La consommation des mollusques peut comporter des risques et ceux-ci peuvent transmettre des agents infectieux d'origine alimentaire tels que les virus entériques, dont les conséquences peuvent être très néfastes pour la santé. Les norovirus (NoV) et le virus de l'hépatite A (VHA) semblent être la cause première des maladies imputables aux mollusques bivalves. Cette étude visait à évaluer la contamination virale dans des mollusques provenant de la Gaspésie et à établir des traitements thermiques permettant une réduction complète de ces virus dans les mollusques. Les résultats ont montré que l'inactivation complète du NoV murin substitut du NoV humain et du VHA a été atteinte respectivement à une température 90°C pendant une période de 3 minutes et 5 minutes avec (5,47 logs de réduction) dans des pots de vene et à une température de 90 °C pendant une période de 3 minutes dans des sacs de plastique pour le VHA.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

L'infection par le virus de l'hépatite C (HCV) reste aujourd'hui une cause majeure d'hépatite chronique, de cirrhose du foie et de carcinome hépatocellulaire. L'attachement cellulaire et l'entrée de HCV sont médiés par les protéines d'enveloppe E1 et E2. De nouveaux récepteurs ont été récemment identifiés mais l'entrée du virus dans les hépatocytes reste énigmatique et n'a jamais été visualisée. Nous avons tout d'abord caractérisé le modèle des pseudo-particules HCV (HCVpp) encryomicroscopie électronique en transmission (cryo-MET). Ce sont des particules sphériques de 100 nm de diamètre portant à leur surface E1 et E2. Nous avons ensuite visualisé l'entrée des HCVpp dans les hépatocytes en MET conventionnelle en utilisant des lignées d'hépatome et des hépatocytes primaires humains(PHH). Ces derniers maintiennent leur polarité en culture comme en témoigne la persistance de canalicules biliaires, tels que dans les hépatocytes natifs. Après synchronisation à 4°C avec les cellules, les HCVpp sont retrouvées liées aux prolongements cellulaires via des 'piliers', et sont ensuite internalisées à 37°C par endocytose dépendante de la clathrine. Ces 'piliers', actuellement en cours d'identification par immunomarquages, sont internalisés avec les HCVpp dans les hépatocytes au sein de vésicules de clathrine ; ce suivi est effectué par des approches de congélation haute pression et de tomographie électronique. Enfin, les évènements d'endocytose des HCVpp dans les PHH se sont avérés rares, avec une cinétique ralentie comparée aux lignées cellulaires. Ces études en MET soulignent l'importance d'utiliser un modèle cellulaire physiologique polarisé pour l'étude du mécanisme d'entrée de HCV. / Hepatitis C virus (HCV) infection is a major cause of chronic hepatitis, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Receptor recognition, cell binding and membrane fusion rely on HCV envelope proteins E1 and E2. New receptors were recently discovered; however HCV entry into hepatocytes remains largely unknown and has not yet been visualized. At first, we characterized HCV pseudoparticles (HCVpp) by cryo-transmission electron microscopy (cryo-TEM). They appeared as regular spherical structures of ca. 100-nm, with E1 and E2 at their surface. By conventional TEM, we then visualized HCVpp entry into hepatocytes, using hepatoma cells and primary human hepatocytes (PHH) as a more physiological cell model.PHH maintain their polarity in culture as attested by TEM observation of persistent bile canaliculi. At 4°C, viral particles were primarily found attached to microvilli at the cell surface via molecular bridges and, after warming to 37°C, they were internalized by endocytosis in clathrin-coated pits and vesicles. Using freeze substitution and electron tomographyapproaches, these bridges were found intimately surrounding HCVpp inside the clathrincoated vesicles, suggesting a concomitant internalization. The nature of these bridges is currently under investigation by immunogoldlabeling approaches. Finally, we reproducibly observed less HCVpp internalization events in PHH compared to hepatoma cells, and the kinetics of these events seemed delayed, probably due to PHH polarity. To conclude, ourTEM approach proved powerful to visualize HCV entry, and highlights the importance of studying a physiological cell model to understand HCV entry mechanism.

Le virus de l‘hépatite E (VHE) est endémique mondialement. Dans les pays en voie de développement, le VHE est une cause majeure d'hépatite aiguë et l'hépatite E est une maladie du péril fécal, transmise par la consommation d'eau contaminée. Le taux de mortalité de l'hépatite E aiguë en situation d'épidémie est estimé entre 0,2 et 4%. Dans les pays développés, l'hépatite E d'origine autochtone a émergé au début du XXIème siècle et un réservoir porcin à l'origine de transmissions zoonotiques du VHE a été établi. En 2008, pour la première fois, des formes chroniques de l'hépatite E ont été décrites révélant que le VHE était également une cause d'hépatite chronique et de cirrhose. Ces nouvelles formes d'hépatite E ont été rapportées chez des patients immunodéprimés pour transplantation d'organes solides, par le virus de l'immunodéficience humaine ou par des hémopathies malignes ou les traitements de ces hémopathies. Les travaux de cette Thèse ont eu pour objectifs de décrire les aspects cliniques puis épidémiologiques de l'hépatite E, d'étudier certains aspects immunologiques de l'hôte et certains aspects virologiques des VHE dans le but de comprendre les mécanismes conduisant au développement d'une hépatite E chronique dans la population des patients transplantés d'un rein suivis au CHU de Marseille. Nous avons décrit dans une étude rétrospective les caractéristiques et l'histoire naturelle de 16 infections autochtones diagnostiquées devant une hépatite inexpliquée. Nous avons décrit une évolution majoritairement chronique de l'hépatite E et son potentiel cirrhogène. / Hepatitis E virus (HEV) is endemic worldwide. In developing countries, HEV is a major cause of acute hepatitis and hepatitis E is a disease transmitted by the faecal-oral route through contaminated water. The estimated mortality rate of acute hepatitis E in the setting of outbreaks ranges from 0.2 to 4%. In developed countries, hepatitis E of autochthonous origin emerged at the beginning of twenty-first century and a porcine reservoir for HEV has been established that is a source for zoonotic transmission. In 2008, for the first time, chronic forms of hepatitis E have been reported showing that HEV was also a cause of chronic hepatitis and cirrhosis. These new forms of hepatitis E have been reported in immunocompromised patients due to solid organ transplantation, infection by human immunodeficiency virus, hematological malignancies or treatment of these malignancies. The objectives of this Thesis have been to describe the clinical and epidemiological features of hepatitis E, to examine some immunological aspects of the host and some virological aspects of HEV in order to understand the mechanisms leading to the development of chronic hepatitis E in the population of kidney transplant recipients followed at the University Hospital of Marseille. In a retrospective study, we described the characteristics and natural history of 16 HEV infections diagnosed in patients presenting with unexplained hepatitis. We described that hepatitis E progressed the most frequently towards chronicity and possibly towards liver cirrhosis. We showed that after dose reduction of immunosuppressants, more than half of the chronic infections resolved.

Les aurones, qui constituent une sous-classe des flavonoïdes, présentent un profil pharmacologique et un spectre d'activités biologiques prometteurs. Au cours de ce travail, nous avons mis à profit ce potentiel pour la modulation de deux cibles thérapeutiques majeures. En premier lieu, depuis la mise sur le marché d'inhibiteurs de la protéase NS3/4A, l'inhibition de la polymérase NS5B du virus de l'hépatite C représente un enjeu primordial dans la lutte contre cette maladie. L'utilisation des aurones contre cette polymérase trouve ici ses premiers développements. L'évaluation de quatre générations de composés a mené à l'identification de plusieurs dérivés actifs, dont certains produits naturels, présentant un IC50 inférieur à 5 μM. L'étude des interactions ligand – récepteur a en outre permis de déterminer que les aurones se fixent probablement sur le site « Thumb I ». En second lieu, si la modulation de la tyrosinase dans un cadre thérapeutique reste actuellement hypothétique, de nombreuses études voient en cette enzyme une cible pour le traitement futur de pathologies difficilement curables, comme le cancer ou la maladie de Parkinson. Les aurones ont fait preuve lors de ce travail d'une grande versatilité face à la tyrosinase, adoptant au gré des substitutions des comportements très différents de substrat alternatif, d'activateur hyperbolique ou d'inhibiteur mixte. Un modèle cohérent a cependant été proposé, qui regroupe et explique ces comportements. Au cours de ce travail, de nombreux dérivés d'aurone diversement substitués ou modifiés ont été préparés, par le biais de méthodes de synthèse adaptées à la structure de chaque produit formé. / Aurones, a subclass of flavonoids, present a favorable pharmacological profile and a wide, promising spectrum of biological activites. During this work, we used this potential for the modulation of two major therapeutic targets. Firstly, since several hepatitis C virus protease NS3/4A inhibitors were recently marketed, the inhibition of the polymerase NS5B is now the focus of research efforts in the fight against HCV. The use of aurones against the HCV polymerase is here reported for the first time. Four generations of compounds were synthesized and evaluated, and several bioactive derivatives were found, including some natural products, with an IC50 below 5 μM. Furthermore, additional investigations regarding inhibitor – receptor interactions allowed to identify the aurones binding site, which is Thumb Site I. Secondly, although the modulation of tyrosinase in a therapeutic aim remains a matter of discussion, a number of studies considers this enzyme as a potential target for future treatments against some hardly curable diseases, such as cancer or Parkinson's disease. During this work, aurones showed a great versatility toward tyrosinase. According to their substitution pattern, the compounds embraced very different behaviours, i.e. alternative substrate, hyperbolic activator or mixed inhibitor behaviour. However a consistent model was proposed, which gathers and explains all of these behaviours. During this study, a large number of widely substituted or modified aurone derivatives were prepared, according to structure-dependant adaptative synthetic methods.

Dans les pays industrialisés, le virus de l'hépatite E (HEV) est responsable d'infections généralement bénignes et spontanément résolutives. Chez les patients immunodéprimés et en particulier 60% des transplantés d'organes, le HEV provoque des infections chroniques. Cette évolution clinique est liée au statut immunitaire dont les déterminants sont largement incompris. Dans ce travail nous avons étudié la réponse cellulaire lors de l'infection aiguë par HEV en nous focalisant sur les lymphocytes T de type ƴd. Nous avons montré que chez des patients transplantés d'organes infectés les lymphocytes ?d circulants ont un phénotype activé et ont une altération des marqueurs mémoires. Nos travaux se sont ensuite portés sur l'étude des lymphocytes ƴd à la phase aiguë de l'infection chez des patients immunocompétents. Des modèles de cocultures avec des hépatocytes infectés par HEV nous ont permis de montrer une activité immunorégulatrice du virus sur ces lymphocytes en modulant l'effet de certaines cytokines inflammatoires. Le développement de cellules ƴd régulatrices induites par HEV pourrait être favorable pour la persistance virale. L'étude de l'activation des lymphocytes ƴd par le HEV permettra de mieux comprendre la physiopathologie de l'infection et d'envisager de nouveaux traitements en modulant spécifiquement ces cellules. / In industrialized countries, acute hepatitis E virus (HEV) infections are usually self-limiting. Chronic E hepatitis has been described only in immunosuppressed patients such as solid-organ transplant (SOT) recipients. Viral persistence is linked to the immunological status of the patients but the determinants are largely unknown. In this work, we have studyed T lymphocytes of the ?d type during the acute phase of infection. In acutely-infected SOT patients, circulating ƴd T cells have an increased expression of activation marker and alterations of memory markers. Using a collection of blood samples taken at the acute phase from immunocompetent patients, we have shown that ƴd can be activated following contact with HEV infected hepatocyte cell lines. We demonstrate that HEV induces an immunoregulatory phenotype on ƴd T cells by counteracting inflammatory cytokines. Our results suggest that the induction of regulatory ƴd T cells could be beneficial for viral persistence and might be implicated in the pathophysiology of chronic E hepatitis.

Le VHB est un problème majeur puisque les 350 millions de porteurs chroniques existant ont un risque accru de développer une cirrhose ou un carcinome hépatocellulaire. Compte tenu du manque de système d'étude du VHB in vitro qui soit facile d'accès et pleinement satisfaisant, l'objectif était d'améliorer l'un de ceux qui utilisent des baculovirus VHB recombinants pour délivrer le génome VHB dans des cellules hépatocytaires. La pertinence de ce système pour réaliser des tests phénotypiques et étudier le « fitness » des mutants résistants aux antiviraux a ensuite été démontrée. Enfin, l'utilisation de ces baculovirus VHB recombinants dans des cellules HepaRG a permis de mettre en évidence une réponse IFN efficace de l'hépatocyte suite à la synthèse des protéines du VHB. Ceci constitue une donnée nouvelle dans l'étude des interactions virus/cellules puisque le VHB était considéré jusqu'à présent comme un virus silencieux vis-à-vis de la réponse innée cellulaire. L'ensemble de ces résultats a des implications importantes dans la compréhension des mécanismes de persistance du VHB et le développement de nouveaux modèles cellulaires d'infection.

L'infection chronique ou occulte par le virus de l'hépatite B (HBV) est l'un des facteurs de risque les plusimportants pour le développement de carcinome hépatocellulaire viro-induit. Malgré la petite taille dugénome et les contraintes imposées par l'organisation de ce génome, le HBV présente une grandevariabilité génétique qui est le résultat des erreurs générées lors de l'étape de reverse transcription maisaussi, lors des processus de sélection et d'adaptation. Durant l'infection, une relation étroite hôte-viruss'établit. La population virale est caractérisée par la présence de quasi-espèces pouvant influencerl'évolution de la maladie hépatique et favoriser les phénomènes d'échappement. Le but de notre travail aété 1) d'étudier la variabilité virale associée aux infections occultes et l'impact de certaines modificationsde l'AgHBs (sY100C) sur la reconnaissance des tests de détection enzymatiques, et l'impact des mutations(sK122R, sD144E) sur la reconnaissance des anticorps anti-HBs d'un patient 2) de développer un nouveloutil d'amplification de génomes entiers de HBV que nous avons appliqué à l'étude préliminaire de quasiespècesd'un mutant Core. Cet outil d'amplification est plus sensible que les techniques existantes, et ilpermet l'étude des propriétés moléculaires et fonctionnelles des isolats virales. En conclusion, nous avonspu montrer que les processus d'échappement sont complexes, et font intervenir des facteurs du virus et del'hôte. Ce travail contribue à l'amélioration de la compréhension de la biologie de l'infection par le HBV,et illustre la complexité des interactions hôte-virus.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les aurones, qui constituent une sous-classe des flavonoïdes, présentent un profil pharmacologique et un spectre d'activités biologiques prometteurs. Au cours de ce travail, nous avons mis à profit ce potentiel pour la modulation de deux cibles thérapeutiques majeures. En premier lieu, depuis la mise sur le marché d'inhibiteurs de la protéase NS3/4A, l'inhibition de la polymérase NS5B du virus de l'hépatite C représente un enjeu primordial dans la lutte contre cette maladie. L'utilisation des aurones contre cette polymérase trouve ici ses premiers développements. L'évaluation de quatre générations de composés a mené à l'identification de plusieurs dérivés actifs, dont certains produits naturels, présentant un IC50 inférieur à 5 μM. L'étude des interactions ligand - récepteur a en outre permis de déterminer que les aurones se fixent probablement sur le site " Thumb I ". En second lieu, si la modulation de la tyrosinase dans un cadre thérapeutique reste actuellement hypothétique, de nombreuses études voient en cette enzyme une cible pour le traitement futur de pathologies difficilement curables, comme le cancer ou la maladie de Parkinson. Les aurones ont fait preuve lors de ce travail d'une grande versatilité face à la tyrosinase, adoptant au gré des substitutions des comportements très différents de substrat alternatif, d'activateur hyperbolique ou d'inhibiteur mixte. Un modèle cohérent a cependant été proposé, qui regroupe et explique ces comportements. Au cours de ce travail, de nombreux dérivés d'aurone diversement substitués ou modifiés ont été préparés, par le biais de méthodes de synthèse adaptées à la structure de chaque produit formé.