In rheumatoid arthritis (RA), a key event is infiltration of inflammatory immune cells into the synovial lining, possibly aggravated by dysregulation of cellular adhesion molecules. Therefore, single nucleotide polymorphisms of 14 genes involved in cellular adhesion processes (CAST, ITGA4, ITGB1, ITGB2, PECAM1, PTEN, PTPN11, PTPRC, PXN, SELE, SELP, SRC, TYK2, and VCAM1) were analyzed for association with RA. Association analysis was performed consecutively in three European RA family sample groups (Nfamilies = 407). Additionally, we investigated differential allelic expression, a possible functional consequence of genetic variants. SELP (selectin P, CD62P) SNP-allele rs6136-T was associated with risk for RA in two RA family sample groups as well as in global analysis of all three groups (ptotal = 0.003). This allele was also expressed preferentially (p,1026) with a two- fold average increase in regulated samples. Differential expression is supported by data from Genevar MuTHER (p1 = 0.004; p2 = 0.0177). Evidence for influence of rs6136 on transcription factor binding was also found in silico and in public datasets reporting in vitro data. In summary, we found SELP rs6136-T to be associated with RA and with increased expression of SELP mRNA. SELP is located on the surface of endothelial cells and crucial for recruitment, adhesion, and migration of inflammatory cells into the joint. Genetically determined increased SELP expression levels might thus be a novel additional risk factor for RA.

Nors yra žinoma, kad pacientams, kuriems neseniai atliktos eritrocitų transfuzijos, kraujo grupių nustatymo hemagliutinacijos reakcija rezultatai gali būti nepatikimi dėl kraujyje cirkuliuojančių donoro ertrocitų, tačiau literatūroje nėra aiškių rekomendacijų, kuriais atvejais reikėtų naudoti molekulinius tyrimo metodus. Serologinis Duffy ir Kidd sistemų antigenų ir antikūnų prieš juos nustatymas – viena svarbiausių imunohematologinių problemų transfuzinėje medicinoje. Šiame darbe pirmą kartą Lietuvoje atlikti moksliniai tyrimai imunohematologijos srityje ir panaudoti genetiniai Duffy ir Kidd antigenų sistemų tyrimo metodai. Siekiant įvertinti Duffy ir Kidd antigenų sistemų fenotipavimo ir genotipavimo reikšmę, mes nagrinėjome klinikinių, demografinių, imunohematologinių bei su transfuzija susijusių veiksnių įtaką tyrimų rezultatams. Mūsų tyrimo metu nustatytas didesnis nei 30 proc. nesutapimų dažnis tarp Duffy ir Kidd antigenų sistemų fenotipavimo ir genotipavimo rezultatų patvirtino genetinių tyrimų naudą, atliekant dažnas eritrocitų transfuzijas. Atliekant šį darbą, pirmą kartą Lietuvoje nustatytas Duffy ir Kidd antigenų sistemų fenotipų paplitimas. Nustatytas laiko tarpas, per kurį įprastai klinikinėje praktikoje naudojamų serologinių tyrimų (hemagliutinacijos reakcijos) rezultatai gali būti patikimi, bei pateiktos atitinkamos rekomendacijos didina šio tyrimo praktinę vertę ir yra novatoriška šiuolaikinėje transfuzinėje medicinoje. / Accurate phenotyping of multitransfused patients is often complicated - mostly due to the presence of circulating transfused donor’s RBCs in the recipient’s blood, leading to discrepancies in the assessment of test results. The question when genotyping including Duffy and Kidd systems should be used for patients undergoing chronic RBC transfusions is still being discussed. Serological testing and evaluation of the antigens and antibodies of Duffy and Kidd systems are among the main problems in multitransfused patients. The research on immunohematology and blood group genetics has been caried out for the first time in Lithuania. A high rate (more than 30%) of disagreements between the results of phenotyping and genotyping in our study demonstrates the benefit of DNA-based testing for chronically-transfused patients. In order to estimate the value of phenotyping and genotyping of Duffy and Kidd antigen systems in patients undergoing long-term RBC transfusions, the impact of demographic, clinical, immunohaematological or transfusion-related factors, on the discrepancy of the results, was investigated. Time frame that could be appropriate to obtain reliable results of conventionaly used serologic tests (hemmagglutination reaction) after the last transfusion was established as well as appropriate recommendations were made. We believe that these studies could be helpful for clinical practice as well as in decreasing the risk of transfusion of red blood cells.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As espécies do gênero Acinetobacter são freqüentes no ambiente, mas nas últimas décadas vêm se destacando como patógenos hospitalares, especialmente Acinetobacter baumannii e as genoespécies 3 e 13TU, que formam o Complexo A. baumannii e cuja diferenciação só é possível pela utilização de metodologias moleculares. São associadas a diferentes apresentações clínicas, principalmente em pacientes internados em unidades de tratamento intensivo. Freqüentemente apresentam resistência a uma ampla variedade de antimicrobianos, incluindo os carbapenêmicos. Nestes casos as opções de tratamento podem, algumas vezes, limitar-se à polimixina. Esse trabalho objetivou avaliar a susceptibilidade a antimicrobianos, a diversidade genética e a dinâmica de colonização de Acinetobacter spp. isolados de pacientes internados no Centro de Tratamento Intensivo do Hospital Universitário Pedro Ernesto em um ano de estudo. Durante o ano de 2009 foram estudadas 76 amostras de Acinetobacter spp. isoladas de 34 pacientes, sendo a maioria obtida do trato respiratório (42,1 %), seguido de sangue (19,7%). Do total, 96,1% (73) foram identificadas como A. baumannii através da detecção do gene intrínseco blaOXA-51-like. Todas as amostras de A. baumannii foram produtoras da carbapenemase OXA-23 e apresentaram perfil de multirresistência, enquanto as três espécies não-baumannii foram sensíveis a todos os antimicrobianos testados. Não houve produto de amplificação para os genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like e blaOXA-143 pela técnica de PCR multiplex. As amostras apresentaram taxa de resistência maior que 70% para oito dos onze antimicrobianos testados: piperacilina-tazobactam, ceftazidima, cefotaxima, cefepime, amicacina, ciprofloxacina, imipenem e meropenem. A droga com melhor atividade in vitro foi a polimixina B. Quatro amostras foram resistentes com CIM determinada pelo E-test variando de 6 g/mL a 32 g/mL. Observou-se uma grande diversidade genética dentre as amostras, com dez grupos clonais identificados pelo PFGE. O grupo clonal B foi prevalente e persistente na unidade, representado por 32 (42,1%) amostras. Esse foi o mesmo clone descrito como o mais freqüente no Rio de Janeiro em estudo prévio. O clone associado a um surto ocorrido na mesma instituição entre 2007 e 2008 esteve presente em apenas sete (9,2%) amostras, tendo sido substituído pelo genótipo B. A análise prospectiva dos pacientes que permaneceram internados por pelo menos um mês mostrou casos de substituição clonal após terapia antimicrobiana, indicando a existência de reservatório ambiental dos genótipos circulantes. A colonização do trato respiratório por A. baumannii foi bastante comum, mas também foram observados casos de substituição de uma espécie não-baumannii por A. baumannii, além de infecção de corrente sanguínea por um genótipo diferente daquele responsável pela colonização. A presença de cepas resistentes à polimixina é preocupante, pois representa uma ameaça à terapia com a droga. A existência de um clone multirresistente disseminado no Rio de Janeiro, possivelmente pela transferência de pacientes e por profissionais que trabalham em mais de um hospital, aponta a necessidade de se adotar medidas de controle de infecção mais eficazes a fim de reduzir as taxas de morbidade e mortalidade. Além disso, a identificação de focos ambientais de dispersão das cepas epidêmicas parece essencial para garantir a eficácia das demais medidas de contenção de surtos / The species of the genus Acinetobacter are common in the environment, but in recent decades have gained prominence as nosocomial pathogens, especially Acinetobacter baumannii and genospecies 3 and 13TU, which form the A. baumannii Complex and whose differentiation is only possible by the use of molecular methodologies. They are associated with different clinical presentations, mainly in patients hospitalized in intensive care units. Often exhibit resistance to a wide range of antimicrobials, including carbapenems. In these cases, treatment options may sometimes be restricted to polymyxin. This study aimed to evaluate the antimicrobial susceptibility, genetic diversity and colonization dynamics of Acinetobacter spp. isolated from patients hospitalized in the Intensive Care Unit of Hospital Universitário Pedro Ernesto in a year of study. During 2009, 76 strains of Acinetobacter spp. isolated from 34 patients were studied, most of them obtained from the respiratory tract (42.1%), followed by blood (19.7%). Of the total, 96.1% (73) were identified as A. baumannii by detection of the intrinsic gene blaOXA-51-like. All strains of A. baumannii were OXA-23 carbapenemase producers and showed a multiresistant profile, whereas the three non-baumannii species were susceptible to all antimicrobials tested. There were no amplification products for the genes blaOXA-24-like, blaOXA-58-like and blaOXA-143 by multiplex PCR. The islates showed resistance rates greater than 70% for eight of eleven antimicrobials: piperacillin-tazobactam, ceftazidime, cefotaxime, cefepime, amikacin, ciprofloxacin, imipenem and meropenem. The drug with the highest activity in vitro was polymyxin B. Four strains were resistant with MICs determined by E-test ranging from 6 g/mL to 32 g/mL. A great genetic diversity was observed among the isolates, with ten clonal groups identified by PFGE. The clonal group B was prevalent and persistent in the unit, represented by 32 (42.1%) isolates. This was the same clone described as the most frequent in Rio de Janeiro in a previous study. The clone associated with an outbreak in the same institution between 2007 and 2008 was found in only seven (9.2%) isolates, having been replaced by genotype B. A prospective analysis of patients who were admitted for at least one month showed cases of clonal substitution after antimicrobial therapy, indicating the existence of environmental reservoir of circulating genotypes. Respiratory tract colonization by A. baumannii was quite common, but there were also cases of replacement of a non-baumannii species by A.baumannii, and bloodstream infection by a genotype different from that responsible for colonization. The presence of polymyxin-resistant strains is worrisome as it represents a threat to the therapy with this drug. The existence of a multiresistant clone widespread in Rio de Janeiro, possibly due to the transfer of patients and to sharing of common healthcare staff, points out the need to adopt more effective infection control measures in order to reduce the morbidity and mortality. In addition, the identification of epidemic strains environmental dispersion sources seems essential to ensure the efficiency of other outbreaks contention measures

Many of the patterns of genetic variation we observe today have arisen via the complex dynamics of interactions and isolation of historic human populations. In this thesis, we focus on two important features of the genetics of populations that can be used to learn about human history: population structure and admixture. The Iberian peninsula has a complex demographic history, as well as rich linguistic and cultural diversity. However, previous studies using small genomic regions (such as Y-chromosome and mtDNA) as well as genome-wide data have so far detected limited genetic structure in Iberia. Larger datasets and powerful new statistical methods that exploit information in the correlation structure of nearby genetic markers have made it possible to detect and characterise genetic differentiation at fine geographic scales. We performed the largest and most comprehensive study of Spanish population structure to date by analysing genotyping array data for ~1,400 Spanish individuals genotyped at ~700,000 polymorphic loci. We show that at broad scales, the major axis of genetic differentiation in Spain runs from west to east, while there is remarkable genetic similarity in the north-south direction. Our analysis also reveals striking patterns of geographically-localised and subtle population structure within Spain at scales down to tens of kilometres. We developed and applied new approaches to show how this structure has arisen from a complex and regionally-varying mix of genetic isolation and recent gene-flow within and from outside of Iberia. To further explore the genetic impact of historical migrations and invasions of Iberia, we assembled a data set of 2,920 individuals (~300,000 markers) from Iberia and the surrounding regions of north Africa, Europe, and sub-Saharan Africa. Our admixture analysis implies that north African-like DNA in Iberia was mainly introduced in the earlier half (860 - 1120 CE) of the period of Muslim rule in Iberia, and we estimate that the closest modern-day equivalents to the initial migrants are located in Western Sahara. We also find that north African-like DNA in Iberia shows striking regional variation, with near-zero contributions in the Basque regions, low amounts (~3%) in the north east of Iberia, and as high as (~11%) in Galicia and Portugal. The UK Biobank project is a large prospective cohort study of ~500,000 individuals from across the United Kingdom, aged between 40-69 at recruitment. A rich variety of phenotypic and health-related information is available on each participant, making the resource unprecedented in its size and scope. Understanding the role that genetics plays in phenotypic variation, and its potential interactions with other factors, provides a critical route to a better understanding of human biology and population health. As such, a key component of the UK Biobank resource has been the collection of genome-wide genetic data (~805,000 markers) on every participant using purpose-designed genotyping arrays. These data are the focus of the second part of this thesis. In particular, we designed and implemented a quality control (QC) pipeline on behalf of the current and future use of this multi-purpose resource. Genotype data on this scale offers novel opportunities for assessing quality issues, although the wide range of ancestral backgrounds in the cohort also creates particular challenges. We also conducted a set of analyses that reveal properties of the genetic data, including population structure and familial relatedness, that can be important for downstream analyses. We find that cryptic relatedness is common among UK Biobank participants (~30% have at least one first cousin relative or closer), and a full range of human population structure is present in this cohort: from world-wide ancestral diversity to subtle population structure at sub-national geographic scales. Finally, we performed a genome-wide association scan on a well-studied and highly polygenic phenotype: standing height. This provided a further test of the effectiveness of our QC, as well as highlighting the potential of the resource to uncover novel regions of association.

p. 1-144 / Submitted by Santiago Fabio (fabio.ssantiago@hotmail.com) on 2013-04-29T19:12:41Z No. of bitstreams: 1 88888888888888888.pdf: 1991557 bytes, checksum: 935c5a8ee336f8e4a6dfcb35cfa69802 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva(mariakreuza@yahoo.com.br) on 2013-05-04T17:37:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 88888888888888888.pdf: 1991557 bytes, checksum: 935c5a8ee336f8e4a6dfcb35cfa69802 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-04T17:37:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 88888888888888888.pdf: 1991557 bytes, checksum: 935c5a8ee336f8e4a6dfcb35cfa69802 (MD5) Previous issue date: 2011 / A utilização de técnicas para genotipagem de Mycobacterium tuberculosis possibilita um melhor entendimento da dinâmica de transmissão da tuberculose. Entretanto, há carência de investigações com esta abordagem no município de Salvador (BA), a fim de elucidar aspectos relacionados à ocorrência e manutenção da doença. Foi realizado um estudo transversal de base populacional para caracterizar e descrever a distribuição espacial de cepas de M. tuberculosis isoladas de casos bacilíferos residentes no município entre agosto de 2008 e dezembro de 2009. A captação dos dados sóciodemográficos foi realizada com a aplicação de questionário e amostras clínicas foram coletadas para isolamento do M. tuberculosis e enotipagem por RFLP IS6110 e spoligotyping. Um total de 326 casos foi analisado e 70 isolados (23,3%) formaram 27 clusters, enquanto 230 (76,7%) apresentaram perfis únicos. Alguns casos em cluster apresentaram diagnósticos realizados em meses subseqüentes e muitos clusters foram compostos por residentes em bairros limítrofes ou próximos e nos mesmos distritos sanitários. O 9° DS Cabula/Beiru apresentou a maior proporção de casos em cluster (34%), com associação estatisticamente significante em residir neste DS e cluster (RP = 1,61; IC 95%: 1,03 – 2,52). Sete famílias de M. tuberculosis foram identificadas: LAM (50,6%), Haarlem (10,7%), T (8,6%), X (7,4%), U (4,6%), S (0,3%) e EAI (0,3%), 57 (17,5%) isolados não puderam ser classificadas em famílias utilizando a base de dados SpolDB4. Observou-se um padrão diversificado na distribuição dos perfis genéticos de M. tuberculosis nos DS de Salvador, com maior concentração de casos nos bairros periféricos da cidade. Os dados apresentam um panorama preliminar sendo de interesse para a compreensão da epidemiologia da tuberculose. Concluímos que em Salvador há predomínio de uma população geneticamente diversificada de M. tuberculosis com circulação diferencial dos perfis e famílias genéticas nos diferentes espaços, indicando transmissão ativa de determinados perfis em áreas específicas. Sugere-se a realização de análise espacial mais refinada, com a integração de metodologias e dados de genotipagem e georeferenciamento. / Salvador

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-15T19:41:49Z No. of bitstreams: 1 Erivelton 1 Oliveira Souza Caracterizaçao dos perfis...2012.pdf: 2501634 bytes, checksum: c5ec35828b8fce881d7f6a1ae0ff2b45 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-15T19:41:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Erivelton 1 Oliveira Souza Caracterizaçao dos perfis...2012.pdf: 2501634 bytes, checksum: c5ec35828b8fce881d7f6a1ae0ff2b45 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A resistência aos fármacos utilizados no tratamento da tuberculose (TB) é um importante desafio no combate à doença. A rifampicina e a isoniazida são dois fármacos de primeira linha essenciais para a cura da doença, a qual tem como agente o M. tuberculosis. Pacientes com TB cujos isolados de M. tuberculosis apresentem resistência in vitro simultânea a estes dois fármacos desenvolvem a TB multirresistente (TBMR). A resistência do M. tuberculosis está relacionada com mutações em genes importantes para a sobrevivência do bacilo. O tratamento da TBMR é mais longo e utiliza fármacos anti-TB de segunda linha, os quais são de maior toxicidade, predispondo os pacientes à não adesão aos esquemas de tratamento. O paciente com TBMR, quando não devidamente tratado, pode selecionar cepas resistentes aos fármacos anti-TB de segunda linha, proporcionando o surgimento da TB extensivamente resistente (TBXDR). Por sua vez, estas cepas podem ser transmitidas em comunidades, constituindo um grave problema de saúde pública. Segundo a Organização Mundial de Saúde, a TBXDR tem sido documentada em alguns países, mas no Brasil estes dados são escassos. A caracterização genética de cepas de M. tuberculosis envolvidas com os casos TBMR/TBXDR pode facilitar a identificação de vias de transmissão. OBJETIVO: Pesquisar casos de TBXDR na Bahia e caracterizar perfis genéticos de isolados de M. tuberculosis de pacientes com TB multirresistente, associando o perfil genético encontrado com as características sócio-demográficas e clínicas dos pacientes envolvidos. MATERIAIS E MÉTODOS: Isolados de M. tuberculosis obtidos de pacientes com diagnóstico de TBMR entre 2008-2011 residentes no Estado da Bahia (Brasil) foram submetidos ao teste de sensibilidade utilizando fármacos anti-TB de primeira e segunda linha e genotipados pela técnica do Número Variável de Repetições em Tandem de Unidades Repetitivas Inter-espaçadas Micobacterianas (MIRU-VNTR) para obtenção de perfis genéticos que foram associados com perfis da base de dados internacional MIRU-VNTRplus. Isolados com perfis genéticos não associáveis a linhagens com o uso desta técnica foram adicionalmente genotipados por Spoligotyping e ambas as informações foram consideradas para assimilação de linhagens utilizando esta mesma base de dados. Informações clínico-epidemiológicas foram obtidas do banco de dados “Sistema TBMR” do Ministério da Saúde. RESULTADOS: Foram analisados 392 isolados. Destes, 35% foram excluídos por ausência de crescimento ou contaminação e 12% constituíam amostras em duplicata, resultando em 206 pacientes com TBMR no estudo. Comprovou-se a ocorrência da TBXDR em 7% (14/206) dos pacientes; destes, dois não possuíam registro anterior para qualquer tratamento anti-TB. Os pacientes estudados foram provenientes de 45 municípios do Estado. A capital, Salvador, concentrou 71% dos casos TBMR e 76% dos TBXDR. Dos casos TBXDR, 36% (5/14) apresentaram isolados resistentes a todos os fármacos testados. Observou-se associação de resistência combinada entre estreptomicina e etambutol (8/14, 57%) e o perfil TBXDR (RP 4,0; IC95% 1,2-13,8; P=0,01). Dos casos TBXDR, 71% (10/14) desenvolveram uma ou mais comorbidades (P=0,04), sendo o transtorno mental uma comorbidade significativa neste grupo (21%; 3/14; P=0,04). Encontrou-se 56 perfis genéticos, 38 únicos e 18 agrupados em clusters (contendo de 2 a 11 isolados). Quase a totalidade (92%) dos casos TBXDR esteve agrupada em clusters, diferindo dos casos não-TBXDR (P=0,049). Os perfis genéticos estiveram principalmente associados a seis famílias: LAM (70%), Cameroon (16%), Haarlem (10%) e as famílias X, S, Uganda I, que combinadas perfizeram 4%. Os casos TBXDR foram representados pelas famílias LAM (45%, ST’s 376, ST42, ST20), Cameroon (36%, ST61 único) e Haarlem (18%, ST50). CONCLUSÕES: A Bahia apresentou casos de TBXDR e as famílias de M.tuberculosis envolvidas com estes casos foram LAM, Cameroon e Haarlem. A genotipagem auxiliou na descoberta de casos epidemiologicamente relacionados. / Resistance to drugs used in tuberculosis (TB) chemotherapy is a major challenge to fighting this disease caused by M. tuberculosis. Rifampin and isoniazid are two main first-line drugs to achieve TB cure. TB patients whose M. tuberculosis isolates exhibit resistance simultaneously to these two drugs develop multidrug-resistant TB (MDR-TB). M. tuberculosis resistance is related to mutations in genes important for bacillus survival. MDR-TB treatment is longer and uses more toxic second-line anti-TB drugs, predisposing patients to non-adherence to treatment regimens. Patients with MDR-TB, when not properly treated, can select strains resistant to second-line anti-TB drugs leading to the emergence of extensively drug-resistant TB (XDR-TB). These strains can be transmitted in communities, constituting a serious public health problem. According to the World Health Organization, XDR-TB has been documented in some countries, but in Brazil these data are scarce. The genetic characterization of M. tuberculosis strains involved in MDR/XDR-TB cases could facilitate the identification of transmission chains. AIMS: To investigate cases of XDR-TB in Bahia and to characterize the genetic profiles of the isolates of M. tuberculosis from patients with multidrug-resistant TB, associating the genetic profiles observed with the socio-demographic and clinical characteristics of patients involved. MATERIALS AND METHODS: M. tuberculosis isolates obtained from patients diagnosed with MDR-TB between 2008-2011 resident in the State of Bahia (Brazil) were tested for sensitivity against first and second-line anti-TB drugs and genotyped by the Variable Number of Tandem Repeats in Repetitive Unit Inter- Mycobacterial spaced (MIRU-VNTR) technique to obtain the genetic profiles that were associated with profiles in the international database MIRU-VNTRplus. Isolates whose genetic profiles have not matched any lineage with the use of this technique were further genotyped by Spoligotyping and information from both methods were considered to test for the possible matching with lineages from the same database. Clinical and epidemiological data were obtained from the database "Sistema TBMR" of the Ministry Health. RESULTS: We analyzed 392 isolates. Of these, 35% were excluded due to absence of growth or contamination and 12% corresponded to duplicate samples, resulting in 206 patients with MDR-TB in the study. XDR-TB was found in 7% (14/206) of the patients, two of which had no previous record of any anti-TB treatment. The patients studied were from 45 cities of the State. The capital, Salvador, concentrated 71% of all MDR-TB and 76% of the XDR-TB cases. Among XDR-TB cases, 36% (5/14) had isolates resistant to all drugs tested here. Combined resistance to streptomycin and ethambutol (8/14, 57%) was associated with the XDR-TB profile (OR 4.0, 95% CI 1.2 to 13.8, P = 0.01). 71 %(10/14) of XDR-TB cases developed one or more comorbidities (P= 0.04), mental disorder being a significant comorbidity in this group (21%, 3/14, P=0.04). Genotyping yielded 56 profiles, 38 unique and 18 in clusters (containing 2 to 11 isolates). Almost all (92%) XDR-TB cases were clustered, differing from non-XDR-TB cases (P=0.049). The genetic profiles were mainly associated with six families: LAM (70%), Cameroon (16%), Haarlem (10%), and the families X, S, Uganda I, which altogether amounted to 4%. The XDR-TB cases were represented by LAM (45% ST's 376, ST42, ST20), Cameroon (36%, single ST61) and Haarlem (18% ST50). CONCLUSIONS AND STUDY CONTRIBUTIONS: Bahia presented cases of XDR-TB and the families involved with these cases were LAM, Haarlem and Cameroon. Genotyping helped in epidemiologically linked case finding.

Introdução: Resistência aos antirretrovirais pode limitar opções de tratamento, principalmente em pacientes com acúmulo de falhas terapêuticas, o que pode comprometer resultados clínicos. Objetivos: caracterizar o perfil de mutações na transcriptase reversa e protease do HIV-1 de pacientes em falha ao tratamento. Secundariamente, avaliar associação entre mutações e número de falhas terapêuticas, associação entre mutações e subtipos do HIV-1 e apresentar a evolução temporal da prevalência dos subtipos do HIV-1, no estado do Pará, ao Norte do Brasil. Método: Estudo transversal, no qual se avaliam genotipagens, entre janeiro de 2004 a dezembro de 2013, com dados obtidos de formulário de solicitação do exame padronizado pela RENAGENO e de impressos dos resultados, ambos arquivados em quatro serviços de atendimento especializados. Foram incluídos os testes realizados por laboratório da RENAGENO, em maiores de 18 anos, e o primeiro exame daqueles que o realizaram em mais de um momento, totalizando 377 amostras. As mutações são descritas de acordo com o banco de dados de resistência do HIV da Universidade de Stanford (http://hivdb.stanford.edu), estimam-se suas prevalências e avaliam-se mutações de resistência de acordo com o número de falhas no momento da genotipagem, bem como diferenças de mutações entre subtipos B e não-B do HIV-1. Resultados: A mutação M184V foi a mais prevalente (80,1%), seguida da K130N (40,6%) e TAM. Em pacientes multiexperimentados previamente à genotipagem, resistência a ZDV, d4T e TDF foi associada às mutações M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q e T69D; bem como resistência a todos os IP/r associou-se às mutações principais M46I, V82A, L90M, I54V, I84V, M46L e L76V. O subtipo B é o predominante no Pará (90,7%) e diferenças de prevalência de mutações entre subtipos ocorreram entre as mutações L63P e A71T versus subtipo B, enquanto as mutações L76V, M36I, K20R, L10V, L89M e F53L associaram-se ao subtipo não-B. Conclusão: A seleção de mutações de resistência do HIV-1 relacionada aos antirretrovirais é similar ao descrito em literatura. O acúmulo de falhas ao tratamento favorece a emergência de mutações, o que reforça o monitoramento de falha virológica, seguida de genotipagem para minimizar o impacto de resistência. Estudos adicionais de epidemiologia molecular são necessários para avaliar melhor a questão da prevalência de subtipos de HIV-1 no estado e possíveis associações com mutações de resistência do HIV-1. / Introduction: Resistance to antiretroviral treatment can limit treatment options, especially in patients with accumulation of therapeutic failures, which may compromise clinical outcomes. Objectives: characterizing the profile of mutations in the protease and reverse transcriptase of HIV-1 patients in the treatment failure. Secondarily to evaluate the association between mutations and the number of treatment failures, association between mutations and subtypes of HIV-1 and present the temporal evolution of the prevalence of subtypes of HIV-1 in the state of Pará in northern Brazil. Method: cross-sectional study in which genotyping is evaluated between January, 2004 and December, 2013 with data obtained from the standardized application form for the examination RENAGENO and printed the results, both filed in four specialty care services. We included those by laboratory RENAGENO in 18 years and the first examination in those who underwent more than one time, totaling 377 samples. Mutations are described according to the database of HIV resistance at Stanford University (http://hivdb.stanford.edu), estimated their prevalence and resistance is evaluated according to the number of failures at the time of genotyping as well as differences between mutations and subtype B and non-B HIV-1. Results: The M184V mutation was the most prevalent (80.1%), followed by K130N (40.6%) and TAM. In patients who received at least three treatments prior to genotyping, resistance to ZDV, d4T and TDF was associated with mutations M41L, D67N, V118I, L210W, K219Q and T69D; well as resistance to all PI / r was associated with the major mutations M46I, V82A, L90M, I54V, I84V M46L and L76V. HIV-1 subtype B was the most prevalent (90.7%) and there were differences between subtypes B versus mutations: L63P and A71T were more frequent in the subtype B, whereas mutations L76V, K20R, L10V, L89M and F53L were in non-B subtypes. Conclusion: The selection of resistance mutations in HIV-1 related to antiretroviral is similar to that described in the literature. The accumulation of failures to treatment favors the emergence of mutations, reinforcing the monitoring and evaluation of virologic failure by genotyping to minimize the impact resistance. Additional molecular epidemiological studies are needed to better assess the issue of prevalence of subtypes of HIV-1 in the state and possible associations with resistance mutations in HIV-1.

A bovinocultura é um dos destaques do agronegócio brasileiro no cenário mundial, uma vez que o País tem o maior rebanho bovino comercial do mundo e é o maior exportador de carne bovina. Para manter e melhorar a competitividade no mercado internacional é fundamental o monitoramento da sanidade animal e a aplicação de programas sanitários adequados e eficientes, especialmente em relação às doenças virais que causam grande impacto na produtividade. As infecções em bovinos causadas por pestivírus resultam em grandes perdas econômicas em todo mundo. Estas podem variar de subclínicas até fatais e pode envolver sinais clínicos respiratórios, reprodutivos e digestivos. As espécies virais pertencentes à família Flaviviridae, gênero Pestivirus, que causam estas infecções são: vírus da diarreia viral bovina tipo 1 (BVDV-1), BVDV tipo 2 (BVDV-2) e vírus da doença da fronteira (BDV), além de um pestivírus atípico, o vírus Hobi-like. O objetivo deste trabalho foi caracterizar filogeneticamente isolados de pestivírus detectados no Brasil entre 1995 e 2014. Para isso, 89 isolados de pestivírus foram amplificadas por RT-PCR, sequenciadas e analisadas filogeneticamente em três regiões genômicas, região 5’ não traduzida (5’UTR), autoprotease N terminal (Npro) e glicoproteína 2 (E2). Estes isolados eram provenientes de amostras biológicas de bovinos, soro fetal bovino e de cultivos celulares contaminados, de seis estados brasileiros (PB, PR, MS, MT, RS, SC). No total, 53,9% das sequências foram identificadas como BVDV-1, 33,7% como BVDV-2 e 12,3% como vírus Hobi-like. Os subgenótipos predominantes foram BVDV-1a (35,9%) e BVDV-2b (31,4%), porém, BVDV-1b (10,1%), 1d (6,7%), 2c (2,2%) e 1e (1,1%) também foram identificados. O BVDV-1e e 2c foram descritos pela primeira vez no Brasil. Estes resultados poderão contribuir para o desenvolvimento de vacinas e testes de diagnósticos mais eficazes, visando futuros programas de controle e erradicação destes vírus no País. / The livestock is one of the highlights of Brazilian agribusiness in the world scenario. Since Brazil has the world’s largest commercial cattle population and is the largest beef exporter. To maintain and improve the competitiveness in the international market, is essential to monitor the animal health and the application of appropriate and efficient disease control programs, especially in relation to viral diseases, which cause major impact on productivity. Infection caused by pestiviruses in cattle results in great economic losses worldwide. It can vary from subclinical to fatal, and may involve respiratory, reproductive and digestive clinical signs. The viral species belongs to the family Flaviviridae, genus Pestivirus, that are the bovine viral diarrhea virus type 1 (BVDV-1), BVDV type 2 (BVDV-2) and border disease virus (BDV), and one atypical pestivirus, the Hobi-like virus. The aim of this study was to phylogenetically characterize pestiviruses detected in Brazil between 1995 and 2014. For this, 89 pestivirus isolates were amplified by RT-PCR, sequencing and phylogenetically analyzed in three genomic regions, 5’ untranslated region (5’UTR), N terminal autoprotease (Npro) and envelope glycoprotein 2 (E2). These isolates were from biological samples of cattle, fetal bovine serum and contaminated cell cultures from six Brazilian Federal States (PB, PR, MS, MT, RS, SC). In total, 53.9% sequences were identified as BVDV-1, 33.7% as BVDV-2 and 12.3% as Hobi-like viruses. The predominant subgenotypes were BVDV-1a (35.9%) and BVDV-2b (31.4%). Furthermore, BVDV-1b (10.1%), 1d (6.7%), 2c (2.2%) and 1e (1.1%) were also identified. The BVDV-1e and 2c were described for the first time in Brazil. These results will contribute for the development of more efficient vaccines and diagnostic tests, aiming future pestivirus control and eradication programs in Brazil.

As encefalopatias espongiformes transmissíveis (EETs), ou doenças do príon, ocorrem tanto nos animais como no homem, são responsáveis por doenças transmissíveis e hereditárias e provocam lesões degenerativas no encéfalo. A presença de uma forma protéica anormal (PrPSc), ao invés da sua forma normal (PrPC), no tecido encefálico e linforreticular é característica peculiar das EETs. Essa proteína é altamente insolúvel, resistente à degradação por proteases e se deposita eventualmente sob forma de placas amiloides na substância cinzenta. Tais placas provocam a morte maciça de neurônios e células gliais, causando vacuolização intensa no tecido afetado. A partir da implantação do programa de vigilância epidemiológica da encefopatia espongiforme bovina (EEB), coordenado pelo Programa Nacional de Controle da Raiva dos Herbívoros e Outras Encefalopatias (PNCRH) do Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento (MAPA), o Setor de Patologia Veterinária da UFRGS tem sido requisitado frequentemente para realização de exames de necropsias e de materiais de animais com suspeita de scrapie. A técnica de imuno-histoquímica (IHQ) é o teste para o diagnóstico das EETs mais específico disponível até o momento, sendo cada vez mais utilizado para diagnóstico, rastreamento, estudo da patogênese e fornecimento de informações comparativas em nível molecular. Por outro lado, a genotipagem é uma ferramenta importante no auxílio da identificação da suscetibilidade genética a scrapie, tornando o diagnóstico mais seguro, além de possibilitar a identificação de casos atípicos de scrapie, como a Nor98. Este trabalho consistiu na realização da IHQ para proteína priônica no tecido nervoso e no tecido linforreticular, como método diagnóstico de scrapie em ovinos e caprinos, associado à genotipagem dos ovinos. Entre 2009 e 2012 foram realizadas colheitas de materiais para exames de IHQ e coloração por hematoxilina-eosina em amostras de tecidos de ovinos das raças Suffolk, Santa Inês, Dorper e mestiços. As amostras foram obtidas a partir de biopsias e necropsias para diagnóstico de scrapie. Foi realizada também a genotipagem nos animais para os códons 136, 154 e 171 da proteína PRP, e em alguns casos no códon 141. Foram realizadas três repetições da IHQ para cada amostra positiva para PrPSc. O diagnóstico por IHQ no tecido linforreticular foi considerado positivo quando o material apresentou um número de, no mínimo, três folículos linfoides com centros germinativos marcados pela técnica. Entre os resultados obtidos neste trabalho pode-se incluir o primeiro diagnóstico positivo para scrapie de genótipo resistente (ARR/ARR) não Nor98, na espécie ovina no Brasil, com marcação por IHQ nas tonsilas palatínicas, terceira pálpebra e mucosa reto-anal. Este animal era pertencente a um rebanho de ovinos mestiços Sufolk, no qual foram diagnosticados mais nove animais positivos para scrapie nas tonsilas palatínicas, terceira pálpebra e mucosas reto-anal. A coleta e envio de material de vários órgãos linfoides foi considerada importante por possibilitar a confirmação da presença ou não do agente em pelo menos dois deles, reduzindo o número de casos considerados suspeitos, o risco de falsos positivos, e parte, senão a totalidade, dos casos com material insuficiente para diagnóstico. Em necropsia, a coleta de tonsilas palatínicas mostrou-se eficaz pelo seu alto índice de marcação positiva. A coleta de amostras de sangue foi importante para a realização do teste de genotipagem, permitindo avaliar o grau de resistência/susceptibilidade do animal, complementando os resultados de IHQ. / Transmissible spongiform encephalopathies (TSEs), the prion diseases, occurs both in animals and in humans, are responsable for a transmissible and hereditary disease, and cause degenerative lesions in the brain tissue. The presence of an abnormal protein (PrPSc), instead of its normal form (PrPC), on the nervous and lymphoreticular tissue is characteristic of TSEs. This protein is highly insoluble and resistant to degradation by proteases and eventually settles in the gray matter in the form of amyloid plaques that causes massive death of neurons and glial cells, causing intense vacuolization in the affected tissue. After the establishment of the Bovine Spongiform Encephalopathy surveillance program, coordinated by the National Rabies and Other Encephalopathies Control Program, the Setor de Patologia Veterinária of UFRGS has been usually required to proceed necropsy and other diagnosis in suspicious animals. The immunohistochemistry (IHC) is the most specific technique actually used to TSEs identification, being increasingly used to diagnosis, traceability, pathogenesis study and providing comparative information on the molecular level. On the other hand, genotyping is an important tool on scrapie genetic susceptibility identification, making more secure the diagnosis, beyond to enable the atypical scrapie cases identification, like Nor98. This work consisted to performing IHC to prionic protein, on nervous system and lymphoreticular tissue, as scrapie diagnostic method in sheep and goat, associate to genotyping in sheep. Sheep tissues were sampled from Suffolk, Santa Inês, Dorper and crossbreed to proceed IHC and hematoxilin-eosin staining between 2009 and 2012. The samples were obtained by biopsy and necropsy to scrapie diagnose. Genotyping of codons 136, 154 and 171 of PRP protein was performed, as well as a few of codon 141. The monoclonal antibody anti-prion F98/160.1.5 and F99/97.6.1 was used at the IHC. For each positive sample three repetitions were performed. The diagnostic by IHC at lymphoreticular tissue was considered positive when it shows at minimum three follicles with germinal centers stained. Among the obteined results, could be included the first diagnostic of scrapie not Nor98 in resistant genotype (ARR/ARR) sheep in Brazil. This animal belongs to a Suffolk sheep flock in which were diagnosed more nine scrapie positive animals showing IHC staining on tonsils, third eyelid and rectal mucosa. The sampling and dispatch of many lymphoid tissues was considered important to enable the confirmation of agent presence or not in at least two of them, reducing the number of suspicious cases, the risk of false positive, and part, if not all, of cases with insufficient material for diagnosis. At necropsy, the tonsils collecting showed efficient by the it high positive staining level. Blood sampling becomes important to proceed genotyping test, allowing measure the animal resistance/susceptibility grade, complementing the IHC results.

The objective of this study is to investigate the effect of polymorphism of the FGF2 gene locus at the milk yield and fertility of Holstein cows. Review contains information about milk yield and reproductive performance of Holstein cows and point out the problem with decreasing fertility of high-producing dairy cows. The second part of review contains information about FGF family, its characterization and its effect of production traits and reproductive traits in Holstein cows. FGF2 was chosen for this study because it is a member of the placental lactogen pathway and interferon- and which means that, FGF2 is included in initiation and maintaining of pregnancy in ruminants and therefore is possible to expect an effect on FGF2 on the milk traits and reproductive traits of cattle. The experimental part of the work deals with the genotyping of 150 bulls of Holstein breed. Genotyping was performed by PCR-RFLP method. Data was obtained and statistically evaluated. No significant effect of SNP11464 FGF2 polymorphism was found with association to milk production of Holstein breed. However, a significant effect of SNP11464 was found in regards to fertility with association to fertility of cows and breeding cattle of the Holstein breed line NXA. This effect was not significant in heifers of both lines and fertility of cows and breading cows in line NEA. SNP11646 FGF2 gene might be useful as a criterion in gene-assisted selection to increase the fertility of Holstein dairy cows but prior to its introduction as a selection criteria in the breeding programme a further investigation of possible effect on fertility is necessary.