Orientador: Paulo Câmara Marques Pereira / Resumo: O trato gastrointestinal possui enorme variedade de bactérias aeróbias e anaeróbias, metabolicamente ativas, que interagem entre si em complexo ecossistema. Essa microbiota desempenha funções importantes no metabolismo, nutrição, imunidade e proteção contra a colonização por microrganismos patogênicos. Vários fatores podem influenciar essa microbiota, entre eles a idade, dieta, processos inflamatórios e infecciosos e utilização de antimicrobianos. Assim, este estudo foi desenvolvido com o objetivo de verificar a influência das infecções bacterianas do trato respiratório e do tratamento com amoxicilina sobre a microbiota intestinal normal do paciente. O processo infeccioso bacteriano do trato respiratório influenciou a microbiota intestinal dos pacientes. Houve redução significativa na quantidade de UFC/g de fezes de microrganismos dos gêneros Bacteroides e Lactobacillus. A utilização de amoxicilina também influenciou a microbiota intestinal. Foi observada redução significativa na quantidade de UFC/g de fezes de microrganismos dos gêneros Bifidobacterium e Lactobacillus. É importante identificar modificações na composição da microbiota intestinal, uma vez que a diminuição destes microrganismos pode representar diversos prejuízos para o hospedeiro. Um destes prejuízos é a diminuição da resistência à colonização. Esses prejuízos, quando acompanhados, podem ser minimizados pela equipe de saúde por meio de medidas relativas à conduta terapêutica e alimentar, visando reduzir a influência nociva sobre o ecossistema gastrointestinal. / Abstract: The gastrointestinal tract contains an enormous variety of metabolically active aerobic and anaerobic bacteria, that interact with each other in a complex ecosystem. That microbiota carries out important functions in the metabolism, nutrition, immunity and protection against the colonization by pathogenic microorganisms. Several factors can influence this microbiota, among them are age, diet, inflammatory and infectious processes and use of antimicrobial agents. Thus, this study was developed with the objective of verifying the influence of the bacterial infections of the respiratory tract and of the treatment using amoxicillin on the patient's normal intestinal microbiota. The bacterial infectious process of the respiratory tract influenced the patients' intestinal microbiota. There was significant reduction in the amount of CFU/g of feces of microorganisms of the Bacteroides and Lactobacillus genus. The use of amoxicillin also influenced the intestinal microbiota. Significant reduction was observed in the amount of CFU/g of feces of microorganisms of the Bifidobacterium and Lactobacillus genus. It is important to identify modifications in the composition of the intestinal microbiota, once the decrease of these microorganisms can cause damage to the host. One of these damages is the decrease in the resistance to the colonization. Those damages, when accompanied, can be minimized by the health staff using measures related to the therapeutic and alimentary conduct, seeking to reduce the noxious influence on the gastrointestinal ecosystem. / Doutor

A microbiota gastrointestinal humana normal é um ecossistema complexo constituído por microrganismos anaeróbios que desempenham papel fundamental na manutenção da saúde e de funções fisiológicas do hospedeiro. O presente estudo objetivou caracterizar a microbiota intestinal de pacientes portadores de constipação funcional e de pacientes com espinha bífida e intestino neurogênico e compará-las com pacientes saudáveis. Estudo transversal inclui 25 crianças com constipação funcional, 25 pacientes saudáveis e 14 pacientes com intestino neurogênico e espinha bífida. A metodologia molecular foi utilizada para determinação do perfil da microbiota intestinal. O DNA total das amostras de fezes foi extraído com o kit QIAamp DNA Stool®-QIAGEN e realizado sequenciamento do gene 16S rRNA (MiSeq (Illumina). As sequências obtidas foram processados no QUIIME. A análise dos dados obtidos foi realizada por meio de estatística descritiva. A diversidade e riqueza da microbiota intestinal foi avaliada pelos índices Shannon, Simpson e Chao e a contribuição de outras variáveis (sexo, tempo de amamentação exclusiva, uso de medicação nos pacientes constipados, tipo de parto e presença de sintomas no momento da coleta da amostra de fezes) foi obtida por análises multivariada. Firmicutes foi o filo mais predominante seguido do filo Bacteroidetes nos três grupos de estudo. Bifidobacterium foi mais abundante nos constipados funcionais do que nos saudáveis. O filo Tenericutes foi mais abundante em pacientes que nasceram por parto cesárea se comparados com parto vaginal independente do grupo de estudo. Participantes sintomáticos no momento da coleta, apresentaram maior abundância do gênero Ruminoclostridium em relação aos indivíduos assintomático, independente do grupo de estudo. No grupo dos pacientes saudáveis, os participantes sintomáticos no momento da coleta possuíam nível maior do gênero Phascolarctobacterium. Quanto ao sexo, tempo de amamentação exclusiva e medicações utilizadas para tratamento da doença, não foram encontradas nenhuma diferença na microbiota entre os grupos. Concluímos, portanto, que pacientes com constipação intestinal funcional apresentaram maior abundância de Bifidobacterium, em relação ao grupo controle, tal achado não foi observado no grupo de intestino neurogênico / The human gastrointestinal microbiota is a complex ecosystem consisting of anaerobic microorganisms that play a key role in maintaining the health and physiological functions of the host. The present study aimed to characterize the intestinal microbiota of patients with functional constipation and patients with spina bifida and neurogenic gut and to compare them with healthy patients. A cross-sectional study included 25 children with functional constipation, 25 healthy patients and 14 patients with neurogenic gut and spina bifida. The molecular methodology was used to determine the profile of the intestinal microbiota. Total DNA from the faeces samples was extracted with the QIAamp DNA Stool®-QIAGEN kit and sequenced the 16S rRNA gene (MiSeq (Illumina)). The sequences obtained were processed in QUIIME. Data analysis was performed using descriptive statistics. The diversity and richness of the intestinal microbiota was evaluated by the Shannon, Simpson and Chao indices and the contribution of other variables (sex, exclusive breastfeeding time, use of medication to treat constipation, type of delivery and presence of symptoms in the sampling time) was obtained by multivariate analysis. Firmicutes was the most predominant phylum followed by the phylum Bacteroidetes in the three study groups. Bifidobacterium was more abundant in patients with functional constipation than in healthy ones. The phylum Tenericutes was more abundant in patients who were born by cesarean section compared to vaginal delivery independent of the study group. Symptomatic participants at the time of collection had greater abundance of the genus Ruminoclostridium in relation to the asymptomatic individuals, independent of the study group. In the group of healthy patients, the symptomatic participants at the time of collection had a higher level of the genus Phascolarctobacterium. Regarding sex, exclusive breastfeeding time and medications used to treat the disease, no difference was found in the microbiota between the groups. We conclude, therefore, that patients with functional intestinal constipation had a greater abundance of Bifidobacterium, in relation to the control group, such finding was not observed in the group of neurogenic intestine.

Hintergrund: Gestillte Kinder haben im Vergleich zu nicht gestillten Kindern eine geringere Inzidenz von gastrointestinalen Infektionen und atopischen Erkrankungen. Man geht davon aus, dass der gesundheitsfördernde Effekt der Muttermilch teilweise über die intestinale Mikrobiota vermittelt wird. Diese ist in Stillkindern durch eine geringe Diversität und einen hohen Anteil an Bifidobakterien charakterisiert. Neueste Ansätze in der Weiterentwicklung industriell hergestellter Säuglingsnahrung zielen darauf ab, eine intestinale Mikrobiota zu fördern, die der von gestillten Kindern ähnelt. Die Supplementation von Säuglingsnahrung mit Probiotika (lebende Mikroorganismen) oder Präbiotika (unverdauliche Kohlenhydrate, die als Energiesubstrat für probiotische Bakterien dienen) könnte die bifidogene und antipathogene, aber auch immunmodulierende Wirkung der Muttermilch nachahmen. Aufgrund unterschiedlicher Interaktionen mit der Darmmikrobiota und dem Immunsystem fokussiert man mit der gleichzeitigen Gabe von Pro- und Präbiotika (Synbiotika) eine synergistische Wirkung an. Zielstellung und Studiendesign: In einer randomisiert-kontrollierten, klinischen Studie wurde untersucht, ob sich in den ersten drei Lebensmonaten von gesunden und termingerecht geborenen Kindern mit einer Synbiotikum-haltigen Säuglingsnahrung eine intestinale Mikrobiota etabliert, die der von gestillten Kindern gleicht. Das Synbiotikum setzte sich aus Bifidobacterium animalis ssp. lactis CNCM I 3446 (ältere Bezeichnung B. lactis BB-12) und Kuhmilcholigosacchariden zusammen. Die Studie umfasste zwei Gruppen von Kindern, die eine Säuglingsnahrung mit (SYN-Gruppe, n=21) oder ohne Supplement (KON-Gruppe, n=18) erhielten. Gestillte Kinder dienten als Referenz (REF-Gruppe, n=23). Um die Diversität der Bifidobakterien auf Speziesebene umfassend zu charakterisieren, wurden quantitative Real-Time PCR (qPCR)-Verfahren, basierend auf dem single-copy groEL als phylogenetisches Zielgen, zur spezifischen Quantifizierung von zwölf Bifidobakterienspezies in humanen Fäzes entwickelt und validiert. Ergebnisse: Die supplementierte Säuglingsnahrung war gut verträglich und unterstützte eine gesunde Entwicklung; vergleichbare anthropometrische Daten von SYN- und REF-Gruppe. Das Synbiotikum stimulierte selektiv das Wachstum von Laktobazillen und Bifidobakterien. Die Zellzahl für Laktobazillen der SYN-Gruppe war zur REF-Gruppe äquivalent (9,07±0,32 versus 9,90±0,27 log10 Zellen/g Fäzes TM [MW±SEM]; p<0,0019; Äquivalenzdifferenz von 1 log10 Zellen/g Fäzes TM) und höher als in der KON-Gruppe (8,27±0,31 log10 Zellen/g Fäzes TM [MW±SEM]). Die Zellzahl für Bifidobakterien war in der SYN-Gruppe am höchsten (11,54±0,05 versus 11,00±0,17 [REF-Gruppe] und 10,54±0,24 [KON-Gruppe] log10 Zellen/g Fäzes TM [MW±SEM]). In der SYN-Gruppe wurde die höchste Anzahl an Bifidobakterienspezies erfasst (167 mit [128 ohne] B. animalis in 56 Fäzesproben versus 98 und 93 in jeweils 51 Fäzesproben der REF- und KON-Gruppe). Neben Kinder-typischen Spezies wie B. bifidum und B. breve wurden auch Spezies, die für Erwachsene charakteristisch sind (B. adolescentis), häufiger in der SYN-Gruppe als in den Vergleichsgruppen nachgewiesen. Der pH-Wert in Fäzes von Kindern aus der SYN-Gruppe war niedriger als der aus der KON-Gruppe (6,07±0,20 versus 6,45±0,17 [MW±SEM]) und näher an dem von gestillten Kindern mit 5,29±0,12 (MW±SEM). Schlussfolgerung: Die Supplementation einer Säuglingsnahrung mit dem Synbiotikum aus CNCM I-3446 und Kuhmilcholigosacchariden führte zu einer Angleichung in der Zusammensetzung der intestinalen Mikrobiota und des fäkalen pH-Wertes an gestillte Kinder. Die in dieser Arbeit entwickelten groEL-basierten qPCR-Verfahren erlaubten eine spezifische und genaue Analyse der Bifidobakterienpopulation unter dem Einfluss eines Synbiotikums. / Background: Compared to formula-fed infants, breast-fed infants have a reduced incidence of gastrointestinal infections and atopic diseases. The health-promoting effect of breast milk is assumed to be partly mediated by the intestinal microbiota, which is characterized by a low diversity and a high proportion of bifidobacteria. Recent approaches in further development of infant formulae aim at promoting an intestinal microbiota similar to that of breast-fed infants. The supplementation of infant formula with probiotics (live microorganisms) or prebiotics (non-digestible carbohydrates, which serves as energy substrates for probiotic bacteria) could mimic the bifidogenic and antipathogenic, but also immunomodulating effect of breast milk. Due to various interactions with the gut microbiota and the immune system, the simultaneous administration of pro- and prebiotics (synbiotics) is focussed to have a synergistic effect. Objective and study design: In a randomized-controlled, clinical trial healthy full-term infants receiving an infant formula with synbiotic for the first three months of life were studied, whether an intestinal microbiota is induced, which is equivalent to that of breast-fed infants. The synbiotic consisted of Bifidobacterium animalis ssp. lactis CNCM I 3446 (previously known as B. lactis BB-12) and cow milk oligosaccharides. The study comprised two groups of infants receiving a starter formula with (SYN-group, n=21) or without supplement (KON-group, n=18). Breast-fed infants served as a reference (REF-group, n=23). In order to comprehensively characterize the bifidobacteria diversity at species level, quantitative real-time PCR (qPCR) assays based on the single-copy groEL as phylogenetic marker for the specific quantification of twelve bifidobacteria species in human feces were established and validated. Results: The supplemented formula was well tolerated and supported a healthy development; comparable anthropometric data of SYN- and REF-group. The synbiotic selectively stimulated the growth of lactobacilli and bifidobacteria. Lactobacilli levels were equivalent in SYN- and REF-group (9.07±0.32 versus 9.90±0.27 log10 cells/g feces DM [Mean±SEM]; p<0.0019; equivalence margin of 1 log10 cells/g feces DM) and higher than the KON-group (8.27±0.31 log10 cells/g feces DM [Mean±SEM]). The highest levels of bifidobacteria were observed in the SYN-group (11.54±0.05 versus 11.00±0.17 [REF-group] and 10.54±0.24 [KON-group] log10 cells/g feces DM [Mean±SEM]). The highest number of bifidobacteria species were obtained in the SYN-group (167 with [128 without] B. animalis in 56 fecal samples versus 98 and 93 in each of 51 fecal samples of the REF- and KON-group). Beside species, typically found in infants such as B. bifidum und B. breve, also species, which are characteristic for adults (B. adolescentis), were detected more often in the SYN-group than in the other study groups. Fecal pH was lower in the SYN- than in the KON-group 6.07±0.20 versus 6.45±0.17 [Mean±SEM]) and closer to that of breast-fed infants (5.29±0.12 [Mean±SEM]). Conclusion: In infants fed a starter formula supplemented with a synbiotic (CNCM I-3446 and cow milk oligosaccharides), composition of intestinal microbiota and fecal pH were closer to that of breast-fed infants. The groEL-based qPCR-assays, developed in this study, allowed a specific and accurate analysis of the bifidobacterial population in response to the synbiotic intake.

Pienarūgščių bakterijų paieška ir jų identifikavimas migruojančių didžiųjų ančių (Anas platyrhynchos) žarnyne naudojant dalinių 16S rRNR geno sekų analizę ir kultivavimu paremtus metodus Klaidas VARNA Vilniaus Universiteto Ekologijos Institutas, Hidrobiontų Ekologijos ir Fiziologijos Laboratorija bei Populiacinės Genetikos Laboratorija, Akademijos-2, Vilnius-21, 08412, Lietuva. Šiame tyrime pavasarinių ir rudeninių didžiųjų ančių (Anas platyrhynchos) migrantų iš Nemuno deltos virškinamojo trakto pieno rūgšties bakterijų įvairovė buvo ištirta naudojant molekulinius metodus (polimerazės grandininės reakcijos amplifikacija ir dalinių 16S rRNR geno sekų sekvenavimas) ir kultivavimu paremtus metodus. Migruojančių didžiųjų ančių (Anas platyrhynchos) pieno rūgšties bakterijų paieška buvo atlikta pirmą kartą. Rudeniniai didžiųjų ančių migrantai plonojo žarnyno sienelėse (1.2×107 iki 2.1×107 k.f.v./g) ir jų turinyje (nuo 3.4×107 iki 1.1×108 k.f.v./g) turi didesnį pieno rūgšties bakterijų skaičių nei pavasariniai migrantai (atitinkamai nuo 3.2×106 iki 4.8×106 k.f.v./g ir nuo 1.0×107 iki 2.2×107 k.f.v./g). Tiek rudeninių tiek ir pavasarinių didžiųjų ančių migrantų plonojo žarnyno sienelėse ir jų turinyje dominavo kokinės pieno rūgšties bakterijų formos (atitinkamai 65% ir 83.5% bei 81.4% ir 91.6%), o lazdelių buvo mažiau (atitinkamai 35% ir 16.5% bei 18.6% ir 8.4%). Manoma, kad minėtus skirtumus įtakoja keli veiksniai: ilgai trunkanti migracija, perėjimo periodas, skirtingas maistas ir... [toliau žr. visą tekstą] / Identification of lactic acid bacteria in the migrant mallard ducks Anas platyrhynchos intestinal tract by partial 16S rRNA gene sequence analysis and using culture-based techniques Klaidas VARNA Institute of Ecology of Vilnius University, Laboratory of Hydrobionts Ecology and Physiology, Laboratory of Population Genetics, Akademijos-2, Vilnius-21, 08412, Lithuania. In this study the lactic acid bacteria diversity of the intestinal tract content of the vernal and autumnal migrant mallard ducks (Anas platyrhynchos) from Nemuno delta has been investigated by molecular methods: polymerase chain reaction amplification and sequencing of partial 16S rRNA genes and using culture-based techniques. The investigation of the lactic acid bacteria of the migrant mallard ducks has been performed the first time. Autumnal migrant mallard ducks in the small intestine walls (from 1.2×107 until 2.1×107 c.f.u./g) and in their content (from 3.4×107 until 1.1×108 c.f.u./g have the greatest number of the lactic acid bacteria then vernal migrants (respectively from 3.2×106 until 4.8×106 c.f.u./g and from 1.0×107 until 2.2×107 c.f.u./g). In the small intestine walls and in their content of the autumnal and vernal migrant mallard ducks, dominated cocci-shaped lactic acid bacteria (respectively 65% and 83.5%, 81.4% and 91.6%), whereas rod-shaped was under (respectively 35% and 16.5%, 18.6% and 8.4%). Supposedly, that these defferences determine some factors: a long migration, period of incubate... [to full text]

Orientador: Isabel Cristina Boleli / Banca: Renato Luis Furlan / Banca: Luciana Thie Seki Dias / Resumo: Foram avaliados os parâmetros hematológicos de pintos submetidos à inoculação de microbiota intestinal de aves adultas poedeiras e de corte. Para isso, foi feito um experimento para testar o efeito da técnica de inoculação via esofágica. E este não afetou os parâmetros hematológicos. Num segundo experimento, foram utilizados pintos machos recém eclodidos (linhagem COBB). O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, seguindo fatorial 3 x 4, sendo 3 tratamentos [sem inoculação (Controle), inoculação de microbiota intestinal de frangos de corte (IMIFC), inoculação de microbiota intestinal de aves de postura adultas criadas em gaiola (IMIP)] e 4 períodos (1º, 3º, 5º e 7º dia pós-inoculação). A cada período, cinco aves por tratamento foram pesadas e sacrificadas para análise dos seguintes parâmetros: contagem total de eritrócitos (RBC, x106/mm3), hemoglobina (HGB, g/dL), hematócrito (HCT, %), volume corpuscular médio (MCV, μm3), contagem total e diferencial de leucócitos e relação heterófilo:linfócito. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias comparadas pelo Teste de Tukey. Houve resposta temporária dos pintos que receberam inóculo independente do tipo de microbiota. Essa resposta foi observada através do aumento do RBC, HCT e HGB que durou até o 3º dia. Não ocorreu depressão do sistema imune, apenas variação da porcentagem de heterófilos e linfócitos na circulação. / Abstract: Two experiments were conducted to determine if the technique of esophageal inoculation (Experiment I) and the esophageal inoculation of intestinal microbiota evaluated of adult birds influence the haematological parameters of male broiler chicks. In experiment I, technique of inoculation had no significant effects on haematological parameters [erythrocytes (RBC), hemoglobin (HGB), hematocrit (HCT), mean corpuscular volume (MCV), counting total and differential leukocyte and the rate heterophil: lymphocyte]. In experiment II, the experimental design was entirely randomly, following factorial 3 x 4, [3 treatments: no inoculation (Control), inoculation of intestinal microbiota of broiler chickens (IIMBC), inoculation of intestinal microbiota of layer hens (IIMLH); 4 periods: 1, 3, 5 and 7 days post-inoculation]. Inoculation of intestinal microbiota caused a increase in the RBC, HCT and HGB already in the 1 st day post-inoculation. This effect remained until the 3 rd day, but only in the chicks of the treatment IIMBC. In the 3 rd day, an increase in the heterophil percentage and a reduction in the lymphocyte percentage were also observed. The results showed that inoculation of intestinal microbiota caused an immediate and temporary heamatological response. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-25Bitstream added on 2014-06-13T21:00:40Z : No. of bitstreams: 1 pires_dl_me_jabo.pdf: 2181256 bytes, checksum: 1c7c0de488fc5a788e922d6932500dc1 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Foram avaliados os parâmetros hematológicos de pintos submetidos à inoculação de microbiota intestinal de aves adultas poedeiras e de corte. Para isso, foi feito um experimento para testar o efeito da técnica de inoculação via esofágica. E este não afetou os parâmetros hematológicos. Num segundo experimento, foram utilizados pintos machos recém eclodidos (linhagem COBB). O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, seguindo fatorial 3 x 4, sendo 3 tratamentos [sem inoculação (Controle), inoculação de microbiota intestinal de frangos de corte (IMIFC), inoculação de microbiota intestinal de aves de postura adultas criadas em gaiola (IMIP)] e 4 períodos (1º, 3º, 5º e 7º dia pós-inoculação). A cada período, cinco aves por tratamento foram pesadas e sacrificadas para análise dos seguintes parâmetros: contagem total de eritrócitos (RBC, x106/mm3), hemoglobina (HGB, g/dL), hematócrito (HCT, %), volume corpuscular médio (MCV, μm3), contagem total e diferencial de leucócitos e relação heterófilo:linfócito. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias comparadas pelo Teste de Tukey. Houve resposta temporária dos pintos que receberam inóculo independente do tipo de microbiota. Essa resposta foi observada através do aumento do RBC, HCT e HGB que durou até o 3º dia. Não ocorreu depressão do sistema imune, apenas variação da porcentagem de heterófilos e linfócitos na circulação. / Two experiments were conducted to determine if the technique of esophageal inoculation (Experiment I) and the esophageal inoculation of intestinal microbiota evaluated of adult birds influence the haematological parameters of male broiler chicks. In experiment I, technique of inoculation had no significant effects on haematological parameters [erythrocytes (RBC), hemoglobin (HGB), hematocrit (HCT), mean corpuscular volume (MCV), counting total and differential leukocyte and the rate heterophil: lymphocyte]. In experiment II, the experimental design was entirely randomly, following factorial 3 x 4, [3 treatments: no inoculation (Control), inoculation of intestinal microbiota of broiler chickens (IIMBC), inoculation of intestinal microbiota of layer hens (IIMLH); 4 periods: 1, 3, 5 and 7 days post-inoculation]. Inoculation of intestinal microbiota caused a increase in the RBC, HCT and HGB already in the 1 st day post-inoculation. This effect remained until the 3 rd day, but only in the chicks of the treatment IIMBC. In the 3 rd day, an increase in the heterophil percentage and a reduction in the lymphocyte percentage were also observed. The results showed that inoculation of intestinal microbiota caused an immediate and temporary heamatological response.

Este estudo teve o objetivo de avaliar a eficiência do probiótico em manter o equilíbrio da microbiota intestinal de aves submetidas à antibioticoterapia e as associações com o desempenho. Os tratamentos dietéticos consistiram de uma dieta basal única, à base de milho e farelo de soja, à qual foi acrescido ou não o probiótico Bacillus subtillis (100 g/ton de ração), na concentração de 10? UFC/g. Por 3 dias consecutivos a partir de 21 dias de idade, as aves foram submetidas à antibioticoterapia via água de bebida consistindo de 200 ppm de bacitracina metileno dissacilato (efeito em bactérias Gram-positivas ) e 1000 ppm de sulfato de neomicina (efeito em bactérias Gram-negativas). O experimento foi conduzido com frangos de corte no período de 1 a 42 dias, sendo que de 1 a 21 dias as aves receberam somente o tratamento dietético, e, a partir de 21 dias, as aves receberam os tratamentos dietético e terapêutico. Aos 2, 4 e 6 dias após a antibioticoterapia, 3 aves de cada unidade experimental foram sacrificadas para coleta do conteúdo do intestino delgado e do ceco e obtidos \"pools\" dos conteúdos intestinais em cada unidade experimental para constituir uma repetição. O experimento foi realizado com 4 tratamentos, obedecendo a esquema fatorial 2×2 para as variáveis de desempenho (com e sem probiótico × com e sem antibioticoterapia) com 9 repetições e 2×2×3 para as análises da microbiota intestinal (com e sem probiótico na dieta × com e sem antibioticoterapia × 2, 4 e 6 dias após a antibioticoterapia) com 3 repetições. O DNA total foi extraído dos conteúdos do intestino delgado e ceco para o isolamento da região 16S rRNA e análise das comunidades bacterianas. As técnicas moleculares utilizadas foram a de fingerprinting Terminal Restriction Length Polymorphism (T-RFLP), PCR em tempo real (qPCR) e o sequenciamento, sendo que, para todas as técnicas, a região alvo foi o gene 16S rRNA. Os fatores dietético e terapêutico modularam a microbiota intestinal de forma independente. Houve efeito dos fatores probiótico e antibioticoterapia nos grupos predominantes do conteúdo do intestino, desde a classificação taxonômica filo até a classificação gênero. Alguns grupos filogenéticos foram igualmente afetados pelos 2 fatores em estudo, enquanto que outros grupos foram alterados de forma específica em função do probiótico ou antibioticoterapia. A antibioticoterapia, assim como o probiótico dietético, reduziu o número de unidades taxonômicas operacionais (OTUs) no conteúdo do ceco. O melhor desempenho observado nas aves alimentadas com dietas com probiótico provavelmente está relacionado às alterações observadas na estrutura das comunidades intestinais e grupos filogenéticos, como o acréscimo de Lactobacillus e redução de Clostridiales. A antibioticoterapia modificou a estrutura da comunidade bacteriana, entretanto não provocou queda no desempenho das aves. A comunidade bacteriana do intestino das aves medicadas e suplementadas com probiótico apresentou alta similaridade com a comunidade das aves que receberam apenas probiótico dietético, indicando a possível recuperação da microbiota intestinal aos 6 dias após a antibioticoterapia. / The purpose of this study was to verify the ability of a probiotic in the feed to maintain the stability of gut microbiota in chickens after antibiotic therapy and associations with the performance. The dietary treatments consisted of a cornsoybean meal basal diet that was supplemented or not with a probiotic (Bacillus subtilis) in the concentration of 3×109 cfu/kg of feed. Starting on day 21, the birds were submitted to the antibiotic therapy consisting of 200 ppm of bacitracin methylene disalicylate (for Gram-positive bacteria) and 1,000 ppm of neomycin sulfate (for Gram-negative bacteria) in the drinking water, during 3 days. The trial was conducted with broiler chickens from 1 to 42 days of age, however, from 1 to 21 days, the chickens received only the dietary treatment, and after of the 21 days, the birds received the dietary and therapeutic treatments. At 2, 4 and 6 days after the antibiotic therapy, three chickens from each experimental unit were euthanized and the contents of the small intestine and ceca were collected and pooled by pen. The trial was conducted in a completely randomized design with 4 treatments and 9 replicates in a 2×2 factorial arrangement for performance characteristics (with and without probiotic × with and without antibiotic therapy), and in a 2×2×3 factorial arrangement for gut microbiota (with and without probiotic × with and without antibiotic therapy × 2, 4 and 6 days after of the antibiotic therapy) with 3 replicates per treatment. The DNA was extracted from the contents of the small intestine and ceca to isolate the 16S r RNA and study of the bacterial communities. The molecular techniques used were the terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP), quantitative PCR (qPCR) and sequencing, considering the 16S rRNA -genetargeted. The dietary and therapeutic factors modulated the gut microbiota independently. The probiotic and antibiotic therapy affected the main groups within of the gut content from the phylogenetic classification at the phylum level until the phylogenetic classification at the genera level. Some phylogenetic groups were equally affected by the two factors while other groups were changed in a distinct form depending on of the probiotic or antibiotic therapy. The antibiotic therapy and dietary probiotic decreased the number of taxonomic operational unit (OTUs) in cecal content. The improved performance observed in birds supplemented with probiotic was probably related to changes in the structure of intestinal bacterial communities and phylogenetic groups such as higher Lactobacillus and decreased Clostridiales. Antibiotic therapy modified the bacterial community structure; however it did not cause loss of broiler performance. The gut bacterial community in birds medicated and supplemented with probiotic had high similarity with the gut community of birds that received dietary probiotic only, indicating the possible recovery of the gut bacterial community 6 days after the antibiotic therapy.

Orientador: Mário Roberto Maróstica Junior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-17T20:43:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lima_GlauciaCarielo_M.pdf: 794328 bytes, checksum: 905ed92bfa1f9e04a2c521c1c5e898b7 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Muitos estudos tem demonstrado que o consumo acumulado de galactooligossacarídeo (GOS) e frutooligossacarídeo (FOS) pode trazer benefícios significativos para a saúde, relacionados com a sua resistência à digestão, sendo utilizados como substrato pelas bactérias intestinais, em especial as bifidobactérias. O objetivo do presente trabalho foi avaliar os efeitos de alteração de pH e microbiota (contagem de Bifidobacterium e Lactobacillus) no intestino grosso de ratas Wistar após o consumo dos oligossacarídeos não digeríveis (ONDs) FOS e GOS. Foram confeccionadas quatro dietas baseadas na AIN93G para roedores utilizando os ONDs em substituição parcial à sacarose para os grupos experimentais. Desta forma, o experimento contou com quatro grupos experimentais, sendo: grupo Controle, grupo FOS, grupo GOS e grupo FOS + GOS. O ensaio biológico contou com 32 animais divididos em grupos de 8 animais cada, mantidos em gaiolas separadas, sob ciclo claro/escuro de 12 horas, com temperatura e umidade controladas, durante o período de 90 dias. O consumo de dieta e o ganho de peso foram monitorados. Ao final do experimento, os animais foram sacrificados por decapitação, seu ceco retirado para coleta de material para análises posteriores de pH e microbiota intestinal. A análise de pH foi realizada por meio de peagômetro digital (TEC 5MP, Tecnal) e a análise de microbiota, a partir de diluições do conteúdo fecal e inoculação em meios de cultura específicos. Todas as placas foram incubadas em câmaras de anaerobiose contendo sistema gerador de anaerobiose Anaerogen (Oxoid Ltd., Basingstoke, Hampshire, England) durante 24 - 48 horas a 37°C. Os resultados foram e xpressos na forma do logaritmo decimal das unidades formadoras de colônia/g material (Log10 UFC). Para a análise estatística, foi utilizado o software GraphPad Prism 5.0. A análise de variância (ANOVA) foi realizada e os dados paramétricos foram analisados por meio do teste de Tukey, a 5% de significância e os não paramétricos por teste de Dunnett. Os resultados obtidos demonstraram um abaixamento do pH intestinal nos grupos que consumiram FOS e FOS + GOS e aumento da contagem de Bifidobacterium no conteúdo cecal dos grupos FOS, GOS e FOS + GOS e aumento de Lactobacillus dos grupos FOS e FOS + GOS / Abstract: Many studies have shown that consumption of galactooligosaccharide (GOS) and fructooligosaccharides (FOS) can bring significant benefits to health. NDC are used as substrate by intestinal bacteria, especially bifidobacteria, as these compounds are resistance to digestion. The aim of this study was to evaluate the effects in pH and microbiota (specifically for Lactobacillus and Bifidobacterium growth) in the large intestine of Wistar rats after consumption of non-digestible oligosaccharides (NDOs) FOS and GOS. Four different diets were produced, based on the AIN93G formula for rodents, using NDOs in partial replacement of sucrose by prebiotics FOS and GOS for the experimental groups. Thus, the experiment had four experimental groups, as described: Control group, FOS group, GOS group and FOS + GOS group. For the 'in vivo¿ experiment, the 32 animals were divided into groups of 8 animals each. The rats were kept in separate cages under light / dark cycles of 12 hours, with controlled temperature and humidity during 90 days. The diet consumption and weight gain were monitored. At the end of the experiment, the animals were killed by decapitation, their cecum removed to collect material for further analysis of pH and intestinal microbiota. The pH analysis was performed using digital pH meter (TEC 5MP Tecnal) and analysis of microbiota from dilutions of fecal contents and inoculation on specific culture media. All plates were incubated in anaerobic chambers containing anaerobic generation system Anaerogen (Oxoid Ltd., Basingstoke, Hampshire, England) for 24-48 hours at 37 °C. The results were expressed as the logarithm of colony forming units / g material (Log10 CFU). For statistical analysis, GraphPad Prism 5.0 was used. The analysis of variance (ANOVA) was performed and parametric data were analyzed using the Tukey test at 5% significance and the nonparametric by Dunnett's test. The results showed a lowering of intestinal pH in the groups consuming FOS and FOS + GOS and increased count of Bifidobacterium in the cecal contents of the groups FOS, GOS and FOS + GOS and increase of Lactobacillus in the groups FOS and FOS + GOS / Mestrado / Nutrição Experimental e Aplicada à Tecnologia de Alimentos / Mestre em Alimentos e Nutrição

Introdução: A Síndrome do Intestino Curto (SIC) é definida como um conjunto de sinais e sintomas conseqüentes de alterações nutricionais e metabólicas secundária a insuficiência intestinal funcional e/ou orgânica, como nos casos de grandes ressecções do intestino delgado. Ressecções intestinais eliminam sítios de colonização, alteram a área de absorção e, o uso freqüente de antibióticos devido a infecções recorrentes, presença de alimentos não digeridos no cólon, trânsito acelerado e diarréia, nestes mesmos pacientes, podem contribuir para a alteração da microbiota intestinal. Objetivo: Caracterizar a microbiota intestinal de pacientes portadores da Síndrome do Intestino Curto atendidos na Unidade Metabólica e do HCFMRP/USP. Casuística e Métodos: Foram recrutados os pacientes portadores de síndrome do intestino curto atendidos na Unidade Metabólica do HCFMRP/USP (uso de terapia nutricional parenteral). Para o grupo controle foram recrutados indivíduos sadios e eutróficos da comunidade e pareados segundo sexo e idade. Foram avaliadas amostras de fezes e exames bioquímicos, estes últimos foram somente dos pacientes. A avaliação do consumo alimentar foi feita por meio do inquérito Diário Alimenta e a avaliação do estado nutricional a partir de medidas antropométricas. Para detecção de cepas patogênicas foram realizados cultivos e testes bioquímicos específicos em meio aeróbio para determinação de espécies da família Enterobacteriaceae. Em cada cepa de E. coli isolada foram aplicados anti-soros para determinação de possível patogenicidade. Metodologia molecular também foi utilizada para determinação do perfil da microbiota intestinal bacteriana: sequenciamento de bibliotecas de DNAr 16S e PCR para detecção de genes característicos de cepas patogênicas de E. coli. Resultados: Verificou-se a presença de subnutrição protéico-calórica no grupo Paciente mesmo com terapia nutricional para recuperação deste estado nutricional. Quanto a microbiota, observou-se maior diversidade de Gram negativas, porém menor quantidade por grama de fezes da família Enterobacteriaceae em pacientes com SIC. Porém a análise molecular mostrou a manutenção na proporção de espécies bacterianas, equivalente a microbiota intestinal saudável. Conclusão: Apesar da subnutrição, retirada maciça do intestino delgado, uso freqüente de antibióticos, depressão do sistema imune, presença de alimentos não digeridos no trato gastrintestinal e transito intestinal acelerado, a relação e proporção entre as espécies bacterianas intestinais permanecem similares à normalidade. / Introduction The short bowel syndrome (SBS) is defined as a set of signs and symptoms resulting from nutritional and metabolic changes after major small bowel resections. Intestinal resections eliminate colonization sites and alter the absorption area. Besides, the frequent use of antibiotics due to recurrent infections, the presence of undigested food remaining in the intestinal tract, rapid transit and diarrhea in these same patients may contribute to the change of intestinal microbiota. Objective: To characterize the intestinal microbiota of patients with short bowel syndrome treated at the Metabolic Unit and HCFMRP / USP. Materials and Methods: We recruited all the patients with short bowel syndrome treated at the Metabolic Unit of HCFMRP / USP (use of parenteral nutrition therapy). The control group was composed by healthy individuals matched by age and sex. Samples of feces and biochemical tests from the patient group were evaluated. The control group had no biochemical tests, only feces samples to be analysed. The nutritional status was evaluated through anthropometric measurements and the assessment of food intake through food diary survey. The pathogenic strains from Enterobacteriaceae were detected by cultivation and specific biochemical tests in aerobic environment. In each strain of isolated E. coli antisera were applied for determination of pathogenicity. PCR analysis was also used to determine the profile of intestinal bacterial microbiota: sequencing libraries of 16S rDNA and PCR for detection of genes characteristic of pathogenic strains of E. coli. Results: Although receiving periodic parenteral nutrition the Patient group had protein-calorie malnutrition. In regards to the microbiota there was greater diversity, but lower concentration of the family Enterobacteriaceae in patients with SBS. However, the molecular analysis showed the a proportion of bacterial species equivalent to the intestinal flora from the control group. Conclusion: Although the protein-calorie malnutrition, massive resection of the small intestine, frequent use of antibiotics, immune system depression, presence of undigested food in the gastrointestinal tract and rapid intestinal transit rate, the ratio and the proportion of the intestinal bacterial species remain similar to normal.

O objetivo deste trabalho foi analisar comparativamente alguns microrganismos que compõe a microbiota intestinal endógena de crianças eutróficas (30), com sobrepeso (24) e obesas (30) entre 3 a 11 anos, a partir de amostras fecais. Foi realizado o isolamento de espécies de Bacteroides, Parabacteroides e Clostridium; a identificação de B. fragilis e C. perfringens enterotoxigênicos; e a detecção quantitativa por PCR (SybrGreen) de B. fragilis, B.vulgatus, P. distasonis, C. perfringens, C. difficile, Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp., Bacteroidales e Clostridium (cluster I). As espécies C. perfringens e B. vulgatus foram as mais isoladas; nenhum isolado B. fragilis foi enterotoxigênico; todos C. perfringens foram classificados como tipo A e destes 8,7% e 12,2% possuiam os genes tpeL e netB, respectivamente. C. perfringens, C. difficile e Bifidobacterium spp. estavam em maior quantidade em crianças eutróficas, enquanto obesos e com sobrepeso apresentaram maior número de Lactobacillus spp. e Bacteroidales. / The aim of this study was to evaluate some microorganism from endogenous intestinal microbiota of normal weight (30), overweight (24) and obese (30) children between 3 and 11 years, from fecal samples. It was performed the isolation of species of Bacteroides, Parabacteroides and Clostridium; the identification of B. fragilis and C. perfringens enterotoxigenic; and the quantitative detection by PCR (SybrGreen) B. fragilis, B. vulgatus, P. distasonis, C. perfringens, C. difficile, Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp., Bacteroidales and Clostridium (cluster I). The species C. perfringens and B. vulgatus were the most isolated; no isolated B. fragilis was enterotoxigenic; all C. perfringens were classified as type A and these 8.7% and 12.2% harbored tpeL and netB genes, respectively. C. perfringens, C. difficile and Bifidobacterium spp. were in greater quantity in normal weight children while obese and overweight showed a higher number of Lactobacillus spp. and Bacteroidales.