Les Amélogenèses imparfaites constituent un groupe d’altération de l’émail dentaire d’origine génétique. Cette pathologie peut exister de manière isolée ou associée à d’autres symptômes dans le cadre de syndromes. Certains gènes impliqués sont déjà connus, cependant de nouvelles mutations et de nouveaux gènes restent à identifier. L’étude de familles informatives dans le cadre de ce projet de recherche sur le massif crânio-facial et bucco-dentaire, associée à des stratégies d’identification génétique telles que la sélection de gènes candidats, les zones d’homozygotie, le séquençage haut débit, ont permis d’obtenir des résultats probants. Des investigations futures passant par l’augmentation des cohortes, le développement des outils de séquençage de nouvelle génération, l’étude des modèles cellulaires et animaux permettront d'améliorer la compréhension de l’amélogenèse. / Amelogenesis imperfecta (AI) represents hereditary conditions affecting the quality and quantity of enamel. This disease can exist in isolation or in association with other symptoms in the form of syndromes. Several genes involved in AI are already known, however mutations in these genes are not sufficient to explain all cases of AI. This suggests that mutations in yet unidentified genes underlie AI. The study of informative families included in this research project on cranio-facial and oro-dental anomalies, by using genetic strategies such as candidate gene mutational analysis,homozygosity mapping and next generation sequencing, allowed the discovery of novel genes and mutations in AI. Future investigations based on the recruitment of new families, the development of new next generation sequencing tools and the establishment of cellular and animal models will improve our understanding of amelogenesis.

Thesis written in co-mentorship with director: Nelly Huynh; co-directors: Frank Rauch and Jean-Marc Retrouvey; collaborators: Clarice Nishio, Duy-Dat Vu and Nathalie Alos / Introduction - L'ostéogenèse imparfaite (OI) est une maladie osseuse héréditaire qui affecte la production du collagène de type I et le remodelage osseux. Les biphosphonates sont administrés aux enfants atteints d'OI dans le but d’augmenter la masse osseuse et de réduire les fractures osseuses. Les patients atteints d’OI ont des malocclusions sévères qui affectent leur qualité de vie. Plusieurs processus biologiques de remodelage osseux qui sont nécessaires pour un mouvement dentaire orthodontique sont affectés chez les gens atteints d’OI. L'objectif de cette étude est d'évaluer le mouvement dentaire orthodontique dans un modèle de souris avec OI et traitées aux biphosphonates. Matériels et méthodes - Vingt-quatre souris femelles âgées de 10 semaines ont été divisés en 4 groupes : 1 - OI traitées par zolédronate (n=6); 2 - OI non traitées (n=6); 3 - Type sauvage traitées par zolédronate (n=6); 4 – Type sauvage non traitées (n=6) Un ressort de nickel-titane activé à 10 g de force a été cimenté entre les incisives et la 1ère molaire maxillaire droite. Le côté contralatéral a été utilisé comme témoin. Une dose de 0,05 mg de zolédronate a été administrée par voie sous-cutanée un jour avant la chirurgie. Sept jours après l'intervention, les souris ont été euthanasiées et la distance entre la 1ère et la 2e molaire a été mesurée par analyse microtomographique. Résultats - Le mouvement dentaire orthodontique était significativement plus important chez les souris OI que celles de types sauvages dans les groupes non traités (p < 0,05). Le traitement par zolédronate n'a eu aucun effet significatif sur le mouvement dentaire orthodontique au sein des groupes OI et type sauvages. Conclusions - Ces résultats suggèrent une augmentation du mouvement dentaire orthodontique chez les souris avec l’ostéogenèse imparfaite. / INTRODUCTION - Osteogenesis imperfecta (OI) is a heritable bone disorder that affects collagen type I production and bone remodeling. Orthodontic tooth movement (OTM) involves the underlying process of alveolar bone remodeling. The objective of this study is to evaluate OTM in a mouse model of OI. METHODS - Twenty four, 10 week-old female mice were divided into 4 groups: 1- OI treated with zoledronate, 2- OI untreated, 3- Wild-type (WT) treated with zoledronate and 4- WT untreated. A nickel-titanium closed coil spring (10 g) was attached between the incisors and the right maxillary 1st molar. The contralateral side was used as control. Zoledronate (0.05mg/kg) was administered sub-cutaneously 1 day prior to surgery. Seven days after the procedure, the distance between 1st – 2nd molars was measured by micro-CT. RESULTS - OI mice presented significantly more OTM than WT mice when comparing within untreated groups (p<0.05). Zoledronate treatment had no significant effect on OTM within OI and WT groups. CONCLUSIONS - These results suggest increased OTM in mice with OI. The dose of zoledronate administrated 1 day prior to surgery had no significant effect on OTM.

Cette thèse étudie le système de distribution alimentaire au Vietnam fondée sur une approche de concurrence imparfaite. Le premier chapitre analyse le comportement de marché des intermédiaires dans le système de distribution alimentaire traditionnel. Nous modélisons le comportement des intermédiaires dans tous les cas de compétition de marché afin d'identifier l'impact du pouvoir de marché sur les producteurs alimentaires en amont, et sur les consommateurs en aval du système de distribution alimentaire traditionnel.La relation compétitive entre les différents circuits de distribution alimentaire est étudiée dans le second chapitre. Nous modélisation la compétition entre les systèmes de distribution alimentaire traditionnelle et moderne. Nous examinons la condition de coexistence qui permet aux deux circuits d'être active dans chaque cas spécifique de compétition de marché.Le troisième chapitre étudie le choix de circuit optimal des agriculteurs quand les coopératives agricoles soutiennent les petits producteurs dans l'accès au système de distribution alimentaire moderne. Nous introduisons deux circuits de distribution verticalement liés par la demande. Nous étudions le flux de quantité des petits producteurs aux consommateurs au moyen d'un équilibre de Nash, et nous abordons la question de la distribution des agriculteurs par un équilibre de libre entrée.Finalement, le quatrième chapitre analyse l'effet direct de la politique sur le système de distribution alimentaire. Nous proposons le modèle théorique de la réforme agraire, et étudions son impact sur le système de distribution alimentaire. / This dissertation studies the food distribution system in Viet Nam based on an imperfect competition approach.The first chapter analyzes the market behavior of the intermediaries in the traditional food distribution system. We model the intermediary behavior in all cases of market competition to recognize the impact of their market power on the food producers in the upstream, and on the consumers in the downstream of the traditional food distribution system.The competitive relationship between different food distribution channels is studied in the second chapter. We model the competition between the traditional and the modern food distribution system to analyze how the market behaves at equilibrium. We moreover investigate the coexistence condition which allows both channels to be active in each specific case of market competition.The third chapter studies the optimal channel choice of the farmers when agricultural cooperatives support these small producers accessing the modern food distribution system. We introduce two distribution channel vertically linked by demand. We study the quantity flow from small producers to the consumers by mean of a Nash equilibrium and address the question of the distribution of the farmers by a free entry equilibrium.Eventually, the fourth chapter analyzes the policy implication directly toward the food distribution system. We propose the theoretical model of land reform and study its impact on the food distribution system.

Nous étudions les conditions pour que la croissance optimale d'une économie polluante puisse être durable. L'étude est menée dans le cadre de modèles de croissance fondée sur la R&D dans lesquels la production est à l'origine d'émissions polluantes qui sont déversées dans l'écosystème. La pollution et la R&D sont à l'origine d'effets externes qui affectent le fonctionnement de l'économie. Pour ce dernier phénomène, les connaissances (le facteur accumulable) qui sont utilisées dans le processus d'innovation sont non-rivales et la protection de l'innovateur par le brevet est à l'origine de monopoles temporaires. Dans une première partie, nous supposons que la fonction de production des innovations a un rendement unitaire sur le facteur accumulable. Avec cette hypothèse, conforme à la théorie de la croissance endogène, nous montrons dans quelle mesure la croissance durable peut être améliorée par la promotion des technologies propres. Dans une seconde partie, la prise en compte de la théorie de la croissance semi-endogène conduit à introduire un rendement inférieur à l'unité sur le facteur accumulable. Dans le cas des technologies propres, une condition de durabilité supplémentaire concerne la difficulté de la recherche qui ne doit pas être trop importante. Nous avons de plus envisagé l'hypothèse où il existe deux secteurs de recherche, l'un spécialisé dans l'amélioration de la productivité, l'autre dans la réduction de l'intensité polluante. Dans ce cas, les nouvelles conditions de durabilité portent sur l'existence d'externalités inter-sectorielles.

Les travaux présentés dans cette thèse portent sur des problématiques de contrôle de systèmes non linéaires d´équations différentielles ordinaires positifs. Les modèles issus des sciences de la vie, chargés de d´ecrire l´évolution de quantités positives, appartiennent à cette classe de systèmes. Ces modèles comportent souvent certaines parties, liées à la biologie du processus considéré, qui sont de formes analytiques incertaines mais connues qualitativement. Nous proposons ici d exploiter ces propriétés qualitatives au moyen d une commande utilisant une mesure de l'incertitude, afin d imposer au système un comportement simple : la convergence de l'état vers un équilibre unique et réglable. Après un bref état de l'art sur les systèmes positifs, nous introduisons les classes de systèmes pour lesquelles une stratégie de commande assurant la stabilisation globale est proposée. L'ajout d une partie adaptative améliore cette stratégie, permettant alors de rejoindre un équilibre choisi, en dépit d'incertitudes paramétriques. Nous appliquons ces résultats théoriques à plusieurs modèles biologiques: gestion de la pêche, culture de micro-organismes en bioréacteurs... Une de nos principales applications porte sur la stabilisation de bioprocédés exploitant des réseaux trophiques microbiens en cascade. Nous avons pu valider expérimentalement notre démarche sur un cas particulier de ces procédés : un fermenteur anaérobie, procédé de traitement biologique de l'eau à haut rendement mais très sensible aux conditions opératoires.

Cette thèse est consacrée à l'étude des interactions entre la théorie des jeux et la théorie de l'information, ainsi qu'à leurs applications aux réseaux de communication décentralisés. D'une part, la théorie des jeux apporte des réponses aux problèmes d'optimisation dans lesquels des agents interagissent. Dans un jeu, les joueurs choisissent des actions et obtiennent des gains appelés utilités. Les hypothèses sur l'information que possèdent les joueurs avant de jouer sont fondamentales pour déterminer l'issue d'un jeu, aussi appelée équilibre. Lorsque le même jeu est répété d'étape en étape et que les joueurs n'observent pas les actions passées parfaitement,alors les utilités d'équilibre ne sont pas connues. D'autre part, la théorie de l'information étudie les performances d'un système communicant. De nos jours, les réseaux de communication sont tellement denses qu'ils ne peuvent plus s'organiser autour d'un unique opérateur central. La théorie des jeux est appropriée pour étudier de nouvelles organisations du traitement de l'information dans lesquelles les décisions sont prises localement. Dans un premier temps, au chapitre3, nous étudions le jeu du contrôle de puissance efficace du point de vue énergétique, grâce aux résultats existants pour les jeux répétés. Les émetteurs sont considérés comme des joueurs et choisissent la puissance d'émission du signal, considérée comme leur action. L'objectif d'un joueur est de choisir une puissance optimale pour la qualité de sa propre communication. Même si les joueurs n'observent pas les actions passées de manière parfaite, nous montrons que l'observation du "ratio signal sur interférence plus bruit" est suffisante pour garantir des résultats d'équilibre optimaux pour le réseau de communication. Dans un second temps, nous utilisons les outils de la théorie de l'information pour approfondir l'étude de la circulation de l'information parmi les joueurs. Dans le chapitre 4, un encodeur envoie un signal supplémentaire aux joueurs afin qu'ils observent parfaitement les actions jouées à l'étape précédente. L'observation des joueurs devient suffisamment précise pour nous permettre de retrouver l'ensemble des utilités d'équilibre du jeu répété. Ces résultats sont à leur tour exploités afin de modéliser des réseaux de communication plus réalistes et d'y apporter des solutions nouvelles. Dans le chapitre5, nous approfondissons l'étude des utilités d'équilibre lorsque les joueurs observent les actions passées à travers un canal d'observation arbitraire. Nous démontrons un résultat d'atteignabilité pour un canal multi-utilisateurs avec états qui comporte un encodeur, deux récepteurs légitimes et un espion. Ce résultat nous permet d'étudier les corrélations entre les suites d'actions qu'un groupe de joueurs peut mettre en oeuvre à l'insu d'un joueur opposant. L'étude des canaux multiutilisateurs est un pas en avant vers la caractérisation des utilités d'équilibre dans un jeu répété avec observation imparfaite.

La thése poursuit les travaux de la théorie des Jeux évolutionnaires Cette théorie est un cadre de modehsation de la dynamique des populations dans lequel les interactions entre agents sont modélisées par des dilemmes classiques de la théorie des Jeux. Les agents interagissent avec leurs pairs et les meilleurs comportements se diffusent. les moins performants tendent à disparaître. Les modèles spécifiés mettent notamment en évidence des conditions sur les rapports inter-individuels qui permettent de faire émerger des équilibres coopératifs. En supposant que chaque agent a des relations non plus avec tous les agents de la population mais seulement avec un sous-ensemble des agents de la population et toujours avec les mêmes, on augmente considérablement le nombre des dynamiques possibles. Cette démarche fait apparaître un réseau des interactions,.soit un graphe. La contrainte spatiale s'avère une condition favorable au maintien des comportements coopératifs et de la biodiversité des comportements. L'analyse formelle de la convergence n'est généralement plus possible et les modèles sont étudiés par simulation. La these poursuit l'étude de l'impact de la répartition spatiale. Elle introduit un nouveau modèle de répartition spatiale où des communautés d'agents sont en réseau et non plus des agents. Ce modèle permet de mettre en évidence de nouvelles formes d'attracteurs coopératifs et de nouvelles conditions au maintien de la biodiversité. La thèse montre aussi la possibilité de convergence de marchés vers des équilibres non concurrentiels et de maintien de comportements coopératifs, des comportements de cartel.

Cette recherche s'intéresse à la modélisation des éco-industries et aux propriétés qui leurs sont généralement attribuées. Précisément, mettre l'accent sur les éco-industries requiert de faire des suppositions dont les conséquences ne sont pas triviales. Ce travail détaille ces conséquences ainsi que la pertinence de certaines. Le premier chapitre considère des éco-industries polluantes, alors que l'analyse économique sur ce sujet assume généralement que les biens et services environnementaux suppriment les polluants. Ce chapitre montre le mécanisme par lequel le marché distribue une activité aux éco-industries en fonction de leur technologie. Le deuxième chapitre enquête sur les limites à supposer une allocation de pollution positive à la solution optimale alors qu'une élimination complète serait possible. L'exemple de l'amiante montre qu'il existe des situations où la pollution-zéro est préférable à un niveau positif. Ce chapitre montre sous quelles conditions ce postulat est vrai. Le troisième travail se concentre sur la notion de services environnementaux. Ce chapitre montre que ceux-ci sont parfaitement substituables aux autorisations de polluer. L'Etat peut donc sélectionner le prix des services environnementaux et il devient possible d'établir une allocation optimale des ressources même en présence de compétition imparfaite. Enfin, le dernier chapitre détaille une supposée fusion entre un pollueur et son fournisseur de biens et services environnementaux. Il montre les répercussions de la fusion sur une firme non-intégrée et amène une discussion sur la différence entre réduction de la pollution en procédé-intégré ou en bout-de-chaîne. / This research focuses on the modeling of ecoindustries and the properties commonly assigned to them. Precisely, highlighting ecoindustries requires the making of some assumptions with nontrivial consequences. This work uncovers these consequences as well as the adequacy of some of them.The first chapter considers polluting ecoindustries, although economic analysis on the subject generally assumes that environmental goods and services suppress the pollutants. This chapter shows mechanisms through which the market distributes economic activity to ecoindustries according to their technology.The second chapter investigates the limits of supposing a positive pollution allocation at the optimal solution although complete suppression is feasible. The example of asbestos shows that there are situations in which zero-pollution is preferred to a positive amount. The chapter shows the conditions under which this hypothesis is true.The third work focuses on the concept of environmental services. This chapter shows that environmental services and pollution allowances are perfect substitutes, then the government can decide on their prices so that it is possible to decentralize a first-best allocation of resources even in the presence of imperfect competition.Finally, the last chapter details a fictional fusion between a polluter and its environmental goods and services supplier. It shows the consequences of such fusion on an unintegrated firm and opens a discussion on the difference between process-integrated and end-of-pipepollution abatement.

Dans cette thèse nous nous interrogeons sur l'émergence d'une complémentarité stratégique entre l'agriculture et la biodiversité dans les territoires à haute valeur environnementale. Nous étudions l'exemple de la Camargue, zone humide d'intérêt international, où l'enjeu est de concilier agriculture et protection de l'environnement. Nous réalisons d'abord une analyse du contexte camarguais, en insistant sur les rapports ambivalents entre agriculture et biodiversité . Dans la mesure où la réforme future de la PAC va venir remettre en question les conditions d'octroi de ces aides, autant que leur volume global, le développement de la riziculture camarguaise passe à terme par son association à une image de terre sauvage et naturelle. Cette complémentarité stratégique de fait peut permettre de concevoir les futures politiques publiques et de justifier le maintien des aides à la riziculture camarguaise, par sa contribution à la gestion durable de la biodiversité. Nous examinons ensuite les conditions économiques d'émergence d'une riziculture biologique, dans ce contexte particulier. Les conditions de marché, et plus précisément la présence d'une concurrence imparfaite, caractérisés par la concentration de la fourniture d'intrants (herbicides et semences) en un petit nombre de fournisseurs. Leurs stratégies d'adaptation au développement des pratiques d'agriculture biologique sont contraintes par les conditions de marché et limitées aux quantités offertes. Nous étudions à quelles conditions un équilibre stratégique existe, et excluons des équilibres extrêmes (riz biologique dominant / exclu). Nos résultats placent les stratégies d'offre variétale au c?ur de ces interactions stratégiques, c'est pourquoi nous prolongeons cette approche stratégique par l'étude des déterminants économiques de la diversité variétale dans les exploitations rizicoles camarguaises. Celle-ci confirme la place accordée aux stratégies de niche, et met en avant le rôle des opportunités de marché et des réseaux dans les choix de porte-feuille de cultivars par les agriculteurs, au-delà des contraintes structurelles de l'exploitation. Enfin, une enquête de type "choice experiments" fait apparaître l'influence des normes collectives dans les préférences des riziculteurs camarguais pour les technologies de production dont ils disposent. Les résultats de cette étude empirique montrent qu'une grande majorité des producteurs pourrait adopter des technologies sans intrants chimiques, à condition d'être accompagnés de compensations financières équivalentes à celles accordées actuellement sans condition dans le cadre de la PAC. Au-delà du cas d'étude, la thèse fournit donc des enseignements utiles pour la conception de politiques publiques capables de concilier efficacité économique et développement durable. Elle est aussi une contribution à la réflexion sur la gestion intégrée multi-acteurs de l'agriculture et de la biodiversité à l'échelle d'un territoire à haute valeur environnementale. / In this research, we assessed the emergence of a strategic complementarity between farming and biodiversity, in a landscape with a high environmental value. We rely on the Rhone river delta, wetland of international interest, and well known biodiversity's hotspot. We examine the conditions of emergence of the organic agriculture in this particular context. The market conditions, more precisely the presence of imperfect competition for input (seeds and herbicides) are putting several constraints on adaptation's strategies accessibles to firms. As a consequence, the main way to adapt is the control of input supply. We study at which conditions an interior equilibrium does exist. The study of economic factors of rice' cultivar's diversity in farms in the Camargue area confirm the role played by niche strategies, and highlight the importance of market opportunities and commercial networks in the cultivar's portfolio choices made by farmers. They are naturally playing in interaction with factors governing the costs and benefits of managing a greater cultivar's diversity. Finally, the choice experiments survey put emphasis on the influence of collective norms in farmers' preferences for production technologies. The results show that a large majority of rice producers are adopt agro-ecological technologies at a price of monetary incentives equivalent to those obtained currently from the CAP, without conditions. Thus, the future of agricultural development in the Camargue area should be associated with environmental preservation. This de facto strategic complementarity could enables stakeholders and public authorities to design future public policies and give a conditional support to a sustainable agriculture.

En économie, l'analyse de la concurrence entre les firmes est d'une importance capitale. Cette thèse examine les interactions stratégiques sur les marchés différenciés en équilibre général tout en proposant les politiques publiques à mettre en œuvre afin de réduire les distorsions dues aux comportements imparfaits des firmes. La thèse prend en compte la différenciation des produits afin d'aboutir à de nouvelles conclusions ou d'étendre celles existantes et mises en avant dans la littérature. Elle vise ainsi, principalement deux objectifs. En premier lieu, la construction d'un modèle de concurrence imparfaite sur les marchés différenciés et ceci dans un cadre d'analyse en équilibre général. En second lieu, l'évaluation des conséquences du modèle en termes de politiques économiques. Les travaux ont débuté par une revue de littérature où sont abordés successivement les mécanismes de prix dans les jeux stratégiques de marché, les concepts de différenciation des produits et les modèles de théorie des jeux traitant des interactions stratégiques en équilibre général afin de modéliser les comportements imparfaitement concurrentiels. Le chapitre 2 a ainsi conduit au concept d'équilibre Cournot-Walras symétrique sur les marchés différenciés. Pour prendre en compte la différenciation des produits, il est affecté à chaque agent économique un vecteur fini de coefficients de différenciation qui exprime la préférence de l'agent pour la diversité. A la suite du modèle de différenciation, le chapitre 3 propose des mécanismes de politiques fiscales afin de réguler les pertes dues aux comportements imparfaits des firmes. Des exemples illustrent que le modèle de différenciation admet un équilibre trivial qui est nice et les prix et les allocations de l'équilibre Cournot-Walras symétrique sur produit différencié, sous certaines conditions, convergent vers l'équilibre walrasien. / In economy, the competition analysis among firms have a significance importance because of the complexity of some elements. This thesis examines the strategic interactions on differentiated markets in general equilibrium while proposing the public policies to reduce the distortions due to the imperfect behaviors. This thesis takes into account the differentiation of products in order to obtain the new conclusions and/or to extend those existing. We thus pursues two objectives. Fisrt, the construction of a model of imperfect competition on differentiated markets in a general equilibrium framework. Second, the evaluation of the consequences of the model in terms of economic policies. At beginning, we use literature review to tackle successively price mechanisms in strategic market games, product differentiation concepts and game theory models dealing with strategic interactions in order to model imperfect behaviors. This led in chapter 2 to the symmetric Cournot-Walras equilibrium concept on differentiated markets where we assign to each economic agent a finite vector of differentiation coefficients which expresses the agent's love for diversity. Following the differentiation model, chapter 3 offers tax policy mechanisms to control losses due to perfect behavior of firms. From the analysis, it appears that some examples illustrate that the differentiation model admits a trivial equilibrium which is nice and the price and allocations of symmetrical Cournot-Walras equilibrium on differentiated product, under certain conditions, converge towards the Walrasian ones.