Pour construire des intervalles de confiance, nous pouvons utiliser diverses approches bootstrap. Nous avons un problème pour le contexte spécifique d’un paramètre de proportion lorsque l’estimateur usuel, la proportion de succès dans l’échantillon ˆp, est nul. Dans un contexte classique d’observations indépendantes et identiquement distribuées (i.i.d.) de la distribution Bernoulli, les échantillons bootstrap générés ne contiennent que des échecs avec probabilité 1 et les intervalles de confiance bootstrap deviennent dégénérés en un seul point, soit le point 0. En contexte de population finie, nous sommes confrontés aux mêmes problèmes lorsqu’on applique une méthode bootstrap à un échantillon de la population ne contenant que des échecs. Une solution possible s’inspire de l’estimateur utilisé dans les méthodes de [Wilson, 1927] et [Agresti et Coull, 1998] où ceux-ci considèrent ˜p l’estimateur qui prend la proportion de succès d’un échantillon augmenté auquel on a ajouté deux succès et deux échecs. La solution que nous introduisons consiste à effectuer le bootstrap de la distribution de ˆp mais en appliquant les méthodes bootstrap à l’échantillon augmenté de deux succès et deux échecs, tant en statistique classique que pour une population finie. Les résultats ont démontré qu’une version de la méthode percentile est la méthode bootstrap la plus efficace afin d’estimer par intervalle de confiance un paramètre de proportion autant dans un contexte i.i.d. que dans un contexte d’échantillonnage avec le plan aléatoire simple sans remise. Nos simulations ont également démontré que cette méthode percentile pouvait compétitionner avantageusement avec les meilleures méthodes traditionnelles. / A few bootstrap approaches exist to create confidence intervals. Some difficulties appear for the specific case of a proportion when the usual estimator, the proportion of success in a sample, is 0. In the classical case where the observations are independently and identically distributed (i.i.d.) from a Bernoulli distribution, the bootstrap samples only contain zeros with probability 1 and the resulting bootstrap confidence intervals are degenerate at the value 0. We are facing the same problem in the survey sampling case when we apply the bootstrap method to a sample with all observations equal to 0. A possible solution is suggested by the estimator found in the confidence intervals of [Wilson, 1927] and [Agresti et Coull, 1998] where they use ˜p the proportion of success in a augmented sample consisting of adding two successes and two failures to the original sample. The proposed solution is to use the bootstrap method on ˆp but where the bootstrap is based on the augmented sample with two additional successes and failures, whether the sample comes from i.i.d. Bernoulli variables or from a simple random sample. Results show that a version of the percentile method is the most efficient bootstrap method to construct confidence intervals for a proportion both in the classical setting or in the case of a simple random sample. Our results also show that this percentile interval can compete with the best traditional methods.

Dans ce travail de thèse, nous proposons une base de connaissances, destinée à une prothèse de mémoire « intelligente », appelée CaptainMemo, qui a pour but d’aider les malades d’Alzheimer, à pallier leurs problèmes de dégénérescence mnésique. Cette base de connaissances est basée sur l’ontologie temporelle, multiculturelle et multilingue PersonLink, permettant à la prothèse de mémoire une représentation sémantique rigoureuse, multilingue et temporelle des liens interpersonnels. L’ontologie PersonLink est déréférençable et présente dans le Web de données.Le multilinguisme et la représentation temporelle sont deux grands sujets de recherche en informatique et en Web sémantique en particulier. Le multilinguisme appliqué à la représentation des relations interpersonnelles requiert un traitement spécifique, car il est lié au multiculturalisme. Par ailleurs, le passage d’une culture/langue à une autre s’avère une grande problématique de recherche. En effet, la traduction littérale n’est pas toujours permise, surtout quand il s’agit des relations interpersonnelles, car elles sont culturellement dépendantes. Dans ce contexte, nous proposons une approche permettant la représentation des ontologies dans plusieurs cultures/langues. Cette approche, en se basant sur un algorithme de traduction, permet le passage d’une culture/langue à une autre sans faire de la traduction littérale mais plutôt une traduction culturelle. Ainsi, en adoptant cette approche, notre ontologie PersonLink permet une représentation exacte des relations interpersonnelles, qui prend en considération l’aspect culturel pour la définition de chaque relation, et lui attribue le terme adéquat selon la langue liée à la culture dans laquelle elle est représentée. Les relations interpersonnels régissent à des règles et contraintes qui les définissent selon chaque culture, ces contraintes sont représentées sémantiquement dans l’ontologie PersonLink via OWL2. Cependant, il est difficile de prendre en considération ces contraintes lors de l’introduction de la dimension temporelle pour représenter les intervalles de temps de ces relations interpersonnelles, surtout quand ces dernières sont diachroniques et leurs intervalles de temps sont qualitatifs. En effet, les modèles et solutions déjà existantes permettent de faire une représentation temporelle des intervalles de temps (ex 4D-Fluents), et de lier entre ces intervalles de temps (ex Relations d’Allen), mais ne prennent pas en considération les contraintes sémantiques des relations interpersonnelles. Dans ce sens, nous proposons une approche qui permet une représentation sémantique, basée sur les contraintes OWL2, pour la représentation des intervalles de temps qualitatifs. Enfin, pour traiter l’intelligence de la prothèse de mémoire CaptainMemo, nous proposons une approche pour le raisonnement sur les intervalles dans le temps. Dans cette approche nous introduisons un ensemble de règles SWRL pour affirmer des relations d’Allen temporelles inférées, permettant aux raisonneurs, tel que Pellet qui prend en charge les règles DL-Safe, d’être employés pour l'inférence et la vérification de la cohérence sur les relations temporelles entre différents intervalles de temps. La table des compositions des relations entre intervalles de temps a ainsi été considérablement réduite, car elle se base sur un ensemble tractable de ces relations, ce qui en résulte un temps de traitement de raisonnement plus réduit. / In this thesis, we propose a knowledge base for a "smart" memory prosthesis, called CaptainMemo, which aims to help Alzheimer's patients to overcome their memory impairments. This knowledge base is built over the temporal, multicultural and multilingual PersonLink ontology. This ontology gives the memory prosthesis a rigorous, multilingual and temporal semantic representation of interpersonal relationships. The PersonLink ontology is dereferenceable and available in the Linked Data. Multilingualism and temporal representation are two major research topics in computer science and in the Semantic Web in particular.Multilingualism applied to the representation of interpersonal relationships requires specific treatment because it is linked to multiculturalism. In addition, the transition from one culture / language to another is a major research problem. Indeed, literal translation is not always allowed, especially when it comes to interpersonal relationships, because they are culturally dependent. In this context, we propose an approach allowing the representation of ontologies in several cultures / languages. This approach, based on a translation algorithm, allows the transition from one culture / language to another by making a cultural translation rather than a literal one. Thus, by adopting this approach, our PersonLink ontology allows an exact representation of interpersonal relationships, because it takes into consideration the cultural aspect for the definition of each relationship, and assigns the appropriate term according to the language related to this culture. Interpersonal relationships are governed by rules and constraints that define them according to each culture, these constraints are represented semantically in the PersonLink ontology using OWL2. However, it is difficult to consider these constraints when introducing the temporal dimension to represent the time intervals of these interpersonal relationships, especially when these are diachronic and their time intervals are qualitative. Indeed, the legacy models and solutions make it possible to make a temporal representation of the time intervals (e.g. 4D-Fluents), and to link between these time intervals (e.g. Allen Relations), but do not take into account the semantics constraints of interpersonal relationships. In this context, we propose an approach that allows a semantic representation, based on OWL2 constraints, for the representation of qualitative time intervals. Finally, to deal with the intelligence of the CaptainMemo memory prosthesis, we propose an approach for reasoning over time intervals. In this approach we introduce a set of SWRL rules to assert inferred temporal Allen relationships, allowing reasoners, such as Pellet that supports DL-Safe rules, to be used for the inference and the verification of consistency over the temporal relationships between different time intervals. Thus, the table of compositions of the relations between time intervals has been considerably reduced, since it is based on a tractable set of these relations, and, consequently, the processing time of the reasoning becomes shorter.

Die rätselhaften Mensuren 35–41 des Petrarca-Madrigals O voi che sospirate a miglior’ note von Luca Marenzio (Il secondo libro de madrigali à 5 voci, Venedig 1581) haben in der Theoriegeschichte seit dem 19. Jahrhundert immer wieder für Gesprächsstoff gesorgt. Im Zentrum eines im dritten Ton disponierten Stückes finden sich im Bassus acht sukzessive Quintfälle, die schließlich im melodischen Intervall Ges–h kulminieren. Der Text umkreist den Topos des ›Fallens in tiefste Tiefen‹ mit zahlreichen Beispielen aus Theorie- und Kompositionsgeschichte und zeigt verschiedene Lösungsansätze zur intonatorischen Realisierung der Passage jenseits modernen gleichstufigen Zirkel-Denkens auf. / The enigmatic seven measures 35–41 of Luca Marenzio’s madrigal O voi che sospirate a miglior’ note (Il secondo libro de madrigali à 5 voci, Venice 1581) have repeatedly provoked discussions in the history of music theory since the 19th century. At the centre of a piece in third mode, there is an episode with eight successive descending fifths in the bassus, culminating in the melodic interval G-flat–b. The paper revolves around the topic of ‘falling in deepest depths’, citing numerous examples from the history of theory and composition, and offers several approaches to an intonational realisation beyond modern thinking in equal-tempered circles.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Cette thèse est consacrée au développement de nouvelles méthodologies pour l'analyse des modèles non-linéaires à effets mixtes, à leur implémentation dans un logiciel accessible et leur application à des problèmes réels. Nous considérons particulièrement des extensions des modèles non-linéaires à effets mixtes aux modèles de mélange et aux modèles conjoints. Dans la première partie, nous proposons, dans le but d'avoir une meilleure maîtrise de l'hétérogénéité liée aux données sur des patients issus de plusieurs clusters, des extensions des MNLEM aux modèles de mélange. Nous proposons ensuite de combiner l'algorithme EM, utilisé traditionnellement pour les modèles de mélanges lorsque les variables étudiées sont observées, et l'algorithme SAEM, utilisé pour l'estimation de paramètres par maximum de vraisemblance lorsque ces variables ne sont pas observées. La procédure résultante, dénommée MSAEM, permet ainsi d'éviter l'introduction d'une étape de simulation des covariables catégorielles latentes dans l'algorithme d'estimation. Cet algorithme est extrêmement rapide, très peu sensible à l'initialisation des paramètres, converge vers un maximum (local) de la vraisemblance et est implémenté dans le logiciel Monolix.La seconde partie de cette Thèse traite de la modélisation conjointe de l'évolution d'un marqueur biologique au cours du temps et les délais entre les apparitions successives censurées d'un évènement d'intérêt. Nous considérons entre autres, les censures à droite, les multiples censures par intervalle d'évènements répétés. Les paramètres du modèle conjoint résultant sont estimés en maximisant la vraisemblance jointe exacte par un algorithme de type MCMC-SAEM. Cette méthodologie est désormais disponible sous Monolix / The main goal of this thesis is to develop new methodologies for the analysis of non linear mixed-effects models, along with their implementation in accessible software and their application to real problems. We consider particularly extensions of non-linear mixed effects model to mixture models and joint models. The study of these two extensions is the essence of the work done in this document, which can be divided into two major parts. In the first part, we propose, in order to have a better control of heterogeneity linked to data of patient issued from several clusters, extensions of NLMEM to mixture models. We suggest in this Thesis to combine the EM algorithm, traditionally used for mixtures models when the variables studied are observed, and the SAEM algorithm, used to estimate the maximum likelihood parameters when these variables are not observed. The resulting procedure, referred MSAEM, allows avoiding the introduction of a simulation step of the latent categorical covariates in the estimation algorithm. This algorithm appears to be extremely fast, very little sensitive to parameters initialization and converges to a (local) maximum of the likelihood. This methodology is now available under the Monolix software. The second part of this thesis deals with the joint modeling of the evolution of a biomarker over time and the time between successive appearances of a possibly censored event of interest. We consider among other, the right censoring and interval censorship of multiple events. The parameters of the resulting joint model are estimated by maximizing the exact joint likelihood by using a MCMC-SAEM algorithm. The proposed methodology is now available under Monolix.

La thérapie photodynamique (PDT) est une modalité de traitement des petites tumeurs accessibles à la lumière. Elle repose sur l'action combinée d'un photosensibilisateur qui, en présence d'oxygène et sous l'effet d'une irradiation lumineuse, induit la synthèse d'espèces réactives de l'oxygène cytotoxiques. L'effet tumoricide de la PDT se traduit par des dommages directs sur les cellules ainsi que des dommages indirects de la néovascularisation tumorale et une activation du système immunitaire. Dans cette étude, nous avons démontré dans une première partie l'intérêt de se baser sur la distribution intratumorale de la mTHPC et non pas sur les études de biodistribution pour l'optimisation des conditions de traitement par PDT et en particulier de l'intervalle drogue-lumière (IDL). Un co-ciblage des vaisseaux et du parenchyme tumoral via un fractionnement de l'administration de la mTHPC a permis d'obtenir un taux de guérisons de 100%. Cette efficacité a été corrélée à la potentialisation de la mort des cellules par apoptose et valorisée par son association à des dommages secondaires cutanés restreints. La stratégie de fractionnement de l'administration s'avère donc être très prometteuse dans un contexte clinique. Dans la seconde partie de cette étude, nous avons établi la redistribution de la mTHPC in vivo dans le modèle de la membrane chorioallantoïdienne de poulet (CAM) à partir de formulations liposomales (Foslip®, Fospeg®) et son impact sur les dommages vasculaires photoinduits par la PDT / Photodynamic therapy (PDT) is a therapeutic strategy for the treatment of small localized tumors accessible to the visible light irradiation. It is based on the combined action of photosensitizer (PS), light and molecular oxygen. Tumoricidal effect of PDT is triggered by direct damage of malignant cells and indirect vascular damage followed by an activation of the immune system. The present study investigates the relationship between photoinduced apoptosis in each compartment of interest (vascular versus neoplastic) and mTHPC-PDT treatment efficiency in function of the intratumoral distribution of mTHPC. The latter was defined by the drug-light intervals. In the first part, we demonstrated the importance of the intratumoral distribution of mTHPC to optimize photodynamic parameters. The fractionation of the PS administration permitted to obtain a tumor cure rate of 100% correlated to a massive apoptosis of pathological tissues. Moreover, this treatment strategy induced only limited skin damages and few inflammation which could be an advantage in clinical context. In the second part, we evidenced the mTHPC redistribution from liposomal formulations (Foslip®, Fospeg®) in vivo in the chick chorioallantoic membrane model (CAM) and its influence on photoinduced vascular damage

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La conception des bâtiments à faible consommation d’énergie est devenue un enjeu très important dans le but de réduire au maximum la consommation d’énergie et les émissions de gaz à effet de serre associées. Pour y arriver, il est indispensable de connaître les sources potentielles de biais et d’incertitude dans le domaine de la modélisation thermique des bâtiments d’un part, et de les caractériser et les évaluer d’autre part.Pour répondre aux exigences courantes en termes de fiabilité des prévisions du comportement thermique des bâtiments, nous avons essayé dans le cadre de cette thèse de quantifier les incertitudes liés à des paramètres influents, de proposer une technique de diagnostic de l’enveloppe, propager les incertitudes via une méthode ensembliste sur un modèle simplifié et puis proposer une démarche permettant d’identifier les paramètres de modélisation les plus influents et d’évaluer leur effet sur les performances énergétiques avec le moindre coût en termes de simulations. / Designing buildings with low-energy consumption has become a very important issue in order to minimize energy consumption and the emissions of associated greenhouse gas. To achieve this, it is essential to know the potential sources of bias and uncertainty in the field of buildings thermal modeling and to characterize and evaluate them.To meet the current requirements in terms of reliable predictions of buildings thermal behavior, we have tried in this thesis, to quantify uncertainties associated to influential parameters, to propose a technique for diagnosing the building’s envelope, propagate uncertainties via a set-method for the case of a simplified model. We finally proposed an approach to identify the most influential modeling parameters to evaluate their impact on energy performance.

Cette thèse est une contribution au problème du pronostic des systèmes complexes. Plus précisément, elle concerne l'approche basée modèles et est composée de trois contributions principales. Tout d'abord, dans une première contribution une définition du concept de pronostic est proposée et est positionnée par rapport aux concepts de diagnostic et de diagnostic prédictif. Pour cela, une notion de contrainte temporelle a été introduite afin de donner toute pertinence à la prédiction réalisée. Il a également été montré comment le pronostic est lié à la notion d'accessibilité en temps fini. La deuxième contribution est dédiée à l'utilisation des observateurs à convergence en temps fini pour la problématique du pronostic. Une méthodologie de pronostic est présentée pour les systèmes non linéaires à échelle de temps multiple. Puis, une troisième contribution est introduite par l'utilisation des observateurs par intervalle pour le pronostic. Une méthodologie de pronostic est proposée pour les systèmes non linéaires incertains à échelle de temps multiple. Pour illustrer les différents résultats théoriques, des simulations ont été conduites sur un modèle de comportement d'un oscillateur électromécanique.