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Avaliação de SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) nas diferentes formas clínicas da doença de Chagas / Evaluation of SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) in different clinical forms of Chagas disease

Carvalho, Thaysa Buss 23 February 2018 (has links)
Submitted by Thaysa Buss Carvalho (thata_carv@hotmail.com) on 2018-03-06T20:09:50Z No. of bitstreams: 1 Dissertação (versão final - Pós).pdf: 3710550 bytes, checksum: bab583912c5fbf652bf225a988df911b (MD5) / Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-03-08T18:01:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 carvalho_tb_me_bot.pdf: 3710550 bytes, checksum: bab583912c5fbf652bf225a988df911b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-08T18:01:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carvalho_tb_me_bot.pdf: 3710550 bytes, checksum: bab583912c5fbf652bf225a988df911b (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A doença de Chagas (DC), causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi (T. cruzi), ainda é considerada como um problema de saúde pública em muitos países da América Latina. De acordo com a Organização Mundial da Saúde, estima-se que entre seis a sete milhões de pessoas no mundo estejam infectadas. Indivíduos na fase crônica da doença podem ser classificados como assintomáticos ou sintomáticos (estes, desenvolvendo as formas clínicas cardíaca, digestiva ou mista). Os assintomáticos correspondem a 70% dos indivíduos nessa fase e, embora apresentem sorologia positiva para anticorpos anti T-cruzi, não desenvolvem manifestações clínicas da doença. O motivo pelo qual alguns pacientes permanecem assintomáticos, e outros desenvolvem sintomas severos, ainda é desconhecido. Fatores genéticos do hospedeiro são bastante relevantes e podem explicar a heterogeneidade encontrada em pacientes que vivem com a doença em áreas endêmicas. Diante disso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) no gene TNF-α (rs1800629) e ACAT-1 (rs1044925) em indivíduos com DC crônica e verificar se os mesmos estão relacionados com a susceptibilidade para manifestação de formas clínicas sintomáticas com uso da técnica PCR-RFLP. Foram genotipadas 124 amostras para o gene TNF-α e 135 para o gene ACAT-1. Foi observada associação significativa da presença do alelo A do gene TNF- α em indivíduos sintomáticos em relação aos assintomáticos (p = 0,045). Também houve associação significativa entre o alelo G (p = 0,008) e o genótipo GG (p = 0,001) do gene TNF-α e os genótipos AA (p = 0,047) e AC (p = 0,016) do gene ACAT-1 nos indivíduos assintomáticos em relação aos sintomáticos. Nossos resultados sugerem que a presença do alelo A do gene TNF-α possa estar relacionada com a presença de manifestações clínicas sintomáticas na fase crônica da doença e o alelo G, bem como, genótipo GG possam estar associados com ausência de sintomas clínicos em indivíduos nessa fase. A respeito do SNP do gene ACAT-1, nossos dados sugerem efeito protetor dos genótipos AA e AC segundo apresentação de sintomas da doença na fase crônica, o que representa dado inédito em chagásicos. / Chagas disease (CD), caused by the protozoan Trypanosoma cruzi (T. cruzi), is still considered a public health problem in many Latin America countries. According to the World Health Organization, it is estimated that between six and seven million people worldwide are infected. Disease’s chronic phase individuals may be classified as asymptomatic or symptomatic (these, developing as clinical cardiac, digestive or mixed forms). Asymptomatic individuals account for 70% of the patients at this stage and, although they have positive serology for anti-T-cruzi antibodies, they do not develop it’s clinical manifestations. The reason why some patients remain asymptomatic, and others develop severe symptoms, is still unknown. Host’s genetic factors are quite relevant and may explain the heterogeneity found in patients living with the disease in endemic areas. The objective of this study was to evaluate SNPs in the TNF-α (rs1800629) and ACAT-1 (rs1044925) genes in individuals with chronic CD and to verify if the polymorphisms are related to the susceptibility to manifestation of symptomatic clinical forms using the PCR-RFLP technique. Were genotyped 124 samples for the TNF-α gene and 135 for the ACAT-1 gene. Significant association for the presence of the A allele of the TNF-α gene was observed for symptomatic individuals in relation to the asymptomatic ones (p = 0.045). There was also a significant association between the G allele (p = 0.008) and the GG genotype (p = 0.001) of the TNF-α gene and the AA (p = 0.047) and AC (p = 0.016) genotypes of the ACAT-1 gene for asymptomatic patients. Our results suggests that the presence of the TNF-α gene A allele may be related to the presence of symptomatic clinical manifestations in the chronic phase of the disease and the G allele as well as the GG genotype may be associated with absence of clinical symptoms in individuals at this stage. Regarding the ACAT-1 gene SNP, our data suggests a protective effect of AA and AC genotypes according to the to the presentation of chronic disease symptoms, which is an unprecedented finding in chagasic patients. / CAPES: 1578310
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Genotipagem de isolados de Toxoplasma gondii obtidos de Gallus gallus naturalmente infectados no estado de Santa Catarina / Genotyping of Toxoplasma gondii isolates from Gallus gallus naturally infected in the state of Santa Catarina

Trevisani, Natascha 21 February 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA13MA101.pdf: 699148 bytes, checksum: 49c5f8f78753d18ac0c7b049d5052f86 (MD5) Previous issue date: 2013-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Toxoplasmosis is a widely-distributed zoonosis that can infect warm-blooded animals, including birds and humans. Chickens, as well as other birds, can be considered indicators of environmental contamination. Toxoplasma gondii has a distinct clonal populational structure of three lineages (I, II and III) with high recombination, resulting in wide genotypic diversity in Brazil. Recent studies have demonstrated the importance of T. gondii genotyping regard the relationship between genotypes and distinct clinical signs in hosts. This study aimed to isolate and characterize T. gondii isolates from chickens (Gallus gallus) naturally infected in the state of Santa Catarina. Serum samples from 133 fowls raised in free-range conditions were analyzed by Immunofluorescence Assay (IFA ≥ 1:16) to detect IgG antibodies to T. gondii. Brain and heart tissues from 30 seropositives (IFA) chickens were used to isolate the parasite (bioassay in mice). The isolates were subjected to genotypic characterization by PCR-RFLP using 12 genetic markers (SAG1, 5 -3 SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico and CS3). The results were classified according to the genotypes present in ToxoDB (http://toxodb.org/toxo/). Among 133 chicken serum samples analyzed, 84 (63.16%) were positive, with antibody titers ranging from 1:16 to 1:1024. Eleven isolates were obtained in the assay (Ck 3, Ck 32, Ck 35, Ck 56, Ck 63, Ck 89, Ck 102, Ck 103, Ck 125, Ck 127 and Ck 128). Genotyping revealed six genotypes, three of them were classified as #26, #53 and #120 and three were not previously described, denominated NEO 1, NEO 2 e NEO 3. In two isolates it was not possible to amplify all markers, but the 18S rRNA PCR-RFLP was performed for differentiation of other apicomplexans (Neospora spp. and Sarcocystis spp.) and it was confirmed as T. gondii. The present study confirms the high genetic diversity of the parasite observed in Brazil and this is the first mapping of genotypes obtained from naturally infected chickens in the state of Santa Catarina / A toxoplasmose é uma zoonose de ampla distribuição geográfica, que acomete animais homeotérmicos, incluindo as aves e o ser humano. Galinhas, assim como outras aves, são consideradas indicadoras de contaminação ambiental. Toxoplasma gondii possui uma estrutura populacional altamente clonal, constituída por três linhagens, designadas I, II e III com alta frequência de recombinação, o que resulta na grande diversidade genotípica observada no Brasil. Estudos recentes têm demonstrado a importância da genotipagem dos isolados de T. gondii considerando a relação de diferentes genótipos com as distintas patologias observadas nos hospedeiros. A realização do presente trabalho teve como objetivo isolar e caracterizar genotipicamente T. gondii de galinhas (Gallus gallus) naturalmente infectadas do estado de Santa Catarina. Soros de 133 aves criadas extensivamente foram analisados pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI ≥1:16) para detecção de anticorpos IgG contra T. gondii. Para o isolamento do parasito (bioensaio em camundongos) foram utilizados coração e cérebro de 30 aves soropositivas na RIFI. Os isolados obtidos foram submetidos à caracterização genotípica por meio da PCR-RFLP utilizando 12 marcadores genéticos (SAG1, 5 -3 SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, Apico e CS3). Os resultados obtidos foram classificados de acordo com os genótipos presentes no ToxoDB (http://toxodb.org/toxo/). Das 133 amostras de soros de galinhas analisadas, 84 (63,16%) foram positivas, com títulos de anticorpos variando de 1:16 a 1:1024. No bioensaio foram obtidos 11 isolados (Ck 3, Ck 32, Ck 35, Ck 56, Ck 63, Ck 89, Ck 102, Ck 103, Ck 125, Ck 127 e Ck 128). Pela análise genotípica revelou-se a presença de seis genótipos, três dos quais classificados como #26, #53 e #120 e três não descritos anteriormente, denominados NEO 1, NEO 2 e NEO 3. Em dois isolados não foi possível amplificar todos os marcadores, entretanto foi realizada a 18S rDNA PCR-RFLP, para diferenciar de outros apicomplexas (Neospora spp. e Sarcocystis spp.), e que confirmou estes como T. gondii. O presente trabalho ratifica a ampla diversidade genética do parasito verificada no Brasil sendo este o primeiro mapeamento dos genótipos do protozoário, a partir de galinhas naturalmente infectadas, que ocorrem no estado de Santa Catarina
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Aspectos de patogenicidade e relacionamento gen?tico de isolados cl?nicos vaginas e anais de Candida albicans oriundos de pacientes com candid?ase vulvovaginal

Medeiros, Mariana Ara?jo Paulo de 27 March 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2014-12-17T14:16:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MarianaAPM_DISSERT.pdf: 2606420 bytes, checksum: 97be52d447dc533f85354f32faddd0ad (MD5) Previous issue date: 2013-03-27 / Funda??o de Apoio ? Pesquisa do Estado do Rio Grande do Norte / Vulvovaginal candidiasis (VVC) is one of the most common causes of vaginitis and affects about 75% of women of reproductive age. The majority of cases (80 to 90%) are due to C. albicans, the most virulent species of the genus Candida. Virulence attributes are scarcely investigated and the source of infection remains uncertain. Objective: This study aimed to evaluate the virulence factors and genotypes of clinical isolates of C. albicans sequentially obtained from the anus and vagina of patients with sporadic and recurrent VVC. Materials and methods: We analyzed 62 clinical isolates of C. albicans (36 vaginal and 26 anal strains). Direct examination of vaginal and anal samples and colony forming units (CFU) counts were performed. Yeasts were identified using the chromogenic media CHROMagar Candida? and by classical methodology, and phenotypically characterized regarding to virulence factors, including the ability to adhere to epithelial cells, proteinase activity, morphogenesis and biofilm formation. The genotypes of the strains were investigated with ABC genotyping, microsatellite genotyping with primer M13 and RAPD. Results: We found 100% agreement between direct examination and culture of vaginal samples. Filamentous forms were present in most of the samples of vaginal secretion, which presented CFU counts significantly higher than the samples of anal secretion. There was no statistically significant difference between virulence factors of infecting vaginal isolates and those presented by colonizing anal isolates; as well as for the comparison of the vaginal isolates from patients with different clinical conditions (sporadic or recurrent VVC). There was a decrease in the ability to adhere to HBEC, morphogenesis and biofilm formation of the vaginal isolates during the progress of infection. There was an association between the ability to express different virulence factors and the clinical manifestations presented by the patients. Genotype A was the most prevalent (93.6%), followed by genotype C (6.4%). We found maintenance of the same ABC genotype and greater prevalence of microevolution for the vaginal strains of C. albicans sequentially obtained. Vaginal and anal isolates of C. albicans obtained simultaneously from the same patient presented the same ABC genotype and high genetic relatedness. Conclusion: It is noteworthy that the proliferation of yeast and bud-to-hypha transition are important for the establishment of CVV. The expression of virulence factors is important for the pathogenesis of VVC, although it does not seem to be determinant in the transition from colonization to infection or to the installation of recurrent condition. Genotype A seems to be dominant over the others in both vaginal and anal isolates of patients with VVC. The most common scenario was microevolution of the strains of C. albicans in the vaginal environment. It is suggested that the anal reservoir constituted a possible source of vaginal infection, in most cases assessed / Candid?ase vulvovaginal (CVV) ? uma das causas mais comuns de vaginite e acomete cerca de 75% das mulheres em idade reprodutiva, sendo a maioria dos casos (80 a 90%) devido ? C. albicans, esp?cie mais virulenta do g?nero. Atributos de virul?ncia em CVV s?o pouco investigados, bem como a fonte da infec??o permanece incerta. Objetivo: Este trabalho teve por finalidade avaliar os fatores de virul?ncia e gen?tipos de isolados cl?nicos de C. albicans sequencialmente obtidos do ?nus e da vagina de pacientes com CVV espor?dica e recorrente. Material e m?todos: Foram analisados 62 isolados cl?nicos de C. albicans (36 isolados vaginais e 26 isolados anais). Realizou-se o exame direto das amostras de secre??o vaginal e anal e contagem de unidades formadoras de col?nia (UFC); as leveduras foram identificadas por meio cromog?nico CHROMagar Candida? e por metodologia cl?ssica e caracterizadas fenotipicamente quanto a fatores de virul?ncia, incluindo a capacidade de ader?ncia a CEBH, a atividade de proteinase, a morfog?nese e a forma??o de biofilme. Para a avalia??o da variabilidade genot?pica, empregou-se a t?cnica de genotipagem ABC, al?m da genotipagem por microssat?lites e RAPD. Resultados: Verificou-se 100% de concord?ncia entre o exame direto e a cultura de amostras vaginais, observando-se a presen?a de formas filamentosas na maioria das amostras de secre??o vaginal, as quais apresentaram contagem de UFC significativamente superior ?quela apresentada pelas amostras de secre??o anal. N?o se observou diferen?a estatisticamente significativa quando se comparou os fatores de virul?ncia dos isolados vaginais infectantes com aqueles apresentados pelos isolados anais colonizantes; bem como comparando-se os isolados vaginais de C. albicans obtidos de grupos de pacientes com diferentes condi??es cl?nicas (CVV espor?dica e com CVVR). Observa-se uma tend?ncia ? diminui??o da capacidade de ader?ncia, morfog?nese e forma??o de biofilme do isolado vaginal infectante ao longo do tempo e sugere-se associa??o entre a capacidade de expressar os diferentes fatores de virul?ncia estudados e as manifesta??es cl?nicas apresentadas pelas pacientes. O gen?tipo A foi o mais prevalente (93,6%), seguido do gen?tipo C (6,4%). Houve manuten??o do mesmo gen?tipo ABC e maior preval?ncia de microevolu??o das cepas vaginais de C. albicans obtidas sequencialmente, bem como se observou o mesmo gen?tipo ABC e alta similaridade gen?tica entre isolados vaginais e anais de C. albicans obtidos simultaneamente da mesma paciente. Conclus?o: Ressalta-se que a prolifera??o da levedura e a transi??o levedura-hifa s?o importantes no estabelecimento da CVV. A express?o dos fatores de virul?ncia ? importante na patog?nese de CVV, contudo n?o parece ser determinante na transi??o de coloniza??o para infec??o nem na instala??o de quadro recorrente de CVV. O gen?tipo A demonstra ser dominante em rela??o aos demais tanto em isolados vaginais quanto em isolados anais de pacientes com CVV. Verifica-se a ocorr?ncia de microevolu??o das cepas de C. albicans no ambiente vaginal como cen?rio mais comum. Sugere-se que o reservat?rio anal constituiu uma poss?vel fonte da infec??o vaginal, na grande maioria dos casos avaliados
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Análise comparativa das metodologias de hibridização reversa e sequenciamento direto para a genotipagem do vírus da hepatite C /

Levada, Patrícia Martinez. January 2009 (has links)
Orientador: Maria Inês M. C. Pardini / Banca: Giovanni Faria Silva / Banca: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello / Resumo: A identificação dos diferentes genótipos e subtipos do VHC tem sido útil para o entendimento da evolução da doença e da epidemiologia do vírus em relação a fatores de risco. Atualmente, os métodos de genotipagem assim como a região do genoma viral a ser utilizada constituem temas de discussão. O presente trabalho teve por objetivo comparar a metodologia de hibridização reversa (kit comercial INNO-LiPAÒ v1.0) ao seqüenciamento direto das regiões 5'UTR, NS5B e core do genoma do VHC. Foram utilizadas 92 amostras de plasma de pacientes do Ambulatório de Hepatites da Disciplina de Gastroenterologia Clínica da Faculdade de Medicina de Botucatu (UNESP). Dentre as 92 amostras constituintes deste trabalho, 64 foram selecionadas aleatoriamente e 28 foram escolhidas segundo a genotipagem prévia realizada com o kit INNO-LiPAÒ v.1.0. Dentre estas 28 amostras escolhidas, 10 foram genotipadas como 1a/1b, 2 como 2, 2 como 5, 7 apenas como 1 e 7 foram inconclusivas para a genotipagem com o kit comercial. A genotipagem por seqüenciamento direto foi efetuada seguindo as etapas de: extração do RNA viral, transcrição reversa, amplificação das regiões 5'UTR, NS5B e 5'UTR-core por Nested-PCR, reação de marcação fluorescente e eletroforese em aparelho automático ABI 377 (Applied Biosystems). Todas as amostras puderam ser amplificadas para a região 5'UTR e 62 para NS5B. Para as 30 amostras que não puderam ser amplificadas para NS5B foi realizada a amplificação da região 5'UTR-core que se mostrou eficiente na amplificação de 28 (93%) das amostras. A análise de seqüência permitiu uma maior precisão na classificação viral. O seqüenciamento direto foi eficaz na solução de 100% dos resultados inconclusivos pela metodologia de hibridização reversa. Assim como já reportado na literatura o kit comercial INNO-LiPAÒ v.1.0 produziu resultados errôneos com... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The HCV genotypes and subtypes identification has been useful to understand the disease evolution and viral epidemiological regarding risk factors. Recently, the genotyping methods and viral genomic region used in viral typing have been very discussed in scientific community. The goal of this study was to compare the reverse hybridization methodology and sequencing of the HCV genomic regions 5'UTR, NS5B and core. Ninety-two plasma sample with viral RNA detected from patients assisted in the Department of Internal Medicine - Gastroenterology Division, Botucatu Medical School, University of São Paulo State - UNESP were used in this study. From these 92 samples, 64 were randomly selected and 28 choose according genotyping result by reverse hybridization. The genotyping by reverse hybridization were performed with INNO-LiPAÒ v.1.0, according manufacturer's instructions. To genotyping by sequencing viral RNA isolated from plasma samples was used as a source for RT-PCR amplification and automatic sequencing in ABI 377 sequencer (Applied Biosystems). All samples were amplified to 5'UTR genomic region and 62 to NS5B. From 30 samples that showed insucess in NS5B amplification, 28 (93%) were amplified to 5'UTR-core region with efficiency. The genotyping by sequencing allowed more precision in viral classification. The sequencing showed efficient in the resolution of the 100% of cases inconclusive by reverse hybridization. The genotyping by INNOLiPA Ò v.1.0 showed wrong results in relation of viral subtyping, corroborating previous results of the scientific literature. The sequencing also demonstrated at least a change of viral genotype when compared with INNO-LiPAÒ v.1.0, result that could influence the therapeutic decision, turning questionable the INNO-LiPAÒ v.1.0 efficiency to determine the viral genotypes, too. / Mestre
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Caracterização molecular de isolados de Mycobacterium bovis de rebanhos de diferentes regiões do Brasil / Molecular characterization of Mycobacterium bovis isolates from cattle from different regions of Brazil

Ramos, Daniela Fernandes 30 November 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_daniela_fernandes_ramos.pdf: 1004504 bytes, checksum: d8fd2e285277928c8af06e08c3527471 (MD5) Previous issue date: 2012-11-30 / Bovine tuberculosis (BTB) caused by Mycobacterium bovis is an infectious disease of zoonotic which mainly affects cattle and buffaloes, and cause economic losses in the production of meat and milk in many countries. In Brazil, the official rates are at 1.3% of the national herd infected, corresponding to approximately 2.5 million animals. To contribute to the control of BTB, many molecular techniques have been developed in order to differentiate isolates and establish epidemiological correlations between them. Among these techniques, the most used are the Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP), Polymorphic Guanine-cytosine-Rich Sequence [1], Spoligotyping [2], Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) and Exact Tandem Repeat [3]. The spoligotyping and MIRU-VNTR are today considered standard methods of molecular techniques for typing of M. bovis. Both are based on PCR techniques that evaluate polymorphism in the number of repeat sequences present in the genome. Taking into account that the molecular characterization enables to increase our knowledge on the epidemiology of M. bovis and in tuberculosis control, this study aimed at the molecular characterization of isolates of M. bovis in the north and south of the Brazil, by isolating agent, identification of M. bovis by amplification of the region RD7 Multiplex PCR and genotyping using the techniques of spoligotyping, MIRU-VNTR and ETR. Nine-nine lymph nodes were collected from beef cattle in the north of the region and 162 dairy cattle in southern Brazil, and only 10 samples were positive for M. bovis in the north and 85 in the south region. Through analysis of molecular combination of spoligotyping and VNTR was possible to identify different genotypic patterns in the regions studied demonstrating the genetic diversity of M. bovis in our country. / A tuberculose bovina (BTB) causada pelo Mycobacterium bovis é uma doença infecto-contagiosa de caráter zoonótico que acomete principalmente bovinos e bubalinos, e causa prejuízos econômicos na produção de carne e leite em muitos países. No Brasil, os índices oficiais estão em 1,3% do rebanho nacional infectado, correspondendo a, aproximadamente, 2,5 milhões de animais. Visando contribuir para o controle da BTB, muitas técnicas moleculares vêm sendo desenvolvidas com o objetivo de diferenciar isolados e estabelecer correlações epidemiológicas entre eles. Dentre essas técnicas, as mais usadas são o Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP), Polymorphic Guanine-cytosine-Rich Sequence [1], Spoligotyping [2], Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) e Exact Tandem Repeat [3]. O spoligotyping e MIRU-VNTR são, hoje, considerados métodos padrões de técnicas moleculares para tipagem de M. bovis. Ambas são técnicas baseadas em PCR que avaliam o polimorfismo do número de sequências repetidas presentes no genoma. Levando em conta que a caracterização molecular possibilita aumentar nosso conhecimento na epidemiologia do M. bovis e no controle da tuberculose, este trabalho teve como objetivo a caracterização molecular de isolados de M. bovis da região norte e sul do Brasil, através do isolamento do agente, identificação de M. bovis pela amplificação da região RD7 por PCR Multiplex e genotipagem usando as técnicas de spoligotyping, MIRU-VNTR e ETR. Foram coletadas 99 linfonodos de bovinos de corte da região norte e 162 de bovinos de leite da região sul do Brasil, sendo que apenas 10 amostras foram positivas para M. bovis no norte e 85 na região sul. Através da análise molecular da combinação de spoligotyping e VNTR foi possível identificar diferentes padrões genotípicos nas regiões estudas demonstrando a diversidade genética de M. bovis no nosso país.
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Genotipagem de grupos sanguíneos no suporte transfusional para pacientes com anemia falciforme / Blood group genotyping in transfusion support for sickle cell disease patients

Costa, Daiane Cobianchi da 18 August 2018 (has links)
Orientador: Lilian Maria de Castilho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T03:42:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_DaianeCobianchida_M.pdf: 4109266 bytes, checksum: 1d98746f4512e5faa380195b1b0b9c99 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A genotipagem de grupos sanguíneos em larga escala pela técnica de "microarray" tem se mostrado importante para doadores e pacientes, pois permite a determinação simultânea de múltiplos alelos que codificam antígenos de grupos sanguíneos e pode contribuir para a seleção mais exata de unidades de sangue compatíveis para pacientes politransfundidos. Neste trabalho, avaliamos a utilização da genotipagem em larga escala em 283 amostras de DNA de pacientes falciformes e, em 504 amostras de DNA de doadores de sangue pela plataforma HEA BeadChipTM na seleção de doadores fenótipo compatíveis em 4 níveis de compatibilidade de antígenos de grupos sanguíneos. Com o auxílio de um software e considerando que todos os doadores eram do grupo sanguíneo O, fomos capazes de encontrar um número significativo de doadores de sangue antígeno-negativo para pacientes aloimunizados e não aloimunizados quando buscamos por compatibilidade Nível 1 (ABO, D e um aloanticorpo) e Nível 2 (ABO, D, C, c, E, e, K1). Em Nível 1 encontramos uma média de 482 doadores compatíveis e em Nível 2 uma média de 237 doadores compatíveis. Entretanto, a média de doadores compatíveis Nível 3 (ABO, D, C, c, E, e, K1, Fya, Fyb, Jka, Jkb, S, s, Dia) foi de 75 e, Nível 4 (ABO, D, C, c, E, e, K1, Fya, Fyb, Jka, Jkb, S, s, Dia, Lua, Lub, M, N, Doa, Dob, Hy, Joa, k, Jsb) foi de 31. Além disto, realizamos compatibilidade genética para 35 pacientes com as amostras de DNA dos pacientes e das unidades de sangue compatibilizadas para eles por técnicas sorológicas. Vinte e hum pacientes apresentaram discrepâncias para vários antígenos entre o seu perfil antigênico e as unidades de sangue sorológicamente compatibilizadas para eles, o que demonstra que as técnicas moleculares são superiores às técnicas sorológicas na identificação de unidades de sangue compatíveis para estes pacientes / Abstract: DNA arrays, with their high-throughput capability are particularly suited for mass screening donors because they permit the simultaneous determination of multiple alleles encoding RBC antigens and can facilitate the provision of more extensively matched blood for patients. Based on this we evaluated the usefulness of DNA array technology to provide a means to precisely genotype match donor blood units to the antigen-negative type of patients with SCD. We searched for compatible units for 283 SCD patients performing extended human erythrocyte antigen (xHEA) typing on the patient samples and on 504 donor samples. The degree of matching was determined at 4 increasingly stringent levels of compatibility. Using a special software, we were able to find 482 compatible donors for Level 1 (ABO, D and 1 Antibody) , 237 for Level 2 (ABO, D, C, c, E, e, K1), 75 for Level 3 (ABO, D, C, c, E, e, K1, Fya, Fyb, Jka, Jkb, S, s, Dia) and 31 for Level 4 (ABO, D, C, c, E, e, K1, Fya, Fyb, Jka, Jkb, S, s, Dia, Lua, Lub, M, N, Doa, Dob, Hy, Joa, k, Jsb). We also investigated antigen-match RBC units with 35 recipients using blood group genotypes at the 4 levels of matching stringency. Units selected were serologically matched to the patients based on their ABO, Rh and K phenotypes and presence of antibody (ies). Twenty-one from 35 SCD patients presented discrepancies or mismatches for multiple antigens between their xHEA antigen profile and the blood units antigen profile serologically matched for them. According to these results we were able to find a better match for the patients in our extended HEA (xHEA)-typed units, and in the majority of cases the degree of matching was enhanced and the patients benefit to receive the transfusions as shown by better in vivo RBCs survival. DNA array based blood grouping typing of donors and patients showed to be a cost-effective procedure and has demonstrated improvements in SCD patients care facilitating their transfusion support and preventing the alloimmunization and hemolytic transfusion reactions / Mestrado / Ciencias Medicas / Mestre em Clinica Medica
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Análise epidemiológica, molecular e citogenética do câncer de hipofaringe em Goiânia / Epidemiological, molecular and citogenetics analyses of Hypopharynx Cancer in Goiania, Goiás, Brazil

Costa, Cesar Augusto Sam Tiago Vilanova 29 September 2006 (has links)
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Surgery was the treatments that present fewer rates (34%) and chemotherapy was associated to the most survival rate (54%). Patients that use tobacco presented a survival rate of 43% while non-tabagists present a rate of 60% of surviving. Relative survival rate for patients diagnosed with hypo pharynx tumor was 38% and estimated censure for 5 years was just 5%. Survival rate was extremely decreased due to 45% of cases were diagnosed in advanced stages of disease. It is important to point out that preventive campaign is important to evade the increasing of these pathologies that are related to behavior of tabagism and etilism. Present study also evaluates cytogenetically individuals diagnosed with hypo pharynx cancer. Cytogenetic analysis of exfoliated cells is largely used to evaluate cytotoxic and genotoxic alterations on people exposed to potentially mutagens. A number of 36 individuals were analyzed, representing case group, and 36 healthy individuals composed control group. Data was collected and analysis was performed to estimate main nuclear alterations. Standard protocols were adopted to collect and counting cells. Micronuclei test was used to determinate the frequency of cytotoxic and genotoxic alterations. Besides than micronuclei others alterations like broken-eggs, binucleated cells and piknotic nuclei are good markers of cell alterations because they are resulted from cytotoxic events frequently related to occupational exposure. Behaviors like tabagism, etilism and exposition time were also investigated to correlate cells alterations. The correlation between micronuclei frequencies of case and control group test doesn’t show statistic difference. Broken egg and binucleated cells were the most observed anomalies on case group and showed up significant statistic difference (p=0.03). Results indicates a high grade of cytotoxic anomalies on individuals with hypo pharynx cancer, specially in tabagists and chronic etilists individuals, behaviors that are correlated to induct and promote tumors in susceptible people due their capabilities to affect cell cycle. Studies about relationship between Human Papillomavirus (HPV) and cancer development are performed since 80’s. Although the correlation of HPV and cervical cancer are well established, the possible role of HPV and head and neck cancer are still unclear. Among controversial factors of HPV and carcinogenesis of squamous epithelial cells, there is a viral incidence that oscillates from 0 to almost 100% on studies that includes a myriad of viral genome detect methods, such Blotting and PCR. Importance of HPV infection and epithelial carcinogenesis is related to capabilities of High risk HPV 16 and 18 to promote cell alterations, by tumor suppressor proteins inactivation, tumor suppressor genes blockage and insertions of HPV oncogenes. On present study, HPV detection and typing was performed on tumors derived from hypo pharynx of 24 patients diagnosed with cancer (CID-O: C12,0 to C13,9). All samples was submitted to PCR with generic primers MY09/11 and GP05/06, as specific primers to HPV 6, 11, 16, 18, 33, 35, 45 and 58. Results shows that on 9 of 24 samples, HPV were detected by generic primers (a rate of 37,5%) and HPV types 16, 18 and 45 were identified, with a sample presenting coinfection of HPV 16 and 18. / A hipofaringe, região inferior da faringe, também chamada de laringofaringe ou faringolaríngea, serve aos sistemas respiratório e digestivo, funcionando como passagem para o ar e os alimentos. É composta de tecido epitelial escamoso estratificado não-queratinizado, com grande quantidade de glândulas seromucosas. As estatísticas mostram que entre 85 e 90% dos cânceres que acometem a hipofaringe são carcinomas espino-celulares. A lesão inicial no seio piriforme apresenta-se macroscopicamente sob o aspecto de um nódulo ou úlcera, tendo como característica principal, a rápida disseminação pela submucosa. Atualmente, com a associação de cirurgias radicais e radioterapia pós-peratória aumentou-se o controle locorregional destes tumores, contudo, a sobrevida global não sofreu alterações em decorrência das metástases à distância, o que não representa uma falha no tratamento realizado e sim uma evolução natural devido à característica invasiva desse tipo de neoplasia. Os tumores malignos de hipofaringe não são freqüentes, representando entre 5 a 10% das neoplasias das vias aerodigestivas superiores e apenas 0,5 % de todos os cânceres. Porém, do conjunto das neoplasias malignas da região da cabeça e pescoço, tumores de hipofaringe apresentam o pior prognóstico. A avaliação das tendências epidemiológicas apresentadas pelo câncer de hipofaringe em Goiânia no período de 1998 a 2003, analisando os dados disponíveis pelo Registro de Câncer de Base Populacional da Associação de Combate ao Câncer em Goiás, mostrou uma sobrevida relativa dos pacientes do sexo masculino diagnosticados com câncer de hipofaringe foi de 38% após 60 meses de segmento, enquanto que para o feminino apresentou-se uma sobrevida máxima de 100%, com todas as pacientes curadas. Dentre os tratamentos realizados, a cirurgia apresentou a menor taxa de sobrevida (34%) ao passo que para a quimioterapia foi associada uma sobrevida de 54%. A sobrevida dos pacientes tabagistas (43%) se mostrou muito inferior à dos indivíduos que não eram tabagistas (60%). Em fim, ao longo de cinco anos de segmento deste estudo, a taxa de sobrevida relativa para portadores de tumores malignos da hipofaringe foi de aproximadamente 38%, estimada para cinco anos com uma censura de apenas 5%. A taxa de sobrevida relativa é diminuída uma vez que cerca de 45% dos casos, o diagnóstico é feito tardiamente. O presente estudo também avaliou as alterações citogenéticas nucleares de pacientes portadores de câncer na região da hipofaringe. Foram analisados 36 indivíduos do grupo de casos, constituído de pacientes diagnosticados com tumores de hipofaringe, e 36 indivíduos saudáveis do grupo controle. Para obtenção dos dados foram considerados hábitos de consumo como tabagismo e etilismo e principalmente o tempo de exposição. Foram contadas 5000 células por indivíduo e as freqüências de micronúcleo, binucleadas, broken eggs e demais aberrações nucleares, foram calculadas para ambos os grupos. A freqüência de micronúcleo mostrada entre o grupo controle e o de casos não apresentaram diferença estatística. Porém, foi observado, por parte do grupo de casos, um grande número de células com broken eggs e binucleadas. Tais resultados demonstraram diferença estatística (p = 0,03). A binucleação e a formação de dois núcleos em forma de broken egg sugere que agentes como o tabaco e o alcoolismo crônico podem estar relacionados com a indução e progressão de tumores em pessoas susceptíveis, devido à capacidade desses mutágenos afetarem o ciclo celular. Dentre os fatores que geram controvérsias, podemos destacar o achado freqüente de variados tipos de HPV em mucosa oral normal, numa incidência que varia de 0% a quase 100% em diversos estudos, com numerosos métodos de identificação, incluindo entre eles um método altamente sensível, a PCR. A importância da infecção pelo HPV na carcinogênese de células epiteliais é suportada pela capacidade dos HPVs de alto risco, principalmente os tipos 16 e 18, de imortalizar os queratinócitos orais, quando em análise in vitro. O processo de imortalização pode envolver a desativação de proteínas supressoras de tumores pré-formadas pelas oncoproteínas virais, o bloqueio da transcrição de genes supressores de tumores como resultado da inserção do oncogene do HPV, ou a estimulação da transcrição do oncogene celular pela inserção de seqüências ativadoras de transcrição derivadas do próprio genoma do HPV. No presente estudo, o grupo amostral foi constituído de 24 pacientes diagnosticados com carcinoma de hipofaringe. Os casos foram obtidos do Registro de Câncer de Base Populacional de Goiânia/GO da Associação de Combate ao Câncer em Goiás. Todos os pacientes considerados foram diagnosticados como carcinomas de hipofaringe (CID-O: C12.0 a C13.9). Todas as amostras foram submetidas a uma PCR com os primers genéricos MY09/11 e GP05/06 para detecção em amplo espectro do genoma de HPV. Posteriormente, utilizou-se a mesma abordagem, com os primers tipo-específico para HPVs 6, 11, 16, 18, 33, 35, 45 e 58. Em 9 das 24 amostras utilizadas, foi observada amplificação com os primers genéricos, identificando-se o genoma de HPV em 37,5% (6/24) dos casos. Em 67% (6/9) das amostras, o genoma viral foi detectado por MY09/11 e em 33% (3/9) pelos primers GP05/06. As amostras positivas foram então submetidas a uma segunda PCR para a genotipagem dos HPVs, tendo sido observados os tipos 16, 18 e 45. Os tipos virais mais associados ao câncer da hipofaringe, no presente estudo, foram os HPV 16 e 18, presente em 6 amostras e o HPV45, encontrado em 1 amostra. Em um paciente foi observada a co-infecção de tipos virais de HPVs 16 e 18. Contudo, mesmo diante de tantas pesquisas realizadas, há muito para ser explorado, apesar de uma hipótese possível para a carcinogênese ser a interação sinérgica de carcinógenos químicos, virais, oncogenes e genes supressores de tumores.
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Perfil de sensibilidade e genotipagem de leveduras isoladas de pacientes com candidemia em dois Hospitais de ReferÃncia TerciÃria de Fortaleza-Cearà / Sensitivety profile to antifulgal and evaluate the genotypical profile of the yeast isolated from candidemic patients tertiary care hospital from Northeast Brazil

DÃlia JÃssica Astete Medrano 24 September 2004 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / As infecÃÃes fÃngicas sistÃmicas causadas por leveduras do gÃnero Candida sÃo consideradas micoses oportunistas de alto risco em ambientes hospitalares. Essas infecÃÃes representam importante desafio terapÃutico, em razÃo do surgimento de espÃcies resistentes a antifÃngicos, associados a altos Ãndices de mortalidade. Por esta razÃo, este trabalho objetivou: Verificar a freqÃÃncia de fungemias no Hospital Geral Dr. CÃsar Cals (HGCC) e Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS); identificar os agentes etiolÃgicos implicados; determinar o perfil de sensibilidade aos antifÃngicos e avaliar o perfil genotÃpico das espÃcies isoladas de pacientes com quadros de recorrÃncia. Para isso foram recuperadas, de 4 627 hemoculturas, 55 hemoculturas positivas para leveduras do HGCC, e, de 5 316 hemoculturas, 87 positivas para leveduras do HIAS. Destas, 23 do HGCC e 43 pacientes do HIAS que possuÃam histÃrias clÃnicas com dados completos entraram neste estudo. O diagnÃstico micolÃgico foi realizado por meio das caracterÃsticas bioquÃmicas e morfolÃgicas dos agentes etiolÃgicos isolados. O teste de sensibilidade aos antifÃngicos - anfotericina B, fluconazol, itraconazol e cetoconazol - utilizou o mÃtodo de microdiluiÃÃo em caldo, descrito no documento M27-A2 do NCCLS. As tÃcnicas de genotipagem foram realizadas por eletroforese em campo pulsÃtil (PFGE) e amplificaÃÃo aleatÃria do DNA (RAPD). Entre o perÃodo do junho do 2000 a junho do 2002, no HGCC, foram analisadas 4 627 hemoculturas, sendo positivas 1051, das quais 55 (5,2%) foram positivas para leveduras do gÃnero Candida. Em contrapartida, no perÃodo de junho do 2001 a junho do 2002, no HIAS, foram analisadas 5316 hemoculturas, sendo positivas 1520 amostras, das quais 87 (5,72%) foram positivas para leveduras dos gÃneros Candida e Rhodotorula. A principal espÃcie envolvida, dentro do gÃnero Candida, foi a C. parapsilosis com 36% e 42% no HGCC e HIAS, respectivamente. Os principais fatores de risco foram: a antibioticoterapia prÃvia (n=19; 90%), cateter venoso central, nutriÃÃo parenteral, sondagem gÃstrica , ventilaÃÃo mecÃnica, cirurgia e prematuridade. Quanto à resistÃncia a drogas antifÃngicas, foi observado que anfotericina B apresentou um Ãndice de resistÃncia de 4%, fluconazol- 52%, itraconazol- 50% e cetoconazol- 86%. A tÃcnica do PFGE caracterizou um perfil cromossÃmico de 6 bandas para C. parapsilosis e 4 para C. tropicalis. Esta tÃcnica permitiu a diferenciaÃÃo de uma cepa com padrÃo de bandas alterado para o Ãltimo episÃdio do paciente 4. A tÃcnica de RAPD caracterizou um padrÃo de distribuiÃÃo de bandas predominante para C. parapsilosis e foi capaz de caracterizar 4 perfis genÃmicos, indicando re-infecÃÃo em 3 pacientes e 2 perfis genÃmicos foram encontrados para C. tropicalis . Este ensaio demonstra a emergÃncia das Candida nÃo-albicans, especialmente a C. parapsilosis, como principal responsÃvel pelos casos de candidemias em dois hospitais de indicaÃÃo terciÃria de Fortaleza, associado a uma alta resistÃncia in vitro aos antifÃngicos. A variabilidade genÃtica encontrada nas C. parapsilosis e C. tropicalis, mediante as tÃcnicas do PFGE e RAPD, revelaram quadros de re-infecÃÃo, os quais erguem a possibilidade de que estas sejam decorrentes de uma contaminaÃÃo entre pacientes ou indiretamente, por intermÃdio de trabalhadores da saÃde. / The systemic infections caused by yeasts of the genus Candida are considered opportunist mycoses of high risk in hospital environments. These infections represent important therapeutical challenge, by reason of arising of species resistent to some antifungals, associated with high rate of mortality. Therefore, this work sought: To verify the frequency of fungemias at Dr. CÃsar Cals Hospital and Albert Sabin Children Hospital; identify the etiological agents implicated; determine the sensitivety profile to antifulgal and evaluate the genotypical profile of the species isolated from patients with recurrency. For this, were recuperated from 4627 hemcultures, 55 yeast-positive hemocultures at HGCC and from 5316 hemocultures 87 yeast-positive hemocultures at HIAS. From them, 23 patients at HGCC and from 43 at HIAS that had clinical histories with complet data entered this study. The mycological diagnosis was performed through biochemical and morphological characteristics of the etiological isolated. The test of sensitivety to antifungal- amphotericin B, fluconazole, itraconazole and cetoconazole- utilized the microdilution method in broth, reported in the document M27-A2 of the NCCLS. The genotyping techniques were performed through PFGE (Pulsed Field Gel Electrophresis), RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA analysis). Within the period from june of 2000, to june of 2002 at HGCC, were analysed 4627 hemocultures, being positives 1051, of which 55 (5,2%) were positive for yeast of the genus Candida. On the other hand, in the period from june of 2001 to july of 2002 at HIAS, were analysed 5316 hemocultures, of which 87 (5,72%) were yeast-positive of the genus Candida and Rhodotorula.The main specie involved in the genus Candida, was C. parapsilosis with 36% and 42% of the cases at HGCC and HIAS respectively. The main risk factors associated with candidemia, were: the previous antibiotic therapy, central venous catheter, parenteral nutrition, gastric probe, mechanical ventilation, surgery and prematurity. About the resistance to antifungals drugs was observed that amphotericin B showed a resistance level of 4%, fluconazole-56%, itraconazole-52% and cetoconazole- 86%. The PFGE technique caracterized a cromossomic profile of 6 bands for C. parapsilosis and 4 for C. tropicalis. This technique permited the diferentiation of one cepa with changed pattern of bands for the last episode of the patient 4. The technique of RAPD chacacterized a distribution pattern of predominant bands for C. parapsilosis and was capable of characterize 4 genetical profiles, denoting reinfection in 3 patients and 2 genomic profiles were found for C. tropicalis. This assay shows the emergency of the non- albicans Candida, specially the C. parapsilosis, as main responsible for the cases of candidemia in the two hospitals of tertiary indication of Fortaleza, associated with a high resistance in vitro to antifungals. The genetical variability found in C. parapsilosis and C. tropicalis through the PFGE and RAPD techniques, revealed reinfection pictures, which rises the possibility that these be due to a contamination among patients or indirectly through the healthy workers.
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Ocorrência e isolamento de Toxoplasma gondii e Neospora spp. em equídeos do Brasil / Occurrence and isolation of Toxoplasma gondii and Neospora spp. in equids from Brazil

Patrícia de Oliveira Esmerini 06 February 2013 (has links)
Neospora caninum é um parasito intracelular obrigatório, formador de cistos, que acomete vários animais domésticos e silvestres, tendo maior importância nas espécies canina e bovina, nas quais causa problemas nervosos e reprodutivos. Os canídeos do gênero Canis são os únicos reconhecidos como hospedeiros definitivos do N. caninum até o momento, nos quais ocorre a fase sexuada de multiplicação, resultando na eliminação de oocistos pelas fezes. Toxoplasma gondii também é um coccídio responsável por uma das zoonoses de maior importância e ocorrência em todo o mundo. A fase assexuada de desenvolvimento do T. gondii ocorre nos mamíferos e aves (hospedeiros intermediários) com formação de cistos teciduais e a fase sexuada de desenvolvimento ocorre no intestino delgado dos hospedeiros definitivos, que são os membros da família Felidae. Este estudo teve por objetivo determinar a soroprevalência de anticorpos contra Neospora spp. e T. gondii em equídeos de diferentes regiões do Brasil e o isolamento e caracterização genética destes coccídios em amostras de tecidos de equídeos. A sorologia para T. gondii e Neospora spp. foi realizada em 453 amostras de soros por meio da Reação de Imunofluorescência Indireta com ponto de corte de 50 para Neospora spp e 64 para T. gondii. Deste total, oito (1,75%) amostras (sete de jumentos e um de cavalo) foram positivas para Neospora spp. e 129 (28,47%) amostras (82 jumentos, 32 cavalos e 15 mulas) para T. gondii. Para o isolamento do T. gondii foram realizados 29 bioensaios em camundongos, sendo 19 de animais soropositivos e 10 de pools de tecidos de cavalos soronegativos. Por meio dessa prova biológica, foi possível o isolamento em uma amostra de jumento (Equus asinus) de Mossoró, RN, ocorrendo a morte dos dois únicos camundongos infectados, no 16o e 17o dia pós-inoculação. A caracterização genotípica do isolado foi realizada pela PCR-RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. A genotipagem dessa amostra evidenciou o genótipo #60 TgCkBr220, já isolado em galinha do Arquipélago de Fernando de Noronha, PE, Brasil. O isolamento de Neospora spp em gerbilos não pode ser feito uma vez que não foi possível a obtenção de tecidos dos equídeos soropositivos. / Neospora caninum is an obligate intracellular parasite, forming cysts that affect many domestic and wild animals, having greater importance in canine and bovine species due neurological and reproductive problems. Canids of the genus Canis are recognized as the only definitive hosts of N. caninum until the moment in which sexual phase occurs multiplication, resulting in the elimination of oocysts in the feces. Toxoplasma gondii is also a coccidian parasite responsible for a zoonotic disease of great importance and occurrence around the world. The asexual developmental stage of T. gondii occurs in mammals and birds, the intermediate hosts, resulting in the formation of cysts and the sexual stage occurs in the small intestine of definitive hosts, which are the felids, occurring oocysts formation. This study aimed to determine the seroprevalence of antibodies against Neospora spp. and Toxoplasma gondii in equids from different regions of Brazil and the isolation and genetic characterization of these parasites from equids tissue. Serology for T. gondii and Neospora spp. was performed in 453 serum samples by Immunofluorescence Antibody Test (IFAT). Of this total, eight (1.75%) samples (seven of donkeys and one of horse) were positive to Neospora spp. antibodies and 129 (28.47%) samples (82 donkeys, 32 horses, 15 mules) were T. gondii seropositive. For the isolation of T. gondii, bioassay was performed in mice. A sample of one donkey (Equus asinus) from Mossoró, RN, was obtained with two of the 20 inoculated mouse infected. The mouse died at day 16th and 17th post inoculation. The genotypic characterization of the isolate was performed by PCR-RFLP using 12 genotypic markers. Genotyping showed the genotype #60 TgCkBr220, already described in chickens from Fernando de Noronha, PE, Brazil. Due the impossibility of acquisition of tissue from Neospora spp seropositive equids, isolation of this coccidian by gerbil bioassay was not possible to be done.
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Variantes do gene CD226 associadas com a susceptibilidade ao diabetes mellitus tipo 1 autoimune / CD226 gene variants associated with susceptibility to type 1, immune mediated, diabetes

Teresa Cristina Colvara Mattana 09 August 2012 (has links)
Recentemente, estudos de Genome Wide Association (GWA) identificaram uma nova região cromossômica, 18q22, como de susceptibilidade ao Diabetes tipo 1 autoimune (DM1A). Nesta região localiza-se o gene CD226, responsável por codificar uma molécula de adesão leucocitária (CD226) envolvida no processo de adesão celular, diferenciação de células T CD4+ virgens, citotoxicidade induzida por células natural killer (NK) e produção de citocinas. Até o momento, apenas o polimorfismo rs763361 A/G foi relacionado ao diabetes autoimune e pouco é conhecido quanto ao envolvimento de outras variantes do CD226, associadas a outras doenças autoimunes, na patogênese do DM1A. Com o objetivo de definir as variantes polimórficas relacionadas à susceptibilidade ao DM1A, às suas características fenotípicas e outras manifestações de autoimunidade, 532 pacientes diabéticos tipo 1A e 594 controles normais foram envolvidos neste estudo. Inicialmente, em um subgrupo de 106 diabéticos e 102 controles, as regiões codificadoras e flanqueadoras do gene CD226, obtidas do DNA genômico de leucócitos do sangue periférico, foram amplificadas pela técnica de Reação em Cadeia da Polimerase e submetidas à sequenciamento direto. Em uma segunda etapa, os polimorfismos rs763361, rs1788101 e rs727088 foram genotipados pelo ensaio TaqMan nos demais pacientes e controles. Resultados: foram identificadas 12 variantes no gene CD226, sete com frequência acima de 5%. Nenhuma variante nova foi encontrada. A variante rs727088 não estava em equilíbrio de Hardy Weinberg no grupo controle. Os genótipos AA da variante rs763361 e CC do rs727088 foram associados ao risco de DM1A e estavam em desequilíbrio de ligação. O genótipo do haplótipo ACAC, formado pelas variantes de risco, predominou nos pacientes diabéticos. Tanto o genótipo AA do rs763361 como o CC do rs727088 e o genótipo do haplótipo ACAC foram associados com menores valores de peptídeo C em pacientes com até dois anos de duração da doença. Nenhum polimorfismo influiu na presença de autoanticorpos pancreáticos e extra-pancreáticos. Conclusão: O genótipo AA da variante rs763361 do gene CD226 predispõe ao diabetes autoimune na nossa população, assim como a menores valores de Peptídeo C, contribuindo para a maior agressividade da doença. Dados da variante rs727088 devem ser analisados com cautela devido à falta de equilíbrio de Hardy Weinberg no grupo dos controles / Recently, Genome Wide Association (GWA) studies identified a new locus, 18q22, as a canditate to Type 1 A, or immune mediated diabetes (T1AD) susceptibility. This locus harbors the CD226 gene, responsible for encoding the leukocyte adhesion molecule (CD226) involved in cell adhesion, differentiation of naïve CD4+T cells, cytotoxicity induced by natural killer (NK) cells and cytokine production. Although just one single nucleotide polymorphism (SNP) rs763361 A/G had been related to T1AD, little is known about the involvement of new variants of CD226, implicated in other autoimmune disorders, in the pathogenesis of T1AD. In order to identify polymorphic variants related to T1AD susceptibility and their influences in phenotypic characteristics and other manifestations of autoimmunity, 532 type 1A diabetic patients and 594 health controls were enrolled in this study. Initially, in a subset of 106 diabetics and 102 controls, coding and flanking regions of CD226 gene obtained from genomic DNA extraction were amplified by polymerase chain reaction technique and subjected to direct sequencing. In a second step, the polymorphisms rs763361, rs727088 and rs1788101 were genotyped by TaqMan assay in the remaining patients and controls. Results: 12 variants in CD226 gene, seven of them with frequency above 5 % where identified. We did not found new variants. The variant rs727088 was not in Hardy Weinberg equilibrium in the control group. The genotypes AA (OR=1.45; p=0.005) and CC (OR=1.41; p=0.01) related to rs763361 and rs727088 variants respectively, were associated with risk of T1AD. Both predominated in female (p<0.01). Further, these variants were in linkage disequilibrium. The genotype haplotype ACAC formed by the risk variants was more frequent in patients with diabetes (30.5% x 25.6%; OR=1.42; p=0.014). The AA genotype of rs763361, the CC genotype and ACAC genotype haplotype were associated with lower levels of C-peptide in patients with no more than two years of disease course. The presence of pancreatic and extra-pancreatic autoantibodies was not associated with CD226 SNPs. Conclusion: The AA genotype of rs763361 variant of the gene CD226 predisposes to autoimmune diabetes in our population, as well as to lower levels of C-peptide, contributing to the aggressiveness of the disease. It predominated in female. Data of rs727088 variant should be analyzed with caution due to the lack of Hardy Weinberg equilibrium in the control group

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