degré de perte et de fragmentation de l'habitat à l'échelle du paysage. Nous interprétons ce résultat étonnant au fait que la matrice forestière est dominée par de la jeune forêt (7 -12 m) qui constitue un milieu qui est vraisemblablement peu hostile aux mouvements des oiseaux forestiers, et ce, malgré le fait qu'il ne subsiste que 10 % du territoire en forêts résineuses matures. Nos résultats indiquent donc que les populations d'oiseaux des forêts matures persistent dans ces environnements fortement fragmentés par la coupe. Cette tolérance à la coupe pourrait être associée aux patrons de coupes en Haute-Mauricie qui, à l'échelle régionale, maintiennent un couvert forestier plus hétérogène (assiettes de coupes plus petites et habitats matures et âgés mieux répartis dans le paysage) que dans d'autres régions aménagées de la forêt commerciale du Québec où les agglomérations de coupes se juxtaposent sur des milliers de kilomètres carrés. Les habitats résiduels des territoires aménagés en Haute-Mauricie semblent donc avoir une capacité élevée à être utilisés comme habitats-refuges par l'avifaune des forêts matures et âgées. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Oiseaux, perte d'habitat, fragmentation, forêt boréale, paysage aménagé, peuplement résiduel, communautés, succès de reproduction.

L'évolution de la déforestation des forêts tropicales de la Côte d’Ivoire est alarmante. Sur plus de 15 millions d'hectares de forêts vierges évalués en 1900, il reste aujourd'hui moins de 2 millions d'hectares. Cette situation a engendré des perturbations majeures sur l'équilibre des écosystèmes du pays (climat, hydrologie, écologie et pédologie) et sur son système socioéconomique et ce malgré les initiatives politiques visant à les protéger et à les restaurer. Élaborer en période coloniale sans prendre en compte les principes coutumiers, et reconduit après l'indépendance à cause de l'insuffisance de ressources humaines locales pour prendre en compte les réalités locales et l'initiative de stricte protection, la politique de protection forestière domaniale de la Côte d’Ivoire rentrait en contradiction avec les réalités locales. Après la formation des cadres locaux ainsi que l'évolution des principes de conservation vers une tendance plus intégratrice avec la participation des populations coutumières locales ainsi que de la volonté de l'État de Côte d’Ivoire de trouver une solution à l'État de déforestation, il va élaborer sa première politique de protection forestière proprement dit à travers le Plan directeur forestier (1988-2015) d'où émane la réforme du Programme cadre de gestion des aires protégées (1996-2015) après l'échec du Plan sectoriel forestier I (1991-1996). Le but de cette thèse est de faire l'état des lieux à travers une évaluation normative chemin faisant de cette politique notamment au niveau de son efficacité, de son efficience, de son processus de prise de décision et de l'impact de sa mise en œuvre sur le corpus biologique et socioculturel afin d'identifier les dysfonctionnements de cette politique et proposer des solutions efficaces et opérationnelles. Elle est aussi effectuée dans le but de développer un ensemble d'approches d'évaluation de politiques forestières domaniales sur les composantes socioculturelles et écologiques. Parce que nous pensons que pour évaluer la politique de protection forestière domaniale de la Côte d'Ivoire la prise en compte de la dimension spatio-temporelle, des facteurs écologiques et socioculturels du parc national de la Marahoué serait plus efficace pour mieux identifier et comprendre les dysfonctionnements de cette politique. Pour y arriver, les méthodes conventionnelles (statistiques, etc.) deviennent insuffisantes pour appréhender une réalité aussi complexe et dynamique dans une évolution spatiotemporelle. C'est pourquoi, cette recherche a utilisé les potentiels de traitement et d'analyse de la géomatique notamment la télédétection pour quantifier, qualifier et localiser les impacts de la politique de protection forestière domaniale en Côte d'Ivoire afin d'identifier les dysfonctionnements de cette politique et proposer de meilleures options stratégiques, plus consensuelles, plus opérationnelles et durables en nous appuyant sur une étude de cas (celle du parc national de la Marahoué) et une méthode d'échantillonnage aléatoire. Au total, nous nous sommes servis de la triangulation des méthodes (observations; collecte et traitement de données primaires; et analyse d'informations secondaires) à travers des enquêtes, des levés de terrain (géopositionnement) et des images satellites. La recherche a montré que l'efficacité de la politique de protection forestière domaniale de la Côte d'Ivoire a été améliorée de 1988-2008 par rapport à celle des années 1960-1988 mais reste insuffisante pour l'atteindre des objectifs qu'elle s'était initialement fixés à cause d'une part, de l'insuffisance des savoirs des communautés locales concernant la politique, du manque d'interactions entre les acteurs pertinents et de l'insuffisance des ressources (financiers, matériels, humains et méthodologiques) allouées à cette politique et d'autres part à cause d'un processus de prise de décision pour l'instant inexistant après l'échec de la première tentative (1991-1996) et surtout du non règlement de la question de propriété foncière entre l'État et les communautés locales. Il faut dire que l'instabilité politique du pays depuis septembre 2002 et les contraintes des bailleurs de fond est aussi en cause. Cette thèse propose d'éclairer les lanternes des décideurs à travers une approche participative, intégrée et de subsidiarité opérationnelle qui puisse susciter la construction en commun de connaissance mixte en vue d'une co-mobilisation et d'une cogestion intégrée des forêts protégées domaniales de Côte d'Ivoire, en commençant par prendre les décisions du niveau local au niveau national et en précisant les engagements en matière de droits fonciers, de propriétés, d'usages des forêts protégées domaniales et de droit à l'usufruit aux acteurs pertinents de la politique notamment les communautés coutumières locales des forêts protégées domaniales, de compensation des domaines ancestraux occupés par l'espace protégé soit de manière financière ou matériel aux descendants des communautés coutumières concernées et en répondant aux desiderata de la société environnante si possible. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : évaluation de politique, protection forestière domaniale, participation, géomatique, Côte d'Ivoire, co-mobilisation, cogestion intégrée, subsidiarité, forêt tropicale, décision commune, connaissance mixte, télédétection du changement, savoirs communautaires locales

La perte et la fragmentation de l'habitat constituent les deux principaux types de perturbations qui influencent la biodiversité mondiale. Dans l'hémisphère nord, l'exploitation forestière commerciale génère la perte et la fragmentation du couvert forestier mature, affectant de nombreuses espèces fauniques. En forêt boréale, plusieurs travaux se sont intéressés à caractériser et quantifier les impacts des opérations forestières sur plusieurs taxons fauniques et floristiques. Maintenant que les impacts du prélèvement forestier sont mieux documentés dans cet écosystème, le défi de conservation s'inscrit davantage dans la configuration et le maintien d'habitats forestiers résiduels à l'échelle du paysage. Le premier chapitre de cette thèse présente la situation actuelle de la forêt boréale, de son exploitation commerciale, de même que plusieurs impacts découlant de cette exploitation sur la faune vertébrée. Y sont présentées aussi certaines notions d'écologie du paysage relatives aux processus de perte et de fragmentation de l'habitat, ainsi que les objectifs et hypothèses de la thèse. Le chapitre II résume quant à lui les connaissances relatives à différentes approches d'écologie numérique utilisées tout au long de la thèse. Le chapitre III évalue le potentiel de conservation faunique de deux types de configurations de la forêt résiduelle. L'abondance de 2 espèces de petits mammifères et de 25 espèces d'oiseaux forestiers a été estimée dans des unités mosaïques de 85-100 ha ainsi que dans des méga-blocs de 250-300 ha, de même qu'en forêt mature non perturbée (à titre de situation témoin). Aucune espèce ne présentait d'abondance inférieure à celle observée en forêt témoin, quoiqu'une faible réplication limitait la puissance statistique. Les relations faune -habitat ont été explorées à l'aide de régressions multiples entre les abondances, les variables de structure de peuplement et les caractéristiques de paysage, sur une base spécifique. Ces modèles d'utilisation d'habitat (MUHs) expliquaient une large part de la variation en abondance dont la majeure part correspondait aux effets de la structure forestière des peuplements résiduels. Les résultats suggèrent que les mosaïques et les méga-blocs sont des approches de dispersion de coupes favorables au maintien des espèces recensées, et que la planification des peuplements résiduels devrait intégrer tant la structure des peuplements résiduels que les caractéristiques du paysage. Le chapitre IV s'interroge sur le potentiel faunique des parterres en régénération. Plusieurs législations forestières canadiennes permettent la récolte des structures forestières résiduelles lorsque la régénération adjacente atteint une hauteur moyenne de 3 m, sans toutefois que la capacité de tels peuplements à soutenir les espèces vertébrées des forêts originales n'ait été démontrée. Ainsi, l'abondance de 2 espèces de petits mammifères et de 19 espèces d'oiseaux a été estimée dans des parterres en régénération ainsi qu'en forêt mature continue (à titre de témoin). Les parterres en régénération permettaient de soutenir des abondances supérieures à la forêt témoin pour six des 21 espèces, et équivalentes pour 12 autres. Cependant, l'abondance de trois espèces (i.e. roitelet à couronne dorée, grimpereau brun et campagnol à dos roux de Gapper) était significativement moins élevée dans les parterres en régénération qu'en forêt témoin. Les modèles de relations faune -habitat expliquaient en moyenne 87,3 ± 1,9 % de la variabilité en abondance pour 21 espèces. La structure des peuplements expliquant encore la plus grande part de la variation en abondance. Ces résultats suggèrent que certaines espèces associées à la forêt mature pourraient montrer de fortes diminutions en abondance et voir leur maintien ultimement compromis à l'échelle du paysage suivant l'application rigoureuse de la législation en vigueur. Jusqu'à ce que les effets de la récolte des peuplements résiduels sur la faune soient mieux quantifiés, il serait favorable de maintenir de grands massifs de forêt mature tout au long de la rotation forestière. Le chapitre V modélise les effets respectifs de la perte et de la fragmentation du couvert forestier mature sur l'abondance de 11 espèces d'oiseaux. Les simulations montrent que: 1) la perte d'habitat a une influence plus marquée que la fragmentation sur l'abondance des espèces étudiées; 2) la distribution spatiale des attributs fixes de paysage (routes, lacs, cours d'eau) est le deuxième facteur ayant le plus d'effet; 3) la fragmentation influence significativement l'abondance mais n'explique qu'une faible portion de variation. Dans une perspective appliquée, les principaux résultats de cette thèse suggèrent que des efforts de conservation devraient être investis en vue de réduire l'intensité de la perte d'habitat et de maintenir davantage de forêt mature dans les paysages exploités. Puisque les espèces d'intérieur sont souvent des spécialistes de forêt mature sensibles à l'exploitation forestière, il appert que la fragmentation des habitats forestiers matures devrait également être limitée. Dans un cadre d'aménagement écosystémique en forêt boréale, diversifier la configuration des interventions devrait garantir le maintien d'un spectre plus naturel de paysages et de structure des peuplements que ce que génère actuellement l'exploitation forestière. Cette variabilité ne pourra que faciliter la conservation des populations, des espèces, des communautés et des processus écologiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Forêt boréale exploitée, Oiseaux forestiers, Paysages, Perte et fragmentation d'habitat, Petits mammifères, Structures forestières résiduelles.

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Depuis les années 1980, de nombreuses études ont montré l’importance des peuplements forestiers très matures et de leurs attributs constitutifs (arbres de gros diamètre, bois morts…) pour la conservation de la biodiversité forestière. Ces travaux ont permis d’initier un processus en faveur d’une meilleure reconnaissance de la fonction écologique des forêts. La plupart de ces études ne tiennent cependant pas compte de la notion d’ancienneté des forêts, i.e. de la continuité temporelle de l’état boisé. Cette notion apparaît pourtant pertinente pour expliquer la répartition de certaines espèces. Ainsi, une forêt ancienne, même rajeunie par une perturbation, pourrait jouer un rôle pour la conservation de la biodiversité tout aussi important qu’une forêt récente constituée de peuplements très matures. Cette relation a priori contrastée entre biodiversité et maturité d’une part et biodiversité et ancienneté d’autre part, soulève de nombreuses questions quant aux choix stratégiques à mettre en place pour une conservation et une gestion optimale de la biodiversité en forêts. Plus généralement, ces notions permettent de questionner l’influence relative des activités humaines passées et actuelles sur la biodiversité forestière. Afin de préciser les effets relatifs de l’ancienneté et de la maturité sur la biodiversité, une approche combinant géohistoire et sciences de l’environnement a été mise en place. Un dispositif d’étude de 70 sites, croisant des forêts anciennes ou récentes avec des peuplements peu matures ou très matures, a été développé dans les Préalpes francçaises (Vercors, Chartreuse et Bauges). Pour chacun des sites, l’ancienneté et la maturité ont été caractérisées et quatre groupes taxinomiques ont été inventoriés : flore vasculaire, coléoptères saproxyliques, collemboles et macrolichens épiphytes. Nos résultats indiquent une absence flagrante d’effet d’héritage dû aux usages passés, à la fois dans les sols et sur la biodiversité. Les espèces étaient avant tout influencées par la maturité des peuplements, notamment la diversité des bois morts pour les coléoptères saproxyliques et l’ouverture de la canopée pour la flore vasculaire. Le sol, à travers le pH et les formes d’humus, avait également un rôle structurant fort sur la flore vasculaire et les collemboles, et le climat, à travers les températures, sur les coléoptères saproxyliques. Cet effet limité de l’ancienneté, comparativement aux études antérieures, est à mettre en relation avec le contexte écologique, paysager et historique des forêts de montagne : fort taux de boisement, forte proportion de forêts anciennes, surfaces boisées peu fragmentées, usage ancien peu impactant et gestion forestière actuelle assez extensive. Nos résultats montrent ainsi que l’effet des usages anciens sur la biodiversité dépend fortement du contexte. Ils soulignent l’importance de la prise en compte des conditions environnementales locales, attributs de maturité mais aussi conditions climatiques et édaphiques, pour une compréhension plus fine des patrons de biodiversité en forêts de montagne / Since the 1980s, numerous studies had shown the importance of stand maturity, especially old-growth habitat features (very large trees, deadwood…) for forest biodiversity conservation. This work led to a better recognition of the ecological function of forests. However, most of these studies do not take account of forest continuity, i.e. the temporal continuity in forested condition. Forest continuity has been used to explain some species distribution. Therefore, ancient forests, even rejuvenated by disturbances, may be of greater conservation interest for biodiversity than recent forests composed of overmature stands. This a priori contrasting relationship between biodiversity and stand maturity on the one hand and biodiversity and forest continuity on the other hand, raises many questions about the most appropriate policy choices to conserve and manage adequately forest biodiversity. More generally, these concepts allow the questioning of the relative influence of past and present human-induced environmental changes on forest biodiversity. To clarify the relative effects of forest continuity and stand maturity on biodiversity, we developed an approach in which we combined historical ecology and environmental sciences. We established 70 sites in the French Prealps (Vercors, Chartreuse and Bauges) in which we crossed ancient or recent forests with mature or overmature stands. For each site we characterized forest continuity and stand maturity and assessed the response of four taxonomic groups: vascular plants, saproxylic beetles, springtails and epiphytic macrolichens. Results showed an obvious lack of legacy effect on both soil conditions and biodiversity. Species were above all influenced by stand maturity, especially deadwood diversity for saproxylic beetles and canopy openness for vascular plants. Soil conditions, through pH and humus forms, had also a great structuring role on vascular plants and springtails, and climatic conditions, through temperature, on saproxylic beetles. Comparatively to previous studies, this quite limited effect of forest continuity can be linked with the ecological, landscape and historical context of mountain forests: high percentage of forest cover, high proportion of ancient forests, low-fragmented wooded areas, past land use being low impacting and current extensive forest management. Overall, our results show that the effect of forest continuity on biodiversity is context dependent and underline the necessity to better account for local environmental conditions, stand maturity attributes but also climatic and edaphic conditions, to improve our understanding of biodiversity patterns in mountain forests

Les trois essais suivants portent sur la gestion de la forêt au Gabon. L’hétérogénéité des pays et des contextes ne permet pas d’avoir un modèle unique d’allocation des terres forestières ni de gestion des terres forestières. Par conséquent, la validité externe des résultats de recherche spécifiques à un pays est fragile. Cependant, la difficulté à obtenir des résultats généraux ne devrait pas entraver la recherche monographique, car les politiques forestières doivent être évaluées dans leur contexte national. C’est pourquoi ce travail de recherche se focalise sur un pays un particulier : le Gabon. Elle propose au travers de trois essais, une réflexion sur la difficile conciliation des enjeux de développement économique et l’allocation des ressources forestières. La thèse est structurée comme suit : un premier chapitre analyse la politique d’interdiction des exportations de grumes et ses résultats, le deuxième chapitre étudie le lien entre les pratiques des sociétés forestières et leurs impacts sur la population locale, enfin le dernier chapitre examine la situation des travailleurs du secteur du caoutchouc naturel et celle des producteurs indépendants. / The following three essays focus on forest use in Gabon. The heterogeneity of countries and contexts does not allow for a single model of forest land allocation or forest land management. As a result, the external validity of country-specific research findings is fragile. However, the difficulty of obtaining general results should not hinder monographic research, as forest policies must be evaluated in their national context. That’s why this research work focuses on one country : Gabon. It proposes, through three essays, a reflection on the difficult reconciliation of economic development issues and the allocation of forest resources. The thesis is structured as follows : a first chapter analyzes the policy of log export ban and its results, the second chapter studies the link between logging companies the practices and their impacts on the local population, finally the last chapter examines the situation of the workers in the natural rubber production sector and the one of the out growers.

Les ensembles d’arbres constituent à l’heure actuelle l’une des méthodes d’apprentissage statistique les plus performantes. Toutefois, leurs propriétés théoriques, ainsi que leurs performances empiriques restent sujettes à de nombreuses questions. Nous proposons dans cette thèse d’apporter un nouvel éclairage à ces méthodes. Plus particulièrement, après avoir évoqué les aspects théoriques actuels (chapitre 1) de trois schémas ensemblistes principaux (Forêts aléatoires, Boosting et Discrimination Stochastique), nous proposerons une analyse tendant vers l’existence d’un point commun au bien fondé de ces trois principes (chapitre 2). Ce principe tient compte de l’importance des deux premiers moments de la marge dans l’obtention d’un ensemble ayant de bonnes performances. De là, nous en déduisons un nouvel algorithme baptisé OSS (Oriented Sub-Sampling) dont les étapes sont en plein accord et découlent logiquement du cadre que nous introduisons. Les performances d’OSS sont empiriquement supérieures à celles d’algorithmes en vogue comme les Forêts aléatoires et AdaBoost. Dans un troisième volet (chapitre 3), nous analysons la méthode des Forêts aléatoires en adoptant un point de vue « noyau ». Ce dernier permet d’améliorer la compréhension des forêts avec, en particulier la compréhension et l’observation du mécanisme de régularisation de ces techniques. Le fait d’adopter un point de vue noyau permet d’améliorer les Forêts aléatoires via des méthodes populaires de post-traitement comme les SVM ou l’apprentissage de noyaux multiples. Ceux-ci démontrent des performances nettement supérieures à l’algorithme de base, et permettent également de réaliser un élagage de l’ensemble en ne conservant qu’une petite partie des classifieurs le composant. / Decision trees ensembles are among the most popular tools in machine learning. Nevertheless, their theoretical properties as well as their empirical performances are subject to strong investigation up to date. In this thesis, we propose to shed light on these methods. More precisely, after having described the current theoretical aspects of three main ensemble schemes (chapter 1), we give an analysis supporting the existence of common reasons to the success of these three principles (chapter 2). This last takes into account the two first moments of the margin as an essential ingredient to obtain strong learning abilities. Starting from this rejoinder, we propose a new ensemble algorithm called OSS (Oriented Sub-Sampling) whose steps are in perfect accordance with the point of view we introduce. The empirical performances of OSS are superior to the ones of currently popular algorithms such as Random Forests and AdaBoost. In a third chapter (chapter 3), we analyze Random Forests adopting a “kernel” point of view. This last allows us to understand and observe the underlying regularization mechanism of these kinds of methods. Adopting the kernel point of view also enables us to improve the predictive performance of Random Forests using popular post-processing techniques such as SVM and multiple kernel learning. In conjunction with random Forests, they show greatly improved performances and are able to realize a pruning of the ensemble by conserving only a small fraction of the initial base learners.

1661 : dans le contexte d'établissement de la "monarchie de papier" qui voit l'essentiel des textes judiciaires refondés et l'administration royale rationalisée, Louis XIV et Colbert lancent la réformation générale des forêts du royaume. Pendant plus de deux décennies, des commissaires réformateurs sont envoyés dans chaque département forestier afin d'en faire la réforme, leurs archives fournissant ainsi un instantané de la vie forestière de la période. Dans la partie méridionale du royaume, le principal artisan de la réformation (1665-1673) se nomme Louis de Froidour. En quelques années, il parcourt l'intégralité de la grande maîtrise de Toulouse, réalisant plus d'un millier de plans forestiers, accompagnés de procès-verbaux d'arpentage. Les communautés ecclésiastiques et laïques, les nobles et particuliers qui possèdent des bois en coseigneurie avec le roi ou des installations industrielles, sont contraints de fournir les pièces justificatives de leurs prétentions devant le tribunal de la réformation. Une fois les procès achevés, les dossiers sont archivés, cotés, recopiés et forment une base de données. Marqués et centralisés, ils constituent un instrument de domination dont use l'État pour agir sur les populations méridionales: commence alors l'âge d'un espace borné, cartographié, connu. En étudier les archives permet d'historiciser la relation tripartite entre les populations méridionales, les forêts et la puissance publique. Loin de l'image couramment admise d'un espace dénué de toute administration, leur étude met en évidence l'ancienneté des structures et offre l'opportunité de suivre la réorganisation de la gestion des sylves. / 1661: during the establishment of the "Paper Monarchy" (i.e. administrative monarchy), when most judicial texts were rewritten and the Royal administration rationalized, Louis XIV and Colbert launched a general reformation of the forestland in the Kingdom. For more than two decades, commissioners were sent to each forestall district in order to reform them, thus providing a "snapshot" of the forestall life of the time. In the southern area of the Kingdom, the main actor of the reformation (1665-1673) was Louis de Froidour. Within a few years, he had travelled all around the great mastery of Toulouse and made over 1,000 forest maps and surveying reports. The religions and secular communities, nobles and landlords who owned plants or forestlands under a co-seigneury with the King, were forced to provide the reformation Court with the supporting documents of their claims. Once the reports were made, the files were archived, indexed and recopied to form a database. Thus marked and centralized, they stood as a domination tool the State used to act upon the Southern populations: it was the beginning of an age of a staked-out, mapped and known space. Studying the archives of the period allows the historicization of the tripartite relationship between the southern populations, the forestlands and public power. Far from matching the traditional image of a space devoid of any administration whatsoever, the archives studied revealed such structures were not new and offered an opportunity to understand how the management of the silva was reorganized.

Les forêts côtières inondables (FCI) des régions tropicales et subtropicales remplissent des fonctions écologiques nécessaires aux écosystèmes marins côtiers situés en aval et aux populations humaines vivant à proximité Aux Antilles, les mangroves et les forêts marécageuses à Pterocarpus officinalis sont structurés par des espèces ligneuses qui ont développé des adaptations particulières à la salinité, à l’inondation et aux substrats meubles sur lesquels elles reposent. Dans des contextes climatiques à forte saisonnalité, les saisons sèches prolongées entraînent de fortes variations de la salinité et du niveau de la nappe, que le changement climatique devrait amplifier. Les modèles climatiques de la région Caraïbe prévoient des saisons sèches plus sèches liées à une baisse des précipitations de 20 à 50 %. Or, la question des capacités de résistance et d’acclimatation des espèces ligneuses des FCI à des variations saisonnières marquées de leur environnement édaphique a été peu traitée dans la littérature scientifique.L’objectif de ce travail de thèse a été double. Il s’est agi, d'une part, de caractériser la structure et la croissance de faciès de végétation représentatifs des FCI antillaises et de mettre en évidence leurs déterminants. A cet effet, des individus adultes, des espèces ligneuses dominantes des FCI, (Avicennia germinans, Laguncularia racemosa, Pterocarpus officinalis, Rhizophora mangle), dans cinq faciès de végétation sur le gradient terre-mer, ont été suivis sur l'île de Grande-Terre (Guadeloupe). D’autre part, les effets de variations salines extrêmes sur la croissance et l’écophysiologie de ces quatre espèces ont été évalués au stade plantule par une expérience en conditions contrôlées.A travers cette étude, il a été montré que les différences de salinité et de fertilité entre les stationspermettent d’expliquer la composition et la structure des peuplements de FCI. Cette étude a égalementmontré que P. officinalis peut se maintenir dans une gamme de salinité plus large que ne l'indiquait lalittérature.Dans le contexte des Antilles où les marnages sont faibles, la saisonnalité du climat entraine des variations saisonnières importantes d’un ensemble de descripteurs édaphiques tels que le niveau de la nappe, la salinité du sol, le pH et le potentiel RedOx. L’inondation et la salinité des sols sont fortement corrélées aux variations mensuelles des précipitations. Les périodes sèches sont accompagnées de salinités élevées et d’une baisse du niveau de la nappe allant jusqu’à l’exondation des sols dans toutes les stations suivies. Les stress environnementaux liés à la saisonnalité entrainent une baisse de la production primaire. L’accroissement cambial mensuel des individus est fortement corrélé avec les précipitations et l’intensité du vent. Dans les stations de mangrove, la sècheresse édaphique régule la production primaire des palétuviers. En forêt marécageuse, la part de la sècheresse atmosphérique semble plus importante pour expliquer la production de P. officinalis. Aussi, les sècheresses édaphique et atmosphérique doivent être prises en compte toutes deux pour modéliser efficacement la croissance des peuplements des FCI.Lors de la saison sèche, le stress le plus important est le stress hydrique, lié à la diminution de la teneur en eau du sol et à l’augmentation de la salinité, qui entraine des contraintes physiologiques sur les palétuviers (ajustements stomatiques, pertes de surface foliaire et de conductivité hydraulique). Le stress ionique, lié à la toxicité des ions Na+ et Cl-, permet aussi d’expliquer une partie de la contrainte sur l’assimilation en carbone. En saison sèche, l’aération des sols ne se traduit pas par une amélioration des performances de croissance chez toutes les espèces. Aussi, la croissance cambiale maximale de toutes les espèces de FCI est réalisée en saison des pluies lorsque la salinité est faible et les niveaux d’inondation élevés. / In tropical and subtropical regions, flooded coastal forests provide essentials goods and services to local communities. In the Antilles, mangrove forests and the Pterocarpus officinalis swamp forest host tree species that are adapted to salinity, flooding and loose substrates. In areas were climatic seasonality is strong, dry seasons lead to strong fluctuations of soil salinity and water table level ; that climate change is likely to make stronger again. Climate model for the Caribbean project drier dry seasons with a decease of 20 to 50 % in annual rainfall amounts. However, resistance and acclimation ability of flooded coastal forest’s species to strong environmental fluctuations still remain poorly studied.This thesis aims two objectives. On the one hand, it aims to characterize the forest structure and monthly growth of vegetation structures representative of the Antillean flooded coastal forests and to highlight their determinants. In this respect, adult trees of the four dominant species of local flooded coastal forest (Avicennia germinans, Laguncularia racemosa, Pterocarpus officinalis, Rhizophora mangle), in five stations along a sea – land gradient were monitored on the Grande-Terre island (Guadeloupe). On the other hand, the effects of salinity variation patterns and salinity levels on growth performances and physiology of seedlings from the four same species were investigated through a greenhouse experiment.This study shows that differences among average salinity and soil fertility explain the vegetation structure of flooded coastal forest. It also extents, in the literature, the range of salinity in which P. officinalis can stand at the tree stage.In the Antilles were tidal range is small, climate seasonality lead to strong edaphic seasonal variations in water table level, soil salinity, pH and RedOx potential. Flooding and soil salinity are strongly correlated to monthly rainfall amounts: dry periods lead to high salinity and to a decrease in water table level under the soil surface. Seasonal environmental stresses lead to a decrease of primary production. Cambial growth was strongly correlated to monthly precipitation and average wind speed. In mangrove stations, edaphic drought determines primary production of mangrove trees, when, in swamp forest stations, atmospheric drought determines an important part of P. officinalis’ primary production.During the dry season, water stress is the more important environmental stress, both by the decrease in soil humidity and the increase in soil salinity, and leads to physiological strains (stomatal adjustment, loss of leaf area and hydraulic conductivity) for mangrove trees. Ionic toxicity of ions Na+ and Cl- also explains a part of the strain on carbon assimilation. During the dry season, re oxygenation of soils via low water table level does not lead to an increase of physiological traits. Thus, maximum cambial growth of all species is observed during the rainy season, when salinity is low and water table level is high.Flooded coastal forest’s species do not have the same ability to recover after a dry episode. In all the studied stations, A. germinans’ cambial growth rises back as soon as the rainy season starts, when, for one station, cambial growth of L. racemosa and R. mangle stay null during the three first month of the rainy season. This low ability to recover after a dry episode is correlated to a stronger impact of the dry season on the physiological traits of these two species.The greenhouse experiment shows that salinity variation patterns are to be taken into consideration for explaining seedlings’ growth and salinity tolerance. A stronger salinity increase impacts the growth of all the studied species; a punctual drop of salinity highlights that flooded coastal forest’s species differ in ability to take advantage of a low salinity episode. These results are coherent with field observations as cambial growth was fairly explained by monthly precipitation.

Le rôle joué par les forêts tropicales dans le cycle du carbone à l'échelle planétaire est majeur. Tant par les énormes quantités stockées sous forme de bois, que par les flux de CO2 séquestrées annuellement dans les troncs et le sol. Plusieurs études mettent en évidence des changements structuraux au sein des forêts pantropicales durant les 20 dernières années, notamment une augmentation de la dynamique (recrutement et mortalité) (Lewis et al. 2004b; Phillips et al. 2004b) et de la biomasse aérienne ligneuse en forêt Amazonienne (Baker et al. 2004a). Ces changements de dynamique ont été mis en relation avec une disponibilité accrue en ressources auparavant limitantes (azote et CO2) et donc liés aux changements climatiques globaux. Cependant, les processus de régénération après perturbation dans un peuplement forestier génèrent, eux aussi, une réelle accumulation de biomasse. Des perturbations endogènes (chablis, glissements de terrains) ou exogènes (sécheresses, tempêtes ou actions anthropiques) pourraient être à l'origine de ces fluctuations de dynamique forestière. Sans une connaissance approfondie de l'état initial des forêts étudiées, il semble difficile de distinguer, localement, une accumulation de biomasse liée à un effet de régénération de celle liée à un forge climatique. La présente thèse cherche à investiguer s'il existe des stades de régénération au sein d'un même massif forestier, qui illustreraient différentes perturbations asynchrones. Ces stades sont déterminés sur la base de la structure forestière (densité, diamètre quadratique moyen) et au travers de l'architecture des arbres. Après avoir estimé les flux, stocks et bilans de biomasse sur le site d'étude, ceux-ci sont mis en relation avec des stades de régénération, pour montrer que les parcelles sont formées d'une majorité de stades en croissance et que cela engendre une accumulation nette de carbone durant la période de suivi (1991-2009). / As living trees constitute one of the major stocks of carbon in tropical forests, assessing the role of these ecosystems in the carbon cycle received an increasing scientific and political interest. A better understanding of variations in the dynamics and structure of tropical forests is necessary to predict the potential of these ecosystems to lose or store carbon, and to understand how they recover from disturbances. Recent findings showed an increase of the turn-over in pantropical forests (Phillips et al. 2004a) and an increase of above-ground biomass in neotropical forests (Baker et al. 2004a). These results were attributed to an increasing availability of abiotic ressources (CO2, nitrogen) enhancing forest dynamics. Nevertheless, these findings were controversial and some scientists pointed out statistical and methodological errors (Lewis et al. 2006a; Wright 2006).The present project is based on a very different point-of-view and makes a nother interpretation of these results. The main hypothesis of this study is that the observed changes in forest dynamics around the Amazonian basin and in French Guyana are the consequence of natural endogenous processes. Tropical forests are facing recurring disturbances of various intensities and scales, ranging from tree fall (several square meters) to major drought linked to El Niño events (thousands of hectares). Thus forests would never reach equilibrium, but would rather fluctuate between short periods of disturbance and long periods of regeneration. The main findings of this study are that forests at our site can be seen as a mosaic of areas at different structural and dynamical stages, most of them increasing in mean stem diameter and accumulating biomass. The overall biomass balance is a net biomass increase that might mainly be related to endogenous forest dynamic.