Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As espécies do gênero Acinetobacter são freqüentes no ambiente, mas nas últimas décadas vêm se destacando como patógenos hospitalares, especialmente Acinetobacter baumannii e as genoespécies 3 e 13TU, que formam o Complexo A. baumannii e cuja diferenciação só é possível pela utilização de metodologias moleculares. São associadas a diferentes apresentações clínicas, principalmente em pacientes internados em unidades de tratamento intensivo. Freqüentemente apresentam resistência a uma ampla variedade de antimicrobianos, incluindo os carbapenêmicos. Nestes casos as opções de tratamento podem, algumas vezes, limitar-se à polimixina. Esse trabalho objetivou avaliar a susceptibilidade a antimicrobianos, a diversidade genética e a dinâmica de colonização de Acinetobacter spp. isolados de pacientes internados no Centro de Tratamento Intensivo do Hospital Universitário Pedro Ernesto em um ano de estudo. Durante o ano de 2009 foram estudadas 76 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de 34 pacientes, sendo a maioria obtida do trato respiratório (42,1 %), seguido de sangue (19,7%). Do total, 96,1% (73) foram identificadas como A. baumannii através da detecção do gene intrínseco blaOXA-51-like. Todas as amostras de A. baumannii foram produtoras da carbapenemase OXA-23 e apresentaram perfil de multirresistência, enquanto as três espécies não-baumannii foram sensíveis a todos os antimicrobianos testados. Não houve produto de amplificação para os genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like e blaOXA-143 pela técnica de PCR multiplex. As amostras apresentaram taxa de resistência maior que 70% para oito dos onze antimicrobianos testados: piperacilina-tazobactam, ceftazidima, cefotaxima, cefepime, amicacina, ciprofloxacina, imipenem e meropenem. A droga com melhor atividade in vitro foi a polimixina B. Quatro amostras foram resistentes com CIM determinada pelo E-test variando de 6 g/mL a 32 g/mL. Observou-se uma grande diversidade genética dentre as amostras, com dez grupos clonais identificados pelo PFGE. O grupo clonal B foi prevalente e persistente na unidade, representado por 32 (42,1%) amostras. Esse foi o mesmo clone descrito como o mais freqüente no Rio de Janeiro em estudo prévio. O clone associado a um surto ocorrido na mesma instituição entre 2007 e 2008 esteve presente em apenas sete (9,2%) amostras, tendo sido substituído pelo genótipo B. A análise prospectiva dos pacientes que permaneceram internados por pelo menos um mês mostrou casos de substituição clonal após terapia antimicrobiana, indicando a existência de reservatório ambiental dos genótipos circulantes. A colonização do trato respiratório por A. baumannii foi bastante comum, mas também foram observados casos de substituição de uma espécie não-baumannii por A. baumannii, além de infecção de corrente sanguínea por um genótipo diferente daquele responsável pela colonização. A presença de cepas resistentes à polimixina é preocupante, pois representa uma ameaça à terapia com a droga. A existência de um clone multirresistente disseminado no Rio de Janeiro, possivelmente pela transferência de pacientes e por profissionais que trabalham em mais de um hospital, aponta a necessidade de se adotar medidas de controle de infecção mais eficazes a fim de reduzir as taxas de morbidade e mortalidade. Além disso, a identificação de focos ambientais de dispersão das cepas epidêmicas parece essencial para garantir a eficácia das demais medidas de contenção de surtos / The species of the genus Acinetobacter are common in the environment, but in recent decades have gained prominence as nosocomial pathogens, especially Acinetobacter baumannii and genospecies 3 and 13TU, which form the A. baumannii Complex and whose differentiation is only possible by the use of molecular methodologies. They are associated with different clinical presentations, mainly in patients hospitalized in intensive care units. Often exhibit resistance to a wide range of antimicrobials, including carbapenems. In these cases, treatment options may sometimes be restricted to polymyxin. This study aimed to evaluate the antimicrobial susceptibility, genetic diversity and colonization dynamics of Acinetobacter spp. isolated from patients hospitalized in the Intensive Care Unit of Hospital Universitário Pedro Ernesto in a year of study. During 2009, 76 strains of Acinetobacter spp. isolated from 34 patients were studied, most of them obtained from the respiratory tract (42.1%), followed by blood (19.7%). Of the total, 96.1% (73) were identified as A. baumannii by detection of the intrinsic gene blaOXA-51-like. All strains of A. baumannii were OXA-23 carbapenemase producers and showed a multiresistant profile, whereas the three non-baumannii species were susceptible to all antimicrobials tested. There were no amplification products for the genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like and blaOXA-143 by multiplex PCR. The islates showed resistance rates greater than 70% for eight of eleven antimicrobials: piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefotaxime, cefepime, amikacin, ciprofloxacin, imipenem and meropenem. The drug with the highest activity in vitro was polymyxin B. Four strains were resistant with MICs determined by E-test ranging from 6 g/mL to 32 g/mL. A great genetic diversity was observed among the isolates, with ten clonal groups identified by PFGE. The clonal group B was prevalent and persistent in the unit, represented by 32 (42.1%) isolates. This was the same clone described as the most frequent in Rio de Janeiro in a previous study. The clone associated with an outbreak in the same institution between 2007 and 2008 was found in only seven (9.2%) isolates, having been replaced by genotype B. A prospective analysis of patients who were admitted for at least one month showed cases of clonal substitution after antimicrobial therapy, indicating the existence of environmental reservoir of circulating genotypes. Respiratory tract colonization by A. baumannii was quite common, but there were also cases of replacement of a non-baumannii species by A.baumannii, and bloodstream infection by a genotype different from that responsible for colonization. The presence of polymyxin-resistant strains is worrisome as it represents a threat to the therapy with this drug. The existence of a multiresistant clone widespread in Rio de Janeiro, possibly due to the transfer of patients and to sharing of common healthcare staff, points out the need to adopt more effective infection control measures in order to reduce the morbidity and mortality. In addition, the identification of epidemic strains environmental dispersion sources seems essential to ensure the efficiency of other outbreaks contention measures

The knowledge of the variability of antigens of blood groups is essential in the transfusional practice, mainly to avoid grave alloimmunizations. This study had as objective to evaluate the prevalence of the phenotypes from the blood donors from Santa Maria´s Blood Center. These donors were evaluated for the mainly antigens of ABO, Rh and Kell systems. About the phenotyped samples with Rh system, 1274 samples (54.18%) were phenotyped as positives Rh and 1077 samples (45.82%) phenotyped as negative Rh. From the phenotyped donors as negatives Rh, 103 samples (9.5%) were positives for the ―C‖ or ―E‖ antigen. Relating the percentage of the Kell system positive in donors with negative Rh, was gotten 8.3%. We concluded that the negative Rh donor must be analyzed for other antigens of Rh system and for the Kell antigen, exactly being less immunogenics, these antigens are able to cause Grave Hemolytic Disease and Alloimmunizations. The D antigen Phenotypic expression may vary due to changes qualitative/quantitative: weak D, partial D. This study analyzed a sample of donors by genotyping to identify the most common D variants in this region was found (44%) weak D, (3%) and partial D. Strengthens thus the importance of established protocols for use of rare blood and ensure the proper use of blood products, as well as the safety of blood transfusion. / O conhecimento da variabilidade dos antígenos de grupos sanguíneos é essencial na prática transfusional, principalmente para evitar aloimunizações graves. Assim, este estudo teve como objetivo avaliar a prevalência dos fenótipos dos doadores de sangue do Hemocentro de Santa Maria, os quais foram avaliados para os principais antígenos dos sistemas ABO, Rh e Kell. Das amostras fenotipadas quanto ao sistema Rh, 1274 amostras (54.18%) foram fenotipadas como Rh positivos e 1077 amostras (45,82%) fenotipadas como Rh negativo. Dos doadores fenotipados como Rh negativos, 103 amostras (9,5%) foram positivas para o antígeno ―C‖ e/ou ―E‖. Relacionando o percentual do sistema Kell positivo em doadores Rh negativos foi de 8,3%. Conclui-se, então, que o doador Rh negativo deve ser analisado para os demais antígenos do sistema Rh e para o antígeno Kell, pois, mesmo sendo menos imunogênicos, estes antígenos são capazes de causar doença hemolítica graves e aloimunizações. O antígeno D pode variar de expressão fenotípica, devido a alterações qualitativas/quantitativas: D fraco, D parcial. Este trabalho analisou uma amostragem de doadores, através de genotipagem para identificar quais as variantes de D mais freqüentes nesta região, foi encontrado (44%) D fraco, (3%) D parcial. Reforça, dessa forma, a importância de ser estabelecidos protocolos para utilização destes sangues raros e garantir o uso correto destes hemocomponentes, assim como a segurança transfusional.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-27Bitstream added on 2014-06-13T18:46:41Z : No. of bitstreams: 1 silva_rc_dr_botfmvz.pdf: 2655554 bytes, checksum: 89413cc7131a72861d1d246b9d9735fc (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Toxoplasma gondii é um parasito de grande importância no contexto de produção animal e saúde pública, sendo importante patógeno oportunista em pacientes imunocomprometidos. Este estudo objetivou determinar a soroprevalência de toxoplasmose em ovinos de abatedouros do estado de São Paulo, e a variabilidade genotípica dos isolamentos obtidos. A presença de anticorpos para T. gondii foi pesquisada em 602 amostras de soro pela reação de imunofluorescência indireta (RIFI), aglutinação direta modificada (MAT), com antígeno fixado pelo metanol (AM) e formalina (AF). Bioensaio em camundongos e pesquisa do DNA do parasito pela reação em cadeia pela polimerase (PCR) do gene 529 pares de bases (pb), repetitivo 300 vezes no genoma do parasito, foi realizado com cérebro, pulmão e músculo (“pool” de diafragma e coração) dos ovinos soropositivos. Das amostras positivas à PCR realizou-se a genotipagem pelas técnicas de multilocus-, nested-PCR e polimorfismo de comprimento dos fragmentos de restrição (RFLP-PCR) em 12 loci (SAG1, 5’SAG2, 3’SAG2, alt-SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico, CS3), adicionado de ROP18Del e ROP18UPS, além da confirmação do parasito pelo locus 18S rRNA, diferenciando de Hammondia hammondi, Neospora caninum, Sarcocystis neurona, S. moulei, S. miescheriana, S. hominis, S. capracanis e S. tenella. 66/602 (11,0%) amostras de soro foram positivas para algum teste sorológico, com maior sensibilidade da MAT-AF, utilizado como teste de triagem. Amostras teciduais de 20/66 (30,3%) animais foram positivas ao isolamento, sendo detectados cistos em 12, taquizoítos em quatro e somente sorologia positiva em outras quatro. Detectouse o DNA do parasito em amostras de 22/66 (33,3%) animais. O genótipo completo foi obtido em somente 13/22 (59,1%). Dez genótipos diferentes foram identificados, sendo seis novos genótipos... / Toxoplasma gondii is a parasite with high importance to the animal production and public health, being important opportunistic pathogen in immunocompromised patients. This study was aimed to determine the seroprevalence of toxoplasmosis in ovines in slaughterhouses from State of de São Paulo, and the genotypic variability of the obtained isolates. T. gondii antibodies were researched in 602 serum samples by indirect fluorescent antibody test (IFAT) and modified agglutination test (MAT), with methanol- (AM) and formalin-fixed antigen (AF). Bioassay in mice and the research of DNA by polymerase chain reaction (PCR) of gene 529 base pairs (bp), 300 times repetitive in parasite genome, was assayed with brain, lung and muscle (“pool” of diaphragm and heart) from seropositive ovines. Genotyping of the PCR positive samples was performed by multilocus-, nested-PCR and restriction fragment lenght polymorphism (RFLP-PCR) in 12 loci (SAG1, 5’SAG2, 3’SAG2, alt-SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico and CS3), added of ROP18Del and ROP18UPS, beyond the confirmation by 18S rRNA locus, to differentiate Hammondia hammondi, Neospora caninum, Sarcocystis neurona, S. moulei, S. miescheriana, S. hominis, S. capracanis and S. tenella. 66/602 (11.0%) serum samples were positive to, at least, one serological test with high sensitivity to MAT-AF, used as screening test. Tissue samples of 20/66 (30.3%) animals were positive to the isolation, being detected cysts in 12, tachyzoites in four and in other four only positive result to the serology. DNA of the parasite was detected in samples of 22/66 (33.3%) animals. The complete genotype was detected in only 13/22 (59.1%). Ten different genotypes were identified, with six new genotypes. Two samples presented type II, isolated from Polwarth (Ideal) breed, bred extensively in Santana do Livramento and Uruguaiana, RS. Two other samples, from... (Complete abstract click electronic access below)

Doctor of Philosophy / Department of Agronomy / Guihua Bai / Guorong Zhang / Wheat yield and quality is influenced by many abiotic and biotic environmental factors. Pre-harvest sprouting (PHS) occurs when physiologically matured spikes are exposed to wet field conditions before harvest, which results in seed germination and causes significant losses in yield and end-use quality. Wheat stripe rust is one of the most important biotic factors reducing grain yield and quality. To investigate the genetic basis of the resistance to PHS and stripe rust in hard white winter wheat cultivars Danby and Tiger and develop molecular markers for marker- assisted breeding, a double haploid (DH) population, derived from those two cultivars, was genotyped with simple sequence repeats (SSR) markers and simple nucleotide polymorphism (SNP) markers. This DH population was assessed for resistance to PHS and stripe rust in both greenhouse and field experiments. For PHS, one major resistant quantitative trait locus (QTL) was consistently detected on the short arm of chromosome 3A in all three experiments conducted and explained 21.6% to 41.0% of the phenotypic variation (PVE). This QTL is corresponding to a previously cloned gene, TaPHS1. A SNP in the promoter of TaPHS1 co- segregated with PHS resistance in this mapping population. Meanwhile, two other QTLs, Qphs.hwwg-3B.1 and Qphs.hwwg-5A.1, were consistently detected on the chromosome arms 3BS and 5AL in two experiments. These two QTLs showed significant additive effects with TaPHS1 in improving PHS resistance. For stripe rust, three major QTLs were consistently detected in four out of six environments for infection type (IT) or disease severity (DS). Two of them, QYr.hwwg-2AS1 and QYr.hwwg-4BL1, contributed by the Danby allele explained up to 28.4% of PVE for IT and 60.5% of PVE for DS. The third QTL, QYr.hwwg-3BS1, contributed by the Tiger allele, had PVE values up to 14.7% for IT and 22.9% for DS. QYr.hwwg-2AS1 and QYr.hwwg- 4BL1 are likely the same resistance genes reported previously on chromosome arms 2AS and 4BL. However, QYr.hwwg-3BS1 might be different from the reported gene cluster near the distal end of 3BS where Yr57, Yr4, Yr30 and Sr2 were located. Significant additive effects on reducing IT and DS were observed among these three major QTLs. In order to pyramid multiple QTLs in breeding, user-friendly Kompetitive allele specific PCR (KASP) markers were successfully developed for several QTLs identified in this study. The QTLs and their interactions found in this study together with those novel flanking KASP markers developed will be useful not only for understanding genetic mechanisms of PHS and stripe rust resistance but also for marker- assisted breeding to improve wheat resistance to PHS and stripe rust by gene pyramiding.

abstract: Although the Caribbean has been continuously inhabited for the last 7,000 years, European contact in the last 500 years dramatically reshaped the cultural and genetic makeup of island populations. Several recent studies have explored the genetic diversity of Caribbean Latinos and have characterized Native American variation present within their genomes. However, the difficulty of obtaining ancient DNA from pre-contact populations and the underrepresentation of non-Latino Caribbean islanders in current research have prevented a complete understanding of genetic variation over time and space in the Caribbean basin. This dissertation uses two approaches to characterize the role of migration and admixture in the demographic history of Caribbean islanders. First, autosomal variants were genotyped in a sample of 55 Afro-Caribbeans from five islands in the Lesser Antilles: Grenada, St. Kitts, St. Lucia, Trinidad, and St. Vincent. These data were used to characterize genetic structure, ancestry and signatures of selection in these populations. The results demonstrate a complex pattern of admixture since European contact, including a strong signature of sex-biased mating and inputs from at least five continental populations to the autosomal ancestry of Afro-Caribbean peoples. Second, ancient mitochondrial and nuclear DNA were obtained from 60 skeletal remains, dated between A.D. 500–1300, from three archaeological sites in Puerto Rico: Paso del Indio, Punta Candelero and Tibes. The ancient data were used to reassesses existing models for the peopling of Puerto Rico and the Caribbean and to examine the extent of genetic continuity between ancient and modern populations. Project findings support a largely South American origin for Ceramic Age Caribbean populations and identify some genetic continuity between pre and post contact islanders. The above study was aided by development and testing of extraction methods optimized for recovery of ancient DNA from tropical contexts. Overall, project findings characterize how ancient indigenous groups, European colonial regimes, the African Slave Trade and modern labor movements have shaped the genomic diversity of Caribbean islanders. In addition to its anthropological and historical importance, such knowledge is also essential for informing the identification of medically relevant genetic variation in these populations. / Dissertation/Thesis / Zipped file contains Appendices A-K. Supplemental tables, figures, protocols and spreadsheets associated with dissertation. / Doctoral Dissertation Anthropology 2017

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-18Bitstream added on 2014-06-13T18:50:10Z : No. of bitstreams: 1 levada_pm_me_botfm.pdf: 689725 bytes, checksum: c63e816ca9e037b70a0ce24e2abf22a3 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Empresa Privada / Secretaria do Estado da Saúde de São Paulo / A identificação dos diferentes genótipos e subtipos do VHC tem sido útil para o entendimento da evolução da doença e da epidemiologia do vírus em relação a fatores de risco. Atualmente, os métodos de genotipagem assim como a região do genoma viral a ser utilizada constituem temas de discussão. O presente trabalho teve por objetivo comparar a metodologia de hibridização reversa (kit comercial INNO-LiPAÒ v1.0) ao seqüenciamento direto das regiões 5´UTR, NS5B e core do genoma do VHC. Foram utilizadas 92 amostras de plasma de pacientes do Ambulatório de Hepatites da Disciplina de Gastroenterologia Clínica da Faculdade de Medicina de Botucatu (UNESP). Dentre as 92 amostras constituintes deste trabalho, 64 foram selecionadas aleatoriamente e 28 foram escolhidas segundo a genotipagem prévia realizada com o kit INNO-LiPAÒ v.1.0. Dentre estas 28 amostras escolhidas, 10 foram genotipadas como 1a/1b, 2 como 2, 2 como 5, 7 apenas como 1 e 7 foram inconclusivas para a genotipagem com o kit comercial. A genotipagem por seqüenciamento direto foi efetuada seguindo as etapas de: extração do RNA viral, transcrição reversa, amplificação das regiões 5´UTR, NS5B e 5´UTR-core por Nested-PCR, reação de marcação fluorescente e eletroforese em aparelho automático ABI 377 (Applied Biosystems). Todas as amostras puderam ser amplificadas para a região 5´UTR e 62 para NS5B. Para as 30 amostras que não puderam ser amplificadas para NS5B foi realizada a amplificação da região 5’UTR-core que se mostrou eficiente na amplificação de 28 (93%) das amostras. A análise de seqüência permitiu uma maior precisão na classificação viral. O seqüenciamento direto foi eficaz na solução de 100% dos resultados inconclusivos pela metodologia de hibridização reversa. Assim como já reportado na literatura o kit comercial INNO-LiPAÒ v.1.0 produziu resultados errôneos com... / The HCV genotypes and subtypes identification has been useful to understand the disease evolution and viral epidemiological regarding risk factors. Recently, the genotyping methods and viral genomic region used in viral typing have been very discussed in scientific community. The goal of this study was to compare the reverse hybridization methodology and sequencing of the HCV genomic regions 5´UTR, NS5B and core. Ninety-two plasma sample with viral RNA detected from patients assisted in the Department of Internal Medicine – Gastroenterology Division, Botucatu Medical School, University of São Paulo State - UNESP were used in this study. From these 92 samples, 64 were randomly selected and 28 choose according genotyping result by reverse hybridization. The genotyping by reverse hybridization were performed with INNO-LiPAÒ v.1.0, according manufacturer's instructions. To genotyping by sequencing viral RNA isolated from plasma samples was used as a source for RT-PCR amplification and automatic sequencing in ABI 377 sequencer (Applied Biosystems). All samples were amplified to 5’UTR genomic region and 62 to NS5B. From 30 samples that showed insucess in NS5B amplification, 28 (93%) were amplified to 5’UTR-core region with efficiency. The genotyping by sequencing allowed more precision in viral classification. The sequencing showed efficient in the resolution of the 100% of cases inconclusive by reverse hybridization. The genotyping by INNOLiPA Ò v.1.0 showed wrong results in relation of viral subtyping, corroborating previous results of the scientific literature. The sequencing also demonstrated at least a change of viral genotype when compared with INNO-LiPAÒ v.1.0, result that could influence the therapeutic decision, turning questionable the INNO-LiPAÒ v.1.0 efficiency to determine the viral genotypes, too.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sporothrix schenckii é um fungo dimórfico e agente etiológico da esporotricose, uma micose profunda que apresenta diferentes manifestações clínicas. As diversas manifestações clínicas desta e de outras doenças infecciosas podem ser relacionadas ao status imune do hospedeiro, a fatores de virulência do patógeno ou a diferentes genótipos. Dados anteriores do nosso grupo demonstram que diferenças na expressão de adesinas do S. schenckii para fibronectina estão diretamente relacionadas à virulência de diferentes cepas. Neste trabalho visamos avaliar caracteres morfológicos bioquímicos e genotípicos de doze isolados de geofílicos, zoofílicos e antropofílicos de S. schenckii, de diferentes origens geográficas, que apresentam diferentes graus de virulência. Foi analisada a morfologia das formas de micélio e levedura de cada isolado. Foi observado que a fase de micélio dos isolados estudados apresentaram morfologia típica com hifas finas e septadas, com conídios obovóides ou ovóides alongados. As leveduras apresentaram pleomorfismo típico da espécie, com células variando do formato ovóide ao alongado. Verificamos ainda a expressão de adesinas para fibronectina e laminina, do antígeno gp70 e, o padrão de bandas antigênicas reconhecidas por anticorpos IgG presentes em soro de pacientes com esporotricose ou de camundongos infectados. Para isso, foram extraídas proteínas de superfície da forma de levedura de cada isolada, sendo os extratos ensaiados por Western blot. Nestes ensaios observamos que os isolados mais virulentos de S. schenckii expressavam mais adesinas para fibronectina e laminina. A presença da gp70 foi detectada em dez dos doze isolados, sendo que apenas os isolados zoofílicos não expressam esta glicoproteína. O padrão antigênico foi variável entre os isolados, não havendo clara relação com a origem e/ou distribuição geográfica. Os dados fenotípicos foram confrontados com dados genotípicos. Para isso, sequenciamos os loci da calmodulina (CAL) e do Internal Transcribed Spacer 1/2 (ITS 1/2) a fim de averiguar se haviam diferenças genotípicas entre os isolados estudados. As análises do sequenciamento do loci CAL e ITS, contudo, apontam a divisão dos isolados em duas espécies filogenéticas, S. schenckii e S. brasiliensis não correlacionada com a distribuição geográfica dos mesmos. Nosso estudo reforça a hipótese de haver uma correlação entre virulência e expressão de adesinas, porém, sem qualquer relação entre a distribuição geográfica dos isolados zoofilicos, antropofílicos ou geofílicos, bem como dos genótipos encontrados. / The dimorphic fungus Sporothrix schenckii is the etiological agent of sporotrichosis, a deep mycosis that presents different clinical manifestations. The diverse manifestations of this and other infections can be related the host immunity, virulence factors or different genotypes of the pathogen. Previous data of our group demonstrated that differences in the expression of adhesins to fibronectin are directly related to the virulence of the different strains of S. schenckii. In the present work we have evaluated the morphological, biochemical and genotypic characteristics of twelve strains of S. schenckii (isolated from human and cat cases of sporotrichosis and from environment) from different geographic regions that present distinct virulence levels. The mycelium and yeast phases of each strain were morphologically analyzed. The strains has presented the typical morphology, with thin and septated hyphae. The conidia exhibited obovoidal or ovoidal elongated form. The yeast phase presented the ovoid or elongated cell form. Furthermore, we have verified the adhesins expression to fibronectin, to laminin, to gp70 antigen and to the antigenic bands pattern of all protein extracts, recognized by patients or infected mice sera antibodies. For this, the proteins were extracted from the surface of each strain yeast phase and assayed by Western blot technique. We have observed that the most virulent strains of S. schenckii expressed more adhesins to fibronectin and to laminina than less virulent strains. The presence of the gp70 was confirmed in ten isolates of twelve. Just strains isolated from infected cats did not present this glycoprotein. The antigenic bands pattern was variable between the different extracts, with no clear correlation with origin or geographical distribution of the isolates of S. schenckii. In order to cross phenotypic and genotypic data we have sequenced the calmodulin loci (CAL) and the Internal Transcribed Spacer 1/2 (ITS 1/2) in order to check if there was differences between the strains studied. In this analysis we found that this strains are divided in two species, S. schenckii and S. brasiliensis, again with no correlation with the geographical distribution. Our study reinforces the hypothesis on the correlation between adhesins expression pattern and virulence levels with no connection among geographical distribution or genotype of the different strains of S. schenckii.

As encefalopatias espongiformes transmissíveis (EETs), ou doenças do príon, ocorrem tanto nos animais como no homem, são responsáveis por doenças transmissíveis e hereditárias e provocam lesões degenerativas no encéfalo. A presença de uma forma protéica anormal (PrPSc), ao invés da sua forma normal (PrPC), no tecido encefálico e linforreticular é característica peculiar das EETs. Essa proteína é altamente insolúvel, resistente à degradação por proteases e se deposita eventualmente sob forma de placas amiloides na substância cinzenta. Tais placas provocam a morte maciça de neurônios e células gliais, causando vacuolização intensa no tecido afetado. A partir da implantação do programa de vigilância epidemiológica da encefopatia espongiforme bovina (EEB), coordenado pelo Programa Nacional de Controle da Raiva dos Herbívoros e Outras Encefalopatias (PNCRH) do Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento (MAPA), o Setor de Patologia Veterinária da UFRGS tem sido requisitado frequentemente para realização de exames de necropsias e de materiais de animais com suspeita de scrapie. A técnica de imuno-histoquímica (IHQ) é o teste para o diagnóstico das EETs mais específico disponível até o momento, sendo cada vez mais utilizado para diagnóstico, rastreamento, estudo da patogênese e fornecimento de informações comparativas em nível molecular. Por outro lado, a genotipagem é uma ferramenta importante no auxílio da identificação da suscetibilidade genética a scrapie, tornando o diagnóstico mais seguro, além de possibilitar a identificação de casos atípicos de scrapie, como a Nor98. Este trabalho consistiu na realização da IHQ para proteína priônica no tecido nervoso e no tecido linforreticular, como método diagnóstico de scrapie em ovinos e caprinos, associado à genotipagem dos ovinos. Entre 2009 e 2012 foram realizadas colheitas de materiais para exames de IHQ e coloração por hematoxilina-eosina em amostras de tecidos de ovinos das raças Suffolk, Santa Inês, Dorper e mestiços. As amostras foram obtidas a partir de biopsias e necropsias para diagnóstico de scrapie. Foi realizada também a genotipagem nos animais para os códons 136, 154 e 171 da proteína PRP, e em alguns casos no códon 141. Foram realizadas três repetições da IHQ para cada amostra positiva para PrPSc. O diagnóstico por IHQ no tecido linforreticular foi considerado positivo quando o material apresentou um número de, no mínimo, três folículos linfoides com centros germinativos marcados pela técnica. Entre os resultados obtidos neste trabalho pode-se incluir o primeiro diagnóstico positivo para scrapie de genótipo resistente (ARR/ARR) não Nor98, na espécie ovina no Brasil, com marcação por IHQ nas tonsilas palatínicas, terceira pálpebra e mucosa reto-anal. Este animal era pertencente a um rebanho de ovinos mestiços Sufolk, no qual foram diagnosticados mais nove animais positivos para scrapie nas tonsilas palatínicas, terceira pálpebra e mucosas reto-anal. A coleta e envio de material de vários órgãos linfoides foi considerada importante por possibilitar a confirmação da presença ou não do agente em pelo menos dois deles, reduzindo o número de casos considerados suspeitos, o risco de falsos positivos, e parte, senão a totalidade, dos casos com material insuficiente para diagnóstico. Em necropsia, a coleta de tonsilas palatínicas mostrou-se eficaz pelo seu alto índice de marcação positiva. A coleta de amostras de sangue foi importante para a realização do teste de genotipagem, permitindo avaliar o grau de resistência/susceptibilidade do animal, complementando os resultados de IHQ. / Transmissible spongiform encephalopathies (TSEs), the prion diseases, occurs both in animals and in humans, are responsable for a transmissible and hereditary disease, and cause degenerative lesions in the brain tissue. The presence of an abnormal protein (PrPSc), instead of its normal form (PrPC), on the nervous and lymphoreticular tissue is characteristic of TSEs. This protein is highly insoluble and resistant to degradation by proteases and eventually settles in the gray matter in the form of amyloid plaques that causes massive death of neurons and glial cells, causing intense vacuolization in the affected tissue. After the establishment of the Bovine Spongiform Encephalopathy surveillance program, coordinated by the National Rabies and Other Encephalopathies Control Program, the Setor de Patologia Veterinária of UFRGS has been usually required to proceed necropsy and other diagnosis in suspicious animals. The immunohistochemistry (IHC) is the most specific technique actually used to TSEs identification, being increasingly used to diagnosis, traceability, pathogenesis study and providing comparative information on the molecular level. On the other hand, genotyping is an important tool on scrapie genetic susceptibility identification, making more secure the diagnosis, beyond to enable the atypical scrapie cases identification, like Nor98. This work consisted to performing IHC to prionic protein, on nervous system and lymphoreticular tissue, as scrapie diagnostic method in sheep and goat, associate to genotyping in sheep. Sheep tissues were sampled from Suffolk, Santa Inês, Dorper and crossbreed to proceed IHC and hematoxilin-eosin staining between 2009 and 2012. The samples were obtained by biopsy and necropsy to scrapie diagnose. Genotyping of codons 136, 154 and 171 of PRP protein was performed, as well as a few of codon 141. The monoclonal antibody anti-prion F98/160.1.5 and F99/97.6.1 was used at the IHC. For each positive sample three repetitions were performed. The diagnostic by IHC at lymphoreticular tissue was considered positive when it shows at minimum three follicles with germinal centers stained. Among the obteined results, could be included the first diagnostic of scrapie not Nor98 in resistant genotype (ARR/ARR) sheep in Brazil. This animal belongs to a Suffolk sheep flock in which were diagnosed more nine scrapie positive animals showing IHC staining on tonsils, third eyelid and rectal mucosa. The sampling and dispatch of many lymphoid tissues was considered important to enable the confirmation of agent presence or not in at least two of them, reducing the number of suspicious cases, the risk of false positive, and part, if not all, of cases with insufficient material for diagnosis. At necropsy, the tonsils collecting showed efficient by the it high positive staining level. Blood sampling becomes important to proceed genotyping test, allowing measure the animal resistance/susceptibility grade, complementing the IHC results.

A bovinocultura é um dos destaques do agronegócio brasileiro no cenário mundial, uma vez que o País tem o maior rebanho bovino comercial do mundo e é o maior exportador de carne bovina. Para manter e melhorar a competitividade no mercado internacional é fundamental o monitoramento da sanidade animal e a aplicação de programas sanitários adequados e eficientes, especialmente em relação às doenças virais que causam grande impacto na produtividade. As infecções em bovinos causadas por pestivírus resultam em grandes perdas econômicas em todo mundo. Estas podem variar de subclínicas até fatais e pode envolver sinais clínicos respiratórios, reprodutivos e digestivos. As espécies virais pertencentes à família Flaviviridae, gênero Pestivirus, que causam estas infecções são: vírus da diarreia viral bovina tipo 1 (BVDV-1), BVDV tipo 2 (BVDV-2) e vírus da doença da fronteira (BDV), além de um pestivírus atípico, o vírus Hobi-like. O objetivo deste trabalho foi caracterizar filogeneticamente isolados de pestivírus detectados no Brasil entre 1995 e 2014. Para isso, 89 isolados de pestivírus foram amplificadas por RT-PCR, sequenciadas e analisadas filogeneticamente em três regiões genômicas, região 5’ não traduzida (5’UTR), autoprotease N terminal (Npro) e glicoproteína 2 (E2). Estes isolados eram provenientes de amostras biológicas de bovinos, soro fetal bovino e de cultivos celulares contaminados, de seis estados brasileiros (PB, PR, MS, MT, RS, SC). No total, 53,9% das sequências foram identificadas como BVDV-1, 33,7% como BVDV-2 e 12,3% como vírus Hobi-like. Os subgenótipos predominantes foram BVDV-1a (35,9%) e BVDV-2b (31,4%), porém, BVDV-1b (10,1%), 1d (6,7%), 2c (2,2%) e 1e (1,1%) também foram identificados. O BVDV-1e e 2c foram descritos pela primeira vez no Brasil. Estes resultados poderão contribuir para o desenvolvimento de vacinas e testes de diagnósticos mais eficazes, visando futuros programas de controle e erradicação destes vírus no País. / The livestock is one of the highlights of Brazilian agribusiness in the world scenario. Since Brazil has the world’s largest commercial cattle population and is the largest beef exporter. To maintain and improve the competitiveness in the international market, is essential to monitor the animal health and the application of appropriate and efficient disease control programs, especially in relation to viral diseases, which cause major impact on productivity. Infection caused by pestiviruses in cattle results in great economic losses worldwide. It can vary from subclinical to fatal, and may involve respiratory, reproductive and digestive clinical signs. The viral species belongs to the family Flaviviridae, genus Pestivirus, that are the bovine viral diarrhea virus type 1 (BVDV-1), BVDV type 2 (BVDV-2) and border disease virus (BDV), and one atypical pestivirus, the Hobi-like virus. The aim of this study was to phylogenetically characterize pestiviruses detected in Brazil between 1995 and 2014. For this, 89 pestivirus isolates were amplified by RT-PCR, sequencing and phylogenetically analyzed in three genomic regions, 5’ untranslated region (5’UTR), N terminal autoprotease (Npro) and envelope glycoprotein 2 (E2). These isolates were from biological samples of cattle, fetal bovine serum and contaminated cell cultures from six Brazilian Federal States (PB, PR, MS, MT, RS, SC). In total, 53.9% sequences were identified as BVDV-1, 33.7% as BVDV-2 and 12.3% as Hobi-like viruses. The predominant subgenotypes were BVDV-1a (35.9%) and BVDV-2b (31.4%). Furthermore, BVDV-1b (10.1%), 1d (6.7%), 2c (2.2%) and 1e (1.1%) were also identified. The BVDV-1e and 2c were described for the first time in Brazil. These results will contribute for the development of more efficient vaccines and diagnostic tests, aiming future pestivirus control and eradication programs in Brazil.

Introdução: Resistência aos antirretrovirais pode limitar opções de tratamento, principalmente em pacientes com acúmulo de falhas terapêuticas, o que pode comprometer resultados clínicos. Objetivos: caracterizar o perfil de mutações na transcriptase reversa e protease do HIV-1 de pacientes em falha ao tratamento. Secundariamente, avaliar associação entre mutações e número de falhas terapêuticas, associação entre mutações e subtipos do HIV-1 e apresentar a evolução temporal da prevalência dos subtipos do HIV-1, no estado do Pará, ao Norte do Brasil. Método: Estudo transversal, no qual se avaliam genotipagens, entre janeiro de 2004 a dezembro de 2013, com dados obtidos de formulário de solicitação do exame padronizado pela RENAGENO e de impressos dos resultados, ambos arquivados em quatro serviços de atendimento especializados. Foram incluídos os testes realizados por laboratório da RENAGENO, em maiores de 18 anos, e o primeiro exame daqueles que o realizaram em mais de um momento, totalizando 377 amostras. As mutações são descritas de acordo com o banco de dados de resistência do HIV da Universidade de Stanford (http://hivdb.stanford.edu), estimam-se suas prevalências e avaliam-se mutações de resistência de acordo com o número de falhas no momento da genotipagem, bem como diferenças de mutações entre subtipos B e não-B do HIV-1. Resultados: A mutação M184V foi a mais prevalente (80,1%), seguida da K130N (40,6%) e TAM. Em pacientes multiexperimentados previamente à genotipagem, resistência a ZDV, d4T e TDF foi associada às mutações M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q e T69D; bem como resistência a todos os IP/r associou-se às mutações principais M46I, V82A, L90M, I54V, I84V, M46L e L76V. O subtipo B é o predominante no Pará (90,7%) e diferenças de prevalência de mutações entre subtipos ocorreram entre as mutações L63P e A71T versus subtipo B, enquanto as mutações L76V, M36I, K20R, L10V, L89M e F53L associaram-se ao subtipo não-B. Conclusão: A seleção de mutações de resistência do HIV-1 relacionada aos antirretrovirais é similar ao descrito em literatura. O acúmulo de falhas ao tratamento favorece a emergência de mutações, o que reforça o monitoramento de falha virológica, seguida de genotipagem para minimizar o impacto de resistência. Estudos adicionais de epidemiologia molecular são necessários para avaliar melhor a questão da prevalência de subtipos de HIV-1 no estado e possíveis associações com mutações de resistência do HIV-1. / Introduction: Resistance to antiretroviral treatment can limit treatment options, especially in patients with accumulation of therapeutic failures, which may compromise clinical outcomes. Objectives: characterizing the profile of mutations in the protease and reverse transcriptase of HIV-1 patients in the treatment failure. Secondarily to evaluate the association between mutations and the number of treatment failures, association between mutations and subtypes of HIV-1 and present the temporal evolution of the prevalence of subtypes of HIV-1 in the state of Pará in northern Brazil. Method: cross-sectional study in which genotyping is evaluated between January, 2004 and December, 2013 with data obtained from the standardized application form for the examination RENAGENO and printed the results, both filed in four specialty care services. We included those by laboratory RENAGENO in 18 years and the first examination in those who underwent more than one time, totaling 377 samples. Mutations are described according to the database of HIV resistance at Stanford University (http://hivdb.stanford.edu), estimated their prevalence and resistance is evaluated according to the number of failures at the time of genotyping as well as differences between mutations and subtype B and non-B HIV-1. Results: The M184V mutation was the most prevalent (80.1%), followed by K130N (40.6%) and TAM. In patients who received at least three treatments prior to genotyping, resistance to ZDV, d4T and TDF was associated with mutations M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q and T69D; well as resistance to all PI / r was associated with the major mutations M46I, V82A, L90M, I54V, I84V M46L and L76V. HIV-1 subtype B was the most prevalent (90.7%) and there were differences between subtypes B versus mutations: L63P and A71T were more frequent in the subtype B, whereas mutations L76V, K20R, L10V, L89M and F53L were in non-B subtypes. Conclusion: The selection of resistance mutations in HIV-1 related to antiretroviral is similar to that described in the literature. The accumulation of failures to treatment favors the emergence of mutations, reinforcing the monitoring and evaluation of virologic failure by genotyping to minimize the impact resistance. Additional molecular epidemiological studies are needed to better assess the issue of prevalence of subtypes of HIV-1 in the state and possible associations with resistance mutations in HIV-1.