Zoobotryon verticillatum (delle Chiaje, 1822) é um briozoário cosmopolita amplamente distribuído em regiões tropicais e temperadas em todos os oceanos. Por possuir meios de distribuição natural restritos, é possível supor que o táxon se trate de um complexo de espécies crípticas ou de uma espécie vastamente introduzida por ação antrópica. Para elucidar essa questão, foram realizadas análises populacionais e filogenéticas utilizando-se dois genes mitocôndrias, citocromo c oxidase subunidade 1 região 3\' (COI-3P) e subunidade ribossomal RNA 16S (16S). As análises filogenéticas suportaram o monofiletismo de Z. verticillatum e, juntamente com as análises populacionais, indicam que é uma única espécie distribuída mundialmente. A falta de uma estrutura geográfica evidente nas redes haplotípicas, a ausência majoritária de relacionamentos dicotômicos e clados altamente suportados (pp >= 5%) nas árvores filogenéticas, a falta de resultados significativos na maioria dos teste D e Fs realizados, a baixa diversidade genética em nível populacional e a falta de diferenciação genética entre a maioria das populações comparadas são compatíveis com um processo distribuição antrópico para Z. verticillatum. No entanto, com base nos resultados obtidos durante esta pesquisa, não é possível inferir um possível centro de dispersão ou local de origem para a espécie. / Zoobotryon verticillatum (delle Chiaje, 1822) is a cosmopolitan bryozoan largely distributed in tropical and temperate waters of all oceans. With limited natural dispersal capabilities, it is reasonable to suppose that the taxon is a complex of cryptic species or a widespread species due to anthropogenic activity. In order to elucidate this question, analyses of two mitochondrial genes, cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) and ribosomal RNA subunit (16S) were conducted. Phylogenetic data supported the monophyletism of Z. verticillatum and, together with the population analysis, indicated that it is one species with worldwide distribution. The absence of geographical structure in the haplotype networks, the majority absence of dichotomous relationships, and highly supported clades (pp >= 5%) in phylogenetic trees, the lack of significance in the D test and Fs statistics, the low genetic diversity at the population level and the lack of genetic differentiation between most of the population comparison are consistent with anthropogenic introduction process for Z. verticillatum. However, based on the results obtained during this study, it is not yet possible to infer the center of dispersion for the species.

Orientadores: Renato Goldenberg, Eric de Camargo Smidt / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T20:23:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lima_DuaneFernandesdeSouza_M.pdf: 1493288 bytes, checksum: 566fff6ad040de8b43cce900a2078622 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Myrtaceae é conhecida como uma das mais complexas famílias de angiospermas. Myrcia teve sua última revisão taxonômica realizada há 153 anos e desde então inúmeras espécies novas foram descritas, deixando Myrcia como o segundo maior gênero da tribo Myrteae. O elevado número de espécies no gênero e a falta de uma revisão taxonômica completa e atualizada fez com que vários complexos de espécies mal delimitadas fossem formados em Myrcia. Um destes complexos é abordado no presente trabalho e inclui quatro espécies (M. laruotteana, M. lajeana, M. selloi e M. tomentosa) de ampla distribuição e grande variação morfológica, tornando difícil a separação entre os táxons. Neste estudo foram usados marcadores ISSR para investigar a correlação entre a variabilidade genética de populações destas espécies com aspectos morfológicos, geográficos, fitogeográficos e taxonômicos, a fim de esclarecer a delimitação das espécies. Levando em conta os resultados obtidos nestas análises, uma nova proposta de classificação específica é apresentada, com descrições dos táxons aceitos, dados de distribuição geográfica, floração e frutificação, e chave de identificação. No estudo de genética de populações com ISSR, o valor de diversidade genética encontrado (He = 0,215) foi mais baixo que o valor para espécies perenes, de distribuição ampla e fecundação cruzada. Isto pode ser explicado em partes pela auto-compatibilidade que as espécies do complexo M. laruotteana podem apresentar, como já relatado na literatura. Nenhum dos grupos que refletem aspectos morfológicos, geográficos e fitogeográficos testados apresentou boa estruturação genética, ou seja, nenhum deles mostrou alguma descontinuidade genética que pudesse representar os táxons envolvidos no complexo. Os grupos testados que representam a circunscrição taxonômica atual do complexo também não apresentaram boa estruturação genética. Os grupos formados a partir da análise Bayesiana mostraram melhor estruturação genética a partir da AMOVA (12% de variação entre as populações dentro dos grupos e 27% de variação entre os grupos). A análise Bayesiana juntamente com o dendrograma formado demonstra uma separação em dois grandes grupos, o primeiro formado por todas as populações de M. tomentosa, e o segundo contendo as populações das outras espécies misturadas. A partir destes resultados e levando em consideração toda a variação existente entre os extremos morfológicos das espécies, é proposta uma nova classificação para o complexo, com sinonimização de M. lajeana sob M. laruotteana. Myrcia tomentosa e M. laruotteana podem ser reconhecidas principalmente pelo indumento, geralmente denso na primeira e quase ausente na segunda. Myrcia selloi pode ser reconhecida pela queda dos remanescentes do hipanto e do cálice, deixando os frutos com uma cicatriz circular apical / Abstract: Myrtaceae is known as one of the most complex families of angiosperms. The last taxonomic revision of Myrcia was made 153 years ago and since then many new species were described, leaving Myrcia as the second largest genus of the tribe Myrteae. The high number of species in the genus and the lack of a complete and updated taxonomic revision resulted in many species complexes in Myrcia. One of these complexes is investigated in this work and includes four species (M. laruotteana, M. lajeana, M. selloi and M. tomentosa) with wide distribution and a lot of morphological variation, making it difficult to distinguish these taxa. This study used ISSR markers to investigate the correlation between the genetic variability of populations of these species with morphological, geographical, phytogeographic and taxonomic aspects, in order to clarify the delimitation of species. Taking into account the results obtained in these analyzes, a new proposal of specific classification is presented with descriptions of accepted taxa, geographical, flowering and fruiting data, and identification key. In the study of population genetics with ISSR, the value of genetic diversity (He = 0.215) was lower than the value for perennial, widely distributed and cross-fertilization species. This can be explained in part by self-compatibility that species within M. laruotteana complex apparently present, as previously reported in the literature. None of the groups that reflect morphological, geographical and phytogeographic aspects showed good genetic structure, i.e., none of them showed any genetic discontinuity that could represent the taxa involved in the complex. The groups represented by the current taxonomic circumscription of the complex also did not show good genetic structure. The groups formed from the Bayesian analysis showed better genetic structure from the AMOVA (12% variation among populations within groups and 27% variation between groups). The Bayesian analysis with the dendrogram formed showed two major groups, the first with all populations of M. tomentosa, and the second containing mixed populations from other species. From these results and taking into account the large amount of variation between the morphological extremes of the species, we propose a new classification for the complex, with the synonymization of M. lajeana under M. laruotteana. Myrcia tomentosa and M. laruotteana differ from each other mainly by the indumenta, which is dense in the former and almost absent in the latter. Myrcia selloi differs from the others by the caduceus remnants of the hypanthium and calyx, leaving circular apical scar on the fruit / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestra em Biologia Vegetal

Orientadores: Hildete Prisco Pinheiro, Cibele Queiroz da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-02T18:55:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_Robertade_M.pdf: 505447 bytes, checksum: a6bcef03248fd6806d13b3e8b0f300b8 (MD5) Previous issue date: 2002 / Mestrado / Mestre em Estatística

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-10T08:50:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 982150 bytes, checksum: 8872406e51980e3f5e6b68d2f3485322 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-10T08:50:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 982150 bytes, checksum: 8872406e51980e3f5e6b68d2f3485322 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O gênero Anadenanthera (Leguminosae–Mimosoideae) está atualmente circunscrito como duas espécies com duas variedades cada uma de acordo com Altschul 1964: A. colubrina (Vell.) Brenan var. colubrina; A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul; A. peregrina (L.) Speg. var. peregrina; e A. peregrina var. falcata (Benthan) Altschul, mas já foram consideradas como quatro espécies distintas segundo a classificação de Brenan 1955: A. colubrina (Vell.) Brenan, A. macrocarpa (Benth.) Brenan, A. peregrina (L.) Speg. e A. falcata (Benth.) Speg. Espécies de Anadenanthera Speg. ocorrem na maioria dos núcleos disjuntos das florestas estacionais, sendo a espécie A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul mais amplamente distribuída nessas áreas e, por isso, considerada como espécie modelo para estudo da história evolutiva dessas florestas. O objetivo desse estudo foi caracterizar a diversidade genética de espécies do gênero Anadenanthera Speg. Doze marcadores microssatélites foram utilizados para genotipar 283 espécimes. Os resultados de três análises (STRUCTURE, NJ e PCoA) foram concordantes e mostraram claramente quatro grupos genéticos para o gênero Anadenanthera. A diferenciação de A. colubrina foi observada com microssatélites e ITS, mostrando congruência parcial entre os resultados desses marcadores. A diversidade genética em termos de riqueza alélica e heterozigosidade mostraram valores mais elevados e similares nas espécies A. macrocarpa, A. peregrina e A. falcata em comparação ao valor particularmente baixo encontrado para a espécie A. colubrina. Análises de pares de FST e número médio de migrantes entre populações de cada espécie sensu Altschul 1964 mostraram fluxo gênico restrito entre variedades. A diversificação de A. colubrina foi provavelmente anterior à diversificação das demais espécies. A baixa diversidade em A. colubrina foi possivelmente consequência da sua distribuição mais restrita e da elevada endogamia. A miscigenação das populações de A. falcata refletiu um cenário de expansão recente para essa espécie. Os resultados sugerem que a circunscrição das espécies de Anadenanthera proposta por Brenan é a mais adequada. / The Anadenanthera genus (Leguminosae - Mimosoideae) is currently circumscribed into two species with two varieties each according to Altschul 1964: A. colubrina (Vell.) Brenan var. colubrina; A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul; A. peregrina (L.) Speg. var. peregrina; and A. peregrina var. falcata (Bentham) Altschul. However, they were already considered as four distinct species according to the classification of Brenan 1955: A. colubrina (Vell.) Brenan, A. macrocarpa (Benth.) Brenan, A. peregrina (L.) Speg. e A. falcata (Benth.) Speg. The Anadenanthera Speg. species occur in most of seasonal forests disjunct nucleus. The specie A. colubrina var. cebil (Griseb.) Altschul is more widely distributed in these areas and therefore considered as a model species for studying the evolutionary history of the seasonal forests. The aim of this study was to characterize the genetic diversity of the genus Anadenanthera Speg. Twelve microsatellite markers were used to genotype 283 specimens. The results of three analyzes (STRUCTURE, NJ and PCoA) were concordant and showed clearly four genetic groups in the Anadenanthera genus. The differentiation of A. colubrina was observed with microsatellites and ITS and showed partial congruence between the results of these markers. The genetic diversity under allelic richness and heterozygosity showed higher and similar values in the species A. macrocarpa, A. peregrina and A. falcata, compared to the lowest values found for the species A. colubrina. Analyzes of pairs of FST and mean number of migrants between populations of each species sensu Altschul 1964 showed restricted gene flow between varieties. The diversification of A. colubrina was probably before the diversification of other species. The low diversity in A. colubrina was possibly a consequence of its more restricted distribution and high inbreeding. The admixure of populations of A. falcata reflected a scenario of recent expansion of this species. The results suggest that the division of the species of Anadenanthera proposed by Brenan is the most suitable.

Orientador: Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:05:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francisco_PatriciaMara_D.pdf: 7911618 bytes, checksum: f90010b3ff20ba6416b899bcfb99b443 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Manguezais são ecossistemas com uma variedade incomum de animais e plantas adaptados às condições de alta salinidade, inundações frequentes e solo lodoso e anaeróbico. Ocorrem em locais onde há o encontro de águas de rios com a do mar. Diversos fatores bióticos e abióticos influenciam os padrões de diversidade de espécies de manguezais, como oceanografia, clima, topografia e condições do solo. A diversidade de plantas de mangue é muito reduzida, quando comparada com outros ecossistemas tropicais. O Brasil possui uma das maiores areas de manguezal do mundo e apresenta três gêneros de angiospermas de mangue. Um deles é Rhizophora, composto pelas espécies Rhizophora mangle, Rhizophora racemosa e, um possível híbrido, Rhizophora harrisonii. O objetivo da presente tese foi isolar e caracterizar locos microssatélites para essas espécies e estimar parâmetros populacionais como fluxo gênico, estruturação populacional, diversidade gênica e tamanho efetivo de população, além de estudar outros aspectos da biologia de Rhizophora, como uma possível zona de hibridação na região norte do país, taxa de cruzamento e o sistema reprodutivo. Com este propósito, foram coletados 318 indivíduos de R. mangle de 11 localidades ao longo da costa brasileira, e 33 indivíduos de R. racemosa e 37 indivíduos de R. harrisonii ambas coletadas de duas localidades no litoral brasileiro. Para identificar e caracterizar locos de microssatélites foram desenvolvidas bibliotecas enriquecidas em microssatélites para as três espécies. Utilizando os marcadores desenvolvidos na presente tese, bem como outros que já publicados, observou-se uma diferença significativa entre as populações no padrão de variação genética. A riqueza de alelos, heterozigosidades esperada e observada foram maiores na região norte. Os resultados sugerem que as espécies de Rhizophora não compõe apenas uma população panmítica ao longo do litoral brasileiro, devido à diferenciação existente entre as regiões norte e sul da costa. A análise do sistema reprodutivo de R. mangle de uma população do estado do Pará, encontramos valores que indicariam um sistema de reprodução misto. Em relação à hibridação contínua, não foram encontradas evidências de hibridação introgressiva entre as espécies de Rhizophora. Concluímos que com os resultados obtidos na presente tese foi possível contribuir para o maior conhecimento genético das espécies de Rhizophora spp. do litoral brasileiro / Abstract: Mangrove are ecosystems with an unusual variety of animals and plants adapted to conditions of high salinity and frequent floods and muddy anaerobic soil. Several abiotic factors influence the patterns of mangrove species diversity, such as oceanography, climate, topographic and soil conditions. The number of mangrove plant species is much reduced compared with other tropical ecosystems. Brazil has the second largest mangrove area in the world and has three genera of mangrove angiosperms. One genera is Rhizophora, composed of Rhizophora mangle, Rhizophora racemosa and a possible hybrid, Rhizophora harrisonii. The aim of this thesis was to isolate and characterize microsatellite loci for these species and estimate population parameters such as gene flow, population structure, genetic diversity and effective population size, and study other aspects of Rhizophora biology, as a possible hybrid zone in the north region of the Brazilian coast, crossing rate and the reproductive system. For this purpose, 318 individuals of R. mangle of 11 locations along the Brazilian coast, 33 individuals of R. racemosa and 37 individuals of R. harrisonii from two locations were collected. To identify and characterize the microsatellite loci, enriched microsatellite libraries for the three species were developed. Using the developed markers, and some others already published, we observed a significant difference between the populations in the pattern of genetic variation. Alleles richness, expected and observed heterozygosity were higher in the north. The results suggest that the species of R. mangle is not only composed of a single panmitic population due to differentiation found among the population from locales north and south of the Brazilian Coast. The reproductive system was evaluated studing a population of R. mangle from the state of Pará and we find values that would indicate a mixed mating system. Regarding the ongoing hybridization, we found no evidence of introgressive hybridization among the species leading to a hybrid species. We concluded that with this results it was possible to contribute to further genetic knowledge of Rhizophora spp. from the Brazilian coast / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Raça e etnia são substitutos ruins para ancestralidade genética. O uso de marcadores genéticos de ancestralidade melhoram o quadro significativamente, especialmente em populações miscigenadas como a brasileira. Nós determinamos o genótipo de 547 pessoas de São Paulo, Brasil de 90 marcadores de ancestralidade que distinguem origem semítica de européia. Ancestralidade centro-sul asiática (CSA) correspondeu a 29% do total, o segundo maior grupo. Outras análises indicam que esta contribuição genética semítica é derivada dos cristãos-novos durante o período colonial brasileiro. Nós então investigamos se ancestralidade africana geneticamente determinada está associada a alterações neuropatológicas comunmente ligada à demência, conforme sugerido por estudos de negros nos Estados Unidos. Nós estudamos 202 cérebros obtidos entre 2004 e 2009 no banco de encéfalos do Grupo de Estudos de Envelhecimento Cerebral da Faculdade de Medicina da USP, identificando a presença de placas neuríticas, emaranhados neurofibrilares, arterioloesclerose, infartos cerebrais e corpúsculos de Lewy. Nós também ajustamos os resultados para múltiplos fatores de risco e genótipo de APOE. Ao contrário de estudos prévios, indivíduos com ancestralidade africana apresentaram menor prevalência de placas neuríticas nas análises univariada e multivariadas. Os resultados são robustos e não se alteram quando restringimos a comparação aos que se auto-declaram brancos, nem quando ajustamos para genótipo de APOE4, ou quando ajustamos para idade e sexo somente. Pela primeira vez nós demonstramos com marcadores genéticos de ancestralidade, que ancestralidade africana é protetora para a neuropatologia da doença de Alzheimer. Nosso uso de ancestralidade determinada geneticamente tem implicações diretas no estudo da genética de doenças complexas / Race/ethnicity is poor surrogate for estimating ancestry. Genetic testing using ancestryinformative markers are a significant improvement, especially in admixed populations such as the Brazilian population. We have genotyped 547 inhabitants of São Paulo, Brazil for 90 ancestryinformative markers that have previously been shown to distinguish individuals with Semitic and European ancestry. Central-South Asian (CSA) ancestry emerged as the second largest cluster within our population (29%). Further comparisons indicated that this semitic contribution to the Brazilian gene pool is likely derived from Portuguese New Christians during colonial times. We then investigated whether genetically-determined African ancestry is associated with neuropathological changes commonly associated with dementia, as suggested by studies in African Americans. We studied 202 brains obtained in the brain bank of the Brazilian Aging Brain Study Group of the University of Sao Paulo between 2004 and 2009 for presence of neuritic plaques, neurofibrillary tangles, small vessel disease, brain infarcts, and Lewy bodies. We also adjusted the results for multiple environmental risk factors and APOE genotype. Contrary to previous studies, subjects with African ancestry showed lower prevalence of neuritic plaques in the univariate and multivariate analysis. The results are robust and are not altered when studying only those who self-defined themselves as Whites, when adjusting for APOE4 status only, or when adjusting for age and sex only. We therfore showed for the first time, using geneticallydetermined ancestry markers, that African ancestry is highly protective of Alzheimer\'s disease neuropathology. Our use of genetically-determined ancestry has led to results that have direct implications on the study of the genetics of complex diseases

Nannotrigona testaceicornis é uma espécie de abelha sem ferrão sendo que seus ninhos são largamente encontrados na zona urbana. Os meliponíneos estão entre os principais polinizadores da flora brasileira, no entanto, muitas espécies estão seriamente ameaçadas de extinção em consequência da perda do habitat e isolamento causados principalmente pelo desmatamento, uso indiscriminado de defensivos agrícolas e grandes queimadas, pois tais alterações resultam em ecossistemas fragmentados, formando mosaicos de vegetação remanescente, mergulhados numa paisagem antropizada. Nesse processo, grandes populações são reduzidas e subdivididas, o que pode acarretar alterações ecológicas e genéticas. Estudos populacionais de espécies de meliponíneos ainda são muito escassos, fazendo-se necessário a ampliação desses estudos para uma melhor compreensão da dinâmica populacional dessas abelhas. Neste contexto, este trabalho teve como objetivo a realização de um estudo populacional em ninhos amostrados nos estados de São Paulo e Minas Gerais, utilizando-se o mtDNA como ferramenta molecular. As análises através de PCR+RFLP de 05 regiões do mtDNA não revelaram polimorfismos nas populações estudadas, sendo detectado apenas um haplótipo. O estudo através do sequenciamento de um fragmento do gene COI I de sessenta operárias provenientes do campus da USPRP, Ribeirão Preto, Bonfim Paulista, Franca, Campinas, São Paulo, Uberlândia, Várzea da Palma, Viçosa e Caratinga, revelou a presença de cinco haplótipos nas populações amostradas dos quais três eram exclusivos de uma única populaçaõ e um era compartilhado por 70% das populações. A média da diversidade haplotípica (Hd= 0,264), e a diversidade nucleotídica (=0,00386) foram avaliadas revelando uma baixa divergência entre os haplótipos encontrados. As análises estatísticas revelaram que as populações estudadas estão estruturadas em três grupos, sendo esta estruturação um reflexo de eventos antigos em consequência de mudanças climáticas devido às glaciações do Pleistoceno levando a um gargalo populacional e posterior dispersão, juntamente com a barreira geográfica do mosaico de montanhas do complexo da Serra do Espinhaço que isolou duas das populações estudadas (Viçosa e Caratinga) levando à diferenciação das mesmas. / Nannotrigona testaceicornis is a stingless bee species whose nests are widely found in urban regions. The meliponines are among the most important Brazilian flora pollinators, however, many species are in seriously extinction danger due to habitat loss and isolation caused by deforestation, indiscriminate use of agricultural defensives, and great extent burnings. These changes result in fragmented ecosystems, in small extent of land showing residual vegetation, and in a human impacted landscape. In this process, large populations are reduced and subdivided, leading to ecological and genetic changes. Population studies of meliponine species are still scarce, showing the necessity of more investigation to a better understanding of the population dynamics of these bees. In this context, this work aimed to perform a population study in nests sampled in São Paulo and Minas Gerais states, using the mtDNA as a molecular tool. The PCR+RFLP analyses of five mtDNA regions did not show polymorphisms among the studied populations, and just one haplotype was detected. The study through CO I gene fragment sequencing in sixty workers collected in ten different places from the two Brazilian states mentioned above revealed the presence of five haplotypes. Three of them were exclusive to just one population and one was shared by 70% of the studied populations. The average haplotype diversity (Hd= 0.264) and the average nucleotide diversity (=0.00386) were estimated and showed low deviation among the haplotypes. The statistical analyses revealed that the studied populations are structured in three groups. This split may be explained as a consequence of ancient events caused by climatic changes due to Pleistocene glaciations resulting in a population bottleneck and later dispersion; in addition to these, a geographical barrier formed by the Serra do Espinhaço mountain complex, had isolated two of the studied populations (Viçosa and Caratinga), conducing them to differentiation.

Resumo O Vale do Ribeira é uma área que ocupa cerca de 10% da região sul do estado de São Paulo e abriga pelo menos 25 comunidades remanescentes de quilombos. Dessas, 13 já foram oficialmente reconhecidas ou estão em fase de reconhecimento. Com o objetivo de contribuir para o conhecimento da estrutura populacional e da história da formação desses remanescentes de quilombos, estudamos os indivíduos do sexo masculino de seis comunidades: Abobral Margem Esquerda (48), Galvão (22), São Pedro (22), Pedro Cubas (60), Pilões (15) e Maria Rosa (9), além de uma amostra de 81 homens da cidade de São Paulo, em relação a quatro locos polimórficos do cromossomo Y: dois microssatélites (DYS19 e DYS390), um SNP (DYS199) e uma inserção de Alu (DYS287). Os genótipos foram identificados por meio da amplificação do DNA pela reação em cadeia da polimerase (PCR), seguida de eletroforese em gel de poliacrilamida. Um quinto marcador foi estudado, um SNP (M168), apenas em alguns indivíduos selecionados. Nesse caso os genótipos foram identificados por seqüenciamento direto do DNA. As freqüências alélicas no DYS19 e DYS390 indicaram que nas populações por nós estudadas há uma importante contribuição patrilinear portuguesa. O SNP DYS199, por possuir um alelo-específico de ameríndios, o alelo T, indicou uma baixa contribuição patrilinear ameríndia entre as comunidades de quilombo. Essa contribuição foi detectada somente na população de Pedro Cubas. A inserção de Alu YAP (DYS287), por ser muito freqüente entre africanos, é um bom indicador de contribuição paterna africana. No entanto, nem todos os africanos a possuem. Por essa razão o marcador M168 veio completar a informação em relação à origem africana do cromossomo Y. Esses marcadores moleculares indicaram uma contribuição masculina provavelmente africana nos quilombos, em freqüências que variaram de 11 a 55%. Somente em Pedro Cubas, a freqüência de cromossomos Y de origem africana superou a freqüência de cromossomos Y de origem européia. Em Abobral, a freqüência de cromossomo Y provavelmente africano chegou a aproximadamente 40%, revelando serem essas duas populações as mais africanas do ponto de vista do cromossomo Y. O total das populações de quilombo apresentou índice de diversidade genética haplotípica equivalente ao da amostra de São Paulo, provavelmente devido à diversidade das populações africanas que as constituíram ou à mistura com populações de outros grupos étnicos. Entre as comunidades de quilombo, Galvão foi a que apresentou menor índice de diversidade, indicando que nessa comunidade o efeito do fundador foi o mais notável. O haplótipo mais freqüentemente observado em Galvão tem provável origem européia. Quando observamos o dendrograma que reúne as populações quilombolas, a população de São Paulo e outras populações da literatura, os quilombos de Galvão, São Pedro e Abobral mostraram-se mais próximos das populações africanas do que das demais populações da literatura. Dentre os remanescentes de quilombos, Pedro Cubas é a única com afinidade com os ameríndios. Pilões e Maria Rosa ficaram mais próximas de São Paulo, bem como de brasileiros brancos e portugueses, indicando maior contribuição européia. / Abstract At least 25 quilombos remnants are supposed to exist in the Vale do Ribeira region, located in the southern part of São Paulo State. Thirteen of those quilombo remnants have already been identified and officially recognized. In order to understand the structure and history of the foundation of these quilombo remnants, we studied male individuals belonging to six populations: Abobral Left Margin (48 individuals), Galvão (22), São Pedro (22), Pedro Cubas (60), Pilões (15) and Maria Rosa (9), in addition to 81 individuals sampled from the city of São Paulo, for four Y chromosome polymorphic loci: two microsatellite loci (DYS19 and DYS390), one SNP (DYS199) and one Alu insertion (YAP). The genotypes were identified by DNA amplification by polymerase chain reaction (PCR) followed by acrylamide gel electrophoresis. A fifth locus was also analysed, by a different SNP (M168), but only in a few individuals. In this analysis DNA direct sequencing was employed. The allelic frequencies in the locus DYS19 indicated significant male Portuguese contribution in the quilombos. The Amerindian specific allele (T) of the DYS199 locus indicated little or no contribution from Amerindian males, except the population of Pedro Cubas. The Alu insertion (YAP or DYS287), frequent in Africans, is a good indicator of African ancestry, although not all Africans show it. Thus, the analysis of the M168 locus helped to determine the origin of Y chromosomes. These markers indicated a range from 11 to 55% of probable African contribution in the quilombos. Only in Pedro Cubas the frequency of African Y chromosomes was higher than the one European Y chromosomes. In Abobral, the frequency of African Y chromosomes was approximately 40%, being the most African of the quilombo populations, when Y chromosomes are considered. The total haplotype diversity in the quilombos was similar to the one observed for the sample from São Paulo, probably due to the diversity of African populatons that originated the quilombos, or the admixture with other ethnic groups. Galvão showed the lowest diversity, indicating that this population was the most influenced by founder effects. In the neighbor-joining tree built with allelic frequencies obtained in the quilombos, São Paulo and other populations previously reported, the quilombos of Galvão, São Pedro and Abobral were closer to the African populations and Pedro Cubas is the only one close to Amerindians. Pilões and Maria Rosa were closer to São Paulo, white Brazilians and Portuguese populations, indicating European contribution.

Chresta belongs to tribe Vernonieae, subtribe Chrestinae, and presents eighteen species distributed in the Caatinga, Cerrado and Mata Atlântica domains. Its species display a fairly wide range of characters that led the species to be ascribed to several distinct genera, sometimes also classified into different groups inside the tribe. Attempts to define the position of the genus in relation to other Vernonieae subtribes and to understand the relationships within the genus have so far been unsuccessful. In this work, we present a novel phylogeny for Chresta, based on a complete set of sampled taxa from which hundreds of molecular markers were assessed, and for the first time, phylogenomics methods are applied to a Neotropical group of Asteraceae. We confirm the monophyly of Chresta and resolve infrageneric relationships with high support for all clades. We also successfully define the sister group to the genus, although the relations of this whole lineage with Lychnophorinae and Lepidaploinae are still doubtful, and. We use the obtained trees to reconstruct ancestral states of ten selected characters, which seem to have played an important role during the history of the genus, and propose a biogeographical scenario where the diversification of the group may have taken place. We also use evidence from microsatellite markers to study the population genetics of five species from the Caatinga that naturally present isolated populations restricted to narrow rupiculous habitats. These species present contrasting patterns, varying in their degree of genetic diversity and structuring, and this data enable us to discuss the relative impact of factors such as spatial distance, substrate preference, population size and dispersal ability on the genetic flow among the populations assessed. We also present an illustrated synopsis of the genus, with a new phylogenetic infrageneric classification, summarizing the accumulated knowledge about Chresta so far. We provide descriptions of four new species, a key for identification of 18 accepted species and three infrageneric taxa, synonyms, illustrations and distribution maps of the species, as well as their current conservation status / Chresta pertence à tribo Vernonieae e apresenta dezoito espécies distribuídas nos domínios da Caatinga, Cerrado e Mata Atlântica. A extensa variabilidade de caracteres observada no gênero fez com que suas espécies fossem atribuídas a diversos gêneros distintos e até mesmo classificadas em diferentes grupos dentro da tribo. Tentativas anteriores de definir a posição do gênero em relação a outras subtribos de Vernonieae não foram bem-sucedidas. Nesse trabalho, apresentamos uma nova filogenia para Chresta, baseada numa amostragem taxonômica completa da qual obtivemos centenas de marcadores moleculares e, pela primeira vez, métodos filogenômicos são aplicados a um grupo neotropical de Asteraceae. Essa análise confirma a monofilia de Chresta, resolve as relações infragenéricas com alto suporte, e define com sucesso o grupo-irmão do gênero, embora as relações dessa linhagem com Lychnophorinae e Lepidaploinae ainda sejam duvidosas. Usamos as árvores obtidas para reconstruir estados ancestrais de dez caracteres morfológicos selecionados face a sua provável relevância na história do grupo, e assim propomos um cenário biogeográfico no qual a diversificação do grupo pode ter ocorrido. Também usamos marcadores de microssatélites para estudar a genética de populações de cinco espécies da Caatinga que apresentam populações naturalmente isoladas, devido a sua restrição a afloramentos rochosos de área limitada. Essas espécies apresentam diferentes padrões, variando no grau de diversidade e estruturação genética. Esses dados permitem uma discussão do impacto relativo de fatores como distância espacial, preferência de substrato, tamanho populacional e capacidade de dispersão, sobre o fluxo gênico entre as populações analisadas. Também apresentamos uma sinopse ilustrada do gênero, com uma nova classificação infra-genérica filogenética, condensando o conhecimento acumulado até o momento sobre Chresta. A sinopse inclui descrição de quatro espécies novas, chave de identificação das 18 espécies aceitas e três táxons infragenéricos, sinonímia completa, ilustrações e mapas de distribuição das espécies, bem como seu status de conservação atual

Na região litorânea de São Paulo, Anopheles cruzii e An. homunculus são, respectivamente, vetores principal e secundário de Plasmodium sp. Essas espécies de anofelinos são de difícil identificação taxonômica, sobretudo as fêmeas. Embora habitem um largo intervalo altitudinal, elas apresentam afinidades diferenciais aos microambientes da mata atlântica. Devido a esse contexto, o objetivo do trabalho foi obter diagnose alar para An. cruzii e An. homunculus além de caracterizar morfológica e geneticamente as populações em perspectiva sazonal, temporal e microambiental. Utilizando a morfometria geométrica alar foi possível distinguir ambas espécies. As comparações temporais tanto em An. cruzii como em An. homunculus mostraram diferenciação morfológica. Houve alta diferenciação genética intrapopulacional em todos os grupos amostrados (79,6% a 99,3%) e a diversidade haplotípica foi acima de 0,97 em todas as populações de An. cruzii, com poucos haplótipos compartilhados entre as amostras sazonais e geográficas. Os resultados sugerem que há regionalismo associado à paisagem em An. cruzii. Há substituição populacional em curto período de tempo, demonstrado pelo alto número de haplótipos diferentes e formato alar entre inverno e verão. / In the coastal region of São Paulo, Anopheles cruzii and An. homunculus are, respectively, the primary and secondary vectors of Plasmodium sp. These species are difficult of taxonomic identification, especially females. These anophelines exhibit differential affinities to the microenvironments of the Atlantic Forest. The aim of this research was to obtain wing diagnosis for An. cruzii and An. homunculus, besides morphological and genetically characterize the populations in seasonal, temporal and microenvironmental perspectives. Using geometric morphometrics was possible to distinguish between both species. The temporal comparisons in both An. cruzii and An. homunculus shown apparent morphological differentiation. There were high values of genetic differentiation within populations sampled in all groups and haplotype diversity was high in all An. cruzii populations analyzed with few shared haplotypes among seasonal and geographical samples. The results suggest that regionalism is associated with the landscape in populations of An. cruzii of hill and plain. There is a significant population replacement in a short period of time, demonstrated by the high number of different haplotypes and wing shape between winter and summer.