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Caracterização genética de populações de Aedes fluviatilis de parques municipais em São Paulo, utilizando marcadores microssatélites / Genetic characterization of Aedes fluviatilis populations from municipal parks in São Paulo, using microsatellite markersMultini, Laura Cristina 03 February 2016 (has links)
Parques localizados em grandes cidades possuem potencial para manter o ciclo biológico de insetos vetores de patógenos que causam doenças. Este é o caso do Aedes fluviatilis, uma espécie de mosquito antropofílica, abundantemente encontrada na cidade de São Paulo, porém que possui sua biologia, potencial epidemiológico e características genéticas pouco conhecidas. Visando o melhor conhecimento sobre a estrutura populacional dessa espécie foram selecionados oito loci microssatélites, marcadores utilizados em estudos de genética de populações, para caracterizar as populações de Ae. fluviatilis. Objetivos: (1) Testar parâmetros de funcionalidade de marcadores microssatélites em Ae. fluviatilis, previamente utilizados com sucesso em outras espécies de culicídeos (2) Avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações do mosquito Ae. fluviatilis, no município de São Paulo. Material e Métodos: Foram testados 40 pares de primers de microssatélites em mosquitos Ae. fluviatilis. Os primers funcionais foram utilizados para elucidar a estruturação das populações dessa espécie coletadas em nove parques urbanos da cidade de São Paulo. Resultados: Dos primers testados, oito foram funcionais e amplificaram de forma consistente em todas as nove populações de Ae. fluviatilis. Os resultados encontrados sugerem que essa espécie possui baixa estruturação genética, alto fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e sofreram um processo de expansão populacional. Discussão: Processos de urbanização, juntamente com mudanças climáticas, beneficiam e tendem a aumentar a abundância de espécies antropofílicas e adaptadas ao meio antrópico, como é o caso de Ae. fluviatilis, a expansão populacional dessa espécie, juntamente com o alto fluxo gênico e baixa estruturação genética, apresentam um panorama de alta adaptabilidade e sobrevivência deste culicídeo. Conclusões: Evidências, como o alto fluxo gênico, baixa estruturação populacional e déficit de heterozigosidade, indicam que as populações de Ae. fluviatilis estão em expansão populacional e que esse evento esteja ocorrendo junto com a expansão da área urbana de São Paulo. / Urban Parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquito species such as Aedes fluviatilis, an anthropophilic mosquito very abundant in the city of São Paulo. However its biology, epidemiological potential and genetic characteristics are poorly known. Aiming at better understanding of the population structure of this species, there were selected eight microsatellite loci, previously used in Aedes aegypti, Aedes albopictus and Aedes caspius population genetic studies to genetically characterize Ae. fluviatilis populations. Objectives: (1) Test microsatellite markers functionality parameters in Ae. fluviatilis, previously used successfully in other Aedes species (2) To evaluate the genetic variability and gene flow between populations of Ae. fluviatilis mosquito in São Paulo. Materials and Methods: There were tested 40 pairs of microsatellite loci in Ae. fluviatilis samples. The functional primers were used to elucidate the populations structure of this species collected in nine urban parks located in the city of São Paulo. Results: From the tested primers, eight were functional and amplified consistently in all nine populations of Ae. fluviatilis. The results suggest that this species has low genetic structure, high gene flow, heterozygosity deficit and are expanding its population size. Discussion: Urbanization processes, along with climate change benefits and tends to increase the abundance of anthropophilic and well adapted to human environment mosquito species, such as Ae. fluviatilis. The population expansion of this species, along with the high gene flow and low genetic structure, present a panorama of high adaptability and survival of this Culicidae in urban areas. Conclusions: Evidence, as the high gene flow, low population structure and high deficit of heterozygosity, indicate that Ae. fluviatilis population are in expansion and that this event is taking place along with the expansion of the urban area of São Paulo.
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Epidemiologia genética da intradermorreação de Montenegro em uma localidade de Rondônia. / Genetic epidemiology of Montenegro skin test in a locality of Rondônia.Fioretti, Ana Paula 05 August 2009 (has links)
A distribuição familial da resposta ao extrato antigênico da Leishmania foi analisada sobre o prisma da epidemiologia genética. O exame utilizado para medir a resposta do organismo ao antígeno estudado foi a intradermorreação de Montenegro (IDRM). O presente trabalho utilizou uma amostra de 313 indivíduos do município de Monte Negro, RO, com o objetivo de detectar a evidência de um componente genético importante na determinação da expressão da característica em estudo. As análises estatísticas foram realizadas por meio do programa SPSS e as análises de segregação foram feitas utilizando o programa de computador POINTER. Os resultados indicaram que as variáveis idade e sexo estão correlacionadas com a resposta ao extrato antigênico da Leishmania. Cálculos de correlação sugeriram a existência de agregação familial significante com forte componente genético. Esta agregação familial foi confirmada pela análise de segregação complexa, que sugeriu que o modelo mais adequado para explicar a transmissão do fenótipo, na população estudada, foi o monogênico recessivo. / The familal distribuition of the response to an antigenic extract of Leishmania was analyzed by applying genetic epidemiologic methods. The test used to measure the response of the organism to a Leishmania antigen went to Montenegro skin test. The present study tested a sample of 313 individuals from the Monte Negro, RO, with the objective to ascertain the relative importance of genetic components in the determination of the expression of the characteristic studied. Statistical analyses of sample were made through of SPSS program and complex segregation analysis was made using the computer program POINTER. The results showed that age and gender affect significantly the response to antigenic extract of Leishmania. Correlations suggested the existence of a significant familial aggregation with a strong genetic component. This familial aggregation was confirmed by complex segregation analysis, which suggested that the best model to explain the phenotype transmission in the Monte Negro population was the recessive monogenic one.
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Diversidade e estrutura genética de populações urbanas de abelhas Centridini (Hymenoptera: Apidae) visitantes florais de Tecoma stans (L) Kunth (Bignoniaceae) / Diversity and genetic structure of urban populations Centridini bees (Hymenoptera: Apidae) floral visitors of Tecoma stans (L) Kunth (Bignoniaceae)Oliveira, Diego Moure 09 October 2013 (has links)
Em abelhas, como nos demais himenópteros, a haplodiploidia e o mecanismo de determinação do sexo restringem o tamanho efetivo da população. Ademais, a nidificação próxima ao sítio natal pelas fêmeas das espécies solitárias restringe o fluxo gênico materno e causa alta viscosidade populacional. Centris é um gênero de abelhas solitárias da tribo Centridini, encontradas em distintos locais, como matas contínuas ou fragmentos florestais, bem como em ambientes urbanos; as espécies C. analis e C. tarsata se destacam no gênero pela abundância com que são encontradas nestas localidades. São abelhas poliléticas ou generalistas na coleta de pólen e nidificam em cavidades pré-existentes. Em razão de seu porte médio, presume-se que não apresentem alta capacidade de dispersão. Fêmeas de algumas espécies do gênero apresentam comportamento filopátrico. Estes dados nos levam a supor que espécies com traços biológicos similares tenham suas populações naturalmente estruturadas (subdivididas). Para testar esta hipótese, foram analisadas algumas regiões do genoma mitocondrial (DNAmt) de abelhas Centridini residentes em áreas urbanas. As duas subunidades da citocromo c oxidase (COI e COII), bem como o RNA transportador de leucina (RNAtLeu), apresentaram baixo nível de variação intra-específica, e a dificuldade em amplificar estas regiões para uma das espécies impediu a utilização destas regiões para análises populacionais. Desta forma, foram selecionadas duas regiões gênicas com taxas de variação intra-específicas distintas, o gene citocromo b (cytb) e a subunidade maior do DNA ribossômico (16S). Por ser uma molécula de herança materna, a análise destas regiões gênicas nos permitiu obter informações a respeito de colonização e o número de linhagens maternas. Os resultados deste trabalho sugerem que as populações de Centris tarsata e Centris trigonoides apresentam baixa e moderada estruturação, respectivamente. Para C. analis, a espécie mais bem amostrada, o excesso de picos duplos apresentados nos eletroferogramas dificultou a interpretação dos resultados. Foi possível ainda verificar diferenças na distribuição haplotípica de machos e fêmeas de C. tarsata, sugerindo a ocorrência de uma dispersão enviesada para machos, caracterizando uma dispersão sexo-assimétrica. / In bees, as in other hymenopterans, the haplodiploidy and mechanism of sex determination constrain the effective population size. Moreover, the nesting close to home site by the females of solitary species restricts maternal gene flow and causes high population viscosity. Centris is a genus of solitary bees of the tribe Centridini found in different locations, such as continuous forests or forest fragments, as well as in urban environments; the species C. analis and C. tarsata stand out in the genre for the abundance that are found in these locations. They are polyletics bees, or generalists in collecting pollen, and nest in cavities pre-existing. In reason of its medium size, it is presumed that do not present high dispersal capacity. How some species of the genus are phylopatric, we presume that other also presenting similar behavior. These data lead us to suppose that species with similar traits have their populations naturally structured (subdivided). To test this hypothesis, we analyzed urban populations of four species of Centris for some regions of mitochondrial genome (mtDNA). The two subunits of cytochrome c oxidase (COI and COII) and the tRNA leucine (tRNALeu) showed a low level of intraspecific variation, and the difficulty to amplify those regions for one species prevented the use of these regions to population analysis. Thus, we selected two gene regions with distinct rates of intra-specific variation, the gene cytochrome b (cytb) and the large subunit ribosomal DNA (16S). As a molecule maternally inherited, the analysis of the mitochondrial genes enabled us to obtain informations about colonization through the number of maternal lineages. Our results suggest that Centris tarsata and Centris trigonoides populations exhibit low and moderate genetic structuring, respectively. In C. analis, the species most well sampled, the excess of double peaks showed in the electropherograms difficults the interpretation of results. Also, for the species C. tarsata was possible to verify differences between males and females, suggesting the occurrence of a male skewed dispersion and an asymmetrical dispersion.
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Mapeamento associativo de locos relacionados à produtividade de grãos em soja / Association mapping of loci related to soybean yieldSigrist, Mário Sérgio 07 December 2012 (has links)
O mapeamento associativo em soja tem sido recentemente utilizado como alternativa para o mapeamento de locos envolvidos no controle de características quantitativas em plantas. Dentre as vantagens, a técnica possibilita explorar a variabilidade genética disponível em bancos de germoplasma, permitindo maior resolução para a identificação de novos locos e alelos envolvidos no controle de características quantitativas. Um painel associativo composto por 89 genótipos provenientes de diversas regiões do mundo foi caracterizado em relação a 20 características fenotípicas e 114 marcadores moleculares microssatélites. Foram identificados 905 alelos, com média de 7,94 alelos/loco além de ampla variabilidade fenotípica, incluindo materiais mais produtivos em relação às testemunhas comerciais. Para associação entre marcadores e fenótipos, foi utilizada a abordagem de modelo linear misto (MLM), o qual incorpora informações de estrutura populacional e parentesco. Dos 114 marcadores utilizados, 78 foram responsáveis por 285 associações significativas com base nos diferentes métodos de correção para múltiplos testes, sendo 29 marcadores associados a uma única característica. As características produtividade de grãos, massa de 100 sementes, teor de óleo e teor de proteína foram associadas a 36 marcadores, sendo 30% destas associações previamente descritas na literatura. Algumas destas associações foram selecionadas para verificar o efeito alélico sobre o genótipo observado, gerando informações preliminares para a aplicação futura de seleção assistida por marcadores (SAM). O tamanho dos blocos de ligação foram estimados em ~20 cM (r2 < 0,05) e ~2 cM (r2 < 0,1), sugerindo a necessidade de 140 ou 1.300 marcadores para saturação completa do genoma no caso do painel associativo analisado. Os resultados obtidos deverão ser investigados futuramente a fim de confirmar as associações em diferentes populações. / Association mapping has recently been used in soybean as an alternative to linkage mapping of loci controlling quantitative traits. Among the advantages, the technique allows to explore the genetic diversity available in germplasm banks, which may result in greater resolution for the identification of new loci and alleles. An association panel comprising 89 genotypes from different regions of the world was characterized with using 20 phenotypic traits and 114 microsatellite markers. A total of 905 alleles were identified, with an average of 7.94 alleles / locus, besides a wide phenotypic variability, including more productive genotypes when compared to the commercial checks. Association between markers and phenotypes was performed using a mixed linear approach (MLM), which incorporates information regarding population structure and kinship. Among the 114 markers used, 78 were responsible for 285 significant associations based on different criteria to correct for multiple tests, and 29 markers were associated with a single trait. Seed yield, 100 seeds weight, oil and protein content were associated with 36 markers, with 30% of these associations previously reported in the literature. Some of these associations were selected to determine the allelic effects over the traits, in order to generate preliminary data for marker assisted selections (MAS). Estimated size of haplotype blocks were ~20 cM (r2 <0.05) and ~2 cM (r2 <0.1), suggesting that 140 or 1,300 markers would be necessary to cover the association panel\'s genome. Future studies should confirm marker-trait associations here found using different populations.
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Genética epidemiológica de malária em Rondônia. / Genetic epidemiology of malaria infection at Rondônia.Ferreira, Ricardo de Godoi Mattos 15 September 2008 (has links)
O objetivo do trabalho foi de investigar os mecanismos genéticos relacionados à resposta humana à malária em duas populações Amazônicas. Cerca de 180 indivíduos de Portuchuelo e mais de 800 indivíduos de Monte Negro foram incluídos na amostra. Os indivíduos amostrados passaram por um levantamento epidemiológico e caracterização de marcadores genéticos. O número de episódios de malárias relatado pelos indivíduos, após correção para idade e sexo, foi submetido a testes de associação. A associação esperada entre indivíduos Fy- e a característica estudada foi encontrada nas duas populações, sem heterogeneidade significante. Análises de segregação complexa indicaram a presença de um gene principal relacionado ao acometimento de malária. Utilizando 108 STRs foi realizada uma varredura genômica na população de Portuchuelo onde foi encontrado um pico de lod score, sugestivo de ligação no braço curto do cromossomo 4. Os resultados obtidos em Portuchuelo não foram confirmados em 9 STRs estudados na população de Monte Negro. / With the aim of investigate the genetic mechanisms related to the human response to malaria infection, two Amazonian populations were studied. About 180 individuals from Portuchuelo population and more than 800 individuals from Monte Negro were included in the sample. Those individuals where subjected to an epidemiological survey, followed by characterization of genetic markers. Among the characteristics surveyed, the number of malaria episodes reported by the subjects was tested for association with classic blood groups markers after correction for age and sex. The expected association with Fy- individuals was observed in both populations, without significant heterogeneity. Complex segregation analyses indicated the presence of a major gene related to the number of malaria episodes. A genomic scan using STRs markers was conducted at the Portuchuelo sample. The multipoint linkage scan showed a lod score suggestive of linkage at the short arm of chromosome 4. The results found at Portuchuelo were not confirmed at the Monte Negro sample using 9 STRs.
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Estrutura genética populacional em lobeira (Solanum lycocarpum A. St.-Hil., Solanaceae), em ambientes naturais e antropizados no estado de Goiás / Population genetic structure of lobeira (S. lycocarpum A. St.-Hil, Solanaceae), in natural and anthropogenic environmental in State of GoiásMoura, Tânia Maria de 25 June 2007 (has links)
Solanum lycocarpum A.St.-Hil. (Solanaceae) é uma espécie de ampla distribuição no bioma Cerrado. Popularmente conhecida com fruta-do-lobo, devido ao fato de o lobo-guará consumir frequentemente os frutos desta planta, sendo este seu principal agente dispersor de sementes. É utilizada pela população local para fabricação de doces, e empiricamente como medicinal. A espécie floresce e frutifica durante todo o ano, característica que permite constante fluxo de genes via pólen e sementes. Ocupa facilmente ambientes antropizados, o que permite que seja utilizada em projetos de restauração. O presente estudo teve como objetivo, caracterizar a estrutura genética populacional de S. lycocarpum em ambientes naturais e antropizados, utilizando dois marcadores moleculares: microssatélites (SSR) e isoenzimas. Foram estudadas quatro populações com SSR, e duas populações com Isoenzimas, formando pares de populações (uma natural e outra antropizada). As populações estudadas com marcadores SSR estavam situadas duas a Nordeste do Estado de Goiás e outras duas a Sul do estado. As duas populações estudadas com isoenzimas localizavam-se a Sul de Goiás. Coletou-se aleatoriamente amostras de 60 indivíduos em cada população, exceto na população antrópica estudada com marcador Isoenzimático, que foram amostrados 41 indivíduos. As amostras foram conduzidas ao LARGEA – ESALQ/USP, onde foram realizados os procedimentos laboratoriais. A análise dos dados consistiu em quantificar a diversidade genética e sua distribuição entre e dentro das populações. Embora os valores do índice de fixação tenham sido algumas vezes altos, não foram detectados valores significativos em nenhuma das populações para ambos os marcadores, sugerindo ausência de endogamia nas populações estudadas. As populações naturais estudadas com locos SSR apresentaram número de alelos por loco mais elevados que as populações antropizadas. Uma população situada em uma unidade de conservação foi a que apresentou maior número de alelos por locos e maior número de alelos exclusivos, o que permite sugerir que unidades de conservação abrigam maior diversidade genética que populações com influência antrópica. Utilizando o teste X2 foi possível confirmar que o número de alelos encontrados nas populações naturais é significativamente mais elevado que os encontrados no outro tipo de ambiente. O mesmo não foi verificado para as populações estudadas com locos isoenzimáticos. A divergência genética entre as populações foi substancial, significativamente diferentes de zero e semelhantes para ambos os marcadores (θp=0,095 e θp=0,081 para marcadores SSR e Isoenzimáticos, respectivamente). A divergência genética entre as populações medida pela estimativa GST(Hedrick), que considera tanto o tipo como a freqüência dos alelos, apresentou valores superiores para os dois marcadores (SSR=0,167 e Isoenzimáticos= 0,102), indicando maior restrição no fluxo gênico histórico se comparado com as estimativas obtidas da estatística FST. O presente estudo permite sugerir que existe diferença na estrutura genética entre áreas sob intervenção antrópica e aquelas com intervenção restrita, havendo nas áreas mais preservadas maior diversidade genética. Os resultados obtidos com a estimativa GST(Hedrick) possibilitam propor que mesmo em espécies de ampla distribuição e que frequentemente ocupam ambientes de ação antrópica, como a lobeira, pode estar ocorrendo restrição de fluxo gênico e apontam maior diferenciação entre populações de lobeira do que relatado em estudos anteriores. / Solanum lycocarpum A. St.-Hil. (Solanaceae) has a wide distribution in savanna biome. The species is common know as "fruta-do-lobo" due the "lobo-guará" frequently to eat your fruits. "Lobo-guará" is also the main seed disperser of the species. The species is used for local people to manufacture sweets and as medicine. The species flowering and produce fruits during all year, favoring pollen and seed gene flow. The species colonize easily anthropized environments, permitting your use in environmental restoration projects. The goal of this study was to characterize the genetic structure of S. lycocarpum in natural and anthropized populations, using two different kinds of genetic markers: microsatellites (SSR) and allozymes. Four populations were studied using SSR markers and two using allozyme markers, forming pair of populations (a natural and an anthropized). Two populations studied by SSR markers were located in Northeast of Goiás State and two in South of the State. The two South populations were also studied by allozyme markers. Samples were randomly collected from 60 individuals in each population, with exception in one anthropized population study by allozymes, where 41 individuals were sampled. The samples were envied to LARGEA – ESALQ/USP, where the Lab analyses were made. The genetic diversity and distribution among and within populations was quantified. Although fixation index values were highest in some populations, these values were not statistically different from zero for both used genetic markers, suggesting absence of inbreeding in the studied populations. For SSR markers, natural populations showed higher number of alleles per locus than anthropized populations. A population located in a conservation unity presents the highest number of alleles per locus and exclusive alleles, suggesting that this population have higher genetic diversity than anthropized populations. According to a X2 test, the number of SSR alleles was significantly higher that detected in anthropized population. The same was not observed for population studied by allozyme loci. The genetic divergence among populations was substantial and significant different from zero for both used genetic markers (θp=0.095 and θp=0.081 for SSR and allozymes, respectively). The genetic divergence measured by GST(Hedrick) statistic, that considerer simultaneously the kinds of alleles and gene frequency was higher for both genetic markers (SSR=0.167 and allozymes= 0.102), indicating lower historic gene flow than measured by FST statistic. The present study suggested that there are differences in genetic structure between natural and anthopized populations, where natural populations have more genetic diversity. The results from GST(Hedrick) statistic suggested that even species with wide geographic distribution and whish frequently colonizing anthropized environments, as lobeira, can experience restriction in gene flow. The present results also indicate higher genetic differentiation among population than has been related in previous population study with this species.
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Filogeografia e limites inter-específicos em Dendrocolaptes certhia (Aves:Dendrocolaptidae)BATISTA, Romina do Socorro da Silva January 2012 (has links)
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Previous issue date: 2012 / A sistemática da espécie politípica Dendrocolaptes certhia (Aves: Dendrocolaptidae) foi estudada até hoje apenas com base em caracteres morfológicos e até então não se conseguiu delimitar as relações e propor diagnoses consistentes para todos os táxons / populações agrupados na espécie. Caracteres moleculares se tornam assim uma ferramenta potencial para fornecer um grau maior de resolução acerca da história evolutiva desta espécie politípica. Para tal, foi utilizado um banco de dados multilocus composto de dois genes mitocondriais e três loci diferentes de genes nucleares, e a partir de análises com diferentes abordagens (bayesianas, coalescentes e genético populacionais) foi então proposta a primeira filogeografia para esta espécie. Os dados moleculares sugerem alterações na taxonomia de Dendrocolaptes certhia em relação a arranjos propostos onde propomos um novo tratamento taxonômico que reconhece sete espécies diagnosticáveis ao invés de uma única espécie politípica reunindo todos os táxons de D. certhia. Estas sete espécies estão distribuídas de maneira a corroborar com as principais áreas de endemismo na Amazônia, e sua diversificação parece estar fortemente correlacionada com a formação da drenagem moderna da Amazônia durante os períodos do Plio-Pleistoceno. / The systematics of the polytypic species Dendrocolaptes certhia (Aves: Dendrocolaptidae) has been studied so far only through morphological characters, which have been unable to resolve relationships and provide consistent diagnoses for many
described taxa grouped under this species. Molecular characters thus become a potential tool to provide a higher degree of resolution concerning the evolutionary history of this polytypic species. We used a multilocus database combining two mitochondrial and three
nuclear genes from different loci, which was analyzed with different approaches (Bayesian, coalescent, and population genetics), to propose the first phylogeographic hypothesis for this polytypic species. The molecular data indicate that traditional taxonomy contrasts strongly with the evolutionary history of Dendrocolaptes certhia, with the recognition of seven diagnosable independent species rather than a single polytypic species. These seven species are distributed coincidentally with the main areas of endemism in the Amazon, and their diversification appears to be strongly correlated with the formation of the modern Amazonian drainage during Plio-Pleistocene times.
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Vestígios do passado : a história ameríndia revelada através de marcadores genéticosMachado, Rafael Bisso January 2010 (has links)
Este trabalho teve como meta principal contribuir para elucidar algumas das questões em aberto pertinentes à história evolutiva e antropológica de populações nativas americanas. Para isso investigou-se marcadores uniparentais paternos, ligados à NRY, e materno, mtDNA. Para o cromossomo Y foram investigados 108 indivíduos (85 sulameríndios de 16 tribos, pertencentes a 5 grupos lingüísticos, além de 23 asiáticos (siberianos), compreendendo 6 grupos étnicos distintos). Para o mtDNA foram investigados 160 indivíduos (homens e mulheres), compreendendo 10 tribos sulamericanas, pertencentes a 5 grupos lingüísticos distintos. Para o cromossomo Y foram utilizados 26 marcadores (SNPs). Para o mtDNA a região controladora-RC (HVS-I: da posição 16.024 até 16.569, e HVS-II: da posição 001 até 576) e a região imediatamente 5’ à região controladora foram seqüenciadas. Foi possível determinar para o cromossomo Y que Q1a3a* (autóctone nativo-americano, de provável origem beringiana) está fixado em 63% das tribos; o haplogrupo Q1a3*, que por outro lado também é encontrado na Ásia, foi observado entre os Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) e esquimós asiáticos (17%). Merece destaque que Q1a3* parece ser o que até agora era identificado como sendo apenas “haplogrupo Q*”, ou seja, cromossomo Y portador do alelo derivado no loco M242, mas com alelo ancestral para o M3. Nenhuma das novas mutações mencionadas na atual árvore filogenética do cromossomo Y (com exceção do M346, que define Q1a3*) foram encontradas. O seqüenciamento de regiões do cromossomo Y não revelou nenhuma nova mutação. No caso do mtDNA, os indígenas do tronco Ge mostram os haplogrupos B e A como sendo os mais freqüentes, enquanto que nos Tupi esses haplogrupos apresentam freqüências mais elevadas apenas em regiões bastante restritas, ficando o haplogrupo D como o mais freqüente. Cabe salientar que o haplogrupo C apresenta freqüência muito baixa tanto para os Ge quanto para os Tupi, sendo que freqüências um pouco mais elevadas estão quase que geograficamente opostas, ficando no sul do Brasil para os Ge e no norte para os Tupi. Avaliando o modelo de fissão-fusão pôde-se sugerir que: 1) As linhagens mitocondriais tribo-específicas dentro das tribos Kayapó aqui investigadas dificilmente representariam linhagens autóctones, já que o tempo de surgimento de cada tribo por processo de fissão é pequeno para comportar uma rede de novas mutações. As especificidades poderiam estar vinculadas ao modelo de fissão envolvendo grupos de pessoas aparentadas via materna. Nesse caso, grupos de parentes carregariam para fora do grupo parental todas as seqüências pertencentes a uma determinada linhagem. Assim a linhagem estaria presente somente no grupo derivado e não mais no parental; 2) Perda de linhagens parentais na dispersão e/ou por deriva na formação do novo grupo, o que resultaria na diferença encontrada entre os grupos derivados; 3) Embora não se possa excluir alguma fusão posterir a fissão, a quantidade de linhages exclusivas nas tribos Kayapó estaria indicando relativo isolamento dos grupos depois da fissão (ausência ou baixa freqüência de fluxo gênico entre os grupos fissionados levando à relativa baixa freqüência de linhagens compartilhadas), o que denota o fato do fenômeno ser recente (atritos ainda presentes na memória coletiva e/ou familiar dos grupos fissionados) como estabelecido pelos dados históricos (início do século XVII). Esse fato poderia sugerir que a fusão demanda mais tempo para ocorrer; 4) O compartilhamento das linhagens mais comuns, normalmente na raiz das networks, entre os Tupi e os Ge, parece denotar mais ancestralidade comum do que importante fluxo gênico depois da formação desses dois grandes estoques lingüísticos. / This work has as its main aim to elucidate some of the still open questions about the evolutive and anthropological history of the Native American populations. Paternal uniparental markers, in the NRY, and maternal, mtDNA, were investigated to do that. For the Y chromosome, 108 individuals were investigated (85 South-Amerindians from 16 tribes, belonging to 5 linguistic groups, and 23 Asians (Siberians), covering 6 distinct ethnical groups). For the mtDNA, 160 individuals (men and women) were evaluated, covering 10 South-American tribes, belonging to 5 distinct linguistic groups. For the Y chromosome 26 SNPs were tested and some regions sequenced. For the mtDNA the control region-CR (HVS-I: from position 16.024 to 16.569, and HVS-II: from position 001 to 576) and the region immediately 5’ of the control region were sequenced. It was possible to determine that Q1a3a* (a Native American autoctonous chromosome, probably of Beringian origin) is fixed in 63% of the tribes; the haplogroup Q1a3*, which, moreover, is also encountered in Asia, was observed in Araweté (25%), Jamamadi (100%), Lengua (25%) and Asian Eskimos (17%). It is worth mentioning that Q1a3* appears to be what until now has been identified as “haplogroup Q*” only, that is, Y chromosome carrier of the derived allele in the M242 locus, but with an ancestral allele for M3. Any of the new mutations mentioned in the current Y chromosome phylogenetic tree (except M346, which defines Q1a3*) were encountered. Sequencing of Y chromosome regions hasn’t revealed any new mutation. In the mtDNA’s case, the Ge indians show the haplogroups B and A as the most frequent ones, while in the Tupi indians these haplogroups show high frequencies only in very restrict regions, being haplogroup D the most frequent. It should be noted that haplogroup C shows very low frequency in both Ge and Tupi, the slightly higher frequencies occuping almost geographically opposite locations, at the South of Brazil for the Ge and on the North for the Tupi. On evaluating the fission-fusion model it could be suggested that: 1) Tribe-specific lineages in the Kayapó tribes investigated here would hardly represent autoctonous lineages, since the time of emergence of each tribe by fission process is small to bear a web of new mutations. The specificities could be related to the fission model involving maternally related groups of people. In this case, groups of relatives would carry out of the parental group all the sequences belonging to a determined lineage. Therefore the lineage would be present only in the derived group and not in the parental anymore; 2) Loss of parental lineages in the dispersion and/or by drift in the new group’s formation, which would result in the differences found between the derived groups; 3) Though some fusion posterior to the fission cannot be excluded, the amount of exclusive lineages in the Kayapó tribes would indicate a relative isolation of the groups after the fission (absence or low frequency of gene flow between the fissioned groups leading to relative low frequency of the shared lineages), which denotes the fact of the phenomenon being recent (struggles still present in the collective and/or familiar memories of the fissioned groups) as estabilished by historical data (beginning of the XVII century). This fact could suggest that the fusion demands more time to occur; 4) The sharing of the more common lineages, normally in the networks’ nodes, between Tupi and Ge, appears to denote more common ancestrality than important gene flow after the formation of these two great linguistic stocks.
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Ecologia molecular de ostras (Crassostrea spp.) do Atlântico Tropical / Molecular ecology of oysters (Crassostrea spp.) from Tropical AtlanticNathalia Pereira Cavaleiro 28 March 2013 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Crassostrea (Sacco, 1897) é o gênero mais importante do mundo de ostras de cultivo e consiste de 34 espécies distribuídas pelas regiões tropicais e temperadas do globo. C. gasar e C. rhizophorae são as duas espécies nativas que estão distribuídas ao longo de toda a costa do Brasil até o Caribe. C. gasar também ocorre na costa da Africa. Ainda que sua distribuição seja extensa e com disponibilidade abundante, o cultivo de ostras nativas no Brasil ainda é incipiente e a delimitação correta dos estoques mantém-se incerta. O sucesso do desenvolvimento da malacocultura, que é recomendada internacionalmente como forma sustentável de aquicultura, depende da resolução desses problemas. Assim, com o objetivo de determinar geneticamente seus estoques no Atlântico como também estimar sua história demográfica, dois diferentes marcadores moleculares foram empregados: sequências de DNA da região controle mitocondrial e loci de microssatélites espécie-especifícos, desenvolvidos no presente estudo. Foram sequenciados fragmentos da região controle de um total de 930 indivíduos de C. gasar e C. rhizophorae coletados em 32 localidades que incluíram o Caribe, a Guiana Francesa, a costa brasileira e a África. Também foram realizadas genotipagens de 1178 indivíduos, e ambas as espécies, com 9 e 11 loci de microssatélites para C. gasar e C. rhizophorae, respectivamente. Os dados genéticos foram analisados através de diferentes abordagens (índices de estruturação (FST) e de (Jost D), análise molecular de variância (AMOVA), análise espacial molecular de variância (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), análise fatorial de correspondência (AFC) e análise de atribuição Bayesiana (STRUCTURE)). Os resultados indicaram um padrão geral de estruturação, onde dois diferentes estoques foram detectados para ambas as espécies: grupos do norte e do sul, onde o Rio de Janeiro seria a região limitante entre os dois estoques. Os maiores valores dos índices de estruturação foram encontrados para C. gasar, indicando que esta espécie estaria mais estruturada do que C. rhizophorae. As análises demográficas indicaram uma provável expansão das populações durante o ultimo período glacial e uma possível origem americana das populações africanas. Todos os resultados sugeriram a existência de uma barreira geográfica próxima ao Rio de Janeiro, que poderia ser a cadeia de Vitória-Trindade e o fenômeno de ressurgência que ocorre em Cabo Frio (RJ). Esses resultados serão de grande utilidade para estabelecer critérios para seleção de sementes para cultivo ao longo da costa do Brasil que permitirá o manejo adequado dos estoques ostreícolas, prevenindo seu desaparecimento como já ocorrido em outros recifes no mundo. / Crassostrea (Sacco, 1897) is the most important genus of cultivated oysters in the world and consisting of 34 species distributed by tropical and temperate regions of the globe. C. gasar and C. rhizophorae are the two native species which have wide distribution along the entire Brazilian coast up to the Caribbean. C. gasar also occurs on coast of Africa. Despite its extensive distribution and abundant availability, cultivation of those oysters in Brazil is incipient, and the correct delimitation of the existing stocks is still uncertain. The successful development of malacoculture which is recommended internationally as an environmentally sustainable form of aquaculture depends on the resolution of these issues. Thus, in order to genetically determinate their stocks in the Atlantic and to estimate their demographic history, two different molecular markers were employed: sequences of the mitochondrial DNA control region and species-specific microsatellite loci, developed in the present study. We have sequenced a fragment of the mitochondrial control region from a total of 930 individuals of C. gasar and C. rhizophorae collected in 32 localities including the Caribbean, French Guyana, Brazilian coast and Africa. We have also genotyped 1178 individuals of both species with 9 and 11 loci of microsatellites for C. gasar and C. rhizophorae, respectively. Genetic data were analyzed with different approaches (fixation (FST) and differentiation (Jost D) indices, analysis of molecular variance (AMOVA), spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), factorial correspondence analysis (AFC) and Bayesian attribution analysis (STRUCTURE)). The results indicated a general structure pattern, where two different stocks were detected for both species: north and south groups, where Rio de Janeiro would be the limited region between them. Higher values of fixation indices were found for C. gasar, indicating that this species would be more structured than C. rhizophorae. Demographic analyses showed a probable expansion of populations during the last glacial period and a probable American origin of African populations. All results suggested the existence of a barrier next to Rio de Janeiro, which could be Vitoria-Trindade chain and the upwelling in the region of Cabo Frio (RJ). These results will be useful to establish criteria for the selection of seeds for cultivation along the Brazilian coast which will allow proper management of stocks of oysters preventing its disappearance as in other reefs around the world.
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Transferibilidade e variabilidade genética de marcadores microssatélites gênicos em Egenia klotzschiana Berg (Myrtaceae) / Transferability and genetic variability of microsatellite markers genec Eugenia klotzschiana Berg (Myrtaceae)Siqueira, Mariana Natalice de 11 August 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-08-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Eugenia klotzschiana Berg is a species of Myrtaceae with restricted distribution in the Cerrado. Its fruits present nutritional potential and can be used in extractive way, as raw material for production of jams, jellies and juices. In this context, it is necessary to evaluate population-genetic aspects in order to provide information to assist in targeting strategies for management and conservation. To assess the genetic variability in a population context microsatellite markers have been used in recent years. The sequences flanking the microsatellite regions of the genome are highly conserved between related species, enabling the portability of these markers, reducing thereby the costs of developing the same for each species under study. In this context, the aim of this study was to test the potential for transferability to the genome of E. klotzschiana of genic microsatellite markers developed for Eucalyptus, as well as to characterize the genetic variability in their populations. For this purpose, DNA was extracted from leaf tissue of E. klotzschiana individuals and used to test the cross 120 pairs of amplification primers. Samples from seven locations were used to characterize the population genetic variability. The amplification products were analyzed on agarose and polyacrylamide capillary electrophoresis gel in different stages. Of total primers tested, 67 (55.83%) did
not amplify, 42 (35%) had many nonspecific amplification products and 11 (9.2%) were
successfully transferred. Of the 11 transferred eight showed polymorphism. For the
eight polymorphic markers, the probability of identity was high (2.02 x10-3) and the
power of paternity exclusion was moderated (0.74). In this population the average value
of expected heterozygosity (He) was 0.28 and observed heterozygosity (Ho) was 0.44,
as in subpopulations of He mean values ranged from 0.18 to 0.27 and the mean values
Ho ranged from 0.36 to 0.53, respectively. No significant for the fixation index (f) were
observed in the populations values indicating allele frequencies below the expected
Hardy-Weinberg proportions.The extent of genetic divergence among subpopulations
showed relatively high genetic differentiation, with a value of θ equal to 0.20, and peerto-
peer values ranging between 0.00 and 0.34. The strategy of transferability of
microsatellite markers was efficient to generate a panel of polymorphic microsatellite
markers and learn a little of the genetic variability of the species. It was possible to
verify that there is a low genetic variability within subpopulations for biomarkers.
However, this work is a starting point for future studies to better understand the
reproductive biology of the species Eugenia klotzschiana. / Eugenia klotzschiana Bergé uma espécie da família Myrtaceae com distribuição restrita no Cerrado. Seus frutos apresentam potencial alimentício e podem ser utilizados de forma extrativista,como matéria-primapara produção de doces, geleias e sucos. Neste contexto, torna-se necessário a avaliação de aspectos genético-populacionais a fim de disponibilizar informações que auxiliem no direcionamento de estratégias de manejo e conservação. Marcadores microssatélites têm sido utilizados nos últimos anospara
avaliar a variabilidade genética em um contexto populacional. As sequências que flanqueiam as regiões microssatélites no genoma encontram-se altamente conservadas entre espécies relacionadas, o que possibilita a transferibilidade destes marcadores, reduzindo, desta forma, os custos de desenvolvimento dos mesmos para cada uma das espécies que se pretende estudar. Nesse contexto, o objetivo do presente estudo foi testar o potencial de transferibilidade para o genoma de Eugenia klotzschiana, de marcadores microssatélites gênicos desenvolvidos para Eucalyptus, assim como caracterizar a variabilidade genética existente em suas populações. Para tanto, o DNA foi extraído a partir de tecido foliar de indivíduos de E. klotzschianae utilizado para testar a amplificação cruzada de 120 pares de primers. Amostras oriundas de sete localidades foram utilizadas para a caracterização da variabilidade genética populacional. Os produtos de amplificação foram analisados em gel de agarose, poliacrilamida e emeletroforese capilar, em diferentes etapas. Do total deprimers testados, 67 (55,83%) não amplificaram, 42 (35%) apresentaram muitos produtos de amplificação inespecíficos e 11 (9,2%) foram considerados transferidos com sucesso. Dos 11 transferidos, oito apresentaram polimorfismo. Para os oito marcadores polimórficos, a probabilidade de identidade foi alta (2,02x10-3) e o poder de exclusão de paternidade foi moderado (0,74). Na população, o valor médio da heterozigosidade esperada (He) foi de 0,28 e a heterozigosidade observada (Ho) foi de 0,44, já nas subpopulações os valores médios de He variaram de 0,18 a 0,27 e os valores médios de Ho variaram de 0,36 a 0,53.Não foram observados valores significativos para o índice de fixação (f) nas subpopulações, indicando que as frequências alélicas seguem as proporções esperadas pelo equilíbrio de Hardy-Weinberg. A medida de divergência genéticaentre as subpopulações apresentou diferenciação genética relativamente
alta,com valor de θigual a0,20, e com valores par-a-par variando entre 0,00 e 0,34. A estratégia de transferibilidade de marcadores microssatélites foi eficiente para gerar um painel de marcadores microssatélites polimórficos e conhecer um pouco da variabilidade genética da espécie. Foi possível verificar que existe uma baixa variabilidade genética dentro das subpopulações para os marcadores avaliados. Todavia, esse trabalho é um ponto de partida para futuros estudos que permitam conhecer melhor a biologia reprodutiva da espécie Eugenia klotzschiana.
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