Los problemas de distribución de vehículos son importantes en la ciencia de la computación por su aplicación directa en los campos del transporte de material y el control de tráfico. Esto se debe a que proveen un marco formal con el cual estudiar estas temáticas, las cuales tienen gran impacto económico y forman una parte importante de la sociedad. En particular, la problemática de la selección de destinos tiene un gran impacto en la industria de la minería, donde es conocida como despacho y en la cual el transporte del material puede llegar a significar hasta un 50% del costo de la operación, el cual se hace habitualmente con una flota de camiones especiales. Por lo tanto, cualquier metodología que permita aumentar la eficiencia de la operación es particularmente útil. El estudio bibliográfico realizado ha mostrado un conjunto acotado de enfoques hacia este problema, generalmente a través la utilización de herramientas matemáticas formales. Mas aún, las técnicas presentadas en ellos han limitado la capacidad de acción del sistema simplemente a asignarle el próximo destino a un camión que acabó de cargar o descargar. Esto provee la motivación fundamental del presente trabajo. La emergencia y progreso de las tecnologías de comunicación provee la posibilidad de acceder a mayor cantidad de información de forma instantánea a la vez que permite enviar y distribuir instrucciones a cualquier vehículo. Esto implica que la metodología de despacho podría especificar como el vehículo debe llegar al destino que se le asignó. En este trabajo se presentan tres aportes principales. El primero es la definición de un marco de referencia uniforme que permita la evaluación simple y rápida de una metodología de despacho de acuerdo a cuatro índices de desempe~no que cuantifican la eficiencia de la operación minera. Este marco incluye un conjunto de condiciones de borde que definen un entorno de simulación y un modelo de movimiento simplificado que calcula las variables mínimas indispensables para representar el viaje de un vehículo, utilizando muy pocos datos. Además se diseñoo un modelo de conductor de un solo parámetro que permite dfinir tres comportamientos, que son los únicos necesarios lograr evaluar correctamente la eficiencia de una metodología de despacho. El segundo aporte es un nuevo enfoque al estudio del despacho. Se propone utilizar un secuencia de selección de destinos fija y analizar el comportamiento del ujo de vehículos para poder predecir la productividad y el tiempo de ocio del equipamiento. Con este modelo, se dise~nan secuencias que permitan maximizar el primero y minimizar el segundo. El tercer aporte es la utilización de la información global del estado de la mina, en un instante, para calcular la velocidad óptima para cada vehículo de forma de eliminar los tiempos de espera y reducir el consumo de combustible. Estas herramientas son combinadas en un simulador en el cual se utilizan dos metodolog ías propuestas y se comparan con métodos existentes que se pueden hallar en la literatura. Los resultados son expuestos y analizados para luego sacar las conclusiones correspondientes. / Vehicle distribution problems are important in computer science because of their direct application in the felds of transportation and traffic flow. This is due to the fact that they provide a formal framework in which to study these problems, which have a great economic and social impact. The destination selection problem is particularly important in the mining industry, where it is known as dispatching. In this industry, it is usually a feet of f-highway haul trucks that is tasked with material transportation which can amount to as much as 50% of the operational costs. This makes particularly useful any methodology that allows an increase in the efficiency of the operation. The literature review has shown a reduced set of approaches used to solve this problem, mostly through the utilization of formal mathematical tools. The techniques presented in these works are limited in their control of the operation since they only choose where to send a truck to load or unload. This provides the fundamental motivation of this work. The emergence and progress in communications technology has created the possibility of instantaneously accessing greater amounts of information as well as the ability to send specific instructions to individual vehicles. This implies that is possible to specify how a vehicle should travel to its specified destination. This work contains three fundamental contributions. The first is the definition of an standard framework which allows for a fast, simple evaluation of a dispatching technique by using four performance indexes that quantify the efficiency of a mining operation.This framework includes a set of border conditions that define a simulation environment and a simple movement model that calculates only the indispensable variables needed to represent a traveling truck, using a reduced parameter set. Furthermore, the driver is also modeled using only one parameter which allows for the definition of all the behaviors necessary to represent the fundamental aspects needed for correctly evaluating the efficiency of a dispatching methodology. The second contribution is a new approach to the dispatching problem, in which a fixed sequence for destination selection is used to analyze the behavior of the resulting vehicle flow in order to predict the expected productivity and equipment idle time. Using these predictions it is possible to design the sequence in such a way as to maximize the former and minimize the latter. The third contribution is the utilization of the mine state, which is the location, speed and destination of all the trucks in the mine, in order to calculate the best velocity needed by all vehicles to minimize truck waiting time and fuel consumption. All of these contributions are combined in a simulator in which two resulting dispatching methodologies are compared against existing techniques that are found in the literature. The results are presented and analyzed to draw the proper conclusions.

El trabajo realizado en esta Tesis abarca el estudio de arquitecturas de conversores analógicodigitales y sus características particulares con el objetivo de obtener modelos adecuados, y estudiar la dinámica nolineal inherente al proceso de conversión para desarrollar compensadores eficientes. Las contribuciones de este trabajo pueden resu-mirse como se presenta a continuación. Se introduce una descripción general de las arquitecturas de conversión analó-gico-digital y las métricas de desempeño asociadas, lo que permite establecer el marco teórico necesario para el modela-do y compensación de estos sistemas. Luego, se presenta el desarrollo de un nuevo modelo de comportamiento para conversores Sigma-delta en tiempo contınuo. Este modelo permite obtener información adicional sobre el comportamiento de la dinámica nolineal de estos conversores, que resulta fundamental para la elección de una estructura adecuada de compensación y el desarrollo de un nuevo post-compensador eficiente orientado a bloques. El compensador desarrollado es una generalización de los sistemas tipo Wiener que permite múltiples dinámicas lineales precediendo una nolinealidad estática de orden N. De esta manera, se logra un alto grado de representación manteniendo el número de parámetros muy por debajo del requerido por el modelo de Volterra más gene-ral. También se presentan dos compensadores tipo Hammers-tein y Wiener en paralelo utilizando funciones PWL estáticas, logrando estructuras eficientes que permiten obtener un buen desempeño manteneniendo acotado el número de parámetros. Finalmente, se propone un esquema de compensación por post-procesamiento para ADC comerciales, donde todos los efectos no lineales dinámicos son reducidos de manera con-junta logrando una gran mejora en términos de aumento en la resolución efectiva. Dos modelos eficientes para el compen-sador son evaluados en un ADC comercial de alta resolución y velocidad, utilizando datos de entrada-salida obtenidos me-diante mediciones de laboratorio. Se realizan consideraciones adicionales sobre las señales de entrada utilizadas para entre-nar el compensador. En particular, se introduce una nueva secuencia de entrenamiento compuesta por la concatenación serial de varias señales monotonales, y se comprueba que el método es robusto ante diferencias entre la señal de entre-namiento y la señal muestreada, logrando una mejora signifi-cativa sobre el ancho de banda de Nyquist completo. / The work comprised in this Thesis addresses the study of different analog-to-digital converter architectures and their particular characteristics in order to obtain adequate models, and study the nonlinear dynamics inherent to the conversion process in order to develop efficient compensators. The main contributions of this work can be summarized as follows. A general description of traditional analog-to-digital conversion architectures is introduced along with the associated perfor-mance metrics, which is usefull to establish the theoretical background required to model and compensate these sys-tems. Then, the development of a new complete behavioral model for continuous time sigma-delta converters is presen-ted. This model allows to obtain additional information on the nonlinear dynamics of these converters, which is key for the selection of an adequate compensator structure and the development of a novel block oriented eficient postcompensa-tor. The developed compensator is a generalization of Wiener systems that allows for multiple linear dynamics preceding an Nth order nonlinearity. In this manner, a high degree of repre-sentation is achieved while keeping the amount of parameters much lower than the amount required for the more general Volterra model. Two compensators of the form of parallel Hammerstein and Wiener models using static PWL functions were also presented. The efficient structure proposed allows to obtain good performance while keeping the amount of parameters low. Finally, a compensation scheme for commer-cial ADCs by post-processing is prsented, where all nonlinear dynamic effects are jointly reduced achieving a great improve-ment in terms of effective resolution enhancement. Two effi-cient models for the compensator are evaluated in a high resolution and high conversion rate commercial ADC, using input-output data obtained by actual measurements. Additio-nal considerations are performed regarding the input signal used to train the compensator. In particular, a novel input sequence is introduced which is composed of the concatena-tion of several monotone sinusoid signals, and the method is shown to be robust to missmatches between the training and sampled signals, achieving a signifficant improvement over the whole Nyquist bandwidth.

En las últimas décadas, la comunidad científica en ingeniería química ha abordado intensamente el problema de diseño-para-operabilidad. Este interés responde al hecho de que la calidad operativa de un proceso queda determinada por dise-ño, resultando evidente la necesidad de considerar aspectos de operabilidad en las etapas tempranas del proceso de dise-ño, en lugar de en instancias posteriores cuando el impacto de las modificaciones es menos efectivo y mas costoso. La necesidad de integrar diseño y operabilidad esta dictada por la creciente complejidad de los procesos como resultado de restricciones económicas, de calidad, de seguridad y me-dioambientales cada vez mas estrictas. Aunque el problema de diseño-para-operabilidad concierne prácticamente a toda disciplina técnica, ha adquirido particular identidad dentro de la ingeniería química debido fundamentalmente a la magnitud económica de los procesos involucrados. En esta contribución se propone un enfoque novedoso para abordar el problema de diseño-para-operabilidad, que emplea estrategias de opti-mización de autovalor. Se revé la teoría de optimización de autovalores disponible y se presentan nuevas formulaciones aplicadas a varios aspectos del problema de diseño-para-operabilidad. También se explora el potencial de estas herra-mientas en aplicaciones al análisis y control de sistemas diná-micos. / In the last decades the chemical engineering scientific research community has largely addressed the design-for-operability problem. Such an interest responds to the fact that the operability quality of a process is determined by design, becoming evident the convenience of considering operability issues in early design stages rather than later when the impact of modifications is less effective and more expensive. The necessity of integrating design and operability is dictated by the increasing complexity of the processes as result of progressively stringent econo-mic, quality, safety and environmental constraints. Although the design-for-operability problem concerns to practically every technical discipline, it has achieved a particular identity within the chemical engineering field due to the economic magnitude of the involved processes. In this contribution a novel approach to the design-for-operability problem, which relies on eigenvalue optimiza-tion techniques, is proposed. Available eigenvalue op-timization theory is reviewed in this thesis and novel eigenvalue optimization formulations are presented and applied to several aspects of the design-for-operability problem. The potential of eigenvalue optimization as design and analysis tools is also explored in nonlinear dynamics and control applications.

En esta tesis se tratan diversos aspectos que contribuyen a incrementar el desempeño de los sistemas de comunicaciones modernos. Entre los desafíos más importantes están la compen sación de los efectos del canal de comunicaciones, la sincroni-zación en frecuencia y las limitaciones en el ancho de banda de transmisión. Los estándares modernos son capaces de proveer a los usuarios diferentes tipos de calidad de servicio. Esto exige gran flexibilidad en el manejo de los recursos de radio y alta robustez frente a las interferencias. El multiplexa-do por división en frecuencias ortogonales (OFDM), es el es-quema de modulación multiportadora que se esta adoptando en la mayoría de los estándares para lograr dichas exigencias. Entre las desventajas de la implementación práctica de OFDM están la sensibilidad a errores de sincronismo en frecuencia y el alto consumo de potencia en la amplificación. El error de sincronismo en frecuencia destruye la ortogonalidad entre las subportadoras de OFDM lo que disminuye notablemente el desempeño del sistema, por ese motivo es necesario estimar y compensar dicho error. Para tal fin se propuso una familia de algoritmos de estimación de errores de sincronismo basados en una aproximación más exacta de la estadística de la señal de entrenamiento. En consecuencia, los estimadores obte-nidos tienen mejor desempeño que los propuestos anterior-mente. Considerando una incipiente línea de investigación, se propuso un estimador de frecuencia basado en filtrado notch que es útil para la estimación de errores de sincronismo en sistemas multiportadora. El algoritmo funciona de manera itera-tiva procesando la información en bloques, lo que resulta ade-cuado para estimaciones basadas en una secuencia de entre-namiento. El acceso mútiple por división de frecuencias ortogonales (OFDMA) está basado en OFDM y utiliza conjun-tos de subportadoras para trasmitir la información de cada usuario. En este caso también es necesario estimar y compen-sar los errores de sincronismo, operaciones que requieren una elevada carga computacional. En esta tesis se propone un esquema de compensación de errores de sincronismo que permite reducir notoriamente la complejidad del sistema sin degradar considerablemente el desempeño. La modulación multiportadora basada en banco de filtros (FBMC) se ha pro-puesto recientemente como alternativa a OFDMA ya que es menos sensible a errores de sincronismo en frecuencia. Con el fin de determinar cual sistema es el más adecuado, se pre-senta una comparación entre OFDMA y FBMC en un contexto realista, teniendo en cuenta tanto el desempeño como la complejidad de implementación. Además de las temáticas principales antes mencionadas, en esta tesis se tratan de manera complementaria cuestiones relacionadas con nuevos sistemas de comunicaciones en estado de desarrollo, que permiten abordar los problemas de escasez espectral y de amplificación de una señal de amplio rango dinámico. Estu-dios recientes demuestran que el espectro es un recurso escaso pero muchas veces desperdiciado. La solución para este problema puede ser la asignación dinámica de ancho de banda, lo que permite que varios sistemas o redes compartan la misma banda de frecuencias. Estos sistemas están compuestos por dispositivos llamados radios cognitivas que tienen que realizar tareas de sensado espectral a fin de determinar si alguna banda de interés está o no disponible. Se supone que las señales involucradas en el proceso de sen-sado son OFDM, debido a que este esquema es ampliamente utilizado en la actualidad. Por consiguiente, en esta tesis se estudian técnicas de detección y diferenciación de señales basadas en características estadísticas de dicha modulación. El alto rango dinámico de las señales OFDM produce un alto consumo de potencia que puede ser inaceptable, sobretodo en dispositivos móviles. Para evitar el problema es posible concebir un sistema híbrido en el cual se utilice OFDM en el enlace de bajada y modulacion de portadora simple en el enlace de subida. En este sistema la ecualización en el enlace de subida no es trivial como en el caso de OFDM. Se ha propuesto entonces, un ecualizador con realimentación de decisión en el dominio frecuencia y adaptación de mínimos cuadrados recursiva, que permite mejorar el desempeño tanto en la velocidad de convergencia de los coeficientes del filtro, como en el seguimiento de las variaciones del canal de comunicaciones. / In this thesis are discussed several aspects that contribute to increase the performance of modern communication systems. Among the most important challenges are the compensation of communication channel effects, frequency synchronization and transmission bandwidth limitations. Modern standards are able to provide different quality of services to the users. This requires a high flexibility in the management of radio resources and high robustness against channel interference. The ortho-gonal frequency-division multiplexing (OFDM), is the multi-carrier modulation scheme that is being adopted in most of modern standards to achieve the required specifications. Among the disadvantages of OFDM practical implementation are the sensitivity to frequency synchronization errors and the high consumption of the power amplifier. The frequency synchronization error destroys the orthogonality of OFDM subcarriers which decreases the system performance signi-ficantly, for this reason it is necessary to estimate and compensate this error. To that end, it is proposed a new family of algorithms for carrier frequency offset estimation, based on a more accurate approximation of the training signal statistics. As a consequence, obtained estimators have better performance that previous proposals. Considering an emerging line of research, it is also proposed a frequency estimator based on notch filtering that is useful for estimation of frequency synchronization errors in multicarrier systems. The algorithm is iterative and process the information in a bock basis, which results appropriate for estimations based on a training sequence. Orthogonal frequency division multiple access (OFDMA) is based on OFDM and employs a set of subcarriers to transmit the information of each user. In this case also it is necessary to estimate and compensate syn-chronization errors, operations that require a high computa-tional load. In this thesis is proposed a compensation scheme for frequency synchronization errors that allows to reduce significantly the system complexity without degrading noto-riously the performance. The filter bank based multicarrier (FBMC) modulation has been recently proposed as an alter-native to OFDMA since it is less sensitive to frequency syn-chronization errors. In order to establish which system is the more appropriate, it is presented a comparison between OFDMA and FBMC in a realistic context, taking into account performance and implementation complexity. In addition to the key issues mentioned above, in this thesis are discussed in a complementary manner topics related to new commu-nications systems in early development stages, that address the problems of spectral scarcity and high dynamic range power amplification. Recent studies show that the spectrum is a scarce resource but often wasted. The solution to this pro-blem may be the dynamic bandwidth allocation, allowing multiple systems or networks to share the same frequency band. These systems consist of devices called cognitive radios, that have to sense the spectrum to determine if the frequency band of interest is available or not.It is supposed that signals involved in the sensing process are OFDM, since this scheme is currently wide adopted. In conclusion, in this thesis are studied signal detection and differentiation tech-niques based on statistical features of this modulation. The high dynamic range of OFDM leads to a high power consump-tion that could be unacceptable, mainly in mobile devices. To avoid the problem is possible to conceive an hybrid system that employ OFDM in the downlink and single carrier modula-tion in the uplink. In this system the equalization in the uplink is not trivial as for the OFDM case. Then, it is proposed a frequency domain decision feedback equalizer and recursive least squares adaptation, that improves the performance both in convergence speed and tracking of communication channel variations.

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El objetivo de este trabajo es el estudio y el desarrollo de tecnolog´ıas de verificaci´on funcional de sistemas digitales especificados a nivel de transferencia entre registros (RTL por sus siglas en ingl´es, Register Transfer Level). M´as precisamente, se experimenta con metodolog´ıas y herramientas de verificaci´on orientadas a n´ucleos (cores) o bloques aritm´eticos y de procesamiento digital de se˜nales (PDS). Se describen conocimientos generales de verificaci´on de sistemas digitales de muy gran escala de integraci´on (VLSI, Very Large Scale Integration) de manera de comprender los principales problemas en este ´area. Se describen los conceptos te´oricos relacionados a la verificaci´on funcional de hardware y la problem´atica espec´ıfica de PDS. Se definen y experimentan los aspectos formales y pr´acticos de las t´ecnicas de verificaci´on funcional orientadas a unidades de c´alculo aritm´etico y de procesamiento de se˜nales, a trav´es de su aplicaci´on en bloques de distintas complejidades como pueden ser los filtros con respuesta infinita al impulso (IIR, Infinite Impulse Response) o transformada r´apida de Fourier (FFT, Fast Fourier Transform). / The objective of this work is the study and development of functional verification technologies for digital systems at register transfer level (RTL). Also, to experience with verification methodologies and tools oriented to arithmetic and digital signal processing (DSP) cores. General knowledge of verification for VLSI (Very Large Scale Integration) systems is described to understand the main problems in this area. Theoretical concepts related to hardware functional verification and the relation with PDS specific systems are addressed. Functional verification concepts are applied to the definition of formal and practical implementations to address the functional verification of arithmetic units and DSP cores, for example infinite impulse response (IIR) digital filters and fast Fourier transform (FFT) cores.

Una de las mayores limitaciones para lograr el rendimiento y la calidad deseada de los cultivos en la mayoría de los sistemas agronómicos del mundo es la presencia de malezas. Para mitigar su propagación e influencia, en los últimos años se comenzó a implementar el Manejo Integrado de Malezas (MIM), que pretende evitar los efectos negativos resultantes del uso exclusivo de herbicidas como único mecanismo de control al combinar diferentes técnicas de prevención y control que también incluyen rotaciones de cultivos, prácticas mecánicas y medidas culturales. Motivados por esta realidad, en esta tesis se planteó, primeramente, extender las prestaciones de un modelo de simulación desarrollado en el ámbito del grupo de investigación. El objetivo del mismo fue estimar los efectos de diferentes estrategias de manejo sobre la dinámica demográfica de una maleza anual (Avena fatua L.) en competencia con cereales de invierno (trigo y cebada) en un plan de rotación multianual, y proporcionar suficiente detalle agronómico, económico y medioambiental para orientar la toma de decisiones. Adicionalmente, con el propósito de explorar sistemáticamente la gran cantidad de posibles estrategias de MIM que se pueden representar con el modelo desarrollado e identificar automáticamente aquellas que resultan más prometedoras, se implementó un optimizador que proporciona un conjunto de soluciones en la frontera de los objetivos de desempeño considerados. Este se basó en un algoritmo estocástico no-lineal por enjambre de partículas (PSO), al que se le incorporaron técnicas para el manejo de restricciones, de manipulación de variables binarias y de consideración de objetivos múltiples. Así, el optimizador desarrollado permite identificar los mejores esquemas de rotación de cultivos y de tratamientos para controlar la maleza teniendo en cuenta, simultáneamente, el beneficio económico y el impacto ambiental. La herramienta desarrollada se considera de potencial utilidad para guiar el complejo proceso de toma de decisiones de la actividad agrícola. / One of the greatest limitations to achieve the desired yields and quality of crops in most agronomic systems around the world is the presence of weeds. To prevent their spread and influence, in recent years Integrated Weed Management (IWM) practices began to be implemented, which aims at avoiding the negative effects of the sole use of herbicides as control mechanism by combining different prevention and control techniques that also include rotations, mechanical practices and cultural measures. Motivated by this reality, in this thesis it was firstly proposed to extend the features of a simulation model developed in our research group. It aimed at estimating the effects of different management strategies on the demographic dynamics of an annual weed (Avena fatua L.) in competition with winter cereals (wheat and barley) in a multi-year rotation plan, providing sufficient agronomic, economic and environmental detail to guide decision making. Additionally, in order to systematically explore the large number of possible IWM strategies that can be represented with the developed model and automatically identify the most promising ones, an optimizer that provides a set of solutions on the frontier of the considered performance objectives was implemented. It was based on a non-linear stochastic particle swarm algorithm (PSO), enhanced with techniques for constraint management, binary variables handling and multiple objectives consideration. In this way, the developed optimizer allows identifying the best crop rotation and treatment schemes for weeds control, simultaneously considering the economic benefit and the environmental impact. The developed tool is considered of potential utility to guide the complex decisionmaking process of the agricultural activity.

This thesis is dedicated to the study and comprehension of biological networks at the molecular level. The objectives were to analyse their topology, integrate it in a genotype-phenotype analysis, develop richer mathematical descriptions for them, study their community structure and compare different methodologies for estimating their internal fluxes. The work presented in this document moves around three main axes. The first one is the biological. Which organisms were studied in this thesis? They range from the simplest biological agents, the viruses, in this case the Potyvirus genus to prokariotes such as Escherichia coli and complex eukariotes (Arabidopsis thaliana, Nicotiana benthamiana). The second axis refers to which biological networks were studied. Those are protein-protein interaction (PPIN) and metabolic networks (MN). The final axis relates to the mathematical and modelling tools used to generate knowledge from those networks. These tools can be classify in three main branches: graph theory, constraint-based modelling and multivariate statistics. The document is structured in six parts. The first part states the justification for the thesis, exposes a general thesis roadmap and enumerates its main contributions. In the second part important literature is reviewed, summarized and integrated. From the birth and development of Systems Biology to one of its most popular branches: biological network analysis. Particular focus is put on PPIN and MN and their structure, representations and features. Finally a general overview of the mathematical tools used is presented. The third, fourth and fifth parts represent the central work of this thesis. They deal respectively with genotypephenotype interaction and classical network analysis, constraint-based modelling methods comparison and modelling metabolic networks and community structure. Finally, in the sixth part the main conclusions of the thesis are summarized and enumerated. This thesis highlights the vital importance of studying biological entities as systems and how powerful and promising this integrated analysis is. Particularly, network analysis becomes a fundamental avenue of research to gain insight into those biological systems and to extract, integrate and display this new information. It generates knowledge from just data. / Esta tesis está dedicada al estudio y comprensión de redes biológicas a nivel molecular. Los objetivos fueron analizar su topología, integrar esta en un análisis de genotipo-fenotipo, desarrollar descripciones matemáticas más completas para ellas, estudiar su estructura de comunidades y comparar diferentes metodologías para estimar sus flujos internos. El trabajo presentado en este documento gira entorno a tres ejes principales. El primero es el biológico. ¿Qué organismos han sido estudiados en esta tesis? Estos van desde los agentes biológicos mas simples, los virus, en este caso el género Potyvirus, hasta procariotas como Escherichia coli y eucariotas complejos (Arabidopsis thaliana, Nicotiana benthamiana). El segundo eje hace referencia a las redes biológicas estudiadas, que fueron redes de interacción de proteínas (PPIN) y redes metabólicas (MN). El eje final es el de las herramientas matemáticas y de modelización empleadas para interrogar esas redes. Estas herramientas pueden clasificarse en tres grandes grupos: teoría de grafos, modelización basada en restricciones y estadística multivariante. Este documento está estructurado en seis partes. La primera expone la justificación para la tesis, muestra un mapa visual de la misma y enumera sus contribuciones principales. En la segunda parte, la bibliografía relevante es revisada y resumida. Desde el nacimiento y desarrollo de la Biología de Sistemas hasta una de sus ramas más populares: el análisis de redes biomoleculares. Especial interés es puesto en PPIN y MN: su estructura, representación y características. Finalmente, un resumen general de las herramientas matemáticas usadas es presentado. Los capítulos tercero, cuarto y quinto representan el cuerpo central de esta tesis. Estos tratan respectivamente sobre la interacción de genotipo-fenotipo y análisis topolólogico clásico de redes, modelos basados en restricciones y modelización de redes metabólicas y su estructura de comunidades. Finalmente, en la sexta parte las principales conclusiones de la tesis son resumidas y expuestas. Esta tesis pone énfasis en la vital importancia de estudiar los fenómenos biológicos como sistemas y en la potencia y prometedor futuro de este análisis integrativo. En concreto el análisis de redes supone un camino de investigación fundamental para obtener conocimiento sobre estos sistemas biológicos y para extraer y mostrar información sobre los mismos. Este análisis genera conocimiento partiendo únicamente desde datos. / Aquesta tesi està dedicada a l'estudi i comprensió de xarxes biològiques a nivell molecular. Els objectius van ser analitzar la seva topologia, integrar aquesta en una anàlisi de genotip-fenotip, desenvolupar descripcions matemàtiques més completes per a elles, estudiar la seva estructura de comunitats o modularitat i comparar diferents metodologies per estimar els fluxos interns. El treball presentat en aquest document gira entorn de tres eixos principals. El primer és el biològic. ¿Què organismes han estat estudiats en aquesta tesi? Aquests van des dels agents biològics mes simples, els virus, en aquest cas el gènere Potyvirus, fins procariotes com Escherichia coli i eucariotes complexos (Arabidopsis thaliana, Nicotiana benthamiana). El segon eix fa referència a les xarxes biològiques estudiades, que van ser les xarxes d'interacció de proteïnes (PPIN) i les xarxes metabòliques (MN). L'eix final és el de les eines matemàtiques i de modelització emprades per interrogar aquestes xarxes. Aquestes eines poden classificarse en tres grans grups: teoria de grafs, modelització basada en restriccions i estadística multivariant. Aquest document està estructurat en sis parts. La primera exposa la justificació per a la tesi, mostra un mapa visual de la mateixa i enumera les seves contribucions principals. A la segona part, la bibliografia rellevant és revisada i resumida. Des del naixement i desenvolupament de la Biologia de Sistemes fins a una de les seves branques més populars: l'anàlisi de xarxes moleculars. Especial interès és posat en PPIN i MN: la seva estructura, representació i característiques. Finalment, un resum general de les eines matemàtiques utilitzades és presentat. Els capítols tercer, quart i cinquè representen el cos central d'aquesta tesi. Aquests tracten respectivament sobre la interacció de genotip-fenotip i anàlisi topolólogico clàssic de xarxes, models basats en restriccions i modelització de xarxes metabòliques i la seva estructura de comunitats. Finalment, en la sisena part les principals conclusions de la tesi són resumides i exposades. Aquesta tesi posa èmfasi en la vital importància d'estudiar els fenòmens biològics com sistemes i en la potència i prometedor futur d'aquesta anàlisi integratiu. En concret l'anàlisi de xarxes suposa un camí d'investigació fonamental per obtenir coneixement sobre aquests sistemes biològics i per extreure i mostrar informació sobre els mateixos. Aquest anàlisi genera coneixement partint únicament des de dades. / Bosque Chacón, G. (2017). Network Analysis and Modeling in Systems Biology [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/79082

Sumario: Análisis de mercado; Análisis técnico; Análisis administrativo; Análisis legal y social; Análisis económico y financiero; Análisis de riesgo y sensibilidad; Anexos.

Sumario: Introducción; Estudio de mercado; Medio ambiente, seguridad y aspectos legales; Estudio económico y financiero; Anexos.