La baleine bleue Antarctique, Balaenoptera musculus intermedia, est en danger critique d’extinction depuis la chasse baleinière intensive du 20e siècle. L’état de ses populations et leur écologie restent encore mal connus. En raison de l’inefficacité des observations visuelles, la surveillance par acoustique passive est privilégiée pour étudier cette espèce vocalement très active. Cette thèse porte sur l’analyse de 7 ans de surveillance acoustique passive dans l’océan Indien austral, région d’habitat et de migration particulièrement importante pour la baleine bleue Antarctique. Déployé depuis 2010 sur une aire de près de 9 000 000 km2, le réseau d’hydrophones OHASISBIO fournit une base de données acoustiques multi-site et pluri-annuelle. L’application d’un algorithme de détection automatique des vocalisations de baleines bleues Antarctique, préalablement testé et validé, a permis d’établir les patrons géographiques et saisonniers de présence de l’espèce au sein du réseau. L’analyse systématique de ces vocalisations a également permis de caractériser des variations intra- et inter-annuelles de leur fréquence, affectée par une décroissance long-terme et des modulations saisonnières. L’analyse préliminaire de signatures vocales d’autres espèces présentes dans le réseau - rorquals communs et trois populations de baleines bleues pygmées – a révélé des variations de fréquence similaires de leur vocalisation et permis d’esquisser leurs patrons géographiques et saisonniers. Enfin, deux vocalisations, jusqu’alors non décrites, aux caractéristiques semblables à celles de baleines bleues, ont été identifiées et caractérisées. / The Antarctic blue whale, Balaenoptera musculus intermedia, is currently critically endangered since the commercial whaling in the 20th century. The population recovery of this species, as well as its ecology, are still poorly known. Due to the ineffectiveness of visual observations, passive acoustics is a preferred method to monitor this highly vocal species. This dissertation presents an analysis of 7 years of passive acoustic monitoring in the southern Indian Ocean, known as a particularly important area of habitat and migration for the Antarctic blue whale. Deployed since 2010 over an area of about 9,000,000 km2, the OHASISBIO hydrophone network provides a multi-site and multi-year acoustic database. An algorithm for the automated detection of Antarctic blue whale calls, first tested and validated, has been applied to characterize the seasonal and geographic patterns of the species presence in the study area. The systematic analysis of these vocalizations also allowed to characterize intra- and inter-annual variations of their frequency, with a long-term decline and seasonal variations. A preliminary analysis of other vocal signatures recorded by the network, from 3 populations of pygmy blue whales and fin whales, highlighted similar variations of their frequencies and outlined their geographic and seasonal patterns of presence in the area. Finally, two previously undescribed vocalizations, with characteristics close to that of blue whale calls, were identified and characterized.

In this thesis, we investigated modes of intraseasonal variability (ISV) observed in the Indian monsoon rainfall and how these modes modulate rainfall over India. We identified a decreasing trend in the intensity of low-frequency intraseasonal mode with increasing strength in synoptic variability over India. We also made an attempt to understand the reason for these observed trends using numerical simulations. In the first part of the thesis, satellite rainfall estimates are used to understand the spatiotem-poral structures of convection in the intraseasonal timescale and their intensity during boreal sum-mer over south Asia. Two dominant modes of variability with periodicities of 10–20-days (high-frequency) and 20–60-days (low-frequency) are found, with the latter strongly modulated by sea surface temperature. The 20–60-day mode shows northward propagation from the equatorial In-dian Ocean linked with eastward propagating modes of convective systems over the tropics. The 10–20-day mode shows a complex space-time structure with a northwestward propagating anoma-lous pattern emanating from the Indonesian coast. This pattern is found to be interacting with a structure emerging from higher latitudes propagating southeastwards. This could be related to ver-tical shear of zonal wind over northern India. The two modes exhibit variability in their intensity on the interannual time scale and contribute a significant amount to the daily rainfall variability in a season. The intensities of the 20–60-day and 10–20-day modes show significantly strong inverse and direct relationship, respectively, with the all-India June–September rainfall. This study also establishes that the probability of occurrence of substantial rainfall over central India increases significantly if the two intraseasonal modes simultaneously exhibit positive anomalies over the region. There also exists a phase-locking between the two modes. In the second part of the thesis, we investigated the changing nature of these intraseasonal modes over Indian region, and their association with extreme rainfall events using ground based observed rainfall. We found that the relative strength of the northward propagating 20–60-day mode has a significant decreasing trend during the past six decades, possibly attributed to the weakening of large-scale circulation in the region during monsoon. This reduction is compensated by a gain in synoptic-scale (3–9 days) variability. The decrease in the low-frequency ISV is associated with a significant decreasing trend in the percentage of extreme events during the active phase of the monsoon. However, this decrease is balanced by a significant increasing trend in the percentage of extreme events in break phase. We also find a significant rise in occurrence of extremes during early- and late-monsoon months, mainly over the eastern coastal regions of India. We do not observe any significant trend in the high-frequency ISV. In the last part of the thesis, we used numerical simulations to understand the observed changes in the ISV features. Using the atmospheric component of a global climate model (GCM), we have performed two experiments: control experiment (CE) and heating experiment (HE). The CE is the default simulation for 10 years. In HE, we prescribed heating in the atmosphere in such a way that it mimics the conditions for extreme rainfall events as observed over central India during June– September. Heating is prescribed primarily during the break phase of the 20–60-day mode. This basically increases the number of extremes, majority of which are in break phase. The design of the experiment reflects the observed current scenario of increased extreme events during breaks. We found that the increased extreme events in the HE decreased the intensity of the 20–60-day mode over the Indian region. This reduction is associated with a reduction of rainfall in active phase and increase in the length of break phase. A reduction in the seasonal mean over India is also observed. The reduction of active phase rainfall is linked with an increased stability of the atmosphere over central India. Lastly, we propose a possible mechanism for the reduction of rainfall in active phase. We found that there is a significant reduction in the strength of the vertical easterly shear over the northern Indian region during break–active transition phase. This basically weakens the conditions for the growth of Rossby wave instability, thereby elongating break phase and reducing the rainfall intensity in the following active phase. This study highlights the redistribution of rainfall intensity among periodic (low-frequency) and non-periodic (extreme) modes in a changing climate scenario, which is further tested in a modeling study. The results presented in this thesis will provide a pathway to understand, using observations and numerical model simulations, the ISV and its relative contribution to the Indian summer monsoon. It can also be used for model evaluation.

Cette thèse met en évidence les dynamiques spatiales en cours à l'échelle des paysages sur deux bassins versants du SOOI, en se focalisant sur les dynamiques d'occupation du sol qui affectent les processus érosifs. Cette thèse s'interroge sur les processus de dégradation affectant les bassins versants et sur les données spatiales à mobiliser dans des contextes très différents tels les territoires de La Réunion et de Madagascar. Les données de télédétection constituent dans ces contextes un atout. Elles permettent d'observer de façon régulière et à différentes échelles les territoires. Deux bassins versants sont suivis, le Fiherenana (Madagascar) et la Rivière des Pluies (La Réunion). Sur le Fiherenana, l'étude de l’érosion est abordée en considérant les dynamiques d'occupation du sol entre 2001 et 2013. Les informations, extraites du traitement d'images satellite SPOT 4 et 5, montrent une dégradation importante de la couverture forestière, particulièrement dans le secteur de Ranobé (section avale). Une perte de plus de 230 km² de forêt sèche est notée en 12 ans. Les pertes de sols estimées sur la même période, selon le modèle RUSLE, montrent une augmentation de l'érodabilité en raison de l'altération du couvert végétal. Sur la Rivière des Pluies, l'étude se focalise sur l'empreinte spatiale de deux processus, l'anthropisation des planèzes et son impact sur l'imperméabilisation des sols, ainsi que celle des mouvements de masse sur les fortes pentes. Ces phénomènes sont suivis à partir d'orthophotographies de l'IGN, entre 1997 et 2012. Ces travaux apportent une réponse spatialisée et quantitative des dynamiques de dégradation en cours sur les bassins versants du SOOI. / Since the 20th centuries, the Southwest of Indian Ocean is particularly affected by anthropogenic degradations. This study aims to analyze degradations on drainage basin scale, which allows a suitable monitoring of critical areas, in the southwest of Indian Ocean. It focus on the assessment of land degradation and its causes, land cover change and erosion.The main difficulty stands in the implementation of reproducible methods and proceeds for developed and developing countries. In light of this, remote sensing data are relevant. Those data enable a regular observation of phenomena, allowing a full description of isolated lands and at different scale. This study combined, remote sensing data processing, spatial analysis and modeling to analyze degradations. Approaches include, data collection, their formatting or their preprocessing. Land cover information provided from Object-Based Image Analysis (OBIA) methodologies and Geographical Information System (GIS) authorized data conditioning and modeling. On the Fiherenana catchment, soil loss has been computed taking into account land cover changes. Those information were provided from SPOT 4 and 5 images from 2001 to 2013. Results confirmed the forest degradation especially in Ranobé, where we recorded a loss of more than 230 km² over 12 years. Lands affected by erosion process, spatialized and quantified by RUSLE model, also increased over this period. On La Rivière des Pluies, IGN’s orthophotographies, from 1997 until 2012, permitted urbans imprint analyzing. On Grand Éboulis site, vegetation monitoring revealed slumps. The study exposed spatial and quantitative results highlighting degradations dynamics on catchm

La formation professionnelle à l’Entrepreneuriat (création d’entreprise, conseil en entreprise, intrapreneuriat) procède de trois dimensions indissociables : structurale, cognitive et praxéologique. Les interactions entre ces trois dimensions en font des facteurs clés de réussite du projet entrepreneurial : le facteur structural renvoie à la problématique de la mise en place de l’entreprise, le facteur cognitif renvoie aux contenus de la formation comme ressources stratégiques ouvrant sur le monde de l’entreprise dans toutes ses dimensions et le facteur praxéologique renvoie à la démarche de projet en formation. Dans le contexte de l’Organisation Internationale de la Francophonie (OIF), la formation professionnelle à l’entrepreneuriat dispensée par l’Institut de la Francophonie pour l’Entrepreneuriat (IFE), situé à l’université de Réduit, à l’île Maurice, s’inscrit dans un vaste réseau de partenaires, administré par l’Agence Universitaire de la Francophonie (AUF). L’émergence de l’entrepreneur francophone passe par son entrée en formation professionnelle auprès de formateurs francophones internationaux, par la prise de risque au retour dans son pays et par l’appui d’un réseau de partenaires financiers et commerciaux francophones. L’intérêt de la thèse réside dans la capacité à en faire émerger les aspects fondamentaux par la recherche sur la formation professionnelle à l’Entrepreneuriat, et, à partir des aspects appliqués, à développer les singularités propres au contexte de la francophonie et à l’expérience de l’IFE. / Vocational education in Entrepreneurship (creation of firm, advice in firm, intrapreneuriat) is the result of three inseparable dimensions: structural, cognitive and praxeologic. Correlations between these three dimensions make them key factors of success of the entrepreneurial project: structural factor leads to the problems of the installation of the firm, cognitive factor leads to the contents of the training as strategic resources opening on the world of the firm in all its dimensions and the praxeologic factor leads to the unfolding of a training project into action. In the context of the International Organization of the French-speaking world (OIF) the vocational education in entrepreneurship given by the Institute of the French-speaking world for Entrepreneurship (IFE), located at the university of Reduit, in Mauritius island, registers in a large network of partners, constituent by the Francophone Academic Agency (AUF). The emergence of the French-speaking businessman passes by his entrance in vocational education with international French-speaking training professors, by the catch of risk on the way back in his country and by the support of a network of financial partners and French-speaking sales and marketing people. The interest of this thesis resides in the capacity to make appear the fundamental aspects by research work in vocational education in Entrepreneurship, and, from the applied aspects, to develop singularity related to the context of the French-speaking world end the experience of IFE.

Les relations interspécifiques sont un indicateur naturel de l'état de santé d'un écosystème et de son éventuelle évolution. Dans le contexte actuel de changement climatique et d'intensification des activités humaines, nous décrivons, par une approche intégrée, les interactions existant entre les tortues vertes et leurs ressources trophiques, afin de contribuer à la compréhension de la dynamique de la biodiversité marine. La tortue verte est la seule tortue marine herbivore aux stades sub-adulte et adulte. Elle se nourrit principalement sur des herbiers de phanérogames marines et des algueraies en milieu côtier relativement peu profonds et constitue ainsi un modèle privilégié pour étudier l'écologie trophique et fonctionnelle des tortues marines en conditions naturelles. Le travail présenté dans ce manuscrit étudie deux populations de tortues vertes : la première s'alimentant de phanérogames marines sur le site de N'Gouja à Mayotte et la seconde d'algues benthiques sur la côte ouest de l'Ile de La Réunion. A ce stade de l'étude, le système tortues vertes-herbier est le mieux connu. Nous proposons une synthèse des relations existant entre le comportement de plongée et d'alimentation d'individus juvéniles et adultes avec la disponibilité trophique au sein d'un herbier marin plurispécifique. Ceci a été obtenu à partir de systèmes d'acquisition embarqués, d'observation directes de tortues vertes et de relevés phyto-écologiques conventionnels. Par ailleurs, notre étude a permis d'engager le suivi du système tortues vertes – herbier marin de N'Gouja et d'en décrire les premières tendances. En quatre ans, une diminution de près de 80 % de la biomasse végétale du site de N'Gouja accentue la pression d'herbivorie des tortues vertes sur l'herbier. Ce phénomène entraîne l'appauvrissement de la diversité spécifique des phanérogames en faveur des espèces végétales pionnières. La diminution parallèle de l'effectif de la population de tortues vertes du site de N'Gouja suggère un modèle alimentaire basé sur le principe de densité-dépendance. Les conséquences d'une surexploitation de l'herbier par les tortues vertes sont alors en opposition avec celles obtenues suite à la simulation d'une pression d'herbivorie nulle. Nous montrons que sous une pression d'herbivorie modérée, un stade successionel intermédiaire de l'herbier est maintenu et la diversité spécifique est favorisée par la diminution des capacités compétitives des espèces consommées. Il découle ainsi de notre étude des indicateurs du stade phytodynamique d'un herbier plurispécifique et de la pression d'herbivorie exercée par les tortues vertes qui permettent d'envisager les réponses écosystémiques d'un système tel que celui de N'Gouja sous différents scénarios environnementaux. Enfin, dans un cadre plus large, nous posons la question de savoir si l'évolution statutaire de Mayotte peut contribuer à approfondir et pérenniser la protection des tortues marines qui se trouvent sur son territoire. Nous décrivons la départementalisation comme un moyen d'accentuer le processus de clarification du droit applicable à Mayotte et d'assurer des moyens humains, matériels, et financiers nécessaires à la protection de l'environnement. Des recensements aériens réalisés au dessus de la côte ouest de l'île de La Réunion révèlent la présence d'individus sexuellement matures et immatures, dont le nombre augmente depuis 1996. Cette approche nous aura permis d'identifier une fréquentation préférentielle des habitats coralliens et de décrire, à partir d'observations sous-marines parallèles, la côte ouest de l'île comme un site d'alimentation d'individus matures et d'individus en phase de croissance. Ce travail renforce les bases scientifiques nécessaires à la mise en place de stratégies de conservation des tortues marines et de leurs habitats. / Reproduction of sea turtles primarily relies on body reserves stored during the time spent on foraging grounds prior to the nesting season. Accordingly, the investigation of foraging behaviour of sea turtles is critical for better assessing their biology but also for conservation issues of these endangered species. Sea turtles contribute significantly to the consuming biomass of their ecosystem and hence to its functioning, thus providing natural indications of the health of the ecosystem. Yet the trophic ecology of sea turtles is poorly documented because their feeding grounds remain poorly known and for most of them hardly accessible. Among sea turtles the green turtle is the only species where sub-adults and adults are mostly herbivorous feeding on seagrass and algae patches in shallow coastal waters. Such fairly accessible marine ecosystems provide a unique opportunity to investigate sea turtle ecology under natural conditions. The study was conducted in two foraging sites of green turtles located in the south-western Indian Ocean: Mayotte (seagrass meadow) and Reunion Island (algae spots). Thanks to fine-scale sampling of feeding activities, we addressed the lack of research investigating the food requirements and the trophic role of green turtles. To day, feeding activities of green turtles are better known on seagrass. We described the habitat use, the food intake, and the herbivory pressure of green turtles exploiting a multi-sepcies seagrass meadow of Mayotte. In Reunion Island, first results provide some information about the habitat use of green turtles. Such results are paramount for the management and conservation sea turtles and their habitats.

This diploma thesis, Didactic exploitation of the francophonie on the islands of the Indian Ocean, resulted from insufficient outcomes of a questionnaire focusing on the francophonie and francophone facts of the overseas territories located in the Indian Ocean. The diploma thesis consists of three main parts which are subsequently divided into subchapters. The first part explains the choice, focus and targets of the questionnaire and provides its evaluation as well. The theoretical part aims at clarifying and defining receptive and productive competence from a didactic viewpoint with regard to language level A2 and B1, given by CEFRL. The practical part follows with a description of created worksheets always containing exercises that aim firstly at receptive competence- reading, and then at productive competence- writing. Texts together with exercises focus on geographical facts, culture and tradition, language situation and language oddities of the following French overseas territories in the Indian Ocean: Réunion, Madagascar, Mayotte, Seychelles, Comoros, and Mauritius. KEYWORDS the Indian Ocean, language oddities, creole, overseas territories, francophone, worksheets, receptive and productive competence, language level, language resources

Ce travail de thèse porte sur la connectivité des populations de coraux du genre Pocillopora dans le Sud-Ouest de l'océan Indien et l'océan Pacifique tropical. Ces coraux sont répartis sur toute la frange tropicale des océans Indien et Pacifique. Traditionnellement, les espèces étaient identifiées sur la base critères morphologies [17 espèces décrites dans Veron (2000)]. Différentes études utilisant des données génétiques ont révélé que la délimitation des espèces était parfois floue chez ces coraux. Ainsi, au cours de ce travail, l'utilisation de méthodes de délimitation d'espèces à partir d'ADN mitochondrial (ABGD, GMYC, PTP) et nucléaire (haplowebs) 16 hypothèses primaires d'espèces (PSH) ont été identifiées. Ces PSH ont ensuite été confrontées à des tests d'assignement à partir de marqueurs microsatellites, révélant un minimum de 18 hypothèses d'espèces secondaires (SSH). Une fois que les hypothèses d'espèces sont définies, il est possible de réaliser des études de connectivité. Au cours de ce travail, deux hypothèses d'espèces présentant des écologies différentes ont été choisies pour mener ces analyses. La première, Pocillopora damicornis type β (SSH05) a été échantillonnée dans les lagons et la seconde, Pocillopora eydouxi (SSH09) a, quant à elle, été échantillonnée sur la pente externe. L'estimation de la structure génétique des populations a permis d'estimer les modes de reproduction (sexuée ou asexuée) chez ces deux hypothèses d'espèces et les analyses de connectivité ont révélé des patterns de structuration complexes pour chacune des SSHs. / This work focuses on the connectivity among populations of the coral genus Pocillopora in the Southwestern Indian Ocean and the Southwestern Pacific Ocean. These corals are widely distributed throughout the tropical fringe of the Indian and Pacific oceans. Traditionally, species were identified on the basis of morphological criteria [17 species described in Veron (2000)]. Different studies using genetic data revealed that the delimitation of species was sometimes blurred in these corals. Thus, in this work, the use of species delineation methods from mitochondrial (ABGD, GMYC, PTP) and nuclear (haplowebs) DNA, 16 primary species hypotheses (PSH) were identified. These PSHs were then confronted to assignment tests from microsatellite loci, revealing a minimum of 18 secondary species hypotheses (SSH). Once the species hypotheses are defined, it is possible to conduct connectivity studies. In this work, two SSHs with different ecologies were chosen to carry out these analyses. The first, Pocillopora damicornis type β (SSH05) was sampled in the lagoons and the second, Pocillopora eydouxi (SSH09) was sampled on the outer slope. The estimation of the genetic structure of the populations made possible to estimate the reproductive modes (sexual or asexual) in these two SSHs and the connectivity analyzes revealed complex structuring patterns for each of the SSHs.

Chrysoblephus puniceus is an over-exploited linefish species, endemic to the coastlines off southern Mozambique and eastern South Africa. Over-exploitation and habitat loss are two of the biggest threats to the sustainability of fisheries globally. Assessing the genetic stock structure (a prerequisite for effective management) and predicting climate related range changes will provide a better understanding of these threats to C. puniceus which can be used to improve the sustainability of the fishery. Two hundred and eighty four genetic samples were collected from eight sampling sites between Ponta da Barra in Mozambique and Coffee Bay in South Africa. The mitochondrial control region and ten microsatellite loci were amplified to analyse the stock structure of C. puniceus. The majority of microsatellite and mtDNA pairwise population comparisons were not significant (P > 0.05) although Xai Xai and Inhaca populations had some significant population comparisons for mtDNA (P < 0.05). AMOVA did not explain any significant variation at the between groups hierarchical level for any pre-defined groupings except for a mtDNA grouping which separated out Xai Xai and Inhaca from other sampling sites. SAMOVA, isolation by distance tests, structure analysis, principle component analysis and spatial autocorrelation analysis all indicated a single population of C. puniceus as being most likely. The migrate-n analysis provided evidence of current driven larval transport, with net migration rates influenced by current dynamics.Two hundred and thirty six unique presence points of C. puniceus were correlated with seasonal maximum and minimum temperature data and bathymetry to model the current distribution and predict future distribution changes of the species up until 2030. Eight individual species distribution models were developed and combined into a mean ensemble model using the Biomod2 package. Winter minimum temperature was the most important variable in determining models outputs. Overall the ensemble model was accurate with a true skills statistic score of 0.962. Binary transformed mean ensemble models predicted a northern and southern range contraction of C. puniceus' distribution of 15 percent; by 2030. The mean ensemble probability of occurrence models indicated that C. puniceus' abundance is likely to decrease off the southern Mozambique coastline but remain high off KwaZulu-Natal. The results of the genetic analysis support the theory of external recruitment sustaining the KwaZulu Natal fishery for C. puniceus. While the high genetic diversity and connectivity may make C. puniceus more resilient to disturbances, the loss of 15 percent; distribution and 11 percent; genetic diversity by 2030 will increase the species vulnerability. The decrease in abundance of C. puniceus off southern Mozambique together with current widespread exploitation levels could result in the collapse of the fishery. A single transboundary stock of C. puniceus highlights the need for co-management of the species. A combined stock assessment between South Africa and Mozambique and the development of further Marine Protected Areas off southern Mozambique are suggested as management options to minimise the vulnerability of this species.

La leptospirose est considérée comme la zoonose la plus répandue au monde mais les incidences sont les plus élevées dans les régions tropicales et en particulier sur les îles. Les îles du Sud-Ouest de l'Océan Indien ne dérogent pas à la règle puisque la maladie y représente un problème de santé humaine majeur sur plusieurs îles, notamment aux Seychelles qui enregistrent un des plus fort taux d'incidence humaine au monde. Sur la base des données disponibles, l'épidémiologie humaine apparait contrastée à l'échelle de la région : les cas cliniques sur Mayotte résultent d'infections par quatre espèces de leptospires distinctes alors qu'à La Réunion ou aux Seychelles, une seule espèce est à l'origine de la grande majorité des cas cliniques. L'objectif général de cette thèse est d'identifier certains des déterminants de cette épidémiologie singulière. Nous avons dans un premier temps complété les informations humaines en investiguant la leptospirose en Union des Comores, pays n'ayant jamais rapporté de transmission autochtone. Nos résultats indiquent que les populations humaines y sont exposées à des antigènes de leptospires comparables à ceux retrouvés sur l'île voisine de Mayotte. Ce résultat suggére que l'absence de leptospirose sur certaines îles est le résultat d'un déficit de surveillance. Nous avons ensuite caractérisé la diversité génétique des leptospires au sein de la faune de certaines îles, caractérisées par des niveaux d'endémisme élevés à même d'être en partie à l'origine de cette épidémiologie contrastée. Nous décrivons d'une part une importante diversité des leptospires pathogènes chez les chauves-souris (Chiroptères) malgaches. Nous montrons d'autre part que cette diversité de leptospires n'est pas structurée géographiquement mais présente au contraire une importante spécificité d'hôte, résultant de différents processus évolutifs incluant co-spéciation et host-switch. Nous avons exploité cette spécificité d'hôte pour éclairer l'épidémiologie de la leptospirose à Mayotte, où nous montrons que l'importante diversité bactérienne impliquée dans les cas cliniques résulte de la présence de nombreux réservoirs, dont certains originaires de Madagascar. Ainsi, il apparaît que l'épidémiologie humaine de la leptospirose dans le SOOI est le reflet d'assemblages distincts de leptospires cosmopolites et autochtones/endémiques maintenus et excrétés par des réservoirs animaux particuliers. / Leptospirosis is considered as the most widespread zoonosis worldwide but the incidence levels are higher in tropical regions and particularly on islands. The South-Western Indian Ocean islands are no exception and the disease is of major medical concern in several islands notably in Seychelles, displaying some of the highest human incidence ever reported. Based on available data, the human epidemiology appears contrasted in the region: on Mayotte, human cases result from the infection with four distinct Leptospira species whereas on Reunion Island or Seychelles, a single species causes the majority of clinical cases. The main objective of this thesis is to identify some of the drivers of this singular epidemiology. We first completed the information available on this human disease in the region by investigating the leptospirosis situation in the Union of the Comoros, a country where no autochthonous transmission has been reported so far. Our results indicate that Comorian populations are exposed to Leptospira, which are antigenically comparable to those detected in the neighbouring island of Mayotte. This finding suggests that the apparent absence of leptospirosis in some islands rather reflects a lack of surveillance. We then investigated the genetic diversity of Leptospira on distinct islands home to distinct endemic animal species that may shed distinct Leptospira lineages and thus at least in part explain the contrasted epidemiology of leptospirosis in the region. Specifically, we describe a high diversity of pathogenic Leptospira within Malagasy bats (Chiroptera) and further show that Leptospira diversity is not structured by geography. Instead, we show that these Leptospira display a strong specificity towards their hosts, which may result from different evolutionary processes including co-speciation and host switching. Using this tight host specificity, we investigated the leptospirosis epidemiology on Mayotte, where we show that the important bacterial diversity reported in clinical cases is due of the presence of several distinct animal species acting as reservoirs, some of which introduced from the neighbouring Madagascar. Altogether, results presented herein combined to data produced by our lab suggest that the epidemiology of leptospirosis in the SWOI results from distinct assemblages of cosmopolitan and autochthonous/endemic Leptospira. Keywords : Leptospirosis, Leptospira, Chiroptera, small mammals, hosts-parasites associations, MAT, MLST, co-phylogeny, Madagascar, Mayotte, Union of Comoros, South-Western Indian Ocean.

Les recherches sur les compagnies françaises des Indes orientales connaissent depuis trois décennies un nouvel élan. Si aujourd’hui les volets économiques, administratifs et politiques du fonctionnement de cette aventure mercantile et de la présence française dans l’océan Indien sont bien connus, le cadre de vie quotidien de ses acteurs dans les comptoirs l’est beaucoup moins. Cette thèse propose de se concentrer sur la société française de Pondichéry et sur son environnement quotidien en prenant comme point de départ sa culture matérielle. À partir des archives notariales françaises de l’Inde au XVIIIe siècle, il est possible de redessiner cette société ultramarine et de saisir bien plus que le simple environnement matériel. Les modalités de l’implantation et de l’adaptation des Européens en Inde, peuvent ainsi être précisées. Ensuite, la structure proprement matérielle est identifiable : les approvisionnements des possessions françaises de l’océan Indien qui définissent la consommation, les choix et les logiques d’aménagement intérieur, etc. Enfin, l’environnement culturel dans lequel les européens évoluent dans les comptoirs de l’Inde est accessible, notamment grâce à l’étude du degré d’ancrage des individus dans la culture de l’océan Indien. Ont-ils cherché à préserver leur culture européenne, ou se sont-ils « indianisés » ? Des différences sont-elles visibles selon les époques, les catégories sociales et professionnelles étudiées ? Pour répondre à ces questions, les collections des musées européens et asiatiques, ainsi que le patrimoine architectural des comptoirs français de l’Inde du XVIIIe siècle, viendront enrichir et compléter les sources d’archives. / Over the last three decades research on the French East India Company has seen a new impetus. If today the economic, administrative and political functioning components of this mercantile adventure and the French presence in the Indian Ocean are well known, the milieu quotidian of its players in the trading posts are less such. The present thesis focuses on French society in Pondicherry and on its daily environment, material culture being its starting point. Using the French notarial archives of India in the XVIII century, it is possible to redraw this ultramarine society and to understand much more than the simple material environment. The methods of the establishment and of the European adaptation in India can thus be clarified. Afterwards, the strictly material structure is identifiable: the supply of French possessions of the Indian Ocean, which define the consumption, the logic and choices of internal organization, etc. Finally, the cultural environment in which Europeans evolve in the Indian trading posts is accessible, notably as a result of studying individual’s degree of integration into the Indian Ocean culture. Did they seek to preserve their own European culture or were they ‘indianised”? Are there some differences noticeable according to the period, social categories and professionals studied? To answer these questions, the European and Asian museum’s collections, as well as the French trading posts architectural patrimony of India in the XVIII century, will enhance and complete the archive sources.