Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissTJS.pdf: 1038590 bytes, checksum: 222b2f50297a16e8b3a03a156c873ddc (MD5) Previous issue date: 2002-10-07 / Os quelônios em geral são importantes na economia de populações tradicionais da região amazônica por serem muito apreciados na culinária local, e pela utilização de seus subprodutos como ovos e gordura, na fabricação de cosméticos e adornos, sendo seu comércio uma alternativa financeira para esta região. No Brasil o gênero Podocnemis está representado por quatro espécies, entre elas a espécie Podocnemis sextuberculata conhecida vulgarmente como iaçá, pitiú, e cambéua. Pode ser encontrada nos rios Solimões, Amazonas, e Branco. Este trabalho teve como objetivos principais caracterizar a variabilidade e a estrutura genética de três populações de iaçá, coletadas na Reserva Federal de Abufari (AM), Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (AM), e na Comunidade de Terra Santa (PA). Foi utilizado como marcador genético nesse estudo uma seqüência parcial do gene mitocondrial ND1 com um total de 415 pares de bases. A análise constituiu-se de 64 indivíduos, sendo 29 de Abufari, 11 de Mamirauá e 24 de Terra Santa. Observou-se, um total de dez haplótipos, seis na população de Abufari, três na população de Mamirauá e quatro na população de Terra Santa. Houve a predominância de um haplótipo comum, haplótipos raros e vários singletons . A taxa média de sítios polimórficos foi 0,058. A taxa de sítios polimórficos por população foi: 0,019 em Abufari, 0,022 em Mamirauá e 0.019 em Terra Santa. Estes dados sugerem que as três populações possuem o mesmo grau de variabilidade genética. Não existe diferenciação genética entre as três populações analisadas (FST = 0,023 p< 0.05) e o fluxo gênico é alto (Nm=20,65). Os resultados são compatíveis com os estudos ecológicos sobre esta espécie. Os iaçás possuem grande capacidade migratória e a pressão de caça parece ainda não ter afetado sua estrutura populacional. O monitoramento genético dessas populações naturais na região Amazônica torna-se, portanto de grande relevância como suporte para projetos de manejo e conservação específicos para cada espécie de quelônios.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissDB.pdf: 1333714 bytes, checksum: 01ac75387f03acb9626e80a5f4529331 (MD5) Previous issue date: 2003-07-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / Symphyta is a suborder of Hymenoptera, which presents primitive characters, like absence of constriction at the base of the abdomen. Symphyta larvae are phytophagous and feed gregariously, causing damage to agricultural crops, ornamental plants and forests stands, especially in temperate zones. In this group researches focus mainly on ecological aspects related to pests control. There are few data about population genetic structure, and studies about genetic variability exhibit disagreeable data. This study attempts to elucidate some aspects of the biology of Digelasinus diversipes, a Neotropical Symphyta with active larvae from November until March which host in Eugenia glazioviana (Myrtacea) trees, where cocoon masses can be found. Genetic variability and population structure were measured by allozymic analyses through starch gel electrophoresis. Cocoon masses were collected in 2000 and 2001, in two areas of the Estação Ecológica Jataí (Luiz Antônio, SP 21º25 S, 47º50 W). Field observations evidenced i) Digelasinus diversipes larvae disperse during foraging, among neighboring trees; ii) larvae from different ovipositions associate to cocoon mass communal construction, observation corroborated by the low relatedness coefficient among individuals of cocoon mass; iii) adults are shortlived; males are smaller than females, which emerge with all eggs matured for fecundation and/or oviposition; iv) the secondary sex ratio, measured by individuals emerged at laboratory, are female-biased. Electrophoretic analyses reveal high levels of average heterozigosity (Hobs = 0.094±0.025SE) for this species, contrasting with previous data for other Hymenopteran species. There were no significant levels of inbreeding inside samples, but the population was structured, suggesting low levels of gene flow, a consequence of their low dispersal ability. / Symphyta é uma Subordem de Hymenoptera cujos representantes são caracterizados por apresentarem caracteres primitivos, como a ausência da constrição abdominal. As larvas de Symphyta são fitófagas e se alimentam de forma gregária, o que faz com que algumas espécies, principalmente as de clima temperado, provoquem danos em florestas, agriculturas e plantas ornamentais. Neste grupo, as pesquisas enfocam principalmente os aspectos ecológicos relacionados ao controle de pragas. Pouco se conhece sobre a estrutura genética de suas populações e os estudos sobre variabilidade genética apontam níveis discordantes dentro do grupo. Neste trabalho, foram estudados alguns aspectos da biologia de D. diversipes, um sínfita neotropical com larvas ativas de novembro a março que tem como planta hospedeira Eugenia glazioviana (Myrtaceae), onde os aglomerados de casulos são encontrados. A variabilidade genética e a estrutura populacional foram determinadas por análise alozímica em eletroforese em gel de amido. Os agregados foram coletados na Estação Ecológica Jataí, (Luiz Antônio, SP 21º25 S, 47º50 W) nos anos de 2000 e 2001 em duas áreas da reserva. Observações de campo evidenciaram; i) as larvas de Digelasinus diversipes se dispersam durante a alimentação, migrando entre as árvores vizinhas; ii) larvas de diferentes posturas se associam para a construção comunal dos aglomerados, observação corroborada pelo baixo valor de parentesco entre os indivíduos do agregado. Os adultos são efêmeros; os machos menores que as fêmeas, que nascem com seus ovos prontos para a fecundação e/ou oviposição. A razão sexual secundária, obtida com indivíduos emergidos em laboratório, é enviesada em favor das fêmeas. As análises eletroforéticas demonstraram heterozigosidade média (Hobs = 0,094± 0,025EP) elevada para a espécie, diferentemente do que ocorre para outros himenópteros. Não foram observados níveis significativos de endogamia nas amostras estudadas, mas a população mostrou-se estruturada, sugerindo fluxo gênico reduzido como conseqüência da baixa capacidade de dispersão.

Considerando a importância do comportamento meiótico e da recombinação para regular os níveis de variabilidade genética, realizamos o primeiro estudo sobre a meiose masculina e feminina de seis membros do grupo da Drosophila willistoni, um dos mais representativos da família Drosophilidae na região Neotropical. Como ponto de partida, foi necessário padronizar condições técnicas para tal, adaptando protocolos pré-existentes e estabelecidos por outros autores para espécies procedentes do Hemisfério Norte, como a cosmopolita Drosophila melanogaster e a D. ananassae. A qualidade dos preparados e a resolução por nós encontradas para as espécies do grupo willistoni, foi muito superior às obtidas para D. melanogaster, sendo comparável com a excelência das figuras meióticas propiciadas pela D. ananassae. Apesar do baixo número de células em divisão (cerca de 45% dos machos, em média) detectadas, conseguimos caracterizar as fases da divisão meiótica em primórdios das gônadas de larvas macho de D. willistoni e o padrão de sinapse do par sexual e dos autossomos. Inicialmente, foi realizada a análise de duas diferentes populações, cuja prole apresenta sinais de instabilidade genética (como hipermutabilidade e atrofia gonadal), sob condições de cultivo em temperaturas fisiológica e restritiva. Em machos de ambas as linhagens (exceto em uma delas, onde observou-se um indivíduo aneuplóide XO), e nos machos da primeira geração de cruzamento entre as duas populações, não foram observadas irregularidades meióticas nem aberrações cromossômicas, tanto sob temperatura fisiológica, quanto restritiva. Análise posterior da população híbrida, mantida em laboratório, entretanto, permitiu a detecção de quebras, de pontes anafásicas, e de figuras compatíveis com quiasmas no segundo par cromossômico No braço esquerdo do cromossomo II (o chamado IIL) nesta população híbrida, segregam três inversões, a IILF (sub-terminal) e as inversões IILD+E, (na região mediana). Analisando paralelamente as configurações dos cromossomos politênicos interfásicos das glândulas salivares larvais e os meióticos dos primórdios das gônadas de cada larva macho individualmente, observou-se que sempre que ocorreram pontes anafásicas, os indivíduos eram heterozigotos para pelo menos a inversão IILF, e que as quebras detectadas no segundo cromossomo ocorreram na região subterminal de um dos braços. Estes achados fazem supor que nestes machos, estaria havendo recombinação dentro da alça de inversão formada em heterozigotos para a inversão IILF, o que necessita ser testado através de dados genéticos, em estudos futuros. Em machos de uma população natural desta espécie, também observou-se figuras compatíveis com quiasmas na parte terminal do mesmo braço esquerdo do segundo cromossomo, onde segrega a inversão IILH. Já a meiose de machos de uma população de cada uma das espécies crípticas D. paulistorum, D. tropicalis, D. equinoxialis, D. insularis e da não críptica D. nebulosa, mostrou-se regular, não sendo encontradas evidências de não-disjunções, quebras e pontes anafásicas, como em D. willistoni, apesar de todas elas apresentarem polimorfismo cromossômico para inversões paracêntricas (embora menor). O estudo futuro de novas populações deverá esclarecer se a D. willistoni suporta ou não, maiores níveis de recombinação em machos do que as outras espécies, e se estes achados podem ser interpretados como uma estratégia da D. willistoni (considerada como ancestral às outras) para manter altos níveis de polimorfismo, sem perdas gaméticas importantes, nem comprometimento da estabilidade de seu sistema genético A meiose de fêmeas de Drosophila willistoni e de D. paulistorum também foi caracterizada em linhagens igualmente polimórficas, de ambas as espécies. A detecção citológica de recombinação, entretanto, não foi possível, devido à peculiaridade dos cromossomos de oócitos, de assumirem a forma de cariossomo, altamente compactada justo nas fases de prófase I.

A Doença de Machado-Joseph (DMJ) ou Ataxia Espinocerebelar 3 (SCA3) é uma doença neurodegenerativa, herdada de modo autossômico dominante. Está associada a uma expansão (CAG)n na região codificadora do gene MJD1, localizado na região cromossômica 14q32.1. A idade de início dos sintomas, entre pacientes brasileiros, ocorre em média aos 32 (12) anos, geralmente após o início da vida reprodutiva; deste modo, a maioria dos portadores tem sua prole antes de manifestarem os sintomas da doença. Para avaliar a capacidade de um determinado genótipo em produzir descendência, criou-se o conceito de valor adaptativo genético, que é uma medida simples de sucesso reprodutivo. Quanto maior a prole de um genótipo, mais fácil seria a sua manutenção no pool gênico da população. O objetivo deste trabalho foi analisar o valor adaptativo genético das famílias com DMJ e compará-lo com dados obtidos a partir do Censo de 2000 do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE). A amostra estudada compreendeu 828 indivíduos (415 afetados) de 82 famílias com diagnóstico molecular de DMJ, originárias do Rio Grande do Sul (RS), com história reprodutiva conhecida e nascidos a partir de 1903. A prevalência estimada da doença foi de 3,5:100.000 habitantes na nossa região. O número médio de filhos das mulheres da população do RS e das mulheres com DMJ, em 2000, foi 1,90 e 2,93 ± 2,3, respectivamente, e esta diferença foi estatisticamente significativa (p<0,001). Se o valor adaptativo da população for considerado 1,0, o da DMJ seria de 1,54. Entretanto, a melhor alternativa para analisar o valor adaptativo é a que avalia o número médio de filhos das mulheres eméritas – com mais de 45 anos ou já falecidas – pois essas já completaram seu período reprodutivo. Embora o número médio de filhos das eméritas com DMJ fosse de 3,89±2,52 e o das mulheres eméritas da população geral fosse de 3,52 filhos, essa diferença não foi significante. Ao contrário, quando se comparou o número médio de filhos das mulheres afetadas com o de suas parentes assintomáticas, houve diferença estatisticamente significativa (p<0,001): tanto na comparação independentemente da idade – 2,93±2,3 e 1,66±1,6, respectivamente – quanto entre as mulheres eméritas – 3,89±2,5 e 2,68±2,0,respectivamente. Se o valor adaptativo das consangüíneas assintomáticas, aos 45 anos, for considerado 1,0, o das portadoras de DMJ, aos 45 anos, seria de 1,45. Esses resultados demonstram um aumento no valor adaptativo genético dos pacientes com DMJ, tanto quando comparados com a população do estado do RS, como com seus parentes assintomáticos. A ausência de significância estatística na comparação entre as mulheres eméritas com DMJ e as da população pode ter decorrido do pequeno tamanho amostral no grupo de doentes (n=112); ou pode indicar um aumento da fecundidade no início da vida reprodutiva das DMJ, característica que desapareceria posteriormente. O aumento da fecundidade encontrado em pacientes com DMJ foi semelhante ao já descrito anteriormente nas portadoras de Doença de Huntington (DH) e na Ataxia Espinocerebelar 1 (SCA1), também doenças neurodegenerativas, quando foram comparadas às suas parentes não portadoras. Especulamos a possibilidade de haver pleiotropismo antagonístico nos genes envolvidos por essas mutações. Esse conceito sugere que um gene pode conferir efeitos benéficos no início da vida (desenvolvimento e maturação sexual rápidos, com aumento da fecundidade e do valor adaptativo do indivíduo que o porta), trazendo efeitos deletérios em fases mais tardias (como os sintomas de uma doença neurodegenerativa e a apoptose neuronal). Em conclusão, a presença da mutação DMJ conferiu um valor adaptativo aumentado às suas portadoras eméritas, quando comparadas às suas parentes não portadoras eméritas, a mesma tendência aparecendo nas comparações feitas com a população geral. / Machado-Joseph Disease (MJD), also known as Spinocerebellar Ataxia 3 (SCA3) is an autosomal dominant neurodegenerative disorder. MJD is associated to a (CAG)n expansion at the MJD1 gene coding region, located at chromosome region 14q32.1. The average age of onset is 32 (12) years among Brazilian patients, usually after the start of their reproductive period, so that most carriers have their offspring before the disease starts. In order to evaluate the capacity of a determined genotype in producing descendants, the genetic fitness concept was created, which is a simple measure of reproductive success. The larger the offspring of a genotype, the easier it would be to maintain itself in the genic pool of a certain population. The aim of the present work was to analyze the genetic fitness of MJD families and to compare it to data obtained from the 2000 Brazilian Census, provided by the Brazilian Institute of Geography and Statistics (IBGE). 824 individuals (415 affected) were studied, belonging to 82 families with a molecular diagnosis of MJD, and proceeding from the state of Rio Grande do Sul (RS). Only individuals with known reproductive history, and born after 1903 were included. From the obtained data, the disease prevalence was estimated at 3.5:100,000 inhabitants in our region. The average number of children (NC) from the women’s population in RS and MJD families, in 2000, were of 1.90 and 2.93 ± 2.3, respectively, with a statistically significant difference (p<0.001). If the population fitness is considered as 1,0, MJD fitness would be 1.54. However, the best alternative to analyze fitness is by evaluating the average NC from emeritus women, with more than 45 years or deceased: in other words, from individuals who have already completed their reproductive period. Although the average NC of emeritus women with MJD was 3.89±2.52 and of emeritus women from the population was 3.52 children, this difference was not significant. In contrast, when the mean NC from affected women was compared with the one of their asymptomatic relatives, a statistically significant difference was found (p<0.001), such as in the comparison independent of age: 2.93±2.3 and 1.66±1.6, respectively. Among the emeritus women, the average NC were of 3.89±2.5 and 2.68±2.0, in affected and asymptomatic groups, respectively (p<0.001). If the fitness of the asymptomatic relatives, at 45 years, is considered as 1,0, that of MJD carriers, at the same age, would be 1.45. These results showed an increase in genetic fitness of MJD patients, when compared with their asymptomatic relatives. The absence of statistical significance in a comparison between emeritus, MJD and population women, could have occurred due to the smallness of the sample size from the affected group (n=112), or it could indicate an increased fecundity at the beginning of MJD reproductive life, a characteristic that would disappear later. The increased fitness found in MJD patients was similar to that described before in Huntington Disease (HD) and Spinocerebellar Ataxia 1 (SCA1) carrier women, also neurodegenerative disorders, when compared to their non-carrier relatives. We speculate the possibility of antagonistic pleotropism acting in genes with these mutations. This concept suggests that a gene can, at the beginning of life, confer benefits (fast development and sexual maturation, with a heightened fecundity and fitness of the affected individual), and still bring deleterious effects in more delayed phases (as the symptoms of a neurodegenerative disease and neuronal apoptosis). In conclusion, the presence of the MJD mutation conferred an increased fitness to the emeritus carriers, when compared to their non-carrier relatives, and the same trend appeared in the comparisons made with the population of our State.

Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.

A apolipoproteína CIII (Apo CIII) participa na regulação do metabolismo das lipoproteínas ricas em triacilgliceróis (TG). Hipertrigliceridemia (HTG) é conhecida como um fator de risco para doença arterial coronariana (DAC). Neste trabalho foi analisada a relação entre o polimorfismo SstI da Apo CIII (genótipos CC, CG, GG) e níveis plasmáticos de TG em 159 indivíduos japoneses que residem no Sul do Brasil. Nós analisamos as concentrações plasmáticas de TG e colesterol total (TC) por método enzimático. Também foram determinadas as concentrações plasmáticas das lipoproteínas HDL-c e LDL-c por método direto. As análises de DNA foram realizadas por reação de cadeia da polimerase (PCR), seguido pela digestão da SstI. Os produtos da PCR digeridos foram visualizados em 5% de gel em agarose usando brometo de etídio. Embora raros os alelos G, foram altamente prevalentes em nosso estudo populacional (0.416), em comparação com os caucasianos (0.00 - 0.11). A distribuição genotípica estava de acordo com o equilíbrio de Hardy - Weinberg.O alelo G foi quase duas vezes mais prevalente no grupo HTG (N = 51) em comparação com o grupo NTG (N = 108) (p <0,001). O nosso estudo demonstra uma significativa associação entre a presença do alelo G a HTG em indivíduos japoneses que residem no Sul do Brasil. / Apolipoprotein CIII (Apo CIII) participates in the regulation of the metabolism of triglyceride-rich lipoproteins. Hypertriglyceridemia (HTG) is a known risk factor coronary artery disease (CAD). In the present study we examined the relationship between Apo CIII SstI polymorphism (CC, CG, GG genotypes) and plasma TG levels in a group of 159 Japanese individuals living in the South of Brazil. We analyzed TG and total cholesterol (TC) levels by enzymatic method. We also determined the lipoprotein HDL and LDL by a direct method. DNA samples were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) followed by SstI digestion. Digested PCR products were run on 5% agarose gel and visualized by ethidium bromide staining. Rare G allele was highly prevalent in our study population (0,416) as compared to the Caucasians (0.00 – 0.11). The genotypic distribution was in agreement with Hardy-Weinberg equilibrium. G allele was almost two times more prevalent in the HTG group (N = 51) as compared to NTG group (N = 108) (p < 0,001). Our study shows a significant association between rare G allele and HTG in Japanese individuals living in the South of Brazil.

O Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) é um sistema genético reconhecidamente polimórfico em populações humanas. Em porções específicas dos genes que compõem o MHC de populações humanas também foi evidenciada a ação da seleção natural em nível molecular. Em várias espécies de vertebrados onde estes genes foram estudados diferentes níveis de variação, composição gênica e organização foram detectados, mantendo, entretanto, as características que os tornam tão interessante de ser estudados. Para mamíferos marinhos, as questões sobre a variação no MHC servem de pano de fundo para o entendimento sobre o sistema imunológico destas espécies e suas particularidades em relação ao ambiente marinho e a evolução destes genes em organismos não-modelos. No presente trabalho, duas espécies de cetáceos, a toninha ou franciscana (Pontoporia blainvillei) e a baleia-franca-austral (Eubalaena australis), foram investigadas quanto aos níveis de variação no gene DQB1 do MHC. O segundo exon da cadeia beta do gene DQ foi amplificado em 25 amostras de toninha e 18 amostras de baleia franca. Os fragmentos de 212pb (pares de base) resultantes do processo de amplificação foram clonados e, tiveram analisados por seqüenciamento 171pb correspondentes ao sítio de ligação ao peptídeo antigênico (PBR). Uma amostra de toninha e um par mãe-filhote de baleia-franca-austral foram analisadas quanto à expressão do gene DQB a partir de amostras de pele. A evidência de seleção natural a nível molecular nesta porção do gene é confirmada por um excesso de substituições não sinônimas em relação às substituições sinônimas (em um contexto de neutralidade as substituições sinônimas acumulam-se na mesma taxa de mutações) através da razão dN (não sinônimas) e dS (sinônimas). Para confirmar os desvios da neutralidade (Ho= dN/dS=1), foi usada a estatística z. Os valores de dN/dS para toninha e baleia-franca-austral foram, respectivamente, dN/dS = 2,32 (p=0,014) e dN/dS =3,75 (p= 0,001). Estes valores, as características das seqüências e a evidência de expressão desses genes na pele de cetáceos estão de acordo com os pressupostos de seleção positiva para esta região do gene e sugerem funcionalidade para estes genes nestas duas espécies. Há evidências de mais de uma cópia do gene para baleia-franca-austral. Foram descritos 6 alelos para toninha e 17 alelos para baleia-franca-austral sendo que um dos alelos é compartilhado entre as duas espécies, sugerindo que essa linhagem alélica é anterior à divergência entre odontocetos e misticetos. Paralelamente a este trabalho, o cariótipo de toninha foi descrito através de um processo de cultivo celular a partir da córnea de dois exemplares recém-mortos. Seu número cromossômico 2n=44 corrobora a estabilidade cariotípica descrita para cetáceos. / The Major Histocompatibility Complex is a highly polimorphic genetic system described to human populations. It is clear that a particular region from these genes is under natural selection which results in different patterns of variation from those expected under neutrality. In other vertebrates these genes were studied, these special characteristics seems to be preserved despite specific genomic organization and variation levels. In marine mammals, questions adressed to MHC molecular variation are focused in questions concerned on environmental restrictions and molecular evolution in non-model organisms. In the present study, two marine mammal species were surveyed concerning genetic variability using the gene DQB exon 2. Samples from 25 franciscana dolphins (Pontoporia blainvillei) and 18 southern right whales (Eubalaena australis) were used to amplify a 212bp (base pair) fragment from DQB exon 2. The 171bp resulting fragment was sequenced and analized in relation to the molecular level evidence of selection. Rates of nonsynonymous (dN) and synonymous (dS) base pair substitution and departures from neutrality for dN/dS (z statistics) were calculated. For both species examined, molecular evidence of selection was confirmed. The dN/dS ratios to franciscana and southern right whale were 2.32 (p=0.014) and 3.75 (p=0.001), respectively. These values, combined to data on DQB gene expression in franciscana and southern right whale skin and less restrictive aminoacid usage in both species, suggest a functional signature to sequences cetacean derived. Additionally, 6 alleles were described to franciscana dolphins and 17 to southern right whales. One more evidence of selection acting in this particular genomic region is provided from the fact that both species share one allele, suggesting that this allelic lineage was present before the splitting between mysticeti and odontoceti. To provide addtional information on franciscana dolphins the karyotype of P. blainvillei is presented. The karyotype was obtained from corneal culture of two dead animals. The diploid number 44 confirms the clear prevalence of this pattern among cetaceans.

As origens das populações e o processo de povoamento das Américas são questões bastante controversas e, por isso, têm sido amplamente estudadas. O gene LDLR (low density lipoprotein receptor), que está localizado no braço curto do cromossomo 19 (p13.1-p13.3) e possui 18 éxons, bem como uma porção 3’UTR onde ocorrem dois elementos Alu completos (chamados de U e D) e um parcial, foi escolhido para esclarecer esses e outros problemas de evolução e variação genética humana. O objetivo geral deste trabalho foi verificar o que esta região hipervariável, especificamente na sua porção U, nos indicaria sobre a história evolutiva das populações ameríndias. Para este trabalho foram analisadas amostras de DNA de indivíduos nativos da Mongólia (n=24), da Sibéria (n=26), das Américas do Norte (n=11), Central (n=26) e do Sul (n=16), totalizando 14 populações e 103 indivíduos. Essas amostras foram amplificadas pela técnica de PCR (polymerase chain reaction), utilizando-se primers específicos para o segmento hipervariável U e, posteriormente, foram elas seqüenciadas automaticamente. Quatorze sítios polimórficos foram encontrados, classificáveis em sete haplótipos, sendo que o sítio 3809 apresentou uma transversão de C para G não descrita na literatura. A estimativa geral de diversidade nucleotídica (π) foi de 0.62%, considerada alta para um marcador autossômico. Verificou-se uma certa uniformidade haplotípica entre a Ásia e a América, mas com a diferenciação maior ocorrendo entre a Mongólia e a América+Sibéria. Não foi detectada diferenciação significativa entre nativos sul e centro-americanos. De um modo geral, o estudo desse marcador confirmou uma provável origem asiática para as populações ameríndias e apoiou a hipótese de uma única onda de migração no processo de povoamento pré-histórico das Américas.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-15T21:04:04Z No. of bitstreams: 1 2016_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 5455901 bytes, checksum: fe4633e3d83f5d329ef96a0881076c7a (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-11-08T12:16:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 5455901 bytes, checksum: fe4633e3d83f5d329ef96a0881076c7a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-08T12:16:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AnaCarolinaArcanjoSilva.pdf: 5455901 bytes, checksum: fe4633e3d83f5d329ef96a0881076c7a (MD5) / O estado da arte do conhecimento sobre as relações entre variabilidade genética e a dinâmica das populações humanas é reflexo de anos de descrições de frequências alélicas e genotípicas. Os padrões de variação de marcadores genéticos em regiões codificadoras e nãocodificadoras não são necessariamente os mesmos, uma vez que mutações em regiões codificadoras podem ter impactos significativos na sobrevivência de um indivíduo. Esse trabalho tem por principal objetivo explorar a variabilidade genética humana sob duas perspectivas. Na saúde refere-se à variabilidade genética acessada por marcadores genéticos neutros, que caracterizam as relações de variabilidade entre os grupos populacionais de uma forma não-enviesada. Para isso, utilizou-se um painel de 100 inserções Alu em um conjunto de 1125 amostras de populações mundiais. O painel evidenciou grande desequilíbrio de ligação nas populações brasileiras e na população de Utah, fruto da miscigenação recente (250 anos) durante a formação dessas populações. A miscigenação detectada pelo painel distorce as relações entre os grupos populacionais, uma vez que Kalunga forma um grupo à parte dentro do grupo africano (devido à miscigenação europeia) e Brasília se assemelha mais ao grupo do Oriente Médio do que ao europeu (devido à miscigenação africana). Além disso, o painel evidenciou que os grupos populacionais não podem ser considerados homogêneos, apesar de pelo menos uma população de cada grupo não apresentar diferenciação populacional às outras populações do seu grupo. Na doença, a variabilidade genética de genes e regiões gênicas foram avaliadas usando como exemplo a susceptibilidade de indivíduos a formas severas da infecção pelo vírus da influenza H1N1, a partir de uma busca da variabilidade genética global acessada por meio do 1000 Genomes Project. A variabilidade genética para marcadores associados à susceptibilidade a formas severas da infecção pelo vírus da influenza é pequena, ocorrendo principalmente em regiões intergênicas e que, a priori, não afetam a expressão dos genes. No entanto, mutações que já haviam apresentado associação a quadros severos da infecção alcançaram maiores frequências nas populações que tiveram maiores taxas de mortalidade durante a pandemia de H1N1/2009, que estão também relacionadas à ancestralidade compartilhada dessas populações. Portanto, os marcadores genéticos neutros foram suficientes para a diferenciação de grupos de amostras quanto à ancestralidade geográfica, onde as populações miscigenadas tenderam a se agrupar a populações que representassem o grupo com maior contribuição genética daquela população. Já os marcadores genéticos associados à susceptibilidade à infecção pelo vírus da influenza, permitiram identificar poucos grupos, normalmente também congruentes com a ancestralidade genética das amostras. Dessa forma, entender a ancestralidade genética de um grupo populacional facilitaria entender a susceptibilidade a doenças infecciosas, isto é, as duas classes de marcadores se complementam na busca de um melhor entendimento da transição entre a saúde e a doença. ________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The state of the art of the knowledge about the relationship between genetic variability and the dynamics of human populations is a result of yeas of describing allelic and genotypic frequencies. The patterns of variation for genetic markers in coding and non-coding regions are not the same, since mutations in coding regions might have significant impact in one’s ability to survive. The main goal for this work is to explore the human genetic variability under two different perspectives. In health, it refers to the genetic variability that is accessed by neutral genetic markers, which describe the variability relationships among population groups in an unbiased way. To achieve that, a panel of 100 Alu insertions was used in a set of 1125 worldwide samples, including 160 samples from two admixed Brazilian populations, Brasília and Kalunga. The insertion panel showed a tenfold increase in the number of linked loci to each locus in Brasilia, Kalunga and Utah when compared to African, European, Asian and Indian populations. Which is mainly due to the recent admixture of different populations in the making of those populations (250 years). Kalunga clusters with the African populations, but still shows differentiation due to being admixed, Brasilia clusters with both the European and the Middle- Eastern groups, being the last one more genetically similar to Brasilia than the first due to an African genetic component. The population groups cannot be considered homogeneous, despite at least one population of each group not showing population differentiation to the other populations of its group. In health, the genetic variability of genes and coding regions were evaluated using as a model the susceptibility of an individual to severe forms of H1N1 influenza virus infection, by searching a global genetic variability that exists in the 1000 Genome Project database. The genetic variability of genetic markers that are associated to susceptibility to severe forms of influenza infection is small, occurring mainly in intergenic regions that, a priori, do not affect gene expression. However, mutations that have been associated to severe forms of infection have reached larger frequencies in populations that had larger mortality rates during the H1N1/2009 pandemic. Therefore, the neutral genetic markers were sufficient to the clustering of samples related to their geographic region. An exception to that were the admixed Brazilian populations that clustered with the groups that had contributed most to their genetic composition. The genetic markers related to susceptibility to influenza virus infection, on the other hand, could tell apart few groups, usually coincidental to their genetic ancestry. In this way, understanding the genetic ancestry of a population group would make it easier to understand the susceptibility to infectious diseases, that is to say that both classes of genetic markers complete each other in the search for a better understanding of the transition between health and sickness.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseAS.pdf: 1412899 bytes, checksum: 63abec2bf184d3c9a7283e91c19a0b38 (MD5) Previous issue date: 2007-03-09 / Brycon hilarii (subfamily Bryconinae, Characidae), popularly known as piraputanga, is a migratory fish species distributed throughout the entire Paraguay River basin and largely appreciated for its meat quality as well as for fishing, besides being the main species of touristic value in the Bonito region (MS, Brazil). Considering the lack of information on the population genetic structure of these fish, the objective of the present study was to analyze, through the use of microsatellite markers, the distribution of the genetic variability in Brycon hilarii collected in different localities of the Miranda River sub-basin (Paraguay basin) in the Bonito region (MS). For such an end, at first a total of seven polymorphic microsatellite loci capable of producing a considerable genetic variation was prospected (among di-, tri- and tetranucleotides), with their also being efficient in the heterologous amplification for five other species of the genus. In the populational analysis of B. hilarii, the different samples presented very similar genetic diversity levels. Through the FST values, gene and genotype differentiation tests and Bayesian analysis, it was possible to verify (1) the existence of at least two genetic populations of Brycon hularii coexisting in the sampled range, despite being a potentially mobile species; and (2) that only the fish from a reproductive stock were genetically differentiated from the other samples, representing a putative population unit. It is possible that in the reproductive season the more genetically homogeneous individuals organize themselves into a population genetic unit or a reproductive stock, aiming the maintenance of their genetic integrity. These results on the genetic structure of B. hilarii constitute tools of extreme importance considering they can aid the understanding of the behavior and biology of these fish, contributing to fish management and species conservation programs. / Brycon hilarii (subfamília Bryconinae, Characidae), popularmente conhecida como piraputanga, é uma espécie de peixes migradores, distribuída por toda a bacia do Paraguai, bastante apreciada tanto pela qualidade da carne quanto para a pesca, além de ser a principal espécie de interesse turístico da região de Bonito (MS, Brasil). Considerando a escassez de informações sobre a estrutura genética populacional desses peixes, o objetivo do presente estudo foi analisar, através dos marcadores microssatélites, a distribuição da variabilidade genética de Brycon hilarii coletados em diferentes locais da sub-Bacia do Rio Miranda (Bacia do Paraguai), região de Bonito (MS). Para tanto, primeiramente foi prospectado um total de sete locos polimórficos (entre di, tri e tetranucletídeos) que foi capaz de produzir uma considerada variação genética e ainda foi eficaz na amplificação heteróloga em outras cinco espécies do gênero. Na análise populacional de B. hilarii as diferentes amostras apresentaram níveis de diversidade genética bastante similares. Foi possível verificar através dos valores de FST , dos testes de diferenciação gênica e genotípica e da análise Bayesiana: (1) a existência de pelo menos duas populações genéticas de Brycon hilarii coexistindo através da extensão amostrada, a despeito de ser uma espécie potencialmente vágil; (2) somente os peixes provenientes de um cardume reprodutivo mostraram-se geneticamente diferenciados das demais amostras representando uma possível unidade populacional. É possível que na época reprodutiva, os indivíduos geneticamente mais homogêneos se organizam em uma unidade genética populacional ou um cardume reprodutivo, de forma a manter sua integridade genética. Estes resultados sobre a estrutura genética de B. hilarii constituem ferramentas de extrema importância uma vez que podem fornecer subsídios para o entendimento do comportamento e biologia desses peixes, para programas de manejo de pesca e conservação da espécie.